TRANSGEENSED MIKROORGANISMID - transgeensete organismide loomine põhineb rekombinantse DNA tehnoloogial. Siiratav geen tuleb ühendada niisugusesse DNA- või RNA-kompleksi, mis saab siseneda rakku või integreeruda sele genoomi. Selliseid DNA- konstrukte nim. geenivektoriteks ehk -siirdajates. Eesimesed rekombinantsed viirused ja plasmiidid loodu 1973. aasta. BAKTERITEL ei ole tuuma; seda asendab tumapirkond, milles paikenb üks rõngasjas kromosoom. Lisaks leidub bakterirakus väiksemaid DNA rõngaid- plasmiide, mida kasutatase geenivektorite loomisel. Rakendusbioloogilises suunas hakati otsima võimalusi kasutada transgeenseid baktereid meditsiiniliselt oluliste inimese valkude tootmiseks. Inimese rakkudest eraldatakse huvipakkuva geeni mRNA ja pöördtranskribteeritakse selle järgi vastav komplementaarne DNA(cDNA). See ühendatatkse plasmiidiga ning saadud geenivektor lülitub bakteriraku koosseisu(peamiseks bakteriks on inimese soolekepike). S...
igasse kromosoomi erinev lõik; 3. Bakterid paljundatakse; 4. Kolooniad eraldatakse kultuuriklaasidesse ja viiakse hoidlasse 2. Millistes punktides asuvad bakterid on rekombinantsed? 2 3. Millistes punktides asuvad bakterid on transgeensed? 3 4. Millistes punktides asuvad bakterid on geneetiliselt muundatud? 5. Kuidas nimetatakse ensüüme, mille abil lõigatakse DNA ahelad lahti? restriktaas 6. Kuidas nimetatakse ensüüme, mis liidavad ,,kleepuvate otstega" DNA lõigud kokku? ligaas VI 1. 2. 3. 4.
tagatud translatsiooni täpsus. tRNA teine oluline piirkond, 3' ots, paikneb aktseptor-õla otsas. tRNA kolm viimast nukleotiidi on CCA järjestus, mis ribosoomis seondub valguahela peptiidsideme moodustumist katalüüsiva piirkonnaga. tRNA 3' otsa seotakse ka ensüüm aminoatsüül- tRNA ligaasi vahendusel estersidemega vastav aminohape. Olgugi, et paljudele aminohapetele vastab mitu erinevat tRNAd, vastab igale erinevale tRNAle vaid üks konkreetne aminoatsüül-tRNA ligaas. Aminoatsüül-tRNA ligaas tunneb tRNA ära vastavate tRNA identsuse elementide järgi, milleks on kindlad, erinevatele tRNA molekulidele ainuomased nukleotiidid antikoodoni lingus ja aktseptoorses õlas. Valgusünteesi käigus ribosoomis lahutatakse tRNA antikoodoni ja mRNA koodoni paardumisel aminohape tRNAst ja lisatakse valguahelasse. 30. Geneetiline kood Geneetiline kood- on vastavus, kus mRNA kolm järjestikust nukleotiidi (st. koodon) määravad ära ühe aminohappe paigutuse valgu molekulis. Geneetiline kood on
PolümeraasIII 5' RNA primer asendatakse polümeraas I Ja vahe siilitakse ligaasiga 3' 5' Juhtahel RNA Praimer 3' DNA ligaas ühendab Okazaki fragmendid fosfodiester sidemega E.coli kromosoomis DNA replikatsioon Peter J. Russell, iGenetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings. JÄTK: Peter J. Russell, iGenetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings. Tsirkulaarse kromosoomi replikatsioon E. coli : 1. Kaks repl. Kahvlit moodustavad teeta sarnase struktuur () 2
Geenitehnoloogia - molekulaargeneetika rakendusharu, DNA-fragmentide (geenide) siirdamine rakkude ja organismide geneetilise informatsiooni muutmiseks või nende käsutamine pärilike haiguste diagnoosimisel ja indiviidide geneetilisel tuvastamisel. Restriktaas -bakteritel esinev endonukleaaside hulka kuuluv ensüüm, mis katkestab DNA kaksikahela kindla nukleotiidijärjestuse kohalt, tekitades üheahelalised ,,kleepuvad" otsad; bakteritest on leitud palju restriktaase, millest igaüks tunneb ära oma spetsiifilise DNA-järjestuse. Ligaas -ensüüm, mis ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad Kimäär - biol. erineva genotüübiga ja eri organismidest pärit rakkudest koosnev organism. Geeninokaut - geenitehnoloogiliselt rikutud (,,nokauti löödud") geeniseisund Transg. Org. Mikroorganismid, bakterid Uute omadustega organismide abil toodetakse bioloogiliselt aktiivseid aineid: raviühendeid,antikehi,verehüübimisfaktoreid,kasvufaktoreid N...
Mutagenees- protsess, mille käigus toimuvad muutused organismi DNA järjestuses (mutatsioonid), mis jäävad genotüüpi püsima Transgenees- protseduur transgeensete organismide saamiseks (loomadel nokaut) +- suurem saagikus, uued ravimid, keskkonna saastuse vähenemine - - väheneb looduslik mitmekesisus, maitseomaduste halvenemine 7. Rekombinantse DNA loomine, geenivektor (plasmiidne geenivektor, viirusvektor). Restriktaas, ligaas, „kleepuvad otsad“. Osata koostada skeemi. Restriktaasid on ensüümid, need lõikavad DNA kindla koha pealt lõikudeks, aga nii, et tekivad üheahelalised otsad – “kleepuvad otsad”. Selliste otstega DNA juppe on mugavalt liita. DNA ühendamiseks piki suunas kasutatakse ensüüme nimega ligaas. Erinevate DNA-de liitmisel saame rekombinantse DNA. Geenid viiakse õigesse kohta kohale bakteri plasmiidiga või viirustega (geenivektoritega) või süstitakse otse viljastatud munarakku.
GENOOMIPANK- bakterikloonides säilitatav inimese genoomi DNA-fragmentide kogum; kasutatakse kindlate fragmentide (geenide) paljundamiseks, uurimiseks ja siirdusmaterjali saamiseks. RNA splaising- RNA transkriptist eemaldatakse intronid ja liidetakse eksonid PÖÖRDTRANSKRIPTSIOON- geneetilise info ülekanne RNA-lt DNA-le. DNA süntees RNA järgi, tekib cDNA. DNA sekveneerimine- protsess, mille käigus selgitatakse DNA nukleotiidne järjestus 3. Geenivektor, selle loomise protsess, ligaas, restriktaas (ja tekkivad „kleepuvad otsad"), rekombinantne DNA. Õp lk 37 – 39. Plasmiid. Viirusvektor, plasmiidne geenivektor. - õp lk 38. Rekombinantne DNA- DNA molekul, milles ühendatud eri liikidelt pärit DNA-fragmendid. RESTRIKTAAS- ensüümid, mis lõikavad DNA molekuli kaksikahelat kindlate järjestuste kohalt. Enamik lõikab DNA mõlemat ahelat vastava järjestuse eri otstest. Kui sama restriktaasiga töödelda erinevat päritolu DNA-d, siis on tekkinud fragmentidel
Erinevus: erinevad suhkrujäägid, DNA molekul on pikem 3)Replikatsioon – eesmärk, - päriliku info jõudmine kõikidesse rakkudesse ja selle edasiandmine järglastele sisu, - DNA-ahela kopeerimine enne raku jagunemist. tulemus,- DNA replikatsioon on DNA süntees, mille tulemusena saadakse igast algsest DNA molekulist kaks koopiat. osalevad molekulid, - DNA polümeraas osalevad nukleotiidid, - Praimer osalevad ensüümid, - DNA helikaas, DNA ligaas toimumiskoht. - Replikatsioon toimub raku tuumas. 4)Miks peab replikatsioon algama mitmest kohast korraga? 5)Transkriptsioon – eesmärk - päriliku info avaldumine sisu, - kantakse geneetiline informatsioon DNA-lt RNA-le tulemus - Tulemuseks DNA molekuli ühe järjestusega komplementaarne RNA molekul osalevad molekulid, : DNA, RNA osalevad nukleotiidid, DNA, RNA osalevad ensüümid: RNA polümeraas toimumiskoht. - rakutuumas 6)Mis on promootor?
, reproduktiivkloonimine inimese kloonimisvõimaluste käsitlemisel kasutatav mõiste, mis tähendab tuumkloonimist uute isendite saamise eesmärgil. rakuteraapia, kahjustunud või hävinud kudede ja elundite funktsiooni parandamine või taastamine vastavalt diferentseerunud rakumasside siirdamisega. tüvirakud hulkrakse looma jagunemisvõimeline rakk,mille tütarrakud võivad diferentseeruda eri tüüpi koerakkudeks. , geenitehnoloogia, molekulaargeneetika rakendusharu, restriktaas, ligaas, ensüüm, mis ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad. GMO, väljend, mis tähistab transgeenset ehk siirdgeenset organismi. Genoomipank- bakterikloonides säilitatav inimese genoomi transgeensed loomad, geeninokaut geenitehnoloogiliselt rikutud geeniseisund. , geeniteraapia, geenitehnoloogiline meetod geneetiliste haiguste raviks või leevendamiseks. geenivaigistus. geeni avaldumise takistamine epigeneetiliste mehhanismidega transkriptsiooni või
tuvastamiseks ( DNA sõrmejälgede meetod ). Mis tahes transgeense organismi loomisel kasutadakse rekombinatse DNA loomise restritaas tehnikat. Restriktaas on ensüüm bakterites mis kaitseb neid viiruste eest. Ta lõikab viiruse genoomi (DNA) lõikudeks. Sama restriktaasi saab kasutada üldse DNA lõikamiseks. Tekivad kleepuvate otstega DNA lõigud. Need viiakse lahusesse, kus nad ühinevad komplement taarse alusel A=T; G=C. Ligaas on ensüüm, mis ühendab eri päritolu lõigud. Tulemuseks on rekombinantne DNA. Pöördtranskriptaas on ensüüm, mis leiab kasutamist siis kui mRNA pealt sünteesitakse komplementaas cDNA-d. G-moode loomisel kasutadakse kõige enam eesmärgiks rekombinantse viimine nendesse. Pakterid, viirused ja pärmseened paljunevad kiiresti. Neil on kerge tungida peremeesrakku. Selliseid DNA konstrukte e konstrueeritud DNA-sid nim geeni vektoriteks e siirdajateks. Nendest esimesed loodi 1970 aastatel.
Cappimine- Kui RNAPolII on jõudnud sünteesida uuest transkriptist 25-30 nukleotiidi, siis 7metüülguanosiin ja teised 5'cap komponendid on juba mRNAde 5' otsa küljes. Seda algset staadiumi RNA protsessingus katalüüsib dimeerne capping ensüüm, mis seostub RNAPolII fosforüülitud CTDgaPolI- sünteesib ribosomaalset RNAd. CTD saba polII´l karboksüterminaalne domään, PolII- võib reguleerida väikesi tuuma RNAsid.PolII omab forforüleerivat karboksüterminaalset domääni.Osaleb lühikeste RNAde sünteesis( U6, 7s) Poly(A) saidid- elemendid ( konkreetsed järjestused) mille peale istub RNA sünteesi lõpetav/termineeriv kompleks lisatakse u 200bp adeniini saba. Pre-mRNA- 5'müts, eksonid, intronid, kaitsev 3' saba millel Poly(A) järjestus. Pre-mRNA allutatakse splaissingule-tekib küps mRNA mille tunnuseks on 5' cap ja 3' saba. RNProteins tunnevad ja detekteerivad RNAd tekib RNParticle. AG reegel- Ülavoolu: Int...
histamiin - vigastatud rakkude poolt eritatav aine, mis kutsub esile mittespetsiifilise immuunreaktsiooni homöostaas - organismi võime tagada muutuvate välistingimuste juures sisekeskonna stabiilsust hormoon - aine, mida toodavad sisenõrenäärmed ja millel on kindel toime teistele rakkudele ja organitele humoraalne immuunsus - antikehadel põhinev immuunreaktsioon humoraalne regulatsioon - elundkondade talitluse regulatsioon hormoonide abil hübridoom - antikeha sünteesiva lümfotsüüdi ja müeloomiraku hübriid; luuakse monokloonse antikeha saamiseks hübridoomitehnoloogia - rakutehnoloogiliste võtete kogum hübridoomide loomiseks - immuniseerimine, rakkude liitmine ja kloonimine, immunoloogiline testimine ja monokloonsete antikehade produtseerimine hübriidrakk - eri kudedest, eri isenditelt või ka eri liikidelt pärit rakkude liitmisel saadud jagunemisvõimeline rakk immuniseerimine - mingi antigeeni viimine organismi sisekeskkonda, mille tagajä...
liigi esindaja kromosoomi, plasmiidi või viirusesse.Geenitehnoloogia tekkimise oluliseks baasiks oli rekombinantse DNA metoodika loomine, mis omakorda sai alguse tänu restriktsiooniensüümide ehk restriktaaside avastamisele bakterites 1970. aastal. Restriktaasid lõhuvad DNA molekuli kaksikahelad komplementaarseteks üheahelalisteks fragmentideks, millel on nn kleepuvad otsad. Lahuses kokku viidud paarduvate otstega fragmendid ühinevad ja ensüümi ligaas abil luuakse ka kovalentsed sidemed. 8. Geenitehnoloogia arstiteaduses - Tänapäeval kasutatakse igapäevaselt geenitehnoloogiat arstiteaduses. Näiteks saab juba teha uuringuid millised haigused võivad sind tabada ning mis on sinu võimalik eluiga. Seda kõike uuritakse just geenitehnoloogiaga. Samuti aitab see uurida võimalike viiruste ja haiguste kuju. Näiteks kuidas viirus mõjutab keha. 9. DNA isikutuvastus meetod - DNA-d kasutatakse igapäevaselt kurjategijate kinnipüüdmisel
ka muu liigi esindaja kromosoomi, plasmiidi või viirusesse. Geenitehnoloogia tekkimise oluliseks baasiks oli rekombinantse DNA metoodika loomine, mis omakorda sai alguse tänu restriktsiooniensüümide ehk restriktaaside avastamisele bakterites 1970. aastal. Restriktaasid lõhuvad DNA molekuli kaksikahelad komplementaarseteks üheahelalisteks fragmentideks, millel on nn kleepuvad otsad. Lahuses kokku viidud paarduvate otstega fragmendid ühinevad ja ensüümi ligaas abil luuakse ka kovalentsed sidemed. Geeniteraapia Geeniteraapia seisneb enamasti normaalselt talitleva geeni siirdamises raske geneetilise puudega inimese mingi koe (organi) rakkudesse. Osal juhtudel seisneb ravi ka mutantse geeni avaldumise vaigistamises. Eesmärk ravida teatud haigusi. Geeniteraapia on võimalus paljude haiguste nii kaasasündinud kui ka elu jooksul omandatud tõvede raviks. Geeniteraapiat on kahte liiki: somaatiline ning sugurakke mõjutav.
a) Genoomis on 21 % guaniini b) Guanini % ei saa niimoodi määrata c) Genoomis on 29 % guaniini d) Genoomis on 10.5 % guaniini e) Genoomis on 58 % guaniini 9. Rakulisel (in vivo) DNA kloonimisel on võimalik meid huvitava geenijärjestuse sisestamiseks plasmiidvektorisse kasutada erinevaid ensüüme. Milliseid ensüüme järgnevast valikust saaks rakendada: a) DNA topoisomeraas I b) DNaas I c) DNA polünukleotiid kinaas d) DNA ligaas e) T7 DNA polümeraas 10. Kõik järgnevad väited radioaktiivselt märgitud riboproovi osas on õiged välja arvatud: a) See on sünteesitud T7 DNA polümeraasiga b) Ensüüm võib kasutada Sp6 promootorit c) Seda saab kasutada proovina Northern blot analüüsil d) See on kindla pikkusega proov 11. Mille poolest erinevad DNA ja RNA? a) DNA sisaldab viit erinevat lämmastikalust, kuid RNA vaid nelja
GEENITEHNOLOOGIA Geenitehnoloogia molekulaargeneetika rakendusharu, DNA-fragmentide siirdamine rakkude ja organismide geneetilise informatsiooni muutmiseks või nende kasutamine pärilike haiguste diagnoosimisel ja indiviidide geneetilisel tuvastamisel. Geenitehnoloogia seisneb DNA valitud lõikude eraldamises, töötlemises in vitro ja siirdamises sama või muu liigi isendi geneetilisse struktuuri kromosoomi, plasmiidi või viirusesse. Rekombinantne DNA DNA molekul, milles on ühendatud eri liikidelt pärit DNA- fragmendid. Restriktaas bakteritel esinev endonukleaaside hulka kuuluv ensüüm, mis katkestab DNA kaksikahela kindla nukleotiidijärjestuse kohalt. Ligaas ensüüm, mis ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad. Geenides on intronid ja eksonid : · Intron lõigatakse · Ekson liidetakse Bakterid toodavad inimese valke alates 1978. aastast : · Esimene oli insuliin · Inim...
Replikatsioon ja transkriptsioon DNA replikatsioon Mitoos Rakkude jagunemine kaheks tütarrakuks koos eelneva DNA replikatsiooniga. DNA replikatsioon toimub interfaasi S faasis. Mitoos jagatakse omakorda: profaas, prometafaas, metafaas, anafaas, telofaas. DNA replikatsiooni käigus sünteesitakse ühest DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. Nimetatakse matriitssünteesiks, sest kasutatakse vanemahelat kui matriitsi - “templaati“. DNA replikatsioon on kiire protsess: sünteesi käigus lisatakse eukarüoodi rakus 3000 nukleotiidi minutis. DNA replikatsioon on ka erakordselt täpne protsess: nii prokarüootide kui eukarüootide replikatsioonil tekkiv viga on umbes 1 nukleotiid 109 nukleotiidi kohta – see teeb 3 nukleotiidi inimese genoomi kohta ühes rakujagunemises. DNA replikatsiooni biokeemia Iga vanemahela (matriitsahela) kohta sünteesitakse uus komplementaarne ahel. Sünteesi käigus lisatakse desoksüribonu...
28. juuretis rikkalikult mikroobe sisaldav käärinud aine, millega kutsutakse esile käärimine 29. kimäär - biol. erineva genotüübiga ja eri organismidest pärit rakkudest koosnev organism. 30. kloon - isendi, raku või DNA molekuli (-fragmendi) kloonimisel tekkiv geneetiliselt identne (ühtlik) järglaskond. 31. kloonimine - DNA-fragmentide, rakkude või organismide geneetiliselt identsete järglaste tekitamine. 32. ligaas - ensüüm, mis ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad 33. mahepõllundus - looduslähedastele majandamisviisidele pöördunud põlluviljelus, mille eesmärgiks on toota võimalikult tervislikke taime- ja loomasaadusi. 34. meristeempaljundus - taimede vegetatiivne paljundamine (klonaalpaljundamine) meristeemkoest 35. molekulaargeneetiline diagnostika - geneetiliste defektide (mutatsioonide)
2. Geeni struktuur (promootor, RNA sünteesipiirkond, terminaator) ja geneetilise info edastamine. Intronid, eksonid, RNA splaising, pöördtranskriptsioon ja pöördtranskriptaas (õp lk 37, 40), genoomipank (lk 39). DNA sekveneerimine – mõiste. Vt esitlust Transkriptsioon (geeni struktuur) ja õpikust lk 40 ning üldist, kogu materjali esitlust (Rakendusbioloogia, lõpuosa slaidid) + vihikist tunni materjalid. 3. Geenivektor, selle loomise protsess, ligaas, restriktaas (ja tekkivad „kleepuvad otsad"), rekombinantne DNA. Õp lk 37 – 39. Plasmiid. Viirusvektor, plasmiidne geenivektor. - õp lk 38. 4. Geneetikas enimuuritud liigid (eri organismirühmadest), nende valiku kriteeriumid. (vt esitlus Geeniotehnol_enimuuritud). - Kasvaja jälgimine, bioluminestsents, inimese DNA viimine sea munarakku,
sisenemise rakku, integratsiooni ja avaldumise rakus. 46. Geneetiliselt muundatud organism (GMO) tavakeeles populaarne väljend transgeense ehk siirdgeense organismi tähistamiseks. 47. Genoomipank (geenipank, ,,DNA-raamatukogu") bakterikloonides säilitatav inimese genoomi DNA-fragmentide kogum; kasutatakse kindlate fragmentide (geenide) paljundamiseks, uurimiseks ja siirdamismaterjali saamiseks. 48. Ligaas ensüüm, mid ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad. 49. Pöördtranskriptaas (revertaas) RNAst sõltuv DNA polümeraas; ensüüm, mis sünteesib üheahelalise RNA järgi kaheahelalise DNA-koopia. On omane retroviirustele. 50. Rekombinantne DNA DNA molekul, mis koosneb tehnogeneetiliste meetoditega ühendatud eri liikidelt pärit geenidest ning muudest järjestuslõikudest. 51
Geenitehnoloogia I konspekt Raku ja embrüotehnoloogiad Kloonimine geneetiliselt identse järglaskonna saamine paljundatavast üksikobjektist. Vegetatiivselt taime paljundamine on sisuliselt kloonimine Meristeempaljundus algkoerakkude kasutamine ühelt taimelt suure arvu vegetatiivsete järglaste saamiseks. Neid rakke leidub võrsete kasvukuhikutes, pungades. Ka vigastuste paranemisel tekkiv kallus on suures osas algkude. Algkoe rakud pole differentseerunud, seega sobivates tingimustes, taimehormoonide toimel, kasvab neist välja terve taim. Meristeemilõigust võib eri söötmetel kasvatada sadu kuni tuhandeid võrseid. Loomadel on sellised rakud vaid moorula rakud. Embrüosiirdamine arengu algusjärgus oleva embrüo ülekanne indleva emaslooma või rasestumisvalmis naise emakasse. Kasutatakse põllumajandusloomadel, et selekteerida välja kõige paremate omadustega järglased, mis tagab suure ressursside kokkuhoiu ning saadakse ühelt vää...
1. Rakuteooria olemus, loojad (nimeta 3) ja neist igaühe panus teooriasse. (тетр.) 2 Rakuteooria olemus ! Rakuteooria põhipostulaadid: (1) kõik elusorganismid koosnevad ühest või paljudest rakkudest (Schwann, Schleiden); (2) rakk on organismi vähim ehituslik, talitluslik ja organisatsiooniline üksus (Schwann, Schleiden); (3) kõik rakud pärinevad olemasolevatest rakkudest (Wirchow) Rakuteooria loojad Schwann: kõik loomsed koed on ehitatud rakkudest Schleiden: taimemorfoloog, kõik taimsed koed on rakkudest Virchow:* rakud saavad tekkida ainult olemasolevatest rakkudest (“omnis cellulae e cellulae) * muutused raku ehituses ja talitluses on aluseks organismi patoloogilistele protsessidele ! 2. Mida teate HIV-1 mutatsioonist CCR5-▵32? (тетр.) 5 ! Kemokiini retseptor CCR-5 on HIV-1 koretseptoriks sisenemisel makrofaagi (geen CCR5). CCR5 geeni 32. nukleotiidipaari deletsioon põhjustab lugemisraami nihke, muutub retseptorvalgu 185...
Võivad tekkida eugeenilised kiusatused ,,parandada" inimpopulatsioone mingi standardi suunas. *Organismide kloonimine on ebaloomulik ja seega ebaeetiline. 8. Mida tähendab mõiste lõigustusrakk? Lõigustusrakk ehk blastomeer on üks loomade sügoodi lõigustumisel tekkivaid rakke (kuni embrüo blastulajärguni). 9. Nimeta tüvirakke? Embrüonaalsed tüvirakud, nabaväädivere tüvirakud, täiskasvanu tüvirakud. Õ. lk. 37-42 1. Mis on ligaas? Ligaas on ensüüm, mis ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad. 2. Mis on geenitehnoloogia? Geenitehnoloogia on molekulaargeneetika rakendusharu, DNA-fragmentide(geenide) siirdamine rakkude ja organismide geneetilise informatsiooni muutmiseks või nende kasutamine pärilike haiguste diagnoosimisel ja indiviidide geneetilisel tuvastamisel. 3. Kirjuta lühendi GMO pikem mõiste, mida see tähendab.
Fundamentaalteadus teadus, mis uurib objektide või nähtuste olemust, nendega seotud seaduspärasusi. Rakendusteadus teadus, mis tegeleb loodusteaduslike teadmiste praktilise rakendamise printsiipide ja meetodite otsimise ja arendamisega. Antibiootikum elusorganismide produtseeritud või tööstuslikult sünteesitud ained, mis surmavad mikroorganisme või pärsivad tugevalt nende kasvu ning terapeutilistes annustes ei kahjusta makroorganismi. Biotõrje umbrohu, metsa- ja aiakahjurite, taimehaiguste jms. leviku piiramine mitmesuguste looduslike mehhanismide kaasabil. Feromoon Loomade, tavaliselt putukate, poolt toodetud keemiline nõre, mis mõjutab teiste liigikaaslaste käitumist, füsioloogiat või arengut, tihti mõjudes vastassugupoolele ligitõmbavalt. Kloonimine DNA-fragmentide, rakkude või organismide geneetiliselt identsete järglaste tekitamine. Kloon isendi, raku või DNA-fragmendi kloonimisel tekkiv geneetiliselt identne jä...
on vaja. Meil on olemas 20mg/ml lahus, selleks et saada sealt 4mg vütame 1ml/5= 200 µl IPTG: Tahame saada 0,1mM=0,0001M ehk 0,0001 = m/0,2 ja sealt saame et vaja minev m = 0,00002g. Meil on 0,8M vesilahus ehk 0,8 = 0,00002/V ja V = 25 µl Ampitsilliin: Tahame saada 100 µg/ml ja meil on 200ml ehk siis 100*200 = 20000 µg mis on 20 mg. Meil on lahus 100mg/ml ehk siis peame võtma 1000 µl / 5 ehk 200 µl. Töö käik: Meil oli eelnevalt juba ligaas inaktiveeritud ja reaktsioonisegu oli jääl Võtame -80kraadi juurest E.coli rakud sulama. Transformeerimiseks võtame 100 µl kompetentseid rakke ja lisame reaktsioonisegule. Inkubeerime 15 minutit jääl. Sulatame 200ml LB söödet, jahutame umbes 50 kraadi juurde (muidu ampitsilliin laguneb kuumuse käes ära) ja lisame sinna X-gal, IPTG ja ampitsilliini. Loksutame segamini ja valame söötme õhukeste kihtidena Petri tassidele
ahelaline DNA läheb üle 1-ahelaliseks. See tekib rakutuumas DNA replikatsiooni ajal. Selle loovad helikaasid, mis lõhuvad kahte DNA ahelat koos hoidvaid vesiniksidemeid. Selle tulemusena tekib kaks üksikahelat, mis moodustavadki kahvli harud. Need üheahelalised harud on aluseks juhtiva ja mahajääva ahela tekkele. Replikatsioonikahvel.Ülemine ahel (lagging strand) on mahajääv ahel, millelt toimub süntees Okazaki fragmentidena; fragmendid liidab kokku DNA ligaas. Alumine ahel (leading strand) on juhtiv ahel, millelt toimub pidev DNA süntees. Juhtiv ahel Juhtiv ahel on DNA ahel, millel replikatsioonikahvel liigub 3'-5' suunas. See võimaldab komplementaarse ahela sünteesi 5'-3' suunas. Juhtival ahelal "loeb" DNA polümeraas DNAd pidevalt ning liidab pidevalt ka uusi nukleotiide. Kasutatavaks polümeraasiks on DNA polümeraas III (DNA Pol III) prokarüootides ning (ilmselt) Pol pärmis.[6][7] Inimese rakutuumas sünteesitakse juhtiv ja
tömpide otstega DNA fragmendid. Oluline on konverteerida DNA otsad ühendatavateks. Omavahel ühendatavad on kaheahelalise DNA tömbid ja 5' või 3' üheahelalised komplementaarsed DNA otsad. Mittekomplementaarsed üheahelalised osad tömbistatakse ehk täidetakse (Vt. DNA märkimise loengust - Klenowi fragmendi ja T4 polümeraasiga). Kõigi kolme erinevat tüüpi otstega DNA molekulide ühendamiseks kasutatakse ligeerimist s.o. DNA fragmentide ühendamist ligaasi abil. Ligaas katalüüsib kovalentse sideme moodustumist 5'-fosfaat- ja 3'- hüdroksüülrühma vahel. Enamasti kasutatakse T4 DNA ligaasi. Optimaalsete tingimuste korral on inserdi kloonimisse efektiivsus keskmiselt 1:50 st. ühel juhul siseneb insert vektorisse ja 49-l juhul toimub lihtne vektori retsirkulariseerumine. Vektori retsirkularisatsiooni vältimiseks / vähendamiseks ja kloonimise efektiivsuse tõstmiseks on mitmeid võimalusi. 1. Kasutada vektori lineariseerimiseks
org/ Bluescript pBS SK+ plasmiid 10 ng/l lineariseeritud Cfr42I abil (~3h restriktsioon, puhastatud fenooltöötluse, etanooliga sadestamise abil; lahustatud TE-s). Plasmiidi kohta vt Stratagene; http://www.stratagene.com/ . Plasmiidi kaarti vt lisamaterjalidest. Restriktaas Cfr42I (SacII) 10 ühikut/mikroliiter (u/l), hoitakse jääl. Restriktaasi kohta vt Fermentas; http://www.fermentas.com/, ja lisamaterjalid. Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust T4 DNA ligaas 5 u/l (Fermentas, vt. lisa), hoitakse jääl 5 x Ligeerimispuhver (Fermentas) Töö käik: (märgista kõik oma katsetuubid nii, et tunned need pärast ära; näiteks initsiaalidega) (1) Kahe üliõpilase peale restrikteerida ~120 ng genoomset DNA-d Cfr42I-ga: Restriktsioon-ferment, mis lagundab DNA molekuli kindlates kohtades. 12,5 l genoomset DNA-d + 1,5 l restriktaasi 10 x puhvrit kokku 15 l; segada( segame Vortexiga), fuugida ja inkubeerida 37oC 60 min
3. Mida on vaja teha selleks, et lühikese aja jooksul korduvalt DNA kaksikahelat denatureerida ja renatureerida? 4. Milline ensüüm viib läbi järgnevaid: REPLIKATSIOON – DNA polümeraasid TRANSKRIPTSIOON – RNA polümeraas: avab DNA ning sünteesib ühte ahelat kasutades komplementaarsus-printsiibi alusel RNA. Polümeraas seostub promootorpiirkonnaga ning transkriptsioon jätkub seni kuni RNA polümeraas jõuab stoppkoodonini DNA lõikude liitmine - ligaas DNA lõikamine kindla järjestuse juurest – restriktaas 5. Millisesse piirkonda seostub RNA polümeraas? - DNA-l nn promootor lookusega (promootorpiirkond) 6. Nimeta bakteriaalse transkriptsiooni eripärad võrreldes eukarüootse transkriptsiooniga Kõik bakteriaalse RNA vormid (mRNA, TRNA ja rRNA) sünteesitakse vaid ühe ensüümi – RNA polümeraasi poolt, transkriptsiooni kiiruseks on 55 nukleotiidi sekundis
Vektoril on T-overhangidega otsad, mis võimaldab A-overhangidega inserti sisestada. b) PCR-i produkti on võimalik vektorisse ligeerida, kuna vektoril on T-overhang otsad ning PCR-i produktil on A-overhang otsad. T ja A on omavahel komplementaarsed, seega vektori ja inserdi ,,kleepuvad otsad" ühendatakse komplementaarsusprintsiibi alusel kõigepealt vesiniksidemetega, seejärel saab ligaas sünteesida fosfodiestersidemed. Polümeraasi valikul tuleb silmas pidada, et tegemist oleks Taq Polümeraasiga, mis lisab suure tõenäosusega 3' adeniini aluse, mis on vajalik T-A kloneerimiseks. c) Vektoril on kaks antibiootikumiresistentsust, seega rakke, kuhu plasmiid on transformeeritud, saab kasvatada nii ampitsilliini, kanamütsiini kui ka mõlemat sisaldavad keskkonnas seeläbi saab vähendada ohtu, et plasmiidi mitte sisaldavad
Horvaatia, Sloveenia, Malta, Itaalia, Austria, Sveits, Hispaania, Portugal, Prantsusmaa, Saksamaa.6 5 http://www.eko.org.ee/gmo/index.php 6 http://www.gmo-free-regions.org/ 8 GMO'de tootmine GMO'de saamiseks lõikab restriktaas (,,ensüümkäärid") DNA-d spetsiifilistest kohtadest, plasmiidist (rõngakujuline kaheahelaline DNA molekul) eraldatakse mittevajalikud geenid ja DNA ligaas (ensüüm, mis liidab DNA ahelate otsad) ühendab fragmendid. Doonororganismist eraldub uus geen, mis viiakse Agrobacterium tumefaciens'i. Uus plasmiid siseneb taime rakkudesse lehe lõikepinnal ja neid lehe lõike töödeldakse Agrobacterium'i (Gram-negatiivsesse perekonda kuuluv bakter, mis kasutab horisontaalset geenisiiret kasvajate põhjustamiseks taimedel) rakkude lahuses. Peale seda lehe lõige kultiveeritakse
lahti Praimer - lühike (DNA või RNA) järjestus, mis on komplementaarne DNA järjestusega. 2. Ensüüm DNA-polümeraas seondub DNA ahelaga (vajab töö alustamiseks praimerit, millele saab lisadavesimese nukleotiidi) -> sünteesib mõlema DNA ahelaga komplementaarsed uued DNA ahelad Okazaki fragmendid - lühikesed DNA jupid, millest pannakse kokku ahel, mis on komplementaarne DNA replikatsioonil mahajäävale ahelale DNA ligaas - ensüüm, mis liidab DNA ahelate otsad (Okazaki fragmendid) 3. Replikatsioon lõpeb, kui mõlemalt DNA-ahelalt on sünteesitud uus DNA molekul 4. Repiklatsiooni käigus tekkinud vigade parandamine Replikatsiooni tulemusena tekib ühest DNA molekulist kaks identset DNA molekuli RNA süntees ehk transkriptsioon DNA ühe ahela alusel komplementaarse RNA molekuli süntees 1. Lisandub ensüüm RNA-polümeraas 2
võimatu ja ainuke viis on sugulisel paljunemisel, prokarüütses maailmas on tavaline, et prokarüootsed rakud vahetavad üksteisega DNA fragmente. Bakteritel on vaja mehhanismi, kuidas eristada üksteisest oma enda DNA'd ja võõr-DNA'd, selle jaoks ongi olemas restriktaasid. Seega on erinevatel bakteriliikidel on restriktaaside äratundmisjärjestused erinevad. Kui on meil restriktaasi poolt läbi lõigatud DNA lõik katseklaasis ja lisada sinna teine DNA ja lisada ensüüm ligaas, mis uuesti moodustab fofodiestersidemed. Moodustub uus DNA molekul rekombinantne DNA. 22/10/09 Restriktaaside abil on niisiis võimalik DNA'd lahti lõigata ning DNA fragmente on katseklaasis võimalik ensüüm ligaasi abil kokku liita. Ligaas ei liida kokku kõikki molekule, seega pole see protsess 100%lise efektiivsusega. Kui sobiv molekul tekib, siis peab olema võimalus selle paljundamiseks.
2. Ensüüm nimega DNA-polümeraas liitub ühe lahku läinud DNA ahelaga Sünteesib suunal 5’-3’ (DNA polümeraas) Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena (on vaja 3’OH otsa, mis tuleb RNA praimerist – seda sünteesib DNA primaas) Tühimikud täidab DNA polümeraas ja erifragmendid ühendab DNA ligaas 3. Ensüüm nimega DNA-polümeraas sünteesib eraldunud DNA ahelatest identsed DNA molekulid (komplementaarsusprintsiibi alusel.) 4. Replikatsiooni viimases etapis valmivad sünteesid uued DNA molekulid NB! Replikatsioon toimub -> raku tuumas, tuumapiirkonnas, mitokondrites ja kolorplastides. 25. Geen ja Genoom Geen – DNA lõik(täieliku nukleiinhappe järjestus), mis on vajalik funktsionaalse valgu- või RNA molekuli sünteesiks.
1. Kahjustuse tagasimuutmine (damage reversal) 2. Väljalõike parandamine (excision repair) 3. Kaksikahela katkemise parandamine (mittehomoloogiline otste ühendmaine ja homoloogiline rekombinatsioon- homoloogse kromosoomi järjestusel) 4. Replikatsioonijärgne parandamine paranduspolümeraasid. Homoloogise DNA abil parandamine. RecA valk seostub ssDNA ja sunnib seda rekombineeruma teise ahelaga. DNa polümeraas sünteesib õige ja ligaas kleebib. Replikatsioonijärgne parandamine on osa raku SOS vastusest: üheahelalise DNA olemasolul seostub RecA valk LexA valguga ning sellega kaasneb stressivalkude süntees ,kindel promootorite järjestus, mida nim. SOS-box. Normaalselt on LexA sinna seostunud ja valke ei transkribeerita. 14. DNA rekombinatsioon Järglase alleelide kombineerumine koosneb kahest poolest: juhuslik valik (millised alleelid satuvad)
nukleotiidi. sünteesib suunas 5’-3’ vajab vaba 3’OH otsa omab ühtlasi 3’-5’ eksonukleaasset aktiivsust - 3’OH tuleb RNA praimerist, mille sünteesib DNA primaas - Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena RNaseH lagundab RNA, tühimikud täidab DNA polümeraas ja eri fragmendid ühendab fosfodiestersidemega DNA ligaas - Lisaks osalevad ensüümid, mis ületavad DNA replikatsiooni käigus tekkivaid ruumilisi takistusi DNA helikaas sulatab kaksikahela lahti Üksikahelalist DNAd stabiliseerivad valgud Topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi auke (nick) ja katkeid (break) - Päristuumsetel rakkudel toimub see enne mitoosi ja meioosi. Matriitssüntees- st, et DNA ,
nukleotiidi. sünteesib suunas 5'-3' vajab vaba 3'OH otsa omab ühtlasi 3'-5' eksonukleaasset aktiivsust - 3'OH tuleb RNA praimerist, mille sünteesib DNA primaas - Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena RNaseH lagundab RNA, tühimikud täidab DNA polümeraas ja eri fragmendid ühendab fosfodiestersidemega DNA ligaas - Lisaks osalevad ensüümid, mis ületavad DNA replikatsiooni käigus tekkivaid ruumilisi takistusi DNA helikaas sulatab kaksikahela lahti Üksikahelalist DNAd stabiliseerivad valgud Topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi auke (nick) ja katkeid (break) - Päristuumsetel rakkudel toimub see enne mitoosi ja meioosi. Matriitssüntees- st, et DNA ,
NUKLEIINHAPPED Nukleiinhapped - kõrgmolekulaarsed biopolümeerid, mis koosnevad nukleotiididest.(primaarne struktuur.) Nukleiinhape = polünukleotiid. DNA desoksüribonukleiinhape. RNA ribonukleiinhape. Lämmastikalused- Aromaatsed tsüklilised ühendid, mis lisaks süsinikule sisaldavad ka lämmastiku aatomied, (N- alused) tuleneb keemilistest omadustest. NUKELIINHAPETE STRUKTUUR: Primaarne:Lämmastikaluste järjestus polünukleotiidahelas. Sekundaarne Polünukleotiidahel ruumiline struktuur DNA: *Lineaarne kaksikspiraalne (biheeliks). *Tsükliline kaksikspiraalne (tsirkulaarne biheeliks). *Üheahelaline RNA: *Vabakujuline ahel, *osaliselt (iseenda ümber) spiraliseerunud ahel, *Spetsiifilise kujuga ahel Tertsiaaerne Polünukleotiidahela "pakend" rakus või rakutuumas: *Superspiraliseerunud, *Kokkukägardunud, *Spetsiifilise vormiga. LINEAARSE DNA TERTSIAARNE STRUKTUR: Kromatiini (DNA + valgud) kokkupakkimise tulemusena formeeruvad kromosoomid. DNA ...
olemasolul. Aluselises keskkonnas ühe ahelalise DNA ots keerab ja mängib rolli praimerina, sünteesitakse teist ahelat. Seda pööret lõikab ära S1 nukleaas. Lõpuks on kaheahelaline cDNA. 2. Kui esineb DNA:RNA kompleks, selle kompleksi tunneb ära ensüüm Rnase H, mis lõhustab RNA juppideks. Need juppid mängivad rolli praimeritena, mille abil sünteesitakse teist DNA ahelat, mille teostab DNA polümeraas I. Tekkinud teise ahela juppid liidab omavahel DNA ligaas. 3. Printsiip on sama, kui eelmisel meetodil Rnase H olemasolul, kuid lõppu lisatakse adaptor ja kasutatakse geeni spetsiifilise praimeri (4tk), mis sünteesivad kaks juppe. 17. Kirjelda oligonukleotiidide sünteesi kasutades tahke faasi fosforamiidit. Mis toimub erinevates sünteesi etappides? Millised monomeeride rühmad tuleb kaitsta ja miks? Kuidas ja millal kaitsvad rühmad eemaldatakse? Millises etappis on protsess äärmiselt veetundlik ja miks?
Rekombinantseks DNA-ks nimetatakse DNA molekuli, milles on ühendatud eri liikidelt pärit DNA-fragmendid. Selle metoodika eelduseks oli omakorda restriktsiooniensüümide ehk restriktaaside avastamine bakterites. Restriktsiooniensüümid ehk restriktaasid on omapärased ensüümid, mis lõikavad DNA molekuli kaksikahelast kindlate järjestuste kohalt. Enamik lõikab DNA mõlemat ahelat vastava järjestuse eri otsadest. Ensüüm ligaas toimel ühinevad ahelate otsad ka kovaletsete sidemetega ja rekombinantsed moelkulid ongi moodustunud. Osa geenitenoloogiliste meetodite juures on asendamatuks abivaheniks osutunud pöördtranskriptaas ehk revertaas, mis on ensüüm, mis katalüüsib DNA sünteesi RNA järgi, s.t. RNA kopeerimist DNA-ks. Transgeensed organismid ehk geneetiliselt muundatud organismid (GMO) organismid,
praimereid ; 10 subühikut, kiirus kuni 1 kb/s DNA polümeraasid I, II ja V - osalevad peamiselt vigade parandamisel DNA Polümeraas I lõikab praimerid välja ja täidab lüngad Helikaasid kaksikheeliksi lahtikeeramine DNA güraas e. topoisomeraas lahtikeerdumisest tingitud pingete kompenseerimine, st DNA ahela läbilõikamine ja taas-ühendamine DNA primaas oligonikleotiidsete RNA-praimerite süntees DNA ligaas ühendab Okazaki fragmendid DNA polümeraas I liidab desoksüribonukleosiid-monofosfaadi (dNMP) ühikud praimeri (ssDNA) 3'-otsa. Telomeerid eukarüootsete kromosoomide lõpus paiknevad G-rikkad, 5...8 bp koosnevad korduvjärjestused (inimesel 1-12 tuhat bp). Kaitsevad DNA molekulide lõppe. Selgroogsetel järjestus TTAGGG. Telomeraas on RNA-sõltuv polümeraas (ribonukleoproteiin, toimib kui pöördtranskriptaas), mis pikendab 3'-otsa korduvjärjestuste lisamisega
Selline vea-aldis reparatsioon kõrvaldab uuestisünteesitud ahelas tühikuid. 144. Ektsisioonreparatsioon N-aluste ja nukleotiidide puhul. Ektsisioonreparatsioon - reparatsioonimehhanism, mis kôrvaldab kahjustatud nukleotiidid, asendades nad normaalsetega. Valgusest sôltumatult parandab UV poolt tekitatud dimeerid, sünteesides kahjustamata DNA-lt uue komplementaarse ahela. Tunneb ära, seondub ja lôikab välja. DNA- polümeraas täidab tühikud, DNA ligaas seob otsad kokku. N-alused - DNA glükosülaasid tunnevad ära ebahariliku N-aluse, põhjustavad N-aluse ja 2- desoksüriboosi vahelise glükosiidsidemekatkemise, tekitades apuriin- või apurimidiinsaidi. AP sait tuntakse ära AP endonukleaaside poolt, mis koos fosfodiesteraasidega lõikavad välja suhkrufosfaatgrupid vastavst saidist. Dna polümeraas täidab puuduva nukleotiidi. DNA ligaas muudab ahela intaktseks. Nukleotiidi puhul - Eksonukleaas
Mahajääv ahel (moodustub praimosoom, süntees fragmentidena) Okazaki fragmendid o RNA praimer (sünteesitakse RNA polümeraasiga) o DNA polümeraas III (viib läbi DNA matriitssünteesi) DNA fragmentide ühendamine o DNA polümeraas I (RNA lõigatakse välja ja tühik sünteesitakse täis) o DNA ligaas (ühendab fragmendid ligeerimisel) o o Esineb DNA polümeraas III kaks katalüütilist tsentrit, kus replitseeritakse DNA liiderahel ning mahajääv ahel. o Praimosoom keerab lahti vanem-DNA kaksikheeliksi ja initsieerib sünteesi RNA praimeritega. o Replikatsioonil liigub vanem-DNA läbi replisoomi. o Replikatsioon toimub 5´ → 3´ suunas. Transkriptsioon
NB! miRNA on endogeense päritoluga, s.t., et organism sünteesib seda ise 9. DNA replikatsioon, selle käik, ensüümid, kõik muu. Dna helikaas lõikab ahela kaheks-> single nucleotide ensüümid liituvad ahelaga, hoiavad seda lahus -> polümeraas III ehitab uue ahela 5’-3’-> RNA primase paneb paika primeid lagging strandil 3’-5’-> polümeraas III ehitab sinna vahele uue ahela (Ogazaki fragmendid)-> polümeraas I asendab primerid DNA ahelaga-> DNA ligaas liidab fragmendid kokku DNA struktuurid: Primaarstruktuur- DNA lineaarseks ahelaks liitunud nukleotiidid Sekundaarstruktuur e. DNA biheeliks- kaksikahelaline struktuur, kus DNA ahelaid ühendavad aluspaaride vahelised H – sidemed. 10. Eukarüootse raku mõiste, põhitunnused võrreldes prokarüootse rakuga, põhikomponendid. Eukarüootne rakk- päristuumne rakk on üks kahest peamisest elusorganismidel esinevast
tRNA teine oluline piirkond, 3' ots, paikneb aktseptor-õla otsas. tRNA kolm viimast nukleotiidi on CCA järjestus, mis ribosoomis seondub valguahela peptiidsideme moodustumist katalüüsiva piirkonnaga. tRNA 3' otsa seotakse ka ensüüm aminoatsüül-tRNA ligaasi vahendusel estersidemega vastav aminohape. Olgugi, et paljudele aminohapetele vastab mitu erinevat tRNAd, vastab igale erinevale tRNAle vaid üks konkreetne aminoatsüül-tRNA ligaas. Aminoatsüül-tRNA ligaas tunneb tRNA ära vastavate tRNA identsuse elementide järgi, milleks on kindlad, erinevatele tRNA molekulidele ainuomased nukleotiidid antikoodoni lingus ja aktseptoorses õlas. Valgusünteesi käigus ribosoomis lahutatakse tRNA antikoodoni ja mRNA koodoni paardumisel aminohape tRNAst ja lisatakse valguahelasse. Ribosoomide ehitus ja funktsioon http://et.wikipedia.org/wiki/Rakutuum Ribosoomide ülesanneks on valkude süntees. Ribosoomid moodustuvad tuumakestes
DNA valgud on suured, monotoonsed, keemiliselt stabiilsed. 38.Restriktaasid. DNA molekulide lõikamine ja ühendamine. Restriktaasid lõikavad kindla DNA järjestuse (äratundmiskoht) katki, nii tekivad iseloomulikud otsad. Äratundmis kohad on tavaliselt palindroomsed, pikkusega 4-8 nukleotiidi. Restriktaasid, mis lõikavad erinevaid DNA järjestusi, võivad anda samad otsad (sarnased otsad paarduvad). DNA ligaas sünteesib paadunud otste vahele fosfodiestersideme. 39.Plasmiidid. Plasmiidi on iseseisvad DNA rõngasmolekulid, mis määrvad mitmesuguseid raku omadusi. Plasmiide kasutatakse siis kui nt tahetakse viia mõnd geeni teise organismi või tahetakse toota nt mõnd valku. 40. DNA kloneerimise etapid. 41.DNA sekveneerimine. Järjestuse määramine. Praegu on kasutusel ensümaatiline meetod, kus DNA polümeraas lisab vahetevahel ahela
saamiseks.Geeniravis, ehk geeniteraapias. 3) Teostatakse sünnieelselt ja järgset diagnostikat DNA proovidega. 4) Tuvastatakse isadust, kurjategijat(ü.s. tuvastatakse inimest). Transgeensete organimside loomine põhineb restriktas tehnikal(see on bakterites olev ensüüm, mis lõikab DNA tükkideks). DNA ahelate lõigud on vastavad ehk komplementaarsed. Nende otsad on kleepuvad. Eri päritolu DNA lõigud viiakse lahusesse, kus nad ühinevad põhimõttel AT, GC. Ligaas on ensüüm, mis võimaldab ühendada eri päritolu DNA lõigud. Tulemuseks on rekombinantne DNA. See on DNA konstrukt. Kasutusel on ka pöördtranskriütaas e. revertaas. Ka see on ensüüm, mis sünteesib ühe ahelalise ahela järgi. kahe ahelalise DNA koopia. Transgeene organism on GMO. Kasutatakse baktereid, viirusi, mille üheks põhiomaduseks on tungida peremeesrakkudesse ning pärmseeni, mis toituvad orgaanilisest ainest. Peale paljunevad nad väga kiiresti
DNA topoisomeraasid (muudavad DNA spiralisatsiooni) DNA helikaasid (teevad ahelad lahti) SSB valgud (kaitsevad üksikahelalist DNA-d) Ahelate eristamine Liiderahel (pidev süntees DNA püolümeraas III- abil) Mahajääv ahel (moodustub praimosoom, süntees fragmentidena) Okazaki fragmendid RNA praimer (sünteesitakse RNA polümeraasiga) DNA polümeraas III (viib läbi DNA matriitssünteesi) DNA fragmentide ühendamine DNA polümeraas I (RNA lõigatakse välja ja tühik sünteesitakse täis) DNA ligaas (ühendab fragmendid ligeerimisel) 3. Transkriptsioon RNA nukleotiidne järjestus on määratud geeni ühe DNA ahela järjestusega RNA transkript on DNA-lt maha loetud Algne mRNA on pre-mRNA. Pre-mRNA modifitseerimine (Vt geeni struktruur) mRNA-s on informatsioon polüpeptiidi sünteesiks Transkriptoom 4. Geneetiline kood Geneetilise koodi üldiseloomustus Geneetilise koodi spetsiifilised omadused on alljärgnevad: Tripletne
Juhtivale DNA ahelale sünteesitakse üks RNA praimer aktiivse origini kohta, mahajäävale ahelale sünteesitakse aga mitmeid praimereid, neid nimetatakse avastaja järgi Okazaki fragmentideks. DNA polümeraas pikendab juhtivat ahelat pidevalt, mahajäävat ahelat aga fragmentide kaupa. RNaas eemaldab replikatsiooni initsiatsiooniks kasutatud RNA praimerid, ning teist sorti DNA polümeraas liitub ahelatega, et täita sünteesimata fragmente. Pärast seda liitub DNAga ligaas, mis liidab augud ahelas ning lõpetab sellega replitseeritud DNA molekuli sünteesi. 8. Mis on geen? Geen on DNA järjestuse lõik, funktsionaalne ühik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd, geenis on regulatoorsed järjestused ja kodeeriv ala, kodeeriv ala eukarüootidel koosneb eksonitest ja intronitest. Sisaldab RNA ja valgu sünteesiks vajalikku infot. Organismi kõik geenid annavad kokku genoomi. 9. Mis on plasmiid?
TRANSLATSIOON e valgusüntees, toimub tsütoplasmas, ribosoomides. Aminohapetest sünteesitakse polüpeptiidahel. Protsessi viib läbi ribosoomikompleks, mis koosneb: · 30S subühikust (eukar: 40S) ja 50S subühikust (prokar: 60S); või vastavalt väike ja suur subühik · mRNA (sisaldab geneetilist koodi) · initsiaator-tRNA · initsiatsiooni- või elongatsioonifaktor (oleneb faasist). Protsessis on kolm faasi: initstiatsioon -> elongatsioon -> terminatsioon. Ribosoom läbib selle käigus valgusünteesi ribosoomi tsükli. Vastavalt faasidele toimub: funktsionaalse ribosoomi moodustumine -> aminohapete lisamine peptiidahelasse -> sünteesitud valgu vabastamine ribosoomist. Tegu on kahe-astmelise dekodeerimisprotsessiga: 1. preribosomaalne etapp -> aminoatsüül-tRNA süntees 2. ribosomaalne etapp -> koodon-antikoodon translatsioon ja peptidsideme süntees ribosoomil. Avatud lugemisraam e valkukodeeriv järjestus - nukle...
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
