Biokeemia kordamisksimuste vastused (0)

sissejuhatus, energia, vesi, sahhariidid
1. Palmitiinhappe oksüdatsiooni ΔHº mõõdetuna kalorimeetris on -9958 kJ/mol. Milline võiks olla sama reaktsiooni ΔHº elusrakus: a) sama b) negatiivsem c) positiivsem (võivad olla erinevad reaktsioonid)
Entalpia on olekufunktsioon ehk sõltub ainult süsteemi olekust, mitte selle saavutamise viisist. Hoopis teine küsimus on, kui palju reaktsiooni käigus vabanevast energiast organism ära suudab kasutada.
2. Vette asetatud jäätükk sulab. Miks ei ole võimalik olukord, kus jäätükk muutuks veelgi külmemaks ümbritsev vesi aga soojemaks?
Sest isevooluliselt liigub soojus alati soojemalt kehalt külmemale (termodünaamika II seadus)
S.t. soojem keha (vesi) annab energiat külmemale kehale (jää), kristallid lõhutakse ja sulab ära.
3. Vee jäätumisel tema korrapära kasvab (ΔS Vee jäätumisel tema korrapära kasvab ehk ΔS 0 c) ΔH 0 Otsustage iga variandi jaoks eraldi
a) Ei ole isevooluline, temp tõustes väheneb veelgi b) On isevooluline( entroopia peaks olema suurem kui entalpia), temp tõustes suureneb. c) On isevooluline, temp tõustes see aga väheneb. d) On isevooluline, temp tõustes suureneb veelgi.
15. Reaktsiooni ΔGº on -30 kJ/mol. Milline on reaktsiooni kiirus: a) ei tea b) aeglane c) kiire
NB!Protsessi isevoolulisus ei ütle midagi protsessi toimumise kiiruse kohta.
On levinud väärarvamus, et termodünaamiliselt soodsad ehk isevoolulised protsessid on kiired. Tegelikult pole protsessi isevoolulisusel tema toimumise kiirusega mingit pistmist.
16. Milline on seos ΔGº ja tasakaalukonstandi vahel (valem, ühikud)?
delta Gibbsi arvutamine tasakaalukonstandi kaudu. ∆G = ∆G˚+RTlnK, kus K arvutamiseks tuleb kirjutada saadused lugejasse ja algained nimetajasse (astmenäitajad!)
17. Reaktsiooni: glükoos-6- fosfaat ↔ fruktoos-6-fosfaat ΔGº on +1,7 kJ/mol. Kas tasakaaluolekus leidub reaktsioonisegus rohkem glükoos-6-fosfaati või fruktoos-6-fosfaati? (võivad olla erinevad reaktsioonid)
G6P ↔ F6P ∆Gº = 1,7 kJ/mol ( reaktsioon toimub normaalrõhul ja 25ºC juures)
Reaktsiooni tasakaalukonstant K R=8,314 J/K*mol T=298K ∆G = 1,7 kJ/mol = 1700 J/mol (eq näitab, et tegemist on tasakaaluliste reaktsioonidega ingl. equilibrium)
K = ([C]c[D]d/ [A]a[B]b)eq (saadused/lähte)
– ΔG º/ RT
ΔGº = RT ln K K =e
K = e – ΔG º/ RT -(1700 / (8,314 * 298)) = 0,504 = ([F6P]/[G6P])
= e
eq
Asjaolu, et K kuna Väljamäe ei osanud faili korrigeerida , siis ei saanud kopida ja kuna ma olen laisk , siis palun, kirjutage ise õige nr juurde nii küsimus kui ka siis vastus:)
56.Millises valgu struktuuri tasandis leidub vajalik informatsioon valgu kokkupakkimiseks. a) primaar - b) sekundaar -c) tertsiaar - d)kvarternaarstruktuuris
57.
Denatureerunud valk ei ole funktsionaalne, sest on kaotanud oma natiivse ruumilise struktuuri ja koos sellega ka oma spetsiifilised omadused.
58. Millised faktorid soodustavad valgu kokkupakkumist? a)konformatsiooniline entroopia b) polüpetiidahela siseste vesiniksidemete moodustumine
c) hüdrofoobne efekt d) polüpeptiidahela ja solvendi vahelise vesiniksideme moodustumine
59. Joonisel on toodud denatureerunud valgu osakaalu sõltuvus temperatu on valgu Tm väärtus ja kuidas te selle leiate?
Joonis 7.20. Tm on temperatuur, mille juures 50% molekulidest on denatureerunud. Seega graafikul oleva punkti y-koordinaadiga 0,5, x-koordinaat vastab Tm-le
60. Struktuuritu ling on ­struktuuritu ling on kindla struktuurita polüpeptiidahela osa.
61. Kas valkude termilise denaturatsiooni käigus katkevad ka disulfiid sillad ei katke
62. Mitu % valgumolekulidest on denatureerunud olekus, kui temperatuur on võrdne T-ga?
M 50%
63.Nimetage kolm valkude denaturatsiooni soodustavat keskkonnatingimust!
Kui me tõstame märkimisväärselt keskkonna temperatuuri, muudame pH äärmiselt happeliseks või aluseliseks või lisame kõrges kontsentratsioonis ühendeid nagu alkoholid või uurea, siis kaotab valk oma ruumilise struktuuri (joonis 7.20a). Nagu ka nukleiinhapete puhul, nimetatakse seda protsessi denaturatsiooniks.
64. Kui kaua võtab aega keskmine valgumolekuli kokkupakkimine? 10 sekundit
65.
pärsib
66. mille kaudu kandub edasi hullulehmatõbi?
a)valgu b)nukleiinhappe c)viiruse d)bakteri
67.
68. Millise ühendi oksüdatsioonist saab organism kõige rohkem energiat? (erinevad ühendid)
69. Reastage ühendid nende sulamistemperatuuri kasvamise järjekorras.
C) Mida pikem süsivesinikahel, seda rohkem on energiat.
Ühendite järjestus: 1.b
2.d
3.a
4.c Seletus: mida rohkem kaksiksidemeid süsivesinikahelas seda madalam sulamistemperatuur ja mida pikem süsivesinikahel seda kõrgem sulamistemperatuur..

Mida nimetatakse rasvade seebistamiseks?

Rasvade seebistamine – rasvade hüdrolüüsimine aluselises keskkonnas (näiteks NaOH või KOH juuresolekul), moodustub seep .
Lipiidid on:A,C
72.Nimetage kaks rasvade bioloogilist funktsiooni.

Energia tootmine. Enamikus loomades oksüdeeritakse valdav osa rasvast metaboolsete protsesside käigus hoidmiseks vajaliku ATP genereerimiseks.

Soojuse tootmine. Mõnedes spetsialiseerunud rakkudes (soojavereliste loomade n.ö. “pruun rasv”) toimub triatsüülglütseroolide oksüdatsioon soojuse saamise eesmärgil. Oksüdatsioonil vabanevat energiat ei kasutata mitte ATP sünteesiks vaid lastakse n.ö. lihtsalt tuulde ehk toodetakse soojust.

Isolatsioon . Külmades keskkonnatingimustes elavatel loomadel paiknevad naha all rasvarakkude kihid, mis täidavad soojusisolaatori rolli. Heaks näiteks on siin vaalade rasvkude.
73.
Vahad on rasvhapete ja alkoholide estrid.
74.
Rasvad on rasvhapete ja kolmealuselise alkoholi glütserooli triestrid. Rasvamolekuli üldstruktuur on olemas PDF failis pealkirjaga lipiidid ja membraanid leheküljel 3(see on ainus joonis leheküljel, niiet sassi pole võimalik millegagi ajada!!!!)
75. Miks ühinevad vette segatud taimeõlitilgad suuremateks tilkadeks?
Siin toimibki hüdrofoobne efekt. Õlimolekulide hüdrofoobsed süsivesinikahelad pakkuvad omavahel tihedalt kokku.
76. Taimsete õlide hüdrogeenimisel saadakse margariin. Kas protsessi käigus:
a)suureneb rasvade küllastuvusaste
b)väheneb rasvade küllastuvusaste c)toimub rasvade osaline hüdrolüüs

Küllastumata rasvade osakaal on suurim oliiviõlis

Tavalisim on 16
79. Millised toodud lipiididest on glütserofosfolipiidid? (erinevad lipiidid)
NB!!! Siin väiksed muudatused: b on hoopis sfingolipiid. glütserofosfolipiid saadakse glütseroolist(pdf faili 48lk ilus joonis): http://www.tlu.ee/keemia/Biokeemia/Biokeemia%203.pdf
80.millised toodud lipiididest on fosfolipiidid ? (erinevad lipiidid).
Fosfolipiidid on lipiidide klass, mis koondab fosfaatgruppi sisaldava peaga lipiide . Need ühendid moodustavad lõviosa nii bakterite, taimede kui loomade membraansetest komponentidest
Antud küsimuse puhul õiged vastused a ja b, sest c puhul fosfaatgrupp üldse puudub.
81. Millised toodud lipiididest on sfingolipiidid ? (erinevad lipiidid). b on sfingolipiid, sest selle alkohooliks on aminoalkohol. a ja c on glütserofosfolipiidid, sest nende alkoholiks on glütserool
82. Millist toodud lipiididest võib kõige suurema tõenäosusega kohata bioloogiliste membraanide koosseisus ?
a, sest a on fosfolipiid , kuna sisaldab fosfaatgruppi: "fosfolipiidid moodustavad lõviosa bakterite, taimede kui loomade membraansetest komponentidest"
Peaks nagu olema, sest membraanide koostises on peamiselt fosfolipiidid.
a, sest a on fosfolipiid, kuna sisaldab fosfaatgruppi: "fosfolipiidid moodustavad lõviosa bakterite, taimede kui loomade membraansetest komponentidest..."
83. Millistel rasvhapetel põhinevate fosfolipiidide poolest rikas membraan on kõige madalama faasiülemineku temperatuuriga? (erinevad rasvhapped )
faasiüleminek – muutub lipiidimolekulide asetumise korrapära temperatuuri mõjul (membraan sulab: geelias...poolvedel)
Kaskikside põhjustab süsivesinikahela kõverdumist ja ei võimalda hüdrofoobsete sabade tihedat kokkupakkimist, seega omandab selline membraan geelja struktuuri alles küllaltki madalatel temperatuuridel . Mida pikem süsinikahel, seda kõrgemal temperatuuril sulab.
84. Mida tähendab mõiste – amfifiilne molekul ?
Integraalsed membraanivalgud on amfifiilsed: membraanis paiknevad hüdrofoobsed aminohappejäägid väljaspool lipiidset kaksikkihti asuvad eelkõige hüdrofiilsed jäägid
85. Miks on küllastumata rasvhapete baasil moodustunud fosfolipiidide poolest rikastel membraanidel madalam faasiülemineku temperatuur?
Soojendamisel toimub fosfolipiidses membraanis faasiüleminek mille käigus tekib desorienteeritud struktuur. Selle faasiülemineku temperatuur Tm sõltub membraani fosfolipiidsest koostisest. Tm alandavaks faktoriks on väikesema molekulmassiga rasvhapped ja kaksiksidemed nende koosseisus. Kolesterooli sisaldus toob kaasa aeglasema faasiülemineku laiemas temperatuurivahemikus. Rakud reguleerivad membranide fosfolipiidset koosseisu selliselt , et säiliks membraanide optimaalne voolavus
86.Milline toodud molekulidest võiks olla kolesterool .
Antud juhul c.
87.Milline võib olla steroidihormoon?
(Steroidid - klass ühendeid, mis sisaldavad 4 kondenseerunud tsüklit.)
88.
a) plasmamembraanide erinev lipiidne koostis
b) erinevad valgud ja oligosahhariidid
89. Mida tähendab membraanilipiidide lateraalne difusioon ? membraanides olevad molekulid, nagu valgud, on võimelised kahedimensionaalseks liikumiseks membraanis ehk membraani tasapinnas toimuvaks difusiooniks. Difusioon on hajumine v levimine (antud kontekstis siis saavad molekulid mööda membraani ringi seigelda).
90. Kas transmembraanne valk on:
a) integraalne membraanivalk
b) perifeerne membraanivalk c)membraanilipiidide „flip-flop”
91.
Mempraanilipiidide flip-flop tähendab nende hüppamist membraani ühelt küljelt teisele läbi membraani.
92.Miks on membraanlipiidide „flip-flop” aeglasem kui lateraalne difusioon?
Konspektist „Lipiidid ja membraanid”: Selleks, et fosfolipiidi molekul saaks hüpata membraani ühelt küljelt teisele (flip-flop,) peab ta hüdrofiilne osa vahepeal lahkuma vesikeskkonnast ja läbima hüdrofoobse membraani sisekeskkonna. Selline üleminek on energeetiliselt ebasoodne ja seega on flip-flop vähetõenäoline ja aeglane protsess.
93. Kus võib membraanidega ühendatud sahhariide kõige suurema tõenäosusega kohata?
a)plasmamembraani välisküljel
b)plasmamembraani siseküljel c) tuumamembraani välisküljel
94.
95. Kas valgu membraani läbiv osa on rikas: a)hüdrofoobsete aminohappejääkide poolest b)hüdrofiilsete aminohappejääkide poolest c)disulfiidsildade poolest
membraantransport, ensüümid, vitamiinid , regulatsioon
NB!----->siit alates on tegijaid 20, paluks arvesse võtta
1. Kirjutage võrrand, mis seob omavahel difusiooniga seotud vabaenergia muutuse ja kontsentratsiooni gradiendi (aine kontsentratsioon rakus sees jagatud aine kontsentratsioon rakust väljas).
Δ G=RTln(Cin/Cout)
2. Aine A liigub rakku passiivse difusiooni teel. Milline on difusiooniga seotud vabaenergia muutus olukorras, kus aine A kontsentratsioon rakus ja rakuvälises keskkonnas on võrdne. a) ei tea b) 0 c) negatiivne d) positiivne ΔG = RT ln(Cin/Cout)
Tasakaaluolek (ΔG = 0) võib erineda olukorrast Cout = Cin juhul kui: Membraanil esineb membraanpotentsiaal ja transporditav aine on laenguga Membraantranspordiga on ühendatud mingi teine protsess mida iseloomustab ΔG ` Rakus sees toimub transporditava aine modifitseerimine või sidumine
3. Millise ühendi passiivne difusioon läbi rakumembraani on kõige aeglasem ja millise kõige kiirem (erinevad ühendid) a) glükoos b) H2O c) Na+
4. Kirjutage võrrand, mis seob omavahel difusiooniga seotud vabaenergia muutuse ja kontsentratsiooni gradiendi (aine kontsentratsioon rakus sees jagatud aine kontsentratsioon rakust väljas) ning arvestab ka membraanpotentsiaali.
5. Milline võiks olla tavaliselt raku membraanpotentsiaal suunal väljast sisse? a) 0 V b) + 0,1 V c) – 0,1 V Kui sees on ülekaalus negatiivne laeng, on pot. negatiivne, positiivse laengu ülekaalu korral positiivne. Aga tavajuhul jah -0,1 V
6. Rakumembraanil esineb membraanpotentsiaal + 70 mV (suunal seest välja). Milline on Na+ ioonide kontsentratsioonide suhe ([Na+]sees/[Na+]väljas) tasakaaluolekus ja kumbal pool membraani on Na+ kontsentratsioon suurem? (arvutuskäik, võivad olla erinevad arvud)
7. ATP hüdrolüüsi ΔG on -30 kJ/mol. Mitme kordse aine kontsentratsiooni gradiendi saab selle arvel rakumembraanile luua, kui kogu ATP hüdrolüüsi energia kasutatakse aine transportimiseks läbi membraani? (arvutuskäik, võivad olla erinevad arvud) ATP hüdrolüüsi ΔG on -30 kJ/mol. Mitme kordse aine kontsentratsiooni gradiendi saab selle arvel rakumembraanile luua, kui kogu ATP hüdrolüüsi energia kasutatakse aine transportimiseks läbi membraani? (arvutuskäik, võivad olla erinevad arvud) Vastavalt valemile dG=RTlnK, kus d on delta e muutus ja K antud juhul kontsentratsioonide suhe rakus sees ja rakust väljas, siis avaldades saame, et kontsentratsioonide suhe on võrdne arvuga e astmes dG/RT
8. Milliseks kujuneb aine kontsentratsiooni gradient membraanil kui transportimiseks kasutatakse kandjate vahendatud passiivset transporti ja transport on jõudnud tasakaaluolekusse?
9. Kas kandjate vahendatud passiivne transport võimaldab: a) luua membraanile aine kontsentratsiooni gradienti
b) transporditava aine akumuleerumist rakus - pooride puhul c) aine kiirendatud liikumist läbi membraani
(sama küsimus ka pooride vahendatud passiivse transpordi kohta)
10. Organismid kasutavad ainete transportimiseks läbi rakumembraani tihti pooride vahendatud passiivset transporti. Kas sellised poorid on transporditava aine suhtes tavaliselt spetsiifilised või mittespetsiifilised? spetsiifilised
11. Teatud antibiootikumid nagu poriinid moodustavad peremeesraku membraanidesse kanaleid . Kas tulemuseks on: a) mürkide selektiivne liikumine rakku
b) ainete valimatu liikumine läbi rakumembraani- b lukus
c) toitainete selektiivne liikumine rakust välja
12. Antibiootikum valinomütsiin käitub, kui K+ iooni kandja kiirendades viimase liikumist läbi rakumembraani. Kuidas mõjutab valinomütsiin K+ ioonide gradienti rakumembraanil? a) suurendab
b) vähendab?
c) ei mõjuta
Valinomütsiin on ioonkandjana funktsioneeriv antibiootikum. Ligikaudu kerakujulise tsüklilise oligomeeri välispind on hüdrofoobne võimaldades sisenemist membraani sisekeskkonda. Kera hüdrofiilne sisepind pakub transporditavale ioonile (K+) soodsat (vee hüdratatsioonikihti matkivat) keskkonda. Tulemuseks on K+ kiirendatud difusioon läbi rakumembraani.
13. Kas pooride vahendatud passiivne transport on oluliselt kiirendatud juhul kui temperatuur on: a) kõrgem kui membraani faasiülemineku temperatuur b) madalam kui membraani faasiülemineku temperatuur c) ei sõltu oluliselt temperatuurist Kui küsimus oleks kandjate vahendatud passiivse transpordi kohta, siis oleks vastus A ehk kõrgem kui membraani faasiülemineku temperatuur
14. Joonistage graafik , mis esitab aine transpordi kiiruse sõltuvuse membraanil esinevast aine kontsentratsiooni gradiendist. Kujutage graafikul passiivsele transpordile ja vahendatud passiivsele transpordile vastav kõver.
15. Primaarne aktiivne transport kasutab ATP hüdrolüüsi energiat (sama küsimus ka sekundaarse aktiivse transpordi ja vahendatud passiivse transpordi kohta)
a) vahetult b) kaudselt c) ei kasuta
1) Pimaarne akriivne tran .- ATP hürd. en. Kasutatakse vahetult 2) Sekundaarne aktiivne tr – ATP hü. En. Kasutatakse kaudselt 3) ei kasutata
aktiivne transport – ainete trantsport vastu nende kontsentratsioonigradienti - kulutatakse energiat passiivne transtport – molekulide soojusliikumisest põhjustatud – kooskõlas kontsentratsioonigradiendiga
16. Sooleepiteeli rakkudes saab glükoosi transportimine vastu kontsentratsiooni gradienti toimuda tänu glükoosi sisenemisega kaasnevale Na+ iooni sisenemisele rakku. Kas tegemist on: a) primaarse aktiivse transpordiga
b) sekundaarse aktiivse transpordiga
c) kiirendatud difusiooniga
17. Milliste ühendite transport rakku on soodustatud membraanpotentsiaali poolt (rakust väljuval suunal + 100 mV)? (võivad olla erinevad ühendid) a) Na+ b) Cl- c) glükoos
18. Kas tagurpidi töötav ioonpump : a) loob rakumembraanile pumbatava iooni gradiendi b) võimaldab fosfoanhüdriidsideme efektiivset hüdrolüüsi c) võimaldab fosfoanhüdriidsideme sünteesi
19. Erütrotsüütides on kogu O2 kontsentratsioon oluliselt kõrgem, kui rakke ümbritsevas vereplasmas. Samas ei sea erütrotsüütide membraanid O2 liikumisele erilist takistust. Kuidas see võimalik on?
Vaba O2 kontsentratsioon on mõlemal pool erütrotsüütide(punaliblede) rakumembraani tõepoolest võrdne. Aga kuna erütsotsüüdi sees on suur osa hapnikust seotud hemoglobiiniga
siis on ka raku sisene hapnikukontsentratsioon oluliselt suurem.
Erütrotsüütides on kogu O2 kontsentratsioon oluliselt kõrgem, kui rakke ümbritsevas vereplasmas. Samas ei sea erütrotsüütide membraanid O2 liikumisele erilist takistust. Kuidas see võimalik on? Erütrotsüüdid seovad hapniku, moodustub kompleks ja vaba hapniku kontsentratsioon rakus väheneb selle arvelt.
20. Seletage modifitseerimise kaudu toimiva transpordi põhimõtet.
Rakku kas passiivse või vahendatud passiivse difusiooni kaudu sisenenud molekuliga toimub keemiline modifitseerimine nii, et see molekul ei ole enam võimeline rakumembraani läbima ja rakust väljuma. Selle tulemusena hakkab rakus sees akumuleeruma (kuhjuma) modifitseeritud molekul. Sellist meetodit kasutavad paljud bakterid just erinevate suhkrute importimiseks rakku.
(Membraantransport lk 9)
21. Paljud bakterid kasutavad glükoosi transportimiseks rakku transpordiga paralleelselt toimuvat glükoosi fosforüleerimist. Kas tegemist on: a) aktiivse transpordiga
b) passiivse difusiooniga
c) vahendatud passiivse difusiooniga
22. Millised väited on õiged? Katalüsaator:
a) kiirendab keemiliste reaktsioonide toimumist
b) suurendab reaktsiooni kiiruskonstanti c) suurendab reaktsiooni tasakaalukonstanti d) muudab reaktsiooni termodünaamiliselt soodsamaks e) kiirendab spetsiifiliselt just pärisuunalist reaktsiooni
23. Katalaas katalüüsib vesinikperoksiidi lagundamist. Kas katalaasi hulk reaktsiooni käigus: a) suureneb b) väheneb c) ei muutu Katalaas on katalüsaator. Ja katalüsaatori hulk reaktsiooni käigus ei muutu.
24. Ensüüm katalüüsib pöörduvat reaktsiooni A ↔ B. Mis hakkab toimuma ensüümi lisamisel aine B lahusele? a) mitte midagi ??? b) hakkab moodustuma ainet A c) hakkab kasvama aine B kontsentratsioon katalüsaator ainult kiirendab reaktsiooni aga ei muuda selle tasakaaluolekut
25. Vaatame pöördumatut reaktsiooni A → B. Kuidas avaldub reaktsiooni kiirus aine A kontsentratsiooni kaudu? V = - d[A]/dt Miinusmärk seepärast, et aine A vähenemine on negatiivne nähe, reakts. kiirus aga on defineeritud positiivse väärtusena. Kui oleks avaldatud B kaudu, siis miinust poleks.
26. Mitmendat järku reaktsiooniga on tegemist? (erinevad reaktsioonid) a) E + L → EL 2. järk b) EL → E +L 1. järk
27. Ensüümi E tasakaalulisel seostumisel ligandiga L moodustub ensüüm-ligand kompleks. Kuidas avaldub dissotsiatsiooni- ja assotsiatsiooni tasakaalukonstant ühendite kontsentratsioonide kaudu. Millised on tasakaalukonstantide mõõtühikud? Dissotsiatsioon on kompleksi lagunemine e lugejasse E ja L konts-d ja nimetajasse EL konts. Assotsiatsioonil ehk ühinemisel on lugejas EL konts. ja nimetajas E ja L kont-de korrutis. Seega dissotsiatsiooni K mõõtühik on M ja assotsiatsiooni K mõõtühik on 1/M.
28. Millest võib sõltuda keemilise reaktsiooni kiiruskonstant ? (sama küsimus ka tasakaalukonstandi kohta). a) reageerivate ainete kontsentratsioonidest (Kiiruskonstant, erinevalt reaktsiooni kiirusest, ei sõltu reageerivate ainete kontsentratsioonist ja ajast.)
b) temperatuurist c) katalüsaatori juuresolekust-Mida suurem on reaktsiooni kiiruskonstant, seda kiirem see reaktsioon on
tasakaalukonstant?
a) reageerivate ainete kontsentratsioonidest- ei sõltu
b) temperatuurist
c) katalüsaatori juuresolekust- ei muuda. katalüsaator ainult kiirendab keemiliste reaktsioonide toimumist kuid ei muuda nende tasakaaluolekut (reaktsiooni tasakaalukonstanti)
29. Esimest järku pöördumatus reaktsioonis on lähteaine A kontsentratsiooni [A] sõltuvus ajast t antud järgmise seosega [A] = [A]0 e-kt, kus[A]0 on lähteaine algkontsentratsioon ning k reaktsiooni kiiruskonstant. Kuidas avaldub reaktsiooni poolestusaeg kiiruskonstandi kaudu?
t1/2 = 0,69/k1
30. Mida näitab reaktsiooni poolestusaeg? a) aega, mille jooksul kiiruskonstandi väärtus on langenud 2 korda
b) aega, mille jooksul pool lähteainest on ära reageerinud
c) aega, mille jooksul on tekkinud ½ mooli produkti
31. Reaktsiooni A ↔ B tasakaalukonstant on 1000. Mida see meile ütleb? a) reaktsiooni A → B kiiruskonstant on suurem, kui reaktsiooni B → A kiiruskonstant b) reaktsiooni B → A kiiruskonstant on suurem, kui reaktsiooni A → B kiiruskonstant
c) ei saa öelda, kas suurem on reaktsiooni A → B või B → A kiiruskonstant
32. Pöördumatu reaktsiooni poolestusaeg on 10 min. Hetkel kui reaktsioon on käinud 1 tund on lähteaine kontsentratsioon 10 mM. Milline on lähteaine kontsentratsioon, kui reaktsioon on käinud 1 tund ja 20 min. (erinevad arvud). 13,3mM
33. Reaktsiooni A ↔ B tasakaalukonstant on 1 ja reaktsiooni C ↔ D tasakaalukonstant on 1000. Milline väide on õige? a) reaktsiooni A → B kiiruskonstant on suurem, kui reaktsiooni C → D kiiruskonstant b) reaktsiooni C → D kiiruskonstant on suurem, kui reaktsiooni A → B kiiruskonstant
c) ei saa öelda, kas suurem on reaktsiooni A → B või C → D kiiruskonstant
34. Millele vastab keemilise reaktsiooni üleminekuolek? a) lokaalsele energia miinimumile reaktsiooni teel
b) maksimaalse energiaga olekule reaktsiooni teel
c) lähteainete ja produktide energeetilisele erinevusele
35. Keemilise reaktsiooni kiiruskonstant: a) on seda suurem, mida madalam on reaktsiooni aktivatsioonienergia b) on seda väiksem, mida madalam on reaktsiooni aktivatsioonienergia
c) ei sõltu reaktsiooni aktivatsioonienergiast
loengud (powerpoint)- "katalüüs", slaid 14???
36. Katalüsaator:
a) alandab keemilise reaktsiooni aktivatsioonienergiat
b) suurendab keemilise reaktsiooni aktivatsioonienergiat c) ei mõjuta keemilise reaktsiooni aktivatsioonienergiat
37. Katalüsaator võib alandada reaktsiooni teel esinevat energeetilist barjääri:
a) stabiliseerides üleminekuolekut
b) destabiliseerides üleminekuolekut
c) muutes reaktsiooni teed
d) ei saagi alandada energeetilist barjääri
38. Nimetage kaks aminohappejääki, mis vahendavad ensüümides elektrostaatilist katalüüsi (füsioloogilises pH vahemikus). Arg, Asp
39. Nimetage kaks aminohappejääki, mis vahendavad ensüümides üldise happe-aluse katalüüsi (füsioloogilises pH vahemikus). Histidiini jääk (kindlalt) ja tsüsteiin?
40. Nimetage kaks aminohappejääki, mis vahendavad ensüümides kovalentset katalüüsi (füsioloogilises pH vahemikus).
Ser - seriin , Cys - tsüsteiin, His - histidiin
Tihti läbivad katalüüsitud reaktsioonid katalüüsimata reaktsioonidega võrreldes aga sootuks erineva reaktsiooni tee. Näiteks võivad ensüümkatalüüsitud reaktsioonide puhul esineda kovalentsed ensüüm­vaheühend vahekompleksid, mille esinemine katalüüsimata reaktsioonide puhul ei ole võimalik ( kovalentne katalüüs). Vaheühendite esinemisel asendub üks kõrge energeetiline barjäär, ensüümi juuresolekul kahe madalama barjääriga ja reaktsioon on kiirendatud.
41. Millisel juhul on katalüüs kõige efektiivsem? Ensüümi aktiivtsenter on komplementaarne;
a) üleminekuolekuga
b) substraadiga c) produktiga
42. Mida võimaldas seletada Fischeri „luku ja võtme” hüpotees? a) katalüüsi efektiivsust
b) katalüüsi spetsiifilisust
c) katalüüsi sõltuvust temperatuurist
43. Seriin proteaasid :
a) katalüüsivad peptiidsideme hüdrolüüsi seriinijäägi kõrvalt
b) katalüüsivad ainult seriinijääkidest koosnevate polüpeptiidide hüdrolüüsi c) omavad katalüütiliselt olulist seriinijääki
44. Seriin proteaasid erinevad üksteisest:
a) substraadi spetsiifilisuse poolest
b) katalüüsi üldise mehhanismi poolest c) hüdrolüüsitava keemilise sideme tüübilt
45. Kirjutage Michaelis-Menteni võrrand. Märkige juurde konstantide nimetused, ühikud.
V = kcat[E]t[S]/(KM + [S])
k=katalüütiline konstant (s-1)
catKM= Michaelise konstant ( Mool ) on substraadi kontsentratsioon, mille juures ensüümkatalüüsitav reaktsioon on saavutanud poole oma piirkiirusest. [S]=substraadi kontsentratsioon (M) [E]t=ensüümi kontsentratsioon (M)
46. Milliste ühikutega võiks põhimõtteliselt mõõta katalüütilist konstanti? (võivad olla erinevad ühikud) a) mol/L b) mol/s c) 1/s d) 1/h e) L/s (sama küsimus ka Michaelise konstandi ja spetsiifilisuse konstandi kohta)
47. Millised väited on õiged Michaelise konstandi (KM) kohta: a) on substraadi kontsentratsioon, mille juures on ensüümkatalüüsitav reaktsioon saavutanud oma piirkiiruse b) mida väiksem on KM, seda nõrgemini ensüüm vastavat substraati seob c) on teist järku kiiruskonstant d) on näiline dissotsiatsioonikonstant e) on substraadi kontsentratsioon, mille juures on ensüümkatalüüsitav reaktsioon saavutanud poole oma piirkiirusest
48. Millised väited on õiged katalüütilise konstandi (kcat) kohta:
a) on alati esimest järku kiiruskonstant b) näitab mitme substraadimolekuli ära reageerimist on üks ensüümi aktiivtsenter võimeline ajaühikus katalüüsima
c) mida suurem on kcat, seda tugevamini seob ensüüm vastavat substraati d) on näiline dissotsiatsioonikonstant e) tema ühikuks võib olla sekund
49. Millele vastavad Vmax , KM ja Vmax/KM alltoodud graafikul?
V = 450nM/s
maxKM=0,5 mM
V/KM = 0.9
max
50. Joonisel on toodud ensüümkatalüüsitava reaktsiooni kiiruse sõltuvus substraadi kontsentratsioonist. Andke hinnang, kui suur võiks olla ensüümi KM vastava substraadi jaoks ja reaktsiooni piirkiirus (koos ühikutega). (võivad olla erinevad joonised).
= 1,1 nM/min
maxKM=100 nM
51. Mis sisulist vahet on olukordadel, kus ühend A on tasakaaluolekus või statsionaarses olekus?
Empiirilises mõttes ei ole vahet, kas ensüüm- substraat kompleks on statsionaarses olekus või tasakaaluolekus. Mõlemal juhul on tema kontsentratsioon [ES] ajas muutumatu. Erinevus seisneb selles, et tasakaaluolekus on võrdsed päri- ja vastassuunalise reaktsiooni kiirused, statsionaarses olekus on aga võrdsed ES(ensüüm-substraat) kompleksi juurde toovate ja ära viivate reaktsioonide summaarsed kiirused (ära viiv tee võib olla ka mõni muu tee peale otsese pöördreaktsiooni).
52. Ensüüm-substraat kompleks on statsionaarses olekus. Mida see meile ütleb? a) ensüüm on substraadiga küllastunud
b) ensüüm-substraat kompleksi kontsentratsioon ajas ei muutu
c) ensüümil on kõrge afiinsus substraadi suhtes
53. Ensüüm-substraat kompleks on tasakaaluolekus. Mida see meile ütleb?
a) ensüüm-substraat kompleksi kontsentratsioon ajas ei muutu
b) ensüümil on antud substraadi jaoks väike KM c) ensüümkatalüüsitav reaktsioon on difusioonlimiteeritud

Kuidas leiaksite joonisel toodud graafikult ensüümkatalüüsitava reaktsiooni Vmax ja ensüümi KM substraadi jaoks?

Kirjeldage lineaarse regressioonanalüüsi põhimõtet.
Oletame, et me tahame teada, kas meie poolt uuritava ensüümi kineetika allub Michaelis-Menteni võrrandile ja kui, siis soovime leida ka parameetrite kja KM arvulisi väärtusi.
cat
Selleks on meil vaja mõõta ensüümkatalüüsitava reaktsiooni kiirusi - tuleb teostada rida katseid, kus igas katses mõõdame reaktsiooni algkiirust (NB! Michaelis-Menteni võrrandisse lähevad algkiirused) mingil substraadi kontsentratsioonil. Lineaarne regressioon hõlmab katseandmete lähendamist sirge võrrandile. Selle sirge võrrandi parameetritest (tõus ja vabaliige) on lihtne leida otsitavad ensüümkineetika parameetrid V
max ja KM.. Kui katses kasutatud koguensüümi kontsentratsioon [E]on teada, siis on Vpõhjal
t max lihtne leida ka kväärtus, k= V/[E]t.
cat cat max
56. Kuidas on ensüümkatalüüsitava reaktsiooni piirkiirus seotud koguensüümi kontsentratsiooniga (valem)?
Vmax=kcat[E]t
V=Vmax[S]/(Km+[S])
57. Ensüüm on võimeline kasutama kolme alternatiivset substraati A, B ja C. Ensüümi kcat/KM väärtused substraatide A, B ja C jaoks on vastavalt 105 M-1s-1, 102 M-1s-1 ja 0,1 M-1s-1. Reastage substraadid alustades ensüümi jaoks kõige parema substraadiga.

105 M-1s-1

102 M-1s-1

0,1 M-1s-1
Mida suurem kcat/KM seda efektiivsem on katalüüs.

Ensüümi KM substraatide A, B ja C jaoks on vastavalt 0,1 M, 10 μM ja 0,1 mM. Reastage substraadid alustades ensüümiga kõige tugevamini seostuvast substraadist.

Milline väide on õige konkurentse inhibiitori kohta? Konkurentne inhibiitor : a) alandab ensüümi KM substraadi suhtes
b) omab substraadiga võrreldes sama või ülekattuvat seostumiskohta ensüümil
c) alandab katalüütilist konstanti d) suurendab katalüütilist konstanti
e) substraadi seostumine ensüümiga on konkurentse inhibiitori juuresolekul näiliselt nõrgem
60. Konkurentse inhibiitori juuresolekul määratud ensüümi KM substraadi jaoks on tegeliku KM väärtusega võrreldes: a) suurem b) väiksem c)sama
Inhibiitorid - ained, mis alandavad ensüümkatalüüsitavate reaktsioonide kiirust – mõjuvad ensüümile kui katalüsaatorile.
KM – näiline dissotsiatsioonikonstant, Michaelise konstant
(Ensüümkineetika lk 12; keeruline valemitemängJ)
61. Konkurentse inhibiitori juuresolekul määratud ensüümi katalüütiline konstant on tegeliku kcat
väärtusega võrreldes: a) suurem b) väiksem c)sama
62. Kas pöörduva inhibitsiooni puhul moodustab inhibiitor ensüümiga: a) kovalentse kompleksi b)mittekovalentse kompleksi (mis on tasakaalus vaba ensüümi ja vaba inhibiitoriga) c) ei moodusta kompleksi (sama küsimus ka pöördumatu inhibitsiooni kohta)
63. Kas katalüsaatorimürkideks nimetatakse pöörduvaid või pöördumatuid inhibiitoreid? pöördumatuid
64. Miks toimivad pöördumatud inhibiitorid tihtipeale organismide jaoks mürkidena ja mõjuvad hukatuslikult juba väga väikestes hulkades ?
65. Ühendid A, B ja C on ensüümi jaoks konkurentsed inhibiitorid Ki väärtustega vastavalt 10-13 M, 0,1 mM ja 10 nM. Reastage inhibiitorid alustades kõige tugevamast inhibiitorist.
1. C 2. B 3. A Ehk siis, mida väiksem on inhibiitori Ki(inhibitsioonikonstant) väärtus, seda tugevam see inhibiitor on.
66. Märkige ära milline joonisel toodud katseseeria on mõõdetud konkurentse inhibiitori juuresolekul ja milline puudumisel? Ülemine ilma ja alumine koos konkurentse inhibiitoriga.
67. Märkige ära milline joonisel toodud katseseeria on mõõdetud konkurentse inhibiitori juuresolekul ja milline puudumisel?
Joonis 12.5. Konkurentse inhibiitori mõju ensüümkineetikale. A) Originaalteljestik V versus [S]. Üks kõveratest on saadud konkurentse inhibiitori I juuresolekul (+I) ja teine puudumisel (-I). Pange tähele, et konkurentne inhibiitor mõjutab reaktsiooni kiirust kõige enam madalatel substraadi kontsentratsioonidel.
Ülemine graafik on ilma ….
68. Mille alusel klassifitseeritakse EC (ensüümide komisjon ) nomenklatuuris ensüümid?
a) katalüüsitava reaktsiooni järgi
b) ensüümi struktuuri järgi c) katalüüsi mehhanismi järgi
69. Millised nimetatud molekulidest võiksid olla ensüümid? (erinevad molekulid) a) pulluloos b) glükoosi oksüdaas c) invertaas d) kobalamiin e) tokoferool
70. Nimetage ensüümide põhiklass, kuhu kuuluvad ensüümid, mis katalüüsivad molekulidevahelise grupiülekande reaktsioone? (sarnane küsimus kõigi kuue ensüümide põhiklassi kohta). transferaas, (ülejäänud grupid oksüreduktaasid, hüdrolaasid, lüaasid, isomeraasid, ligaasid . ligaasid teevad ühinemist atp energiat kasutades)
71. Milline molekul võiks olla kofaktor?
a) metalliioon
b) multimeerse valgu üks subühik c) monomeerse valgu väikseim domeen
72. Millised nimetatud vitamiinidest on vees- ja millised rasvlahustuvad ? a) nikotiinamiid b) tiamiin c) retinool
vees vees rasv
(küsimuses võib esineda kolm vitamiini järgmiste hulgast: nikotiinamiid, riboflaviin, tiamiin, püridoksiin, pantoteenhape, foolhape , askorbiinhape , kolekaltsiferool, retinool, tokoferool).
Veeslahustuvad:
Niatsiin (PP) – NAD+, NADP+ Riboflaviin (B2) – FMN, FAD Tiamiin (B1) – tiamiin pürofosfaat Püridoksiin (B6) – püridoksaal fosfaat Pantoteenhape – CoA Foolhape (B10) - THF Askorbiinhape (C)
Rasvlahustuvad:
Retinoidid (A) Kaltsiferoolid (D) Tokoferoolid (E)
73. Millised toodud vitamiinidest on vees- ja millised rasvlahustuvad? (küsimuses võib esineda kolm vitamiini järgmiste hulgast: nikotiinamiid, riboflaviin, tiamiin, püridoksiin, pantoteenhape, foolhape, askorbiinhape, kolekaltsiferool, retinool, tokoferool). Ülemise rea parempoolne on tiamiin ja see on vees lahustuv. Tema kõrval, ülemisel real vasakul on tokoferool, mis on rasvlahustuv. Alumisel real ehk tiamiini all on askorbiinhape ja see on vees lahustuv.
74. Millised koensüümid on kujutatud joonisel?
a)NAD+ b) püridoksaalfosfaad
(küsimuses võib esineda kaks koensüümi järgmiste hulgast: NAD+, FAD, tiamiinpürofosfaat, CoA, püridoksaal fosfaat)
75. Märkige ringiga ära koensüümi keemiliselt reaktiivne osa. (küsimuses esineb üks koensüüm järgmiste hulgast: NAD+, FAD, CoA, püridoksaal fosfaat)
76. Milliste reaktsioonide katalüüsi assisteerivad reeglina metalliioonid? a) atsüülgrupi ülekanne b) dekarboksüleerimine c) redoksreaktsioonid
77. Ühendage omavahel nooltega reaktsiooni tüüp ja vastava reaktsiooni katalüüsi vahendav koensüüm: redoksreaktsioonid ->NAD+ dekarboksüleerimine ->tiamiin pürofosfaat atsüülgrupi ülekanne ->CoA transamineerimine ->püridoksaal fosfaat Järjekord muudetud
78. Milline vitamiin moodustub nahas UV kiirguse toimel? a) A b) B1 c) C d) B6 e) D
79. Millised molekulid võivad toimida biokatalüsaatoritena? a) valk b) polüsahhariid c) lipiid d) nukleiinhape Enamik biokatalüsaatoritest on valgud. Ülejäänute kohta täpsed andmed puuduvad, aga salastatud allikast saadud informatsiooni põhjal võib arvata, et lipiidid on kuidagi seotud regulatsiooni ja kaudselt ka katalüüsiga.
80. Mille vastu moodustatakse katalüütilised antikehad ? Katalüüsitava reaktsiooni: a) substraadi
b) üleminekuoleku analoogi
c) produkti
Ensüüm seostub kõige tugevamini mitte substraadiga tema põhiolekus vaid üleminekuolekule lähedase struktuuriga. Sellest lähtuvalt on üritatud produtseerida antikehi ka mingi reaktsiooni üleminekuoleku struktuuri matkivate ühendite vastu lootuses, et selline antikeha seob (ja seega stabiliseerib) antud reaktsiooni üleminekuolekut ja käitub katalüsaatorina.
81. Millised on need kaks RNA omadust, mis annavad alust pidada just RNA-d keskseks molekuliks elu varases evolutsioonis ? a) polaarne iseloom
b) potentsiaalne isereplitseerumise võime c) võimalik katalüütiline aktiivsus
d) summaarne negatiivne laeng e) polümeeriahela suunalisus
82. Mis on metabolismi regulatsiooni lõplikuks eesmärgiks? a) ensüümide kindel hulk b) ensüümide kindel aktiivsus c) biokeemiliste reaktsioonide toimumise kiiruse kontroll
83. Kuidas toimib regulatsioon substraadi tasandil?
substraatide ja produktide hulga kaudu
84. Ensüümi KM substraadi jaoks on 10 mM. Substraadi kontsentratsioon rakus on: a) 1,0 mM b) 10 mM c) 100 mM Millisel juhul peegeldub substraadi kontsentratsiooni 20% -line kasv kõige paremini reaktsioonikiiruse kasvus , millisel juhul kõige halvemini? (võivad olla erinevad arvud)
85. Substraadi kontsentratsioon rakus kasvab 20 μM -lt 40 μM-ni. Milline võiks olla ensüümi KM substraadi suhtes, et eeltoodud substraadi kontsentratsiooni kasvuga kaasneks kõige suurem reaktsioonikiiruse kasv? a) 1 μM b) 100 μM c) 1,0 mM (võivad olla erinevad arvud) Mida väiksem on KM väärtus mingi ensüümi ja substraadi jaoks seda suurem on ensüümi afiinsus selle substraadi suhtes.
86. Ensüümi KM substraadi jaoks on 1,0 mM. Substraadi kontsentratsioon rakus on 70 mM, kas sellistes tingimustes on võimalik efektiivne regulatsioon substraadi tasandil? Põhjendage. (võivad olla erinevad arvud).
ei ole.. Ensüümi KM peab olema suurem kui substraadi konsentratsioon
87. Fosfofruktokinaas katalüüsib järgmist reaktsiooni: Fruktoos-6-fosfaat + ATP → Fruktoos-1,6-bisfosfaat + ADP Fosfofruktokinaasi aktiivsuse kaudu toimub glükolüüsiraja regulatsioon. Miks on vajalik fosfofruktokinaasi aktiivsuse allosteeriline regulatsioon ATP poolt?
Allosteeriline regulatsioon on regulatsioon neg. tagasisideme kaudu. Glükolüüsiraja eesmärgiks on toota ATP-d. Kui ATP-d on juba piisavalt palju, siis pole seda enam mõtet toota ja on tarvis vastavat sünteesireaktsiooni inhibeerida e pidurdada. Kõige lihtsam on seda teha neg. tagasisideme kaudu ehk kui produkti on juba piisavalt palju, siis toimub produkti seostumine sünteesi katalüseeriva valguga, mis muudab oma kuju ja selle tulemusel reaktsioon aeglustub.
88. Rakus toimib biokeemiline rada: A → B → C → D → E Miks on otstarbekas reguleerida aine E kaudu just reaktsiooni A → B katalüüsivat ensüümi? Sest siis ei akumuleeru vaheühendeid, mis ei ole vajalikud.
89. Kuidas võiks toimida kõige efektiivsemalt regulatsioon tagasiside kaudu? Märkige juurde millise ühendi poolt ja kuidas peaks antud metabolismirada reguleerima. A → B → C → D → E Kui ühendit E saab juba liiga palju siis tema akumuleerumine inhibeerib A -> B reaktsiooni
90. Rakus on tegemist harukohta sisaldava metabolismirajaga. Rakul on vaja ühendeid F ja I võrdsetes hulkades. Milliste ühendite poolt ja milliseid etappe peaks tagasiside kaudu inhibeerima ja aktiveerima , et saavutada olukord, kus F ja I esineksid võrdsetes hulkades ja samuti oleks kontrollitud F + I summaarne hulk rakus? D → E → F ↑ A → B → C ↓ G → H → I Kui F’i saab liiga palju siis ta peab inhibeerima C -> G katalüüsivat ensüümi või aktiveerima C-> D katalüüsivat ensüümi ja kui I’d saab liiga palju siis ta peab inhibeerima C-> D katalüüsivat ensüümi või aktiveerima C->G katalüüsivat ensüümi.
91. Miks on tagasiside kaudu reguleeritavad ensüümid reeglina allosteerilised ensüümid?
Kuna metabolismirajad sisaldavad tavaliselt palju erinevaid etappe, siis ei ole raja lõpp- produkt oma struktuurilt reeglina sarnane selle raja lähteühendiga (valmistoodang ja tooraine on teineteisest erinevad). Seega ei ole tõenäoline ka raja lõpp-produktide seostumine raja esimese ensüümi aktiivtsentrisse ning tagasiside kaudu reguleeritavad ensüümid sisaldavad lisaks aktiivtsentrile ka eraldi regulaatorite seondumise kohta või kohti. Neid kohti nimetatakse allosteerilisteks seostumiskohtadeks ja neid reguleerivaid ensüüme-allosteerilisteks ensüümideks. krt kas keegi oskaks seda lühemalt sõnastada, ma ei oska?
92. Millised väited on õiged allosteerilise ensüümi kohta? Allosteeriline ensüüm: a) käitub efektori puudumisel vastavalt Michaelis-Menteni kineetikale??? b) on reeglina monomeerne ensüüm
c) on reeglina multimeerne ensüüm d) sisaldab aktiivtsentrist eraldi seisvat efektormolekulide seostumiskohta
e) on alati glükosüleeritud
Allosteerilised ensüümid on eranditult multimeersed valgud, s.t. nad koosnevad rohkem kui ühest subühikust ja sisaldavad seega ka rohkem kui ühte aktiivtsentrit (iga subühik sisaldab ühe aktiivtsentri). Allosteerilistele valkudele on omane substraatide (homoallosteeria) ja regulatoorsete efektormolekulide (heteroallosteeria) kooperatiivne seostumine valguga.
lisaks joonis 14,4
93. Visandage reaktsioonikiiruse sõltuvus substraadi kontsentratsioonist juhul kui ensüüm seob oma substraati kooperatiivselt. Regulatsiooni konspektis joonisel 14.2 lk.11 on see joonis olemas.
94. Märkige juurde milline graafikul kujutatud kõveratest vastab allosteerilise ensüümi kineetikale: 050100150200250300350020406080100120[S] (mM)V (nM/min) a) efektori puudumisel b) allosteerilise inhibiitori juuresolekul c) allosteerilise aktivaatori juuresolekul
95. Milleks on vajalik O2 kooperatiivne seostumine hemoglobiinile?
Hapniku kooperatiivse seostumise mõte hemoglobiinile seisneb selles, et kui kopsudes (kõrge O2
kontsentratsioon) on hemoglobiini afiinsus hapniku suhtes suur ja ta on hapnikuga küllastatav, siis kudedes (madal O2 kontsentratsioon) on hemoglobiini afiinsus hapniku suhtes madala ja see võimaldab hemoglobiinil hapniku müoglobiinile üle anda. Seega võimaldab kooperatiivne seostumine O2 efektiivselt hemoglobiinile nii peale kui maha „laadida”. (kooperatiivne seostumine - substraadi seostumine ühele
subühikule, tõstab ülejäänud subühikute afiinsust substraadi suhtes)
96. Milline toodud kõveratest vastab allosteerilise ensüümi kineetikale ja milline Michaelis-Menteni võrrandiga kooskõlas käituva ensüümi kineetikale?
97. Millise aminohappejäägi kaudu toimub valkude fosforüleerimine? (erinevad aminohapped ) a) Glütsiin b) Asparagiin c) Trüptofaan d) Seriin e) Isoleutsiin Fosforüleerimine toimub Ser(Seriin), Thr( Treoniin ), Tyr(Türosiin), His(Histidiin) aminohappejäägi kaudu.
98. Millist reaktsiooni katalüüsivad proteiini kinaasid ?
99. Milline ühend leiab reeglina kasutust fosfaatgrupi doonorina valkude fosforüleerimisel? ATP
100. Kas ensüümide fosforüleerimine võimaldab kontrollida ensüümide: a) hulka b) allosteerilise ensüümi T ja R vormi suhet c) aktiivsust
101. Millisel membraanide omadusel põhineb regulatsioon kompartmentalisatsiooni kaudu? a) asümmeetria b) perifeersete valkude suhteline hulk c) selektiivne läbilaskvus
102. Mida mõjutavad reeglina steroidhormoonid? a) ensüümide aktiivsust b) membraanide läbilaskvust c) geenide ekspressiooni (Steroidhormoon, nagu näiteks östrogeen, siseneb märklaudrakku ja interakteerub seal vastava valgulise retseptoriga. Edasi liigub hormoon - retseptor kompleks raku tuuma, kus ta seostub kindlatele piirkondadele DNA-l ja seeläbi kas aktiveerib või inhibeerib teatud geenide transkriptsiooni ja muudab seega ka vastava geeni poolt kodeeritava valgu hulka rakus. Nagu me näeme, toimib steroidhormoonide ja nendega sarnaste hormoonide vahendatud regulatsioon läbi kindlate valkude hulga regulatsiooni rakus.)
103. Mis asi on sekundaarne signaalmolekul?
Teist tüüpi rakulised vastused hormoonide toimele hõlmavad rakusiseste sekundaarsete signaalmolekulide (ingl. second messenger) sünteesi. Hormoonvastusena sünteesitud sekundaarsed signaalmolekulid kutsuvad esile juba muutused raku metabolismis.

Kirjeldage peptiidhormoonide funktsioneerimise põhimõtet?

Milline toodud molekulidest on sekundaarne signaalmolekul? (erinev valik) (küsimuses võib esineda üks kolmest sekundaarsest signaalmolekulist: cAMP , diatsüülglütserool ja inositool -1,4,5-trifosfaat)
http://www.maxanim.com/biochemistry/Second%20Messenger/Second%20Messenger.ht m - midagi lõbusat signaalmolekulide valdkonnas:P
Metabolism
1. Millised toodud protsessidest kuuluvad kataboolsete, millised anaboolsete reaktsioonide/radade hulka:

Tärklise hüdrolüüs amülaasi toimel

Glükogeeni fosforolüüs

Valkude hüdrolüüs proteolüütiliste ensüümide toimel

Glükolüüs

Rasvhapete biosüntees

Glükoneogenees

Kuidas jaotatakse organismid vastavalt kasutatavale süsiniku allikale. Kuidas jaotatakse organismid vastavalt energiaallikale.

Nimetage millised on 3 klassi protsesse, kus kasutatakse ATP hüdrolüüsil vabanevat energiat.
4.Kataboolsed reaktsioonid jaotatakse sageli esimeseks, teiseks ja kolmandaks staadiumiks. Millist staadiumit iseloomustab iga konkreetne allpool toodud väide:
1. Selles staadiumis toimub kõikide lähteühendite oksüdatsioon samade reaktsioonide abil
2. Selles staadiumis toimub toidu koosseisu kuuluvate ühendite lagundamine väiksemateks molekulideks, nagu aminohapeteks, suhkruteks ja rasvhapeteks
3. Selles staadiumis vabaneb võrreldes teise staadiumiga vähem (rohkem) energiat
4. Selles staadiumis lagundatakse suhkrud , rasvhapped ja aminohapped väikeseks loetletud hulgaks vaheühenditeks
5. Selles staadiumis moodustub rakkudes enamus sünteesitavast ATP-st ja CO2-st.
5. Millised loetletud makromolekulide klassidest on kasutusel oksüdeeritava substraadina energiat produtseevivas katabolismis (valgud, nukleiinhapped , lipiidid, polüsahhariidid)
6. Kas toodud metaboolne reaktsioon (kirjeldatud reaktsioonivõrrandiga, mis esineb slaididel, loengus või konspektis) on redoksreaktsioon , rühma ülekandega toimuv reaktsioon, hüdrolüüs, mittehüdrolüütiline sideme katkemine, isomerisatsioon või sideme moodustumine ATP energiat kasutades. Näiteks võib toodud olla alaniini ratsemaasi reaktsioon, alkoholi dehüdrogenaasi reaktsioon vms.
7. Milline toodud NAD+/NADH molekuli vormist on oksüdeerunud, milline redutseerunud vorm (toodud struktuurvalemid ) oksüdeerunud vorm on see, mis on loovutanud elektrone ehk siis pos. laenguga. Red. Vorm on see teine.
8. Toodud NAD+. FAD, ATP või CoA molekuli koosseisust ära tunda ensümaatilise reaktsiooni toimumisel osalev molekuli osa.
9.Analüüsige millised loetletud struktuursetest ja funktsionaalsetest omadustest iseloomustavad iga konkreetset kofaktorit

ATP a. Nikotiinamiidne tsükkel

FAD b. Adeniini rühm

NAD+ c. Fosfoanhüdriidside

CoA d. Tiool

Isoalloksasiini tsükkel

Riboos

Atsüüli ülekanne

2 elektroni ülekandega toimuv redoksprotsess

1 või 2 elektroniline ülekande protsess

Fosforüüli ülekanne
10.Millised toodud ühenditest on makroergilised ühendid (Ühendid, mille hüdrolüüsil vabaneb vähemalt sama hulk energiat kui ATP hüdrolüüsil). Loetletud võivad olla erinevad nukleotiidid ja ühendid loengus näidatud skeemilt

Glütserool-3- fosfaat

ADP

AMP

GTP

Glükoos-1-fosfaat

Atsetüülfosfat

Fruktoos-6-fosfaat

Kreatiinfosfaat
11. Kujuta järgmise ühendi struktuur:

Glükoos-1-fosfaat

Glükoos-6-fosfaat

Fruktoos-1,6-bisfosfaat

Dihüdroksüatsetoonfosfaat

Glütseeraldehüüdfosfaat

Glütseraat

1,3-bisfosfoglütseraat

2-fosfoglütseraat

fosfoenoolpüruvaat

püruvaat

Nimetage joonisel toodud glükolüüsi intermediaatide nimed (struktuurvalemid antud)

Kirjutage, millised järjekorras tekivad toodud ühendid glükolüüsi käigus (struktuurvalemid antud)
1) Glükoos 2)G6P 3)F6P 4)FBP 5)DHAP 6)1,3 BPG 7)3 PG 8)2 PG 9) PEP 10)Püruvaat
Vaadake glükolüüsi 8ndat slaidi. Seal on need struktuurvalemid ka.
14. Kuidas nimetatakse ensüüme, mille poolt katalüüsitava reaktsiooni tulemusena tekivad toodud intermediaadid (struktuurvalemid antud) 1) heksokinaas 2)glükoos-6-fosfaadi isomeraas 3) fosfofruktokinaas 4)aldolaas 5)trioosfosfaadiisomeraas 6)glütseraalaldehüüd-3-fosfaadi dehüdrogenaas 7) fosfoglütseraadi kinaas 8) fosfoglütseraadi mutaas 9) enolaas 10) püruvaadi kinaas
15. Kirjutage järgmised glükolüüsi reaktsioonid (substraadid ja produktid , katalüüsivad ensüümid)

Kus tarbitakse ATP – glükoos + heksokinaas= glükoos-6-fosfaat ; glükoos-6-fosfaat + Glükoos 6-fosfaadi isomeraas = fruktoos-6-fosfaat (ehk F6P)
F6P + fosfofruktokinaas-1(ehk PFK-1) = fruktoos 1,6-bisfosfaadiks Aldolaas katalüüsib F1,6BP lagunemist kaheks 3-C produktiks Aldolaasi reaktsiooni kaks produkti (DHAP ja G3P) on tasakaalus trioosfosfaadi isomeraasi poolt katalüüsitava reaktsiooni kaudu.
b. Kus tekib ATP ­G3P + Glütseeraldehüüd-3-fosfaadi dehüdrogenaas = 1,3BPG 1,3BPG + Fosfoglütseraadi kinaas = 3-fosfoglütseraat 3PG konverteeritakse esmalt 2PGks fosfoglütseraadi mutaasi toimel ja 2PG omakorda enolaasi reaktsioonis fosfoenoolpüruvaadiks (PEP). PEP+ Püruvaadi kinaas = püruvaat
c. Mis on redoksreaktsioon - G3P + Glütseeraldehüüd-3-fosfaadi dehüdrogenaas = 1,3BPG
d. Mis on kõige olulisem kontrollreaktsioon - PEP+ Püruvaadi kinaas = püruvaat
e. Kus tekivad trioosfosfaadid - Dihüdroksüatsetoonfosfaat (DHAP) ja glütseeraldehüüd 3-fosfaat (G3P) on tasakaalus trioosfosfaadi isomeraasi poolt
16. Kirjutage glükolüüsi raja summaarne reaktsioonivõrrand
Summaarselt tekib 1 mooli glükoosi konverteerimisel 2 mooliks püruvaadiks 2 mooli ATPd ja 2 mooli NADH.
Glc + 2ADP + 2NAD+ + 2Pi => 2Püruvaat + 2ATP + 2NADH + 2H+
17. Selgitage lühidalt, miks on fermentatiivsed reaktsioonid vajalikud Fermentatsiooni biokeemia oluline ülesanne on NAD+ regenereerimine . Seda on vaja, sest NAD+ on rakus limiteeritud hulgal ja NAD+ ammendumisel glükolüüs seiskub.
18. Kirjutage võrrand fermentatiivsetele (kas alkohoolne fermentatsioon või laktaatne fermentatsioon) reaktsioonidele koos kofaktorite ja ensüümide näitamisega a. pärmirakkudes ja b. lihaskoe rakkudes
19. Märkige, millised toodud ühenditest aktiveerivad (+) ja millised inhibeerivad fosfofruktokinaasi (ATP, AMP, tsitraat, fruktoos 2,3-bisfosfaat) ATP ja 2,3-bisfosfaat inhibeerivad, AMP peaks vist aktiveerima ja tsitraat – tsitraadi kuhjumine peaks inhibeerima (järgneb glükolüüsile ja fosfofruktokinaasi reaktsioon on glükoosiraja reaktsioon, kui seal ei ole veel mingisuguseid seoseid , mida ma veel õppinud pole).
20. Kirjutage reaktsioonivõrrandid protsessile, mille abil glükoneogeneesis saadakse püruvaadist fosfoenoolpüruvaat Püruvaat + ATP + GTP } fosfoenoolpüruvaat + ADP + GDP + Pi
21. Nimetage ensüümid, mis katalüüsivad glükolüüsi raja 1 ja 3 reaktsiooni pöördprotsessi glükoneogeneesil.
22. Kirjutada summaarne võrrand PDH kompleksis toimuvale protsessile
Püruvaat + CoA + NAD+ => CO2 + AcCoA + NADH + H+
23. Toodud tsitraaditsüklit kujutaval joonisel märkida ära:

Redoksreaktsioonid ja nendes osalevad kofaktorid

Nimetada märgitud intermediaadid

Nimetada ensüümid, mis katalüüsivad märgitud reaktsioone
24. Kirjutada tsitraaditsükli protsesside summaarne võrrand
25. Defineerida, mis on anaplerootiline reaktsioon Anaplerootilised reaktsioonid on need reaktsioonid, mille käigus tuuakse juurde tsükli vaheühendeid.
26. Nimetada kõige olulisem tsitraaditsükli anaplerootiline reaktsioon inimese organismis
Püruvaadi tootmine
pyruvate + CO2 + H2O + ATP -------- oxaloacetate + ADP + Pi + 2H+
27. Nimetada milliste reaktsioonide tõttu (tuua 3 näidet) võib tekkida vajadus juurde sünteesida tsitraaditsükli vaheühendeid
28. Selgitada, miks ei saa AcCoA molekuli atsetüüli koosseisus oleva süsiniku arvel sünteesida suhkruid kuigi tsitraaditsükli vaheühendid on glükoneogeneetilised substraadid
29. Selgitage, miks tsitraaditsükkel on aeroobse metabolismi osa, ehkki ükski tsitraaditsükli reaktsioonidest ei vaja hapniku osalemist.
30. Nimetage, milliste reaktsioonide käigus toimub tsitraaditsükli vaheühendi dekarboksüleerumine
31. Kujutage suktsinaadi, malaadi, oksaalatsetaadi, tsitraadi ja isotsitraadi molekulid. Märkige tärniga ära kiraalsed süsiniku aatomid nende ühendite struktuuris
32. Millised toodud väidetest 1-8 kehtivad konkreetselt iga loetletud ensüümi (A-F)kohta
A. isotsitraadi dehüdrogenaas
B. ketoglutaraadi dehüdrogenaas
C. püruvaadi dehüdrogenaas
D. akonitaas
E. suktsinaadi dehüdrogenaas
F. suktsinüülCoA süntetaas

Ensüüm sisaldab Fe-S klastrit

Ensüümi töös on vajalik kofaktor NAD+

Ensüümi töös on vajalik FAD

Ensüümi töös on vajalik FMN

Ensüüm katalüüsib redoksprotsessi

Ensüüm katalüüsib oksüdatiivset dekarboksüleerimist

Ensüüm on membraanivalk

Ensüüm on mitokondri maatriksi valk

33. Selgitage, miks on neutraalsed rasvad efektiivsemad energia salvestamiseks võrreldes glükogeeniga

34. Vastake lühidalt järgmistele rasvhappe aktivatsiooni puudutavatele küsimustele

Kirjutage reaktsioon, milles toimub rasvhappe aktivatsioon kataboolseks oksüdatsiooniks.

Selgitage, kuidas mõjutab selle reaktsiooni tasakaalu pürofosfaadi teke

Kuidas nimetatakse sidet koensüümi ja rasvhappe jäägi vahel tioesterside

35. Kirjutage struktuurvalemeid kasutades 4 reaktsiooni mis toimuvad β-oksüdatsiooni tsüklis. Märkige ära redoksreaktsioonides osalevad koensüümid
b-oksüdatsiooni raja reaktsioonid toimuvad mitokondris , kuhu aktiveeritud rasvhape transporditakse Protsessi nimetatakse b-oksüdatsiooniks sest protsessis oksüdeeritakse b süsinik ketorühmaks ja edasi tioestriks AcCoA kujul
36. Arvutage kui suur on ATP saagis 6 süsinikulise karboksüülhappe oksüdatsioonil β-oksüdatsiooni raja ja tsitraaditsükli reaktsioone kasutades
37. Nimetage milline rasvhape on põhiline rasvhappe süntaasi kompleksi produkt imetajatel Rasvhappe süntaasi põhiline produkt on AcCoA (atsetüül-coA).
38. Nimetage, millist kofaktorit on vaja redoksreaktsioonide läbiviimiseks rasvhapete biosünteesil. Millised on selle kofaktori allikad?
39. Mis funktsioon on MalonüülCoA-l. Kujutage selle molekuli struktuur ja kirjutage reaktsioon, kus ta osaleb.
40. Mis on külomikronid Liporoteiinid, mida kasutatakse triatsüülglütseroolide transportiks soolestikust teistesse kudedesse
41. Milline on ketokehade struktuur ja funktsioon metabolismis
42. Nimetada, millises eukarüootse raku osas toimuvad järgmised protsessid:
a. Glükolüüs -tsütosoomis
b. Glükoneogenees - mitokondris või tsütosoolis ?
c. Tsitraaditsükkel - mitokondri maatriksis
d. Püruvaadi dehüdrogenaasi reaktsioon - mitokondris ?
e. Hingamisahel - mitokondris
f. ATP süntees oksüdatiivse fosforüülimise teel - mitokondris
g. Rasvhapete oksüdatsioon - mitokondris
h. Rasvhapete biosüntees - tsütoplasmas
43. Nimetada, mis on oksüdeeritavaks ja redutseeritavaks ühendiks hingamishela komplesis I, kompleksis II, kompleksis III, kompleksis IV.
44. Kui suur on ATP saagis 1 mooli glükoosi täielikul oksüdatsioonil
45. Kui suur on ATP saagis 1 mooli NADH või ühe mooli FADH2 oksüdatsioonil hingamisahelas.
Iga kahe elektroni ülekandega NADH-lt hapnikule sünteesitakse 2.5 ATPd ekvivalenti. FADH2 korral on vastav väärtus 1.5
46. Kui suur on ATP saagis 1 mooli AcCoA oksüdatsioonil
47. Miks nimetatakse mitokondriaalset ATP süntaasi ka F1Fo ATPaas -iks.
48. Miks võib ATP süntaasi nimetada mehhanoensüümiks
49. Milline on põhimõtteline erinevus oksüdatiivsel fosforüülimisel ja substraadi tasemel fosforüülimisel
50. Kirjeldage, milline on glütseroolfosfaadi süstiku töötsükkel