Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta (0)

Q: Kuidas millest ja kus moodustub tuumake?

Vastus leiad õppematerjalist: Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta

Q: Kuidas toimub eukarüoodil transkriptsiooni initsiatsioon?

Vastus leiad õppematerjalist: Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta

Q: Millised faktorid on vajalikud?

Vastus leiad õppematerjalist: Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta

Q: Kuidas toimub transkriptsiooni initsiatsioon prokarüoodil?

Vastus leiad õppematerjalist: Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta

Q: Kuidas toimub ja milleks kasutatakse DNA metüleerimist imetaja genoomis?

Vastus leiad õppematerjalist: Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta

Q: Mis on genoomne imprinting?

Vastus leiad õppematerjalist: Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta

Tallinna Ülikool - Bioloogia - Geneetika

1 Hindamata

Esitatud küsimused

Kuidas millest ja kus moodustub tuumake?
Kuidas toimub eukarüoodil transkriptsiooni initsiatsioon?
Millised faktorid on vajalikud?
Kuidas toimub transkriptsiooni initsiatsioon prokarüoodil?
Kuidas toimub ja milleks kasutatakse DNA metüleerimist imetaja genoomis?
Mis on genoomne imprinting?

Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta:

Defineeri mõiste transkriptsioon . Selle üldine toimumine eukarüoodil? Transkriptsioon on matriits DNAst lähtuv mRNA süntees. Toimub alati suunas 5’-3’. Protsess, mille käigus geneetilise koodi salvestatud informatsioon kantakse üle kindlale RNA tüübile. Eukarüoodil kontrollitakse iga geeni transkriptsiooni eraldi. Aktivatsioonil osalevad abistavate faktoritena organismi signaalmolekulid. I initsiatsioon – kromatiini avamine CRC tegevuse tulemusena, TF seondumine promootorile. H sideme lõhkumisel osalevad teatud transkipstioonifaktori, RNA sünteesi viib läbi RNA polümeraas (I;II;III). Transkriptsiooni käivitamisel osalevad nii NH kui valgud (cis, trans) initsiatsioon- elongatsioon - terminatsioon

Kuidas, millest ja kus moodustub tuumake? Tuumakese funktsioon?.

Kuidas toimub eukarüoodil transkriptsiooni initsiatsioon? Millised faktorid on vajalikud? Vt eelmist. Eukarüootne transkriptsioon erineb prokarüoosest, et vajab initsiatsioonis cis-aktiveerivate elementide ( spetsiifiliste DNA piirkondade) ja transs (aktiveervate faktorite, regulatoorsete valkude) koostoimet. Geeni 5’ alas , esimese eksoni ees, asub promootorpiirkond, kus on terve rida regulatoorseid järjestusi. Vajalikud trans faktorid.

Kuidas toimub transkriptsiooni initsiatsioon prokarüoodil? Prokarüootidel seostub RNA polümeraas otse DNAle

Transkriptsioonil osalevate aktivaatorvalkude jaotus tunnusmotiivide alusel? Transkriptsiooni sünkroniseerimiseks ja võimendamiseks on olemas veel geeniekspressiooni aktivaatorvalgud, mis samuti seonduvad enhancer -piirkondadele. Aktivaatorite seondumine erinevatele geenidele erinevates kombinatsioonides võimaldab aktiveerida neid geene üheaegselt. Geenid võivad paikneda kas ühes rakus või erinevates rakkudes. Aktivaatorid seonduvad DNA biheeliksi ’’ suurele vaole ’’ ja neil on teatud tunnusmotiivid. Helix -turn-helix;helix- loop -helix; zinc -finger;leucine zipper

Kuidas toimub ja milleks kasutatakse DNA metüleerimist imetaja genoomis ? Loetle nähtusi, mis on seotud DNA metüleerimisega? Dna metüleerimine - tsütosiini viiendasse positsiooni lisatakse metüülrühm – 5 metüültsütosiin. Protsessi viib läbi dna-polümeraas. Eelistatult metüleeritakse guaniini ees asuv tsütosiin cg. Dna metüleerimine pärsib geeni ekspressiooni. Metüleerimine on seotud geeni regulatsiooni, kromatiini struktuuri, X-inaktivatsiooni, epigeneetilise protsesside ja genoomse imprintingu nähtustega, imetaja genoomis ~3% tsütosiiinidest (-c-) metüleeritud

Mis on genoomne imprinting? Kus ja millal toimub imprintimine ja millega see nähtus on seotud loomulikult ning patoloogia korral? Nähtus, kus sama geen ekpresseerub erinevalt sõltuvalt sellest, kas geenikoopia on saadud emalt või isalt. Õistaimedel ja imetajatel. Nähtust seletatakse sellega, et naise ja mehe gametogeneesis toimub geenide metüleerimine erinevalt. Normaalne nähtus – Prader -willi ja Angelmanni sündroomid. Imprintingu protsess on pöörduv, vanematelt saadud muster võib muutuda ning olla teistsugune järgmises põlvkonnas. Metüülmärgiste paigaldamine DNA järjestusele toimub sugurakkude küpsemise käigus. Pole seotud ainult patoloogiaga. Häireid imprintingu mustris seostatakse ka kasvajaliste protsesside avaldumisega.

mRNA protsessing etappidena (3) ja olulisemad sündmused igal etapil? 1. Cap-saidi lisamine pre-mRNA 5’otsa.(transkriptsiooni ajal, kui on sünteesitud 20-30 nukleotiidi pikkune pre-mRNA fragment) 2. Splaising , mille käigus pre-mNA koostisest lõigatakse välja nitronid ja soovimatud eksonid (introni 5’otsa lahtilõikamine,lõigatakse lahti ka introni 3’ ots, ensüüm ligaaside abil eksonite alad ühendatakse, vaba nitron lagundatakse tuumas splaisosoomide; . 3. Polüadenüleerimissaidi ( polyA -saba) lisamist pre-MRNA 3’otsa, lisatakse pärast transkriptsiooni 50-250 adeniini. Kuna eukarüootidel pole väga kindlat struktuuri, siis kulgeb tranripstioon sageli üle kodeeritava ala. Liigne ala eemaldatakse RNA – endonukleaasi poolt ja tekkinud 3’-OH rühmitusele lisatakse polü(A)-polümeraasi poolt polü(A) - saba

Iseloomusta üldiselt eukarüootset translatsiooni? Põhimõtteliselt on protsess sarnane pro- ja eukarüootidel, kuid eukarüootide translatsioonil osaleb rohkem valke. Üldiseloomustus: Vajab väga paljude valkude koostoimet, sh ka palju lahustuvaid valke. 3-5 liiki RNA molekule (mrna, trna, rrna). Osaleb vähemalt 20 aminohappeid aktiveerivat ensüümi. Osaleb 40-60 trna molekuli.

Iseloomusta valgusünteesi ribosoomitsüklit? I Initsiatsiooni astmed: ribosoomi subühikute assotsiatsioon, translatsiooni alguspunkti leidmine mRNA-l Kozaki,  lugemisraami fikseerimine  esimese peptiidsideme süntees. moodustub valgusünteesi initsiaatorgrupp: 40S rRNA subühik tunneb ära mRNA 5’ cap – otsa, sest sinna on seondunud spetsiifilised initsiaatorvalgud. seejärel liigub initsiaator - grupp piki mRNAd kuni valgusünteesi initsiaatorkoodonini – AUG - , mis reeglina peab asuma ka spetsiifilises järjestuses (Kozaki konsensus - soodustab translatsiooni initsiatsiooni).NB! mRNA eukarüoodil on reeglina (90%) monotsistroonne, s.t. kodeerib ühte valku (prokarüoodil polütsistroonne). II Elongatsioon;  toimub polüpeptiidahela pikenemine kuni stop – koodonini (UAA või UAG või UGA).III Terminatsioon – toimub, kui translatsioon jõuab mRNA ahelas stop – koodonini.  järgneb valgu, mRNA ja tRNA vabanemine  ribosoomi subühikute eraldumine. Sellega on lõppenud valgusünteesi ribosoomi tsükkel.Järgneb valgu post – translatsiooniline töötlus, mille tulemusena valk pakitakse õigesti kokku.

Valgu ja polüpeptiidi erinevus? Polüpeptiid - pikem aminohapete järjestus; Valk - polüpeptiid (või nende kompleks ), millel on defineeritud 3D-struktuur; sageli olemas ka kvartenaarstruktuur ehk neljandat järku struktuur.

Nimeta olulisemad valkude posttranslatsioonilise modifitseerimise mehhanismid ?1. Valkude aktiivsust moduleerivad ehk muudavad Ca2+ ja GTP. 2.Valkude tsükliline fosforüleerimine ( valkudele lisatakse fosfaatrühmi), mida katalüüsivad ensüüm proteiinkinaasid, ja defosforüleerimine, mida katalüüsivad fosfataasid; mõjutab valgu seondumist ligandile (üks nendest vormidest on valgu aktiivne vorm, teine mitte) 3.Proteolüütiline lõikamine (trüpsinogeen, chymotrüpsinogeen), mis aktiveerib/deaktiveerib valke pöördumatult. 4.Allosteerilised muutused – ligandi molekuli seondamine indutseerib valgu konformatsiooni muutuse või allosteerilise transitsiooni, mis mõjutab valgu aktiivsust

(RNA) primaartranskript
Basaalsed transkriptsioonifaktorid –Valgud nimega transkripstioonifaktorid abistavad RNA polümeraasi ja reguleerivadtema funktsiooni. vajatakse igas transkriptsiooni.
Modulatoorsed transkriptsioonifaktorid - Valgud nimega transkripstioonifaktorid abistavad RNA polümeraasi ja reguleerivadtema funktsiooni. Võimaldavad ekspresseerida erinevaid geene erineval ajal ja erinevas koes.
Cis–elemendid – aktiveerivad elemendid, DNA ahela signaaljärjestused (peamiselt promootorpiirkonnas), funktsioneerivad DNA ahela osas, milles paiknevad, seostamissaitidena.
Trans–faktorid - aktiveerivad faktorid. Regulaatorvalgud, mille sünteesi määravad kaugemalasuvad geenid; valgud peavad migreeruma oma mõjukohtadesse DNA järjestuses, et aktiveerida RNA polümeraasi.
Transkriptsiooni promootorala
Splaising – selle käigus pre-mRNA koosisest lõigatakse välja nitronid ja soovimatud eksonid. Seotud ainult eukarüood geeniekpressiooniga, sest prokarüootidel nitronid puuduvad.
Alternatiivne splaising - Eukarüoodi transkriptsiooni juures iseloomulikud nähtused:
pre-mRNA splaising ja alternatiivne splaising. Alternatiivse transkriptsiooni mehhanism
Alternatiivne transkriptsioon – sama geen võib kodeerida erinevaid valke, sest raku kontrollmehhanismid teevad valiku alternatiivsel transkriptsioonil ekkinud erinevae transkriptide vahel. rna editing, erinevate transkriptsiooni promootorite ja terminaatorite kasutamine, alternatiivne splaising, kromosomaalsed überkorraldused. Valgu isovormid võivad erineda üksteisest veel, lisaks koespetsiifilisusele: arenguetapi, lokalisatsioonilt rakus, funktsioneerimise võimelt, oospetsiifiliselt geeniregulatsioonilt.
Enchancer – e võimendaja – piirkonnad. Neid piirkondi vajatakse geeni maksimaalseks transkriptsiooniks.
Upstream (suund) - võimendaja, piirkond, mis asub promootorpiirkonnast eespool . Pikkus 50-150 np, misomakorda koosnevad väiksematest alaosaddest 18-20 np. On võimelised seostama geeni ekspressiooni reguleerivaid valke. Nende DNA – piirkondade asukoht geeni suhtes pole tähtis ( asuvad reeglina geenist kaugel). Transkriptsiooni ini-saidist eespool.
downstream (suund) – võimendaja, piirkonnad.. promootorpiirkonnast tagapool. Transkriptsiooni initsiatsiooni saidist tagapool.
Splaisosoom – organellid raku tuumas, kus leiab aset intronite lagundamine. Splaisosoomid on suured kompleksid , mis koosnevad valkudest ja snRNAst. koht kus toimub splaising, raku tuumas
ORF piirkond – ehk avatud lugemisraam. Transleeritav DNA piirkond
Monotsistroonne - mRNA eukarüoodil on reeglina (90%) monotsistroonne, s.t. kodeerib ühte valku
Polütsistroonne – prokarüoodil polütsistroonne. Vt eelmine
Kozaki konsensus (järjestus) - soodustab translatsiooni initsiatsiooni
Valk – e proteiinid on biopolümeerid, mille monomeerideks on aminohappejäägid. Valgud on organismid kõige mitmekesisemad makromolekulid. primaarstruktuur - lineaarne monomeeride(aminohapete) järjestus. Peptiidside ühendab aminohappeid. Valkude primaarstruktuur sõltub aminohapete arvust ja järjestusest. Esineb 20 erinevat aminohapet , mis jagatakse gruppidesse olenevalt külgahelate tüübist

Polüpeptiid – pikem aminihapete järjestus. Valk - polüpeptiid (või nende kompleks), millel on defineeritud 3D-struktuur; sageli olemas ka kvaternaarstruktuur ehk neljandat järku sruktuur . Valgu keskmine molekulmass 113 Da.
Denaturatsioon - valgu kõrgemat järku struktuuri kadumine. Säilib primaarstruktuur, peptiidsidemed aminohapete vahel ei katke.

Renaturatsioon – vastandprotsess denaturatsioonile

.DOC Laadi alla originaalfail 3 lk · .doc · 35 allalaadimist

Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta #1

Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta #2

Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta #3

100 punkti Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 100 punkti.

~ 3 lehte Lehekülgede arv dokumendis

2013-11-16 Kuupäev, millal dokument üles laeti

35 laadimist Kokku alla laetud

0 arvamust Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid

kkristel Õppematerjali autor

transkriptsioon transkriptsiooni initsiatsioon faktorid translatsioon eukarüood translatsiooni splaising initsiatsiooni valke eukarüoodil polümeraasi valgusünteesi nitron apolümeraasi

Sarnased õppematerjalid

docx

Nimetu

ahelasse ükshaaval, iga polünukleotiid ja polüpeptiid sünteesitakse kindla orientatsiooniga ja see lõppeb kindlaksmääratud kohas, primaarne produkt modifitseeritakse; erinevused: valkudel monomeerideks aminohapped, nukleiinhapetel nukleotiidid, valkude süntees toimub tsütoplasmas, nukleiinhapete süntees tuumas. 2. RNA funktsioonid valkude sünteesil (mRNA kannab koodonitena informatsiooni valgu primaarjärjestuse kohta, rRNA assotsieerub ribosoomi valkudega moodustades ensüümkompleksi, mis otseselt sünteesib peptiidsideme, tRNA identifitseerib koodi ja toob ribosoomi koodile vastava aminohappe) 3. Translatsiooniprotsess on kaheastmeline dekodeerimisprotsess, milline on presibosomaalne aminoatsüül-tRNA süntees (ligaasid, ARS või ARL) ja ribosomaalne etapp koodon-antikoodon translatsioon ja peptiidsideme süntees ribosoomil. 4

Kategoriseerimata

doc

Molekulaarbioloogia teise KT vastused

1. Transformatsioon - geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakku isoleeritud DNA abil. Transformatsioon võib toimuda ka looduslikes tingimustes. Sel juhul kandub elusrakkudesse surnud rakkudest vabanenud DNA. Transkriptsioon ümberkirjutamine, DNA ühe ahela alusel komplementaarse RNA molekuli süntees. Translatsioon mRNA põhjal ribosoomides valguahela sünteesimine ehk lihtsamalt öeldes valgu süntees. (RNA alusel valgu süntees tsütoplasmas paiknevatel ribosoomidel.) Translatsiooniprotsess loob geneetilise koodi ehk vastavuse mRNAde nukleotiidahelate ja valkude polüpeptiidahelate vahel. 2. Initsiatsioon prokarüootidel: transkriptsioon algab sellega, et protsessi läbiviiv ensüüm RNA polümeraas kinnitub struktuurgeenide ees asuvas promootoris sisalduvatele transkriptsiooni algussignaalidele. RNA polümeraas ei vaja transkriptsiooni initsiatsiooniks praimerjärjestust nagu seda vajas DNA polümeraas. Promootori piirkonnas, 10np transkriptsi

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

docx

Molekulaar- ja rakubioloogia KT II

1 MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA | YTM0011 II KONTROLLTÖÖ KORDAMISKÜSIMUSED | MIHKEL HEINMAA TTÜ YAGB31 | 08/10/10 TRANSKRIPTSIOON JA GEENI REGULATSIOON 1. Missuguseid geneetilise infovahetuse protsesse tähistavad a) transformatsioon, 2) transkriptsioon 3) translatsioon. Transformatsioon on geneetilise info ülekandumine ühest bakterirakust teise rakust isoleeritud DNA abil. Transkriptsioon ehk RNA süntees on DNA ühe ahela (matriitsahel) alusel komplementaarse RNA ahela süntees. Translatsioon on mRNA põhjal ribosoomides valguahela süntees. 2. Võrdle transkriptsiooni initsiatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüootidel. Prokarüoodi transkriptsiooni initsiatsioon: RNA polümeraas seondub ühega paljudest spetsiifilistes tranksriptsiooni faktoritest (-fa

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

doc

Geneetika I kordamisküsimused (2012)

Tertsiaarstruktuur- funktsionaalsetel valkudel 3D struktuur Kvaternaarstruktuur- mitme valgumolekuli kompleks Alguskoodon- AUG, lõppkoodon- UGA, UAA, UAG 7. Geneetika mõisted (alleel, monogeenne tunnus jne.) Geen- Täielik nukleiinhapete järjestus, mis on vajalik funktsionaalse geeniprodukti(polüpeptiid, RNA) sünteesiks. pärilikkuse elementaarüksuse, DNA lõik, mis määrab ära RNA molekuli sünteesi: määrab ühe valgu järjestuse. Struktuurgeenid- info RNA ehituse kohta (mRNA, tRNA, rRNA) Regulaatorgeenid- kontrollivad struktuurgeenide aktiivsust ja avaldumist Kromosoom- pärilikkuse salvestaja, geenide materiaalne kandja. Kormosoomid paiknevad rakutuumas ja koosnevad DNAst. DNA on seotud struktuursete valkudega(histoonid) ja regulatoorsete valkudega(transkriptsioonifaktorid, replikatsioonivalgud). Sisaldab 3 funktsionaalset elementi: replikatsiooni origin-punktid, tsentromeer, telomeersed järjestused.

Geneetika

docx

Molekulaar- ja rakubioloogia konspekt

TRANSLATSIOON e valgusüntees, toimub tsütoplasmas, ribosoomides. Aminohapetest sünteesitakse polüpeptiidahel. Protsessi viib läbi ribosoomikompleks, mis koosneb: · 30S subühikust (eukar: 40S) ja 50S subühikust (prokar: 60S); või vastavalt väike ja suur subühik · mRNA (sisaldab geneetilist koodi) · initsiaator-tRNA · initsiatsiooni- või elongatsioonifaktor (oleneb faasist). Protsessis on kolm faasi: initstiatsioon -> elongatsioon -> terminatsioon. Ribosoom läbib selle käigus valgusünteesi ribosoomi tsükli. Vastavalt faasidele toimub: funktsionaalse ribosoomi moodustumine -> aminohapete lisamine peptiidahelasse -> sünteesitud valgu vabastamine ribosoomist. Tegu on kahe-astmelise dekodeerimisprotsessiga: 1. preribosomaalne etapp -> aminoatsüül-tRNA süntees 2. ribosomaalne etapp -> koodon-antikoodon translatsioon ja peptidsideme süntees ribosoomil. Avatud lugemisraam e valkukodeeriv järjestus - nukleiinhappe järjestus, mis

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

194

docx

Molekulaarbioloogia

Kui üks nendest destabiliseerivatest AH on eksponeeritud, siis suunatakse proteasoomi. Proteasoomis on keskmine kamber, mis toimetab lagundamist. DNA ja valgu vaheline spetsiifiline äratundmine on geeni regulatsiooni alus. Valgud tunnevad DNA-l ära kindlaid järjestusi. Esineb negatiivne transkriptsiooni regulatsioon – DNA on vaikimisi aktiivne. Geenide regulatsioon seisneb geenide vaigistamises (maha surumises). nt. kui regulaatorvalk seostub promootorpiirkonna sellisesse kohta, mis sisaldab ka operaatorit. See viib geenide väljalülitamisele. Kui regulaatorit pole, on operon aktiivne. Teine geeni regulatsiooni põhiline viis on positiivne transkriptsiooni regulatsioon. Regulaator paneb geenid tööle, kui regulaatorit pole, on geen välja lüliatud. RNA-d: - stabiilsed. preRNA → translatsioon → valk pretRNA → translatsioon → valk presnRNA → protsessimine → mRNA → translatsioon → valk - labiilsed

Bioloogia

pdf

MOLEKULAARBIOLOOGIA ja RAKUBIOLOOGIA

1 MOLEKULAARBIOLOOGIA. 1. Kui aatom loovutab elektroni täielikult teisele aatomile, missugused keemilise sidemega on tegemist? Ioonside, sellised ained lahustuvad hästi, kuna ioonide hüdratatsioonienergia on suurem kui kristalli võreenergia 2. Miks vesi on hea lahusti (solvent)? Vesi on hea lahusti, sest ta lahustab nii tahkeid, vedelaid kui ka gaasilisi aineid. Vee molekul moodustab dipooli ning aatomid omandavad osalise laengu. Polaarsete ühenditega moodustab vesiniksidemeid, mis tagavad stabiilsust. 3. Termodünaamika II seadus. Kõik protsessid kulgevad tasakaalu e. minimaalse potentsiaalse energia poole e. entroopia kasvu suunas. Entroopia (S) on korrastamatuse mõõt [J/mol*K], korrastatud madal entroopia. Isoleeritud süsteemid püüavad korrastatud olekust korrastamata poole. Tasakaal on siis, kui entroopia on maksimaalne.Entroopia muutus on null pöörduvate

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

docx

Rakubioloogia 2

* Mittehomoloogne- ja homoloogne DNA otste ühendamine' Mittehomoloogne DNA otse ühendamine toimub enne DNA replikatsiooni. Kui heterodimeerid unnevad DNA katkised otsad ära. Katkised otsad liidetakse, kuid esineb deletsioon, osa geneetilist materjali läheb kaduma. Homoloogne rekombinatsioon toimub vahetult peale DNA replikatsiooni ja enne raku jagunemist. Otsi ei liideta vaid katkemiskoht parandatakse kasutades teist homoloogse kromosoomi komplementaarset ahelat. Katkenud kohta lõigetakse 5` otsast lühemaks ja ahelaid vahetakse komplementaarsuse alusel. Katkenud kohale pikendatakse ahel kasutades homoloogse kromosoomi tervet ahealt. 4. Mis on DNA hübridiseerimine? Hübridiseerimine on meetod, mis võimaldab nähtavaks teha, enda jaoks, in vivo olevaid molekule molekule, mis pole sünteeside käigus märgistatud. Palju DNA ahelaid, mis juhuslikult leiavad endale komplementaarse paarilise ja toimub nii paardumine. Paardumine on nõrk ja lühikese ulatusega.

Rakubioloogia

Rohkem sarnaseid