Valkude ruumilised struktuurid (1)

Sarnased õppematerjalid

48

pdf

Biokeemia I test

Kreeni ja T. Randla koostatud ,,Biokeemia õppematerjal" I, II, III ja IV osadest ning kasutades internetti. Sinul pole selle faili üle õigusi! Ära levita edasi! BIOKEEMIA AINE. RAKU EHITUS 2 VESI JA VESILAHUSED. TERMODÜNAAMIKA ALUSED 6 AMINOHAPPED. PEPTIIDID 9 PRIMAARSTRUKTUUR. VALKUDE ISELOOMUSTUS JA BIOLOOGILINE ROLL 14 VALKUDE RUUMILISED STRUKTUURID 16 SISSEJUHATUS ENSÜMOLOOGIASSE 21 ENSÜÜMIKINEETIKA 25 ENSÜÜMIKATALÜÜSI KEEMILISED MEHHANISMID 30

Biokeemia

9

pdf

Biokeemia I testiks

1 aminohapete katabolism. Lehekülg Lüsosoomid ­ hüdrolaaside eraldamine. Ribosoomid ­ valkude süntees Peroksioomid ­ aminohapete oksüdeerimine.  © MIHKEL HEINMAA, kevad 2010 Tsütoskelett ­ tagab raku kuju ja liikumisvõime. 4. Viirused on nukleiinhapete supramolekulaarsed kompleksid, mis on kapseldatud kattevalkudega (kapsiidid) ning mõningatel juhtude ümbritsetud membraaniga

Biokeemia

34

docx

BIOKEEMIA KORDAMISKÜSIMUSED

nelja klassi: 1. Valgud ehk proteiinid 2. Nukleiinhapped (DNA,RNA) 3. Süsivesikud ehk suhkrud 4. Lipiidid ehk rasvad (AINUKESED, MIS EI OLE BIOPOLÜMEERID!) Polümeerid - väga suured molekulid, mis koosnevad tuhandetest väiksematest omavahel ühendatud molekulidest ehk monomeeridest. Valgud ehk proteiinid on lineaarsed, hargnemata biopolümeerid, mille monomeerideks on aminohappejäägid (20 aminohapet). Valkude süntees toimub ribosoomides. Valkudel on organismis elutähtis roll, sest osalevad põhimõtteliselt kõikides bioloogilistes protsessides - Valgud on ensüümid, mis reguleerivad biokeemiliste reaktsioonide kiirust, valgud kaitsevad antikehade vastu, vastutavad rakuliikumise eest, kontrollivad kasvu jne. Aminohape koosneb amino(-NH2) ja karboksüül (-COOH) rühmast ning igale aminohappele iseloomulikust kõrvalahelast, mis moodustab omavaheliste peptiidsidemete abil valkusid

Biokeemia

30

docx

Biokeemia Eksami kordamine

Ka ­ happe dissotsiatsioonikonstant, tasakaalukonstant. HA = H+ + A- >= Ka = H+*A-/HA pKa ­ pH väärtus mille juures on hape pooles ulatuses dissotsieerunud. Puhver ­ vesilahused mille koostise muutudes tema parameeter säilitab püsiva väärtuse, nt puhvri pH väärtus ei muutu väikese koguse happe või aluse lisamisel. II. AMINOHAPPED. PEPTIIDID. (Õpik lk 35-44) 1. Aminohapped: molekuli ehitus, proteogeensete aminohapete üldarv, grupid tulenevalt keemilisest ehitusest, struktuurid, nimetused ning ühe- ja kolmetähelised koodid. Milliseid ebaharilikke aminohappeid teate? Valkude koostises on 20 alfa-aminohapet ehk proteogeenset aminohapet. Koosneb alfa- süsinikust, karboksüülruhmast, aminorühmast, kõrvalahelast. Kõrvalahelad erinevad suuruse, ruumilise kuju, fun.rühmade, laengu, vesiniksidemete moodustamise võime, hüdrofoobsuse ja keemilise reaktiivsuse poolest. (Fun.rühmad ­

Biokeemia

15

docx

Molekulaar - ja rakubioloogia I kontrolltöö kordamisküsimused

Aspartaat. Polaarsed: Türosiin, Histidiin, Lüsiin, Arginiin, Aspartaat, Glutamaat, Treoniin, Seriin, Aspargiin, Glutamiin. Mittepolaarsed: Alaniin, Valiin, Leutsiin, Isoleutsiin, Fenüülalaniin, Metioniin, Proliin, Trüptofaan. 2. Valemid Hüdrofiilsed aminohapped Hüdrofoobsed ja mittepolaarsed aminohapped  3. Peptiidside, C-ja N-terminus Peptiidside - kovalentne amiidside aminohapete vahel. Valkude primaarstruktuuri alus. Kondensatsioonireaktsioon, eraldub vesi. . Peptiidside on planaarne, osaliselt kaksiksidemelise olemusega- tänu resonantsefektile. Tagab ka peptiidsideme pikkuse 1,33A (vs.1,45A tavaline). Peptiidside on jäik ja samatasapinnaline- trans peptiidside. Osaliselt laetud: amiidrühma N on osaliselt positiivne, karbonüülrühma O osaliselt negatiivne. Keemiliselt väheaktiivne – stabllisus suur. Pro- tsükliline kõrvalahel välistab pöörde-cis peptiidsidemed- b-

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

30

docx

Biokeemia konspekt eksamiks

· Tuum ­ DNA replikatsioon, RNA transkiptsioon, tuumavalkude süntees · ER ­ lipiidide süntees, biosünteesitud biomolekulide suunamine nende lõplikku paika rakus. · Golgi kompleks ­ glükoproteiinide ja muude membraanikomponentide lõplik valmimine · Mitokondrid ­ tsitraaditsükkel, elektrontransport, rasvhapete ja püruvaadi oksüdatsioon, aminophapete katabolism. · Lüsosoomid ­ hüdrolaasid eraldamine · Ribosoomid ­ valkude süntees · Peroksioomid ­ aminohapete oksüdeerimine · Tsütoskelett ­ tagab raku kuju ja liikumisvõime. · Endoplasmaatiline võrgustik ­ kareda ja siledapinnaline ER. Valkude, fosfolipiidide süntees · Rakusein ­ säilitada raku vorm · Peroksüsoom ­ reaktsioonid, mille käigus vaba hapniku abi seotakse vesiniku aatomeid. Tekkiv vesinikperoksiidi kasut oksüdeerimisel. · Kloroplast - fotosüntees

Biokeemia

42

doc

Ensümoloogia alused. Kordamisküsimused

­ Spetsiifilised aktovaatorid-inhbiitorid ­ Produktpidurdus ­ Keskonnatundlikud konformatsioonimuutused ­ Kooperatiivsus ja allosteerika · Kompartmelisatsioon · Iga ensüüm paikneb kindlas raku piirkonnas või struktuuris ­ See tagab ensüümreaktsioonide eraldatuse ja kindla järjestuse · Substraadi ja kofaktorite kontsentratsioon Ensüümid - katalüütiliste omadustega valgud (lihtensüümid) või valkude kompleksid (liitensüümid). Ensüümid osalevad peaaegu kõikides biokeemilistes reaktsioonides elusorganismides. Nii kontrollivad ensüümid metaboolsete protsesside toimumise kiirust; ribosüümid - katalüüsivad ribonukleiinhapete hüdrolüüsi ja ümberesterifikatsiooni reaktsioone (RNA protsessing), mille käigus muudetakse primaarne RNA transkript mRNA- ks. Ribosoomi RNA katalüüsib peptiidsidemete moodustumist; absüümid - ehk katalüütilised

Ensümoloogia alused

10

doc

Biokeemia I KT

Aminohapetes on α-süsinik ja neli asendajat: karboksüülrühm, α-süsinik, α- aminorühm, kõrvalahel (R). Kõik on L-isomeerid (aminohape asub vasakul), sest ensüümid lülitavad polüpeptiidahelasse vaid L-aminohappeid. 15) Aminohapete hiraalsus:  Hiraalse ehk asümeetrilise tsenri moodustab α-süsinik. Kõik asümeetrilised aminohapped on optiliselt aktiivsed. 16) Inimkeha aminohapete jaotamine: Proteinogeensed aminohapped – valkude ehitusüksuseks, igale aminohappele vastab geneetilises koodis vähemalt üks koodon. Inimorganismis 20, erinevad üksteiseest R- grupi poolest. Aproteinogeensed aminohapped – valkudes mitteesinevad, esinevad inimkehas vabalt või mittevalgulistes ühendites. 17) Aluselised aminohapped: R-grupid on füsioloogilise pH (6.8-7.4) juures positiivselt laetud. 18) Happelised aminohapped:

Biokeemia

Kommentaarid (1)