BAKTERIOFAAGID ssRNA bakteriofaagid Ph. Leviviridae G. Levivirus MS2 G.Allolevivirus Qbeeta dsRNA bakteriofaagid Ph. Cystoviridae phi6 Isomeetrilised ssDNA bakteriofaagid Ph. Microviridae G. Microvirus phiX174 Niidikujulised ssDNA bakteriofaagid Ph. Inoviridae G. Inovirus Ff faagid Lüütilised dsDNA bakteriofaagid Ph. Podoviridae T7 (T7-sarnased faagid) Ph. Myoviridae T4 (T-paaris faagid) Lüsogeensed dsDNA Ph Syphoviridae kolifaag lambda SEENTE, AINURAKSETE JA PUTUKATE VIIRUSED dsRNA genoomiga viirused Ph
toatemperatuuril kipub tahkuma. Oma kollase värvuse on saanud ta antioksüdantidest. 21. Miks DNA eraldamisel kasutati fenool/kloroformi? Fenool sadestab valgud ja lipiidid. Kloroform aitab paremini säilitada piirpinda fenooli ja veefaasi vahel. 22. Miks DNA eraldamisel on vajalik sadestamine? Sadestamine aitab proovi kontsentreerida, 70% EtOh aitab veel soolasid välja pesta (ensüümid ei tööta, kuid DNA lahuses on soolad). 23. Miks kasutati 70% etanooli dsDNA eraldamisel ja 96% etanooli ssDNA eraldamisel? 70% EtOH on piiriks, mil DNA veel ei hakka lahustuma. 96% EtOH + NaAc kasutatakse ssDNA puhul, kus Ac aitab hoida keskkonda happelisemana. DNA on vees lahustuv, kuid 70% EtOH-s mitte. Kangem EtOH ei pese välja soolasid lahusest, kuid 70% teeb seda. 24. Millest sõltub faagi valik üldise transduktsiooni puhul? Faag peab pakkima DNA-d, mis a) pole väga suure tundlikkusega cat saidi suhtes; b) sobiva genoomi suurusega; c) retseptor-antiretseptor seondumine. 25
DNA või RNA molekul Viiruse nukleiinhapet ümbritseb valkate – kapsiid, millel loomaviiruste puhul on ka ümbris (envelope) Viiruse genoom on kas üksikahelaline või kaksikahelaline : dsDNA – bakteriofaagid T4 ja lambda, papilloomiviirus ssDNA – bakterifaag M13, parvoviirused (koinfektsioon adenoviirustega) dsRNA – reoviirused (hingamisteede haigused) ssRNA – gripiviirus, HIV Mõnedel viirustel on genoomiks RNA Tubaka mosaiigiviirus TMV Gripiviiruse genoom koosneb mitmest ssRNA segmendist HIV on retroviirus – tema genoomiks on ssRNA,
Peale DNA replikatsiooni on uus DNA ahel veel metüleerimata, DNA ,,mismatch" reparatsioon MMR korrigeerib DNA järjestust peale replikatsiooni, kõrvaldades valestipaardunudnukleotiide DNA ahelast mida pole veel metüleeritud. Rekombinatsiooniline DNA reparatsioon- see sõltub RecA valgust ning käivitub SOS vastuse tulemusena. RecA valk soodustab DNA ahelate ülekannet, aitab neil paarduda, osaleb DNA ahelate hargnemiskoha migratsioonil. RecA aktiveerub kokkupuutes ssDNA-ga ning viib kontakti rekombineeruvad DNA molekulid.RecA homolooge on leitud ka eukarüootides 77. SOS vastus bakterites. DNA kahjustuste või DNA replikatsiooni inhibeerimise tagajärjel tekib rakkudes SOS vastus. Induktoriteks on UV-kiirgus, alküleerivad ühendid, tümiini vaegus ja ravimid. DNA replikatsiooni blokeerimine kahjustuste kohas toob esile ssDNA, kuna DNA polümeraasi III peatumisel jätkab DNA helikaas DnaB DNA ahelate lahtikeeramist
erinevate ribosoomikomponentide sünteesi. Rakkude kasvukiiruse aeglustumisel väheneb rRNA sünteesi hulk. Kui rakud kasvavad kiiresti, on rakusisene rRNA hulk kõrge ja regulatoorsed R-valgud seonduvad rRNA-ga, kuna nende seondumisafiinsus rRNA-le on kõrgem kui mRNA-le. Kui kogu rRNA on asambleeritud ribosoomidesse, seonduvad regulatoorsed R-valgud mRNA-le ja pärsivad iseenda ja ka teiste sama polütsistroonse mRNA poolt kodeeritud R-valkude sünteesi. Faagi T4 ssDNA-ga seonduva valgu translatsioon T4 valk gp32 on ssDNA-ga valk, mis osaleb faag T4 replikatsioonil. Kui ssDNA on ära seotud, seondub gp32 enda mRNA-le, pärssides sellelt translatsiooni. Seega on gp32 hulk rakus otseselt seotud vaba ssDNA hulgaga. Translatsiooni initsiatsiooni pärssimine antisens-RNA abil micF on iseseisva geeni poolt kodeeritud antisens-RNA, mis paardub endale osaliselt komplementaarse mRNA 5' otsaga. micF RNA on translatsiooniline repressor
a. d'Herelle, et ka baktereid nakatavad viirused - bakteriofaagid, põhjustades bakterirakkude lüüsi. Viriooni ehitus. Viiruspartikkel sisaldab nukleiinhapet, mis kodeerib viirusspetsiifilisi valke. Viiruse geneetiliseks materjaliks on kas DNA või RNA molekul. Eristatakse üksikahelalise (ss -single strand) ja kaksikahelalise (ds - double strand) genoomiga viirusi. dsDNA viirused on näiteks loomaviirustest papilloomiviirus ning bakteriofaagidest T4 ja lambda faag; ssDNA genoomiga on bakteriofaag M13. Reoviiruste (põhjustavad hingamisteede haigusi) genoomiks on dsRNA. ssRNA genoomiga viiruste näiteks võib tuua retroviirused, näit. HTLV, mis põhjustab leukoosi ja HIV, mis põhjustab AIDS-i. Retroviiruste genoomiks on ssRNA molekul. Pärast raku nakatamist retroviirusega sünteesitakse rakus viiruse RNA-le komplementaarse dsDNA. DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse
Enamikus organismides on substraatideks vastavad nukleosiiddifosfaadid (NDP-d) 2'-OH asendamist hüdriidiga katalüüsib ensüüm ribonukleotiidi reduktaas DNA replikatsioon Uute polünukleotiidahelate süntees, st DNA (ema)molekuliga identsete koopiate (tütarmolekulide) süntees. Baseerub lämmastikaluste komplementaarsuse printsiibile. DNA kaksikheeliks (dsDNA) peab lahti keerduma, et tagada DNA-polümeraasile juurdepääs üheahelalisele (ssDNA) templeit- ehk sabloonahelale. DNA replikatsioon on semi- e. poolkonservatiivne (semiconservative), st tütarmolekulis üks ahel pärineb emamolekulist ("vana"), teine on sünteesitud ("uus") kahesuunaline (bidirectional) - sisaldab kahte replikatsioonikahvlit ehk replikatsiooniharki, mis liiguvad vastassuunas poolkatkendlik (semidiscontinuous) üks ahel (nn juhtiv ahel) kopeerub katkematult, mahajääv ahel kopeerub segmentide kaupa
Peale DNA replikatsiooni on uus DNA ahel veel metüleerimata, DNA ,,mismatch" reparatsioon MMR korrigeerib DNA järjestust peale replikatsiooni, kõrvaldades valestipaardunudnukleotiide DNA ahelast mida pole veel metüleeritud. Rekombinatsiooniline DNA reparatsioon- see sõltub RecA valgust ning käivitub SOS vastuse tulemusena. RecA valk soodustab DNA ahelate ülekannet, aitab neil paarduda, osaleb DNA ahelate hargnemiskoha migratsioonil. RecA aktiverub kokkupuutes ssDNA-ga ning viib kontakti rekombineeruvad DNA molekulid.RecA homolooge on leitud ka eukarüootides. 77)SOS vastus bakterites. Bakteris E.Coli põhjustab SOS mutageneesi vigaderohke DNA polümeraas V, mis jätkab kahjustuse kohal peatunud DNA polümeraasi III asemel vigederohket DNA sünteesi. 78)Ristsiirde toimumise mehhanism Holliday mudeli põhjal. *mõlemal homoloogilisel kromosoomil tekivad üksikahelalised katked *ssDNA ahel eraldub algsest DNA molekulist
bakterirakust teise ning konjugatsiooniks on vajalik bakterite omavaheline kontakt. Nähtuse avastasid Joshua Lederberg ja Edward Tatum 1946. aastal, kui nad segasid kokku Escherichia coli K12 isolaate ning tõdesid fenotüübiliselt vahepealsete bakterite teket, millel oli sarnaseid geneetilisi jooni mõlema vanemtüvega. Sellest järeldati, et vanemtüved on vahetanud DNA-d. Konjugatsiooni käigus võib üle kanduda nii üheahelaline DNA (ssDNA) kui ka kaheahelaline DNA (dsDNA). Mõlemal juhul on konjugatsiooniks vajalikud geenid lokaliseerunud peamiselt plasmiididesse või integreerunud kromosoomi ICE-dena (integrative conjugative elements). Põhjalikult on uuritud Proteobacteria ja Firmicutes ssDNA konjugatsiooni, eriti Agrobacterium tumefaciens'i Ti-plasmiidi tüüp 4 sekretsioonisüsteemi (T4SS type IV secretion system), mis vastutab DNA ülekande eest.
vertikaalselt munade kaudu). GSV replikatsioon aktiveerub putuka hormoonide toimel. Kõige enam on nudiviiruste hulgast uuritud Hz-1 molekulaarbioloogiat. Hz-1 genoom on ca 228 kbp pikkune tsirkulaarne DNA ja see viirus tekitab peamiselt persistentset ja latentset infektsiooni, mida iseloomustab viiruse DNA stabiilne integreerumine peremeesraku kromosoomi. Vetikate viirused Vetikaid nakatavad väga mitmed erinevad viirused, sh. ssRNA, dsRNA, ssDNA ja dsDNA genoomiga viirused. Enim on uuritud suured dsDNA genoomiga viirused. Need viirused kuuluvad sugukonda Phycodnaviridae ja jagunevad mitmesse perekonda: - Chlorovirus (Paramecium bursaria chlorella virus 1 – PBCV1) - Coccolithovirus (Emiliania huxleyi virus 86 – EhV-86) - Prasinovirus (Micromonas pusilla virus SP1 – MpV-SP1) - Prymnesiovirus (Chrysochromulina brevifilum virus PW1, CbV-PW1)
kahjustuse kohal peatunud DNA polümeraasi III asemel vigaderohket DNA sünteesi. See mehhanism käivitub ebasoodsates oludes. Vigaderohke DNA sünteesi tõttu toimub palju mutatsioone, millest osad võivad osutuda kasulikeks antud rasketes oludes. 78. Ristsiirde toimumise mehhanism Holliday mudeli põhjal. Selle mehhanismi alusel tekivad esmalt üksikahelalised DNA katked mõlemal homoloogilisel kromosoomil. Seejärel toimub ssDNA ahelate eraldumine algsest DNA molekulist ja ühest kromosoomist eraldunud ahela ülekanne temaga homoloogilise kromosoomi komplementaarsele ahelale. Toimub üksikahelate assimilatsioon, mille käigus ühest homoloogilisest kromosoomist pärit üksikahel vahetab välja talle homoloogilise ahela teises homoloogilises kromosoomis. 79. Komplementatsioonitesti rakendus, selle erinevus rekombinatsioonitestist.
äädikakärbsel, pärmil, inimesel. Parandusensüümid jagatakse nelja suurde gruppi: 1. Kahjustuse tagasimuutmine (damage reversal) 2. Väljalõike parandamine (excision repair) 3. Kaksikahela katkemise parandamine (mittehomoloogiline otste ühendmaine ja homoloogiline rekombinatsioon- homoloogse kromosoomi järjestusel) 4. Replikatsioonijärgne parandamine paranduspolümeraasid. Homoloogise DNA abil parandamine. RecA valk seostub ssDNA ja sunnib seda rekombineeruma teise ahelaga. DNa polümeraas sünteesib õige ja ligaas kleebib. Replikatsioonijärgne parandamine on osa raku SOS vastusest: üheahelalise DNA olemasolul seostub RecA valk LexA valguga ning sellega kaasneb stressivalkude süntees ,kindel promootorite järjestus, mida nim. SOS-box. Normaalselt on LexA sinna seostunud ja valke ei transkribeerita. 14. DNA rekombinatsioon
kõrvaldamine DNA ahelast. UvrABC väljalõike-nukleaas kõrvaldab DNA ahelast DNA kahjustuse, mis on tekkinud UV-kiirguse tagajärjel 4. Rekombinatsiooniline reparatsioon: rekombinantne reparatsioon DNA katkete puhul. 77. SOS vastus bakterites. DNA kahjustuste või DNA replikatsiooni inhibeerimise tagajärjel tekib rakkudes SOS vastus. Induktoriteks on UV-kiirgus, alküleerivad ühendid, tümiini vaegus ja ravimid. DNA replikatsiooni blokeerimine kahjustuste kohas toob esile ssDNA, kuna DNA polümeraasi III peatumisel jätkab DNA helikaas DnaB DNA ahelate lahtikeeramist. ssDNA aktiveerib RecA valgu, moodustub nukleoproteiinne filament. SOS vastusena käivitub DNA reparatsioon (rekombinatsiooniline reparatsioon) ja SOS mutagenees. Bakteris E. coli põhjustab SOS mutageneesi vigaderohke DNA polümeraas V, mis jätkab kahjustuse kohal peatunud DNA polümeraasi III asemel vigaderohket DNA sünteesi. 78. Ristsiirde toimumise mehhanism Holliday mudeli põhjal.
Nukleotiidide kõrvaldamine DNA ahelast. DNA reparatsioon MMR korrigeerib DNA järjestust peale replikatsiooni, kõrvaldades valesti paardunud nukleotiide DNA ahelast, mida pole veel metüleeritud. Rekombinatsiooniline DNA reparatsioon sõltub RecA valgust ja käivitub SOS- vastuse tulemusena. 76. SOS vastus bakterites. Üksikahelalise DNA teke aktiveerib RecA valgu moodustub RecA-ssDNA nukleoproteiinne filament. Aktiivne RecA stimuleerib transkriptsiooni negatiivse regluaatori LexA protelüüsi, mis inaktiveerib LexA. Transkriptsioonitase suureneb oluliselt geenidelt, mis kodeerivad osasid DNA reparatsioonil ja DNA sünteesil osalevaid ensüüme. 77. Ristsiirde toimumise mehhanism Holliday mudeli põhjal. Homoloogiliste kromosoomide vahel toimuva rekombinatsiooni käigus moodustub
valestipaardunud nukleotiide sellest DNA ahelast, mida pole jõutud veel metüleerida), rekombinatsiooniline reparatsioon (see on RecA valgust sõltub ning käivitub rakus SOS vastuse tulemusena. DNA replikatsioonikahvel peatub, kui DNA ahelas on kas DNA kahjustus, üksikahelaline või kaksikahelaline katke). 77. SOS vastus bakterites. Üksikahelalise DNA teke aktiveerib RecA valgu – moodustub RecA-ssDNA nukleoproteiinne filament. Aktiivne RecA stimuleerib transkriptsiooni negatiivse regulaatori LexA proteolüüsi, mis inaktiveerib LexA. Transkriptsioonitase suureneb oluliselt geenidelt, mis kodeerivad osasid DNA reparatsioonil ja DNA sünteesil osalevaid ensüüme. SOS vastusena käivitub reparatsioon ja SOS mutagenees 78. Ristsiirde toimumise mehhanism Holliday mudeli põhjal. DNA ahelatesse tehakse
kompleks translokeerub hemimetüleeritud GATC saidiga seondunud endonukleaasi MutH juurde, stimuleerides MutH endonukleaasset aktiivsust. MutH lõikab fosfodiestersidet ajutiselt metüleerimata DNA ahelast. MutH poolne lõige võib toimuda kahjustusest kas 5´- või 3´-suunas, mis võib olla kahjustatud kohast kuni 1000 nt kaugusel. Seejärel toimub valestipaardunud nukleotiidi sisaldava regiooni kõrvaldamine eksonukleaaside toimel. DNA ahelate lahtikeeramisel osaleb helikaas UvrD. ssDNA-le sünteesib komplementaarse DNA ahela DNA polümeraas III kompleks. MutS ja MutL homolooge on leitud ka eukarüootsetes rakkudes. MutS homoloogide defektsus võib neis rakkudes põhjustada vähi teket (näit. soolevähki). Rekombinatsiooniline DNA reparatsioon Rekombinatsiooniline DNA reparatsioon on RecA valgust sõltuv ning käivitub rakus SOS vastuse tulemusena (sellest tuleb täpsemalt juttu allpool). DNA replikatsioonikahvel peatub, kui DNA ahelas on kas
kompleks translokeerub hemimetüleeritud GATC saidiga seondunud endonukleaasi MutH juurde, stimuleerides MutH endonukleaasset aktiivsust. MutH lõikab fosfodiestersidet ajutiselt metüleerimata DNA ahelast. MutH poolne lõige võib toimuda kahjustusest kas 5´- või 3´-suunas, mis võib olla kahjustatud kohast kuni 1000 nt kaugusel. Seejärel toimub valestipaardunud nukleotiidi sisaldava regiooni kõrvaldamine eksonukleaaside toimel. DNA ahelate lahtikeeramisel osaleb helikaas UvrD. ssDNA-le sünteesib komplementaarse DNA ahela DNA polümeraas III kompleks. MutS ja MutL homolooge on leitud ka eukarüootsetes rakkudes. MutS homoloogide defektsus võib neis rakkudes põhjustada vähi teket (näit. soolevähki). Rekombinatsiooniline DNA reparatsioon Rekombinatsiooniline DNA reparatsioon on RecA valgust sõltuv ning käivitub rakus SOS vastuse tulemusena (sellest tuleb täpsemalt juttu allpool). DNA replikatsioonikahvel peatub, kui DNA ahelas on kas
· Lämmastikaluse kõrvaldamine mida viivad läbi glükosülaasid · Nukleotiidide kõrvaldamine DNA ahelast väljalõike-nukleaas kõrvaldab DNA ahelast kahjustunud DNA lõigu ning asemele sünteesitakse uus · Mismatch reparatsioon kõrvaldab DNA valepaardumist · DNA katkeid parandav reparatsioon toimub homoloogilise rekombinatsiooni abil. 77. SOS vastus bakterites. · Üksikahelalise DNA teke aktiveerib RecA valgu moodustub RecA-ssDNA nukleoproteiinne filament. Aktiivne RecA stimuleerib transkriptsiooni negatiivse regulaatori LexA proteolüüsi, mis inaktiveerib LexA. Transkriptsioonitase suureneb oluliselt geenidelt, mis kodeerivad osasid DNA reparatsioonil ja DNA sünteesil osalevaid ensüüme 78. Ristsiirde toimumise mehhanism Holliday mudeli põhjal. · DNA ahelatesse tehakse katked ja DNA ahela ots ühest kromosoomist liidetakse teise
RssB-ga koos nt lagundatakse sigma faktor, statsionaarses faasis ei seo RssB enam sigma faktorit. Regulatsioon proteolüüsiga. LexA repressori autoproteolüütiline inaktivatsioon DNA kahjustuste tulemusena (näiteks UV kiirguse toimel) vallandub rakkudes SOS vastus. Aktiveeruvad geenid, mis olid inaktiveeritud LexA repressori kaudu. LexA inaktivatsioon toimub autokatalüüütiliselt Gly-Ala sideme degradeerimise kaudu. LexA proteolüütiline aktiivsus avaldub ssDNA-ga assotsieerunud RecA. Proteolüüsil kulutatakse ATP energiat. RecA on allosteeriline aktivaator ka faag lambda CI valgu ja UmuD autoproteaassele aktiivsusele. CI proteolüüs viib profaagi induktsioonile, UmuD lõikus aga aktiveerib UmuD valgu. 13. Võrrelge primaarseid ja sekundaarseid transportsüsteeme. Miks võib bakteril ühe ja sama komponendi transportimiseks läbi membraani olla välja kujunenud mitu erinevat transportsüsteemi?
päristuumsetel tuumas, tsütoplasmas, on seotud kas RNA mitokondrites, kloroplastid päristuumsetel tuumas, molekuliga või mitokondrites, seotud erinevatele kloroplastides struktuuridele Eeldused 1.) info kandjana ssDNA 1.) lõik DNA-st ssDNA 1.) vajalik kõigi kogu molekui ulatuses, mis kujul (mitte kogu kolme RNA vormi moodustub etapiviisiliselt; molekul), olemasolu 2.) vajalikud on kõik 4 tüüpi transkribeeritakse vaid 2.) vajalik kõigi põhi nukleotiide; ühte ahelat; aminohapete 3.) on vaja energiat (ATP); 2.) on vaja kõiki RNA olemasolu;
neerupäsmakeses immuunkomplekside olemasolu, lokalisatsioon ja koostis (Ak isotüüp); kaudset immunoflorestsentsmeetodit: määratakse järgnevaid autoantikehi – ANA e tuumavastased antikehad; SMA e anti-smooth muscle cell antibodies; nii ANA kui ka SMA võib leida ka tervetel inimestel, seetõttu nende leid ei viita veel väga kindlale haigusele. ELISA: antigeenidena kasutatakse nt ssDNA-d - SEL puhul on spetsiifilisus >90%, reumatoidartriidi puhul 40%; kardiolipiini – SEL puhul spets. 40% Skriining poolkvantitatiivse latekstestiga - määratakse reumatoidfaktorit (fS-RF) – see on oma olemuselt heterogeenne autoantikehade grupp, mis tekib IgG-molekuli Fc-fragmendi vastu. Need autoantikehad võivad kuuluda nii IgG, IgM, kui ka IgA klassi, kuid peamine immuunglobuliinide klass, millest moodustub veres tsirkuleeriv reumatoidfaktor, on IgM klass. Reumatoidfaktor toodetakse
annaabi.ee 
