protektiivseid epitoope. Adjuvant Adjuvant - aine, mis stimuleerib organismi immuunvastust manustamisel komleksis antigeeniga. Freund'i täielik adjuvant, mille koostisse kuuluvad mineraalõli ja mükobakterite komponendid. Vaktsineerimisel kasutatakse laialt alumiinium hüdroksüüdi - Al(OH)3 ja mõningaid teisi ühendeid. Rekombinant-vaktsiinid Vaktsiinid, mis on saadud rekombinantse DNA tehnoloogia abil; Sisestatakse antigeeni kodeeriv DNA osa vektorisse, millega nakatatakse E.coli Imineste immuniseerimiskava Eestis 1) tuberkuloos; 2) B-viirushepatiit; 3) difteeria; 4) teetanus; 5) läkaköha; 6) poliomüeliit; 7) leetrid; 8) punetised; 9) mumps; 10) Hemofilus influenza b-tüüp.
kemikaalide(herbitsiidide) suhtes; tõsta karmide keskkonnatingimuste taluvust(külma-,kuuma-,põuataluvust vm). Geenivektori ülesandeks kasutatakse tavaliselt agrobakterit. Õnnestunud geenisiirdega taimerakud valitakse välja in vitro ja neist kasvatatakse taimed. Esimene GMO taimesort lubati USA turue 1994. aastal. Kahjurpututakindlate taimede loomiseks kasutatakse bakterit Bacillus thuringensis, mis toodab Bt-toksiini- mürki, mis tapab mingit kindlat putukaterühma. Mürkaine sünteesi kodeeriv geen eraldatakse ja viiakse taime, mis hakkab ise seda mürkainet tootma. Nii muutub taim etemast toituvatele teatud kahjurputukatele mürgiseks. Seesuguste Bt- taimede kasvatamisel pole vaja kasutada putukatõrjevahendeid. Taimede muutmiseks tundetuks umbrohumürkide suhtes siirdatakse taime geen, mis kodeerib mürki lagundavat ensüümi. Selliselt muundatud taimed ei hävi taimemürkide kasutamisel, küll aga teised taimed, mis umbrohumürgiga kokku puutuvad. Neid GM-taimi nim.
Metazoa: *Hulkraksete organismide genoomiprojektid keskenduvad valdavalt:Arengulistele aspektidele. Haigustekke põhjuste selgitamisele. On juhitud kolmest motivatsioonist: Alusuuringud, Kommertsiaalsed huvid, Meditsiinikesksed huvid Caenorhabditis elegans: Ülitähtis mudelorganism arengubioloogias. Genoomi sekveneerimine lõpetatud 1999 a. Genoom ca 100Mb ja 20 000 geeni (1000 RNA kodeerivad). 9000 kohta eksperimentaalsed tõestused, ülejäänud ennustatud in silico. Kodeeriv osa 27%, intronid 26%. 32% kodeerivast osast sarnane inimese geenidega, 70% inimgeenidest sarnane C.elegansiomadega. Geeni keskmine pikkus 5 kb, suur osa koondunud operonidesse. Otsene HGP eelkäija (metodoloogia). Drosophila melanogaster Genoom 165 Mb (6 kromosoomi). 13601 valke kodeerivat geeni s.t. üks iga 9 kb. kohta. Väga palju retrotransposoneid. Esimene genoom, mis sekveneeriti whole genomeshotgun(WGS) tehnikat kasutades. Arabidopsis thalianagenoom Sekveneeritud 2000 a
(B.burgdorferi). Tihti esineb ekstrakromosomaalseid geneetilisi elemente. Enamus baktereid haploidseid, mõned ka di-ja tetraploidsed (D.radiodurans). Teatavates situatsioonides ka 10 koopiat (M.jannaschi)! Genoomide suurus jääb 1-5Mb vahele. Väiksem genoom M.genitalium 517 geeni (genoomi suurus 580 kb), suurim M.xanthus 9,2 Mb. Genoomi suurus sõltub geeniduplikatsioonidest (sage arhebakteritel) ja korduselementide olemasolust ning arvust. ~85% genoomist valke kodeeriv (parasitaarsel M.lepraevaid 47,5%). GC hulk varieerub 67%-25%. Eukarüootidest erinev koodonite kasutamissagedus 5. Prokarüootsete mudelorganismide genoomiprojektid (E.coli, bakteriofaagid, multiresistentsuplasmiidid) Bakteriofaag X174 genoom: Bakteriofaagide genoom enamasti kaheahelaline DNA (ka üheahelaline DNA või RNA). Suurus 1.6 kb 150 kb, umbes 200 geeni, lugemisraamid tihti kattuvad. E. coli sekveneeritud 1997 a. Genoom 4 639 221 bp. 4289
sisaldades telomeere (B.burgdorferi), Tihti esineb ekstrakromosomaalseid geneetilisi elemente, Enamik baktereid haploidseid, mõned ka di- ja tetraploidsed (D.radiodurans). Teatavates situatsioonides ka 10 koopiat (M.jannaschi), Genoomide suurus jääb 1-5Mb vahele. Väiksem genoom M.genitalium 517 geeni (genoomi suurus 580 kb), suurim M.xanthus 9,2 Mb. Genoomi suurus sõltub geeniduplikatsioonidest (sage arhebakteritel) ja korduselementide olemasolust ning arvust, ~85% genoomist valke kodeeriv (parasitaarsel M.leprae vaid 47,5%), GC hulk varieerub 67%-25%, Eukarüootidest erinev koodonite kasutamissagedus. Geeniproduktide funktsionaalsed grupid: energiametabolismiga seotud, transportvalgud, valgusünteesiga seotud, rakuliste protsessidega seotud, regulatoorse funktsiooniga, rakukest, DNA metabolismiga seotud jne. 5. Prokarüootsete mudelorganismide genoomiprojektid (E.coli, bakteriofaagid, multiresistentsuplasmiidid). Bakteriofaagide genoom enamasti kaheahelaline DNA
7. Milliseid rakendusi Mendeli seadustele oskad nimetada meditsiinis ja põllumajanduses? 8. Bioloogilised nähtused, mis põhjustavad kõrvalekaldeid Mendeli seadustest? Geenide aheldus, suguliiteline pärilikkus. 9. Võrdle autosoomsetes ja suguliitelistes lookustes asuvate tunnuste pärandumist ja too välja suguliitelise pärandumise eripärad? 10. Nimeta Y kromosoomile spetsiifilisi geene ja nende funktsioone? H-Y antigeeni kodeeriv geen SRY geen testiste arenguks ja mehe seksuaaltunnuste kujunemiseks vajalikku faktorit TDF 11.Mis on emaefekt? Selgita, kuidas see toimib? Olukord geneetikas, kui organismifenotüübi määrab tema ema genotüüp sõltumata tema enda genotüübist. Toimub sügoodis ja seisneb ema geenide avaldumine tulemusena ootsüüti siidud mRNA ja valkude toimes regulaatorainetena sügoodi esimestel jagunemistel. 12
a) molekulide struktuuri *tRNA - lühikesed polünukleotiidahelad 73-94 jääki igas; mitmed alused on metüleeritud; 3'-terminaalne nukleotiidjärjestus on alati CCA. *rRNA kõik ribosoomid koosnevad suurtest ja väikestest subühikutest; kõrge ahelasisene järjestuste komplementaarsus põhjustab ulatuslikku aluspaaride teket ja kaheahelaliste (hairpin-struktuurid) moodustumist. *mRNA vehalduvad intronid ja eksonid, sisaldab polü-A saba; intron vahejärjestus; ekson kodeeriv järjestus; polü-A saba seotud RNA stabiilsusega. b) funktsiooni valgu sünteesi protsessis valgu sünteesi protsessis eristuvad kaks staadiumit: transkriptsioon(1) ja translatsioon(2), mis omakorda hõlmab kolme etappi: Initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon. *tRNA I ribosoomi väike subühik seostubinitsiaator tRNA-ga ning siis mRNA-ga. Seejärel seostub ribosoomi suur subühik ja formeerub algatuskompleks. E aminohppeid kandvad tRNA-d leiavad oma
3)Dna segment sisaldab kindlat geeni järjestust, mis eraldatakse ühest organismist ja viiakse üle teise. 4)Üle kantud DNA segment säilitab kõik oma esialgsed võimed. N: RNA ja valgu tootmine SLAID 3: Joonis: TRANSGEENSE DNA SAAMINE SLAID 4 : TRANSGEENSE GEENI EHITUSES ON OLULINE PROMOOTOR Transgeenne geen koosneb teatud põhiosadest. Kindlasti peab transgeenne geen sisaldama promootirt, mille järjestus määrab millal ja kus on transgeen aktiivne, kuidas kulgeb valku kodeeriv järjestus jne. Väga hea näide sellisest funktsioonide kombinatsioonist on bakteri plasmiidil SLAID 5: GEENIDE ÜLEKANDMINE Restriktaasid on ensüümid, mida toodavad bakterid enesekaitseks – need lõikavad DNA lõikudeks, aga nii, et tekivad üheahelalised otsad – “kleepuvad otsad”.Selliste otstega DNA juppe on komplemen-taarsuse tõttu võimalik mugavalt liita.Erinevate DNA-de liitmisel saame rekombinantse DNA SLAID 6: RESTRIKTAASIDE JOONIS
A:T 2 vesiniksidet G:C 3 vesiniksidet DNA struktuur DNA esineb paremalepöörduva kaksikheeliksina (B-DNA) Mis on geen? Geen Kromosoomi kindlas lookuses paiknev pärivustegur, mis määrab otse või kaudselt ühe või mitme tunnuse arengu Geen DNA molekuli funktsionaalne lõik (kindel nukleotiidne järjestus), mis sisaldab informatsiooni ühe valgu sünteesiks Inimese genoomis on umbes 30 000 geeni! ekson kodeeriv nukleotiidijärjestus Intron mittekodeeriv nukleotiidijärjestus NB: GC rikastes alades geene rohkem ja intronid lühemad! DNA kromosoomides Kromosoom Struktuurselt individuaalne element rakutuumas, mille moodustavad DNA ja temaga seonduvad valgud Kromatiin Nukleoproteiidne kompleks, mis sisaldab DNA-d, valke ja RNA-d DNA kromosoomides Igal kromosoomil on oma territoorium Ka kromosoomisisene struktuur Geenirikkad alad koondunud kokku aitab tõsta transkribeerimise
Ilma transkriptsioonifaktoriteta ei ole võimalik RNA'd sünteesida. 19. Mis on promootor? DNA nukleotiidne järjestus, millega transkriptsiooni läbiviiv ensüüm (RNA-polümeraas) peab sünteesi alustamiseks ühinema. 20. Mis on enhaanser? DNA järjestus, mis määrab ajalis-ruumilist ekspressioonimustrit ja soodustab promootori aktiivsust. DNA järjestus enne promootorpiirkonda kuhu kinnituvaptsioonifaktd transkrior. 21. Milline on mRNA sünteesi juures DNA matriitsahel, milline kodeeriv ahel? Matriitsahel - transkriptsioonil DNA-ahel, mida kopeeritakse komplementaarse RNA-ahela moodustamiseks. Kodeeriv ahel - DNA ahel, mis on RNA-ga identse järjestusega. 22. Geeniekspressiooni regulatsioon. Diferentseerumise käigus kaotab rakk selektiivselt osa oma geenidest. Rakkude diferentseerumine on üldjuhul geenide valikulise ekspressiooni tulemus. Hulkrakses organismis esinev rakutüüpide
mRNA, rRNA, tRNA ribosoomide ja aminohapete osalus translatsioonil tsütoplasmas. miRNA regulatiivne funktsioon: Drosha on ensüüm, mis lõikab tuumas pre-miRNA-st välja kaksikahelalised RNA osad; Dicer on nukleaas, mis trimmib pre-miRNA-st miRNA; RICS on RNA indutseeritud translatsiooni vaigistav kompleks. Geeni struktuur o Prokarüootse geeni kodeeriv DNA-järjestus on pidev. o Eukarüootse geeni kodeeriv järjestus on katkestatud mittekodeerivate järjestustega (intronid). o Pro- ja eukarüoodi geeni kodeeriv järjestus ja vastav polüpeptiid on väga varieeruva suurusega. Kromosoomid o Rakk on elusorganismide põhiühik, tema sisekeskkond on väliskeskkonnast eraldatud membraaniga. o Kromosoomid on raku struktuurid, mis koosnevad peamiselt DNA-st ja
• RNA editing - RNA järjestuse redigeerimine. Protsess, mille tagajärjel muudetakse pre-mRNA järjestust. ApoB geen mis kodeerib kahte alternatiivset seerumvalku apoB100 ja apoB48. Uus nukleotiid, uus aminohape, tekib teistsugune valk. Osata joonistada: • prokarüootse operoni struktuur ning näita ära struktuursed elemendid/alad • eukarüootse geeni struktuur ning näita ära struktuursed elemendid/alad Geeni kodeeriv osa koosneb eksonitest, funktsionaalne osa on promootor ja intronid. Lihtne eukarüootne transkriptsiooni ühik sisaldab ühte geeni kodeerivat ala, mis ulatub 5’ cap saidist 3’ polü(A)ni, ning vastavaid kontrollalasid. Intronjärjestused, mis paiknevad eksonite vahel, eemaldatakse primaarse transkripti protsessingu käigus ning seega nad ei kuulu funktsionaalse monotsistroonse mRNA koosseisu. Katkendliku joonega on tähistatud välja lõigatud intronid.
eelistatult geeni 3' UTR alasse nõuab homoloogsust ainult 7 np osas! Mõjutavad geeniekspressiooni translatsiooni tasemel - seondudes mRNA molekulile, põhjustavad mRNA translatsiooni represseerimist.miRNA võib olla seondunud mitme erineva mRNA-ga, sest seondumisel ei pea RNAd olema täielikult homoloogsed nagu seda siRNAde korral. NB! miRNA on endogeense päritoluga 10. Nimeta RNA alatüübid ja nende olulisemad funktsioonid? 1. Kodeeriv RNA ehk mRNA , mis transleeritakse valgujärjestuseks . 2. Mittekodeeriv RNA ehk ncRNA, mida ei transleerita valguks. snoRNA- osalevad rRNA, snRNA, tRNA keemilises modifitseerimises ja protsessingus. snoRNA geenid asuvad rRNA geenide intronites. snoRNA moodustab komplekse valkudega snoRNP. Otsmised pöördkordusjärjestused (nt IS elemendil)- mõlemas otsas on IR järjestused
molekul, mis transleeritakse valguks. tRNA – transpordi RNA (transfer RNA). Madalmolekulaarsed RNA-d, mis on vajalikud translatsiooni läbi viimiseks. Toimivad adapteritena mRNA koodonite ja aminohapete vahel. rRNA – ribosoomi RNA (ribosomal RNA). Ribosoomi struktuuri osad, ka funktsionaalse tähtsusega. hnRNA – heterogeenne tuuma RNA (heterogenous nuclear RNA) on esmane (primaarne) transkript ja sisaldab introneid ega ole kodeeriv. Protsessitakse mRNA-ks tsütoplasmas. snRNA - väike tuuma RNA (small nuclear RNA). Osalevad splaissosoomide töös. Toimib tuumas. miRNA – mikro RNA (microRNA). Väikesed, 20-25 nt. Reguleerivad geenide avaldumist. Transkriptsiooni viib läbi RNA polümeraas RNA polümeraas liigub DNA molekulil 5’-˃3’ suunas, harutades samal ajal lahti DNA molekuli. Polümeraasi sünteesi kiirus on ca 20 nukleotiidi sekundis. Mutatsioonide kontroll oluliselt
Järelikult erinevus genoomi suuruses põhineb mittekodeerivatel korduvatel DNA järjestustel. (50% maisi genoomist on retrotransposoonid). Inimese haploidne genoom sisaldab ~3,2x109 aluspaari, mis on jaotatud 23 kromosoomi vahel. Keskmine kromosoomi pikkus ~108 bp. Suurem osa tuuma DNA-st on vajalik kromosoomide ja genoomi struktuuri tagamiseks, aga mitte valkude kodeerimiseks. Kui intronid kodeerivast DNA-st välja arvata, siis mittekodeeriv on tavaliselt üle 90% DNA-st Maisil on kodeeriv osa ~1% genoomist. Regulaatorvalke kodeerivate geenide osa moodustab eukarüootides ligikaudselt 10-15% kogu geenide arvust. Eukarüootse DNA klassifikatsioon Kodeeriv DNA · üksikgeenid (võib esineda ainult üks koopia, 25-30% valku kodeerivate geenide arvust). · duplitseerunud ja divergeerunud geenid, 50% valku kodeerivate geenide arvust. (Duplitseerunud geenid, mis kodeerivad valgud sarnase, aga mitte identse aminohappelise koostisega nim geenide perekonnaks (Näit
See määrab ära sünteesitava RNA nukleotiidse järjestuse.Transkriptsioon lõpeb, kui RNA- polümeraas jõuab DNA järjestuseni, mida nimetatakse terminaatoriks. Seal ensüüm ja mRNA vabanevad ning DNA biheeliks keerdub kokku tagasi. PÖÖRDTRANSKRIPTAAS- revertaas, mis avastati retroviirusest. Ensüüm, mis katalüüsib DNA sünteesi RNa järgi (st RNA kopeerimine DNA-ks). INTRON- mittekodeeritav lõik, mida bakteride ‘’ei oska’’ välja lugeda EKSON- kodeeriv DNA (inimese genoomis u 2%) GENOOMIPANK- bakterikloonides säilitatav inimese genoomi DNA-fragmentide kogum; kasutatakse kindlate fragmentide (geenide) paljundamiseks, uurimiseks ja siirdusmaterjali saamiseks. RNA splaising- RNA transkriptist eemaldatakse intronid ja liidetakse eksonid PÖÖRDTRANSKRIPTSIOON- geneetilise info ülekanne RNA-lt DNA-le. DNA süntees RNA järgi, tekib cDNA. DNA sekveneerimine- protsess, mille käigus selgitatakse DNA nukleotiidne järjestus 3
ja G ainult C-ga. • Kuidas ja millal toimub DNA replikatsioon? toimub enne raku jagunemist, DNA kahekordistatakse, et saaks identse DNA uue ja vana raku vahel ära jagada, Kaksikahel keeratakse lahti ning DNA polümeraas sünteesib mõlema ahela külge uue ahela komplementaarsusprintsiibi alusel. • Kuidas ja millal toimub RNA transkriptsioon? Rakus on vaja kindlat valku, seda valku kodeeriv geen aktiveerub, RNA-polümeraas seostub promootoriga, RNA- polümeraas katkestab vesiniksidemed, nukleotiidid seostuvad järjest komplementaarsusprintsiibi alusel, RNA vabaneb ja RNA-polümeraas lahkub DNA ja RNA sünteesi võrdlus Erinevused Sarnane Replikatsioonis tehakse DNA Nii replikatsiooni kui ka pealt DNA-d, transkriptsioonis transkriptsiooni viivad läbi aga RNA-d
kloroplastides kloroplastides, ribosoomis, tsütoplasmas 8. Kolm põhilist RNA-de klassi rakkudes, nende funktsioonid On kolm põhilist RNA-de klassi: 1) informatsiooni RNA (mRNA)- sünteesitakse rakutuumas DNA ühe ahela järgi. See toob geneeetilise info rakutuumas asuvatest kromosoomides tsütoplasmas olevatesse ribosoomidesse (valgusünteesi toimumiskohta). Kodeeriv(pp-st) 2) transport RNA (tRNA) ülesandeks on mRNA molekuliga ribosoomidesse saabunud geneetilise info lahtimõtestamine. Vastavalt sellele toovad tRNA molekulid kohale ”õiged” aminohapped ja lülitavad need sünteesitava valgu ahelasse. Selle lülitamise koha tunneb ära tRNA antikoodon. Iga tRNA suudab siduda ainult üht kindlat aminohappet. Adapterid valgusüneetsil (pp-st) 3) ribosoomi RNA (rRNA)- kuulub ribosoomi koostisesse ja sünteesib peptiidsidemeid
kloroplastides kloroplastides, ribosoomis, tsütoplasmas 8. Kolm põhilist RNA-de klassi rakkudes, nende funktsioonid On kolm põhilist RNA-de klassi: 1) informatsiooni RNA (mRNA)- sünteesitakse rakutuumas DNA ühe ahela järgi. See toob geneeetilise info rakutuumas asuvatest kromosoomides tsütoplasmas olevatesse ribosoomidesse (valgusünteesi toimumiskohta). Kodeeriv(pp-st) 2) transport RNA (tRNA) ülesandeks on mRNA molekuliga ribosoomidesse saabunud geneetilise info lahtimõtestamine. Vastavalt sellele toovad tRNA molekulid kohale "õiged" aminohapped ja lülitavad need sünteesitava valgu ahelasse. Selle lülitamise koha tunneb ära tRNA antikoodon. Iga tRNA suudab siduda ainult üht kindlat aminohappet. Adapterid valgusüneetsil (pp-st) 3) ribosoomi RNA (rRNA)- kuulub ribosoomi koostisesse ja sünteesib peptiidsidemeid
parasiitideks. Selle hüpoteesi kohaselt oleksid nad vahepealseteks arenguproduktideks viiruste ja bakterite vahel. Teise hüpoteesi kohaselt said viirused alguse peremees raku RNA-st või DNA-st. Selle järgi omandasid plasmiiditaolised rakusisesed replitseeruvad DNA ja RNA molekulid kapsiidivalkude geenid ja said sellega võime liikuda rakust rakku. Kolmandahüpoteesi kohaselt viirused arenenud prebiootilistest isepaljunevatest RNA molekulidest. Valke kodeeriv mRNA, mis omandas võime repitseeruda, võiski olla viirusele paljunemisvõimeliseks eellaseks. Kui selline molekul ,,laenas" ka kapsiidivalkude geenid, siis saigi tekkida primitiivne viirus. Kaks esimest hüpoteesi oletavad, et viirused tekkisid pärast seda, kui nende peremeesorganismid olid välja arenenud. Kolmas hüpotees seevastu oletab, et viirused on olnud üheks prebiootiliseks vormiks, mille evolutsioon toimus paralleelselt peremeesorganismidega.
ajutisi auke ja katkeid. DNA sünteesi katalüüsib DNA polümeraas. DNA polümeraasi kopeerimisvigade arvu vähendab ensüümi 3´-5 ´eksonukleaasne aktiivsus, mis eemaldab mittepaardunud nukleotiidi. Reparatsioon ehk vigade parandus on ahelapõhine. 25.Geen ja genoom. DNA järjestuse lõik, funktsionaalne ühik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd (regulatoorsed järjestused ja kodeeriv ala; kodeeriv ala eukarüootidel koosneb eksonitest ja nitronitest). Genoom on antud liigi täielik geenikogum. 26.Transkriptsioon. Ehk RNA süntees. Toimub 5´-3´suunal. Viib läbi RNA polümeraas (prokariootidel abifaktor σ). Ei vaja praimerit. Süntees algab promootorilt (kindel DNA signaaljärjestus, seostuvad regulaatorvalgud). Lõppeb terminaatorini jõudmisel (DNa järjestus, kus RNA polümeraas vabastab sünteesitud RNA)
Eukarüootidel tunneb STOP koodoni ära üksainus vabastusfaktor eRF (prokarüootidel on neid faktoreid mitu) RF seondumine ensüüm peptidüül transferaasi aktiivsust Valguahela lõppu (C terminaalne ots) liidetakse vee molekul H2O ning polüpeptiid vabaneb mRNA vabaneb, ribosoom laguneb alaühikuteks, lõpeb valgusünteesi ribosoomitsükkel Matriitsiks on 3' 5' DNA ahel, mille pealt sünteesitakse 5' 3' mRNA (sense ehk kodeeriv ahel) Teise ahela pealt antisense ahel (katsetes) Peptiidside- kovalentne side valgu molekuli ehitusse kuuluvate aminohappejääkide vahel Aminohapetel bipolaarne ionisatsioon: ühe AH karboksüülgrupp liitub teise AH aminogrupiga, tekib peptiidside. Polüpeptiidahela ühes otsas on alati amiinogrupp (algus) ja teises karboksüülgrupp (lõpp). Valkude struktuurid- primaarstruktuur- lineaarne a-h järjestus Sekundaarstrukuur- alfa heeliksi või beeta-heeliksi sheet struktuur
Uus omadus liikuda rakust raku võimaldas sellistel parasiitidel populatsioonis kiiresti levida ja evolutsioneeruda. II hüpoteesi kohaselt said viirused alguse peremeesraku RNA-st või DNA-st. Selle järgi omandasid plasmiiditaolised rakusisesed replitseeruvad DNA või RNA molekulid kapsiidivalkude geenid ja said sellega võime liikuda rakust rakku. III hüpoteesi kohaselt on viirused arenenud prebiootilistest iseplajunevatest RNA molekulidest. Valke kodeeriv Mrna, mis omandas võime replitseeruda, võiski olla viirusele paljunemisvõimeliseks eellaseks. 2. Kirjeldage viiruste lüütilist ja lüsogeenset elutsüklit. Lüütiline: I Peiteperiood, mille jooksul pole viirusosakesi võimalik rakus näha. II rakusisese paljunemise periood, mille jooksul toodetakse raku sees suur hulk viirusosakesi, kuid need ei pääse veel rakust välja. II toimub bakteriraku surm ja lagunemine, ning nakkusvõimeliste viirusosakeste vabanemine keskkonda.
RNA jaotus- tRNA - transport RNArRNA ribosoomi RNA mRNA informatsiooni RNA RNA ribonukleiinhape on päriliku info vahendaja DNA- lt valkudele. Teda nimetatakse ka molekulaarseks koopiamasinaks. 52. Geenide klassifikatsioon- Struktuurgeenid: transkribeeruvad andes mRNA või transleeruvad andes polüpeptiide. Transkribeeruvad, andes tRNA või rRNA. Regulaatorgeenid: reguleerivad esmese kahe tüübi ekspressiooni, puudub kodeeriv funktsioon (repressorgeenid, induktorgeenid). 53. Valgu sünteesi etapid: 1.Transkriptsioon: geneetiline info kandub DNA lt üle mRNA le 2.Translatsioon: mRNA le salvestatud info "tõlgitakse " polüpeptiidseteks ahelateks. 54. Replikatsioon: DNA molekuli duplitseerumine 55. Geenmutatsioone ehk muutusi geenides kutsuvad esile mutageenid 56. Metabolism ehk ainevahetus koosneb keemilistest ja füüsikalistest protsessidest, mille abil võtab
regulaatorgeenid - Transkriptsioon ja translatsioon samaaegselt Eukarüoodid - RNA protsessing (tuumas) - Katkelised geenid – intronid ja eksonid; geeni splaissing - Transkriptsioon ja translatsioon eriaegselt Modifikatsioonid - DNA metülatsioon - Histoonide atsefülatsioon 16.Geeni struktuur Geeniekspressiooni kontrollsüstem – operoni mudel Tüüpiline geeni struktuur: - Prokarüootse geeni kodeeriv DNA järjestus on pidev - Eukarüootse geeni kodeeriv järjestus on katkestatud mittekodeerivate järjestustega - Pro- ja eukarüodi geeni kodeeriv järjestus ja vastav polüpeptiid on väga varieeruva suurusega 17.Kromosoomid - Rakk on elusorganismide põhiühik, tema sisekeskkond on väliskeskkonnast eraldatud membraaniga - Kromosoomid on raku struktuurid mis koosnevad peamiselt DNAst ja valkudest
· hiljem ka sekundaarsete sugutunnuste (habe, hääl, lihased jt) areng, mis toimub vastusena sugunäärmete toodetud hormoonidele · testosterooni signalisatsiooni häirumisel meessoo tunnused ei ilmne ja arenevad naissoo tunnused · häired soo kujunemisel tekivad ka siis, kui testosterooniretseptor ei moodustu · androgeenide (testosteroon ja dihüdrotestosteroon) retseptorit kodeeriv geen Tfm asub X chromosoomis 22. Soost sõltuva avaldumisega tunnused? Sooga piiratud tunnused? Näiteid! Sooga piiratud tunnused: tunnused, mis ilmnevad ainult ühel sugupoolel; munatoodang kanadel; mimikriga seotud tunnused putukatel. 23. Erinevaid soomääramise tüüpe organismidel? rohutirtsud XO soomääramissüsteem: emastel tirtsudel on üks X chr rohkem kui isastel. Emaste karüotüüp XX, isastel XO
18. Suguliitelised geenid ja nende avaldumine inimesel. Tooge näide. Asuvad sugukromosoomides. Hemofiilia X liiteline retsessiivne tunnus. Kandjatel ei sünteesita vere hüübimiseks vajalikku faktorit. Enamasti esineb see meestel, sest naistel on tihti domineeriv terve alleel olemas. Värvipimedus X liiteline, X kromosoomis on 2 geeni, mis kodeerivad vastavalt rohelise ja punase valguse retseptorit. Sinise valguse retseptorit kodeeriv geen on autosoomis (paarilistes kromosoomides). Fragiilne X X liiteline, dominantne kahjustus mittetäieliku penetrantsusega. Puue heterosügootsel naisel ja hemisügootsel mehel. Haigust põhjustab teatud DNA järjestuse kordistumine X kromosoomi otsa lähedal mõjutab kordusega külgnevate geenide avaldumist. Enamasti vaimne alaareng. Tfm geen kui seda pole, siis mehe sugutunnused ei arene. Asub ka X kromosoomis.
reguleerimise teave. Ehitus: DNA+histoonid(valgud, mis hoiavad DNA struktuuri ja kaitsevad välismõjude eest, ning reguleerivad DNA kasutamist) nukleosoom on kromosoomi morfoloogiline ühik. Tervikuna: rõngaskromosoomid on nt: bakteritel. Mitokondrites ka rõngaskromosoomid. On ainult üks ja paikneb vabalt tsütoplasmas. Pulkjad kromosoomid päristuumsetel. Paiknevad rakutuumas ja on palju. Operon kromosoomi funktsionaalne ühik korraga loetav osa, Valku kodeeriv osa, Regulatoorne osa, Mõttetu osa. 16. Mitoos - tekib kaks identset rakku (Raku samane jagunemistsükkel). Faasid: Esmane DNAle paralleelahela süntees à nende ahelate lahknemine ning uute rakkude moodustumine. 17.Meioos - Raku jagunemine, mille puhul kromosoomide arv väheneb 2 korda Et seda saavutada vaja, 2 jagunemist: I profaasis toimub ristsiire (crossingover). (sellele eelneb DNA kahekordistumine). ülioluline nähtus ristsiire- homoloogilised krom. armastus
a) Neoskisomeerid b) Isoskisomeerid c) Isokaudomeerid 15. Leidke iga järgneva eksperimendi jaoks allpool toodud meetoditest sobiv a) Mutatsiooni analüüsimiseks uuritavas DNA-s - kasutatakse alleelspetsiifilist PCR-i b) Teatud geeni ekspressioonitaseme hindamiseks - eraldatakse mRNA ja tehakse Northern blot c) Ekspressiooni klonoteegi (raamatukogu) analüüsiks, et leida meid huvitavat valku kodeeriv kloon - tehakse nailonfiltrile kantud bakterikolooniate Western blot d) cDNA klonoteegi (raamatukogu) valmistamiseks - sünteesitakse mRNA pealt DNA ja sisestatakse vektorisse 16. Mutatsioonanalüüsil allele-spetsiifilise hübridisatsiooni abil asub alleeli eristav nukleotiid alleel- spetsiifilise oligonukleotiid proovi a) Keskel b) 3' otsas c) Ühe koodoni kaugusel 3' otsast d) 5' otsas 17
Dna ehitus. Dna monomeeri mõiste- -Dna monomeer ehk Desoksüribonukleotiid- on moodustunud lämmastikaluse, desoksüriboosi ja fosfaatrühma liitumisel. Biheeliks- tähendab seda, et DNA on enamasti rakkudes kaksikahelaline heeliks- biheeliks. 18. Milline on DNA roll erinevates organismides DNA roll on päriliku info säilitamine ja edasikandmine. 19. Millele viitab evolutsiooniliselt see, et DNA ja selle kodeeriv süsteem on kõigis elusorganismides sama? 20. Mida saab vaadata valgus- ja mida elektronmikroskoobiga millised on suurenduse piirid 21. Millise panuse on andnud rakubioloogiasse: R. Hook, A.v. Leeuwenhoek, K.E.v. Baer R.Hook leiutas valgusmikroskoobi 1665.aastal ning võttis esimesena kasutusele mõiste rakk. Sakslasest A.v. Leeuwenhoek valmistas mitmeid erinevaid mikroskoope, uuris ainurakseid ning baktereid. K. E. V. Baer avastas 1826. Aastal imetaja munaraku
GENEETIKA tegeleb elu püsimise ja muutumise kandjatega, nende toimimise seaduspärasustega. http://www.ebc.ee/loengud/maia_gen/doc/GEN_1_8.htm KROMOSOOM Milleks? Teabe talletamiseks kogu elu reguleerimise teave. Aga: Teavet saab lugeda vaid lugemisvahendi olemasolul: see ise puudub kromosoomides (on karüoplasmas/tsütoplasmas) Ehitus DNA+histoonid nukleosoom Tervikuna: rõngaskromosoomid Pulkjad kromosoomid Operon korraga loetav osa Valku kodeeriv osa Regulatoorne osa Mõttetu osa Mitoos Raku samane jagunemistsükkel Faasid Meioos Raku jagunemine, mille puhul kromosoomide arv väheneb 2 korda 2 jagunemist: I profaasis toimub ristsiire (crossingover). (sellele eelneb DNA kahekordistumine) Homoloogiliste kromosoomide lahknemine II Toimub vaid kromatiinide lahknemine Bakterid pole mitoosi. (NB! 1 kromosoom pole vaja jagunemisel koordi- neerimismehhanismi!) http://staff.jccc
Sordiaretusega saadud hübriidne mais on 250% saagikam, kui algne. Loomade aretamisel kasutati heade omadustega isendite paljundamist nt kunstliku seemendamise puhul võetud sperma külmutatakse ja seda jätkub tuhandeteks viljastamiseks.) · Transgeensete organismide konstrueerimise eesmärgid: Soovitavate tunnuste lisamine või võimendamine kultuurtaimedel ja koduloomadel. (Nt B. thuringiensis genoomis on putukatele toksilist valku kodeeriv geen see viiakse kultuurtaime genoomi ning selle avaldumine muudab taime resistentsemaks putukate suhtes; köögiviljade (tomati) säilivusaja pikendamine vähendades polügalakturonaasi taset rakus.) Huvipakkuvate produkti tootmine taimes või loomas. (Nt inimese kasvuhormooni ja insuliini tootmine mikroorganismides; inimese verehüübefaktori IX ja alfa-1- antitrüpsiini tootmine lammastes.)
rakusiseste parasiitide taandarengu tulemusena. Selle hüpoteesi kohaselt oleksid nad vahepealseteks arenguproduktideks viiruste ja bakterite vahel. Teine hüpotees toetub mõttele, et viirused said alguse peremeesraku DNAst või RNAst. Sellekohaselt omandasid plasmiiditaolised DNA või RNA molekulid kapsiidivalkude geenid ja said sellega võime liikuda rakust rakku. Kolmanda hüpoteesi kohaselt on viirused arenenud prebiootilistest isepaljunevatest RNA molekulidest. Valke kodeeriv mRNA omandas võime replitseeruda ja laenas kapsiidivalkude geenid ja tekkiski primitiivne viirus. (Alamäe jt 2000: 22,23) Viirused jaotatakse nukleiinhappe alusel kolmeks: DNA-viirused (nt herpes, adeno, papilloom), RNA-viirused (nt punetised, puukentsefaliit, lastehalvatus), DNA- ja RNA- viirused (nt HI, B-hepatiit) ja sarnased nakkuslikud geneetilised elemendid (satelliitviirused, viroidid, prionid). (Mäekask) Viiruse ehitus koosneb kolmest osast: genoom, kapsiid ja ümbris
analüüsiks. Rnaas H: Lõhustab heterodupleksis (RNA/DNA) olevat RNA. Tulemusena moodustub üheahelaline DNA. Nukleaas S1: Lõhustab üheahelalist DNA ja RNA, moodustades 5´fosforüülitud mono- ja oligonukleotiide. 5. Millised omadused peavad olema plasmiididl, et ta saaks toimida kui kloonimise vektor? Antibiootikume resistentsust kodeeriv geen (ampitsiliin või tetratsükliin Väike suurus Kloonimise site (MCS), koht kuhu viiakse järjestuse sisse (plasmiidi ala) Sisene inaktivatsioon (insertional inactivation) Alfa-komplimentaarsus 6. Too 1 selektiivse markeri näide, mida saaks kasutada plasmiidi sisaldava bakteri registreerimiseks/identsifitseerimiseks X-Gal värvib sinisteks rakud, mis ei sisalda huvipakkuva järjestuse, valged on need,
fitness suureneb ainult läbi LV 12.Neutraalne evolutsiooniteooria ja selle erinevused neodarvinismist Motoo Kimura, 1968. a. põhiliseks arutluseks loodusliku valiku ja geneetilise triivi osakaal evolutsioonis neutralismis geneetiline triiv prevaleeriv. pea kogu evolutsiooniline muudatus on neutraalne (mis ei tähenda, et enamus mutatsioonidest oleksid iseenesest neutraalsed – kuid et ainult 1.5% inimese genoomist on kodeeriv, ei kajastu enamus neist fenotüübis). LV vaid kahjulike mutatsioonide elimineerimise mehhanismiks. geneetiline surve (genetic load) – avaldub populatsioonis, kus mitte kõik liikmed ei oma optimaalset koastumust. mida rohkem on populatsioonis indiviide, millel on madalam kohanemus, seda suurem geneetiline surve valitseb. mida tugevam selektsioon/geneetiline surve, seda rohkem isendeid sureb välja. keskmise kiirusega valgud evolutsioneeruvad aga ca
Normaalsetel isenditel on IgE hulk vereseerumis väga väike, allergia või parasiitsete nakkuste tõttu suureneb see patsientide veres kuni tuhat korda. ANTIKEHADE REPETUAARI PALJUSUSE GENEREERIMINE Ig-de ja kerged ahelad ning rasked ahelad kodeeritakse erinevate geeniperekondade poolt, mis paiknevad erinevatel kromosoomidel. L- ahelate perekonnad ( või ) : sisaldavad V, J ja C geeni segmente, millede ümberkorraldusel - saab L ahela ( või ) variaabel piirkonda (VJ) kodeeriv ala. H-ahelate perekonnad sisaldavad V, D, J ja C geeni segmente, millede ümberkorraldusel - saab H ahela variaabel piirkonda (VDJ) kodeeriv ala. Mõlemil juhul C segmendid - kodeerivad antikeha konstantset (C) piirkonda. V ja C piirk. kodeerivad geenisegmendid on genoomi eri osades, nende ühinemine V+C toimub enne ekspressiooni. J ja D segmendid on olulised antikehade mitmekesisuse loomisel. Lookuse ümberkorraldamine toimub alati kindla
RNA süntees DNA-st. Toimub rakutuumas. Transkriptsioonis toimub mRNA süntees DNAst, kusjuures mRNA on komplimentaarne DNA matriitahelaga ja sama kodeeriva ahelaga. DNAst sõltub RNA-polümeraas. 21. Mis on geen? Geen on funktsionaalne DNA lõik, millest sünteesitakse valke. Kromosoomi kindlas lookuses paiknev pärivustegur, mis määrab kas otse või kaudselt ühe või mitme tunnuse arengu. Samuti geneetilise info baasühik, sisaldab informatsiooni mingi kindla valgu sünteesiks. (Kodeeriv ahel 5’ algusega) 22. Mis on replikatsioon? Replikatsioon on DNAst sõltuv DNA polümeraas. Toimub komplimentaarsuse alusel. Replikaator on alguskoht. 23. Kus sünteesitakse valku? Valku sünteesitakse tsütoplasmas ribosoomides. 24. Mis on haploidsus, diploidsus ja polüploidsus? Haploidsus - indiviidi (raku) kromosoomistiku poolkordus. Nt inimese haploidsetes sugurakud 23 kromosoomi Diploidsus -indiviidi(raku)kromosoomistikuson kromosoomi komplekt kahekordne. Nt.
neelab sinist valgust, teine rohelist ja kolmas punast. Ükskõik, milline neist valkudest on defektne, tagajärjeks on värvipimedus. Kõige klassikalisem värvipimeduse näide on võimetus eristada rohelist ja punast värvust. Neid värve ei suuda eristada ligikaudu 10- 15% meestest ning alla 1% naistest. X kromosoomis on leitud 2 geeni, millest üks kodeerib rohelise valguse retseptorit, teine punase valguse retseptorit. Sinise valguse retseptorit kodeeriv geen on autosoomis. Fragiilne X Paljud vaimse alaarenguga nähud on seotud muutustega X-liitelistes geenides. Fragiilse X-i sündroom avaldub lastel sagedusega 1:2000. Fragiilne X on X-liiteline dominantne kahjustus mittetäieliku penetrantsusega. Puuetega (vaimse alaarenguga) on heterosügootsed naised ja hemisügootsed mehed. On ka üksikuid erandeid, kus sümptomid ei avaldu. Haigust põhjustab geeniga FMR1 külgneva DNA järjestuse CGG kordistumine X kromosoomi otsa lähedal
toodetakse nüüd bioreaktorites. Peale bakterite kasutatakse selliste produktide tootmiseks *pärmseeni (näit. hepatiidi B vaktsiin) *loomarakkude kultuure. Imetajarakkude kõrval on viimasel ajal olulist rakendust leidnud putukarakkude kultuurid. Näiteks hiljuti (2006. a.) turule tulnud inimese papilloomiviiruse vastast vaktsiini (Gardasil) toodetakse putukarakkudes, kuhu on sisse viidud selle viiruse ümbrise valku (L1) kodeeriv geen. Transgeensete imetajate saamine on küllaltki keerukas ja vaevaline protseduur *Keeruline on geenivektori sisestamine viljastunud munarakku seda kahjustamata. *Pole veel õnnestunud luua geenivektoreid, mis integreeruksid genoomi DNA-sse soovitaval kohal. Nad võivad kahjustada olemasolevaid geene. *Siirdatav geen peab olema varustatud koespetsiifilise promootoriga, mis tagaks geeni avaldumise õiges koes ja sobival ajal *Lisanduvad kaod, mis tulenevad embrüosiirdamisega seotud riskidest
46. DNA kloneerimise etapid. 1)DNA lõigatakse restriktaasi abil fragmentideks ja segatakse bakterite plasmiididega, mis on lahti lõigatud sama restriktaasiga 2)Iga plasmiid ühineb võõra fragmendiga. Ligaasi toimel ühinevad ahelate otsad 3)Bakterid võtavad rekombinantsed plasmiidid endasse, saadakse kloonbakterite kogumid 4)Kolooniad eraldatakse. Siiratud fragment(DNA) paljuneb koos bakteritega, saadakse DNA-pank. 47. Mis on cDNA? Kodeeriv DNA e eksonid. Paiknevad eukarüootide geenis vaheldumisis intronite e mittekodeerivate aladega. Neis oleva nukleotiidijärjestuse alusel järjestat ribosoomis aminohapped sünteesitavasse valgumolekuli. In genoomis on cDNAd ainult 2%. 48. DNA sekveneerimise põhimõte. Sekveneerimine on DNA nukleotiidse järjestuse kindlakstegemine. 49. Mille poolest erineb automaatsekveneerimine klassikalisest manuaalsest sekveneerimisest? 50. Polümeraasi ahelreaktsioon
kromosoomid. Isegi, kui katsetingimused ideaalsed, moodustub väga vähe hübriidseid rakke. 39. Geenide kaardistamine translokatsioone sisaldavate kromosoomide abil. N: translokatsioon X & 14. kromosoomi vahel. Selliseid inimese rakke hübridiseeriti hiire rakkudega, kasv HAT-söötmel. Mõned ellujäänud hübriidsed rakud sisaldasid lisaks hiire kromosoomidele aint 1 inimese kromosoomi 14t. Geen HPRT paikneb X kromosoomi pikemas õlas. Avaldas, er nukleosiidi fosforülaasi (NP) kodeeriv geen paikneb 14. kromosoomi selles osas, mis translokeerunud X kromosoomi. Edasise analüüsi käigus töötati selliste translokatsiooni sisaldavate kromosoomidega, kus X kromosoomist olid üle kandunud lühemad segmendid võimalik uuritavad geenid X kromosoomis reastada. X kromosoomis paikneb geen DMD, mille defektsus Duchenne lihaseline düstroofia. 40. Geenide kaardistamine deletsioone ja duplikatsioone sisaldavate kromosoomide abil.
Fluorestsentsmikros-koobis on valgusallikaks elavhõbedalamp, mis annab lühilainelist kiirgust (paljudel lainepikkustel). Immuunfluorestsents: Elavhõbedalambiga valgustatakse helendavate värvainetega märgistatud antikehasid. Epitope tagging – märgitud liitvalkude (fusion proteins) tehnoloogia. Liidesega valk ehk liitvalk (näiteks lisatakse uuritvale valgule – täpsemalt seda kodeerivale dna-le fluorestseeruva valku nagu green fluorscent protein - gfp kodeeriv dna või peptiide järjestuse (kuni 8-12 aminohapet, nt flag, muc, v5, e2 (tartus välja töötatud!) Dna, nende tag’ide äratundmiseks on olemas kommertsiaalselt saadaval antikehad. Niisugust ‘’tägitud’’ valku kodeeriv cdna viiakse tootmiseksbakteri- või eukarüootsetesse rakkudesse. Epitoop –immunoloogias see osa (uuritavast) valgust, mida (spetsiaalselt katseloomas toodetud) spetsiifiline antikeha (ka valk) ära tunneb.
Laiem mõiste – RNA praimeri süntees, DNA ja kromosoomi struktuuri muutused, replikatsiooni regulatsioon 2. Transkriptsioon – mahakirjutamine RNA süntees DNA matriitsi alusel. RNA sünteesi regulatsioon on geeni aktiivsuse regulaatori põhiline tase! viib läbi DNA-sõltuv RNA polümeraas (substraat: ribonukleosiid-5’-trifosfaat) 1 Sünteesitud RNA ahel vastab 1:1-le temaga antiparalleelsele DNA matriitsahelale (komplementaarsusprintsiip). kodeeriv ahel –DNA ahel, mis on RNA-ga identse järjestusega. RNA sünteesi käigus toimub DNA ahelate lahtiharutamine, struktuur taastub pärast sünteesi. 3. Translatsioon – valgu biosüntees, tõlkimine RNA nukleotiidne järjestus tõlgitakse valgu AH järjestuseks. mRNA – kannab valgu sünteesiks vajalikku geneetilist informatsiooni. ribosoom – RNA ja valkudest koosnev organell. Valgu AH järjestus ei määra 1:1 RNA järjestust (Goethe – Lost In Translation). Toimetab valkude sünteesi.
regulaatorgeen ja operaatorgeen. Laktoosi (lac) operoni regulatsioon E.Coli rakkudes. Lac operon sisaldab promootorit P, operaatorit O ja 3. struktuurgeeni lacZ (-galalaktosidaasi geen), lacY (-galalaktosidaasi permeaasi geen) ja lacA (transatsetülaas). Operoni geenide negatiivne kontroll toimub läbi repressorvalgu Lac I seondumise operaatorile ja positiivne kontroll läbi aktivaatorvalgu CAP seondumise operaatoralale. 5. Eukarüootse mRNA kodeeriv osa erineb prokarüootsest selle poolest, et sisaldab tüüpiliselt vaid üht tsistronit e. ORF'i. Erineva struktuuri tõttu ei ole mRNA eukarüootide ja prokarüootide vahel vahetatav, st. prokarüootne mRNA ei tööta eukarüootses valgusünteesis ja vastupidi, eukarüootne mRNA ei ole substraadiks prokarüootsetele ribosoomidele. 6. Eukarüootides: RNA pI koosneb 14-st subühikust ning asub tuumakeses, vastutab rRNA-de sünteesi eest
Muudab neutrofiilid liikumatuks, millest tuleneb selle põletikuvastane toime. EI KASUTATA Vinkristiin - blokeerib samuti polümerisatsiooni. Vähiravim. Taksool - jugapuu koorest, seostub mikrotuubulitega ja stabiliseerib neid, takistades depolümerisatsiooni, arestides rakutsükli mitoosifaasis. Vähiravim kemoteraapias. Peptiidid ja valgud ravimitena Hormoonid. Kui organism neid ise toota ei suuda vajalikus koguses. Võimaldas rekombinantne DNA tehnoloogia. Vajalikku valku kodeeriv inimese geen kloneeritakse ja ekspresseeritakse mõnes kiirelt kasvavas kultuuris (bakter, pärm, kasvajad). Puuduseks manustamise keerukus, kiire metabolism ja võimalik immuunvastus. Insuliin - diabeet. Seondub lihas- ja rasvarakkude insuliiniretseptoritega soodustades glükoosi omandamist ning inhibeerides glükoosi eritumist maksast. Interferoon - leukeemia vormid, B ja C hepatiit, rekombinantne 19kD valk, mida toodetakse E.coli kultuuris. Erütropoietiin - aneemiaravi
Planctomyces'e rühma spetsiifiline Planctomycesel moodustub rakule valguline jätke ja raku vastaspoolusele moodustub pung. Mikrobioloogia I. Bakterite kujurühmad 2011. T Punguvad ja jätketega bakterid Verrucomicrobium spinosum on soolatüükataoliste jätketega bakter, keda on leitud veest ja mullast, aga ka inimese soolest. Eriti arvukalt neid mullas. Bakteris olemas muidu eukarüootidele omane tubuliini kodeeriv geen. Mikrobioloogia I. Bakterite kujurühmad 2011. Tiina Alamäe Punguvad ja jätketega bakterid Gallionella on levinuim rauabakter. Esineb rauarikastes allikates, drenaazhitorudes jne. Rakk eritab rauda oksüdeerides limasaba, millesse sadenevad oksüdeeritud
siirdamine rakkude ja organismide geneetilise informatsiooni muutmiseks või nende kasutamine pärilike haiguste diagnoosimisel ja indiviidide geneetilisel tuvastamisel. 3. Kirjuta lühendi GMO pikem mõiste, mida see tähendab. GMO ehk geeniliselt muundatud organismid tavakeeles populaarne väljend transgeense ehk siirdgeense organismi tähistamiseks. 4. Mis põhjustab sebrakala fluorestsentsvärvi? Sebrakalale siirdatud genoom on fluorestseeruvat valku kodeeriv geen meduusilt, mis põhjustab kala fluorestsentsvärvuse. 5. Millal loodi esimesed rekombinantsed viirused ja plasmiidid? Esimesed rekombinantsed viirused ja plasmiidid loodi 1973. aastal. 6. Miks osutusid genoomipangad tehnogeneetilistes uuringutes ja rakenduste väljatöötamisel äärmiselt kasulikuks? Genoomipangad osutusid tehnogeneetilistes uuringutes ja rakenduste väljatöötamisel
RNaas eemaldab replikatsiooni initsiatsiooniks kasutatud RNA praimerid, ning teist sorti DNA polümeraas liitub ahelatega, et täita sünteesimata fragmente. Pärast seda liitub DNAga ligaas, mis liidab augud ahelas ning lõpetab sellega replitseeritud DNA molekuli sünteesi. 8. Mis on geen? Geen on DNA järjestuse lõik, funktsionaalne ühik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd, geenis on regulatoorsed järjestused ja kodeeriv ala, kodeeriv ala eukarüootidel koosneb eksonitest ja intronitest. Sisaldab RNA ja valgu sünteesiks vajalikku infot. Organismi kõik geenid annavad kokku genoomi. 9. Mis on plasmiid? Plasmiidid on kromosoomivälised DNA molekulid. Praeguseks on leitud neid peaaegu kõikidest uuritud bakteritaksonitest. Plasmiidid on enamasti kaksikahelalised DNA rõngasmolekulid,mis replitseeruvad bakteri genoom ist sõltumatult
ATACTTTTTGACCAAGGCTTTGTCAATTGTTCCCTGCTCTATAGCCTCATTAATATT GAAGTGTAATCCTGTTTTAGTATCAGTCAGCATATGAGAAGAATGCCCATAGGATT CAAAAAACATAGCTTCCTTCCACTGATATTGCTGCCCTGAAAGTTCAAGATATATA CTTTTCTCAATCAGGTTTCTCTGGAAAGCCTCATACACGGTCAATTCTGATCCTGT TTTAGTATCTACTACAGAAATTCTATGTGTTTTCTTGACATTGAGATTGGAAAT GAA TTC AAA TCT GAA TTC GTC GAC AAGCTTCTCGAGCCTAGGCTAGCTCTAGACCACACGTGTGGGGGCCCGAGCTCGCGGCC GCTGTATTCTATAGTGTCACCTAAATGGCCGCACAATTCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTC GTGACT LEGEND Kodeeriv ala on boldis ja allajoonitud Esimene aminohape Reverse praimer Forward praimer Vektori järjestus Milliseid programme kasutasin? Bioedit näitas sekveneerimise tulemusi, leidsin sealt usaldusvahemikud ja hindasin sekventsi kvaliteeti. BLAST andis nukleotiidse järjestuse põhjas vastava geeni ja seejärel vaatasin mis pidi insert on sisenenud, kas on gapse ja mutatsioone. 15 Mis juhtub kui proovid ühes reaktsioonisegus kahe praimeriga korraga
Sel viisil on võimalik saada spetsiifilist IgG-d ligi 1-10mg/ml seerumi kohta. Polüklonaalsed antikehad on tolerantsemad antigeeni muutustele. 15. Antikehade repetuaari paljususe genereerimine (üldjoontes) Ig-de ja kerged ahelad ning rasked ahelad kodeeritakse erinevate geeniperekondade poolt, mis paiknevad erinevatel kromosoomidel. L- ahelate perekonnad ( või ) : sisaldavad V, J ja C geeni segmente, millede ümberkorraldusel - saab L ahela ( või ) - variaabel (VJ) piirkonda kodeeriv ala. H- ahelate perekonnad sisaldavad V, D, J ja C geeni- segmente, millede ümberkorraldusel - saab H ahela variaabelpiirkonda (VDJ) kodeeriv ala. Mõlemil juhul C segmendid - kodeerivad antikeha konstantset (C) piirkonda. V ja C piirk. kodeerivad geenisegmendid (kõik ca 300 bp ehk üks domään) on genoomi eri osades, nende ühinemine V+C toimub enne ekspressiooni. J ja D segmendid (30-50bp) on olulised antikehade mitmekesisuse loomisel
annaabi.ee 
