MIKROBIOLOOGIA I KONSPEKT
Sisukord
ELU TEKE MAAL .................................................................................................................... 3
MIKROBIOLOOGIA AJALUGU ............................................................................................. 5
KOCHI-HENLE POSTULAADID ........................................................................................ 6
PROKARÜOODID ELUSLOODUSES , SUURUS JA NIMETAMINE .................................. 8
PROKARÜOOTIDE
KIRJELDAMISEL
JA
SÜSTEMATISEERIMISEL
KASUTATAVAD TUNNUSED ......................................................................................... 10
BAKTERITE KUJURÜHMAD ............................................................................................... 12
RAKUKUJUD JA NENDE EELISED NING PUUDUSED KESKKONDADES ............. 12
Kokid - kerakujulised bakterid . ......................................................................................... 12
Pulkbakterid e. batsillid. ................................................................................................... 12
Spiraalsed bakterid- spirillid ja vibrioonid. ...................................................................... 13
Spiroheedid ehk keeritsbakterid ....................................................................................... 13
Niitjad bakterid ................................................................................................................. 13
Punguvad ja jätketega bakterid ........................................................................................ 14
Muu kujuga bakterid ........................................................................................................ 14
Aktinomütseedid (aktinobakterid) .................................................................................... 14
Müksobakterid .................................................................................................................. 14
Klamüüdiad ...................................................................................................................... 15
Mükoplasmad ................................................................................................................... 15
EU- JA PROKARÜOOTSE RAKU VÕRDLUS. ARHEDE ERILISED OMADUSED ........ 16
Prokarüootide ja eukarüootide võrdluse koondtabel ............................................................ 19
Arhede iseärasused ............................................................................................................... 20
BAKTERIRAKU MEMBRAAN , KAPSEL JA KEST ........................................................... 23
BAKTERIRAKU ORGANELLID , SISALDISED JA VARUAINED ................................... 28
SPOROGENEES JA ENDOSPOORID ................................................................................... 31
VIBURID JA LIIKUMINE ...................................................................................................... 35
TEMPERATUURI TOIME MIKROORGANISMIDELE ...................................................... 41
pH JA HAPNIKU TOIME MIKROORGANISMIDELE ........................................................ 44
RÕHU JA KIIRGUSE MÕJU MIKROORGANISMIDELE .................................................. 48
BAKTERITE KASV, PALJUNEMINE JA ARENGUTSÜKLID .......................................... 52
STERILISEERIMINE JA DESINFITSEERIMINE ................................................................ 54
2
ELU TEKE MAAL
Elu omadused
1. Biokeemilised reaktsioonid (metabolism- aine ja energia vahetus)
2. Väliskeskkonnast eraldatud „keha“ olemasolu
3. Paljunemine
4. Omaduste edasiandmine DNA ja RNA vahendusel
5. Suhtlemine väliskeskkonnaga
6. Arenemine ( evolutsioon )
Vanimad bakterite kivistised prekambriumist (3,5 mld aastat tagasi). Stromatoliit -
mikroobidest koosnevate ladestiste kivistised. Kasvavad üliaeglaselt- kõrguse järgi saab
ennustada vanust .
Tsüanobakterid- esimesed hapnikutootjad.
1,7 mld aastat tagasi- esimesed eukarüoodid.
Elu algus Maal
Arenes elutust materjalist. Elu tekke alguses ei olnud hapnikku. Ürgne atmosfäär oli
redutseeriv - soodustas biomolekulide sünteesi. Väga vähe hapnikku, redutseerivad
tingimused, CH
, kõrge temperatuur.
4, CO2, N2, NH3
1. Orgaaniliste molekulide abiootiline süntees
2. Proteinoidide moodustumine (abiootiliselt sünteesitud polüpeptiidid)
3. Protobiontide teke (ürgrakud)
4. Pärilikkuse teke RNA abil
5. Kaasaegne elu (DNA, RNA, valgud )
Prebiootilised aminohapped : alaniin, aspartaat , glutamaat, glütsiin, isoleutsiin, leutsiin ,
proliin , seriin , treoniin, valiin . Võisid moodustuda abiootilise sünteesiga (keemiline
polümerisatsioon). Prebiootilised aminohapped ei ole aluselised ega aromaatsed.
B- ahelad - katalüütilisus
Savi- hea pind polümeeride tekkele: adsorbeerib oma pinnale aminohappeid ja teisi org.
monomeere
Pinnale seondunud metalliaatomid (Fe, Zn) toimiviad katalüsaatoritena
Protobiondid/ürgrakud/mikrokerad
Abiootiliselt sünteesitud molekulid võisid vees spontaanselt moodustada membraaniga
ümbritsetud keradest.
Membraanid : 1. hüpotees- lipiidist membraan ( liposoom ). Kaksiklipiidne membraan
( kaksikkiht )
2. hüpotees- pindaktiivsed peptiidid /peptiidid + rasvhapped ja hüdrofoobsed alkoholid .
Nanokerad suudavad kasvada kui monomeere (peptiide) juurde lisada ning nad suudavad
jaguneda
Liposoom+proteinoidid (lase kuivada) (proteinoidid lähevad liposoomikihtide vahele) + lisa
vett (liposoomikihid kokku) = ÜRGRAKK
Esimine pärilikkuse kandja- RNA
3
RNA võib sünteesida ka peptiidsidemeid
RNA-l on fenotüüp, DNA-l ei ole
RNA suudab järjestusest sõltuvalt moodustada sekundaarstruktuure
RNA elu hüpotees
1. Abiootiliselt sünteesitud ribonukleotiididest RNA ahelad ja aminohapetest peptiidid
2. Isereplitseeruv RNA
3. Isereplitseeruv RNA lipiidse või peptiidse membraaniga kerakestes
4. Lihtsad rakud , RNA on kodeeriv kui ka katalüüsiv molekul
5. Sünteesitud valgud võtavad üle RNA katalüütilised rollid
6. DNA evolutsioon RNAst
7. Kaasaegne rakk
Orgaanilised komponendid kosmosest ? (panspermia)
1000d meteoriidid ja komeeded tõid kaasa org. molekule, mis olid välikosmoses abiootilistes
reaktsioonides formuleerunud
Ookeani põhjas „mustad suitsejad“ (hüdrotermaalsed lõõrid, hydrothermal vents). Annab
keemilisi aineid (H2, H2S, Fe- sulfiid , metaan jne.). Elu tekkis nendes tingimustes?
Eukarüootse raku teke
Endosümbioos. Rakumembraan sopistub sisse. Tekib tuum. Saab mitokondri. Kloroplastid -
ürgne tsüanobakter. Rakk+ vibur (spiroheet)= proteobakter
Mitokonder- eellaseks peetakse ürgset alfa-proteobakterit.
4
MIKROBIOLOOGIA AJALUGU
2 etappi- kirjeldav periood ja füsioloogilis-biokeemilis-molekulaarbioloogiline periood
17. saj algus- 19. saj keskpaik - kirjeldav periood
19. saj keskpaik- tänapäev- füsioloogilis-biokeemilis-molekulaarbioloogiline periood
Antoine van Leeuwenhoek - bakterite esmavaatleja
Kaupmees ja loodushuviline. Esimesed mikroskoobid olid mõeldud kanga kiudude tiheduse
mõõtmiseks (suurendus: u. 300x). Alustas mikroskoopide ehitamise ja vaatlustega 40-
aastasena. 1683 . a. kirjutatud kirjas esitas ta esimese joonistuse bakteritest. Hambakaabe?
Spiroheedid, pulkbakterid, filamentsed bakterid ja kokid. Pipraleotise katse. Kirjeldas
algloomi, vetikaid, pärma, baktereid, erütrotsüüte, spermatosoide, verekapillaare.
Robert Hook: 1635-1703
Täiustas baromeetrit (rõhk), anemomeetrit (tuul), hügromeetrit (õhuniiskus). Omatehtud
mikroskoobiga (kahe-läätseline) vaatas taimekudesid.
Spallanziani katse- lihapuljong keedeti plekkpurgis läbi, suleti hermeetiliselt . Supp jäi
steriilseks. Teine purk jäeti avatud õhu kätte, „tekkisid“ mikroobid . Steriilses lahuses ei teki
iseenesest elu. Avatud purgis sadenedis õhust suppi mikroobid ja hakkasid seal paljunema.
Vastuargument- puudus hapnik, mil on eluks hädavajalik. Kurekaelaga kolvid - Louis Pasteur .
John Tyndall: 1820-1893
Tündaliseerimine- vaheaegadega korduvkuumutamine.
Endospoorid- bakterite termoresistentne staadium.
Louis Pasteur: 1822- 1895
Esmalt tegeles kristallograafiaga (teadus kristallidest). Viinhappe kristallid (D- ja L-
isomeerid ). Üks mikroorganism kasutas ära ainult ühe optilise isomeeri. 1854- Lille’i ülikool,
tegeles käärimiste tehnoloogiaga. Arvati, et etanool tehib suhkrust puhtkeemiliselt. Pasteur
näitab, et etanool on pärmide elutegevuse produkt . Ebasoovitavad lisaproduktid tekivad tänu
saastavatele piimhappebakteritele ja äädikhappebakteritele. Soovitas veinimahla kuumutada,
et vältida veinihaigusi, ja lisada head käärivat veini. Soovitas kuumutada valmisprodukti
(55C). Pastöriseerimine.
Avastused:
1. Anaeroobsed mikroorganismid (klostriidid)
2. Andis esimese käärimiste definitsiooni (elu ilma hapnikuta)
3. Kirjeldas etanool-, piimhappe- ja võihappekäärimist
4. Sõnastas Pasteuri efekti (käärimise vaibumine aereerimisel)
5. Märkis aeroobsete ja anaeroobsete energiavahetusprotsesside erinevat efektiivsust
( aeroobne lagunemine annab rohekm energiat kui aeroobne).
Arvas , et haigusi põhjustavad mikroorganismid. Haavanakkuste vältimiseks kuumutada
operatsioonivahendeid. Vaktsiinid kanakoolera, siberi katku ja marutõve vastu (viimane andis
VÄGA häid tulemusi).
Kanakoolera vaktsiin - juhuslik. Nõrgestatud bakterite kultuur oli vaktsiiniks- antikehad
moodustuvad, kaitsevad edasise nakatumise eest.
Siberi katk- 25+25. Vaktsineerimata 25 lammast surid.
Pasteur pani aluse füsioloogilis-biokeemilisele mikrobioloogiale, tööstusmikrobioloogiale ja
meditsiinilisele mikrobioloogiale.
5
Joseph Lister
Inglise kirurg. Võttis omaks Pasteuri vaated ( haavanakkused ). Desinfitseeriv lahus:
fenoolilahus. Operatsioonijärgne suremus vähenes kiiresti.
Robert Koch
Meditsiinilise mikrobioloogia rajaja. Huviobjekt oli siberi katk. Seni arvati, et mitte bakterid
ei põhjusta koekahjustusi peremeesorganismis, vaid et kahjustunud koes leitavad bakterid on
kudede haigusprotsesside (lagunemise) tagajärg. Võttis kasutusele esimesed söötmed
mikroobide kasvatamiseks (keedetud kartulilõigud, želatiin, agar )
KOCHI-HENLE POSTULAADID
Tingimused, mis peavad olema täidetud, et tõestada, et just mingi konkreetne haigusetekitaja
põhjustab just seda konkreetset haigust. Töötati välja siberi katku tekitajat uurides.
1. Mingi haiguse tekitajaks peetav mikroob peab vastavat haigust põdevas organismis pidevalt
esinema.
2. See mikroob tuleb isoleerida puhaskultuuri.
3. Terve organismi nakatamisel selle puhaskultuuriga peavad ilmnema sellele haigusele
iseloomulikud tunnused.
4. Haigest organismist peab olema see mikroob jällegi puhaskultuuri isoleeritav.
Kochi avastused ja meetmed:
1.Söötmed. Tardsöötmed! PUHASKULTUURID!!!!!
2. Bakterite värvimine mikroskoopimised.
3. Ripptilga meetod, bakterite pildistamine mikroskoobis
4. Haigusetekitajate kindlakstegemine . Tuberkuloosi uurimise eest sai Nobeli preemia.
Ferdinand Cohn
Bakterisüstemaatika. Endospooride kirjeldamine (heinabakter)
Christian Gram
Grami järgi värvimine
Sergei Vinogradski
Ökoloogilise mikrobioloogia rajaja. Võtab kasutusele selektiivsöötmed, et isoleerida veest ja
mullast teatud mikroobe . Isoleeris lämmastikusiduja bakteri. Kemolitoautotroofsed bakterid.
Martinus Beijerinck
Tegeles pärmide uurimisega, bakteriaalse butanoolkäärimisega, kirjeldas keefiri mikrofloorat,
uuris helendavaid baktereid. Mügarbakterid.
Albert Jan Klyuver
Mikroobide biokeemia . Biotehnoloogiline aspekt mikrobioloogias. Penitsilliini tootmine.
Cornelius van Niel
Propioonhappebakterid. Hiljem huvi fotosünteesivad bakterite vastu. Näitas, et rakkudesse
lülitunud CO
S hulgaga söötmes; taimede fotosünteesis
2 hulk on proportsionaalne H2
eralduv hapnik on pärit veest, mitte CO2-st, nagu seni arvati. Pakkus, et elusloodus
jaguneb pro-ja eukarüootideks.
6
Alexander Fleming
Lüsosoom- ensüüm, mis lüüsib bakterite rakukesta peptidoglükaanis glükosiidsidemeid.
PENITSILLIIN!!!!! Nobeli preemia.
7
PROKARÜOODID ELUSLOODUSES, SUURUS JA NIMETAMINE
3 fülogeenset gruppi (eluslooduse domeenid )- eukarüoodid, bakterid (eubakterid), arhed
(arhebakterid)
Fülogeneetilise puu juure lähedal on termofiilid!
Ribosoomi alaühik koosneb valkudest ja 16S rRNA. Tekitab subühiku „karkassi“.
Suurem subühik- oma spetsiifiline rRNA. 23S rRNA- suurem kui 16S rRNA.
Bakterite nimetused
Soolekepike (Escherichia coli)
Heinapisik ( Bacillus subtilis)
Kochi kepike (tuberkulooskitekitaja; Mycobacterium tuberculosis)
Hellusebakter (Lactobacillus fermentum ME3)
Kooleratekitaja (kooleravibrioon, Vibrio cholerae)
Botulismitekitaja ( Clostridium botulinum )
Düsenteeriatekitaja ( Shigella dysentheriae)
Gonokokk (gonorröatekitaja; Neisseria gonorrhoeae )
Lihasööja bakter (Streptococcus pyogenes)
Nimetus tekitatakse avastaja järgi/bakteri omaduste põhjal. (Pasteurella- Pasteur,
Planctomyces- plankton (hõljum) + seen (pungus))
Thiothrix- niite moodustab bakter, rakkudesse ladestuvad väävliterad.
Thiomargarita- väävel+pärlikujuline. Suurimate mõõtmetega bakter.
Ectothiorhodospira halophila
phila - meeldib
halo - sool
ecto - välis-
thio- väävel
rhodo- punane
spira- spiraalne
Bakterite suurus- mõni mikromeeter . 1/1000 mm= µm
Eripind - pindala ja ruumala suhe
Bakterid toituvad osmootselt- kasutavad lahustunud aineid kogu raku pinnaga. Toitained
jõuavad rakku kas difusiooniga või rakumembraanis paiknevate transporterite vahendusel.
Seega on sedasorti toitujale vajalik suur eripind ehk väikesed raku mõõtmed. Ka on väikesed
organismid väga tihedas kontaktis väliskeskkonnaga ja reageerivad kohe adekvaatselt selle
muutustele.
Eripind sõltub ka raku kujust . On kujusid , mis võimaldavad väga suurt eripinda- eriti suur
eripind on lamedal plaatjal bakteril . Sisaldised rakus (nitraadivakuoolid, väävliterad)
suurendavad eripinda ja vähendavad tsütoplasma aktiivruumala. Thiomargarita sees on väga
suur nitraadivakuooli, kasutab nitraati hingamiseks. Eripinna arvutamisel mitte arvestada
nitraadivakuooli ruumala.
Thiomargarita- saab energiat H2S-i oksüdeerimisest
Thioploca- „väävlipats“. Niidid paiknevad sajakaupa ühes tupes , niit koosneb tuhatkonnast
ühesugusest rakust.
Epulopiscium fishelsonii- suur bakter, algselt peeti algloomaks. Pikkus kuni 600 µm. Suurem
kui kingloom . Kalade soolestiku sümbiont.
Thiospirillum- Christian Ehrenberg, 19. saj alguses. Fotosünteesib. Jämedad viburid
8
Mükoplasmad- väikseimad bakterid. Diameeter 0.1-0.15 µm. Mükoplasma pole
valgusmikroskoobis nähtav. Rakku mahub mõnisada tuhat valgumolekuli. Mycoplasma
pneumoniae- Levib piisknakkusena, põhjustavad 1/5 kõigist kopsupõletikest. Raskesti ravitav.
Mükoplasmad on parasiteerivad .
Nanobakterid- nano=kääbus. 1µm=1000nm. Ca 10x tavalistest bakteritest väiksemad.
Avastati geoloogide poolt skaneerivat EM kasutades kivimitest . Arvatakse, et nad olid
kristallisatsioonitsentrid (nende ümber sadenesid ained ja tekkisid kivimid. 1998. aastal
avaldas soomalne Olavi Kajander artikli nanobakteritest inimese kudedest. Nanobacterium
sangineum. Nobeli preemia, 2000. Vereseerum võib sisaldada aeglaselt kasvavaid iseseisvalt
paljunevaid nanobaktereid. Rakkude pinnale kogunevad Ca- ühendid, tekib mineraliseerunud
koloonia. Fülogeneetiliselt lähedased vererakkudes parasiteerivatele bakteritele. On leitud
neerudes ja uriinis. Neerukivide teke: nanobakterite kaltsifitseerunud kest. Võivad põhjustada
ka soolade ladestumist liigestes , sapipõies, eesnäärmes, veresoonte epiteeli kaltsifitseerumist.
Nanobakterid artefaktid?
9
PROKARÜOOTIDE
KIRJELDAMISEL
JA
SÜSTEMATISEERIMISEL
KASUTATAVAD TUNNUSED
1. Morfoloogilised ( ehituslikud )
1. Raku kuju
2. Agregatsioon (kogumite moodustumine)
3. Kapsli olemasolu
4. Jätkete olemasolu (Caulobacter)
5. Raku suurus
6. Koloonia morfoloogia (kolooniatel omad tunnused- nt. serv lainjas või sile.
Söötme koostis- sahharoosiga moodustavad mõned bakterid (osa streptokokke,
Leuconostoc) väga limased kolooniaid)
7. Värvumine Grami järgi
8. Piilide ja viburite olemasolu
9. Endospooride esinemine ja paiknemine
2. Füsioloogilised ja metaboolsed (ainevahetuslikud)
1. Süsiniku- ja lämmastikuallikate kasutamine (nt. glükoos, sahharoos , etanool)
2. Kasutatavad energiaallikad (valgus, keemilised ained)
3. Käärimisproduktide loomus ( happed , alkoholid, gaasid)
4. Peamine toitumistüüp (heterotroof, fototroof jne.)
5. Temperatuurinõudlis (külmalemb, kuumalemb)
6. Liikuvus (vedel keskkond, tahke pind)
7. Osmotolerantsus ( osmootse rõhu talumine)
8. Suhtumine hapnikku ( aeroob , anaeroob, fakultatiivne anaeroob- saab elada nii
aeroobses kui ka anaeroobses keskkonnas)
9. pH taluvus
10. Soolataluvus ( halofiilid , halotolerantsed)
11. Sekundaarmetaboliitide ( antibiootikumid jne.) moodustamine
12. Tundlikkus antibiootikumitele
13. Varuainete loomus
3. Biokeemilised
1. Rakukesta keemilised komponendid
2. Pigmentatsioon (Serratia marcescens- prodigiosiin. Antibiootilised omadused)
3. Membraansete lipiidide tüüp (ester- või eeterlipiidid)
4. Teatud ensüümide süntees (S. aureus - katalaaspositiivne bakter. Katalaas
lagundab vesinikperoksiidi)
5. Tsütokroomide spekter
6. Klorofüllide spekter
4. Ökoloogilised
1. Tüüpilised elupaigad
2. Kooselu teiste organismidega
3. Patogeensus
5. Genotüübilised (genoomi suurus, GC% DNAs)
6. Makromolekulide
järjestused
(täisgenoomid,
teatud
geenide
järjestused,
valgujärjestused). Peamiselt võrreldakse geenijärjestusi, kasutatakse ka valgujärjestusi.
rRNA geenid on head evolutsioonilised markerid, sest nende järjestused on
evolutsiooni käigus vähe muutunud (konservatiivsus). Ribosoom - konservatiivne
organell .
10
Bakterite rRNA ultratsentrifuugimisel eraldub 3 erinevat rRNAd : 23S, 16S ja 5S. Nende
pikkused on ca 3000, 1500 ja 120 nt. Eriti oluline on 16S rRNA. Selle molekuli järjestuste
võrdlemisel baseerub kaasaegne bakterisüstemaatika.
DNAde homoloogsuse (järjestuste sarnasuse) võrdlemine bakteritel võimaldab määratleda
bakterite kuuluvust ühte liiki. Ühte liiki kuuluvatel tüvedel on DNA homoloogsus 70% või
enam. Valgujärjestuste võrdlemisel saab ennustada, millised valgud on pärit
sugulusorganismidest.
Bakterite liigid
Kirjeldatud ca 6000-7000 liiki, ilmselt on 100-1000x rohkem liike.
1995 sekveneeriti esimene bakteri genoom - Haemophilus influenza.
Valke kodeerivate geenide DNA järjestustelt on võimalik tuletada valgu aminohappeline
järjestus. Määratud DNA järjestusi ja valgujärjestusi säilitatakse andmbaasides. Geenipank.
Kakaouba fermenteeriv bakter Acetobacter pasteurianus. Genoomi suurus oli 2.8 Mb + 7
plasmiidi. rRNA operone 5 korduses.
Endoploügalakturonaas langundab pektiini. Pektiini lagundamine on vajalik kakaoubade
fermentatsioonil.
Kaasaegne prokarüootide süsteem
Baseerub 16SrRNA geenide järjestustel
Bakteritel 29 hõimkonda, arhedel 5 hõimkonda.
11
BAKTERITE KUJURÜHMAD
1. Kerabakterid e. kokid
2. Pulkbakterid e. batsillid
3. Kruvibakterid e. spiraalsed bakterid (lühemad (vibrioonid) ja pikemad (spirillid))
4. Keeritsbakterid (spiroheedid)
Niitjad bakterid, viljakehi moodustavad bakterid, mütseeli moodustavad bakterid
(aktinobakterid), paljukujulised (pleomorfsed). Jätkedega bakterid.
RAKUKUJUD JA NENDE EELISED NING PUUDUSED KESKKONDADES
Kokid- kerakujulised bakterid.
Esinevad ühekaupa, kuid mõned liigid moodustavad ka püsivaid agregaate.
Kokkide eelised ja puudused
Väiksem eripind. Vastupidavamad kuivusele ja osmootse rõhu muutustele keskkonnas.
Mullas, kus keskkonnatingimused on väga muutlikud (toitainete konstentratsioon
mullalahuses muutub, muld kuivab sageli läbi jne.) on sageli rohkesti kokke.
Kuna toitumisel liiguvad ained läbi raku pinna, siis on ainete transpordimahud kokkidel
suhteliselt väikesed- aeglasem kasv.
Ei ole head pinnale kleepuvad- tasase pinnaga vähe kokkupuutepinda. Seda võiks parandada
lima eritamine rakkude pinnale.
Ümarad bakterid ei ole nii head ujujad kui pulkbakterid kokkidel on harva vibureid.
Teatud juhtudel jäävad rakud peale pooldumist kokku ja moodustavad agregaate e. kogumeid.
Oluline diagnostiline geneetiliselt määratud tunnus. Agregaate moodustavad kõige enam
kokid. Kui kokid poolduvad ühes tasapinnas ja moodustunud rakud jäävad kokku, siis
moodustuvad agregaadid: kaksikkokid (diplokokid) ja ahelkokid (streptokokid). Enamus
perekonna Streptococcus liike on ahelkokid (streptokokid). Kokkide ahelaid moodustab ka
Thiomargarita namibiensis. Nelikkokk e. tetraad- paljunemine on kahes teineteisega ristuvad
tasapinnas. Plaatjad agregaadid. Lampropedia moodustab plaatjaid agregaate. Puhastab
reovett fosforist: kogub aktiivmudas rakku polüfosfaadi (polümeriseeritud ortofosforhape)
terasid. Kuupjad agregaadid- sartsiinid. Pooldumine toimub kolmes teineteisega ristuvas
tasapinnas. Püsib koos tänu agregaadivälistele katetele ( Sarcina ventriculi- katteks rakuväline
tselluloos ). Kobarkokid- stafülokokid. Agregaadid ebakorrapärased ja meenutavad
viinamarjakobarat. Staphylococcus aureus- nahamikroob. Vistikud, nahamädanikud.
Pulkbakterid e. batsillid.
Tüüpilised pulkbatkerid on silindrikujuline ja ümardatud otstega. Võivad agregeeruda
kettideks (streptobatsillid). B. anthtracis- rakud aheldunud kettideks. Paljud pilkbakterid
moodustavad endospoore. Spoorid võivad paikneda mitmeti: spoor on raku keskel ega paisuta
rakke, või spoor paisutab rakku ja asub kas raku keskel või otsas. Rakuotsad võivad olla
ümarad, tömbid või teritatud. Cytophaga- tselluloosi lagundaja. Pulkbakterite rakud võivad
12
olla konarlikud. Bifidobakterite pulkjad rakud on konarlikud ja otsast hargnenud (hieroglüüfi
moodi). Kasulikud soolebakterid ja neid lisatakse probiootilistesse toodetesse (biojogurt).
Pulkbakterite eelised ja puudused
Suur eripind, sama ruumala. Parem kontaks keskkonnaga. Kiirem kasv.
Pikad saledad pulgad kleepuvad hästi pinnale. Palju kleepumispinda.
Tundlikkus osmootse rõhu suhtes- kuivavad kergesti.
Viburid levinud, head ujujad.
Spiraalsed bakterid- spirillid ja vibrioonid.
Vibrio cholerae. Helicobacter pylori. Campylobacter jejuni- soolepatogeen. Aquaspirillum-
väga suur spirill. Sees magnetteradest „ varras “ orienteerub magnetväljas.
Spiraalsete bakterite eelised ja puudused
Eelis veekeskkonnas liikumisel Kui hoida Aquaspirillum serpens’it kaua aega tardsöötmel,
ilmuvad populatsiooni mutandid (pulgakujulised).
Spiroheedid ehk keeritsbakterid
Väga peenikesed, rakk on pikk. Treponema. Leptospira.
Keeritsjad kuju tekib täna valguliste fibrillide keerdumisele ümber raku.
Niitjad bakterid
Rakud peale jagunemist jäävad kokku. Ühine väliskiht/toru/ tupp . Niiti võib katta pealt
polüsahhariidne õhuke kate või paks limakapsel . Kõik rakud niidis on ühesugused.
Iseloomulik on libisev liikumine.
Sphaerotilus’e kinnitunud niidist rakkude jagunemisel väljalükatavad rakud (goniidid)
kasvatavad endale viburid ja ujuvad kinnitunud niidist eemale. Soodsas keskkonnas nad
kinnituvad, kaotavad viburid, hakkavad jagunema ja annavad alguse uuele niidile.
Leptothrix.
Beggiatoa. Kemolitoautotroof, kogub väävlitilku rakkudesse. Suuremõõdulistel isenditel on
rakkused nitraadivakuoolid hingamine , tsütoplasma aktiivse mahu vähendamine. Niidi
diameeter üle 100 µm.
Leucothrix. Ebasoodstate keskonnatingimuste mõjul niidi rakud ümarduvad ja muutuvad
goniidideks, mis vabanevad niidi tipuosas. Goniidid liiguvad tahkel pinnal libisevalt,
kinnituvad, moodustvad kinnitusplaadi ja moodustavad uue niidi. Kui goniide on rohkesti, siis
nad võivad omavahel kinnitusplaatidega agregeerida ja moodustada roseti.
Mõnedel niitjatel tsüanobakteritele on niidis ka erineva funktsiooni ja morfoloogiaga rakke
(spoorid e. akineedid - talub ebasoodsaid tingimusi; heterotsüst- fikseerib õhulämmastikku
N2).
13
Punguvad ja jätketega bakterid
Mõnede bakterite rakkudel on jätked, mis on kas raku väljakasved (jätketesse ulatub
rakumembraan ja tsütoplasma) või koosvevad kas valgust või eritatud limast.
Kinnitumisfunktsioon.
Jätked võivad bakteritel olla seotud ka paljunemisviisiga – pungumisega. Punguvatel
bakteritel võivad pungad moodustuda kas vahetult emarakule või emarakust moodustuva
jätkele.
Planctomyces. Valguline jätke, raku vastaspoolusele moodustub pung .
Verrucomicrobiom spinosum- soolatüükataoliste jätketega bakter. Leitud veest ja (eriti
arvukalt) mullast, aga ka inimese soolest.
Prosthecobacter fusiformis (prostecho- jätkega-). Jätkesse ulatub ka tsütoplasma. Perekonna
mitmel liigil on tubuliini (eukarüoodi luustruktuuri valk) geen genoomis .
Gallionella. Levinuim rauabakter. Rakk eritab rauda oksüdeerides limasaba, millesse
sadenevad oksüdeeritud rauaühendid.
Muu kujuga bakterid
Haloarcula. Õhukesed lamedad ruudus, väga suur eripind
Aktinomütseedid (aktinobakterid)
On olemas mütseel. Seentega sarnane roll looduses: orgaanilise aine lagundajad (tselluloos,
hemitselluloos, pektiin , kitiin , valgud, pestitsiidid jne.). Ilmselt lagundavad ka ligniini .
Elukeskkond on muld- sobiv elukeskkond, sest et hüüfid tungivad kasvades mullaosakeste
vahele, kus lagundavad orgaanikat. Taluvad hästi muutlikke tingimusi (moodustavad
paljunemisrakke e. koniite). Hüüfid eritavad eksoensüüme orgaanika lagundamiseks. Need
ensüümid adsorbeeruvad mullaosakeste pinnale ja püsivad kaua seal töövõimelisena.
Biotehnoloogiliselt
väga
olulised-
suurimad
antibiootikumide
produtsendid
mikroobimaailmas. Antibiootikum- relv konkurentsis mullas teiste bakterite ja seentega?
Patogeensed liigid (tuberkuloositekitaja Mycobacterium tuberculosis ja difteeriatekitaja
Corynebacterium diptheriae).
Suured genoomid . Paljudel neist on lineaarsed kromosoomid . Mõnedel on lineaarsed
plasmiidid .
Kolooniad tugevasti söötmes kinni. Õhumütseel ja substraadimütseel (kasvab pinna sisse).
Õhumütseel koosneb hüüfidest ja koniitidest. Mõnedel aktinobakteritel ümbritseb spoore kate
e. sporangium. Koniid (spoor) idaneb ja sellest kasvab välja hüüf, mis pikeneb otsast.
Moodustub substraadimütseel. Kui toitainete sisaldus keskkonnas langeb, siis hakatakse
moodustama õhumütseeli. Õhumütseeli hüüfide tipu fragmenteerudes moodustuvad koniidid .
Koniidid on säilimis- ja paljunemisvahenditeks.
Müksobakterid (myxa- kreeka k. lima)
Omapärane elutsükkel- üks osa on makroskoopiline viljakeha . Suur genoom: 2x suurem kui
E. coli oma. Gramnegatiivsed, saldedate rakkutega, painduv kest. Liiguvad tahkel pinnal
libisedes. Eritavad lima ja jätavad liikudes järele limase raja. Roland Thaxter- müksobakterite
esmakirjeldaja.
14
Toitumise järgi kahes rühmas:
1. Bakteriolüütilised. Toituvad bakteritest- võimalik isoleerida loomajäänustelt ja
rohusööjate loomade sõnnikult. Myxococcus xanthus. Müksobakterid liiguvad
hulgakesi saakbakterite poole, ümbritsevad neid ja seejärel lüüsivad nende kesta ja
toituvad saagi tsütoplasma arvelt. Saakbakterite lagundamiseks vajalik otsene kontakt
nende rakkudega. Toituvad saakraku valkudest (genoomis palju proteaaside geene),
suhktruid peaaegu kasutada ei saa. M. xanthus suudab ise sünteesida kõiki
aminohappeid va. isoleutsiin ja valiin. Nende oma valgud on valiini- ja
isoleutsiinirikkad. Neil on kasulik toituda valkudest, kust nad need aminohapped
valmiskujul kätte saavad.
2. Tsellulolüütilised. Lagundavad kristallilist tselluloosi ja toituvad taimejäänustest.
Väga suur genoom. Sorangium cellulosum- sünteesib vähemalt ühte seenevastast, ühte
kasvajavastast ja ühte bakterivastast antibiootikumi. Mullas konkureerib tselluloosi
pärast seentega ja teiste bakteritega .
Viimasel ajal on näidatud, et müksobakterid sünteesivad ka antibiootilisi aineid. Nende hulgas
on ka potentsiaalseid vähiravimeid.
Näljatingimustest koguneb ca 100 000 M. xanthus’e vegetatiivset rakku kokku ja
moodustavad viljakeha, mille sees muunduvad rakud müksospoorideks. Protsess võtab mitu
tundi aega.
Klamüüdiad
Bakterid, aga on sarnased viirustele- jaguneb peremeesrakus (rakusisene parasiit ). Väike
genoom. Elutsükkel: 2 vormi vaheldus : elementaarkeha (nakatamisvõimeline ja
väliskeskkonnas vastupidav vorm) ning retikulaarkeha (rakusisene paljunemisvõimeline
vorm).
1. Kinnitumine
2. Endotsütoos
3. Diferentseerumine (EB RB). Lüsosoom ei saa seda rünnata.
4. Inklusioon, muutumine tagasi elementaarkehadeks.
5. EB väljuvad peremeesrakust selle lõhkedes või eksotsütoosiga.
Laboris saab kasvatada koekultuurirakkudes. Energeetilised parasiidid- kasutavad
peremeesraku ATPd (ei saa ise sünteesida).
20% kopsupõletikest ja 5% bronhiitidest. Iseloomulik kuiv köha ja palaviku puudumine.
Mükoplasmad
Väikesed (5% E. coli raku ruumalast), väikese genoomiga (geene ca 500- 5x vähem kui E.
coli). Rakukest puudub pleomorfsed. Rakumembraanis võivad olla steroolid . Ise ei sünteesi
sterooli, aga väiskeskkonnast saavad neid membraani lülitada. Ilmselt eelastel rakukest
olemas, aga taandarenenud evolutsiooni käigus. Parasiitsed- väljaspool organismi
kasvatamine nõuab keerukaid söötmeid. Parasiteerivad inimestel, loomadel, lülijalgsetel ja
taimedel. Reeglina pinnaparasiidid, kuid näidatud, et suudavad raku sisse tungida .
Hingamisteede ja urogenitaaltrakti limaskestad, silm, söögitoru epiteel ja liigesed.
M. hominis ja M. genitalium on inimese suguelundite limaskestade patogeenid . Põletikud ja
sigimatus. M. pneumoniae- kõripõletik ja (VÄGA nakkav) kopsupõletik. Ureaplasma
urealyticum- uretriit , neeru- ja põiekivid.
15
EU- JA PROKARÜOOTSE RAKU VÕRDLUS. ARHEDE ERILISED
OMADUSED
Eu- ja prokarüootse raku võrdlus
Raku suurus
Eukarüootne ca 10x suurem kui prokarüootne. Eukarüootsel on membraaniga
piiritletud tuum (lineaarsed kromosoomid. Organellidel oma rõngaskromosoom)
Membraaniga ümbritsetud tuuma olemasolu
Histoonide olemasolu
Kromosoomi kuju (rõngas- või lineaarne)
Rakumembraani lipiidne koostis (esterlipiidid, eeterlipiidid, steroolide esinemine
Rakukesta tugikiudude koostis (tselluloos, kitiin, β-glükaanid, peptidoglükaan)
Rakuskeleti valgud (tubuliin, aktiin ja nende homoloogid )
Membraansed organellid (nt mitokondrid ja kloroplastid, ER jne)
Viburite ehitus
Ribosoomide tüüp
Geenistruktuur, intronite esinemine, operonide esinemine
Bakteri kromosoom - rõngaskromosoom (u. 1 mm). Nukleoid ehk tuumapiirkond . Puudub
tuumamembraan . Kokkupakitud kromosoom- vajalik, et kromosoom rakku mahuks.
Pakkimine mõjutab geeniregulatsiooni- kokkupakitud alad varjestatud (transkriptsiooni ei saa
sealt toimuda). Pakkimisel osalevad ka aluselised valgud, sama funktsioon kui histoonid . Ka
polüamiinid stabiliseerivad bakteri DNAd. Aktiivselt kasvavas rakus on „väljasopistised“
piirkonnad mida transkribeeritakse?
Mõnel bakteriperekonnal on näidatud, et nukleoid on ümbritsetud membraaniga. Tekib
midagi tuumataolist. Pirellula marina’l on see membraan ühekihiline, Gemmata’l aga
kahekihiline .
Mõnel bakteril (Borrelia burgdorferi) on lineaarsed kromosoomid ja plasmiidid.
Enamikul bakteritel on kromosoomile lisaks veel täiendavaid väiksemaid DNA
rõngasmolekule – plasmiide. Neil paiknevad geenid, mis ei ole tavaolukorras bakterile
hädavajalikud, kuid teatud tingimustes osutuvad talle kasulikuks. Plasmiididel võivad
paikneda näiteks geenid, mis kodeerivad antibiootikume kahjutustavaid ensüüme või toksiine .
Näiteks siberi katku tekitaja Bacillus anthracis virulentsusgeenid (geenid, mis kodeerivad
paksu kapsli sünteesi ja toksiine), paiknevad kahel virulentsusplasmiidil. Kui bakterist
eemaldada need kaks plasmiidi, siis saame bakteri, kes on geneetiliselt eristamatu
mittepatogeensest Bacillus cereus ’est.
Rakumembraan- fosfolipiidide kaksikkiht, sisaldab täiendavaid valke (sukeldatud,
transmembraansed). Mükoplasmadel on rakumembraan väliseks piirdeks. Bakterite
membraanis esterlipiidid, arhedel on eeterlipiidid (mis on tunduvalt rohkem vastupidavad ja
on ÜHEKIHILINE)
Eukarüootide membraane stabiliseerivad steroolid. Prokarüootidel reeglina steroolid
puuduvad ja neid asendavad steroolitaolised hopanoidid. Streoolid on bakteritel leitud vaid
mõnedes perekondades Stigmatella, Methylosphaera, klamüüdiad, Gemmata. Ka
16
mükoplasmade membraanides on steroole, kuid nad ei sünteesi neid ise, vaid kasutavad
peremeesorganismi omi.
Jäigem membraan on eriti vajalik rakkudele, millel puudub kest, eriti suurerakulistele
vormidele . Kui kunstlikele fosfolipiidmembraanidele lisati steroole, siis muutusid nad palju
jäigemaks!
Terve rida seenevastaseid antibiootikume (nt nüstatiin) seostub steroolidega membraanis,
augustades membraani.
Bakterite membraanidest on leitud steroolitaolisi hopanoide. Erinevalt steroolide sünteesist, ei
vaja hopanoidide süntees hapnikku. Seetõttu on hopanoide nii aeroobsete kui ka anaeroobsete
bakterite membraanis.
Rakuskelett
Eukarüootsed rakud kasutavad kuju hoidmiseks, rakkude jagunemiseks ja liikumiseks
tubuliini ja aktiini filamente – rakuskeletti. Need filamendid on dünaamilised – pikenevad
valgumomomeeride juurdelisamisega ja lühenevad monomeere eemaldades. Kaua aega arvati,
et erinevalt eukarüootidest prokarüootidel rakuskeletti ei ole. 1990-ndatel aastatel leiti
bakteritest nii tubuliini kui ka aktiini valkude homoloogid. Leitud ka arhedest.
Tubuliini kauge homoloog- FtsZ (osalev bakteriraku jagunemises, tekitades FtsZ valkudest
koosneva rõnga raku jagunemistasapinnale). Rõngas tõmbab kokku valgu monomeeride
eemaldamisega sellest vajalik tütarrakkude eemaldamiseks. FtsZ osaleb nt. mitokondri ja
kloroplast jagunemisel. FtsZ on GTPaas: seondub GTPga, hüdrolüüsib seda ja kasutab sealt
saadud energiat.
Eukarüootses rakus osalevad tubuliinist koosnevad mikrotuubulid ( mikrotorukesed ) näiteks
kromosoomide jagunemises mitoosis (moodustavad mitoosikäävi), nad esinevad ka viburite ja
ripsmete basaalkehades, pannes viburid ja ripsmed liikuma. Mikrotuubulid moodustuvad α- ja
β-tubuliini heterodimeeridest. Polümeriseerimisreaktsiooniks on vajalik tubuliini dimeeri
seostumine GTPga, torukeste depolümeriseerimiseks aga GTP hüdrolüüs GDPks. FtsZ ei
agregeeru mikrotuubuliteks.
Prosthecobacter- genoomis geen, mille järjestus väga sarnane eukarüoodi tubuliini geeniga,
aga neil on ka olemas FtsZ geen. Artubuliinid (Nitrosoarchaeum genoomis on teubuliini
geene, mis kõige sarnasemad eukarüootide vastavatele geenidele ).
Aktiin. Aktiinifilamendid koosnevad eukarüootidel kahest aktiininiidist, mis moodustavad
helikaalse struktuuri. Niitide assambleerimine vajab ATP energiat. Aktiin osaleb
eukarüootides lihaste töös, raku liikumises, raku jagunemises.
Prokarüootidest (bakterid, eurüarhed) on leitud aktiinile sarnaseid valke, näiteks MreB, mis ka
agregeerub niidiks, kuid niit pole helikaalne. MreB niidid paiknevad rakumembraani all,
enamasti spiraalina ja vastutavad raku kuju eest. Kreaktiin- arhede ürgne aktiin. Väga sarnane
eukarüootide aktiinile. Moodustab rakus spiraalse filamendi, vajab momomeeride
polümeriseerumiseks ATPd. Ilmselt vajalik raku kuju hoidmiseks
Rakukest. Kaks komponenti- struktuurifibrillid ja nendevaheline maatriks . Struktuurifibrillid
koosnevad taimerakul tselluloosist, seenerakul 1,3- beeta-glükaanidest, bakterirakul aga
peptidoglükaanist. Erandiks klamüüdiad, Planctomyces, Pirellula ja Gemmata (nende
rakukest koosneb valkudest).
Mitmed organellid eukarüootses rakus arvatakse olevat bakteriaalset päritolu – moodustunud
ürgsesse eukarüooti neelatud bakteritest. Mitokondri eellaseks peetakse ürgset alfa-
proteobakterit. Mitokondril on 70S ribosoomid .
17
Eukarüootide kloroplasti eellaseks peetakse ürgset tsüanobakterit. Ka kloroplastis on oma
ribosoomid, 70S tüüpi ja rõngaskromosoom.
Bakterite ja arhede rakkudel puuduvad eukarüootidele omased organellid: mitokondrid, Golgi
kompleks , plastiidid , endoplasmaatiline võrgustik, mikrotuubulitest rakuskelett.
Bakteritel on aga olemas selliseid organelle, mis eukarüootidel puuduvad. Näiteks on
bakteritel valgulise membraaniga ümbritsetud sigarikujulised aerosoomid, mis paiknevad
kogumitena- gaasivakuoolidena. Fotosünteesivatel rohebakteritel on klorosoomid, milles
paikneb
osa
fotosünteesipigmentidest.
Autotroofsetel
bakteritel
on
kirjeldatud
karboksüsoomid, mis sisaldavad ribuloosdifosfaadi karboksülaasi ja osalevad CO2
autotroofses sidumises.
Ribosoomid
Eukarüootsel 80S (40S + 60S), prokarüootsel (ning eukarüootide organellides ) 70S (30S +
50S). S- Svedbergi koefitsent- osakese sadenemise kiirus tsentrifuugimisel. Bakteriribosoom
on paljude antibiootikumide märklauaks.
Ribosomaalsete RNAde (16S rRNA ja 18S rRNA) geenide järjestuste võrdlemine võimaldas
eluslooduses eristada kolme domeeni. Need RNAd on ribosoomi väikese subühiku
koosseisus .
Viburid
Nii eu- kui ka prokarüootsetel rakkudel. Basaalkeha- valgulised kettad (1 või 2 paari; arv
sõltub rakukesta ehitustüübist). Bakteritel paneb viburi pöörlema prootonite voog läbi viburi
basaalkeha (eukarüootide ja arhede viburid töötavad ATP hüdrolüüsist saadud energiast).
Geenistruktuur
Eukarüootide geenides vahelduvad kodeerivad alad ( eksonid ) mittekodeerivatega ( intronid ).
Intronid eelmaldatakse tuumas (splaissing). Küps mRNA transporditakse tuumast
tsütoplasmasse, kus toimub valgusüntees (translatsioon).
mRNA protsessimine:
1. 5’ otsa 7-metüülguanosiini „mütsi“ lisamine
2. 3’ otsa pol(A)saba lisamine
3. RNA splaissiming, mille käigus splaissosoom eemaldab intronid ning liidab kokku
järelejäänud eksonid.
Prokarüootidel on geenid pidevad ning mitu samas reaktsiooniahelas osalevat geeni
paiknevad järjestikku (moodustavad operoni) ning transkriptsiooni nendelt reguleeritakse
ühise promootoriga. Sünteesitakse ühine mRNA, millelt hiljem transleeritakse iseseisvad
valgud.
18
Prokarüootide ja eukarüootide võrdluse koondtabel
Tunnus
Prokarüoot
Eukarüoot
Fülogeneetiline rühm Bakterid ja arhed
Vetikad ,
seened
algloomad ,
taimed, loomad
Tuum; tuuma DNA Tuumamembraan
puudub Tuumamembraan ja histoonid
organisatsioon
(erandid
Planctomyces
ja esinevad.
Gemmata). DNA ei ole seotud
histoonidega. Osadel arhedel
histoonide homoloogid.
Kromosoomide
arv, 1 rõngaskromosoom, haploidne. Mitu kromosoomi, haploidne või
kuju ja ploidsus
Borrelia
burgdorfer’il
ja diploidne
paljudel
aktinomütseetidel
lineaarne kromosoom
Tsütoplasmaatiline
Plasmiidid
DNA, mis sisaldub organellides
DNA
(mitokondrites ja kloroplastides)
Membraanid
Ei
ole
steroole
( erand Sisaldavad steroole
mükoplasmad), steroolide rollis
osadel bakteritel hopanoidid.
Arhedel eeterlipiidid, bakteritel
esterlipiidid.
Hingamisaparaat
Paikneb
rakumembraani Paikneb
mitokondrite
sopististes
membraanis
Ribosoomid
70S
80S, organellides 70S
Rakuskelett
Tubuliini ja aktiini homoloogid, Tubuliin ja aktiin, mikrotuubulid
FtsZ ja MreB. Mikrotuubulid olemas.
reegline puuduvad.
Rakukest
Sisaldab peptidoglükaani
Peptidoglükaan puudub
Viburid
Üks või mitu valgulist fibrilli
Iga
vibur
koosneb
20
mikrotuubulist (paiknemisskeem
2x9 +2)
Intronid geenides
Esinevad harva
Esinevad sageli
Membraansed
Ei esine
Mitokondrid,
ER,
Golgi
organellid
kompleks
Lihtsa membraaniga Gaasivakuoolid,
klorosoomid, Puuduvad
organellid
karboksüsoomid
19
Arhede iseärasused
Hakati rääkima 1970ndatel aastatel- mõned prokarüootide rühmad olid palju erinevad teistest
rühmadest ning palju ühiseid jooni eukarüootidega. Juba siis teati, et osadel prokarüootidel on
eeterlipiidid membraanis ja paljudel ka ebatavalised (näiteks valgulised) kestad .
Carl Woese. 1977 aastal ilmusid Carl Woese’i tööd selle kohta, 16S rRNA järjestuste
võrdlemisel eristus osa prokarüoote eraldi rühmana. Arhedeks hakati nimetama rühma, kelle
16S rRNA geenid olid järjestuselt suhteliselt sarnased eukarüootide 18S rRNA omale.
Arhed ehk arhebakterid ehk ürgid. Archaios tähendab kreeka keeles ürgne. Arvatakse, et
arhed on suhteliselt sarnased oma 3-4 miljardit aastat tagasi Maal elanud esivanematele, nad
on aeglaselt evolutsioneerunud elasid ekstreemsetes keskkondades (arhed on
ekstremofiilid). Bakterid on kiiremini evolutsioneerunud ja nende tänapäevased esindajad on
ilmselt küllalt erinevad oma eellastest.
Eukarüootide ja prokarüootide lipiidid on esterlipiidid, ARHEDE LIPIIDID ON
EETERLIPIIDID.
Arhedel (just eüarhedel) leitud valgud, mis on järjestuselt sarnased eukarüootide histoonidele.
Arhede domeeni kaks oluliseimat hõimkonda on Euryachaeota ja Crenarchaeota. Eurüarhede
hulka kuuluvad metanogeenid (metaboliseerivad metaani; ainult arhedele iseloomulik tunnus),
halofiilid (soolalembesed; rakukest vajab soolast keskkonda) ja väävlit metaboliseerivad
liigid. Krenarhed on ürgsemad.
Halofiilsed arhed (näiteks perekond Halobacterium) sünteesivad ATPd valgusenergia arvel,
kasutades selleks mitte klorofülli, nagu taimed ja teised fotosünteesivad bakterid, vaid punast
pigmenti bakterirodopsiini. Bakterirodopsiin (arhede fotosünteesi pigment ) paikneb
punatäppidena rakumembraanis ja tema vahendusel toimub valgusenergia muundamine ATP
energiaks.
Halofiilseid arhesid on isoleeritud Surnumerest, soolajärvedest, soolatud nahkadelt, lihast,
kalast , kalakastmetest jne.
Esimesed arhed, keda kirjeldati, olid äärmuslike omadustega: nad asustasid kuumi elupaiku
(hüpertermofiilid), ülisoolaseid veekogusid (äärmuslikud halofiilid), happelisi elupaiku, olid
ranged anaeroobid (metanogeenid ja väävlihingajad).
Arhed moodustavad metaani:
1. H2 + CO2
2. atsetaadist
Metaani teke toimub looduses seal, kus on neid substraate ja puudub hapnik (mudas, mullas,
loomade ja inimese soolestikus , mäletsejate loomade vatsas. Metaani tekkeks eraldub aineid
(H
) ka maakoore lõhedest vulkaanilise tegevuse tagajärejel.
2 + CO2
Kui varem arvati, et arhed elavad ainult ekstreemsetes keskkondades, siis nüüdseks on arhesid
leitud ka külmas ookeanivees, mullas, inimese soolestikus ja suuõõnes. Ilmselt on nad
looduses laiemalt levinud, kui esmalt oletati. Inimese jämesooles on suhteliselt arvukalt liiki
Methanobrevibacter smithii.
20
Pyrodictium occultum- hüpertermofiil, meelistemperatuur 105°C. Range anaeroob, oksüdeerib
vesinikku ja orgaanilisi ühendeid ja redutseerib väävlit. Teda on isoleeritud musta suitsetaja
korstnast.
Kuju poolest arhed ei eristu eriti bakteritest. Erand on lameda karbi kujulised Haloarcula ja
Haloquadratum. Väga suur eripind.
Ühised jooned bakteritega:
1. rõngaskromosoom
2. genoomi suurus (väike genoom)
3. Operonide esinemine
4. mRNA intronite puudumine
5. 70S ribosoomid
Ühised jooned eukarüootidega:
1. Histoonide esinemine
2. Eukarüootidega sarnased DNA replikatsiooni ja transkriptsiooni valgud. Bakterite
vastav protsess on lihtsam ja vastavad valgukompleksid lihtsamad
3. Tubuliini homoloogid (artubuliin)
4. Aktiini homoloogid
Eukarüootide teke: sümbioosi hüpotees
Tänapäevased eukarüootsed rakud on endosümbioosi tulemus. Esimesed tuumaga rakud
võisid moodustuda ca 1.7 miljardit aastat tagasi. Tuuma moodustumine võimaldas ohjata
suurenenud DNA hulka. Nii suure hulga DNA replikatsioon ja selle jaotamine tütarrakkude
vahel oleks rõngaskromosoomi puhul raske. Tuumamembraan ja endoplasmaatiline võrgustik
moodustusid rakumembraani sissesopististest. Seejärel “neelati” rakku organellide eellased –
bakterid. Teooria kohaselt asustasid aeroobsed bakterid ( proteobakterid ?) primitiivsete
eukarüootide tsütoplasma ja nendest said mitokondrid – raku jõujaamad. Rakud said hakata
hingama. Rakku neelatud ürgsetest tsüanobakteritest said kloroplastid. Sai alata fotosüntees.
Endosümbioosi teooriat toetavad faktid
1. Mitokondritel ja kloroplastidel on oma genoom – rõngaskromosoon, nagu bakteritel.
Tuumagenoom koosneb lineaarsetest kromosoomidest;
2. Mitokondrid ja kloroplastid sisaldavad omi ribosoome, mis on prokarüootset tüüpi
(70S), tsütoplasma ribosoomid on 80S.
Mitokondri genoom kodeerib rRNA-sid, t-RNA-sid ja mõningaid mitokondriaalse
hingamisahela valke.
Paljud mitokondri algse genoomi geenid on üle kolinud eukarüoodi tuumagenoomi. Nad on
ära tuntavad järjestuse analüüsil, kus nende kodeeritavad valgud on sarnased prokarüootide
valkudega. Mitokondri eellane oli ilmselt üks ürgne alfa-proteobakter.
Eukarüootide tuumagenoomis on nii tänapäevastele arhedele kui ka tänapäevastele bakteritele
sarnaseid geene. Kummalgi geenide grupil on erinev funktsioon ja tähtsus. Tundub, et
arhedelt pärit geenid on rakule olulisemad.
Näiteks eukarüootide tuumagenoomi geenid, mis vastutavad DNA replikatsiooni,
transkriptsiooni ja valgusünteesi eest, on sarnased arhede vastavatele geenidele. Neil geenidel
on ülitähtis roll. Samas ainevahetuse ja energeetika eest vastutavad geenid on enamasti
21
sarnased bakterite geenidele. Pagaripärmil (ca 6000 geeni) on olemas mutantide kollektsioon,
milles on geenid ühekaupa välja lülitatud – igas mutandis üks geen. Osa sellistest
deletsioonimutantidest ei ole eluvõimelised, neid nimetatakse letaalseteks mutantideks.
Selgus, et enamasti põhjustasid surma mutatsioonid neis geenides, mis olid arhede päritoluga.
Seega, need geenid on elutähtsamad kui bakteritelt pärit geenid. Ka on arhede päritoluga
geenid kõrgemalt ekspresseeritud – seega rakule vajalikumad.
Ka inimese genoomis on geene, mis on kõige sarnasemad kas arhede või siis bakterite
geenidele. Kui otsiti üles samad geenid hiire genoomis ja tehti vastavad knockout hiired, siis
arhedelt pärinevate geenide inaktiveerimine osutus enamasti surmavaks, bakteritelt pärinevaid
geene sai inaktiveerida, ilma et hiir sureks.
Huvitav oli ka see, et arhede päritoluga geenid osalevad võrgustikes arhede päritolu
geenidega , bakteriaalset päritolu geenid aga bakteriaalset päritolu geenidega.
Tegelikult moodustavad võrgustiku mitte geenid, vaid geeniproduktid (valgud), mis rakus
omavahel interakteeruvad. Nad sobivad hästi omavahel koos töötama.
22
BAKTERIRAKU MEMBRAAN, KAPSEL JA KEST
Rakumembraan- koosneb fosfolipiidide kaksikkihist, kuhu on sukeldatud valgud.
Rakumembraani funktsioonid
1. Ainete transport rakku ja eritamine rakust- suure eripinna tõttu mahub väikeste
mikroobide membraani palju transportereid.
2. Biosünteetiline funktsioon. Membraanis toimub membraansete lipiidide, rakukesta ja
kapsli komponentide süntees (ja valgusüntees- membraaniga seotud ribosoomidel.
3. Energeetiline funktsioon. Membraanis paiknevad energia hankimises osalevad valgud,
elektrontransportahela
mittevalgulised
komponendid
(nt
kinoonid ),
fotosünteesiaparaat purpurbakteritel. Membraan on ioongradiendi tekke eelduseks, mis
omakorda energiseerib enamikku rakuprotsesse. Laetud membraan (membraanist
väljas on +laeng, raku sees on -laeng- võimaldab teha tööd (ATP süntees).
4. Membraanil on lookused kromosoomi ja plasmiidide kinnitamiseks (vajalik nende
replikatsiooniks ja jaotumiseks tütarrakkude vahel)
5. Viburite kinnitamine rakule ja viburi töölepanek.
Rakukesta (cell wall) ehitus
1. Mükoplasmad: rakukest puudub.
2. Grampositiivsed bakterid: rakukest paks, koosneb peamiselt peptidoglükaanist.
3. Gramnegatiivsed bakterid- rakukest mitmekihiline, peptidoglükaani rakukestas vähe,
rakukestas välismembraan.
4. Valgulise kestaga bakterid (osad arhed, Planctomycese rühm, klamüüdiad).
Peptidoglükaan puudub.
GRAMREAKTIIVSUS NÄITAB RAKUKESTA EHITUSTÜÜPI!!!
Rakukesta funktsioonid
1. Mehhaaniline kaitse (kaitseb RAKU SEEST tuleva surve eest: raku sees kõrge
osmootne rõhk, 2-5 atm ning isegi rohkem)
2. Väliskuju säilitamine- rakukest (just peptidoglükaankiht selles) määrab raku kuju
(kesta eemaldamisel võtavad kõik rakud kera kuju).
3. Viburi toestamine
4. Kleepumine pinnale ( adhesiinid - kleepimisvõimelised ained/molekulid- seotud
kestaga)
5. Antigeensete omaduste määramine (lipopolüsahhariidid)
Bacillus megaterium- pulkbakter. Vasakul näha tema aheldunud rakud. Kui rakke töödelda
lüsotsüümiga (lüüsida kesta tugivõrgustik) ja rakkude keskkonnale lisada osmootse rõhu
tõstmiseks sahharoosi, siis võtavad rakud kera kuju ja ei lõhke. Kui panna sellised rakud
destilleeritud vette, siis nad lõhkevad.
Erinevate rakkude kestas on kaks põhikomponenti: tugifibrillid (tugikiud) ja maatriks. Võib
võrrelda raudbetooniga: fibrillideks on raudvarvad ja maatriksiks betoon . Bakteriraku kesta
tugifibrillid on peptidoglükaanist.
β-1,4-glükosiidside- peptidoglükaanahela „ehituskivid“. Moodustab tugifibrillid.
N-atsetüülmuraamhappe (NAM) külge seostub piimhappe jäägi kaudu tetrapeptiid, mille
vahendusel toimub paralleelsete glükaanahelate seostumine omavahel. NB! L- ja D-
aminohapped vahelduvad tetrapeptiidis. Võimalik, et see on bakteri kaitsemehhanism
proteaaside vastu (valgud on ainult L-aminohapped). Peptidoglükaanahelate omavaheliseks
seostamiseks (võrgu moodustamiseks) sünteesitakse peptiidside ühe ahela tetrapeptiidi
23
kolmandas positsioonis oleva aminohappe aminorühma ja naaberahela tetrapeptiidid
neljandas positsioonis oleva D-Ala karboksüülrühma vahele. Selline peptidoglükaanahelate
ühendamine (otsene) on omane gramnegatiivsetele bakteritele.
Peptidoglükaanvõrgustiku lihtsustatud skeem ühel pulkbakteril (näiteks Escherichia coli’l).
Paralleelsed jooned on glükaanahelad, mis koosnevad beeta-1,4-glükosiidsidemega seotud N-
atsetüülglükoosamiinist (NAG) ja N-
atsetüülmuraamhappest
(NAM).
Nooltega on tähistatud peptiidsillad,
mis
seovad
paralleelsed
ahelad
võrguks. Sellel mudelil siin on
peptidoglükaanahelad
risti
raku
pikiteljega.
Ca 40 aastat on selle teema kallal tööd
tehtud ja on välja pakutud kolm
mudelit: Paralleelsete ahelate mudel
(A), tellingumudel (B)
(TELLINGUMUDEL EI KLAPI; PEPTIDOGLÜKAANI KIHI PAKSUS EI SOBI), ja
ebaregulaarse võrgustiku mudel (disorganized layered) (C). Disahhariidsed ehituskivid
(rohelised) on ca 1-nm pikad, peptiidahelad (sinised pulgad) on ca 4 nm pikad.
Glükaanahelate pikkused varieeruvad (3-14 disahhariidset ehituskivi) nagu on kromatograafia
( HPLC ) näidanud.
Gramnegatiivsete bakterite peptidoglükaanvõrk on ühekihiline, erineva pikkusega
glükaanahelad paiknevad risti raku pikiteljega, kuid nad ei ole päris paralleelsed ja nende
vahed pole päris ühesugused. Glükaanahelad on võrgustikuks liidetud peptiididega, mis
võimaldavad “koti” venimist raku pikisuunas .
Peptidoglükaani koostis ja paksus
G(+) bakteritel toimub ahelate ühinemine pikemate peptiidsildade kaudu. S. aureus’el on
glütsiinist koosnev peptiidsild- pentaglütsiin. OLIGOPEPTIIDSE SILLA KOOSTIS
VARIEERUB ERINEVATEL BAKTERITEL TUGEVASTI.
β-1,4-glükosiidsidet NAM ja NAG vahel peptidoglükaani glükaanahelas saab lüüsida
lüsotsüümiga. Peptidoglükaani sünteesi takistavad mitmed antibiootikumid, näiteks
penitsilliin. Kahjustatud peptidoglükaaniga rakud lõhkevad, sest rakusisene osmootne rõhk on
kõrgem, kui rõhk väliskeskkonnas.
Lüsotsüüm (lüsosüüm) on ensüüm, mis lüüsib bakterite kestas peptidoglükaanahelas beta 1-4
glükosiidsidet. Seda ensüümi leidub inimese paljudes kudedes ( pisarad , veri, sperma jne). Oli
esimene ensüüm, mille kristallstruktuur välja selgitati (1974. aastal). Ensüüm puhastati välja
24
munavalgest. Ensüümi roll: hävitada baktereid. Juhuslik avastus: A. Fleming. Lüsotsüümi
toimet testitakse tavaliselt Micrococcus luteus’el, kes on väga tundlik sellele ensüümile.
Peptidoglükaanvõrk on gramnegatiivsetel bakteritel õhuke (nähtavasti ühekihiline),
grampositiivsetel bakteritel aga paks (max 25 kihti). Sellel erinevusel baseerub ka nimetatud
bakterite erinev värvumine Grami järgi.
Grampositiivne- peptidoglükaani kiht paks, värvub lillakasssiniseks. Stafülokokid,
Bacillus antracis
Gramnegatiivne- peptidoglükaani kiht õhuke, värvub punaseks. E. coli
Gramnegatiivsetel bakteritel on õhuke rakukest, mille peal paikneb täiendav kesta kiht-
välismembraan.
Rakumembraani
ja
välismembraani
vaheline
ruum-
periplasma/periplasmaatiline ruum. Ei ole tühi ruum. E. coli’l paikneb periplasmas ca 370
erinevat valku. Võrdluseks: välismembraanis ca 150 valku.
G(-) bakterite rakukest on mitmekihiline, 10-20 nm paksune. Ta koosneb: õhukesest
peptidoglükaankihist (1-3 kihti, paksus ca 4 nm), selle peal olevast välismembraanist, mis
meenutab rakumembraani, kuid sisaldab erinevalt sellest lipopolüsahhariide ning
lipoproteiinidest, mis seovad peptidoglükaankihti välismembraaniga. Välismembraan takistab
hüdrofoobsete ainete (AB rifamütsiin, erütromütsiin) tungimist läbi membraani (nad peavad
leidma tee lipopolüsahhariidide hüdrofiilsete ahelate vahelt). Seetõttu ei saa näiteks ka
rasvade emulgeerija sapp lüüsida G(-) bakteri välismembraani. Välismembraanis on ka
valguline poor . Selle kaudu tungivad rakku väikese molekulmassiga (kuni 600 Da) vees
lahustuvad (hüdrofiilsed) ained. Tänu välismembraanile on gramnegatiivsed bakterid
vähetundlikud paljudele antibiootikumidele (näiteks mitmed penitsilliinid, erütromütsiin).
Välismembraani seovad periplasma peptidoglükaankihiga lipovalgud (lipoproteiinid).
Lipiidosaga ulatuvad nad välismembraani lipiidikihti ja valgulise osa kaudu on kovalentselt
(peptiidsidemega) seotud peptidoglükaaniga.
Lipopolüsahhariidid
annavad
bakteritele
seroloogilised
(antigeensed)
omadused.
Lipopolüsahhariidid (just lipiidosa, lipiid A) on toksilised inimesele, põhjustades palavikku ja
lööbeid. Näiteks LPS on olulised toksilisuse põhjustajad katkutekitajal (Yersinia pestis) ja
Salmonellal. Osadel G(-) bakteritel puuduvad lipiid A-l mõned spetsiifilised piirkonnad,
seetõttu pole nende LPSd toksilised.
Lipopoüsahhariide nimetatakse ka endotoksiinideks. Vabanevad verre näiteks siis, kui
bakterid lüüsuvad. Põhjustavad inimesel palavikku, põletikku ja šokki.
G(+) bakterite rakukest koosneb:
paksust (20-80 nm) peptidoglükaankihist, mis moodustab kuni 80% rakukesta massist,
Kestateihhuuhapetest, mis läbistavad peptidoglükaankihti,
Lipoteihhuuhapetest, mis seostuvad ka membraani lipiidkihiga.
Vähesel määral periplasmat.
Teihuuhapped (teichoic acid) on glütserool- või ribitoolfosfaadi polümeerid. Monomeeride
vahel fosfodiestersidemed. Kovalentselt seotud peptidoglükaani muraamhappe jäägiga.
Lipoteihhuhapped on seotud rakumembraani lipiidkihiga. Teihhuhapete vabadele
hüdroksüülidele seostuvad mitmesugused jäägid, nagu suhkrud ja aminohapped. Ulatuvad
välja raku pinnale, neile saavad adsorbeeruda faagid- „tutvustavad“ rakku immuunsüsteemile.
25
Negatiivse laenguga ja annavad raku pinnale negatiivse laengu. Osalevad ka patogeensetel
bakteritel seostumisel inimese kudedega .
Kasvavas rakus toimub pidevalt vana peptidoglükaani hajus lõhkumine ja uue sünteesitava
materjali vahele paigutamine. G(+) bakteritel toimub see kasv ilmselt seest väljapoole:
välimised kihid lüüsitakse, seespoolt sünteesitakse juurde uusi kihte.
Erandlikud rakukestad on arhedel. Graampositiivselt värvuvate arhede rakukestast on leitud
spetsiifilist peptidoglükaani, nn pseudomureiini. Selles puuduvad D-aminohapped ja
muraamhape. Glükaanahelas on suhkrujääkide vahel β-1,3-side (bakteritel β-1,4). EI LÜÜSU
LÜSOTSÜÜMIGA. Mõnel arhed (soolalembesed ehk halofiilid) on valguline rakukest;
koosneb happelistest valkudest. Põhiliselt valkudest koosnev rakukest on ka klamüüdiatel ja
Planctomyces hõimkonna esindajatel. Mõnel bakteril (nt. Deinococcus) on kest, mis on g(+)
ja G(-) kesta vahepealne: paks peptidoglükaan ja välismembraan (paks peptidoglükaani kiht
värvuvad G(+). Eriti kiirgusresistentne).
Mükoolhappeid sisaldavad rakukestad- mõned G(+) Actinobacteria perekonda kuuluvatel
bakteritel (Mycobaterium, Corynebacterium, Nocardia, Rhodococcus) on erilised
hüdrofoobsed kestad. Koosnevad peptidoglükaanist, polüsahhariididest, mükoolhapetest.
Peptidoglükaankihi peal lipiidne (mükoolhapetest) membraan. Välismembraanis vähe
valgulisi hüdrofiilseid poori resistentsed vees lahustuvate antibiootikumide vastu.
M. tuberculosis jääb makrofaagides ellu.
Seened- rakukesta põhilised komponendid on β-glükaanid ja kitiin. Glükosüülitud valgud, aga
need ei ole ainult seentele iseloomulikud.
Kapsel- kapsel katab rakku väljast. Väga hüdrofiilsed.
Kapsli paksus
1. Mikrokapslid (paksus 0,2 µm).
Kapsli funktsioonid
1. Kaitseb rakku kuivamise eest.
2. Takistab faagide adsorbeeumist rakule.
3. Kaitsef fagotsütoosi eesti.
4. Liidab rakke (niitideks ja agregaatideks).
5. Takistab hapniku difusiooni rakku.
6. Võib osaleda bakteri libiseval liikumisel.
7. Takistab toksikantide tungimist rakku.
8. Osaleb rakkude adhesioonil pindadele .
9. Seob mikroelemente (kapsel negatiivselt laetud, võib positiivselt laetud mikroelemente
siduda).
Kapsel ei takista ainete liikumist rakust sisse ega välja; EI OLE mehhaaniliseks kaitseks.
Kapslite koostis
1. Homopolüsahhariidsed- kõik ehituskivid ühesugused (näiteks koosneb ainult
glükoosi/fruktoosi jääkidest). Tüüpiline on sahharoosi kasutamine kapsli
polüsahhariidi sünteesil. Kahte sorti homopolüsahhariide sünteesitakse: glükaanid
26
(glükoos) ja levaanid ( fruktoos ). Sahharoos hüdrolüüsitakse ja sideme hüdrolüüsil
vabaneva energia arvel polümeriseeritakse kas fruktoosi või glükoosi jäägid.
Glc-Fru Glc-Glc-Glc-Glc +Fru (glükaan e. dekstraan, sünteesi viib läbi
dekstraansukraas)
Glc-Fru Fru-Fru-Fru-Fru + Glc ( levaan , sünteesi viib läbi levaansukraas)
a. Dekstraankapsel. Dekstraankapslid sünteesivad
Streptococcus
mutans,
Leuconostoc mesenteroides. S. mutans- kapsel kleebib bakteri hamba pinnale,
suhkru käärimisel moodustuv piimhape tekitab kaariest. L. mesenteroides-
ohtlik saastaja suhkru- ja kondiitritööstuses. Leuconostoc mesenteroidese poolt
sünteesitavat dekstraani (glükoosi polümeer, monomeeride vahel alfa-1,6-
sidemed) kasutatakse kromatograafias (Sephadex), toiduainetetööstuses
paksendajana ( jogurt , jäätis jne) ning ka vereasendajana meditsiinis alates 1947
aastast. Alates 1955 aastast kasutatakse dektraani sünteesil Leuconostoc’i tüve
B512, kelle dekstraanis on vähe ahela hargnemisi. Ensüüm, mis dekstraani
sünteesib on rakupinnaga seotud dekstraansukraas. Dekstraani tootmiseks
kasutatakse
bakterist
väljapuhastatud
ensüümi.
Saadud
dekstraan
hüdrolüüsitakse paraja suuruseni ja fraktsioneeritakse.
b. Levaankapsel. Streptococcus salivarius, Actinomyces viscosus, Streptococcus
mutans. toodavad sahharoosist polüfruktoosi ehk levaani (β 2-6 sidemed Fru
jääkide vahel). Levaani sünteesitakse rakukestaga seotud ensüümi
levaansukraasi abil. Ka levaan võib osaleda kaariese tekkel. Ka paljud
taimedega koos elavad bakterid (Zymomonas mobilis , Acetobacter
diazotrophicus, Pseudomonas syringae jt) toodavad sahharoosist levaani.
Levaan aitab neil taimedele kinnituda, hoiab niiskust ja on ka rakuväliseks
varuaineks.
c. Tselluloos. Ei ole populaarne . Acetobacter xylinum, Sarcina ventriculi,
Agrobacterium, Phizobium, E. coli.
2. Heteropolüsahhariidsed.
Streptokokkide
kapsel
koosneb
hüaluroonhappest.
Hüaluroonhape on heteropolüsahhariid, milles on tuhandeid suhkrujääke. Koosneb
glükuroonhappest ja NAG-st. Hüaluroonhape on inimesele omane aine (sidekude,
liigesed jne). Seega on sellise kapsliga bakter vähe immunogeenne – teda ei tunne
inimene ära kui võõrast. Arvatakse, et bakter on saanud need geenid inimeselt , kuna
inimesele on hüaloroonhape iseloomulik.
3. Valgulised kapslid . Omane perekonnale Bacillus, tselluloosi sünteesivad peamiselt
erinevad proteobakterid. Koosneb glutamiinhappest, B. anthracis’el kodeeritakse
kapsli sünteesi virulentsusplasmiidil.
27
BAKTERIRAKU ORGANELLID, SISALDISED JA VARUAINED
Raku sees paikneb bakterikromosoom (nukleoid), plasmiidid, ribosoomid, sisaldised
(varuained) ja osadel bakteritel spetsiifilised organellid (näiteks karboksüsoomid,
klorosoomid ja gaasivakuoolid). Mesosoom on rakumembraani sissesopistis. Rakule
kinnituvad viburid ja piilid .
Bakteriribosoomid
70S (30S+50S) ribosoomid. Väga palju ribosoome (7000- 70000 ), 1 sek moodustub 5-10
ribosoomi. Tsütoplasma massist võivad ribosoomid moodustada 30+%. Kõrge RNA
sisaldus tsütoplasma on happeline ja värvitav aluseliste värvidega.
Spetsiifilised organellid
1. Karboksüsoomid- avastati tsüanobaktereid uurides. Sisaldavad Rubisco ja
karboanhüdraasi (CA) agregeerunuid molekule. Esinevad autotroofsetel bakteritel.
Ümbritseb valguline kate.
2. Aerosoomid (gaasipõiekesed)- Gaasivakuoolid koosnevad valgulise membraaniga
gaasipõiekestest. Valgud membraanis on hüdrofoobsed. Hüdrofoobne membraan
takistab vee tungimist põiekesse. Gaasid difundeeruvad põiekesse ja nende koostis
seal on sama, mis väliskeskkonnas. Gaasirõhk põie sees on ca 1 at. Kui rakke töödeda
ultraheliga või tõsta rõhku, siis gaasivakuoolid lõhkevad ja rakud sadenevad.
Gaasivakuoole omavatel bakteritel (tsüanobakterid!) enamasti viburid puuduvad.
Võimaldavad bakteritel erikaalu muuta ja liikuda vees üles-alla. Kui rakus on
gaasivakuoole palju, on nad kergemad ja ujuvad pinnale. Kuumal ajal toimub
veekogudes tihti tsüanobakterite massiline paljunemine (vee õitsemine).
Gaasivakuoolidega rakud tõusevad pinnale ja kanduvad tuultega edasi.
3. Klorosoomid- Klorosoomid on ühekihilise membraaniga ümbritsetud põiekesed, mis
paiknevad raku pinna lähedal raku membraani all. Seal paikneb osa
fotosünteesipigmente
rohelistel
bakteritel-valgustkoguvad
pigmendid
(antennpigmendid). Tänu klorosoomidele saavad rohelised bakterid fotosünteesida ka
suhteliselt nõrgas valguses.
Parasporaalkeha- on valgulised kristallid, mis paiknevad spoori kõrval teatud batsillidel: B.
thuringiensis, B. popilliae, B. sphaericus jmt. Toksilised just liblikate (näiteks kapsaliblika)
vastsetele . Aga on ka mardikate vastsetele (ka kartulimardikas ) toksilisi B. thuringensise
tüvesid ning sääsevastsetele (ka malaariasääsk) toimivaid tüvesid. Parasporaalkehad on
valgulised eeltoksiinid (protoksiinid).
Valgu lagunemisel putuka vastse seedetraktis tekivad toksilised valgud, mis lüüsivad
sooleseina. Moodustub sobiv keskkond ka batsilli endospooride idanemiseks. Vastne sureb .
Kasutatakse taimekahjurite biotõrjes. Need preparaadid on maailmas suurimas koguses
toodetavad biopestitsiidid . Kaubastatakse pulbrina, mis sisaldab spoore ja parasporaalkehasid.
B. thuringensise toksiini (Bt toksiini) geen on kloneeritud ja sekveneeritud. Protoksiini M on
130-140 kDa, protsessitud toksiinil on M 30-80 kDa. Protoksiin on lahustumatu
tavatingimustes ja seetõttu ohutu näiteks inimesele. Lahustuvaks muutub ta aluselises
keskkonnas (pH9.5) ja redutseeritud keskkonnas (vastse sooles).
Magnetosoomid
Mõnedel bakteritel on leitud rakkudes magnetosoomid – magnetiliste omadustega
nanokerakesed. Magnettundlikud. Need koosnevad kas magnetiidist (Fe
) või greigiidist
3O4
(Fe
). Väävlirikkas keskkonnas moodustub greigiit. Praegu on teada magnetosoomidega
3S4
28
spirille, vibrioone, kokke (Magnetobacterium bavaricum) ja ka pulkbaktereid. Kõige enam on
neid isoleeritud järve- ja meremudast, aga ka mullast ja soodest. Kõige põhjalikumalt on
magnetosoome uuritud Aquaspirillum magnetotacticum’i. Magnetosoomid paiknevad rakus
ridade e. ahelatena. Võimaldavad bakteritel passiivselt liikuda magnetväljas. Magnetosoomil
on ümber 2-kihiline membraan, milles on valke ja lipiide . Membraani valgud osalevad
magnetosoomi moodustumises, muundades rakku transporditud raua magnetiidiks. On
näidatud, et magnetiiditerade paigutamises rakus ühele joonele osalevad rakuskeletivalkudest
koosnevad filamendid.
Varuained
Bakteritele varuaineteks on
1. varupolüsahhariidid
2. rasvad ja rasvataolised ained
3. polüfosfaadid
4. väävel
Rakus osmootselt inaktiivses vormis (polümeriseerunult), ei lahustu vees, ei tõsta rakusisest
osmootselt rõhku. Varuaine terakestele on ümber membraan. Soodsate tingimuste taastumisel
hakatakse varuaineid jälle kasutama. Polüsahhariidid, rasvad ja polü-hüdroksüalkanoaadid on
varuained, mida kasutatakse nii energia saamiseks kui ka endogeense C- allikana .
Polüfosfaadid- fosfori varuks . Väävel- redutseerija varu fotosünteesivatel S-bakteritel ja
energiaallika varu värvusetutel väävlibakteritel. Varuainete terakesed on rakus nähtavad
faaskontrastmikroskoobi abil, aga paremini on nad nähtavad, kui kasutada värvimist. Kui
bakterites üleekspresseerida mingeid valke, siis ka need võivad moodustada tsütoplasmas
lahustumatuid sisaldisi – inklusioonkehasid.
Polüsahhariidid- glükoosi polümeerid. Paljud bakterid koguvad tagavaraks tärklist
(hargnemata ahel, α-1,4-sidemed monomeeride vahel, joodiga värvub siniseks). Tärklist
koguvad varuks näiteks Acetobacter ja Neisseria. Mikroobidel võib varuaineks olla ka
glükogeen (glükoosi hargnenud polümeer, annab joodiga pruunika värvi). Glükogeeni esineb
bakteritel sagedamini kui tärklist. Klostriididel on tärklisesarnane varuaine granuloos, mis
joodiga värvub sinakasmustaks.
Rasvad ja polühüdroksüalknoaadid (PHA)- rasva ja PHA tilgakesi saab tuvastada lipofiilsete
värvidega (terakesi ümbritsevas membraanis on fosfolipiide. Rasvu koguvad vähesed
bakterid, peamiselt perekonnast Actinobacter: Actinomyces, Arthrobacter, Mycobacterium,
Nocardia, Rhodococcus (kõige enam uuritud Rhodococcus opacus’el, kellel seda rakkudes
kuni 80% kuivainest), Acinetobacter. Polü-β-hüdroksüalkanoaadid (PHA) koosnevad
hüdroksüülkarboksüülhapetest, mis on omavahel seotud estersidemega. Seega on tegu
polüestriga. Enamlevinuim PHA on polü-β-OH-võihape. See polümeer avastati Pasteuri
Instituudis Pariisis juba 1927 aastal, 50-ndatel üritati tööstuslikult toota, aga tegelik tootmine
algas palju hiljem. PHAte moodustavad väga paljud bakterid, nii aeroobsed kui ka
anaeroobsed. Aeroobsetes tingimustes saab tema sünteesi indutseerida atsetaadil kasvatades .
PHA laguneb seedeensüümide toimel.
Polüfosfaadid/volutiin/metakromatiinaine
On ortofosfaadi lineaarne polümeer, mis koosneb kümnetest kuni sadadest jääkidest. Jääkide
vahel makroergiline fosfoanhüdriidside.
Avastati Spirillum volutans’i rakus. Praegu on teada, et polüfosfaate on mitte ainult bakterite,
vaid ka seente, algloomade ja imetajate rakus. Volutiiniterad sisaldavad ka fosforhappega
komplekseerunud metalle – kaltsiumi, magneesiumi, naatriumi, tsinki. Polüfosfaate kogutakse
rakku siis, kui keskkonnas on palju fosforit . Rakusisest polüfosfaati hakatakse kohe kasutama,
29
kui rakk on fosforinäljas. Väga head polüfosfaatide kogujad on näiteks Acinetobacter
johnsonii (kuni 30% kuivkaalust) ja Microlunatus phosphovorus. Polüfosfaate rakku koguvad
bakterid on olulised ka heitvee puhastamisel fosforist. Polüfosfaate sisaldav bakterimass
eemaldatakse heitvee puhastusseadmest ja sellega eemaldatakse ka fosfor . Vajalikud ka
patogeenidele. Paljude patogeensete bakterite polüfosfaate mittesünteesivad mutandid on
avirulentsed. Näiteks Salmonella , Shigella ja Vibrio liigid ja Helicobacter pylori. Seega võiks
polüfosfaatide sünteesi masinavärk olla ka üks hea märklaud antibiootikumidele.
Polüfosfaadi funktsioonid rakus
1. Fosforüüli
doonor
kinaasireaktioonides
( suhkrute
fosforüülimine)
Ürgne
energiaallikas ? (ürgsemate bakterite glükokinaasid kasutavad parema meelega polü-P
kui ATP-d.
2. ATP süntees polüfosfoodi arvel
3. Prootongradiendi loomine polüfosfaadi arvel
4. Fosforiallikas rakule
5. Toksiliste metallide siduja (Ni, Cd)
6. Aluste neutraliseerija
Väävel
Väävliterad kogunevad rakku
1. Fotosünteesivatel väävelbakteritel. S terad redutseerija varuks fotosünteesil.
Thiospirillum, Chromatium.
2. Kemolitoautotroofsetel väävelbakteritel (värvusetud S-bakterid). Need baktyerid
saavad energiat redutseeritud S-ühendite oksüdatsioonist, S ladestub vaheproduktina.
On
kui
endogeenne
energiaallikas.
Beggiatoa,
Thiothrix,
Thiomargarita,
Achromatium.
3. Mõnedel kemoorganotroofidel võib S ladestuda keskkonnas, kus on palju H2S ja
orgaanilist ainet ning on ilmselt vesinikperoksiidi kahjutustamise produkt
(Sphaerotilus).
Tsüanofütsiin
Tsüanobakterite (jmt bakterite, näiteks Acinetobacter) varuvalk. On arginiini ja
asparagiinhappe kopolümeer. Tema hulk võib ulatuda kuni 10%-ni kuivainest. Teda
kasutatakse peamiselt kui N-varuainet ja kui keskkonnas N-allika hulk kahaneb, siis
hakatakse seda rakus kasutama. Molekuli põhiahel koosneb asparagiinhappest ja
asparagiinhappe β-karboksüülrühmadele on seostunud Arginiin. Seega on tsüanofütsiin
valguline polümeer, aga teda ei sünteesita ribosoomidel. Iga uue aminohappe lisamiseks kulub
ära 1 ATP molekuli energia. Graanulid kogunevad rakkudesse kasvu statsionaarses faasis
ning kasutatakse ära, kui algab uuesti aktiivne kasv. Tsüanofütsiini lagundab ensüüm
tsüanofütsinaas, mis vabastab Asp-Arg dimeerid ahelast. Need omakorda lagundatakse
peptidaasiga monomeerideks – aspartaadiks ja arginiiniks.
30
SPOROGENEES JA ENDOSPOORID
Esimesena kirjeldas endospoorid bakteril Bacillus subtilis Ferdinand Cohn ning seejärel
bakteril Bacillus anthracis Robert Koch. Endospoorid on puhkevormid, mida teatud bakterid
moodustavad ebasoodsate keskkonnatingimuste üleelamiseks. Reeglina tekib ühes rakus üks
endospoor , mis vabaneb emaraku lüüsudes ning mis võib idanemisvõimelisena väga pikka
aega. Erandeid on ka, aga neid on väga vähe. Näiteks Metabacterium polyspora rakus
moodustub 4-9 endospoori. Anaerobacter’i rakus on leitud kuni 5 endospoori. Epulopiscium
sp rakus moodustub arvukalt tütarrakke. Tütarrakud väljuvad emarakust pilu kaudu. Tegu on
ainulaadse “sünnitajabakteteriga”. 16SrRNA järjestuste alusel on need kaks bakterit lähedased
klostriididega. Endospoore saab tuvastada rakus kuumutamisel malahhiitrohelisega. Pesemisel
ei tule värv spoorist välja ja tsütoplasma saab värvida täiendvärviga (bismarkpruuv v muu
punane värv).
Sporogeensete bakterite perekonnad
Perekond
Raku kuju
Bacillus
Pulkbakter
Clostridium
Pulkbakter
Sporolactobacillus
Pulkbakter
Sporomusa
Pulkbakter
Desulfotomaculum
Pulkbakter
Proprionispora
Spirill
Sporosarcina
Kokk
Thermoactinomyces: aktinobakter, moodustab termoresistentseid endospoore.
Endospooride paiknemine rakus
1. Terminaalselt ja paisutab rakku (plektridiaalne spoor). Clostridium tetani.
2. Terminaalselt ja ei paisuta rakku (batsillaarne spoor). B. megaterium, B. cereus, B.
mycoides, B. subtilis.
3. Tsentraalselt ja paisutab rakku (klostridiaalne spoor). B. polymyxa, B. macerans.
4. Külgmiselt. B. laterosporus.
Sporosarcina. Erandlik sporogeensete bakterite seas, sest rakud on mitte pulgad, vaid kokid.
Rakud on paaris, tetraadide või pakenditena. Rakul enamasti 1 vibur. Ümarad endospoorid.
Aeroobsed. Varem kuulusid need liigid perekonda Planosarcina. P. ureae. Lagundab uureat
ja teda on palju sõnnikuga väetatud mullas.
Ehitus ja omadused
Endospooril on veevaene ja mineraalaineterikas südamik (core), milles paikneb DNA
(nukleoid). Südamikku katab peptidoglükaanist kiht (korteks), selle peal on spoorikest ( coat ).
1. Endospoor on väga termoresistentne. Kuumuse toime eest kaitsevad spoori DNA-d
DNA-ga seostuvad SASP valgud, spoorisüdamiku (core) väike veesisaldus ja kõrge
kahevalentsete katioonide (Ca, Mg ja Mn) sisaldus. Spooride hävitamiseks tuleb
söötmeid kuumutada autoklaavis temperatuuril 121°C. Niiske kuumus on efektiivsem
kui kuiv kuumus. Kui autoklaavi ei ole, aitab tündaliseerimine. Tündaliseerimine on
vaheaegadega korduvkuumutamine. Esimese kuumutamisega 100 kraadi juures
( keetmine ) hävitatakse vegetatiivsed rakud ja ergutatakse endospoorid idanema.
31
Seejärel hoitakse materjali soojas , et idanemine oleks täielik ning siis keedetakse
uuesti. Keetmine hävitab spooride idanemisel moodustunud vegetatiivsed rakud.
2. Talub hästi kiirgust, kuivust ja toksikante.
3. Metaboolne aktiivsus madal.
4. Makromolekulide sünteesi ei toimu spooris.
5. Spoor sisaldab ühe koopia kromosoomi, ribosoome, tRNAsid ja mõnigaid valke,
näiteks varuvalgud ja mõned glükolüüsiensüümid. Kromosoom on valkudega seotud,
see stabiliseerib DNAd. Spooris on ka AMPd ja ADPd (need on stabiilsemad kui
ATP) ja rohkesti fosfoglütseraati (PGA), mis on energeetiliseks varuaineks – nende
arvel sünteesitakse ATPd, mida on spoori idanemisel vaja.
6. Palju
dipikoliinhapet.
See esineb spooris Ca soolana ja sünteesitakse
diaminopimeelhappest (kuulub peptidoglükaani). Mutandid, kes ei sünteesi
dipikoliinhapet, on kuumatundlikud. Arvamus: dipikoliinhape „poeb“ DNA ahelate
vahele ja stabiliseerib DNA struktuuri.
7. Paks spoorikest (coat) koosneb peamiselt valgust (on proliini – ja tsüsteiinirikas).
Kestas on ka sahhariide . Kui teha mutandid, mille endospooridel ei moodustu kesta,
siis on nad väga tundlikud lüsosüümile ja ka peroksiididele. Kui kest puudub, siis
pääseb lüsotüüm hästi ligi korteksi peptidoglükaanile.
8. Korteks sisaldab hõredalt kokku õmmeldud peptidoglükaani, tehhuhapped puuduvad.
Bakterid moodustavad spoore aktiivse kasvu lõppedes, kui tingimused muutuvad ebasoodsaks
(välise toitaineallika otsalõppemine, jääkainete kogunemine, kuivus ).
Kui rakke hoida pidevalt aktiivse kasvu faasis, siis ta ei sporuleeru.
Sporogeneesi saab indutseerida Mn lisamisega söötmesse, rakkude kultiveerimisega
mullaagaril, kartuliagaril. Spoor moodustub 1.5 tunni -1 ööpäeva möödudes peale
sporulatsiooni algatamist.
Spoori teke B. subtilis’el võtab aega ca 8 tundi, idanemine toimub aga kiiresti, umbes 1-1.5
tunni jooksul.
Energiaallikana sporulatsioonil kasutatakse varuaineid: polüsahhariide, polühüdroksüvõihapet
ja ka teisi emaraku komponente, mis sporulatsiooni algfaasis lagundatakse. Sporulatsiooni
esimestel etappidel võib protsessi tagasi suunata toitainete, näiteks glükoosi lisamisega.
Teatud sporulatsiooni etapist alates aga ei ole protsess enam pidurdatav.
Endospooris on ka spetsiifilised SASP (small acid- soluble proteins) valgud, mis seostuvad
DNA-ga endospooris, stabiliseerivad seda ja kaitsevad lagunemise eest. Need SASP valgud
moodustuvad emaraku valkudest nende osalise poroteolüüsi tulemusel. Kui spoor idaneb, siis
kasutatakse neid ära energia- ja C-allikana.
Sporulatsiooni etapid
1. DNA replikatsioon. Moodustub 2 kromosoomi koopiat, mis seostuvad valkudega ja
moodustavad kondenseerunud niitjad struktuurid (aksiaalfilamendid).
2. 2. Raku ebavõrdne jagunemine: 2 ebavõrdse suurusega rakku, väiksemast osast
moodustub endospoor.
3. Moodustuv spoor kattub emaraku membraaniga (see on endostütoosilaadne protsess).
Moodustub prospoor ehk eelspoor (ümbritsetud 2 membraaniga, mõlemad osalevad
spoori kattematerjalide sünteesis).
4. Eelspoori
kahe membraani vahele sünteesitakse korteks ( modifitseeritud
peptidoglükaanist kiht).
5. Spoori peale moodustuvad spoorikatted: spoorikest ja eksospoorium. Koosnevad
peamiselt valgust, eksospooriumis on ka lipiide ja polüsahhariide.
32
Sporulatsioon käivitub kehvades elutingimustel (toidu ja niiskust on piisavalttavaline
jagunemine; elutingimuste halvenemiselrakk moodustab spoori)
Tavaliselt moodustub 1 spoor, erandeid on vähe. Metabacterium polyspora- moodustab mitu
endospoori, seega spoorid ka paljunemisvahendiks. 2 FtsZ rõngast, 2 eelspoori, eelspoorid
võivad omakorda jaguneda. Endospoorid on piklikud, termoresistentsed, paksukestalised ja
sisaldavad dipikoliinhapet.
Idanemine
Idanemine on palju kiirem protsess, kui spoori moodustumine. Spoorid idanevad, kui
tingimused on soodsad (niiskus, toitained jne.). Idanemist saab ka stimuleerida näiteks
spooride lühiajalise kuumutamisega, ultraheliga või spoorikesta mehhaanilise vigastamisega
(liiva või klaasipuruga hõõrumine). Pärast kuumašokki tuleb spoorid kohe söötmele välja
külvata, muidu protsess pöördub.
1. Vee sisseimamine.
2. Hüdrolüüsitakse korteksi peptidoglükaan.
3. Varuvalgud hüdrolüüsuvad, andes materjali rakuvalkude ja kesta peptidoglükaani
sünteesiks.
Spooride säilumist mõjutab kosmiline kiirgus, mis põhjustab DNA kaheahelalisi katkeid.
Lagunenud DNAga endospoor ei idane. Kui aga spoorid paiknevad kiirguse eest kaitstult
(setetes jne), siis võivad nad väga kaua säiluda.
Endospooride preparaate on soovitatud ka kasutada “dosimeetritena”, et hinnata kiirgustaset
(osooniaugud!) maakera eri kohtades: endospoore eksponeeritakse kiirgusele ja seejärel
hinnatakse idanemisvõimet.
Patogeensed sporogeensed bakterid- klostriidid
Perekonda Clostridium kuulub rida patogeene. C. botulinum põhjustab toidumürgitust
botulismi, C. tetani kangestuskramptõbe (teetanus), C. perfringens ja C. histolyticum
gaasgangreeni.
Botulism on toidumürgitus, mida põhjustab Clostridium botulinum’i valguline toksiin . C.
botulinum’it leidub mullas, mudas ja loomade sõnnikus.
Toksiiniga saastunud toitu süües imendub toksiin peensoolest, kandub verega laiali ja toimib
närv-lihas sünapsis. Botulismitoksiin on kõige tugevam bioloogiline mürk; põhjustab lõtva
halvatust. Letaalne doos inimesele – 1-2 µg.
Clostridium tetani spoore leidub mullas ja loomade sõnnikus. Spoorid satuvad haavade kaudu
verre ja idanevad nekrootilises (anaeroobses koes) toksiini tootvateks vegetatiivseteks
rakkudeks. Ohtlikud on just sügavad torkehaavad.
Haiguspildi põhjustab valguline teetanusetoksiin, mis mõjub närv-lihas sünapsis. Põhjustab
lihaste kontrollimatu kokkutõmbumise – tekivad krambid . Esmalt hakkavad krampi kiskuma
haava lähedal olevad lihased, siis tekib lõuakangestus (ei saa suud avada ja neelata) ja püsiv
seljakangestus. Surm saabub hingamislihaste krambist.
Patogeensed Bacillus perekonna bakterid- B. anthracis
33
Bacillus anthracis’e spoorid võivad säiluda mullas väga pikka aega. Ka vihmaussid ja
raipesööjad linnud vöivad spoore levitada. Primaarselt on see rohusööjate loomade haigus.
Loomad nakatuvad, kui spoorid satuvad nende verre näiteks vigastuste kaudu suuõõne
epiteelis, sooletraktis või ka hingamisteede kaudu. Siberi katk esineb kolmes vormis:
nahavorm, soolevorm ja kopsuvorm. Haigestuvad nii kariloomad (veised, lambad , kitsed), kui
ka inimene. Bakterioloogiline relv!
Akineedid- spooritaolised rakud tsütobakteritel
Niitjatel tsüanobakteritel moodustavad niidis kahesugused diferentseerunud rakud: akineedid
(säilitusraku funktsiooniga nagu endospoorgi) ja heterotsüstid (N2). Akineetidest moodustub
uus rakkude niit.
Aktinomütseetide „spoorid“ ehk koniidid
Aktinomütseetidel moodustuvad õhumütseeli hüüfide nöördumisel suguta paljunemise
spoorid ehk koniidid. Neil ei ole spoorikatteid ega korteksit, kuid nad taluvad kuivust, kuiva
kuuma ja mürke paremini, kui hüüfid. Mõnedel aktinomütseetidel on liikuvad viburitega
varustatud zoospoorid, mis paiknevad sporangiumis.
Tsüstid
Esinevad müksobakteritel, spiroheetidel, Azotobacter’il, riketsiatel. Tsüstiks muutub kogu
rakk. Tsüstil on paksud kestad ja ta talub vegetatiivsest rakust paremini kuivust, kiirgust,
toksikante jmt faktoreid. Ei ole termoresistentne. Müksobakteritel nimetatakse tsüste ka
müksospoorideks. Müksobakteritel toimub rakkude tsüsteerumine limase viljakeha sees.
34
VIBURID JA LIIKUMINE
Bakterite liikumisviisid
1. Viburitega liikumine vedelas keskkonnas
2. Kollektiivne viburitega liikumine tahkel pinnal ( voogamine e. swarming, Proteus ).
3. Liikumine periplasmaatiliste viburitega vedelas keskkonnas (spiroheedid)
4. Libisev liikumine tahkel pinnal (ilma viburiteta)
5. Piiltõmbumine (twinching)- liikumine tahkel pinnal tüüp IV piilide abil, Neisseria
gonorrhoeae)
6. Liikumine veesambas üles-alla gaasivakuoolide abil
KÕIK BAKTERID EI LIIGU!
Kuna viburi läbimõõt on ainult ca 20-30 nm (pikkus küll ca 10 µm), siis ei ole nad
valgusmikroskoobis läbivas valguses nähtavad. Vibureid saab valgusmikroskoobis näha
rakkude peitsimisel enne värvimist. Peits muudab viburi jämedamaks.Hästi on viburid näha
ka
elektronmikrofotodel.
Vibureid
saab
rakkudelt
eraldada
loksutamise
või
homogeniseerimisega.
Viburi paigutus
1. Monopolaarne monotrihh (Caulobacter, Vibrio)
2. Monopolaarne polütrihh (lofotrihh, Pseudomona, Thiospirillum, Helicobacter)
3. Bipolaarne monotrihh (Wolinella succinogenes)
4. Peritrihh (E. coli, Salmonella typhimurium, Bacillus subtilis, Erwinia carotovora,
Proteus mirabilis )
5. Bipolaarne polütrihh (Halobacterium halobiom, Spirillum)
Viburi valgud
Viburi niit koosneb valgust- flagelliinist. Niidi keskel on kanal. Kokku on viburiniidis ca
20000 helikaalselt agregeerunud flagelliini monomeeri. Arhedel on viburivalgud
glükosüülitud. Viburivalk on happeline - Asp ja Glu rikas. Flagelliin on struktuurilt sarnane
lihaste müosiiniga. Viburi niit on konksu abil ühendatud basaalkeha külge (viburi mootor).
Basaalkeha koosneb valgulistest ketastest, mis ümbritsevad telgvarrast. Viburi basaalkeha
kettaid tähistatakse nende lookuste järgi, kus nad paiknevad. MS (membraanne-
supramembraanne ketas ), P (peptidoglükaankihis), L (lipopolüsahhariide sisaldavas
välismembraanis). C-ketas on oluline viburi pöörlemissuuna muutmisel ja viburi seiskamisel.
Vibur on jäik ja ta pöörleb nagu propeller , tõugates rakku edasi. Viburi paneb pöörlema
sisemiste ketaste pöörlemine, mis antakse telgvarda ja konksu kaudu edasi viburiniidile. G(+)
bakteritel on basaalkehas vaid kaks ketast (sisemised), kuna nende paks kest toestab
telgvarrast piisavalt tugevasti.
Viburi paneb liikuma prootongradient, mille tekkel osalevad prootonkanali valgud – Mot
valgud. Viburi ühe pöörde jaoks on vaja ca 1000 prootoni liikumist läbi membraani. Seega
sõltub viburi pöörlemise kiirus otseselt gradiendi suurusest . Mõnedel bakteritel (merebakter
Vibrio) võib basaalkeha kettad pöörlema panna ka Na- gradient . Seega arvatakse, et ketta
pöörlemapanek (ioonide liikumise konverteerimine mehhaaniliseks tööks) pole seotud mitte
vesiniksidemete moodustumisega ketta valkude ja prootonite vahel, vaid pigem mingite
elektrostaatiliste interaktsioonidega (prootonturbiini mudel). Sisemiste ketaste pöörlemine
35
paneb viburiniidi tööle, ioonide liikumine läbi ioonkanali (staator) annab pöörlemapanekuks
energiat.
Viburi monteerimine
Vibur kasvab otsast ( piil kasvab juurest, nagu juuksekarv). Viburi kasv toimub järjestikuste
monomeeride liitumisega vibri distaalsele otsale- monomeerid transporditakse rakust viburi
otsa viburikanali abil. E. coli’l saab vibur valmis ca 10 minutiga.
Sünteesi etapid
1. MS ja C-ketas paigutatakse rakumembraani.
2. Monteeritakse juurde Mot-valgud.
3. Telgvarda komponentide eksport tsütoplasmast ja monteerimine ning P-ketta lisamine.
4. L-ketta monteerimine.
5. Esmase konksu monteerimine.
6. Konksule sidevalgu ja tipuvalgu lisamine.
7. Viburiniidi valkude (flagelliini) monomeeride lisamine sidevalgu ja tipuvalgu vahele
Bakteri viburiaparaat on sarnane ka patogeensete bakterite sekretsioonis osalevatele tüüp III
eritussüsteemidele ehk “süstaldele”, mille kaudu nad süstivad toksilisi toimeaineid
eukarüootsesse rakku ilma sinna tungimata. See süstlasüsteem on nagu vibur, mis ei liigu. Tal
puuduvad liikumiseks vajalikud valgud. Süstal on VÄGA efektiivne virulentsusfaktor.
Viburi pöörlemiskiirus ja raku edasiliikumise kiirus.
Viburite ketaste pöörlemiskiirus on suur. E. coli’l ja Salmonellal kuni 18 000 p/min. Kui aga
viburiniit on kinnitunud kettale, on kiirus väiksem, ehk ca kuni 1000 p/min. Bakterid liiguvad
edasi 1- 1000 µm/s. Keskmiselt liiguvad ühe polaarse viburiga rakud edasi kiirusega ca 100
µm/s, peritrihhid aga ca 20 μm/s. Ilmselt on 1 mm/s liikumiskiiruse ülempiir ja viburiaparaat
põhimõtteliselt enamat ei võimalda.
Aeglasemalt kui 1 µm/s pole eriti otstarbekas liikuda, sest siis ei konkureerita ainete
difundeerumise kiirusega keskkonnas.
Tegelikult on bakteril vees väga raske liikuda, kuna ta on väike ja ka keskkonna väikesed
osakesed on talle takistuseks. On võrreldud näiteks sellega, kui raske oleks inimesel ujuda
želatiiniga täidetud basseinis. Seetõttu võtab bakteril edasiliikumine ka väga palju energiat.
Otstarbekas on mõõta kiirust rakupikkustes sekundis. Näiteks Vibrio liigub edasi 200 µm/
ehk. 50 rakupikkust/s. Seega liigub bakter kiiremini, kui gepard (25 kehapikkust/s). Kõige
kiiremini liiguvad polaarsete viburitega (just ühe polaarse viburiga) bakterid. Peritrihhid
liiguvad aeglasemalt
Arhede viburid- erinevused
1. Arhede ja bakterite flagelliinie valgud on erinevad.
2. Arhede vibur kasvab algusest, bakterite oma tipust
3. Arhede viburi paneb pöörlema ATP hüdrolüüs, bakterite oma ioongradient
membraanil.
4. Arhede vibur on peenem , meenutab bakterite piile
36
5. Arhede ja bakterite viburid on sarnased tänu konvergentsele evolutsionnile.
Peritrihhide viburid agregeeruvad liikudes kimbuks. Kui viburikettad pöörlevad vastupäeva,
siis agregeeruvad peritrihhide viburid kimbuks. Kui viburite pöörlemissuund muutub, siis
hargneb kimp lahti – tumbling. Monotrihhil sõltub liikumise suund samuti viburi
pöörlemissuunast. Kui vibur pöörleb vastupäeva, siis liigub rakk sirgjooneliselt edasi. Kui
vibur panna vastassuunas (päripäeva) tööle, siis rakk pidurdub ja liigub vastassuunas.
Pidurduse ajal toimuv “kukerpallitamine” võimaldab uut liikumisnurka muuta
Suunatud liikumisi nimetatakse taksisteks. Mikroobidel eristatakse
1. Kemotaksist (mõjuriks keemilised ained)
2. Aerotaksist (mõjuriks hapnik)
3. Fototaksist (mõjuriks valgus)
4. Magnettaksist (mõjuriks magnetväli)
Mõjureid, mille suunas liigutakse, nimetatakse atraktantideks ja neid, millest eemale
liigutakse, nimetatakse repellentideks.
Bakterid saavad liikuda atraktantide poole ja repellentidest eemale oma liikumissuunda aeg-
ajalt korrigeerides. Kui bakteri viburid pöörlevad päripäeva, siis “hargnevad” tema
peritrihhaalsed viburid kimbust lahti, pööreldes vastupäeva aga koonduvad nad ühiseks
kimbuks, tõugates rakku edasi.
Twitching - piiltõmbumine
Twitching on üks vorm libisevast liikumisest (toimub tahkel pinnal ja vibureid ei vajata.
Kiirus ca 0.2 mkm/s).
See on liikumine tüüp IV piilide abil, mida on kirjeldatud mõnedel patogeenidel, nagu
Neisseria gonorrhoeae ja Pseudomonas aeruginosa, aga ka müksobakteril Myxococcus
xanthus. Twitching osaleb biokilede tekkes ja müksobakteritel kollektiivses viljakehade
moodustumises.
Tüüp IV piilid paiknevad raku poolusel , on võimelised oma tipuga spetsiifiliselt kinnituma
pinnale (näiteks limaskestale, selleks on tipus adhesioonivalk) ja piili kokkutõmbudes saab
bakter edasi liikuda. Myxococcus xanthus’e tüüp IV piili otsas on kleepumisvalk. Piil pikeneb
ja kinnitub tipuga tahkele pinnale. Piilivalkude eemaldamine piilist lühendab seda ja rakk
tõmbub pinnal edasi. Piilid lasevad mingil moel pinnast lahti ja algab uus piilide pikenemise
tsükkel.
Swarming e. voogamine
Bakterite kollektiivne liikumine tahkel pinnal viburite abil. Iseloomustab
1. Rakkude pikenemine (filamentsed paljude nukleoididega rakud),
2. Rohkete külgmiste viburite moodustumine,
3. Kõrvutipaiknevate rakkude vaheline kontakt (ühised viburikimbud)
Voogamine avastati perekonnas Proteus aastal 1885. Tuntuimad voogajad ongi Proteus liigid
ja Vibrio parahaemolyticus. Kui kõige efektiivsemad voogajad suutsid edasi liikuda
suhteliselt kõval agarsöötmel (1-2% agarit), siis pehmemal pinnal (0.5-0.8% agarit) saavad
voogata ka paljud “ tavalised ” bakterid, näiteks Escherichia coli ja Salmonella. Seega tundub,
et bakterimaailmas on selline liikumine üsna levinud. Voogamist kasutades koloniseerivad
bakterid mimesuguseid pindu (patogeenid epiteeli jne). Virulentsusfaktor.
Vibrio ja Aeromonas on bakterid, kellel on erinevate liikumisviiside jaoks eri tüüpi viburid:
ujumiseks kasutatakse tupega ümbritsetud polaarset viburit (seda energiseerib Na-gradient) ja
voogamiseks arvukaid külgmisi ilma tupeta vibureid (energiseerib prootongradient). Vibrio’l
on välja selgitatud , et voogamist vallandav signaal on keskkonna tõusnud viskoossus .
37
Arvatakse, et sensoriks võib olla polaarne vibur, mille pöörlemise takistamine viskoossuse
tõttu lülitab sisse voogamise eest vastutavate geenide avaldumise.
Voogaja elutsükkel
1. Voogamisele üleminekul rakud pikenevad (tekivad filamentsed paljude nukleoididega
rakud),
2. Pikad multinukleoidsed rakud liiguvad koos edasi, kasutades ühiseid külgmisi
viburikimpe,
3. Voogajast rakust saa taas moodustuda “tavaline” lühike ühe nukleoidiga rakk.
Libisev liikumine
Libisev liikumine on bakterite liikumine tahkel pinnal ilma viburite abita . Libisevalt liiguvad
müksobakterid, paljud niitjad bakterid ja tsüanobakterid, mükoplasmad.
Libisemise arvatavad mehhanismid
1. Kokkutõmbumisvõimelised valgulised fibrillid
2. Lima suunatud eritamine rakust ja sellelt tõukumine
3. Pöörlevad membraansed mootorid.
Müksobakterite liikumine
Müksobakteritel on on olemas 2 tüüpi liikumist:
1. Sotsiaalne ( social ). See võimaldab neil kokku koguneda ja koos tsüsteeruda
viljakehas. Seda vahendavad tüüp IV piilid (piiltõmbumine). Ühe raku piil kinnitub
teise raku külge, siis lüheneb ja bakterid lähenevad üksteisele. S- engine .
2. Seiklev (adventurous). See on juhuslikum liikumine ja see võib toimuda lima
eritamise abil. Sellist liikumisviisi oletati juba 75 aastat tagasi. A-engine.
Bakterid saavad kasutada eukarüootse raku masinavärki, et liikuda rakust rakku. Listeria
monocytogenes ja Shigella suudavad liikuda ühest sooleepiteeli rakust teise, polümeriseerides
sooleraku aktiini monomeere filamentideks. Raku taha moodustub propellerina töötav
aktiinisaba
Gaasivakuoolidega liikumine
Gaasivakuoolid koosnevad valgulise membraaniga gaasipõiekestest. Gaasipõiekesed on eriti
levinud tsüanobakteritel ja ka halofiilsetel arhedel. Nüüd on leitud neid ka näiteks
aktinomütseetidel. Hiljuti kirjeldati nad ka tinglikul patogeenil Serratia marcescens. Tema
genoomis on 17 kb DNA piirkond, milles paiknevad gaasipõiekeste moodustumiseks
vajalikud geenid. Nende geenide viimisel soolekepikesse moodustusid ka tal gaasipõiekesed.
Piilid
Piilid on valgulised jätked bakterite pinnal, põhifunktsioon on rakkude kleepumine pinnale e.
adhesioon . Tüüp IV piilid on erand, nendega saab rakk ka liikuda. Diameeter 3-25 nm, pikkus
0.3-12 µm, keskm. 1 µm. Piilide tipus on ahdesiinid, mis tunnevad ära retseptori
seostuspinnal. Kinnitumises määravad spetsiifilisuse suhkrud glükosüülitud valkude ja
lipiidide koosseisus. Patogeenide piile kasutatakse vaktsiinide tegemiseks- piilid eemaldatakse
ja kautatakse vaktsiini tegemisel materjalina.
Salmonella- elab loomade sooles, satub sealt inimese toidulauale. Põhjustub salmonelloosi.
Kinnitub sooleepiteeli manoosi sisaldavate retseptoritele tüüp I piilidega. Manoosirikka
toiduga sigu söötes bakter ei saa kinnituda (manoos blokeerib ise sooleseina retseptori).
Mannooligosahhariidid (MOS)- eraldatud pärmide kestast.
38
E. coli- uroinfektsioonid. Seostub uroepiteeli retseptoritele. Jõhvikamahl aitab- seal olevad
ained seostuvad piilidega, rakk ei saa kinnituda ja uhutakse minema.
Neisseria gonorrhoeae- piilid on virulentsusfaktoriteks (kinnitub piilidega ureetra epiteelile);
piilideta variandid on mittevirulentsed.
Adhesiooni tähtsus ja biokile
Kinnitumine aitab „vägesid koondada“ ja kaitseb väljauhtumise eest (soole- ja uroepiteel).
Selle tagajärjel moodustub biokile ( biofilm ). Patogeenide korral biokile kaitseb
peremeesorganismi kaitsemehhanismide eest ja antibiootikumide eest. Kinnitumiseks
vajalikke komponente nim. adhesiinideks, kinnituda saab piilide, kapsli- ja kestamaterjali abil
ja kinnitumisjätketega (Caulobacter). Liikumine kasutab väga palju energiat, seega on kasulik
kinni hoida ja loota , et toitained raku lähedale jõuavad (veevooluga jne.). Tahkele pinnale
kinnitatult (biokiles) toimub bakterite kasv kiiremini: pidadele adsorbeeruvad toitained ning
nende konstentratsioon on seal seega suurem kui ümbritsevas lahuses. Kui lahjale söötmele
lisada materjali (klaaskuule, keraamilist materjali, liivaosakesi), millele saab moodustuda
biokile, siis kiireneb bakterite kasv seal tunduvalt, sest mikroobide toitumistingimused
paranevad. Biokile moodustub ka veepuhastusseadmetes liivateradele, keraamilisele
materjalile (biofiltrid) ning aktiivmuda osakestele. See kiirendab reoaine lagunemist.
Tahkele pinnale kinnitunud mikroobid eritavad keskkonda hüdrolüütilisi eksoensüüme, mis
immobiliseeruvad pindadele, püsivad seal kaua aktiivsena ning on kasulikud ka samale
pinnale seostunud bakteritele, kellel endal hüdrolüütilisi eksoensüüme ei ole.
Biokiles kujunevad välja kooslused , kus koosluse elanikud konkureerivad üksteisega, aga
võivad ka üksteist abistada (eritada kasvufaktoreid näiteks) või lagundada toksikante. Ühe
organismi eritatud produktid võivad olla kasutatavad teise bakteri poolt.
Biokiles moodustuvad erineva hapnikusisaldusega piirkonnad, kus saavad elada erineva
hapnikunõudlusega mikroobid. Näiteks aeroobid kasutavad ära hapniku ja loovad soodsad
tingimused hapnikukartlike bakterite jaoks.
Biokiles on bakterid tundetumad antibiootikumidele, sest lima takistab antibiootikumide
difusiooni rakkudeni. Ka võib üks biokile bakter lagundada oma eksoensüümiga
antibiootikumi ja kaitsta sellega naabrit.
Hambakatt on biokile, milles on erinevaid baktereid. Streptococcus jt liigid sünteesivad
rakuväliseid ja rakupinnaga seotud polüsahhariide, mis moodustavad hambaemaili pinnal
paksu võrgustiku, milles bakterid kinnitunud ja nende elutegevus on madal. Biokiles on
bakterid kaitstud antibiootikumide eest.
Bakteriaalsete haiguste korral on näidatud, et kroonilisi haigusi põhjustavad biokile bakterid
(ägedate haiguste põhjustajateks on enamasti mittekinnitunud (planktoonilised) bakterid).
Biokiles olevate bakterite kasv on aeglane ning need on biokile tõttu resistentsed ravimitele.
Esineb ka „uinuvaid“ vorme. Aeg-ajalt biokile bakterid „aktiveeruvad“ ja võivad põhjustada
haiguste ägenemist.
Biokile näited:
Hambakatt
Kiled taimeosakestel ja detriidi veekogudes
Veepuhastusseadmete aktiivmuda helbete pinnal olev biokile
Biokile mullaosakeste pinnal
Biokile taimejuurtel
Biokiled veeni- ja põiekateetritel
Biokiled kunstlikel südameklappidel ja kunstliigestel
Pinna konarlikkus mängib biokile moodustumisel rolli. Siledad pinnad on paremini biokilest
puhastatavad. Kui pind on kaua puhastamata, siis bakterid sünteesivad palju
39
eksopolüsahhariida ja moodustub raskesti eemaldatav biokile, millest lahti saamiseks tuleb
kasutada tugevatoimelisi puhastusvahendeid.
Südameklapid (Staphylococcus epidermidis).
Kontaktläätsed (Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus epidermidis).
Veenisisesed kateetrid (Staphylococcus epidermidis, S. aureus).
Kunstsüda (Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus epidermidis, S. aureus).
Kunstliigesed (S. epidermidis, S. aureus).
Põiekateetrid (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecalis, Proteus
mirabilis),
Hingetoru kateetrid (P. aeruginosa, E. coli, S. epidermidis, S. aureus)
Häälepaelad (streptokokid, stafülokokid).
Implantaatide pinnal olevas biokiles on bakterid suhteliselt hästi kaitstud ka antibiootikumide
eest (rakuväline lima takistab antibiootikumi transporti rakku). Oluline oleks leida
inplantaatide jaoks selliseid materjale, mida bakterid ei suudaks koloniseerida (roostevaba
teras, titaanoksiidist katted ).
F-piilid- spetsiifilise funktsiooniga piilid E. coli’l, mille kanali kaudu liigub konjugatsioonil
DNA doonorbakterist retsipientbakterisse. F-piilid (sex-piilid) on kuni 10 µm pikad ja neid on
1-2 raku kohta. F-piili sünteesi kodeerib F-plasmiid.
40
TEMPERATUURI TOIME MIKROORGANISMIDELE
Raku füsioloogilised protsessid põhinevad ensümaatilistel reaktsioonidel. Ensüümid on
valgud ja seega temperatuuritundlikud. Temperatuuri tõustes teatud piirides ensümaatilised
reaktsioonid kiirenevad ja temperatuuri alanedes aeglustuvad. Samamoodi muutub ka
mikroobi kasvukiirus, kuid alates teatud temperatuurist toimub reaktsiooni kiiruse järsk
vähenemine ja ensüüm inaktiveerub (denatureerub). Temperatuuri mõju juures peab
arvestama ka seda, et ensümaatilised reaktsioonid toimuvad vesilahustes. Vesi peab rakus
olema vedelas olekus. Kõrgel temperatuuril ta aurub ja madalamal jäätub. Jääkristallid
lõhuvad raku struktuure. Membraanide olek ka tähtis.
3 tähtsat temperatuuri:
Tmin- temperatuur, millest madalamal mikroob ei kasva.
Tmax- temperatuur, millest kõrgemal mikroob ei kasva.
Topt- temperatuur, mille juures mikroobi kasvukiirus on suurim.
Mikroobirühm
Tmin (°C)
Topt (°C)
Tmax (°C)
Psührofiilid
-10 – 0
5-15
25-30
Mesofiilid
10
25-38
40-48
Termofiilid
40
>45
70
Hüpertermofiilid
65
>80
116
Obligatoorsed psührofiilid- Tmax on alla 20°C.
Mesofiilid
Leidub sooja kliimaga maade mullas, mõõduka ja troopilise kliimaga alade veekogudes,
inimese ja loomade soolestikus. E. coli, Alcaligenes, Pseudomonas, Staphylococcus.
Psührofiilid e. krüofiilid- külmalembesed bakterid
Maal on tegelikult väga palju paiku, kus temperatuur on püsivalt madal (alla +5 kraadi)
(süvaookeanid) või vesi koguni jäätunud olekus (jää, igikelts ). Madalal temperatuuril on
vesilahused viskoossed ja ainete (toitained mikroobidele) difusioon on seal aeglane.
Bakteriviburil on jahedas raske pöörelda. Kõige madalam temperatuur, kus on veel näidatud
laboritingimustes bakteri viburiga liikumist on -10 oC. Kasutati suhkrulahust, et vesi ei
külmuks. Ka keemiliste reaktsioonide kiirus alaneb temperatuuri langedes.
Psührofiilid põhjustavad jahutatud toiduainete riknemist ja mõningaid taimehaigusi.
Pseudomonas syringae on psührofiilne taimepatogeen, mille arengut soodustab jahe ilm ja
niiskus. Põhjustab taimedel varaseid külmakahjustusi. P. syringae rakkude pinnavalgud
soodustavad jääkristallide teket taime pinnal ja see tekitab pinnavigastusi. Vigastuste kaudu
saavad taime tungida teised patogeenid, näiteks seened.
Psührofiilide valgud peavad suutma jahedas töötada, ei tohi olla liiga jäigad. Valgu teevad
jäigaks beeta-lehed struktuuris, alfa-heeliksid võimaldavad suuremat liikuvust valgu osade
vahel. Psührofiilide valkudes on rohkem alfa-heelikseid ja vähem beeta-lehti. Ka on neil
vähem stabiliseerivaid sidemeid valgu eri osade vahel, Psührofiilide valgud on paindlikud.
Rakust välja eritatavad valgud on stabiilsemad siis, kui neid stabiliseerivad rakkude poolt
eritatud polüsahhariidid (valkude immobiliseerumine polüsahhariidsele maatriksile). Näiteks
psührofiilse bakteri Colwellia kohta on näidatud, et tema eritatud proteaasi kaitsevad
kõrgemate temperatuuride eest sama bakteri sünteesitud eksopolüsahhariidid. Psührofiilide
membraanid on vedelamad – sisaldavad rohkesti küllastumata rasvhappeid . Muidu nad
tahkuksid ja ei oleks töövõimelised.
41
Termofiilid
Mikroobid, kelle optimumtemperatuur on üle 40-45°C. Tmax on neil ca 70°C.
Siia rühma kuuluvad Bacillus stearothermophilus, Thermus aquaticus, Chloroflexus
auratiacus, Thermoactinomyces vulgaris , Clostridium thermocellum. Neid saab isoleerida
näiteks kuumenevatest kompostihunnikutest ja kuumenevast mullast. Paljudel neist on on
termoresistentsed dipikoliinhapet sisaldavad endospoorid.
Termofiilsed on ka osa laktobatsillide liike. L. lactis , L. delbrückii, L. bulgaricus. Nende
bakterite Tmax on ca 50-53 oC. Ka metanogeenide hulgas on termofiile. Näiteks
Methanopyrus.
Thermus aquaticus- tema DNA polümeraas (Taq polümeraas) on põhitööriist PCR
tehnoloogias .
Termofiilide iseärasused
Rakud on väikesed, spooritaolised
Vaba vee sisaldus rakkudes väike
Rakukomponendid uuenevad kiiresti. Toitaineterikkal söötmel (söötmes on
aminohappeid, suhkruid jne.) on rakud termotolerantsemad kui vaesel söötmel
(lihtsam uuendada rakukomponente)
Kromosoomi koopiaarv on suurem kui 1. See võimaldab kahjustunud DNA
parandamist homoloogilise rekombinatsiooniga. Väga efektiivsed DNA parandamise
mehhanismid
Rakus rohkesti polüamiine (+-laenguga). Spermiin, spermidiin, putrestsiin, mis
stabiliseerivad DNAd. Osadel arhedel on leitud ka histoonid. Paljudel bakteritel on
histoonitaolised valgud
tRNA on termofiilidel veidi teistsuguse koostisega: on GC-rikkam (kolm
vesiniksidet). Seega on ta termostabiilsem
Valgud sisaldavad rohkesti hüdrofoobseid aminohappeid, valgu eri osad on omavahel
tugevasti seotud. Valgud kompaktsed, väljaulatuvaid linge on vähe. See teeb naf
termostabiilseks. Tihti termofiilide valgud oligomeriseeruvad – moodustuvad dimeerid
ja tertrameerid
Rakkudes on rohkesti chaperonvalke („lapsehoidjavalgud“), mis aitavad taastada
kahjustatud valkude struktuuri. Nn. kuumashokivalgud ( heat shock proteins)
Hüpertermofiilid
Topt on üle 80 oC ja nad võivad kasvada temperatuuril kuni 116°C. Neid saab isoleerida
merepõhja avanevatest kuumaveeallikatest, kus on kõrge rõhk ja vesi ei kee ka üle 100 kraadi
ulatuvatel temperatuuridel .
Hüpertermofiilide elupaigad on sageli anaeroobsed (hapnik lahustub kuumas vees halvasti).
Enamus hüpertermofiile on kemolitoautotroofid – tüüpiliselt oksüdeerivad energia saamiseks
kas vesinikku või väävliühendeid.
Arvatakse, et T ülemine piir, mille juures veel bakterid elada saavad, võiks olla 150°C.
Kõrgemal temperatuuril kahjustuksid biopolümeerid, ka DNA. Ka väikesed biomolekulid
(näiteks ATP) ei ole kõrgel temperatuuril stabiilised. ATP ja NAD pooleluiga on 120 kraadi
juures 30 min, kõrgemal temperatuuril väheneb see kiiresti.
Esimene kirjeldatud hüpertermofiil oli Pyrodictium occultum. See on arhe , kemolitotroof. Ta
oksüdeerib vesinikku ja redutseerib väävlit. Eraldatud on ta süvamerre avanevast mustast
suitsetajast. Sügavus seal 2500 m, veesamba rõhk 250 at. Vee keemistemperatuur ulatub
42
sellistes tingimustes 300°C-ni. Tmax on tal 110°C. Võimalik, et valgulised torud, mis seovad
rakke võrgustikuks, on ka seotud mikroobi termostabiilsusega.
Pyrolobus on isoleeritud musta suitsetaja korstnast. Ta on vesinikku oksüdeeriv arhe, kelle
optimaalseks temperatuuriks on 106 kraadi. Tmax on 113 kraadi.
Tal on membraanis tetraeeterlipiidid.
Termofiilide ja hüpertermofiilide ensüüme saab kasutada PCR tehnoloogias (Taq-polümeraas,
Pfu-polümeraas, Vent-polümeraas) ja ka näiteks pesupulbrite tegemisel. Pyrolobus’e
polümeraas on palju kallim, töötab aeglasemalt, aga sellel on vigade parandamise võime (Taq
polümeraasil seda võimet ei ole).
Temperatuuritaluvus ja membraanid
See, kas mikroob madalal temperatuuril toituda saab või ei, sõltub tema transportsüsteemide
seisundist. Kui toiteainete transportsüsteemid madalal temperatuuril ei tööta, siis muidugi ei
saa rakk ka kasvada. Transporterid paiknevad membraanis ja saavad töötada siis, kui
membraan on parajalt “vedel”. Et membraan oleks madalal temperatuuril plastiline, peab
temas olema rohkesti küllastumata ja lühikese ahelaga rasvhappeid. Psührofiilide
membraanides ongi rohkesti selliseid rasvhappeid.
Eeterlipiididega membraanid võivad olla kas ühe- või kahekihilised. Dieeter-tüüpi membraan
(vasakpoolne joonis) on kahekihiline, tetraeeter-tüüpi membraan aga ühekihiline
(parempooolne joonis). Termofiilsetel arhedel on enam esindatud tetraeeter-tüüpi lipiidid, mis
on termostabiilsemad. Arhede membraanides on ka tsüklopentaani jääke, mis omakorda
stabiliseerib neid.
Toiduained riknevad peamiselt tänu neis paljunevatele mikroobidele. Madalate ja kõrgete
temperatuuride mõju mikroorganismidele saab kasutada ära toiduainete säilitamiseks.
Termiline töötlemine: keetmine, autoklaavimine, tündaliseerimine (vaheaegadega
kuumutamine ), pastöriseerimine. Termiline steriilimine on mikrobioloogilises praktikas
peamine: steriilitakse autoklaavis, kus T tõuseb üle 100 kraadi. Endospoorid ja mitmed
kuumaresistentsed viirused (hepatiit) hävivad alles temperatuuril 121 – 125 kraadi. Kõrge
temperatuur tapab mikroobid valkude denatureerimise kaudu. Niiske kuumus on tõhusam, kui
kuiv.
Pastöriseerimist kasutakse seal, kus pikaajaline kuumutamine muudab produkti kvaliteeti.
Kasutatakse õlle-, veini- ja piimatööstuses. Pastöriseeritakse ka hoidiseid ( kompotid ,
marineeritud kurgid jne).
Toiduained säilivad hästi jahedas ja külmutatult. Temperatuuril alla -12 oC ei paljune ka
psührofiilid. Madalatel temperatuuridel mikroobid üldiselt ei hävi, kuid nad ei paljune ega
kasva. Rakkude külmutamist mitmesugustes kaitsesöötmetes ( puljong , seerum, glütserool)
kasutatakse mikroobide pikaajalisel säilitamisel. Tavaliselt kasutatakse krüoprotektandina
(antifriisina) 15-20% steriilset glütserooli. Glütserool tungib rakku ja takistab jääkristallide
teket rakus, alandades tsütoplasma külmumistemperatuuri. Krüoprotektandis suspendeeritud
kultuure hoitakse kas -75 oC (-80°C) juures, vedelas lämmastikus või selle aurudes
43
pH JA HAPNIKU TOIME MIKROORGANISMIDELE
Keskkonna reaktsioon mõjub mikroorganismidele. Enamus mikroobe eelistab neutraalsele
lähedast keskkonda (neutrofiilid) ning aluseline ja happeline keskkond on neile
vastunäidustatud. Enamik roisubaktereid ja haigusetekitajaid ei talu pH-d alla 5.0. Seda
kasutatakse ära toiduainete hapendamisel ja konserveerimisel, et hoida ära nende riknemist ja
tagada ohutus.
Madal pH takistab ka bakterite endospooride idanemist. Paljudele konservidele lisatakse
äädikat. Ka paljud vürtsid (loorber jne) on happelised . Juustus leidub propioonhapet.
Hapukapsas sisaldab piimhapet ja veidi ka äädikhapet. Piimhapebakterite poolt sooles loodud
happeline keskkond (eriti tekitatav atsetaat!) takistab roisubakterite arengut sooles. Maomahla
happesus tapab enamuse toiduga allaneelatud mikroobidest.
Nõrgad orgaanilised happed ( äädikhape , propioonhape, bensoehape , piimhape jne) on
happelises keskkonnas ioniseerimata vormis. Sellisel kujul läbivad nad hästi membraane –
tungivad rakku difusiooniga. Tugevad happed membraani ei läbi, nad kahjustavad rakke
pinnalt.
Raku sees on neutraalsele lähedane pH, seetõttu rakus dissotsieerub nõrk hape prootoniks ja
happe aniooniks.
Happe anioon koguneb rakku (ei pääse enam läbi membraani välja), mis tõstab liigselt
rakusisest osmootset rõhku. Häirub raku energeetiline ainevahetus : glükolüüs, ATP süntees.
Rakk peab kulutama ka ATP-d, et pumbata liigseid prootoneid rakust välja. Seetõttu toimivad
bensoehape, äädikhape jt mikroobide kasvu pärssivalt.
Bensoehape kui konversant
Takistab seente (pärmid, hallitusseened) kasvu. Mõjub happelistes toiduainetes (ketshup,
mahlad, siider , karastusjoogid , ka Coca -Cola).
Bensoehappe anioon koguneb rakku. Kõrge bensoaadi kogus rakus on toksiline – pärmid ja
hallitusseened ei suuda seda kahjutustada. Häirub rakkude energeetiline ainevahetus. Pärmide
ei suuda näiteks enam suhkruid kääritada, ATP hulk rakus langeb. Bensoehape on toksiline ka
mõnedele bakteritele. Aga reeglina bakteritele ei meeldi nii happelises keskkonnas kasvada,
kus bensoehapet konservandina kasutatakse.
Bensoehape on looduslik konservant. Seda sisaldavad näiteks jõhvikad, pohlad , murakad,
küüslauk, ploomid ja õunad. Seetõttu säiluvad neist tehtud hoidised väga hästi. Ka kaneel
sisaldab bensoehapet.
Keskkonna reaktsioon mõjutab ka rakkude pinnalaengut ja selle kaudu rakkude adhesiooni.
Kaudselt mõjutab pH rakku näiteks ainete lahustuvuse kaudu. Madalal pH-l väheneb CO2
lahustuvus vees ja see ei sobi autotroofidele. Mõnede ioonide, nagu Cu2+, Mo2+, Mg2+ ja Al3+
lahustuvus aga suureneb happelises keskkonnas ja nende kontsentratsioon muutub mikroobile
toksiliseks. Mõnede katioonide, nagu Fe2+, Ca2+, Mg2+ ja Mn2+ lahustuvus aga väheneb
aluselises keskkonnas sedavõrd , et nad ei ole mikroobile enam kättesaadavad. Näiteks
oksüdeerunud raua transpordiks rakku on vaja erilisi transportsüsteeme (siderofoore).
Atsidofiilid
Harjunud elama happelises keskkonnas, aluselises keskkonnas nende membraanid lüüsuvad.
Happelise reaktsiooniga on mõned tööstuslikud heitveed (tselluloositööstus; puitu töödeldakse
väävelhappega). Happelised on ka söetööstuse, vasekaevanduste jne heitveed (maakides ja
söes leiduv väävel oksüdeerub väävelhappeks bakterite vahendusel). Enne looduslikesse
veekogudesse juhtimist tuleb neid neutraliseerida. Looduslikes veekogudes on pH enamasti
neutraalne või sellelähedane. Suhteliselt madal pH (3-4) on soovees ja happelistes muldades.
44
Happelistes kuumaveeallikates võib pH olla isegi 1.0. Sellistest kuumaveeallikatest on
isoleeritud baktereid, mis on nii termofiilid kui ka atsidofiilid: Sulfolobus, Stygiolobus,
Metallosphaera, kes kõik on arhed. Sealt on isoleeritud ka kõige atsidofiilsem bakter – arhe
Picrophilus, kes kasvab hästi pH 0.7 juures, lüüsub kõrgemal pH-l kui 4.0. Picrophilus
suudab kasvada 1.2M väävelhappes, rakusisene pH on tal ca. 4.6.
Tioonbakter Thiobacillus thioxidans. G(-) bakter. Talub ka pH 1.0, optimaalne on talle pH 2-
3. Bacillus acidocaldarius on termofiilne ja atsidofiilne G(+) bakter. Tiobatsillid ja
atsidofiilsed arhed saavad energiat S-ühendite, kas H S või väävli oksüdeerimisest ja
2
tekitavad oma metabolismi käigus väävelhapet.
Oma elukeskkonna hapestavad ka kääritajad bakterid, kuid enamasti nad kõrget
happesisaldust ei talu ja nende kasv peatub peagi. Laboris kasvatamisel lisatakse kääritajate
söötnetesse puhverlahuseid, et pH stabiilsena püsiks. Vahel võib lisada ka kriiti. Hapete
tekkega kriit lahustub vähehaaval ja neutraliseerib tekkiva happe. Kui mikroobe kasutatakse
hapete tootmiseks, siis lisatakse söötmetele Ca ja tekkiv hape sadeneb Ca-soolana. Hiljem
saadud soola mineraalhappega töödeldes saadakse soovitav orgaaniline hape kätte. Hapete
teke erinevatest suhkrutest on oluline diagnostiline tunnus mikroobidel, näiteks
enterobakteritel. Et testida happe teket, siis võib lisada söötmele pH-indikaatoreid, mis
reageerivad pH muutusele söötne värvi muutumisega. Kasutatakse näiteks metüülpunast,
broomtümoolsinist jmt.
Kui käärimiskeskkonnas langeb pH teatud tasemele , siis lülituvad sisse mehhanismid, mis
viivad neutraalsete produktide tekkele. Näiteks võihapebakteritel hakkab vöihappe asemel
moodustuma butanooli , atsetooni, etanooli ja butaandiooli.
Alkalifiilid
Aluselist reaktsiooni vöib esineda nii vees (soodajärved) kui ka mullas. Kaevandusveed ja
tuhamägedelt leostuvad veed. Muld, kus toimub aktiivne valkude lagunemine. Keskkonna
leelistavad valke ja uureat lagundavad bakterid. Uriini leelistumine uropatogeenide Proteus
mirabilise ja Ureaplasma toimel toob kaasa fosfaatide väljasadenemise uriinist ja neeru- ja
põiekivide tekke. Inimese mao limaskestal elav Helicobacter pylori lagundab ka uureat ja
kaitseb end NH3 pilvega maohappe eest.
Batsillide hulgas on palju alkalifiile, näiteks B. firmus ja B. licheniformis. Bacillus
licheniformis’e eksoensüüme (amülaasid, lipaasid , proteaasid) kasutatakse pesupulbrite
lisandina, sest nad töötavad hästi aluselises keskkonnas. Ka tsüanobakterid eelistavad aluselist
keskkonda, pH 7.5-10.0 sobib neile (CO2 lahustub aluselises vees hästi). Ujumisbasseinide
vette lisatakse väävel- või soolhapet, et pH ei oleks liiga aluseline ja vetikad ning
tsüanobakterid vohama ei hakkaks . Alkalifiilide hingamisahelad on ka kohastunud aluselise
keskkonnaga. Merebakteritel Vibrio alginolyticus ja Vibrio harvey moodustub membraanil
mitte prootongradient, vaid Na+-gradient. Selle gradiendi energia arvel toimub ainete
transport rakku, pannakse tööle viburid ja sünteesitakse ATP-d.
Uurea suuõõnes
Süljenäärmed eritavad uureat ja selle sisaldus süljes on ca 3-10 mM.
Suuõõnes on rohkesti ureaaspositiivseid (uureat lagundavaid) baktereid (Proteus vulgaris),
kes aitavad uureat lagundades neutraliseerida kääritajate poolt toodetavaid happeid ja
takistada hambakaariese arengut. Karbamiidiga näts.
Neerupuudulikkusega haigetel on uurea sisaldus veres ja süljes on tõusnud ja neil ei esine
kaariest. Samas esineb neil aga rohkesti hambakivi, mida põhjustavad hammaste pinnal
aluselises keskkonnas väljasadenevad fosfaadid .
45
Hapniku toime mikroorganismidele
Mikroobid suhtuvad hapnikku erinevalt ning selle tunnuse alused jagatakse mikroobid kolme
gruppi:
1. Aeroobid- vajavad eluks hapnikku. Mikroaerofiilid- kõrged hapniku konsentratsioonid
on neile toksilised. Spirillid, Campylobacter, lämmastikubakterid, vesinikubakterid .
2. Fakultatiivsed anaeroobid- saavad energiat hapnikuseoselisest metabolismist ja
taluvad hästi hapnikku, kuid hapniku puudumisel võivad ümber lülituda kas
kääritamisele või anaeroobsele hingamisele. Siia kuuluvad näiteks nitraatsed hingajad,
enterobakterid (ka soolekepike), S. cerevisiae. Reeglina kasvavad hapniku olemasolul
kiiremini, kui ilma hapnikuta.
3. Anaeroobid. Saavad energiat enamasti kas anaeroobsest hingamisest või kääritamisest.
Nende hulgas on ka kemosünteesijaid (näiteks metanogeenid) ja fotosünteesijaid
(näiteks rohelised väävlibakterid). Eristatakse rangeid anaeroobe, kellele hapnik on
väga toksiline (metanogeenid) ja aerotolerantseid anaeroobe, kes hapniku juuresolekul
ei hukku (piimhappebakterid). Jämesoolebakterid on nt. anaeroobid.
Hapnikugradient tekib mullaosakestes, mis võimaldab ka anaeroobidel seal koosluses elada.
Aeroobidel on hapnikku vaja:
1. Orgaaniliste
või anorgaaniliste toitainete oksüdatsiooniks (hapnik lülitub
oksüdeeritavasse ainesse või on elektronide lõppaktseptoriks).
2. Mõnede ühendite biosünteesiks. Näiteks steroolide sünteesiks on eukarüootidel vaja
hapnikku.
ROS- reactive oxygen species . Hapnik oksüdeerib raku komponente, mis on rakule vajalikud
redutseeritud kujul (koensüümid näiteks). Väga tugevad oksüdeerijad on hapnikust
moodustuvad vabad radikaalid. Anaeroobidel on palju ensüüme (flaviinsed oksüdaasid), mis
hapnikuga reageerides tekitavad temast radikaale. Seetõttu on anaeroobid hapnikule
tundlikud. Radikaalid moodustuvad hapnikust ka kiirguse (näiteks UV) toimel. Moodustuvad
hapniku aatomid ja molekulid, milles on paardumata elektron. Vabade radikaalide paardumata
elektronid „otsivad“ endale paarilist ja „võtavad“ neid igasugustelt biomolekulidelt,
põhjustades neis oksüdatiivseid kahjustusi (oksüdatiivne stress ).
Paljud ensüümid on hapnikutundlikud. Sellised on nitrogenaas, hüdrogenaas, Rubisco.
Nitrogenaas on ensüüm, mille vahendusel toimub bakteritel õhulämmastiku sidumine
( redutseerimine ). Bakterid peavad nitrogenaasi kaitsma hapniku eest, nt. raku ümber on paks.
ROS- hapniku metabolismi käigus moodustunud toksilised ühendid. ROS-id osalevad
inimestel mitmetes haigustes ning ka vananemises. Antioksüdandid osalevad nende
radikaalide kahjutustamises! Vitamiinid E (membraanide kaitsja) ja C (laia toimega
antioksüdant) ning mitmed taimsed ained (karotinoidid, flavonoidid jne). Bakteritel kaitsevad
rakku hapnikuradikaalide eest näiteks pigmendid. Värvilistes marjades, puu- ja juurviljades,
aga ka näiteks orasheinas on palju antioksüdante
Hapnikust moodustuvad kahjulikud produktid likvideeritakse katalaasi, peroksidaasi või
SOD’i (superoksiidi dismutaas) mehhanismide kaudu.
Hellusebakter- Lactobacillus fermentum ME-3. Antioksüdantsed omadused- aitab toime tulla
oksüdatiivse stressiga.
46
CO2 on vajalik suuremas koguses autotroofsetele bakteritele, aga ka heterotroofid vajavad
seda, sest ka nendel toimub metabolismis karboksüülimisreaktsioone, kus CO2 laheb vaja.
Söötmetele, milles kasvatatakse autotroofe, lisatakse tavaliselt NaHCO3 ja inkubeeritakse CO2
atmosfaaris. Aga neid võiks ka aereerida CO2-ga rikastatud õhuga.
Paljud patogeensed bakterid, kes on kohanenud eluga CO2- rikkas keskkonnas (inimese või
loomaorganism) on kapnofiilsed st. vajavad kõrgenenud CO2 sisaldust. Neid kasvatatakse
inkubaatorites, milles on 10% CO2 mahu järgi. Patogeenidel stimuleerib kõrge CO2 sisaldus
ka kapsli sünteesi.
47
RÕHU JA KIIRGUSE MÕJU MIKROORGANISMIDELE
Mikroobid ei karda kõrget rõhku. E. coli’ l on näidatud, et rõhu tõstmine kuni 100 at-ni isegi
stimuleerib kasvu. Kuid kui rõhku tõsta 400 at-ni, siis hakkavad moodustuma filamentsed
rakud ja kasv aeglustub. Filamentne kasv on tingitud sellest, et rakud pikenevad, kuid ei
jagune. Neil ei moodustu FtsZ rõngast Rõhu normaliseerimisel bakterid kasvavad normaalselt
edasi. . Rõhu tõstmisel 1000 at-ni hukkus E. coli rakkudest 90% 48 tunni jooksul ja nädala
pärast olid kõik rakud surnud. Seega on bakterid barorotolerantsed.
On ka barofiilseid e. rõhulembeseid mikroobe. Mariaani süvikust (11 km, hüdrostaatiline rõhk
1100 at) eraldatud mikroobidega on näidatud, et nad ei suuda elada 1 at juures (5 tunni
möödudes hukkus 90% rakkudest).
Barofiilsed mikroobid on enamasti ka psührofiilid (külmalembesed), sest nende normaalses
elupaigas (ookenisüvikud) on lisaks kõrgele rõhule ka madal temperatuur.
Rõhu tõustes ja temperatuuri alanedes väheneb membraani plastilisus ja selleks, et membraan
oleks töövõimeline, peab temas olema rohkem küllastumata ja lühikese ahelaga rasvhappeid.
Alarõhu juures väheneb gaaside sisaldus keskkonnas (hapnik, CO
), mis võib pidurdada
2, H2
mikroobi kasvu. Vaakumis mikroob ei saa elada, sest rakk veetustub.
Looduses pole päris puhast vett. Alati on seal lahustunud mingeid aineid. Kui vees on kõrge
lahustunud ainete [C] või kui vesi on adsorbeerunud tahketele substraatidele, siis ei ole ta
mikroobidele kättesaadav.
Vee kättesaadavust väljendatakse vee aktiivsusega aw.
Vee aktiivsus (aw)- see on vee molekulide seotuse aste, mõõdab vaba ehk mikroobidele
kättesaadava vee hulka. Samal temperatuuril võrreldakse veeauru rõhku puhta vee kohal ja
veeauru rõhku vee kohal, milles on lahustunud aineid. Puhta destilleeritud vee aktiivsus on
1.0.
Kui vees on lahustunud aineid, siis langeb aw alla 1.0. Mida enam on vees lahustunud aineid,
seda väiksem on aw. Mees on vee aktiivsus ca 0.6. Ehk siis kättesaadavat vett on 60%.
Mikroobid võivad elada keskkonnas, kus aw on 0.6-0.99. Enamik mikroobe vajab suhteliselt
kõrget aw (>0.95). Kõige madalama aw juures saavad kasvada hallitusseened ja pärmid.
Osmootne rõhk
Vesi tungib rakku lihtsa difusiooniga läbi valguliste pooride rakumembraanis. Selleks peab
lahustunud ainete [C] olema raku sees kõrgem, kui väljaspool rakku.
Kui väliskeskkonnas on lahustunud aineid palju, siis hoiavad nad vett kinni ja bakterid ei saa
vett kätte. Rakusisene kõrge osmootne rõhk on vajalik ka selleks, et raku suurenemiseks
(kasvuks) ja jagunemiseks peab ta olema turgori all. Rakukesta peptodoglükaani uute
fragmentide lisamine ahelatele eeldab eelnevat sidemete lagundamist (ruumi tegemine uuele
materjalile). See toimub paremini, kui rakukest on pinge (turgori) all.
Rakusisene osmootne rõhk G(-) bakterites on 3-6 at, G(+) bakterites veelgi kõrgem. Et rakk
peaks vastu nii kõrgele rakusisesele rõhule, on tal rakukestas tugikiht- peptidoglükaan.
Mükoplasmad elavad reeglina keskkonnas, kus osmootne rõhk on ca sama, mis raku sees
(inimese ja loomade koed ). Ainult seal saavad nad ilma rakukestata hakkama.
Mullalahuses on osmootne rõhk 0.5-5 at, sooldunud mullas, keedises ja mees võib aga ulatuda
100 at-ni. Osmootse rõhu tõstmist saab kasutada hoidiste tegemisel: soolamine , suhkruga
hoidised.
Kui bakterirakkudelt eemaldada kest (näiteks lüüsida peptidoglükaan lüsotsüümiga) ja rakud
suspendeerida isotoonilises lahuses, siis nad võtavad kera kuju ega lõhke. Kui aga needsamad
48
rakud suspendeerida destilleeritud vees, siis tänu rakusisesele kõrgele osmootsele rõhule
tungib vesi rakku ja rakk lõhkeb.
Osmofiilid ja halofiilid
Osmofiilid- mikroobid, kes eelistavad kasvada kõrge osmolaarsusega keskkonnas. Pärmid,
hallitusseened, spiroplasmad. On kohanenud kõrge suhkrusisaldusega keskkonnaga. Pärme ja
hallitust on alati marjadel, puuviljadel ja taimede pinnal, kus on suhkrurikkaid eritisi.
Pärmidel on ka ainete transport rakku kohanenud selle keskkonnaga, kus nad elavad.
Halofiilid- mikroobid, kes eelistavad kõrge soolsusega keskkonda. Vajavad Na
transportsüsteemide tööks, viburi töölepanekuks ja osa ka rakukestade stabiliseerimiseks.
Paljud halofiilid on punaselt pigmenteerunud .
Halofiilid jagunevad:
1. Mõõdukad halofiilid. Kasvavad hästi [NaCl] 5-10%. Alcaligenes, Acinetobacter,
Flavobacterium, Vibrio, Pseudomonas. Arenevad sooldunud mullas, merevees ,
soolatud toiduainetes.
2. Äärmuslikud halofiilid. Taluvad hästi väga kõrget soolsust (15-32%). Sellise
soolsusega on soolajärvede vesi. Neid on isoleeritud ka soolatud toiduainetest ja
soolatud loomanahkadest ja tahkest keedusoolast. On proteolüütilised ja põhjustavad
soolatud produktide riknemist. Äarmusliku halofiilid on Ectothiorhodospira halophila,
Halobacterium,
Halococcus,
Natronobacterium,
Natronococcus,
Salinibacter.
Halofiilsetel bakteritel on sageli raku sees kõrge KCl sisaldus. See stabiliseerib neil
ribosoome ja on osmoprotektoriks. Rakupinnaga seotud valgud vajavad aga
stabiilsuseks kõrget NaCl sisaldust. Madalal soolasisaldusel nende valgulised kestad
lagunevad.
Osmoprotektorid
Kui keskkonnas osmootne rõhk tõuseb, siis peab mikroob tõstma ka rakusisest osmootset
rõhku. Muidu ta lihtsalt kuivaks ära. Rakku hakatakse transportima või rakus de novo
sünteesima osmoprotektoreid. Osmoprotektorid on vees väga hästi lahustuvad väikese
molekuliga ained (enamasti orgaanilised), mis tsütoplasmas lahustudes tõstavad kiiresti
rakusisest osmootset rõhku
Levinud osmoportektorid
Heterotroofsed bakterid ja magevee tsüanobakterid – glutamaat, proliin, sahharoos,
trehaloos
Merevetikad – mannitool, dimetüülsulfoniopropionaat, DMSP
Soolajärvede tsüanobakterid – glütsiinbetaiin
Halofiised purpurbakterid – glütsiinbetaiin, ektoiin, trehaloos
Halofiilsed arhed ja mõned bakterid – KCl
Dunaliella (halofiilne rohevetikas )- glütserool
Pärmid ja seened – glütserool
E. coli- gamma -aminovõihape, glutamiinhape, proliin.
Stafülokokid- proliin.
G(-) bakteritel on vaja ka glütserooli periplasmas.
Halofiilsel vetikal Dunaliella on osmoprotektoriks glütserool. Kuna glütserool läbib väga hästi
membraane, siis on oht, et osmoprotektor lekib rakust välja. Seetõttu on Dunaliella
rakumembraan erilise koostisega, et glütserool seda ei läbiks. Surnud vetikate glütserool satub
siiski vette ja on seal põhitoiduks halofiilsetele bakteritele.
49
Pärmidel on osmoprotektoriks glütserool ning ilmselt ka teised polüoolid (sorbitool) ning
trehaloos ja kui keskonnas on vähe vett, aktiveerub nende süntees või transport rakku.
Paljudel halofiilidel (näiteks halofiilsed arhed, aga ka näiteks eubakter Salinibacter ruber) on
osmoprotektoriks KCl ja seetõttu peavad nende ensüümid hästi taluma kõrget soolasisaldust.
Raku sees on ca 5M KCl sisaldus. Selliste mikroobide rakusisesed valgud on happelised, et
mitte soolaga välja sadeneda ja sellega soolaga kohanenud. Madalal soolasisaldusel pole
töövõimelised.
G(-) bakteritel on võimalik reguleerida ka periplasma osmootset rõhku. Kui bakter on väga
lahjas lahuses, siis tungib vesi rakku, rakk pundub ja surub periplasma kokku. See ei ole
rakule soodne ja et seda vältida, sünteesib ta glükoosist periplasmasse hargnenud ahelaga.
Need tõstavad periplasma osmootset rõhku. Samal ajal on need molekulid piisavalt suured, et
mitte rakust välja tungida välismembraani pooride kaudu. Neid oligosahhariide sünteesitakse
samamoodi, nagu peptidiglükaani glükaanahelat – kasutatakse UDP-glükoosi ja membraanset
kandjat .
Osmoprotektorite muud rollid
Rakud saavad neid kasutada ka N- ja C-allikana. Glütsiin-betaiin näiteks sisaldab nii
N kui ka C, teda saab kasutada N- ja C-allikana. Trehaloos saab olla C-allikaks.
Osmoprotektorid (trehaloos näiteks) tõstavad ka rakkude vastupanu kõrgetele
temperatuuridele. Seda on põhjendatud ensüümide ja membraanide stabiliseerimisega
trehaloosiga. On näiteks näidatud, et trehaloosi hüdroksüülrühmad annavad H-
sidemeid
membraansete
fosfolipiidide
fosfaatgruppidega,
stabiliseerides
nii
membraane. Valgupreparaatide stabiliseerimiseks kasutatakse laialt näiteks ka
glütserooli.
Osmoprotektorid, eriti suhkrud ja polüoolid, kaitsevad rakku külmumise eest, vältides
jää teket rakus.
Osmoprotektorid kaitsevad valke väljasadenemise eest soola toimel.
Osmoprotektorid suurendavad organismide ja nende valkude kuivataluvust. Näiteks ka
algloomad suudavad tänu osmoprotektoritele pärast kuivamist ‘ellu ärgata’.
Kiirguse mõju mikroorganismidele
Üldiselt kiirgus mõjub halvasti. Kiirguse efekt sõltub lainepikkusest ja doosist, mida lühem
lainepikkus , seda suurem energia sellel on ja seda kahjustav see on. Peamine kiirgusallikas on
päikesekiirgus.
Pigmentatsioon- kaitseb kiirguskahjustuste eest (kollakad-oranžid pigmendid eriti). Õhus on
pigmenteerunud baktereid (Micrococcus luteus). Kiirguse vastu kaitseb ka polüsahhariidne
kapsel.
UV kiirgus- letaalne või mutageenne toime. Mõjub pindmiselt- ei tungi sügavale. Otsesed UV
kiired tapavad mikroobe juba 10-30 min jooksul. Kasutatakse steriliseerimisel - kiiresti
hävivad bakterite vegetatiivsed rakud, spoorid on kiirgusresistentsemad. Laminaarid
(laminaarboksid, külviboksid). UV-A (naha vananemine , muidu üsna kahjutu ), UV-B
(päikesepõletus, mitageenne toime), UV-C (mutageenne toime). Lühilainelise UV kiirguse
märklauaks on DNA. UV-B ja UV-C on toimelt sarnased, aga UV-C on tugevam, kuna DNA
neelab seda lainepikkust tugevamini (neelamismaksimum). Selle toimel moodustuvad DNA
ahelas kõrvutiasetsevate T-aluste vahel kovalentsed sidemed- tekivad tümidiindimeerid, mis
takistab DNA transkriptsiooni ja replikatsiooni. Vigutegevad DNA polümeraasid suudavad
50
seda aeglaselt sünteesida, aga kopeeritavasse ahelasse on sisestatud mittekomplementaarsed
nukleotiidid , põhjustades mutatsioone . Fotoreparatsioonisüsteem- fotolüaas ja VALGE
VALGUS- lagundab tümidiindimeerid, taastades normaalse olukorra. Peale kiiritamist rakke
hoida pimedas tekib rohkelt mutatsioone. Rakkudes eksisteerivad ka pimedas töötavad
(valgustamisest sõltumatud) DNA reparatsioonimehhanismid: näiteks NER (nucleotide
excision repair ), milles teatud valgud tunnevad ära kahjustatud (näiteks ka
tümidiindimeeridega DNA) ja seostuvad sellele. See algatab protsessi, milles kahjustatud
ahela lõik lõigatakse DNAst välja endonukleaasidega ja seejärel sünteesitakse selle asemele
uus ahel, kasutades matriitsina vastasahelat. Need reparatsioonimehhanismid on eri
organismidel erineva efektiivsusega, seega on osa organisme kiirgusresistentsemad, kui
teised.
Uus moodus UV-kiirgusega mikroobidest puhastatavate pindade (materjalide) saamiseks on
nende katmine titaandioksiidiga. See aine kuulub näiteks ka tavalise valge värvi koostisse.
Kui katta roostevabast terasest või klaasist pind sellise kattega , siis pinna valgustamisel UV-
kiirgusega moodustuvad titaani pinnal ergastatud elektronid, mis liitudes hapnikuga tekitavad
radikaale (superoksiid- ja hüdroksüülradikaalid), mis tapavad mikroobirakud. Mikroobide
koostisosad oksüdeeruvad, tekib süsihappegaas ja vesi. Toimib ka endospooridele ning
viirustele.
Ioniseeriv kiirgus
Lühike lainepikkus, suur energia. Mõjub letaalselt kui ka mutageenselt; tekitab radikaale.
Röntgenkiired (kunstlikult tekitatud) ja gammakiired (radioaktiivsete isotoopide lagunemine).
Gammakiiri kasutatakse steriliseerimisel. Lõhub vesiniksidemeid, oksüdeerib kaksiksidemeid,
lõhub tsüklilisi molekule ja polümeriseerib molekule. Ioniseeriva kiirguse (ja kuivuse) toimel
tekivad kaheahelalised katked DNAs DNA laguneb tükkideks. Ioniseeriv kiirgus lööb
erinevatest molekulidest elektrone välja. Kui need liituvad hapniku molekuliga, siis
moodustuvad hapnikuradikaalid, mis kahjustavad biopolümeere, eriti DNAd. Seega tugevdab
hapnik ioniseeriva kiirguse toimet.
Bakterite vegetatiivsed rakud on ioniseerivale kiirgusele palju tundlikumad, kui endospoorid.
Erinevad bakterid ka erineva tundlikkusega. Mikrokokid ja streptokokid on küllalt
resistentsed. G(+) bakterid vähem tundlikumad.
Ioniseeriva kiirgusega steriilitakse operatsioonivahendeid, laboriplastikut (petritassid),
süstlaid, aga ka toiduaineid ( strateegilised toiduvarud, loomatoit, kanaliha ), südameklappe,
kõhresid, vaktsiine, ravimeid, vürtse). Et kiiritamisel toidu maitse ei muutuks, siis esmalt
külmutatakse vedelas N, siis eemaldatakase vaakumiga õhk ja siis kiiritatakse
(gammakiired!). Selliselt töödeldud toiduained peavad kandma kindlat logo . Ikkagi inimestele
ei meeldi see steriilimisviis ja nad kardavad, et see toit võib olla ohtlik.
Gamma- kiirte tootmiseks kasutatakse radioaktiivseid isotoope, mis gammakiirgust kiirgavad
(60Co, 137Cs).
Kõige kiirgusresistentsem bakter on Deinococcus radiodurans. Tema kiirgusresistentsust
seletatakse eriti aktiivsete DNA reparatsioonimehhanismidega, pigmentatsiooniga, erilise
rakukesta ehitusega (paks peptidoglükaankiht + välismembraan), rakus palju Mn ja vähe Fe
(kõrge rauasisaldus on radikaalide tekke üheks faktoriks). Deinococcus’t on isoleeritud
kiirgusega steriilitud toiduainetest, kiirgusega steriilitud arstiriistadelt, aatomireaktorite
jahutusveest, majatolmust jne. Deinococcus talub väga hästi ka kuivust. Kiirgus ja kuivus
tekitavad kaheahelalisi katkeid DNAs, Deinococcus suudab neid katkeid edukalt parandada.
51
BAKTERITE KASV, PALJUNEMINE JA ARENGUTSÜKLID
Enamus baktereid paljuneb pooldumise teel, tütarrakud on ühesuurused ja geneetiliselt
identsed (replikatsioonivead võivad siiski olla olemas). Enne pooldumist on kromosoomi
replikatsioon, kumbki tütarrakk saab kromosoomist koopia. Plasmiidid võivad jaguneda
ebavõrdselt; kui ei ole selektiivset survet, siis plasmiid võib rakust elimineeruda. Pooldumise
viisid: sissesopistumine (E. coli) või ristvaheseina sissekasvamine (B. subtilis). FtsZ valk-
homoloogne eukarüootide tubuliiniga (ürgne tubuliin?), jagunemisel moodustub rõnga
jagunemiskoha ümber ja hiljem tõmbub kokku. FtsZ moodustub kui replikatsioon on juba
toimunud, paigutub nii, et kumbki rakk saaks kindlasti ühe kromosoomikoopia. Arvatakse, et
rõngale saavad seostuda ka teised raku jagunemises vajalikud valgud. Sporogeneesil tekib
samasugune FtsZ rõngas. Pulkbakteritel on vaja ka aktiinitaolist valku MreB (paikneb
spiraalina membraanil), see määrab raku pikenemisel raku diameetri. FtsZ paneb paika
pooldumistasapinna. Raku jagunemiseks on vaja, et rakk oleks rõhu all ( turgor ). Pool uuest
rakumembraanist on uus, pool on vana. Caulobacter crescentus- kuju tagamisel vaja lisavalku
krestsentiini, paikneb nõgusal küljel ja määrab raku kõveruse. Caulobacter’i jagunemisel
moodustub 2 erineva funktsiooniga rakku: viburiga liikuv rakk ning sessiilne (paikne) jätkega
rakk. Jätke moodustub samale poolusele, kus asus vibur.
Osa niitjaid tsüanobaktereid paljuneb niiditükikeste e. hormogoonide abil. Need on lühikesed
rakkude ahelad, mis tekivad samuti niidi tipmiste rakkude paljukordse jagunemise teel.
Hormogoonid liiguvad libisevalt. Hormogoonidega paljunemine on näidatud ka perekonnal
Leucothrix. Goniid- niitjate bakterite liikumisvõimelised paljunemisrakud. Koniid-
mittesugulise paljunemise spoorid aktinibakteritel. Pungumine- Planctomyces. Pung
moosustub otse emarakule, hiljem kasvab emaraku suuruseks. Pungaarmid- tekib kui pung
eemaldub emarakult; kui emarakule enam pungaarme ei mahu, siis see sureb (pärmid!).
Pungaarmi kohas on kitiin (pärmid!). Epulopiscium fischelsonii- emarakus moodustuvad
elusad tütarrakud, väljuvad pilu kaudu. Sünnitajabakter.
Omapärane paljunemistsükkel on bakterite parasiidil Bdellovibrio bacteriovorus. See bakter
tungib ohverbakteri periplasmasse (G(-) bakterid) ja hakkab seal kasvama peremeesraku
komponentide arvel. Kui rakk on piisavalt pikenenud, siis jaguneb ta viburitega varustatud
tütarrakkudeks ja need vabanevad peremeesraku lüüsudes väliskeskkonda. Bdellovibrio on
veebakter ja teda on eriti palju orgaanikarikkas vees, kus on palju baktereid.
Müksobakterid- mokroskoopiline viljakeha teke.
Klamüüdiad- paksukestalised elementaarkehad ja jagunemisvõimelised retikulaarkehad.
Inklusioonikehad.
Populatsiooni kasv
Vedelkultuuris arvukuse suurenemise jälgimise meetodid:
loendada rakke (r/ml). Loenduskambrid. Ei erista elus- ja surnud rakke.
väljakülvide meetod. Aitab hinnata elusrakkude arvu.
kultuuri hägusust spektrofotomeetriga. Mida rohkem rakke, seda hägusem on lahus.
biomassi määramine (mg/ml) (seente ja aktinobakterite puhul palju parem kui lihtsalt
kolooniate loendamine )
kultuuri valgusisaldus (mg/ml)
DNA sisaldus
Generatsiooniaeg - aeg, mis kulub raku pooldumisele ehk rakkude arvu kahekordistumisele.
Erinevatel bakteritel erinevad, lühikesed generatsiooniajad (15-20 min) iseloomulik E. coli’le.
Soodsates tingimustes kasvad mikroobirakkude arv eksponentsiaalset. Generatsiooniaeg
sõltub ka keskkonnatingimustest (temperatuur, toit). Madalamal temperatuuril, vähema
toiduga generatsiooniaeg on pikem
52
Mikroorganismide paljunemist piiravad faktorid
1. Toitaine vähesus ja ainevahetusproduktide kuhjumine
2. Ebasobiv hapnikuhulk, pH, temperatuur
3. Konkurents teiste mikroobidega
4. Ärasöömine algloomade poolt
Kasvukõver- lag-faas, log-faas ( eksponentsiaalne faas), statsionaarne faas, surmafaas.
Lag e. stardifaasis toimub mikroobi kohanemine uute tingimustega (uus sööde, uued toitained
jne.). Rakud suurenevad, kuid esialgu ei pooldu. Rakud sünteesivad ribosoome ja uusi
mRNAsid. Rakkude RNA hulk lag-faasis suureneb 8-12 korda.
Log e. eksponentsiaalne faas on kasvufaas , kus rakud hakkavad kiiresti ühtlase kiirusega
poolduma. Selles kasvufaasis on rakkude arvu logaritmi ja aja vahel võrdeline sõltuvus.
Logaritmilise kasvufaasi rakud on ühtlase suurusega ja koostiselt ühesugused (standardsed
rakud). Kasvu logaritmises faasis määratakse maksimaalset kasvukiirust ja generatsooniaega.
Log-faas on lühike, kuna suletud kultuuris hakkab toitainete kontsentratsiooni langus ja
jääkainete kuhjumine kasvu limiteerima. Mikroobe on võimalik pikka aega hoida
eksponentsiaalse kasvu faasis nende kasvatamisel kemostaadis läbivoolukultuuris, kuhu
pidevalt lisatakse värsket söödet ja pidevalt eemaldatakse osa suspensiooni.
Kasvu statsionaarses faasis elavad rakud varuainete arvel. Statsionaarses faasis toimub
sekundaarsete metaboliitide süntees (näiteks antibiootikumid) ja sporogeenidel indutseerub
endospooride moodustumine.
Statsionaarses faasis suureneb ka mutatsioonide hulk populatsioonis. Osa neist osutub
kasulikuks, võimaldades muteerunud mikroobidel näiteks kasutusele võtta uusi toitaineid.
Looduses on bakterid enamasti statsionaarses faasis, so pidevas “näljas” ja stressis . Sellised
rakud säilitavad pikka aega eluvõime ja aktiivne kasv taastub , kui toitainete varud taastuvad .
Mittekultiveeritavad bakterid on bakterid, keda laboratoorsetes tingimustes ei saa või ei osata
kasvatada, sest ei tunta nende toitumisnõudlusi. Ka puhkeseisundis olevad bakterid on
mittekultiveeritavad.
Mittekultiveeritavaid
baktereid
saab
kirjeldada
kasutades
molekulaarbioloogia meetodeid . Selleks analüüsitakse nende DNA järjestusi ja võrreldakse
tuntud bakterite analoogiliste järjestustega.
Selline võrdlemine võimaldab määratleda mittekultiveeritava bakteri fülogeneetilise
kuuluvuse (koha elupuul) ja leida talle sarnaseimad kultiveeritavaid bakterid, kelle
kasvutingimuste uurimine aitab välja töötada meetodeid seni mittekultiveeritavateks osutunud
bakterite kasvatamiseks laboratoorsetes tingimustes.
Fluorestseeruvate geeniproovide abil saab teha mittekultiveeritavaid baktereid nähtavaks. Kui
geeniproovina kasutada DNA lõike, mis on omased kindlale taksonile (nt. perekond,
hõimkond, riik, domeen ), siis saab kindlaks teha bakteri süstemaatilise kuuluvuse ja hinnata
proovides erinevatesse taksonitesse kuuluvate bakterite osakaalu .
53
STERILISEERIMINE JA DESINFITSEERIMINE
Maakera biomassis ca 50% moodustavad mikroobid. Inimese kehas ja kehal on rohkem
mikroobirakke kui keharakke. Mikroobide arvu on võimalik vähendada ja neid täiesti tappa,
olenevalt moodusest.
Steriliseerimine- kõikide mikroorganismide hävitamine
Desinfitseerimine- mikroobide arvu oluline vähendamine, peaks välistama patogeenide
ellujäämise. EI TAPA ENDOSPOORE ega ka mitmeid viiruseid, aga hävitavad enamiku
backterite vegetatiivsed rakud. Eluskudedel kasutamiseks enamasti liiga toksilised.
Sepsis - haiguslik protsess, mille puhul elusorganismi kudedes bakterid esinevad ja
paljunevad, põhjustades koekahjustusi.
Antiseptikud- ained, mida kasutatakse mikroobide hävitamiseks eluskudedel (nahal), et
vältida sepsist.
Kemoteraapilised ained- keemilised ained, mida kasutatakse bakteriaalsete või seenhaiguste
ravimisel . saadud keemilise sünteesi või mikroobide abil.
Antibiootikumid- ained, mida sünteesivad mikroobid (hallitusseened ja bakterid), mis
selektiivselt ja väga madalas kontsentratsioonis pärsivad teiste mikroobide kasvu või
hävitavad neid.
Bakteritsiidsed ained- baktereid tappev aine
Bakteriostaatiline aine- bakterite kasvu pärssiv aine
Esimene desinfitseeriv aine- fenool. Joseph Lister, operatsioonijärgsed haavapõletikud ja
fenoolilahus. Sai innustust Pasteuri uurimuste tulemustest. 3% fenooli on kasutatud ka
kurguaerosoolides.
Steriliseerimisviisid
1. Kuumutamine (termiline steriilimine)
a. Kuiv kuumus (leegis kuumutamine, steriliseerimiskapid). Steriliseeritakse
külviasju, pintsette, tühje kolbe. Kuiv kuumus toimib oksüdeerijana.
Steriilimiseks vajalik kuumutamisaeg: 1h 170°C, 2h 160°C.
b. Keetmine vees. 30 min vältel tapab bakterid, aga ei hävita kõiki endospoore;
ka mõned viirused võivad ellu jääda.
c. Kuumutamine veeaurus rõhu all (autoklaavimine) (laboratoorsed söötmed jne).
Niiske kuumus denatureerib valke ja DNAd, kahjustab membraane. Kodustel
tingimustel saab kasutada kiirkeedupotti.
d. Pastöriseerimine (ei taga steriilsust, aga vähendab oluliselt mikroobide arvu)
(piim, õlu, hoidised).
e. Tündaliseerimine (lühiajaline keetmine, seejärel soojas hoidmine, uuesti
keetmine). Keetmine ergutab endospooride idanemist, soojas hoidmine
soodustab
endospooride
idanemist
vegetatiivseteks
rakkudeks,
mis
järelkeetmisega hävitatakse. John Tyndall.
2. Kiiritamine
a. UV kiirgus. Kahjustab DNAd, tekitab tümidiindimeere. Steriliseerib
pindmiselt, ei tungi läbi paksust õhukihist/klaasist/veest. Õhu steriliseerimine
laboris, operatsioonitubades. Külviboks, laminaarboks.
b. Ioniseeriv kiirgus. Radikaalide teke, kahjustab kõiki biomolekule. Tungib
sügavale, hävitab bakterirakud ja endospoorid, mõned viirused võivad ellu
jääda. Ravimite, hormoonide, vaktsiinide, mõned toiduained, laboriplastik,
süstlad, opivahendid.
54
3. Filtreerimine . Poorsed filtrid , mille pooridest (0.2 µm) bakterid läbi ei pääse. Vedelike
steriliseerimine (rõhu all), mis autoklaavimist ei kannata (kuumatundlikud ained).
4. Töötlemine kemikaalidega
5. Töötlemine gaasidega
Keemiliste ainete märklauad rakus
DNA- aldehüüdid, etüleenoksiid
Rakumembraan- fenoolid , kvaternaarsed ammoniumühendid, kloorheksidiin
Valgud- fenoolid, alkoholid, aldehüüdid, halogeenid , metallid, osoon , peroksiidid,
etüleenoksiid.
Fenoolsed ühendid
Esimesena kasutati ajalooliselt antimikroobse vahendina fenooli. Modifitseeritud fenoolidel
on tugevam antibakteriaalne toime ja väiksem ärritav toime kui fenoolil. Fenoolsed ühendid
toimivad tsütoplasmamembraanile ja denatureerivad valke. Neid kasutatatakse sageli
desinfitseerivate ainetena, sest on aktiivsed ka mäda, sülje jms. juuresolekul. Tuntuimad
fenoolsed desinfitseerivad ühendid on kresoolid (metüülfenoolid). Kresoolid on väga head
pindmised desinfitseerivad ained. Peale kresooli kasutatakse fenoolsetest ühenditest veel
heksaklorofeeni. Seda kasutati esmalt haiglates naha opieelseks puhastamiseks , aga seda on
lisatud ka seepidele, deodorantidele ja hambapastadele. Eriti tugevalt toimib heksaklorofeen
G(-) bakteritele: streptokokid, stafülokokid, keda rohkesti nahal on. Haiglates kasutusel tänini.
Kloorheksidiin- Kasutatakse väga sageli naha ja limaskestade desinfitseerimiseks (opieelne)
ja ka kurguaerosoolides ja kurgutablettides. Teda kombineeritakse koos detergentide ja
alkoholidega . Toimivad plasmamembraanile, spoorid ei hävi. Viirustest mõjub ainult kestaga
viirustele.
Fenoolikoefitsient näitab, kui suur on keemilise aine efektiivsus antimikroobse vahendina
võrreldes fenooli toimega samale mikroobile.
Halogeenid
Jood ja kloor . Mõjuvad nii puhtalt (I2 ja Cl2 lahusena ), kui ka seotuna kas org. või
anorgaaniliste ühenditega. I2 on üks vanemaid ja efektiivsemaid antiseptilisi aineid. Ta toimib
bakteritele, seentele, endospooridele ja mõnedele viirustele.
Üks võimalik toimemehhanism on joodi reageerimine valkudes türosiiniga ja selle kaudu
valkude inaktiveerimine.
Jood + türosiin dijoodtürosiin
Jood võib oksüdeerida ka tioolrühmi valkudes. Joodi kasutatakse tinktuurina (joodi
alkoholilahusena) ja jodofooridena. Jodofoorid on joodi ühendid teiste ainetega, millest jood
pikkamööda vabaneb. Jodofooridel on sama toime nagu joodilgi, kuid nad ei ärrita ega määri.
Kloor
Aktiivne kas gaasina või kombineerituna teiste ainetega. Tema toime põhineb
hüpokloorishappe tekkel:
1) Cl2 + H2O H+ + Cl- + HOCl
2) HOCl H+ + OCl
Hüpokloorishape on väga aktiivne kloori derivaat, sest ta on elektriliselt neutraalne ja ta
difundeerub läbi raku membraani sama ruttu kui vesi. Gaasilist kloori kasutatakse joogivee ,
basseinide vee ja reovee desinfitseerimiseks.
Majapidamises kasutatakse Na-hüpokloritit (NaOCl) kui desinfitseerijat ja pleegitajat.
Klooramiini ja Na-hüpokloritit kasutatakse desinfektandina veepuhastuses ja ka
55
toiduainetetööstuses (piimatööstus jne). Kloramiin on väga püsiv ühend, millest kloor
vabaneb pika aja jooksul. Klooriühendid toimivad oksüdeerijana.
Alkoholid
Tapavad baktereid ja seeni, aga mitte endospoore ja kestata viirusi. NB! Seenespooride
isoleerimine mullast ja random spore analüüs. Denatureerivad valke ja lahustavad
membraane. Nende eelis on see, et nad auravad pärast kasutamist ära. Sobib naha
puhastamiseks, aga haava päris steriilseks ei tee, sest koaguleerib haava pinnavalgud ära ja
haava sees mikroobid jäävad ellu. Kasutatakse isopropanooli (Cutasept) ja etanooli. Sobivaim
kontsentratsioon on 70%. Võib aga kasutada 60-95%. Päris kange alkohol ei sobi, sest
valkude denaturatsiooniks on vett vaja.
Raskemetallid ja nende ühendid
Hõbe, elavhõbe ja vask olid esimesed, mida kasutati. Hõbe ja vask toimivad eriti madalas
kontsentratsioonis. Nad on antiseptikud ja germitsiidid (germitsiid on vegetatiivsete rakkude
tapja). Metallid inhibeerivad ensüüme, seostuvad tioolrühmadega.
Ag kasutatakse 1% AgNO3 lahusena. Imikute silmad. Gonorröa, klamüüdiad.
HgCl2 on vist vanim metalliühend, mida kasutati juba keskajal. On bakteriostaatiline ja väga
laia spektriga . Aga ta on toksiline ka inimesele ja ärritab nahka. Kaasajal lisatakse peamiselt
värvidele, et teha neid hallitusekindlamaks.
CuSO4 kasutatakse algitsiidina basseinides, aga ka aianduses seenhaiguste tõrjeks taimedel.
ZnCl2 lisatakse suuvetele ja ZnO kasutatakse salvides ja pulbrites, aga ka värvides, et teha
neid hallitusekindlamateks. ZnO on ka pigmendimoodustaja värvides
Pindaktiivsed ained
Vähendavad vedelike pindpinevust . Seep on ka pindaktiivne. Naha pinnal oleva biofilmi
muudab ta väikesteks tilgakesteks, mis eemalduvad veega kergesti. Deodorantseepidele
lisatakse veel juurde lisaaineid nagu trikloorkarbaan, mis inhibeerivad G(+)baktereid.
Väga olulised pindaktiivsed ained on kvaternaarsed ammooniumühendid. Eriti efektiivsed on
nad G(+)bakterite vastu, kuigi mõjuvad ka G(-)bakteritele. Nad on bakteritsiidsed,
fungitsiidsed ja toimivad ka kestaga viirustele, Endospoore ja tuberkuloosibaktereid ei tapa.
Permeabiliseerivad membraane, seostudes fosfolipiididega. Karedas vees ei toimi. Tuntuimad
kvaternaarseid
ammooniumühendid
on
bensalkooniumkloriid
(Zephiran)
ja
tsetüülpüridiinkloriid (Cepacol). Nad on värvita, lõhnata, maitseta, stabiilsed, mittetoksilised
praktikas kasutatavas kontsentratsioonis. Tsetüülpüridiinkloriidi fenoolikoefitsent on 228
Salmonella typhi vastu ja 337 S. aureus’e vastu.
Orgaanilised happed
Lisatakse happelistele toiduainetele: mahlad, juustud , leib. Toimivad efektiivselt just
happelises keskkonnas – siis läbivad ioniseerumata kujul difusiooniga edukalt
rakumembraani. Madal pH takistab juba iseenesest enamiku bakterite kasvu. Seega lisatakse
sorbiinhapet, bensoehapet ja propioonhapet just selleks, et pidurdada hallituse kasvu. K-
sorbaati E202 lisatakse näiteks moosisuhkrule. Bensoehappe derivaate lisatakse ka
šampoonidele ja kreemidele, et need hallitama ei läheks. Orgaanilised happed happed ei mõju
mitte pH alandamise kaudu, vaid toimivad läbi metabolismi, takistavad energeetilist
ainevahetust
Nitraat ja nitrit
Lisatakse juustu tegemisel juustupiimale ja ka lihatoodetele (singid, vorstid ) ning
suitsukalatoodetele. Nitritid ja nitraadid takistavad endospooride idanemist ja on hea kaitse
56
botulismi vastu (botulismitekitaja Clostridium botulinum on anaeroobne sporogeenne bakter).
Kõrgemas kontsentratsioonis kui vajatakse endospooride idanemise pärssimiseks, reageerib
nitrit müoglobiiniga ja teeb liha ilusaks roosaks .
Nitraat ja nitrit on ohtlikud, sest liha praadimisel kuumas õlis võivad valkudega reageerides
anda kantserogeenseid nitrosoamiine. Nitrosoamiinid võivad moodustuda ka inimese
jämesooles, kus valkude laguproduktid reageerivad nitritiga.
Aldehüüdid
On ühed kõige efektiivsemad mikroobidevastased ühendid. Denatureerivad valke, seostudes
valkude mitmete funktsionaalsete rühmadega: amino-, hüdroksüül- ja tioolrühmadega.
Formaldehüüd on gaasina väga hea desinfitseerija. Vedelikuna kasutatakse 40%
formaldehüüdi lahust e. formaliini. Kasutatakse anatoomiliste jms preparaatide säilitamiseks,
kasvuhoonetes ja keldrites hallituse tõrjeks jne.
Ka liha- ja kalatoodete suitsetamisel toimib ühe säilitava ainena moodustuv formaldehüüd ja
fenoolsed ühendid.
Glutaraalaldehüüd on veel efektiivsem, kui formaldehüüd. Seda kasutatakse haiglates
vahendite steriilimiseks. kasutatakse 2% lahusena (nt Cidex ). On vist ainuke vedel aine, mida
võib käsitleda kui steriliseerijat.
Gaasid
Etüleenoksiid. Kahjustab DNAd ja denatureerib valke. Olulised funktsionaalsed rühmad
valkudes alküülitakse (asendatakse –CH
OH rühmaga). Ta on toksiline ja plahvatusohtlik
2CH2
ja teda tuleb segada kas CO2 või lämmastikuga. Teda on kasutataud niisuguste asjade
steriilimiseks, mis kuuma ei talu ( kosmoselaev ). Kasutatakse ka laboriplastiku,
südameklappide jne steriilimiseks. Töödeldakse 60 kraadi juures 1-10 tundi. Tapab ka
endospoore.
Osoon. Kasutatakse veepuhastuses.
H2O2 kasutatakse koduses praktikas haava puhastamiseks, aga ka haiglates. Haavale panna
pole kugi efektiivne, sest veres olev heem lagundab ta ära. Aga samas toimib tekkiv hapnik
hävitavalt haava sattunud anaeroobidele. Kasutatakse näiteks piimatööstuses seadmete
steriilimiseks ja kartongist mahlapakkide steriilimiseks. Tema pluss on see, et ta laguneb ära,
jätmata toksilisi lõpprodukte. Kasutatakse ka kontaktläätsede steriilimiseks. Et
vesinikperoksiidi ei jääks läätsele (ärritab silma), on läätsede hoidmise konteineris
plaatinakatalüsaator, mis jääkperoksiidi ära lagundab. Bensoüülperoksiidi kasutatakse
haavade puhastamiseks, aga enam on ta tuntud akne ravis
Toiduainete säilimiseks kasutatavad moodused
1. Jahedas hoidmine (paljunemine aeglustub)
2. Külmutamine (osa sureb, osa jääb ellu, aga ei paljune)
3. Kuivatamine (vee puudus takistab kasvu)
4. Soolamine
5. Rohke suhkruga hoidistamine
6. Hoidistamine äädikaga (takistab endospooride idanemist)
7. Hapendamine (hapukurk, hapukapsas, hapupiim)
8. Säilitusained (bensoaadid, sorbaadid jne).
57
MIKROBIOLOOGIA I ( loeng 1.) 1. September 2009 Õppematerjale: 1. ,,Brock biology of microorganisms" by Michael T. Madigan 2. ,,Microbial Life" ( www.sinauer.com/microbial-life/index.html) 3. ÕIS 2009 õppematerjalid 1. ELU TEKE MAAL: · Maa vanuseks on määratud 4,6 miljardit aastat. · Vanimad leitud mineraalid on tsirkoonikristallid ( 4,4 miljardit aastat vanad ). · Vanimad settekivimid on leitud Gröönimaalt ( 4 miljardit aastat vanad ) vee olemasolu. · Vanimad bakterite kivistised on prekambriumist. · Stromatoliit- kivistunud mikroobne matt ( Lääne Austraalia ) · Tsüanobakterid- hapniku kogumine atmosfääri TÄNAPÄEVA TINGIMUSTES EI SAAKS ELU MAAL ENAM MEILE TUTTAVAL KUJUL TEKKIDA, kuna: · Tollal oli hapnikku väga vähe, selle asemel oli CH4, CO2, N2, NH3, CO, H2 · Kõrgem temperatuur · Ere valgus, UV kiirgus · Tugev vulkaaniline tegevus · Met
Kordamisküsimused (teemad) Mikrobioloogia I kursuse kohta 2013 I 1. Mida prooviti tõestada Milleri-Urey katsetega? Selgita neid katseid. a) orgaaniliste molekulide abiootilist moodustumist ürgsel Maal tolaegsel tingimustel b) Miller ja Urey lõid laboris tingimused, mis oleks pidanud vastama tingimustele varasel Maal. Katses loodud redutseeriv atmosfäär koosnes veeaurust, vesinikust, ammoniaagist ja metaanist (hapnik puudus!). Veeaur juhiti läbi gaaside segu ja seejärel jahutati. Vesi kolvis muutus algul kollakaks, hiljem päris pruuniks 2. Tingimused ürgsel Maal. Milleri-Urey katsetes sünteesitud produktid. · väga vähe hapnikku, · redutseerivad tingimused · CH4 , CO2 , N2 , NH3, jäljed CO ja H2-st, · kõrge temperatuur, · valgus, vulkaaniline tegevus, meteoriitide rünnakud ja ultravioletkiirgus olid palju suuremad kui praegu Enim moodustus kõige lihtsamat aminohapet glütsiini ka aspartaadi ja aminobutüraadi 3. Protein
Mikrobio eksam. 1. Milleri-urey katsed Tõestasid, et ürgse Maa atmosfäär oli erinev tänapäevasest ta oli redutseeriv. Seal esinesid vesinik, ammoniaak ja metaan, millest võisid moodustuda orgaanilised molekulid, elusaine ehituskivid. Veeaur juhiti läbi gaaside segu ja seejärel jahutati. Gaasifaasis moodustusid laengute mõjul lihtsamad ained (nt. ammoniaagist ja metaanist moodustus vesiniktsüaniid HCN), mis kondenseeriti jahutades veefaasi, kus toimusid põhilised sünteesireaktsioonid. Enim moodustus kõige lihtsamat aminohapet glütsiini. Moodustusid alaniin, glütsiin, aspartaat ja aminobutüraat. 2. Proteinoidid (Polüpeptiidide abiootiline s?
Kordamisküsimused (teemad) Mikrobioloogia I kursuse kohta 2016 1. Mida prooviti tõestada Milleri-Urey katsetega? Selgita neid katseid. Tingimused ürgsel Maal. Milleri- Urey katsetes sünteesitud produktid. Proteinoidid. Prebiootilised aminohapped. RNA ahelate abiootiline süntees. Tahke pinna (näiteks savi) tähtsus abiootilises sünteesis. Ürgrakk. RNA-elu. Lühikesed pindaktiivsed peptiidid kui potentsiaalsed ürgrakkude membraani koostisosad. Stromatoliidid. Hapniku kogunemine atmosfääris ja tsüanobakterid. Miller-Urey katsetega prooviti tõestada, et ürgse Maa atmosfäär, kus esinesid vesinik, ammoniaak ja metaan, võisid moodustada orgaanilised molekulid, eluaine ehituskivid. Miller ja Urey lõid laboris tingimused, mis oleks pidanud vastama tingimustele varasel Maal. Katses loodud redutseeriv atmosfäär koosnes veeaurust, vesinikust, ammoniaagist ja metaanist (HAPNIK PUUDUS). Need oli ained, mis võisid olla valdavad varases Maa atmosfääris. Vee
1.Mis võiks varuaineteks olla? Polüsahhariidid, rasvad ja polühüdroksüvõihape on varuained, mida saab kasutada nii energia saamiseks kui ka endogeense süsiniku allikana. 2.Mille poolest erineb graampos ja neg viburite basaalkeha?? Graamneg kaks paari kettaid, graampos ainult sisemine. Lisaks sisemistele ketastele esinevad graamneg. bakteritel ka välimised kettad: P (periplasma) ja L (LPS) ketas. Need välimised kettad ilmselt ei pöörle, vaid stabiliseerivad telgvarrast. Viburi basaalkeha ehitus gramnegatiivsetel bakteritel. Sisemist ketast ümbritsevad rakumembraanis paiknevad Mot valgud, mis toimivad kettaid pöörlemapaneva mootorina (moodustavad ioonkanali) ja nendega on seotud Fli valgud, mis võimaldavad muuta viburi pöörlemise suunda. 3.Kuidas saab bakter liikumissuunda muuta? Mööda kõverjoont sujuvalt liikuda ei saa, bakteri liikumine käib piki sirgjoont, liigub edasi, seiskab viburi
Aastaarvud: · 4.6 miljardit a. Maa vanus · 4.4 miljardit a. kõige vanemate siiani leitud mineraalid (tsirkoonkristallid) · 4.1-3,5 miljardit a tagasi tekkisid esimesed organismid · 4 miljardit a. kõige vanemad settekivimid (leitud Gröönimaalt) · 3,5 miljardit a Lääne-Austraaliast ja Lõuna-Aafrikast leitud fossiilide vanus · 1,7 miljardit a esimesed üherakulised eukarüoodid · 1683 a A von Leeuvenhoek avaldas esimese joonistuse bakteritest · 1836 a - C. Ehrenberg vaatles esimesena vibureid · 1872 a - F. Cohn avastas viburid teistkordselt · 1893a. - Pfeiffer toksiinid endo - ja eksotoksiinideks · 1920a Oparin ja Haldan näitasid üksteisest sõltumatult, et tingimused primitiivsel Maal toetasid keemilisi reaktsioone · 1970 Richard Blakemore isoleeris järvemudast bakterid, kes reag magnetväljale, avastati magnetosoomid · 1977 a hakati võrdlema erinevate organismide RNAde järjestusi, sai selgeks, et el
Kordamisküsimused Mikrobioloogia I kursuse kohta 2012 Mida prooviti tõestada Milleri-Urey katsetega? Et ürgse Maa atmosfäär oli tänapäevasest erinev see oli redutseeriv. Seal esinesid vesinik, ammoniaak ja metaan (hapnik puudus), millest tekkisid orgaanilise aine molekulid, mis olid aluseks elu tekkele. Selgita neid katseid. Miller ja Urey lõid laboris tingimused, mis oleks pidanud vastama tingimustele varasel Maal. Katses loodud redutseeriv atmosfäär koosnes veeaurust, vesinikust, ammoniaagist ja metaanist (hapnik puudus!). Veeaur juhiti läbi gaaside segu, elektroodidega tekitatud välgu ja seejärel jahutati. Vees moodustunud orgaanilised ained vähemalt osaliselt kaitstud kiirguse ja elektrilaengute eest. Vesi kolvis muutus algul kollakaks, hiljem päris pruuniks. Ammoniaak, vesinik, metaan ja vesi lihtsate orgaaniliste ainete abiootilises sünteesis. Gaasifaasis moodustusid laengute mõjul lihtsamad ained (nt. ammoniaagist ja metaanist moodustus vesiniktsüaniid HCN),
Kordamisküsimused Mikrobioloogia I kursuse kohta 2010 Eluslooduse domeenid ja prokarüootide koht neis. Mida tähendab mõiste ,,prokarüoot" ? Kolm domeeni:arhed, bakterid ja eukarüoodid. Prokarüoodid kuuluvad arhede ja bakterite domeeni. Prokarüoot: eeltuumne. Arhed, nende erilisus, sarnasus bakteritega ja eukarüootidega. Arhede peamiseks erinevuseks bakteritest on nende sarnasused eukarüootidega. Veel: metaani moodustamine, Sarnasused bakteritega: rõngaskromosoom, genoomi suurus, operonide esinemine, mRNA intronite puudumine, 70s ribosoomid, metabolismiensüümide aminohappeline järjestus. Sarnasused eukarüootidega: Histoonid, rakuskelett, DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest, transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. Mustadel suitsejatel elavad hüpertermofiilid, nagu nt Pyrodictium occultum- meelist 105 kraadi, range anaeroob. Soolastes veekog
Kõik kommentaarid