51 jääki aga glutaminsüntetaasis 468. Molekulmass 5733Da 60000Da. Valkude polüpeptiidide ahelate pikkus on tavaliselt 100-2000 aminohappe jääki kuid on ka väga suuri erandeid näiteks: inimese südame lihase valgus 26926 aminohappe jääki. Makrostruktuur- Monomeerse valgu mõiste- On valgud mis koosnevad ühest polüpeptiid ahelast. Oligomeerse valgu mõiste- On valgud mis koosnevad rohkem kui ühest polüpeptiid ahelast. 2. Valkude arhitektuur - konfiguratsiooni ja konformatsiooni mõisted, kolme(nelja) struktuuritaseme iseloomustus ja kirjeldus. Primaarstruktuuri mõiste ja ise-loomustus. Konfiguratsioon- On valgu struktuuri muutumine lõhkudes olemasolevad kovalentsed sidemed ja luua nendest uued Konformatsiooni - valgu kolmemõõtmelise struktuuri muutumist ilma kovalentsete sidemete lõhkumiseta nimetatakse valgu konformatsiooniks. Mis tuleneb vabast rotatsioonist ümber C-C sideme. Nelja struktuuritaseme iseloomustus ja kirjeldus-
neurodegeneratiivsed haigused, mida põhjustavad prioonid - patogeenid, millel puuduvad informatsioonilised nukleiinhaped. Histopatoloogiliselt iseloomustab neid haigusi kesknärvisüsteemi käsnjas degeneratsioon. Prioonhaigused teeb eriliseks see, et nad on nii nakkuslikud kui ka pärilikud. Prioonid kui nakkustegurid erinevad põhimõtteliselt teistest nakkushaiguste tekitajaist. Valgumolekulidena nad ei paljune bioloogilises mõttes, vaid muudavad rakus sünteesitava valgu struktuuri enda konformatsiooni järgi. Kuru on neurodegeratiivne haigus, mida iseloomustab amüloidinaastude ladestumine neuronites ning peaaju hallolluse koldeline hävimine. Kliiniliselt meenutas kuru CJD'd, esines väikeaju ataksia, käitumise muutused, nõtrus, müokloonia. Haigus avastati 1950ndatel Paapua Uus-Guinea mägismaal elava fore hõimu hulgas. Haigus esines peamiselt naiste ja laste hulgas, meestel harva. Selgus, et see on seotud sealse kannibaalse rituaaliga: nimelt keedeti surnud
Tandeemselt kõrgeltkorduv mittekodeeriv DNA Esineb tandemkorduste blokkidena, mis võivad olla lihtsad (<10 bp) või keskmiselt kompleksed (10-100 bp). Sõltuvalt blokkide suurusest jaotatakse kolmeks alamklassiks: 1) Satelliit DNA 2)Minisatelliit DNA. 3)Mikrosatelliit DNA 1)Satelliit DNA: koosneb väga pikkadest tandeemsetest DNA korduvjärjestustest, mis võivad olla lihtsad ja keskmiselt keerulised.*Moodustab peamise osa heterokromatiinist ning paikneb peamiselt peritsentromeerselt. Esineb kolme tüüpi I, II, III, mida saab eraldada tiheduses gradient tsentrifuugimisega. Tüübid jaotatakse omakorda alamklassideks. *Eraldi klass alpha satelliit DNA (alphoid DNA). Koosneb 171 bp tandeemsest kordusest tsentromeerses heterokromatiinis. Funktsioon teadmata (tsentromeeri seostumisvalgu CENP-B sait) 2)Minisatelliit DNA: *Keskmise suurusega tandeemsed DNA kordusjärjestused. *Hüpervariaabel minisatelliit DNA on kõrge polümorfsusega ja organiseeritu...
Multimeer e. polümeer – ühend, mis koosneb paljudest monomeeridest. Merkaptoetanool – HS-CH2-CH2-OH; kasutatakse S-S e. väävelsildade lõhkumiseks. Uurea e. karbamiid – H2N – C(=O)- NH2; ühend, mille koostis viiakse organismist välja üleliigne lämmastik; kasutatakse ka valkude denatureerimiseks? Anfinseni eksperiment – Anfinsen tõestas eksperimentaalselt, et denatureeritud natiivsed valgud taastavad iseeneslikult(!) oma natiivse konformatsiooni, kui denatureerivad ained eemaldada. Järeldus: info valkude õigete sekundaar- ja terstiaalstruktuuride moodustamise kohta peab sisalduma juba primaarstruktuuris e. primaastruktuuri järgi peab olema võimalik tuletada valgu ruumilist struktuuri (aga ei osata...veel). Müoglobiin ja hemoglobiin – mõlemad on heemi prosteetilise rühmana sisaldavad valgud ja füsioloogiline tähtsus seisneb võimes siduda hapnikku (heem otseselt seotud hapnikuga).
Stabiliseerivad sidemed: Vesiniksidemed, mis tekivad peptiidsideme koostisesse kuuluvate amiidrühma H ja karbonüülrühma O aatomite vahel. Teised beeta-struktuurid: · pöörded · mõhk või kink 2. Tertsiaarstruktuur (tekib aminohapete omavaheliste külgahelate seondumisel) Kogu valgumolekulile iseloomulik ruumiline struktuur. Polüpeptiidahel omandab keraja (globulaarne valk) või niitja (fibrillaarne valk) konformatsiooni. Tertsiaarstruktuuri stabiliseerivad peamiselt kõrvalahelate (R-rühmade ehk radikaalide) vahelised vesinik- ja ioonsidemed. · Globulaarsed valgud: Struktuuride tüübid: · Antiparalleelse alfa-helikaalse struktuuriga valgud · Paralleelse või segatüüpi beeta-leht struktuuriga valgud · Antiparalleelse beeta-leht struktuuriga valgud · Metalli- ja disulfiidirikkad valgud Pakkimise põhimõtted: · Peptiidahel peab pakkimisel arvestama piirangutega, mis tulenevad tema struktuurist
theory." John Kendrew kommenteerides esimest globulaarse valgu kristallstruktuuri, Cambridge University, 1958 Valkude struktuurse organisatsiooni tasemed 1. Primaarstruktuur aminohappeline järjestus PRIMAARSTRUKTUUR. Aminohappe jääkide lineaarne järjestus 2. Sekundaarstruktuur polüpeptiidahela peaahela ehk selgroo aatomite lokaalne paigutus arvestamata külgahelate konformatsiooni 3. Tertsiaarne struktuur Polüpeptiidi kui terviku ruumiline struktuur 4. Kvaternaarne struktuur subühikute ruumiline organisatsioon Valgu ruumilise struktuuri määravad: heeliks leht SEKUNDAARSTRUKTUURID DOMEENID ehk SUPERSEKUNDAARSTR · peaahela ja kõrvalahela lubatud konformatsioonid · struktuuri stabiliseerivad
hindamine) Konfiguratsioon – aatomite või aatomgruppide ruumiline paiknemine molekulis üksteise suhtes Orgaaniliste ühendite mittetasapinnalisus on tingitud: C-aatomi sp 3 hübridisatsioonist Aatomitevahelistest interaktsioonidest molekulis Konformatsioon – ruumiliselt erinevad geomeetrilised vormid vaba pöörlemise tõttu, mida võimaldab C-aatomi sp3- hübridiseerunud olek. Molekul võtab alati energeetiliselt stabiilsema konformatsiooni, mis on ka tema funktsiooni aluseks. Molekulis toimub pidev üleminek ühest konformatsioonist teise – kui pole suuri asendjaid (fn rühmi), H-sidemed Konformatsioon – ruumiliselt erinevad geomeetrilised vormid vaba pöörlemise tõttu, mida võimaldab C-aatomi sp3- hübridiseerunud olek. Molekul võtab alati energeetiliselt stabiilsema konformatsiooni, mis on ka tema funktsiooni aluseks. Molekulis toimub pidev üleminek ühest konformatsioonist teise –
Mehhanism, kus aktiivne valk saadakse pärast valgu autokatalüütilist modifitseerimist- lõigatakse välja osa järjestusest (intein) ja ligeeritakse ülejäänud valk kokku Valkude struktuurid ja funktsioon Valkude põhiomadus siduda teisi valkemolekulaarne komplementaarsus Ligand mingi valguga spetsiifiliselt interakteeruv molekul Polüpeptiidid Mittevalgulised Ligandi seondumine kutsub esile märklaudvalgu (retseptori või ensüümi) konformatsiooni muutuse Ligandi (k.a ensüümi) spetsiifilisuse mõõt on afiinsus Mehhanismid, mis reguleerivad valkude funktsionaalsust Allosteerilised üleminekud (allosteeriline kontroll) Katalüütiliste subühikute konformatsiooni muutus allosteerilise regulaatori seondumise järgselt, üleminek aktiivse ja mitteaktiivse vormi vahel (active and inactive state) Ligandide kooperatiivsed efektid (ühe ligandi seondumine kas
1) Biokeemia põhiülesanne: Kirjeldada raku koostsimolekulide struktuure, nende füüsikalisi ja keemilisi omadusi. Kirjeldada, kuidas raku koostismolekulid funktsioneerivad molekulraatasemel. 2) Konfiguratsioon: Aatomite ruumiline paiknemine molekulis üksteise suhtes. 3) Konformatisoon: Ruumiliselt erinevad geomeetrilised vormid , mis tekivad molelukide vaba pöörluse tõttu ümber üksiksideme. Molekul võtab alati energeetiliselt stabiilseme konformatsiooni. 4) Biomolekulide ühinemine ja polümeeride stabiliseerimine: Monomeerid ühinevad üksteisega kovalentsete sidemetega. Stabiliseerivad Londoni dispersioonijõud, dipool, vesiniksidemed, ioonsus ja hüdrofoobsus. 5) Londoni dispersioonijõud: Väga nõrgad, lühiajalised külgetõmbe-tõukejõud. Ühe molekuli aatom + tõmbab enda poole teise molekuli aatomi elektropilve -. Kohe mõjuvad nende molekulide tõukejõud. Mitttepolaarsete piirkondade vahel.
NB! Membraanpotentsiaal soosib K+ pumpamist rakku Gtotal = 40,65 kJ/mol + 1,94 kJ/mol = 42,59 kJ/mol Rakus valitsevatel tingimustel on ATP hüdrolüüsi G reeglina vahemikus 45 kJ/mol kuni 50 kJ/mol Pumba kasutegur vahemikus 85% kuni 95% Kuidas Na+-K+ ATP-aas töötab? Pump võib esineda kahe konformatsioonilise vormina: Sisekeskkonda avatud kõrge afiinsus Na+ suhtes Väliskeskkonda avatud kõrge afiinsus K+ suhtes Valgu fosforüleerimine põhjustab sisse avatud konformatsiooni ülemineku välja avatud konformatsiooniks Kardiotoonsed steroidid nagu ouabaiin ja digitoksiin seostuvad pumbale ja lukustavad selle välja avatud konformatsiooni Kotransport süsteemid: sekundaarne aktiivne transport ATP hüdrolüüsi energia arvel töötavad ioonpumbad genereeivad membraanile ioonide gradiente (primaarne aktiivne transport) Ioongradiendid asuvad tasakaaluolekust kaugel ja kujutavad endast potentsiaalseid energiaallikaid
- Monomeer üks polüpeptiidahel - Multimeer mitu polüpeptiidahelat Homomultimeer sama tüüpi ahelad Heteromultimeer kaks või enam ahelatüüpi Valgu aminohappeline järjestus on igale valgule omane unikaalne tunnus. Kodeeritud vastava DNA lõigu nukleotiidide järjestusega. Polüpeptiidahelat loetakse amino- ehk N-termimusest kasboksüül- ehk C-terminuse suunas. 2. Valkude arhitektuur - konfiguratsiooni ja konformatsiooni mõisted, nelja struktuuritaseme iseloomustus ja kirjeldus. Primaarstruktuuri mõiste ja iseloomustus. Konformatsioon valgu ruumiline struktuur Konfiguratsioon näitab aatomite (molekulide) paigutust ruumis. Struktuur jääb samaks. Valkude arhidektuuris eristatakse nelja struktuuritasandit: - Primaarstruktuur aminohappe järjestus polüpeptiidis kovalentsed sidemed - Sekundaarstruktuur valgu lokaalsed struktuuriühikud H-sidemed lähestikku
(regulatoorsed) tsentrid. Oligomeerne valk, kus on aktiivtsenter ja regulatoorne ühik, kus on allosteeriline tsenter. Substraat tuleb aktiivtsentrisse, regulaator tuleb allostreerilisse tsentrisse ja see vastavalt kas peatab või kiirendab reaktsiooni. · Allosteeriline aktivatsioon seostub egektor E-mi aktiveeriva allosteerilise tsentriga. Toimuv ensüümi konformatsiooni muutus muundab aktiivtsentri ruumilist ehitust nii, et S-di sidumine ja katalüüs on oluliselt efektiivsem. · Allosteeriline inhibitsioon seostub efektor E-mmi inhibeeriva allosteerilise tsentriga. Toimuv ensüümi konformatsiooni muutus
13. Piison 13 0,03 4 14. Sorthorn 11 0,02 0 Kokku 44332 100,00 14774 (PRIA andmete põhjal koostanud Aigar Suurmaa) VEISERÜMPADE HINDAMINE Lihakusklassid SEUROP süsteemis Veiserümbad jaotatakse lihaste arengu ehk konformatsiooni järgi kuude põhikassi (S-E-U-R- O-P), kusjuures lihakusklassi määramisel pööratakse tähelepanu rümba väärtuslikumatele piirkondadele, so reie-, selja- ja abapiirkonna lihastele. Lihakusklasside määramisel suurema täpsuse saavutamiseks, ehk kui tekivad raskused täisklassi määramisel, on S-E-U-R-O-P klassid jaotatud alamklassideks, mida tähistatakse märkidega "+" ja "-", näiteks R+ ja R-. Määrusega "Veiserümpade kvaliteedi-klasside nõuded ning nõuetekohasuse määramise
MOLEKULAARMOOTORID 1) Motoorsete valkude (=molekulaarmootorite) mõiste, funktsioneerimise põhimõte, esindajad ja molekuli ehitus. Motoorsed valgud e. mootorvalgud - valgud, mis transformeerivad ATP-energia liikumisenergiaks. ATP hüdrolüüs kutsub esile ja kontrollib mootorvalgu konformatsiooni muutusi, mille tulemusena toimub ühe molekuli libisemine või sammumine teise suhtes. Suunatud liikumise tekkeks peavad mootorvalgud pöörduvalt assotiseeruma/dissotsieeruma valgu (polümeeri), pinna või rakuorganelliga. Molekulaarmootorid on lineaarsed või roteeruvad. Lineaarsed - libisevad/roomavad mööda polümeeri; roteeruvad - töötavad rootor-staator põhimõttel. Mootorvalgud on nt. müosiin, düneiin, kinesiin. Müosiin koosneb 2 raskest ja 4 kergest ahelast (vt
renatureerimiseks on vajalikud kofaktorid, valgu ligandid, mis stabiliseerivad tema ruumilst struktuuri. Sellised kofaktorid võivad olla näiteks metalli ioonid, mis moodustavad valgu struktuuris koordinatiivseid sidemeid. Renatureerimine on aeglane protsess võrreldes valgusünteesi käigus toimuva struktuuri tekkega. Renatureerumist kiirendavad mitmed ensüümid (valgu disulfiid isomeraas, peptidüül-prolüül isomeraasid), mis kiirendavad disulfiidsidemete vahetust või proliini konformatsiooni muutust. Valkude renatureerimist kiirendavad molekulaarsed chaperonid. 11 Valkude natiivne pakkimine, chaperonid Valkude pakkimine natiivseteks toimub posttranslatsiooniliselt: -valk peab saavutama natiivse 3D struktuuri; -valk peab siduma kofaktorid; -valgud modifitseeritakse ensümaatiliselt; -valgud peavad komplekseeruma teiste alaühikutega Valkude kõrgemad struktuurid on kodeeritud tema järjestuses. Valkude pakkimine natiivseteks toimub posttransaltsiooniliselt
* ekstratsellulaarne hormooni sidumissait * intratsellulaarne katalüütiline domeen · Oligomeersed ioonkanalid · Tuumaretseptorid 10. Joonistage cAMP molekuli põhimõtteline struktuur ja näidake, mille poolest cAMP ja AMP struktuurid erinevad. Kirjeldage cAMP bioloogilist rolli. cAMP on sekundaarne signaalmolekul. See sünteesitakse ATP-st adenüültsüklaasi poolt ja degradeeritakse fosfodiesteraasi toimel. Hormoon stimuleerib membraaniretseptori konformatsiooni muutuse, mis aktiveerib GTP-siduva valgu ehk G valgu, mis omakorda aktiveerib adenüültsüklaasi. 11. Mis on G-valgud? Iseloomustage G-valkude molekuli ehitust ja bioloogilist rolli. Proto-onkogeenide poolt kodeeritavad valgud, mis aktiveerivad või inhibeerivad sekundaarseid vaheülekandjaid sünteesivaid ensüüme või moduleerivad ioonkanaleid; guanosiinfosfaate siduvad valgud ja nad kuuluvad GTP-d siduvate valkude perekonda ning on looduses laialdaselt levinud rakuprotsesside regulaatorid
Prioonid e. priionid on normaalsete valkude nakkuslikud vormid, mis muudavad terveid valke endasarnasteks. Prioonvalgul on olemas kaks erinevat konformatsiooni: rakkudes ohutu PrPC-vorm ning haigusi põhjustav PrPSc-vorm. Normaalseid PrPC-vormis valke võib leida kõikide imetajate ajukudedest, nende ülesanded ajus pole täpselt teada, ent arvatavasti edastavad need ajus levivaid molekulaarseid signaale ning reguleerivad ööpäevaseid rütme
edasiliikumisel see hüppab müeliiniga kaetud kohtadest (~1mm pikkused) üle. Müeliini tekitavad perifeerses närvisüsteemis Schwanni rakud, mis ümbritsevad neuroneid, ja tsentraalses närvisüsteemis oligodendrotsüüdid. 26. Defineerige signaalmolekul (sünonüümid - neuromediaator, neurotransmitter, virgatsaine). Keemiline ühend, mis tagab rakkudevahelise informatsiooni vahetuse, signaalide edasikandumise. Märklaudrakkudega seonduv signaalmolekul põhjustab konformatsiooni muutust retseptoris ning sellele järgnevalt erinevate protsesside läbi muutust raku talitluses. 27. Kuidas toimub signaalmolekuli sekreteerimine sünapsisse ja kuidas indutseeritakse sünapsijärgses neuronis närvi-impulsi teke. Sünapsieelse raku aksoni terminal sisaldab neurotransmitteritega täidetud vesiikuleid. Kui signaal aktsioonipotentsiaali näol jõuab terminalini, tõuseb seal Ca sisaldus tsütosoolis. See põhjustab osade vesiikulite sisu liikumist rakkudest välja paiskamise
4. Selgitage kooperatiivse seostumise olemust. Kooperatiivsus – allosteriliste efektide vorm, mille käigus ühe ligandi seostumine retseptoriga/substraadiga muudab teiste retseptorite/substraatide afiinsust ligandi suhtes. Skemaatiliselt: Ligand + multimeerse valgu üks subühik → teise subühiku afiinsuse muutus ligandi suhtes. Nt.hemoglobiin on võimeline seostuda 4 hapnikuga. Ühe hapniku seostumine muudab selle konformatsiooni ja teiste saitide afiinsust. 4.1 Kuidas kirjeldatakse kvantitatiivselt kooperatiivset seostumist? Kirjeldatakse Hilli võrrandiga. Seostumise tasakaal valguga, millel on n seostumissaiti: P + nL PLn Y log ( 1−Y )=nlog [ L ]−log K d ; Kd=[L]n0,5 4.2 Mis on Hill’i koefitsent? Hilli koefitsient (nH) – suurus, mis iseloomustab ligandi seostumist.
Signaaljärjestus komplekseerub SRP-ga, translokaatoriga. Selle järjestuse retseptor on hüdrofoobne Met jääkidega ümbritsetud tasku SRP P54 subühikus. Ning translokaatorid paiknevad ER-s. Nimetage pöördtranskriptaasi (RNA sõltuv DNA polümeraas) osavõttu vajavaid protsesse eukarüoodi rakus Retrotransposonite teke, DNA liikumine mitokondro ja tuuma vahel Nimetage ER-is ja Golgis sekreteeritavate valkudega toimuvad modifikatsioonid Õige konformatsiooni teke, osaline proteolüüs, oligosahhariidse komponendi lisamine, disulfiidsidemete teke, multimeeride teke Kirjeldage antikehade struktuuri. Milliste sidemete vahendusel selline struktuur moodustub ja millises raku piirkonnas? Kuidas antikehasid kasutatakse kindla valgu lokalisatsiooni määramiseks rakus? Koosnevad neljast disulfiidsildadega ühendatud valguahelast. Kaht suuremat ja omavahel identset ahelat nimetatakse rasketeks ehk H-ahelateks (ingl
· D-mannoos, erinevus C2 konfiguratsioonis.(mannoosil -OH rühm vasakul) 12. Ühendite paarid, mis pööravad valguse polarisatsioonitasandit võrdsel määral, kuid vastupidises suunas, nim. optilisteks antipoodideks ehk enantiomeerideks. 13. Nimetuse ees olev alfa/beeta näitavad, et tegu tsüklilise vormiga + näitab hemiatsetaalse/ hemiketaalse süsiniku juures oleva OH rühma paigutuse vastavalt alla või üles. D/L näitavad suurima numbriga kiraalse süsiniku konformatsiooni. [] näitab eripöörangut, kui selle väärtus on positiivne, siis pöörab antud kraadide võrra paremale esialgsest valguse suunast, kui negatiivne, siis pöörab vasakule. 14. Monosahhariidide derivaatide rühmad: · Suhkurhapped nt. glükoonhape, C-1 keto- või aldehüüdrühma asemel karboksüülrühm. NB! Ei tsükliseeru. · Suhkuralkoholid nt. mannitool, glütserool. NB! Ei tsüklseeru. C-1 asendis hüdroksüülrühm.
Puutudes kokku närviga, kutsuvad närvi innerveeritaval alal esile tundlikkuse kao ja motoorse halvatuse. Innervatsiooni kadu toimub reeglina järjekorras Valutundlikkus Puutetundlikkus Temperatuuritundlikkus Motoorne innervatsioon. Na+-kanalid Koosnevad kolmest alaühikust (, 1, 2), -alaühik moodustab Na+ poori. Rakumembraani kerge depolarisatsioon kutsub esile - alaühiku konformatsiooni muutuse ja kanali avanemise. Kanal inaktiveerub mõne millisekundi jooksul. LAde toimemehhanism Avaldavad toimet voltaazh-tundlike Na+-kanalite blokaadi kaudu. LAid seostuvad sidumiskohaga poori sees ja stabiliseerivad Na+- kanalite inaktiivse seisundi, takistades kanali aktiveerumist. LAde toimet mõjutavad Liikumine läbi rakumembraanide Kanalite avatus Närvikiudude ehitus pH Närvikiudude ehitus Tundlikumad on õhukesed ja
Sensoorsed omadused Neutraalne või kibe maitse, mis ei sõltu konfiguratsioonist. Asparthappe dipeptiidestril (aspataam) on aga hoopiski magus maitse. Mõnel üksikul peptiidil on ka soolane maitse. Toidukeemikutele on huvipakkuvamad peptiidid: 1) Glutatioon 2) Karnosiin 3) Anseriin 4) Baleniin 5) Nisiin Valgud Moodustuvad aminohapetest amiidsidemega Struktuur Struktuur sõltub: Aminohapete järjestusest (primaarne struktuur)> järjestus määrab ära molekulaarse konformatsiooni (sekundaarne ja tertsiaalne struktuur). Võivad esineda ka molekulaarsete agregaatidena (kvaternaarne struktuur). 1) Primaarne struktuur aminohapped on kindlas järjestuses ja moodustavad peptiidsidemetega ahela (polüpeptiidahel), mis omakorda seostuvad omavahel ristsidemetega. 2) Sekundaarne struktuur polüpeptiidahelate segmendid moodustavad 3D struktuuri. a. heeliks keerdunud struktuuriga. Spiraal püsib koos vesiniksidemetega
biomolekulide sünteesimiseks. *Mis erinevus on küllastunud ja küllastumata rasvhappel ? Küllastunud rasvhapete molekulides esinevad süsiniku aatomite vahel ainult üksiksidemed. Küllastumata rasvhapete süsiniku aatomite vahel tuleb ette ka kaksiksidemed, haruharva kolmiksidemeid. *Laktoos ja maltoos on mõlemad oligosahhariidid. Mille poolest nad teineteisest erinevad ? *Valgu denaturatisooniks nimetatakse valgu bioloogilise aktiivsuse lakkamist molekuli konformatsiooni muutumise tõttu, vaatamata primaarstruktuuri säilimisele. *tRNA molekulide ülesandeks on transportida aminohappeid kui valkude „ehitusplokke“ valgusünteesi toimumispaika. *mRNA molekulide ülesandeks on informatsiooni transportida rakutuumast tsütoplasmasse ja täita valgusünteesil nn matriitsi osa. *rRNA moodustab enamuse kogu raku RNA-st, on ribosoomide struktuurseks komponendiks. *Geneetilise koodi all mõistavad loodusteadlased „eeskirja“, mille järgi.....
edu/imageswv/Sagschem.jpeg Silma võrkkesta ehitus Kepikesed Kolvike · http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Retina-diagram.svg?uselang=et Nägemisprotsessi fotokeemiline alus ehk fototransduktsioon. Kolvikese raku membraanis on G-valkudega seotud retseptorvalk opsiin. Footon muudab opsiini konformatsiooni (cis-vormist trans- vormi). Kaasub Na-tasakaalu muutus, membraanide hüperpolarisatsioon ja närviimpulsi teke-levik. Rodopsiin sisaldab 348 aminohapet Sääse kobijad tunnevad CO2, mis on peamine põhjus, et nad meid üles leiavad. Tundlad tunnevad rohkem lõhnu. http://llecerf.tripod.com/mosquito.html Putuka lõhnaretseptorid kobijates · http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0301008210001954 Inimese haistmine üldisemalt http://www.youtube
2.Valkude tsükliline fosforüleerimine (valkudele lisatakse fosfaatrühmi), mida katalüüsivad ensüüm proteiinkinaasid, ja defosforüleerimine, mida katalüüsivad fosfataasid; mõjutab valgu seondumist ligandile (üks nendest vormidest on valgu aktiivne vorm, teine mitte) 3.Proteolüütiline lõikamine (trüpsinogeen, chymotrüpsinogeen), mis aktiveerib/deaktiveerib valke pöördumatult. 4.Allosteerilised muutused ligandi molekuli seondamine indutseerib valgu konformatsiooni muutuse või allosteerilise transitsiooni, mis mõjutab valgu aktiivsust - (RNA) primaartranskript - Basaalsed transkriptsioonifaktorid Valgud nimega transkripstioonifaktorid abistavad RNA polümeraasi ja reguleerivadtema funktsiooni. vajatakse igas transkriptsiooni. - Modulatoorsed transkriptsioonifaktorid - Valgud nimega transkripstioonifaktorid abistavad RNA polümeraasi ja reguleerivadtema funktsiooni. Võimaldavad ekspresseerida erinevaid geene erineval
edu/imageswv/Sagschem.jpeg Silma võrkkesta ehitus Kepikesed Kolvike • http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Retina-diagram.svg?uselang=et Nägemisprotsessi fotokeemiline alus ehk fototransduktsioon. Kolvikese raku membraanis on G-valkudega seotud retseptorvalk opsiin. Footon muudab opsiini konformatsiooni (cis-vormist trans- vormi). Kaasub Na-tasakaalu muutus, membraanide hüperpolarisatsioon ja närviimpulsi teke-levik. Rodopsiin sisaldab 348 aminohapet Sääse kobijad tunnevad CO2, mis on peamine põhjus, et nad meid üles leiavad. Tundlad tunnevad rohkem lõhnu. http://llecerf.tripod.com/mosquito.html • Putuka lõhnaretseptorid kobijates http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0301008210001954 Inimese haistmine üldisemalt https://www.youtube.com/watch?
- H-sidemed - van der Waalsi interaktsioonid - ioonsed sidemed - hüdrofoobsed interaktsioonid Ensüümid alandavad aktivatsiooni vaba-energiat (G ±), kuna seovad siirdeseisundis substraati (X ± ) tugevamini kui lähteolekus substraati. Ensüümide toime molekulaarse mehhanismi mudelid * luku-võtme mudel (E aktiivtsenter = lukk, S = võti). * indutseeritud sobivuse mudel (S kutsub E aktiivtsentris esile konformatsiooni muutusi, tänu millele tekibki ES kompleks). SIIRDESEISUND on reaktsioonikoordinaadi kõrgeim punkt, substraadi molekuli aktiveeritud vorm, milles ta reaktsiooni siseneb. G - reaktsiooni vabaenergia muut, mis sõltub reaktsiooni tasakaalukonstandi Keq väärtusest G - reaktsiooni aktivatsioonienergia muut, mis sõltub reaktsiooni kiiruskonstandist k
reaktsioonil metaaniga ja tekkiva metüülradikaali reaktsioonil kloori molekuliga: Cl· + CH4 CH3· + HCl Cl2 + CH3· CH3Cl + Cl· Alkeenide omadused · Alkeenide omadused kajastavad kaksiksideme olemasolu molekulis. Kõik sp2 süsinikega seotud aatomid paiknevad samas tasapinnas ja pööre kaksiksideme ümber on praktiliselt võimatu. · Alkeenide ahelad pole seetõttu nii paindlikud konformatsiooni muutmiseks. Ahelad ei saa üksteisele piisavalt läheneda. Madalam sulamistemperatuur. 8 Alkeenide saamine · Alkeene saadakse tööstuslikult alkaanide dehüdrogeenimisel. CH 3CH 3( g ) Cr 2 O3 CH 2 = CH 2 ( g ) + H 2 ( g ) · Siin on tegemist tüüpilise elimineerimis-
Promootor muutub RNA polümerasi afiinsus, transkriptsiooni aktiivsus suureneb või väheneb vastavalt lac operoni positiivne kontroll: Positiivne kontroll kui laktoos on ainus süsiniku allikas mikroobile ja glükoos puudub Katabolismi aktiveeriv valk (CAP) ühineb cAMP, aktiveerides viimase ja sidudes selle CAP järjestusega ülevalpool promootorit CAP muudab DNA konformatsiooni, millega RNA polümeraas seondub ja saab transkriptsiooon alata Kui mõlemad suhkrud on olemas (glükoos ja laktoos) siis kasutatakse glükoosi, sest aktiivse CAP kontsentratsioon madal (madal cAMP). Kui eksperimentaalselt lisada cAMP siis lac operon alustab ekspressiooni ka glükoosi juuresolekul Positiivne kontroll CAPiga lac operoni järjestus oli esimene geeniregulatsiooni molekulaarne mudel:
ühildumisvalkude (ingl. fusion)olemasoluga viiruses. Need valgud on viiruse kesta integraalsed valgud, mis sisenevad märklaudmembraani lipiidsesse kaksikkihti, mis põhjustab viiruse ja rakumembraani lipiidse kihi lähenemist ja kokkusulamist. Maksarakud produtseerivad peamiselt VLDL (ingl very low density lipoprotein) lipoproteiinseid komplekse, mis struktuurilt on sarnased taimede oleosoomidega (ümbritsetud poolega lipiidsest kaksikkihist). 17.)Kuidas tagatakse valkude õige konformatsiooni teke ER-is. Kuidas märgistatakse ja parandatakse/kõrvaldatakse vales konformatsioonis valgud? ER-i valendikus töötavad mitmed nn. chaperon-valgud, mille ülesanne on tagada ER-i sisenevate valkude õige kokkupakkimine. Ülalnimetatud disulfiidi isomeraas kuulub samuti nende hulka, sest disulfiidsildade õige moodustumine on samuti eelduseks õige konformatsiooni saavutamisele. Tuntud on ka nn. Bip- valk (binding protein), mis seostub pöörduvalt valgumolekuli
Erinevused järjestustes annavad tulemuseks aktiivsaidi erineva 3D struktuuri ja erineva tRNA ja aaRS-i molekulide stereomeetrilise seondamise. Klassid jaotakse omakorda kolme alamklassi nende homoloogia ja domäänide struktuuri alusel. Klass I süntetaaside katalüütiline sait sisaldab Rossmanni volti (beeta-paralleelne kiht). Seal leidub kaks konserveerunud järjestusmotiivi- HIGH(esimene alfaheeliks) ja KMSKS(kujutab endast lingu, mille konformatsiooni muutus substraadi seondamisel aitab aktiveerida ah-t. Klass II aaRS aktiivtsenter on suurem, koosnev antiparalleelsest beeta-kihtidest, mis on ümbritsetus alfa-heeliksitega. Aktiivtsentris eristatakse kol motiivi: ATP sidumiseks, ah sidumiseks ja dimerisatsiooniks. Klass I : on mono- või dimeerid, ATP konformatsioon on venitatud, aminoatsüleerimissait: tRNA terminaalse adenosiin 2´-OH. Klass II on di- või tetrameerid, ATP konformatsioon painutatud,
- mõõtmed vastavad aktiivtsentri mõõtmetele - dopamiini analoogid? Optiline isomeer võib anda vähem või rohkem interaktsioone. Antagonist - seostub aga ei aktiveeri - võib toimida nii aktiivtsentrisse kui väljaspoole - väljaspool aktiivtsentrit mõjub allosteeriliselt või vihmavarjuna. Vastab aktiivtsentri konfiguratsioonile ja interakteerub selle funktsionaalsete rühmadega, kuid retseptori konformatsiooni ei muuda. Allosteeriliselt seostub allosteerilise tsentri, mitte aktiivtsentriga ning muudab seostumise tulemusena retseptori aktiivtsentri konformatsiooni ning agonist ei saa seonduda. Vihmavarju efekti näol seostub väljaspool aktiivtsentrit olevate aminohappe jääkidega ning katab tsentri osaliselt või täielikult. Osaline agonist aktiveerib retspeotir kuid avab kanali väiksemal määral kui agonist. Kutsub esile ainult nõrga bioloogilise vastuse. Osalist agonisti võiks
· Raku elutegevuse käigus tuleb kõigi ensüümide aktiivsused hoida pideva kontrolli all. Seda mitte ainult aktiivsete protsesside teostamiseks vaid ka homeostaasi säilitamiseks. · Tagasiside - paljudest ensümaatilistest protsessidest koosneva metaboolse raja üks ensüüm (regulatoorne) on tundlik inhibeerimisele raja lõpp-produkti poolt. · Allosteerika. Allosteerilised ensüümid: · Muudavad oma konformatsiooni modulaatori sidumisel · Lisaks katalüütilistele subühikutele võivad sisaldada ka spetsiaalseid regulatoorseid subühikuid · On tavaliselt suuremad ja keerukamad kui MM kineetikale vastavalt käituvad ensüümid Allosteerilised ensüümid: · Kui aktiivsuse modulaatoriks on substraat, siis on regulatsioon homotroopne, kui mõni muu ühend, siis heterotroopne.
Primaarseks aktiivseks transpordiks nimetatakse transpordiprotsessi, mis tekitab gradiendi membraanivalgu ja ATP abil. Primaarse aktiivse transpordi näiteks saab tuua Na+, K+-ATPaasi ja H+, K+ -ATPaasi. Na+, K+-ATPaas transpordib rakust välja Na+ ioone ning raku sisse K+ ioone, kasutades seejuures 3 Na+ välja viimiseks ja kahe K+ raku sisse transportimiseks ära ühe ATP. Kui Na+, K+-ATPaas seob endaga ATP, siis muudab ta oma kuju (konformatsiooni), mille tagajärjel suudab ta siduda kolme Na+ molekuli ja transportida need rakust välja.Kuna Na+ ioonide kontsentratsioon väljaspool rakku on niigi suurem kui seespool ehk siis transport toimub kontsenratsioonigradiendile vastaspidises suunas siis vajab transport lisaenergiat. Pärast kui valk on oma 3 Na+ iooni rakust välja saanud ning selleks vaja läinud ATP "ära kasutanud" muudab ta taas oma kuju, mis võimaldab tal 2 K+ iooni siduda. K+ ioonid transporditakse raku sisse
Enamik polaarseid jääke suunatud väljapoole interakteeruvad vesikekkonnaga; enamik hüdrofoobsetest jääkidest on suunatud valgu sisemusse interakteeruvad omavahel. Globulaarsete valkude struktuurielemendid ja domeenid on liikumises üksteise suhtes. Globulaarsete valkude pakkimise astmed: kiire ja pöörduv lokaalsete sekundaarsete struktuuride moodustumine > domeenide moodustumine > esmase gloobuli moodustumine ühendatud domeenidest > domeenid konformatsiooni täpsustamine. Molekulaarsed tsaperonid on valgud, mis interakteeruvad mittetäielikult või ebaõigesti pakitud polüpeptiidahelatega, luues mikrokeskkonna, milles toimub õige pakkimine. Valgumoodulid e domeenid on valgumolekulide polüpeptiidahelates esinevad iseseisva struktuuri ja funktsiooniga üksused. Globulaarsete valkude klassifikatsioon: antiparalleelse -helikaalse struktuuriga valgud; paralleelse või segatüüpi -leht struktuuriga
) 1.3 Ülesande järgi signaalmolekulid; antioksüdantid; antibiootikumid; toksiinid. Peptiidides esinevad minoorsed haped või aproteinogeensed. 2. Biofunktsioonid antioksüdantsus pole toime suur, OH- radikaali püüdja puhverdusvõime eemaldavad laktaati, et atsidoosi ei tekeks kelateeriv toime antiglükosüülimine glõkoosi lisamine valgule, halb kui aktiivsele valgule glükoosi lisamisel muudetakse tema konformatsiooni ja funtsioon jääb täitmata (diabeet) 3. Glutatioon glutamaat-tsüsteiin-glütsiin · sisaldab inimkeha keskset aminohapet (glutamaat ehk glutamiinhape, Glu) · ebatavaline -peptiidside (isopeptiidside) · reaktiivne tioolrühm (-SH) väävliaatomi elektronstruktuur on reaktiivsuse aluseks (redoksreaktisoon jt)
· Koosneb kolmest raskest (Mw 180 kDa) ja kolmest kergest 35-40 kDa) ahelast, fibroosne triskelion on 36 korduses, sisekiht sisaldab adaptervalgu komplekse (AP, 350 kDa) · AP valgud on transporditava retseptori spetsiifilised, see on tagatud erineva valgulise koostisega · AP kompleksi teke trasporditava valguga kutsub esile ARF seondumise · GTP hüdrolüüs muudab dünamiini konformatsiooni ja on vajalik klatriin-kaetud vesiiklite eraldumiseks membraanist · COP tüüpi vesiiklid ei vaja sellist GTPaasset energiat · Ilmselt olemas ka spetsiifilised kattevalgud, mis moodustavad eksotsütootilise ja sekretoorseid vesiikleid Konstitutiivne sekretsioon, väikesed, vähem pakitud vesiiklid Reguleeritud sekretsioon- tihedamini pakitud, suuremad vesiiklid- vabanevad mingi signaali tulemusena 16
ahelateks (ingl.k light chains). 54. Kuidas pannakse kokku valgu Asn jäägile seotav oligosahhariidne kompleks UDP-GlcNAc seostub ER- membraanis dolihoolfosfaadi külge. Seal liidetakse sellele 5 mannoosijääki. Dolihool liigub membraani luumenipoolsele küljele flipaasi toimel. Liituvad veel 4 Man ja 3 Glc jääki. Oligosahhariid on valmis ja oligosahhariid-valk transferaas toimetab selle Asn külge. 55. Miks on sekreteeritavate valkude glükosüülimine vajalik. Õige konformatsiooni omandamine, rakkude vastastikune identifikatsioon ja adhesioon, tagab organellidevahelise liikumise, suurendab resistentsust proteeaside suhtes. Epiteelirakud produtseerivad mutsiine, mis on olulised epiteelirakke katva lima tekkes. Kodeeriv osa pikeneb ja lisajuppe jääb vähemaks? mutsiin vs mütsiin 56. Mis määrab A, B, O vererühmad. Neid määravad A v B aglutinogeenide olemasolu v puudumine. 57
See ala, kus mRNA ja 16S rRNA seonduvad nim RBSiks ribosime binding site. Kõige täpsemini sobituvad täiesti komplementaarsed järjestused. Mida sarnasem järjestus, seda kiiremini seondub ja täpsem on translatsiooni initsiatsioon. Teine oluline regulatsiooni mehhanism on RBSi kättesaadavus ribosoomidele. Kui mRNA moodustunud sekundaarstruktuur, siis pole sait vaba. Siin on oluline roll teistel miRNAdel ja valkudel, mis võivad mRNAga seonduda ja selle konformatsiooni muuta. Initsiatsiooni koodoniks AUG, harva ka GUG. Ribosoomi 30S subühik ja mRNA moodustavad kompleksi IF3 juuresolekul. Metionüül-tRNAfMet interakteerub initsiatsiooni-faktoriga IF-2. Täielik initsiatsioonikompleks moodustub metionüül- tRNAfMet/IF-2 ning mRNA/30S subühik/IF-3 komplekside kombineerumisel IF-1 ja GTP juuresolekul. Enne 50S subühiku lisandumist vabaneb IF-3. 50S subühiku liitumisel 30S subühikuga tarbitakse GTP
(9) DAA Interferooni (ja ribaviriini) vaba kombinatsioon on peamine suund viimastel aastatel. DAA-d klassifitseeritakse: RNA-st sõltuva RNA polümeraasi (RdRp) NS5B polümeraasi inhibiitorid (nukleo(t/s)iidsed ehk NI ja mittenukleosiidsed ehk NNI): sofosbuvir ja dasbuvir. Mittenukleotiidsed inhibiitorid seostuvad ensüümiga allosteeriliselt (väljaspool aktiivtsentrit) muutes nii polümeraasi konformatsiooni.(10) Nukleo(t/s)iidsed on aktiivtsentri blokeerijad ehk analoogsed substraadid polümeraasile.(5,6) NS5A fosfoproteiini inhibiitorid: ledipasvir, daclatasvir, elbasvir, ombitasvir ja velpatasvir.(5,6) NS3/4A proteaasi inhibiitorid: (telaprevir, bockeprevir,) glecaprevir, simeprevir, paritaprevir ja grazoprevir. Kombinatsiooni reziimid hõlmavad kahte või kolme DAA-d koos või ilma ribaviriinita, mis annab püsiva SVR väärtuse
polümeraasi liikumist; Mõjub ainult eukarüootidel alfa-amanitiin - blokeerib mRNA sünteesi, seondudes spetsiifiliselt RNA polümeraasiga. 33. Kuidas toimub valgu moodustumine peale translatsiooni Valkude konformatsioon hakkab moodustuma kohe peale sünteesi (struktuuri moodustumine). Peale translatsiooni lisatakse valgule posttranslatiivsed modifikatsioonid (lisatakse aineid, mis määravad valgu funktsiooni). Osade valkude funktsionaalse konformatsiooni saamiseks on vaja šaperone (tugivalgud). 34. Millised valgu posttranslatiivsed modifikatsioonid esinevad. Nimeta vähemalt 4. Peale translatsiooni lisatakse valgule posttranslatiivsed modifikatsioonid. Viimased on kovalentne keemiline valkude modifikatsioon peale polüpeptiidahela sünteesi ribosoomi peal. Samuti, nagu alternatiivne splaissing – suurendab see valkude mitmekesisust organismis. Mõned valgud vajavad funktsionaalse konformatsiooni saamiseks šaperone e
hargnenud ahelaga alkaanidel (Londoni jõud). Alkaanid on keemiliselt vähereaktiivsed, kuna C-C ja C-H sidemed on piisavalt stabiilsed. Alkaanidele on omased oksüdeerumis ja asendusreaktsioonid, mis toimuvad radikaalmehhanimiga. Alkeenid alkeenide omadused kajastavad kaksiksideme olemasolu molekulis. Kõik 4 sp 2 c-ga seotud aatomid paiknevad samas tasapinnas ja pööre kaksiksideme ümber on praktiliselt võimatu. Alkeenide ahelad pole seetõttu nii paindlikud konformatsiooni muutmiseks. Ahelad ei saa üksteisele piisavalt läheneda. Madalam sulamistemp. Alkeenide erinevus alkaanidest tuleneb ka sellest, et kaksikside (-side) põhjustab negatiivse laengu koondumise sidemele, st nukelofiilset tsentrit, mida saab atakeerida elektrofiil. Alkeenidele on omased elektrofiilsed liitumisreaktsioonid kaksiksidemele, kus -sideme asemel moodustub kaks -sidet. (Markovnikovi reegel, ebasümmeetrilise korral). Alküünid C-C side on kolmekordne
1-(1-karboksüetüül)-4-(2-metüülpropüül)benseen 1-(2-metüülpropüül) -4-(1-karboksüetüül)benseen 16 3 Orgaaniliste ühendite konfiguratsioon ja konformatsioon Orgaaniliste ühendite ehitust iseloomustab molekulide mitteplanaarne ruumiline kuju: konfiguratsioon ja konformatsioon. Inimorganismi biomolekulide ja ravimite konfiguratsioon/konformatsioon määrab nende funktsiooni. Siit ka vajadus konfiguratsiooni ja konformatsiooni mõistmiseks. Konfiguratsioon Orgaaniliste molekulide mitteplanaarsuse peamisteks Joon. 10 põhjusteks on: S ü s in ik u a a to m m e t a a n is ( C H 4 ) o n s p 3 - h ü b rid is e e ru n u d o le k u s • süsinikuaatomi hübridisatsioon, nt sp3-hübridisatsioon
Statsionaarses faasis pole peaaegu detekteeritavat Fis valku, ei toimu ribosomaalsete RNA geenide ekspressiooni. Dps-i hulk suureneb 30 korda statsionaarses faasis. Lisaks üleüldistele muutustele DNA superspiralisatsioonis (näiteks statsionaarse faasi rakkudes suureneb negatiivne superspiralisatsioon) ja DNA kompaktsuse astmes mõjutab transkriptsiooni regulaatorite seondumisefektiivsust DNA-le ka spetsiifiliste DNA regioonide lokaalne konformatsiooni muutus. Stressipromootorid - promootorid, millelt lähtuv transkriptsioonitase on kõrgem rakkude kasvukiiruse aeglustumisel ja statsionaarse faasi rakkudes. Statsionaarse faasi faktor S, geeni rpoS produkt on oluline nende geenide avaldumisel, mida bakterid vajavad tingimustes, kus nende kasv on pärsitud. Rakkude üleminekul eksponentsiaalsest kasvufaasist statsionaarsesse tõuseb rpoS mRNA kogus raku kohta 20 korda, valgu hulk aga 100 korda
Kuna alarmoonid sünteesitakse tsütoplasmas, peavad signaalid väliskeskkonna muutustest eelnevalt sinna jõudma. Spetsiaalseid vaheülekandjaid pole signaali rakkutoomiseks vaja ainult siis, kui signaalmolekulid läbivad rakumembraani vabalt (näiteks superoksiidi ioonid või nõrgad orgaanilised happed) või kui stressi põhjustav füüsikaline tegur toimib raku sisemistele komponentidele otseselt (näiteks temperatuuri tõus mõjutab otseselt tsütoplasma valkude aktiivsust ja konformatsiooni). 3 2. Transkriptsiooni initsiatsiooni kontroll bakterites RNA polümeraas Geenide avaldumist kontrollitakse esmalt RNA sünteesi e. transkriptsiooni tasemel. Transkriptsiooni algatab ja viib läbi DNA-st sõltuv RNA polümeraas, mis on enamasti multimeerne ensüüm. Monomeerseid RNA polümeraase on kirjeldatud lüütilistel bakteriofaagidel (näit. T7, T3, SP6). Enamasti on nende suurus üle 100 kDa
kinni. 2) Valgud, mis läbivad ER-i membraani ja satuvad ER-i luumenisse e. valendikku. Need transporditakse edaspidi Golgi kompleksi või lüsosoomi või hoopis eksotsüteeritakse rakust. kui sünteesitav valk on juba seondunud ER-i membraaniga, lõigatakse liiderjärjestus valgu küljest ära, seda toimetab ER-i valendikus leiduv ensüüm signaalpeptidaas. Valkude läbiminek ER-i membraanist toimub spetsiaalsete valguliste translokaatorite kaasabil ja läbiminev valk ei saavuta oma õiget konformatsiooni enne, kui ta on jõudnud ER-i valendikku. Siledapinnaline TV. Lipiidide süntees ER-is Lipiidide sünteesi läbiviivad ensüümid paiknevad ER-i membraanis. Süntees toimub 3- etapiliselt. 1. Liidetakse ensüüm atsüültransferaasi poolt kaks rasvhappemolekuli glütseroolfosfaadile, tekkiv fosfatiidhape on vees lahustumatu ning jääb membraani bilipiidkihti. 2. Järgnevates etappides modifitseeritakse tekkinud fosfatiidhapet, vastavalt sellele tekivad eri tüüpi fosfolipiidid
Aktiivtsenter on ensüümi pinnaala, millega seostub substraat. Aktiivtsentris paiknevad aminohappejääkide katalüütilised rühmad, mis seovad endaga substraadi. Aktiivtsentril on kaks põhilist rolli: o Siduv roll - seob endaga substraadi o Katalüütiline roll - muudab substraadi produktiks, tänu millele toimub aktivatsioonienergia alandamine Akriivtsenter ja substraat peavad olema komplementaarsed, et saaks tekkida ES kompleks. Ensüüm võib muuta ka oma konformatsiooni, et siduda substraati efektiivsemalt. Kui substraat on muundatud produkitks, eemaldub see ensüümi aktiivtsentrist, sest kaob ensüümi ja tekkinud produkti komplementaarsus. Koensüümid madalmolekulaarsed orgaanilised ühendid, mis on tavaliselt liitensüümis valkosaga mittekovalentselt seotud. Paljud koensüümid on vitamiinid. 16. Ensüümreaktsiooni kiiruse sõltuvus substraadi kontsentratsioonist, keskkonna pH-st ja temperatuurist.
gradiendi suunale. See vajab lisaenergiat, mille allikaks võib olla ATP, valgus või ioongradientides salvestatud energia. Primaarne aktiivne transport loob ja säilitab ioonide kontsentratsioonigradiente raku väliskeskkonna vahel, toimib ATP hüdrolüüsi energia arvel. ATPaasid katalüütilised valgud ("pumbad"), mis on võimelised ATP-d hüdrolüüsima ja vabanevat energiat kasutama, et muuta valgu konformatsiooni. Näiteid:* Na+,K+-ATPaas (Na/K-pump): väljutab rakust liigse Na+ ja sisestab K+ | * H+,K+-ATPaas (H/K-pump): mao limaskesta rakkude membraanis, tagab maos ülimadala pH; | * Ca+- ATPaas (Ca-pump): väljutab rakust liigse Ca+. Sekundaarne aktiivne transport. Suhkrud ja aminohapped akumuleeritakse rakku transpordiprotsesside abil, mis toimuvad ioongradientide toel. Sellisteks gradientideks on ATPaaside poolt genereeritud H+, Na+ või teiste katioonide ning anioonide gradiendid
Omadused: 3) elektrofiil võtab aromaatsesüsivesiniku vesinikult elektroni, vesinikust *kaksiksideme olemasolu molekulis tekib prooton, H+ seostub esialgse nukleofiiliga (kõik 4 sp2 süsinikega seotud aatomid paiknevad samas tasapinnas ja pööre kaksiksideme ümber on praktiliselt võimatu) *ahelad pole nii paindlikud konformatsiooni muutmiseks (ahelad ei saa üksteisele piisavalt läheneda, madalam sulamistemperatuur) *Süsinik-süsinik pii-side on suhteliselt nõrk, kuna p-orbitaalide kattumine on väike. Alkeemide erinevus alkaanidest tuleneb ka sellest, et kaksikside (pii-side) põhjustab negatiivse laengu koondumise sidemele s.t nukleofiilset tsentrit, mida saab atakeerida elektrofiil. Alkeenidele on omased elektrofiilsed liitumisreaktsioonid
annaabi.ee 
