Biokeemia eksami variandid

Q: Mida nimetatakse ensüümi aktiivtsentriks?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

Q: Milline on nende roll prokarüootsete eukarüootsetes rakkudes?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

Q: Mis tüüpi keemilised reaktsioonid domineerivad a katabolismis b anabolismis?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

Q: Mis leiab aset raku organell?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

Q: Millised fotosünteesi faase eristatakse?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

Q: Mida selle raja oksüdeerivates reaktsioonides toodetakse?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

Q: Mida praimerid endast kujutavad?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

Q: Millises neist osalevad ribosüümid ja mida nad endast kujutavad?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

Q: Mis on nukleotiid?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

Q: Mille järgi ja kuidas vitamiine klassifitseeritakse?

Vastus leiad õppematerjalist: Biokeemia eksami variandid

A., Kiks

Biokeemia eksami variandid (0)

Tallinna Tehnikaülikool - Keemia - Biokeemia

5 VÄGA HEA

Varia - Need luuletused on nii erilised, et neid ei saa kuidagi kategoriseerida

Esitatud küsimused

Mida nimetatakse ensüümi aktiivtsentriks?
Milline on nende roll prokarüootsete eukarüootsetes rakkudes?
Mis tüüpi keemilised reaktsioonid domineerivad a katabolismis b anabolismis?
Mis leiab aset raku organell?
Millised fotosünteesi faase eristatakse?
Mida selle raja oksüdeerivates reaktsioonides toodetakse?
Mida praimerid endast kujutavad?
Millises neist osalevad ribosüümid ja mida nad endast kujutavad?
Mis on nukleotiid?
Mille järgi ja kuidas vitamiine klassifitseeritakse?
Kus jätkub selle ühendi tranformatsioon aeroobsetes tingimustes ja mis ühend tekib?
Kus TCA tsükkel aset leiab?
Millised elektronide transpordisüsteemi puudutavad näited vastavad tõele?
Milline produkt tekib?
Milliseid rasvhappeid ja miks loetakse inimese jaoks asendamatuteks?
Millisesse vormi lämmastiku viivad?
Millises vormis olevat N omastavad loomad?
Mis ühendavad eksonid?

EKSAMI VARIANDID
I VARIANT

Iseloomustage DNA ahela ehitust – millistest komponentidest ahel koosneb, millised kovalentsed sidemed on komponentide vahel ja millised sidemed on ahela ehituslikuks aluseks
DNA koosneb kahest nukleiinhappe ahelast moodustades kaksikspiraal, milles suhkur- fosfaat selgroog on väljaspool ja lämmastikalused asuvad heeliksi sisemuses. Lämmastikalused paarduvad omavahel vesinisidemete abil. Paarid moodustuvad puriinide ja pürimidiinide vahel.
Nukleiinhappe ahela ehituslikuks aluseks on 3´5´-fosfordiesterside.

Kirjutage ensüümireaktsiooni algkiiruse võrrand (Michaelis-Menten’I võrrand) ja iseloomustage selles olevaid tegureid. Arvutage, millega võrdub suhe v/ Vmax , kui substraadi kontsentratsion ületab 8-kordselt Km väärtust.
v= Kui [S] = Km, siis v = Vmax/ 2.

Vmax = k2 [ET], (M s-1) 
Km= , (M)

Vmax on ensüümi iseloomustav konstant
Vmax on teoreetiline maksimaalne reaktsioonikiirus, millist reaktsioon mitte kunagi ei saavuta
Vmax saavutamiseks peaksid kõik ensüümi molekulid olema seotud substraadiga, st [ES] = [ET].
Km on konstant, mis avaldatav ES kompleksi moodustamise ja lagunemise kiiruskonstantide kaudu.
Kmon substraadi kontsentratsioon, mille juures v0 = ½ Vmax
Km arvväärtus on ES kompleksi tugevuse väljendaja.

• Kui [S] on madal, siis kiiruse võrrand on S suhtes 1. järku
• Kui [S] on kõrge, siis kiiruse võrrand on S suhtes 0-järku
• Michaelis-Menten võrrand kirjeldab hüperboolset sõltuvust v ja [S] vahel.

Mida nimetatakse ensüümi aktiivtsentriks? Kirjeldage, mis on ensüümi aktiivtsentri ja regulatoorse tsentri puhul sarnast, mis erinevat.
Aktiivtsenter on ensüümi pinnaala, millega seostub substraat . Aktiivtsentris paiknevad aminohappejääkide katalüütilised rühmad, mis seovad endaga substraadi. Aktiivtsentril on kaks põhilist rolli:

Siduv roll - seob endaga substraadi
Katalüütiline roll - muudab substraadi produktiks, tänu millele toimub aktivatsioonienergia alandamine

Paljud metabolismi võtmeensüümid omavad peale aktiivtsentri ka allosteerilist ehk regulatoorset tsentrit:

Allosteeriline tsenter on ensüümmolekuli pinnaosa, millega seostub regulaator
Regulaatoriteks on ioonid ja madalmolekulaarsed ühendid
Paljud ravimid on allosteerilised efektorid
Allosteeriline inhibitsioon on pöörduv

Aktiivtsenter - seal leiab aset reaktsioon.
Osadel ensüümidel on olemas regulatoorne tsenter - reguleerib ensüümi aktiivsust.
*Regulatoorne võimsus on vaid ahela esimestel nn. võtmeensüümidel.

Iseloomustage mikrotuubuleid järgmistest aspektidest: a) millest nad koosnevad b) milliste rakustruktuuride põhikomponendiks nad on c) mida tähendab mikrotuubulite ---rsus? d) milline on nende roll prokarüootsete / eukarüootsetes rakkudes?
Mikrotuubul - päristuumses rakus esinev valguline toruke, mis kuulub mõnede organellide koostisesse. Monomeeriks on tubuliin, mis on samuti globulaarne valk. Mikrotuubulid on olulised rakkude jagunemisel, sest need moodustavad enamiku kääviniidistikust.

Esitage katabolismi ja anabolismi energeetilist vahekorda kujutav skeem. Iseloomustage, mis tüüpi keemilised reaktsioonid domineerivad a) katabolismis b) anabolismis?
Organismi ainevahetuses kulgeb samaaegselt kaks, olemuselt vastandlikku kuid omaevahel tihedalt seotud protsessi: katabolism ja anabolism .
Ühe produktid on teise lähteaineteks. Normaalselt on katabolism ja anabolism dünaamilises tasakaalus.
Katabolism:

Energiat sisaldavate ühendite keemline lammutamine
Katabolismi käigus tekitb keemiline energia ning lihtsad molekulid, mis on rakustruktuuride ja komponentide ehituse aluseks.
Lihtsad molekulid saadakse toidu biomolekulide lagundamisel.

Katabolismi mõningane ülekaal esineb kestva füüsilise pingutuse olukorras.
Haiguslikud seisundid , mille puhul katabolism ületab anabolismi, on kilpnäärme ületalitlus, palavik , nälgimine.
Anabolism

Biomolekulide süntees
Lähteainetena kasutatakse katabolismil saadud lihtsaid molekule – monomeere
Olemas mõningad universaalsed monomeerid (nt a.h, mis on lähteaineteks hormoonide, ensüümide ehitamisel).

Anabolismi normaalne ülekaal esineb sünnitusjärgselt. Patoloogilise anabolismi tunnused on rasvumus, gigantism .
Katabolism ehk dissimilatsioon ehk lagundav ainevahetus
on organismis toimuv keemiline protsess, milles keerulisematest ainetest tekivad lihtsamad ja milles vabaneb energiat.
Katabolism on polümeeride biolagundamine ensüümide toimel monomeerideni (näiteks tselluloos glükoosini) või lihtsate orgaaniliste aineteni (glükoosi lagundamine CO2 ja H2O-ni).
Anabolism ehk assimilatsioon on organismis asetleidvate ainevahetuslike protsesside kogum, kus lihtsamatest keemilistest ühenditest sünteesitakse keerulisemad ühendid. Protsessi käigus vajatakse energiat ja ainet.
Anabolismi vastandprotsess on katabolism. Katabolismi käigus lõhustatakse suured molekulid väiksemateks osadeks ja neid omakorda kasutatakse hingamisel.
Paljusid anaboolseid protsesse varustab energiaga ATP.
Laias laastus võib öelda, et anaboolsete protsesside käigus moodustuvad rakkude diferentseerumise ja suurenemise tõttu koed ja organid , ning mis omakorda viib ka organismi kehamõõtmete suurenemisele.
Anaboolsetest protsessidest on ökoloogilist aspekti rõhutades tähtsaim fotosüntees.

Kirjeldage püruvaadi ( struktuurivalem ?) transformatsiooni radu anaeroobses keskkonnas ( millistes rakkudes toimuvad, millised on lõpp-produktid.) Otsustage ja põhjendage, kas neis protsesside püruvaat oksüdeerub või redutseerub.
Anaeroobse glükolüüsi viimaseks etapiks on püruvaadi muutmine laktaadi dehüdrogenaasi vahendusel laktaadiks.
Toimub lihaskoe rakkudes.
Püruvaat redutseerub.

TCA tsükkel on aeroobne /anaeroobne (?) reaktsiooniahel , mis leiab aset raku ( organell ? kompartment ?) mitokondri maatriksis ja mille ülesandeks rakus on vabastada suur osa eluks vajalikku energiat ja on mitmete oluliste anabolismireaktsioonide eelduseks .

Selgitage:

milliseid protsesse tähistab termin oksüdatiivne fosforüleerimine
üks olulisimaid biokeemilisi protsesse, mis võimaldab enamikul biosfääri organismidel biosünteesida orgaanilistest ainetest vabanenud vaba energia arvelt ADP-st ja ortofosforhappest ATP.

kus need protsessid aset leiavad
mitokondri membraanis

mis on ATP süntaas ja milline on tema roll
ATP-d sünteesivat ensüümi nimetatakse ATP süntaasiks ja see koosneb membraanis olevast kompleksist Fo ning membraanist väljaulatuvast kompleksist F1.
Kasutab vesinikioonide gradienti, et teha ATP’d.

milline on prootonigradiendi roll protsessis – kuidas formeerub, milleks ta on vajalik.
Mitokondrite ja kloroplastide organiseeritus ning nende ATP tekitamise mehanism on sarnane. See baseerub elektrokeemilisele prootoni gradiendi tekitamisele läbi membraani, mis käivitab ATP süntetaasi kompleksi. (prootonite (H+) tagasiliikumine piki gradienti omakorda käivitab ATP-süntetaasi kompleksi.)

Millised fotosünteesi faase eristatakse? Kus nad aset leiavad, mis on nende roll ja mida neis produtseeritakse?
Taimedes kulgeb fotosüntees kloroplastide tülakoidmembraanides.
Faasid :

Valgusreaktsioonidesopüüavad fotosünteesivad rakud päikese valgusenergiat ja muundavad selle keemiliste sidemete energiaks NADPH kui redutseeija ja ATP kui energiakandja vormis, kusjuures eraldub hapnik.
Pimereaktsioonides ehk süsiniku- fikseerimise reaktsioonides kasutatakse NADPH kui redutseerijat ja ATP hüdrolüüsi energiat endergoonilisteks protsessideks heksoossuhkrute jt orgaaniliste molekulide sünteesil CO2–st.
Valgusreaktsioonid on seotud tülakoidmembraanidega, pimereaktsioonid aga ‘stroomaga.

Millistes imetajate kudedes on glükoosi katabolismi pentoosfosfaatne rada aktiivne ja mida selle raja oksüdeerivates reaktsioonides toodetakse? Milleks tekkivaid ühendeid kasutatakse?
Toimub maksa ja adipooskoe rakkude tsütoplasmas. (Puudub lihaskoe rakkudes, kus glpkoos-6-fosfaadist toodetakse energiat läbi glükoosi ja TCA tsükli).
Algab glükoos-6-fosfaadist ja koosneb 8 etapist: kaks oksüdatiivset protsessi ja see järel 5 mitte üksodatiivset protsessi. (4 ensüümi).
Varustab biosünteesi protsesse NADPH-ga kui redutseerijaga.
Produtseerib riboos -5-fosfaati nukleiinhapete sünteesiks.

Selgitage:

mis on rasvhapete sünteesi lähteained
• Atsetüül-KoA
CH3CO ~SkoA - süsinikuallikad
• HC03-(C02)
• NADPH+H+ - redutseerija
• ATP - energiakandja
• Rasvhapete süntaas - multiensüümkompleks
Rasvhapete süntaas koosneb kuuest erinevast ensüümvalgust ja ACP-st (bakteritel ja taimedel) või ühest suurest multifunktsionaalsest valgust (selgroogsetel), mis omab seitset erinevat ensüümaktiivsust; sisaldab kahte -SH rühma, mis seovad makroergilise tioestersidemega rasvhapete atsüüle.
ACP ehk ACP-SH (acyl carrier protein ) - atsüülikandev valk; väikese molekulmassiga valk, mis toimib kui sünteesi vaheühendite kandja.

Rasvhapete süntees toimub tsütoplasmas
Rasvhapete degradatsioon toimub mitokondris
Atsüüli kandja valk (ACP) on sünteesil kasutusel kui atsüülrühma kandja
Süntees toimub multiensüümsel kompleksil – rasvhappe süntaasil
Degradatsioonil osalevad kofaktorid NADH ja FADH2
Sünteesil osaleb kofaktor NADPH

millise ensüümikompleksi toimel süntees kulgeb
Süntees toimub multiensüümsel kompleksil – rasvhappe süntaasil

milline keskse tähtsusega rasvhape on sünteesi lõpp-produktiks (struktuur)
Ac-CoA ??

mille poolest erinevad rasvhapete β-oksüdatsioon ja süntees (vähemalt 3 aspekti)
B-oksüdatsioon:

b-oksüdatsiooni raja reaktsioonid toimuvad mitokondris, kuhu aktiveeritud rasvhape transporditakse
b-oksüdatsiooni rada on 4 etapiline korduv protsess
Iga tsükli jooksul eemaldatakse 2 süsinikku rasvhappe jäägi koosseisust
Iga tsükli tulemusena tekib AcCoA
AcCoA siseneb seejärel tsitraaditsüklisse, mille abil toimub energia produtseerimine.

Süntees:

Rasvhapete sünteesiks vajalik AcCoA tuleb transportida tsütosooli mitokondritest
Tsitraadi transpordi süsteemi tulemusena kulub lisaks 2 ATP ekvivalenti ja üks NADH, tekib 1 NADPH
ACP derivaadid saadakse CoA derivaatidest transatsülaaside toimel
Malonüül-CoA tekib AcCoA-st karboksüleerimisel ( Biotiin , ATP!)

Rasvhapete β-oksüdatsioon toimub mitokondrite maatriksis. β-oksüdatsiooniks on vajalik rasvhappe aktiveerimine, mis toimub mitokondrite välismembraanis (rasvhappe molekulile lisatakse CoA molekul , mille tulemusel tekib atsüül-CoA).
Atsüül-CoA transporditakse mitokondrite maatrikssise karnitiini abil. Mitokondrite maatriksis algab β-oksüdatsioon.
Rasvhapete kataboliseerimine b-oksüdatsioonil toimub:

Maksas
Südames
lihastes

Selgitage DNA polümeraaside rolli replikatsiooniprotsessis. Miks vajavad DNA polümeraasid toimimiseks praimereid ja mida praimerid endast kujutavad?
DNA-polümeraas sünteesib mõlema DNA ahelaga komplementaarsed uued DNA ahelda, peale seda kui helikaas on DNA kaksikahel lahti keeranud.
DNA primaas sünteesib replikatsiooni alguskohale praimeri. DNA polümeraas jätkab praimeri lõpust edasi, liites praimeri 3’-OH otsa järgmise nukleotiidi, selle vabasse otsa järgmise jnejne.

Loetlege ja kirjeldage eukarüootse mRNA transkriptsioonijärgse modifitseerimise käigus toimivaid protsesse. Millises neist osalevad ribosüümid ja mida nad endast kujutavad?
Prokarüootides mRNAd ei modifitseerita – translatsioon järgneb vahetult transkriptsioonile.
Eukarüootides on protsessid teineteisest isoleeritud – transkriptsioon tuumas ja translatsioon tsütoplasma.
mRNA primaarne transkript ( heterogeenne tuuma RNA) modifitseeritakse küpseks mRNA-ks tuumas enne suunamist tüstoplasmasse.

Iseloomustage hormoonide retseporeid järgmistest aspektidest:
a) keemiline koostis ja struktuur

Steroidid – sünteesitud kolesteroolist; reguleerivad metaboolseid protsesse, soolade/vee tasakalu , põletikuprotsesse, seksuaalfunktsiooni

• Aminohapete derivaadid - epinefriin , jt.- reguleerivad silelihase kontraktsioone, vererõhku, südametegevust, lipolüüsi, glükogeeni fosforolüüsi
• Peptiidid ( insuliin ) reguleerivad mitmeid funktsioone kudedes, kaasaarvatud teiste hormoonide vabanemine
• Eikosanoidid (prostaglandiinid, tromboksaanid, leukotrieenid) – rakuhormoonid, oluline regulatoorne roll kudede homöostaasis ning põletiku ja vähkkasvajate tekkes .
c) toimimise põhimõtted. (toimimise ja toimekoha järgi).

Endokriinne – endokriinnäärme rakud sünteesivad hormooni ja  sekreteerivad selle verre, kus transporditakse sihtmärk-rakuni.
Parakriinne – hormoon sünteesitakse rakkudes ning toimib naaberraku retseptoritele
Autokriinne - hormoon sünteesitakse rakkudes ning toimib sama raku retseptoritele
Neurokriinne -hormoon ( neurotransmitter ) sünteesitakse närvirakus ning toimib naaberraku retseptoritele
Neuroendokriinne – hormoon sünteesitakse närvilõpmetes ja sekreteeritakse ekstratsellulaarsesse ruumi, kust vere vahendusel transporditakse sihtmärk-rakuni

II VARIANT
1.Selgitage mõistet "biopolümeerid". Valige alltoodud molekulidest välja biopolümeerid ja märkige, millest nad koosnevad.
a) tärklis - taimedes olev polüsahhariid. Tärklise üldvalem on (C6H10O5)n. Tärklis on puhtal kujul vees lahustumatu , lõhnatu ja maitsetu valge pulber .
Tärklis on taimede glükoosivaru. Ta koosneb kahest glükoosi polümeerist: amüloosist ja amülopektiinist (enamasti on nende suhe 20:80 või 30:70).
b) invertaas – ensüüm, mis kuulub glükosiidsideme hüdrolaaside hulka, mis katalüüsivad O-glükosiidsidemete hüdrolüüsi. Süstemaatilise nimetusega β-D- fruktofuranosiid fruktohüdrolaas e β-fruktofuranosidaas. Invertaasi produtseerivad pärmid, hallitusseened, paljud taimed ja ka mesilased . On oluline seedeensüüm.
c) RNA - biopolümeer, mille monomeerideks on ribonukleotiidid .
Ribonukleotiidid on kolmeosalised: nad on moodustatud lämmastikaluse, riboosi ja fosfaatrühma liitmisel.
d) müoglobiin – tegu on valguga. Valgud ehk proteiinid on biopolümeerid, mille monomeerideks on aminohappejäägid. Tegu on väikese molekulmassiga heemi sisaldav valk.
e) uurea – e karbamiid e kusiaine on orgaaniline ühend süsinikust, lämmastikust, hapnikust ja vesinikust, keemilise valemiga CON2H4 või (NH2)2CO. Normaaltingimustel valge, lõhnatu, tahke, vees hästi lahustuv aine.
f) GTP – on nukleotiid . (e nukleiinhappe monomeer ). Tegu on makroenergilise ühendiga.
Biopolümeerid on elusorganismides tekkivad polümeerid, nagu polüsahhariidid (tselluloos, tärklis).
Makromolekul – kovalentsete sidemete abil lihtsatest molekulidest konstrueeritud biomolekul . Kui subühikuks on sama tüüpi monomeerid ( aminohapped , nukleotiidid , lihtsuhkrud ) on tegu biopolümeeridega.
2.Kirjeldage, millistel tingimustel saab vesinikside formeeruda. Otsustage, milliste alltoodud ühenditega võivad vee molekulid seostuda vesiniksidemetega ja näidake, kuidas see toimub
a. CH3COOH – ( etaanhape ) is capable of both donating and accepting hydrogen bonds, since it contains hydroxyl groups. CH3COOH has a strong hydrogen bonding, since it contains the strongly polar C=O carbonyl group as well.
b. CH3(CH2)4CH3 – (heksaan) ei moodusta vesiniksidemeid. Tegu on orgaanilise lahusega, puudub N, O ja F rühm, millega vesinik saaks ühineda.
c. H2N-CO-NH2 – (uurea) on võimeline moodustama vesiniksidemeid, sisaldab nii O ja N rühmi.
Vesinikside on täiendav keemiline side, mille moodustab ühe molekuli negatiivse osalaenguga elektronegatiivse elemendi (F, O, N) aatom teise molekuli positiivse osalaenguga vesinikuaatomiga.
Klassikalises mõttes on vesinikside suuremas osas elektrostaatiline vastasmõju teatud kovalentsuse osakaaluga.
Vesinikside tekib prootoni doonori X-H ja prootoni aktseptori Y vahele: X-H···Y.
The 2 conditions given for hydrogen bonding are:
1) A hydrogen atom must be covalently bonded to O, N or F atom. I can understand this part , as O, N and F are highly electronegative and will leave the H with a positive dipole (more or less a H+ ion).
2) The other condition is that the atom with a lone pair which the H is hydrogen-bonded to must be O, N or F.
3.Kirjeldage erinevusi taime- ja loomarakkude vahel.
4.Kirjutage Henderson-Hasselbach´i võrrand. Arvutage atsetaatiooni ja mittedissotsieerunud happe suhe äädikhappe lahuses (pH=5,24). Äädikhappe Ka=1,76 10^-5
pH = 5,24
pKa = 1,76 -5
6.Skitseerige tselluloosi ahela fragment ja iseloomustage seda:
a)süsivesiku tüüp(mono-, oligo -,polü-)polüsahhariid.
b)monomeerne koostis koosneb glükoosi monomeeridest.
c)glükosiidsideme tüüp β-1,4-glükosiidsed sidemed.
d)ahela struktuur on lineaarse struktuuriga, koosneb β-glükoosi molekuli jääkidest.
e)bioloogiline roll struktuurne , taimeraku kestas.
Tsellulloos on D-glükoosi jääkidest koosnev polümeer, milles monomeerid on omavahel seotud β-1,4-glükosiidsete sidemete kaudu.
7.Kirjutada üldistatud struktuurvalemid ja iseloomustada keemilise ehituse järgi:
a) Rasvad - glütseriini ehk propaantriooli ja kõrgemate karboksüülhapete (rasvhapete) estrid , mille olek toatemperatuuril on tahke.
Rasvad on värvuseta, lõhnata, maitseta, vedelad või tahked ained, mis vees ei lahustu.
Rasvade olek sõltub rasvhappe radikaalist s.t. küllastunud radikaali puhul on rasv tahke ja küllastumata radikaali on rasv vedel - õli.
Triatsüülglütserool – neutraalne rasv; glütserool, mis on estersidemete kaudu ühendatud kolme atsüülrühmaga.
b) vahad - aineklass estrite rühmast. Nende hulka arvatakse kõik kõrgemate rasvhapete estrid kõrgemate alkoholidega (välja arvatud glütserooliga).
Agregaatolekult on vahad kas poolvedelad või tahked. Enamikku vahasid iseloomustavad järgmised tunnused:

plastilisus tavatemperatuuridel
kõrgem sulamistemperatuur kui 45°C
pärast sulamist suhteliselt madal viskoossus
vees lahustumatus
hüdrofoobsus ehk veetõrjuvus

Päritolult saab vahasid liigitada taimseteks, loomseteks, fossiilseteks ja sünteetilisteks.
Pika C-ahelaga alkoholide ja pika C-ahelaga rasvhapete estrid.
c) glütserofosfolipiidid - e. fosfatiidid
Polaarsed lipiidid , kus glütserooli C-1 ja C-2 juurde on estersidemega seotud rasvhapped ning C-3 juurde fosfodiestersidemega polaarne alkohol .
8.Mis on nukleotiid? Joonistage pürimidiinnukleotiidi molekulstruktuur ja iseloomustage komponente ühendavaid sidemeid . Anda nukleotiidile nimetus ja sümbol.
Nukleotiid on nukleiinhappe monomeerid. Nukleiinhappeid on kahte sorti DNA ja RNA, vastavalt sellele on ka desoksüribonukleotiidid ja ribonukleotiidid.
9.Tegurid, mis mõjutavad ensüümireaktsioonide kiirust. Graafilised sõltuvused.
10. Motoorsed valgud? Mikrotuubulite roll prokarüootsetes ja eukarüootsetes rakkudes.
Motoorsed valgud e. mootorvalgud - valgud, mis transformeerivad ATP-energia liikumisenergiaks.
ATP hüdrolüüs kutsub esile ja kontrollib mootorvalgu konformatsiooni muutusi, mille tulemusena toimub ühe molekuli libisemine või sammumine teise suhtes.
Suunatud liikumise tekkeks peavad mootorvalgud pöörduvalt assotiseeruma/dissotsieeruma valgu, pinna või rakuorganelliga.
Molekulaarmootorid on lineaarsed või roteeruvad.
Lineaarsed - libisevad /roomavad mööda polümeeri;
Roteeruvad - töötavad rootor - staator põhimõttel.
Mootorvalgud on nt. müosiin, düneiin, kinesiin .
Mikrotuublid on õõnsad silindrilised polümeerid, mis on moodustunud tubuliini dimeeridest (13 tubuliini monomeeri pöörde kohta). Dimeerid lisanduvad "pluss" otsa ja dissotsieeruvad " miinus " otsast.
Mikrotuublid on peamiseks struktuuriühikuks ripsmetes ja viburites.
Düneiin-valgud liiguvad või libisevad piki mikrotuublit, põhjustades ühe mikrotuubli paindumist teise suhtes (Düneiini liikumine on ATP-käivitatud).
Kiire aksonaalne transport piki mikrotuubleid võimaldab materjalivahetust sünapsi ja närviraku keha vahel. Mikrotuublid vahendavad organellide ja vesiikulite liikumist rakus.
11.Mille järgi ja kuidas vitamiine klassifitseeritakse? Nimeta
Vitamiine klassifitseeritakse vesilahustuvateks ja rasvlahustuvateks vitamiinideks .
a) rühmade tüüpilisi esindajaid
Askorbiinhape (C), riboflaviin (B2), nikotiinhape (B3), pantoteenhape (B4) – vesilahustuvad .
Retinoidid (A), kaltsideroolid (D), tokoferoolid (E) – rasvlahustuvad .
b) mille poolest erineb neisse rühmadesse kuuluvate vitamiinide füsioloogiline toime
Rasvlahustuvad - nende imendumine , varude salvestumine ja funktsioneerimine organismis sõltuvad toiduga saadavate lipiidide olemasolust ja organismi rasvkoe hulgast.
Vesilahustuvate vitamiinide alla kuuluvad B-grupi vitamiinid , millede ülesanded on sarnased:

Olulised põhitoitainete ainevahetuses organismi energiaga varustamiseks.
Asendamatud närvisüsteemi normaalseks funktsioneerimiseks.
Vajalikud seedeelundkonna lihaste toonuse säilitamisel.
Tähtsad naha, juuste, silmade, suu ja maksa tervise tagamisel .

12.Glükolüüsi reaktsiooniahel
a)aeroobne/anaeroobne miks? Aeroobne glükolüüs – kõigi rakkude tsütoplasmas glükoosi esmane lagundamine hapnikurikkas keskkonnas. Protsessi tulemusena saadakse ühest glükoosimolekulist kaks püroviinamarihappe molekuli.
Anaeroobne glükolüüs – e käärimine, hapniku puudusel rakkude tsütoplasmas toimuv glükoosi lagundamine, mille üheks lõpp-produktiks on kas piimhape või etanool.

b)lähteaine(d) glükoos, ensüümid, hapnik
c) tinglik lõpp produkt . 2 ATP, piimhape/etanool
d)kus jätkub selle ühendi tranformatsioon aeroobsetes tingimustes ja mis ühend tekib? Aeroobsetes tingimustes NADH re-oksüdeeritakse elektronide transpordi ahelas oksüdatiivse fosfüleerimise käigus, tekib ATP.
Aeroobsetes tingimustes siseneb püruvaat tsitraadi tsüklisse, kus lõhustatakse CO2 ja sünteesitakse täiendavalt NADH ja FADH2.
13.TCA tsükli roll rakkude metabolismis. Energiakandjate saaids TCA iga ringiga (mitu mol ja mollised)? Kus TCA tsükkel aset leiab?
TCA tsükkel on enamikul aeroobsetel organismidel toimuv ensüümide katalüüsitud biokeemiliste reaktsioonide tsükkel, mis toimumiseks vajab hapniku manulust. Tsitraaditsükkel on organismide ainevahetusraja keskne protsess, sest tsükli käigus oksüdeeritakse enamik sahhariide , rasvu ja valke CO2-ks ja veeks , kusjuures selle käigus vabaneb suur osa organismi elutegevuseks vajalikust energiast. Samuti on tsitraaditsükkel mitmete oluliste anabolismireaktsioonide eelduseks, näiteks teatud aminohapete süntees.
Eukarüootsetes organismides toimub tsükkel mitokondri maatriksis.
14.Millised elektronide transpordisüsteemi puudutavad näited vastavad tõele?
a)ETS´is toimub CoA reoksüdatsioon
b)ETS´is kuuluvad elektronide kandjad rühmitatakse 2 f-sesse kompleksi
c) Elektronde kandjad on ETS-s reastunud elektronafiinsuse (redokspotentsiaali) suurenemise järjekorras
d)ETS´i läbinud elektronide lõpp-aktseptoriteks on NAD+
e)ETS toimimisega kaasneb H pumpamine maatriksist membraanide vahelisse ruumi
15.Glükogeeni molekuli ehitus, bioloogiline roll ja paiknemine . Milline ensüüm katalüüsib glükogeeni lagunemist ja milline produkt tekib?
Koosneb glükoosijääkidest.
Kudedes (maksa- ja lihsarakkude tsütosoolis) ladustatud glükogeen on tähtis energiareserv ning tema lagundamine on rangelt kontrollitud.
Glükogeen kui varusahhariid sünteesitakse loomades kui glükoositase on kõrge.

On maksas polüsahhariidne tagavara vere glükoositaseme reguleerimseks.

Lihastes tagavara kiireks glükoosi allikaks.
Epinefriin ja glükagoon stimuleerivad lagundamist
Insuliin stimuleerib glükogeeni sünteesi
Glükogeeni graanulid sisaldavad glükogeeni, sünteetilisi ja degradatiivseid ensüüme ja regulatoorseid valke

Glükogenolüüs on glükogeeni lahustamise võtmeensüüm.
Glükogeen -> glükoos -> glükoosi oksüdatsioon -> vabaneb energia, salvestatakse ATP molekulidesse
16.Milliseid rasvhappeid ja miks loetakse inimese jaoks asendamatuteks? Nende struktuurvalemid.
Asendamatuteks rasvhapeteks kutsutakse neid rasvhappeid, mis on inimesele vajalikud, kuid mida inimese organism ise ei sünteesi ja seega tuleb neid saada toidust. On kaks seeriat asendamatuid rasvhappeid: ühel on kaksikside eemaldatud kolme süsinikuaatomi kauguselt ahela lõpus olevast metüülrühmast, teisel on kaksikside eemaldatud kuue süsinikuaatomi kauguselt viimasest metüülrühmast. Inimestel puudub võimalus sünteesida rasvhappeid, kus kaksiksidemed asuvad pärast 9. või 10. süsinikuaatomit, lugedes karboksüülhappe osast.[5] Kaks vajalikku rasvhapet on linoleenhape ja α-linoleenhape.
17.Millised org. on võimelised nitraate assimileerima - fütoplankton ja bakterid . -> nitraadid ja nitritid tuleb bakterite ja fütoplanktoni rakuenergia abil redutseerida ammooniumiks, et seda saaks kasutada rakkude “ehitusmaterjalina”.
b) atmosfääri N omastama ja millisesse vormi lämmastiku viivad? Lämmastiku omastamine on NH3 või NH4+ omastamine organismide poolt ja seejärel selle sidumine biomassi. Taimed on võimelised nitraat -või ammooniumioone absorbeerima oma juurte kaudu. Esmalt absorbeeritakse nitraati , redutseeritakse see nitritiks ning seejärel ammoniumioonideks.
Millises vormis olevat N omastavad loomad?
18.DNA replikatsioon
a) poolkonservatiivne - DNA replikatsioon on semikonservatiivne. DNA replikatsiooni tulemusena tekivad uued DNA dupleksmolekulid, mille üks ahel pärineb lähtemolekulist ja teine on täiesti uus. DNA replikatsioon on kahesuunaline, mis sisaldab kahte replikatsioonikahvlit, mis liiguvad vastassuunas . Replikatsiionikahvel – DNA jookseb läbi raku substruktuuridele immobiliseeritud replikatsioonimasina.
b) poolkatkendlik -  DNA replikatsioon on poolkatkendlik. Juhtiv ahel kopeerub katkematult, mahajääv ahel segmentide kaupa (Okazaki fragmendid ), mis seejärel ühendatakse.
Dna replikatsiooniks vajalikud ensüümid ja lähteained? Protsessi energiaallikad ?

DNA polümeraas on ensüüm, mis sünteesib uut DNAd, lisades sünteesitavale ahelale nukleotiide , mis vastavad (komplementaarsuse alusel) algahelale. Lisaks DNA polümeraasile on replikatsioonikahvliga seotud veel palju teisi valke, mis aitavad kaasa DNA sünteesi alustamisele ning kulgemisele.
DNA helikaas katalüüsib DNA lahtikeerdumist.

DNA replikatsiooni sünteesi algatab DNA prarimer.
Energiat saadakse ATP-lt.
19.Ribosoomide keemiline koostis, ehitus ja bioloogiline roll?
Raku tsütoplasmas leiduv kaheosaline organell, mis koosneb ribosomaalse RNA (rRNA) ja valgu molekulidest. Tema ülesanne on katalüüsida peptiidahelate moodustumist, lähtudes raku DNA pealt transkribeeritud informatsiooni RNA (mRNA) järjestusest. Seda protsessi nim translatsiooniks.
Ribosoomid koosnevad kahest subühikust, mis omavahel seondudes moodustavad funktsionaalse organelli . Mõlemad subühikud koosnevad ühest või mitmest rRNA molekulist ja nendega seondunud valkudest.
Asuvad kas vabalt tsütoplasmas või kinnitunult endoplasmaatilisele retiikulumile.
Vabalt tsütoplasmas olevatelt ribosoomidelt sünteesitakse valke, mida kasutatakse hiljem rakus sees. Valgud, mida vajatakse mõnes organellis või mis sekreteeritakse väliskeskkonda, sünteesitakse ERile kinnitunud ribosoomidelt.
Ribosoomide ülesandeks on transleerida mRNAs peituv informatsioon valgujärjestuseks. mRNA lugemine käib kolmenukleotiidiste koodonite (tripletite) kaupa, millest igale seatakse vastavusse õige aminohape . Igale aminohappele vastab konkreetne tRNA, mis selle ribosoomi transpordib. Aminohappe ja tRNA kompleksi nimetatakse aminoatsüül-tRNAks. Viimane sisaldab oma järjestuses kolmenukleotiidist antikoodonit, mis paardub mRNAl asuva koodoniga komplementaarsuse alusel.
20.Hormonaalse signaali ülekandega seotud mõisted
a) primaarne ülekandja – e hormoon, s.o organismis tekkiv substants , mis edastab signaali mingi muutuste tekitamiseks rakus.
b) retseptor - ainult sihtelundite rakkudel on retseptorid vastavate hormoonide jaoks, mistõttu nad saavad “lugeda” hormoonides keemiliselt kodeeritud informatsiooni
c) sekundaarne ülekandja - vabaneb rakus, kui hormoon seondub sihtmärk-raku ekstratsellulaarsele retseptoritele; aktiveerib või inhibeerib tsütoplasmas või tuumas kulgevaid protsesse; tuleb degradeerida või kõrvaldada rakust  oluline protsess
III VARIANT
1. Tsentrosoom koosneb kahest tsentrioolist, mis koosnevad mikrotuubulitest, mis vahendavad organellide ja vesiikulite liikumist rakus
2. Ensüümi aktiivtsenter on ensüümi molekuli piirkond, kus substraat interakteerub teatavate aminohapete radikaalidega. Substraat seotakse ensüümi aktiivtsentrisse nõrkade jõudude toimel.
Allosteerilised ensüümid omavad regulatoorset ehk allosteerilist tsentrit efektori (modulaatori) sidumiseks.
3. millised ühendid lahustuvad vees, ei lahustu, moodustavad mitselle, kaksikkihte
Amfifiilsetest molekulidest (molekulid, mis sisaldavad nii hüdrofiilseid kui ka hüdrofoobseid rühmi) mitsell
Ioone ümbritseb vesilahuses hüdraatkest
4. eukarüoodi ja prokarüoodi võrdlus
Prokarüoodis: DNA on nukleoidis
1-10 mikromeetrit
Jaguneb pooldudes
Puudub tsütoskelett
Eukarüoodis: DNA on tuumas kromosoomides
5-100 mikromeetrit
Jaguneb mitoosi teel
Palju organelle nt golgi kompleks
Tsütoskelett on mikrotuubulitest ja filamentidest kompleks
5. Signaaliülekande retseptorid:
Mittesteroidsed hormoonid seonduvad plasmamembraanis lokaliseeruvatele retseptoritele, mille abil aktiveerivad signaali ülekande raja raku sees.
Steroidhormoonid võivad seonduda plasmamembraanis paiknevatele retseptoritele või siseneda rakku seonduda tsütoplasmas asuvatele retseptoritele või isegi liikuda rakutuuma ja seonduda seal asuvatele retseptoritele
Retseptorvalgud
Retseptorensüümid
Oligomeersed ioonkanalid
Tuumaretseptorid
Loeng 29 slaid 9 ???
6. fotosüntees – süsivesikute süntees süsinikdioksiidist valguse energia arvel
Toimub nii pro kui eukarüootsetes organismides membraanides, taimedes kloroplastide tülakoidmembraanides
Fotosünteesi kaks faasi:
Valgusreaktsioonides püüavad fotosünteesivad rakud päikese valgusenergiat ja muundavad selle keemiliste sidemete energiaks NADPH kui redutseerija ja ATP kui energiakandja vormis, kusjuures eraldub hapnik
Pimereaktsioonides ehk süsinikufikseerimise reaktsioonides kasutatakse NADPH kui redutseerijat ja ATP hüdrolüüsi energiat endergoonilisteks protsessideks heksoossuhkrute jt orgaaniliste molekulide sünteesil CO2-st
Pime: 12 NADPH + 12 H+ + 18 ATP + 6 CO2 + 12 H2O →C6H12O6 + 12 NADP+ + 18 ADP + 18 Pi
Valgus: 2 H2O + 2 NADP+ + x ADP + x Pi → O2 + 2 NADPH + 2 H+ + x ATP + x H2O
Pimereaktsioonid seotud stroomaga, valgusreaktsioonid tülakoidmembraanidega
7. katabolismi ja anabolismi skeem: loeng 16, slaid 11
Katabolism (oksüdatiivne, eksergooniline):
Energiat andvad toitained : rasvad, valgud süsivesikud
Energiavaesed lõpp-produktid: vesi, CO2, NH3
Anabolism (redutseeriv, endergooniline):
Lähtemolekulid: aminohapped, suhkrud , rasvhapped, lämmastikalused
Raku makromolekulid: valgud, lipiidid, polüsahhariidid, nukleiinhapped
Keemiline energia: ATP, NADPH
8. vabalt valitud aminohapetega peptiidi struktuur, näita peptiidsidemed
Alaniin (-CH3), glütsiin (-H) ja türosiin näiteks
(Mõistet " peptiid " kasutatakse enamasti lühikeste, 2–10 aminohappest koosnevate ahelate kohta.)
9. oksüdatiivne fosforüülimine - ADP ensümaatiline fosforüülimine ATP-ks, mis toimub konjugeeritud molekulaarse hapniku taandamisega veeks taandatud koensüümidelt pärit elektronide arvel.
NADH + H+ + 1/2O2 + xADP + xPi -> NAD+ + H2O + xATP
FADH2 + 1/2O2 + xADP + xPi -> FAD + H2O + xATP
10. Tsitraaditsükkel on universaalne katabolismirada, kus toimub süsivesikute, lipiidide ja valkude degradatsioonil toodetud atsetüül-CoA oksüdeerimine CO2-ks
Eukarüootides toimub tsükkel mitokondri maatriksis
Tsükli iga ringiga siseneb 2 atsetüülrühma süsinikku atsetüül-CoA kujul ning lahkub kaks süsinikku CO2-na
Iga tsükkel produtseerib taandatud elektronikandjad (3 NADH ja 1FADH2)
Kaasneb O2 taandamine H2O-ks ja ATP süntees
11. beeta- oksüdatsioon : Rasvhapete oksüdatiivne degradatsioon atsetüül-CoA-ks, mis toimub mitokondrites.
Toimumise eelduseks on rasvhappe aktiveerimine CoA-ga (toimub mitokondri välismembraanil enne rasvhappe sisenemist mitokondrisse või mitokondris kui on lühikese ahelaga rasvhape)
Toimub tsüklitena, mis koosnevad 4 astmest
Saaduseks: atsetüül-CoA ja 2C võrra lühem rasvhappe-atsüülCoA?????
12. nukleotiidide vahel on KOVALENTSED SIDEMED (moodustuvad aatomite omavahelisel elektronide jagamisel)!!! Need kovalentsed sidemed on 3’-5’ fosfodiestersidemed, mis on polünukleotiidahela ehituslikuks aluseks
Primaarstruktuur on nukleotiidide järjestus
Sekundaarstruktuur on biheeliks , kus on ka vesiniksidemed
13. Elektroni transpordisüsteem (ETS) (= elektroni ülekandeahel = hindamisahel)
Elektronid, mida kannavad tsitraaditsüklis moodustunud taandatud koensüümid (NADH, FADH2), läbivad valkude ja koensüümide ahela (hingamisahela), et moodustada prootonigradient läbi mitokondri sisemembraani.
ETS paikneb mitokondri sisemembraanis või selle pinnal
ETS’i moodustavad 4 elektronkandjat (ensüümid, koensüümid, tsütokroomid, Fe-S valgud) mis jaotatakse nelja funktsionaalsesse kompleksi.
14. Rasvhapete süntees toimub tsütosoolis
Sünteesiks läheb vaja atsetüül-CoA (malonüül-CoA?) ja NADPH-d, seda nö toodab tsitraat- malaat -püruvaat süstik
Sünteesi etapid:

Sünteesirada initsieeritakse atsetüül-ACP ja malonüül-ACP sünteesiga transatsülaaside poolt
Dekarboksüleerimine juhib atsetüül-CoA ja malonüül-CoA kondensatsiooni
Ülejäänud kolm etappi on beeta-oksüdatsiooni pöördreaktsioonid
Erinevus: sünteesis taandajana NADPH (katabolismis oksüdeerijana FAD ja NAD+)

15. mRNA transkriptsioonijärgne modifitseerimine
Prokarüootides mRNAd ei modifitseerita!!!!!! Translatsioon järgneb vahetult transkriptsioonile!
Eukarüootides on protsessid teineteisest isoleeritud: transkriptsioon on tuumas ja translatsioon tsütoplasmas
mRNA primaarne transkript (heterogeenne tuuma RNA) modifitseeritakse küpseks mRNA-ks tuumas enne suunamist tsütoplasmasse
sünteesi käigus modifitseeritakse mRNA primaarseid transkripte kovalentselt nii 5’ kui 3’ otsast, muutes nad erinevateks teiste polümeraaside poolt toodetud RNA-dest. ?? VAATA LOENG 27, SLAID 34
splaisingu käigus lõigatakse välja intronid ning eksonid „õmmeldakse“ kokku küpseks mRNAks, splaising toimub ainult tuumas!!!
16. Ribosüümid – RNA segmendid , mis ilmutavad ensüümkatalüütilist aktiivsust nt Rnaas P ja peptidüültransferaas ( ribonukleiinhape , millel on katalüütilised omadused)
Ribosüümid võivad katalüüsida transesterdamisreaktsioone, mis ühendavad eksonid???
17. prootonite elektrokeemiline gradient tekib läbi mitokondri sisemembraani.
Prootonigradiendi olemasolul vabaneb ensüümilt sünteesitud ATP. Kui prootonigradient puudub, siis sünteesitud ATP ensüümilt ei vabane.
18.
Aeroobsetes tingimustes siseneb tsitraaditsüklisse, kus lõhstatakse CO2 ja H2O-ks ning sünteesitakse ATP. Anaeroobsetes tingimustes nim püruvaadi metabolismi ermentatsiooniks
Püruvaadi transformatsiooni võimalikud produktid imetaja rakkudes:
Anaeroobsetes tingimustes: redutseerub laktaadiks ehk piimhappeks või etanooliks
Aeroobsetes tingimustes: siseneb tsitraaditsüklisse (TCAsse) atsetüül-CoA vormis, kus lõhustatakse CO2-ka ja kaasnevalt saadakse NADH, FADH2 ja ATP
Või on mõeldud kuidas püruvaat peale glükolüüsi atsetaadiks transformeerub tsütoplasmas enne TCA tsüklit:
Anaeroobne???
Püruvaat + CoA + NAD+ → Atsetüül-CoA + CO2 + NADH + H+
CH3-CO-COO- CH3-CO-S-CoA
Püruvaat Atsetüül-CoA
19. pI ja pH võrdlus, kuhu liigub anoodile / katoodile.
pI ehk isoelektriline punkt on kindel pH kus teatud molekul ei kanna laengut, summaarne laeng on 0
anoodile lähevad negatiivse elektrilaengu kandjad, elektronid või anioonid
20. v =
IV VARIANT
1. biopolümeer – rakkudes esinev makromolekul, mis koosneb paljudest ühte tüüpi molekulidest, monomeeridest.
2. Võime moodustada neli H-sidet molekuli kohta
104,3°
Jääs 4 H-sidet 1 vee molekuli kohta, iga H-sideme eluiga umbes 10 mikrosek
Vees 2,3 H-sidet 1 vee molekuli kohta, iga H-sideme eluiga umbes 10 pikosek
1 piko sek = 10-12 sek
Vee molekulide vahel on vesiniksidemete võrgustik
3. mikrotuubulid on põhikomponendiks (koos vahe- ja mikrofilamentidega) tsütoskeletis, ripsmetes ja viburites.
Motoorne valk on valk, mis transformeerib ATP-energia liikumisenergiaks.
4. DNA replikatsioon – uute polünukleotiidahelate süntees, s.t DNA molekuliga (emamolekuliga) identsete koopiate (tütarmolekulide) süntees.
DNA kaksikheeliks peab lahti keerduma, et tagada DNA-polümeraasile juurdepääs üheahelalistele templeitidele (šabloonahelatele.
DNA replikatsioon on:

Semi- ehk poolkonservatiivne, tekivad DNA dupleksmolekulid, mille üks ahel pärineb lähtemolekulist, teine on täiesti uus
Kahesuunaline – sisaldab kahte replikatsioonikahvlit, mis liiguvad vastassuunas
Poolkatkendlik – juhtivahel kopeerub katkematult, mahajääv ahel kopeerub segmentide kaupa, mis seejärel omavahel ühendatakse (kuna replikatsioon kulgeb 5’-3’ suunas)

6. pH = pKa + log [A-]/[HA]
7. taimerakul vakuool ja fotosünteesiks kloroplast , samuti rakusein mis koosneb plasmamembraanist, pektiinist ja tselluloosist
Loomarakku eraldab väliskeskkonnast ainult plasmamembraan
8. Elektroni transpordisüsteem (ETS) (= elektroni ülekandeahel = hindamisahel)
Elektronid, mida kannavad tsitraaditsüklis moodustunud taandatud koensüümid (NADH, FADH2), läbivad valkude ja koensüümide ahela (hingamisahela), et moodustada prootonigradient läbi mitokondri sisemembraani.
ETS paikneb mitokondri sisemembraanis või selle pinnal
ETS’i moodustavad 4 elektronkandjat (ensüümid, koensüümid, tsütokroomid, Fe-S valgud) mis jaotatakse nelja funktsionaalsesse kompleksi.
NADH on tugevam redutseerija kui FADH2. Õ
Elektronide lõpp-aktseptroriks ETS-is on O2. Õ
Elektronide kandjad on ETS-is reastunud Eo’ väärtuse suurenemise järjekorras
Fe2+ toimib tsütokroomides ja Fe-S valkudes elektronide doonorina
9. Glükolüüs on ensüümireaktsioonide ahel, mille käigus glükoosi molekul muundatakse 2 püruvaadi molekuliks. See on raku tsütoplasmas kulgev universaalne ainevahetusrada. Anaeroobsetes rakkudes ainus ATP tootev rada. Aeroobsetes rakkudes esimene etapp süsivesikute oksüdatsioonil
Võrrand:
Glükoos + 2 NAD+ + 2 ADP + 2 Pi ---- 2 püruvaat + 2 NADH + 2 ATP + 2 H2O
Lähtesubstraat: glükoos
Toimumiskoht : raku tsütoplasmas
Energiasaagis: 1 glükoosi molekuli kohta saadakse 2 ATP ja 2 NADH molekuli
Kokku 10 üksikreaktsiooni jaotatakse kahte faasi
I faas: 1 glükoosi molekul konverteeritakse 2 glütseeraldehüüd-3- fosfaadi molekuliks, tarbitakse 2 ATP
II faas: konverteerig glütseeraldehüüd-3-fosfaadi molekuli püruvaadiks, toodetakse 4 ATP
10. asendamatud rasvhapped: oomega-3 rasvhapped, süsinikke 18, tagant lugema hakates 3 süsiniku juures kaksiksidemed 3 tk, oomega-6rasvhapetel 2 kaksiksidet
11. pürimidiinid (kuusnurk) on tsüsteiin, uratsiil ja tümiin
Suhkruga tekib beeta-N1 glükosiidside, teise puriiniga vesinikside
12. Tsitraaditsükkel on universaalne katabolismirada, kus toimub süsivesikute, lipiidide ja valkude degradatsioonil toodetud atsetüül-CoA oksüdeerimine CO2-ks
Eukarüootides toimub tsükkel mitokondri maatriksis
Tsükli iga ringiga siseneb 2 atsetüülrühma süsinikku atsetüül-CoA kujul ning lahkub kaks süsinikku CO2-na
Iga tsükkel produtseerib taandatud elektronikandjad (3 NADH ja 1FADH2)
Kaasneb O2 taandamine H2O-ks ja ATP süntees
Lühidalt: TCA tsükkel on aeroobne reaktsiooniahel, mis toimub mitokondri maatriksis ja mille ülesandeks on atsetüüljäägi lõplik lagundamine CO2-ks ja koensüümide reprodutseerimine
13. Glükogeeni molekul koosneb alfa-D-glükoosi monomeeridest, mis on ühendatud alfa(1-->4) glükosiidsidemetega. Molekul iseenesest on hargnenud kuna iga 8-12 glükoosi monomeeri tagant tekib hargnemine alfa(1-->6)glükosiidsidemega. Glükogeeni bioloogiliseks funktsiooniks on glükoosi varundamine (energia). Glükogeeni on maksas kuni 10%-i ja lihastes 1-2% lihasmassist
Glükogeen kui varusahhariid sünteesitakse loomades kui glükoositase on kõrge
14. Tselluloosi monomeerseks koostiseks on beta -D-glükoos. Polümeer on lineaarse struktuuriga ja pikkus on vahemikus 2000- 13000 glükoosijääki. beta-D-glükoosi jääkide vahel on beta(1-->4)glükosiidside. Tselluloosi bioloogiline funktsioon on ehituslik.
15. pH üks laine igal ensüümil erinevalt paigutatud x- teljel ja temperatuur üks laine tipp on umbes 50 kraadi juures, langeb seal valgu denaturatsiooni pärast
16. Hormonaalne signaaliülekanne
Primaarne ülekandja: hormoon
Sekundaarsed ülekandjad: nt Ca2+, cAMP , cGMP jt, vabaneb rakus kui hormoon seondub sihtmärk-raku ekstratsellulaarsele retseptorile, aktiveerib/inhibeerib tsütoplasmas või tuumas kulgevaid protsesse
Signaaliülekande retseptorid:
Mittesteroidsed hormoonid seonduvad plasmamembraanis lokaliseeruvatele retseptoritele, mille abil aktiveerivad signaali ülekande raja raku sees.
Steroidhormoonid võivad seonduda plasmamembraanis paiknevatele retseptoritele või siseneda rakku seonduda tsütoplasmas asuvatele retseptoritele või isegi liikuda rakutuuma ja seonduda seal asuvatele retseptoritele
17. Vitamiinid on vältimatult vajalikud, koostiselt heterogeensed madalmolekulaarsed orgaanilised ühendid, mille sisaldus rakkudes/ kudedes on väga madal
Vitamiinid jaotatakse vesilahustuvateks ja rasvlahustuvateks
Paljud vitamiinid on koensüümide lähteühenditeks (vesilahustuvad), teised osalevad ainevahetuse regulatsioonis (rasvlahustuvad)
18. Ribosoom on rakuorganell, mille ülesandeks on valkude süntees. Ribosoomid koosnevad 1/3 osas valkudest ja 2/3 rRNA-st, mis toimib toesena. Sisaldab palju kaheahelalisi spiraliseerunud lõike.
Kõik ribosoomid koosnevad suurtest ja väikestest subühikutest
19. nitraadi assimileerimine – kaheastmeline protsess, mille käigus nitraat taandatakse ammooniumiks. Toimub rohelistes taimedes, seentes ja bakterites . Moodustab üle 99% anorgaanilise lämmastiku omastamisest biosfääris . LOENG 24, SLAID 4!!
NO3- ------ NO2 ----- NH4+ toimub aeroobses keskkonnas
Orgaaniline N
Atmosfäärset lämmastikku ehk N2 omastavad vaid mõned prokarüoodid, nad taandavad nitrogenaasi abil N2 ---NH4+ ks
Loomad saavad lämmastikku aminohapetest nt glutamaadist

.DOCX Laadi alla originaalfail 18 lk · .docx · 202 allalaadimist

100 punkti Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 100 punkti.

~ 18 lehte Lehekülgede arv dokumendis

2014-06-11 Kuupäev, millal dokument üles laeti

202 laadimist Kokku alla laetud

0 arvamust Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid

Kiks A. Õppematerjali autor

Biokeemia eksamitest erinevad variandid vastustega. 2013 kevad biokeemia eksam

Sarnased õppematerjalid

docx

Biokeemia eksami kordamine

Bioelemendid vesinik, hapnik, lämmastik, süsinik, väävel, fosfor Bioloogilised makromolekulid valgud, RNA, DNA, polüsahhariidid, lipiidid omavad ,,suuna taju", kannavad informatsiooni, on ruumilise struktuuriga, bioloogilise struktuure hoiavad koos nõrgad jõud Molekulaarne hierarhia anorgaanilised eellased, metaboliidid, monomeersed ehituskivid, makromolekulid, supramolekulaarsed kompleksid, organellid Eluslooduse hierarhia molekul, makromolekul, organell, rakk, kude, organ, elundkond, hulkrakne organism, populatsioon, kooslus, ökosüsteem, biosfäär Keemiliste reaktisioonide põhitüübid rakkudes · funktsionaalsete rühmade ülekanne · oksüdeerimine ja redutseerimine · C-C sideme teke või katkemine · funktsionaalsete rühmade ümberpaigutamine ühe või enama süsinikuaatomi ümber · molekulide kondenseerumine (kaasneb vee eraldumine) Sidemed biomolekulides · kovalentsed sidemed tugevus pöördvõrdeline seda moodustavate aatomite massideg

Biokeemia

pdf

Biokeemia III testiks

BIOKEEMIA III TESTIKS | Mihkel Heinmaa YAGB22 | TTÜ kevad 2010 XX FOTOSÜNTEES 1. Kloroplasti ehitus. Tülakoidid on volditud struktuurid, nn lamellid, mis kokku pakituna moodustavad graani. Lahustuv on kloroplastist on strooma. Tülakoidvesiikulite sisu nim tülakoidruumiks või luumeniks. Valgusreaktsioonid toimuvad tülakoidmembraanis. Pimedusreaktsioonid stroomas. 2. Valguseaktsioonides püüavad fotosünteesivad rakud päikese valgusenergiat ja muudavad selle keemiliste sidemete energiaks NADPH kui redutseerija ja ATP kui energiakandja vormis, eraldub hapnik. + + 2 H2O + 2 NADP + x ADP + Xpi O2 + 2 NADPH + 2 H + x ATP + x H2O Pimereaktsioonides e süsinikufikseerimise reaktsioonides kasutatakse NADPH kui redutseerijat ja ATP hüdrolüüsi energiat enderg

Biokeemia

pdf

Biokeemia II testiks

BIOKEEMIA II TESTIKS | Mihkel Heinmaa YAGB22 | TTÜ kevad 2010 XI SÜSIVESIKUD 1. Süsivesikuteks nim biomolekule, mis koosnevad vaid süsinikust, vesinikust ja hapnikust. Süsivesikuteks loetakse polühüdroksüaldehüüde ja ketoone või aineid, mis annavad hüdrolüüsi käigus vastavaid ühendeid. Nimetus tuleb empiirilisest valemist Cn(H2O)n Süsivesikute bioloogiline roll. Väga mitmekesine ja looduses laialt levinud orgaaniliste molekulide klass; päikese energia salvestatakse fotosünteetiliste organismide poolt süsivesikutesse; paljude biomolekulide eelühendid; struktuuriline roll; molekulaarsed ja rakk-rakk äratundmismehhanismid. Süsivesikute multifunktsionaalsus põhineb struktuuri iseärasustel: asümmeetriliste tsentrite olemasolu; esinemine nii lineaarses kui tsüklilises vormis; võime moodustada polümeere glük

Biokeemia

pdf

BIOKEEMIA harjutustunni küsimuste vastused II KT-ks

4. HARJUTUSTUND SÜSIVESIKUD Mono-, oligo- ja polüsahhariidid 1. Andke definitsioon järgmistele mõistetele: a) süsivesinik (keemia alusel) - Biomolekul, mis koosneb vaid vesinikust, süsinikust ja hapnikust. Süsivesikuteks loetakse polühüdroksüaldehüüde ja -ketoone või aineid, mis annavad hüdrolüüsi käigus vastavaid ühendeid. Nimetus tuleb empiirilisest valemist (CH2O)n b) Oligosahhariid - liitsuhkrud, mis koosnevad 2-10 glükosiidsidemega seotud monosahhariidi jäägist. Jaotatakse redutseeruvateks - vaba hemiatsetaalrühm on olemas; ja mitteredutseeruvateks - puudub vaba hemiatsetaalrühm. c) Polüsahhariid - liitsuhkrud. Lihtsuhkrute polümeerid, mis koosnevad sadadest kuni tuhandetest kovalentselt glükosiidsidemega seotud monosahhariidi jääkidest. Jaotatakse kaheks: homopolüsahhariidid - koosnevad ühe monosahhariidi jääkidest; heteropolüsahhariidid - koosneva

Biokeemia

docx

Biokeemia konspekt eksamiks

BIOKEEMIA KONSPEKT I ATP (adenosiintrifosfaat) ja NADPH (taandatud nikotiinmiidadeniindinukleotiid- fosfaat) on energiarikkad e. makroergilised ühendid. Makroergiliste molekulide reageerimisel teiste biomolekulidega vabaneb energia, mille arvelt toimuvad mitmed energeetiliselt ebasoodsad protsessid (biosüntees, liikumine, osmoos). MOLEKULAARNE HIERARHIA: Anorgaanilised eellased CO2, H2O, NH3, N2. Metaboliidid püruvaat,tsitraat, suktsinaat Monomeersed ehituskivid aminohapped, nukleotiidid, monosahhariidid, rasvhapped, glütserool Makromolekulid valgud, nukleiinhapped, polüsahhariidid, lipiidid. Supramolekulaarsed kompleksid ribosoomid, tsütoskelett Organellid tuum, mitokondrid, kloroplastid. ELUSLOODUSE HIERARHIA: Molekul väikseim iseseisev osake Makromolekul kovalentsete sidemete abil lihtsatest molekulidest konstrueeritud biomolekul. Organell reaktsioone ajas/ruumis eraldav raku

Biokeemia

docx

Biokeemia II EKSAMiks kordamine

Aminohapete biosüntees 1. Defineerige mis on lämmastiku fikseerimine ja millised organismid on võimelised seda protsessi läbi viima. Kirjeldage milline on lämmastiku tsükli üldskeem looduses ja millisel kujul on meie organism võimeline lämmastikku kasutama biosünteetilistes protsessides. Molekulaarne lämmastik N2 muundatakse redutseeritud või oksüdeeritud vormiks. Atmosfääris leiduv N 2 on keemiliselt väga inertne ning metabolismis kasutamiseks tuleb see redutseerida NH 3 kujule. Toimub UV kiirguse ja välgu kaasabil maa atmosfääris. Eluslooduses on lämmastikku fikseerima võimelised vähesed mikroorganismid, kes redutseerivad elementaarse lämmastiku ammooniumiks. Mõned sellistest bakteritest on vabalt elavad, paljud on aga taimede, eelkõige liblikõieliste taimede, sümbiondid. Valdav enamus organisme on võimeline omastama lämmastikku NH 4+ vormis. Summaarne reaktsioon N2 + 10H+ + 8e- + 16ATP Z 2NH4+ + 16ADP + 16 Pi + H2

Biokeemia

doc

Biokeemia

31. Aine- ja energiavahetus: üldiseloomustus, põhietapid, assimilatsiooni- ja dissimilatsiooniprotsessid on katabolismi ja anabolismi integratsioon. Metabolism hõlmab seedimist, imendumist, rakus toimuvaid metaboolseid radu ja lõpp-produktide eritumist. Rakusisene metabolism toimub metaboolsete radadena, milles ensüümide toimel muunduvad/tekivad metaboliidid (biomolekulid). Metabolismi põhifunktsioonid on: · energia omastamine väliskeskkonnast toitainete vormis · toitainete omastamine ja kasutamine organismispetsiifiliste biomolekulide sünteesiks · senestsentsete biomolekulide lammutamine · lõpp-produktide väljutamine · organismi sattuvate ksenobiootikumide detoksikatsioon ja väljutamine Katabolismi staadiumid: 1. Makrotoitainete ja senestsentsete biomolekulide lõhustumine monomeerideks, ehitusüksusteks 2. Monomeeride, ehitusüksuste muundamine metabolismi võtmeühenditeks 3. Atsetüül-CoA ja Krebsi tsükli komponentide oksüdatiivne lõhustamine

Biomeditsiin

doc

Biokeemia - ensüümid, hormoonid, ainevahetusrajad ning süsivesikute ja rasvhapete oksüdatsioon

Ensüümid .. on bioloogilised katalüsaatorid, mille peamiseks ülesandeks elusorganismis on keemiliste reaktsioonide kiirendamine. .. on valgud ..ei saa käivitada termodünaamiliselt võimatut protsessi .. ei mõjuta reaktsiooni kulgemise suunda Ometi ensüümid kontrollivad ainevahetusprotsesside üldist suunda, sest nende aktiivsus sõltub organismi vajadusest ja ühed reaktsioonid ei kesta kogu aeg vaid muutuvad. Ensüümide katalüüsivõime aluseks on nende omadus alandada reaktsioonide aktivatsioonienergiat. Aktivatsioonienergia on energia, mis on vajalik reageerivate ainete ergastamiseks. Ensüümidele on iseloomulik spetsiifilisus:  Stereokeemiline spetsiifilisus (eristatakse D- ja L-isomeere)  Sidemespetsiifilisus (ensüümid võivad katalüüsida ainult teatud sidemete tekkimist ja lagunemist nt a1,4 glükosiidside)  Rühmaspetsiifilisus (kindla funktsionaalse rühmaga toimuvad reaktsioonid)  Absoluutne spetsiifilisus (eelnimet

Biokeemia

Rohkem sarnaseid