rühma domeeni. Üks domeenidest arhed. Archaios tähendab kreeka keeles ürgne. · Seega eristuvad eluslooduse domeenid ribosoomide ehituse alusel. · Prokarüoote on kahes eluslooduse domeenis: bakterite ja arhede domeenides. Evolutsioonipuu koostatud rRNAde järjestuste põhjal. · Arhede biokeemilisel-füsioloogilisel kirjeldamisel eristus esialgu 3 rühma: 1) Metanogeenid; 2) Halofiilid; 3) Termoatsidofiilid. · Arhede domeen jaotatakse Bergey määrajas kahte rühma ja neid käsitletakse mitte kui riike, vaid hõimkondi: 1) Hõimkond Crenarchaeota. 2) Hõimkond Euryarchaeota. Hõimkonnad Crenarchaeota ja Euryarchaeota · Kirjanduses eristatakse arhede domeenis siiski veel kolmandat hõimkonda Korarchaeota. Sellesse hõimkonda kuulusid alguses hüpertermofiilsed mittekultiveeritavad arhed, mis eraldati 1996. a
Bakterid on eeltuumsed organismid, sest neil puudub rakutuum. Nad on värvusetud, sinised või punakad. Kuju järgi jaotatakse bakterid: A-batsill, B-kokk, C ja D-kerakujulised, E- spirill, F-vibrioon. Arhed ehk ürgid on prokarüootsete organismide rühm, millese kuuluvad organismid on omadustelt rakutuumata ja rakutuumaga organismide vahepealsed. Arhedel puudub tuumamembraan ning nad jaotatakse kolme rühma: metanogeenid, halofiilid ja termofiilid. Arhed kas moodustavad üheainsa riigi või jaotatakse mitmeks riigiks. Protistid on eukarüoodid, kes ei kuulu loomade, taimede ega seente hulka. Protistid on valdavalt lihtsad organismid, suurem osa neist on üherakulised. Neid saab jaotada: toitumistüübi järgi- autotroofsed ja heterotroofsed; liikumistüübi järgi- viburloomad, ripsloomad, amööbid ja eosloomad. Protiste, millel puuduvad mitokondrid, jagatakse mitokondriaalseteks ja amitokondriaalseteks. Enamik neist
Läänemere loomastik on isenditerohke, kuid liigivaene, sest vesi on mageveeliikide jaoks liiga soolane ja ookeaniliikide jaoks liiga mage. 5) Jänesekapsa ja sinilille kkt- Laanemets Mustika kkt- Palumets Naadi ja sõnajala kkt- Salumets Osja, tarna, angervaksa kkt- Soovikumets Variant B 1) Rannakoosluste tunnused - soolase vee mõju - vähearenenud muldkate - mereheide - avatud maastik - toimivad rannaprotsessid, jää mõju. - taimestumine vähene - halofiilid nitrofiilid 2) Antropogeense tekkega inimtekkelised kooslused - Tänapäeval on enamus eluskooslusi mõjutatud inimtegevusest. Euroopas on peaaegu kõik metsad kasvanud kunagistele raiesmikele, lõunapoolsed rohtlad on olnud sageli ülekarjatatud, põhjapoolsed niidud on inimtegevuse tulemus. Eestis pole inimene märgatavalt vahele seganud vaid paljude rabade arengule, muud ürgkooslused on äärmiselt haruldased.
3. Käärimisproduktide loomus (happed, alkoholid, gaasid) 4. Peamine toitumistüüp (heterotroof, fototroof jne.) 5. Temperatuurinõudlis (külmalemb, kuumalemb) 6. Liikuvus (vedel keskkond, tahke pind) 7. Osmotolerantsus (osmootse rõhu talumine) 8. Suhtumine hapnikku (aeroob, anaeroob, fakultatiivne anaeroob- saab elada nii aeroobses kui ka anaeroobses keskkonnas) 9. pH taluvus 10. Soolataluvus (halofiilid, halotolerantsed) 11. Sekundaarmetaboliitide (antibiootikumid jne.) moodustamine 12. Tundlikkus antibiootikumitele 13. Varuainete loomus 3. Biokeemilised 1. Rakukesta keemilised komponendid 2. Pigmentatsioon (Serratia marcescens- prodigiosiin. Antibiootilised omadused) 3. Membraansete lipiidide tüüp (ester- või eeterlipiidid) 4. Teatud ensüümide süntees (S. aureus- katalaaspositiivne bakter. Katalaas
Sarnasused eukarüootidega: Histoonid, rakuskelett, DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest, transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. Mustadel suitsejatel elavad hüpertermofiilid, nagu nt Pyrodictium occultum- meelist 105 kraadi, range anaeroob. Soolastes veekogudes elutsevad äärmuslikud halofiilid nagu perekond Halobacterium- sünteesivad ATPd valgusenergia abil. 16SrRNA bakterite evolutsiooni uurimisel ja süstematiseerimisel. 16s RNA kuulub prokarüootse ribosoomi väiksemasse alaühikusse. Selle alusel loodud fülogen. Süst. On sarnane täisgenoomide alusel tedtud süst.dega. Mida prooviti tõestada Milleri-Urey katsetega? Selgita neid katseid. Prooviti tõestada polümeeride abiootilise sünteesi teooriat. Katse: loodi ,,atmosfäär", mis pidi
must suitsetaja (black smoker). NB! Metaani (CH4) moodustamine on ainult arhedele iseloomulik tunnus. Seda ei suuda ei bakterid ega eukarüoodid! Kõige tavalisemad substraadid, millest arhed metaani moodustavad, on 1) H2 + CO2 ja 2) atsetaat. Metaani teke toimub looduses seal, kus on metanogeene, metanogeneesi substraate ja puudub hapnik (mudas, mullas, loomade ja inimese soolestikus, mäletsejate loomade vatsas). Metanogeenid on väga hapnikukartlikud. 58. Termofiilid, halofiilid...ja muud fiilid ja nende eripära? Termofiilid: rakud on väikesed, vaba vee sisaldus rakkudes väiksem, rakukomponendid uuenevad kiiresti, rakus rohkesti polüamiine, osadel arhedel on leitud ka histoonitaolisi valke, ensüümid on termostabiilsemad, kui mesofiilidel, tRNAd on termofiilidel veidi teistsuguse koostisega: on GC-rikkamad ja neis esinevad modifitseeritud Nalused (5-metüültiouridiin). Termofiilide valkudes on rohkem ioonseid sidemeid valgu osade vahel ja vähem väljaulatuvaid
· Endospooride esinemine ja paiknemine · · Füsioloogilised ja metaboolsed tunnused: · süsiniku- ja lämmastikuallikate kasutamine, · kasutatavad energiaallikad, · käärimisproduktide loomus, · peamine toitumistüüp (heterotroof, fototroof jne) · Temperatuurinõudlus (külmalemb, kuumalemb) · liikuvus, · osmotolerantsus, · suhtumine hapnikku (aeroob, anaeroob, fakultatiivne anaeroob) · pH-taluvus ja-nõudlus, · soolataluvus (halofiilid, halotolerantsed jne) · Sekundaarmetaboliitide (antibiootikumid jne) moodustamine, · tundlikkus antibiootikumidele, · varuainete loomus. · · · · · Biokeemilised tunnused: · Rakukesta keemilised komponendid, · Pigmentatsioon, · Membraansete lipiidide tüüp (ester- või eeterlipiidid), · Teatud ensüümide süntees; · Tsütokroomide spekter, · Klorofüllide spekter · · Ökoloogilised tunnused: · Tüüpilised elupaigad, · Kooselu teiste organismidega,
70s ribosoomid metabolismiensüümide aminohappeline järjestus. Sarnasused eukarüootidega: Histoonid Rakuskelett DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest, transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. Mustadel suitsejatel elavad hüpertermofiilid, nagu nt Pyrodictium occultum- meelistemperatuur 105 kraadi, range anaeroob. Soolastes veekogudes elutsevad äärmuslikud halofiilid nagu perekond Halobacterium- sünteesivad ATPd valgusenergia abil. 16SrRNA geenid prokarüootide evolutsiooni uurimisel ja süstematiseerimisel. 16S rRNA järjestuste võrdlemisel eristus osa prokarüoote eraldi rühmana. Arhedeks hakati nimetama rühma, kelle 16S rRNA geenid olid järjestuselt suhteliselt sarnased eukarüootide 18S rRNA omale. Eukarüootse raku tekke hüpotees sümbioosi teel. Endosümbioosi teooria kohaselt on tänapäeva eukarüoodid arenenud astmeliselt: esmalt
kuivamisega (nn koorik), mis võib takistada sügavamate kihtide kuivamist. Toitesoolade olemasolu sõltub lähtekivimist ja sademetest, orgaanilised toitained lisanduvad organismide elutegevusest (huumus). Liigniiskus pärsib organismide lagunemist ladestub kõdukiht või turvas. Karbonaatsetel muldadel (nt Lääne- Eestis) kasvavad lubjalembesed ehk kaltsifiilsed taimeliigid, mererandade soolastel muldadel halofiilid, kõrge lämmastikusisaldusega (-NO3-) muldadel nitrofiilid. 10. Troofilised tasemed Troofilise taseme moodustavad organismid, kes tarvitavad toiduks samapalju muundumisi läbiteinud ainet. Nii kuuluvad näiteks ökosüsteemi taimtoidulised loomad ühele ja nendest toituvad loomad järgmisele troofilisele tasemele. Taimed kui tootjad moodustavad omaette troofilise taseme. Ühegi troofilise taseme organismid ei
...40º 40º....45º termofiilid +40º 50º....60º 75º+... Bakterite suhe soolsusesse - Keskkonna kõrgema soolasisalduse korral toimub raku plasmolüüs tsütoplasma läheb raku seina küljest lahti, rakk tõmbub kortsu, on anabioosis (pole surnud, on soodsatel tingimustel võimeline elutegevust taastama). Liiga vähese soolsuse korral vesi tungib rakku, rakk läheb lõhki. Halofiilid vajavad kõrget soolade sisaldust keskkonnas Bakterite toitumistüübid - Fütoplankteritel 1 valdav toitumistüüp- fotoautotroofid (osal lisaks heterotroofia valmis orgaanilise aine omastamine või fagotroofia võime omastada tahket toitu) Zooplankteritel 1 toitumistüüp- kemoorganoheterotroofid Fotosüntees (algained ja tulemus) - süsihappegaasist ja veest sünteesitakse päikesevalguse abil glükoos ja hapnik
Arhed erinevad teistest prokarüootidest tRNA ja rRNA koostise poolest, nende membraanis esinevad unikaalsed lipiidid ja rakuseinas puuduvad peptidoglükaanid. Paljud arhede raku geneetilise informatsiooni paljundamise, säilitamise ja avaldumise eest vastutavad ensüümid sarnanevad eukarüootide vastavate ensüümidega. Arhed jaotatakse kolmeks rühmaks: metanogeenid: tekitavad süsihappegaasist ja vesinikust metaani; anaeroobid halofiilid: vajavad kõrget soolade kontsentratsiooni termatsidofiilid: vajavad kõrget temperatuuri (80...90 °C) ja happelist keskkonda (pH 2). Esimestena avastatud ning siiani tuntuimad arhed elavad äärmuslikes elukeskkondades. Neid nimetatakse ekstremofiilideks. Näiteks elavad arhed kuumaveeallikates, kus veetemperatuur võib ulatuda 100°C ning ülisoolastes järvedes, kus soolsus ulatub 300 promillini. (Maailmamere soolsus on 34...36 promilli).
Arvatakse, et prokarüoodid on esimesed planeedil Maa tekkinud elusolenditest. Kuigi esmalt leitud äärmuslikes keskkondades, nagu kuumaveeallikad (termofiilsed arhed), elavad arhed ka tavalistes tingimustes, näiteks ookeanis või metanogeenid soolestikus. Lisaks on arhedele omane halofiilsus ja väävli metaboliseerimine. Mustadel suitsejatel elavad hüpertermofiilid, nagu nt Pyrodictium occultum -meelistemperatuur 105 kraadi, range anaeroob. Soolastes veekogudes elutsevad äärmuslikud halofiilid nagu perekond Halobacterium- sünteesivad ATPd valgusenergia abil. 16. 16SrRNA geenide olulisus ja sobivus prokarüootide süstematiseerimisel ja evolutsiooni uurimisel. 16SrRNA kuulub prokarüootse ribosoomi väikesesse alaühikusse. Kaasaegne bakterite fülogeneetiline süsteem on koostatud 16S rRNA geenide järjestuste alusel. 16S rRNA järjestuste võrdlemisel eristus osa prokarüoote eraldi rühmana. Arhedeks hakati nimetama rühma, kelle 16S rRNA geenid olid
klassifitseerida, me ei tea kust need pärit on. Esindatud olid tundrataimed (vaevakask, selaginell, kask (34 80%),lepp (42%) haab, mänd (6 40%), kuusk (2 17%), rabamurakas, arktilised pajuliigid). Metsad olid hõredad soometsad, Pandivere, Sakala kõrgustikul kasvasid kidurad männikud, milles leidus ka harukaske. Setetes domineerivad paju õietolmuterad (kuni 44%), kuivalembelised taimed ehk kserofiilid ja soojalembelised taimed ehk halofiilid. See jaguneb varadrüüaseks, böllinguks ja keskdrüüaseks. Keskdrüüases oli mändi 70%, kaske 10 47%. Subarktilises kliimastaadiumis, mis algas 11500 aastat tagasi, algas Eesti territooriumi metsastumine. Kase osatähtsus ja seejärel ka männi osatähtsus suurenes kiiresti. Kuusk laiendas oma leviala Soome laheni. Valdavalt pargilaadsed metsad (kask, mänd, kuusk). Allerödi lõpus kliima taas jahenes ning taimestik tundrailmeline, mänd saavutas oma maksimumi
ühe koopia kromosoomi Arhed: · Arhed on prokarüoodid · Arhedel on mitmeid ühiseid jooni eukarüootidega · Arhedest hakati rääkima 1970-ndatel kui, selgus, et mõned prokarüootide rühmad eristuvad teistest selgesti · Arhed on evolutsioneerunud aeglaselt, ja nad on suhteliselt sarnased oma esivanematele · Paljud arhed on äärmiste omadustega (hüpertermofiilid, äärmuslikud halofiilid, metanogeenid, väävlihingajad) · Metaani moodustamine on ainult arhedele iseloomulik ja toimub seal kus puudub O (mudas, mullas, soolestikus,vatsas)(metaani moodustatakse H + CO või atsetaadist) · Kuju poolest on nad sarnased bakteritele Inimese normaalne mikrofloora: · Inimese kehapiirondade normaalne mikrofloora on mikroobide populatsioon, mis elab koos inimesega ega põhjusta tavaolukorras tema haigestumist
stabiliseerimisel on mõningad nukleotiidide modifikatsioonid. On arvatud, et modifikatsioone 8 läbi viivad ensüümid võivad toimida omalaadsete chaperonidena, aidates tRNA voltumisele kaasa. initsiaator-tRNA ja elongaator-tRNA erinevused. Initsiaator-tRNA (tRNAfMet) ehitus on võrreldes elongaator-tRNA eriline. Bakteriaalsel initsiaator tRNA-l (v.a. termofiilid ja halofiilid) puudub aluspaardumine nukleotiidide 1 ja 72 vahel. See võimaldab metioniini formüleerimist. D-õlas paikneb Y11:R24 asemel R11:Y24 aluspaar. Antikoodon-heeliksis paikneb kolm G:C aluspaari, mille abil suunatakse initsiaator tRNA otse ribosoomi P-saiti. Eukarüootsel initsiaator-tRNA-l on N1:N72 aluspaardumine säilunud. Kuid T-lingus puudub TΨ-järjestus. Antikoodon-heeliksis paikneb kolm iseloomulikku G:C aluspaardumist. precursor-tRNA protsessimise etapid
Rakus on palju ribosoome. Prokarüootne rakk on lihtsama ehitusega, kui eukarüootne: puudub tuumamembraan. Piirkonda, kus paikneb DNA nim nukleoidiks. Arhed on üks elu kolmest domeenist, nad on eeltuumsed (prokarüoodid) o Neist hakati rääkima 1970ndatel, kui selgus, et mõned prokarüoodid eristuvad teistest o Evolutsioneerunud aeglaselt ja nad on suht sarnased oma esivanematele o Paljud arhed on äärmuslike omadustega (hüpertermofiilid, äärmuslikud halofiilid, metanogeenid, väävlihiingajad) o Metaani moodustamine on iseloomulik vaid arhedele (mudas, mullas, soolestikud) o Kuju poolest sarnased bakteritele Arhede ühised jooned prokarüootidega: rõngaskromosoom; genoomi suurus; operonide esinemine; mRNA intronide puudumine; 70 S ribosoomid; metaboliensüümide aminohappeline järjestus Arhede ühised jooned eukarüootidega: histoonid; rakuskeltt; transkriptsioonifaktorid homoloogsed;
Arhed ehk arhebakterid · Nagu bakteritelgi, puudub arhedel tuumamembraan. · Arhed erinevad teistest prokarüootidest tRNA ja rRNA koostise poolest, nende membraanis esinevad unikaalsed lipiidid ja rakuseinas puuduvad peptidoglükaanid. Paljud arhede raku geneetilise informatsiooni paljundamise, säilitamise ja avaldumise eest vastutavad ensüümid sarnanevad eukarüootide vastavate ensüümidega. · Jagunevad: 1. anaeroobsed metanogeenid tekitavad süsihappegaasist ja vesinikust metaani; 2. halofiilid vajavad kõrget soolade kontsentratsiooni; 3. termofiilid vajavad kõrget temperatuuri (80...90 °C) ning happelist keskkonda (pH 2). Bakterid · Väikseimad üherakulised eeltuumsed organismid, kes suudavad iseseisvalt paljuneda ja kasvada. · Baktereid leidub nii pinnases, vees, happelistes kuumavee allikates, radioaktiivsetes jäätmetes. Neid võib leida ka sügavalt Maa koorest, loomade seedekulglatest, taimedest. · Kujult enamasti kerakujulised, pulkjad või spiraalsed.
saavad bakterid vett kätte. Mikroorganismid suudavad elada keskkonnas, mille A W jääb vahemikku 0,7 1,0. Inimese vere AW = 0,99; merevee AW = 0,98; vahtrasiirupi AW = 0,90; põllumajandusmaadel on pinnase A W = 0,9 1. Kuna nende keskkondade, kus bakterid elavad, vesilahuste ainsaks ühiseks soolaks on NaCl, siis väljendatakse bakterite taluvust kättesaadavale veele NaCl vesilahuste kaudu. Bakterid, mis vajavad kasvuks NaCl nimetatakse halofiilideks. Nõrgalt halofiilid vajavad kasvuks 1 6% NaCl lahust, keskmised halofiilid 6 15% NaCl lahust ning ekstreemsed halofiilid 15 30% NaCl lahust. Bakterid, mis suudavad kasvada nõrgas soolalahuses, kuid kõige kiiremini kasvavad soolavabas keskkonnas, nimetatakse halotolerantideks. Kserofiilideks nimetatakse organisme, mis elavad ja kasvavad kuivas keskkonnas (kuivus on tekkinud vee puudumisest, mitte A W väikesest näitajast). 2. Bakterite ehitus ja rakustruktuuride funktisoonid
annaabi.ee 
