(täpsemalt kirjeldada ei viitsi). 7. Mis on TBP funktsioon initisiatsioonikompleksi tekkes? TATA-box siduv valk (TATA binding protein (TBP)) on transkriptsiooni faktor, mis seondub spetsiifiliselt DNA järjestusega TATA-box'ga. TBP on esimene valk, mis "istub" TATAbox promootorile. Kui TBP istub TATAboxil, siis saab TFIIB (generaalne trankriptsiooni faktor) seonduda. TFIIB on monomeerne valk, mis on natuke väiksem TBPst. TFIIB C-terminaalne ots interakteerub kahel pool TATAboxi TBP ja DNAga, samas kui tema N-terminaalne ots stabiliseerib tekkinud interaktsiooni laiudes START-saidi poole. TFIIB sidumisele järgnevalt toimub preformeeritud tetrameerse TFIIF ja RNAPolII sidumine. Viimase tulemusena paiguldub RNAPolII START-saidile. Enamuse promootorite puhul peab kompleksile siduma veel kaks GTFi, et DNA ahelad saaks eralduda ja toimuks matriitsahel vabanemine. Esimesena seondub tetrameerne TFIIE, mis tekitab sidumisvõimaluse TFIIHle
Rakuvälised signaalmolekulid hormoonid kasvufaktorid neurotransmitterid feromoonid Hormoonide toimele on kahte tüüpi vastuseid 1. muutused märklaudgeenide ekspressioonis steroidhormoonid 2. rakusiseste sekundaarsete signaalmolekulide süntees peptiidsed hormoonid Muutused märklaudraku geeni(de) ekspressioonis Steroidhormoon, nagu näiteks estrogeen, siseneb märklaudrakku ja interakteerub seal vastava valgulise retseptoriga Hormoon-retseptor kompleks liigub raku tuuma kus ta seostub kindlatele piirkondadele DNA-l ja seeläbi kas aktiveerib või inhibeerib teatud geenide transkriptsiooni Tulemusena muutub vastava geeni poolt kodeeritava valgu hulk rakus Sekundaarsete signaalmolekulide (second messenger) süntees Hormoon interakteerub märklaudraku plasmamembraanis paikneva valgulise retseptoriga Hormooni seostumine indutseerib retseptoris konformatsioonilise
H2B, mida kõiki on kahes korduses. Nendest H3 ja H4 moodustavad tetrameeri (2 x H3-H4 dimeer), millele omakorda kinnituvad kaks H2A-H2B dimeeri. Oli teada, et selgroogsetes sisaldab transkriptsiooniliselt inaktiivne DNA tihtipeale metüleeritud tsütidiinijääke (5'metüültsütidiin, mC), millele vahetult järgneb G. Transkriptsiooniliselt aktiivses DNAs mC jäägid puuduvad. On näidatud, et DNA mC vormis seob spetsiifiliselt valku, mis interakteerub mSin3ga. See avastus viitab võimalusele, et mSin3e sisaldavad ko-repressorid on kompleksis mC valkudega. 28. Kuidas kromatiin mõjub transkriptsioonile? Elektronmikroskoopiliselt on näidatud, et nukleosoomne struktuur on DNA-l nii vahetult enne kui ka kohe pärast mingi lõigu transkribeerimist. Tõenäoliselt toimub mingi ajutine konformatsiooniline muutus, mille tulemusel side histoonide ja DNA vahel nõrgeneb ning transkriptsioonifaktorite seondumine saab võimalikuks
Paksud filamendid sarkomeeris koosnevad müosiinist, peened filamendid aktiini polümeeridest. F-aktiini heeliks koosneb G-aktiini monomeeridest. Aktiini filamendid on "dekodeeritud" tropomüosiini heterodimeeridega ja troponiini kompleksidega. Troponiini kopleksid koosnevad troponiin T (TnT), troponii I (TnI) ja troponiin C (TnC) vormidest. Peene filamendi struktuur: tropomüosiin on superkeerdunud ümber F-aktiini heeliksi, kusjuures iga tropomüosiini dimeer interakteerub aktiini kuue järjestikuse monomeeriga. Troponiin T seostub tropomüosiinile "pea-saba" põhimõttel. Paksude filamentide struktuur: Müosiin - 2 rasket (230 kD), 4 kerget (2 paari erinevaid 20 kD ahelaid) ahelat. Raskete ahelate "peadel" on ATPaasi aktiivsus 2 ning lihaskontraktsioonid toimuvad hüdrolüüsi arvel. 4.) Sarkomeeri funktsioneerimise alused. Aktomüosiini kompleks. Libisevate filamentide mudel ja ATP roll aktomüosiini kompleksi töös.
Aminohappe alfa-aminorühm kantakse üle alfa- ketohappe alfa-süsinikule. Reaktsiooni käigus aminohappest tekib talle vastab ketohape, ketohappest -> aminohape. Koensüümiks on püridoksaalfosfaat. 3.4 Peptiidsideme teke Ühe aminoghappe alfa-COOH interakteerub teise aminohappe alfa-NH2-ga, eraldyb veemolekul ja tekib kovalentne peptiidside. Peptiidsideme süntees vajab energiat. Pep-side seob aminohappejääke peptiidides ja valkudes. PEPTIIDID On oligomeersed biomolekulid, nad koosnevad peptiidsidemega seostunud aminohappejääkidest. 1
- - FARMAKOFOORI KINDLAKS MÄÄRAMINE – järgmine etapp uuringutes. - Summeerib ravimi aktiivsuseks vajalikud funktsionaalsed grupid ja nende ruumilise paiknemise üksteise suhtes. Kui ükski ravim pole ideaalne, tuleks otsida vähemalt optimumi. - N: hüpoteetiline ravim, glipiin. - Neli eesmärki, mis ravimit arendades tuleb meeles pidada: - kõrge aktiivsus - vähesed kõrvaltoimed - manustamise lihtsus ja efektiivsus - sünteesi lihtsus - Mida tugevamini interakteerub sihtmärgiga, seda efektiivsem madalama doosi juures. Sealjuures peaks ravim olema kõrgema selektiivsusega (vähem kõrvaltoimeid). - - Farmakokineetika – hea ravim on piisavalt stabiilne, et jõuda sihtmärgini ja piisavalt labiilne, et alluda metabolismile ja organismist täielikult väljuda peale oma regulatoorse ülesande täitmist. - Tihti aga on palju molekulaarseid barjääre, takistusi või ravim ei jõuagi
ise tekitama magnetvälja. Pannes näiteks rauast keha lühiajaliselt magnetvälja, siis välja võtmisel võivad sellele rauale jääda magnetilised omadused. 5.1 Mis põhimõttel töötavad Faraday katsed? Kirjelda nii täpselt kui võimalik. Võid valida ainult ühe katse ja selle näitel kirjeldada. ● Faraday katsed põhinevad elektromagnetilisel induktsioonil ehk elektromagnetismi põhiseadusel, mis ennustab, kuidas magnetväli interakteerub elektriahelaga elektromotoorjõu tekitamiseks. ● Induktsioonivoolu tekitab juhtme liikumine magnetväljas. Faraday katsest püsimagneti liigutamine kohta, selgus, et liikuv püsimagnet tekitab voolu lähedalasuvas juhtmes. ● Elektromagnetilist induktsiooni on võimalik uurida, kui kerida torukujulisele isoleerivale südamikule juhtmepool. Kõige lihtsam on magnetvälja muuta pannes magneti pooli sisse
Selle valguosa järjestus on 80% ulatuses identne pärmi ja inimese valkudel. TBP Nterminaalne domään on erinevatelt organismidelt pärit TBP valkudel nii pikkuselt kui järjestuselt väga varieeruv. Sellel on oluline roll RNAPolII-katalüüsitud snRNAde geenide transkriptsioonis. TBP monomeer pakkub moodustades sadul-struktuuri, kus molekuli 2 poolt omavad diaadset (polaarset, kaheli) sümmeetriat, ent pole identsed. Nagu HMGI ja teised DNAd-painutavad valgud, interakteerub TBP DNA väikese vaoga, painutades tugevasti kaksikheeliksit. DNAd-siduv valgu pind on TBP puhul konserveerunud kõigis eukarüootides, mis selgitab ka TATAbox promootorelemendi kõrget konserveerumist läbi evolutsiooni. 11. Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse(vahetult) TBPga? Jah, Kui TBP istub TATAboxil, siis saab TFIIB seonduda. TFIIB on monomeerne valk, mis on natuke väiksem TBPst
3. Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse (vahetult) TBPga? Mitte kõik, interaktiveeruvad vaid TFIIB ja TFIIF+polII. 4. Mis on transkriptsiooni aktivaatori 2 funktsionaalset domääni ja kuidas mutatsioonid ühes või teises neist mõjutavad transkriptsiooni faktori oma-dusi? Transkriptsioonifaktori kaks funktsionaalset domääni on DNA-siduv domään, mis seondub kindla DNA järjestusega ja aktsivatsioonidomään, mis interakteerub teiste valkudega, et stimuleerida transkriptsiooni lähedaloleva promootori juurest. Kui N-terminaalne DNA-siduv domään siduda erinevate C-terminaalsete osade külge, siis tema funktsioon säilib. Kompleksid kas moodustuvad või ei moodustu. 5. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? TBPga seonduvad TFIIB, TFIIA TBP is a subunit of the eukaryotic transcription factor TFIID. 6. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu?
Hüpo- ja hüpertüreoosi üldine iseloomustus. Kilpnäärmehormoonide süntees organismis ja füsioloogiline roll. Kilpnääre sekreteerib türoksiini (T4) – 90%, trijoodtüroniini (T3) – 10% ja kaltsitoniini. Need hormoonid on vajalikud normaalse kasvu ja arengu tagamiseks. Kaltsitoniin reguleerib plasma Ca2+ sisaldust. Protireliin – TSH sünteetiline analoog, kasutatakse hüpofüüsi puudulikkuse diagnostikas. T3 ja T4 toimemehhanism: • Rakkudes konverteeritakse T4 T3-ks, mis interakteerub retseptoriga raku tuumas • Hormoon-retseptor kompleks liitub tuumas spetsiifiliste geenide kindla DNA segmendiga. • Suureneb geenide transkriptsiooni aktiivsus. • T4 afiinsus retseptorite suhtes on oluliselt madalam kui T3 . • Joodi vaegusel suureneb T3 osakaal. • Ained, mis pärsivad T4 muutumist T3 -ks avaldavad türeotoksikoosi vastast toimet. T3 ja T4 toimed: • Avaldavad otsest toimet rakkudele Mõjutavad kasvuhormooni produktsiooni ja tugevdavad
plasmiidse DNA sees rakku ning tänu temale seotud signaaljärjestusele, saab sisseviidud DNA-valk kompleks seostuda just spetsiifilisse kohta rakus, ning tänu fluoroessents- efektile on näha see spetsiifiline koht ka valgusmikroskoobis nähtav.Ekspressioonikonstruktid olid plasmiidid GFP järjestuse ja erinevate signaalidega, mille tõttu ekspresseerus GFP erinevates rakupiirkondades. PEI polüetüleenimiin pakib DNA kokku ja interakteerub membraaniga ja difundeerub läbi membraani. 3. Millised elemendid peavad olema eukarüootses ekspressioonivektoris? Loomarakkudele mõeldud ekspressioonivektor (plasmiid) sisaldab: 1.komponente, mis võimaldavad plasmiidi bakteris paljundada (prokarüootset replikatsiooni alguspunkti, antibiootikumi resistentsusgeeni); 2.kloneerimisala (MCS) erinevate restriktaaside lõikekohad; 3.uuritavat järjestust (valkude korral tavaliselt cDNA kujul); 4.reportergeeni (GFP, lutsiferaas, lacZ jt
TTÜ keemiainstituut Analüütilise keemia õppetool YKA0040 Lahutusmeetodid keemias Laboratoorne töö: Segu komponentideks lahutamine HPLC pöördfaasikromatograafia abil ning detekteerimine UV- detektoriga Õpperühm: Teostaja: Ilona Juhanson YASM11 Õppejõud: Heidi Teostati: 23.10.15 Lees Teooria: Kõrgefektiivne vedelikkromatograafia (HPLC) on füüsikaline lahutusmeetod, kus analüüsitava proovi lahutamine koostisosadeks põhineb komponentide jaotumisel statsionaarse ja mobiilse faasi vahel, lubades erinevate ainete kvalitatiivset ja kvantitatiivset analüüsi. Statsionaarne faas on paigaldatud kolonni sisse ning mobiilne faas voolab läbi kolonni kandes endaga kaasa analüüsitavat proovi. Mobiilse faasina kasutatakse polaarseid (nt vesi) või mittepolaarseid orgaanilisi solvente (nt heksaan) ja statsionaarse faasina silikage...
3'5'-fosfodiestersidemega b. Vabaneb lasiaadistruktuuriline intron, mis lagundatakse kohe Rnaaside poolt. 24. Missugused U snRNAd osalevad pre-mRNA splaisingu regulatsioonis? a. U1, U2,U5U6U4 ja U1U4. 25. Mis on GT-AG reegel? a. Intron algab alati GT'ga ja lõppeb AG'ga. 26. Kirjelda mehanismi, mille abil tuumsest pre-mRNAst kõrvaldatakse intronid. a. Splaissingut teostab splaissosoom snRNP + pre-mRNA. b. *splaissosoom interakteerub pre-mRNA-ga ning moodustub splaissosoom c. *splaissosoom katalüüsib transesterfikatsiooni rekatsiooni: c.1) branchpointi A 2'-OH ja introni 5'-otsa fosfaatrühma- vaheline 2'5'-fosfodiesterside c.2) ligeeritakse 2 eksonit 3'5'-fosfodiestersidemega c.3) vabaneb intron lasiaat-struktuuris. 27. Kirjelda protsesse, mille tulemusena tekib ühest pre-mRNAst hulgaliselt erinevaid mRNAsid.
retseptorid (suur hulk, mis interakteeruvad retseptoritega). Sidumise interaktsioon toimub sihtmärkmolekuli sidumistsentris, kus võib toimud keemiline reaktsioon ravimi ja sihtmärkmolekuli vahel. Selle tulemusena võivad moodustuda kovalentsed sidemed (200-400 kJ/mol). Haruldane. Tavalised on aga nõrgad interaktsioonid (VDW (2-4 kJ/mol), HB (10-30 kJ/mol), IB (20-40kJ/mol), dipool-dipool, tõukejõud). Lipiidid ravimi sihtmärgina Amfoteritsiin - seenhaiguste vastane preparaat, interakteerub membraaniga, rajades sellest läbi ulatuvad hüdrofiilsed tunnelid. Tsütoplasma voolab välja ja rakk hukub. Valinomütsiin (ionofoor) ja gramitsidiin A (kanali moodustaja) rikuvad ioontasakaalu. Suhkrud ja suhkrukonjugaadid ravimi sihtmärgina 2 Suhkrutel on oluline roll raku molekulaarse äratundmise, regulatsiooni ja kasvu protsessides, millega on seotud paljud haigusseisundid. Bakterid, viirused kasutavad raku pinnal asuvaid süsivesikuid, mis
3. H2O2 Tekib piimhappebakterite toimel LPS toimimiseks vajalik kogus 8-10 mg/l LPS toimemehhanism: o Laktoperoksüdaas oksüdeerib tiotsüanaadi, H2O2 redutseerub ja moodustub hüpotiotsüanaat o Inhibeerib ensüüme nt laktaadi dehüdrogenaas, 6-P-glükonaadi dehüdrogenaas, heksokinaas, aldolaas oksüdeerides tioolrühmi (-SH) o Oksüdeerib NADH ja NADPH-d o Interakteerub membraanivalkudega inhibeerib aminohapete ja suhkrute transporti LPS antimikroobne toime: o Sagedamini bakteritsiidne toime GN-bakteritele (nt E.coli, Salmonella typhimurium, pseudomonaadid, Campylobacter jejuni) o Inhibeeriv toime ka GP-bakteritele: L.monocytogenes, Streptococcus sp. o Hüpotsüanaat resistentsetes bakterites NADH oksüdeeritakse ja OSCN- redutseeritakse II
ppGpp mõju transkriptsioonile Stabiilse RNA (rRNA ja tRNA) geenide transkriptsioon on ppGpp poolt inhibeeritud. Aminohapete biosünteesi ja C-allikate degradatsioonil osalevate operonide transkriptsioonitase suureneb. ppGpp poolt negatiivselt reguleeritavate promootorite puhul põhjustab see nukleotiid RNA polümeraasi dissotseerumise avatud kompleksist. ppGpp mõju translatsioonile ppGpp translatsiooni pärssiv mõju ilmneb mitmeti. ppGpp interakteerub translatsiooni initsiatsioonifaktoriga IF-2 ning blokeerides initsiaator-tRNA-kompleksi seondumise ribosoomiga. ppGpp võib mõjutada ka translatsiooni elongatsiooni, seondudes elongatsioonifaktoritega EF-TU ja EF-G (seondub eeskätt EF-G-ga) ja inhibeerida sel viisil elongatsiooni. Translatsioonil kulutatakse GTP energiat. Kuna ppGpp on sünteesitud GTP-st, langeb rakkudes GTP kontsentratsioon ja ka see võib hakata translatsiooni piirama. 5
Teostatakse kolonnis, mis on täidetud statsionaarse faasiga ja läbi mille voolab mobiilne faas. 41. Kuidas tekib kromatogramm? 42. Kromatograafilise piigi kuju 43. Aine tsooni laiust määratavad faktorid 45. Palun defineerige: retentsiooniaeg, retentsiooniruumala, surnud aeg 46. Mida näitab asümmeetriafaktor? 47. Protsessi lahutuvus (definitsioon, valem) 48. Mahtuvusfaktor (definitsioon, valem) Mahtuvusfaktor näitab kui tugevasti analüüt interakteerub statsionaarse faasiga. 49. Selektiivsus (definitsioon, valem) Selektiivsus – see on kromatograafilise süsteemi omadus „keemiliselt“ eristada kahte erinevat ainet 50. Efektiivsus (definitsioon, valem) Efektiivsus arvestab retentsiooniaega ja piigi laiust. On selge, et efektiivne kolonn on võimeline produtseerima kitsamaid piike lühema ajaga.
1012 kilomeetriga. i) Tumeaine ehk varjatud aine on aineliik füüsikas, mida ei ole näha, kuid mida on tunda tema raskusjõu tõttu. See tähendab, et ta osaleb gravitatsioonilises vastasmõjus tavaainega, kuid ta ei kiirga valgust ega muud elektromagnetkiirgust ning on seetõttu nähtamatu optilistele, infrapuna- ja raadioteleskoopidele. j) Tumeenergia on kosmoloogias ja astronoomias hüpoteetiline energiavorm, mis moodustab suurema osa Universumi koostisest. Tumeenergia interakteerub ainult gravitatsiooniliselt, see on Universumis ühtlaselt jaotunud ja põhjustab selle kiirenevat paisumist. Selle olemasolule viitab tõik, et Universumi geomeetria on tasane (k=0), kuid vaadeldava aine energiatihedus pole selleks piisav. k) Noova - muutlik täht, mille heledus lühikese aja (nt mõne päeva) jooksul kasvab 1015 tähesuuruse võrra (104106 korda) ja kahaneb siis aeglaselt (nt mõne aasta jooksul) endine väärtuseni. Palja
3) ara promootor seondumine regiooni -107 kuni -78 Aktivaatori ja RNA polümeraasi interaktsioon sõltub sellest, kui kaugele aktivaator transkriptsiooni alguspunktist seondub. Vastavalt interaktsiooni tüübile liigitatakse aktivaatoreid klass I ja klass II aktivaatoriteks. Klass I või klass II aktivaatorina võib sõltuvalt oma seondumiskohast käituda ka üks ja sama aktivaator (näit. CRP). Klass I aktivaatorid Aktivaator interakteerub RNA polümeraasiga, seondudes subühiku C-terminusega (CTD), tõstes sel viisil RNA polümeraasi afiinsust promootorile. Kontaktsaidid (5 - 19 ah) on erinevate aktivaatorite puhul erinevad. Klass I aktivaatorid on näiteks Ada - aktiveerib geenid, mis osalevad oksümetüülguaniini poolt indutseeritud DNA kahjustuste reparatsioonil; IHF - stimuleerib transkriptsiooni faag lambda promootorilt pL; OmpR - osmoregulatsioon; OxyR - oksüdatiivse stressi vastus; CRP lac promootori puhul -
const: 2.1) 3 Monday 1 October y · ei muutu laiades temperatuuri/sagedusvahemikes · CF dipoolid on vastassuunalised, tasakaalustavad üksteist · kasutatakse üldiselt ekstreemsetes tingimustes · pinnaomadused libe väga halvasti märguv · märgamiseks peab olema erakordselt madal pindpinevus · JOONIS 5 · võib juhtuda, et objekt interakteerub PTFEga tugevamalt kui PTFE iseendaga, seega jääb natukene PTFEd objekti külge see tagab taaskord hea libisemise · lahustuvus väga väikene, sest terve molekuli ära võtmine on äärmiselt keeruline. molekul on väga raske · voolavus tahkes olekus surve all muudab vormi · PTFE molekulide vahelised sidemed on väga nõrgad · Ekstrusioon pidev protsess, kus sula polümeer surutakse läbi väikese ava.
inaktiveeritud X-kromosoomi. Jpx RNA tootmine ja Tsix sünteesi peatumine soodustab Xist RNA ekspressiooni. Xist seondub PRC2-ga. PRC2-Xist levib piki X kromosoomi ja metüleerib terve kromosoomi. • • • • HOTAIR RNA (HOX transkripti antisense RNA) vaigistab in trans HoxD lookuses transkriptsiooni indutseerides repressiivse kromatiini oleku, mis toimub polycombi kromatiini remodelleeriva kompleksi PRC2 tööle panemisega. HOTAIRi 5’ots interakteerub polycombi valguga PRC2 ning selle tulemusena reguleerib kromatiini olekut. HOTAIRi 3’ots interakteerub histooni demetülaasiga LSD1. Tulemusena toimub HOXD geenide epigeneetiline vaigistamine. Seda geeni ekspresseeritakse kõrgel tasemel kasvajates. • Antisense RNA • • RNA interferents – liigid ja üldpõhimõtted miRNA – on vajalikud et geeniekspressiooni sihipäraselt reguleerida. Argonaudiga moodustub RISC kompleks
See tähendab, et ta osaleb gravitatsioonilises vastasmõjus tavaainega, kuid ta ei kiirga valgust ega muud elektromagnetkiirgust ning on seetõttu nähtamatu optilistele, infrapuna- ja raadioteleskoopidele.Astronoomiliste vaatluste põhjal oletatakse, et tumeaine moodustab umbes 83% Universumis leiduvast ainest. · Tumenergia on kosmoloogias ja astronoomias hüpoteetiline energiavorm, mis moodustab suurema osa koostisest.Tumeenergia interakteerub ainult gravitatsiooniliselt, see on Universumis ühtlaselt jaotunud ja põhjustab selle kiirenevat paisumist.Selle olemasolule viitab tõik, et Universumi geomeetria on tasane (k=0), kuid vaadeldava aine energiatihedus pole selleks piisav.
kiiremini seondub ja täpsem on translatsiooni initsiatsioon. Teine oluline regulatsiooni mehhanism on RBSi kättesaadavus ribosoomidele. Kui mRNA moodustunud sekundaarstruktuur, siis pole sait vaba. Siin on oluline roll teistel miRNAdel ja valkudel, mis võivad mRNAga seonduda ja selle konformatsiooni muuta. Initsiatsiooni koodoniks AUG, harva ka GUG. Ribosoomi 30S subühik ja mRNA moodustavad kompleksi IF3 juuresolekul. Metionüül-tRNAfMet interakteerub initsiatsiooni-faktoriga IF-2. Täielik initsiatsioonikompleks moodustub metionüül- tRNAfMet/IF-2 ning mRNA/30S subühik/IF-3 komplekside kombineerumisel IF-1 ja GTP juuresolekul. Enne 50S subühiku lisandumist vabaneb IF-3. 50S subühiku liitumisel 30S subühikuga tarbitakse GTP energiat ning kompleksist vabanevad IF-1, IF-2 ja GDP. Seejärel liigub metionüül-tRNAfMet ribosoomi
Kui tema BCR seondub antigeenile, aktiveerub B-rakk osaliselt ning ,,neelab alla" ja protsessib selle antigeeni. B-rakud on spetsialiseerunud antigeeni esitlevad rakud, mis esitlevad protsessitud peptiid-MHC komplekse oma pinnal Th- rakkudele. B-rakud, mis on antigeeni edukalt protsessinud, muudavad migreerumiskäitumist ning liiguvad T-raku-rikkase parakorteksisse, kus suureneb nende võimalus kohata aktiveeritud Th- rakku, mis tunneb ära B-raku esitletava MHC- antigeen kompleksi. Kui B-rakk interakteerub edukalt Th- rakuga, jäävad nad kontakti mitmeks tunniks, muutudes täielikult aktiveerituks ja saades signaale, mis indutseerivad B-raku jagunemist. Mõned aktiveeritud B- rakud diferentseeruvad otse antikeha tootvaks rakuks (plasmarakuks), kuid osad taassisenevad folliiklisse, et moodustada GC. 7. Immunogeensus versus antigeensus. Mis teeb antigeenist immunogeeni? Adjuvandid ja miks neid kasutatakse. Antigeensus on võime spetsiifiliselt seonduda BCR-i või TCR-iga
valkudega. Valgu monomeerid kapsiidis moodustavad kapsomeeri. Kapsiidi struktuurüksused on omavahel ühendatud mittekovalentsete sidemetega. Viiruspartiklite arv ja nende infektsioonivõime on vaid harva 1:1 vastavuses. Mitte kõik virioonid ei sisalda kogu viiruse geneetilist informatsiooni. Kapsiidi sümmeetria: 1. Helikaalne (TMV, faag M13;) TMV (Tubaka Mosaiigiviirus): 6400 nt, 2130 identset valgu subühikut pakitud helikaalselt ümber ssRNA, iga valgu subühik interakteerub 3 nt-ga. Assambleerumise ühikuks 34 subühikut. 1955. a. näitasid Fraenkel-Conrat ja Williams, et dissotseerunud valgud ja NH on võimelised spontaanselt reassambleeruma. 2. Ikosaeedriline - 12-nurkne 20 võrdkülgse kolmnurgaga hulktahukas. Näit. faag X174, adenoviirused, pikornaviirused. Kui kapsiidis on rohkem kui 60 subühikut, on kapsiid kvaasi-ekvivalentne. Viiruste ümbris ehk kest esineb peamiselt loomaviirustel.
CP moodustab lahuses topelt diske (34-st CP subühikust). Topelt- diske esineb kas avatud või suletud kujul. Partikli moodustumine algab alati kindlasti kohast viiruse nukleotiidi järjestuses/ struktuurist, mile nimetus on “origin of assembly”, mis asub 900 – 1300 nukleotiidi kaugusel viiruse genoomi 3’ otsast. TMV kattevalk on võimaline katma ainult selliseid RNA-sid , milles esineb “origin of assembly” struktuur. “origin of assembly” interakteerub topelt- diskiga, mis läheb üle “avatud vormi”. Partikli pikenemine 5’ suunas toimub topelt- diskide lisandumise teel. Partikli pikenemine 3’ suunas on tunduvalt aeglasem ja toimub arvatavasti kattevalgu mono-, tri- ja pentameride liitumise teel. Negatiivse polaarsusega RNA viirused NB! Negatiivse polaarsusega RNA on mRNA suhtes komplementaarse (antisense) polaarsusega. Negatiivne RNA ei ole translatsiooniline matriits.
Tähis ly. PARSEKI JA VALGUSAASTA VAHELINE SEOS-1pc=3,26168 valgusaastat TUME AINE- a ine, millel on mass, kuid ei ole gravitatsioonilises vastastikmõjus muude taevakehadeag. Tumeainet ei saa otsselt vaadelda. Seletus 2: Tumeaine on aineliik füüsikas, mida ei ole näha, kuid mida on tunda tema raskusmõju tõttu. TUME ENERGIA- on kosmoloogias ja astronoomias hüpoteetiline energiavorm, mis moodustab suurema osa Universiumi koostisest. Tumeenergia interakteerub ainult gravitatsiooniliselt, see on Universiumis ühtlaselt jaotunud ja põhjustab selle kiirenevat paisumist. ASTEROID-Asteroidiks nimetatakse väikesi planeedisarnaseid taevakehi, mis tiirlevad Kepleri seadustele vastavatel orbiitidel ümber Päikese. KOMEET-Päikesesüsteemi äärealadelt pärinevad väikesed taevakehad, mis koosneb peamiselt jääst, tahkest süsinikdioksiidist ja mitmesugustest anorgaanilistest ja orgaanilisgtest lisanditest.
plasmiidse DNA sees rakku ning tänu temale seotud signaaljärjestusele, saab sisseviidud DNA-valk kompleks seostuda just spetsiifilisse kohta rakus, ning tänu fluoroessents-efektile on näha see spetsiifiline koht ka valgusmikroskoobis nähtav.Ekspressioonikonstruktid olid plasmiidid GFP järjestuse ja erinevate signaalidega, mille tõttu ekspresseerus GFP erinevates rakupiirkondades. PEI polüetüleenimiin pakib DNA kokku ja interakteerub membraaniga ja difundeerub läbi membraani. · Kas transfekteeritud DNA integreerub genoomi v on rakus episomaalselt? Võõras DNA ei lähe genoomi koosseisu, sest on tsirkulaarne. Enne tuleks lineariseerida. Lisaks GFP-le peavad olema antibiootikumide resistentsusgeenid- nii saab rakke ära tunda. · Kas saab transfekteerida ka lineaarset DNA molekuli? Saab, aga see on juhuslik ja väikese efektiivsusega. · Lisaks GFP-le teised liitvalgu tag'id
lõppkontsentratsioon oleks 5 ng/l 1 ml-s TE-s? Mitu korda tuleb RNaasi lahjendada? On vaja võtta 1ml RnaasA-d, 2000x. 3.3) Millise laenguga on DNA? Kas geeli ,,hammastega" ots (millesse on kantud DNA) tuleb asetada foreesivanni + või elektroodi poole. DNA on negatiivse laenguga, tuleb asetada eletroodi poole. 3.4) Milleks kasutatakse geelelektroforeesil etiidiumbromiidi (EtBr)? Kuidas EtBr toimib? DNA nähtavaks tegemiseks (EtBr interakteerub lämmastikaluste vahele ning hiljem UV-valguses fluorestseerub), vähendab DNA laengut (DNA muutub pikemaks ja jäigemaks). 3.5) Mitu grammi agaroosi on vaja 40 ml 1,5 % geeli tegemiseks? 80 ml 0,8 % geeli tegemiseks? Et valmistada 40 ml 1.5% geeli on vaja 0,6 g agaroosi ja , et valmistada 80 ml 0,8% geeli on vaja 0,64 g agaroosi. 10
kompleksidega Troponiini kompleksid koosnevad troponiin T (TnT), troponiin I (TnI) ja troponiin C (TnC) vormidest LIISI KINK 46 BIOKEEMIA test I Peene filamendi struktuur Tropomüosiin on superkeerdunud ümber F-aktiini heeliksi, kusjuures iga tropomüosiini dimeer interakteerub aktiini kuue järjestikuse monomeeriga. Troponiin T seostub tropo- müosiinile "peasaba" põhimõttel. Paksu filamendi struktuur Müosiin - 2 rasket, 4 kerget ahelat Rasked ahelad 230 kD
arengut, embrüo lõikamisi, blastotsüsti ja trofoblasti moodustumist, implantatsiooni, loote arengut ja ellujäämist. HLA klass I antigeenid ekspresseeruvad invasiivsel trofoblastil ja on olulised ema-loote piiril. HLA-G on oluline loote kaitsmisel ema natural-killer rakkude eest, mida on palju trofoblasti tungivates rakkudes. HLA-E aitavad lootel vältida ema immuunsüsteemi järelvalvet, tõenäoliselt interakteerub NK-rakkude inhibitoorsete retseptoritega. Ehk HLA-E molekulid kaitsevad samuti loodet ema immuunvastuse eest normaalse raseduse käigus. Triin Laisk-Podar 1 Milline on munasarjade funktsioon? Millised munasarja struktuurid on funktsiooni täitmisel olulised? Munasarjadel on endokriinne funktsioon – hormoonide süntees (östrogeenid, testosteroon, progesteroon), peptiidhormoonide süntees ja seal toimub follikulogenees. Munasarjafolliikulite
DNA on negatiivse laenguga. Geeli ,,hammastega" ots (millesse on kantud DNA) tuleb asetada foreesivanni elektroodi poole. 3.4) Milleks kasutatakse geelelektroforeesil etiidiumbromiidi (EtBr)? Kuidas EtBr toimib? EtBr on vajalik elektroforeesil, et visualiseerida meie tulemused ehk selleks, et elektroforeesi pildil oleks võimalik eristada meie inserdi erinevaid osasid. Veel EtBr aitab otsustada millal on õige aeg fooresi lõpetada. Pärast kui DNA molekul on lahti keerdunud interakteerub EtBr lämmastikaluste vahel ja pärast fluorestseerib UV-kiirgusel. 3.5) Mitu grammi agaroosi on vaja 40 ml 1,5 % geeli tegemiseks? 80 ml 0,8 % geeli tegemiseks? Et valmistada 40 ml 1.5% geeli on vaja 0,6 g agaroosi ja , et valmistada 80 ml 0,8% geeli on vaja 0,64 g agaroosi. 8 Töö nr 4: Rekombinantse plasmiidi inserdi suuruse määramine restriktsiooni ja/või PCR abil (kumba meetodit kasutada, otsusta eelmise töö põhjal, hinnates inserdi ligikaudset suurust)
lagundatakse proteosoomides. Mittefosforüülitud beeta-kateniin on stabiilne ja translotseerub tuuma, kus funktsioneerib koos TCFga kui TF. Beeta-kateniini/TCF kompleks aktiveerib geene, mis osalevad rakkude elushoidmises, proliferatsioonis ja arengulises diferentseerumises, SHH - Shh signaalirada algab kahe transmembraanse valguga: Patched (Ptc) ja Smoothened (Smo). Ptc seob Shh, samas kui Smo funktsioneerib kui signaali edastaja. Ligandi puudumisel interakteerub ja inhibeerib Ptc Smo. See inhibitsioon aktiveerib transkriptsiooni repressori. Ligandi olemasolul, Ptc ja Smo interaktsioon on muutunud ja Smo ei ole inhibeeritud. Gli valk võib nüüd translotseeruda tuuma ja funktsioneerida transkriptsiooni aktivaatorina, funktsioonid: arenguline, holoprosentsefaalia, keha parem- vasak asümeetria, hemopoeesis tüvirakkude elushoidja, vaskularisatsioon - veresoonkonna
c) sekundaarne ülekandja - vabaneb rakus, kui hormoon seondub sihtmärk-raku ekstratsellulaarsele retseptoritele; aktiveerib või inhibeerib tsütoplasmas või tuumas kulgevaid protsesse; tuleb degradeerida või kõrvaldada rakust oluline protsess III VARIANT 1. Tsentrosoom koosneb kahest tsentrioolist, mis koosnevad mikrotuubulitest, mis vahendavad organellide ja vesiikulite liikumist rakus 2. Ensüümi aktiivtsenter on ensüümi molekuli piirkond, kus substraat interakteerub teatavate aminohapete radikaalidega. Substraat seotakse ensüümi aktiivtsentrisse nõrkade jõudude toimel. Allosteerilised ensüümid omavad regulatoorset ehk allosteerilist tsentrit efektori (modulaatori) sidumiseks. 3. millised ühendid lahustuvad vees, ei lahustu, moodustavad mitselle, kaksikkihte Amfifiilsetest molekulidest (molekulid, mis sisaldavad nii hüdrofiilseid kui ka hüdrofoobseid rühmi) mitsell Ioone ümbritseb vesilahuses hüdraatkest 4. eukarüoodi ja prokarüoodi võrdlus
puudumine 256. Sümmeetriatelgi määravad geenid: Selgmise-kõhtmise teljestiku geneetiline määramine: oogeneesi ajal diferentseeruvad folliikulid dorsaalseteks ja ventraalseteks, ventraalsetes folliikulites geeni dorsal poolt kodeeritud transkriptsioonifaktor siseneb embrüo kõhtmisele küljele (moodustub gradient), Spätzle-valk on kõikjal muna tsütoplasmas. Easter-proteaas muudab spätzle- valgu aktiivseks polüpeptiidiks, mis interakteerub embrüo plasmamembraanil ühtlaselt asetseva Toll-retseptorvalguga, Toll/Spätzle-polüpeptiidkompleks on lülitiks, mis võimaldab dorsal-valgul minna ventraalse piirkonna tuumadesse ning aktiveerida geenid twist ja snail ning pidurdada geenide zerknüllt ja decapentaplegic transkriptsiooni. Rakud diferentseeruvad embrüonaalseks mesodermiks, selgmisel küljel ei aktiveerita geene twist ja snail ning avalduvad geenid zerknüllt ja decapentaplegic
kokku. Seda läbivad veresooned, lisaks eritab platsenta hormoone, östrogeeni ja progesterooni, mis takistavad uute munarakkude küpsemist ja tagavad raseduse normaalse arengu. 7. Endoderm (täisk organismis on ülesandeks O2 omistamine ja toitainete seedimine, imend) · Endoderm varajases arengus a. Primitiivne endoderm ekstraembrüonaalne kude, mis ümbritseb epiblasti. b. Parietaalne endoderm interakteerub trofoblasti gigant rakkudega (peale implanteerumist prim endodermist) -migreeruvad mööda trofektodermi sisemist pinda ning mood koos trofoblasti gigant rakkudega parietaalse rebukoti. c. Vistseraalne endoderm (k.a DVE ja AVE roll embrüo arengus) moodustab blastotsööli sisevooderduse ning epiteliaalse koe epiblasti ja ekstraembrüonaalse ektodermi pinnale
karbonüülrühma hapniku vahel. Sekundaarstruktuuri tüübid: * a-heeliks * b-(voldik) leht (b-pleated sheet) * b-pöörded (b-turns, beta bends) * b-mõhk või kink (b- bulge) ENSÜÜMI SPETSIIFILISUS... ...realiseerub substraadi molekulaarse äratundmise tulemusena Ensüümi aktiivtsenter... ...on ensüümi molekuli piirkond, kus substraat interakteerub teatavate aminohapete (keskmiselt 3 ... 4) radikaalidega. Substraat seotakse ensüümi aktiivtsentrisse nõrkade jõudude toimel - H-sidemed - van der Waalsi interaktsioonid - ioonsed sidemed - hüdrofoobsed interaktsioonid Ensüümid alandavad aktivatsiooni vaba-energiat (G ±), kuna seovad siirdeseisundis substraati (X ± ) tugevamini kui lähteolekus substraati. Ensüümide toime molekulaarse mehhanismi mudelid
C + NR RC N R + H2O OH H O H Reageerivad alustega 2) Reageerivad hapetega 3) Reageerivad teiste aminohapetega tekivad peptiidid (valgud on polüpeptiidid) Isoelektriline punkt on pH, mille juures molekuli summaarne laeng on 0 Aminohapete tähtsamad reaktsioonid: peptiidsideme teke ehk amiidide teke. Peptiidsideme teke: Ühe aminohappe -karboksüülrühm interakteerub teise aminohappe - aminorühmaga, mille käigus eraldub veemolekul ja tekib peptiidside 10 Dekarboksüülimine on CO2 elimineerimine dekarboksülaasiga. Aminohappe dekarboksüülimine annab biogeense amiini: glutamaat gamma- aminoburüraadi (GABA), histidiin histamiin, jne. Bioamiinid töötavad inimkehas signaalmolekulidena.
* Esiteks on seal kõige rohkem muidugi polaarseid vee molekule. Tänu vee polaarsusele toimuvad seal mitmed + - reaktsioonid. Kuna vee molekulid dissotsieeruvad, on seal ka dissotsiatsioonil tekkinud osakesi. (H2O: H OH + neid osakesi ei liigu eriti palju üksinda ringi vees, sest H on laenguga osake ja ta interakteerub e reageerib kiiresti teiste laetud osakestega või teiste vee molekulidega. + + *Palju rohkem on aga hoopis hüdroksooniumioone H2O + H = H3O Need ioonid ongi peamiseks põhjuseks, miks muutub looduslikus veekogus pH happelisemaks. *Kindlasti on vees gaase (mõned neist reageerivad veega, teised mitte). 2+ 3+ 2+ 2+ *Vees on alati mitmeid metalliioone: Fe , Fe , Ca ,Mg jne
Fe-S valgule loovutatud elektron liigub edasi tsütokroom c1-le ja sealt tsütokroom c-le. Seda elektroni kasutatakse kompleksis IV ehk tsütokroomi oksüdaasi poolt hapniku redutseerimiseks. Teine nn mitteproduktiivne elektron liigub BP heemilt BH heemile tsütokroom b-562. Edasi antakse see elektron täielikult oksüdeeritud ubikinoonile, mis on seotud N tsentrisse membraani maatriksi poolel. 9. Selgitage kuidas kahe-elektronilise ülekande vahendaja ubikinool interakteerub ühe-elektroni kandja Fe-S klastriga. Vt 8. 10. Kirjeldage tsütokroomi oksüdaasi struktuuri. 170kDa dimeer, 13 plüpeptiidi. 11. Kirjeldage kuidas toimub tsütokroomi oksüdaasi kompleksis hapniku redutseerimine veeks. Kirjeldage elektronide ülekannet a-CuA klastrilt klastrile a3-CuB ning pöörake tähelepanu Fe ja O oksüdatsiooniastmetele. 12. Kirjeldage tsütokroom c struktuuri ja interaktsioone tsütokroomi reduktaasi ning tsütokroomi oksüdaasiga.
tunne otseselt ära promootor-järjestust, selleks on vajalikud transkriptsioonifaktorid, mis kinnituvad esmalt promootorjärjestusele ja seejärel saab seonduda alles polümeraas. Koos moodustavad nad transkriptsiooni initsiatsiooni kompleksi. · TBP sõltuv initsiatsioon selline initsitatsioon sisaldab promootorjärjestuses TATA-boxi, TBP on sellele seonduv TFIID alaühik. See on esimene valk, mis nö istub TATA-box alale. Järgneb TFIIB seondumine promootorile. TFIIB interakteerub kahel pool TATA-boxi TBP ja DNAga, samas kui tema N-terminaalne ots stabiliseerib tekkinhd interaktsiooni. Järgneb TFIIF ja RNA-pol II seondumine. (Hiljem peavad lisanduma ka TFIIF ja TFIIH). · TBP sõltumatu initsiatsioon sellises initsitatsioonis ei ole TATA-box ala promootrjärjestuses ning ei ole TBP. Nende asemel on kas näiteks initsiaator kompleks või CpG saarekesed.
Geene transkribeeritakse mõlemalt DNA ahelalt mõlemas suunas replikatsioonitsükli erinevatel aegadel, seotud funktsiooniga geenid klastrites. Suurem osa tekkinud RNAst protsessitakse tuumas eraldi mRNA-deks. Varased valgud põhjustavad rakukasvu, varane valk on ka DNA polümeraas, mis osaleb genoomi replikatsioonis. Hilised valgud on peamiselt kapsiidi komponendid. Üks viirustsükkel võta 32…36 tundi, toodab 10000 virioni. Rakupinnaretseptoritega seostumine on kaheastmeline: kiud interakteerub immunoglobuliini superperekonna glükoproteiinse liikmega (igal rakul umbes 100000 vastavat retseptorit). Sama retseptorit kasutavad Coxsackie B viirused. Mõned adenoviirused kasutavad ka MHC I molekule. Viirus lüüsib endosoomi, kapsiid viib DNA tuuma, pentoni ja kiu valgud on rakule toksilised, inhibeerivad makromolekulide sünteesi. Viiruse DNA polümeraasi süntees aktiveerib hiliste geenide sünteesi. Paljud mRNAd kasutavad sama promooterit ja algjärjestust, saadakse erinevate
Endoderm on vajalik mitmete mesodermaalsete organite arengu induktsiooniks ning ka ürgsoole tekkeks. Primitiivne endoderm avaldub hilises blastotsüstieas, see paikneb trofoektodermi all, aga epiblasti peal. Primitiivsest endodermist pärineb parietaalne ja vistseraalne endoderm ning neist moodustub hiljem rebukott. Parietaalne endoderm moodustub primitiivsest endodermist vahetult peale implanteerumist emakasse, ta interakteerub trofoblasti gigantrakkudega. Nad migreeruvad mööda trofoektodermi sisemist pinda ja moodustavad koos trofoblasti gigantrakkudega parietaalse rebukoti. Vistseraalne endoderm moodustub primitiivsest endodermist vahetult peale implanteerumist emakasse, ta moodustab blastotsööli sisevooderduse ning epiteliaalse koe epiblasti ja pinnale ekstraembrüonaalse ektodermi. Koos parietaalse endodermiga
a) hulka b) allosteerilise ensüümi T ja R vormi suhet c) aktiivsust 101. Millisel membraanide omadusel põhineb regulatsioon kompartmentalisatsiooni kaudu? a) asümmeetria b) perifeersete valkude suhteline hulk c) selektiivne läbilaskvus 102. Mida mõjutavad reeglina steroidhormoonid? a) ensüümide aktiivsust b) membraanide läbilaskvust c) geenide ekspressiooni (Steroidhormoon, nagu näiteks östrogeen, siseneb märklaudrakku ja interakteerub seal vastava valgulise retseptoriga. Edasi liigub hormoonretseptor kompleks raku tuuma, kus ta seostub kindlatele piirkondadele DNAl ja seeläbi kas aktiveerib või inhibeerib teatud geenide transkriptsiooni ja muudab seega ka vastava geeni poolt kodeeritava valgu hulka rakus. Nagu me näeme, toimib steroidhormoonide ja nendega sarnaste hormoonide vahendatud regulatsioon läbi kindlate valkude hulga regulatsiooni rakus.) 103. Mis asi on sekundaarne signaalmolekul?
Saame eristada viiruslikku onkogeneesi. Rakulist onkogeneesi – mutageenid, radiatsionid, geneetilised eelsoodumused. Krooniline müelodine leukeemia Kasvaja rakkudes saame tuvastada tsütogeneetiliselt kromosoomi, mida seal normaalselt ei ole. Nn Philadelphia kromosoomi. Suur osa materjali on alles, aga seotud 9 kr-ga. 9 kromosoomis, saavad kokku valed geenid ja tekib uus valk, millel on funktsionaalne aktiivsus bcr-abl, suudab seostuda IL-3 retseptorile, alamühikule. bcr-abl valk interakteerub interleukiin 3 beta(c) retseptori alaühikuga. Aktiveeritakse valke, mida ei oleks vaja: ...genoomi instabiilsus ...aktiveerib rakutsüklit kontrollivaid valke ...inhibeerib DNA reparatsiooni mehanisme ...granülotsüütide ja g.blastide hulga tõus Vereproovisnäeme granulötsüütide ja nende eellasrakkude kasvu. Et leida sobivaid inhibiitoreid võidakse skriinida High-throughput screening (HTS) -100 000 ühendit päevas.
suhet c) aktiivsust 101. Millisel membraanide omadusel põhineb regulatsioon kompartmentalisatsiooni kaudu? a) asümmeetria b) perifeersete valkude suhteline hulk c) selektiivne läbilaskvus 102. Mida mõjutavad reeglina steroidhormoonid? a) ensüümide aktiivsust b) membraanide läbilaskvust c) geenide ekspressiooni (Steroidhormoon, nagu näiteks östrogeen, siseneb märklaudrakku ja interakteerub seal vastava valgulise retseptoriga. Edasi liigub hormoonretseptor kompleks raku tuuma, kus ta seostub kindlatele piirkondadele DNAl ja seeläbi kas aktiveerib või inhibeerib teatud geenide transkriptsiooni ja muudab seega ka vastava geeni poolt kodeeritava valgu hulka rakus. Nagu me näeme, toimib steroidhormoonide ja nendega sarnaste hormoonide vahendatud regulatsioon läbi kindlate valkude hulga regulatsiooni rakus.)
parasiticus poolt toodetavad mükotoksiinid aflatoksiinid, kusjuures aflatoksiin B1 (AFB1) on neist kõige toksilisem ja kantserogeensem. AFB1, mis ise on algselt mitteaktiivne, metabolismi tulemusena tekkiv AFB1-8,9-epoksiid võib seonduda valkudega (tulemuseks tsütotoksilisus) ja DNA-ga (tulemuseks genotoksilisus ja pikas perspektiivis maksavähi teke). Toiduohutuse probleem. · Näide 2. Tsüaniidioon interakteerub mitokondri membraani valguga tsütokroom aa3, blokeerides sellega elektronide liikumise hingamisahela. Sellega väheneb, kuid ei lakka täielikult, energiakandja adenosiintrifosfaadi (ATP) tootmine rakus ning rakk sureb. Eriti tundlikud on tsüaniidiooni suhtes aju ning südame rakud, nii on näiteks südamelihases ATP varu vaid kolmeks minutiks. Oksüdatiivne stress on aeroobsetes (oksüdatiivsetes) tingimustes rakus normaalselt püstituva
vabanemisfaktor. Vabanemisfaktorid (eRF - Release Factor) on valgud, mis katalüüsivad peptiidahela vabanemist ribosoomist. Nad jagunevad kahte klassi: klass 1 (RF1, RF2), ja klass 2 (RF3). Esimese klassi vabanemisfaktorid osalevad terminatsioonis ning teise klassi vabanemisfaktor osaleb ribosoomi taaskasutamisel. RF1 tunneb ära UAG koodonit ja RF2 tunneb ära UGA koodonit, mõlemad tunnevad ära UAA koodonit. Vabanemisfaktor liigub A-saiti, kus nende valguline antikoodoni piirkond interakteerub mRNA koodoni piirkonnaga. Vabanemisfaktori õnnestunud seondumisel katalüüsib ta peptiidahela vabanemist ribosoomist. tRNA liikumine ribosoomis: Ribosoomil on mRNA seondumissait ja 3 tRNA seondumissaiti. tRNA seondumissaidid on E ehk väljumissait (exit), P ehk peptidüülsait ja A ehk aminoatsüülsait Ribosoomi mõlemate subühikute seondumine on vajalik tRNA seondumisaitide moodustumiseks 1. A-sait 2. P-sait 3. E-sait - väljub ribosoomist. 31. Mis on polüsoom?
puudumisel mRNA-d ei transleerita või transleeritakse väga vähe. Ribosoomi 30S subühik ja mRNA moodustavad kompleksi ainult IF3 juuresolekul. Polüpeptiidi sünteesi initsiatsioonil osaleb spetsiaalne tRNA molekul metionüül-tRNA fMet, mis tunneb ära translatsiooni initsiaatorkoodoni AUG (harva on selleks GUG, mis mRNA muudes positsioonides kodeerib valiini) ja viib ribosoomi formüülmetioniini (metioniini, mille aminorühm on blokeeritud formüülrühmaga). Metionüül-tRNAfMet interakteerub initsiatsioonifaktoriga IF-2. Täielik initsiatsioonikompleks moodustub metionüül-tRNA fMet/IF-2 ning mRNA/30S subühik/IF-3 komplekside kombineerumisel IF-1 ja GTP juuresolekul. Seejärel lisandub ribosoomi 50S subühik, kuid eelnevalt peab IF-3 kompleksist vabanema. 50S subühiku liitumisel 30S subühikuga tarbitakse GTP energiat ning kompleksist vabanevad IF-1, IF-3 ja GDP. Metionüül-tRNA fMet liigub nüüd ribosoomi peptidüül-saiti
puudumisel mRNA-d ei transleerita või transleeritakse väga vähe. Ribosoomi 30S subühik ja mRNA moodustavad kompleksi ainult IF3 juuresolekul. Polüpeptiidi sünteesi initsiatsioonil osaleb spetsiaalne tRNA molekul metionüül-tRNA fMet, mis tunneb ära translatsiooni initsiaatorkoodoni AUG (harva on selleks GUG, mis mRNA muudes positsioonides kodeerib valiini) ja viib ribosoomi formüülmetioniini (metioniini, mille aminorühm on blokeeritud formüülrühmaga). Metionüül-tRNAfMet interakteerub initsiatsioonifaktoriga IF-2. Täielik initsiatsioonikompleks moodustub metionüül-tRNA fMet/IF-2 ning mRNA/30S subühik/IF-3 komplekside kombineerumisel IF-1 ja GTP juuresolekul. Seejärel lisandub ribosoomi 50S subühik, kuid eelnevalt peab IF-3 kompleksist vabanema. 50S subühiku liitumisel 30S subühikuga tarbitakse GTP energiat ning kompleksist vabanevad IF-1, IF-3 ja GDP. Metionüül-tRNA fMet liigub nüüd ribosoomi peptidüül-saiti
annaabi.ee 
