· Tulemus: esmases struktuuris lihtvalk Geneetiline kood on seaduspärasuste süsteem mille abil nukleotiidi järjestuses olev info viiakse üle aminohappeliseks järjestuseks. Omadused: · Sünonüümsus koodi kombinatsioone on rohkem kui aminohappeid · Universaalsus geneetiline kood on looduses üldlevinud · Järjepidavus koodoneid loetakse järjest · Kattumatus ühe lugemiskorra ajal loetakse kõiki nukleotiide üks kord Eritähenduslikud koodonid: · Initsiaatorkoodonid: päristuumsetes AUG, eeltuumsetes GUG · Stoppkoodonid UGA,UAG,UAA
(3) Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub EF-G toimel mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas, tarbides GTP energiat ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga 68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. Translatsioon termineerub, kui terminatsioonifaktorid tunnevad A-saidis ära stop koodonid. Bakteris RF1 UAA ja UAG koodonid, RF2 UAA ja UGA. Eukarüootides on ainult eRF, mis tunneb ära kõiki 3 koodonit. A-saiti sisenenud RF muudab peptidüültransferaasi aktiivsust ja peptidüültransferaas lisab polüpeptiidahela viimase aminohappe karboksüülrühmale vee molekuli Vabaneb valmis polüpeptiidahel P-saidis asuvalt tRNA molekulilt ning vaba tRNA liigub ribosoomi E- saiti. Translatsiooni terminatsiooniprotsess lõpeb mRNA vabanemisega ribosoomilt ja ribosoomi
Veterinaargeneetika- teadus, mis hõlmab loomade haigusi, toodangut ja eluvõimet. VG uurimisobjektideks on koduloomad, ulukid ning nende haigusi tekitavad mikroorganismid, loomade haigusresistentsus ja immuunsuse geneetika, veterinaarne selektsioon, mikroobigeneetika, farmageneetika. Geneetilise koodi põhiomadused: Tripletsus- näit. Aminohappele fenülaaniin (Phe) vastavad nukleotiidide tripletid: UUU ja UUC. Leutsiinile (Leu) aga CUC, CUU, CUA, CUG jne Pidevus- polünukleotiidahelas ei ole koodonid üksteisest mingil viisil eraldatud, vaid järgnevad vahetult üksteisele Kattumatus-iga nukkleotiid kuulub ainult ühte koodonisse Kolineaarsus-koodonite järjestus mRNAs ja aminohappejääkides on kõrvutatav, sünonüümsus-ühte aminohapet võib kodeerida mitu tripletti Terminaatorkoodonid-nende koodonite funktsiooniks on polüpeptiidahela sünteesi lõpetamine ja ahela vabastamine ribosoomilt. Need koodonid ei määra ühtegi aminohapet (nonsenss)
mitokondriaalne DNA pärandub ainult emalt järglastele, isa mitokondrid viljastumisel edasi ei kandu. Seda fakti arvestades saab: a) mtDNA abil määrata sugulust emaliini pidi, b( uurida inimese kui liigi põlvnemist, c) uurida mitokondriaalseid haigusi, mis tekivad mtDNA muteerumise tulemusel ja päranduvad mitokondriaalse päritavustüübi alusel. 5. Mis on ja kuidas toimub mitokondriaalse ja genoomse DNA interaktsioon? erinevus tuuma DNA-st seisneb koodonite kasutuses: Näiteks: koodonid AGA ja AGG vastavad tuumagenoomis arginiinile (Arg), mitokondris põhjustavad nad aga translatsiooni terminatsiooni (STOP-koodonid); UGA, mis on stop koodoniks tsütoplasmas, kodeerib mitokondris trüptofaani (Trp); - AUA tsütoplasmas on isoleutsiini (Iso) koodon, mitokondris vastab aga metioniini (Met) initsiaatorkoodonile. Osad mitokondriaalsed valgud on kodeeritud tuumas asuva DNA poolt mitokondriaalse ja genoomse DNA interaktsioon. 6
ka alusteks. RNAs sisalduvad nukleotiidid on: adeniin (A), guaniin (G), tsütosiin (C) ja uratsiil (U). DNA ahelas vastab uratsiilile tümiin (T). Nukleotiidide kolmikuid e. triplette mRNAs nimetatakse koodoniteks, mis moodustavad geneetilise koodi põhialuse. Igale koodonile mRNAs vastab mingi konkreetne aminohape proteiiniahelas või juhis valgusünteesi alustamiseks või lõpetamiseks. Ühtekokku on olemas 43 = 64 erinevat koodonit. Kuna kodeeritavaid aminohappeid on ainult 20, siis on paljud koodonid "sünonüümsed", st. ühele aminohappele võib vastata mitu erinevat koodonit. Milliseid koodoneid genoomis eelistatakse, sõltub aga konkreetsest organismist endast. Otsene seos on aga aminohappele vastavate koodonite hulga ja selle aminohappe esinemissageduse vahel valkudes. Geneetilise koodi päike Koodi lahtimõtestamine toimub valgusünteesis koodonite kaupa. Initsiaatorkoodoniks on alati mRNA nukleotiidne järjestus AUG (Met), mis määrab
Järgmine tRNA toob kohale uue aminohappe ja AHte vahel moodustub peptiidside. Algab initsiaatorkoodonist ja lõpeb stoppkoodoni juures * Mis tekib: valk 6. Valgu moodustamine mRNA molekuli järgi G C A A U G G U A U C A U A A Met Val Ser . Met Val Ser < valk 7. Geneetiline kood valgu süntees tugineb geneetilisele koodile. Koodon- koodonid on 3 järjestikust nukleotiidi RNA ahelas Antikoodon seostub valgusünteesi mRNA koodoniga. Intsiaatorkoodon- temaga algab alati valgu süntees (AUG) Stoppkoodon- lõpetab valgu sünteesi (UAA, UGA, UAG) 8. Mis on Viirus? Elusja eluta looduse vahepealne paikne bioobjekt. Viirused on rakust rakku rändavad parasiitgeenid. 9. Viiruse ehitus, nende ülesanded. a. Genoom (RNA või DNA) 3 tüüpi geene:
alusteks. RNAs sisalduvad nukleotiidid on: adeniin (A), guaniin (G), tsütosiin (C) ja uratsiil (U). DNA ahelas vastab uratsiilile tümiin (T). Nukleotiidide kolmikuid e. triplette mRNAs nimetatakse koodoniteks, mis moodustavad geneetilise koodi põhialuse. Igale koodonile mRNAs vastab mingi konkreetne aminohape proteiiniahelas või juhis valgusünteesi alustamiseks või lõpetamiseks. Ühtekokku on olemas 43 = 64 erinevat koodonit. Kuna kodeeritavaid aminohappeid on ainult 20, siis on paljud koodonid "sünonüümsed", st. ühele aminohappele võib vastata mitu erinevat koodonit. Milliseid koodoneid genoomis eelistatakse, sõltub aga konkreetsest organismist endast. Otsene seos on aga aminohappele vastavate koodonite hulga ja selle aminohappe esinemissageduse vahel valkudes. Mõnele koodonile (UGA, UUA ja UAG) ei vasta ühtegi aminohapet, mistõttu neid mõnikord nimetetakse ka nonsensskoodoniteks. See nimetus ei ole aga päris õige, kuna nimetatud
vahele. Seda etappi valgusünteesil nimetatakse translatsiooniks. Pärast peptiidsideme teket viimase liitunud aminohappe ja polü-peptiidahela vahel vabaneb eelmine tRNA ja võib oma funktsiooni korrata. 11. Geneetiline kood ja selle põhiomadused. 1. Tripletsus. Iga aminohappe koht polüpeptiidahelas määratakse koodoniga, mis koosneb mRNA kolmest nukleotiidist (DNA kolmest nukleotiidipaarist). 2. Pidevus. Polünukleotiidahelas ei ole koodonid üksteisest mingil viisil eraldatud, vaid järgnevad vahetult üksteisele. Puuduvad «tekstisisesed kirjavahemärgid». Ühe nukleotiidi väljalangemise korral koodonist loetakse koodonisse järgneva tripleti esimene nukleotiid, mille tagajärjel muutub kogu informatsioon. 3. Kattumatus. Iga nukleotiid kuulub ainult ühte koodonisse. Kattumatusest tuleneb asjaolu, et aminohapete järjestus polüpeptiidahelas on üksteisest sõltumatu. 4. Kolineaarsus
Geeni kloneerimine miljonid koopiad geenist Geeni defektiga lapsele süstida kasvuhormooni kääbuskasvu ei teki Kust võtta suures koguses kasvuhormooni? Laipade ajuripatsite rakkudest keeruline, patsiendile ohtlik: patsiendid said rakkudest priionid "hullu lehma tõbi" Kasvuhormooni geeni kloneerimisega bakterites võimalik toota steriilset kasvuhormooni suurtes kogustes Geeni järjestus määrati ligikaudu mRNA sünonüümsed koodonid 1) Isoleeriti hüpofüüsi rakkudest kõik mRNA-d üks neist GH1 jaoks 2) Pöördtranskriptaasiga sünteesiti komplementaarsed cDNA-d üks neist geen GH1 3) DNA polümeraasiga sünteesiti cDNA-dele vastasahelad saadi mitu kaksikahelalist DNA-d üks neist sisaldas geeni GH1 Restriktaasid Et teada saada, milline DNA sisaldab GH1 geeni järjestust, geenid kloneeriti sisestati plasmiidi
järgnevasse koodonisse) ning geneetilise informatsiooni lugemine algab DNA kindlast punktist ja toimub ühes suunas. Geneetilise koodi põhiomadused: 1) Tripletsus. Iga aminohappe koht polüpeptiidahelas määratakse koodoniga, mis koosneb mRNA kolmest nukleotiidist (DNA kolmest nukleotiidipaarist). Näit. aminohappele fenüülalaniin (Phe) vastavad nukelotiidide tripletid: UUU ja UUC, leutsiinile (Leu) aga CUC, CUU, CUA ja CUG jne. 2) Pidevus. Polünukleotiidahelas ei ole koodonid üksteisest mingil viisil eraldatud, vaid järgnevad vahetult üksteisele. Puuduvad «tekstisisesed kirjavahemärgid». Ühe nukleotiidi väljalangemise korral koodonist loetakse koodonisse järgneva tripleti esimene nukleotiid, mille tagajärjel muutub kogu informatsioon. 3) Kattumatus. Iga nukleotiid kuulub ainult ühte koodonisse. Kattumatusest tuleneb asjaolu, et aminohapete järjestus polüpeptiidahelas on üksteisest sõltumatu. 4) Kolineaarsus
1. Geneetiline kood on keemiliste juhiste süsteem, mille alusel geneetilisest infost luuakse mRNA vahendusel proteiine. Kolmest nukleotiidist koosnev järjestus mRNA polünukleotiidahelas (koodon) kodeerib ühte aminohapet. Geneetiline kood on kattumatu (ükski mRNA nukleotiid ei kuulu samaaegselt kahe kõrvuti asetseva koodoni koosseisu). Aluste järjestust loetakse fikseeritud lähtepunktist ning see on pidev. Kood on degeneratiivne. Geneetilise koodi iseärasused. Kõik koodonid omavad tähendust. Koodonid on ühetähenduslikud. Koodonid on degenereerunud (v.a Trp ja Met, kodeerib iga aminohapet 2 või enam koodonit). Geneetiline kood on universaalne (koodonkasutus on üldjoontes sama kõigis organismides). Kui koodoni 2. alus on pürimidiin, siis harilikult vastab sellele mittepolaarne aminohape. Kui koodoni 2. alus on puriin, siis kodeerib ta polaarset või laetud aminohapet. 2. Aminohapete aktiveerimine valgu sünteesiks
jõuab nonsense koodonini, seega ta võib toimida NMD vallapäästjana. Allavoolu EJC olemasolu tuvastatakse kui probleem NMD faktorite poolt ja RNA degradeeritakse. NMD toimub tsütoplasmas. nonsense mediated decay ühe või enam eksoni vahele jätmine, mis põhjustab ekson- intron liidese vahetus 3' läheduses Stop koodoni sissetuleku. Kõigi korrektselt splaisitud mRNAde puhul Stop koodon on viimases eksonis. Nonsense mediated decay vahendab kiiret mRNAde lagundamist, kus Stop koodonid esinevad mRNAs enne viimast splaisiliidest. Arvatakse,et Stop koodoni sissesplaisimise korral ekson-intron liidese kompleksid RNA- lt lahti ei tule ning seda ribosoomset skanneerimist ei alustata. Capping protsess 5' cap on spetsiaalne mRNA 5' lõpu otsa pandud nukleotiidne lõpp. Protsess on oluline, et luua küpset mRNA, mis saab astuda translatsiooni. Cappimine kindlustab mRNA stabiilsuse translatsiooni ajal (valgusünteesi protsessi ajal). See on väga reguleeritud
Geneetiline kood tehti kindlaks selle sajandi 60-ndate esimesel poolel põhiliselt M. Nirenberg'i, Ph. Leder'i ja K. Khorona tööde tulemusena. Geneetiline kood on sõnastik, mille abil tõlgitakse nukleiinhapete järjestuses sisalduv gneetiline informatsioon valkude aminohappeliseks järjestuseks. Kolme nukleotiidiline järjestus (koodon) vastab ühele aminohappele. Kuna valgusünteesil on informatsiooni kandjaks RNA (mRNA), siis moodustuvad koodonid neljast erinevast nukleotiidist (A, C, G ja U). Nelja nukleotiidi kolme kaupa kombineerides saame 43=64. Seega koosneb geneetilise koodi sõnastik 64'st kolmetähelisest sõnast, millele vastavad 20 erinevat aminohapet. See elu seisukohalt väga oluline sõnastik on enamuses organismides sama nn. universaalne geneetiline kood (UGK). Erandeid käsitleme allpool eraldi. Koodi universaalsust kasutatakse elu monofüleetilise päritolu argumendina, kuigi rangelt
eellaste geenid kaotanud esialgse tähtsuse. Osa mittevajalikke geene on evolutsiooniprotsessis orgenismide genoomist kaduma läinud, kuid märkimisväärne hulk neist on siiski säilinud Geneetiline kood on: 1) sünonüümne üht aminohapet võib määrata mitu koodonit 2) ühetähenduslik üks koodon määrab ära kindla aminohappe 3) mittekattuvus üks ja sama nukleotiid (e täht) ei saa kuuluda mitme koodoni koosseisu (igal tähel on oma kindel kolmik) 4) universaalsus koodonid vastavad kõikidel elusorganismidel samadele aminohapetele
mRNA molekuli kodeerivas osas loetakse nukelotiide järjestikuliste koodonitena, ilma vahelejäävate nukleotiidideta, nn. lugemisraamis (i.k. reading frame). Degenereerunud. Kahekümnest aminohappest vaid kaks on määratud ühe koodoniga, ülejäänud mitmega. Lahterdatud (i.k. ordered). Ühele aminohappele vastavad mitu koodonit ja sarnaste keemiliste omadustega aminohapete koodonid on omavahel sarnased, erinedes üksteisest vaid üksiknukleotiidi poolest. Esinevad algus- ja lõpukoodonid. Polüpeptiidahela sünteesi alustavad ja lõpetavad spetsiiffilised koodonid. Peaaegu universaalne. Välja arvatud üksikud erandid on geneetiline kood ühtne kõigile elusorganismidele, viirustest inimeseni. o o Tripletsus:
Iga spetsiifiline aminoatsüül-tRNA-süntetaas tunneb ära teatud aminohappele vastavaid tRNA molekule. tRNA saab ribosoomis seonduda kolme saiti. Esmalt seondub aminoatsüül-tRNA aminoatsüül-saiti e. A-saiti. Peptidüül-saidis e. P-saidis toimub aminohappe lisamine kasvavale polüpeptiidahelale. E-saiti (exit site) liigub tRNA, millelt aminohape on seotud polüpeptiidahelasse. Nende seondumissaitide põhiosa asub ribosoomi suures subühikus, samas kui mRNA (milles asuvad koodonid määravad ära, milline aminoatsüül-tRNA parasjagu mRNA-le seondub) on ribosoomi väikese subühiku koostises. 66. Võrrelge translatsiooni initsiatsiooni bakterites ja eukarüootses rakus. Translatsiooni initsiatsioonil bakteris osalevad: ribosoomi 30S subühik, mRNA, spetsiaalne initsiaator-tRNA, kolm initsiaatorfaktorit (valgud IF-1, IF-2, IF-3), GTP molekul Eukarüootides on translatsiooni initsiatsioon võrreldes bakterites toimuvaga komplekssem ja seda eeskätt
1. Mis on sidumissait? Mille poolest ta a) sarnaneb, b) erineb TATAbox- st? 2. Sidumissait - regioon (valgus, DNA-s jne), mis on spetsiifiliseks seostumiseks teistele molekulidele, ioonidele. It is a region on a protein, DNA, or RNA to which specific other molecules and ions -- in this context collectively called ligands, or more specifically, protein ligands -- form a chemical bond. 3. TATA-box is a DNA sequence (Cis-regulatory element) found in the promoter region of most genes in eukaryotes. It is the binding site of either transcription factors or histones and is involved in the process of transcription by RNA polymerase. It has the core DNA sequence 5'- TATAAA-3' or a variant, which is usually followed by three or more adenine bases and has been highly conserved through evolution. The TATA box is usually located 25 base pairs upstream to the transcription site. 4. Nimeta peamised DNAd siduvad domää...
erinevaid lugemisraame ja sünteesivad erinevaid valke). Komavaba. mRNA molekuli kodeerivas osas loetakse nukelotiide järjestikuliste koodonitena, ilma vahelejäävate nukleotiidideta, nn. lugemisraamis (i.k. reading frame). Degenereerunud. Kahekümnest aminohappest vaid kaks on määratud ühe koodoniga, ülejäänud mitmega. Lahterdatud (i.k. ordered). Ühele aminohappele vastavad mitu koodonit ja sarnaste keemiliste omadustega aminohapete koodonid on omavahel sarnased, erinedes üksteisest vaid üksiknukleotiidi poolest. Esinevad algus- ja lõpukoodonid. Polüpeptiidahela sünteesi alustavad ja lõpetavad spetsiiffilised koodonid. Peaaegu universaalne. Välja arvatud üksikud erandid on geneetiline kood ühtne kõigile elusorganismidele, viirustest inimeseni. 5. Genoom Genoom- täiskomplekt (n) kromosoome (ja seega geene), mis pärandub terviküksusena ühelt vanemalt. Inimese
aastal Nobeli preemia. Nende teadlaste tood tuleb lugeda uheks kesksemaks kogu molekulaargeneetikas. Geneetilise koodi pohiomadused: 1. Tripletsus. Iga aminohappe koht polupeptiidahelas maaratakse koodoniga, mis koosneb mRNA kolmest nukleotiidist (DNA kolmest nukleotiidipaarist). Naiteks aminohappele fenuulalaniin (Phe) vastavad nukelotiidide tripletid: UUU ja UUC, leutsiinile (Leu) aga CUC, CUU, CUA ja CUG jne. 2. Pidevus. Polunukleotiidahelas ei ole koodonid uksteisest mingil viisil eraldatud, vaid jargnevad vahetult uksteisele. Puuduvad «tekstisisesed kirjavahemargid». Uhe nukleotiidi valjalangemise korral koodonist loetakse koodonisse jargneva tripleti esimene nukleotiid, mille tagajarjel muutub kogu informatsioon. 3. Kattumatus. Iga nukleotiid kuulub ainult uhte koodonisse. Kattumatusest tuleneb asjaolu, et aminohapete jarjestus polupeptiidahelas on uksteisest soltumatu. 4. Kolineaarsus
lõigatakse intronid välja ning mRNA lüheneb pea poole võrra. Geneetiline kood Geneetiline kood on kolmest nukleotiidist koosneb järjestus mRNA polünukleotiidahelas, mis kodeerib ühte aminohapet. Geneetiline kood on kattumatu. Aluste järjestust loetakse fikseeritud lähtepunktist ning see on pidev. Kood on degeneratiivne ehk enamikel juhtudel võib aminohape olla määratud ükskõik millisega teda kodeerivatest triplettidest. Iseärasused: · Kõik koodonid omavad tähendust. 61 vastavad aminohapete, ülejäänud 3 on nonsenss või stoppkoodon. · Koodonid on ühetähenduslikud ehk vastavad ainult ühele aminohappele. · Koodonid on degenereerunud kõiki aminohappeid peale Trp ja Met kodeerivad mitu koodonit. · Geneetiline kood on universaalne ehk sarnane kõikides organismides. · Kui koodoni 2. alus on pürimidiin, siis vastab ta mittepolaarsele aminohappele. · Kui koodoni 2
Toimub peptiidsideme moodustamine ja translokalisatsioon : ribosoom liigub 3 nukleotiidi võrra edasi, peptidüül tRNA paigutub taas P- saiti. Seda protsessi katalüüsib elongatsioonifaktor G (EF- G). EF- Tu- GDP kompleksi konverteerimist EF- TU-GTP kompleksiks vahendab elongatsioonifaktor Ts (EF- Ts). TERMINATSIOON toimub, kui A- saiti satub terminaator-koodon. Terminaator- koodonid tuntakse ära terminatsioonifaktorite poolt (release factor, RF) poolt: RF1 tunneb ära UAA ja UAG koodonid. RF2 tunneb ära UAA ja UGA koodonid. Need faktorid käivitavad peptidüül- RNA-s asuva estersideme hüdrolüüsi ja vabastavad sellega sünteesitud valgu ribosoomi küljest. Kolmas factor RF3 , katalüüsib RF1 ja RF2 vabanemist peale terminatsiooniprotsessi. NB! 1. Prokarüootses rakus on transkriptsioon ja translatsioon sageli samaaegsed. 2. Prokarüootses rakus ei ole AUG ainus initsiatoorne koodon (ca ¼ juhtudel on
69. Geneetiline kood ja selle omadused. · Geneetiline kood on nukleiinhapete vastamine valkude primaarstruktuuridele (mRNA koodonite vastamine kindlaid AH'd kandvate tRNA antikoodonitele?). · Omadused: Põhineb nukleotiidide tripletitel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe AH polüpeptiidis. Gen. kood ei ole kattuv iga nukleotiid mRNA molekulis kuulub ainult ühte koodonisse. Gen. kood on komavaba kõik mRNAs asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis. Gen. kood on degenereerunud ehk kõdunud peaaegu kõigile aminohapetele vastab enam kui üks koodon. Gen. kood on seaduspärane teatud AH'd määravad koodonid ja sarnaseid AH'id määravad koodonid on oma nukleotiidselt järjestuselt sarnased. Gen. koodi kuuluvad spets. koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile
komplementaarse koodoniga moodustada aluspaare. Koodon on ühele aminohappele vastav mRNA molekuli nukleotiidikolmik geneetilises koodis. Koodon - kolm kõrvutiasetsevat nukleotiidi, mRNA molekulis määravad kindla aminohappe lülitumise polüpeptiidahelasse või polüpeptiidahela sünteesi lõpetamise (stoppkoodon). 33. Mis on translatsioonil kasutatav lugemisraam? Raam, kust RNA ahela lämmastikaluste triplette loetakse. Raaminihkel on tõsised tagajärjed, sest kõik koodonid loetakse nii, et sünteesitakse täiesti vale aminohappelise järjestusega valk. 34. Mis on geen? DNA järjestuse lõik, funktsionaalne ühik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd 35. Ribosoomide ehitus ja funktsioon. Ribosoomid - neid leidub karedal ER-l, tsütoplasmas, mitokondrites ja plastiidides. Ribosoom koosneb kahest allüksusest - väikesest ja suurest - mõlemad omakorda valgust ja rRNA-st. Ribosoomidel kulgeb valgusüntees
sünteesimisex. On salvestatud kood kujul DNA molekulis. Koodidex on DNA ahela teatud fragmendi nukleotiidide järjestuses. Kolmest järjestikusest nukleotiidist moodustunud geneetilise informatsiooni ühikule - tripletile ehk koodonile - vastab üks aminohape. Ribosoomides seatakse vastavusse RNA koodonite järjestus aminohappelise järjestusega valkudes. Selle vastavuse aluseks on geneetiline kood. Gen. kood on: *universaalne-mRNA koodonid on kõikidel organismidel ühesugused *tripletne st. raggelt kolmetäheline *degenereerunud-ühte aminohapet võib kodeerida kuni 6 erinevat koodonit *kattumatu-ühe koodoni nukleotiid ei saa kuuluda teise koodoni koosseisu *loetav vaid ühes suunas alates initsiaatorkoodonist, lõpetades terminaatorkoodoniga. Kui initsiaatorkoodoniga. Kui initsiaatotkoodon asub mRNA keskel, kodeerib ta vastavat aminohapet *pidev-ilma "kirjavahemärkideta" , koodonid lineaarselt üksteise kõrval
..........................................19 DNA reparatsioon :..........................................................................................................................20 RNA süntees e. transkriptsioon........................................................................................................20 Geneetiline kood :............................................................................................................................21 Eritähenduslikud koodonid :............................................................................................................21 Valgusüntees e. translatsioon :.........................................................................................................21 2 Pärilikkus Pärilikkuse põhimõisted :
TTÜ | MIHKEL HEINMAA | SÜGIS MMIX GEENITEHNOLOOGIA YTG0011 LOENGU KONSPEKT SÜGIS 2009 LUGES ERKKI TRUVE TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL | MATEMAATIKA-LOODUSTEADUSKOND |GEENITEHNOLOOGIA MIHKEL HEINMAA |YAGB11 VALGUD 24/09/09 Miks üldse rakkudel on vaja DNAd? Elusa raku muudab elusaks rakuks kõik need biokeemilised reaktsioonid, mis nendes rakkudes toimuvad ja need biokeemilised reaktsioonid toimuvad neis rakkudes ainult tänu sellele, et meil on olemas valgud, katalüsaatorid, mis neid reaktsioone teostavad. Ehk teisisõnu, valgud on tegelikult need, mis teevad elusast rakust elusa raku. DNA ainuke roll on säilitada infot, kuidas need valgud kokku panna. Me juba teame, et nukleiinhapped on polümeerid, millede monomeerideks on nukleotiidid. Valgud on ka polümeerid, millede monomeerideks on aminohapped. Kui nukleotiidid polümeriseerusid, siis nende vahele mood...
jaotumisega kaheks alaosaks. 69. Geneetiline kood ja selle omadused. Geneetiline kood on kood, mille järgi DNA-st RNA-sse kandunud geneetiline informatsioon tõlgitakse nukleotiidide järjestusest polüpeptiidahela aminohapete järjestuseks. 1. Kolm nukleotiidi määravad ära ühe aminohappe polüpeptiidis 2. Geneetiline kood ei ole kattuv 3. Kõik mRNA-s asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis 4. Peaaegu kõigile aminohapetele vastab enam kui üks koodon 5. Geneetiline kood on seaduspärane 6. Geneetilisse koodi kuuluvad spetsiifilised koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile 7. Geneetiline kood on universaalne kõigile elusorganismidele. 70. Koodon-antikoodon paardumine, selle täpsus. Mis on supressor-tRNA?
On salvestatud kood kujul DNA molekulis. Koodidex on DNA ahela teatud fragmendi nukleotiidide järjestuses. Kolmest järjestikusest nukleotiidist moodustunud geneetilise informatsiooni ühikule - tripletile ehk koodonile - vastab üks aminohape. Ribosoomides seatakse vastavusse RNA koodonite järjestus aminohappelise järjestusega valkudes. Selle vastavuse aluseks on geneetiline kood. Gen. kood on: *universaalne-mRNA koodonid on kõikidel organismidel ühesugused *tripletne st. raggelt kolmetäheline *degenereerunud-ühte aminohapet võib kodeerida kuni 6 erinevat koodonit *kattumatu-ühe koodoni nukleotiid ei saa kuuluda teise koodoni koosseisu *loetav vaid ühes suunas alates initsiaatorkoodonist, lõpetades terminaatorkoodoniga. Kui initsiaatorkoodoniga. Kui initsiaatotkoodon asub mRNA keskel, kodeerib ta vastavat aminohapet *pidev-ilma "kirjavahemärkideta" , koodonid lineaarselt üksteise kõrval
NUKLEIINHAPPED Nukleiinhapped - kõrgmolekulaarsed biopolümeerid, mis koosnevad nukleotiididest.(primaarne struktuur.) Nukleiinhape = polünukleotiid. DNA desoksüribonukleiinhape. RNA ribonukleiinhape. Lämmastikalused- Aromaatsed tsüklilised ühendid, mis lisaks süsinikule sisaldavad ka lämmastiku aatomied, (N- alused) tuleneb keemilistest omadustest. NUKELIINHAPETE STRUKTUUR: Primaarne:Lämmastikaluste järjestus polünukleotiidahelas. Sekundaarne Polünukleotiidahel ruumiline struktuur DNA: *Lineaarne kaksikspiraalne (biheeliks). *Tsükliline kaksikspiraalne (tsirkulaarne biheeliks). *Üheahelaline RNA: *Vabakujuline ahel, *osaliselt (iseenda ümber) spiraliseerunud ahel, *Spetsiifilise kujuga ahel Tertsiaaerne Polünukleotiidahela "pakend" rakus või rakutuumas: *Superspiraliseerunud, *Kokkukägardunud, *Spetsiifilise vormiga. LINEAARSE DNA TERTSIAARNE STRUKTUR: Kromatiini (DNA + valgud) kokkupakkimise tulemusena formeeruvad kromosoomid. DNA ...
lülitumise polüpeptiidahelasse - Mittekattuv – mRNA nukleotiid koodonis vaid ühe korra - Komavaba – mRNA molekuli kodeerivas osas loetakse nukleotiide järjestikuliste koodonitena, ilma vahelejäävate nukleotiidideta nn lugemisraamis - Degenereeriunud – 20st aminohappes vaid 2 on määratud ühe koodoniga, ülejäänud mitmega - Lahterdatud – 1 aminohappele vastavad mitu koodonit ja sarnaste keemiliste omadustega aminohapete koodonid on omavahel sarnased, erinedes vaid üksiknukleotiidi poolest - Esinevad algus- ja lõpukoodonid – polüpeptiidahela sünteesi alustavad ja lõpetavad spetsiifilised koodonid - Peaaegu universaalne – va üksikud erandid on geneetiline kood ühtne kõigile elusorganismidele viirusest inimeseni 13.Genoom - Kõikide kromosoomide ja geenide kogum
UGA - Trp (Ter*) Muutused koodis ehk koodoni tähenduse muutused, saavad toimuda vaid siis kui koodon esineb vaid vähestes geenides. Alternatiivsed koodid on peamiselt mitokondrites ja plastiidides, st väga väikestes genoomides. Pärmi Candida mõnedel liikidel (nt albicans) on CUG koodon kas kahetähenduslik või vastab seriinile (Leu asemel). Mycoplasma capricolum kasutab ainult 56 koodonit, st 5 koodonit valgu geenides ei esine. Selenotsüsteiin ja pürrolüsiin (esinemine, koodonid ja valku lülitumise teed) Koodonikasutamise indeksid (CAI - codon adaptation index) Programmeeritud raaminihe (RF2, retroviirused) Cai – igale koodonile antakse arvuline väärtus vastavalt tema esinemisele sagedastes valkudes. Kõige kasutatavam koodon saab väärtuse 1, teiste kasutatavus arvutatakse selle järgi. kõigi alternatiivsete koodonite kasutuse hulgast võetakse geomeetriline keskmine, mis ongi CAI
13. Mis asi on replikon? Replikon on replikatsiooni ühik 14. Mitu aminohapet liitub peptiidahelaga ühes sekundis (valgu sünteesil)? 7 aminohapet sekundis 15. Mis asi on geneetiline kood? Kindel vastavus nukleiinhapete koodonite ja valke moodustatavate aminohapete vahel. Kogu 64 nukleotiidsest tripletist, mis määravad 20 aminohapet. 16. Nimeta viis geneetilise koodi omadust. 1. Tripletsus – kindlate aminohapetele sobivad kindlad nukleotiidide tripletid 2. Pidevus – koodonid järgnevad vahetult üksteisele 3. Kattumatus – iga nukleotiid kuulub ainult ühte koodonisse. Aminohapete järjestus valgus on üksteisest sõltumatu 4. Kolineaarsus – koodonite järjestus mRNA-s ja aminohapete järjestus polüpeptiidide ahelas on lineaarselt kõrvutatud 5. Sünonüümsus – ühte ja sama aminohapet võib kodeerida mitu tripletti 17. Milline mutatsioon pärandub järglasele edasi? Generatiivne mutatsioon, sugurakkude mutatsioonid 18
liigub ribosoomi E-saiti · Translatsiooni terminatsiooniprotsess lõpeb mRNA vabanemisega ribosoomilt ja ribosoomi jaotumisega kaheks alaosaks 69. Geneetiline kood ja selle omadused. Geneetiline kood on vastavus nukleiinhapete ja valkude primaarstruktuuride vahel. · Põhineb nukleotiidide triplettidel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe AH polüpeptiidis · Geneetiline kood ei ole kattuv · Komavaba, kõik mRNAs asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis. Ühe AH lisamine või eemaldamine põhjustab nihet. · Degenereerunud ehk kõdunud peaaegu kõigile AH vastab enam kui üks koodon · Seaduspärane · Geneetilisse koodi kuuluvad spetsiifilised koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile. · Universaalne kõigile elusorganismidele. 70. Koodon-antikoodon paardumine, selle täpsus
2)selle tulemusena vabaneb valminud polüpeptiidahel ning vaba tRNA liigub ribosoomi E-saiti. 3)nüüd on ribosoomi subühikud valmis ühinema uue polüpeptiidahela sünteesiks. 69)Geneetiline kood ja selle omadused. Põhimõte selgitati välja 1960-ndatel. Omadused:1.geneetiline kood põhineb nukleotiidide tripletitel. 2.ta ei ole kattuv. 3.on komavaba- välajäetavad nukleotiidid puuduvad. 4.on degenereerunud ehk kõdunud. 5.on seaduspärane. 6.sinna kuuluvad spetsiifilised koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile.7.on universaalne kõigile elusorgansimidele(v.a. mõned erinevused mitokondrites) 70)Koodon-antikoodon paardumine, selle täpsus.Mis on supressor-tRNA? supressor-tRNA on stop koodoniga paarduv mutantne tRNA. 71)Mutatsioonisagedust mõjutavad tegurid. füüsikalised tegurid nagu nt UV kiirgus ja kemikaalid 72)Spontaansed ja indutseeritud mutatsioonid. Mutatsioonitekke juhuslikkust tõendavad katsed.
Delgarno järjestus. 28. mRNA protsessing. 29.Geneetiline kood. 30.Translatsioon, tRNAde ja ribosoomide ehitus. Igat aminohapet polüpeptiidis kodeerib üks nukleotiiditriplett. Tripletid ei kattu omavahel ning pole ka väljajäetavad nukleotiidede koostisest(?). Kood on kõdunud- ühele aminohappele vastab rohke kui üks koodon, erinevus on enamasti viimases nukleotiidis. Sarnastele aminohapetele vastavad sarnase järjestusega koodonid. Stopp-koodonid. Koodi universaalsus. Translatsiooni lõpetab stopp-koodonile seostuv realase factor. 31. Valgusünteesi regulatsioon. 32. Ribosüümid ja RNA maailm. 33.Geeniekspressioon, selle regulatsioon. Geeni ekspressioon- geeni transkriptsioon (ja translatsioon). Geeniekspressiooni spetsiifika- ajaline ja ruumiline (koe- ja rakuspetsiifika). Geeni ekspressiooni tüübid: 1) konstitutiivne- geenidel, mille produkte on
Transkriptsioon eukarüootidel: RNA polümeraasid eukarüoodi rakus; transkriptsiooni initsiatsioon eukarüootsetelt promootoritelt; RNA ahela elongatsion; transkriptsiooni terminatsioon. Eukarüootsete geenide struktuur: eksonid ja intronid; intronite kõrvaldamine splaissingu teel. mRNA molekulis asuva geneetilise informatsiooni muutmine RNA editing. 13. Translatsioon ja geneetiline kood. Polüpeptiidide struktuur. Translatsioon: ribosoomide ehitus; koodonid ja antikoodonid; tRNA molekulid; tRNA laadimine aminohappega; tRNA seondumise saidid ribosoomis. Translatsiooni protsessi erinevad etapid võrdlevalt prokarüootides ja eukarüootides: initsiatsioon; elongatsioon ja terminatsioon. Geneetiline kood ja selle omadused. Koodon ja antikoodon paardumine. Asendusmutatsioonid polüpeptiide kodeerivates geenides: nonsens- ja missensmutatsioonid; supressormutatsioonid; supressor-tRNA-d. 14
translatsiooni inhibiitorid. Dicer samuti funktsioneerib Droshast allavoolu, et produtseerida täiskasvanud miRNA-d, mis nagu siRNA, on sulatatud geeni vaigistavatesse kompleksidesse nimega RNA-indutseeritud vaigistavad kompleksid. 45. Nonsense mediated decay ühe või enam eksoni vahele jätmine, mis põhjustab ekson-intron liidese vahetus 3' läheduses Stop koodoni sissetuleku, mis kuulub mRNA järelvalve mehanismide hulka. Ta vahendab kiiret mRNAde lgundamist, kus Stop koodonid esinevad mRNAs enne viimast splaisiliidest. 46. Inteiin proteiini segment, mis on võimeline eemaldama ennast ja taasühenema eksteiini peptiidsidemega. Nad on väga võimekas proteiini splisingus. Intron on eukarüootse geeni mittekodeeriv piirkond, mis transkribeeritakse RNA molekuliks, ent seejärel lõigatakse sealt splaisingu tulemusena välja.Vahe on selles, et intronid lõigatakse välja ja eksonid (inteiinid) liidetakse kokku. 47
2)selle tulemusena vabaneb valminud polüpeptiidahel ning vaba tRNA liigub ribosoomi E-saiti. 3)nüüd on ribosoomi subühikud valmis ühinema uue polüpeptiidahela sünteesiks. 68. Geneetiline kood ja selle omadused. gen.kood põhineb nukleotiidide tripletitel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe aminohappe polüpeptiidis. gen. kood ei ole kattuv g.k. on komavaba, kõik mRNA-s asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis g.k. on degenereerunud e. kõdunud: peaaegu kõigile aminohapetele vastab enam kui üks koodon g.k. on seaduspärane g.koodi kuuluvad spetsiifilised koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile g.k. on (v.a. mõned erinevused mitokondrites) universaalne kõigile elusorg- le 69
ribosoomi E-saiti. Translatsiooni terminatsiooniprotsess lõpeb mRNA vabanemisega ribosoomilt ja ribosoomi jaotumisega kaheks alaosaks. Seejärel on ribosoomi subühikud jällegi valmis ühinema järgmise polüpeptiidahela sünteesiks. 69. Geneetiline kood ja selle omadused. 1) põhineb nukleotiidide tripletitel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe aminohappe polüpeptiidis; 2) geneetiline kood ei ole kattuv; 3) komavaba, kõik mRNAs asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis; 4) geneetiline kood on degenereerunud ehk kõdunud: peaaegu kõigile aminohapetele vastab enam kui üks koodon; 5) geneetiline kood on seaduspärane; 6) geneetilisse koodi kuuluvad spetsiifilised koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile; 7) geneetiline kood on (va mõned erinevused mitokondrites) universiaalne kõigile elusorganismidele. 70
3) Selle tulemusena vabaneb kasvav polüpeptiidahel tRNA-st P-saidis ja seotakse kovalentselt tRNA-ga, mis asub A-saidis Polüpeptiidahela elongatsioon toimub kiiresti. Bakteris E. coli kulub eelpoolkirjeldatud kolme etapi läbimiseks 0,05 sekundit. Seega kulub 300 aminohappe pikkuse polüpeptiidi sünteesiks ligikaudu 15 sekundit. 68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. Translatsioon termineerub, kui terminatsioonifaktorid tunnevad A-saidis ära stop koodonid Polüpeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub üks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG või UGA. Stop-koodoneid tunnevad ära terminatsioonifaktorid, milleks on valgud tähistusega RF (release factor). Bakteris E. coli on kaks RF-i: RF-1 tunneb ära UAA ja UAG terminatsioonikoodoneid ning RF-2 UAA ja UGA terminatsioonikoodoneid. Eukarüootides on ainult üks RF (eRF), mis tunneb ära kõiki terminatsioonikoodoneid.
translatsiooni initsiatsioonil, elongatsioonil ja terminatsioonil. Bakterirakus ei ole ribosoomidel kindlat asukohta, eukarüootses rakus paiknevad nad aga tsütoplasmas ja on enamasti endoplasmaatilise retiikulumi pinnal. mRNA molekuli nukleotiidne järjestus transleeritakse polüpeptiidi aminohappeliseks järjestuseks vastavalt geneetilisele koodile, mille alusel vastab igale aminohappele kas üks või mitu koodonit. Koodonid koosnevad kolmest nukleotiidist (nukleotiidide tripletist). 64-st võimalikust nukleotiidide tripletist 61 kodeerivad aminohappeid ja 3 on signaaliks translatsiooni terminatsioonile. tRNA molekulid sisaldavad nukleotiidide tripleteid, mida nimetatakse antikoodoniteks. Translatsioonil paarduvad tRNA molekulid mRNA molekulis asuvate koodonitega antikoodonite vahendusel. Erinevad aminohapped seonduvad erinevate tRNA molekulidega. Igale aminohappele vastab rakus üks kuni neli erinevat tRNA molekuli
on 7 polümorfsed, transferaaside 29-st lookusest aga 10 (vt. Tabel 28.2). Valkude analüüs geelelektroforeesil ei võimalda tuvastada kõiki mutatsioone. Mõnede alleelide puhul võivad mutatsioonid olla toimunud hoopis väljapool polüpeptiidi kodeerivat ala, näiteks intronis, promootoralas või kodeerivatest järjestustest tahapoole jäävates alades. Samuti võib mutatsioon kodeerivas järjestuses muuta ainult koodoni viimast nukleotiidi, kuid mõlemal juhul kodeerivad koodonid sama aminohapet (näiteks UUA ja UUG kodeerivad mõlemad leutsiini); või siis toimub ühe aminohappe asendumine teisega, millel on eelmisega võrreldes sama laeng (näiteks valiini asendumine alaniiniga). Muutusi DNA järjestuses kirjeldab näiteks restriktsioonifragmentide pikkuse polümorfism RFLP (restriction fragment-length polymorfism). Restriktaasid lõikavad DNA-d kindlatest järjestustest ning DNA molekuli
sünteesitudmRNA osaleb kohe ka translatsioonil. 29. Geneetiline kood - igat aminohapet polüpeptiidis kodeerib üks nukleotiiditriplett - tripletid ei kattu omavahel ning pole ka väljajäetavaid nukleotiide - kood on kõdunud – ühele aminohappele vastab rohkem kui üks koodon, erinevus on enamasti viimases nukleotiidis - sarnastele aminohapetele vastavad sarnase järjestusega koodonid - stopp-koodonid - koodi universaalsus Geneetiline kood- on vastavus, kus mRNA kolm järjestikust nukleotiidi (st. koodon) määravad ära ühe aminohappe paigutuse valgu molekulis. 30. Translatsioon, tRNAde ja ribosoomide ehitus Translatsioon Translatsioon- valgu süntees toimub tsütoplasmas, ribosoomides. Translatsioon- protsess, mille käigus sünteesitakse liigiomaseid valke kõikide talitluste läbiviimiseks organismis. Valgud on liigiomased, st
sünteesitudmRNA osaleb kohe ka translatsioonil. 29. Geneetiline kood - igat aminohapet polüpeptiidis kodeerib üks nukleotiiditriplett - tripletid ei kattu omavahel ning pole ka väljajäetavaid nukleotiide - kood on kõdunud ühele aminohappele vastab rohkem kui üks koodon, erinevus on enamasti viimases nukleotiidis - sarnastele aminohapetele vastavad sarnase järjestusega koodonid - stopp-koodonid - koodi universaalsus Geneetiline kood- on vastavus, kus mRNA kolm järjestikust nukleotiidi (st. koodon) määravad ära ühe aminohappe paigutuse valgu molekulis. 30. Translatsioon, tRNAde ja ribosoomide ehitus Translatsioon Translatsioon- valgu süntees toimub tsütoplasmas, ribosoomides. Translatsioon- protsess, mille käigus sünteesitakse liigiomaseid valke kõikide talitluste läbiviimiseks organismis. Valgud on liigiomased, st
bp-st (individuaalsete segmentide pikkused on 3916 ja 1196 bp vahel). Enamus segmente on monotsistroonsed ja sisaldavad ühte pikka lugemisraami (365-1289 koodonit), kaks segmenti on bitsistroonsed: segment on S1, mille mRNA-lt ekspresseeritakse alternatiivseid AUG koodoneid kasutades kahte valku (kattuvad lugemisraamid, mis asuvad erinevates faasides); segment M3 kodeerib kahte C-koterminaalset valku (nende AUG koodonid asuvad samas lugemisraamis). Seega kodeerib reoviiruse genoom kokku 12 valku, millest 8 on struktuursed (1, 2, 3, µ1, µ2, 1, 2 ja 3) ning neli mittestruktuursed (µNS, µNSC, NS ja 1s) valgud. 7 LIISI KINK
10 Geneetilise koodi põhiomadused: 1) Tripletsus. Iga aminohappe koht polüpeptiidahelas määratakse koodoniga, mis koosneb mRNA kolmest nukleotiidist (DNA kolmest nukleotiidipaarist). Näit. aminohappele fenüülalaniin (Phe) vastavad nukelotiidide tripletid: UUU ja UUC, leutsiinile (Leu) aga CUC, CUU, CUA ja CUG jne. 2) Pidevus. Polünukleotiidahelas ei ole koodonid üksteisest mingil viisil eraldatud, vaid järgnevad vahetult üksteisele. Puuduvad «tekstisisesed kirjavahemärgid». Ühe nukleotiidi väljalangemise korral koodonist loetakse koodonisse järgneva tripleti esimene nukleotiid, mille tagajärjel muutub kogu informatsioon. 3) Kattumatus. Iga nukleotiid kuulub ainult ühte koodonisse. Kattumatusest tuleneb asjaolu, et aminohapete järjestus polüpeptiidahelas on üksteisest sõltumatu. 4) Kolineaarsus
lõikab märklaud mRNA, mis on täpselt komplementaarne vastavale üksikahelalisele siRNAle, ahela katki. 45. Nonsense-mRNA vahendatud lagundamine (NMD). Nonsense mediated decay (NMD) ühe või enam eksoni vahele jätmine, mis põhjustab ekson-intron liidese vahetus 3' läheduses Stop koodoni sissetuleku. Kõigi korrektselt splaisitud mRNAde puhul Stop koodon on viimases eksonis. Nonsense mediated decay vahendab kiiret mRNAde lgundamist, kus Stop koodonid esinevad mRNAs enne viimast splaisiliidest. 46. Mis vahe on inteiinil ja intronil? Eeldades et sõnale inteiin vastab ing.k vaste Intein, siis vahe on ilmne: üks on valk, teine DNA lõik. Inteiin on valgu segment, mis on võimeline iseennast välja lõikama ja järele jäänud valguosade vahele sünteesima peptiidsideme. Inteiine on kutsutud ka "proteiinseteks introniteks". 47. Mis juhtub, kui polüadenülatsiooni motiivis (AAUAAA) või RNAPolII CTD alas on mutatsioon?
RF-3, RRF, korraga toimub ainult kas RF-1 või RF-3 – aitavad valgusünteesi lõpetada ja suunavad produkti vabanemist). RRF – aitab ribosoomi vabastada, vajalik selleks, kui ribosoom on ühe valgu sünteesinud, siis saab teist hakata sünteesima. mRNA 5’ → 3’ suunas hakatakse lugema. Ribosoom loeb mRNA-d samas suunas, kui teda sünteesitakse. Protsessid mõlemas suunas. Valkude puhul aminoterminusest karboksüterminuse poole. mRNA-s loetakse koodonid üksteise järel. Esmalt toimub initsiatsioon – valk mRNA järkestuse alusel, elongatsioon, kuni jõutakse stoppkoodonini ehk terminatsioonikoodonini. Ribosoomi substraat on tRNA. Ribosoomis on tRNA 12 sidumiseks 3 piirkonda (A-, P- ja E- sait). P-sait on keskel, A-sait 3’ suunas. P –sait – peptidüültRNA jaoks. A-sait – aminoatsüültRNA sidumiseks, pidama jääb selline valk, mille koodon-antikoodon seostumine sobib
G U voi C; C G; A U; U A voi G; A, U voi C Koodoni 1 tähe ja antikoodoni 3. tähe paardumine spetsiifiline. Koodoni 3. tähe ja antikoodoni 1. tähe paardumine ebaspetsiifiline. 131. Geneetilise koodi omadused. - Tripletne (3 nukl-di mRNA-s) - Mittekattuv (kattuvad geenid on harvad erandid) - Komavaba (koodoneid loetakse translatsioonil järjestikku) - Degenereerunud (v.a. 2, ulejaanud aminohapped määratud rohkem kui uhe koodoniga). - Kood järjestatud (sama aminohapet maaravad erinevad koodonid erinevad tavaliselt vaid uhe nukleotiidi poolest) - Esinevad algus ja lôppkoodonid - Geneetiline kood on peaaegu universaalne. 132. Raaminihkemutatsioonid. Supressormutatsioonid. Raaminihkemutatsioonid toimuvad kui DNA ahelasse lisandub üksik nukleotiidipaar + mutatsioon e. mikroinsertsioon (või kaob üksik nukleotiidipaar - mutatsioon e. mikrodeletsioon). Nüüd on muutunud meie lugemisraam ja kõik peale lisandunud/kustunud nukleotiidipaari on muteerunud, st on moodustunud uued tripletid
(Abeles tabel 4-1 lk.202). Eukarüootse raku geenid sisaldavad mittekodeerivaid piirkondi mida nim introniteks, need piirkonnad pre-mRNA protsessimisel lõigatakse välja, toimub nn splicing. Kodeerivaid piirkondi nim eksoniteks. Geeni otstes paiknevad mittekodeerivad DNA alad on vajalikud geeni transkriptsiooniks. 5' otsas on transkriptsiooni regulatsiooni piirkond, 3' otsas on järjestused mis on vajalikud mRNA modifitseerimiseks, samuti stop koodonid ja täiendavad regulaatorelemendid. Sageli on raske määrata, kus ühe geeni 3' ots lõpeb ja järgmise geeni 5' ots algab. Õpikute tekstis sageli geeni all mõistetakse ainult DNA kodeerivat piirkonda mis transkribeeritakse mRNA-ks. Erinevate ühe pre-mRNA splicing'u võimaluste esinemine teeb geeni defineerimise veel keerukamaks. Suurim inimese geen on düstrofiini (lihasrakkude valk) geen, sisaldab 2,4 milj aluspaari. Geenide arv genoomis Arabidopsis'el on ~20 000, inimesel 27000-32000.
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
