Membraantransport (0)
Esitatud küsimused
- Kuidas Na-K ATP-aas töötab?
Loeng 10
Membraantransport
1. Membraantranspordi
termodünaamika
2. Passiivne transport: difusioon
3. Vahendatud passiivne transport:
poorid, kandjad
4. Aktiivne transport: primaarne,
sekundaarne
Membraantranspordi termodünaamika
Lahuses membraaniga eraldatud kotike (rakk) mis ei sea takistust
antud aine liikumisele.
Aine kontsentratsioon väljas Cout ja sees Cin.
Liikumisega Cout Cin kaasnev vabaenergia muutus on antud seosega:
G = RT ln(Cin/Cout)
Tasakaaluolekus G = 0 ja Cout = Cin
Tasakaaluolek (G = 0) võib erineda olukorrast Cout = Cin juhul kui:
1. Membraanil esineb membraanpotentsiaal ja transporditav aine on laenguga
2. Membraantranspordiga on ühendatud mingi teine protsess mida
iseloomustab G `
3. Rakus sees toimub transporditava aine modifitseerimine või sidumine
Passiivne transport: difusioon
Passiivse transpordi aluseks on molekulide soojusliikumisest tingitud juhuslik
liikumine läbi membraani
Difusiooni korral on kõik liikumissuunad võrdsed ja lõpptulemuseks on
kontsentratsioonide ühtlustumine mõlemal pool membraani Cout = Cin
Molekulid erinevad oluliselt oma läbi membraani difundeerumise kiiruse poolest.
Mingi aine difusiooni kiirus läbi membraani J (mol cm-2 s-1) on antud seosega:
J = -P(Cin - Cout)
P läbivuskoefitsient (cm s-1)
P = KD1/l
K jaotuskoefitsient lahustuvus
membraanis jagatud lahustuvus vees
D1 aine difusioonikonstant membraanis
(cm2 s-1)
l membraani paksus (cm)
Siin on kontsentratsiooni ühikuteks
(mol/cm3)
Membraanpotentsiaal
Kui membraani erinevatel külgedel on ülekaalus erimärgilised laengud, siis esineb
membraanil elektriline potentsiaal ehk membraanpotentsiaal (V)
Laenguarvuga Z iooni liikumisega läbi membraanpotentsiaali kaasneb
vabaenergia muutus G `= ZF
F Faraday arv ehk ühe mooli elementaarlaengute laeng F = 96 500 C/mol
või 96,5 kJ mol-1 V-1
Arvestades ka kontsentratsiooni gradienti saame väljast sisse mineval suunal
G = RT ln(Cin/Cout) + ZF
= in out
Kui sees on ülekaalus negatiivne laeng, siis on negatiivne
Kui sees on ülekaalus positiivne laeng, siis on positiivne
Rakumembraanide on ligikaudu 100 mV (-0,1V)
Tasakaalolek on membraanpotentsiaali poolt mõjutatud ja Cout ei võrdu Cin ning
RT ln(Cin/Cout) = -ZF
Termodünaamiliselt soodsa reaktsiooni ühendamine membraantranspordiga
G = RT ln(Cin/Cout) + G`
Tasakaaluolekus G = 0 ja RT ln(Cin/Cout) = -G`
ATP hüdrolüüsi standardne G` on ca -30 kJ/mol, selle arvel on võimalik luua membraanile
( puudumisel) mingi aine 150 000 kordne kontsentratsiooni gradient (Cin/Cout)
Kontsentratsiooni gradiendi hoidmine membraanil nõuab pidevat ainete transporti vastu
nende kontsentratsiooni gradienti ja selleks tuleb kulutada energiat aktiivne transport
Rakud kulutavad ca 25% oma ATP-st soovitud kontsentratsiooni gradientide
hoidmiseks membraanidel
Transporditava aine modifitseerimine või sidumine
Mingi aine võib olla seotud teiste ainetega, mis esinevad ainult ühel pool membraani
Membraani eri külgedel võrdsustub vaba aine kontsentratsioon
Näiteks: vaba O2 kontsentratsioon võrdsustub mõlemal pool erütrotsüütide
membraani. Rakkudes sees on aga suur osa O2 seostunud hemoglobiiniga ja seega on
kogu O2 kontsentratsioon erütrotsüütides sees palju suurem kui väljaspool rakke
Rakkudesse transpordituna võib toimuda aine modifitseerimine selliselt,
et aine ei ole enam võimeline membraani läbima
Vahendatud passiivne transport kiirendatud difusioon
· Pooride vahendatud
· Kandjate vahendatud
Poorid ja kandjad ainult kiirendavad ainete difusiooni läbi
membraani
Tasakaaluolekus esineb ikkagi olukord, kus Cout = Cin
Ei ole võimalik ainete transport vastu kontsentratsiooni gradient
ehk tegemist on passiivse transpordiga
Pooride vahendatud passiivne transport ioonkanalid ja permeaasid
· Ioonkanalid
Ei ole lihtsalt auk membraanis - läbilaskvus on ioonide suhtes spetsiifine
Näiteks: erütrotsüütide membraanis paiknev anioonkanal võimaldab samaaegselt
ühe HCO3- iooni liikumisega rakust välja ühe Cl- iooni sisenemist rakku
Membraani läbilaskvus HCO3- ja Cl- suhtes on suurenenud 107 korda
· Permeaasid
Glükoos on erütrotsüütides primaarne
energiaallikas
Rakku transpordiks kasutatakse glükoosi
permeaasi vahendatud difusiooni
Spetsiifiline glükoosi suhtes
Glükoosi kontsentratsioon mõlemal pool
membraani on ca 5 mM
Mittespetsiifilised ionofoorid augud membraanis
· Toksiinid
· Antibiootikumid
Ei ole läbiminevate ainete suhtes spetsiifilised
Moodustavad peremeesraku membraanidesse auke, mille kaudu toimub ainete
valimatu liikumine läbi membraani
Tulemus kaob ainete õige jaotus membraanil ja rakk sureb
Staphylococcus aureuse -toksiin (-hemolüsiin)
Kandjate vahendatud passiivne transport
Antibiootikumide hulgas esineb spetsiifilisi ionofoore
Streptomyces sp valinomütsiin
Järjestus - (D-valiin)-(L-laktaat)-(L-valiin)-(D-hüdroksü-
isovaleraat) - kolmes korduses
Kera välispind hüdrofoobne
soodustab liikumist membraani
sisekeskkonnas
Kera sisemus hüdrofiilne loob
soodsa keskkonna K+ ioonile
On K+ suhtes 20 000 korda afiinsem,
kui Na+ suhtes
Rikub membraanil valitseva K+
ioonide gradiendi
Difusioonimehhanismide eristamine
Kas passiivne difusioon või vahendatud passiivne difusioon?
Vahendatud difusioon on:
· Spetsiifiline
· Küllastatatav
Kas pooride või kandjate
vahendatud difusioon?
Kandjate vahendatud
difusioon on tugevalt sõltuv
temperatuurist. Väga aeglane
juhul, kui T
Võrdle jõe ületamine, kas silla
või praami abil
Aktiivne transport: transport vastu kontsentratsiooni gradienti
Lihasrakkude sarkoplasmaatilise retiikulumi membraanil säilitatakse 30 000
kordne Ca2+ kontsentratsiooni gradient
Ca2+ pumpamisega sarkoplasmaatilisse retiikulumi tuleb ületada energeetiline
barjäär: G = RT ln(Cin/Cout) = 26,6 kJ/mol
Ühe Ca2+ iooni pumpamiseks sarkoplasmaatilisse retiikulumi tuleb kulutada
ligikaudu ühe ATP molekuli hüdrolüüsi energia
· Primaarne aktiivne transport ATP hüdrolüüsi energiat
kasutatakse otseselt
· Sekundaarne aktiivne transport ATP hüdrolüüsi energiat
kasutatakse kaudselt
Primaarne aktiivne transport - ioonpumbad
Rakkudes on K+ kontsentratsioon suurem ja Na+ kontsentratsioon väiksem, kui
rakuvälises keskkonnas
K+ ja Na+ gradient säilitatakse ATP hüdrolüüsi energiast sõltuva naatrium
kaalium pumba ehk Na+-K+ ATP-aasi abil
Pumba töötsükkel hõlmab 2 K+ iooni pumpamist rakku ja 3 Na+ iooni
pumpamist rakust välja
Naatrium kaalium pump on üheks liikmeks suures, aktiivset transporti
vahendavate ATP-aaside klassis
Ioonpumbad töötavad pöörduvalt ioonide allavoolu kontsentratsioon
gradienti toimuva isevoolulise liikumise energia arvelt on võimalik sünteesida
ADP-st ja Pi-st ATP
Tagurpidi töötavad ioonpumbad genereerivad valdava osa elusorganismide
ATP-st
Mida Na+-K+ ATP-aas peab tegema?
Kas ühe molekuli ATP hüdrolüüsi energiast piisab 3 Na+ iooni
pumpamiseks rakust välja ja 2 K+ pumpamiseks rakku?
Na+ sees 10 mM, väljas 140 mM
K+ sees 100 mM, väljas 5 mM
Membraanpotentsiaal suunal väljast sisse -70mV
Temperatuur 37°C (310K)
Ühe mooli Na+ pumpamiseks rakust välja:
Ginout = RT ln([Na+]out/[Na+]in) + ZNa+ Finout = 6800 J/mol + 6750 J/mol
= 13550 J/mol = 13,55 kJ/mol.
Kolme mooli Na+ pumpamiseks rakust välja:
Ginout = 3 x 13,55 kJ/mol = 40,65 kJ/mol
NB! Ebasoodsa membraanpotentsiaali ületamiseks kulub sama palju energiat,
kui ebasoodsa kontsentratsioonigradiendi ületamiseks
Mida Na+-K+ ATP-aas peab tegema?
Ühe mooli K+ pumpamiseks rakku:
Goutin = RT ln([K+]in/[K+]out) + ZK+ Foutin = 7720 J/mol - 6750 J/mol = 970
J/mol = 0,97 kJ/mol
Kahe mooli K+ pumpamiseks rakku:
Goutin = 2 x 0,97 kJ/mol = 1,94 kJ/mol
NB! Membraanpotentsiaal soosib K+ pumpamist rakku
Gtotal = 40,65 kJ/mol + 1,94 kJ/mol = 42,59 kJ/mol
Rakus valitsevatel tingimustel on ATP hüdrolüüsi G reeglina
vahemikus 45 kJ/mol kuni 50 kJ/mol
Pumba kasutegur vahemikus 85% kuni 95%
Kuidas Na+-K+ ATP-aas töötab?
Pump võib esineda kahe
konformatsioonilise vormina:
Sisekeskkonda avatud kõrge afiinsus
Na+ suhtes
Väliskeskkonda avatud kõrge
afiinsus K+ suhtes
Valgu fosforüleerimine põhjustab
sisse avatud konformatsiooni
ülemineku välja avatud
konformatsiooniks
Kardiotoonsed steroidid nagu
ouabaiin ja digitoksiin seostuvad
pumbale ja lukustavad selle välja
avatud konformatsiooni
Kotransport süsteemid: sekundaarne aktiivne transport
ATP hüdrolüüsi energia arvel töötavad ioonpumbad genereeivad
membraanile ioonide gradiente (primaarne aktiivne transport)
Ioongradiendid asuvad tasakaaluolekust kaugel ja kujutavad endast
potentsiaalseid energiaallikaid
Ioongradientides sisalduvat energiat on võimalik kasutada minite teiste
ioonide transportimiseks vastu nende kontsentratsiooni gradienti
sekundaarne aktiivne transport
Sekundaarne aktiivne transport kasutab kokkuvõttes ikkagi ATP
hüdrolüüsi energiat kuid teeb seda kaudselt
· Kaks molekuli liiguvad samas suunas
sümport
· Kaks molekuli liiguvad vastupidises
suunas antiport
Näiteks: Peensoole rakkude membraanides
paiknev naatrium-glükoos kotransport
süsteem (sümport)
Modifitseerimise poolt vahendatud transport
Passiivse difusiooni või vahendatud passiivse difusiooni teel rakku sisenenud
ühend modifitseeritakse nii, et ta ei ole enam võimeline membraani läbima
Modifitseeritud ühend saab rakus sees akumuleeruda
Leiab kasutust paljude bakterite poolt suhkrute transportimiseks rakku
Modifitserimine hõlmab suhkrute fosforüleerimist
E. coli fosfotransferaasi süsteem glükoos fosforüleeritakse transmembraanse
valgu membraani läbivas pooris
Kaks kärbest ühe hoobiga glükoos sisenes rakku ja glükoos-fosfaat on
glükoosi katabolismiraja lähteühendiks
Kuna glükoosi fosforüleerimine toimub ATP arvelt, siis kasutatakse ka siin
kaudselt ATP hüdrolüüsi energiat
Ioonpumbad võivad töötada ka tagurpidi
Õigetpidi töötav ioonpump genereerib, ATP hüdrolüüsi energia arvelt
membraanile ioonide gradiendi
Tagurpidi töötav pump funktsioneerib kui energia generaator membraanil
esineva ioonide gradiendi energia arvelt sünteesitakse ADP-st ja
anorgaanilisest fosfaadist ATP
Looduses sünteesitakse valdav osa ATP-st membraanidel esineva prootonite
H+ gradiendi arvelt
Prootongradiendi genereerimiseks membraanidele kasutavad:
loomad toitainete oksüdatsioonist tulenevat energiat
taimed valgusenergiat
membraantranspordi põhjalik konspekt
Sarnased õppematerjalid
13
docx
Bikeemia kordamisküsimuste vastused 3
Kordamisküsimused
(membraantransport, ensüümid, vitamiinid, regulatsioon)
1. Kirjutage võrrand, mis seob omavahel difusiooniga seotud vabaenergia muutuse ja
kontsentratsiooni gradiendi (aine kontsentratsioon rakus sees jagatud aine
kontsentratsioon rakust väljas).
dG=RTln(Cin/Cout)
2. Aine A liigub rakku passiivse difusiooni teel. Milline on difusiooniga seotud
vabaenergia muutus olukorras, kus aine A kontsentratsioon rakus ja rakuvälises
keskkonnas on võrdne.
Positiivne. Tasakaaluolek (dG=0) võib erineda olukorrast Cout=Cin juhul kui membraanil
esineb membraanipotentsiaal ja transporditav aine on laenguga. Membraantranspordiga on
ühendatud mingi teine protsess, mida iseloomustab dG. Raku sees toimub transporditava aine
modifitseerimine või sidumine.
3. Millise ühendi passiivne difusioon läbi rakumembraani on kõige aeglasem ja millise
kõige kiirem? (erinevad ühendid)
Glükoos kõige aeglasem.
H2O kõige kiirem.
4. Kirju
23
docx
Biokeemia kordamisküsimused
1. Palmitiinhappe oksüdatsiooni Hº mõõdetuna kalorimeetris on -9958 kJ/mol. Milline võiks olla sama
reaktsiooni Hº elusrakus:
a) sama b) negatiivsem c) positiivsem
Endotermiline protsess positiivne,toimub sideme lagunemine ja soojuse neeldumine.Eksotermiline
protsess- negatiivne,toimub sideme loomine ja soojus eraldub, sest antakse energiat juurde.
2. . Vette asetatud jäätükk sulab. Miks ei ole võimalik olukord, kus jäätükk muutuks veelgi külmemaks
ümbritsev vesi aga soojemaks?
3. Isevoolulisel protsessil liigub soojus alati soojemalt kehalt külmemale kehale.TD II seadus. Ehk siis
soojus liigub veest jääle, kristallid lõhutakse ja jää sulab ära.
4. Vee jäätumisel tema korrapära kasvab (S < 0). Kuidas on võimalik vee jäätumine?
5. Vee jäätumisel tema korrapära kasvab, ehk (S < 0). Entroopia on korrapäratus ja jäätumisel
korrapäratus(entroopia) väheneb. Enne vedelikus hüplesid molekulid ringi, kuid jäätudes muutusid n
24
docx
Biokeemia I kordamisküsimuste vastused
1. Palmitiinhappe oksüdatsiooni Hº mõõdetuna kalorimeetris on 9958 kJ/mol. Milline võiks olla sama
reaktsiooni Hº elusrakus: a) sama Pikemalt: Entalpia on olekufunktsioon ehk sõltub ainult süsteemi
olekust, mitte selle saavutamise viisist. (Kips on kips! ja 5=100:5 15=1041)
2. Vette asetatud jäätükk sulab. Miks ei ole võimalik olukord, kus jäätükk muutuks veelgi külmemaks
ümbritsev vesi aga soojemaks? Sest isevooluliselt liigub soojus alati soojemalt kehalt külmemale
(termodünaamika II säädus)
3. Vee jäätumisel tema korrapära kasvab (S < 0). Kuidas on võimalik vee jäätumine? Vee jäätumisel
tema korrapära kasvab ehk S<0. Avatud süsteemi isevoolulised protsessid toimuvad vabaenergia
vähenemise suunas (G<0). Selleks,et G oleks negatiivne, peab H<0 ning seega tingimuseks on
see,et protsess peab toimuma madalamatel temperatuuridel H>TS Entroopia vähenemist peab
kompenseerima soojusvahetus ümbritseva keskkonnaga ja seega peab ümbritsev keskkond
32
doc
Biokeemia kordamisksimuste vastused
sissejuhatus, energia, vesi, sahhariidid
1. Palmitiinhappe oksüdatsiooni Hº mõõdetuna kalorimeetris on 9958 kJ/mol. Milline võiks olla sama reaktsiooni Hº
elusrakus: a) sama b) negatiivsem c) positiivsem (võivad olla erinevad reaktsioonid)
Entalpia on olekufunktsioon ehk sõltub ainult süsteemi olekust, mitte selle saavutamise viisist. Hoopis teine küsimus on,
kui palju reaktsiooni käigus vabanevast energiast organism ära suudab kasutada.
2. Vette asetatud jäätükk sulab. Miks ei ole võimalik olukord, kus jäätükk muutuks veelgi külmemaks ümbritsev vesi aga
soojemaks?
Sest isevooluliselt liigub soojus alati soojemalt kehalt külmemale (termodünaamika II seadus)
S.t. soojem keha (vesi) annab energiat külmemale kehale (jää), kristallid lõhutakse ja sulab ära.
3. Vee jäätumisel tema korrapära kasvab (S < 0). Kuidas on võimalik vee jäätumine?
Vee jäätumisel tema korrapära kasvab ehk S<0. Avatud süsteemi isevoolulised protsessid toimuvad
40
docx
Biokeemia kardamisküsimuste vastused
1. Kirjutage võrrand, mis seob omavahel difusiooniga seotud vabaenergia muutuse ja
kontsentratsiooni gradiendi (aine kontsentratsioon rakus sees jagatud aine kontsentratsioon
rakust väljas).
G = RTln
2. Aine A liigub rakku passiivse difusiooni teel. Milline on difusiooniga seotud vabaenergia
muutus olukorras, kus aine A kontsentratsioon rakus ja rakuvälises keskkonnas on võrdne.
a) ei saa öelda b) 0 c) negatiivne d) positiivne
3. Millise ühendi passiivne difusioon läbi rakumembraani on kõige aeglasem ja millise kõige
kiirem? (erinevad ühendid)
a) glükoos b) H2O c) Na+
Na aeglane
H2O kiire
Kiiresti hüdrofoobsed ained O2; H2O; EtOH jne
Kõige aeglasemad ioonid
4. Kirjutage võrrand, mis seob omavahel difusiooniga seotud vabaenergia muutuse ja
kontsentratsiooni gradiendi (aine kontsentratsioon rakus sees jagatud aine kontsentratsioon
rakust väljas) ning arvestab ka membraanpotentsiaali.
G = RTln + ZFoutin
Z laengute arg
F = 96500 C/mol
outin = in out tü?
16
docx
Taimede mineraaltoitumine
1
D. Mineraaltoitumine
Kuidas on defineeritud taime toitainena vajalik mineraalelement
Taimede toitumiseks vajalik mineraalelemendina mõistetakse selliseid elemente, mida taim
saab mullast ja mis on vajalikud taimede elutsükli läbimiseks, mida ükski teine element ei
asenda. Vajalik element toimib raku sees ja mitte takistades/soodustades teiste elementide
neeldumist.
Millised omadused peavad olema taimede toitesegul
Õiges kontsentratsioonis kõiki vajalikke toiteelemente. Normaalseks kasvuks ja arenguks on
vaja 17 keemilist elementi, millede sisaldus ja omavahelised proportsioonid erinevates
taimedes ja taimekudedes on küllaltki sarnased ja nende 17 elemendi ja valguse olemasolu
korral taim on suuteline sünteesima kõiki ühendeid, mida ta vajab. Lisaks õige pH, sest
paljude mineraalainete omastamine sõltub selle väärtusest.
Defineerige füsioloogiliselt aluseline toitesool
Sel
6
docx
Lipiidid
LIPIIDID
1. Lipiidid struktuurilt ja funktsioonilt heterogeenne grupp biomolekule, mille ühiseks
tunnuseks on lahustumatus vees.
Küllastamata rasvhape rasvhapped, mis sisaldavad kaksiksidemeid. Kõrge
sulamistemperatuur ja annab membraanile elastsuse. Ei saa tihedalt pakkida.
Küllastatud rasvhape kõik esinevad sidemed on üksiksidemed. Kõrge
sulamistemperatuur, annab membraanile jäikuse. Saab tihedalt kokku pakkida.
Rasv ehk triatsetüülglütserool glütserooli ja rasvhappe triester.
Seebistumine estersideme hüdrolüüs leelise toimel, mille tulemusena moodustuvad
rasvhapete soolad (seebid) ja alkohol.
Seep (vees lahustuv) rasvhappe sool.
Vaha pika c-ahelaga alkoholide ja pika c-ahelaga rasvhapete estrid.
Isoprenoidid ehk terpeenid rühm peamiselt taimseid, avatud ahelaga või tsüklilise
struktuurigaühendeid, mille biosüntees lähtub isopreenist C5H8.
Sfingolip
Keemia ja materjaliõpetus
12
pdf
Biokeemia II testiks
BIOKEEMIA II TESTIKS | Mihkel Heinmaa YAGB22 | TTÜ kevad 2010
XI SÜSIVESIKUD
1. Süsivesikuteks nim biomolekule, mis koosnevad vaid süsinikust, vesinikust ja hapnikust. Süsivesikuteks loetakse
polühüdroksüaldehüüde ja ketoone või aineid, mis annavad hüdrolüüsi käigus vastavaid ühendeid. Nimetus tuleb
empiirilisest valemist Cn(H2O)n
Süsivesikute bioloogiline roll. Väga mitmekesine ja looduses laialt levinud orgaaniliste molekulide klass; päikese energia
salvestatakse fotosünteetiliste organismide poolt süsivesikutesse; paljude biomolekulide eelühendid; struktuuriline roll;
molekulaarsed ja rakk-rakk äratundmismehhanismid.
Süsivesikute multifunktsionaalsus põhineb struktuuri iseärasustel: asümmeetriliste tsentrite olemasolu; esinemine nii
lineaarses kui tsüklilises vormis; võime moodustada polümeere glük
Meedia
Kommentaarid (0)
Kõik kommentaarid