Mitte kõik, interaktiveeruvad vaid TFIIB ja TFIIF+polII. 4. Mis on transkriptsiooni aktivaatori 2 funktsionaalset domääni ja kuidas mutatsioonid ühes või teises neist mõjutavad transkriptsiooni faktori oma-dusi? Transkriptsioonifaktori kaks funktsionaalset domääni on DNA-siduv domään, mis seondub kindla DNA järjestusega ja aktsivatsioonidomään, mis interakteerub teiste valkudega, et stimuleerida transkriptsiooni lähedaloleva promootori juurest. Kui N-terminaalne DNA-siduv domään siduda erinevate C-terminaalsete osade külge, siis tema funktsioon säilib. Kompleksid kas moodustuvad või ei moodustu. 5. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? TBPga seonduvad TFIIB, TFIIA TBP is a subunit of the eukaryotic transcription factor TFIID. 6. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? ATPd hüdrolüüsib helikaasse aktiivsusega TFIIH, mis kasutab ATP
1. Milliseid eelteadmisi on vaja meid huvitava ensüümi omaduste muutmiseks ratsionaalse (re)disani meetodil? a) Ensüümi aktiivtsentri ja toimemehhanismi tundmine b) Selektsioonisüsteemi olemasolu mutantide valikuks c) Võimalus rekombineerida erinevatest homoloogsetest organismidest pärit ensuume d) Valgu 3D struktuuri tundmine 2. Mingi valgu tootmiseks transgeense organismi abil on otstarbekas sisestada meid huvitav transgeen: a) Tugeva konstitutiivse promootori kontrolli alla b) Tugeva reguleeritava promootori kontrolli alla 3. Millisteks suhteliselt universaalseteks vaheühenditeks konverteeritakse enamus mittehalogeenitud aromaatseid ühendeid mikroobse degradatsiooni käigus? Sealt edasi järgneb juba nende oksüdatiivne lagundamine atsetüülCoA-ks, suktsinaadiks, püruvaadiks ja atseetaldehüüdiks, mida enamus mikroorganisme suudab metaboliseerida. a) Protokatehuaadiks b) Bensoaadiks c) Fenooliks d) Katehooliks
tsütoplasmasse kus teda transleeritakse ja kasutatakse uute viirusoskaeste assambleerimisel - Viirusosakesed väljutatakse rakust ja kaetakse rakumembraaniga 54.Operoni struktuurkomponendid - Operon – grupp geene mis moodustuvad ühtse regulatoorse või kontrollüksuse. Üksus koosneb operaatiorist, promootorist ja struktuurgeenidest. Omased prokarüootidele Struktuurkomponendid - Promootori 2 osa - Promootor ja operaator kattuvad osaliselt - Operaatorijärgsed piirkonnad - Terminaatorjärjestused 55.Positiivne geneetiline kontroll 1) Promootori tasemel (ees) - Süsteemi algolek suletud - Regulaatorgeen aktivaatori 2) Pidrudatud süsteemid - Suletud süsteemis – regulaatorgeeni produkt on aktiivne regulaator, seondub
* Nimeta üldised transkriptsioonifaktorid Eukarüootides on olemas oluline klass transkriptsioonifaktoreid, mida nimetatakse üldisteks transkriptsioonifaktoriteks (GTF) Kõige tavalisemad GTF-id on TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF 1. Nad aitavad paigutada eukarüootide RNA polümeraasi täpselt promootorile. 2. Nad aitavad DNA ahelaid teineteisest lahti tõmmata, selleks et transkriptsioon saaks alata. 3. Nad aitavad vabastada RNA polümeraasi promootori küljest, selleks et viia transkriptsioon n.ö. pikendamise (ingl.k. elongation) etappi. * Mis on TBP funktsioon initisiatsiooni kompleksi tekkes? TBP on DNA ahela neljanukleotiidine järjestus Promootorist 25 nukleotiidi eespool Eukarüootse RNAP II-st sõltuv promootor sisaldab tavaliselt TATA-elementi, mille nukleotiidseks järjestuseks on TATAAA. Selle järjestuse tunneb ära TBP (TATA- binding protein). 11. Pre-mRNA põhilised modifitseerimise protsessid.
1.Geenid, mis avalduvad üheaegselt organismi kõigis rakkudes Nt: rRNA ja tRNA geenid, mitmete ensüümide geenid 2.Geenid, mis avalduvad ainult ühe kindla koe rakkudes. Nt: insuliini geen 3.Geenid, mis avalduvad ainult rakkude elutegevuse kindlal etapi. Nt: varases embrüogeneesis loote elundite ja elundkondade väljakujunemine 4.Geenid mis ei avaldu kunagi Transkriptsiooni kontrollimine : 1.Repressori abil 2.Aktivaatorvalgu abil (enne sünteesi peab ta aktiveerima promootori) 3.Regulaatorainete abil(vitamiinid, hormoonid) 4.Mittevajalike RNA-de lagundamine *2 tüüpi geene rakuelutegevuse kontrollimiseks : 1.Struktuurigeenid(kontrollivad raku ehituses, talitluses osalevate valkude ja RNA sünteesi) 2.Regulaatorgeenid(kontrollivad repressor ja aktivaatorvalkude tootmist ning struktuurigeenide avaldumist) TRANSLATSIOON -valgu süntees -tsütoplasmas, ribosoomides
1. Geenid, mis avalduvad üheaegselt kõigis rakkudes( tRNA, rRNA, osade ensüümide geenid) 2. Geenid, mis avalduvad ühe kindla koe rakkudes(insuliini geen kõhunäärme rakkudes) 3. Geenid, mis avalduvad kindlal eluetapil(lootel elundeid tekitavad geenid) 4. Geenid, mis ei avaldu kunagi. Regulatsioon:sõltuvad ensüümi seondumisest / mitteseondumisest promootoriga. Repressor valk blokeerib promootoriga. Aktivaator valk-aktiveerib enne transkriptsiooni promootori (aktivaatorained: vitamiinid, hormoonid) Struktuuri geenid mis määravad ja kontrollivad raku ainevahetuses, ehituses osalevate valkude sünteesi. Regulaator geenid kontrollivad struktuuri geenide avaldumist. TRANSLATSIOON valgu süntees, toimub tsütoplasmas, ribosoomides. DNA- komplementaarsus RNA geneetiline kood VALK Geneetiline kood vastavus, kus mRNA kolm järjestikkust nukleotiidi määravad ühe aminohappe jäägi valgu molekulis.
*Geen on DNA teatud lõik, mis määrab ära ühe mRNA molekuli sünteesi ja see omakorda ühe valgu molekuli sünteesi --> Geen->mRNA->valk *inimesel on 32 000 geeni *Geeni ehitus: promootor|ACCGATTACCGATTA(transkriptsioon)|terminaator *mRNA polümeraas peab ühinema promootoriga->lõhub ära visniksidemed. *transkriptsiooni toimumiseks peab ensüüm ühinema DNA promootorpiirkonnaga. Seda võib takistada repressorvalk, millel on sama seostumiskoht. Kui repressor vabastab promootori, algab RNA süntees uuesti. Kui promootorisse satub repressorvalk, siis ei saa RNA polümeraas toimuda(kuid on olemas ensüüme, mis aitavad seda lõhkuda) *Geeni avaldumine e. ekspreseerumine-leiab aset siis kui temalt kirjutatakse geneetlineinfo ümber mRNA'le *Erinevad geenid avalduvad erinevalt *Geneetiline kood on 3 järjestikku paiknevat nukleodiidi DNA või mRNA molekulis, mis määravad ära ühe aminohappe *Inistiaatorkoodon e. triplet on AUG, mis alustab valgu sünteesil
pikkus on 10–80 aluspaari, olenevalt liigist ja koetüübist). [12] Nukleosoome on võimalik elektronmikroskoobiga näha interfaasi ajal. 15. Operoni struktuur operon (ingl. Operon)- Grupp geene, mis moodustavad ühtse regulatoorse või kontrollüksuse. Üksus koosneb operaatorist, promootorist ja struktuurgeenidest. Omased prokarüootidele. Operoni üldine struktuur: Promootor – nukleotiidne järjestus, mis võimaldab geenide transkriptsiooni. Promootori tunneb ära RNA polümeraas, mis seejärel alustab transkriptsiooni. RNA sünteesi puhul näitavad promootorid, milliseid geene peaks kasutama mRNA sünteesiks, kontrollides seeläbi, milliseid valke rakk toodab. Operaator – DNA lõik, millele seondub regulaator. Lac operonis on see klassikaliselt defineeritud kui lõik promootori ja operoni geenide vahel. Repressiooni puhul takistab repressorvalgu
• Mobiilne DNA on DNA järjestused, mis võivad liikuda genoomis, muutes nende koopiate arvu või lihtsalt muutes nende asukohta, mõjutades sageli läheduses olevate geenide aktiivsust. Nende hulka kuuluvad DNA-st ülekantavad elemendid, plasmiidid ja bakteriofaagi elemendid. • Operon on genoomse DNA funktsionaalne ühik, geenide kogum, milles olevad geenid on kõik ühise regulatoorse signaali või promootori kontrolli all. • Operaator on struktuurigeenide avaldumist kontrolliv operoni osa. • Polütsistroonne RNA on opeonilt sünteesitud RNA-molekul. • Promootor on nukleotiidijärjestus, millega seonduvad transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas, et initsieerida transkriptsiooni. • Transkriptsiooni ühik on DNA osa, mida transkribeeritakse RNA molekuliks. • enhancer on lühike DNA ala, mis seob aktivaatoreid (valgud), initsieerib transkriptsiooni läbi
) Translatsiooniprotsess loob geneetilise koodi ehk vastavuse mRNAde nukleotiidahelate ja valkude polüpeptiidahelate vahel. 2. Initsiatsioon prokarüootidel: transkriptsioon algab sellega, et protsessi läbiviiv ensüüm RNA polümeraas kinnitub struktuurgeenide ees asuvas promootoris sisalduvatele transkriptsiooni algussignaalidele. RNA polümeraas ei vaja transkriptsiooni initsiatsiooniks praimerjärjestust nagu seda vajas DNA polümeraas. Promootori piirkonnas, 10np transkriptsiooni alguspunktist eespool, on kindel järjestus TATAAT -, mis on tuntud Pribnow box'i nime all. Sellel järjestusel kinnitub RNA polümeraas DNA-le ja oletatakse, et selles kohas avatakse DNA kaksikahel nii, et DNA matriitsahelal oleks võimalik seostuda RNA nukleotiidiga. Kuna pribnow box'i ala on A : T paaride rikas, on seal kergem ahelaid denatureerida. Transkriptsiooni alguspunkt on tähistatud ühega pürimidiinalustest, kas T või C-ga.
sünteesi suuna. Prokarüootidel on RNA polümeraasi II transkriptsiooni üks RNA-polümeraas, mis sünteesib alustamiseks on vaja alati kōiki RNA tüüpe transkriptsioonifaktoreid TFII, mis peavad enne transkriptsiooni algust seonduma polümeraasi ja promootori piirkonnas asuva TATA-boksiga (u.25nukl). Transkriptsiooni initsiatsioon: 1.Geeni aktivaator-valk seondub kromatiiniga, seejärel seondub kromatiini ümberkujundavate valkude kompleks
TATA box väga tugevalt konserveerunud (A/T)TG(A/C) boxB, kattub transkriptsiooni stardisaidiga Eubakterite RNA polümeraas, suurusega 480 kDa, koosneb viiest subühikust. 2ßß` - apoensüüm - koosneb neljast subühikust ja on võimeline katalüüsima RNA sünteesi. Apoensüümi subühikud on erinevates organismides struktuurselt lähedased. - apoensüümi assambleerumine (N-terminus) ja interaktsioon TF-dega või promootori UP- elemendiga (C-terminus) ß - katalüüsib RNA sünteesi ß` - seondumine DNA matriitsahelaga. Holoensüümi koosseisu kuulub ka faktor. faktor on vajalik RNA polümeraasi spetsiifiliseks seondumiseks promootoralale ja transkriptsiooni avatud kompleksi moodustumiseks. Pärast esimese 10 nukleotiidi sünteesi (abortiivne transkriptsioon) vabaneb faktor multiensüümkompleksist ning RNA polümeraas on võimeline DNA-l edasi liikuma. Toimub RNA ahela elongatsioon.
molekuli ühe ahela nukleotiidse järjestusega komplimentaarne RNA molekul ; transkriptsioonil saadakse mRNA, tRNA ja rRNA molekulid (vt. ka promootor) (selle käigus keeratatkse DNA biheeliks järk-järgult lahti ning sünteesitakse ühe ahela teatava lõiguga komplimentaarne RNA molekul) (transkriptsiooni toimumiseks peab ensüüm ühinema DNA promootorpiirkonnaga. Seda võib takiststada repressorvalk, millel on sama seostumiskoht. Kui repressor vabastab promootori, algab RNA süntees uuesti) TRANSLATSIOON (3.) valgu süntees. mRNA põhjal ribosoomides valguahela sünteesimine, mis on peamine osa valgu sünteesist. Translatsiooniprotsess loob geneetilise koodi ehk vastavuse mRNAde nukleotiidahelate ja valkude polüpeptiidahelate vahel DNA RNA A -------- U T -------- A G -------- C C --------- G Vastavalt avaldumisele eristatakse nelja gruppi geene: 1) geenid, mis avalduvad üheaegselt organismi kõigis rakkudes : nendelt geenidelt
(joonis) ja funktsiooni? Olulised, määramaks keha eesmise ja tagumise telje arengut. Organismi sümmeetrilisuse tagamiseks kindlustab kehapoolte identsuse. Homeodomään on 60-aminohappeline järjestus, mis esineb helix-pööre-helix motiivina . 17- aminohappeline kolmas heeliks ulatub DNA suurde vakku. Seondumine VÄGA SPETSIIFILINE . Juba 1 aminohappe muutus mõjutab DNA-ga seondumist (seon dub mõne teise promootori/enhanceriga). 10. Põhjenda miks ja kirjelda kuidas toimub X kromosoomi inaktivatsioon imetajatel? Kahekordne X-kromosoomide geenide produktid oleksid rakkudele letaalsed. Igas imetaja rakus inaktiveeritakse üks X-kromosoomidest. Barri kehake replitseerub hilises S-faasis ja valdavat osa DNA- st ei transkribeerita. See, kas arengu käigus inaktiveeritakse isalt või emalt saadud X-kromosoom, on juhus
origin'ile = replication licensing. Pärast veel mitmete valkude seondumist selle kompleksiga lisandub DNA polümeraas -primaasi kompleks, MCM kompleks fosforüleeritakse ja algab DNA süntees, mille käivitumisel osa valke lahkub kompleksist. TRANSKRIPTSIOON. 1. Geenide ekspressiooni regulatsioon bakterites. Bakteriaalse geeni struktuur. Ei sisalda introneid. Bakteriaalse RNA polümeraasi struktuur. Oligomeerne valk, mis koosneb , , ' ja subühikust. Bakteriaalse promootori elemendid. -35 regioon, subühik seotakse siin ja Pribnow box -10 juures, siin lahkevad DNA biheeliksi ahelad. Defineeri prokarüootne operon. Geneetilise ekspressiooni ühik, mis koosneb ühest või enamast geenist ning operaator- ja promootorjärjestusest, mis reguleerivad nende transkriptsiooni. Kirjelda geeni aktivatsiooni protsessi prokarüoodis trp või lac operoni näitel. Laktoosi seondumisel repressoriga lac operonil muutub repressor inaktiivseks ja transkriptsioon saab toimuda
Paljudes kudedes aga suur osa rakkudest ei jagune. Seega tuleb kasutada teisi meetodeid. Kuna koed millesse on vaja sisestada geneetilist materjali on tavaliselt väga erinevad, siis ka meetodid on erinevad.(2) VIIRUSLIKUD SÜSTEEMID Retroviirused ja retroviirusvektorid Näiteks kasutatakse pakkimisliini konstrueerimisel erinevaid promootoreid asetades gag ja pol geenid 5'LTR-i kontrolli alla ja env geeni tsütomegaloviiruse promootori kontrolli all. (Sellist konstrukti nim. plasmoviiruseks ja see ei tohiks rekombineeruda replikatsiooni kompetentse retroviirusega. Sinna saab sisestada vaid 3.5 kb DNA-d). Teine võimalus on vektori pakkimine teise viiruse valk-kesta (envelope) sisse, mis määrab seostumise ja infektsiooni spektri. Nimetatakse viiruse pseudotüüpideks.(2) Adenoviirused Nakatavad arvukalt mittejagunevaid inimese rakke. Hingamisteed, sooletrakt. Kasutatakse
2.2.1. allosteeriline regulatsioon 42 2.2.2. kofaktoritega 2.2.3. pH-ga reguleerimine 3. Valkude ekspressiooniga 3.1. Transkriptsiooniliselt 3.1.1. transkriptsioon initsiatsiooni reguleerimine 3.1.1.1. esimese nukleotiidi kättesaadavusega (ATP ja GTP hulk rakus) 3.1.1.2. promootori ehitusega (DNA superspiralisatsioon, kasvukiirus, sigma faktori tüübist sõltuvus, diskiminaatori olemasolu) 3.1.1.3. regulaatorvalkudega 3.1.1.4. promootori asukohaga genoomis 3.1.1.5. vaba RNAP olemasoluga 3.1.2. transkriptsiooni attenuatsioon 3.2. Post-transkriptsiooniliselt 3.2.1. RNA elueaga 3.3. Translatsiooniga 3.3.1
DNA TAC CCT CAA GAT mRNA AUG GGA GUU CUA valk Met Gly Val Leu Ülesanne nr 2. valk Met Leu Ser Val mRNA AUG CUU AGC GUU DNA TAC GAA TCG CAA ATG CTT AGC GTT (DNAs TA; CG) Ülesanne nr 3. DNA ATC CCC GGG AAA RNA UAG GGG CCC UUU valk Stop Gly Pro Phe Geeni avaldamise regulatsioon 1. Repressor · Promootori kohale kinnitub molekul repressor ja ei lase sabageeni RNAsse viia · Repressor takistab RNA sünteesi 2. Aktivaator · Soodustab transkriptsiooni 3. Regulaatorained · Vitamiinid, hormoonid · Mõjutavad aktivaatorite või repressorite seondumist DNAga Mendeli Seadused · Homosügootsus kromosoomi paaris on ühesugused geenid(Kromosoomi paarid;silmad PruunPruun) · Heterosügootsus kromosoomi paaris erinevad geeniteisendid või alleelid ( Kromosoomi
kudedes. Sõltub välistest teguritest. Enhanser järjestus- DNA järjestus, millele regulaatorvalgud saavad seonduda, et omakorda reguleerida RNA polümeraasi tegevust ja seeläbi transkriptsiooni. Asub promootorist eespool või tagapool. Transkriptsiooni valgud- Spetsiaalsed regulaatorvalgud, mis määravad ära millist geeni ja millal aktiveerida. Neil on DNA-ga seonduv osa (domeen), mis võimaldab neil DNA järjestusega (enhanser, promootori elemendid) seonduda. Transkriptsioon toimub tuumas. Transkriptsioon faasid: 1. Initsiatsioon e. algus (initiation)- Nukleotiidi molekule lisatakse ükshaaval kuni 9 aluspaari on lisatud ja siis saab alata elongatsioon (RNA polümeraas saab liikuda). 2. Elongatsioon e. pikendus (elongation)- DNA lahtikeeramine ja nukleotiidide lisamine jätkub 3. Terminatsioon e. lõpp (termination)- Moodustab juuksenõela struktuuri (enda suhtes komplementaarne).
- enne sünteesi peab RNA polümeraas seonduma DNA kindla piirkonnaga – geeni promootor – kindla järjestusega DNA lõigus. DNA järjestuse elemendid, mis osalevad sama DNA molekulil transkriptsiooni initsiatsioonil, kutsutakse cis järjestusteks või cis elementideks. RNAP – RNA polümeraas. Sigmafaktorid 44 osalevad promootorjärjestuse äratundmisel prokarüootidel. Neid on palju ja tagavad promootori spetsiifika. Sigmafaktor koos RNA polümeraasiga seostub järjestusspetsiifiliselt DNA-ga – tekib suletud kompleks. Järgneb konformatsiooniline muutus, tekib avatud kompleks ja transkriptsioonisild. Kui sünteesitakse vähem kui 10 nukleotiidiline RNA (lühikesi RNA juppe), kaasneb väga suur konformatsiooniline muutus RNA polümeraasis. - promootori puhastamine – kui initsiatsioon läheb üle elongatsiooniks.
fermentas.com/; vt lisa) Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2) 1 x TBE foreesi pealekandmis-puhver Molekulmassi marker (DNA, 1 kb või 100 bp "ladder"; 100-200 ng raja kohta) H2O 10 x PCR puhver (Fermentas) 25 mM MgCl2 Taq DNA polümeraas, 5 u/l (Fermentas) 2 mM dNTP (Fermentas) T3 ja T7 RNA polümeraasi promootori praimerid AATTAACCCTCACTAAAGGG ja TAATACGACTCACTATAGGG, 100 ng/l Töö käik: A: Restriktsioon ei tee (1) Saadud rekombinantse DNA restriktsiooniks Cfr42I-ga: võta ~500 ng miniprep DNA-d (5 l), lisa 4 l H2O-d ja 1 l 10 x puhvrit (kokku 10 l). Jaga lahus kahte tuubi (5 l mõlemasse), ühte lisa restriktaasi (0,5-1 l) ja teise mitte. Kontroll (miinus ensüüm) on vajalik selleks, et veenduda kas restriktaas töötas. Inkubeeri 30-60 min 37 oC juures nii restriktsioon, kui ka kontroll.
Seonduvad kindlale DNA järjestusele (promootorpiirkonda). Reguleerivad kas ja kui palju. Ilma transkriptsioonifaktoriteta ei ole võimalik RNA'd sünteesida. 19. Mis on promootor? DNA nukleotiidne järjestus, millega transkriptsiooni läbiviiv ensüüm (RNA-polümeraas) peab sünteesi alustamiseks ühinema. 20. Mis on enhaanser? DNA järjestus, mis määrab ajalis-ruumilist ekspressioonimustrit ja soodustab promootori aktiivsust. DNA järjestus enne promootorpiirkonda kuhu kinnituvaptsioonifaktd transkrior. 21. Milline on mRNA sünteesi juures DNA matriitsahel, milline kodeeriv ahel? Matriitsahel - transkriptsioonil DNA-ahel, mida kopeeritakse komplementaarse RNA-ahela moodustamiseks. Kodeeriv ahel - DNA ahel, mis on RNA-ga identse järjestusega. 22. Geeniekspressiooni regulatsioon. Diferentseerumise käigus kaotab rakk selektiivselt osa oma geenidest. Rakkude diferentseerumine
siRNA-d - Väiksed segavad RNA-d, lülitavad välja geeniekspressiooni juhtides mRNA-de lagundamist ja moodustades kompaktse kromatiini struktuuri piRNA-d - Piwi-ga seostuvad RNA-d, seostuvad piwi valkudega ja kaitsevad sugurakke transposoonsete elementide eest lncRNA-d - Pikad mittekodeerivad RNA-d, paljud neist toimivad kui tellingud; nad reguleerivad mitmeid erinevaid protsesse rakus, k.a. X-kromosoomi inaktivatsioon . DNA struktuuris oleva TATA-kasti ja promootori piirkonna roll DNA transkriptsiooni läbiviimises. Eukarüoodi DNA transkriptsiooniks vajaliku valkude kompleksi põhilised komponendid. TATA box- DNA ahela neljanukleotiidne järjestus, millele kinnitub TBP valk,mis on transkriptsioonifaktori TFIID koosesisus. Transkriptsioonifaktorid: TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIH (käitub nagu helikaas), TFIIF Promootor- Spetsiifiline järjestus millele kinnitub RNA polümeraas II
fermentas.com/; vt lisa) Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2) 1 x TBE foreesi pealekandmis-puhver Molekulmassi marker (DNA, 1 kb või 100 bp "ladder"; 100-200 ng raja kohta) H2O 10 x PCR puhver (Fermentas) 25 mM MgCl2 Taq DNA polümeraas, 5 u/l (Fermentas) 2 mM dNTP (Fermentas) T3 ja T7 RNA polümeraasi promootori praimerid AATTAACCCTCACTAAAGGG ja TAATACGACTCACTATAGGG, 100 ng/l Töö käik: A: Restriktsioon (1) Restriktsioon: 1) 20 µl plasmiidsed DNA-d 22 µl 2) 2 µl 10x restriktaasi puhvrit Saadud 22 µl lahust jagan kaheks tuubiks, mõlemad 11 µl. Ühele tuubisse lisan 1 µl Cfr 421, teisele ei lisa, see on kontroll proov. Mõlemad tuubid inkubeerin 37 kraadi juures 1 tund.
Sellega aitab ta luua transkriptsioonimulli. TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Selle energia abil keerataksegi START-saidi piirkonnas DNA dupleksi lahti. (TFIIH ühe teise sub-kompleksi roll on fosforüleerida RNA polümeraasi suurima subühiku C-terminaalset domääni (CTD), mis on vajalik polümeraasi vabanemiseks PIC-ilt (pre-initsiatsiooni kompleks) ning transkriptsiooni üleminekul elongatsioonifaasi). 3 11. Joonista tüüpilise PolII promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni initsiatsiooni käigus seovad. Mediaatorkompleks ja selle tähtsus. Transkriptsiooni initsiatsiooni käigus (siin kirjeldatud TATA-box tüüpi promootoril) seondub TATA-box järjestusele kõigepealt TFIIA ja TFIID (milles on TBP subühik). Seejärel lisandub ühtse sündmusena holoensüüm (mis koosneb PolII, TFIIB, TFIIF, TFIIH, TFIIE ning multivalksest mediaator- kompleksist)
nukleotiididest kummagi esialgse ahela kõrvale uue, vastavalt komplementaarsusprintsiibile. Tagab: rakujagunemise käigus päriliku info võrdse ülekande lähterakust tütarrakkudesse. Tulemus: 1 DNA molekulist saadakse 2 ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. RNA transkriptsioon RNA süntees DNA alusel Toimub: tuumakestes (interfaasi ajal, peale replikatsiooni) Vaja: 1geeni, ensüümi (RNA polümeraas), energiat, sahhariidi (riboos), ribonukleotiide Kuidas: ensüüm kinnitub promootori piirkonnas ja lõhub vesiniksidemed 10 nukleotiidi ulatused, süntees kuni terminaatorpiirkonnani, vastavalt komplementaarsus printsiibile RNA polümeraas vabaneb Valgu süntees e translatsioon Toimub: ribosoomides (algab interfaasist) Vaja: mRNA, tRNA, aminohappeid, ensüüme, energiat Kuidas: algab mRNA ühinemisest ribosoomiga, mRNA initsaatorkoodoniga seostub esimene tRNA molekul, millega ühendatud aminohape Met. Iga tRNA molekul seostub
kromosoomiaberratsiooni või amplifikatsiooni läbi. Proto-onkogeen võib konverteeruda onkogeeniks translokatsiooni, deletsiooni, inversiooni või duplikatsiooni läbi. Senini on kasvajates kirjeldatud üle saja erineva retsiprookse translokatsiooni, millede murrukohtade geenide kloneerimine on paljudel juhtudel viinud vähi tekkel osalevate geenide identifitseerimisele. Translokatsiooni või inversiooni tagajärjel võivad proto- onkogeenid aktiveeruda tänu asetumisele antud rakus aktiivse promootori või enhanseri kõrvale. Nii tsütogeneetilised kui ka molekulaargeneetilised uuringud on näidanud, et mõned protoonkogeenid on kasvajakoes esindatud paljude koopiatena. · Madalatasemeline (low-level) amplifikatsioon, mis on tingitud ühe, kahe või enama kromosoomi või kromosoomiõla lisandumisest, on seotud sadade või kümnete tuhandete geenidega (sh. proto-onkogeenid). Kõigi geenide hulk suureneb polüploidiseerumisel (triploidia,
Peale transkritpsiooni lisatakse lõppu saba ja mRNA protsessitakse enne ribosoomi minemist ja lõigatakse välja intronid ning seotakse eksonid. Ribosoomis algab valgu süntees, AUG alustab. Süntees käib 5'-3' otsani ja kui satub stop-koodon, siis lisatakse valgule "müts". · Transkriptsiooni viivad läbi RNA polümeraasid: · Toimub sünteesitava RNA ahela 3'- hüdroksüülrühma nukleofiilne atakk nukleosiidtrifosfaadi kõige sisemisele fosfori aatomile · Peale matriitsi on vajalik promootori olemasolu · RNA süntees toimub 5' 3' suunas · Transkriptsiooni käigus sünteesitud mRNA läbib enne suundumist rakutuumast ribosoomi protsessimise: · mRNA 5'-ots blokeeritakse "mütsiga" (cap) · mRNA 3'-otsa lisatakse polü-A saba (poly-A tail) · Pre-mRNA molekul sisaldab nii kodeerivaid eksonjärjestusi kui mittekodeerivaid intronjärjestusi: · Intronid lõigatakse välja ja eksonite otsad ühendatakse splaisingu teel (splicing) Translatsiooni alustamise koodon on tavaliselt AUG:
1. Ristsidumine – formaldehüüdi lisamisel üksteisele lähedal asuvad kromatiini segmendid ristseotakse. DNA segmendid ristseotakse valkudega ja valgud ristseotakse üksteisega. 2. Kromatiin fragmenteeritakse ja ligeeritakse 3. DNA puhastatakse ja analüüsitakse (qPCR, sekveneerimine) 3C: one by one analüüs – kasutab 3C lookus-spetsiifilisi praimereid. Tulemus nt interaktsiooniprofiil valitud geenist näitab promootori ja ümbritseva kromatiini interaktsiooni. 4C: tsirkulariseeritud 3C, one by all analüüs – üle genoomne interaktsiooniprofiil üksikule lookusele. 5C: many by many analüüs – analüüsib interaktsioone kahe suurema lookuste kogumi vahel, nt promootorite kogumi ja distaalsete regulatoorsete elementide kogumi vahel. Ehk võimaldab analüüsida interaktsioone mitme valitud lookuse vahel. Hi-C – all by all analüüs
meeste eesnäärmekasvajat, kaks korda vähem rinnavägi esmasleide naistel ja kopsuvähki mõlemal sugupoolel. 120. Viirusonkogeenide aktivatsioonimehhanismid. LTR pikad otsmised kordusjärjestused. 1. Retroviiruse transduktsioon, 2. retroviiruse insertsioon, 3. DNA-viiruse ekspressioon, 4. viiruseline transaktivatsioon. 121. Rakuliste onkogeenide aktivatsioonimehhanismid. 1. Punktmutatsioonid, 2. geeni amplifikatsioon, 3. translokatsioon aktiivse promootori või enhanseri alla, 4. partneronkogeenide translokatsiooniline ühendamine. 122. Onkogeenid. Geen, mis soodustab ja kontrollib rakkude jagunemist, aga võib põhjustada loomarakkude kasvu täieliku peatamise või ka vohamise koekultuuris ja kasvajate teket in vivo. 123. Pro-onkogeenid. Viirusonkogeenide rakulised eellased. 124. Onkogeenide supressorgeenid. Suruvad kasvaja maha. 125. Pärilikud kasvajad. Pärilikud vähisündroomid moodustavad
4) mRNA intronid puuduvad; 5) 70S ribosoomid Ühised jooned eukarüootidega: 1) Histoonid krenarhedel; 2) Rakuskeleti (chaperoniinide niidid, aktiini homoloogid) olemasolu; 3) Valgusüntees tundetu kanamütsiinile ja klooramfenikoolile; 4) DNA seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest; 5) Transkriptsioonifaktoreid palju ja need sarnased eukarüootide omadele; 6) Metionüül-tRNA on initsiaator tRNA valgusümteesil; 7) Promootori äratundmine samasugune nagu eukarüütidel. Arhede füsioloogia ja levik looduses · Agselt arvati, et arhed on kõik ekstremofiilid, kuna esmalt kirjeldati just selliseid arhesid, kes olid ka atsidofiilid, hüpertermofiilid, ranged anaeroobid või halofiilid. Levik looduses · Praeguseks on selgunud, et arhesid on ka "tavalises" keskkonnas: külmas vees, mullas jne. Neid on ka soodes, inimese soolestikus ja suuõõnes. · 1992. a
Mis on TBP funktsioon transkriptsiooni initisiatsiooni kompleksi tekkes? 1. Nad aitavad paigutada eukarüootide RNA polümeraasi täpselt promootorile. 2. Nad aitavad DNA ahelaid teineteisest lahti tõmmata, selleks et transkriptsioon saaks alata. 3. Nad aitavad vabastada RNA polümeraasi promootori küljest, selleks et viia transkriptsioon n.ö. pikendamise (ingl.k. elongation) etappi. TBP seondub TATA boxile – võimaldab TFIID-l seostuda TATA-le saab seostuda TFIIB seepärast seostub kogu transkriptsioonifaktorite hunnik ja RNA polümeraas promootorpiirkonnale; üks neist
restriktsioonilised endonukleaasid. Need ensüümid lõikavad DNA ahelat kindlate 4 - 8 aluspaari pikkuste järjestuste juurest. Funktsioon: kaitsta baktereid faagide sissetungi eest, lagundades nende DNA enne, kui faag jõuab mikroobi kahjustada. Omaenese restriktaaside suhtes on bakterid resistentsed, sest bakteri enda genoomis on need järjestused kaitstud adeniini ja tsütosiini jääkide metüleerimisega. (loeng 6 meetodid) Geeni ekspressiooni disain - Promootori ja terminaatori valik Marker geen ja reporter geen Geeni ekspressiooni võimendajad ja asukohta määravad järjestused (loeng 7) Promooter - Nende abil saab muuta ekspressiooni. constitutive promooter ekspressioon toimub kogu aeg igas taime osas. Valikuline promooter ekspressioon toimub ainult teatud taime arengu faasides, teatud taime kudedes või sõltub ekspressioon välistest teguritest. 6
kromosoomis. 12. Transkriptsioon- geeni ekspressiooni esimene etapp. Transkriptsiooni käigus kasutatakse ühte DNA ahelatest matriitsina, et sünteesida sellele komplementaarne RNA ahel, mida nimetatakse transkriptiks. 13. Mis on promootor, mis on enhaanser? Promootor- DNA nukleotiidne järjestus, millega transkriptsiooni läbiviiv ensüüm ( RNA polümeraas ) peab sünteesi alustamiseks ühinema. Enhaaser - võimendaja, mis suudab kompenseerida nõrga promootori tööd. 14. tRNAde struktuur ja funktsioon. Transpordi RNA, transpordib aminohappeid ribosoomi. Struktuur- tRNA molekulide sekundaarstruktuuri iseloomustatakse "ristikheinalehe" kujuga. tRNA sekundaarstruktuuri moodustavad 4 kaksikahelalist osa - õlga ja 4 üksikahelalist piirkonda - lingu, mis paiknevad vastavate õlgade otstes. 15. Aminohapete lühiiseloomustus amino(-NH2) ja karboksüül (-COOH) rühmast
Liposoomid – DNA konstrukti ümbritsemine kunstliku lipiidmembraaniga Nanopartiklid 49. Kirjeldage skemaatiliselt protsessi kuidas saab toota mingit lehmale võõrast aga terapeutiliselt inimesele olulist valku nii, et seda valku saab eraldada lehma piimast. nt saab luua transgeensed lehmad, kelle piimas on vähem laktoosi. Disainitakse ekspressioonivektor, kus teatud inimesele olulist valku kodeeriv järjestus on promootori kontrolli al, mis tavaliselt on seotud piimavalkude geenidega. Rekombinantne DNA inserteeritakse looma somaatilistesse rakkudesse. Seejärel sisestatakse see rakk doonorlooma munarakku, millel on eelnevalt tuum eemaldatud. Esimese generatsiooni loomad on heterosügoodid, neid paaritatakse ning saadakse emased loomad, kelle piim sisaldab meid huvitavad valku. Samuti võimalik transgeeni mikrosüstimine viljastatud munaraku tuuma naabrusesse. 50
(rakud, millesse on sisenenud inserti sisaldav plasmiid) ning neid paljundada. d) Sulatasime mikrolaineahjus 200ml LB+Agar söödet kuni agari täieliku sulamiseni. Täielikult üles sulatatud söötme jahutasime ~50°C juurde (kõrgemal temperatuuril võib antibiootikum hävida) ning lisasime 200 l X-gal (lõppkonts. 20g/ml) vajalik sööde sini-valge selektsiooni läbiviimiseks, 25 l IPTG-d (lõppkonts. 0,1mM) vajalik lacZ promootori aktivatsiooniks, 200 l ampitsilliini (lõppkonts. 100 g/ml) vajalik selleks, et plasmiidi mittesisaldavad rakud ei saaks plaadil kasvama hakata, ja loksutasime segamini. Saadud sooja homogeense söötme valasime õhukese kihina Petri tassidele ning jätsime tarduma. Antibiootikumina kasutasime ampitsilliini, kuna transformeeritavas plasmiidis on ampitsilliini resistentsusgeen, mis võimaldab rakkudel, milles transformeerimine on õnnestunud, kasvama ja paljunema hakata
või hüdrolüüsitud valgu määramiseks ei sobi 7) PCR-l põhinevate GMO määramismeetodite jaotus sihtmärgi spetsiifilisuse suhtes.Iseloomustada neid kõiki. 1.Sõeluuringu meetodid (sihtmärgi spetsiifilisus madal) Promootor- ja/või terminaatorjärjestused, antibiootikumi-resistentsust kodeerivad järjestused 2. Geenispetsiifilised meetodid 3. Konstruktispetsiifilised meetodid Geenikonstrukti koosseisu kuuluvate külgnevate elementide ühenduskohad (näiteks promootori ja geeni vahel) 4. Liinispetsiifilised meetodid (sihtmärgi spetsiifilisus kõrge) Peremeesgenoomi ja inserteeritud DNA vahelised integratsioonilookused Võimalik probleem: geenide kuhjumine (stacking) Pesa pCR- 2 praimeri paari (teine paar on esimese lõigu sisene-> tundlikkuse tõstmine) Multiplex PCR- mitu paari praimereid-> mitu järjestust. Hübridiseerimistemp peavad sarnased olema.
a. 5S RNA) - amantiinile mittetundlik. RNA polümeraas II - tuum - pre-mRNAd - täiuslik tundlikkus RNA polümeraas III - tuum - tRNA, snRNA, 5S RNAd - keskmine tundlikkus. 109. Upstream ja downstream järjestused. Transkripti 5'-poolsed järjestused on ülesvoolu (upstream) ja 3'-poolsed järjestused allavoolu (downstream). Konsensusjärjestus - kõige tavalisem või kõige tüüpilisem järjestus, mis esineb väheste modifikatsioonidega lähedaste DNA, RNA või valkude rühmades. Promootori konsensusjärjestused (E.coli): -10 KJ TATAAT mittematriitsahelal; -35 KJ TTGACA, mille tunneb ära sigma faktor; -35 järjestust nim. ka äratundmisjärjestuseks. 110. RNA ahela initsiatsioon prokarüootidel. Sigma faktor. Sisaldab 3 etappi: 1. RNA polümeraasi holoensüümi (a2bb') seondumine DNA promootorpiirkonda. 2. RNA polümeraasi toimel lokaalne DNA ahelate lahtikeeramine ja matriitsahela teke 3. Fosfodiestersidemete esmane teke tekkivas RNA ahelas
RNA süntees lõpeb, kui polümeraas jõuab DNA piirkonnani, mida nimetatakse terminaatoriks Transkriptsiooni produktiks on RNA ahel, milles tümiini (T) nukleotiidid on asendatud uratsiiliga (U). 13. Mis on promootor, mis on enhaanser? promootor on spetsiifiline DNA järjestus, millega seostub RNA polümeraas, alustades sealt transkriptsiooni. enhaanser on DNA järjestus, mis määrab ajalis-ruumilis ekspressioonimustrit ja soodustab promootori aktiivsust. 14. RNAde struktuur ja funktsioon. RNA esmane struktuur – primaarstruktuur. Nukleotiidijääkide hulk ja järjestus RNAs. Tekib sünteesijärgselt. Teisane struktuur. Molekul, milles üksikahelalised lõigud vahelduvad kaksikahelaliste lõikudega. Omavahel paarduvad AU ja GC STRUKTUUR: o tRNA molekulide sekundaarstruktuuri iseloomustatakse "ristikheinalehe" kujuga.
valgu või teiste molekulide sünteesiks. Geen on reeglina (tuumas oleva genoomi või mitokondri) DNA nukleotiidne järjestus, mis on vajalik: a) valgu polüpeptiidi sünteesiks b) RNA molekulide (nagu tRNA ja rRNA) sünteesiks Eukarüootse genoomi geenid on sagedasti ümbritsetud mittekodeerivate aladega. Eukarüootse geeni osad on: - promootor - määrab, kui palju tehakse transkriptsiooni (ja enhaanser - peab tulema promootori juurde, et valk hakkaks tööle) - ekson(id) - moodustavad lõpliku mRNA molekuli - kodeeritav osa. - intron(id) - mittekodeeritav osa - 5’ mittetransleeritav osa (5’ UTR) - 3’ mittetransleeritav osa (3’ UTR) - terminaatorala 42. Nimeta geeni ekspressiooni regulatsiooni tasemeid Eukarüootide geeni ekspressiooni reguleeritakse 3 tasandil: transkriptsioonil, selle järgsel protsessingul ja translatsioonil
supressorvalkude tööd, see tagab nende endi paljunemise 4) viiruseline transaktivatsioon retroviiruste puhul, lisaks viiruse geenidele aktiveerib ka enda geenid 361. Rakuliste onkogeenide aktivatsioonimehhanismid: 4 tüüpi 1)punktmutatsioonid rakulistes proto-onkogeenides 2) rakuliste proto-onkogeenide amplifikatsioon, 3)rakuliste proto-onkogeenide translokatsioon aktiivse promootori/enhanseri alla 4)liit- onkovalkude teke translokatsioonil 362. Onkogeenid: geenid, mille alleelid võivad põhjustada rakkude kontrollimatut jagunemist, avastati esmalt RNA viirustel, Rousi sarkooniviiruse 4st geenist põhjustab kasvajaid v-src-geen, teistel leitud üle 100 virulentse onkogeeni v-onc, 363. Pro-onkogeenid: rakulised regulaarorvalgud, onkogeenide homoloogiad eukarüootide genoomis, põhjustavad intensiivset ja ebanormaalset paljunemist, nim c-src 364
fosforüülituks kuni matriitsilt transkriptsiooni lõpuni. Sarnaselt bakteri RNA polümeraasiga, initseerib RNA polümeraas II geeni transkriptsiooni DNA matriitsilt teatud nukleotiidipaari (lämmastikaluste) juurest või alternatiivina naabernukleotiidipaari juurest. 5' nukleotiid, mis vastab matriitsahela sellele nukleotiidile, millelt transkriptsioon algas, mRNAs cap'takse (lisatakse 7'-metüülguanolaat). 20. Joonista tüüpilise PolII promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni initsiatsiooni käigus seovad. Mediaator kompleks ja selle tähtsus. Promootorid on TATAbox, Initsiaator, CpG. 1 TATA-binding protein seondub, väänab DNA-d 2 TF II B seondub kõikides rakkudes TATA-sse ja initsiatsioonisaidi alasse (tetrameer)
1. Milliseid RNA polümeraasi subühikuid peate transkriptsiooni aktivatsiooni regulatsiooni seisukohalt olulisteks? Selgitage. Aktivatsiooni seisukohalt olulised ja faktor. Eubakterite RNA polümeraas, suurusega 480 kDa, koosneb viiest subühikust. 2ßß` - apoensüüm - koosneb neljast subühikust ja on võimeline katalüüsima RNA sünteesi. ülesandeks on apoensüümi assambleerumine (N-terminus) ja interaktsioon TF-dega või promootori UP-elemendiga (C-terminus). Sageli on transkriptsiooni initsiatsiooniks vajalik ka spetsiifiliste TF-de olemasolu. Kui transkriptsiooni kontrolliv järjestus -35 on vaevu äratuntav on vajlikud transkriptsiooni aktivaatorid. Miks ei ole konsensus igalpool? vaja geeniregulliks. Aktiveeritavatel promootoritel on -35 heksameer konsensusjärjestusest TTGACA märkimisväärselt erinev konsensusjärjestusest ja sel juhul soodustab aktivaator polümeraasi seondumist promootorile.
moduleerida ekspressiooni tasete, „fine tuning“; toimub translatsiooni tasemel. 35.Cis-elemendid, trans-faktorid. Cis-elemendid: Kindlad DNA järjestused (konsensus), mis reguleerivad paljudel geenidel transkriptsiooni. Promootor: TATA box, CAAT box, GC box (ja paljud teised!). eri geenidel eri kombinatsioonid cis-elementidest. Enhaanser (võimendaja)- DNA järjestus, mis määrab ajalis-ruumilist ekspressioonimustrit ja soodustab promootori aktiivsust. Silencer (vaigistaja)- negatiivne regulatsiooni element; represseerib transkriptsiooni (seostumisel teatud valkudega). 36. DNA-valk interaktsioonid. Regulatoorsed valgud omavad DNA-d siduvat domääni, mis on kindla struktuuriga. Valkude aminohappejäägid interakteeruvad DNA alustega H-sidemete kaudu. 37.Rekombinantse DNA metoodika alused. Definitsioon-soovikohaselt muudetud DNA järjestus, selle ekspressioon, tulemus
korrektuuri (proofreading), Uratsiil, mitte tümiin, RNA polümeraas. Transkriptsiooni kolm staadiumi: 1. Initsiatsioon 2. Elongatsioon 3. Terminatsioon Ühesugune pro- ja eukarüootidel. Elongatsioon on konserveerunud kogu elusas looduses. Initsiatsioon ja terminatsioon on erinevad pro-ja eukarüootidel. 1-Initsiatsioon RNA polümeraas ühineb sigma faktoriga (valk), mille järel moodustub RNA polümeraasi holoensüüm. See tunneb ära promootori ja initseerib transkriptsiooni. Sigma faktorit on vaja, et efektiivselt saaks polümeraas ühineda. Erinevad sigma faktorid tunnevad ära erinevad promootor piirkonnad. RNA polümeraasi holoensüümi ühinemisel DNAga viimane keerdub sellelt kohalt lahti. Sellest kui tugevalt polümeraas seondub, sõltub ekspressiooni aktiivsus. 2-Elongatsioon Pärast 8-9 aluspaariga ahela sigma faktor vabastatakse ja läheb uue reaktsiooni läbiviimiseks.
valmistamisel tuli tehnoloogiaga, kus haigust tekitavate mikroorganismide geenid kantakse üle ja ekspresseeritakse tehistingimustes - kergesti kasvatavates organismides (E.coli) Esimeseks oli B-hepatiidi vaktsiin, see ekspresseeriti pagaripärmis. · DNA VAKTSIINID - organismi viiakse DNA plasmiid, mis sisaldab tõvestaja (anti)geene. Plasmiidsel kujul "paljas" DNA sisaldab vähemalt 3 tähtsat komponenti: bakteriaalset replikatsiooni alguspunkti tugeva eukarüootse promootori kontrolli all olevat antigeeni (või mitut antigeeni) selektsioonimarkerit. Esimene ja viimane on vajalik plasmiidi tootmiseks bakterites suurtes kogustes ning et plasmiid poleks võimeline replitseeruma inimese enda rakkudes, teise abil saab vaksineeritav organism ise toota ja modifitseerida antigeeni ning indutseerida selle vastu immuunvastuse DNA vaktsiinidega tekkiv
haigust tekitavate mikroorganismide geenid kantakse üle ja ekspresseeritakse tehistingimustes - kergesti kasvatavates organismides (E.coli, insect, mammalian cells). Esimeseks oli B-hepatiidi vaksiin, see ekspresseeriti pagaripärm Saccharomyces cerevisiae. DNA-vaksiinid organismi viiakse DNA plasmiid, mis sisaldab tõvestaja (anti)geene. Plasmiidsel kujul "paljas" DNA sisaldab vähemalt 3 tähtsat komponenti: a) bakteriaalset replikatsiooni alguspunkti, b) tugeva eukarüootse promootori kontrolli all olevat antigeeni (või mitut antigeeni), c) selektsioonimarkerit. Esimene ja viimane on vajalik plasmiidi tootmiseks bakterites suurtes kogustes ning et plasmiid poleks võimeline replitseeruma inimese enda rakkudes, teise abil saab vaksineeritav organism ise toota ja modifitseerida antigeeni ning indutseerida selle vastu immuunvastuse DNA vaksiinidega tekkiv immuunvastus on tugev ja põhiliselt T-lümfotsüütide vahendatud ( kuigi on võimalik kaasata ka B- lümfotsüüte)
jagunemisvõimeline kuni telomeeride kriitilise pikkuseni ning selle pikkuseni jõudes lõpetab rakk jagunemise(kellamehhanism). Telomeeride pikkus sõltub telomeraasi aktiivsusest. Telomeraasi RNA komponent sisaldab telomeerse DNA-ga komplementaarset järjestust, mis toimib nagu matriits vastavate telomeersete järjestuste sünteesimisel. Seega on telomeraas vastutav telomeeride uuenemise eest. RNA sünteesi põhietapid Pre-initsiatsioon Initsiatsioon Promootori vabastamine Elongatsioon Terminatsioon RNA-de tüübid. • mRNA-d - messenger RNA-d e. käskjalg RNA-d • rRNA-d - ribosomaalsed RNA-d • tRNA - transport RNA-d • snRNA-d - väiksed tuuma RNA-d • snoRNA-d - väikesed tuumakese RNA-d • Erinevad mittekodeerivad RNA-d: mikroRNA-d e. miRNA-d (üheahelalised) siRNA-d - väiksed segavad RNA-d (kaheahelalised) piRNA-d - Piwi segavad RNA-d (tansposoonide vaigistajad sugurakkudes) Tsütoplasma võrgustik (TV)
kutsutakse cis järjestusteks või cis elementideks. RNAP seondub DNA promootorpiirkonnaga koos lisafaktoritega, mis hilisemal ahela pikendamisel (elongatsioonil) ei osale. Selliseid lisafaktoreid tuntakse trans faktorite nime all. Eriti palju on RNAP'ga seonduvaid trans faktoreid eukarüootsetes organismides, kus transkriptsiooni aktiveerivad faktorid (lühend TAF) on määrava tähtsusega transkriptsiooni alustamisel. Lisafaktorid osalevad promootori äratundises ja aitavad RNAP'il seonduda "õige" DNA piirkonnaga. Ka RNA ahela pikendamisel (elongatsioonil) osalevad mitmed lisafaktorid, millest teeme juttu allpool. RNA sünteesi lõpetamine võib vähemalt prokarüootides toimuda nii terminatsioonifaktorite osavõtul (-sõltuv terminatsioon) kui ilma nendeta (-sõltumatu terminatsioon). Eukarüootide transkriptsiooni terminatsioonist on vähem teada, kuid see toimub tõenäoliselt ainult terminatsioonifaktorite vahendusel.
Pärilikkuse tulemusena tekkinud IgE teatud variatsioonid võivad koos MHC II klassi molekulidega soodustada tugeva Th2 tüüpi immuunvastuse kujunemist. Paljud inimesed on seetõttu eelsoodumusega Th2 tüüpi immuunvastusele ning reageerivad ka mõnedele allergeenidele rohkem kui teistele. Ka IL-4 geenide variatsioonide tõttu võib esineda eelsoodumus allergiale. Teatud pärilikku geneetilist variatsiooni IL-4 promootori piirkonnas on seostatud IgE kõrgemate tasemetega atoopia puhul. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi? cmd=Search&db=books&doptcmdl=GenBookHL&term=allergy+AND+imm%5Bbook %5D+AND+125732%5Buid%5D&rid=imm.section.1722#1731 Tähtsamate allergiaga seotud geenide iseloomustus (08.12.loeng 11.-12.slaid) Kromosoom 5 (5q31…33) - sisaldab omavahel tihedasti seostunud geenide klastrit, mis sisaldab IL-
annaabi.ee 
