Nimetu (0)

Q: Mis on TBP funktsioon initisiatsiooni kompleksi tekkes?

Vastus leiad õppematerjalist: Nimetu

Q: Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis?

Vastus leiad õppematerjalist: Nimetu

Q: Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu?

Vastus leiad õppematerjalist: Nimetu

Q: Mis on faktori funktsioon?

Vastus leiad õppematerjalist: Nimetu

Q: Kus toimub transkriptsioon?

Vastus leiad õppematerjalist: Nimetu

Varia - Kategoriseerimata

5 VÄGA HEA

Esitatud küsimused

Mis on TBP funktsioon initisiatsiooni kompleksi tekkes?
Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis?
Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu?
Mis on faktori funktsioon?
Kus toimub transkriptsioon?

MOLEKULAARBIOLOOGIA .

Missugusi geneetiliseinfovahetuse protsesse tähistavad 1) transformatsioon , 2) transkriptsioon 3) translatsioon .
Transkripitsioon – RNA molekuli sünteesimine vastava DNA molekuli pealt RNA-polümeraasi abil.
Translatsioon – valgu sünteesimine vastava mRNA molekuli pealt, toimub ribosoomide abil.
Transformatsioon – pärilik muutus eukarüootse raku omadustes (geneetilise info kadndumine ühest bakterirakust teise, rakust isoleeritud DNA abil).

Mis on TBP funktsioon initisiatsiooni kompleksi tekkes ?
TBP – TATA Binding Protein
TBP seondub DNA TATA-box saidi külge painutades DNA molekuli nurga alla

Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse (vahetult) TBPga?
Mitte kõik, interaktiveeruvad vaid TFIIB ja TFIIF+ polII .

Mis on transkriptsiooni aktivaatori 2 funktsionaalset domääni ja kuidas mutatsioonid ühes või teises neist mõjutavad transkriptsiooni faktori oma-dusi?
Transkriptsioonifaktori kaks funktsionaalset domääni on DNA-siduv domään, mis seondub kindla DNA järjestusega ja aktsivatsioonidomään, mis interakteerub teiste valkudega, et stimuleerida transkriptsiooni lähedaloleva promootori juurest.
Kui N- terminaalne DNA-siduv domään siduda erinevate C-terminaalsete osade külge, siis tema funktsioon säilib. Kompleksid kas moodustuvad või ei moodustu.

Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis?
TBPga seonduvad TFIIB, TFIIA
TBP is a subunit of the eukaryotic transcription factor TFIID.

Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu?
ATPd hüdrolüüsib helikaasse aktiivsusega TFIIH, mis kasutab ATP hüdrolüüsi energiat selleks, et DNA dupleks startsaidis lahti kerida.

Võrdle transkriptsiooni initsitatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüoo-tidel.
Prokarüoodid – toimuvad tsütoplasmas.
*RNA polümeraasi holoensüümi (2α , ß, ß’, σ) seondumine DNA promootorpiirkonda
*RNA polümeraasi toimel lokaalne DNA- ahelate lahtikeeramine ja matriitsahela teke
*Fosfodiestersidemete esmane teke tekkivas RNA ahelas, pärast 8 9 lülitust vabaneb σ- faktor ja põhiensüüm jätkab (2α , ß, ß’) elongatsiooni
σ- faktor tunneb ära -35 või -10 (promootori ülesvoolu, 5’ poolne järjestus) konsensus -järjestust TTGACA
Eukarüoodid – polümeraas ei tunne otseselt ära promootorjärjestust, toimuvad tuumas.
*3 erinevat RNA polümeraasi
*Vajavad erinevaid TF-e
*Initsiatsiooni toimumine peab moodustuma PIC promootoril

Mis on  faktori funktsioon? Mis juhtub  faktoriga initsiatsiooni lõppedes?
Initsiatsioonifaktor, mis tunneb e. coli’s ära promootoris järjestuse -10-35 regiooni vahel. Vajalik RNA polümeraasi spetsiif. seondumiseks promootoralale, transkriptsiooni avatud kompleksi moodustumine. Ilma faktorita on alguses RNA-pol. inaktiivne. Faktor vabaneb pärast esimese 10 nukleotiidi sünteesi.

Defineeri prokarüootne operon. Kirjelda geeni aktivatsiooni protsessi pro-karüoodis trp või lac operoni näitel.
Funktsioneeriv üksus, nukleotiidne järjestus sisaldab:
* operaator – DNA lõik, mis aktiv /inhib strukt. geene; sinna seostuvad aktivaator / repressor
* promootor – RNA-pol seondumiskoht + initsiatsioon
* struktuurne geen – sellelt toodetakse mRNA
*regulaatorgeen – st. repressor, mis kodeerib regulaatorvalgu, mis seondudes operaatoriga takistab transkriptsiooni.
Operon – kobar järjestikuseid geene, mida transkribeeritake ühelt promootorilt ning mille transkript omab paljude erinevate valkude transleerimiseks vajalikku järjestust.
lac-operon – valke toodetakse vaid laktoosi olemasolul
Laktoosi operon sisaldab – promootor, operaator, 3 struktuurset geeni : lacZ, lacY, lacA (esimesed 2 vajalikud).
Lac operon on indutseeritav, sest geenid avalduvad vaid laktoosi olemasolul. Kui induktorit rakus pole – lacI (lac operoni regulaatorgeen) kodeerib repressorvalgu, mis on seondunud operaatoriga ja operoni transkriptsioon on alla surutud. Allolaktoosi seondumine repressoriga põhjustab repressori dissots. operaatorilt.

Mis on peamine erinevus prokarüootse mRNA ja eukarüootse mRNA vahel?
Prokarüootides transkribeeritakse üks polütsistoorne mRNA, mis hiljem transleeritakse mitmeks eri valguks.
Eukrüootides transkribeeritakse monotsistroonne mRNA, millest hiljem sünteesi-takse 1 valk.

Võrdle prokarüootsete ja eukarüootsete RNA polümeraaside struktuuri ja funktsiooni.
Eukaryotes have several types of RNAP, characterized by the type of RNA they synthesize:

RNA polymerase I synthesizes a pre-rRNA 45S, which matures into 28S, 18S and 5.8S rRNAs which will form the major RNA sections of the ribosome.
RNA polymerase II synthesizes precursors of mRNAs and most snRNA and microRNAs. This is the most studied type, and due to the high level of control required over transcription a range of transcription factors are required for its binding to promoters.
RNA polymerase III synthesizes tRNAs, rRNA 5S and other small RNAs found in the nucleus and cytosol.

There are other RNA polymerase types in mitochondria and chloroplasts.
In bacteria, the same enzyme catalyzes the synthesis of mRNA and ncRNA.
RNAP is a relatively large molecule. The core enzyme has 5 subunits (~400 kDa):

α2: the two α subunits assemble the enzyme and recognize regulatory factors. Each subunit has two domains: αCTD (C- Terminal domain) binds the UP element of the extended promoter, and αNTD (N-terminal domain) binds the rest of the polymerase.
β: this has the polymerase activity (catalyzes the synthesis of RNA) which includes chain initiation and elongation .
β': binds to DNA (nonspecifically).
ω: restores denatured RNA polymerase to its functional form in vitro . It has been observed to offer a protective/chaperone function to the β' subunit in Mycobacterium smegmatis. Now known to promote assembly .

In order to bind promoter- specific regions , the core enzyme requires another subunit, sigma (σ). The sigma factor greatly reduces the affinity of RNAP for nonspecific DNA while increasing specificity for certain promoter regions, depending on the sigma factor. That way, transcription is initiated at the right region. The complete holoenzyme therefore has 6 subunits: α2ββ'σω (~480 kDa). The structure of RNAP exhibits a groove with a length of 55 Å (5.5 nm) and a diameter of 25 Å (2.5 nm). This groove fits well the 20 Å (2 nm) double strand of DNA. The 55 Å (5.5 nm) length can accept 16 nucleotides.
When not in use RNA polymerase binds to low affinity sites to allow rapid exchange for an active promoter site when one opens. RNA polymerase holoenzyme, therefore, does not freely float around in the cell when not in use.

Joonista tüüpilise PolII promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni initsiatsiooni käigus seovad. Mediaatorkompleks ja selle tähtsus.
5’...... TATAAA ...3’
TATAbox
TATAboxile:

Seondub TFIID (TBP kaudu)
TFIID’le seondub TFIIA ülavoolu
TFIIB seondub alavoolu TFIID’le
Seondub RNA-polümeraas II kompleks TFIIF-ga
Seonduvad tekkinud kompleksiga TFIIE ja TFIIH

Mediaatorkompleks – transkriptsiooni koaktivaator, seostub RNA-polII C-terminaalse domääniga ning vahendab TF-dega; multiproteiinkompleks.

PolI ja PolIII -sõltuv transkriptsioon. Mille poolest need erinevad PolII-sõltuvast transkriptsioonist?
Erinevalt PolII-st ei vaja teised transkriptsiooni initsiatsiooniks ATP hüdrolüüsi ensüümi.
PolI sõltuv transkriptsioon – rRNA:
PolI initsiatsioonikompleks saab alguse kui multimeerne ülesvoolu aktivatsiooni-faktor (UAF) seondub ülesvoolu elemendiga. Kaks USFi alaühikut on histoonid , mis arvatavasti võtavad osa DNA seondumisel. Järgmisena seondub trimeerne tuumikfaktor koos TBPga, mis omakorda seondub nii UAFiga kui tuumik -faktoriga. Viimasena seondub PolI-Rrn2p kompleks juba ees olevate valkudega startsaidi lähedusse. Inimese rakkudes on TBP seotud kolme teise polüpeptiidiga, moodustades initsiatsiooni faktori SL1, mis seondub tuumikpromootorelemendile.
PolIII sõltuv transkriptsioon – tRNA,5 srRNA + väikesed RNA-d:
PolIII sünteesib tRNAd ja 5S-rRNAd. Igas tRNA geenis on olemas sisemised promootorelemndid A box ja B box. Need alad ei funktsioneeri ainult promoo-toritena, vaid kodeerivad kahte eukarüootse tRNA osa, mis on vajalikud valgu-sünteesiks. 5S-rRNA geenis on üks sisemine kontrollala C box, mis käitub promootorina. tRNA ja 5S-rRNA sünteesiks on vajalikud kaks multimeerset valku – TFIIIB ja TFIIIB ning 5S-rRNA sünteesiks on veel vajalik ka faktor TFIIIA. PolIII sõltuvas transkriptsioonis seonduvad generaalsed transkriptsiooni- faktorid DNA promootorile kindlas järjekorras.

Kus toimub transkriptsioon? Kus transkriptsioonifaktorid rakus paiknevad? Too näiteid, kuidas transkriptsioonifaktorite post-translatsioonilised modifi-katsioonid mõjutavad nende a) DNAle sidumisvõimet ja b) nende võimet initseerida transkriptsiooni.
Transkriptsioon leiab aset tuumas, motkondris, kloroplastis(eukarü.) ning tsüto- plasmas (prokarü.). Transkriptsioonifaktorid paiknevad tsütoplasmas (seovad ligandi – liiguvad tuuma).

DNAle sidumise võime muutumine – nt. STAT valk peab olema fosforüleeritud, et seonduda DNA-ga

.DOC Laadi alla originaalfail 7 lk · .doc · 29 allalaadimist

50 punkti Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 50 punkti.

~ 7 lehte Lehekülgede arv dokumendis

2013-01-07 Kuupäev, millal dokument üles laeti

29 laadimist Kokku alla laetud

0 arvamust Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid

Mumm Õppematerjali autor

Molekulaarbioloogia Transkripitsioon Translatsioon Transformatsioon

Sarnased õppematerjalid

docx

Molekulaar- ja rakubioloogia konspekt

TRANSLATSIOON e valgusüntees, toimub tsütoplasmas, ribosoomides. Aminohapetest sünteesitakse polüpeptiidahel. Protsessi viib läbi ribosoomikompleks, mis koosneb: · 30S subühikust (eukar: 40S) ja 50S subühikust (prokar: 60S); või vastavalt väike ja suur subühik · mRNA (sisaldab geneetilist koodi) · initsiaator-tRNA · initsiatsiooni- või elongatsioonifaktor (oleneb faasist). Protsessis on kolm faasi: initstiatsioon -> elongatsioon -> terminatsioon. Ribosoom läbib selle käigus valgusünteesi ribosoomi tsükli. Vastavalt faasidele toimub: funktsionaalse ribosoomi moodustumine -> aminohapete lisamine peptiidahelasse -> sünteesitud valgu vabastamine ribosoomist. Tegu on kahe-astmelise dekodeerimisprotsessiga: 1. preribosomaalne etapp -> aminoatsüül-tRNA süntees 2. ribosomaalne etapp -> koodon-antikoodon translatsioon ja peptidsideme süntees ribosoomil. Avatud lugemisraam e valkukodeeriv järjestus - nukleiinhappe järjestus, mis

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

docx

Molekulaar- ja rakubioloogia KT II

1 MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA | YTM0011 II KONTROLLTÖÖ KORDAMISKÜSIMUSED | MIHKEL HEINMAA TTÜ YAGB31 | 08/10/10 TRANSKRIPTSIOON JA GEENI REGULATSIOON 1. Missuguseid geneetilise infovahetuse protsesse tähistavad a) transformatsioon, 2) transkriptsioon 3) translatsioon. Transformatsioon on geneetilise info ülekandumine ühest bakterirakust teise rakust isoleeritud DNA abil. Transkriptsioon ehk RNA süntees on DNA ühe ahela (matriitsahel) alusel komplementaarse RNA ahela süntees. Translatsioon on mRNA põhjal ribosoomides valguahela süntees. 2. Võrdle transkriptsiooni initsiatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüootidel. Prokarüoodi transkriptsiooni initsiatsioon: RNA polümeraas seondub ühega paljudest spetsiifilistes tranksriptsiooni faktoritest (-fa

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

doc

Molekulaarbioloogia teise KT vastused

1. Transformatsioon - geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakku isoleeritud DNA abil. Transformatsioon võib toimuda ka looduslikes tingimustes. Sel juhul kandub elusrakkudesse surnud rakkudest vabanenud DNA. Transkriptsioon ümberkirjutamine, DNA ühe ahela alusel komplementaarse RNA molekuli süntees. Translatsioon mRNA põhjal ribosoomides valguahela sünteesimine ehk lihtsamalt öeldes valgu süntees. (RNA alusel valgu süntees tsütoplasmas paiknevatel ribosoomidel.) Translatsiooniprotsess loob geneetilise koodi ehk vastavuse mRNAde nukleotiidahelate ja valkude polüpeptiidahelate vahel. 2. Initsiatsioon prokarüootidel: transkriptsioon algab sellega, et protsessi läbiviiv ensüüm RNA polümeraas kinnitub struktuurgeenide ees asuvas promootoris sisalduvatele transkriptsiooni algussignaalidele. RNA polümeraas ei vaja transkriptsiooni initsiatsiooniks praimerjärjestust nagu seda vajas DNA polümeraas. Promootori piirkonnas, 10np transkriptsi

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

doc

Spikker molekulaarbioloogia teiseks kontrolltööks

Cappimine- Kui RNAPolII on jõudnud sünteesida uuest transkriptist 25-30 nukleotiidi, siis 7metüülguanosiin ja teised 5'cap komponendid on juba mRNAde 5' otsa küljes. Seda algset staadiumi RNA protsessingus katalüüsib dimeerne capping ensüüm, mis seostub RNAPolII fosforüülitud CTDgaPolI- sünteesib ribosomaalset RNAd. CTD saba polII´l karboksüterminaalne domään, PolII- võib reguleerida väikesi tuuma RNAsid.PolII omab forforüleerivat karboksüterminaalset domääni.Osaleb lühikeste RNAde sünteesis( U6, 7s) Poly(A) saidid- elemendid ( konkreetsed järjestused) mille peale istub RNA sünteesi lõpetav/termineeriv kompleks lisatakse u 200bp adeniini saba. Pre-mRNA- 5'müts, eksonid, intronid, kaitsev 3' saba millel Poly(A) järjestus. Pre-mRNA allutatakse splaissingule-tekib küps mRNA mille tunnuseks on 5' cap ja 3' saba. RNProteins tunnevad ja detekteerivad RNAd tekib RNParticle. AG reegel- Ülavoolu: Intron algab GUga, eks

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

docx

Molekulaarbioloogia II osa

1. Mis on sidumissait? Mille poolest ta a) sarnaneb, b) erineb TATAbox- st? 2. Sidumissait - regioon (valgus, DNA-s jne), mis on spetsiifiliseks seostumiseks teistele molekulidele, ioonidele. It is a region on a protein, DNA, or RNA to which specific other molecules and ions -- in this context collectively called ligands, or more specifically, protein ligands -- form a chemical bond. 3. TATA-box is a DNA sequence (Cis-regulatory element) found in the promoter region of most genes in eukaryotes. It is the binding site of either transcription factors or histones and is involved in the process of transcription by RNA polymerase. It has the core DNA sequence 5'- TATAAA-3' or a variant, which is usually followed by three or more adenine bases and has been highly conserved through evolution. The TATA box is usually located 25 base pairs upstream to the transcription site. 4. Nimeta peamised DNAd siduvad domäänid, mis on iseloomulikud transkript-sioonif

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

docx

Geenide regukatsioon

Geenide regulatsioon Geenide ekspressioon = avaldumine Geenide ekspressiooni erinevused võimaldavad erinevaid rakumorfoloogiaid Inimese vananemine on geenide ekspressiooni muutus Kloonimine on geenide avaldumise reprogrammeerimine Mis on geen? • Tänapäeval on geeni mõistet raske defineerida. Varem oli lihtsam: üks geen – üks polüpeptiid. • Geen kui geneetilise informatsiooni üksus • Geen on reeglina (tuumas oleva genoomi või mitokondri) DNA nukleotiidne järjestus, mis on vajalik: a) valgu polüpeptiidi sünteesiks b) RNA molekulide (nagu tRNA ja rRNA) sünteesiks • Eukarüootse genoomi geenid on sagedasti ümbritsetud mittekodeerivate aladega. Homoloogsed, paralo ogsed ja ortoloogsedgeenid Homoloogsed geenid on need, mis on omavahel sarnased. Enamasti on nad evolutsiooni käigus tekkinud ühest ja samast eellasgeenist • Kui homoloogsed geenid on sama l

Bioloogia

194

docx

Molekulaarbioloogia

Molekulaarbioloogia Molekulaarbioloogia – tegeleb päriliku info kodeerimise, säilitamise ja ülekande mehhanismi uurimisega, samuti päriliku info realiseerumise molekulaarsete mehhanismidega (kuidas info geenides määrab elusorganismi ehituse ja tema funktsioneerimise. Uurib füüsikalis-keemiliste struktuuride ja biokeemilis-füsioloogiliste funktsioonide vastavust. Teadussuund hakkas arenema pärast makromolekulide ruumilise struktuuri kindlakstegemist (DNA 3-ruumiline struktuur). Molekulaarbioloogia dimensioon – 1 A – 300 A (üle 500 – rakubioloogia, alla 1 - biofüüsika) 1 A (ongström) = 10 -10 m 1nm = 10 A 2-ahelalise DNA läbimõõt – 20 A kovalentne side – 1,5 A globulaarse valgu d – 50 A dsDNA (double stranded) d – 50 A ribosoomide, valgumolekulide d – 200-300 A DNA aluspaaride vahe – 3,4 A vesiniksideme pikkus – 3 A nukleosoom – 60x110x110 A bakteri ribosoom – 200x200x230 A tuumapoorid – 120x120x75 A bakteriaalne RNA polümeraas – 90x90x60

Bioloogia

docx

Rakubioloogia 2

1. DNA replikatsioon * DNA replikatsioonikahvli struktuur Replikatsioonikahvel on Y-kujuline aktiivne struktuur, mis moodustub sünteesilookuse juures, kus 2-ahelaline DNA läheb üle 1-ahelaliseks. See tekib rakutuumas DNA replikatsiooni ajal. Selle loovad helikaasid, mis lõhuvad kahte DNA ahelat koos hoidvaid vesiniksidemeid. Selle tulemusena tekib kaks üksikahelat, mis moodustavadki kahvli harud. Need üheahelalised harud on aluseks juhtiva ja mahajääva ahela tekkele. * Imetaja DNA replikatsiooni kahvel (vt ka seminari materjali) 3` 5` 3` Topoisomeraas I liudklamber liugklamber Keerab ahela lahti 3 5 ` ` Klaambri laadur 5 ` Inimese rakutuumas sünteesitakse juhtiv ja mahajääv ahel Pol ja Pol abil ning mitokondris Pol abil. keerab ahe

Rakubioloogia

Rohkem sarnaseid