Aminohapete järjestus tetrapeptiidi N terminusest alates oleks (a,b,c,d) (võivad olla erinevad aminohapped) NH2 ja COO liituvad. 35. Nimetage kaks aminohappejääki mille kaudu võiks toimuda valkude fosforüleerimine. Valkude fosforüleerimine võiks toimuda türosiini, seriini ja treomiiniga, sest nad on ainukesed, mis sisaldavad OH-rühma, mis saab seostuda fosfaatrühmaga. 36. Nimetage üks aminohappejääk mille kaudu toimub valkude glükosüleerimine. Seriin, O-seoseline. Asparagiin, N-seoseline. 37. Millised nimetatud molekulidest on valgud? (võivad olla erinevad molekulid) b) kollageen c) DNA polümeraas 38. Milline on tetrapeptiidi (glutamiin- glütsiin- asparagiinhape-seriin) summaarne laeng pH 7 juures? (võivad olla erinevad tetrapeptiidid). 39. Kui kaua sünteesib bakteri E. coli ribosoom ühte keskmist valku? a) 0,5 minutit 40. Teoreetiliselt piisaks peptiidsideme sünteesiks ühe fosfoanhüdriidsideme hüdrolüüsi energiast
Mendeli tüüpi tunnused. Multigenne pärilikkus – palju geene määravad ühe tunnuse. Mittemendeli tüüpi. Mendeli sugupuud – kui tunnus on dominantne, avaldub ta heterosügootses olekus, retsessiivne kui ei avaldu. Autosomaalne dominantne – haigel indiviidil vähemalt üks haige vanem. Autosomaalne retsessiivne – mittehaigestunud vanematel sünnib haige lamps (kandjad/heterosügoodid). X-seoseline retsessiivne – naised alati kandjad, mehed haiged. Naised võivad haigestuda kui ema kandja ja isa haige. Hüppab generatsiooni. X-seoseline dominantne – mõlemast soost haiged, rohkem naisi. Haigel mehel on tütred, mitte pojad haiged. Y-seoseline – haigestuvad ainult mehed, haiel poisil alati haige isa. HW valemi kohaselt vabalt ristuvas populatsioonis, mis on
sidet Penitsilliin inhibeerib peptidoglükaani sünteesi Glükoproteiinid 170% massist süsivesikud Glükoos mannoos enamus sekreteeritavad valgud galaktoos fukoos siaalhape seotud kas O või Nglükosiidse sidemega N atsetüülgalaktoosamiin Natsetüülglükoosamiin O seoseline: side Ser või Thr jäägiga Nseoseline: side Asn jäägiga Inimese ABO süsteemi veregrupi antigeenid Rakkude välispinnale eksponeeritud sahhariidid funktsioneerivad kui molekulaarsed markerid O tüüp ei ole antigeenne A lisaks Natsetüülgalaktoosamiin B lisaks galaktoos Suhkru lisamine Otüüpi antigeenile nõuab spetsiaalse ensüümi olemasolu
SRP omakorda seostub ER-i membraanis oleva SRP retseptoriga. Kuna SRP seondumise ajal oma retseptoriga valgu tagumist otsa alles sünteesitakse ribosoomide poolt, siis tulemuseks on see, et ka ribosoomid kinnituvad ER-i membraani külge. Ribosoomid, mis on seotud ER-ga, tekitavad rakus kompartmendi, mida nimetatakse karedapinnaliseks ER-ks (rER). ER-i seda osa, kus ribosoome pole, nimetatakse siledapinnaliseks ER-ks (sER). Valkude modifitseerimine ER-s (N-seoseline glükosüleerimine, disulfiidsildade moodustumine, valkude kokkupakkimine ja edasitoimetamine Golgi kompleksi). N-seoseline glükosüleerimine toimub asparagiini lämmastiku aatomi kaudu. Vajalik on asparagiini jäägi esinemine järjestustes Asn-X-Ser või Asn-X-Thr (X on mingi suvaline aminohape). Disulfiidsildade moodustumine toimub ER-is. Moodustuvad järjestikuste tsüsteiinide vahele, mõnikord ka mittejärjestikuliste vahele,
valgu ja RNA kompleksi. SRP omakorda seostub ER-i membraanis oleva SRP retseptoriga. Kuna SRP seondumise ajal oma retseptoriga valgu tagumist otsa alles sünteesitakse ribosoomide poolt, siis tulemuseks on see, et ka ribosoomid kinnituvad ER-i membraani külge. Ribosoomid, mis on seotud ER-ga, tekitavad rakus kompartmendi, mida nimetatakse karedapinnaliseks ER-ks (rER). ER-i seda osa, kus ribosoome pole, nimetatakse siledapinnaliseks ER-ks (sER). Valkude modifitseerimine ER-s (N-seoseline glükosüleerimine, disulfiidsildade moodustumine, valkude kokkupakkimine ja edasitoimetamine Golgi kompleksi). N-seoseline glükosüleerimine toimub asparagiini lämmastiku aatomi kaudu. Vajalik on asparagiini jäägi esinemine järjestustes Asn-X-Ser või Asn-X-Thr (X on mingi suvaline aminohape). Disulfiidsildade moodustumine toimub ER-is. Moodustuvad järjestikuste tsüsteiinide vahele, mõnikord ka mittejärjestikuliste vahele, kuid siis toimub sildade
a)atsetüleerimine(N-a-atsetüültransferaas), b)N-terminaalne metülatsioon, c)N-terminaalne müristoüleerimine(liidetakse lipiid, mille kaudu intereeritakse membraaniga), d)lipiidide lisamine, e)C-terminaalne amidatsioon, f)glükosüleerimine (praktiliselt kõik membraanseoselised ning sekreteeritavad valgud on glükosüleeritud, s.t. et nad sisaldavad aminohapete külge kovalentselt seotud oligosahhariidseid ahelaid. Eristatakse kahte tüüpi glükosüleerimist: N- seoseline (toimub Asparagiini lämmastiku aatomi kaudu) ja O-seoseline (toimub Seriini või Treoniini hapniku aatomi kaudu) g)fosforüleerimine (fosfataasid ja kinaasid) h)intiini mehhanism(aktiivne valk saadakse pärast valgu autokatalüütilist modifitseerimist st lõigatakse välja osa järjestusest-intein-ja ligeeritakse ülejäänud valk kokku) Lisaks: proteolüütiline lõikamine(selleks et saada aktiivset valku lõigatakse osa
Kogu see akseptorite süsteem on reguleeritud erinevate mehhanismide poolt. ArcAB süsteem ArcAB kahe-komponendiline signaali transduktsiooni süsteem kontrollib geeni ekspressiooni vastuseks kasvu respiratoorsetele tingimustele ja on kaasa arvatud bakteriaalsesse patogeneesi. 3 ArcAB süsteem on kõige aktiivsem madala hapniku tingimustes ja vähem aktiivsem kõrgetes hapniku tingimustes. ArcAB süsteem koosneb arcA ja arcBst. ArcB funktsioneerib kui membraan-seoseline sensor/transmitter, mis edastab signaali ArcA vastuvõtja/regulaatorile. 1 ArcB ei taju hapniku, vaid oksüdatsiooni ja reduktsiooni taset membraan-seotud kinoonide abil. Kinoonid on respiratsioonil kesksed elektron kandjad. Arc süsteem reguleerib trikarboksüülhappe tsükli kooskõlastatud sünteesi. ArcA-P on aeroobselt ekspresseeritud sihtmärk geenide repressorvalk ja anaeroobselt ekspresseeritud sihtmärk geenide aktivaator.
selleks, et see saaks DNAga seonduda ja b) nende võimet initseerida transkriptsiooni vajalik on ligandi seondumine, näiteks tuumaretseptorite puhul. 25. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon on pärast esimese 50bp sünteesi väga kiire, nii et Pol II peatub alles 3'otsa järjestusel, mis kontrollib RNA ahela lõikamist ja RNA polüadenüülimist, millest moodustub mRNA saba. 26. RNA Polümeraas I ja III seoseline transkriptsioon. Initsiatsioon on väga sarnane Pol II omaga. Initsiatsioonikomplekside kokkupanek algab teatud generaalsete TFde sidumisega regulaatorelementidele. Need TFd on polümeraas-spetsiifilised ning iga polümeraas tunneb ära erinevaid DNA järjestusi. RNA Pol I sünteesib pre-rRNAsid ja Pol III tRNAsid ning lühikesi, stabiilseid RNAsid. 27. Mille poolest RNA Pol I ja Pol III-seoseline transkriptsioon erinevad RNA Pol II- seoselisest transkriptsioonist
Vask Cu osaleb: · Hb sünteesis · hingamisahela ens. · fosfolipiidide sünteesis · vabade radikaalide toime reguleerija, antioksüdant Allikad: maks, liha täisteravili joogivesi Mn: · ens, kofaktor: rasvhapete ja kolesterooli sünt. kilpnäärme hormoonide akt. · soodustab tiamiini. insuliini, biotiini, vit. C toimet · superoksiidi dismutaas on Mn seoseline vabade radikalide sidumine · vereloome, luukude allikad: täisteratooted, eriti kaer; munakollane Co: · kobalamiin · vereloome, erütrotsüüdid · saadakse peamiselt loomsest toidust I: · kilpnäärme hormoon kasv, areng, ka vaimne · leidub merekalades, seentes, õunaseemnetes Mo: · puriinaluste metabolism · rauavarude kasutamine V: · luude, kõhre, hammaste areng · erütrotsüütide moodust.
,,Lauljad laevavööridel" on üsnagi sarnane ,,Söerikastaja" teravusega. Läbiv arengu ja maailma avastamise teema on siinjuures veidi muudetud ning eriti tuleb see esile alguses ja lõpus. Luulekogu lõpetav ,,CAMPANELLA, august 1961" on tulevikku uskumisele pühendatud. Pimedusse suletud mõtleja unistab ulmelisest päikeseriigist, kus elu on ilma vägivallata ning kõik inimesed on arukad ja inimlikud. Üldteema on sarnane ,,Maailma avastamisega", sarnane on ka seoseline arendus. Isegi kirjutamise aeg on üsnagi sama kuuekümnendate aastate algus. Arenguteema ülevus ja konkreetsus loovad tajutava vastuolu, mida süvendab veelgi vormiline mitmeplaanilisus. Kross otsib tasakaalu vabavärsi ja traditsioonilise värsi vahel. Just vastandlikkuse tõttu ei teki sellel luulekogul terviku tunne nii palju kui seda oli ,,Kivist viiulites" ning ei ärata seejuures nii palju tähelepanu. (Kalda, 1991) 2.5 ,,Vihm teeb toredaid asju" (1969)
N-atsetüülglutamaadi süntetaasi defitsiit tekitab vastsündinutel kiiresti hüpetammoneemia ja üldise hüperaminoatsiduuria. Võib tekkida respiratoorne alkaloos (ammoniaak stimuleerib hingamist). Normaalset lämmastiku metabolismi aitab hoida madala valgusisaldusega toit vüi N-atsetüülglutamaadi analoogide manustamine. CPSI defitsiit – samad sümptomid mis eelmisel OTC defitsiit – on X-kromosoom-seoseline. Iseloomulikud jooned on Gln taseme tõus veres, seljaajuvedelikus ja uriinis; hüperammoneemia, neuroloogilised häired ja orootatsiduuria. Tuleb vältida valgurohket toitu. Tsitrullinuuria – argininosuktsinaadi süntaasi defitsiit. Seda aminoatsidopaatiat iseloomustab plasma ja uriini tsitrulliini tugev tõus, hüperammoneemia ja mõnikord sekundaarne orootatsiduuria. Avaldub neonataalse ja hilisema vormina
· Arhedel on geneetilisest aspektist ühiseid jooni nii bakterite kui ka eukarüootidega. Ühised jooned eubakteritega: 1) Rõngaskromosoom; 2) Genoomi suurus; 3) Operonid; 4) mRNA intronid puuduvad; 5) 70S ribosoomid Ühised jooned eukarüootidega: 1) Histoonid krenarhedel; 2) Rakuskeleti (chaperoniinide niidid, aktiini homoloogid) olemasolu; 3) Valgusüntees tundetu kanamütsiinile ja klooramfenikoolile; 4) DNA seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest; 5) Transkriptsioonifaktoreid palju ja need sarnased eukarüootide omadele; 6) Metionüül-tRNA on initsiaator tRNA valgusümteesil; 7) Promootori äratundmine samasugune nagu eukarüütidel. Arhede füsioloogia ja levik looduses · Agselt arvati, et arhed on kõik ekstremofiilid, kuna esmalt kirjeldati just selliseid arhesid, kes olid ka atsidofiilid, hüpertermofiilid, ranged anaeroobid või
Prokarüoodid kuuluvad arhede ja bakterite domeeni. Prokarüoot: eeltuumne. Arhed, nende erilisus, sarnasus bakteritega ja eukarüootidega. Arhede peamiseks erinevuseks bakteritest on nende sarnasused eukarüootidega. Veel: metaani moodustamine, Sarnasused bakteritega: rõngaskromosoom, genoomi suurus, operonide esinemine, mRNA intronite puudumine, 70s ribosoomid, metabolismiensüümide aminohappeline järjestus. Sarnasused eukarüootidega: Histoonid, rakuskelett, DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest, transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. Mustadel suitsejatel elavad hüpertermofiilid, nagu nt Pyrodictium occultum- meelist 105 kraadi, range anaeroob. Soolastes veekogudes elutsevad äärmuslikud halofiilid nagu perekond Halobacterium- sünteesivad ATPd valgusenergia abil. 16SrRNA bakterite evolutsiooni uurimisel ja süstematiseerimisel.
vaatamata nende väga erinevale diferentseeritusele, omavad ühesugust genoomi (eranditeks on erütrotsüüdid, B-lümfotsüüdid). Rakkude diferentseerumise käigus muutub geenide ekspressiooni tase ja muster (ka splaising). Diferentseerunud rakud sisaldavad sama genoomi, nende proteoom aga on erinev. Seetõttu erinevad need rakud nii funktsionaalselt kui morfoloogiliselt jagunevatest, arenguliselt primitiivsematest rakkudest. Raku arengupuu:? ... Determineeritud tüvirakk -> päritolu-seoseline (commited) tüvirakk -> amplifitseeruvad rakud -> end cells. kolm esimest on progenitorid e. eellasrakud, mis jagunevad · Milleks kasutatakse kultuuris hoitavate rakkude diferentseerimist? Rakuteraapiaks päris suur kasutusala, kuid enamus veel seisab hüpoteetilistel väljunditel, kuna loodetakse, et vahendite paranedes muutuvad paljud ravimata haigused ravitavateks. Kultuuris hoidvate embrüoa rakke on võimalid diferentseerida paljudeks raku tüüpideks.
(nn. modifikaatorgeenidest) kui ka keskkonnatingimustest, milles indiviidid arenevad ja elavad. 72. Mis on autosoomne retsessiivne pärandumine (näited)? Haigus esineb 25% järglastest ja 50% on kandjad, mõlemad vanemad kannavad sama geenimutatsiooni. Mõlemal sool võrdselt. Nt tsüstiline fibroos, sirprakuline aneemia, fenüülketonuuria. Haiguse avaldumiseks peab olema mõlemas geeni alleelis mutatsioon, kuna tegu on retsessiivse pärandumisega. 73. Mis on X-seoseline pärandumine (näited)? Haigestuvad peamiselt pojad ja kandub edasi emaliini pidi tavaliselt, pojal 50% risk olla haigestunud ja tütardel 50% tõenäosus olla kandjad. Haigusi teada umbes 500 nt daltonism, hemofiilia. Haige mees saab geeni edasi anda tütardele, kuid pojad ei saa olla kandjad, kuna mehed on hemisügoodid st neil ainult üks X kromosoom. 74. Mis on mitokondriaalne pärandumine (näited)? MtDNA pärandumine nii meestele kui ka naistele. Emaliini pidi, kõigil kandjast ema
Koodon-antikoodon interaktsiooni kontroll. EF-Ts (EF-1b)- GDP asendamine GTP-ga EF-TU-l. EF-G (EF-2) – katalüüsib ribosoomi translokatsiooni mRNA-l. 14 GTPaasid ja nende rollid rakus. Osalevad: rakulises signaaliülekandes, valkude translokatsioonil, rakujagunemise kontrollis, valgusünteesil. Mehhanism: GTP sidumine ja hüdrolüüs, pendeldavad 2 oleku vahel – GTP-seoseline AKTIIVNE; GDP-seoseline INAKTIIVNE. GTPaasi tsükkel, G-nukleotiidi vahetusfaktor GEF, GTPaasi aktiveeriv valk GAP GTPaasid ja G-domeen: Konserveerunud piirkonnad: switch I, switch II, P-loop P-loop seob GTP fosfaatrühmi Switch-id olulised GTP hüdrolüüsiks NB! Vaadake slaide 12 - 13 EF-Tu Tu” : T –” transfer”, u - “unstable”. Monomeerne GTPaas, 3 domeeni GTPaasne aktiivsus. GTPaasi stimuleerib ribosoom. Kolmikkompleks : EF•Tu-GTP•aa-tRNA
18 silmust keerduvad rosettideks. Ligikaudud 106 rosetti eksisteerib inimese 4. kromosoomi igas kromatiidis. 28. Kuidas mõjutab kromatiini struktuur transkriptsiooni? Kromatiini struktuur mõjutab transkriptsiooni otseselt. Mida kondenseeritum kromatiin on, seda raskendatum on transkriptsioon, una vajalikud valgud ei pääse DNA saitidele ligi. Kromatiini-moduleerivad faktorid võivad aktiveerida või represseerida teatud geenide promootoreid. Heterokromatiini-seoseline repression toimub telomeeridel, kus erinevad valgud, mis interakteeruvad üksteisega ja histoonide H3 ja H4 hüpoatsetüleeritud N- terminustega, moodustavad neis alades represseeriva kromatiini struktuuri. Vms. 6 29. Kirjelda DNA struktuuri mõju geenide aktivatsioonile/inhibitsioonile. Jälle ei saa aru, mida siin tahetakse (kas kaksiheeliksi mõju v?) pmst nagu eelmine küsimus... 30. Kirjelda kromatiini immunosadestamismeetodit.
35.(131) Nimetage kaks aminohappejääki mille kaudu võiks toimuda valkude fosforüleerimine. Ser seriin, Thrtreomiin türosiin, seriin ja treomiin on ainukesed 20 kodeeritava ah seas, mis sisaldavad hüdroksüülrühm, mis saab seostuda fosfaatrühmaga, andes fosfoestersideme (analoogne fosfoestersideme moodustumisega nukleotiidis suhkru ja fosfaatrühma vahel) 36.(132) Nimetage üks aminohappejääk mille kaudu toimub valkude glükosüleerimine. Ser (seriin) O seoseline glükosüleerimine, Asn (asparagiin) N seoseline glükosüleerimine 37.(133) Millised nimetatud molekulidest on valgud? (võivad olla erinevad molekulid) b) kollageen, c) DNA polümeraas 38.(134) Milline on tetrapeptiidi glutamiin glütsiin asparagiinhapeseriin summaarne laeng pH 7 juures? 1 39.(134) Kui kaua sünteesib bakteri E. coli ribosoom ühte keskmist valku? a) 0,5 minutit 40.(135) Teoreetiliselt piisaks peptiidsideme sünteesiks ühe fosfoanhüdriidsideme hüdrolüüsi energiast
Fe2+ on enamasti seotud valkudega, asudes nende aktiivtsentris OH märklauaks on ensüümi aktiivtsentris asuvad aminohapped. Alkoholi dehüdrogenaas on hapnikutundlik, kuna sisaldab Fe2+. Neil oksüdoreduktaasidel, mida vajatakse nii aeroobsetes kui ka anaeroobsetes tingimustes, on Fe2+ asemel aktiivtsentris Zn2+. Superoksiidi dismutaasid on esindatud peaaegu kõigis aeroobsetes bakterites. Leitud on nii Fe3+ kui ka Mn3+ seoselisi ensüüme. Bakteris E. coli on olemas mõlemad SOD-id. Fe-seoseline SOD ekspresseerub nii aeroobsetes kui ka anaeroobsetes tingimustes, Mn-seoseline (SodA) on aga indutseeritud ainult rakkude aeroobse kasvu korral. Katalaasid on esindatud nii aeroobsetes kui ka fakultatiivselt anaeroobsetes bakterites. Bakteris E. coli asuvad reaktiivse hapniku kahjutustamisel osalevaid ensüüme kodeerivad geenid kahes oksüdatiivse stressi modulonis, mida kontrollivad SoxS ja OxyR. SoxS modulon soxSR geenid on vastassuunaliselt transkribeeritavad
6 agregaatide teket. Kui valk pole mingil põhjusel saavutanud õiget konformatsiooni, siis ta pumbatakse läbi ER-i membraani tagasi tsütosooli, kus ta lagundatakse proteosoomides. ER toimib valkude kvaliteedi kontrolli punktina. 3. Valkude glükosüleerimine. Praktiliselt kõik membraanseoselised ning sekreteeritavad valgud on glükosüleeritud. ER-is toimub ainult N-seoseline glükosüleerimine. Endoplasmaatilises retiikulumis toimuva N-seoselise glükosüleerimise seisneb selles, et: 1. kõigepealt sünteesitakse valmis suur prekursor-oligosahhariid, mis koosneb komest glükoosi, üheksast mannoosist ning kahest N-atsetüülglükoosaminist. Struktuur on seotud spetsiaalse lipiidi, mida nimetatakse dolihooliks, külge. 2. tõstetakse see prekursor-oligosahhariid ühes tükis dolihooli küljest valguahelas oleva asparagiini külge
35.(131) Nimetage kaks aminohappejääki mille kaudu võiks toimuda valkude fosforüleerimine. Serseriin, Thrtreomiin türosiin, seriin ja treomiin on ainukesed 20 kodeeritava ah seas, mis sisaldavad hüdroksüülrühm, mis saab seostuda fosfaatrühmaga, andes fosfoestersideme (analoogne fosfoestersideme moodustumisega nukleotiidis suhkru ja fosfaatrühma vahel) 36.(132) Nimetage üks aminohappejääk mille kaudu toimub valkude glükosüleerimine. Ser (seriin) O seoseline glükosüleerimine Asn (asparagiin) N seoseline glükosüleerimine 37.(133) Millised nimetatud molekulidest on valgud? (võivad olla erinevad molekulid) a) sorbitool b) kollageen c) DNA polümeraas d) fosfatidüülkoliin 38.(134) Milline on tetrapeptiidi glutamiin glütsiinasparagiinhapeseriin summaarne laeng pH 7 juures? (võivad olla erinevad tetrapeptiidid). 39.(134) Kui kaua sünteesib bakteri E. coli ribosoom ühte keskmist valku? a) 0,5 minutit b) 0,5 tundi c) 0,5 päeva 40
tunnused 4. Haigest organismist peab olema see mikroob jälle kättesaadav Arhede ühised jooned prokarüootidega: 1. Rõngaskromosoom 2. Genoomi suurus 3. Operonide esinemine 4. mRNA intronide puudumine 5. 70 S ribosoomid 6. Metaboliensüümide aminohappeline järjestus Arhede ühiseid jooni eukarüootidega: 1. Histoonid 2. Rakuskelett 3. Transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega 4. DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutsest Arhede ja bakterite viburite erinevus: 1. Flagelliini valgud on erinevad 2. Arhede vibur kasvab algusest, bakterite oma tipust 3. Arhede viburi paneb pöörlema ATP hüdrolüüs, bakterite oma prootongradient membraanil 4. Arhede vibur on peenem ja meenutab pigem bakterite piile Mikroorganimside liikumisviisid: · Liikumine rakuväliste viburitega vedelas keskkonnas · Libisev liikumine tahkel pinnal
Intronid geenides Esinevad harva Esinevad väga sageli Arhede ühised jooned bakteritega: 1) rõngaskromosoom; 2) genoomi suurus; 3) operonide esinemine erinevate ülesannetega geenid moodustavad neid, kindel kompleks; 4) mRNA intronite puudumine kahe geeni vaheline kompleks, mingi mõtetu ala; 5) 70S ribosoomid; 6) Metabolismiensüümide aminohappeline järjestus. Arhede ühised jooned eukarüootidega: 1) histoonid; 2) Rakuskelett; 3) DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest; 4) Transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. Arhede ja bakterite viburite erinevus. 1. Arhede ja bakterite flagelliinide valgud on erinevad. 2. Arhede vibur kasvab alusest, bakterite oma tipust. 3. Arhede viburi paneb pöörlema ATP hüdrolüüs, bakterite oma ioongradient membraanil. 4. Arhede vibur on peenem kui bakterite oma ja meenutab pigem bakterite piile. 5
kinnitamiseks väävlile. Range anaeroob, oksüdeerib vesinikku ja orgaanilisi ühendeid ja redutseerib väävlit. Teda on isoleeritud mustast suitsetajast. · · · Ühised jooned bakteritega: · rõngaskromosoom; · genoomi suurus (väike genoom); · Operonide esinemine; · mRNA intronite puudumine; · 70S ribosoomid; · Metabolismiensüümid on bakteritel ja arhedel sarnased. · · Ühised jooned eukarüootidega: · Histoonide esinemine; · DNA-seoseline RNA polümeraas (transkriptsiooniaparaat) kompleksne, paljukomponendiline nagu eukarüootidel. Bakterite oma on palju lihtsam. · Rakuskelett · Transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · BAKTERITE KUJURÜHMAD ( loeng 4. ) 11. September 2009 ·
prokarüoodid nagu bakteridki, kuid nende 16S rRNA geenid on järjestuselt suhteliselt sarnased eukarüootide omale. Ühised jooned bakteritega: · Rõngaskromosoom · Genoom väike · Operonide esinemine · mRNA intronite puudumine · 70S ribosoomid · Metabolismiensüümid on sarnased Ühised jooned eukarüootidega: · Histoonide esinemine · DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne, paljukomponendiline. 28. Metanogeenid on eurüarhed. Neil on palju ühiseid jooni eukarüootidega. Ranged anaeroobid. Metanogeenide tarvis toodavad vesinikku, CO2 ja atsetaati kääritajad mikroobid. Nende olemasolul moodustavad arhed metaani. H2 ja CO2 imbub ka maakoore lõhedest vulkaanilise tegevuse tagajärjel. Seega metanogeenidele sobivad toitained ei pruugi olla bioloogilise tekkega. 29
N2 fikseerimine atmosfäärist N2 fikseerivad bakterid (näiteks mitmed Rhizobium'i liigid, Klebsiella pneumoniae) on võimelised siduma lämmastikku atmosfäärist ja konverteerima seda ammooniumiks. N 2 fikseerimisel osaleb multikomponentne nitrogenaasi süsteem, mis koosneb kahest komponendist: 1. Komponent I dinitrogenaas (molübdeeni ja rauda sisaldav kahest erinevast subühikust koosnev MoFe-valk), tetrameer 2. Komponent II dinitrogenaasi reduktaas (raua ja väävli-seoseline Fe-valk, mis kannab elektronid dinitrogenaasile). Töötab dimeerina, sisaldab Fe 4S4 klastrit, mis on vajalik FeMo redutseerimiseks lämmastiku fikseerimisel. Erinevatel bakteritel on see süsteem sarnane nii funktsiooni kui ka valkude aminohappelise järjestuse põhjal. N2 fikseerimine on energiakulukas protsess. Nitrogenaasi reaktsiooni tulemusena tekib ammoonium ning vabaneb ka H2. Elektronide allikaks on ferredoksiinid ja flavoproteiinid, mis on saanud elektronid
prokarüoodid. Mida tähendab mõiste ,,prokarüoot" ? Eeltuumne. (Neil puudub tuumamembraan ja mitmed organellid). Arhed, nende erilisus, sarnasus bakteritega ja eukarüootidega. Arhedel eeterlipiidid (teistel esterlipiidid). Moodustavad metaani. Sarnasused bakteritega: Rõngaskromosoom genoomi suurus operonide esinemine mRNA intronite puudumine 70s ribosoomid metabolismiensüümide aminohappeline järjestus. Sarnasused eukarüootidega: Histoonid Rakuskelett DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest, transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. Mustadel suitsejatel elavad hüpertermofiilid, nagu nt Pyrodictium occultum- meelistemperatuur 105 kraadi, range anaeroob. Soolastes veekogudes elutsevad äärmuslikud halofiilid nagu perekond Halobacterium- sünteesivad ATPd valgusenergia abil.
väävlihiingajad) o Metaani moodustamine on iseloomulik vaid arhedele (mudas, mullas, soolestikud) o Kuju poolest sarnased bakteritele Arhede ühised jooned prokarüootidega: rõngaskromosoom; genoomi suurus; operonide esinemine; mRNA intronide puudumine; 70 S ribosoomid; metaboliensüümide aminohappeline järjestus Arhede ühised jooned eukarüootidega: histoonid; rakuskeltt; transkriptsioonifaktorid homoloogsed; DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest Hüpotees eukarüootse raku tekkest sümbioosi teel Endosümbioosi teooria kohaselt on tänapäeva eukarüoodid geneetiliselt kimäärid, mis on arenenud astmeliselt, ,,neelates alla" sümbionte, millest arenevad organellid. Teooria kohaselt asustasid aeroobsed bakterid primitiivsete eukarüootide tsütoplasma ja aitasid neid energiavahetuses, oksüdeerides hapnikuga keemilisi ühendeid. Nendest said
spiraalsed, sagaralised, plaatjad või ebaregulaarse kujuga. Paljudel on ka vibur. Osa on üherakulised, osa moodustab niite ja agregaate. Rakukest on arhedel kas valguline või polüsahhariidne. Arhedel eeterlipiidid (teistel esterlipiidid). Moodustavad metaani. Sarnasused bakteritega: Rõngaskromosoom, genoomi suurus, operonide esinemine, mRNA, intronite puudumine, 70s ribosoomid, metabolismiensüümide aminohappeline järjestus. Sarnasused eukarüootidega: Histoonid, Rakuskelett, DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest, transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. 15. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. Varem arvati, et arhead elavad ainult teistele organismidele kõlbmatutes elupaikades (ülikõrge või ülimadal temperatuur, pH-ekstreemsus või radioaktiivne kiirgus), kuid leitud on, et nad asustavad ka teisi (normaalseid) elupaiku. Arvatakse, et prokarüoodid on esimesed planeedil Maa tekkinud
On kahte tüüpi kergeid ahelaid lamda ja kappa. Ka kergel ahelal on konstantne ja variaabel domään. Keskmine kerge ahela pikkus on 211- 217 aminohapet. Iga antikeha sisaldab kahte kerget ahelat mis on alati identsed, ainult ühte tüüpi kerge ahel, kappa või lambda erineb. IgG on kõige mitmekülgsem antikega, kuna ta on võimeline läbi viima kõiki immunoglobuliini funktsioone. Ig-d: · Sekreteeritav (sIg) · membraan-seoseline (mIg). sIg C-termin.domään koosneb erineva pikkusega hüdrofiilsete aminohapete järjestusest; funktsiooniks on antikehade sekretsioon. mIg C-terminaalne domään koosneb 3-st regioonist: ekstratsellulaarne osa - hüdrofiilne "spacer" 26 aminohapet; hüdrofoobne transmembraane järjestus ja tsütoplasmaatiline saba. mIg ekspressioon B-raku pinnal: 1) pre-B-rakk mIgM; 2
ka RNA mõtteliseks ahelaks (sense strands). Teine DNA ahel on mittematriitsahel, millelt sünteesitakse antisens RNA (mittemõtteline) - mittekodeeriv. 119. RNA korrektsioon. mRNA posttranskriptsiooniline informatsiooni muutmine enne translatsiooni. Üksikute N-aluste struktuuri muutus (tsütosiini deamiinimisel tekib uratsiil). Inserteerides või deleteerides uridiinmonofosfaatjääke. C -> U-tüüpi mRNA korrektuur. Taimede mitokondrites tavaline; loomade sooltraktis. Spetsiifilise RNA-seoseline deaminaasiga toimub tsütosiini oksüdatiivne deamiinimine, moodustub uratsiil ja CAA koodonist UAA (terminaatorkoodoniks valgu sünteesil). RNA korrektsiooni juhib giid-RNA. 120. Intronid ja eksonid. Geeni splaising. Geenidest lõigatakse välja intronid (mittekodeerivad järjestused , mis on esindatud DNA-s, aga mitte mRNAs) ja järeljäävad eksonid (mRNAs esindatud geeni ala; kodeerivad järjestused) ühendatakse geeni splaissingul. Tavaliselt fosforsidemeid üle kandes.
Püruvaat võib enterobakteritel metabooluda 4 moel: 1) Redutseeruda piimhappe tekkega 2) Laguneda Pyrformiaatlüaasi reaktsioonis formiaadiks ja AcCoA-ks. 3) PEP võib karboksüüluda oksaalatsetaadiks ja viidakse üle suktsinaadiks. Osaleb membraanne forforüülimine. Pyrformiaatlüaasi süntees toimub ainult anaeroobsetes tingimustes. Anaeroobsetes tingimustes moodustub püruvaatdehüdrogenaasne kompleks ja toimub püruvaadi NAD-seoseline dekarboksüülimine AcCoAks ja selle edasine aeroobne katabolism tsitraaditsüklis. Enterobakteriaalsel käärimisel on 2 tüüpi: 1) Hapete segu teke iseloomulik püruvaadist atsetaadi jt hapete teke. 2) Butaandioolkäärimine tekivad neutraalsed produktid. Püruvaadist moodustatakse mitte happeid, vaid neutraalset butaandiooli. Protsessis eraldub rohkesti CO2. Vaheproduktiks on atsetoiin. Anaeroobne hingamine, selle olemus ja levik looduses
Üks ja seesama tuumapoor on võimeline molekule transportima mõlemasuunaliselt. tuuma transpordi faktorid – ehk retseptor (nim ka importiiniks) – seostub FG järjestusele kordamööda ja liigub mööda kanalit NLS nuclear localisation signal ehk tuuma lokalisatsiooni e tuuma siirdamise signaal NES nuclear export signal ehk tuumast väljutamise e ekspordi signaal Ran – tsütosooli valk – väike, GTP või GDP seoseline importiin – tuuma impordi mehhanismis transpordi faktor eksportiin – tuuma ekspordi mehhanismis transpordi faktor 6. Valkude tuuma import ja eksport: sarnasus ja erinevus. Sarnasus: moodustub kompleks signaalmolekuli ja cargoga, kompleks ühendub ran- GTP-ga, toimub transport ning kompleks dissotseerub Erinevus: ekspordi korral on ran-GTP lastmolekuliga (cargo) samas kompleksis, impordi puhul ei ole Ekspordi korral algab protsess tuumast, impordi puhul tsütoplasmast 7
Kirjeldage peroksüsoomide funktsioneerimise häiretega kaasnevaid haigusi inimesel Zellwegeri sündroomi korral on takistatud enamiku valkude liikumine tsütosoolist peroksüsoomidesse, seega peroksüsoomid on tühjad. On leitud, et mutatsioonid kaheksas geenis (seotud impordivalkudega) võivad sellise sündroomi põhjustada. Haigetel esinevad maksa ja neerude talituse häired ja ajukahjustused, mis põhjustab surma varases lapseeas. Inimesel esineb pärilik haigus nimega X-seoseline adrenoleukodüstroofia (ALD). Selle haiguse puhul on häiritud eriti pikaahelaliste rasvhapete oksüdeerumine peroksüsoomides. Toimub küll selliste rasvhapete transport peroksüsoomidesse, kuid seostumine CoA-ga mitte, sest ensüüm, mis katalüüsib rasvhappe esterifitseerumist CoA-ga (rasvatsüül – CoA süntaas) transpordisüsteemi defektsuse tõttu ei liigu peroksüsoomidesse. Ensüümi tugevalt väljendunud puuduse korral lapsepõlve keskel tekivad
See regioon kannab nimetust Fc( fragment crystallizable regioon, mis koosneb kahest raskest ahelast, kus on kaks või kolm konstantset domääni sõltuvalt antikeha klassist. See regioon kindlustab, et iga antikeha genereerib immuun vastuse, kui antigeeniga seondutakse erinevate Fc retseptoritega. IgG on kõige mitmekülgsem antikega, kuna ta on võimeline läbi viima kõiki immunoglobuliini funktsioone. Ig-d: Sekreteeritav (sIg) ja membraan-seoseline (mIg). H-ahela C-terminaalne domään on sIg-l ja mIg-l erinev nii struktuuri kui bioloogilise funktsiooni poolest. sIg C-termin.domään koosneb erineva pikkusega hüdrofiilsete aminohapete järjestusest; funktsiooniks on antikehade sekretsioon. mIg C-terminaalne domään koosneb 3-st regioonist: ekstratsellulaarne osa - hüdrofiilne "spacer" 26 aminohapet; hüdrofoobne transmembraane järjestus ja tsütoplasmaatiline saba.
Kirjeldage peroksüsoomide funktsioneerimise häiretega kaasnevaid haigusi inimesel Zellwegeri sündroomi korral on takistatud enamiku valkude liikumine tsütosoolist peroksüsoomidesse, seega peroksüsoomid on tühjad. On leitud, et mutatsioonid kaheksas geenis (seotud impordivalkudega) võivad sellise sündroomi põhjustada. Haigetel esinevad maksa ja neerude talituse häired ja ajukahjustused, mis põhjustab surma varases lapseeas. Inimesel esineb pärilik haigus nimega X-seoseline adrenoleukodüstroofia (ALD). Selle haiguse puhul on häiritud eriti pikaahelaliste rasvhapete oksüdeerumine peroksüsoomides. Toimub küll selliste rasvhapete transport peroksüsoomidesse, kuid seostumine CoA-ga mitte, sest ensüüm, mis katalüüsib rasvhappe esterifitseerumist CoA- ga (rasvatsüül CoA süntaas) transpordisüsteemi defektsuse tõttu ei liigu peroksüsoomidesse. Ensüümi tugevalt
transporti rakku nende transporterite kaudu. Transkriptsiooni kaudu reguleerimine. Kuigi induktori välistamissüsteem võib olla efektiivne, on E. coli'l lisaks regulatsioonisüsteem, mis reguleerib mitte-eelistatud substraatide katabolismigeenide ekspressiooni. Regulatsiooni keskmeks on regulaator Crp (ingl k Catabolite repressioon protein), mille sünonüümne nimi on CAP (ingl k Catabolite activator protein). Crp on cAMP- seoseline transkriptsiooni aktivaator, mis efektori (cAMP) puudumisel ei aktiveeri sekundaarsete C-allikate transpordi- ja katabolismigeene. Tsüklilist AMP sünteesitakse adenülaattsüklaasi (AC) abil, mida aktiveerib fosforüleeritud EIIA. Kuna fosforüleeritud EIIA esineb peamiselt siis, kui keskkonnas glükoosi pole, siis glükoosi olemasolu pärsib efektori sünteesi ja Crp kaudu alternatiivsete C-allikate kasutuselevõttu. Adenülaattsüklaasi ekspresseeritakse E. coli's pidevalt ning
annaabi.ee 
