1. Kaasaegse
geneetika rakendusalad meditsiinis ja kohtumeditsiinis.
• Kohtumeditsiinis isikute tuvastamiseks (inimpopulatsioon on heterogeenne => DNA
järjestuses on nukletiidses järjestuses indiviiditi erinevusi)
• Meditsiin:
◦
Geeniteraapia – geenidefekt kompenseeritakse normaalse,
funktsionaalse geeni
viimisega haige indiviidi rakkudesse;
◦
Molekulaarne diagnostika – võimalik inimorganismist tuvastada haigust
tekitavaid mutantseid geene – see aitab otsustada, millist ravi
patsient vajab; eriti tähtis on
sünnieelne diagnostika
◦ Ka vähk on sisuliselt geneetiline haigus. Seda põhjustavad
mutatsioonid rakkude
jagunemist ja diferentseerumist kontrollivates geenides. Kui need mutatsioonid som.
rakkudes kuhjuvad, siis muutuvad normaalsed
rakud vähirakkudeks. Mõndade
vähktõbede korral on ka geneetiline eelsoodumusd (mut. päranduvad sugurakkude
kaudu).
2. Kaasaegse geneetika rakendusalad põllumajanduses. Transgeensed organismid. Organismi
kloonimine .
• Sordi- ja tõuaretusega on tegeletud läbi aegade,
ehkki teadlik geneetikale
toetuv aretustöö
algas 20. sajandil. (Esimesed nisusordid pärinevad ajast 7000-10000 aastat tagasi.
Sordiaretusega saadud hübriidne mais on 250% saagikam, kui algne. Loomade aretamisel
kasutati heade omadustega isendite paljundamist – nt kunstliku seemendamise puhul
võetud
sperma külmutatakse ja seda jätkub tuhandeteks viljastamiseks.)
• Transgeensete organismide konstrueerimise eesmärgid:
◦ Soovitavate tunnuste lisamine või võimendamine kultuurtaimedel ja koduloomadel.
(Nt B. thuringiensis
genoomis on putukatele toksilist valku
kodeeriv geen – see
viiakse kultuurtaime genoomi ning selle avaldumine muudab taime resistentsemaks
putukate suhtes; köögiviljade (tomati) säilivusaja
pikendamine vähendades
polügalakturonaasi taset rakus.)
◦ Huvipakkuvate
produkti tootmine
taimes või
loomas . (Nt inimese kasvuhormooni ja
insuliini tootmine mikroorganismides; inimese verehüübefaktori IX ja alfa-1-
antitrüpsiini tootmine lammastes.)
◦ Transgeensete organismide konstrueerimine
bioloogiliste protsesside molekulaarsete
mehhanismide uurimiseks. (Nt transgeensete
hiirte kasutamine imetajate
geeniekspressiooni
uurimisel .)
• Kloonimisel viiakse munarakku somaatilise raku geneetiline materjal ning jagunema
stimuleeritud munarakust arenevad isendid on identsed som. raku tuuma doonoriga. 1997-
ndal aastal sündis kloonitud lammas Dolly. Ühelt utelt võeti udarast rakke, teistelt võeti
munarakke,
millelt kõrvaldati tuum. Need rakud liideti omavahel ja implanteeriti
kolmandale utele (asendusemale). Nii sündiski lammas, kes oli identne udararaku
doonoriga.
◦ Inimese kloonimine on paljudes riikides veel seadusega keelatud. Kuid ka inimestega
on tehtud katseid, eesmärgiga saada embrüonaalseid tüvirakke (veel
diferentseerumata), mida saab kasutada haiguste raviks, kus teatud rakud on kaotanud
oma funktsiooni (nt neurodegenratiivsed haigused).
3. Geneetika väärkasutused.
• Eugeenika (
Darwini LV idee edasiarendus Francis Galtoni poolt) – heade vaimsete ja
füüsiliste tunnustega inimeste paljunemise soodustamine ja kehvade tunnustega inimeste
paljunemise takistama (vaimuhaigete, alkohoolikute, kriminaalide ja madala
intelligentsiga isikute
steriliseerimine ).
◦ Eriti julm eugeenika
rakendus oli juutide, mustlaste ja teiste rahvaste
massiline hävitamine
natsistliku Saksamaa poolt.
• Lõssenkism – Lõssenko tegeles taimede sordiaretusega ning tuli välja seisukohaga, et
soovitud muudatused taimesortides toimuvad keskkonna toimel. See idee meeldis väga
Stalinile, sest sobis kokku marksistliku ühiskonnateooriaga. Klassikaline geneetika
kuulutati ebateaduseks ning Mendeli õpetuse pooldajad sattusid vanglasse.
4. Võrrelge eukarüootset ja prokarüootset genoomi.
ProkarüootEukarüootHaploidne
genoom Diploidne genoom
Üks kaheahelaline DNA rõngasmolekul
Mitu (
varieerub liigiti ) lineaarset kromosoomi
Tuum puudub,
kromosoom lihtsalt tuumapiirkonnas Tuum ümbritsetud membraaniga
Info
transkriptsioon ja avaldumine toimub samas Transkriptsioon ja
translatsioon toimuvad eri
aegadel kohas
ja kohtades
DNA enamasti pidev (organiseerunud operonidesse) DNA katkendlik (jaotunud introniteks ja eksoniteks)
5. Võrrelge raku jagunemist mitoosi ja meioosi teel.
Mitoos MeioosMoodustub 2 uut diploidset rakku.
Moodustub 4 uut haploidset rakku.
Ei toimu kromosoomide ristsiiret.
Kromosoomide
ristsiire toimub.
Rakud on geneetiliselt identsed.
Rakud erinevad üksteisest geneetiliselt.
6. Meioos geneetilise muutlikkuse suurendajana. Meioosi häiretest tulenevad
defektid .
• Geneetilise muutlikkuse
suurendamine ◦
I meioosis toimub
homoloogiliste kromosoomide juhuslik lahkenemine
tütarrakkudesse. Inimesel on 23 paari kromosoome. Iga
kromosoomipaari puhul on
50%-line võimalus, et mõlemad emalt päritud
kromosoomid satuvad gameeti.
Tõenäosus, et ühte gameeti satuvad kõik emalt päritud kromosoomid on (1/2)23. Seega
kromosoomide võimalike kombinatsioonide arv on 223.
◦ Samuti toimub kromosoomide ristsiire homoloogiliste kromosoomide kromatiidide
vahel meioosi esimeses
profaasis .
• Meioosi käigus võib esineda vigu kromosoomide jaotumises tütarrakkude vahel. Meioosi
häired on mõnikord tingitud ka mutatsioonidest geenides, mis vastutavad kromosoomide
ristsiirde või tsentromeeridele mikrotuubulite kinnitumise eest.
◦ Seemne- või munarakku võib sattuda mõni
kromosoom topelt või jääb mõni
kromosoom puudu.
◦ Olulist rolli selle puhul mängivad: vanus (eriti naiste puhul – 45-aastasel naisel on 50
korda suurem risk saada Downi sündroomiga laps kui 20-aastasel), mitmed
keskkonnategurid (röntgenkiirgus,
kemikaalid ).
7. Mendeli poolt avastatud pärilikkuse üldprintsiibid monohübriidsel ja dihübriidsel ristamisel.
• 19. sajandi keskel avastas Tšehhimaal elanud augustiinlaste kloostri munk
Gregor Mendel
seaduspärasused, mille alusel
kanduvad orgaismide tunnused üle järglastele.
• Ta katsetas mitmete erinevate taimede ja isegi mesilastega, kuid edu saavutas ta siiski
aedhernestega (õite
kroonlehed on tihedalt suletud ning allapoole suunatud – head
tingimused iseviljastumiseks). Ta keskendus vähestele hästieristuvatele parameetritele –
taimede pikkus, seemnete värvus.
• Mendel ristas kõrgekasvulisi hernetaimi kääbuskasvulistega ning järglaskond oli
kõrgekasvuline, olenemata, kuidaspidi tolmeldamist läbi viidi. Siis aga ristas ta omavahel
esimese järglaskonna taimi ning sai üle 1000 teise järglaskonda kuuluva taime seas
tunnuse lahknevuse: 3:1 (vastavalt kõrge- ja kääbuskasvulised taimed).
• Siit tuletas Mendel 2
printsiipi :
dominantsus (heterosügootides esineb üks alleelidest
varjatud kujul) ja segregeerumine ( kaks erinevat alleeli segregeeruvad heterosügootide
gameetide moodustumisel).
• Siit tulenevad Mendeli I ja II seadus:
◦ Mendeli I seadus ehk ühetaolisuse seadus: Erinevate homosügootsete isendite
ristamisel on esimese järglaskonna kõik isendid ühetaolised heterosügoodid sõltumata
ristamise suunast.
◦ Mendeli II seadus ehk
lahknemisseadus : Heterosügootide (hübriidide) järglaskonnas
toimub geneetiline
lahknemine , nii et kindlates sagedussuhetes tekivad nii homo- kui
ka heterosügootsed isendid.
• Mendel viis läbi ka selliseid katseid, kus taimed
erinesid teineteisest mitme tunnuse osas.
Ta ristas kollaste ümmarguste seemnetega
herneid roheliste kordsus seemnetega
hernestega. Kuna kõik esimese järglaskonna seemned olid
kollased ja ümmargused, siis
olid need ka
dominantsed tunnused. Ristates aga esimese järglaskonna taimi omavahel, sai
ta tulemuseks nii kollaste ümmarguste, kollaste kortsus, roheliste ümmarguste kui ka
roheliste kordsus seemnetega taimi. Järelikult olid need kaks tunnust kontrollitud
erinevate geenide poolt, mis kandusid järglastele edasi sõltumatult.
◦ Mendeli III seadus ehk sõltumatu lahknemise seadus ehk vaba kombineerumise
seadus: Polüheterosügootide erinevad alleelipaarid lahknevad ja kombineeruvad
üksteisest sõltumatult.
8. Geenide alleelne varieeruvus ja mõju fenotüübile: semidominantsus,
kodominantsus ,
mitmealleelsus. Tooge näide.
• Semidominantsus – tavaliselt on dominantse alleeli puhul nii homo- kui ka
heterosügootsus fenotüübiliselt eristamatud. Mõnikord heterosügoot siiski erineb
homosügootidest.
◦ Nt: lõvilõua õied on valged, kui taim on homosügootne retsessiivse alleeli ww suhtes,
või punased, kui taim on homosügootne dominantse alleeli WW suhtes.
Alleel W
annab õitele punase värvuse, alleeli w puhul värvus puudub. Leidub ka
roosade õitega
lõvilõugu, mis on heterosügoodid. Värvuse intensiivsus sõltub geeni doosist:
homosügoodis WW on geeniprodukti (punast pigmenit) kaks korda rohkem kui
heterosügoodid Ww.
• Kodominantsus – heterosügootides ei suru üks alleel teist maha, vaid avalduvad mõlemad
üksteisest sõltumatult.
◦ Nt: inimese vererakud võivad toota nii N kui ka M antigeeni. Neid antigeene toodavad
sama geeni 2 erinevat
varianti . Alleeli M suhtes homosügoodid toodavad M antigeeni,
alleeli N suhtes homosügoodid aga N antigeeni ning heterosügoodid toodava nii M
kui ka N antigeeni.
• Mitmealleelsus – alleele on rohkem kui kaks ning homosügootses olekus on igal alleelil
kindel toime.
◦ Nt: küüliku karvavärvust määrab geen c, millel on neli erinevat alleeli: c – albiino, c h
–
himaalaja , cch – chinchilla ja c+ - metsiktüüp. Homosügootses olekus on igal alleelil
kindel toime: cc – täiesti valge karvastikuga, ch ch – valge karvastik, kuid musta värvi
on kõrvad, käpad ja ninaots, cchcch – küülikud on valgete karvadega, millel on mustad
otsad , c+c+ - küülikud on tumedakarvalised.
◦ Nt: AB0 vererühmade süsteem. (
Kusjuures IA ja IB on veel kodominantsed.)
9. Mutatsioonide toime organismile. Testertüved mutatsioonide alleelsuse testimiseks.
• Mutatsioonide toime organismile
◦ Nähtavad mutatsioonid – muudavad mõnda morfoloogilist tunnust (enamasti
retsessiivsed )
◦
Steriilsed mutatsioonid – takistavad organismi reproduktsioonivõimet – neid on nii
mõlemat sugupoolt mõjutavaid kui ka soospetsiifilisi
◦ Letaalsed mutatsioonid – kahjustavad organismi
elulisi funktsioone; fenotüüpselt
väljenduvad organismi surmas (enamasti juba looteeas); dominantsed letaalsed
mutatsioonid kaovad juba ühe põlvkonna vältel (kõik järglased surevad), retsessiivsed
mutatsioonid võivad aga populatsioonis kaua püsida, sest on heterosügootses olekus.
◦
Nt yellow-lethal
mutatsioon (Yl) hiirtel on dominantne nähtav (teoreetiliselt 3:1
värvuse jaotus kollane:hallikaspruun), aga
retsessiivne letaalne (YlYl genotüübiga
järglane
sureb embrüostaadiumis) => on värvuste suhe 2:1, mitte 3:1 sest homosügoot
sureb enne sündi.
• Testertüved mutatsioonide alleelsuse testimiseks
◦ Testertüvedega saab testida, kas mingi fenotüüp on põhjustatud sama geeni alleelse
teisendi poolt või mitte. Kasutatakse retsessiivsete mutatsioonide uurimiseks.
◦ Testertüvi on homosügootne
teatava geeni retsessiivse alleeli suhtes. Juhul kui
ristamisel järglaskonnal avaldub mutantne fenotüüp, siis on mutantne alleel sama
geeni variant, mille alleel on testertüvel retsessiivne.
10. Geenide fenotüübilist
avaldumist mõjutavad tegurid. Mõisted
penetrantsus ja ekspressiivsus.
• Geenide fenotüübilist avaldumist mõjutavad tegurid
◦ Üsna suur mõju on keskkonnal – sama geeni erinevate alleelide poolt kodeeritud
produktid võivad olla temperatuuritundlikud (nt shibire mutatsiooniga äädikakärbsed
on 25 kraadi juures täiesti elujõulised ja sigimisvõimelised, kuid paralüseeruvad
ootamatu šoki (raputamise) korral, 29 kraadi juures pole raputada vaja)
◦ Inimeste puhul on nt retsessiivne haigus fenüülketonuuria, mis on põhjustatud sellest,
et fenüülalaniini hüdroksülaas puudub organismist ja fenüülalaniini ei muudeta
türoksiiniks. Fenüülalaniini üledoos organismis häirib närvirakkude arengut – lapsed
on vaimse puudega, ning türoksiini vähesuse tõttu on ka
pigmentatsioon nõrgem. Õige
dieediga on võimalik ära hoida vaimse taandarengu teke.
◦ Ka näiteks indiviidi sugu võib mõjutada indiviidi geenide avaldumist. Kiilaspäisus
võib avalduda nii homo- kui ka heterosügootsetel meestel, homosügootsetel naistel
avaldub see üksnes juuste hõrenemisega. Vastava alleeli avaldumise käivitab
testosteroon.
• Penetrantsus – sagedus protsentides, millega mingi konkreetne genotüüp avaldub selle
kandjate fenotüübis. Mittetäieliku penetrantsuse korral võib küll mutatsioon dominantne
olla, aga ei pruugi avalduda kõigi heterosügootide fenotüübis. Nt polüdaktüülia, mille
puhul arenevad isendil lisasõrmed ja -
varbad .
• Ekspressiivsus – geeni fenotüübilise avaldumise tase. Mingi konkreetne geen võib
erinevates indiviidides avalduda
erineval tasemel.
11. Mõisted
epistaas ja pleiotroopsus. Tooge mõni näide.
• Epistaas – ühe geeni tõkestav, pärssiv või varjutav toime teise geeni avaldumisele.
Allutatavaid geene nimetatakse hüpostaatilisteks.
◦ Nt äädikakärbestel mutatsioon white on epistaatiline mutatsiooni cinnabar suhtes. Kui
äädikakärbsed kannavad mõlemat retsessiivset mutatsiooni homosügootses olekus,
siis on nende silmavärvus ikka valge.
• Pleiotroopsus – üks geen mõjutab samaaegselt erinevaid tunnuseid. Enamasti osaleb üks
geeniprodukt erinevates ainevahetusreaktsioonides või erinevate rakutüüpide suhtluses.
◦ Nt fenüülketonuuria – nii vaimne arengupeetus kui ka pigmentasioonihäire.
12. Mis põhjustab kompleksse tunnuse erinevat avaldumismäära populatsioonis?
•
Kompleksne tunnus – tunnus, mida kontrollivad mitu geeni. Ilmneb pidev fenotüübiline
varieeruvus. Mida rohkem geene (järelikult ka alleele) määrab tunnust, seda sujuvam on
fenotüübiline varieeruvus populatsioonis. Nt inimese nahavärvus, pikkus.
• Faktorid, mis mõjutavad päriliku tunnuse pidevat muutlikkust:
◦ Kaks ja enam alleelipaari lahknevad ja kombineeruvad järglaskonnas üksteisest
sõltumatult.
◦ Osalevad ka keskkonnamõjutused.
13. Kvantitatiivsete tunnuste analüüs: keskmine ja modaalklass, valimi varieeruvus ja
standardhälve.
• Valimi keskmine – kõigi isendite andmed summeeritakse ja jagatakse isendite arvuga.
X = Σ
Xi /
n• Modaalklass – väärtuste klass, kuhu jaotub analüüsitud valimist enim indiviide.
• Valimi varieeruvus – varieeruvus mõõdab üksikute andmepunktide hajuvust keskmisest
punktist.
s2 = Σ(
Xi –
X)2
/ (
n – 1)
• Standardhälve –
ruutjuur valimi varieeruvusest.
14. Päritavus. Mida näitab see, kui teatava tunnuse päritavuskoefitsient on väärtusega 0,6?
• Päritavus – kvantitatiivse tunnuse (multifaktoriaalse tunnuse) populatsioonisisese
muutlikkuse see osa, mis on tingitud genotüübilisest erinevusest indiviidide vahel
• Kui päritavuskoefitsent on väärtusega 0,6, siis see tähenab, et fenotüübiline varieeruvus
popultsioonis on põhjustatud 60% ulatuses geneetilistest faktoritest.
• Päritavus
koefitsent käib populatsiooni mitte üksikindiviidi kohta ja ainult teatud
keskkonnatingimustes.
15. Kunstlik valik, sellega seotud piirangud. Inbriidingu mõju organismi fenotüübile.
• Kunstlik valik – eksperimentaatori või aretaja poolt teostatud valik bioloogilistele
objektidele eesmärgiga saada teatud vajadustele või soovidele ja rakendatud
keskkonnatingimustele vastavaid vorme.
• Kunstlikku valikut saab teostada ainult kindlates piirides, mida seab looduslik valik.
◦ Nt aretades suuruse ühte äärmusesse kalduvaid isendeid, tuleb ette piir, mil teatud
suuruses isendid enam eriti ei paljune.
•
Inbriiding – lähedalt suguluses olevate isendite ristumine, mille tulemusena suureneb
populatsioonis homosügootide ja väheneb heterosügootide arv. Kõige ekstreemsem
inbriidingu vorm on taimede
iseviljastumine .
• Inbriidingu tulemusena väheneb populatsiooni elujõulisus ja viljakus. See on põhjustatud
enamasti sellest, et homosügootides avalduvad kahjulikud retsessiivsed
alleelid .
16. Sugukromosoomid erinevatel organismidel.
Eksperimentaalsed tõendid selle kohta, et
pärilikkus on seotud kromosoomidega.
• Sugukromosoomide arv võib liigiti varieeruda. Nt rohutirtsudel on emastel üks
sugukromosoom rohkem kui isastel (vastavalt XX ja X0).
• Inimestel (nagu ka paljudel teistel loomadel) on mõlemal sugupoolel võrdne arv
kromosoome. Inimeste puhul on Y
sugukromosoomi kandvatel seemnerakkudel
viljastamisel eelis, seega XY:XX suhe on 1,3:1. Kuna XY embrüod on vähem
eluvõimelisemad, siis on sünnihetkeks see suhe 1,07:1. Paljunemisikka jõudmisel on
meeste-naiste suhe 1:1.
•
Morgani eksperiment teatava äädikakärbseliigiga
◦ Omab silmavärvust mõjutavas geenis valget värvust põhjustavat retsessiivsed
mutatsiooni, mis paikneb X kromosoomis ja avaldub ainult isastel. Kui ristati
valgesilmeseid
isaseid mutante ja homosügootseid metsiktüüpi punasilmseid emaseid,
siis saadi hübriidid, kellest kõik
emased ja pooled isased olid punasilmsed. Järelikult
pidi mutatsioon paiknema X kromosoomis. Saadud heterosügootseid emaseid ristati
valgesilmsete isastega ning saadi järglaskond, kus nüüd juba pooled emased olid
valgesilmsed.
17. Selgitage Mendeli seadusi lähtudes kromosoomiteooriast.
• Kõik
geenid paiknevad kromoosoomides ja Mendeli seadused tulenevad sellest, milliste
seaduspärasuste alusel toimub kromosoomide lahknemine
sugurakkudes ja
sattumine järglaskonda.
• Lahknemise seadus (II) – esimese meiootilise jagunemise käigus kromosoomid
paarduvad, -> üks homooloog emalt, teine isalt. Kui ema on homosügootne alleeli A
suhtes ning isa alleeli a suhtes, siis on järglaskond Aa. Anafaasis (pärast I meiootilist
jagunemist liiguvad Aa heterosügootide kromosoomid raku erinevatele
poolustele ja
satuvad tütarrakkudesse.
• Sõltumatuse seadus (III) – põhineb anafaasis toimuval lahknemisel. Kui ristata AA BB
emaseid aa bb isastega, saadakse Aa Bb järglaskond. Esimese meioosi profaasis
paarduvad kromosoomid alleelidega A ja a ning B ja b.
Metafaasis reastuvad nad
homoloogiliste paaridena kahel võimalikul viisil, kas A/a B/b või a/A b/B. Sõltuvalt
sellest, kuidas on toimunud
reastumine , liiguvad anafaasis erinevatele poolustele A ja B
alleeliga ning a ja b alleeliga kromosoomid, või hoopis A ja b ning a ja B
kandvad kromosoomid.
18. Suguliitelised geenid ja nende avaldumine inimesel. Tooge näide.
•
Hemofiilia – seda põhjustab X-liiteline mutatsioon, mille kandjatel ei sünteesita vere
hüübimiseks vajalikku
faktorit . Peaaegu kõik selle puudega indiviidid on mehed.
• Värvipimedus – inimesel on värvuse
tajumine põhjustatud kolme valgust neelava valgu
poolt: rohelist ja punast valgust neelavaid valke
kodeerivad geenid asuvad X
kromosoomis, sinise valguse retseptorit kodeeriv geen on aga autosoomis. Ükskõik millise
valgu defektsus põhjustab värvipimedust, kuid levinum on võimetus eristada punast ja
rohelist värvus. Selle defekti all kannatab ligi 10-15% mehi ja alla 1% naisi.
• Fragiilne X – X-liiteline dominante kahjustus mittetäieliku penetrantsusega. Põhjustab
vaimset alaarengut heterosügootsetel naistel ja hemisügootsetel meestel.
Haigust põhjustab geeniga
FMR1 külgneva DNA järjestuse CGG kordistumine X kromosoomi
otsa lähedal. Kui normaalses kromosoomis on 5-60 CGG kordust, siis mutantses kromosoomis
on seda kordust DNA replikatsiooni tagajärjel kuni 1000 koopiat, mis mõjutab kordusega
külgnevate geenide avaldumist.
• Y kromosoomi spetsiifilisi geene
teatakse vähe. Nt üks
kodeerib H-Y antigeeni. On teada
ka geen, mis kodeerib meeste seksuaalsete tunnuste väljakujunemiseks vajalikku faktorit
TDF.
• Geenid, mis paiknevad mõlemas sugukromosoomis, päranduvad nagu autosoomides
asuvad geenid, sellepärast nimetatakse neid pseudoautosoomseteks geenideks.
19. Soomääramine erinevatel organismidel.
• Inimestel
◦ Soo määrab Y kromosoomi olemasolu (nagu ka teistel imetajatel). Selles paiknev
geen SRY kodeerib faktorit TDF, mis on oluline testiste arenguks. Testised
produtseerivad testosterooni.
• Äädikakärbestel
◦ Normaalsel diploidsel kärbsel on 2 sugukromosoomi (XX või XY) ning 3 paari
erinevaid autosoome (AA, kus iga A näitab ühte haploidset autosoomide kogumit, 2A
diploidset). Soo määrab X kromosoomide suhe autosoomide kordsusesse – == 1 – emased, 0,5 ja 1 vahel – nn intersex – välja arenevad mõlemad
sootunnused. Põhiline geen, mille avaldumine mõjutab sugu on X-liiteline Sxl
• Teistel loomadel – enamikel on isased heterogameetsed ja emased homogameetsed, kuid
lindudel, liblikatel ja osadel roomajatel on vastupidi.
20. Kuidas on tagatud X-liiteliste geenide võrdne avaldumistase erinevast soost isenditel
imetajatel ja äädikakärbsel?
• Äädikakärbestel – kui puudub geeni Sxl
produkt rakus (isased), siis
seondub teatav
valkkompleks paljudesse
kohtadesse X-kromosoomil ja võimendab X-liiteliste geenide
avaldumise taset 2x. Kui Sxl on olemas, siis tõkestub valkkompleksi seondumine.
• Imetajatel – emastel on üks X kromosoom rakkudes inaktiivne, kusjuures valik on
juhuslik – osadel juhtudel emalt pärinev, osadel juhtudel isalt pärinev X kromosoom.
Seega sisaldavad nad võrdsel hulgal mõlemat tüüpi rakke olles seetõttu X kromosoomi
suhtes geneetilised mosaiigid. (
Kassidel ja hiirtel avaldub fenotüübis karva
pigmentatsiooni mosaiiksus.)
◦ X kromosoomi pikas õlas asub X-inaktivstsiooni keskus, kust
inaktivatsioon levib
mõlemas suunas.
Inaktiivse X kromosoomi DNA on metüleeritud ja tugevalt
kondenseerunud – moodustav
Barri kehakesi. See kinnitub tuumamembraani
sisepinnale ning ta
replikatsioon pole teiste kromosoomidega sünkroonne.
Sugurakkudes on ta siiski reaktiveeritud.
21. Mitoosi- ja meioosikromosoomide uurimise tsütoloogilised meetodid.
• Mitoosikromosoomide
uurimine ◦ Mitoosi metafaasis, sest siis on nad kõige paremini jälgitavad.
◦ Nt võetakse inimese valgeid vererakke, kasvatatakse neid kultuuris, stimuleeritakse
rakujagunemist. Metafaasi jõudnud rakke töödeldakse kemikaalidega, mis peatavad
mitoosiprotsessi (
kahjustub mitoosikääv). Seejärel asetatakse rakud hüpotoonilisse
lahusesse, rakud imevad end vett täis ja lõhkevad. Kromosoomid paiskuvad välja ning
neid uuritakse mikroskoobiga.
◦ Kasutatakse erinevaid värve, kromosoomide värvimiseks.
▪ Feulgen'i reagent (
purpurne , seostub DNA suhkrujääkidega) – ajalooliselt kuni
70ndateni
▪ Quinakriiniga värvides tulevad esile kromosoomide vöödid – fluorestseeruvad
UV valguses. (Näha nn Q-vöödid.)
▪ Giemsa värv – samuti ilmnevad vöödid, mis vastavalt töötlemisele on kas G- või
R-vöödid (värvuvad siis vastupidi).
• Meioosikromosoomide uurimine
◦ Võrreldes mitoosikromosoomidega on see märksa keerulisem, sest
▪ meiootiline jagunemine toimub ainult
spets . kudedes sugurakkude moodustumisel
▪ meiootiliselt jagunevaid rakke on laboritingimustes raske kultiveerida
◦ Klassikalised meioosikromosoomide uuringud on teostatu taimse
materjaliga (mais,
liilialised ).
22. Inimese karüotüüp ja karüogramm.
• Inimesel on 46 kromosoomi – 44 autosoomi ja 2 sugukromosoomi.
◦ Autosoome tähistatakse suuruse alanevas järjekorras numbritega 1-22 (ehkki 21. on
väiksem, on 22. peaaegu sama väike ja jäänud ajalooliselt)
◦ X kromosoom on vahepealse suurusega ja Y kromosoom on ~sama suur kui 22.
• Karüotüüp – indiviidi kromosoomistiku tunnustekogum, mida iseloomustab
kromosoomide arv, suurus, kuiu (mis oleneb tsentromeeri asukohast) ja vöödilisus.
• Karüogramm – kromosoomistiku süstematiseeritud fotokujuti ühe raku metafaasi-
kromosoomidest, kus kromosoomid on reastatud ja rühmitatud suuruse, kuju ja
vöödimustri järgi.
◦ Suuruse ja kuju järgi jaotatakse kromosoomid 7 rühma A – G.
23. Polüploidsus ja selle fenotüübilised
efektid .
• Polüploidsed organismid omavad lisaks normaalsele kromosoomide arvule ühte või mitut
lisakromosoomikomplekti.
• Enamasti in polüploidid taimed, kuna nad on võimelised paljunema mittesugulisel teel.
(Polüploidsus
segab soomääramist.)
• Polüploidide rakud on suuremad, sageli on ka organism ise suurem. Sellised taimed
produtseerivad
suuremaid seemneid,
vilju ja õisi.
• Steriilne polüploidsus – meioosi käigus lahknevad kromosoomid ebaregulaarselt ning
moodustuvad aneuploidsed (mõni kromosoom komplektist on üle- või alaesindatud)
gameedid . Selliste gameetide liitumisel ei arene sügootidest elujõulisi järglasi.
24. Viljakate polüploidide saamine. Tooge näide.
• Enamus tetraploide on steriilsed, kuid on ka
erandeid . Sellised tetraploidid sisaldavad
kahte erinevat kromosoomikomplekti, mis pärinesid liigiliselt lähedastelt eellastelt.
Hübriidis kromosoomid duplitseerusid, moodustades tetraploidi. Meioosis paardusid ühelt
eellaselt saadud homol. kromosoomid omavahel ja
teiselt eellaselt saadud jällegi
omavahel ning jaotusid seejärel regulaarselt. Nii sattus kõigisse sugurakkudesse võrdne
arv kromosoome.
• Nt nisu, mis on heksaploidne – 3 erinevat kromosoomikomplekti 7 kromosoomist, mis
duplitseerusid, nii et som. rakkudes on 42 ja sugurakkudes 21 kromosoomi.
• Erinevate liikide hübridiseerimisel saadud polüploid (allopolüploid) on suurema
tõenäosusega viljakam, kui sama liigi siseselt saadud (autopolüploid).
25. Polüteenkromosoomide moodustumine ja omadused.
• Moodustumine:
◦ DNA replikatsioonil tekkinud tütarkromatiidid ei eraldu. Neid replikatsioone toimub
mitmeid
kordi , kusjuures kõik
koopiad paarduvad omavahel ning mikroskoopiliselt on
polüteenkromosoomid jälgitavad jämedate kimpudena juba väikse suurendusega.
•
Omadused:
◦
Homoloogilised polüteenkromosoomid paarduvad ka som. rakkudes.
Paardumine on
täpne, mistõttu igale kromosoomile
omased vöödid on veelgi paremini jälgitavad.
◦ Polüteenkromosoomide
tsentromeerid moodustavad tugevalt värvuva struktuuri –
kromotsentri.
◦ Polüteenkromosoomid on jälgitavad ka interfaasi rakkudes.
26.
Aneuploidsus ja selle fenotüübilised efektid. Tooge näide.
• Aneuploidsuse korral on üksik kromosoom võrreldes ülejäänutega erineva kordusega
(lisakromosoom -hüperploid- või teatav kromosoom puudub -hüpoploid-). Kordne või
puuduv võib olla ka osa kromosoomist, nt üks õlg.
• Downi sündroom – 21. kr.
trisoomia (karüotüüp 47, XX (või XY) +21). Vaimne
alaareng ,
välimuselt: lühike kasv, kühmus, suur kolju,
laiad ninasõõrmed, pikk kurruline keel,
rohmakad käed.
• Edwardi sündroom – 18. kr. trisoomia – tugev vaimne alaareng, vaid 10% elavad
aastaseks
•
Patau sündroom – 13. kr. trisoomia – vaimne alaareng, kurtus, polüdaktüülia, hundikurk,
enamasti surevad esimesel
eluaastal , vähesed elanud 10nda eluaastani
• Sugukromosoomi trisoomia - 47, XXX – väliselt normaalsed naised, kuigi võib esineda
kerget vaimset puuet ja vähenenud viljakust (vähene mõju fenotüübile tuleb sellest, et 2 X
kromosoomi 3-st on inaktiveeritud).
• Klinefelteri sündroom - 47, XXY – fenotüübilt mehed, kellel on mõningad naistele
omased iseloomulikud sekundaarsed sootunnused – suurenenud rinnad, vähenenud
karvkasv kehal. Nad on ka lühemad, kui
tavalised mehed, ja steriilsed (väikesed testised).
Kui X kromosoome on veelgi rohkem, lisandub ka vaimne puue.
• 47, XYY – fenotüübilt mehed; seostatakse kriminaalsusega; võrreldes
tavaliste meestega
hüperaktiivsemad ja kontrollimatuma temperamendiga, raskused hariduse omandamisel
• Sugukromosoomi monosoomia – 45, X – fenotüübilt naised, kuid kuna munasarjad pole
välja arenenud (järelikult steriilsed). Kasvult lühemad, kuulevad halvasti ja on
südamehäiretega.
27. Muutused kromosoomide struktuuris: deletsioonid, duplikatsioonid, inversioonid ja nende
ümberkorralduste fenotüübiline efekt.
•
Deletsioon – kromosoomisegmendi puudumine
◦ 5nda kromosoomi lühikese õla deletsioon – 46(5p-) - cri-du-
chat ehk
kassikisa sündroom.
Haigetel on tõsised vaimesd ja füüsilised
puuded ning haigete häälitsemine
meenutab kassi kräunumist.
• Duplikatsioon – kromosoomisegmendi kahekordistumine
◦ Nt X kromosoomi keskmise segmendi duplikatsiooni kandval äädikakärbsel
väiksemad silmad
• Inversioon –
segment kromosoomist on 180 kraadi võrra ümber pööratud
◦ Peritsentriline – tsentromeer kaasatakse inversiooni, muutuda võivad kromosoomi
õlgade pikkused, akrotsentrilisest võib saada
metatsentriline kromosoom
◦ Paratsentriline – tsentromeeri ei kaasata
◦ Paardumine normaalse ja inversiooni sisaldava kromosoomi vahel - inversiooni
sisaldav piirkond on sama orientatsiooni saamiseks linguna ümber pööratud
◦ Inversioon põhjustab meioosihäired -> steriilsus
28. Translokatsioonid ja liitkromosoomide teke. Translokatsioonide mõju geenide avaldumisele.
•
Translokatsioon – segment kromosoomist satub temaga mittehomoloogilisse kromosoomi
◦ Retsiprookne translokatsioon – mittehomoloogilised kromosoomid vahetavad võrdsel
hulgal geneetilist materjali
◦ Meioosis võivad retsiprookset translokatsiooni sisaldavad mittehomoloogilised
kromosoomid lisaks homoloogilistele kromosoomidele paarduda ka omavahel,
moodustades ristikujulisi struktuure, millel on 4 tsentromeeti -> homoloogiliste
kromosoomide lahknemine on häiritud ja tekivad aneuploised sugurakud.
• Liitkromosoomi teke – mõnikord liitub kromosoom oma homoloogiga või liituvad
tütarkromatiidid, moodustades ühe geneetilise terviku; liitkromosoomid võivad tekkida ka
homoloogiliste kromosoomide segmentide ühinemisel
• Kui liitumine toimub tsentromeeride kaudu, siis nimetatakse seda Robertsoni
translokatsiooniks. Sel juhul moodustub pikkade õlgadega metatsentriline kromosoom
ning lühikeste õlgadega, väike kromosoom (viimane läheb tihti kaotsi).
• Kromosoomid võivad liituda ka otste vahendusel – tekib kahe tsentromeeriga struktuur.
Kui üks tsentromeeridest inaktiveerub, jääb liitunud kromosoom stabiilseks.
◦ Ilmselt on inimese 2. kromosoom just nii evolutsiooniliselt tekkinud, sest selle õlad
vastavad kahele erinevale akrotsentrilisele kromosoomile ahvidel. Inimesel on
teatavasti 46 kromosoomi, šimpansil aga 48.
29. Mis on geenide aheldatus? Tooge näide.
• Samas kromosoomis paiknevad geenid paiknevad füüsiliselt samas üksuses ja järelikult
päranduvad ka koos.
• Teatavatel juhtudel ei jää geenid aheldatuks – meioosis toimub homoloogilistel
kromosoomidel kromatiidiosade vahetus ehk ristsiire.
• Nt Bateson ja Punnett ristasid suhkruherneid, mis erinesid teineteisest õite värvuse ja
tolmuterade kuju poolest. Punaste õite ja pikkade tolmuteradega taimi ristati valgeõieliste
ja ümarate tolmuteradega taimedega. Punane värvus ja piklikud tolmuterad osutusid
dominantseteks tunnusteks. Kui ristati omavahel saadud hübriide, siis erinesid saadud
teise järglaskonna taimede fenotüübiline jagunemine oodatavast 9:3:3:1, tegelik suhe oli
hoopis 23,3:1:1:6,8. Tulemus tulenes sellest, et vastavad geenid pärandusid aheldunult.
Samas sisaldasid esimese põlvkonnas moodustunud gameedid osadel juhtudel ka
rekombinantset DNAd.
30. Geneetilise materjali
rekombineerumine ristsiirde teel.
• Ristsiire toimub meioosi esimeses profaasis, kui homoloogilised kromosoomid omavahel
paarduvad. Protsessis osaleb homoloogiliste kromosoomide neljast kromatiidist koosnev
tetraad, kuid konkreetne ristsiire toimub vaid kahe homoloogilise kromatiidi vahel. Kaks
ülejäänud kromatiidi ei rekombineeru. Meioosi II lõpuks satub iga
kromatiid erinevatesse
tütarrakkudesse.
31. Kas kõrge rekombinatsioonisagedus
viitab uuritavate geenide üksteisele lähestikku või eemal
paiknemisele? Põhjendage.
• Kõrge rekombinantsuse tase viitab sellele, et geenid paiknevad üksteisest kaugel, sest
lähedalasuvad geenid on tugevamalt
aheldunud ja saavad seega vähem rekombineeruda.
32. Millest on tingitud erinevused kromosoomide geneetilisel ja füüsilisel kaardil?
• Enamasti vastab tõele eeldus, et pikemate kromosoomide vahel toimub rohkem
ristsiirdeid, kui lühemate vahel. Kuid mõningate regioonide vahel, toimub ümber-
kombineerumine sagedamini kui teiste vahel. Seega ei vasta kaugused geneetilisel kaardil
täpselt kaugustele kromosoomi füüsilisel kaardil. Ümberkombineerumine toimub
väiksema tõenäosusega tsentromeeri juures ja kromosoomi otstes ning need piirkonnad on
gen. kaardil kokku surutud. Ülejäänud piirkonnad, kus ristsiirete toimumise tõenäosus on
suurem, on gen. kaardil välja venitatud.
33. Pagaripärmi
Saccharomyces cerevisiae elutsükkel.
S. cerevisiae kasutamine ristsiirete
uurimisel.
S. cerevisiae on üherakuline haploidne organism, kes paljuneb tavaliselt mittesuguliselt
pungudes. Aga sugulisel paljunemisel liituvad kaks haploidset erineva ristumistüübiga
rakku a ja α, mille tulemusena tekkinud diploidne
rakk läbib meioosi. Meioosi tulemusena
tekib 4 haploidset rakku (askospoori), mis jäävad kokku kotikesse, mida nim. askuseks.
Seega sisaldab iga
askus ühe konkreetse meioosi produkte. Pärmirakke saab
laboritingimustes kultiveerida tardsöötmetel, mis on valatud
Petri tassidele. Iga rakk
paljuneb söötmel, moodustades rakkude koloonia.
Mikroskoobi all on võimalik
meioosiprotsessi käigus moodustunud askused üksteisest eraldada, isoleerida üksikud
askospoorid, viia need sobivale söötmele Petri tassil ning kirjeldada söötmel moodustunud
kolooniate kuju ja kasvuomaduste põhjal mutantsete geenide vahel meioosi käigus
toimunud rekombinatsioone.
34. Mida näitavad homoloogiliste kromosoomide vahelised
kiasmid ?
• Kiasmide arv on
proportsionaalsed kromosoomide pikkusega.
• Kiasmid näitavad ristsiirde jälgi.
35. Millal toimub ristsiire? Rekombinatsiooni osa evolutsiooniprotsessis.
• Ristsiire toimub meioosi esimeses profaasis.
•
Evolutsioon :
◦ Meioosis, kus
homoloogsed kromosoomid satuvad kõrvuti, rekombineeruvad
aheldunud geenid ristsiirde abil ning tekivad uued alleelide kombinatsioonid. Mõned
neist kombinatsioonidest võivad olla organismile kasulikud, tõstes eluvõimet ja
viljakust. Nii levivad kasulikud kombinatsioonid populatsioonis, kuni muutuvad
konkreetse liigi seisukohalt standardseks.
36. Geenide kaardistamine
Neurospora crassa askuste analüüsil.
•
Neurospora crassa on haploidne
seen , kes moodustab
pikki rakkude filamente, mida
nimetatakse mütseeliumiks. Seda seent teatakse ka leivahallitusena. Erinevatesse
ristamistüüpi kuuluvad haploidsed rakud võivad ühineda ning diploidne rakk läbib
meioosi. Iga askospoor saab ühe neljast kromatiidist. Erinevalt pärmist on
Neurospora’l
askospooride
kott piklik ja väga
kitsas , nii et
spooride reastumine askuses kajastab seda,
kuidas reastusid kromatiidis meioosis. Meioosi käigus rakud ei pooldu, tuumad jäävad
kõrvuti ning pärast meioosi toimub veel üks mitootiline jagunemine, nii et iga haploidne
tuum jaguneb veel omakorda. Lõpptulemuseks on kaheksa reas paiknevat tuuma, mis
eraldatakse üksteisest rakuseintega, nii et moodustuvad askospoorid. Ettevaatliku
manipuleerimise tulemusena on võimalik reas paiknevad
spoorid ükshaaval askusest
eraldada ja uurida nende fenotüüpi.
•
Oletame, et alleelid
A ja
a, mis paiknevad tsentromeeri lähedal, produtseerivad
askospoorides erinevaid pigmente. Kui ristata
A ja
a alleelidega rakke, moodustuvad
kaheksa spooriga askused. Alleelid võivad segregeeruda erinevalt ja seetõttu näeme
kahetüübilisi askuseid.
•
Esimesel jagunemisel segregeerumise muster avaldub siis, kui neli esimest
spoori askuses on alleeliga
A ja ülejäänud neli alleeliga
a. Alleelid
A ja
a lahknevad esimesel
jagunemisel puhtalt –
AA ühele poole ja
aa teisele poole. Pärast teist jagunemist
lahknevad
kromatiidid eraldi tuumadesse järjekorras
A, A, a, a ning seejärel
poolduvad tuumad veel mitootiliselt.
•
Teisel jagunemise segregeerumise mustrit näeme siis, kui on toimunud ristsiire lookuse
A ja tsentromeeri vahelt, ning
A ja
a satuvad teisel meiootilisel jagunemisel erinevatesse
tuumadesse. Sel juhul on reas kahekaupa kõrvuti kord ühte, kord teist alleeli sisaldavad
askused. Materjali ümberkombineerumine kahe kromatiidi vahel toimub esimesel
meiootilisel jagunemisel, kumbagi tuuma satub üks algne ja üks rekombinantne kromatiid.
Pärast teist jagunemist satuvad kõik kromatiidid erinevatesse tuumadesse järjekorras
A, a,
A, a.
•
Kuna ümberkombineerumine toimus geeni ja tsentromeeri vahelt, on võimalik arvutada
geeni ja tsentromeeri vahelist geneetilist
distantsi . Kuna ümberkombineerumine toimus
ainult kahe kromatiidi baasil, korrutatakse teisel jagunemisel segregeerumise tüüpi askuste
arv 0,5-ga ja jagatakse kogu analüüsitud askuste arvuga. Näiteks mutantse, kasvuks
vitamiini
tiamiin vajava mutandi (
thi-) ristamisel metsiktüüpi tüvega olid 132-st
analüüsitud askusest 104 esimesel jagunemisel segregeerumise mustriga ning 28 teisel
jagunemisel segregeerumise mustriga. Geeni
thi geneetiline distants tsentromeerist on
seega (1/2)(28/132) = 10,6 cM.
37. Mis on „paigalhoidvad“ (
balancer) kromosoomid? Paigalhoidvate kromosoomide kasutamine
geenide asukoha määramiseks kromosoomides.
• Paigalhoidavad kromosoomid on dominantse alleeliga
markeeritud inversiooniga
kromosoomid, mis takistavad nende kromosoomide rekombineerumist norrmaalsete
inversioonita homoloogidega.
•
Analüüsime ristamise tulemusi, kus on kasutatud kahte paigalhoidvat kromosoomi –
kromosoom number 2 on markeeritud dominantse mutatsiooniga
Cy (krussis tiivad – ingl.
k.
curly wings) ning kolmas kromosoom on markeeritud mutatsiooniga
Tb (jässakas keha
– ingl. k.
tubby body). Homoloogilised kromosoomid kannavad samuti dominantseid
markereid –
Pm (ploomivärvi silmad – ingl. k.
plum eyes ) teises kromosoomis ning
Sb
(tüükakujulised
harjased – ingl. k.
stubble bristles) kolmandas kromosoomis. Kõigil
neljal markeril on ka retsessiivne letaalne efekt, mistõttu homosügoodid surevad. Tundmatu
retsessiivse mutatsiooni suhtes homosügootseid emaseid ristatakse isastega, kes kannavad
eelpoolkirjeldatud tasakaalustavaid kromosoome ja nende homolooge. Sõltuvalt sellest,
millises kromosoomis uuritav mutatsioon paikneb, on järglaskond erinev. Kui mutatsioon
on X-liiteline, on kõik isased järglased mutantsed, emased aga mitte. Tasakaalustavaid
kromosoome poleks analüüsiks vaja olnudki. Juhul, kui mutatsioon paikneb ühes
autosoomidest, ristatakse F1 heterosügoote omavahel ja analüüsitakse siis tulemusi.
Hindame erinevaid võimalusi:
Mutatsioon paikneb teises kromosoomis. Kuna teine paigalhoidev kromosoom
sisaldas markerit
cy, ei saa tekkida rekombinante, mis oleksid fenotüübilt mutantsed ja
krussistiivalised, kuna retsessiivset mutantset alleeli sisaldav kromosoom ei saa
inversiooni tõttu selle kromosoomiga rekombineeruda
◦
Mutatsioon paikneb kolmandas kromosoomis. Kuna kolmas paigalhoidev kromosoom
sisaldas markerit
Tb, ei saa tekkida rekombinante, mis oleksid fenotüübilt mutantsed
ja jässaka
kehaga .
◦ Mutatsioon paikneb neljandas kromosoomis. Mõned järglased on samaaegselt nii
mutantsed, krussistiivalised kui ka kehalt jässakad.
38. Geenide kaardistamise meetodid, mis põhinevad somaatiliste rakkude hübridiseerimisel.
• Töötati välja
60ndatel . Inimese ja
hiire rakud
liitumist stimuleeritakse
Sendai viirusega
ning tekib hübriid. Hübriidsete rakkude jagunemisel lähevad inimese kromosoomid järk-
järgult kaotsi. Hübriidsed rakud selekteeritakse inim-inimrakkude hübriididest ja
hiir -hiir-
rakkude hübriididest HAT söötme abil. Som. rakkude hübridiseerimist inimese geenide
määramiseks ja kaardistamiseks saab kasutada juhul, kui uuritav geen avaldub hübriidses
rakus ja omab hiire geeni omast erinevat funktsiooni.
39. Geenide kaardistamine translokatsioone sisaldavate kromosoomide abil.
•
Näiteks on toimunud translokatsioon X kromosoomi ja 14-nda kromosoomi vahel –
enamus X kromosoomi
pikast õlast on translokeerunud 14-nda kromosoomi otsa ning
väike segment 14-nda kromosoomi otsast on translokeerunud X kromosoomi otsa.
Inimese rakke, mis seda translokatsiooni sisaldasid, hübridiseeriti hiire rakkudega ja
kasvatati HAT-söötmel. Mõned ellujäänud hübriidsed rakud sisaldasid lisaks hiire
kromosoomidele ainult üht inimese kromosoomi – 14-ndat kromosoomi, kuhu oli liitunud
enamus X kromosoomi pikemast õlast. Kuna eelnevalt oli teada, et geen
HPRT paikneb X
kromosoomis, oli nüüd selge, et see geen paikneb X kromosoomi pikemas õlas. Need
hübriidsed rakud ekspresseerisid ka fosfoglütseraadi kinaasi (PGK) ning glükoos-6-
fosfaadi dehüdrogenaasi (G6PD), mille geenid olid samuti eelnevalt X kromosoomi
lokaliseeritud. Järelikult sai nüüd ka nende kahe geeni täpsem asukoht selgeks. Sama
rakuliin ekspresseeris ka nukleosiidi fosforülaasi (NP), mille geeni kohta oli eelnevalt
teada, et see paikneb 14-ndas kromosoomis. Seega sai nüüd välistada võimaluse, et NP-d
kodeeriv geen paikneb 14-nda kromosoomi selles osas, mis oli translokeerunud X
kromosoomi. Edasise analüüsi käigus töötati juba selliste translokatsiooni sisaldavate
kromosoomidega, kus X kromosoomist olid üle kandunud lühemad
segmendid . Nii oli
võimalik uuritavad geenid X kromosoomis reastada.
40. Geenide kaardistamine deletsioone ja duplikatsioone sisaldavate kromosoomide abil.
• Mõnikord fragment kromosoomist lihtsalt deleteerub. Kui sel juhul ilmnevad inidiviidil
muutused fenotüübis, näiteks mõni haigus, võimaldab deletsioon lokaliseerida geene,
mille defektsus seda haigust põhjustab.
• Duplikatsiooni puhul on geeni poolt kodeeritud valgu hulk rakus kõrgem ning see võib
väljenduda kõrgenenud ensüümaktiivsuses. Duplikatsioonide analüüsiks kasutatakse
translokatsioonidega kromosoome. Proovitakse erinevaid variante ning mõõdetakse
ensüümaktiivsuse järgi, kus geen asub.
41. Millist tüüpi nukleiinhape võib olla päriliku informatsiooni
kandjaks ?
• Enamike organismide puhul kaheahelaline DNA, osade DNA viiruste puhul on DNA
üheahelaline ja on ka viirusi, kus RNA on päriliku info kandjaks.
42. Eksperimentaalsed tõendid selle kohta, et DNA kannab geneetilist informatsiooni.
• Transformatsioon
bakterites . Katse Streptococcus pneumoniae'ga, mis põhjustab
kopsupõletikku. Virulentsed limakaspliga (S-tüüpi) ja avirulentsed limakapslita (R-tüüpi)
bakterid . DNA võib ühelt rakult teisele üle kanduda (nt surnud rakult elusale). Hiirtega
tehti katse, kus neid süstiti
elusate S tüüpi rakkudega, elusate R tüüpi rakkudega ning
surnud S ja elusate R rakkude
seguga . Letaalseks osutusid esimene ja kolmas variant –
tõend transformatsioonist. Et teada saada, kas just DNA on virulentsete rakkude
põhjustajaks, võeti DNA preparaat (mis sisaldas ka RNAd ja valke), mida töödeldi
Rnaaside, Dnaaside ja proteaasidega.
Transformatsiooni võime kaotas ainult see
preparaat, mida oli töödeldud Dnaasidega. Järelikult on DNA pärilikkuse kandjaks.
43. Võrrelge DNA ja RNA koostist ning ehitust.
DNA
RNA
Suhkrujääk on desoksüriboos
Suhkrujääk on
riboos .
Paarduvad lämmastikalused A=T ja G≡C
Paarduvad lämmastikalused A=U ja G≡C
Enamasti kaheahelaline
Enamasti üheahelaline
Mõlema koostises on fosfaatjääke.
44. Selgitage DNA
ahelate komplementaarsuse ja antiparalleelsuse põhimõtet.
•
Komplementaarsus – kahe ahela lämmastikalused paarduvad selle alusel, mitu
vesiniksidet nad omavahel moodustvad A ja T moodustavad kaks vesiniksidet ja G ning C
kolm. Kui on olemas ühe ahela nukleotiidne järjestus on selle põhjal võimalik kirjutada
vastasahela nukleotiidne järjestus.
•
Antiparalleelsus - nukleiinhapet sünteesitakse 5' otsast 3' suunas. Kuna see on
ainuvõimalik DNA ahela sünteesi suund, on DNA
ahelad kaksikheeliksis
antiparalleelsed. DNA molekuli ühe ahela otsas on vaba 3' OH-rühm, teise ahela otsas
aga vaba 5' fosfaat.
45. Bakterikromosoomi struktuur.
•
Bakteril asub geneetiline info ühes rõngaskromosoomis, mis esineb rakus kõrgelt
struktureeritud kujul alas, mida nimetatakse nukleoidiks. DNA on kaksikahelaline.
• Nukleoid on organiseerunud ~400 topoloogiliseks domeeniks, kus iga
lingu pikkus on ~10
kb.
◦ Toroidne superspiraal – DNA on keeratud ümber valkude (mida on ~10)
46. Eukarüootsete kromosoomide koostis ja struktuur.
• Struktuur - eukarüootide genoom on mitu suurusjärku suurem ning seega jaotunud ka
mitmeks erinevaks
kromosoomiks ning enamasti on kõiki kromosoome 2 komplekti.
Samuti on eukarüoodi DNA kompaktsemalt pakitud.
• Keemiline koostis – interfaasi ajal rakkudest isoleeritud
kromatiin koosneb peamiselt
DNAst ja valkudest (
histoonid –
aluselised valgud , 20-30% arginiini ja lüsiini,
taimedel/loomad 5 liiki histoone: H1, H2a, H2b, H3 ja H4; mittehistoonsed valgud –
tugevalt
happelised )
◦ Histoonid on DNAga spetsiifiliselt kompleksseerunud moodustades alaüksusi
nukleosoome.
47. Mis funktsioon on eukarüootsetes kromosoomides tsentromeeridel ja telomeeridel?
• Tsentromeeride on kääviniitide kinnitumiskohad. Erinevate kromosoomide tsentromeeri
regioonid – CEN regioonid on konserveerunud. Nendele regioonidele kinnituvad valgud,
mis võimaldavad omakorda kääviniitide kinnitumist.
• Telomeeride funktsioonid:
◦ Takistavad DNA molekulide otste lagundamist nukleaaside poolt.
◦ Takistavad erinevate DNA molekulide otste kleepumist.
◦ Võimaldavad lineaarsete DNA molekulide otste replitseerumist, ilma et DNA
molekulid kaotaksid replikatsiooni käigus
otstest geneetilist materjali.
48. Nukleiinhapete sünteesi suund ja nukleiinhapete sünteesi läbiviivad ensüümid.
• Nukleiinhappeid sünteesitakse 5' -> 3' suunas. Fosfodiesterside moodustub ahela viimase
nukleotiidi 3'-OH rühma ja
lisanduva nukleotiidi 5' süsinikuga seotud fosfaadi vahele.
• Ensüümid, mis viivad läbi nukleiinhapete sünteesi:
◦ DNA polümeraas – sünteesib ühele DNA
ahelale komplementaarse DNA ahela; vajab
praimerit, mis on
paardunud matriitsahelaga (
praimer – lühike
oligonukleotiid – DNA
või RNA ahel)
◦ RNA polümeraas – sünteesib DNA ahelale komplementaarse RNA; seondub spets.
promootorjärjestusega ; praimerit pole vaja
◦ Pöördtranskriptaas ehk revertaas – sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA;
vajab sünteesil praimerit
• Muud ensüümid:
◦ DNA
helikaas – katalüüsib DNA ahelate üksteisest eraldumist
◦ Nukleaasid – degradeerivad nukleiinhappeid, lõhkudes fosfodiestersidemeid
▪ Eksonukleaasid – lagundavad nukleiinhappeid kas 5' või 3' otsast
▪ Endonukleaasid – lõhuvad fosfodiestersidemeid ahelasiseselt
◦ DNA
ligaas – ensüüm, mis liidab DNA ahelate otsad, katalüüsides fosfodiestersideme
moodustumist 5' fosfaadi ja 3' -OH rühma vahele
49. DNA replikatsiooni kolm mudelit –
konservatiivne , dispersiivne ja semikonservatiivne.
Milline neist mudelitest leidis eksperimentaalselt kinnitust?
• Konservatiivne mudel – algselt kaksikheeliksilt sünteesitakse uus kaksikheeliks,
tulemuseks on 2 DNA molekuli, millest üks on vanade ahelatega ja üks uute ahelatega
• Semikonservatiivne mudel – matriitsina käituvad mõlemad algse DNA molekuli ahelad
ning tulemuseks on kaks molekuli, kus üks ahel on vana ja teine uus. (LEIDIS
KINNITUSE)
• Dispersiivne mudel – mõlemad tütarahelad sisaldavad segu
vanadest ja uutest sünteesitud
lõikudest
50. DNA replikatsiooni initsiatsiooni
mehhanism .
• DNA replikatsioon algab ori (
origin of replication) järjestustelt, kus toimub DNA ahelate
lahtikeerdumine ja praimeri süntees (praimer on vajalik, et polünukleotiidahelal oleks
vaba 3'-OH ots). Ori järjestus on alati A-T rikas. Bakterikromosoomil on ainult üks
alguspunkt
oriC . DNA dupleksi avamine toimub kas transkriptsiooni toimel või spets.
initsiaatorvalkude seondumisel.
51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA
replikatsiooni täpsus?
• E. coli rakust on eraldatud 5 DNA polümeraasi:
◦ I ja II osalevad DNA reparatsioonil
◦ III on peamine DNA replikatsiooni ensüüm.
◦ IV ja V sünteesivad vigaderohket DNAd olukorras, kus DNA Pol III poolt läbiviidav
replikatsioon on blokeerunud algse DNA kahjustuse pärast. IV ja V puudub vigu
korrigeeriv aktiivsus.
•
DNA pol III ensüümikompleks on V-kujuline ja sisaldab kahte apoensüümi. Apoensüümi
moodustavad subühikud α, ε ja θ. Subühik α vastutab polümeraasse aktiivsuse eest, ε
vastutab DNA replikatsiooni täpsuse eest – tal on 3' -> 5' eksonukleaasne aktiivsus, mis
võimaldab kõrvaldada valesti DNA ahelasse lülitatud
nukleotiide .
52. DNA replikatsioon juhtivalt ja mahajäävalt ahelalt.
• DNA süntees toimub vaid 5' -> 3' suunaliselt. Samas pikendatakse replikatsioonikahvlis
mõlemat DNA
ahelat .
◦ Juhtiv ahel – DNA süntees toimub järjepidevalt 5' -> 3' suunaliselt. Vajab praimerit
vaid replikatsiooni alguspunktis.
◦ Mahajääv ahel – pikenemine toimub näiliselt 3' -> 5' suunas, kuid tegelikult 5' -> 3'
suunas. See süntees toimub katkendlikult lühikeste Okazaki fragmentidena ning iga
fragmendi jaoks on vaja uut praimerit. Okazaki
fragmentide sünteesi intsiatsiooniks
on vaja valkkompleksi praimosoomi, mis koosneb DNA helikaasist (keerab ahela
lahti) ja primaasist (sünteesib praimeri). RNA praimeritelt jätkab sünteesi DNA pol
III. DNA topoisomeerid teevad DNA ahelatesse ajutisi katkeid ja SSB valgud
seonduvad üksikahelalisele DNA'le, et sea stabiliseerida. RNA praimerid asendatakse
hiljem DNA pol I poolt (lagundab selle 5'->3' eksonukleaasse aktiivsusega ja
sünteesib asemel DNA ahela 5'->3' polümeraasse aktiivsusega) ning DNA ahela jupid
ühendatakse DNA
ligaasi abil.
53. Võrrelge bakteri ja eukarüoodi kromosoomide replikatsiooni.
Eukarüoot
Prokarüoot
Replikatsioon toimub ainult rakutsükli ühel etapil ja Replikatsioon algab vaid ühest ori'st ja toimub
algab paljudest kohtadest korraga.
pidevalt.
Juhtiva ja mahajääva ahela sünteesiks on 2 erinevat Juhtiva ja mahajääva ahela sünteesiks on samad
DNA polümeraasi
polümeraasid
Eukarüootne DNA on koos histoonidega DNA pole seotud histoonidega.
nukleosoomideks organiseeritud: replikatsiooni-
kahvli läbminekul jaotub nukleosoom
ajutiselt kaheks alaosaks.
Kromosoomid on
lineaarsed DNA molekulid ja Kromosoom on rõngakujuline DNA
molekul .
nende lühenemist otstest
kaitsevad telomeerid.
54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda
on kirjeldatud?
• Nii toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise info ülekanne rakust rakku
bakterite konjugatsioonil. Igatahes toimub DNA rõngasmolekuli replikatsioonil
• Toimumine:
◦ Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale
komplementaarsele DNA ahelale.
◦ Järjestus-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse
katke.
◦ DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots
eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus – justkui veereks rõngalt maha.
◦ Teine ahel sünteesitakse Okazaki fragmentide abil.
55.
Molekulaarbioloogia põhidogma.
• Geneetiline info liigub DNA-lt RNA-le (retroviirustel ka RNA-lt DNA-le) ning RNA-lt
valgule.
56. RNA tüübid: tRNA, rRNA, mRNA,
snRNA ja nende funktsioonid.
• mRNA – RNA, millelt toimub tanslatsioon; ülesanne on vahendada DNA nukleotiidses
järjestuses olev geneetiline info translatsiooniaparaadile
• rRNA – kuulub ribosoomide koostisesse
• tRNA – väikesed molekulid, mis
toimivad adapteritena polüpeptiidahelasse lülitatavate
AH-de ja mRNA molekulis asuvate AH-id määravate
koodonite vahel.
• snRNA – väikesed tuuma RNA-d; osalevad intronite splaissingul
57. Mille poolest erineb transkriptsioni initsiatsioon replikatsiooni initsiatsioonist?
• RNA sünteesiks pole vaja praimerit, iga RNA molekuli süntees algab de novo, uue
molekuli algusest.
• Iga konkreetse geeni puhul kasutatakse RNA sünteesi matriitsina vaid ühte DNA
ahelatest.
58. Võrrelge prokarüootset ja eukarüootset transkriptsiooni initsiatsiooni.
• Sarnane: mõlemal on initsiatsiooniks DNA ahelate lokaalne üksteisest eemaldumine
• Erinev:
◦ Eukarüootides vaja basaalsete transkriptsioonifaktorite seondumine matriitsDNA-le,
enne kui RNA polümeer liituda saab, prokarüootides pole neid faktoreid vaja.
◦ (Eukarüoodis on kolm erinevat RNA polümeraasi, prokarüoodis üks.)
59. Transkriptsiooni
elongatsioon ja terminatsioon.
• Elongatsioon:
◦ Prokarüoodis – RNA ahela elongatsiooni katalüüsib RNA polümeraasi apoensüüm,
millest on dissotseerunud
sigma faktor. Sünteesitav RNA ahel eemaldub DNA
ahelast ,
aga vahetult transkriptsiooni piirkonnas on DNA ja RNA kuni kolme nukleotiidi
ulatuses paardunud.
◦ Eukarüoodis – RNA polümeraas on vabanenud basaalsetest transkriptsioonifaktoritest
ning järgneb elongatsioon sarnaselt prokarüoodi rakus toimuvale, kuid varases
elongatsioonifaasis lisatakse 5' otsale 7-metüülguanosiin „müts“, mille ülesandeks on
olla äratundmispiirkonnaks translatsiooni initsiatsioonis osalevatele
valkudele , aga ka
kaitse molekuli degradatsiooni eest.
• Terminatsioon
◦ Prokarüoodis - RNA ahela süntees lõpeb siis, kui RNA polümeraas kohtab
terminatsioonisignaali. Seejärel transkriptsioonikompleks dissotseerub.
Transkriptsiooni termineerivad
signaalid on kas Rho valgust sõltuvad või sõltumatud.
▪
Rho-sõltumatud terminaatorid sisaldavad G:C-rikast regiooni, millele järgneb 6
või enam A:T paari (A
nukleotiidid asuvad matriitsahelas). Üksikahelaline RNA
moodustab molekulisiseselt kergesti sekundaarstruktuure (omavahel paarduvad
komplementaarsed üksikahelalised alad). Selline paardumine toimub ka
terminatsioonisignaali sisaldavate G:C-
rikaste piirkondade vahel parasjagu
sünteesitavas RNA molekulis. Moodustunud sekundaarstruktuur kutsub esile
RNA polümeraasi peatumise. Kui vahetult peale sellist sekundaarstruktuuri asub
RNA molekulis pikk U-nukleotiididest koosnev järjestus, soodustab see RNA
ahela dissotseerumist transkriptsioonikompleksist.
▪
Rho valgust sõltuva transkriptsiooni korral (nagu see toimub rRNA sünteesi
puhul) on terminatsioonijärjestused (samuti G:C-rikkad, RNA ahelas enamasti C-
nukleotiidid)
pikemad . Sel juhul seondub Rho valk kasvava RNA ahelaga, liigub
transkriptsioonikompleksile järgi ning kui RNA polümeraas aeglustub või peatub
terminatsioonijärjestuste juures, jõuab Rho valk RNA polümeraasile järele ja
eemaldab sünteesitud RNA ahela transkriptsioonikompleksist.
◦
Eukarüoodis - RNA polümeraas II poolt sünteesitud primaarsete transkriptide 3´-otsad
lõigatakse
spetsiifiliste endonukleaaside abil lühemaks. Transkriptsiooni
termineerumine toimub neist lõikekohtadest (lõikesaitidest) 1000 – 2000 nukleotiidi
allpool, kusjuures kindlat termineerumiskohta ei ole. Enamasti jääb lõikesait 11-30
nukleotiidi allapoole konserveerunud järjestusest AAUAAA. Pärast lõikust lisab
ensüüm
polü(A) polümeraas RNA molekuli 3´-otsa polü-A saba, mis koosneb kuni
200-st adenosiinmonofosfaadist. Polü-A sabad suurendavad mRNA molekulide
stabiilsust ja neil on ka oluline roll RNA transpordil tuumast tsütoplasmasse.
▪ Erinevalt RNA polümeraasist II tunnevad polümeraasid I ja III ära
kindlaid terminatsioonisignaale. Polümeraas I lõpetab transkriptsiooni, kui saab signaali 18
nukleotiidi pikkuselt järjestuselt, kuhu on seondunud terminaatorvalk. RNA
polümeraasi III puhul toimub transktiptsiooni termineerumine sarnaselt bakterites
toimuva Rho-valgust sõltuva terminatsiooniga.
60. Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA
transkriptsioonijärgne
modifikatsioon .
• Eukarüoodi DNAs on kodeerivad alad
eksonid ja neid killustavad mittekodeerivad alad
intronid, prokarüoodis on aga kõik geenid koos operonides ja transkribeeritakse korraga.
• Peale transkriptsiooni lõigatakse eukarüootses rakus pre-mRNA-st intronid välja ning
tuumast väljuvad vaid eksonid.
61. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel.
• 3 erinevat mehhanismi:
◦ tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse spetsiifiline splaissingu
endonukleaas ja eksoneid sisaldavad RNA
fragmendid ühendatakse splaissingu ligaasi
abil. Need molekulid tunnevad spetsiifiliselt ära RNA prekursormolekuli kõrgemat
järku struktuuri, mitte aga nukleotiidset järjestust
◦
Osade rRNA prekursorite puhul toimub
splaissing autokatalüütiliselt RNA molekuli
enda poolt. Kofaktorina vajatakse kas GTP, GDP, GMP või guanosiooni vaba -OH
rühma ja
mono - või divalentset
katiooni . Fosfodiesterside kandub üle ekson-
intron üleminekualalt G-OH'le, seejärel katkeb fosfodiesterside järgmise eksoni ja introni 3'-
otsa vahelt ning moodustub eksonite vahele.
◦ Rakutuumas asuvate pre-mRNA molekulide splaissing toimub kaheetapiliselt
ribonukleoproteiin-partiklites – splaissosoomides (sisaldavad snRNA ja palju valke).
Toimub estersidemete katkemise ja tekke põhjal ning intronite eemaldamise kaudu.
62. mRNA molekulis asuva geneetilise informatsiooni muutmine – RNA editing.
• Toimub kahel viisil:
◦ Lämmastikaluste asendamise teel (eriti taimede mitokondrites – valdavalt C
asendamine U-ga)
◦ U nukleotiidide lisamise või deletsiooni teel –
keerukam protsess
63. Transkriptsiooni ja translatsiooni toimumise aeg ja koht bakterites ja eukarüootides.
• Bakterites toimuvad transkriptsioon ja translatsioon tuumas ja korraga.
• Eukarüootides toimuvad need protsessid eraldi etappidena ning eraldi kohtades -
transkriptsioon tuumas ja translatsioon toimub tsütosoolis.
64. Ribosoomide ehitus prokarüootses ja eukarüootses rakus.
• Eukarüoodis on 80S
ribosoomid ◦ 40S väike subühik
▪ 18S rRNA molekul ja 33 erinevat polüpeptiidi.
◦ 60S suur subühik
▪ 5S, 5,8S ja 28S rRNA molekulid ning 49 erinevat polüpeptiidi
• Prokarüoodis on 60S ribosoomid
◦ 30S väike subühik
▪ 16S rRNA molekul ja 21 erinevat polüpeptiidi
◦ 50S suur subühik
▪ 5S rRNA ja 23S rRNA ning 31 erinevat polüpeptiidi
65. tRNA-de osalus translatsiooniprotsessis: tRNA laadimine aminohappega, tRNA seondumise
saidid ribosoomis.
• tRNA
aktiveerimine aminohappega –
aminohape seotakse tRNA 3'-OH rühma külge AH
karboksüülrühma kaudu (2-etapiline protsess)
◦ AH aktiveerimine aminoatsüül-tRNA süntetaasi kaudu ATP energia arvelt – saadakse
AMP-ga seondunud AH ja eraldub pürofosfaat.
◦ AH seotakse tRNA molekuliga – tekib aminoatsüül-tRNA ja eraldub AMP.
• Iga spetsiifiline aminoatsüül-tRNA-süntetaas tunnev ära teatud AH'le vastavaid tRNA-sid.
• tRNA saab ribosoomis seonduda kolme saiti:
◦ A-
sait ehk aminoatsüül-sait (üks AH)
◦ P-sait ehk peptidüül-sait – seal toimub AH lisamine kasvavale polüpeptiidahelale
(palju AH'sid)
◦ E-sait ehk väljumissait – sinna liigub tRNA, millelt AH on seotud
polüpeptiidahelasse.
66. Võrrelge translatsiooni initsiatsiooni bakterites ja eukarüootses rakus.
• Erinevused:
◦ Eukarüootides on rohkem initsiatsioonifaktoreid.
◦ Eukarüootides pole metioniini aminorühm blokeeritud formüülrühmaga.
◦ Eukarüoodil moodustub initsiatsioonikompleks mRNA 5'-otsaga spetsiifilise valgu
CBP kaudu, initsiatsioonikompleks skanneerib mRNA-s kuni esimese AUG
koodonini ning see tõttu algab translatsioon enamasti esimeselt AUG koodonilt.
Prokarüootides on vaja
mRNAs spetsiaalset RBS (ribosome binding site) järjestust
AGGAGG, mis asub AUG koodonist 7 nukleotiidi kõrgemal.
• Sarnasused – üldjoontes on sama intsiatsiooniprotsess. :D
67. Kirjeldage translatsiooni elongatsiooniprotsessi.
• Kolmeetapiline protsess – üldjoontes sarnane bakteris ja eukarüoodis
◦ Aminoatsüül-tRNA seondub ribosoomi A-saiti ning paardub antikoodonjärjestuse
kaudu parasjagu A-saidis asuva koodonjärjestusega mRNAs, olles assotsieerunud
elongatsioonifaktoriga EF-Tu, mis on seotud GTP-ga.
◦ Moodustub peptiidside ribosoomi A-saidis oleva aminoatsüül-tRNA aminorühma ja
ribosoomi P-saidis oleva tRNA-ga seotud kasvava polüpeptiidahela viimase AH
karboksüülrühma vahele. Kasvav polüpeptiidahel vabaneb tRNA-st P-saidis ja
seotakse kovalentselt tRNAga, mis asub A-saidis
▪ Reaktsiooni katalüüsib peptidüültransferaas ning peptiidsideme tekkeks on vaja
EF-Tu'ga seotud GTP hüdrolüüsi, vabaneb EF-Tu~GDP (mis hiljem jällegi
aktiveeritakse EF-Ts abil).
◦ Ribosoomi A-saidis olev aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis
asunud tRNA (mis pole enam AH-ga seotud), liigub E-saiti.
▪
Ribosoom liigub EF-G toimel mRNA molekuli kolme nukleotiidi võrra edasi
mRNA 3'-otsa suunas.
68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi.
•
Terminatsiooniprotsess – algab siis, kui terminatsioonifaktorid tunnevad A-saidis ära
stoppkoodonid (bakteris: RF1 tunneb ära UAA ja UAG, RF2 aga UAA JA UGA;
eukarüoodis ainult eRF, mis tunneb ära kõik kolm
koodonit )
◦ A-saiti sisenenud RF muudab peptidüültransferaasi aktiivsust ning viimane lisab
polüpeptiidahela viimase AH karboksüülrühmale vee molekuli.
◦ Valmis polüpeptiidahel vabaneb P-saidis asuvalt tRNA molekulilt ja vaba tRNA
liigub E-saiti.
◦ Terminatsioon lõpeb mRNA vabanemisega ribosoomilt ja ribosoomi jaotumisega
kahekes subühikuks.
69. Geneetiline kood ja selle omadused.
• Geneetiline kood on nukleiinhapete vastamine valkude primaarstruktuuridele (mRNA
koodonite vastamine kindlaid AH'd kandvate tRNA antikoodonitele?).
• Omadused:
◦ Põhineb nukleotiidide tripletitel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe AH polüpeptiidis.
◦ Gen. kood ei ole
kattuv – iga
nukleotiid mRNA molekulis kuulub ainult ühte
koodonisse.
◦ Gen. kood on komavaba – kõik mRNAs asuvad
koodonid loetakse
translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis.
◦ Gen. kood on degenereerunud ehk kõdunud – peaaegu kõigile aminohapetele vastab
enam kui üks
koodon .
◦ Gen. kood on seaduspärane – teatud AH'd määravad koodonid ja sarnaseid AH'id
määravad koodonid on oma nukleotiidselt järjestuselt sarnased.
◦ Gen. koodi kuuluvad spets. koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile
ja terminatsioonile.
◦ Gen. kood on universaalne kõigile elusorganismidele (v.a. mõned erinevused
mitokondrites).
70. Koodon-antikoodon paardumine, selle täpsus. Mis on supressor-tRNA?
• Koodon-tRNA
interaktsioonid :
◦ tRNA antikoodonjärjestus paardub mRNA-s asuva koodonjärjestusega koodoni kahe
esimese nukleotiidi osas väga täpselt (vastavalt lämmastikaluste
komplementaarsusele), kuid kolmandas positsioonis asuva nukleotiidiga paardumine
on ebatäpne (nn lõtv sait).
▪ Mitmed tRNA molekulid sisaldavad antikoodoni positsioonis lämmastikalust
inosiini (I), mis on võimeline paarduma nii U, C kui ka A-ga.
• Supressor-tRNA – stopkoodoniga paarduv mutantne tRNA, mis taastab täispika
polüpeptiidi sünteesi (tekib, kui tRNA geenides tekib mutatsiooni, mille tulemusena tekib
vastava mutatsiooniga tRNA)
71. Mutatsioonisagedust mõjutavad tegurid.
• DNA replikatsiooni täpsus ning reparatsiooni efektiivsus
• Mutageenide olemasolu ja hulk keskkonnas (UV, röntgenkiirgus, kemikaalid)
• Korduvjärjestused (1 või mõni nukleotiid) soodustavad DNA sünteesil indelite
(deletsioonide, duplikatsioonide) teket.
• Lämmastikaluste tautomeersed üleminekud võivad põhjustada asendusmutatsioone.
Vabad hapniku radikaalid kahjustavad guaniini, mis seetõttu võib paarduda adeniiniga.
72. Spontaansed ja indutseeritud mutatsioonid. Mutatsioonitekke juhuslikkust tõendavad katsed.
• Spontaansete mutatsioonide tekkesagedus on väga madal – geeni kohta ~10-4 – 10-7.
• Indutseeritud mutatsioonid ehk mutatsioonid, mis on tekkinud mutageenide toimel
tõstavad mutatsioonisagedust rakus võrreldes spontaanse mutatsioonisagedusega mitu
suurusjärku.
• Juhuslikkuse tõestus – bakterikolooniate testimine jäljendkülvi meetodil näitas, et
mutatsioonid tekivad juhuslikult. Antibiootikumidega tehtud katsed: Osad bakterirakud on
muteerunud nii, et nad on resistentsed antibiootikumidele. Mutatsioon oli tekkinud
spontaanselt enne bakterile antibiootikumi lisamist.
◦ Seda tõestab ka fluktuatsioonitest.
73. Mutatsioonide mõju organismile. Mutatsioonide avaldumine haploidsetes ja diploidsetes
organismides.
• Mutatsioonide avaldumine haploidsetes ja diploidsetes organismides:
◦ Haploidsetes – avaldub kohe
◦ Diploidsetes – avaldub dominantses olekus või retsessiivses olekus, kui on
homosügootne või hemisügootses olekus sugurakkudes
▪ Dominantsed mutatsioonid kõrvalduvad populatsioonist kiirelt, retsessiivsed
püsivad kauem.
• Mutatsioonide mõju organismile – mutatsioonide jaotus toime alusel:
◦ Nähtavad mutatsioonid – mõjutab fenotüüpi
◦ Steriilsed mutatsioonid – mutatsiooni kandvad isendid ei saa järglasi
◦ Letaalsed mutatsioonid – ei lase organismil areneda elujõuliseks
▪ Konditsionaalsed letaalsed mutatsioonid – letaalsed vaid teatud tingimustel;
mikroorganismidel jaotatakse:
• Auksotroofsed mutandid – eluvõimelised, kui toitainete hulgas on valmis
kujul olemas ka limiteeriv
metaboliit • Temperatuuritundlikud mutandid – mutandid
kaotavad eluvõime vaid teatud
temperatuuril
• Supressor-tundlikud mutandid – eluvõimelised vaid teatava supressor-
mutatsiooni
olemasolul 74. Punktmutatsioonid: transitsioonid, transversioonid ja raaminihkemutatsioonid. Kuidas
mõjutavad erinevat tüüpi punktmutatsioonid geeni poolt kodeeritud polüpeptiidi funktsiooni?
• Punktmutatsioonid on näiteks spontaansed asendusmutatsioonid, mis tekivad, kui
vesinikaatom lämmastikaluse aminorühmas liigub
puriin - või pürimidiinrõnga
lämmastikule – muutub lämmastikaluste paardumisvõime
◦ Transitsioonid – puriin-nukleotiid asendub puriin-nukleotiidiga või pürimidiin-
nukleotiid asendub pürimidiin-nukleotiidiga.
◦ Transversioonid – puriin-nukleotiid asendub pürimidiin-nukleotiidiga või vastupidi
• Punktmutatsioonid tekivad ka, kui lisandub võib deleteerub üks või kaks nukleotiidi DNA
ahelas – tekib raaminihkemutatsioon.
◦ Juhul, kui selline mutatsioon tekib valku kodeerivas geenis, nihkub nukleotiidse
järjestuse lugemisraam ning see tõttu ka valgu AH'line järjestus.
• Mõju polüpeptiidi funktsioonile
◦ Sünonüümsed mutatsioonid – funktsioon ei muutu, sest muteerunud koodon määrab
sama AH, mis algnegi koodon
◦ Missens mutatsioonid – koodoni mutatsiooni tulemusena muutub koodoni tähendus –
see määrab teist AH't; muutub polüpeptiidi AH'line järjestus
◦ Nonsens mutatsioonid – koodon muteerub stoppkoodoniks; polüpeptiidi ahela süntees
katkeb ootamatult
◦ Raaminihke mutatsioon
75. Ames´i test kemikaalide mutageensuse uurimiseks.
• Reverteerumine – kui
edasiviiv mutatsioon muudab algset DNA järjestust ning tekib
sekundaarne mutatsioon, mille tulemusena
taastub algne fenotüüp.
•
Amesi test:
◦ Meetod põhineb bakterite histidiini suhtes auksotroofsete mutantide
reverteerumissageduste mõõtmisel tingimustes, kus bakterite kasvukeskkonda on
lisatud uuritavaid kemikaale
◦ Mida mutageensem on kemikaal, seda suuremal hulgal tekib bakteripopulatsiooni
revertante.
76. Põhilised DNA reparatsioonimehhanismid rakkudes.
• Vea parandamine kohapeal – nt fotoreaktivatsioon kõrvaldab tümiini dimeere (selleks
vajatakse
valgusenergiat ).
• Lämmastikaluse kõrvaldamine – mida viivad läbi glükosülaasid
• Nukleotiidide kõrvaldamine DNA ahelast – väljalõike-nukleaas kõrvaldab DNA ahelast
kahjustunud DNA lõigu ning asemele sünteesitakse uus
• Mismatch
reparatsioon – kõrvaldab DNA valepaardumist
• DNA katkeid parandav reparatsioon – toimub homoloogilise rekombinatsiooni abil.
77. SOS vastus bakterites.
• Üksikahelalise DNA teke aktiveerib RecA valgu – moodustub RecA-
ssDNA nukleoproteiinne
filament . Aktiivne RecA stimuleerib transkriptsiooni negatiivse
regulaatori LexA proteolüüsi, mis inaktiveerib LexA. Transkriptsioonitase suureneb
oluliselt geenidelt, mis kodeerivad osasid DNA reparatsioonil ja DNA sünteesil osalevaid
ensüüme
78. Ristsiirde toimumise mehhanism Holliday mudeli põhjal.
•
DNA ahelatesse tehakse katked ja DNA ahela ots ühest kromosoomist liidetakse teise
kromosoomi DNA ahela otsaga - toimub ahelate vahetus. Homoloogiliste kromosoomide
vahel toimuva rekombinatsiooni käigus moodustub struktuur, kus tütarkromatiidide DNA
ahelad on teineteisega risti – Holliday struktuur. Tütarkromatiidide lahutamisel
riststruktuur roteerub ja DNA ahelatesse tehakse kaks katket: Ristsiire toimub juhul, kui
roteerunud Holliday struktuuri tehakse katked vastasahelatesse.
Samasse ahelasse katkete
tegemisel toimub vaid väike ülekanne (moodustub vaid väike heterodupleks).
79. Komplementatsioonitesti rakendus, selle erinevus rekombinatsioonitestist.
Komplementatsioonitesti piirangud.
• Komplementatsioonitest näitab kas mutatsioonid on alleelsed ehk kas nad paiknevad ühes
ja samas geenis. Jälgitakse, kas ristamisel saadud heterosügoodid on mutantse fenotüübiga
või komplementeeritud,
metsiku fenotüübiga.
• Rekombinatsioonitestis aga uuritakse, kas mutatsioonid on aheldunud (asuvad samas
kromosoomis) ja kui on, siis kui kaugel nad asuvad üksteisest kromosoomis. Mida
lähemal asuvad, seda madalam on rekombinatsioonisagedus.
• Piirangud komplementatsioonitestil:
◦ Uuritavad mutatsioonid ei tohi olla dominantsed või kodominantsed
◦ Ei ole
rakendatav geenisiseste mutatsioonide komplementatsioonil.
◦ On raskendatud
polaarsete mutatsioonide puhul.
80.
Komplekssed seosed geenide ja polüpeptiidide vahel:
alternatiivne splaissing, immuunvastuse
kujunemise geneetiline taust.
• Alternatiivne splaissing – erinevate eksonite kombinatsioonid kodeerivad erinevate
omadustega valke.
• Alternatiivne splaissing võib olla ka koespetsiifiline.
• Iga
antikeha (immunoglobuliin, Ig), mis seondub spetsiifiliselt ainult tema poolt
äratuntava bioloogilise võõrmaterjaliga (
antigeeniga ), koosneb neljast polüpeptiidahelast –
kahest identsest raskest ahelast ja kahest identsest kergest ahelast. Kergeid ahelaid on
kahte tüüpi (kapa ja lambda ahelad). Igas ahelas on konstantsed alad, mis on
aminohappeliselt järjestuselt identsed sama klassi kuuluvate antikehade piires ning
varieeruvad alad, mis on erinevaid antigeenseid
determinante (epitoope) äratundvatel
antikehade puhul erinevad.
Kõik kommentaarid