1) Aminohappeid on vaja,et valke ehitada. Neid on 20 erinevat, tähistatakse kolme tähega. Koosnevad amino- ja karboksüülrühmast. Asendatavad aminohapped neid suudavad rakud ise lämmastikuühenditest sünteesida. Asendamatud aminohapped organism peab saama neid toidust, sest rakud ei suuda neid ise sünteesida. Nt: metioniin, fenüülalaiin, lüsiin. Peptiidside tekib aminohappejääkide vahel, ühendab need valgumolekuliks. 2) Primaarstruktuur aminohappeline järjestus, lihtne ahel. Sekundaarstruktuur aminohappe ahel on keerunud spraaliks, seda hoiavad koos vesiniksidemed. Nt. Juuksed, küüned, soomused, ämblikuniit. Tertsiaarstruktuur
esimest polaarsed, neutr. (laenguta) Türosiin, Tyr, Y) Histidiin (His, H) Kolm viimast aluselised Lüsiin Arginiin (Lys, K) (Arg, R) Biokeemia 3 Loeng 3 N. Samel Polaarsed neutraalsed (laenguta) aminohapped Glütsiin (Gly, G) Seriin (Ser, S) Asparagiin (Asn, N) Glutamiin (Gln, Q)
TTÜ bioorgaanilisekeemia õppetool Laboratoorne Töö pealkiri: töö nr. Valkude ja süsivesikute reaktsioonid. 1.1;1.2 Õpperühm: Töö teostaja: YAGB21 Õppejõud: Töö teostatud: Protokoll esitatud: Protokoll arvestatud Terje Robal 1.1 VALKUDE REAKTSIOONID Valgud on polüpeptiidid mille monomeerideks on aminohapped, mis on seotud peptiidsidemete(=amiidsidemete) abil, mille moodustamisel eraldub vesi. Valkudel on ruumiline struktuur, mis võib olla mitmes tasandites. Eraldatakse primaar-,sekundaar-, tersiaar- ja kvarternaarstruktuuriga valke. Valke saadakse transkriptsiooni protsessi käigus. Valgu kõrgema struktuuri lagunemist nimetatakse denatureerimiseks(eristatakse pöörduv ja pöördumata denatureerimist). Valgu hüdrolüüs omaette on peptiidsidemete lagunemine
ja lõpp C-terminus (-COOH). AH erinevad keemilised omadused tulenevad erinevatest külgahelatest. Valgud ühenduvad omavahel ka vesiniksidemete abil – moodustub valgu ruumiline struktuur. Peptiidsidemes on nii H-sideme doonor kui akseptor, mis osalevad valgu sekundaarstruktuuri moodustumisel. Väga olulised ruumilise struktuuri tekkel on ka tsüsteiinijääkidel, mis moodustavad disulfiidsidemeid – need hoiavad ruumilise struktuuri stabiilsena. Laengu alusel jaotatakse AH-d: laetud aminohapped ehk hüdrofiilsed jagunevad omakorda happelisteks ja aluselisteks (vastavalt külgahela laengule). Osalevad valgu seondumisel teiste molekulidega ja on struktuurist väljaspool. Apolaarsed ehk hüdrofoobsed laetud rühmadeta. Esinevad ruumilise struktuuri sisemuses ja on üksteise läheduses Valkude sünteesijärgne modifikatsioon: valmis valkudele lisatakse mitmesuguseid rühmi, mille tulemusena tekivad modifitseeritud ehk mittekodeeritud aminohapped. 5
Klass II aktivaatorid Aktivaatori seondumisala kattub promootori -35 heksameeriga. Klassikaliseks näiteks on CRP interaktsioon RNA polümeraasiga gal promootori puhul, samuti kuulub sellesse klassi PhoB, mis kontrollib bakterirakus fosfaadi nälja puhul indutseeritavaid geene. CRP-l on kaks RNA polümeraasiga interakteeruvat domääni: 1) AR1 - 8 aminohapet Asp-156, Met-157, Thr-158, His-159, Pro-160, Gly-162, Met-163 ja Gln-164 2) AR2 - aktiveeriv domeen, kuhu kuuluvad aminohapped His-19, His-21, Glu-96 ja Lys-101 gal promootori puhul on näidatud, et CRP ja RNA polümeraasi vahel toimub 2 erinevat interaktsiooni. RNA polümeraas seondub DNA-ga nii eespool kui ka tagapool CRP-d. Erinevad interaktsioonid mõjutavad transkriptsiooni aktivatsiooni erinevaid etappe: I CRP(AR1) - CTD kõrvaldab CTD inhibeeriva efekti, soodustades CTD seondumist ülespoole CRP sidumisala. Selle tulemusena tugevneb RNA polümeraasi ja promootori vaheline seondumine. CTD
ENSÜMOLOOGIA Lp tudengid. See konspekt on kirjutatud tudengite, kelle nimed on mulle paraku teadmata, poolt. 2013 aastal täiendas konspekti magistrant Karl Annusver, kes lisas joonised ja tegi võrrandid paremini jälgitavaks. Konspekt on kirjutatud seotult loengus näidatavate slaididega. Konspekt on minu poolt läbi vaadatud ja suuremaid möödalaskmisi ei sisalda. Päris iseseisvaks õppimiseks see siiski mõeldud ei ole. Edukat ensümoloogia õppimist ja tänud anonüümsetele autoritele ning Karl Annusverile! Priit Väljamäe 20.11.2017 ,,Structure and mechanism on protein science" Alan Fersht Biokeemia põhiõpik, kus ensümoloogia ka sees. Ensüüm keemiliste reaktsioonide katalüsaator (kiirendaja). Iseloom molekulina pole oluline, struktuur pole samuti. Vaatame ainult, mida ta teeb! Substants, mis kiirendab keemiliste reaktsioonide toimumist on katalüsaator. Ise jääb reaktsiooni lõppedes muutumatule kujule. Keemilisele reaktsioonile vahendaja. Üks katalüsaaa
struktuuriline hierarhia eluslooduses. Keemiliste reaktsioonide põhitüübid rakkudes. Bioelemendid: C, H, N, O, P, S moodustavad 99% kõikidest aatomitest inimkehas. Moodustavad tugevaid kovalentseid sidemeid. Makromolekulid valgud (30-70%), RNA (10-20%), DNA (2-5%), polüsahhariidid (1-20%), lipiidid (1-20%) Molekulaarne hierarhia rakus: I Anorgaanilised eellased - CO2, H20, NH3, N2, NO3 II Metaboliidid püruvaat, tsitraat, suktsinaat III Monomeersed ehituskivid aminohapped, nukleotiidid, monosahhariidid, rasvhapped IV Makromolekulid valgud, nukleiinhapped, polüsahhariidid, lipiidid V Supramolekulaarsed kompleksid ribosoomid, tsütoskelett jne VI Organellid tuum, mitokondrid, kloroplastid, EPR, Golgi kompleks Organisatsioonilised tasandid eluslooduses: Molekul lihtsaine või ühendi väikseim, iseseisvalt eksisteeriv osake Makromolekul teatud struktuuri ja funktisooniga molekulide kogum
3. Nimeta elusrakkude üldprintsiipe ● Kõik rakud säilitavad oma pärilikkuse informatsiooni DNA kujul lineaarse geneetilise koodina ● Kõik rakud taastoodavad pärilikkusainet (ja selles olevat informatsiooni) matriitssünteesi abil ● Kõik rakud transkribeerivad oma pärilikkuse informatsiooni RNA kaudu ● Kõik rakud transleerivad RNA valkudeks kasutades sama printsiipi ● Kõik rakud koosnevad sarnastest “ehitusblokkidest“ (nukleotiidid, aminohapped, rasvhapped ● Kõik rakud kasutavad funktsionaalsete ülesannete täitmiseks valke ● Kõik rakud vajavad eluks energiat ● Kõik rakud on kaetud rakumembraaniga 4. Prokarüootse ja eukarüootse raku peamised tunnused ja erinevused Prokarüoot Sarnasused Eukarüoot Puudub rakutuum - Ühised on umbes 200 Geneetiline informatsioon
Kõik kommentaarid