10 30,5 0,6880 11 32,5 0,2920 13 36,5 0,5283 14 38,5 1,1030 15 40,5 1,6161 16 42,5 1,7673 Vxmax 360 17 44,5 1,4272 DNP- aspartaat 18 46,5 0,8711 19 48,5 0,4599 20 50,5 0,2351 21 52,5 0,0721 Kromotogramm 2.0000 1.8000 1.7673 1
ENSÜÜMKATALÜÜSI KEEMILISED MEHHANISMID 1. Ensüümkatalüüsi kolm keemilist mehhanismi. Kovalentse katalüüsi põhimõte. Nukleofiilsed tsentrid ensüümides, side ensüümi ja substraadi vahel. 1. 1) Kolm mehhanismi: · kovalentne katalüüs · üldine happe-alus katalüüs · metalli-iooni katalüüs Kovalentse katalüüsi põhimõte: · Ensüüm ja substraat moodustuvad kovalentseid sidemeid ühes või mitmes reasktsiooniahela punktis. · Kovalentse sideme moodustumine E(ensüümi) ja S(substraadi) vahel tagab reaktsiooni kiiruse tõusu Näide : katalüüsita reaktsioon: BX+Y -> BY+X Kovalentne katalüüs: BX+Y+E -> E:B+Y+X-> E+BY+X Selle mõte on vähendada aktivatsiooni energiat reaktsioonil. Nukleofiilse katalüüsi puhul ensüümi mõni nukleofiilne tsenter (amiin, hüroksüül etc...) atakteerib substraadi elektrofiilset tsentrit. Tekib side substraadi ja ensüümi vahel. ...
2. Segude lahutamine ja ainete identifitseerimine 2.1 Kromatograafilised meetodid KROMATOGRAAFIA - meetod, millega saab ainete segu lahutada komponentideks ning mis põhineb nende erineval jaotumisel liikuva (mobiilse) ja liikumatu (statsionaarse) faasi vahel. MOBIILNE FAAS STATSIONAARNE FAAS Agregaatolekust sõltuvalt eristatakse: Faasina võib kasutada: - Gaasikromatograafiat - Adsorbenti - Vedelikkromatograafiat - Ioniiti - Ülekriitilise fluidumi kromatograafiat - Biospetsiifilist sorbenti - Poorset geeli - Kandja pooridesse seotud vedelikku Sõltuvalt statsionaarse faasi iseärasustest ja lahutatavate ainete ning faaside vahelistest vastasmõjudest, kasutatakse erinevaid kromatograafia liike: ...
Kolonni sisediameeter 2,1 cm ( r= 1,05 cm) Vajalikud arvutused tööks Kogumaht Vt= Sp * L Sp= r2 Vt= 3,14 * (1,05)2 * 29,5 = 102 cm3 Geelimaatriksi maht Vg= k* Vt Vg= 0,1* 102 = 10,2 cm³ Maksimaalne elueerimismaht Vxmax= Vt-Vg Vxmax= 102-10,2= 91,8 cm3 Fraktsioonide üldarv n= Vxmax/ 2 n= 91,8/246 katseklaasi Elueerimispuhver: 0,15 M NaCl; 20 mM Tris/HCl; pH= 7,5 Lahutatava segu koostis: dekstraansinine 3 mg/ml, müoglobiin 6 mg/ml, DNP- aspartaat 0,3 mg/ml Segu komponentide lahutamine kolonnis 1. Avasin alumise kraani ja lasin voolutil kolonnist tilkuda väiksesse keeduklaasi kuni vooluti oli mõne mm kõrgusel geeli nivoost, jälgides, et kolonn kuivaks ei jookseks. 2. Sulgesin kolonni väljavooluava ning doseerisin pipetiga geeli pinnale 1 ml uuritavat proovi. 3. Järgmiseks lisasin tilkhaaval voolutit, et proov imenduks geeli, kuid ei lahustuks voolutis. 4
410 müoglobiin 11 36,5 2,613 12 38,5 1,073 13 40,5 0,469 25 64,5 0,179 26 66,5 0,940 27 68,5 1,917 Vxmax 360 DNP- aspartaat 28 70,5 1,732 29 72,5 1,250 30 74,5 0,943 31 76,5 0,622 32 78,5 0,329 Kromotogramm Esimesena väljus kolonnist dekstraansinine, see tähendab et tal on kõige suurem molekulaarmass
TTÜ keemiainstituut Biokeemia õppetool YKL3312 Biokeemia-praktikum Laboratoorne Töö pealkiri: töö nr. 2.2 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Õpperühm: Töö teostaja: YASB-21 Andrei Popov 082559 Õppejõud: Töö teostatud: Protokoll esitatud: Protokoll arvestatud: Tiina Randla Teoreetiline osa. Geelkromatograafia on meetod erinevate suurustega molekulide eraldamiseks segust. Kolonni laetakse peeneteraline, võimalikult ühtlase poorsusega geel, kolonni alumisse otsa pannakse geeli mitte läbilaskev, kuid uuritavate ainete läbimist lubav takistus(klaasvill), mis lubab eraldada puhastatava aine geelist endast. Molekulid, mis on liiga suured, et mahtuda geeli pooridesse, tulevad kolonnist läbi esimesena. Kõige väiksemad molekulid aga takistuvad pooridesse, ning väljuv...
Seega saab aspartaami liigitada vaid keemiliste mürkainete hulka. Vaatleme lähedalt aspartaami koostisaineid: Aspartaat (aspartaat hape) 40% koostisest samuti sisaldub aspartaadis glütamaat hape. Mõlemad ained põhjustavad tõsiseid neuroloogilisi häireid ja tervet müriaadi muid sümptoome. Liiga palju glütamaati või aspartaati tapab teatud aju neuronid ja laseb ajurakkudesse üleliia kaltsiumit. Taoline sissetung käivitab ajurakke tapvate vabade radikaalide tekkimise. Aspartaat on aminohape. Kui seda tarvitada ilma seoseta teiste valkudega, siis tõstab ta märgatavalt nii aspartaadi kui ka glütamaadi taset vereplasmas. See on ajule väga ohtlik. Loomulik barjäär, mis kaitseb aju üleliigse glütamaadi ja aspartaadi eest, aga ka teiste mürkide eest, ei ole välja arenenud lapsepõlves, ei kaitse täiesti aju erinevaid piirkondi; on kahjustatud paljude krooniliste ja ägedate haigusjuhtude poolt; lubab
Tallinna Tehnikaülikool Bioorgaanilise keemia õppetool 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Tallinn 2013 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Töö teoreetilised alused Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia on segu komponentide lahutamise ehk fraktsioneerimise meetod, mis põhineb aine molekulmassidel ja nende erineval jaotumisel liikuva ja liikumatu faasi vahel. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise , võimalikult ühesuguse poorsusega geeli. Ainete segu juhtimisel läbi geelkromatograafia kolonni toimub molekulide lahutumine vastavalt nende võimele difundeeruda geeli pooridesse (vastavalt molekuli suurusele). Geelkromatograafias kasutatavd geelid koosnevad kas dekstraanist, agaroosist või polüakrüülamiidist (margid erinevad üksteisest poorsuse poo...
TTÜ Keemiainstituut Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Laboratoorne töö: nr. 4 Töö pealkiri: 2.2 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Õpperühm: YAGB22 Töö teostaja: Õppejõud: Töö teostatud: 12.04.2010 Protokoll esitatud: 16.05.2010 2.2 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Töö teoreetilised alused: Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia on segu komponentide lahutamise ehk fraktsioneerimise meetod, mis põhineb aine molekulmassidel ja nende erineval jaotumisel liikuva ja liikumatu faasi vahel. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise , võimalikult ühesuguse poorsusega geeli. Ainete segu juhtimisel läbi geelkromatograafia kolonni toimub molekulide lahutumine vastavalt nende võimele difundeeruda geeli pooridesse (vastavalt molekuli suurusele). Geelkromatograafias kasutatavd geelid koosnevad kas dekstraanist, agaroosist või polüakrüülamiidist (margid er...
2.2 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Teoreetiline osa. Geelkromatograafia on meetod erinevate suurustega molekulide eraldamiseks segust. Kolonni laetakse peeneteraline, võimalikult ühtlase poorsusega geel, kolonni alumisse otsa pannakse geeli mitte läbilaskev, kuid uuritavate ainete läbimist lubav takistus(klaasvill), mis lubab eraldada puhastatava aine geelist endast. Molekulid, mis on liiga suured, et mahtuda geeli pooridesse, tulevad kolonnist läbi esimesena. Kõige väiksemad molekulid aga takistuvad pooridesse, ning väljuvad geelist viimastena. Et geel ära ei kuivaks, ning et ta maksimaalselt lahutaks, tuleb pärast proovi kolonni sisestamist pidevalt lisada elueerimisvedelikku, mis ise ei muuda katse tulemusi. Läbi tulnud vedelik kogutakse 2ml fraktsioonidena katseklaasidesse, et neid saaks spektromeetriliselt analüüsida. Vastavalt fraktsiooni värvile mõõ...
Tallinna Tehnikaülikool 2.2 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Biokeemia labori protokoll 2011 Töö teoreetilised alused Geelkromatograafia on kromatograafia meetod, mille põhimõtteks on lahuses sisalduvate ainete lahutamine. Ained fraktsioneeritakse nende molekulmassi järgi, see tähendab, et erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise, ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Proovi transportimine läbi kolonni toimub vesilahuse abil. Protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis. Kolonn on täidetud pundunud geeligraanulitega, mille pooride mõõtmed on vastavuses lahuses sisalduvate makromolekulide dimensioonidega. Geelkromatograafias kasutatavad geelid koosnevad kas dekstraanist, agaroosist või polüakrüülamiidist. Geelkromatograafia kolonni kirjeldatakse järgmise mahtud...
a) Deshifreerige viimane ühend ja kirjutage selle struktuur 5-fosforibosüülpürofosfaat O O P O CH2 O OH O O O O P O P O OH OH O O b) Kirjutage AMP sünteesi põhimõtteline skeem. Fumaraat Aspartaat + GTP GDP + P IMP Adenüülsuktsinaat AMP Adenüülsuktsinaadi süntetaas Adenüülsuktsinaadi lüaas c) Kuidas on nende ensüümide üldnimetus, mis katalüüsivad fosforibosüüli ülekannet N-alusele? Fosforibosüültransferaasid 6
TTÜ keemiainstituut Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia Laboratoorne töö nr: Töö pealkiri: 2.2 AINETE SEGU LAHUTAMINE GEELKROMATOGRAAFIA MEETODIL Õpperühm: Töö teostaja: YAGB22 MIHKEL HEINMAA Õppejõud: Töö teostatud: Protokoll esitatud: MALLE KREEN 1/03/2010 15/03/2010 AINETE SEGU LAHUTAMINE GEELKROMATOGRAAFIA MEETODIL (2.2) TEOORIA Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia (aka molekulaarsõel, eksklusioonikromatograafia) põhimõtteks on lahuses sisaldavate ainete lahutamine nende molekulmassi suuruse järgi. Erineva molekulaarmassiga ained liiguvad...
YKL0060 Biokeemia Töö nr 2.1 Ainete lahutamine geelkromatograafia meetodil Yasb 21 Juhendaja Tiina Randla 17.02.2012 Teooria Geelkromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mille põhimõtteks on lahuses sisalduvate ainete lahutamine ehk fraktsioneerimine nende molekulmassi suuruse järgi. Erineva molekulaarmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Meetodit kasutatakse makromolekulide lahutamiseks, lisandite ja soolade eraldamiseks või puhvri vahetamiseks, kus proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis, mis on täidetud pundunud geeligraanulitega, mille pooride suurus on võrreldav lahuses sisalduvate makromolekulide suurusega. Erineva molekulmassiga ainete segu läbijuhtimisel toimub nende lahutamine üksteisest vastavalt molekulide suurusele (s.o võimele difundeeruda geeli pooridesse). Et seg...
Tallinna Tehnikaülikool Biokeemia - parktikum YKB3312 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Üliõpilane: Liisa Kivi Juhendaja: Tiina Randla KROMATOGRAAFIA - segu komponentide lahutamise meetod, mis põhineb nende erineval jaotumisel liikuva (mobiilse) ja liikumatu (statsionaarse) faasi vahel. Kromatograafilisi meetodeid kasutatakse laialdaselt amiohapete, valkude, süsivesikute jt ainete segude lahutamisel. GEELKROMATOGRAAFIA meetoditest on kõige tuntum geelfiltratsioon ehk molekulaarsõelte meetod. See on ainete lahutamise, puhastamise ja analüüsi meetod, mis baseerub segus olevate erineva molekulmassiga ainete erineval liikuvusel läbi peeneteralise, võimalikult ühesuguse poorsusega geeli. Antud meetodi puhul kasutasin pundunud geeligraanulitega täidetud kolonni. Geeli pooride ...
YKL0060 Biokeemia-praktikum Laboratoorne Töö pealkiri: töö nr. 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Õpperühm: Töö teostaja: KATB-41 Sigrid Reinsalu 095908 Õppejõud: Töö teostatud: Protokoll esitatud: Protokoll arvestatud: Tiina Randla 28.02.2011 Töö teoreetilised alused Kromatograafia on segu komponentide lahutamise meetod, mis põhineb nende erineval jaotumisel liikuva ja liikumatu faasi vahel. Geelkromatograafia meetoditest on kõige tuntum geelfiltratsioon ehk molekulaarsõelte meetod. See on ainete lahutamise, puhastamise ja analüüsi meetod, mis baseerub segus olevate ainete molekulmasside erinevusele.Geelkromotograafias viiakse protsess läbi kinnises süsteemis-kolonnis, mis on täidetud pundunud geeligraanulitega, mille pooride mõõtmed on samas suurjusjärgus lahuses sisalduvate makrom...
Keemiainstituut TTÜ Bioorgaanilise keemia õppetool Töö nr 2.1 Töö pealkiri AINETE SEGU LAHUTAMIN E GEELKROM ATOGRAAFI A MEETODIL Üliõpilane Õpperühm KATB41 Töö teostatud 19/03/2012 Arvestatud TEOORIA KROMATOGRAAFIA - segu komponentide lahutamise meetod, mis põhineb nende erinev...
Biokeemia praktikumi protokoll Töö 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Üliõpilane: Jaroslav Marhivka (rühm B) Juhendaja: Ly Villo Teaduskond ja eriala: Matemaatika- ja loodusteaduskond, Geenitehnoloogia Matrikli Nr :134369 YAGB Sissejuhatus Geelkromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mis põhineb lahuses olevate ainete lahutamisel nende molekulmassi suuruse järgi. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise, ühtlase poorsusega geeli erineva kiirusega. Seda meetodit kasutatakse makromolekulide segude lahutamiseks, puhvri vahetamiseks ja lisandite eemaldamiseks. Proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Kolonnis oleva geeli graanulite pooride suurus on samas suurusjärgus segu makromolekulide dimensioonidega. Geelid koosnevad dekstraanist (glükoosi polümeer), agaroosist (punavetikate lineaarne polüsahhari...
Apolaarsed (hüdrofoobsed) aminohapped Leutsiin (Leu,L) Proliin (Pro, P) Alaniin (Ala, A) Valiin (Val, V) Kaks ülemist happelised Aspartaat (Asp, D) Glutamaat, Glu, E) Neli alumist Metioniin, Met, M) Trüptofaan (Trp, W) apolaarsed Fenüülalaniin (Phe, F) Isoleutsiin (Ile, I) Kolm Treoniin (Thr, T) Tsüsteiin (Cys, C) esimest polaarsed, neutr. (laenguta) Türosiin, Tyr, Y) Histidiin (His, H) Kolm viimast aluselised Lüsiin Arginiin
0.1 0.07 10 20 30 40 50 60 70 80 -0.4 Eluaadi maht, V, ml Ai ne 1 dekstraansinine Aine 2 - aromaatset tuuma sisaldavad aminohapped (türosiin Tyr, fenüülalaniin Phe, trüptofaan Trp) Aine 3 DNP - aspartaat C. aine 1 = Vxmin = 24,75 ml aine 2 = Vx = 28,75 ml aine 3 = Vxmax = 66,75 ml. Kõige esimesena väljus dekstraansinine, mille molekulid ei mahtunud geelipooridesse ning seetõttu oli minimaalse elueerimismahuga. Järgmisena väljus aromaatne valk ning viimasena, geeli pooridesse mahuvana, maksimaalse elueerimismahuga DNP - aspartaat. · Eluaadi maht kuni dekstraansinise kõrgeima kontsentratsioonini (V xmin = Vv) oli 24,75 ml
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL Keemia instituut Bioorgaanilise keemia õppetool Biokeemia praktikumi laboratoorne töö 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Üliõpilane: Liis Hendrikson Matrikli nr: 104191 Õpperühm: KATB 41 Juhendaja: Tiina Randla 2.1 AINETE SEGU LAHUTAMINE GEELKROMATOGRAAFIA MEETODIL Töö teoreetilised alused: Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonikromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mille põhimõte on lahuses sisalduvate ainete lahutamine ehk fraktsioneerimine nende molekulmassi suuruse järgi. Lahuses sisalduvad erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise ja võimalikult ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Geelkromatograafiat kasutatakse makromolekulide lahutamiseks, lisandite eemaldamiseks, soolade eraldamiseks või puh...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL3312 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 2. Segude lahutamine ja ainete identifitseerimine 2.2. Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil TALLINN 2010 2. SEGUDE LAHUTAMINE JA AINETE IDENTIFITSEERIMINE 2.2 AINETE SEGU LAHUTAMINE GEELKROMATOGRAAFIA MEETODIL Kromatograafia on segu komponentide lahutamise meetod, mis põhineb nende erineval jaotumisel liikuva ja liikumatu faasi vahel. Geelkromatograafia on meetod, mis tugineb lahuses sisalduva erineva molekulmassiga ainete erineval liikuvusel läbi peeneteralise, võimalikult ühesuguse poorsusega geeli. Selle meetodi puhul kasutatakse pundunud geeligraanulitega täidetud kolonne ja geeli pooride mõõtmed on makromolekulide dimensioonidega samas suurusjärgus. Ainete...
2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Teooria Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia põhimõtteks on lahuses sisalduvate ainete lahutamine nende molekulmassi suuruse järgi. Erineva molekulaarmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise poorse geeli erineva kiirusega. Meetodit kasutatakse makromolekulide lahutamisel ja proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis, mis on täidetud pundunud geelikraanulitega, mille pooride suurus on võrreldavad lahuses sisalduvate makromolekulide suurusega. Kolonnis kasutatavad geelid koosnevad, kas dekstraanist (glükoosi polümeer), agaroosist (punavetikate polüsahariid) või polüakrüülamiidist. Geelkromatograafia kolonne iseloomustavad mahud: Täidise maht (Vt) Kolonni vaba maht, s.o graanulitevahelise vedeliku maht (Vv) Graanulitesisese vedeliku maht (Vs) Geelmaterjali (maatriksi) maht (Vg) Seega: Vt=Vv+Vs+Vg Erineva...
Tallinna Tehnikaülikool Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Tallinn 2019 Töö eesmärk Töö eesmärgiks oli ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil. See on võimalik tänu lahuses sisalduvate ainete erinevate molekulmasside tõttu. Erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Proov transporditakse läbi geeli vesilahuse abil, mis aitab erinevate molekulmassidega ainetel üksteisest eralduda. Suurema molekulmassiga ained liiguvad läbi geeli kiiremini, sest need ei mahu täidise pooridesse ära. Väiksema molekulmassiga ained liiguvad aga aeglasemalt, sest nende molekulid sisenevad pooridesse ja liikumine aeglustub. Kogu protsess viiakse läbi kolonnis. Kogu protsessei käigus on võimalik teha kindlaks iga aine elueerimis- eh...
Töö nr 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Koostas: Juhendaja: Mart Reimund Teoreetilised alused Geelkromatograafia üks kromatograafia meetoditest, mis põhineb lahuses sisalduvate ainete lahutamisel nende molekulmassi järgi. Erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi geeli erineva kiirusega, kusjuures suured molekulid väljuvad enne, kuna ei mahu täidise pooridesse, väikesed molekulid aga sisenevad pooridesse ja seega nende liikumine aeglustub. Molekulid lahutuvad üksteisest vastavalt molekulide võimele difundeeruda geeli pooridesse. Kolonn on kinnine süsteem, milles viiakse geelkromatograafia protsess läbi, proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Kolonni iseloomustavad suurused: Vv vaba maht (graanulitevahelise vedeliku maht) Vs - graanulitesisese vedeliku maht Vg geelimate...
KOOLI NIMETUS ERIALA Rühmatähis Eesnimi Perekonnanimi Toidulisandid uurimustöö Juhendaja: Linn 2100© Sisukord Table of Contents Toidulisand................................................................................................................................... 3 Tingimused................................................................................................................................... 3 Toidulisandi koostis .....................................................................................................................4 Toidulisandi märgistamise ja muul viisil teabe edastamise erinõuded.........................................6 Millised tooted võivad kuuluda ravimite alla?............................................................................. 7 Kas teises Euroopa Liidu liikmesriigis toidulisandina turul olev toode võib olla Eestis ravim?. 7 Millisei...
Biokeeemia laboritöö No 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil. Õpperühm: YAGB21 Töö teostaja: Alexander Kirichuk Õppejõud: Tiina Randla ' Õppejõu eelnevad märkused: ,,Töös esineb kohati konarusi, osalt seotud võõrkeeles suhtlemise probleemidega, osalt lihtsalt lohakusvigu. Näiteks uuritavas segus sisaldub DNP, mitte DNAaspartaas. Lisaks, iga protokolli lõpus peab olema tulemuste analüüs. Antud juhul võiks vast veidi materjali ümber struktureerida ja paar täiendavat lauset juurde kirjutada" Teoreetilised alused: Geelkromatograafia kromatograafia meetod, mille põhjuseks on lahuses sisaldavate ainete lahutamine nende moleekulmassi suuruse järgi. Põhiliselt kasutatakse erinevate biomolekulide lahutamiseks orgaanilistest lahustest. Meetodi põhimõte: lahuse sisaldavad molekulid liiguvad läbi geeli erinevate kiirusega sõltuvalt molekuli suu...
TTÜ Keemiainstituut Bioorgaanilise keemia õppetool Töö nr. 2.1 AINETE SEGU LAHUTAMINE GEELKROMATOGRAAFIA MEETODIL Geelkromatograafia e geelfiltratsioonkromatograafia on kromatograafia meetod, mille põhimõtte on lahuses sisalduvate ainete lahutamine nende molekulmassi suuruse järgi. Erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Geelkromatograafiat kasutatakse makromolekulide lahutamiseks, lisandite eemaldamiseks, soolade eraldamiseks või puhvri vahetamiseks. Geelkromatograafias viiakse protsess läbi kinnises süsteemis, mis on täidetud pundunud geeligraanulitega, mille pooride mõõtmed on samas suurusjärgus lahuses sisalduvate makromolekulide dimensioonidega. Geelkromatograafia kolonni iseloomustavad mahud: Vv -kolonni vaba maht ehk graanulitevahelise vedeliku maht Vs -graanulitesisese vedeliku maht Vg -geelimat...
Biokeemia praktikum Laboratoorne töö nr.2.1 Anna Logunova YAGB-22 103347 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Teooria Geelkromatograafia on kromatograafia meetod,mis põhineb lahuses sisalduvate ainete lahutamisest ehk fraktsioneerimisest nende molekularmassi suuruse järgi. Lahuse erinevad ained liiguvad läbi geeli erineva kiirusega. Kiirus sõltub ainete molekulmassist. Geelkromatograafiat võib kasutada makromolekulide lahutamiseks, lisandite eemaldamiseks, soolade eraldamiseks või puhvri vahetamiseks. Geelkromatograafiat tehakse kinnises süsteemis kolonnis, kus on pundunud ...
mõõta. · Saadud tulemustest koostatakse katseandmete tabel ja selle alusel kromatogramm. Kolonni iseloomustavad parameetrid · Geel: Sephadex G 75 , fraktsioneermispiirkond 3000 80000 Daltonit · Geeli pundumistegur: k = 0,1 · Täidise kõrgus L = 31.5 cm · Kolonni sisediameeter: d = 2,1 cm Proovi komponendid · Dekstraalsinine (6mg/ml) · Müoglobiin (6mg/ml) · DNP aspartaat (0,6 mg/ml) Mõõtmis- ja arvutamistulemused 1. Kolonni täidise maht Vt 2. Geelmaatriksi maht Vg 3. Kolonni maksimaalne elueerimismaht Vx,max 4. Fraktsioonide üldarv n. 5. Mõõtmistulemuste tabel Optiline Fraktsiooni Elueerimisma tihedus number ht V, ml ,A
1. Töö teoreetilised alused Geelkromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mille põhimõte seisneb lahuses sisalduvate ainete lahutamises (ehk fraktsioneerimises) nende molekulmassi suuruse järgi. Lahuses sisalduvad erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise poorse geeli erineva kiirusega. Geelkromatograafia meetodit kasutatakse makromolekulide (biopolümeeride) lahutamiseks, lisandite eemaldamiseks, soolade eraldamiseks või puhvri vahetamiseks, proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis, mis on täidetud pundunud geelgraanulitega, mille poorid on samas suurusjärgus lahuses sisalduvate makromolekulide mõõtmetega. Geelkromatograafias kasutatakse geele, mis koosnevad dekstraanist, agaroosist või polüakrüülamiidist. Geelkromatograafia kolonni iseloomustavad mahud: · kolonni vaba maht (graanulitevahelise vedeliku maht) VV · graanulitesisese vedeliku...
MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA | YTM0011 I KONTROLLTÖÖ KORDAMISKÜSIMUSED | 20/09/10 I VALKUDE STRUKTUUR 1. Aminohapped, aluselised ja happelised, hüdrofiilsed ja hüdrofoobsed, polaarsed vs. mittepolaarsed, kõrvalahelate tüübid. Aluselised: Lüsiin, Arginiin, Histidiin. Happelised: Aspartaat, Glutamaat. Hüdrofoobsed: Alaniin, Valiin, Leutsiin, Metioniin, Isoleoutsiin, Fenüülalaniin, Trüptofaan, Tyrosiin. Hüdrofiilsed: Arginiin, Lüsiin, Aspargiin, Glutamaat, Proliin, Aspartaat. Polaarsed: Türosiin, Histidiin, Lüsiin, Arginiin, Aspartaat, Glutamaat, Treoniin, Seriin, Aspargiin, Glutamiin. Mittepolaarsed: Alaniin, Valiin, Leutsiin, Isoleutsiin, Fenüülalaniin, Metioniin, Proliin, Trüptofaan. 2
c) Ribuloos-5-fosfaat+ glütseraldehüüd-3-fosfaat Sedoheptuloos-7-fosfaat. d) Sedoheptuloos-7-fosfaat+ glütseraldehüüd-3-fosfaat Fruktoos-6- fosfaat+erütroos-4-fosfaat. e) Ribuloos-5-fosfaat Ksüluloos-5-fosfaat. 7. Selgitage 2-4-lausega mille poolest erineb maksas ja lihastes leiduva glükogeeni kasutamine meie organismis. 8. Millised loetletud ühenditest on inimese organismis glükoheogeneetilised substraadid. a) Alaniin. b) Aspartaat. c) Histidiin. d) Leutsiin. e) Etanool. f) Glütserool. h) Palmitat. 9. Millised ühendid tekivad ribonukleotiidi reduktaasi reaktsiooni tulemusel. a) IMP ja OMP. b)PRPP. c) Desoksüribonukleotidid. d) Ribonukleotiidid. e) Fosforibosuulamiin. 10. Kirjutage skemaatiliselt kataboolne rada, mille abil on võimalik glütamaadi (5C) koosseisu kuuluv süsinik täielikult oksüdeerida. Nimetage olulisemad etapid, kus tekib/kulutatakse ATP või tekib redutseeritud koensüüme
valmis proovi sisetamiseks. 1.4 Proovi sisestamine Uuritava segu doseerimiseks ja kolonni sisestamiseks kasutasin pipetti. Viisin 0,5 ml uuritavat proovi kolonni, juhtides pipeti otsa vastu kolonni seina. Proovil lasksin voolata geeli pinnale nii, et see jaotuks võimalikult ühtlaselt. 1.5 Uuritavad segud Uuritav segu koosnes järgnevatest ainetest: Dekstraansinine ( 6 mg/ml ) Müoglobiin ( 6 mg/ml ) DNP aspartaat ( 0,6 mg/ml ) 2.4 Kolonni voolutamine Kui proov on täidisesse sisenenud, viin pipetiga geeli pinnale väikse koguse voolutuslahust ja lasen täidisesse imbuda. Kordan seda nii kaua, kuni kogu uuritava proov on kolonni sisenenud ja siis võib geeli pinnale kanda suurema hulga voolutit. Kui esimene värviline riba ( dekstraansinine ) läheneb kolonni põhjale, siis eemaldab kolonni alt kolvi ühendatud fraktsiooniga ja hakkan koguma eluaati 2ml kaupa katseklaasidesse.
Proteolüütilise ensüümi aktiivsuse määramine Teooria Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi reaktsiooni valkudes ja peptiidides, produtseerides madalama molekulmassiga peptiide ja vabu aminohappeid. Protreolüütiliste ensüümide esindajad omavad erinevat toimespetsiifikat. Mõned lõhustavad eelistatult spetsiifilisi, vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid, teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele. Samas paljud bakteriaalsed proteaasid omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid produtseerides vabu aminohappeid. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele sidemetele eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Lisaks eristatakse proteaase veel optimaalse keskkonna pH järgi, kas hapudeks-, neutraalseteks- või leelisproteaasideks. Oluliseks proteaaside klassifikatsiooni aspektiks on...
24 66 0,036 25 68 0,013 Tabeli alusel koostatud kromatogramm: C. Kromatogrammi info: Ainetest kõige esimesena väljus dekstraansinine, sest tema molekulmass on kõige suurem (2 000 000 daltonit), ainetest järgmisena väljus Müoglobiin kuna tema molekulmass on suuruselt järgmine ( 16 800 daltonit) ja ainetest viimasena väljus DNP aspartaat, sest tema molekulmass on kõige väiksem (299,5 daltonit). Mida suurem on aine molekulmass, seda vähem difundeerub ta geeli pooridesse ja seda kiiremini ta kolonnist väljub. Eluaadi maht kuni dekstraansinise kõrgeima kontsentratsiooniga fraktsiooni (kaasa arvatud) väljumiseni Vxmin = Vv = 22 ml. Eluaadi maht kuni müoglobiini kõrgeima kontsentratsiooniga fraktsiooni (kaasa arvatud) väljumiseni Vx = 30 ml. Eluaadi maht kolonnist viimasena väljunud komponendi DNP-aspartaadi kõrgeima
TÖÖ 3.2 PROTEOLÜÜTILISE ENSÜÜMI AKTIIVSUSE MÄÄRAMINE Juhendajad: Kaia Kukk Priit Eek Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi valkudes ja peptiidides, produtseerides madalama molekulmassiga peptiide ja vabu aminohappeid. Proteaase leidub kõikides organismides, nad seedivad näiteks toiduvalke. Mõned proteolüütilised ensüümid lõhustavad eelistatult spetsiifilisi, vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Piiratud proteolüüsi viivad läbi näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin, pepsiin, mis produtseerivad enamasti peptiide. Subtilisiin, savinaas ja alkalaas on bakteriaalsed proteaasid, mis lagundavad praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides v...
Tallinna Tehnikaülikool Keemia instituut Bioorgaanilise keemia õppetool Laboratoorne töö nr 3.2 PROTEOLÜÜTILISE ENSÜÜMI AKTIIVSUSE MÄÄRAMINE Tallinn 2013 Teooria Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi reaktsiooni valkudes ja peptiidides, produtseerides madalama molekulmassiga peptiide ja vabu aminohappeid. Protreolüütiliste ensüümide esindajad omavad erinevat toimespetsiifikat. Mõned lõhustavad eelistatult spetsiifilisi, vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid, teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele. Samas paljud bakteriaalsed proteaasid omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid produtseerides vabu aminohappeid. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele sidemetele eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Lisaks eristatakse proteaase...
2,6,8-puriintrioon KREATINIIN 1,5-2,5 g/ööp UUREA e. KARBAMIIDI TSÜKKEL (tuntud ka kui ORNITIINI tsükkel) · Toimub ammoniaagi konverteerimine uureaks. · On iseloomulik enamusele maismaaloomadest. · Tsükli reaktsioonid toimuvad valdavalt maksarakkude tsütoplasmas. · Tsüklis osalevad mitteproteogeensed aminohapped ornitiin ja tsitrulliin ning proteogeensed aspartaat (Asp) ja arginiin (Arg). Uurea liikumine: MAKSARAKUD VERI NEERUD URIIN välja KARBAMOÜÜLFOSFAADI SÜNTEES - uurea tsükli 1. reaktsioon; temalt pärineb uurea üks N aatom. NB! Reaktsioon maksarakkude mitokondrite maatriksis.
12. Mille järgi klassifitseeritakse aminohappeid glükogeenseteks ja ketogeenseteks? Nimetage mõni esindaja kummastki rühmast. Glükogeensed aminohapped, millest tekivad glükoosi sünteesi eelühendid. N: alaniin. Ketogeensed aminohapped, mis degradeeritakse atsetüül CoA või atsetoatsetaadiks. N: leutsiin. Millised on glükoketogeensed aminohapped? Need aminohapped, mis kuuluvad mõlemasse rühma. N: isoleutsiin, Phe, Thr, Trp. 13. Aminohapete desamiinimise tulemusel tekivad aspartaat ja alfa-ketoglutaraat (inimesel). Aminohapete dekarboksüülimise tulemusel tekivad biogeensed amiinid. Milliseid vastavate ainegruppide esindajaid teate? Histamiin, türamiin. 14. Millised toodud ühenditest on lämmastiku ainevahetuse lõpp-produktideks erinevates organismides. Kirjutage nende ühendite struktuurivalemid. a. Uratsiil d. Uridiin b. Uurea CH N O4 2 e. Kusihape (uric acid) C5H4N4O3 c. NH 4 +
Tallinna Tehnikaülikool 3.2 Proteolüütilise ensüümi aktiivsuse määramine Liina Reimann 134537KATB Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi valkudes ja peptiidides, produtseerides madalama molekulmassiga peptiide ja vabu aminohappeid. Proteaase leidub kõikides organismides, nad seedivad näiteks toiduvalke. Mõned proteolüütilised ensüümid lõhustavad eelistatult spetsiifilisi, vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Piiratud proteolüüsi viivad läbi näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin, pepsiin, mis produtseerivad enamasti peptiide. Subtilisiin, savinaas ja alkalaas on bakteriaalsed proteaasid, mis lagundavad praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu am...
Sissejuhatus: Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi reaktsiooni valkudes ja peptiidides, produtseerides madalama molekulmassiga peptiide ja vabu aminohappeid. Proteaase leidub kõikides organismides, kuna nad osalevad väga paljude füsioloogiliste funktsioonide täitmises, alustades toiduvalkude seedimisest ja lõpetades väga kõrgreguleeritud ensüümireaktsioonide kaskaadidega. Proteolüütiliste ensüümide arvukad esindajad omavad erinevat toimespetsiifikat. Mõned lõhustavad eelistatult spetsiifilisi, vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Piiratud proteolüüsi viivad läbi ja produtseerivad põhiliselt peptiide järgmised proteaasid: · Trüpsiin (R1= Lys, Arg; R2 Pro) · Kümotrüpsiin (R1 = Tyr, Phe, Trp, Leu, Ile, Val; R2 Pro) · Pepsiin (R1 = Phe, Leu, ja paljud teised; R2 Pro) ...
III. AMINOHAPPED. PEPTIIDID. 1. Aminohapped: molekuli ehitus, proteogeensete (valkudes esinevate, harilike) aminohapete üldarv, grupid tulenevalt keemilisest ehitusest, struktuurid, nimetused ning ühe- ja kolmetähelised koodid. Milliseid ebaharilikke aminohappeid teate? Aminorühm mis on seotud valgus on tetraeedrilise kujuga. Proteogeenseid aminohappeid on 20, mida peame teadma. Grupeerumine: Apolaarsed ehk hüdrofoobsed: Leutsiin(Leu,L), Proliin(Pro,P), Alaniin(Ala,A), Valiin(Val,V), Polaarsed ehk neutraalsed: Glütsiin(Gly,G), Seriin(Ser,S), Aspargiin(Asn,N), Glutamiin(Gln,Q), alaliigitus: happelised ja H+ loovutajas on Aspartaat(Asp,D), Glutamaat(Glu,E), Jälle apolaarsed: Metioniin(Met,M), Trüptofaan(Trp,W), Fenüülalaniin(Phe,F), Isoleutsiin(Ile,I), jälle polaarsed ehk laenguta: Treoniin(Thr,T), Tsüsteiin(Cys,C), Türosiin(Tyr,Y), ja aluselised ja h sidujad: Histidiin(His,H), Lüsiin(Lys,K), Arginiin(Arg,R). Veel saab grupeerida, nagu b...
Geelfiltratsioonikromatograafia ehk geelkromatograafia, mida tuntakse kui kui molekulaarsõelte meetodina, tugines lahuses sisalduvate erinevate molekulmassidega ainete erineval liikuvusel läbi peeneteralise võimalikult ühesuguse poorsusega geeli. Selle meetodi puhul kasutatakse pundunud geeligraanulitega täidetud kolonne. Geeli pooride mõõtmed on makromolekulide dimensioonidega samas suurusjärgus. Geelid, mida seda liiki kromatograafias kasutatakse koosnevad dekstraanist, agaroosist või polüakrüülamiidist. Mina tegin antud protseduuri kolonnis nr 2 ja geeliks oli Sefadex G-50. Geelkromatograafia kolonni iseloomustavad järgmised mahud: Täidise maht Vt Kolonni vaba maht, st graanilitevahelise medeliku maht Vv Graanilitesisese vedeliku maht Vs Geelimaterjali maht Vg Seega Vt= Vs+Vg Ainete segu juhtimisel läbi geelkromatograafia kolonni toimub molekulide lahutumine vastavalt nende võimele difundeeruda geeli pooridesse. Ainet iseloomus...
TÖÖ 2.1: AINETE SEGU LAHUTAMINE GEELKROMATOGRAAFIA MEET ODIL Juhendajad: Kaia Kukk Priit Eek Teooria Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mille põhimõtteks on lahuses sisalduvate ainete lahutamine ehk fraktsioneerimine nende molekulmasside, täpsemalt molekulide enda suuruste järgi. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise, võimalikult ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Geelkromatograafiat kasutatakse makromolekulide lahutamiseks, lisandite eemaldamiseks, soolade eraldamiseks või puhvri vahetamiseks, kusjuures proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Geelkromatograafia protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis, mis on täidetud pundunud geeligraanulitega...
Kromatogramm · Teades, et komponentideks olid: 1. Dekstraansinisest 3mg/ml, Mr = 2 · 106 2. Müoglobiinist 6mg/ml, Mr = 1,7 · 104 3. DNP aspartaadist 0,3mg/ml Kuna sinine desktraansinine voolas läbi kolonni kõige kiiremini võib järeldada, et tema molekulmass on suurim. Kahjuks ma DNP aspartaadi molekulmassi ei tea, mistõttu on keeruline oletada, kumb väljus kolonnist enne, kes müoglobiin või DNP aspartaat. · Eluaadi maht dekstraansinise kõrgema kontsentratsiooni hetkel Vxmin = Vv = 31,5ml · Kuna ma OPN aspartaadi molekulmassi ei tea siis oletan, et ONP aspartaadi molekulmass on väiksem. Vx = 26ml · Kolonnist viimasena väljunud komponendi kõrgeima konsentratsiooniga fraksioon Vx1max = 57,5ml · Vx1max = 57,5ml Vxmax = 65,357 tõenäoliselt on see viga tekkinud, kas kolonni mõõtmisel või fraktsiooni ei ole täpselt kogutud
Laboratoorne töö IV Üliõpilane: Meelika Lukner (155308) Kuupäev: 08.04.2016 Proteolüütilise ensüümi aktiivsuse määramine Proteolüütilised ensüümid (ka proteaasid, proteinaasid või peptidaasid) on ensüümid, mis katalüüsivad proteolüüsi. Proteolüüs on peptiidsidemete hüdrolüüs valkudes ja peptiidides, mille tulemuseks on madalama molekulmassiga peptiidid ja aminohapped. Kuna proteaas täidab väga paljusid füsioloogilisi funktsioone, leidub seda kõikides organismides. Mõned protelüütilised ensüümid lõhustavad spetsiifilisi peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), mida viivad läbi näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin ja pepsiin, ja mõned lõhustavad kõiki peptiidsidemeid (piiramatu proteolüüs), milleks on näiteks paljud bakteriaalsed proteaasid nagu subtilisiin, savinaas, alkalaas jt. Proteaase jagata...
Töö nr 3.2 Proteolüütilise ensüümi aktiivsuse määramine Koostas: Juhendaja: Mart Reimund Teoreetilised alused Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi reaktsiooni valkudes ja peptiidides, produtseerides madalama molekulmassiga peptiide ja vabu aminohappeid. Proteaasid on laialt levinud organismides, sest nad osalevad mitmete füsioloogiliste rollide täitmisel. Eristatakse proteolüütilisi ensüüme, mis toimivad kõikidele peptiidsidemetele ja on ka spetsiifilisi, mis lõhustavad vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (nn piiratud proteolüüs, nt trüpsiin, kümotrüpsiin ja pepsiin). Eristatakse ka endo- ja eksopeptidaase, vastavalt sellele, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele. Optimaalse pH väärtuse järgi eris...
Elueeritud segus oli: 1. Dekstraansinine - absorbeerib lainepikkusel 670 nm. Sinise värvusega aine, mis väljub esimesena, sest dekstraansinine on kõrgmolekulaarne (suured molekulid), mille tulemusena molekulid ei mahu geeligranulite pooridesse ja liikuvad kiiresti nende vahel. Kromatogrammi järgi elueerimismaht on Vx min = 24 ml 2. Teisena väljus Lysozyme, mis absorbeerib lainepikkusel 280 nm Vx = 48 ml 3. DNP - Aspartaat - absorbeerib lainepikkusel 360 nm. Kollase värvusega aine väljub viimasena, kuna temal on kõige väiksem molekulaarmass ja molekulid hästi mahuvad pooridesse, mis pidurdavad nende liikumist. Vxmax = 72 ml Liikuvusteguri Rf väärtus: V x -V min x 48-24 Rf = max min = =0,5 V x -V x 72-24 Järeldus Liikuvusteguri Rf väärtuseks sain 0,5 , mis vastab vahemikule 0 < Rf < 1
Elektronide transport Oksüdatiivne fosforüleerimine Oksüdatiivne fosforüleerimine ADP fosforüleerimine ATP-ks, mis toimub konjugeeritult molekulaarse hapniku taandamisega veeks taandatud koensüümidelt pärit elektronide arvelt (taandatud koensüümid reoksüdeeruvad). 1. Andke lühike seletus järgmistele mõistetele a. Mitokondri krista - sisemembraani sopististe kurrud(sisemembraanistik) b. mitokondri maatriks - ruum, mis jääb sisemembraanistiku vahele c. intermembraanne(membraanide vaheline) ruum - ruum, mis on sise ja välismembraani vahel d. tsütokroomid - valgud, mis paiknevad membraanidevahelises ruumis. Käituvad elektronide ülekandjatena. [membraanvalgu kompleks, mis vastutab fotosünteesi eest sini-rohebakterites] e. ATP süntaas - ensüüm, mis sünteesib ATP-d 2. Selgitage hingamisahela e. elektronide transpordisüsteemi (ETS) kohta järgmist: ...