transkriptsioonikompleksi formeerumist. Proksimaalsed elemendid (start-saidi läheduses asuvad) ja enhancer'id on tihti rakutüüp-spetsiifilised, omades aktiivsust vaid teatud rakutüüpides. (Tõlked Wikipediast) 3. Mis on sigma faktori funktsioon? Mis juhtub sigma faktoriga initsiatsiooni lõppedes? Sigma faktor () on prokarüootne transkriptsiooni initsiatsiooni faktor, mis võimaldab spetsiifilist RNA polümeraasi spetsiifilist seondumist geeni promootoriga. Erinevad sigma faktorid aktiveeritakse vastuseks erinevatele keskkonna tingimustele. Iga RNA polümeraas sisaldab täpselt ühte sigma-faktorit. Travers ja Burgess'i järgi lahkub sigma faktor ensüümist kohe, kui ta on transkriptsiooni initseerinud ja vaba faktor võib seonduda teise polümeraasiga ja initseerida transkriptsiooni teises kohas. Kuid Elbright on hiljem väitnud, et ei lahku ensüümist vaid muudab seondumist initsiatsiooni ajal ja elnogatsioonil. Nii sigma
Toime avaldub 2-7 Varieeruva Mõjutab peamiselt muutumatult päevaga. Kohese EELISED: molekulmassiga antitrombiinI JA Xa neerude kaudu toime saamiseks – toime võib faktori seondumist. – NB! Kiire toimealgus kombineerida Ei nõua pidevat inimestel Ravivastus ennustatav. Neerufunktsioo n? madalmolekulaarse Toime pikem kui UFH laboratoorset erineda
UFH – annab kõige rohkem kõrvaltoimeid. Seondub plasmavalkude ja veresoone endoteeliga. Häirib trombotsüütide tööd ja suurendab veresoone läbilaskvust. 1/3 eriline järjestus, ülejäänud 2/3 põhjustab probleeme. Manustamine i/v. LWMH – seostub vähem plasmavalkude ja endotellirakkudega, ennustatav ravivastus ja pikem toimeaeg. Oluliselt lühem ahel kui UFH. Mõjutab peamiselt ATIII ja Xa faktori seondumist. Vähem kõrvaltoimeid. Fondapariinuks – Sünteetiline pentasahhariid, kiirendab ATIII Xa faktori inhibeerivat toimet, manustatakse s/c. Eritub neerude kaudu, ei seondu plasmavalkudega. 7. Milliseid kõrvaltoimeid võivad parenteraalsed antikoagulandid põhjustada? Verejooksud, trombotsütopeenia, luumurrud, osteoporoos. 8. Milliseid antikoagulante tohib manustada rasedatele? Millised ravimid on teratogeensed
Prootonite liikumine läbi ATP süntaasi paneb ensüümi roteeruva kompleksi pöörlema ning varustab seeläbi ATP sünteesiks vajaliku energiaga. Reaktsiooni aktiveerimiseks peavad ADP ja fosfaatrühm liituma ATP süntaasi „avatud” saidiga. Seejärel toimub rotatsioon, mille tulemusena muutub aktiivsaidi struktuur ning ADP ja fosfaatrühm moodustavad ATP, eraldub vesi. Edasisel rotatsioonil vabaneb ATP ning aktiivsaidi struktuur taastub, mis võimaldab ADP ning fosfaatrühma seondumist. Roteeruva kompleksi ühe täisringi jooksul sünteesitakse 3 ATP molekuli ning selleks peab 12 H + iooni liikuma läbi ATP süntaasi. ATP sünteesi kiirus on reguleeritud valguse hulgaga, kuna suurem prootongradient võimaldab intensiivsemat rotatsiooni. Reguleerivaks faktoriks on ka NADPH ja ATP koguste suhe – NADPH liia korral suureneb ka ATP süntees, et elektrone ning prootoneid maksimaalselt ära kasutada. 3. SÜSINIKU SIDUMINE NING SÜSINIKUÜHENDITE SÜNTEES
Tsütosooli retseptoritega sarnanevad rakutuumaretseptorid. Hormoon seondub oma retseptoriga ja käivitab pärast seda rakus erutusprotsessi. Teise retseptoriga hormoon kokku ei sobi, mõju on väiksem. Adrenaliin ja noradrenaliin võivad stim nii alfa kui beeta retseptoreid. Igal hormoonil oma retseptor. (Lukk, mille avamisel on aint üks võti.) Raku sees toimub iseloomuliku vastusreaktsiooni teke teisaste virgatsainete vahetusel. Hormoon pärast seondumist retseptoriga käivitab rakus reaktsioonide ahela, kus on teisane virgats. Võimalikke rakusiseseid süsteeme on mitmeid, erinevad hormoonid käivitavad temale iseloomuliku raja, mis lõppkokkuvõttes viib vastava raku reaktsiooni tekkeni. Nt lihase kokkutõmbeni või lihase lõtvumiseni, siis teise sisesekretoorse näärmeni, siis teise hormooni tekkeni, või ensüümi tekkeni. Esimene virgats on hormoon ise või mediaator. Mediaator käivitab protsessi, kus on teisane virgats.
c. Apiksabaan Eliquis- otsene inhibeeriv toime hüübimisfaktorile X ANTIAGREGANDID pärsivad trombotsüütide agregatsiooni 1. MSPVR Atsetüülsalitsüülhape - inhibeerib pöördumatult ensüümi tsüklooksügenaasi, mis on vajalik ....................................................trombotsüütidel tromboksaan A2 sünteesiks 2. ADP retseptorite antagonistid- inhibeerib trombotsüütidel adenosiidifosfaadi (ADP) seondumist ADP ................................................. retseptoritega a. Klopidogreel b. Prasugreel c. Tikagreloor TROMBOLÜÜTIKUMID fibriini lõhustumine 1. Streptokinaas 2. Plasminogeeni aktivaatorid – plasminogeeni aktiveerimisel konverteeritakse plasminogeenis plasmiin, ..............................................mis lõhustab fibriini a. Alteplaas Actilyse
TATA- järjestus on oluline transkriptsiooni alguse (initsiatsiooni) jaoks • Transkriptsiooniks on vajalikud nn. Üldised transkriptsioonifaktorid. Neid on mitu ja enamasti neid märgitakse TFIIA, TFIIB jne • Oluline valk transkriptsiooni algatamiseks on TATA-seonduv valk TBP, mis on osa TFIID kompleksist, ning seejärel TFIIA ja TFIIB • TATA-box on paljude geenid promootoralas, sageli ca 25-35 nt algussaidist • Peale RNA polümeraasi seondumist kompleksiga vabanevad üldised transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas fosforüleeritakse ning algab RNA süntees Oluline osa geenide regulatsioonis on enhaanseritel Enhaanseralade kasutamine (ja geenide aktivatsioon) sõltub rakus olevatest spetsiifilistest transkriptsioonifaktoritest Immuunrakkudel on retseptorite ja antikehade geenid, mis rekombineeritakse unikaalsel viisil Hamba arenguks on vaja paljude geenide koostöö
*Valkude ülesanded: katalüüsivad ja reguleerivad reaktsioone ; teabevahetus ; keha ehitusmaterjal ; osalevad organismide liikumisel ; muudavad kahjutuks haigusi tekitavaid mikroobe *Translatsioon - valgusüntees, mis toimub tsütoplasmas asuvates ribosoomides. *Transkriptsiooni käigus kopeeritakse DNAs paikneb informatsioon RNA-ahelasse. *Kui rakkudes läheb vaja mõnda valku, siis aktiveerub DNA-ahelas just selle valgu valmistamisjuhist sisaldav geen. *RNA-polümeraasi seondumist promootoriga ja sünteesi algust reguleerib suur hulk valke. *RNA-sünteesil pole vesiniksidemete katkestamisel helikaasi abi tarvis. *Sünteesitav RNA on komplementaarne ühega kahest DNA-ahelast. *Replikatsiooni eesmärk: päriliku info jõudmine kõikidesse rakkudesse ja selle edasiandmine järglastele. *Replikatsiooni sisu: DNA-ahela kopeerimine enne raku jagunemist. *Transkriptsiooni eesmärk: päriliku info avaldumine.
Selle tegevuse käigus stimuleeritakse tema kui ATPaasi aktiivsust ja suureneb ATP hüdrolüüs. ADP- seotud olekus Hsp 70 afiinsus substaadiga on kõrge ja ta seob endaga polüpeptiidahela kokkupakkimata alad, eriti hüdrofoobsed alad. Kaitstes niimoodi valku kuni produktiivse pakkimiseni. Edasise ATP hüdrolüüsi kiirenemise eest vastutavad co-chaperonid (eukarüootides Hsp 40). Kui terve valk on sünteesitud, stimuleerib nukleotiidvahetus faktor ADP vabanenemist ja uue ATP seondumist Hsp 70-le, muutes sellega ta afiinsuse valguga madalaks – valk vabaneb. Rohkem kui 85% eukarüootsetest valkudest kasutavad seda rada valkude kokkupakkimisel. 13 GroEL molekulaarne mehhanism valkude pakkimisel Gro EL ehk Hsp60 Chaperoninid on seotud valkude pakkimisega. On kahte sorti – klass I, kuhu kuuluvad bakteriaalsed ning kloroplastides ja mitokondrites paiknevad ning klass II, mis on eukarüootsed tsütosoolsed. Chaperoninid moodustavad kambrikese,
transkriptsiooni. Promootorites on spets DNA järjestus ja response elemendid, mis võimaldavad sidumissaidi RNA polümeraasile ja transkriptsioonifaktoritele. Transkriptsioonifaktor Järjestuse spetsiifiline DNAd siduv faktor. Valk, mis seonduv kindla DNA piirkonnaga. Osa süsteemist, mis kontrollib transkriptsiooni (DNA>RNA süntees). Teeb seda üksi või koos teiste valkkompleksidega, kas suurendades (kui aktivaator) või ära hoides (kui repressor) RNA polümeraaasi seondumist. Mobiilne DNA DNA, mis liigub iseeneslikult genoomis ringi. Võivad põhjustada mutatsioone , liikudes genoomi uutesse lookustesse ja muudavad DNA hulka genoomis. Kasulikud uurijatele, et muuta DNA'd elusorganismis. Elemendid transposoonid, retrotransposoonid, DNA tr., plasmiidid, bakteriofaagi elemendid. Kromatiin Nukleiinhappe valkkompleks, nähtav interfaasis kui rakud ei jagune. Rakufaasis on jaotunud ühtlaselt üle kogu tuuma. Struktuur sarnane kõigil eukarüootidel
9. Iseloomusta homeodomääni valgu ehitust (joonis) ja funktsiooni? Olulised, määramaks keha eesmise ja tagumise telje arengut. Organismi sümmeetrilisuse tagamiseks kindlustab kehapoolte identsuse. Homeodomään on 60-aminohappeline järjestus, mis esineb helix-pööre-helix motiivina . 17- aminohappeline kolmas heeliks ulatub DNA suurde vakku. Seondumine VÄGA SPETSIIFILINE . Juba 1 aminohappe muutus mõjutab DNA-ga seondumist (seon dub mõne teise promootori/enhanceriga). 10. Põhjenda miks ja kirjelda kuidas toimub X kromosoomi inaktivatsioon imetajatel? Kahekordne X-kromosoomide geenide produktid oleksid rakkudele letaalsed. Igas imetaja rakus inaktiveeritakse üks X-kromosoomidest. Barri kehake replitseerub hilises S-faasis ja valdavat osa DNA- st ei transkribeerita. See, kas arengu käigus inaktiveeritakse isalt või emalt saadud X-kromosoom, on juhus
Neurotransmitterid kannavad infot ühelt neuronilt teisele, neuronilt keharakkudele (skeleti- ja silelihased). 2. Kus neurotransmittereid sünteesitakse ja säilitatakse? Neurotransmittereid sünteesitakse ja säilitatakse närviterminalides. 3. Millal neurotransmitterid vabastatakse ja mis nende vabastamisel juhtub? Neurotransmittereid vabastatakse aktsioonipotensiaali saabumisel ning vabanemisel seostuvad nad retseptoritega. 4. Mis juhtub neurotransmitteritega peale seondumist retseptoriga? Vabad neurotransmitterid transporditakse tagasi presünaptilisse ossa, difundeeruvad ja eemalduvad kehavedelikega ja/või lagundatakse kiiesti ensüümide poolt. 5. Millal on aktiivne sümpaatiline närvisüsteem ja millal parasümpaatiline närvisüsteem? Sümpaatiline närvisüsteem aktiviseerub füüsilise/stressi tagajärjel. Parasümpaatilise närvisüsteemi aktiivsust on kirjeldatud puhkuse ja reparatiivsete funktsioonidega. 6
vajalikke nukleotiide (RNA determinante) ja on seega substraadiks alanüül-tRNA süntetaasile. Lisaks tRNA'ga sarnanevale osale sisaldab tmRNA ka mRNA järjestust ja üleminekujärjestusi. Kui tmRNA on aminoatsüleeritud alaniiniga siis moodustab ta kompleksi EF-Tu ja GTP'ga ning selline kolmikkompleks, mis sarnaneb aa-tRNA poolt moodustatava kompleksiga, seondub ribosoomi A saiti juhul kui seal ei ole korrektset tripletset koodonit. Peale Ala-tmRNA seondumist ribosoomiga toimub EF-Tu'l GTP hüdrolüüs ja EF-Tu.GDP vabaneb ning kasvav peptiidahel kantakse üle alaniniinele. Peale EF-G ja GTP suunatud translokatsiooni satub peptidüül-tmRNA ribosoomi P saiti ja katkenud mRNA ning detatsüül-tRNA lahkuvad ribosoomist. Nüüd satub ribosoomi dekodeerivasse tsentrisse tmRNA osa, mis asendab mRNA'd ja kodeerib spetsiifilist järjestust suunates valgu lagundamise teele. Seega täidab tmRNA
Järgneb TFIIF ja RNA-pol II seondumine. (Hiljem peavad lisanduma ka TFIIF ja TFIIH). · TBP sõltumatu initsiatsioon sellises initsitatsioonis ei ole TATA-box ala promootrjärjestuses ning ei ole TBP. Nende asemel on kas näiteks initsiaator kompleks või CpG saarekesed. Sigma faktor () on prokarüootne transkriptsiooni initsiatsiooni faktor, mis võimaldab spetsiifilise RNA polümeraasi spetsiifilist seondumist geeni promootoriga. Erinevad sigma faktorid aktiveeritakse vastuseks erinevatele keskkonna tingimustele. Iga RNA polümeraas sisaldab täpselt ühte sigma- faktorit. Operon on geneetilise materjali funktsionaalne ühik, mis koosneb kimbust geenidest, mis on kõik allutatud ühele regulatoorsele signaalile või promootorile. Geenid transkribeeritakse koos mRNA ahelasse. Mediaatorkompleks moodustab molekulaarse silla aktivatsioonidomäänide ja RNAPolII vahel.
Ligandi (k.a ensüümi) spetsiifilisuse mõõt on afiinsus Mehhanismid, mis reguleerivad valkude funktsionaalsust Allosteerilised üleminekud (allosteeriline kontroll) Katalüütiliste subühikute konformatsiooni muutus allosteerilise regulaatori seondumise järgselt, üleminek aktiivse ja mitteaktiivse vormi vahel (active and inactive state) Ligandide kooperatiivsed efektid (ühe ligandi seondumine kas inhibeerib või soodustab järgmise seondumist, Hilli koefitsioent) Fosforüleerimine - defosforüleerimine Proteolüütiline modifitseerimine (aktivatsioon või innakstivatsioon, nt trüpsinogeen ja trüpsiin- seedeensüümid) Valkude kompartmentalisatsioon- ensüüm kas pääseb või ei pääse substraadile ligi Ligandide kooperatiivsed efektid Ensüümreaktsiooni kineetikat iseloomustavad parameetrid Vmax ja Km Ensüümid- valgud,mis modifitseerivad spetsiifilist substraati, kusjuures nende efekt seisneb aktivatsioonienergia
piim, konserveeritud köögiviljad. 18. Botulismi toksiini botuliini kerge (50kDa) ja raske (100kDa) ahela ülesanded? 1. Raske ahel - Seondumine kindla aksoni terminaalse osaga, millele järgneb toksiini sisenemine neuronitesse (endotsütoosi teel) 2. Kerge ahel Atakeerib ühte valkude SNAP-25, süntaksiin või VAMP/sünaptobreviin seondumise kohta neuromuskulaarsel ´´ristmikul´´ takistades sellega sünaptilise vesiikuli seondumist membraaniga. Selle tõttu ei saa sünaptilisest vesiikulist vabaneda atsetüülkoliin. Atsetüülkoliini vabanemise inhibeerimisega häirib toksiin närviimpulsi liikumist, põhjustades lihaste lõtvushalvatust. 19. Nimeta erinevaid botulismi tüüpe! 1. Toidust põhjustatud ja haavabotulism 2. Imikute botulism 3. Meditsiiniline botulism 20. Millised parameetrid määravad toidu riknemise/säilivusaja ja milliseid näitajaid kasutatakse tingimuste kirjeldamisel?
nende kompleks), millel on defineeritud 3D-struktuur; sageli olemas ka kvartenaarstruktuur ehk neljandat järku struktuur. 12. Nimeta olulisemad valkude posttranslatsioonilise modifitseerimise mehhanismid?1. Valkude aktiivsust moduleerivad ehk muudavad Ca2+ ja GTP. 2.Valkude tsükliline fosforüleerimine (valkudele lisatakse fosfaatrühmi), mida katalüüsivad ensüüm proteiinkinaasid, ja defosforüleerimine, mida katalüüsivad fosfataasid; mõjutab valgu seondumist ligandile (üks nendest vormidest on valgu aktiivne vorm, teine mitte) 3.Proteolüütiline lõikamine (trüpsinogeen, chymotrüpsinogeen), mis aktiveerib/deaktiveerib valke pöördumatult. 4.Allosteerilised muutused ligandi molekuli seondamine indutseerib valgu konformatsiooni muutuse või allosteerilise transitsiooni, mis mõjutab valgu aktiivsust - (RNA) primaartranskript - Basaalsed transkriptsioonifaktorid Valgud nimega transkripstioonifaktorid abistavad RNA
37. Mis vahe on inteiinil ja intronil? a. Inteiin kindel sisemine valgu osa, mis lõigatakse välja valkude splaissimisel. b. Intron eukarüootse geeni mittekodeeriv piirkond, mis trankribeeritakse RNA-ks, ent seejärel lõigatakse splaissingu tulemusena välja. 38. Mis juhtub, kui polüadenülatsiooni motiivis (AAUAAA) või RNAP II CTD alas on mutatsioon? a. CTD mutatsioon takistab seondumist TF-de ja DNA-ga, inhibeerib transkriptsiooni. TF-d ei seondu. b. AAUAAA mutatsioon takistab polü A saba lisamist, spetsiaalsed faktorid ei seondu (vale lokalisatsioon, häiritud translatsioon, häiritud transkriptsiooni terminatsioon, eksonukleaaside vastuvõtlik.). c. (RNA transkriptide polüadenüülimist peaaegu ei esine, muteerumisel polü-(A) sabata transkriptid akumuleeruvad tuuma ning suunatakse
efektorrakkudeks. CD8- T-rakud omandavad võime tappa sihtmärkrakke. CD4- T-rakud võivad diferentseeruda mitut erinevat tüüpi efektorrakkudeks, sh nendeks, mis võivad aktiveerida makrofaage, CD8- T- rakke ja B-rakke. B-rakud lümfisõlmes Lümfisõlmes B-rakud aktiveeritakse ja diferentseeritakse kõrge afiinsusega antikehasid sekreteerivateks plasmarakkudeks. B-raku aktiveerumine vajab nii antigeeni seondumist B-raku BCR-retseptorile kui ka otsest kontakti aktiveeritud Th- rakuga. Mõlemad sündmused on tagatud lümfisõlme anatoomiaga. B-rakud erinevad T-rakkudest selle poolest, et nende retseptorid saavad ära tunda vaba antigeeni. B-rakk kohtub antigeeniga tavaliselt folliiklis. Kui tema BCR seondub antigeenile, aktiveerub B-rakk osaliselt ning ,,neelab alla" ja protsessib selle antigeeni. B-rakud on spetsialiseerunud antigeeni esitlevad rakud, mis esitlevad
füüsikalis-keemilistest omadustest kui ka bakteriraku pinna omadustest. Näiteks materjali hüdrofoobsus ja elektrostaatiline laeng mõjutavad polümeeri ja bakteriraku pinna vastastikust toimet. On leitud mitmeid tähtsaid valke, mis on olulised stafülokokkidel biofilmi moodustamiseks. S. epidermidis'e kleepumist polüstüreenile vahendab peamine autolüsiin, AtlE. AtlE mutant ei suuda moodustada biofilme polüstüreenile, kuid saab seonduda klaaspindadele. See valk vahendab ka seondumist vitronektiinile, peremehe ekstratsellulaarse maatriksi komponendile. Bakteriraku pinnal on palju spetsiifilisi retseptoreid, adhesiine, mis soenduvad peremehe molekulidega. Paljud nendest kuuluvad MSCRAMMs (microbial surface components that recognize adhesive matrix molecules) valkude perekonda. Fibronektiiniga seonduvat adhesiini seostatakse kõige enam bakterite kinnitumisel pindadele. Fibronektiinile järgnevad fibrinogeen/fibriin, kollageen, laminiin ja vitronektiin. S
homrooni suhtes tundlik retseptor. Sellisel juhul hormoon seondub oma retseptoriga. Tekib retseptori erutus, mis edastatakse raku sisemusse. Retseptorid võivad paikneda kas efektorraku pinnal (membraalretseptorid – erutus edastatakse raku sisemusse) või raku sees (rakusisesed retseptorid hormoon läbib rakumembraani ja seondub retseptoriga, mis asub kas tsütoplasmas või efektorraku tuumas). (vt joonist ÕIS-is). Pärast retseptoriga seondumist käivitub mingi iseloomulik funktsioon vastavale rakule. Selle käigus vabaneb rakus teisane virgats ehk sekundaarne messanger (hormoon ise esmane virgats). Teisaseid virgatseid on erinevaid; vahendavad erinevaid protsesse. Nt tsükliline AMP; tsõkliline monofosfaat; tsükliline guanosiinmonofosfaat (cGMP); IP3 – nende sekundaarsete virgatsite vahendusele käivitub rakule omane reaktioon. Näärme hüpo- ja hüperfunktsioon
Ülesanne nr 3. DNA ATC CCC GGG AAA RNA UAG GGG CCC UUU valk Stop Gly Pro Phe Geeni avaldamise regulatsioon 1. Repressor · Promootori kohale kinnitub molekul repressor ja ei lase sabageeni RNAsse viia · Repressor takistab RNA sünteesi 2. Aktivaator · Soodustab transkriptsiooni 3. Regulaatorained · Vitamiinid, hormoonid · Mõjutavad aktivaatorite või repressorite seondumist DNAga Mendeli Seadused · Homosügootsus kromosoomi paaris on ühesugused geenid(Kromosoomi paarid;silmad PruunPruun) · Heterosügootsus kromosoomi paaris erinevad geeniteisendid või alleelid ( Kromosoomi paarid; silmad Pruun Sinine) · Alleel ühe geeni erivormid (silmavärvust määraval geenil on pruun alleel, sinine alleel, roheline alleel, hall alleel; veregrupil 0;A;B)
ülekannet geelist filtrile ja Western blot elektroforeetiliselt lahu-tatud valkude ülekannet filtrile. Nukleiinhapped hübridiseeruvad väga efektiivselt ligikaudu 25°C allpool sulamistem-peratuuri (Tm). Sulamistemperatuuri (Tm) juures on nad 50% denatureeritud olekus (üheahe-lalised). Tavaliselt hübridiseeritakse DNA-d vesilahuses temperatuuril 65°C, 6 x SSC puh-verlahuses (vt Lisa). Et vältida või vähendada NH-te mittespetsiifilist hübridisatsiooni ja seondumist filtriga, lisatakse hübridisatsioonilahusesse konkurent-NH-t, näit lõhe sperma DNA-d ja filtrit blokeerivaid aineid, näit Denhardt'i lahust (vt Lisa). Proovi mittespetsiifilist seondumist filtrile või DNA-le aitab vähendada ka hübridisatsioonile eelnev prehübridisatsioon. Prehübridisatsiooni käigus inkubeeritakse filtrit hübridisatsioonilahuses koos konkurent-NH-tega, lisamata jääb ainult proov. Mõnikord kasutatakse hübridiseerimisel ka formamiidi 50% lahust
23. Transposooni ehitus: Transposoon võib ’’hüpata’’ ühelt plasmiidilt teisele või ka plasmiidilt bakteri kromosoomi. Transposooni puhul võivad IS elementide vahel paikneda ravimiresistentsuse geenid. Transposooni tekkeks peab kahe IS elemendi vahele paigutuma struktuurgeen. 24. Millise plasmiidi olemasolu on vajalik konjugatsiooniks? F plasmiidi (fertility) olemasolu: kodeerib F pilide sünteesiks vajalikke geene ning faktoreid, mis võimaldavad ülekantava DNA seondumist genoomi kindlatesse kohtadesse Konjugatsioonisillake ehk F pili ehk sex-pili - F pilid on karvakese-taolised seest õõnes struktuurid, mida DNA saab läbida. 25. Kuidas nimetatakse rakke, millel on F plasmiid? F+ rakud ehk doonorrakud. Neis rakkudes esineb eriline nn transfer DNA replikatsioon // Neid rakke, kellel pole F plasmiidi nim F- rakkudeks ehk retsipientrakkudeks 26. Mille poolest erineb Gram-NEG ja Gram-POS bakterite konjugatsioon?
Antikeha peab olema 1:500, seega tuleb lahjendada 500 korda, seega 400/500=0,8 µl. 2) Sekundaarse antikeha lahjendus: BSA lahjendus sama, mis primaarse antikeha puhul. Antikeha peab olema 1:2000, seega tuleb lahjendada 2000 korda, 400/2000=0,2 µl. c. Fikseerimine on vajalik, et kinnitada rakud plaadile ning fikseerida antigeenide asukoht rakus, samal ajal säilitades raku natiivne kuju. Neutraliseerimine on vajalik selleks, et fikseerimisel kasutatud ained ei segaks antikehade seondumist ning permeabiliseerimine võimaldab antikehadel rakku siseneda ning pääseda antigeenideni. Blokeerimise eesmärk on takistada antikehade ebaspetsiifilist seondumist nendesse kohtadesse, kuhu igasugused valgud kleepuvad. Primaarse antikehaga inkubeerimisel seondub primaarne antikeha antigeeniga antud juhul tubuliiniga. Inkubeerides sekundaarse antikehaga seonduvad sekundaarsed antikehad primaarse antikehaga. Kahekihiline reaktsioon on vajalik selleks, et poleks vaja iga primaarset
Tsütosooli retseptoritega sarnanevad rakutuumaretseptorid. Hormoon seondub oma retseptoriga ja käivitab pärast seda rakus erutusprotsessi. Teise retseptoriga hormoon kokku ei sobi, mõju on väiksem. Adrenergiliste ................... adrenaliin ja noradrenaliin võivad stim nii alfa kui beeta retseptoreid. Igal hormoonil oma retseptor. (Lukk, mille avamisel on aint üks võti.) Raku sees toimub iseloomuliku vastusreaktsiooni teke teisaste virgatsainete vahetusel. Hormoon pärast seondumist retseptoriga käivitab rakus reaktsioonide ahela, kus on teisane virgats. Võimalikke rakusiseseid süsteeme on mitmeid, erinevad hormoonid käivitavad temale iseloomuliku raja, mis lõppkokkuvõttes viib vastava raku reaktsiooni tekkeni. Nt lihase kokkutõmbeni või lihase lõtvumiseni, siis teise sisesekretoorse näärmeni, siis teise hormooni tekkeni, või ensüümi tekkeni. Esimene virgats on hormoon ise või mediaator. Mediaator käivitab protsessi, kus on teisane virgats.
Initsiatsioon ei lõppe enne kui on esimene peptiid sünteesitud. Esinevad 23 initsiatsioonifaktorid, kui tähtsaim on IF-2 – suur valk, mis moodustab kompleksi fMet-tRNA (initsiaator-tRNA) ja GTP-ga → see kompleks seostub ribosoomi väiksemale subühikule. IF-3 takistab mittetranskribeeruvatel ribosoomidel kokku minna, seostub väiksema subühikuga ja ei lase neil kokkuseonduda kui translatsioon pole alanud. Takistab 50S subühiku seondumist. IF-3 peab olema enne seotud 30S-ga, kui toimivad järgmise translatsioonifaktorid. IF-1 kiirendab IF-3 ja IF-2 seostumist ja pärast nende lahkumist. IF-3 peab olema enne, siis IF-2 koos GTP ja fMet tRNA-ga seotuakse mRNA-ga (väikesesse subühikusse). Prokarüootidel on mRNA transkriptsioon seotud translatsiooniga (!) Prokarüootidel kattuvad initsiaatorkoodon ja terminaatorkoodon UAAUGA → UAA/AUG/UGA Esimese mRNA tsistroni transleerimiseks on vaja subühikute dissotsiatsiooni, hiljem
Colis, kuulub ATPga-seonduvate transporterite hulka ja paardub substraadi translokatsiooni ja ATP hüdrolüüsiga. NikB ja NikC on trans- membraansed valgud mis moodustavad nikli poori. NikD ja NikE on valgud mis seonduvad ja hüdrolüüsivad ATP-d. NikA on periplasma valk mis seob ühe nikli ühe valgu kohta nikelofoori kontekstis. Sellise kompleksi loomus on vastuoluline, kuigi nüüd on avastatud struktuuri infot mis leidis, et kaks vaba histidiini kordineerivad Ni2+ seondumist NikA-ga, leides sellega, et Ni+2-(L-his)2 on nikelofoori äratundev perplasmiline transporter. Selline süsteem on leitud mitmes patogeenses organismis nagu Vibrio parahemolyticus, Helicobacter hepaticus ja veel mõndades. NiCoT-i perekond koosneb monomeersetest ühe komponendi premeaasidest millel on kaheksa transmembraanset heeliksid, mis on leitud paljudes bakterites nagu patogeen H. Pylori ning paljdes arhedes ja seentes. Osades toimib see ainult Ni+2 iooniga, aga osades
ja Western blot elektroforeetiliselt lahu-tatud valkude ülekannet filtrile. Nukleiinhapped hübridiseeruvad väga efektiivselt ligikaudu 25°C allpool sulamistem-peratuuri (Tm). Sulamistemperatuuri (Tm) juures on nad 50% denatureeritud olekus (üheahe-lalised). Tavaliselt hübridiseeritakse DNA-d vesilahuses temperatuuril 65°C, 6 x SSC puh-verlahuses (vt Lisa). Et vältida või vähendada NH-te mittespetsiifilist hübridisatsiooni ja seondumist filtriga, lisatakse hübridisatsioonilahusesse konkurent-NH-t, näit lõhe sperma DNA-d ja filtrit blokeerivaid aineid, näit Denhardt'i lahust (vt Lisa). Proovi mittespetsiifilist seondumist filtrile või DNA-le aitab vähendada ka hübridisatsioonile eelnev prehübridisatsioon. Prehübridisatsiooni käigus inkubeeritakse filtrit hübridisatsioonilahuses koos konkurent-NH-tega, lisamata jääb ainult proov. Mõnikord kasutatakse hübridiseerimisel ka formamiidi 50% lahust
inaktiivseks või pärsib ensüümi tööd. Allosteeriline regulatsioon on olemas ka transkriptsiooni regulaatoritel. Sellisel juhul on regulaatori aktiivtsentriks DNA-d siduv domeen ning allosteeriliseks taskusse seonduvaks efektoriks võib olla substraat, produkt või mõni muu regulatoorne molekul. Kui regulaatori DNA-d siduv domeen on aktiivne, siis see valk seondub DNA-ga, ning kui on inaktiivne siis regulaatorvalk ei seondu DNA-ga. Efektor mõjutab regulaatori seondumist DNA-ga. Tagasisidestusega regulatsioon on allosteerilise regulatsiooni üks liik. Metabolismiraja lõpp-produkt inhibeerib oma biosünteesiraja esimesi etappe negatiivne tagasisidestus. Iseloomulik aminohapete biosünteesiradadele. Biosünteesiraja esimene ensüüm on allosteeriline ensüüm, millega seondub produkt ning inaktiveerib ensüümi. Samas, kui metabolismiraja teised ensüümid jäävad aktiivseks. Näiteks trüptofaani biosünteesi pärsib trüptofaan ise läbi
mutatsioonideta. 2) Mittehomoloogsete DNA otse ühendamine (NHEJ) - selle puhul pole vaja tütarkromatiidi, mille järgi parandust teha. DNA ligaas ühendab katkenud ahelad, tekivad reeglina mutatsioonid. 24. Kirjelda transkriptsiooni tsükli osasid ja RNA polümeraasi tööd Transkriptsioonitsükkel 1. RNA polümeraas ja sigmafaktor seondub promootoriga 2. DNA lahti harutamine 3. Initsiatsioon- transkriptsioonifaktorid vahendavad RNA polümeraasi seondumist ja transkriptsiooni initsiatsiooni, ehk alles pärast kindla transkriptsioonifaktori ühendumist promootorjärjestusele seondub RNA polümeraas sellele. Tulemuseks on initsiatsioonikompleks (transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas) 4. Elongatsiooni algus 5. Elongatsioon e pikendamine- DNA ahelalt komplementaarse RNA ahela sünteesimine RNA polümeraasi abil 6. Terminatsiooni signaal destabiliseerib polümeraasi- sünteesi lõpp 7. RNA eraldumine
Golgist ERi, millel on õnnestunud KDEL retseptorit vältida. Man-6-P markeeritud valgud liiguvad Golgist lüsosoomi. Samuti vastutab see järjestus selle eest, et lüsosoomi valgud jõuaksid oma määratud organellidesse. 61. Millised valgud ja milleks on vajalikud tagamaks vesiikuli membraani ja õige märklaudmembraani ühildumist. RAB (seovad märklaua efektoriga, mis transpordib vesiikuli märklaudmembraanini). SNARE (aktiviseeruvad pärast vesiikuli ja märklaudmembraani seondumist; vesiikuli V- SNARE seostub märklaudmembraani T-SNARE valguga). RAB ja V-SNARE paljusus ning vesiikulite spetsiifika. RAB valgud - vesiikuli membraanis, seostuvad märklaua RAB efektoriga, mis võib transportida vesiikulit mikrotorukesi mööda märklaudmembraanini. Pärast seondumist hakkavad tööle SNARE valgud. Vesiikuli V-SNARE seostub märklaudmembraani T- SNARE valguga. Spetsiifilisuse tagab esiteks RAB valkude paljusus (~70) ja V-SNARE valkude paljusus (~35)
RNAP III. • • MikroRNAde seondumiskohad – paiknemine, omadused, ennustamine • Paiknevad praktiliselt alati valku kodeerivate geenide mittekodeerivates alades, 3’-UTR-des, võivad asuda ka nt kodeerivas alas, aga see on väga erandlik. Võivad paikneda ka mittekodeerivate geenide transkriptides, pseudogeenide või lncRNAde järjestustes. miRNAde seondumiskohad on peamiselt intron kodeeritavas alas, kuna degradatsioon takistab miRNAde seondumist mRNAl, sp on need seondumiskohad 3’UTR, kuna ribosoom ei läbi seda. Küpse miRNA järjestuse nukleotiidid 2-7 moodustavad seed regiooni, mis paarduvad komplementaarsuse alusel sihtmärk mRNA 3’UTR-ga ning selle piirkonnaga on määratud mRNAde seondumise spetsiifilisus. Kui seed ja 3’UTR vaheline seondumine on täielikult komplementaarne, toimub mRNA lagundamine, kui aga osaliselt komplementaarne, toimub mRNA translatsiooni inhibeerimine. Seondumiskohal on
epigeneetilistest faktoritest. Replikatsiooni initsiatsioonil on eriti olulised kaks valgukompleksi: ORC (origin recognition complex) ja MCM (minichromosomal maintenance). ORC seondub origin'ile ja koos teiste valkudega moodustab pre- replikatsioonikompleksi (pre-RC). Selleks, et origin funktsionaalseks muutuks, on vaja, et sinna seonduks MCM kompleks. MCM on replikatiivne DNA helikaas, MCMi toomine origin'ile = replication licensing. Pärast veel mitmete valkude seondumist selle kompleksiga lisandub DNA polümeraas -primaasi kompleks, MCM kompleks fosforüleeritakse ja algab DNA süntees, mille käivitumisel osa valke lahkub kompleksist. TRANSKRIPTSIOON. 1. Geenide ekspressiooni regulatsioon bakterites. Bakteriaalse geeni struktuur. Ei sisalda introneid. Bakteriaalse RNA polümeraasi struktuur. Oligomeerne valk, mis koosneb , , ' ja subühikust. Bakteriaalse promootori elemendid. -35 regioon, subühik seotakse siin ja
10. Hsp70 molekulaarne mehhanism valkude pakkimisel. Hsp70 tunneb ära uute sünteesitud peptiidahelate kokkupakkimata piirkonnad, eriti hüdrofoobsed alad. Ta seondub nendele piirkondadele ning kaitseb neid kuni produktiivse kokkupakkimiseni. 11. GroEL molekulaarne mehhanism valkude pakkimisel. GroEL moodustab kaks heptameerset ringi, mis mõlemad on kambrid, kuhu valk saab siseneda ning GroES moodustab kaane, mis siis selle kambri katab. Pärast ATP seondumist toimub chaperonis konformatsiooniline muutus läbi mille osa hüdrofoobseid piirkondi mis olid vajalikud substraadi seondumiseks kaovad. Samuti seondub GroES, mis suleb chaperoni õõnsusesse substraadi, järgneb ATP hüdrolüüs. Ko-chaperoni seondumine ja ATP hüdrolüüs toovad kaasa veel suuremad konformatsioonilised mutused, mille tagajärjel muutub chaperoni sisene õõnus väga hüdrofiilseks erinevalt algsest hüdrofoobsest
tuumast tsütoplasmasse on rakus rangelt reguleeritud. * Kontroll translatsiooni tasemel sh Shine-Dalgarno järjestus, translatsiooni alustamise kaks mehhanismi (nt rakkudes ja viirustes) Bakterites kontrollib mRNA translatsiooni konserveerunud nukleotiidne järjestus (Shine-Dalgarno järjestus), mis asub alustava AUG koodoni ees 1. Cap-dependent mechanism- Rakkudes algab translatsioon mRNA 5´-otsast AUG koodonist Cap ja polüA saba stimuleerivad komplekti initsiatsiooni faktorite seondumist. 2. IRES-dependent mechanism- Viiruste puhul algab translatsioon tihti mRNA 5´- otsast kaugel, kus asub sisemine ribosoomi sisenemise koht (ingl.k. internal ribosome entry site, IRES), spetsiifiline RNA järjestus * Geeniekspressiooni reguleerimine mRNA stabiilsuse tasemel Geenide ekspressioonil eristatakse kahte geneetilise kontrolli mehhanismi: positiivne ja negatiivne geneetiline kontroll. Mõlema korral kasutatakse geenide sisse- ja väljalülitamist vajaliku kontrolli saavutamiseks
Tamoksifeenil on antiöstrogeensed omadused rinnanäärmes, aga östrogeensed omadused plasma lipiidides, luudes ja endomeetriumis. Kõrvalmojudeks on kerge östrogeenide-laadne kõrvalmõju, sest on partsiaalne agonist. Tamoksifeeni ja östrogeeni retseptrori kompleks ei dissotsieeru kergesti, seega esineb retseptorite taaskasutamise häire. Tamoksifeen kasutatakse östrogeeni sõltuva rinnanäärme kasvaja ravis. Klomifeen inhibeerib östrogeeni seondumist hüpofüüsis ja seega ei lase normaalsel negatiivsel tagasisidestusel toimuda ja seega põhjustab suurenenud GnRH ja gonadotropiinide sekretsiooni. Suurendab märkimisväärselt K. Vahenõmm 2018 munasarjade stimulatsiooni ja suurenemist ning suurendab östrogeenide sekretsiooni. Peamine toime on see, et indutseerivad ovulatsiooni. Kasutatakse viljatuse ravis. Sageli sünnib neil lastel kaksikuid aga mitte mitmikuid. Raloksifeen on selektiivne östrogeeni retseptori modulaator
nukleotiidiga. Kuna pribnow box'i ala on A : T paaride rikas, on seal kergem ahelaid denatureerida. Transkriptsiooni alguspunkt on tähistatud ühega pürimidiinalustest, kas T või C-ga. Initsiatsioon eukarüootidel: siin osalevad teatavad promootorpiirkonna elemendid, kuhu seonduvad transkriptsioonifaktorid ja mis osalevad ka regulatsioonil. Promootori elemendid: TATA, CAAT ja GC box'id. Peale transkriptsioonifaktorite seondumist promootorile, millest tähtsaim on TATA-box'i seonduv valk TFIID ehk TATA-seonduv valk, seondub trans- faktoritele omakorda RNA polümeraas ja initsieerib RNA sünteesi. Milline RNA polümeraas tööle hakkab, sõltub sellest, mida transkribeeritakse. ,,Enhancer" võimendavad järjestused, mis stimuleerivad transkriptsiooni ja mida vajatakse geeni maksimaalseks transkriptsiooniks. Initsiatsiooni lõpuks moodustavad trans-faktorid, TATA-box, ,,enhancer" seondunud valk ja
ülekandeprotsessist, mis on suure negatiivse vabaenergia muuduga. bc1 kompleksiga seonduvad inhibiitorid Maatriksi poolses membraani osas paikneva N tsentriga seondub tugevalt antimütsiin, mis ei luba elektronidel jõuda ubikinoonini b heemidelt. Selles olukorras konverteeruvad need kaks heemi redutseeritud vormiks, mille elektronid ei saa kuhugi edasi liikuda. Stigmastelliin seondub P tsentriga, Fe-S valgu ja tsütokroom b vahel. Takistab nõrgalt seotud ubikinooni seondumist ja lõpetab seeläbi elektronide liikumise läbi kompleksi. b tüüpi heemid ja teised redokstsentrid muutuvad täielikult oksüdeerituteks, sest elektronid lahkuvad ja neid ei asendata. Kompleks IV, tsütokroomi c oksüdaas Bakteriaalse kompleks IV struktuur defineeriti 1995, imetaja kompleksi struktuur 1996 Kompleks IV funktsiooniks on hapniku redutseerimine tsütokroom c arvel. Töötab nagu kompleksid I ja III prootonite pumbana. Sisaldab rea redokstsentreid
molekul. 57. Võrrelge prokarüootset ja eukarüootset transkriptsiooni initsiatsiooni. Üldjoontes on transkriptsioon prokarüootides ja eukarüootides sarnane (mõlema puhul vaja DNA ahelate eemaldumist üksteisest jms); eukarüootidel on protsess keerulisem. Eukarüootidel toimub RNA süntees rakutuumas (prokarüootidel selgelt eristuv tuum puudub). Eukarüootsed RNA polümeraasid ei saa iseseisvalt transkriptiooni initsieerida; enne promootoriga seondumist on vaja polümeraasi seondumist transkriptsioonifaktoritega. 58. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon: RNA polümeraasist vabaneb sigma faktor. DNA ahelad on teineteisest 18bposas eraldunud, RNA ahela süntees toimub kiirusega 40 nt/sek (= 40 ribonukleotiidi RNAsse sekundis). RNA polümeraas ise keerab ettepoole lahti ja sulgeb tagantpoolt jälle DNA kaksikheeliksi. Tekkinud DNA-RNA dupleks on lühike,
keharakkudele vastavalt skeleti- või silelihastesse. Kus neurotransmittoreid sünteesitakse ja säilitatakse? Neuotransmittoreid sünteesitakse ja säilitatakse närviterminalides. Millal neurotransmittoreid vabastatakse ja mis nende vabastamisel juhtub? Neurotransmittorid vabastatakse aktsioonipotentsiaali saabudes ja vabastamisel seonduvad vastavate retseptoritega. Mis juhtub neurotranmittoritega peale seondumist retseptoriga? Toimub neuromediaatori süntees, deponeerumine (ladestuma, kuhjuma) ning membraanipotentsiaali (rakumembraani eri külgedel esineva elektriliste potentsiaalide vahe, mis on tingitud laetud osakeste erinevast kontsentratsioonist kummalgi pool membraani) muutuse tagajärjel vabanemine sünaptilisse pilusse. Mediaator seostub postsünaptilise retseptoriga, millele järgneb retseptori aktivatsioon. Peale neurotransmittori seondumist retseptoriga toimuvad muutused raku
terminaalne domeen) i. Sabas on 52 tandemina esinevat 7AH järjestust, isasühes 2Ser. 2. Splaissingu valgud lisatakse CTD kaudu, nende kinnitumiseks on oluline CTD fosforüülitus (toimus transkriptsiooni initsiatsioonil!) i. Nende seondumist soodustab CTD fosforüülitus 3. CTD-ga on seotud ka 3’ otsa protsessimine. Polümeraas saab uude transkriptsiooni siseneda, kui kogu CTD on defosforüleeritud. Ainult täielikult defosforüleeritud RNA polümeraas II on võimeline alustama RNA sünteesi 4. Kui polümeraas lõpetab mRNA sünteesi, tema saba
polümeraasi. Töötsükkel: kokku 25-30x 1. DNA denaturatsioon – 92 kraadi 2. praimeri seondumine – 50 kraadi 3. Taq polümeraasi tööks – elongatsioon – 72 kraadi. Jäämäe konseptsioon: jäämäe alumine osa – ei märka mitte midagi, subkliiniline, haigusnähud puuduvad, neid põhjustavad defektsed viirused. jäämäe pealne osa – ilmekad haigustunnused, loomad paranevad ise multisüsteemsed haigused – põhjustavad varieeruvat pilti. Vaktsiinid – inhibeerivad viiruste seondumist või transkriptaasi. Retroviiruse tsükkel – RNA pealt teeb revertaas DNA, mis replitseerub ja siseneb raku genoomi – toimub transkriptsioon – mRNA tsütoplasmas – translatsioon ja uued nukleokapsiidid pannakse kokku. pH=7 – viirus säilib. 37 kraadi on viirusele soodne.Miinuskraadid on samuti: - 20 (säilib aasta), -196 ehk vedel lämmastik kunstliku seemendamisel (10-12 a). Plusskraade ei talu. +20 – osad säiluvad, + 100 kõik hävivad. UV kiirgust ka ei talu.
Aktivaatori spetsiifika on määratud tema seondumissaidi olemasoluga aktiveeritava geeni promootoralas või selle läheduses. Sageli seonduvad transkriptsioonifaktorid DNA-le kooperatiivselt. Tüüpiline DNA-ga seonduv valk sisaldab nii DNA-ga seondumise kui ka teiste valkudega interakteerumise domeene. Ühe valgu seondumine promootoralale võib soodustada teiste transkriptsiooni aktivatsioonil osalevate valkude seondumist DNA-le.Valkude kooperatiivsel seondumisel DNA-le on oluline, et nad oleksid üksteisega interakteerumiseks seondunud DNA-le samas faasis. Kui kahe seondumissaidi vaheline kaugus ei ole täispöördeline, ei pruugi valkudel transkriptsiooni aktivatsioonile efekti olla. Aktiveeritavatel promootoritel on -35 heksameer konsensusjärjestusest TTGACA märkimisväärselt erinev ja sel juhul soodustab aktivaator polümeraasi seondumist promootorile. Sama aktivaator võib
· Sünteesitakse mao limaskestas parietaalrakkudes. Kui inimene sööb aineid, milles sisaldub väline faktor, siis maos eraldub loomne valk vitamiinist, B12 läheb eraldi peensoolde, ka Castle faktor läheb peenoolde koos nõrega. · Sisemine+välimine faktor moodustavad kompleksi, mis seondub peensooles ileumis oma retspetoriga, saab imenduda ainult siis kompleksina. · Piirkond, kus retseptorid ileumis asuvad, on väga väike. · Pärast seondumist kompleks laguneb, B12 tungib limaskesta rakku, sealt edasi verre. · Kui kompleks ei moodustu, siis organism ei omasta B12. · Kroonilise mao limaskesta põletiku ehk gasrtiidi puhul ei teki hapet ega castle faktor. Kas siis, kui peensoole on eemaldatud. Sellest tuleb kehvveresus ehk aneemia. · Vitamiin B12 varud on üsna suured- maksas püsib varu 1-1,5 a. Alahappesuse puhul või taimetoitluse puhul tuleb vitamiini süstida lihasesse
aa-tRNA*EF-Tu*GTP on tuntud kui kolmikkompleks EF-G/eEF2/aEF2- EF-G'd kutsutakse ka "translokaasiks". Katalüüsib pep-tRNA liikumist A sidist P saiti. Samas liiguvad ka P saidis olev deats-tRNA E saiti ja seal olnud deats-tRNA lahkub ribosoomist. A sait vabaneb, valmis uueks koodoni äratundmiseks. SelB/eSelB/aSelB- Transpordib selenocysteinyl-tRNA ribosoomi. eIF2γ/aIF2γ -Arhetes ja eukarüootides viib fMet-tRNAfMet seondumist läbi RF3/eRF3- RF3 katalüüsib class I relese factors ite RF1 ja RF2 vabanemist peale terminatsiooni. Hbs1- Kui ribosoom "jääb kinni" - hangub Ski7- Peale stopp coodoni läbilugemist. Tet- Nad kaitsevad ribosoomi antibiootikum tetratsükliin eest. Translatsioon mitokondrites ja kloroplastides Antibiootikumid Antibiootikumide märklauad bakterirakus Translatsioon
- Heterotsüklid - N, van der Waals, H-sidemed - - Külgahelate muutmine - Struktuuri lihtsustamine etapiti, lähtudes looduslikest ühenditest. Vältida tuleb omaduste muutust ja kõrvalefekte. - - Nt kokaiin -> provokaiin (novokaiin), kus on lõhutud alkaloidi tsükkel ja asendatud dietüülamiiniga. Ilma kõrvalmõjudeta. - Struktuuri jäigastamine - konformatsioonide hulk väiksem ning vähendab seondumist teisele võimalikule retseptorile (kuna sobivat retseptorit ei pruugi leiduda). Kolmikside, amiidrühm, aromaatne tsükkel. - Blokaatorid - vähendavad konformatsioonide arvu ja aitavad jäigastada. - Nt Me rühma sidumine D3 antagonistile viib fenüülrühma nurga alla, kuid seondumiseks peab olema kaks tasapinnalist fenüülrühma, mistõttu seondub ühend D3 retseptorile halvemini. - - - Manipulatsioonid tsüklitega
DNA polümeraas ei suuda hakata nullist DNA ahelat sünteesima, küll aga olemasolevat ahelat pikemaks tegema. Denatureerides (lahti keerutades) kaheahelalist DNA molekuli temperatuuri toimel saame kaks üheahelalist DNA molekuli. Lisades nüüd katseklaasi sobivaid praimereid, suudab polümeraas sünteesida uue ahela ja saame kaks kaheahelalist DNA molekuli. Esimese tsükli alguses DNA proov toatemperatuuril. Tahtes ahelaid lahku viia tuleb proovi tõsta ~100 o ni. Tahtes praimerite seondumist DNA üksikahelaga tuleb proovi jahutada ~50o juurde. Tahtes DNA'd sünteesida tuleb temperatuuri veel alandada. Järgmises tsüklis tahtes DNA'd sünteesida, siis see ei õnnestu, kuna polümeraas ei tööta (denatureerinud kuumuses), seega on vaja iga kord polümeraasi juurde panna. Mullis hakkas puhastama DNA polümeraase kuumaveeallikatest isoleeritud bakteritest. Kasutades sellist polümeraasi, pole vaja
(lahustab osaliselt rakumembraanide lipiidid, et antikehad hiljem rakku pääseks), inkubeerida 15 min ning pesta rakke 2 korda 5 minutit (kokku) 1 ml 1x PBSiga. 4. Blokeerimine: lisada rakkudele 0,5 ml blokklahust, jätta seisma +4°C juures. Blokeerimise eesmärk on BSAga katta ära need kohad, kuhu igasugused valgud kleepuvad. Kuna antikehad on ka valgud, siis see etapp takistab antikehade ebaspetsiifilist seondumist. 153. 154. 155. 156. Teine päev – immuunotsütokeemia 1. Inkubatsioon primaarse antikehaga. Valmistada 0,2% BSA-PBS lahus (200 μl): 20 μl 2% BSA lahust + 180 μl 1x PBSi + Mouse anti tubuliin 1:500 0,4 μl, segada. Lisada lahus rakkudele ja inkubeerida 60-90 min toatemperatuuril, mille jooksul primaarne antikeha seondub oma sihtmärgiga. Pärast pesta 3 korda 5 minutit 1 ml PBS-Tweeniga seondumata antikeha eemaldamiseks 2. Inkubatsioon sekundaarse antikehaga
alligaator. 20. Kuidas on tagatud X-liiteliste geenide võrdne avaldumistase erinevast soost isenditel imetajatel ja äädikakärbsel? Äädikakõrbsel on X-liiteliste geenide hüperaktivisatsioon. Juhul, kui geeni Sxl produkti rakus pole (isased), seondub teatav valkkompleks paljudesse kohtadesse X-kromosoomil ja võimendab X-liiteliste geenide avaldumise taset kaks korda. Kui rakus on ka Sxl geeni produkti piisavalt, takistab see valkkompleksi seondumist ja seega ka geenide aktiivsuse tõusu. Inimesel on X-liiteliste geenide inaktivisatsioon. 21. Mitoosi- ja meioosikromosoomide uurimise tsütoloogilised meetodid. Mitoosikromosoomid – Metafaasi rakkudes peatatakse jagunemine, asetatakse hüpotoonilisse lahusesse, mis paneb rakud lõhkema, kromosoomid paiskuvad laiali ja siis on neid võimalik mikroskoobis jälgida. Et kromosoomid nähtavad oleksid siis neid värvitakse.
annaabi.ee 
