Arhed (0)

Tartu Ülikool - Bioloogia - Mikroobisüstemaatika

5 VÄGA HEA

Lõik failist

Arhed

Arhesid e. arhebaktereid käsitletakse Bergey käsiraamatu esimeses köites koos teiste evolutsiooniliselt vanade bakteritega . Nende fülogeneesi uurimine algas ca 1977. aastal, kui ilmusid Woese’i ja Foxi tööd, milles nad jagasid elusorganismid 3 suurde rühma – domeeni. Üks domeenidest – arhed. Archaios tähendab kreeka keeles ürgne.
Seega eristuvad eluslooduse domeenid ribosoomide ehituse alusel.

Prokarüoote on kahes eluslooduse domeenis: bakterite ja arhede domeenides. Evolutsioonipuu koostatud rRNAde järjestuste põhjal.

Arhede biokeemilisel-füsioloogilisel kirjeldamisel eristus esialgu 3 rühma:

Metanogeenid;

Halofiilid ;

Termoatsidofiilid.

Arhede domeen jaotatakse Bergey määrajas kahte rühma ja neid käsitletakse mitte kui riike, vaid hõimkondi:

1) Hõimkond Crenarchaeota .
2) Hõimkond Euryarchaeota.
Hõimkonnad Crenarchaeota ja Euryarchaeota

Kirjanduses eristatakse arhede domeenis siiski veel kolmandat hõimkonda – Korarchaeota. Sellesse hõimkonda kuulusid alguses hüpertermofiilsed mittekultiveeritavad arhed, mis eraldati 1996. a. Yellostowne’I rahvuspargist kuumaveeallikast. Nüüd on neid juba ka laborikultuuridena, aga nende omadusi veel kirjeldatud pole. Osa tüvesid eraldatud ka “külmast” keskkonnast - mereveest .
Kuna Korarchaeota haru hargneb päris puu juure lähedalt, võiks olla tegu evolutsiooniliselt vana haruga ja seega võiks nende bakterite uurimine anda väga põnevat infot ürgsete bakterite metabolismi jm omaduste kohta.
Hõimkonda Korarchaeota veel uues Bergeys sees ei ole.

Hõimkond Nanoarchaeota - nanoarhed

Hõimkond “Nanoarchaeota” kirjeldati 2002. a. "Nanoarchaeota“ koosneb ühest perekonnast, kuhu kuulub praegu üks liik "Nanoarchaeum equitans." Genoom sekveneeriti 2003. a. Nanoarchaeum equitans on väga väike hüpertermofiilne ektosümbiont, kes kasvab Igniococcus’e pinnal. Igniococcus on autotroofne vesinikku oksüdeeriv ja väävlit redutseeriv arhe . Nanoarhe diameeter on 400 nm ja tema meelistemperatuur on 75-98 kraadi. Ta isoleeriti Islandilt hüdrotermaalsest lõõrist. Kuna kõik need taksonid on veel puudulikult kirjeldatud, kasutatakse nende nimetustes jutumärke.
Nanoarhed võiks kindlasti olla uus hõimkond arhede domeenis (16S rRNA geenide järjestuse kohaselt). Lisaks bakterile "Nanoarchaeum equitans" on kirjeldatud veel keskkonnast isoleeritud sarnaseid järjestusi. Need saadi kätte mustade suitsetajate lähedusest ja Yellowstone ’I rahvuspargi ja Kamtshatka kuumaveeallikatest. Seega võivad need bakterid kuumas keskkonnas üpris levinud olla
Kaua polnud Nanoarchaeum equitans’i ainevahetusest suurt midagi teada. Oli teada, et ta ei suuda kasvada Ignicoccus’e ekstraktil ja seetõttu arvati, et talle on vajalik otsene kontakt elusa Ignicoccuse’e rakuga.
Nanoarchaeum equitans’i genoom on sekveneeritud. See on väikseim genoom arhede hulgas (490 kbp). Suuruselt enamvähem sama, mis mükoplasmadel.
Genoomne järjestus näitas, et geenitihedus on genoomis väga suur ja et plasmiide tal ei ole. Genoomis puudusid glükolüüsi raja geenid ja biosünteesiradade geenid. See näitas, et ta on parasiitne ja toitub Ignicoccus’e komponentidest (lipiididest, aminohapetest jne). Tal on genoomis mitmeid proteaaside ja peptidaaside geene, mis võimaldab kasutada peremeesorganismi valke.

Arhede üldised ehituslikud iseärasused

Kujult võivad arhed olla kokid , pulgad , spiraalsed, sagaralised, plaatjad või ebaregulaarse kujuga. Osa on üherakulised, osa moodustab niite ja agregaate. Rakkude diameeter võib ulatuda 0.1-15 mm ja niitide pikkus kuni 200mm-ni. Paljunevad peamiselt pooldumisega, aga on kirjeldatud ka pungumist ja fragmenteerumist. Seega kuju poolest arhed eriti ei eristu bakteritest: ka bakterite hulgas on samasuguse kujuga baktereid. Erilised on ruudukujulised arhed (Haloarcula).

Rakukest

(mitte ajada segi rakumembraaniga) on arhedel kas

1) valguline (glükosüülitud valkudest koosnev S-kiht);
2) polüsahhariidne;
3) pseudopeptidoglükaanist koosnev.

Pseudomureiin e. pseudopeptidoglükaan on polümeer, mille glükaanahelas puudub muraamhape. Muraamhappe asemel on N-atsetüültaloosamiinuroonhape. Monomeeride vahel beeta-1,3 side, mis ei lüüsu lüsotsüümiga.
Bakterite peptidoglükaanis on beeta-1,4 glükosiidside, mis on lüsotsüümiga lüüsitav.
Peptiidahelas ei ole D- aminohappeid .
Grampositiivselt värvuvad ka heteropolüsahhariidse kestaga arhebakterid. Struktuurilt on see polüsahhariid sarnane eukarüootide sidekoe kondroitiinile. Selline kest stabiliseerib ka agregaate.
Valguline kest on näiteks Halobacteriumil, kes elab väga soolases vees (kuni 35% soola). Tema kesta glükosüülitud valgus on palju happelisi aminohappeid, aspartaati ja glutamaati, mis seovad Na ioone. Selline Na-ga seostumine on oluline kesta stabiilsuseks: kui alandada Na kontsentratsiooni, siis rakukest laguneb ja bakter lüüsub.
Valgulise kestaga arhed värvuvad gramnegatiivselt.
Arhede hulgas on ka kestata bakterid - perekond Thermoplasma, kellel on membraanis tugevduseks lipopolüsahhariidid ja glükosüülitud valgud .

Lae alla, et näha rohkem ▪ ▪ ▪

50 punkti Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 50 punkti.

~ 11 lehte Lehekülgede arv dokumendis

2009-01-02 Kuupäev, millal dokument üles laeti

18 laadimist Kokku alla laetud

0 arvamust Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid

Sherik Õppematerjali autor

Arhede üldine iseloomustus, jaotus

arhed bakterid mikroobid arhebakter

Sarnased õppematerjalid

114

pdf

Nimetu

eralduv hapnik on pärit veest, mitte CO2-st, nagu seni arvati. Pakkus, et elusloodus jaguneb pro-ja eukarüootideks. 6 Alexander Fleming Lüsosoom- ensüüm, mis lüüsib bakterite rakukesta peptidoglükaanis glükosiidsidemeid. PENITSILLIIN!!!!! Nobeli preemia. 7 PROKARÜOODID ELUSLOODUSES, SUURUS JA NIMETAMINE 3 fülogeenset gruppi (eluslooduse domeenid)- eukarüoodid, bakterid (eubakterid), arhed (arhebakterid) Fülogeneetilise puu juure lähedal on termofiilid! Ribosoomi alaühik koosneb valkudest ja 16S rRNA. Tekitab subühiku ,,karkassi". Suurem subühik- oma spetsiifiline rRNA. 23S rRNA- suurem kui 16S rRNA. Bakterite nimetused Soolekepike (Escherichia coli) Heinapisik (Bacillus subtilis) Kochi kepike (tuberkulooskitekitaja; Mycobacterium tuberculosis) Hellusebakter (Lactobacillus fermentum ME3) Kooleratekitaja (kooleravibrioon, Vibrio cholerae)

Kategoriseerimata

doc

Mikrobioloogia eksami kordamisküsimused

Arhede rakumembraan - peavad oelma töövõimelised üle 100kraadi. Ühekihilised ja eetersidemetega..tetrameter lipiidid. - kõige stabiiilsemad. 16.Nim baktereid, kes hapestavad oma keskkonda ja kes leelistavad. Hapestavad hambakatubakkterid ja leelistavad näiteks Helicobakter pylori. Oma elukeskkonna hapestavad ka kääritajad bakterid, kelle happetolerantsus pole eriti suur. Atsidofiilid on bakterid, kes eelistavad happelist keskkonda. Sulfolobus, Stygiolobus, Metallosphaera. Need on kõik arhed. Kõige atsidofiilsem bakter on arhe Picrophilus. Kasvab hästi pH 0.7 juures. Aga ka eubakterite hulgas on atsidofiile. Thobacillus thioxidans. G(-) bakter. Vist kõige atsidofiilsem bakter. Talub ka pH 0.5, optimaalne on talle pH 2-3. Thermoplasma acidophila. Kestata arhe. Lüüsub pH väärtustel üle 5.0. Alkalifiilid eelistavad aluselist keskkonda. Keskkonna leelistavad valke ja uureat lagundavad bakterid ja ka nitraate redutseerivad bakterid. Uriini leelistumine Proteus mirabilise ja

Mikrobioloogia

docx

Kordamisküsimused mikrobioloogia I kursuse kohta

See reageeris lahustunud rauaioonidega ja sadenes raudoksiidina. Raua oksüdeerumine takistas esialgu hapniku akumuleerumist atmosfääri. Seejärel said mered küllastuda hapnikuga, ning lõpuks ka atmosfäär. Umbes kaks miljardit aastat tagasi hakkasid rauarikkad kivimid maal muutuma atmosfäärihapnikuga oksüdeerudes punaseks. II 12. Eluslooduse domeenid ja prokarüootide koht neis. 1) eukarüoodid, 2) Arhed e, arhebakterid Prokarüoote (eeltuumseid) on kahes domeenis, arhede ja bakterite domeenis. 3) bakterid e. eubakterid. 13. Mida tähendab mõiste ,,prokarüoot" ? PROKARÜOOT- eeltuumne rakk, mis esineb enamasti ainuraksetel organismidel (bakterid, arhed). Prokarüootses rakus puudub rakutuum. Rakul puudub ka eukarüootsele rakule omane tuumake ja tuumamembraan 14. Arhed, nende erilisus, sarnasus bakteritega ja eukarüootidega.

Mikrobioloogia

docx

Mikrobioloogia I konspekt

Tuumagenoom koosneb eukarüootidel lineaarsetest kromosoomidest. 2. Mitokondrid ja plastiidid sisaldavad omi ribosoome, mis on prokarüootset tüüpi (70S), · ( tsütoplasma ribosoomid on 80S tüüpi ) · PROKARÜOODID ( loeng 2. ) 4. September 2009 · · Elusorganismid on jagatud kolme suurde fülogeneetilisse rühma ehk domeeni: 1. Eukarüoodid 2. Arhed e. arhebakterid 3. Bakterid e. eubakterid · · Bakterite nimetused koosnevad perekonnanimest ja liigiepiteedist. ( enamasti kasutatakse ladina- ja kreekakeelseid nimetusi ) · · Näiteks: · Bacillus- pulgake ( ladina keeles ) · Bacterium- pulgake ( kreeka keeles ) · (Bacterium coli- soolekepike) · · Soovitatavalt peaks bakteri nimetus sisaldama infot tema kuju, elupaiga, biokeemia, värvuse, ainevahetuse jne. kohta. ·

Mikrobioloogia

docx

Mikrobioloogia eksami kordamisküsimuste vastused

sissesopististest. Seejärel ,,neelati" rakku organellide eellased bakterid. Seda teooriat toetavad faktid, et mitokondritel ja kloroplastidel on oma genoom rõngaskromosoom nagu bakteritel. Tuumagenoom koosneb lineaarsetest kromosoomidest. Mitokondrid ja kloroplastid sisaldavad omi ribosoome, mis on prokatüootsed tüüpi (70S), tsütoplasma ribosoomid on 80S. 10. Eluslooduse domeenid ja prokarüootide koht neis Kolm suurt domeeni: I. Eukarüoodid II. Arhed e. Prokarüoote (eeltuumseid) on kahes arhebakterid domeenis, arhete ja bakterite domeenis III. Bakterid e. eubakterid 11. Prokarüoot e. eeltuumne rakk. Kuuluvad bakterite ja arhete domeeni. 16S rRNA kuulub prokarüootse ribosoomi väikesesse alaühikusse. 12. Bakterite nimetuste tuletamine. Nimetustes sisalduv info bakterite nimetused koosnevad perekonnanimest ja liigiepiteedist

Mikrobioloogia

docx

Mikrobioloogia I eksam

Umbes kaks miljardit aastat tagasi hakkasid rauarikkad kivimid maal muutuma atmosfäärihapnikuga oksüdeerudes punaseks. Siiski, tänapäeval on näidatud, et mõned kaasaegsed bakterid suudavad rauda oksüdeerida ka ilma hapnikuta. Seega võisid seda tüüpi bakterid osaleda punaste rauda sisaldavate vöödiliste setete tekkes. 2. Eluslooduse domeenid ja prokarüootide koht neis. Mida tähendab mõiste ,,prokarüoot" ? Arhed, nende erilisus, sarnasus bakteritega ja eukarüootidega. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. 16SrRNA geenide olulisus ja sobivus prokarüootide süstematiseerimisel ja evolutsiooni uurimisel. Lynn Margulise hüpotees eukarüootse raku tekkest endosümbioosi teel. Mitokondrite ja kloroplastide bakteriaalne päritolu, vastavad tõendid. Eluslooduse domeenid: eukarüoodid, arhed ja bakterid. Prokarüoote on bakterites ja arhedes.

Bioloogia

docx

Mikrobioloogia konspekt

erinevaid väävliühendeid, vesinikku ja org ühendeid; tõestas, et taimede fotosünteesist eralduv O2 on pärilt H2O-st; pakkus koos R. Stanieriga välja konseptsiooni et kogu elusloodus jaguneb pro- ja eukarüootideks. · A. Fleming avastas antibiootikumid; avastas ja puhastas penitsilliini · C. Woese algatas 1977a rRNAde sekveneerimise ja saadud tulemuste kasutamise bakterite fülogeneesi uurimisel; avastas arhed · R. Blakemore avastas 1970 a magnetosoomid · Pfeiffer - 1893a. Jagas toksiinid endo- ja eksotoksiinideks · C. Ehrenberg - 1836 a avastas viburid Elu tekke ajal oli atmosfääris: · Vähe O-te · CH, CO, N, NH, CO, H · Kõrge temp · Ere valgus · Tugev vulkaaniline tegevus · UV kiirgus · Meteoriitide rünnakud Abiootilise sünteesi kahtlejate vastuväited: · Atmosfääris võis olla O-te, see võis tekkida ürgsel Maal veest UV kiirguse toimel

Mikrobioloogia

docx

Mikrobioloogia kordamisküsimuste vastused

Kordamisküsimused Mikrobioloogia I kursuse kohta 2010 Eluslooduse domeenid ja prokarüootide koht neis. Mida tähendab mõiste ,,prokarüoot" ? Kolm domeeni:arhed, bakterid ja eukarüoodid. Prokarüoodid kuuluvad arhede ja bakterite domeeni. Prokarüoot: eeltuumne. Arhed, nende erilisus, sarnasus bakteritega ja eukarüootidega. Arhede peamiseks erinevuseks bakteritest on nende sarnasused eukarüootidega. Veel: metaani moodustamine, Sarnasused bakteritega: rõngaskromosoom, genoomi suurus, operonide esinemine, mRNA intronite puudumine, 70s ribosoomid, metabolismiensüümide aminohappeline järjestus. Sarnasused eukarüootidega: Histoonid, rakuskelett, DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest, transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. Mustadel suitsejatel elavad hüpertermofiilid, nagu nt Pyrodictium occultum- meelist 105 kraadi, range anaeroob. Soolastes veekog

Mikrobioloogia

Rohkem sarnaseid