TÄHTSAMATE LOOMSETE PROTEAASIDE ISELOOMUSTUS Ensüüm Toimekoht Toimespetsiifika Pepsiin magu Phe, Tyr jt. Trüpsiin soolestik Arg, Lys Kümotrüpsiin ,, Tyr, Phe, Trp, Leu, Ile Karboksüpeptidaasid soolestik polüpeptiidahela C-ots Aminopeptidaasid ,, polüpeptiidahela N-ots Katepsiinid Koerakkude lüsosoomid Sarnane trüpsiinile ja A, B, C, D, E, L kümotrüpsiinile VALKUDE OMASTATAVUS SÕLTUB: · Aminohappelisest koostisest · Molekuli struktuurist (globulaarne või fibrillaarne) · Natiivsusest - denaturatsioon reeglina soodustab
Kas seriinijäägi fosforüleerimine toimub enne või pärast seriini lülitamist polüpeptiidahelasse? Seriinijäägi fosforüleerimine toimub pärast seriini lülitamist polüpeptiidahelasse. Seriini fosforüleerimine ATP poolt kas aktiveerib või passiveerib valku. 43. Millist polümeeri struktuuri tasandit määratakse sekveneerimise abil? Sekveneerimise abil määratakse primaarstruktuuri. 44. Kas peptiidsideme ümber on võimalik polüpeptiidahela vaba pöörlemine? Põhjendage. Ei ole, sest peptiidsidemel on suuresti kaksiksideme iseloom. 45. Joonistage toodud aminohapete baasil dipeptiid transkonfiguratsioonis. (võivad olla erinevad aminohapped). 46. Näidake (noolega) milliste sidemete ümber on võimalik polüpeptiidahela vaba pöörlemine. Polüpeptiidahela pöörlemine on võimalik ainult N-Ca ja Ca-C sidemete ümber. Pöörlemise nurgad on vastavate sidemete ümber tähistatud kui fii ja psii nurgad. Joonisel on noolega
· Trüpsiin (R1= Lys, Arg; R2 Pro) · Kümotrüpsiin (R1 = Tyr, Phe, Trp, Leu, Ile, Val; R2 Pro) · Pepsiin (R1 = Phe, Leu, ja paljud teised; R2 Pro) Samas aga paljud bakteriaalsed proteaasid, nagu subtilisiin, savinaas, alkalaas jt omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid. Proteaas Endopeptidaas-toimib polüpeptiidahela Eksopeptidaas-toimib polüpeptiidahela kesksetele peptiidsidemele. otsmisele peptiidsidemele. karboksüpeptidaasid (R2 = Cterminaalne aminohape) ja aminopeptidaasid (R1 = N- terminaalne aminohape), lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid
one instinctively anticipates, and it is more complicated than has been predicted by any theory." John Kendrew kommenteerides esimest globulaarse valgu kristallstruktuuri, Cambridge University, 1958 Valkude struktuurse organisatsiooni tasemed 1. Primaarstruktuur aminohappeline järjestus PRIMAARSTRUKTUUR. Aminohappe jääkide lineaarne järjestus 2. Sekundaarstruktuur polüpeptiidahela peaahela ehk selgroo aatomite lokaalne paigutus arvestamata külgahelate konformatsiooni 3. Tertsiaarne struktuur Polüpeptiidi kui terviku ruumiline struktuur 4. Kvaternaarne struktuur subühikute ruumiline organisatsioon Valgu ruumilise struktuuri määravad: heeliks leht SEKUNDAARSTRUKTUURID DOMEENID ehk SUPERSEKUNDAARSTR
valgud on niitjate molekulidega aga globulaarsed on kerajad või selle lähedase kujuga. *Millised lipiidid esinevad biomembraanide koostises ? Kuidas nad seal paikenvad ? Joonistage membraan nii hästi ,kui oskate, märkides ära kasutatavate sümbolite tähenduse. Fosfolipiidid *Mida mõisetakse valgu sekundaarstruktuuri all? Kirjeldage joonistage Sekundaarstruktuurina käsitletakse valgu molekuli ruumilist vormi, mis tekib vesiniksidemete moodustamise tulemusena polüpeptiidahela erinevate osade vahel. Iga peptiidsideme kohta tuleb reeglina kaks vesiniksidet. *Joonisel on kujutatud peptiidi. Mitmest aminohappest see koosneb? Märkige peptiidsidemete asukohad. (vaata lisa). Peptiidside on kovalentse sideme erivorm, mis tekib ühe aminohappe molekuli karboksüül- ja teise aminorühma vahel, kusjuures eraldub vee molekul. *Milliseid rolle täidavad rakumembraanis valgud? Joonistage membraan nii hästi kui oskate, märkige juurde kasutavate sümbolite tähendused.
Protreolüütiliste ensüümide esindajad omavad erinevat toimespetsiifikat. Mõned lõhustavad eelistatult spetsiifilisi, vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid, teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele. Samas paljud bakteriaalsed proteaasid omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid produtseerides vabu aminohappeid. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele sidemetele eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Lisaks eristatakse proteaase veel optimaalse keskkonna pH järgi, kas hapudeks-, neutraalseteks- või leelisproteaasideks. Oluliseks proteaaside klassifikatsiooni aspektiks on aktiivtsenti ehitus ja sellest tulenev ensüümi toimemehhanism. Proteaasid jagunevad seriin-, tiool-, aspartaat-, ja metalloproteaasideks.
aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Piiratud proteolüüsi viivad läbi näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin, pepsiin, mis produtseerivad enamasti peptiide. Subtilisiin, savinaas ja alkalaas on bakteriaalsed proteaasid, mis lagundavad praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Kõik ülalnimetatud on endopeptidaasid. Ensüümi toimimise optimaalse keskkonna järgi eristatakse hapusid (pH ~2,5), neutraalseid (pH ~7,2) ja leelisproteaase (pH ~9,0). Aktiivtsentri ehituse järgi jaotatakse proteaasid põhiliselt seriin-, tiool-, aspartaat- ja metalloproteinaasideks. Proteaasi aktiivsuse objektiivseks hindamiseks jälgitakse kaseiini hüdrolüüsi algstaadiumit,
Protreolüütiliste ensüümide esindajad omavad erinevat toimespetsiifikat. Mõned lõhustavad eelistatult spetsiifilisi, vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid, teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele. Samas paljud bakteriaalsed proteaasid omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid produtseerides vabu aminohappeid. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele sidemetele eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Lisaks eristatakse proteaase veel optimaalse keskkonna pH järgi, kas hapudeks-, neutraalseteks- või leelisproteaasideks. Oluliseks proteaaside klassifikatsiooni aspektiks on aktiivtsenti ehitus ja sellest tulenev ensüümi toimemehhanism. Proteaasid jagunevad seriin-, tiool-, aspartaat-, ja metalloproteaasideks.
valkudes ja peptiidides, mille tulemusel tekivad madalama molekulmassiga peptiidid ja vabad aminohapped. Erinevad proteolüütilised ensüümid omavad erinevat toimespetsiifikat. Mõned lõhustavad eelistatult vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised aga toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Vastavalt sellele, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo-ja eksopeptidaase. Optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi, milles ensüüm toimib, eristatakse hapusid (pH 2,5), neutraalseid (pH 7,2) ja leelisproteaase (pH 9,0) Proteolüütilise aktiivuse ühikuks 1 kat loetakse sellist ensüümi hulka, mis põhjustab 1 mooli peptiidsidemete hüdrolüüsi 1 s vältel 30 °C juures. Kuna hüdrolüüsunud peptiidsidemete hulk ei ole
poisidüks pruuni, teine sinisilmne. Koostage pärandumiskeem ja määrake kõigi isikute genotüübid. Mis värvi silmadega lapsi võib neil kaksikuil sündida, kui mõlemad abielluvad sinisilmse naisega? Koostage pärandumis - skeemid. Pruunisilmsus A Sinisilmsus a Vastus: esimesel (pruunisilmsel) kaksikul võivad sündida nii pruuni- kui ka sinisilmsed lapsed, teisel (sinisilmsel) kaksikul võivad sündida ainult sinisilmsed lapsed. 7. Kirjutage mRNA fragmendi järgi sünteesitava polüpeptiidahela aminohappeline järjestus C-A-U-G-A-A-A-G-C-A-G-U-A-G-G-G-C-A-A-C-C-C-U-A-A-C-U-G-C-A-A Met Lys Ala Val Gly Gln - Pro
keemiliste reaktsioonide keelde. Kõik keemilised reaktsioonid organismis toimuvad fermentide (ensüümide) osavõtul. Fermendid otsustavad lõppkokkuvõttes selle, millised tunnused organismil kujunevad. Nii on DNA põhifunktsiooniks elusas rakus spetsiifiliste valkude sünteesi juhtimine, sellest õige informatsiooni säilitamine ja edasiandmine. kõik valgud (proteiinid) on polümeersed ühendid, kus monomeerideks on aminohapped. Omavahel ühinenud aminohapped moodustavad polüpeptiidahela, mis kindlas ruumilises konfiguratsioonis moodustabki valgumolekuli või osa sellest. Valgud erinevad üksteisest aminohapete arvu, nende nomenklatuuri ja järjestuse poolest polüpeptiidahelates. Esimeseks etapiks valgusünteesil on DNA-s sisalduva geneetilise informatsiooni (nukleotiidijärjestuse) transkriptsioon matriits-RNA-le. See toimub rakutuumas. Seejärel väljub mRNA rakutuumast ja viib endas sisalduva informatsiooni valgusünteesi paika -ribosoomidesse
disulfiidsidemeid (disulfiidsildu), mis on kas ahelasisesed või ahelatevahelised. Disulfiidsidemed esinevad enamikes sekreteeritavates ja membraansetes valkudes. Primaarstruktuur on aluseks valkude põhifunktsioonidele. (Zilmer jt 2001: 44-46) Joonis 2.1 Primaarstruktuuri mudel. 2.2. Sekundaarstruktuur Sekundaarstruktuur on peamiselt vesiniksideme abil fikseeritudruumikujund. Selle põhivormideks on -heeliks ja -struktuur. -heeliksit iseloomustab polüpeptiidahela paremale pöörduv helitaseerunud konformatsioon ja vesiniksidemete rohkus. -struktuuri iseloomustab peamiselt vesiniksidemete abil kujunenud kihilis-voldiline konformatsioon. (Zilmer jt 2001: 47-48) Joonis 2.2.1. Joonis 2.2.2. 5 2.3. Tertsiaarstruktuur Tertsiaarstruktuur joonisel on kerajas-ellipsoidne või niitjas kolmemõõtmeline konformatsioon
külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Piiratud proteolüüsi viivad läbi näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin, pepsiin, mis produtseerivad enamasti peptiide. Subtilisiin, savinaas ja alkalaas on bakteriaalsed proteaasid, mis lagundavad praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Kõik ülalnimetatud on endopeptidaasid. Ensüümi toimimise optimaalse keskkonna järgi eristatakse hapusid (pH ~2,5), neutraalseid (pH ~7,2) ja leelisproteaase (pH ~9,0). Aktiivtsentri ehituse järgi jaotatakse proteaasid põhiliselt seriin-, tiool-, aspartaat- ja metalloproteinaasideks. Proteaasi aktiivsuse objektiivseks
· Trüpsiin (R1= Lys, Arg; R2 Pro) · Kümotrüpsiin (R1 = Tyr, Phe, Trp, Leu, Ile, Val; R2 Pro) · Pepsiin (R1 = Phe, Leu, ja paljud teised; R2 Pro) Samas aga paljud bakteriaalsed proteaasid, nagu subtilisiin, savinaas, alkalaas jt omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Kõik ülalnimetatud proteaasid kuuluvad endopeptidaaside rühma. Eksopeptidaaside esindajateks on karboksüpeptidaasid (R2 = C-terminaalne aminohape) ja aminopeptidaasid (R1 = N-terminaalne aminohape), mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH 2,5),
keskkonnaga (Zilmer… joon.11, lk. 37) SEKUNDAARSTRUKTUURI Β-HEELIKS (PÕHILISELT FIBRILLAARSETE VALKUDE 3D ALUSEKS) Kihilis - voldiline struktuur, mida tagavad: Peamiselt H-sidemed – lühikestes polüpeptiidides ahelasiseselt, pikkades polüpeptiidides ka naaberahelate vahel AH-jääkide R-rühmade vahelised hüdrofoobsed jõud Elektrostaatilised jõud erinimelise languga R- rühmade vahel Tertsiaalstruktuur -aktiivne, funktsiooni täitev valk (3D) – polüpeptiidahela spetsiifiline ülitihe kokkupakkimine, tagab valgu biofunktsiooni Kerajas-ellipsoidne (gloobul, globulaarsed valgud, enamus valke, kõik ensüümid) Niitjas (fibrill, fibrillaarsed valgud – kolageen, lihasvalgud) Baasinfo kokkupakkimiseks – primaarstruktuuris Kokkupakkimise protsessi osalevad Polüpeptiidahela seostusvalgud AH-jääkide R- rühmade vastastikused omavahelised toimed ja veemolekulidega (AH hüdrofiilsed rühmad
Primaarstruktuur valgu primaarstruktuuri määrab aminohappejääkide järjestus polüpeptiidahelas: heteropolümeeri jääkide rida, mis algab vaba aminorühma sisaldava aminohappejäägiga ja lõpeb vaba karboksüülrühma sisaldava aminohappejäägiga. Valkude struktuur ja bioloogiline eripära pole kunagi määratud ainult primaarstruktuuriga, vaid sõltub ka lülide ruumilisest paigutusest jt konformatsioonilistest erisustest. Sekundaarstruktuur polüpeptiidahela kurrutusviis (ruumiline kordusstruktuur, nt -heeliks) - heeliks: iga kurvisammu kohta 3,7 aminohappejääki; NH- ja CO-rühmad on seotud vesiniksidemetega.. Tertsiaarstruktuur tingitud ristsidemetest ahelas.
Töö teoreetilised alused Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi reaktsiooni valkudes ja peptiidide, produtseerides madala molekulmassiga peptiide ja vabu aminohappeid. Proteaasi leidub kõigis organismides, kuna nad osalevad erinevate funktsioonide täitmises. Näiteks toiduvalkude seedimises ja kõrgreguleeritud ensüümireaktsioonide kaskaadides. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo- ja eksopeptidaase: · Eksopeptidaasi esindajateks on karboksüpeptidaasid ja aminopeptidaasid- need lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. · Endopeptidaasideks on näiteks savinaasi, alkalaasi omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid.
Liitvalgud c) Kromoproteiidid mittevalguline osa on värvaine. Tuntuimad on hemoglobiin ja lihastele punase värvi andev müoglobiin. d) Glükoproteiidid sisaldavad glükoosijääki e) Lipoproteiidid sisaldavad rasvhappejääki Valkude ehitus · Valkude ehituses eristatakse neli struktuuritasandit: 1) Primaarne str näitab ära valkude aminohappelise järjestuse 2) Sekundaarna str iseloomustab valgu polüpeptiidahela keerdumist -heeliksiks või paigutust ß-struktuuriks mõlema puhul on AH-d valgu sees seotud vesiniksidemetega. 3) Tertsiaarne str erinevate lisasidemete (vesinikside, ioonsed sidemed jt) abil kokku pakitud gloobuliks (ümar) või fibrilliks (niitjas). 4) Kvaternaarne str ei esine kõigis valkudes - selle puhul on mitu polüpeptiidahleat (millel on tertsiaarne str) omavahel ühendatud. Valkude omadused · Füüsikalised omadused:
suuresti. 2. Konfiguratsiooni muutmiseks tuleb lõhkuda olemasolevad ja luua uued kovalentsed sidemed. Konformatsioonid tekivad üksiksidemet vaba rotatsiooni tulemusena. Valkude arhitektuurilised struktuuritasemed: Primaarstruktuur aminohappejärjestus polüpeptiidis, kovalentsed sidemed. Sekundaarstruktuur valgu lokaalsed struktuuriühikud vesiniksidemed lähestikku asuvate aminohappejääkide vahel. Tertsiaarstruktuur valgu polüpeptiidahela üldine 3-mõõtmeline pakkimin. Kvaternaarstruktuur polüpeptiidsete subühikute omavaheline asetus multimeerse valgu molekulis. Aminohappeline järjestus on igale valgule omane unikaalne tunnus, mis on kodeeritud vastava geeni nukleotiidse 3 järjestusega. Loetav N-terminusest C-terminuse poole.
67. Kirjeldage translatsiooni elongatsiooniprotsessi. 1) Aminoatsüül-tRNA seondub ribosoomi A-saiti, paardudes antikoodonjärjestuse kaudu parasjagu A-saidis asuva koodonjärjestusega mRNA molekulis. Selleks peab aminoatsüül- tRNA olema assotsieerunud elongatsioonifaktoriga EF-Tu, mis on seotud GTP-ga. 2) Peptiidsideme moodustumine ribosoomi A-saidis asuva aminoatsüül-tRNA aminorühma ja ribosoomi P-saidis asuva tRNA-ga seotud kasvava polüpeptiidahela viimase aminohappe karboksüülrühma vahel. Selle tulemusena vabaneb kasvav polüpeptiidahel tRNA-st P-saidis ja seotakse kovalentselt tRNA-ga, mis asub A-saidis. Reaktsiooni katalüüsib peptidüültransferaas, mille aktiivsus on tagatud ribosoomi 50S subühikus asuva 23S rRNA molekuli poolt. Peptiidsideme moodustumiseks on vaja EF-Tu koostises oleva GTP hüdrolüüsi. Peale GTP hüdrolüüsi vabaneb EF-Tu~GDP ribosoomilt. Tagasi aktiivsesse vormi
Kindla järjestusega polüpeptiidil on kõrge hind entroopia näol 41. Ligikaudu mitu erinevat valku on inimeses? 50000 42. Teatud juhtudel võib valkudes esineda fosforüleeritud seriinijääk. Kas seriinijäägi fosforüleerimine toimu enne või pärast seriini lülitamist polüpeptiidahelasse? Pärast seriini lülitamist 43. Millist polümeeri struktuuri tasandit määratakse sekveneerimise abil? Primaar 44. Kas peptiidsideme ümber on võimalik polüpeptiidahela vaba pöörlemine? Põhjendage. Ei ole 45. Joonistage toodud aminohapete baasil dipeptiid trans konfiguratsioonis ?? 46. Näidake (noolega) milliste sidemete ümber on võimalik polüpeptiidahela vaba pöörlemine. Polüpeptiidahela pöörlemine on võimalik ainult N - C ja C C sidemete ümber 47. . Millised regulaarsed interaktsioonid stabiliseerivad valkude sekundaarstruktuuri elemente? Vesiniksidemed 48
aminohappespetsiifilist kõrvalahelat. Kõrvalahela varieeruvusega määrataksegi valkude tohutu struktuurne ja funktsionaalne mitmekesisus. Kõrvalahelaid on 4 tüüpi: Hüdrofoobsed ehk mittepolaarsed- valgu sisepinnal Hüdrofiilsed ehk polaarsed- valgu välispinnal Happelised ehk negatiivse laenguga- valgu välispinnal Aluselised ehk positiivse laenguga- valgu välispinnal On polüpeptiidahela monomeerideks. Aminohappeid tähistatakse kolmetäheliste lühenditega. 16. Valkude lühiiseloomustus. Valgud moodustavad keskmiselt 15% rakkude kogukaalust ja 55% kuivmassist. Valgud koosnevad polüpeptiididest, iga polüpeptiid on kodeeritud geeni poolt. Erinevaid aminohappeid on valkudes umbes 20. Valke sünteesitakse raku tsütoplasmas paiknevates ribosoomides. Kahe aminohape reageerimisel moodustub nende vahele kovalentne side ehk peptiidside, eraldub vee molekul. Valgu molekulis
tripletid: UUU ja UUC. Leutsiinile (Leu) aga CUC, CUU, CUA, CUG jne Pidevus- polünukleotiidahelas ei ole koodonid üksteisest mingil viisil eraldatud, vaid järgnevad vahetult üksteisele Kattumatus-iga nukkleotiid kuulub ainult ühte koodonisse Kolineaarsus-koodonite järjestus mRNAs ja aminohappejääkides on kõrvutatav, sünonüümsus-ühte aminohapet võib kodeerida mitu tripletti Terminaatorkoodonid-nende koodonite funktsiooniks on polüpeptiidahela sünteesi lõpetamine ja ahela vabastamine ribosoomilt. Need koodonid ei määra ühtegi aminohapet (nonsenss) Ühetähendlikkus- koodonid määravad alati ühtede ja samade aminohapete koha polüpeptiidahelates Universaalsus-tõestab põlvnemist *Eluea jooksul isendi genotüüp ei muutu Mutatsioonid: DNA struktuuri muutused Punktmutatsioon-lämmastikaluse muutus DNAs Polümorfism-kui mutatsiooni sagedus popuatsioonis >1%
Piiratud proteolüüsi viivad läbi ja produtseerivad põhiliselt peptiide järgmised proteaasid: · Trüpsiin (R1 = Lys, Arg; R2 Pro) · Kümotrüpsiin (R1 = Tyr, Phe, Trp, Lei, Ile, Val; R2 Pro) · Pepsiin (R1 = Phe, Leu, ja paljud teised; R2 Pro). Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Kõik ülalnimetatud proteaasid kuuluvad endopeptidaaside rühma. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH 2,5), neutraalseid (pH 7,2) ja leelisproteaase (pH 9,0). Olulisekd proteaaside klassifikatsiooni aspektiks on aktiivtsentri ehitus ja sellest tulenev ensüümi toimemehhanism.
proteolüüs) ja teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele (s.o piiramatu proteolüüs). Piiratud proteolüüsi puhul lõhustavad proteaasid vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid, seda viivad läbi trüpsiin, kümotrüpsiin ja pepsiin. Piiramatul proteolüüsil toimivad proteaasid kõikidele peptiidsidemetele. Subtilisiin, savinaas ja alkalaas lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid. Eristatakse endo- ja eksopeptidaase sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiididele. Endopeptidaasid on trüpsiin, kümotrüpsiin, pepsiin, subtilisiin, savinaas, alkalaas. Eksopeptidaaside esindajateks on karbosküpeptidaasid ja aminopeptidaasid. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH=2,5), neutraalseid (pH=7,2) ja leelisproteaase (pH=9,0). Proteaasi aktiivsuse määramine põhineb kaseiini hüdrolüüsil uuritava proteaasi toimel ja
Kuna proteaas täidab väga paljusid füsioloogilisi funktsioone, leidub seda kõikides organismides. Mõned protelüütilised ensüümid lõhustavad spetsiifilisi peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), mida viivad läbi näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin ja pepsiin, ja mõned lõhustavad kõiki peptiidsidemeid (piiramatu proteolüüs), milleks on näiteks paljud bakteriaalsed proteaasid nagu subtilisiin, savinaas, alkalaas jt. Proteaase jagatakse ka selle alusel, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele – endo-ja eksopeptidaasid. Ensüümi toimimise järgi jaotuvad need hapudeks (pH=2,5), neutraalseteks (pH=7,2) ja leelisproteaasideks (pH=9,0). Aktiivtsentri ehitusest tuleneb ensüümi toimemehhanism. Neli peamist rühma on seriin-, tiool-, aspartaat- ja metalloproteinaasid. Ensüümi proteolüütilise aktiivsuse ühikuks 1 µkat loetakse sellist ensüümi hulka, mis põhjustab 1 µmooli peptiidsidemete hüdrolüüsi või 1 µmooli aminohapete
peptiide ja vabu aminohappeid. Proteaasid on laialt levinud organismides, sest nad osalevad mitmete füsioloogiliste rollide täitmisel. Eristatakse proteolüütilisi ensüüme, mis toimivad kõikidele peptiidsidemetele ja on ka spetsiifilisi, mis lõhustavad vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (nn piiratud proteolüüs, nt trüpsiin, kümotrüpsiin ja pepsiin). Eristatakse ka endo- ja eksopeptidaase, vastavalt sellele, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele. Optimaalse pH väärtuse järgi eristatakse hapusid, neutraalseid ja leelisproteaase. Oluline klassifikatsiooni aspekt on ka aktiivtsentri ehitus ja sellest tulenev toimemehhanism, 4 peamist rühma on: seriin-, tiool-, aspartaat- ja metalloproteinaasid. Proteaaside aktiivsus avaldatakse valgu hüdrolüüsil vabanevate produktide kaudu. Proteaasi aktiivsuse määramise meetod põhineb kaseiini hüdrolüüsil uuritava proteaasi toimel
sünteesi kindla aminohappe järhestusega valgus. 41. Ligikaudu mitu erinevat valku on inimeses? a) 500 b) 5000 c) 50000 42. Teatud juhtudel võib valkudes esineda fosforüleeritud seriinijääk. Kas seriinijäägi fosforüleerimine toimub enne või pärast seriini lülitamist polüpeptiidahelasse? 43. Millist polümeeri struktuuri tasandit määratakse sekveneerimise abil? a) primaar b) sekundaar c) tertsiaar d) kvaternaar 44. Kas peptiidsideme ümber on võimalik polüpeptiidahela vaba pöörlemine? Põhjendage. V: Kuna peptiidsidemel on suuresti kaksiksideme iseloom, siis ei ole peptiidsidemes C-N vahelise sideme ümber võimalik aatomite vaba pöörlemine. 45. Joonistage toodud aminohapete baasil dipeptiid trans konfiguratsioonis. (võivad olla erinevad aminohapped). Histidiin fenüülalaliin 46. Näidake (noolega) milliste sidemete ümber on võimalik polüpeptiidahela vaba pöörlemine.
1. Valkude ehitusprinsiibid: 1) Primaar- e esmane struktuur AH suhteline hulk ja järjestus polüpeptiidahelas, mis on geneetiliselt määratletud. On aluseks kõikide kõrgemat järku struktuuride moodustamisele. Siduvaks sidemeks on peptiidside, teised sidemed esinevad ebakorrapäraselt. Selles võib peituda geneetiline viga. 2) Sekundaarstruktuur esineb kahel kujul: · polüpeptiidahela kokkukeerdumisel spiraaliks. Stabiliseerivateks sidemeteks on molekulisisesed H-sidemed; · -struktuur esineb kahe variandina: a) üks polüpeptiidahel voltub mitmekordselt üksteise kohal kokku. Stabiliseerivateks sidemeteks on molekulisisesed H-sidemed; b) mitu polüpeptiidahelat voltuvad paralleelselt ja nad asuvad kohakuti. Stabiliseerivateks sidemeteks on molekulisisesed H-sidemed;
Proteolüütilistel ensüümidel on erinevad toimespetsiifikad, osad lõhustavad vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid, teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele. Piiratud proteolüüsi viivad läbi näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin ja pepsiin, praktiliselt kõiki peptiidsidemeid valkudes lagundavad subtilisiin, savinaas ja alkalaas ning produtseerivad sellega ka vabu aminohappeid. Eristatakse endo- ja eksopeptidaase vastavalt sellele, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid, neutraalseid ja leelisproteaase. Oluliseks proteaaside kvalifikatsiooni aspektiks on aktiivtsentri ehitus ning sellest tulenevalt ka ensüümi toimemehhanism. Kuna hüdrolüüsunud peptiidsidemete hulka ei saa otseselt mõõta, siis proteaaside aktiivsus avaldatakse valgu hüdrolüüsil vabanevate produktide ehk aminohapete ja peptiidide hulga kaudu.
mehhanismide toimel) Paralleelne Antiparalleelne Tertsiaarstruktuur (polüpeptiidahela spetsiifiline kokku pakkimine: polaarsed aminohapped pinnal- transpordimiseks; hüdrofoobsed - sees): globulaarne (nt.insuliin) või fibrillaarne (nt.keratiin, kollageen) Kvaternaarstruktuur: vähemalt kahe tertsiaarstruktuuri subühiku kompleks (nt.hemoglobiin) 2.3 Millised sidemed omavad määravat rolli valkude kõrgemate struktuuritasemete moodustumisel?
lõhustavad vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs). Sellised on näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin ja pepsiin, mis produtseerivad põhiliselt peptiide. Samas paljud bakteriaalsed proteaasid, nagu näiteks subtilisiin, savinaas, alkalaas, omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid ning produtseerides vabu aminohappeid (piiramatu proteolüüs). Olenevalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse vastavalt endo- ja eksopeptidaase. Kõik eelnimetatud proteaasid kuuluvad endopeptidaaside hulka. Eksopeptidaasid on karboksüpeptidaasid ja aminopeptidaasid, mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimise optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH ~2,5), neutraalseid (pH ~7,2) ja leelisproteaase (pH ~9,0)
kontraktsioon aktiin, müosiin, tubuliin, kinesiin kaitse immunoglobuliinid adapter (kohandaja) AKAP'id hormon. sign. ülekandes eksootilised antifriisvalgud kalades *Primaarstruktuur aminohapete järjestus polüpeptiidahelas. Struktuuri alus - kovalentsed peptiidsidemed aminohappejääkide vahel *Sekundaarstruktuur polüpeptiidahela lokaalsed struktuuriühikud. Seotud ainult H-sidemetega lähestikku paiknevate, peptiidsidemetesse kuuluvate amiidse NH ja karbonüülse =O vahel *Tertsiaarstruktuur polüpeptiidahela üldine 3-D pakkimine. a-heeliksid ja b-lehed pakitakse tihedalt üksteise kõrvale, kuid nad moodustavad vaid ~75% gloobuli mahust, jääkide vahel on tühi ruum. Kiud või globullaarsed. * Kvaternaarstruktuur viis, kuidas monomeersed subühikud on omavahel
Enamasti algab eukarüootides translatsioon esimeselt AUG koodonilt 67. Kirjeldage translatsiooni elongatsiooniprotsessi. 1) Aminoatsüül-tRNA seondub ribosoomi A-saiti, paardudes antikoodonjärjestuse kaudu parasjagu A-saidis asuva koodonjärjestusega mRNA, olles assotsieerunud elongatsioonifaktoriga EF-Tu, mis on seotud GTP-ga (2) Peptiidsideme moodustumine ribosoomi A-saidis asuva aminoatsüül-tRNA aminorühma ja ribosoomi P-saidis asuva tRNA-ga seotud kasvava polüpeptiidahela viimase aminohappe karboksüülrühma vahel Selle tulemusena vabaneb kasvav polüpeptiidahel tRNA-st P-saidis ja seotakse kovalentselt tRNA-ga, mis asub A-saidis. Reaktsiooni katalüüsib peptidüültransferaas mille aktiivsus on tagatud ribosoomi 50S subühikus asuva 23S rRNA molekuli poolt. Peptiidsideme moodustumiseks on vaja EF-Tu koostises oleva GTP hüdrolüüsi, vabaneb EF-Tu~GDP. Tagasi aktiivsesse vormi viib EF-Tu~GDP elongatsioonifaktor EF-Ts: protsessi käigus hüdrolüüsitakse
prosteetiliseks rühmaks. Sõltuvalt mitte-AH osast jaotatakse valgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks. Valkude arhidektuuris eristatakse nelja struktuuritasandit: - Primaarstruktuur – aminohappe järjestus polüpeptiidis – kovalentsed (peptiid-ja disulfiid-) sidemed - Sekundaarstruktuur – valgu lokaalsed struktuuriühikud – vesinik sidemed lähestikku asuvate AHjääkide vahel. Polüpeptiidahela mingi osa lokaalne konformatsioon, mis on stabiliseeritud vesiniksidemetega aminorühma vesiniku ja karbonüülrühma hapniku vahel. Valgu sekundaarstruktuur kirjeldab, kuidas polüpeptiidahel ennast ruumiliselt paigutab. Levinumad sekundaarstruktuuri tüübid on a-heeliks ( valk on keerdunud spiraalina) ja b-voldik ehk leht ( ahela osad paiknevad kõrvuti). - Tertsiaarstruktuur – valgu polüpeptiidahela üldine kolmemõõtmeline pakkimine
VALKUDE RUUMILISED STRUKTUURID 1. Sekundaarstruktuur vesiniksidemetega (tekivad peptiidsideme koostisesse kuuluvate amiidrühma H ja karbonüülrühma O aatomite vahel) fikseeritud polüpeptiidahela teatud lõikude konformatsioon ehk ruumiline struktuur. Sekundaarstruktuur kirjeldab, kuidas polüpeptiidahel ennast ruumiliselt paigutab. Sekundaarstruktuuri tüübid: · heeliks.. Valk on keerdunud spiraalina. Põhilised parameetrid: o Jääke pöörde kohta: 3,6 o Tõus jäägi kohta: 1,5 o Tõus pöörde kohta (samm): 3,6 1,5 = 5,4 o (väändenurk C -C sideme ümber) = - 45°
Mõned lõhustavad spetsiifilisi, teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu protelüüs). Paljud bakteriaalsed proteaasid, nagu subtilisiiin, savinaas, alkanaas jt omavad nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid. Ka mina kasutasin selles katses sellist proteaasi, alkanaasi. Kui proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele peptiidsidemetele on tegemist endopeptidaasiga, kui otsmistele, siis eksopeptidaasiga. Selles katses kasutasin endopeptidaasi. Eksopeptidaasid on näiteks karboksüpeptidaasid ja aminopeptidaasid, mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N- terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimise optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH=2,5), neutraalseid (ph=7,2) ja leelisproteaase (pH=9,0).
peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Piiratud proteolüüsi viivad läbi ka produtseerivad põhiliselt peptiide järgmised proteaasid: · Trüpsiin · Kümotrüpsiin · Pepsiin Paljud bakteriaalsed proteaasid (nt subtilisiin, savinaas, alkalaas) omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid. Eristatakse endo ja eksopeptidaase, vastavalt sellele, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele. Kõik üleval pool nimetatud proteaasid on endopeptidaasid. Eksopeptidaasid on karboksüpeptidaasid ja aminopeptidaasid, mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid , neutraalseid ja leelisproteaase . Oluline proteaaside klassifikatsiooni aspekt on aktiivtsentri ehitus (millised aminohapped
Tähenduslikud mutatsioonid on mutatsioonid, mille puhul muutub koodoni tähendus, geneetilise informatsiooni sisu DNA molekulis. Tahenduslikud mutatsioonid võivad tekkida kolmel põhjusel: a) nukleotiidipaari(de) valjalangemine - mikrodeletsioon; b) nukleotiidipaari(de) lisandumine - insertsioon; c) nukleotiidipaari(de) asendumine - asendusmutatsioon. Sünonüümsed mutatsioonid, mil koodon asendub sünonüümse koodoniga ja polüpeptiidahela aminohappejärjestus ei muutu. Mutatsioone võib indutseerida ka rea keemiliste ainetega ja ioniseeriva kiirgusega (röntgen , ultraviolett- ja radioaktiivse kiirgusega). Röntgenkiirguse mutageenne toime avastati juba kahekümnendatel aastatel. Kiirguse toime DNAle pole aga praegugi lõplikult selge. Kiirguse mutageenne toime on kumuleeruv: mutatsioonisageduse tõusu seisukohalt on ükskõik, kas organism saab teatud kiirgusdoosi lühikese või pikema aja jooksul
7. Regulaatorvalkude olulisemad alaklassid pro- ja eukarüootsel geeniregulatsioonil? Heeliks-pööre-heeliks motiiviga valgud. Homeodomääni valgud. Tsinksõrme sisaldavad valgud. Aluselised leutsiini-tõmblukku sisaldavad valgud. Aluselised heeliks-ling-heeliks valgud. POU-domääni valgud. Steroidhormoonide retseptorid 8. Iseloomusta heelixlingheelix regulaatorvalgu ehitust joonisena ja kirjelda funktsiooni? Kaks -heeliksit [polüpeptiidahela spiraalne sekundaarne struktuur], mis on ühendatud pikema, painduva aminohappelise linguga. Selline ehitus võimaldab heeliksite vaba ruumilist liikumist. Aluselised valgud seondumine DNA-ga toimub 15 aminohappe pikkuse aluselise piirkonna kaudu. Homodimeersed (seondunud on 2 ühesugust valgumolekuli) helix-ling-helix valgud ei seondu hästi DNA-ga, vaid positiivsete või negatiivsete regulaatorvalkudega, stimuleerides või inhibeerides transkriptsiooni
väljalangemise korral koodonist loetakse koodonisse järgneva tripleti esimene nukleotiid, mille tagajärjel muutub kogu informatsioon. 3. Kattumatus. Iga nukleotiid kuulub ainult ühte koodonisse. Kattumatusest tuleneb asjaolu, et aminohapete järjestus polüpeptiidahelas on üksteisest sõltumatu. 4. Kolineaarsus. Koodonite järjestus mRNA-s ja aminohappejääkide järjestus polüpep- tiidahelas on lineaarselt kõrvutatavad. 5. Terminaatorkoodonid. Nende koodonite funktsiooniks on polüpeptiidahela sünteesi lõpetamine ja ahela vabastamine ribosoomilt. Need koodonid ei määra ühegi aminohappe kohta polüpeptiidahelas (nonsenss-koodonid). Neid on kolm ja nad on nimetatud järgmiselt: UAG - merevaik, UAA - ooker ja UGA - opaal. 6. Ühetähenduslikkus. Koodonid määravad alati ühtede ja samade aminohapete koha polüpeptiidahelas, seda kõigis olukordades 7. Sünonüümsus. Üht ja sama aminohapet võib kodeerida mitu tripletti (2...6). Ainult
ära mRNA 5' cap otsa, sest sinna on seondunud spetsiifilised initsiaatorvalgud. seejärel liigub initsiaator - grupp piki mRNAd kuni valgusünteesi initsiaatorkoodonini AUG - , mis reeglina peab asuma ka spetsiifilises järjestuses (Kozaki konsensus - soodustab translatsiooni initsiatsiooni).NB! mRNA eukarüoodil on reeglina (>90%) monotsistroonne, s.t. kodeerib ühte valku (prokarüoodil polütsistroonne). II Elongatsioon; toimub polüpeptiidahela pikenemine kuni stop koodonini (UAA või UAG või UGA).III Terminatsioon toimub, kui translatsioon jõuab mRNA ahelas stop koodonini. järgneb valgu, mRNA ja tRNA vabanemine ribosoomi subühikute eraldumine. Sellega on lõppenud valgusünteesi ribosoomi tsükkel.Järgneb valgu post translatsiooniline töötlus, mille tulemusena valk pakitakse õigesti kokku. 11. Valgu ja polüpeptiidi erinevus
tüüpiline vähirakkudele). Molekulaarne komplementaarsus tähendab, et igale ligandile on spetsiifiline retseptor. Valkude post-translatoorne modifitseerimine 1. Mis on valkude post-translatoorsed modifikatsioonid, milliseid muutusi nad hõlmavad? Post-translatoorsedmodifikatsioonid (PTMid) on valkude lisatud muutused peale valgu sünteesi. PTMid hõlmavad kas aminohapete külgahelate kovalentseid muutusi või polüpeptiidahela peaahela muutusi. 2. Nimetage tuntumaid post-translatoorseid modifikatsioone (vähemalt 5)! Ning lisage, kas need modifikatsioonid on pöörduvad või pöördumatud? Fosforüülimine, atsüleerimine, metüleerimine, glükosüülimine, ubikvitüleerimine => pöörduvad. 3. Milliseid aminohappejääke eukarüootides fosforüülitakse? Milliseid prokarüootides? Eukarüootides: Seriin, Treoniin, Türosiin. Prokarüootides: + Histidiin, Asparatraat. 4
Valgu järjestuselt RNAd sünteesida ei ole võimalik! Geneetiline info säilib, kandudes põlvkonnast põlvkonda edasi nukleiinhappelt nukleiinhappele. Geneetiline info kandub edasi organismi geenide avaldumisel DNA-lt valkudesse. 56. RNA tüübid: tRNA, rRNA, mRNA, snRNA ja nende funktsioonid. 33 1. mRNA – RNA molekulid, millelt toimub translatsioon. Messenger RNA 2. tRNA – Osalevad polüpeptiidahela ehk valgu sünteesil (translatsioonil) mRNAs oleva nukleotiidse järjestuse põhjal, kannavad aminohapped ribosoomi. Transfer RNA. 3. rRNA - Ribosomaalsed RNA molekulid kuuluvad ribosoomide koostisesse. Ribosomaalse RNA geenide transkriptsioonitase on rakkudes kõrge 4. snRNA - Väikesed tuuma RNA-d osalevad intronite splaissingul. Small nuclear RNA 57. Mille poolest erineb transkriptsioni initsiatsioon replikatsiooni initsiatsioonist?
Vahest leiab kasutust ka valkude adenülüleerimine ja ADP-ribosüleerimine Proteolüütiline aktivatsioon: pankrease proteaasid Proteolüütiline aktivatsioon hõlmab eellasmolekuli polüpeptiidahela mingi osa eemaldamist Seedeensüümid: trüpsiin, kümotrüpsiin, elastaas ja karboksüpeptidaas Sünteesitakse pankreases inaktiivsete eellasmolekulidena zümogeenid Kaksteistsõrmikus esinev proteaas enteropeptidaas aktiveerib proteolüütiliselt trüpsinogeeni Aktiivne trüpsiin aktiveerib juba kõik ülejäänud zümogeenid Trüpsiin on võimeline aktiveerima ka iseenda eellast trüpsinogeeni
Valk on 3D mõõtmelise struktuuriga polüpeptiidahelad, sageli olemas ka kvaternaarsstruktuur. Valkude järjestuses eristatakse N- ja C- terminust (vaba amino rühm, või vaba karboksüülrühm). Valk kasvab alati N- terminusest C-terminusse. Dalton on aatommassiühik, s.o mikroosakeste massi mõõtühik, 1/12 süsiniku isotoobi C-12 aatommassist. 1 da = 1/N A (NA on avogadro arv). 3. Valgu struktuuritasemed, interakstsioonid, mis stabiliseerivad struktuure Sekundaarstruktuur on polüpeptiidahela mingi osa lokaalne konformatsioon, mis on stabiliseeritud vesiniksidemetega amiidrühma vesiniku ja karbonüülrühma hapniku vahel. Tertsiaarstruktuur on kogu polüpeptiidahela kolmemõõtmeline struktuur. Valgud pakitakse nii, et tekiksid kõige stabiilsemad struktuurid (palju vesiniksidemeid ja minimaalne kontakt solvendiga). Kvaternaarstruktuur on viis kuidas monomeersed subühikud on omavahel ühendatud multimeerseks valgu molekuliks.
Primaarstruktuuri mõiste ja iseloomustus. Konformatsioon valgu ruumiline struktuur Konfiguratsioon näitab aatomite (molekulide) paigutust ruumis. Struktuur jääb samaks. Valkude arhidektuuris eristatakse nelja struktuuritasandit: - Primaarstruktuur aminohappe järjestus polüpeptiidis kovalentsed sidemed - Sekundaarstruktuur valgu lokaalsed struktuuriühikud H-sidemed lähestikku asuvate aminohappejääkide vahel - Tertsiaarstruktuur valgu polüpeptiidahela üldine 3-mõõtmeline pakkimine - Kvaternaarstruktuur polüpeptiidsete subühikute omavaheline asetus multimeerse valgu molekulis Primaarstruktuur Def: Peptiidsidemete abil seotud aminohapete järjestus ja üldarv polüpeptiidahelas. Antud polüpeptiid koosneb 22. aminohappest. 20 aminohappe baasil võib tekkida erineva järjestusega tripeptiide 203 = 8000, heksapeptiide 208 = 64 milj. Kuna valkudes on 100 kuni 1000 ja enamgi aminohapet siis võimalike polüpeptiidide
67. Kirjeldage translatsiooni elongatsiooniprotsessi. 1. Aminoatsüül-tRNA seondub ribosoomi A-saiti, paardudes antikoodonjärjestuse kaudu parasjagu A-saidis asuva koodonjärjestusega mRNA molekulis. Selleks peab aminoatsüül-tRNA olema assotsieerunud elongatsioonifaktoriga EF-Tu, mis on seotud GTP-ga. 2. Peptiidsideme moodustumine ribosoomi A-saidis asuva aminoatsüül-tRNA aminorühma ja ribosoomi P-saidis asuva tRNA-ga seotud kasvava polüpeptiidahela viimase aminohappe karboksüülrühma vahel. Selle tulemusena vabaneb kasvav polüpeptiidahel tRNA-st P-saidis ja seotakse kovalentselt tRNA-ga, mis asub A-saidis 3. Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga
g) Liikumis- ja energeetilist funktsiooni 5. Valkude primaarstruktuur, valgu süntees. Valkude primaar e. esmane struktuur - AH suhteline hulk ja järjestus polüpeptiidahelas, mis on geneetiliselt määratletud. On aluseks kõikide kõrgemat järku struktuuride moodustamisele. Siduvaks sidemeks on peptiidside, teised sidemed esinevad ebakorrapäraselt. Valgusüntees · Sünteesi initsieerimise käigus seostub ribosoom oma valkude abil mRNA-ga viimase 5 ´-otsa lähedal. Polüpeptiidahela süntees algab N-otsast, st mRNA loetakse suunas 5´- 3 ´ · Aminohapetes tekib aminoatsüül-tRNA sünteesi ja ATP toimel aktiivvorm mis trantsporditakse ribosoomile, seostub seal sidumiskohtadega ning tRNA antikoodoni ja mRNA koodoni komplementaarsus paneb paika õige aminohappejäägi. Ribosoomivalkudel on peptiidsidet tekitav ensüümaktiivsus. Ahela pikenemist soodustavad tsütoplasma valgulised pikendamisfaktorid.
Seriini fosforüleerimine ATP poolt kas aktiveerib või passiveerib valku, näit. glükogeeni fosforülaasi. 43.(138) Millist polümeeri struktuuri tasandit määratakse sekveneerimise abil? a) primaar b) sekundaar c) tertsiaar d) kvaternaar 44.(139) Kas joonisel on kujutatud valgu primaar, sekundaar, tertsiaar või kvaternaarstruktuur? (võivad olla erinevad joonised). Vaadake "Valkude struktuur" joonis 7.27 45.(140) Kas peptiidsideme ümber on võimalik polüpeptiidahela vaba pöörlemine? ei ole 46.(141) Joonistage toodud aminohapete baasil dipeptiid trans konfiguratsioonis. (võivad olla erinevad aminohapped). Sarnaselt C=C kaksiksidemele võivad ka peptiidsidemega külgnevad koplanaarsed grupid asetseda teineteise suhtes kas, cis või trans konfiguratsioonis. Peptiidside on oma struktuurilt planaarne ja eelistatud on peptiidsideme trans vorm. Cissamal "pool", Transdiagonaalis erinevatel "pooltel" 47
annaabi.ee 
