1. Signaali vastuvõtmine raku pinnal spetsiifiliste retseptorite poolt. 2. Signaali edasikandumine tsütoplasmas, signaali amplifikatsioon (madalmolekulaarsed sekundaarsed infokandjate). 3. Vastus: a) Lühiajaline vastus – tsütoplasmas, nt valkude aktiivsuse muutused b) Pikaajaline vastus – tuumasisene etapp – geeniekspressiooni muutmine transkriptsioonifaktorite aktivatsiooni või inaktivatsiooni kaudu. 2. Mida tähendab ligandi-retseptori seondumise afiinsus ja spetsiifilisus? Retseptori seondumise spetsiifilisus viitab sarnaste ligandide seondumisele või mitteseondumisele. Ligandi seondumisel retseptorile toimub retseptoris konformatsiooniline muutus, millele järgneb rida reaktsioone põhjustades rakulise vastuse. Sama ligand võib erinevates rakkudes kutsuda esile erineva vastuse – efektori spetsiifilisus. 3. Nimeta levinumaid sekundaarseid infokandjaid rakus! Mida nad aktiveerivad?
· Loomade tajumusel on sarnasus mõistusega loomad mäletavad toiminguid ja tagajärgi, kuid ei tunne ära põhjusi. Olulised mõisted: · Monaad üksus, ühtne, eristatav sisemiste omaduste ja tegevuste kaudu (tajumused ja himud) · Substants teovõimeline olemine · Lihtsubstants ELU, HING, VAIM (eriline monaad, keskmonaad), ei ole moodustatav ega lõhutav, ei oma väliskuju. o Erikujude paljusus lihtsubstantsil/monaadil väliste ajadega seondumise mitmekesisus, sisemised omadused ja tegevused · Liitsubstants KEHA (o r g a a n i l i n e), monaadide kogum, paljune, looduslik masin, elussubstants, (liikmed ja organid) · Elussubstants - monaad (eriline monaad) koos oma erilise kehaga (monaadide kogum); (liikmete ja organitega seotud elu) · Mõistus kaheldamatu seos mõtete ja neist tulenevate paratamatute järelduste vahel · Tajumus - monaadiväliseid asju esindav seesmine seisund monaadis, toimingute ja
Trikarboksüülhapete tsükkel (TCA e.TKT) TCA seosed raku teiste ainevahetusradadega 1. Andke seletus järgmistele mõistetele: a. multiensüümkompleks - funktsionaalsed kompleksid, mis tekivad valkude omavahelise seondumise tulemusena ja seda struktuuritasandit nimetatakse ka valgu kvaternaarseks struktuuriks. b. mitokondri maatriks - eukarüootide puhul funktsioneerib selles Krebsi tsükkel (seal toimub ka rasvhapete oksüdatsioon). c. anaplerootne reaktsioon - TCA tsükli intermediaatide taastootmiseks täiendatakse oksaalatsetaadi (ka malaadi) varu; taimedes, seentes ja bakterites konverteerib fosfoenüülpüruvaadi
Füsioloogilised distlipiinid: endokrinoloogia, immunoloogia Aktiini sisaldavad peened müofibrillid Inimese nahavärv oleneb: melaniinist, hemoglobiinist, karoteenist Toruluu osad: kasvuplaat, epifüüs, diafüüs Punased lihaskiud on vastupidavamad Kõige enam toodab ATPd molekuli glükoosi kohta glükoosist aeroobsel rakuhingamisel Skeleti funktsioonid: organismi toestamine, kangideks olemine kinnitunud lihastele, kaltsiumioonide varu säilitamine Reservhapniku seondumise kohaks on müoglobiin Luude reorganiseerumine toimub osteoblastide ja osteoklastide koordineeritud elutegevuse tulemusena Müosiini sisaldavad müofilamendid on jämedad Kolju luud: os temporale, os occipitalis, os parietale Müosiini peal on ATPaasne aktiivsus Vereloomega seotud terminid: punane luuüdi, hematopoees, käsnollus Inimese mediaansel sagitaalsel tasapinnal ei ole näha: kopse Aeglaste oksüdatiivsete lihastega seonduvad järgnevad sõnad: müoglobiin,
Fotokeemiliste reaktsioonide ajal tekivad muutused nukleiinhapete, valkude ja lipiidide ehituses, kahjustuvad rakumembraanid ja muutub nende funktsioon. Fototoksilise reaktsiooni korral muutub keemiline aine UV kiirguse toimel aktiivseks või tekivad vabad radikaalid. Fototoksiline reakstioon sarnaneb tugevale päikesepõletusele. Fototoksilise reaktsiooni tugevus on korrelatsioonis ravimi annuse ja UV- kiirguse intensiivsusega. Fotoallergilise reaktsiooni korral muutub fotoprodukt valkudega seondumise järgselt allergeeniks. Tegemist on antigeen- antikeha reaktsiooni või rakuvahendatud ülitundlikkusreaktsiooniga. Fotoallergiline reaktsioon võib tekkida 1- 14 päeva pärast päikesega kokkupuudet. Seda iseloomustab papulovesikulaarne lööve, sügelus, eksematoosne dermatiit. Paljud fotosensibiliseerivad ravimid sisaldavad klooriühendeid, nt hüdroklorotiasiid, furosemiid, diklofenak. Nimetatud ravimite ja UV- kiirguse koosmõjul toimub
Lisaks neile võivad paljud tRNA molekulid sisaldada lisalingu ja lisaõlga, mille pikkus võib olla suuresti varieeruv. Funktsionaalsus tRNA molekuli tasapinnaline struktuur Funktsionaalselt on tRNA molekuli tähtsaim osa antikoodon, mille kolm nukleotiidi paarduvad komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA koodoniga, mis on geneetilise translatsiooni ja geneetilise koodi strukturaalseks aluseks. Seetõttu on antikoodoni lingu ruumiline konformatsioon oluline täpse koodon-antikoodon seondumise toimumiseks. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb tRNA ahel järsu pöörde. Nukleotiid 34, esimene antikoodoni nukleotiid paardub mRNA koodoni viimase, 3. nukleotiidiga ja seetõttu on oluline, et koodon-antikoodon seondumine lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33 ga, niiviisi määrab tRNA ahelas toimuv järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks
või vähem. rakuhingamises, mida nimetatakse kristadeks. Sellest suuremad molekulid läbivad välismembraani Membraan on läbimatu ioonidele ja enamikule ainult valgu N-terminaalses otsas paikneva väikestele laetud molekulidele. Vaata ka artiklit signaaljärjestuse ja translokaasi seondumise abil. oksüdatiivne fosforüülumine. Mitokonder Membraanidevaheline ruum Mitokondri maatriks Maatriks on ruum, mis on ümbritsetud mitokondri sisemembraaniga. Maatriksis toimub ATP süntees
võib anda valeposit.tulemusi-klamüüdia; subtüpeerimine, klassikalise meetodi mdal tundlikkus 11. Mida tähendab lühend PCR?- polymerase chain reaction e. polümeraas ahelreaktsioon 12. Nimeta PCR etapid, mitu korda harilikult neid korratakse?- DNA denaturatsioon; praimeri seostumine-annealing; DNA süntees->20-30 korda 13. Kuidas nimetatakse PCR analüüsil temperatuuriga DNA vesiniksidemete lõhkumist?- Denaturatsioon 14. Kuidas nimetatakse PCR analüüsil praimerite seondumise etappi?- annealing 15. Millist kliinilist materjali saab kasutada PCR meetodil haigustekitaja tuvastamiseks?- röga, lima, seemnevedelik (DNA) 16. Millised on etapid haigustekitaja tuvastamiseks kliinilisest materjalist PCR meetodil?-algmaterjalisd DNA eraldamine ja puhastamine; PCR reaktsioon; restriktsioon; tulemuste visualiseerimine geelelektroforeesil 17. Nimeta PCR jaoks vajalikud komponendid?- DNA->praimerid->nukleotiidid->ensüüm Taq-> puhver ja MgCl 18
- Promootori 2 osa - Promootor ja operaator kattuvad osaliselt - Operaatorijärgsed piirkonnad - Terminaatorjärjestused 55.Positiivne geneetiline kontroll 1) Promootori tasemel (ees) - Süsteemi algolek suletud - Regulaatorgeen aktivaatori 2) Pidrudatud süsteemid - Suletud süsteemis – regulaatorgeeni produkt on aktiivne regulaator, seondub regulaatorvalgu seondumise saidiga promootori ees, aktiveerib struktuurgeenid - Aktiivne aktivaator + korepressor – represseerib struktuurgeenid 3) Indutseeritud süsteemid - Sünteesitakse inaktivaatne aktivaator, ei seondu regulaatorvalgu seondumise saidiga promootori ees, ei aktiveeri struktuurgeene - Inaktiivne aktivaator + induktor – aktiveerib struktuurgeenid 56.Negatiivne geneetiline kontroll 1) Operaatori tasemel (promootori järel)
komplementaarsus Ligand mingi valguga spetsiifiliselt interakteeruv molekul Polüpeptiidid Mittevalgulised Ligandi seondumine kutsub esile märklaudvalgu (retseptori või ensüümi) konformatsiooni muutuse Ligandi (k.a ensüümi) spetsiifilisuse mõõt on afiinsus Mehhanismid, mis reguleerivad valkude funktsionaalsust Allosteerilised üleminekud (allosteeriline kontroll) Katalüütiliste subühikute konformatsiooni muutus allosteerilise regulaatori seondumise järgselt, üleminek aktiivse ja mitteaktiivse vormi vahel (active and inactive state) Ligandide kooperatiivsed efektid (ühe ligandi seondumine kas inhibeerib või soodustab järgmise seondumist, Hilli koefitsioent) Fosforüleerimine - defosforüleerimine Proteolüütiline modifitseerimine (aktivatsioon või innakstivatsioon, nt trüpsinogeen ja trüpsiin- seedeensüümid) Valkude kompartmentalisatsioon- ensüüm kas pääseb või ei pääse substraadile ligi
Botulinum´ile? pH 4,6-7,0. Toiduained: Enamus toite, mille pH on üle 4,6 sagedamini vorst, mereannid, piim, konserveeritud köögiviljad. 18. Botulismi toksiini botuliini kerge (50kDa) ja raske (100kDa) ahela ülesanded? 1. Raske ahel - Seondumine kindla aksoni terminaalse osaga, millele järgneb toksiini sisenemine neuronitesse (endotsütoosi teel) 2. Kerge ahel Atakeerib ühte valkude SNAP-25, süntaksiin või VAMP/sünaptobreviin seondumise kohta neuromuskulaarsel ´´ristmikul´´ takistades sellega sünaptilise vesiikuli seondumist membraaniga. Selle tõttu ei saa sünaptilisest vesiikulist vabaneda atsetüülkoliin. Atsetüülkoliini vabanemise inhibeerimisega häirib toksiin närviimpulsi liikumist, põhjustades lihaste lõtvushalvatust. 19. Nimeta erinevaid botulismi tüüpe! 1. Toidust põhjustatud ja haavabotulism 2. Imikute botulism 3. Meditsiiniline botulism 20
andes NO2. N2O tekib lämmastikväetistest mikroorganismide elutegevusel. NO ja NO2 äärmiselt mürgised Bioakumulatsioon organismide ainevahetusprotsesside ning keskkkonnas olevate ainete koosmõju telemusena jälgitav nähtus, mille korral raskelt lagunevad või keemiliselt organismi kudedega seonduvad ained kogunevad teatud organismidesse ja nende osadesse. Bam. võib ilmneda ka pideva reostusallika demasdul (??:S) ainete puhul, mille püsiva seondumise võime organismi kudedega on väike. Näiteks võivad bensiinitankla lekkivad mahutid põhjustada põhjavee kaudu või joogivees, torudes kui ka selle piirkonnas elavate organismide püsiva bensiinilisandina kasutatava antidetanaatori sisalduse ning tekitada mitmesuguseid ainevahetuse ning närvisüsteemi talitusele häiret.
toodang) 1. Konstituiivne ekspressioon geenidel, mille produkte on igas rakus igal ajal vaja=housekeeping geenid 2. Muutuva tasemega (induktsioon ja repressioon) avaldumise tase muutub vastavalt vajadusele: välised signaalid/raku arenguprogramm Ekspressiooni regulatsioon · Transkriptsiooni initsiatsioon (kindlad dna järjestused, regulaatorvalgud, dan-valk ja valk-valk seondumise mõjud, RNA polümeraas) · Promootor dna järjestus, millele RNA-Pol seostub ja initsieerib transkriptsiooni · Operaator DNA järjestus, millele seostub repressorvalk, et kõrvalpaiknevate geenide transkriptsiooni takistada · Cis-acting elemen DNA järjestus, mis mõjutab oma lähedaloleva geeni avaldumist · Sigma-abifaktor prokarüootidel soodustab RNA-Pol seost DNA järjestustele
Laktoosi olemasolul indutseerib see mõlema ensüümi sünteesi Järeldused: 1. lacI+ toodab repressor valku 2. Laktoosi puudumisel repressor seondub operaatoriga ja inhibeerib struktuursete geenide ekspressiooni 3. Laktoosi olemasolul, repressor seondub allolaktoosiga ja sellega alustatakse valkude sünteesi (repressor inhibeeritakse) Mutatsioonid promootoris (Plac): See inhibeerib RNA polümeraasi seondumise, ei sõltu laktoosi olemasolust Iga mutatsioon promootoris inhibeerib kogu operoni struktuursete geenide ekspressiooni lac operon ehitus metsikul E. coli'l Regulatoorsete elementide ja struktuursete geenide järjakord lacI: promootorlacIterminaator operon: promootoroperaatorlacZlacYlacAterminaator Operoni funktsioon kui laktoos puudub: Kui laktoos keskkonnas: lac repressor on tetrameerne valk (neljast polüpeptiid ahelast) JacobMonod E
Võivad paikneda ka mittekodeerivate geenide transkriptides, pseudogeenide või lncRNAde järjestustes. miRNAde seondumiskohad on peamiselt intron kodeeritavas alas, kuna degradatsioon takistab miRNAde seondumist mRNAl, sp on need seondumiskohad 3’UTR, kuna ribosoom ei läbi seda. Küpse miRNA järjestuse nukleotiidid 2-7 moodustavad seed regiooni, mis paarduvad komplementaarsuse alusel sihtmärk mRNA 3’UTR-ga ning selle piirkonnaga on määratud mRNAde seondumise spetsiifilisus. Kui seed ja 3’UTR vaheline seondumine on täielikult komplementaarne, toimub mRNA lagundamine, kui aga osaliselt komplementaarne, toimub mRNA translatsiooni inhibeerimine. Seondumiskohal on lisaks seed regioonist tagapoolt 3’otsa poole lisa järjestus, aga ei pruugi olla miRNAga seondunud. • miRNAde seondumiskohad jagunevad seondumise tugevuse järgi: – Kanoonilisteks kus seondumine on vajalik ainult seed regioonis
Prokarüootne operoon regulatoorne üksus, milles asuvad struktuurgeenid, operaator ja promootor. Operooni mudeli järgi kontrollivad struktuurgeenide transkriptriooni regulaatorgeen ja operaatorgeen. Laktoosi (lac) operoni regulatsioon E.Coli rakkudes. Lac operon sisaldab promootorit P, operaatorit O ja 3. struktuurgeeni lacZ (-galalaktosidaasi geen), lacY (-galalaktosidaasi permeaasi geen) ja lacA (transatsetülaas). Operoni geenide negatiivne kontroll toimub läbi repressorvalgu Lac I seondumise operaatorile ja positiivne kontroll läbi aktivaatorvalgu CAP seondumise operaatoralale. 5. Eukarüootse mRNA kodeeriv osa erineb prokarüootsest selle poolest, et sisaldab tüüpiliselt vaid üht tsistronit e. ORF'i. Erineva struktuuri tõttu ei ole mRNA eukarüootide ja prokarüootide vahel vahetatav, st. prokarüootne mRNA ei tööta eukarüootses valgusünteesis ja vastupidi, eukarüootne mRNA ei ole substraadiks prokarüootsetele ribosoomidele. 6
vesiniksidemetega seotud. Vee keskkonna struktuur (vesiniksidemete moodustamise võime) suunab valkude struktuuri teket ja püsimist. Valgu sekundaarstruktuur moodustub samuti vesiniksidemete varal. Sekundaarstruktuuri moodustavd H-sidemed tekivad valgu selgroo peptiidsidemete amino- ja karboksüülrühmade vahel. Valkude sekundaarstruktuuri põhilised elemendid on -heeliks ja -kiht (lamepoogen) vt. joonised 1.18 ja 1.19 Aminohapete külgahelate omavahelise seondumise tulemusena tekib valkude tertsiaarstruktuur. Tertsiaarne struktuur on igale valgule spetsiifiline. Kindel ruumiline struktuur on valkude bioloogilise funktsioneerimise alus. Kuna valgud koosnevad paljudest erinevatest aminohapetest, siis on ka nende ruumiline struktuur väga mitmekesine. Eraldiseisvaid ruumilise struktuuri elemente nimetatakse struktuuri motiivideks. Ruumilise struktuuri motiivid sisaldavad sageli sarnaseid aminohappe järjestusi - järjestuse ehk primaarstruktuuri motiive
Kruvikul mõõtetäpsus 0,01 mm saavutatakse järgmiselt: 0,5 : 50 = 0,01 0,5 kruviku spindli keerme samm 50- jaotuste arv ühe pöörde kohta pöörleval trumlil 14 HÄLBED, TOLERANTSID ja ISTUD (ava ja võlli järgi) Hälve- lubatud nimimõõtme kõikumine ühes või teises suunas. Tolerants- lubatud alumise ja ülemise piirhälvete vahe. Istud- detailide omavahelise seondumise viis. · liikuvad (liugistud) · liikumatud (pingistud) · üleminekuistud 15 HÄLBED, TOLERANTSID ja ISTUD (ava ja võlli järgi) Ava- ja võllisüsteemi istude skemaatiline kujutamine. Allikas: Metall- und Maschinentechnik, Friedrich Taellenbuch, Bildungsverlag E1NS. Autori tõlge eesti keelde Allikas: http://www.e-ope.ee/_download/euni_repository/file/1970/Tehni- line%20mootmine.zip/istud.html
· Serotoniin - meetleolu, hetkeajede kontroll · Atsetüülkoliin õppimine, mälu, ärkvelolek · Glutamaat üsna universaalne erutusvirgats · Endopioidid - valu mahasurumine, lähedustaju · Gamma-aminovõihape väga universaalne pidurdusvirgats (! interneuronites) · Neuropeptiid Y - isu suurendamine, ärevuse mahasurumine Ravimite seondumine retseptoritele seondumise määr · Farmakonimolekulide hulk, mis retseptoritele saab seonduda, on piiratud kättesaadavate retseptorite arvuga Ravimi seondumine on küllastuv protsess, mis pöörduva seondumise puhul väljendub assotsiatsiooni & dissotsiatsiooni tasakaaluna · Farmakonide seondumine retseptoritele järgib massitoimeseadust Kui farmakoni seondumine retseptorile & vabanemine retseptorilt on tasakaalus, siis retseptorite hõivatus on
operon (ingl. Operon)- Grupp geene, mis moodustavad ühtse regulatoorse või kontrollüksuse. Üksus koosneb operaatorist, promootorist ja struktuurgeenidest. Omased prokarüootidele. 9. Positiivne geneetiline regulatsioon 1. Promootori tasemel (ees) Süsteemi algolek suletud Regulaatorgeen aktivaatori 2. Pidurdatud süsteemid Suletud süsteemis = regulaatorgeeni produkt on aktiivne aktivaator, seondub regulaatorvalgu seondumise saidiga promootori ees, aktiveerib struktuurgeenid Aktiivne aktivaator + korepressor (efektormolekul) = represseerib struktuurgeenid 3. Indutseeritud süsteemid Sünteesitakse inaktiivne aktivaator, ei seondu regulaatorvalgu seondumise saidiga promootori ees, ei aktiveeri struktuurgeene Inaktiivne aktivaator + induktor (efektormolekul) = aktiveerib struktuurgeenid 10. Negatiivne geneetiline regulatsioon 1
Antigeeni esitleva raku MHC molekuli abiga esitletakse antigeen T-raku retseptorile. KLONAALNE SELEKTSIOON on omandatud immuunsuse põhimõte, mis väidab, et omandatud immuunvastuse annavad iseseisvad antigeen-spetsiifilised lümfotsüüdid, mis on organismi enda suhtes tolerantsed. 1. 1 lümfotsüüt = 1 retseptor, mis on spetsiifiline ühele antigeenile. 2. Lümfotsüütide selektsioon toimub antigeenile seondumise efektiivsuse alusel. 3. Retseptorite mitmekesisus peab katma antigeenide mitmekesisuse, seepärast spetsiifilisus vajab mitmekesisust. Selektsiooni mitte läbinud lümfotsüüdid lähevad apoptoosi ja fagotsüteeritakse. Positiivne selektsioon toimub tüümuse koores, negatiivne säsis. Täpsemalt: 1. Iga lümfotsüüt kannab ainult üht tüüpi antigeeni retseptorit, mis on unikaalse spetsiifikaga 2
vanadest ja uuesti sünteesitud lõikudest. 50. DNA replikatsiooni initsiatsiooni mehhanism. DNA replikatsioon algab ori järjestustelt, kus toimub DNA ahelate lahtikeerdumine ja praimeri süntees. Bakterkromosoomil on ainult üks alguspunkt oriC. Replikatsiooni initsiatsiooniks on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. DNA dupleksi avamine toimub kas transkriptsiooni toimel või spetsiaalsete initsiaator valkude seondumise tulemusena. Ori regioonid on alati A-T rikkad. 51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? Põhiliseks DNA replikatsiooni läbiviivaks valguks on DNA polümeraas Pol III. V- kujuline, sisaldab 2 apoensüümi. Apoensüümi moodustavad subühikud a, e ja q. Epsilon subühik on vastutav DNA replikatsiooni täpsuse eest tal on 3'-5'
Neerukahjustus (enamus, 65% pliist väljutatakse ioonsenakehast just läbi neerude, plii põhjustab muudatusi neerude struktuuris, mis takistab vajalike ainete reabsorptsiooni) ·Luudekahjustus (asendades Ca2+võib plii põhjustada osteoporoosi, samas on täheldatud suurenenud luude tihedust Pb-leeksponeeritud lastel) ·Närvisüsteemi kahjustus (väsimus, letargia, peavalu), entselofalopaatia(mäluhäired, kognitiivse ehk tunne RASKMETALLIDE PEAMINE TOIMEMEHHANISM on läbi seondumise sulfhüdrüülgruppideleSH ja läbi selle valkude tertsiaarstruktuuri mõjutamise. Seetõttu on metallide bioloogiline mõju vähe spetsiifiline OKSÜDATSIOONelektron eemaldatakse aatomilt (elektroni eemaldab oksüdeerija) REDUKTSIOON elektron lisatakse aatomile (elektroni loovutab redutseerija)Koos nimetatakse oksüdatsiooni-reduktsiooni reaktsioone redoksreatsioonideks REAKTIIVSED HAPNIKURADIKAALIDredoksreatsioonidekäigus hapnikust
Aminohapete biosünteesi ja C-allikate degradatsioonil osalevate operonide transkriptsioonitase suureneb. ppGpp poolt negatiivselt reguleeritavate promootorite puhul põhjustab see nukleotiid RNA polümeraasi dissotseerumise avatud kompleksist. ppGpp mõju translatsioonile ppGpp translatsiooni pärssiv mõju ilmneb mitmeti. ppGpp interakteerub translatsiooni initsiatsioonifaktoriga IF-2 ning blokeerides initsiaator-tRNA-kompleksi seondumise ribosoomiga. ppGpp võib mõjutada ka translatsiooni elongatsiooni, seondudes elongatsioonifaktoritega EF-TU ja EF-G (seondub eeskätt EF-G-ga) ja inhibeerida sel viisil elongatsiooni. Translatsioonil kulutatakse GTP energiat. Kuna ppGpp on sünteesitud GTP-st, langeb rakkudes GTP kontsentratsioon ja ka see võib hakata translatsiooni piirama. 5. Selgitage geeniregulatsiooni mehhanisme, mida võimaldab transkriptsiooni ja translatsiooni samaaegne toimumine bakterirakus?
Prokarüootides 3-5 subühikust ja üle 50 erinevast ribosoomivalgust. Prokarüootides suurest ja väiksest subühikust, kokku 70S. 30S(21 valku ja 16SrRNA)+50S (31 valku ja ...) erinevat valku) (sedimentatsiooni koefitsent) Eukarüoodis - 80S = 60S (49 valku ja 3 rRNAd 5, 5,8 ja 28rRNA) + 40S (33 valku ja 18S RNA). 65. tRNA-de osalus translatsiooniprotsessis: tRNA laadimine aminohappega, tRNA seondumise saidid ribosoomis. Aminohape aktiveeritakse aminoatsüül-tRNA süntetaasiga, (20tk) kasutades ATPd. Järgmiseks seotakse aminohappe t-RNAle, eraldub AMP. Õige aminohappe lülitumine translatsioonil on tagatud tRNA spetsiifilisuse ja koodon-antikoodoni intraktsiooni poolt, mitte aminohappe poolt. Koodon- antikoodon paardumine. tRNA saab valgusünteesil seondada 3 kohta A-, P ja E-sait asuvad suures subühikus
erinevast polüpeptiidist. Suur subühik (50S) sisaldab kahte RNA molekuli (5S rRNA ja 23S rRNA) ning 31 erinevat polüpeptiidi. Eukarüootsed ribosoomid koosnevad 40S väikesest subühikust, milles on 18S RNA ja 33 erinevat ribosoomivalku ning 60S suurest subühikust, milles on kolm rRNA molekuli (5S rRNA, 5,8S rRNA, 28S rRNA) ja 49 polüpeptiidi. 65. tRNA-de osalus translatsiooniprotsessis: tRNA laadimine aminohappega, tRNA seondumise saidid ribosoomis. Aminohape seotakse tRNA molekuli 3´-hüdroksüülrühma külge aminohappe karboksüülrühma kaudu. Vastavat protsessi nimetatakse tRNA aktiveerimiseks e. aminohappega laadimiseks ning see toimub kahe-etapiliselt. Esmalt aktiveerivad aminoatsüül- tRNA süntetaasis aminohapped, kasutades selleks ATP energiat: saadakse AMP-ga seondunud aminohape ja eraldub pürofosfaat. Seejärel seotakse aminohape tRNA molekuliga, moodustub
Lisaks neile võivad paljud tRNA molekulid sisaldada lisalingu ja lisaõlga, mille pikkus võib olla suuresti varieeruv. tRNA molekuli tasapinnaline struktuur Funktsionaalselt on tRNA molekuli tähtsaim osa antikoodon, mille kolm nukleotiidi paarduvad komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA koodoniga, mis on geneetilise translatsiooni ja geneetilise koodi strukturaalseks aluseks. Seetõttu on antikoodoni lingu ruumiline konformatsioon oluline täpse koodon-antikoodon seondumise toimumiseks. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb tRNA ahel järsu pöörde. Nukleotiid 34, esimene antikoodoni nukleotiid paardub mRNA koodoni viimase 3. nukleotiidiga ja seetõttu on oluline, et koodon-antikoodon seondumine lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33 ga, niiviisi määrab tRNA ahelas toimuv järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks
Lisaks neile võivad paljud tRNA molekulid sisaldada lisalingu ja lisaõlga, mille pikkus võib olla suuresti varieeruv. tRNA molekuli tasapinnaline struktuur Funktsionaalselt on tRNA molekuli tähtsaim osa antikoodon, mille kolm nukleotiidi paarduvad komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA koodoniga, mis on geneetilise translatsiooni ja geneetilise koodi strukturaalseks aluseks. Seetõttu on antikoodoni lingu ruumiline konformatsioon oluline täpse koodon-antikoodon seondumise toimumiseks. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb tRNA ahel järsu pöörde. Nukleotiid 34, esimene antikoodoni nukleotiid paardub mRNA koodoni viimase 3. nukleotiidiga ja seetõttu on oluline, et koodon-antikoodon seondumine lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33 ga, niiviisi määrab tRNA ahelas toimuv järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks
ribosoomi unlocking). Ratchet toimub ka EF-G puudumisel. EF-G stabiliseerib ribosoomi “ratchet” olekut. Ümberkorraldused B1a ja B1b sildade. L1 stalk liigub ratcheti ajal E-saiti sissesubühikute ”ratchet” : Translokatsioon ja antibiootikumid : spektinomütsiini juhtum Spectinomycin interacts specifically with the residues G1064 and C1192 in 16S rRNA, thereby potentially freezing this molecule into an inactive conformation. Takistab kuidagi EF- G seondumise, mis peatab ka A-->P sait liikumise Spektinomütsiin võib blokeerida olulise liikumise ribosoomis. Seondub ribosoomi kaela piirkonda (väike subühik), translatsioon enam toimuda ei saa (jääb kinni). Valgu biosünteesi täpsus ja koodon-antikoodon interaktsioonid Valgusünteesi täpsus on mõjutatud kahe protsessi poolt. Esiteks peavad tRNA-d ribosoomis korrektselt sobituma neile vastavate mRNA koodonitega ja teiseks teguriks on tRNA korrektne aminoatsüleerimine
60. Ökotoksikoloogia teadus, mis tegeleb mürkide muutumise ja mõjuga looduses. Toksikoloogia haru. 61. Bioakumulatsioon on nähtus, kus organismi kogunevad toksilised ained suurema kiirusega kui need ainevahetuse käigus organismist eritatakse[viide?]. Seega, mida pikem on mingi ainebioloogiline poolestusaeg, seda suurem on risk kroonilisele mürgistumisele. Biakumulatsioon võib ilmneda ka pideva reostusallika olemasolul ainete puhul, mille püsiva seondumise võime organismi kudedega on väike [1]. Näiteks võivad bensiinitankla lekkivad mahutid põhjustada põhjavee kaudu nii joogivees, toidus kui ka selles piirkonnas elavate inimeste organismides püsiva MTBE (bensiinilisandina kasutatava antidetonaatori) sisalduse ning tekitada mitmesuguseid ainevahetuse ning närvisüsteemi talitluse häireid 62. DL50 letaalannus ehk letaaldoos see on surmav mürkkemikaaliannus.
kaheahelalise struktuuri kattevalgu geeni kodeeriva regiooniga. Ribosoomid mis transleerivad kattevalgu geeni “sulatavad” lahti R-geeni RBS järjestuse ja avavad R-geeni translatsiooniks. Kattevalk toimib ka R-geeni negatiivse regulaatorina. Kui kattevalgu konsentratsioon kasvab ja valk hakkab moodustama diameere siis seonduvad need R geeni alguses asuvale operator- juuksenõela struktuurile ja blokeerivad blokeerivad ribosoomide seondumise. Lüüsvalgu translatsioon Lüüsvalgu geen asub samuti kattevalgu geeni translatsioonilise kontrolli all (terminaatorkoodonid kattevagu geenis blokeerivad lüüsvalgu translatsiooni). Selle põhjuseks on: Lüüsivalgu geeni alguses asub “juuksenõela” struktuur mis ei lase ribosoomidel otse initseerida L- geeni translatsiooni. Lüüsivalgu geenil puudub RBS järjestus Seepärast oimub L-geeni translatsioon järgmiselt:
Seega võib sama ravimi biosaadavus erinevatel inimestel olla erinev. Samuti võib erinevate ravimitootjate poolt valmistatud sama toimeainet sisaldavate preparaatide manustamisel olla erinev biosaadavus. Ravimite jaotumine Verre imendunud ravimid seotakse osaliselt vereplasma valkudega (peamiselt albumiinidega). Seega ringleb ravim veres nii seotud kui vabas vormis. Erinevatel ravimitel on erinev valkudega seondumise võime, see võib varieeruda 1-100%-ni, ka võib teatud tingimuste muutumisega seotuse aste muutuda, see sõltub: - ravimi omadustest - vere pH-st farmakokine 3 etika - konkureerivatest ainetest (näiteks aspiriin seondub suurema osa plasmavalkudega ja võib teised ravimid seondunud vormist tõrjuda vabasse vormi suurendades nii nende terapeutilist toimet)
-limiteeritud spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide-ori regioonide olemasoluga. -on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. -praimerit on vaja selleks et sünteesitaval polünukleotiidahelal oleks vaba 3'OH ots kuhu DNS polümeraas saab liita nukleotiide.Praimeriks võib olla kas DNA või RNA.Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas, DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena.Kuna DNA dupleksi avamine on kergem A-T rikastes regioonides on ori regioonid alati A-T rikkad. 51)Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites.Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? Bakteril E.Coli on leitud 5 DNA polümeraasi(I,II,III,IV,V) I ja II osalevad DNA vigade parandusel III on põhiline DNA replikatsiooni ensüüm IV ja V on seotud viaderohke DNA sünteesiga olukorras kus DNA polümeraasi III poolt läbiviidav
polümeraasi seostumist kindlatele DNA järjestustele), aktivaator (seostub DNA- ga, soodustab transkriptsiooni initsiatsiooni), repressor (seostub operaatoriga ja takistab initsiatsiooni= negatiivne regulatsioon). Eukarüootidel : regulatoorsed valgud on transkriptsioonifaktorid (TF), TF seostudes teiste geenide cis- elementidega reguleerivad nende geenide ekspressiooni (transs-acting-faktorid: DNAmRNAproteiin A); DNA-valk seondumise ja valk-valk seondumise mõjud- DNA-valk : regulatsioon toimub läbi paljude cis-acting elementide ja trans-acting faktorite vaheliste seoste, mitte kovalentsed. Valk-valk : DNAga seostumiseks võib valgul olla vajalik seostuda enne teise valguga, homo- ja heterodimeerid, nii prokarüootides kui ka eukarüootides.; RNA polümeraas. Geeni regulatsioon prokarüootides ühisjooned: polütsistroonsed geenid, st mitmed sarnase funktsiooniga geenid paiknevad koos neid reguleeritakse
ainevahetuse ensüümid, tsütoskelett jne) = housekeeping geenid. b. Muutuva tasemega (induktsioon ja repressioon) Mõnede geenide ekspressioonitase muutub vastavalt vajadusele: vastavalt välistele signaalidele või raku enda arengulisele programmile. Geeni ekspressiooni reguleeritakse mitmel eri tasandil. Transkriptsiooni initsiatsioon on üks tähtsamaid. Transkriptsiooni reguleerivad: a. Kindlad DNA järjestused b. Regulatoorsed valgud c. DNA-valk seondumise ja valk-valk seondumise mõjud d. RNA polümeraas Geeniekspressiooni regulatsioon, sarnasused ja erinevused prokarüootidel ja eukarüootidel. a. Regulatoorne DNA järjestus Prokarüootidel: Operon koosneb: struktuurgeenid, promootor, operaator ja muud regulatoorsed järjestused. Promootor-DNA järjestus, millele RNA-Pol seostub ja initsieerib transkriptsiooni. Operaator-DNA järjestus, millele seostub repressorvalk, et kõrvalpaiknevate
Crl positiivselt. Erinevalt repressorite seondumissaitidest jäävad aktivaatoreid siduvad järjestused alati -10 heksameersest järjestusest ülespoole, sest vastasel juhul takistaks nende seondumine DNA ahelate lahtisulamist. Aktivaatori spetsiifika on määratud tema seondumissaidi olemasoluga aktiveeritava geeni promootoralas või selle läheduses. Sageli seonduvad transkriptsioonifaktorid DNA-le kooperatiivselt. Tüüpiline DNA-ga seonduv valk sisaldab nii DNA-ga seondumise kui ka teiste valkudega interakteerumise domeene. Ühe valgu seondumine promootoralale võib soodustada teiste transkriptsiooni aktivatsioonil osalevate valkude seondumist DNA-le.Valkude kooperatiivsel seondumisel DNA-le on oluline, et nad oleksid üksteisega interakteerumiseks seondunud DNA-le samas faasis. Kui kahe seondumissaidi vaheline kaugus ei ole täispöördeline, ei pruugi valkudel transkriptsiooni aktivatsioonile efekti olla.
regulatsioonil. Valkude ruumiline struktuur sõltub ümbritsevast keskkonnast. Nt vee keskkonna struktuur (H-sidemete moodustamise võime) suunab valkude struktuuri teket ja püsimist. Valgu sekundaarstruktuur moodustub samuti vesiniksidemete varal. H-sidemed tekivad peptiidsidemete amino- ja karboksüülrühmade vahel. Põhilised elemendid α heeliks ja β leht (lamepoogen). Valkude tertsiaalstruktuur – aminohapete külgahelate omavahelise seondumise tulemusena. igale valgule spetsiifiline. Suur ruumiliste struktuuride mitmekesisus (valgud koosnevad erinevatest AH-dest). Ruumiline struktuur on valkude bioloogilise funktsioneerimise alus. struktuuri motiivid – eraldiseisvad ruumilise struktuuri elemendid. Sisaldavad sageli sarnaseid AH järjestusi – primaarstruktuuri motiive. Sarnased ruumilise struktuuri motiivid = ühesugune bioloogiline funktsioonide läbiviimine. Osa domäänist.
· Eukarüootidele omaseid aktiini, müosiini ja tubuliini pole neil siiski leitud. · Chaperoniinid on valgulised kompleksid, mis seostuvad värskelt sünteesitud valkudele ja aitavad neid pakkida. Kuumashoki tingimustes aga seostuvad nad kahjustunud valguga ja kaitsevad seda edasise denaturatsiooni eest. · Nad saavad taastada ka valgu stuktuuri, kasutades selleks ATP hüdrolüüsi energiat. Neil on ATP-ga seondumise domään ja ATPaasne aktiivsus. · Chaperoniinide rolli rakuskeleti moodustamises hakati uurima hüpertermofiilsel (valgulise kestaga) atsidofiilsel arhel Sulfolobus shibatae, kellel kindlasti on vaja hoolitseda valkude struktuuri säilumise eest, sest tema Topt on 83 kraadi ja pH opt on 3.0. · Selle bakteri chaperoniinid koosnevad kahest suures koguses rakus esinevast valgust. Nad agregeeruvad niitideks, kui in vitro lisada neile ATPd ja Mg.
· Info ülekanne keemilises sünapsis toimub mediaatorite ehk transmitterite kaudu Madalmolekulaarsed mediaatorid- Ach, NA Postsünaptilisel membraanil paiknevad selle aine suhtes tundlikud retseptorid: ionotroopsed, mis on oma olemuselt ligand-sõltuvad ioonkanalid (N-tüübi kolinoretseptorid) , ja metabotroopsed, mis on tavaliselt seotud G-valguga (adrenoretseptorid, M-tüüpi kolinoretseptorid). Postsünaptilise membraani potentsiaali, mis tekib transmitteri seondumise tagajärjel retseptoriga, nimetatakse postsünaptiliseks potentsiaaliks (PSP). Need võivad olla eksitatoorsed (EPSP), kui see toob kaasa membraani depolariseerumise (potentsiaali lähenemise pingest sõltuvate Na-kanalite läviväärtusele, st. nad soodustavad AP teket) või inhibitoorsed (IPSP). Kõiki aineid, mis toimivad samasuunalise efektiga nagu endogeenne mediaator, nim agonistideks. Aineid, mis takistavad info ülekannet retseptori kaudu, kutsutakse antagonistideks.
-STR: tüüpiliselt >5 -SNP: tüüpiliselt 2 Detekteerimismeetod: -STR: geel/kapillaarelektroforees -SNP: sekveneerimine; mikrokiipanalüüs Multipleksi võimalus : -STR: >10 markerit mitme fluores. värviga -SNP: Potentsiaalselt 1000 SNPs kiibil 3.STR markerite iseloomustus (korduste tüübid, alleelide tähistamine, alleelide eristamine). Lühikesed kordusjärjestused (Short Tandem Repeats - STR) Proovides varieerub korduste arv (korduspiirkond), kordustega külgnev ala (PCR praimerite seondumise ala) on konstantne Homosügoot = mõlemad alleelid on sama pikkusega 14 Heterosügoot = alleelid erineva pikkusega STR korduste tüübid: Microsatellite = simple sequence repeat (SSR) = short tandem repeat (STR) -Dinukleotiid-(CA)(CA)(CA)(CA) -Trinukleotiid-(GCC)(GCC)(GCC) -Tetranukleotiid-(AATG)(AATG)(AATG) -Pentanukleotiid-(AGAAA)(AGAAA) -Heksanukleotiid-(AGTACA)(AGTACA) Alleelide kindlakstegemiseks vajalik suurusel põhinev DNA lahutamine;
tingimuste juures Km – Michaelise konstant; substraadi kontsentratsioon, mille juures ensüümi töökiirus on pool maksimaalsest töökiirusest V max väike Km väärtus tähendab, et antud substraat seondub ensüümiga tugevalt 3. Mehhanismid, mis reguleerivad valkude afiinsust, allosteeriline kontroll -Allosteerilised üleminekud (allosteeriline kontroll) Katalüütiliste subühikute konformatsiooni muutus allosteerilise regulaatori seondumise järgselt, üleminek aktiivse ja mitteaktiivse vormi vahel (active and inactive state) Ligandide kooperatiivsed efektid (ühe ligandi seondumine kas inhibeerib või soodustab järgmise seondumist, Hilli koefitsioent) -Fosforüleerimine - defosforüleerimine -Proteolüütiline modifitseerimine (aktivatsioon või innakstivatsioon, nt trüpsinogeen ja trüpsiin- seedeensüümid) -Valkude kompartmentalisatsioon- ensüüm kas pääseb või ei pääse substraadile ligi.
määravad klassi. Struktuuri. Antikehad on jaotatud viide klassi, IgM, IgG ja IgA ja IgD. Need rasked ahelad erinevad nii kuju kui ka kompositsiooni poolest. Minoorsed erinevused ja H ahelas (subisotypes) määravad AK alamklassi (subclass). Igal raskel ahelal on kaks regiooni, aminohappeline järjestus, mis antkeha struktuuri tipus, erineb erinevatel antikehadel ja kannab nimetust variaabel regioon, kuskil 110-130 aminohapet pikk ja annab antikehale antigeeniga seondumise spetsiifilisuse. Variaabel regioon erineb erinevate B rakkude poolt produtseeritud antikehade vahel, aga sama raku poolt produtseeritud antikehades on samasugune. Konstante regioon on identne kõikides sama isotüübi antikehades, aga erineb erinevate isotüüpide antikehades. . Konstantne regioon determineerib mehhanismi, mis on vajalik antigeeni hävitamiseks. On kahte tüüpi kergeid ahelaid lamda ja kappa. Ka kergel ahelal on konstantne ja variaabel domään
pärit valkudega. 84 geeni kuulub geeniperekondadesses (26 perekonda, igas 2-6 liiget) Mõnedes geenides leidub introne, mis kuuluvad kolme erinevasse tüüpi: - isesplaiseeruvad intronid - splaisosoomi-splaiseeritavad intronid - tRNA geeni intron Sekveneeritud on ka mitmeid teisi Chlorella viiruseid, nende järjestuste sarnasus (valkude tasemel) on ca 60% Seondumine rakule. PBCV-1 seondub kiiresti ja pöördumatult Chlorella rakkudele. Seondumise saidis toimub raku seina lahustumine ja viiruse DNA tungib rakku (tühi kapsiid jääb raku pinnale). Raku seina lüüsimine toimub virionis paikneva(te) ensüümi(de) toimel, DNA sisenemiseks rakku on vaja ka peremehe funktsioone. DNA transporditakse tuuma. Vetikate viirused replitseeruvad rakutuumas. Sellele vaatamata ei vaja nad tuumseid funktsioone (replikatsioon võib toimuda ka UV-kiiritatud rakus). Samuti ei vaja PBCV-1 replikatsioon fotosünteesi toimumist
sisenemiseks (kuid mitte rakkudele seondumiseks); - VP6 on rotaviiruste virionide üks peamisi struktuurvalke, interageerub VP4 ja VP7 valkudega ning VP2 "core" valguga. VP6 on vajalik transkriptaasi aktiivsuseks (pole teada kas VP6 omab ise ensümaatilist aktiivsust või ainult hoiab funktsionaalset transkriptaasi koos); - VP7 on virioni väliskihi glükoproteiin. Tänu VP7 N-terminaalsele membraan-seondumise signaalile (50 ah jääki) toimub selle valgu süntees ER membraanidel, mistõttu toimub VP7 ko-translatsiooniline N-glükosüleerimine (erinevate rotaviiruste VP7 sisaldab 1-3 glükosüleerimise saiti). Ka peale signaaljärjestuse eemaldamist jääb VP7, kuna ta sisaldab ka ER-is püsimise signaali, ER membraanidega seotuks. Mittestruktuursed valgud Mittestruktuursed valgud (puuduvad valmis virionides, tähistatakse NSP1 - 6) osalevad kas
t. toimub kotranslatsiooniline seostumine. ER-ga seostuvatel valkudel on N- terminaalses osas nn. signaalpeptiid e. liiderjärjestus. Kuna valgu süntees algab valgu N-terminaalsest osast, siis liiderjärjestus valmibki kõige esimesena. Liiderjärjestuse tunneb ära ja seostub sellega signaaliäratundja partikkel e. SRP (signal-recognition particle). SPR kujutab endast valgu ja RNA kompleksi. SRP omakorda seostub ER-i membraanis oleva SRP retseptoriga. Kuna SRP seondumise ajal oma retseptoriga valgu tagumist otsa alles sünteesitakse ribosoomide poolt, siis tulemuseks on see, et ka ribosoomid kinnituvad ER-i membraani külge. Ribosoomid, mis on seotud ER-ga, tekitavad rakus kompartmendi, mida nimetatakse karedapinnaliseks ER-ks (rER). ER-i seda osa, kus ribosoome pole, nimetatakse siledapinnaliseks ER-ks (sER). Valkude modifitseerimine ER-s (N-seoseline glükosüleerimine, disulfiidsildade moodustumine, valkude kokkupakkimine ja
t. toimub kotranslatsiooniline seostumine. ER-ga seostuvatel valkudel on N-terminaalses osas nn. signaalpeptiid e. liiderjärjestus. Kuna valgu süntees algab valgu N-terminaalsest osast, siis liiderjärjestus valmibki kõige esimesena. Liiderjärjestuse tunneb ära ja seostub sellega signaaliäratundja partikkel e. SRP (signal-recognition particle). SPR kujutab endast valgu ja RNA kompleksi. SRP omakorda seostub ER-i membraanis oleva SRP retseptoriga. Kuna SRP seondumise ajal oma retseptoriga valgu tagumist otsa alles sünteesitakse ribosoomide poolt, siis tulemuseks on see, et ka ribosoomid kinnituvad ER-i membraani külge. Ribosoomid, mis on seotud ER-ga, tekitavad rakus kompartmendi, mida nimetatakse karedapinnaliseks ER-ks (rER). ER-i seda osa, kus ribosoome pole, nimetatakse siledapinnaliseks ER-ks (sER). Valkude modifitseerimine ER-s (N-seoseline glükosüleerimine, disulfiidsildade moodustumine,
Sellisel moel reguleeritakse C:N vahekorda rakus ning metabolismi kaks poolt - C-allika katabolism ja aminohapete anabolism - on seotud. Transkriptsiooni kaudu metabolismiradade reguleeritus ei iseloomusta kuigi hästi bakterite metabolismi regulatsiooni, sest metabolismirajad on tugevasti reguleeritud allosteerilise regulatsiooniga. E. coli võib uue substraadiga keskkonnas kohaneda sekundite jooksul just allosteerilise regulatsiooni, kas metaboliidi seondumise või post-translatsiooniliste modifikatsioonide abil. Selliseid universaalseid signaalmolekule, mis annaks bakterile aimu raku energeetilisest seisundist ning C-allika kasutamisest, pole palju: FBP, cAMP, L- glutamiin, -ketoglutaraat, ketohapped nagu püruvaat, oksaalatsetaat; lisaks L-leutsiin, ppGpp, ATP, kinoloonid. FBP on suhteliselt hästi kirjeldatud signalisatsiooni näide, mis kasutab nii allosteerilist regulatsiooni kui ka transkriptsiooni tasandil regulatsiooni.
Kõigil alleelides ei ole täispikka kordusühikut osaliste kordusühikutega alleelide tähistamine: täiskorduste arv punkt aluste arv osalises korduses DEF: Alleelid, millel pole aluskordusmotiivi täpseid kordusi või esinevad kordusmotiivi järjestuse variandid või mõlemad Võivad esineda insertsioonid, deletsioonid, aluse vahetused Järjestuse variatsioon võib esineda korduse sees, külgnevas alas või praimeriga seondumise alas Võib põhjustada PCR ebaõnnestumist, kuid praimeriga seondumise sait on muteerunud: null-alleelid Alleelid esinevad, kuid ei amplifitseeru nukleotiidi muutuse tõttu praimeri seondumissaidis heterosügootse isiku võib nii vale-homosügootseks määrata kaks PCR praimerite komplekti annavad erinevad tulemused probleemid andmebaaside kasutamisel uute kittide kasutusele võtmisele eelnevad põhjalikud uuringud 5
Geeniregulatsioonis osalevate geenide protsent arvatakse olevat 10-15% kõikidest geenidest. 44. Millised cis-elemendid on vajalikud, et RNA polümeraas ühe geeni transkribeerimise alustaks ja lõpetaks? Promootor, enhanser, terminaator. (cis-elemendid asuvad DNAs, mõjutavad transkriptsiooni. Trans-faktorid asuvad RNAs ja mõjutavad transkripsiooni, trans-faktorid on näiteks kõik transkriptsioonifaktorid) 45. Mis tagab enamike valguliste transkriptsioonifaktorite DNA-ga seondumise spetsiifilisuse? Tõmbejõud, mis tekivad hüdrofoobsestest vastasmõjudest, elektrilisest laengust või teistest molekulaarsetest äratundmismehhanismidest. Transkriptsioonifaktoride DNAga seondumise tagavad tõmbejõud, mis tekivad hüdrofoobsetest vastasmõjudest, elektrilisest laengust või teistest molekulaarsetest äratundmismehhanismidest näiteks heeliks-ling-heeliks, heeliks-pööre-heeliks, leutsiini tõmblukk, tsinksõrmed, peptiidiling, beeta-leht. 46
olemasoluga. Nimetus ori tuleneb inglisekeelsest terminist "origin of replication". Replikatsiooni initsiatsiooniks on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O oril puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A- T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks ehk silmaks (lokaalne denaturatsiooni ala). E.Coli'l alguspunktiks oriC (13mer, 13bp jarjestus on 3-s tandeemses korduses ja 9-mer 4-s korduses replikatsioonivalkudega seondumiseks). Eukarüootidel algus on ARS (50 bp A:T rikast 11bp järjestust) 92
annaabi.ee 
