avaldub tihti koostoimes teiste geenidega DNA molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni ühe valgu sünteesiks hoiab enda sees informatsiooni, mille alusel ehitatakse ning säilitatakse organismi rakke Järglastele pärandab geneetilist materjali Definitsioon Geeni modernne definitsioon kõlab järgmiselt Geen on genoomi järjestuse ümberpaigutatav regioon, mis on päritav. Geenis on regulatoorsed regioonid, transkribeeritud järjestused ja palju muid funktsionaalsete järjestuste regioone Ehitus eksisteerivad struktuurilt ja tihti ka funktsioonilt erinevate alleelide kujul ühe geeni erinevaid variante nimetatakse alleelideks geen on nukleiinhapete järjestus Tähtis meelde jätta: Geenid kodeerivad valke, mis avalduvad teatud identifitseeritavate järjestuste põhjal, kuid päritav on siiski geen ise, mitte see konkreetne järjestus!
ei toimu. Operon- erinevaid valke kodeerivad alad. Speiser- geenide vaheline ala. Prokarüoodi geenis puuduvad.Operaator- negatiivne geenireg piirkond (bakteris). Repressor- DNAd siduv valk mis represeerib transkriptsiooni.cDNA- complementary DNA- küpsest mRNAst (RNA sõltuvast DNA polumeraasi abil ) sünteesitud DNA. Enhansereid vaja transkriptsiooniks. microRNAs (miRNA) üheahelalised RNA molekulid 21-23 nukleotiidi pikad. Reguleerivad geeniekspressiooni. miRNAd kodeerib geen mis on transkribeeritud DNAlt kuid ei ole transleeritud valguks ( mittekodeeriv DNA)Mediaatori funkts: (valgukompleks 50 erinevast valgust). Tähtis koaktovaator, Transkriptsiooni kontroll PolI ja II kaudu, transkriptsiooni aktiveerimine. Aitab edastada signaale PolII-te ja transleerida aktiivsuse tõstmiseksKromosoom-pärilikkuse salvestaja, geenide materiaalne kandjaMobiilne DNA- DNA, mis saab ringi liikuda genoomi siseselt: transposoomid
paksemad ja lõdvemad on häälekurrud, seda madalam on hääl; mida õhemad ja pingestumad on häälekurrud, seda kõrgem on hääl 19. Milleks on vajalik transkribeerimine? Nimetage kasutatavad transkriptsiooni variandid. Transkriptsioon on suulise kõne võimalikult täpne ülesmärkimise süsteem · Foneetilises transkriptsioonis kasutatakse erinevaid märke, millega saab tähistada nt rõhku, häälikupikkust, helilisust, väldet, palatalisatsiooni, sõnade kokkuhääldust lauses jne · Transkribeeritud sõnad pannakse nurksulgudesse [ ] Erinevad transkriptsioonisüsteemid: Ortograafiline transkriptsioon õigekiri Fonoloogiline transkriptsioon kõne fonoloogiliselt täpse ülesmärkimise süsteem Foneetiline transkriptsioon kõne foneetiliselt täpse ülesmärkimise süsteem · IPA International Phonetic Alphabet rahvusvaheline foneetiline tähestik · SUT soome-ugri transkriptsioon · SAMPA Speech Assessment Methods Phonetic Alphabet - arvutile kohandatud
I Kirjelda uurimismeetodit. Millel meetod põhineb, mis on selle teoreetiline alus? Kust on meetod pärit, kes on selle loonud, kus ja milleks seda kasutatakse? Milliseid mõisteid ja vahendeid see meetod kasutab? Mis on meetodi tugevad ja nõrgad küljed? 1. Vestlusanalüüs Vestlusanalüüs tekkis 1960ndatel Californias, Berkley ülikoolis, kui Harvey Sacks ja Emanuel A. Schegloff lõid sotsioloogias uue uurimissuuna, mis tegeleb inimese tegeliku, salvestatud ja transkribeeritud vestluse analüüsimisega. Vestlusanalüüs uurib foneetikat, fonoloogiat, morfoloogiat, sünataksit, semantikat, pragmaatikat. Tegelikult kuulub vestlusanalüüs pragmaatikasse, kuna uurib eelkõige suhtlust ja suhtluskäitumist, seda mis toimub suhtluses ja vestluspartnerite vahel. Vestlust analüüsitakse loomuliku salvestuse abil, mis on toimunud spontaanselt, mitte salvestuse jaoks esile kutsutult. Salvestatud suhtlust analüüsitakse salvestuse ja transkriptsiooni abil
Võimalik oleks tulevikus jooksutada programme varasemalt hästikirjeldatud genoomide (hiir ja inimene) põhjal. Samuti peab silmas pidama, et programm tuleb valida vastavalt andmete spetsiifikale: see, mis sobib hästi prokarüootsete genoomide puhul, ei pruugi sarnaseid tulemusi eukarüoodsete organismide korral saavutada. Selleks, et paraneks koostute kvaliteet, tuleb tõsta sekveneerimisprotsessi kvaliteeti. Samuti annab paremaid tulemusi, kui kasutada lisainformatsiooni näiteks transkribeeritud RNA-d koostute tegemisel. Kui tundub, et mingi piirkond genoomis on kehvasti taaskonstrueeritud, võib seda parandada kasutades suunatud sekveneerimist. Igatahes on vajalik edasine meetrikute analüüs, töötada uusi välja ja leida spetsiaalseid meetrikuid ka raskemate genoomsete piirkondade jaoks. Kasutatud kirjandus Fleischmann, R.D., Adams,M.D., White, O., Clayton, R.A., Kirkness, E.F., Kerlavage, A.R., Bult, C.J., Tomb, J.F., Dougherty, B.A., Merrick, J.M., et al. (1995)
DNaasI footprinting põhineb asjaolul, et kui valk istub DNA peal, siis ta kaitseb viimast eksonukleaaside aktiivsuse vastu. EMSA on kasulik meetod DNAd siduvate valkude kvantitatiivseks analüüsiks. 16. Nimeta vähemalt 3 üldist bioloogilist protsessi, kus enhancerite aktiivsusega kontrollitakse geeni ekspressiooni tasemeid? Enhancerite näiteid: (1) Pärmi GAL1 ja GAL10 geenid. Need 2 geeni on reguleeritud ühe enhanceri juuresolekul ja transkribeeritud vastupidistes suundades. (2) Inimese globiini geeniklaster. 17. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud geene? 18. Miks kasutatakse "heat-shock" geenide promootoreid? (Jälle üks imelik küsimus, selleks, et geenilt trankribeerida mRNA ja mRNA'lt vajalik valk.) Heat-shock geenide aktiivsus indutseeritakse rakusiseste tingimuste muutumisel, mille tagajärjel valgud hakaksid denatureerima. 4
spetsiifilisse CRISPR lookusesse CRISPR lookus sisaldab peaaegu identseid kordusjärjestusi ja nende vahele jäävaid vahealasid (spacers), mis pärinevad erinevate viiruste genoomidest CRISPR lookuselt transkribeeritud RNA (crRNA) ja CAS geenide poolt kodeeritud valkude vahel moodustub kompleks, mis seondub rakku nakatava viiruse genoomile ja lagundab selle Repeats – 24-47 bp Spacers – 26-72 bp CAS – CRISPR-associated proteins Erinevalt konserveerunud
iseseisvalt kasvama ja paljunema. Rakumembraan bioloogiline membraan, mis eraldab rakku teda ümbritsevast keskkonnast ning reguleerib molekulide liikumist rakku ja sellest välja Mitokondrid on raku energiat tootvad organellid Golgi kompleks on enamikus eukarüootsetes rakkudes leiduv, tsütoplasmavõrgustikuga seotud rakuorganell. Ribosoomid katalüüsivad peptiidahelate moodustumist, lähtudes raku DNA pealt transkribeeritud informatsiooni-RNA järjestusest Tsütoplasma raku kogu elussisu, välja arvatud rakutuum. Tsütoplasmavõrgustik e endoplasmaatiline retiikulum lipiidide ja valkude süntees ning valkude sekreteerimine Lüsosoomid Tsütoskelett rakule kuju andmine ja selle säilitamine ning organellide ja kudede stabiliseerimine Taimerakk on eukarüootne rakk, millel on võrreldes teiste eukarüootsete rakkudega (näiteks loomarakuga) mitmeid iseäralikke struktuurijooni
iseseisvalt kasvama ja paljunema. Rakumembraan bioloogiline membraan, mis eraldab rakku teda ümbritsevast keskkonnast ning reguleerib molekulide liikumist rakku ja sellest välja Mitokondrid on raku energiat tootvad organellid Golgi kompleks on enamikus eukarüootsetes rakkudes leiduv, tsütoplasmavõrgustikuga seotud rakuorganell. Ribosoomid katalüüsivad peptiidahelate moodustumist, lähtudes raku DNA pealt transkribeeritud informatsiooni-RNA järjestusest Tsütoplasma raku kogu elussisu, välja arvatud rakutuum. Tsütoplasmavõrgustik e endoplasmaatiline retiikulum lipiidide ja valkude süntees ning valkude sekreteerimine Lüsosoomid Tsütoskelett rakule kuju andmine ja selle säilitamine ning organellide ja kudede stabiliseerimine Taimerakk on eukarüootne rakk, millel on võrreldes teiste eukarüootsete rakkudega (näiteks loomarakuga) mitmeid iseäralikke struktuurijooni
erinevates kromosoomides (histoonid - 86 järjestust 10 kromosoomis, ubikvitiin polü- või bitsistroonsete transkriptsiooniühikutena), Funktsionaalselt sarnastesse geeniperekondadesse kuuluvad geenid on lähedalt seotud, kuid mitte identsed! Nad on tihti klasterdatud n.n HOX geenid (tandeemne duplikatsioon), Funktsionaalselt seotud geenid paiknevad tavaliselt hajutatult erinevates kromosoomides. Kattuvad geenid ja polütsistroonsed geenid: Mõned eukarüootsed geenid (DNA reparatsioon) on transkribeeritud mõlemalt ahelalt s.t. neil on bidirektsionaalne orientatsioon. Mõned geenid on osaliselt kattuvad (HLA). Mõned geenid (snoRNA) võivad paikneda teiste geenide (ribosoomivalkude geenid) intronites. Mõned inimgeenid (rRNA, insuliin) transkribeeritakse polütsistroonsetena (multigeensetena). 16. Geeniperekonnad. Klassifikatsioon geeniperekondadesse toimub DNA järjestuse homoloogia alusel: Paljud polüpeptiidide ja ka mittekodeeriva RNA geenid
Vestlusanalüüsi kontekstis pole kõne mitte ainult kommunikatsioon, vaid tegevus. Vesteldes on inimesed haaratud sotsiaalsetesse tegevustesse. Vestlusanalüüsi kaudu püütakse dokumenteerida ja selgitada, kuidas jõuavad vestlejad kõnevoorude vahetamise kaudu arusaamiseni üksteise tegevusest ja kuidas nad oma kõnevoorude ülesehitamisel reageerivad eelmistele kõnevooridele. Transkribeeritud vestluste analüüsi lähtepunktiks on selgitada, millise sotsiaalse tegevusega on vestlus seotud: mida inimesed vesteldes teevad? Sellisel tegevusel on alati sotsiaalne iseloom. Vestluse eripära institutsioonis võib avastada: 1) Vooruliigenduse kaudu -tavalises vestluses on väga vähe sellest, mida öeldakse, eelnevalt kindlaks määratud. Vestluse kulg äraarvamatu. Mõne interaktsiooni vormi puhul on aga käsitletavad teemad, esinejate järjekord jms eelnevalt rangelt kindlaks määratud
Tekkimise ajal haaratakse väliskeskkonnast toitaineid, mis vakuooli rändamise ajal raku sees imenduvad läbi membraani. Teises suunas, vakuooli sisse toimetatakse organismi elutegevuse jääkaineid. Lõpuks tühjeneb vakuool väliskeskkonda. Ribosoomid- on nii eel- kui ka päristuumse raku tsütoplasmas esinev kaheosaline molekulaarne masin, mis koosneb ribosomaalse RNA (rRNA) ja valgu molekulidest. Selle ülesanne on katalüüsida peptiidahelate moodustumist, lähtudes raku DNA pealt transkribeeritud informatsiooni-RNA (mRNA, inglise messenger RNA) järjestusest.[1] Seda protsessi nimetatakse translatsiooniks. Samalt valku kodeerivalt DNA järjestuselt võidakse mRNAd sünteesida korduvalt. Eukarüootides toimub seejärel mRNA töötlemine, mille käigus eemaldatakse intronid. Saadud lõpp-produktidele kinnituvad ribosoomid. Nad kasutavad RNA järjestust matriitsina, millele vastavalt seatakse õige koodon vastavusse õige aminohappega.
koosseisust. 3 etap allesjäänud eksonite alad ühendatakse ligaaside abil ning tekib ainult eksonitest koosnev mRNA molekul. Intronid degradeeritakse. 36. U snRNAd osalevad pre-mRNA splaisingu regulatsioonis: 5 snRNPd: U1, U2, U4, U5, U6. 37. GT-AT reegel on selline vaatlus, et kõik intronid DNAs algavad GT nukleotiitudega (guaniin, tümiin) ja lõppevad AG nukleotiitidega (adeniin, guaniin). Kui DNA on transkribeeritud RNAsse, intronid on eemaldatud RNAst mehaniismi abil, mis tunneb ära neid nukleotiitide alguseid ja lõppe RNAs nad oleksid CU (tsütosiin, uratsiil) ja AC (adeniin, tsütosiin). 39. RNA protsessimine. Protsess nimega ,,RNA editing" muudab transkriptis sisalduva info hulka, muutes aluspaaride järjestust asenduste teel. Algset staadiumi RNA protsessingus katalüüsib dimeerne capping ensüüm, mis seostub RNAPolII fosforüülitud CTDga. Viimases
'Nantes 4', 'Krameri seemik nr 15', 'Lutsu võipirn'. Teistest keeltest võetud sordinimede algustäheortograafiat ei muudeta: siniliilia 'Spring Beauty', roosid 'Super Star' ja 'Brennende Liebe', 'Warley White' krookus, 'Lange Rote' porgand, paprika 'California Wonder', kartul 'Priekulu agrie' (ladina tähestikuga keeltest); aprikoosisort 'Samõi severnõi', söögipeedid 'Ranneje tsudo' ja 'Krasnõi sar' (muu tähestikuga keelest transkribeeritud). Ilukirjanduses on tavalisemate sortide puhul, eriti viljapuu, vilja vms tähenduses võimalik väikese algustähega ilma jutumärkideta tarvitus: nahistas suisleppi süüa, istus aeda vana kuldreneti alla, ostis valgeid klaare. 11. Kaubad Kaupade nimed kirjutatakse läbiva suurtähega, liigisõna väikesega: Fantaasia küpsised, Vikerkaare kommid, Viljaveski leib, Saare sai, Kolme Koka kook, Estonia klaver, kakao Meie
loomisele. EKIs on loodud ,,Väikese murdesõnastiku" Interneti-versioon, mis on varustatud ka sõnade levikut ja seoseid uurida võimaldava otsingumootoriga, tegemisel on morfoloogiline andmebaas. Parimate vanade lindistuste põhjal koostatakse TÜ ja EKI ühisprojektina eesti murrete elektroonilist korpust. 2002. aasta oktoobri seisuga hõlmab see korpus 370 000 tekstisõna; esindatud on kõik eesti murded, kokku 30 murrakut. Korpuses on helilintidelt transkribeeritud tekstid soome-ugri foneetilises transkriptsioonis ja lihtsustatud süntaktilises transkriptsioonis. Alustatud on morfoloogilise märgendamisega automaatpäringute võimaldamiseks. Korpuse põhjal saab uurida nii eesti murrete hääldust kui ka grammatikanähtusi ja sagedast sõnavara. Aktiivselt on tegeldud viimasel kümnendil murdeainestiku publitseerimisega. EKI on andnud välja viie murde köited murdetekstide akadeemilisest sarjast (Must 1995, Univere 1996, Juhkam, Sepp 2000, Keem, Käsi
Transkriptsioon on esimene samm, mis on geenide avaldumise peamiseks regulatsiooni tasemeks. DNA osa, mida transkribeeritakse RNA molekuliks, nimetatakse transkriptsiooni ühikuks ja see kodeerib vähemalt ühte geeni. Kui geen, mida transkribeeritakse, kodeerib valku, on transkriptsiooni tulemuseks informatsiooni-RNA (inglise k messenger RNA) ehk mRNA, mida kasutatakse seejärel valgu sünteesiks, tuntud ka translatsiooni nime all. Alternatiivselt võib transkribeeritud geen kodeerida ribosomaalset RNA-d (rRNA) või transpordi RNA-d (tRNA), mis on mõlemad vastavalt valgu kokkupanekuprotsessi või teiste ribosoomide osadeks. 24. Millises raku osas toimub tegelik valgusüntees ja millised raku organellid on sellesse haaratud. Tegelik valgusüntees e translatsioon on protsess, mille käigus sünteesitakse aminohapetest polüpeptiidahel. Translatsioon on peamine osa valgusünteesist. Translatsioon jaguneb kolmeks
2. Diskursused/hoiakud/argumendid-lindistatakse; teine kirjutab →Kokkuvõte+ sõnasõnaline 3. Emotsioonid- lindistatakse →Sõnasõnaline+erimärgid 4. Suhted, kommunikatsioon- filmitakse →Sõnasõnaline+erimärgid Erimärkidega kirjeldatakse intervjueeritava käitumist ja tundeid. (paus, pöörab pilgu ära, rõhutab sõnu, ütleb neid valjemalt). Analüüsitakse alati transkribeeritud teksti. Personaalne intervjuu Millistel juhtudel intervjuud tehakse? • Inimeste kui ekspertide arvamused • Unikaalsed kogemused • Tabuteemad • Tundlikud teemad • Kõrge sotsiaalne staatus – tähtsad inimesed Piirangud: • Tähtsad inimesed valivad ise aja ja koha intervjuuks • Tabuteemad/tundlikud teemad – intervjueerija peab enda staatust alandama (muidu ei ole küsitletav nii tähtis) o Koha valik
Polü-A järjestuste lisamine. Terminatsiono toimub 1000-2000 nukleotiidi allavoolu valmiva transkripti 3' mRNA otsas, kuhu lisatakse polü(A) saba. Polüadenülatsioon, ca 200 pikk. Lisamine toimub pärast endonukleasset katket 11-30 nukleotiidi allpool konsensusjärjestusega AAUAAA. Endonukleaasi selles kompleksis nim. spetsiifiliseks komponendiks. Polü(A) saba lisatakse polü(A) polümeraasi abil. 117. Spiesserjärjestused ja juuksenôela struktuur. Speisserjärjestus - transkribeeritud järjestus, mis leidub kodeerivate RNA järjestuste vahel. Nad eemaldatakse pre-rRNA ja pre-tRNA protsessingu käigus, et sünteesida valmis molekule. Üks transcript võib sisaldada mitut geeni, nende vaheala on transkribeeritav speisser. Juuksenõel - (vt. 112) Paljudel mRNA-del on 3' otsas juuksenôelastruktuur, mis on mRNA-d stabiliseeriva toimega. Arvatakse, et see juuksenôelastruktuur ei pruugi alati sugugi olla
järjestusspetsiifiliselt või seostudes valkudega. Osad lncRNAd on prekursoriks väiksematele regulatoorsetele RNAdele nagu nt miRNAdele või piRNAdele. LncRNAd võivad reguleerida geeniekspressiooni ja valgu sünteesi erinevatel viisidel. Reguleerivad geeniekspressiooni kromatiini tasemel, mõjutavad transkriptsiooni ja pre-mRNA protsessingut, mRNA stabiilsust ja translatsiooni. Geeniregulatsioon võib toimuda in cis – transkribeeritud lncRNA lähedal või in trans – transkriptsioonisaidist kaugemal. Posttranskriptsiooniline funktsioon hõlmab endas protsesse nagu splaissing, likalisatsioon, translatsioon ja degradatsioon. 1. Transkriptsiooni regulatsioon Reguleerivad geenispetsiifilist transkriptsiooni – ncRNAde märklaudadeks võivad olla aktivaatorid või repressorid, erinevad transkriptsiooni komponendid nt RNAP II ja siegi DNA.
aastateks on murded suulise keelena põhiosas kadunud · Kõnekeel = argikeel, vigane, halb, lohakas jne Uurimine · Hajauurimise aeg: 1920. aastad-1990. aastad · Üksiktähelepanekud argikeele sõnavarast, hääldusest ja morfoloogiast · Slängi kogumine ja uurimine Süsteemne uurimine 1990. Aastatest. Suuline keel on omaette register, mis jaguneb alamregistriteks TÜ suulise eesti keele korpus · kogutud 1997. aastast · ca 360 tundi (= ca 2 miljonit sõna) · Transkribeeritud ca 1 500 000 sõna, täppis ca 700 000 sõna · keelekorpus (linguistic corpus) · NB kõnekorpused (speech corpora) on arvutilingvistikas foneetiliseks kasutuseks mõeldud korpused · avatud korpus, s.t ei ole ette määratud, kui palju ja mis liiki tekste ta peaks sisaldama · pragmaatiline korpus Kasutamine · Korpus jaguneb eri piirangutasemetega alaosadeks · uurijad saavad kasutada suuremat osa salvestusi teadus- ja õppe-eesmärkidel
aitavad kaasa DNA sünteesi alustamisele ning kulgemisele. · DNA helikaas katalüüsib DNA lahtikeerdumist. DNA replikatsiooni sünteesi algatab DNA prarimer. Energiat saadakse ATP-lt. 19.Ribosoomide keemiline koostis, ehitus ja bioloogiline roll? Raku tsütoplasmas leiduv kaheosaline organell, mis koosneb ribosomaalse RNA (rRNA) ja valgu molekulidest. Tema ülesanne on katalüüsida peptiidahelate moodustumist, lähtudes raku DNA pealt transkribeeritud informatsiooni RNA (mRNA) järjestusest. Seda protsessi nim translatsiooniks. Ribosoomid koosnevad kahest subühikust, mis omavahel seondudes moodustavad funktsionaalse organelli. Mõlemad subühikud koosnevad ühest või mitmest rRNA molekulist ja nendega seondunud valkudest. Asuvad kas vabalt tsütoplasmas või kinnitunult endoplasmaatilisele retiikulumile. Vabalt tsütoplasmas olevatelt ribosoomidelt sünteesitakse valke, mida kasutatakse hiljem rakus sees
ütlemist. Ebaharilik situatsioon nõuab kaassõna. Tool on laua peal...vaas on laual. Hüpoteesid kinnitati. KORPUSED Korpus = tekstikogu Arvutiajastul on korpusena hakatud mõistma peamiselt polüfunktisonaalne elektroonilisel kujul olevaid tekstikogusid, millesse kuuluvad tekstid on valitud eesmärgipäraselt, nii et nendest tekstidest koosnev tervik annaks keelest tõepärase pildi. Tekst= nii kirjalik kui ka suuline keel (kõne transkribeeritud kujul) Rate - kommentaaride korpus - isiklik. Internetikeele korpused? · Korpusi on lihtne koguda · Andmemahud on üüratud · Keelt saab siduda ajaga · Suhtlejaid saab jälgida pika aja vältel ja erinevates suhtlusolukordades Korpuste liigid · Kirjalik · Suuline · Erikorpus- mingit kindlat allkeelt esindav või spetsiaalselt märgendatud tekstikogu nt. Murdekorpus, vana kirjakeele korpus, diakrooniline korpus jne. · Paralleelkorpus
Raku jagunemise faas rakk paljuneb. Raku jagunemine on vajalik uute rakkude tootmiseks organismi kasvades ja vanade rakkude uutega asendamiseks vigastusest või haigusest paranemisel. Apoptoos raku surm, tähendab raku lammutamist fagotsüütide poolt. Valgu süntees: 1. DNA transkriptsioon ehk ümberkirjutamine ribonukleiinhapete (RNA) keelde leiab aset tuumas. 2. Translatsioon ehk geneetilise info tõlkimine valkudeks toimub tsütoplasmas ning eeldab DNA molekulist transkribeeritud 3 eri tüüpi RNA ühistööd: transfeer-RNA (tRNA), ribosoomi-RNA (rRNA) ja messenger-RNA (mRNA). T-Rna tunneb ära ja toimetab kohale vajalikud aminohapped, seob need mRNA-ga ning rRNA ehitab üles valgu sünteesi ellu viivad ribosoomid. DNA replikatsioon geneetilise materjali täpne kopeerimine. Raku jagunemine: 1. rakutuuma jagunemine ehk mitoos Profaas kromatiini vedruniidid tõmbuvad kokku ja tihenevad pulgakujulisteks
Slängi kogumine ja uurimine. · Süsteemne uurimine 1990.aastast: suuline keel on omaette register, mis jaguneb alamregistriteks. Meedium: otsesuhtlus, telefonisuhtlus, raadio/telesuhtlus, arvutisuhtlus. Argine ja avalik (sh ametlik suhtlus). Dialoog ja monoloog. Erineva murdetasutaga variandid, erineva sotsiaalse taustaga variandid TÜ suulise eesti keele korpus: kogutud 1997.aastast, transkribeeritud ca 1 700 000 sõna. Keelekorpused, kõnekorpused (on arvutilingvistikas foneetiliseks kasutuseks mõeldud korpused), avatud korpus (s.t ei ole ette määratud, kui palju ja mis liiki tekste ta peaks sisaldama), pragmaatiline korpus Liigenduste aluseks 3 keelekasutust mõjutavat parameetrirühma: suhtlejate sotsiaalne ja dialektiline taust (suhtlejate omadused, mis annavad kokku registrid), suhtlusvaldkonnad, mis on seotud kindlate
Inimesed järgivad suhtluses teatud norme, analüüsi eesmärgiks on need normid leida. Normi järgimine ei ole kohustuslik. Normi rikkumist vormistatakse normist erinevalt ja tajutakse. Keskne uuritav nähtus on suhtlustegevus. Kirjeldatakse, mida suhtlejad ütlevad ja teevad, välditakse psühholoogilisi, seletatavaid kirjeldusi. TÜ suulise eesti keele korpus: · Kogutud 1997.aastast · Ca 360 tundi (= ca 2 mln sõna) · Transkribeeritud ca 1,5 mln sõna, täppis ca 700 000 sõna · Kõnekorpused on arvutilingvistikas foneetiliseks kasutuseks mõeldud korpused · Avatud korpus, st ei ole ette nähtud, kui palju ja mis liiki tekste ta peaks sisaldama · Liigenduse aluseks 3 keelekasutust mõjutavat parameetriarühma: o Suhtlejate sotsiaalne ja dialektiline taust o Suhtluse omadused, mis annavad kokku registri o Suhtlusvaldkond, mis on seotud kindlate situatsioonitüüpidega.
Mitmeid murdeid ühendavad isoglossid: · Osa isoglosse paikneb murdepiiridest eemal, kuid ühendab mitmeid murdeid, mis ei ole sama murderühma liikmed · Osa isoglosse paikneb murdepiiridel, kuid ühendab murdeid, mis muus osas ei kuulu samasse kõrgemasse kooslusse · Nt Ida-Eesti alasid ühendavad jooned Keelekaardid ja atlased: · D väljundiks on murdeatlased, mis näitavad eri vormide varieerumist valitud territooriumil. · Kogutud ja transkribeeritud materjal esitatakse keelekaartidena. Igal kaardil on üks keeleline nähtus, mis on territoriaalselt varieeruv Kaarte on kahte tüüpi: · 1.tsitaatkaardid (display maps) esitavad konkreetsed vormid vastavalt esinemisele · 2.sümbolkaardid (interpretative maps) esitavad keelenähtusi üldistatuna sümbolite abil 2.2. Eesti kohamurded: põhiliigendus ja peamurrete kesksed jooned Pajusalu jt 2002/2009 murdeliigendus: · Peamurded: põhjaeesti eP ja lõunaeesti eL
Energeetiline funktsioon. Valkude täielikul lagunemisele vabaneb energia. Valkudel on nii palju muid funktsioone, et nendest energiat saada, peab organism olema pikemaajaliselt nälginud. Aminohapped. Valgumolekulide koosseisu kuulub 20. Nn hädavajalikud aminohapped organismi jaoks on: arginiin, fenüülalaniin, histidiin, isoleutsiin, lüsiin, metioniin, treoniin, trüptofaan, valiin. Igale neist 20-st aminohappest vastab üks või rohkem kolmenukleotiidilist DNA-s ja DNA-lt transkribeeritud informaatilises RNA-s. lihtsuse mõttes vaadeldakse ah-sid kui karboksüülhappeid, millel on lisaks aminorühm NH2. Enamus bioloogiliselt olulisi ahsid on alfa-ah. Aminohapete jaotus: hüdrofoobse kõrvalahelaga (vees ei lahustu), polaarse kõrvalahelada (C on seotud mõne polaarse elemendiga), laenguta kõrvalahelalised (ühelgi aatomil ei ole täislaengut), positiivse laenguga (kui pH 7 siis pos laeng), 4. Nukleiinhapte lühiiseloomustus. Nukleiinhapped DNA, RNA päriliku info
järjestuse põhjal. See on universaalne ja esinevad algus- ja lõpukoodonid, initsiaatorkoodon AUG, stoppkoodonid UAG, UAA, UGA. Enamik aminohappeid on määratud mitme koodoniga. 18. Ribosoomide ehitus ja funktsioon. Ribosoom on nii eel- kui ka päristuumse raku tsütoplasmas esinev kaheosaline molekulaarne masin, mis koosneb ribosomaalse RNA (rRNA) ja valgu molekulidest. Selle ülesanne on katalüüsida peptiidahelate moodustumist, lähtudes raku DNA pealt transkribeeritud informatsiooni-RNA järjestusest. Seda protsessi nimetatakse translatsiooniks. Ribosoomil on kaks alaüksust- väike ja suur, mis assotsieeruvad, kui ribosoomides algab mRNA translatsioon ning dissotsieeruvad pärast translatsiooni. Ribosoomi komponentide suurust väljendatatakse Svedbergi ühikutes (S). Prokarüootide väike alaüksus- 30S ja suur alaüksus- 50S, eukarüootidel väike alaüksus- 40S ja suur alaüksus- 60S. Ribosoomid moodustuvad tuumakestes
Inimgenoomis 2,3 Mb ca 3000 SNP-i. Kandidaatgeenide evaluatsioon kõrgvererõhu tõve korral (Nat. Genetics 2000) Viimase aastakümne olulisem läbimurre molekulaarbioloogia metodoloogias Miks esineb vajadus kiipide järele? 1.Uurimaks genoomi mutatsioonide osas mitmetes geenides 2.Uurimaks genoomi SNP-de osas tuvastamaks aheldatust 3.Uurimaks toiduaineid potensiaalsete patogeenide tuvastamiseks 4. Transkripti olemasolu ja koopianumbrite leidmiseks kas genoomses DNA-s või transkribeeritud RNA Mikrokiipide tehnoloogiad: Esineb kaks põhilist mikrokiibi valmistamise tehnoloogiat mis mõnevõrra kattuvad: 1. Oligonukleotiidide süntees in situ kiibil endal: n. Affymetrix® Gene Chips (oligo- v6i geenifragmendid "ESTd", n.n. cDNA kiibid) Affymetrix Gene Chip TM: -Valmistatakse tuhandete lühikeste oligonukletiidide in situ sünteesi teel klaasmaatriksil -Kiibil vastab 16-20 nukleotiidine ahel ühele kindlale geenile
varieerumise täppisanalüüs 94. Psühholingvistika uurimisalad: 1)keel ja meel, nende areng (lapsekeel) 2)eksperimentaalne psühholingvistika 3)lapse keeleline areng 4)kakskeelsus 95. Korpus, korpuste liigid Korpus -- polüfunktsionaalne elektroonilisel kujul olev tekstikogu, millesse kuuluvad tekstid on valitud eesmärgipäraselt, nii et nendest koosnev tervik annaks tõepärase pildi kogu keelest. Tekst = nii kirjalik kui ka suuline keel (kõne transkribeeritud kujul). Korpuste liigid: 1)kirjaliku keele korpus 2)suulise keele korpus 3)erikorpus mingit kindlat allkeelt esindav või spetsiaalselt märgendatud tekstikogu, nt murdekorpus, vana kirjakeele korpus, diakrooniline korpus, jne.4)Paralleelkorpus sisaldab teksti ja selle tõlget (tõlkeid), see on tavaliselt joondatud ehk paralleelistatud, st on näidatud, milline osa on millise osa tõlge. 96. Introspektsioon keeleteaduse meetodina Introspektsioon ehk sisevaatlus
järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks. Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. Ribosoomide ehitus ja funktsioon Ribosoom on kaheosaline molekulaarne masin, mis koosneb rRNA ja valgu molekulidest. Tema ülesandeks on katalüüsida peptiidahela moodustumist, lähtudes DNA pealt transkribeeritud mMRNA järjestusest. rRNAd sünteesitakse tuumakeses, valgud tsütoplasmas, pakitakse tuumakeses. Ribosoomid koosnevad kahest subühikust, mis omavahel seondudes moodustavad funktsionaalse organelli. Mõlemad subühikud koosnevad ühest või mitmest rRNA molekulist ja nendega seondunud valkudest (väike ja suur subühik : prok. 30S+50S=70S ; euk. 40S+60S=80S (S, Svedberg, sadenemisühik)) Ribosoomid moodustuvad tuumakestes. Sünteesijärgselt liiguvad nad mööda tuumamembraan pooride
järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks. Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. Ribosoomide ehitus ja funktsioon Ribosoom on kaheosaline molekulaarne masin, mis koosneb rRNA ja valgu molekulidest. Tema ülesandeks on katalüüsida peptiidahela moodustumist, lähtudes DNA pealt transkribeeritud mMRNA järjestusest. rRNAd sünteesitakse tuumakeses, valgud tsütoplasmas, pakitakse tuumakeses. Ribosoomid koosnevad kahest subühikust, mis omavahel seondudes moodustavad funktsionaalse organelli. Mõlemad subühikud koosnevad ühest või mitmest rRNA molekulist ja nendega seondunud valkudest (väike ja suur subühik : prok. 30S+50S=70S ; euk. 40S+60S=80S (S, Svedberg, sadenemisühik)) Ribosoomid moodustuvad tuumakestes. Sünteesijärgselt liiguvad nad mööda tuumamembraan pooride
mis moodustub eksoni peale, kannab nimetust cross-exon recognition complex. 49. Mida näitab rakule antud ajahetkes iseloomulik mRNA tase? Rakk toodab kindlat mRNA-d ainult siis, kui tal läheb vaja selle poolt kodeerivat valku, seeläbi minimeerides raisatavat energiat. Kogu antud ajahetkel iseloomulik mRNA tase näitab, milliseid geene on antud hetkel 15 transkribeeritud. Seda saab teada, kasutades DNA microarray-d, mis koosneb paljudest geenide järjestustest, komplementaarne järjestus seostub ja saab teada, milliseid geene ekspresseeritakse. 50. Mis on RNA editing? Mis ensüümid katalüüsivad protsessi RNA editing? Kuidas nimetatud regulatsioonivorm muudab valku? Too näiteid. RNA järjestuse redigeerimine (editing) on pre-mRNAde järjestuste muutmise alternatiivseks mooduseks. RNA järjestuse redigeerimine (editing) avastati 1980ndate keskel
5. Genoomide assambleerimine 1. Antikeha geenide assambleerimine a. Kerge ahela lambdageenide assambleerimine kahest geenisegmendist b. Kerge ahela kapageenide assambleerimine kolmest geenisegmendist c. Raske ahela geenide assambleerimine neljast geenisegmendist d. Varieeruvad ühendamissaidid 2. Geneetiline kontroll 6. Transkriptoom transkriptoom (ingl. Transcriptome)- Genoomilt transkribeeritud kõikvõimalikud RNA-d. 7. Proteoom proteoom (ingl. Proteome)- Genoomi poolt kodeeritav täielik valkude kogum. 8. Epigenoomika epigenoomika (ingl. Epigenomics)- Genoomi tasandil toimuv keskkonnatoimelise muutlikkuse (metüülimine, heterokromatinisatsioon) uurimine. 9. Genoomika tüübid Funktsionaalne genoomika Võrdlev genoomika Arvutigenoomika Metagenoomika a. Struktuurne genoomika
RNaasP omab nii RNA komponenti kui ka valgulisi subühikuid. Üldiselt leiab 5’ otsa protsessing aset enne 3’ otsa protsessingut. tRNA geeni transkripti 3’ poolne protsessing on komplitseeritum. Erinevaid protsessingu radasid võidakse kasutada isegi ühe ja sama organismi piires. Esmalt lõikab prekursorit 3’- otsast endoribonukleaas RNaasE. Seejärel treivad eksoribonukleaasid RNaas PH ja RNaas T 3'-otsa parajaks. Kui tRNA on transkribeeritud pikemate prekursoritena, siis lõikavad eksonukleaasid PNPaas ja RNaas II esmalt transkripti lühemaks ja nüüd asuvad tööle 5' otsas RNaas P ja 3' otsas RNaas PH ja RNaas T. Kui tRNA geen ei kodeeri CCA-otsa, osaleb 3’ otste protsessimisel endonukleaas RNaas Z. RNaas Z sooritab lõike prekursori 3' otsas kohe pärast diskriminaatornukleotiidi (N73). Lisaks RNaas Z-le võib 3’ otsa protsessingul osaleda ka eksonukleaase, näiteks pärmi ensüüm Rex1p
· Kui on vaja kirjeldada tundmatut keelt: Kenneth Lee Pike KORPUSED · Korpus = tekstikogu · Arvutiajastul on korpusena hakatud mõistma peamiselt polügunktsionaalseid elektroonilisel kujul olevaid tekstikogusid, millesse kuuluvad tekstid on valitud eesmärgipäraselt, nii et nendest koosnev tervik annaks tõepärase pildi kogu keelest. · Tekst = nii kirjalik kui ka suuline keel (küne transkribeeritud kujul). · Kprpuste kasutatavus: NT rate-kommentaaride korpus ISIKLIK. Korpuste liigid · Kriejliku keele korpused · Suulise keele koprused · Erikoprus mingite kindlat allkeelt esindav või spetsiaalselt märgendatud tekstikorpus nt: murdekoprus, vana kirjakeele korpus, diakrooniline korpus, õppijakeele korpus jne. · Paralleelkorpus sisaldab teksti ja selle tõlget (tõlkeid), see on tavaliselt joondatud ehk
valitud variaableid ning püütakse põhjendada, miks teeb Jüri Muttika selliseid keelelisi valikuid, ning tehakse järeldusi. Ainestik on kogutud kahest „Ringvaate“ saatest, mida Jüri Muttika juhtis. Välja on jäetud vahelõigud ja pausid. Ainestikku on kokku 45 minutit. Uurimistöö autor transkribeeris „Ringvaate“ 16. ja 36. osa, mis olid eetris 2014. aasta suvel. Saated on järelevaadatavad ning tasuta saadaval Eesti Rahvusringhäälingu arhiivi veebilehel. Transkribeeritud tekstid on esitatud töö lisades. Varem on Jüri Muttika idiolektist esile tõusnud variaableid uurinud eelkõige Tiit Hennoste, Annika Valdmets ja Leelo Keevallik. Oma panuse on andnud ka Tõnu Tender, Liina Lindström ja Pärtel Lippus. 3 1. KEELEJUHT. MATERJAL Esimeses alapeatükis annan ülevaate analüüsitavast isikust – Jüri Muttikast. Kirjeldan tema haridusteed, ameteid
X-i inaktivatsioon pole siiski 100%-line, umbes 10% geenidest ekpresseeruvad ka kondenseerunud kromosoomis. Mis vahendab ühe X-kromosoomi inaktivatsiooni? Millisel hetkel inaktivatsioon toimub ja kui kaua kestab? X inaktivatsioon algatatakse teatud geeni (Xist) transkribeerimisel RNA-ks selles kromosoomis. Vastavat RNAd hakkab ekspresseerima ainult inaktiveeritav X kromosoom ja piirkonda, kus RNA geen asub, nimetatakse X-i inaktivatsiooni keskuseks (X-inactivation center). Transkribeeritud RNA molekul jääb tuuma, seostub X-kromosoomi DNA-ga ja indutseerib selle heterokromatiniseerumise. X kromosoomi inaktiveerumine toimub embrüo arengu varajastel etappidel ning kestab terve raku eluea. Milles seisneb alternatiivne splaissing ja kuidas võiks see kaasa aidata organismide paremale kohastumusele keskkonnamõjude suhtes? Alternatiivne splaissing tähendab valgu sünteesiks mRNA kokkupanekut geeni erinevatest eksonitest.
Viimasel on palju erinevaid nimetusi, sisu poolest on see struk- tureerimata ja suunamata intervjuu. Kõigist intervjuu vormidest on just avatud intervjuu kõige lähemal harilikule vestlusele. Siin võib käsitleda mida tahes ning teemavahetus intervjuus leiab tavaliselt aset intervjueeritava initsiatiivil. Intervjuu olukorra ebamää- rasus nõuab intervjueerijalt märksa enam oskusi ja kogemusi kui muud intervjuutüübid. Intervjuu struktureeritakse intervjueerija poolt hiljem, transkribeeritud tekstist kokku- võtete tegemise käigus. (Hirsjärvi et al 2006: 4346) 36 Joonis 6. Empiiriliste uuringute meetodid ja vastajad Eksperdiintervjuu on poolstruktureeritud intervjuu vorm, mida 2002. aastal tutvustasid Michael Meuser ja Ulrike Nagel (2002). Vastaja pakub selles uurijale huvi eelkõige eksperdina teatud valdkonnas. Seega on intervjuu skeemil suunav funktsioon: see aitab välistada ebaproduktiivseid teemasid
pole siiski 100%-line, umbes 10% geenidest ekpresseeruvad ka kondenseerunud kromosoomis. 51. Mis vahendab ühe X-kromosoomi inaktivatsiooni? Millisel hetkel inaktivatsioon toimub ja kui kaua kestab? X inaktivatsioon algatatakse teatud geeni (Xist) transkribeerimisel RNA-ks selles kromosoomis. Vastavat RNAd hakkab ekspresseerima ainult inaktiveeritav X kromosoom ja piirkonda, kus RNA geen asub, nimetatakse X-i inaktivatsiooni keskuseks (X-inactivation center). Transkribeeritud RNA molekul jääb tuuma, seostub X-kromosoomi DNA-ga ja indutseerib selle heterokromatiniseerumise. X kromosoomi inaktiveerumine toimub embrüo arengu varajastel etappidel ning kestab terve raku eluea. 16 52. Milles seisneb alternatiivne splaissing ja kuidas võiks see kaasa aidata organismide paremale kohastumusele keskkonnamõjude suhtes
Teistest keeltest võetud sordinimede algustäheortograafiat ei muudeta: siniliilia `Spring Beauty', roosid `Super Star' ja `Brennende Liebe', `Warley White' krookus, `Lange Rote' 23 porgand, paprika `California Wonder', kartul `Priekulu agrie' (ladina tähestikuga keeltest); aprikoosisort `Samõi severnõi', söögipeedid `Ranneje tsudo' ja `Krasnõi sar' (muu tähestikuga keelest transkribeeritud). Ilukirjanduses on tavalisemate sortide puhul, eriti viljapuu, vilja vms tähenduses võimalik väikese algustähega ilma jutumärkideta tarvitus: nahistas suisleppi süüa, istus aeda vana kuldreneti alla, ostis valgeid klaare. Kaubad Kaubanimed kirjutatakse läbiva suurtähega, liigisõna väikesega: Vikerkaare kommid, Viljaveski leib, Vanapoisi sai, Ämmapäts (sai), Veskimees (teraleib), Lossivein 27, Kolme
TFIIB, TFIIF, TFIIE, TFIIH. RNA polümeraas + TF kompleksi nimetatakse preinitsiatsioonikompleksiks. Transkriptsiooni aktiveerib enhancer järjestus DNA-l. mRNA erinevused pro- ja eukarüootidel: Prokarüoodid : mRNA transkript on kohe selline, millel algab translatsioon. Kuna proakrüoodil puudub tuum, siis translatsioon algab kohe kui algab transkriptsioon (protsessid on üheaegsed), toimub muidugi ribosoomil. mRNAs on polüstistroonne: sisaldab mitmelt geenilt transkribeeritud mRNAd. Hiljem valkude eraldamine. Eukarüoodid : Esmalt pre-mRNA st. ta ei ole kohe valmis transleeruma, teda tuleb töödelda. Transkriptsioon ja translatsioon ei toimu samaaegselt(transporditakse enne tuumast tsütoplasmasse). Eukarüootne mRNA on monotsistroonne, vaid ühe geeni produkt. Vahe on selles, et eukarüootidel peab mrna tulema tuulmast välja, tuuakse aminohappe molekule sinna jne. Eukarüootne pre-mRNA sisaldab mittekodeerivaid osasid, mis eemaldatakse protsessingu käigus
transkriptsioon. Arvatakse, et see toimub avatud kompleksi moodustumise takistamisega. Transkriptsiooni saab represseerida ka RNAP liikumise takistamisega elongatsioonifaasi ehk promootori vabastamisega. Bacillus subtilis'e faagi 29 promootorite modifitseerimisega laboris, konstrueeriti promootor, mille järjestused kattusid täpselt sigmaD konsensusjärjestustega TTGACA N 17 TATAAT. Ootamatult ilmnes, et sellelt promootorilt ei transkribeeritud sugugi kõige intensiivsemalt geene, vaid hoopis promootorilt, mis oli keskmiselt sarnane sigmaD konsensustega. Antud juhul seondus RNAP promootoriga nii tugevasti, et RNAP suutis sünteesida ainult paari nukleotiidipikkusi RNAsid ning seejärel transkriptsioon peatus. Seega optimaalne promootori järjestus ei pruugi anda tugevaimat transkriptsiooni. Aktivatsioon. Aktivatsiooni korral suureneb geenide transkribeeritavus regulaatorite toimel
annaabi.ee 
