Vajad kellegagi rääkida?
Küsi julgelt abi LasteAbi
Logi sisse

BIOinformaatika kodutöö 5 (0)

5 VÄGA HEA
Punktid

Lõik failist

Bioinformaatika 5


Andmebaasid (KEGG, NCBI, RCSB), järjestuste (SMS, BioEdit) ja struktuuride
(SPdbV) analüüs


  • KEGG-i kasutamine ( http://www.genome.jp/
  • Leida liikide Escherichia coli K12 MG1655, Drosophila melanogaster ja Homo sapiens glükolüüsi rajad ning ensüümid aldolaas ja püruvaatkinaas.
    Escherichia coli glükolüüsi
    rada:

    http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=eco&mapno=00010
    Drosophila glükolüüsi
    rada:

    http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=dme&mapno=00010
    Homo sapiens glükolüüsi
    rada:

    http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00010
    aldodaas:

    http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.2.13
    püruvaatkinees:
    http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+2.7.1.40
  • Leida vastavad geenid – KEGG-i entry numbrid , geeni nimed, nukleotiidsed järjestused ning asukohad geenikaardil.
    Aldolaas
    :
    Escherichia coli
    K12 MG1655:
    http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?eco+b2097
    Drosophila melanogaster:
    http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?dme+Dmel_CG6058
    Homo sapiens:
    http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?hsa+226
    Püruvaatkinaas
    :

    Escherichia coli
    K12 MG1655:
    http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?eco+b1676
    Drosophila melanogaster:
    http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?dme+Dmel_CG7069
    Homo sapiens:
    http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?hsa+5313
  • Leida, milliste teiste metaboolsete radadega antud ensüümid on seotud.
    Aldolaas:
    Glycolysis
    / Gluconeogenesis
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map00010+4.1.2.13
    Pentose phosphate pathway
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map00030+4.1.2.13
    Inositol metabolism
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map00031+4.1.2.13
    Fructose
    and mannose metabolism
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map00051+4.1.2.13
    Carbon fixation
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map00710+4.1.2.13
    Püruvaatkinaas:
    Glycolysis
    / Gluconeogenesis
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map00010+4.1.2.13
    Purine
    metabolism
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map00230+2.7.1.40
    Pyruvate
    metabolism
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map00620+2.7.1.40
    Carbon
    fixation
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map00710+2.7.1.40
    Insulin
    signaling pathway
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map04910+2.7.1.40
    Type
    II diabetes mellitus
    http://www.kegg.com/dbget-bin/show_pathway?map04930+2.7.1.40
  • Leida vastavate geenidega seotud ensüümide klassid , aminohappelised järjestused, EC number.
    Aldolaas:
    EC
    4.1.2.13   
    Class
    Lyases
    Carbon-carbon lyases
    Aldehyde-lyases
    Escherichia coli
    K12 MG1655:

    >eco:b2097 fbaB, dhnA;
    fructose-bisphosphate aldolase class I [EC:4.1.2.13]; K01623
    fructose-bisphosphate aldolase, class I (A)
    MTDIAQLLGKDADNLLQHRCMTIPSDQLYLPGHDYVDRVMIDNNRPPAVLRNMQTLYNTG
    RLAGTGYLSILPVDQGVEHSAGASFAANPLYFDPKNIVELAIEAGCNCVASTYGVLASVS
    RRYAHRIPFLVKLNHNETLSYPNTYDQTLYASVEQAFNMGAVAVGATIYFGSEESRRQIE
    EISAAFERAHELGMVTVLWAYLRNSAFKKDGVDYHVSADLTGQANHLAATIGADIVKQKM
    AENNGGYKAINYGYTDDRVYSKLTSENPIDLVRYQLANCYMGRAGLINSGGAAGGETDLS
    DAVRTAVINKRAGGMGLILGRKAFKKSMADGVKLINAVQDVYLDSKITIA
    Drosophila melanogaster:
    >dme:Dmel_CG6058 Ald;
    Aldolase [EC:4.1.2.13]; K01623 fructose-bisphosphate aldolase, class
    I (A)
    MTTYFNYPSKELQDELREIAQKIVAPGKGILAADESGPTMGKRLQDIGVENTEDNRRAYR
    QLLFSTDPKLAENISGVILFHETLYQKADDGTPFAEILKKKGIILGIKVDKGVVPLFGSE
    DEVTTQGLDDLAARCAQYKKDGCDFAKWRCVLKIGKNTPSYQSILENANVLARYASICQS
    QRIVPIVEPEVLPDGDHDLDRAQKVTETVLAAVYKALSDHHVYLEGTLLKPNMVTAGQSA
    KKNTPEEIALATVQALRRTVPAAVTGVTFLSGGQSEEEATVNLSAINNVPLIRPWALTFS
    YGRALQASVLRAWAGKKENIAAGQNELLKRAKANGEAACGNYTAGSVKGFAGKDTLHVDD
    HRY
    Homo sapiens:
    >hsa:226 ALDOA; aldolase A,
  • Vasakule Paremale
    BIOinformaatika kodutöö 5 #1 BIOinformaatika kodutöö 5 #2 BIOinformaatika kodutöö 5 #3 BIOinformaatika kodutöö 5 #4 BIOinformaatika kodutöö 5 #5 BIOinformaatika kodutöö 5 #6 BIOinformaatika kodutöö 5 #7 BIOinformaatika kodutöö 5 #8 BIOinformaatika kodutöö 5 #9 BIOinformaatika kodutöö 5 #10 BIOinformaatika kodutöö 5 #11 BIOinformaatika kodutöö 5 #12 BIOinformaatika kodutöö 5 #13 BIOinformaatika kodutöö 5 #14 BIOinformaatika kodutöö 5 #15 BIOinformaatika kodutöö 5 #16 BIOinformaatika kodutöö 5 #17 BIOinformaatika kodutöö 5 #18 BIOinformaatika kodutöö 5 #19 BIOinformaatika kodutöö 5 #20 BIOinformaatika kodutöö 5 #21 BIOinformaatika kodutöö 5 #22 BIOinformaatika kodutöö 5 #23 BIOinformaatika kodutöö 5 #24 BIOinformaatika kodutöö 5 #25 BIOinformaatika kodutöö 5 #26 BIOinformaatika kodutöö 5 #27 BIOinformaatika kodutöö 5 #28 BIOinformaatika kodutöö 5 #29 BIOinformaatika kodutöö 5 #30 BIOinformaatika kodutöö 5 #31 BIOinformaatika kodutöö 5 #32 BIOinformaatika kodutöö 5 #33 BIOinformaatika kodutöö 5 #34 BIOinformaatika kodutöö 5 #35 BIOinformaatika kodutöö 5 #36 BIOinformaatika kodutöö 5 #37 BIOinformaatika kodutöö 5 #38 BIOinformaatika kodutöö 5 #39 BIOinformaatika kodutöö 5 #40 BIOinformaatika kodutöö 5 #41 BIOinformaatika kodutöö 5 #42 BIOinformaatika kodutöö 5 #43 BIOinformaatika kodutöö 5 #44 BIOinformaatika kodutöö 5 #45 BIOinformaatika kodutöö 5 #46 BIOinformaatika kodutöö 5 #47 BIOinformaatika kodutöö 5 #48 BIOinformaatika kodutöö 5 #49 BIOinformaatika kodutöö 5 #50 BIOinformaatika kodutöö 5 #51 BIOinformaatika kodutöö 5 #52 BIOinformaatika kodutöö 5 #53 BIOinformaatika kodutöö 5 #54 BIOinformaatika kodutöö 5 #55 BIOinformaatika kodutöö 5 #56 BIOinformaatika kodutöö 5 #57 BIOinformaatika kodutöö 5 #58 BIOinformaatika kodutöö 5 #59 BIOinformaatika kodutöö 5 #60 BIOinformaatika kodutöö 5 #61 BIOinformaatika kodutöö 5 #62 BIOinformaatika kodutöö 5 #63 BIOinformaatika kodutöö 5 #64 BIOinformaatika kodutöö 5 #65 BIOinformaatika kodutöö 5 #66 BIOinformaatika kodutöö 5 #67 BIOinformaatika kodutöö 5 #68 BIOinformaatika kodutöö 5 #69 BIOinformaatika kodutöö 5 #70 BIOinformaatika kodutöö 5 #71 BIOinformaatika kodutöö 5 #72 BIOinformaatika kodutöö 5 #73 BIOinformaatika kodutöö 5 #74 BIOinformaatika kodutöö 5 #75 BIOinformaatika kodutöö 5 #76 BIOinformaatika kodutöö 5 #77 BIOinformaatika kodutöö 5 #78 BIOinformaatika kodutöö 5 #79
    Punktid 100 punkti Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 100 punkti.
    Leheküljed ~ 79 lehte Lehekülgede arv dokumendis
    Aeg2012-11-01 Kuupäev, millal dokument üles laeti
    Allalaadimisi 46 laadimist Kokku alla laetud
    Kommentaarid 0 arvamust Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid
    Autor Mumm Õppematerjali autor
    Viienda kodutöö ülesannete vastused aines bioinformaatikaAndmebaasid (KEGG, NCBI, RCSB), järjestuste (SMS, BioEdit) ja struktuuride (SPdbV) analüüs

    Kasutatud allikad

    Sarnased õppematerjalid

    thumbnail
    34
    ppt

    Geeni ekspressioon: translatsioon ja geneetiline kood

    Geeni ekspressioon: translatsioon ja geneetiline kood Geeni väljendus on valk; kui rakul on vaja valku, siis tuleb lugeda vastavat geneetilist koodi. 1. Translatsioon mRNAl oleva info konverteerimine a/h järjestuseks ehk polüpeptiidiks Geneetilise info lugemine kahe etapiline: 1. Transkriptsioon ­ sünteesitakse DNA matriitsil üheahelaline RNA molekul DNA matriitsil Valk ehk proteiin: Suure mol.kaaluga, lämmastikku sisaldav orgaaniline ühend Sisaldab ühte või mitut polüpeptiidi. Polüpeptiidid koosnevad aminohapetest Aminohapped: Amino grupp (NH2) Karboksüül grupp (COOH) Tüüpiiselt on laetud kaks rühma a/h (NH3+ and COO) Vesiniku aatom R grupp (igal a/h erinev) 20 erinevat aminohapet: Lühendid kolmetähelised vahel ka ühetähelised Neli gruppi (omadused R grupist): 1. Happelisi (n = 2) 2. Aluselisi (n = 3) 3. Ne

    Geneetika
    thumbnail
    38
    pdf

    Molekulaarbioloogia konspekt

    1 Õppevahend: Molekulaarbioloogia üldkursuse lühikonspekt Põhiline õpik on B. Lewin "Genes" V ja VI väljaanne, edasises tekstis on viiteid Genes VI joonistele (kui pole eraldi märgitud) ja üksikutel teemadel detailsematele materjalidele. Kursiivis on esitatud lõigud, mis on mõeldud täindavaks lugemiseks aga ei ole "kohustuslikud". Sissejuhatus Molekulaarbioloogia on termin, mis võeti kasutusele selle sajandi teisel poolel peale esimeste makromolekulide ruumilise struktuuri kindlakstegemist. Esialgu tähistaski see termin just struktuurset bioloogiat molekulaarsel tasemel. Seega on molekulaarbioloogia oma algses tähenduses keemia ja füüsika meetodeid kasutav bioloogia osa, mis tegeleb bioloogiliste makromolekulide ruumilise struktuuri ja struktuuri ning funktsiooni vaheliste seoste kindlakstegemisega. Hiljem, kui sama teaduse piirid on ähmas

    Molekulaarbioloogia
    thumbnail
    1168
    pdf

    Liha töötlemine

    Handbook of Meat Processing Handbook of Meat Processing Fidel Toldrá EDITOR A John Wiley & Sons, Inc., Publication Edition first published 2010 © 2010 Blackwell Publishing Blackwell Publishing was acquired by John Wiley & Sons in February 2007. Blackwell’s publishing program has been merged with Wiley’s global Scientific, Technical, and Medical business to form Wiley-Blackwell. Editorial Office 2121 State Avenue, Ames, Iowa 50014-8300, USA For details of our global editorial offices, for customer services, and for information about how to apply for permission to reuse the copyright material in this book, please see our website at www.wiley.com/ wiley-blackwell. Authorization to photocopy items for internal or personal use, or the internal or personal use of specific clients, is granted by Blackwell Publishing, provided that the base fee is paid directly to the Copyright Clearance Center, 222 Rosewood Drive, Danvers, MA 01923. F

    Inglise keel
    thumbnail
    120
    doc

    Lühendite seletus

    A... AA Auto Answer AAA Authentication, Authorization and Accounting AAB All-to-All Broadcast AAC Advanced Audio Coding AACS Advanced Access Control System AAL Asynchronous Transfer Mode Adaption Layer AAM Automatic Acoustic Management AAP Applications Access Point [DEC] AARP AppleTalk Address Resolution Protocol AAS All-to-All Scatter AASP ASCII Asynchronous Support Package AAT Average Access Time AATP Authorized Academic Training Program [Microsoft] .ABA Address Book Archive (file name extension) [Palm] ABAP Advanced Business Application Programming [SAP] ABC * Atanasoff-Berry Computer (First digital calculating machine that used vacuum tubes) ABEND Abnormal End ABI Application Binary Interface ABIOS Advanced BIOS ABIST Automatic Built-In Self-Test [IBM] ABLE Adaptive Battery Life Extender + Agent Building and Learning Environment [IBM] ABM Asynchronous Balanced Mode ABR Available Bit Rate ABRD

    Informaatika



    Meedia

    Kommentaarid (0)

    Kommentaarid sellele materjalile puuduvad. Ole esimene ja kommenteeri



    Sellel veebilehel kasutatakse küpsiseid. Kasutamist jätkates nõustute küpsiste ja veebilehe üldtingimustega Nõustun