-jääkainete eritumiskoht -sisaldab varuaineid, ainevahetuse produkte, pigmente -Tsütoplasmavõrgustik: -mööda tsütoplasmavõrgustikku toimub rakusisene ainete liikumine -Karedapinnaline tsütoplasmavõrgustik: -Kanalitel paiknevad ribosoomid, kus toimub valgusüntees -Siledapinnaline tsütoplasmavõrgustik: -membraanidel paiknevad ensüümid, kus toimub varusüsivesikute süntees, lipiidide süntees, bioaktiivsete ainete süntees -Ribosoomid: -sisaldab rRNAd ja valgumolekule, valgusüntees -Golgi kompleks: -ained satuvad sinna tsütoplasmavõrgusikust -valkude lõplik töötlemine, pakkimine põiekestesse -rakumembraani ja rakukesta moodustamine -lüsosoomide moodustumine -Lüsosoomid: -ühekihilised membraaniga ümbritsetud põiekesed -surnud ja mittevajalike rakustruktuuride ja ainete lagundamine -rakusisene seedimine ainuraksete toitumine -kudede ümberkujundamine moondega arengu korral (kullese saba kadumine)
*reguleerib rakus toimuvaid protsesse Tuumakestes toimub ribosoomide moodustumine ja rRNA süntees 4)tsütoplasmavõrgustik(ER) Mööda ERi toimub rakusisene ainete liikumine. Membraalsete kanalite süsteem rakus Eristatakse *siledapinnalinetoimub süsivesikute ja lipiidide süntees *karedapinnalinepinnal on ribosoomid kus toimub valkude süntees TÄHTSUS 5) ribosoomid Koosnevad suuremast ja väksemast allüksusest, mis mõlemad sisaldavad rRNAd ja valgumolekule TÄHTSUS Ribosoomis toimub valgu süntees 6)Golgi kompleks Koosneb üksteise peal asetsevatest lamedatest torukestest ja põiekestest nende otstel. Osad on ümbritsetud membraaniga TÄHTSUS *ühenduses tugiplasma võrgustikuga, kust satuvad Golgi kompleksi mitmesugused valgud. Seal toimub valkude lõplik töötlemine ja pakkimine põiekestesse. * Golgi kompleksist moodustuvad lüsosoomid 7)lüsosoomid
kontroll mRNA lagundamise tasemel - millised mRNA molekulid suunatakse lagundamisse 6.translatsiooni-järgne kontroll - millised toodetud valkudest aktiveeritakse/inaktiveeritakse, millistesse raku osadesse valgud transporditakse *Rakkude erinevused tulenevad geenide valikulisest avaldumisest. *Geenid avalduvad kui nende pealt sünteesitakse RNAd. *Geenide avaldumise lõppeesmärgiks võib olla vajaliku valgu süntees. Kõik geenid ei sisalda infot valgusünteesiks, nende pealt sünteesitakse rRNAd, tRNAd. *Kõik peab olema kindla kontrolli all: rakkude jagunemine, geenide avaldumine. *Geenide avaldumine peab olema reguleeritud kättesaadava toidu järgi - kulukas on toota kõiki valke, mida läheb vaja eri toitainete omastamiseks. *Organismi geenide avaldumist mõjutab keskkond: nii väline (kus organism areneb/elab), kui ka sisemine (hormoonid/ainevahetus). Veel mõjutavad erinevad kemikaalid,ravimid,temperatuur,valguse ja toitainete kättesaadavus.
10. Mis iseloomustab kemolitotroofset toitumistüüpi? Kirjelda vähemalt ühe mikroobirühma kemolitotroofiat. Oksüdeeritav aine ehk elektronidoonor on anorgaaniline. Kemolitotroofid on nitrifitseerijad, tioonbakterid, vesinikubakterid jt; ATP sünteesivad anorgaaniliste ühendite oksüdatsiooni arvel, C- allikana kasutavad CO2. 11. Millistesse rühmadesse ja mille alusel jaotatakse tänapäeval elusloodust? Uurides metanogeensete bakterite ssu rRNAd soovitasid Woese ja Fox klassifitseerida kaasaegsed elusorganismid kolme suurde peamisse rühma, mida nimetatakse ka domeenideks: eubakterid, arhebakterid, euakrüoodid 12. Mis iseloomustab kemoorganotroofset toitumistüüpi? Kemoorganotroofid on tavalised heterotroofsed bakterid, nii aeroobsed, fakultatiivselt anaeroobsed kui ka kääritajad; ATP sünteesivad orgaaniliste ühendite oksüdatsioonil vabaneva energia arvel; C- allikana kasutavad samuti orgaanilisi aineid. 13
regulatoorset RNAd Histoon väga konserveerunud aluseline valk DNA ja RNA erinevused: · desoksüriboos, riboos · tümiin, uratsiil · kaheahelaline, üksikahelaline · RNA omab katalüütilist funktsiooni Transkriptsioon ehk RNA süntees. Splaising RNA modifikatsioon pärast transkriptsiooni, kus intronid eemaldatakse ja eksonid liidetakse. Toimub eukarüood mRNAs enne kui ta saab translatsiooniga toota korrektse valgu. Ribosoom valgutehas, mis sisaldab rRNAd ja ribosoomi valke. rRNA sünteesitakse tuumakeses, valgud tsütoplasmas. Igat aminohapet polüpeptiidis kodeerib üks nukleotiidikolmik, mis ei kattu omavahel ning pole ka väljajäetavaid nukleotiide. Ühele aminohappele vastab rohkem kui üks koodon, erinevus on enamasti viimases nukleotiidis. Stoppkoodonid. Kood on universaalne. Antibiootikumid passiveerivad bakterite valgusünteesi. Genoom antud liigi täielik geenikogum
Järgmisena seondub trimeerne tuumikfaktor koos TBPga, mis omakorda seondub nii UAFiga kui tuumik-faktoriga. Viimasena seondub PolI-Rrn2p kompleks juba ees olevate valkudega startsaidi lähedusse. Inimese rakkudes on TBP seotud kolme teise polüpeptiidiga, moodustades initsiatsiooni faktori SL1, mis seondub tuumikpromootorelemendile. PolIII sõltuv transkriptsioon tRNA,5 srRNA + väikesed RNA-d: PolIII sünteesib tRNAd ja 5S-rRNAd. Igas tRNA geenis on olemas sisemised promootorelemndid A box ja B box. Need alad ei funktsioneeri ainult promoo-toritena, vaid kodeerivad kahte eukarüootse tRNA osa, mis on vajalikud valgu-sünteesiks. 5S-rRNA geenis on üks sisemine kontrollala C box, mis käitub promootorina. tRNA ja 5S-rRNA sünteesiks on vajalikud kaks multimeerset valku TFIIIB ja TFIIIB ning 5S-rRNA sünteesiks on veel vajalik ka faktor TFIIIA. PolIII sõltuvas transkriptsioonis seonduvad
Missugused organellid kuuluvad bakteriraku ehitusse? Bakteri raku ehituses puuduvad membraanidest koosnevad struktuurid ja membraaniga ümbritsetud organellid (tsütoplasmavõrgustik, Golgi kompleks, kloroplastid, mitokondrid, tsentrosoom ja tsütoskelett). Tsütoplsama ringleb vähem, kui päristuumses rakus. Ainete kandumine toimub üldiselt difusiooni teel. Valgusüntees toimub ribosoomides, need on aga mõõtmetelt väiksemad ja sisaldavad vähem rRNAd ja valgu molekule. Ribosoomid on kõigis bakterites. Mõnel bakteril on gaasivakuoolid (membraaniga ümbritsetud põiekesed), omased vees olevatel bakteritele, aitavad vee pinnale tõusta või sukelduda. Millised on bakterite elutegevuse iseärasused? Bakterid paljunevad pooldumisega. (raku kasvamine ja varuainete süntees, rõngaskromosoomi kahekordistumine kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega kromosoomi, raku membraan koos kestaga nöördub ja moodustub kaks rakku kumbki rakk
tsütoplasmas. 64. Ribosoomide ehitus prokarüootses ja eukarüootses rakus. Prokarüootides 3-5 subühikust ja üle 50 erinevast ribosoomivalgust. Prokarüootides suurest ja väiksest subühikust, kokku 70S. 30S(21 valku ja 16SrRNA)+50S (31 valku ja ...) erinevat valku) (sedimentatsiooni koefitsent) Eukarüoodis - 80S = 60S (49 valku ja 3 rRNAd 5, 5,8 ja 28rRNA) + 40S (33 valku ja 18S RNA). 65. tRNA-de osalus translatsiooniprotsessis: tRNA laadimine aminohappega, tRNA seondumise saidid ribosoomis. Aminohape aktiveeritakse aminoatsüül-tRNA süntetaasiga, (20tk) kasutades ATPd. Järgmiseks seotakse aminohappe t-RNAle, eraldub AMP. Õige aminohappe lülitumine translatsioonil on tagatud tRNA spetsiifilisuse ja koodon-antikoodoni intraktsiooni poolt, mitte aminohappe poolt. Koodon-
3)kontroll RNA transpordi tasemel 4)kontroll translatsiooni tasemel 5)kontroll mRNA lagundamise tasemel 6)translatsiooni-järgne kontroll GEENID AVALDUVAD ÕIGEL AJAL JA ÕIGES KOHAS *Rakkude erinevused tulenevad hoopis geenide valikulisest avaldumisest. *Geenid avalduvad, kui nende pealt sünteesitakse RNAd. Geenide avaldumise lõppeesmärgiks võib olla organismile või rakule vajaliku valgu süntees. *Kõik geenid ei sisalda infot valgusünteesiks, vaid nende pealt sünteesitakse nt rRNAd või tRNAd. *Hulkrakse organismi teeb keerukaks veel see, et on palju erinevate omadustega rakutüüpe. Naharakk on teistsugune kui närvirakk ning seal peavad avalduma teistsugused geenid. *Geenide avaldumine peab olema ajas ja ruumis hästi kontrollitud ja koos kõlas keskkonnatingimustega. *Kui kontroll ära kaob, siis võivad rakud hakata piiramatult paljunema ning tagajärjeks võib olla vähkkasvaja teke. KUIDAS KONTROLLITAKSE GEENIDE AVALDUMIST?
sarnasuse (homoloogia) määramine. Hübriidse DNA suhtelise hulga järgi on võimalik hinnata kahe võrreldava DNA homoloogsust. Ühte liiki kuuluvatel tüvedel on DNA homoloogsus 70% või enam. Kui see homoloogsus on madalam, siis ei kuulu võrreldavad tüved samasse liiki. Ühte perekonda kuuluvatel liikidel peaks DNA homoloogsus olema 40-60%. 6) Makromolekulide järjestused, (täisgenoomid, teatud geenide järjestused, valgujärjestused). rRNA järjestused . Juba ca 25 aastat on määratud rRNAd kodeerivate geenide (rDNA) järjestusi. rRNA geenid on head evolutsioonilised markerid, sest nende järjestused on vähe muutunud. Bakterite ribosomaalsete rRNAde ultratsentrifuugimisel eraldub 3 erinevat rRNAd: 23S, 16S ja 5S. Nende pikkused on 3300, 1650 ja 120 nt. Praegu on väga populaarne 16S rRNA sekveneerimine ja selle järjestuse kasutamine prokarüootide evolutsiooni uurimisel. 16S rRNA järjestuste sarnasust/erinevust saab kasutada just kõrgema järgu taksonite
toodetakse (oleneb valgusünteesist) kui valgusünteesi ei toimu, on tuumake väga väike, seevastu suuremahulise valgusünteesi korral võib tuumake hõlmata umbes 25% tuuma ruumalast Tuumake ei ole tuumaplasmas ülejäänud tuuma komponentidest membraaniga eraldatud, kuid on ikkagi enam-vähem kerajas. paljude makromolekulide agregaat Funktsioonid: 1) ribosomaalseid geene sisaldavad DNA piirkonnad 2) eellas-rRNAd 3) küpsed rRNAd 4) rRNAd töötlevad ensüümid 5) väikesed tuumakese ribonukleoproteiinid 6) koostamisfaktorid (näit. ATPaasid, GTPaasid, proteiinkinaasid ja RNA helikaasid) ribosoomide valgud ja osaliselt kokkupandud ribosoomid 3 morfoloogilist piirkonda 1) kiudjas keskosa – keskel (aktiivsed ribosomaalse RNA sünteesi määravad geenid) 2) tihe kiudjas osa ümbritseb keskosa 3) granulaarsed osad ulatuvad kiirjalt välja kiudjast osast
a. preRNA, mis koosneb eksonitest ja intronitest b. splaissingu teel lõigatakse intronid välja, jäävad ainult eksonid c. Eksonitest moodustub küps RNA 3. Ensüüm RNA-polümeraas jõuab terminaatorpiirkonda. 4. DNA ahel suletakse ensüümide abil. 5. Geeni kopeerimisel valmib mRNA, mis viiakse rakutuumast välja ribosoomidesse. (lisaks võib luua ka tRNAd ja rRNAd) NB! Toimub rakutuumas, tuumapiirkonnas, mitokondrites ja kloroplastides. 27. mRNA erinevused prokaüootidel ja eukarüootidel Prokarüootidel on geeni poolt määratav esmane transkript võrdne mRNA-ga ning ta on ka kohe transleeritav. Eukarüootides toimub aga esmalt eellas- ehk pre-mRNA süntees, misjärel toimub nn. eellas-mRNA protsessing küpseks mRNA-molekuliks. Eukarüoodid:
ahelaid, mis on üksteisest eraldatud mittetranskribeeritavate lõikudega. Transkripti ehitus: 5' spacer 18S spacer 5.8S spacer 28S spacer 3' Transkripti sünteesib RNA polümeraas I. Esialgse transkripti tükkideks lõikamisel tekib 3 erinevat RNA-d (28 S, 5.8 S ja 18 S RNA), mis lähevad ribosoomi kas suure (60S) vi väikese (40S) subühiku koosseisu. (11-50). Suur subühik sisaldab kahte erineva pikkusega 28S ja 5.8S rRNAd, ja ~50 valku. Väike subühik sisaldab 18S RNA ja ~33 valku. 5S rRNA tekib nukleoplasmas, RNA Pol III toimel. Ei protsessita, difundeerub tuumakesse. Kõikide ribosoomi koostisesse kuuluvate RNA-de pärinemine ühest transkriptist tagab nende saamise vrdses koguses. Tuumakese suurus sõltub rRNA sünteesi intensiivsusest ja tuumake on väike nendes rakkudes, kus sünteesitakse vähe valku. Loote arengu algetappidel kiire rakkude jagunemise ajal iga rakk sisaldab ~5-10 miljonit ribosoomi.
Kromosoomid on kromatiini struktureerunud vormid. NB! 1DNA molekul + valgud = kromosoom Kromatiin = nukleoproteiinkompleks, koosneb DNAst, histoonidest ja mittehistoonsetest valkudest. DNA keritakse ümber histoonvalgu poolide Histoonid on oligomeersed aluselised valgud; seostuvad tugevalt DNAga Tekib nukleosoom ehk "helmekee". See on kromo-soomi formeerumise esimene etapp. Nukleosoomid pakitakse helikaalseteks kiududeks solenoidideks. Ribosoomide koostises on ~65% rRNAd ja ~35% valke rRNA toimib toena ribosoomsetele valkudele Sisaldab palju kaheahelalisi spiraliseerunud lõike (hairpin-struktuurid). Tänu kõrgele ahelasiseste järjestuste komplementaarsusele saavad tekkida aluspaarid. rRNA võib olla katalüütiliselt aktiivne. METABOLISM = KATABOLISMI JA ANABOLISMI INTEGRATSIOON Katabolism: · Degradatiivne (lagundav) · Energiat tootev (ATP, NADH, FADH2)
Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks. Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. Ribosoomide ehitus ja funktsioon Ribosoom on kaheosaline molekulaarne masin, mis koosneb rRNA ja valgu molekulidest. Tema ülesandeks on katalüüsida peptiidahela moodustumist, lähtudes DNA pealt transkribeeritud mMRNA järjestusest. rRNAd sünteesitakse tuumakeses, valgud tsütoplasmas, pakitakse tuumakeses. Ribosoomid koosnevad kahest subühikust, mis omavahel seondudes moodustavad funktsionaalse organelli. Mõlemad subühikud koosnevad ühest või mitmest rRNA molekulist ja nendega seondunud valkudest (väike ja suur subühik : prok. 30S+50S=70S ; euk. 40S+60S=80S (S, Svedberg, sadenemisühik)) Ribosoomid moodustuvad tuumakestes. Sünteesijärgselt liiguvad nad mööda tuumamembraan pooride tsütoplasmasse
Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks. Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. Ribosoomide ehitus ja funktsioon Ribosoom on kaheosaline molekulaarne masin, mis koosneb rRNA ja valgu molekulidest. Tema ülesandeks on katalüüsida peptiidahela moodustumist, lähtudes DNA pealt transkribeeritud mMRNA järjestusest. rRNAd sünteesitakse tuumakeses, valgud tsütoplasmas, pakitakse tuumakeses. Ribosoomid koosnevad kahest subühikust, mis omavahel seondudes moodustavad funktsionaalse organelli. Mõlemad subühikud koosnevad ühest või mitmest rRNA molekulist ja nendega seondunud valkudest (väike ja suur subühik : prok. 30S+50S=70S ; euk. 40S+60S=80S (S, Svedberg, sadenemisühik)) Ribosoomid moodustuvad tuumakestes. Sünteesijärgselt liiguvad nad mööda tuumamembraan pooride tsütoplasmasse
Inimese rakutuumas võib maksimaalselt olla 10 tuumakest, sest diploidses kromosoomistikus on 10 NORi ehk tuuma organisatoorset regiooni, kus paiknevad rRNA sünteesiks vajalikud geenid. Tavaliselt neid ei transkribeerita korraga ning erinevad NORid koonduvad ühte piirkonda, seega tuumakesi on enamasti palju vähem. 12. Miks on ribosoomi RNA geene eukarüootides palju? Sest ribosoom koosneb kahest subühikust ja need omakorda koosnevad erinevatest rRNAdest. Eukarüootidel on 4 erinevat rRNAd, prokarüootidel 3. Prokarüoodid toodavad umbes 55 erinevat valku, eukarüoodid 80. 13. Miks ribosoomide koostises olevat kolme RNA molekuli ühise pre-RNA-na sünteesitakse? Tagab nende võrdse koguse. 14. Mis on hetero- ja eukromatiin? Kus paikneb rakutuumas enamasti heterokromatiin? Millised kromosoomi osad liigitatakse konstitutiivseks heterokromatiiniks? Miks? Heterokromatiin on kokkupakitud kromosoomide kogum, mille geene eriti ei transkribeerita
a2bb's on holoensüüm. Kaks a-alaüksust määravad tetrameerse tüviensüümi a2bb' kokkupaneku. b-alaüksus sisaldab ribonukleosiidtrifosfaate seondavat saiti. b'-alaüksus sisaldab DNA-matriitsi seonduvat piirkonda. Sigma faktor (s) osaleb vaid transkriptsiooni initsiatsioonil ja pärast seda ta vabaneb RNA polümeraasist. Annab RNA polümeraasi seondumisele spetsiifilisuse. 108. RNA polümeraasid I, II ja III eukarüootidel. RNA polümeraas I - tuumake - produtseerib rRNAd (v.a. 5S RNA) - amantiinile mittetundlik. RNA polümeraas II - tuum - pre-mRNAd - täiuslik tundlikkus RNA polümeraas III - tuum - tRNA, snRNA, 5S RNAd - keskmine tundlikkus. 109. Upstream ja downstream järjestused. Transkripti 5'-poolsed järjestused on ülesvoolu (upstream) ja 3'-poolsed järjestused allavoolu (downstream). Konsensusjärjestus - kõige tavalisem või kõige tüüpilisem järjestus, mis esineb väheste modifikatsioonidega lähedaste DNA, RNA või valkude rühmades.
Tunneb ära DNA promootorjärjestused, on vajalik regulatoorsete valkude sidumiseks ja RNA polümeraasi aktivatsiooniks. Mis juhtub sigma faktoriga initsiatsiooni lõppedes? Dissotsieerub RNA polümeraasilt. 3. Eukarüootne geeni regulatsioon. Eukarüootse geeni struktuur. Sisaldab introneid ja eksoneid ning enhancer'eid ja funktsionaalselt olulisi mittekodeerivaid alasid, mis määravad ära 3' lõikamise ja polüadenülatsiooni toimumise koha. RNA polümeraasid I sünteesib ainult pre-rRNAd, II sünteesib mRNAsid ja mõnesid väikseid tuuma RNAsid, mis osalevad mRNA splaisingus ja III sünteesib tRNAsid, 5S rRNAsid ja mitmeid suhteliselt lühikesi stabiilseid RNAsid. RNA polümeraas II alaühiku C-terminaalne domään (CTD). Transkriptsiooni initsiatsiooni käigus fosforüülitakse RNA polümeraas II suurima alaühiku karboksüterminaalne domeen (CTD), korduv heptapeptiidne järjestus, mis jääb fosforüülituks kuni matriitsilt transkriptsiooni lõpuni. 4
aitab tRNA koos a/h siduda mRNA); tRNA, transport RNA (Transpordib a/h mRNA translatsiooniks); snRNA, väike nukleaarne RNA )Koos valkudega moodustab splaissosoomi, mis võtab osa RNA protsessingust (intronite eemaldamine); interferents RNA reguleerib ekspressiooni. rRNA süntees ja ribosoomid: Rakus tuhandeid ribosoome. Koosnevad kahest subühikust:suurest ja väikesest; kompleks valkudega. DNA piirkonnad, mis kodeerivad rRNAd nimetatakse rDNA-ks. Eukarüootidel on palju rRNA geene, mis korduvad tandeemselt. Transkriptsioon sarnane valke kodeerivate geenide transkriptsiooniga, kasutades RNA I polümeraasi. rRNA süntees nõuab oma transkriptsioonifaktorit. Kodeerivatel rRNA geenidel on omad speisserid, mis eraldavad subühikuid ja aitavad rRNA assambleerumiseks ribosoomis. Ribosoomi subühikud on omavahel seotud vesiniksidemetega. Lõpuks transporditakse RNA tuumast tsütoplasmasse ja initseeritakse valgu süntees.
rakutuumas võib maksimaalselt olla 10 tuumakest, sest diploidses kromosoomistikus on 10 NORi ehk tuuma organisatoorset regiooni, kus paiknevad rRNA sünteesiks vajalikud geenid. Tavaliselt neid ei transkribeerita korraga ning erinevad NORid koonduvad ühte piirkonda, seega tuumakesi on enamasti palju vähem. 12. Miks on ribosoomi RNA geene eukarüootides palju? Sest ribosoom koosneb kahest subühikust ja need omakorda koosnevad erinevatest rRNAdest. Eukarüootidel on 4 erinevat rRNAd, prokarüootidel 3. Prokarüoodid toodavad umbes 55 erinevat valku, eukarüoodid 80. 13. Miks ribosoomide koostises olevat kolme RNA molekuli ühise pre-RNA-na sünteesitakse? Tagab nende võrdse koguse. 14. Mis on hetero- ja eukromatiin? Kus paikneb rakutuumas enamasti heterokromatiin? Millised kromosoomi osad liigitatakse konstitutiivseks heterokromatiiniks? Miks? Heterokromatiin on kromosoomid, mille geene vähe transkripteeritakse, rohkem kokkupakitud
struktuuri ja funktsiooni. Eukarüootidel on kolme tüüpi tuumset RNA polümeraasi. Kõik kolm polümeraasikompleksi sisaldavad kahte suurt ja kahte väiksemat kompleksi valku, milledel on suur homoloogia E. coli RNA polümeraasi , ' ja alaühikutega. Lisaks sisaldavad kõik 3 kompleksi ka hulgaliselt väiksemaid alaühikuid. Mõnesid väiksemaid alaühikuid need kompleksid jagavad, mõned on unikaalsed. RNA polümeraas I sünteesib ainult pre-rRNAd. RNA polümeraas II sünteesib mRNAsid and mõnesid väikseid tuuma RNAsid, mis osalevad mRNA splaisingus. RNA polümeraas III sünteesib tRNAsid, 5S rRNAsid, and mitmeid suhteliselt lühikesi stabiilseid RNAsid (U6, splaisingus; 7S, transpordis). Trankriptsiooni initsiatsiooni käigus fosforüülitakse RNA polümeraas II suurima alaühiku karboksüterminaalne domään (CTD), korduv heptapeptiidne järjestus, mis jääb fosforüülituks kuni matriitsilt transkriptsiooni lõpuni
6. Makromolekulide järjestused (täisgenoomid, teatud geenide järjestused, valgujärjestused). Peamiselt võrreldakse geenijärjestusi, kasutatakse ka valgujärjestusi. rRNA geenid on head evolutsioonilised markerid, sest nende järjestused on evolutsiooni käigus vähe muutunud (konservatiivsus). Ribosoom- konservatiivne organell. 10 Bakterite rRNA ultratsentrifuugimisel eraldub 3 erinevat rRNAd: 23S, 16S ja 5S. Nende pikkused on ca 3000, 1500 ja 120 nt. Eriti oluline on 16S rRNA. Selle molekuli järjestuste võrdlemisel baseerub kaasaegne bakterisüstemaatika. DNAde homoloogsuse (järjestuste sarnasuse) võrdlemine bakteritel võimaldab määratleda bakterite kuuluvust ühte liiki. Ühte liiki kuuluvatel tüvedel on DNA homoloogsus 70% või enam. Valgujärjestuste võrdlemisel saab ennustada, millised valgud on pärit sugulusorganismidest. Bakterite liigid
Enneaegne stoppkoodon – mRNA lagundamine, splaissimise inhibeerimine st vastavat RNA-d enam ei teki. Kui Ubf valke lahti ei võeta, siis jäävad need tsütoplasmasse ja ei osale uutes splassingutes. Kui mRNA-l stoppkoodon puudub, siis see mRNA lagundatakse. Arvatakse, et tuumades puudub translatsioon. RNA protsessimine nt splassimine, lõikamine rRNA protsessimine - prokarüootides rRNA iga modifikatsioonide jaoks on oma ensüüm - eukarüootides on rRNAd-es palju modifikatsioone. 2’OH metüleerimine (DNA-s pole 2’OH RNA-s on). Sage pseudouridüleerimine (uridiinist teakse pseudouridiin). Ühe ribosoomi peale ≈ säärast modifkatisooni. - modifikatsioonid stabiliseerivad RNA struktuuri ja metüleerimine muudab Rnaaside resistentseks. - gRNA ei osale siin toimetamises, vaid snoRNA-dena (väikese tuumakese RNA). Nt U3 RNA (see puudub splaissosoomis). U3 suunab RNA lühemakslõikamist. Lõigatakse välja 18S, 5,8 S jupid RNA-st.
annaabi.ee 
