retseptoorsed valgud regulatoorsed valgud depoovalgud eksporditavad valgud Valgu struktuur ja koostis Üks või mitu peptiiti Tuhanded aminohapped Titin 3-3,7 megadaltonit Aminohappejäägid Liikuv Valkude struktuuritasemed Primaarne struktuur- aminohappeline järjestus Sekundaarne struktuur- aminohappejääkide stabiilne kolmemõõtmeline struktuur Tertsiaarne struktuur- kogu valgu kolmemõõtmeline struktuur Kvaternaarne struktuur- kahe või enama subühiku ehk alaühiku asend ruumis Saperonid Tugivalgud Valgu funktsioonid Kolmedimensioonilise struktuur Ühedimensiooniline järjestus Ligand Ensüümid Kõrgmolekulaarsed bioloogilised katalüsaatorid Interaktsioonid Valgusüntees Mitmeasteline protsess Ribosoomid Valkude eraldamise meetodid Väljasoolamine erinevad valgud sadestuvad erineva soolakontsentratsiooni juures Dialüüs eraldamine läbi poolläbilaskva membraani
sidumine+aktivatsioon; ja 5S rRNA on põhimiseks funktsiooniks siduda omavahel 23S rRNA domeen 2 ja 5 ). Funktsionaalne ribosoom : 70S (2.30 MDa). 3 rRNA molekuli : 5S & 23S rRNA (suures), 16S rRNA (väikeses). Suur subühik: ~ 34 valku. Väike subühik: ~ 21 valku. EUKARÜOODID :2 subühikut : 40S (väike), 60S (suur). Funktsionaalne ribosoom : 80S (~ 4 MDa). 4 rRNA molekuli : 5S, 5.8S (on suure subühiku mittekodeeriv RNA komponent) & 28S rRNA (suur), 18S rRNA (väike). Suur subühik : ~ 50 valku. Väikse subühik : ~ 33 valku mida tähendab S nimedes 30S, 50S jne. Näitab, kui kergesti mingi osake tsentrifuugimisel põhja sadestub Valkude ja RNA struktuuri erinevad tasemed primaar- (1’) (aminohappe lineaarne järjestus), sekundaar- (2’) (AH järjestus on seotud vesenik sideme abil ) ja tertsiaarstruktuur (3’) (ühe polüpeptiid ahel ühe v mtme valgu
Neutraalrasvad ja vahad Lipiidide tähtsus. Lipiidid täidavad organismis eeskätt energeetilist funktsiooni 8.Mis on valgud? Mis on nende monomeeriks? Valgud ehk proteiinid (ka valkained) on biopolümeerid, mille monomeerideks on aminohappejäägid. 9.Milline on valgu esimest, teist, kolmandat ja neljandat järku struktuur? Esimene struktuur-Nukleotiidide järjestus DNA molekulis. Teine struktuur-biheeliks Kolmas struktuur-Kogu valgu kolmemõõtmeline struktuur neljas struktuur-Kahe või enama subühiku asend ruumis. 10.Kas valkudes olev peptiidside on tugevam või nõrgem kui vesinikside? Kus peptiidside asub? Peptiidside asub aminohappejääkide vahel.See on tugevam kui vesinikside. 11.Mis on denaturatsioon ja renaturatsioon? Mille abil need toimuda võivad? Denaturatsioon on valgustruktuuri muutus- hävitatakse valgu kõrgemat järku struktuur. Renaturatsioon -Kõrgemat järku struktuuri taastumine 12.Valkude ülesanded ja näited nende kohta. Valkude ülesanded : Ensümaatiline tähtsus
Tertsiaarstruktuur (polüpeptiidahela spetsiifiline kokku pakkimine: polaarsed aminohapped pinnal- transpordimiseks; hüdrofoobsed - sees): globulaarne (nt.insuliin) või fibrillaarne (nt.keratiin, kollageen) Kvaternaarstruktuur: vähemalt kahe tertsiaarstruktuuri subühiku kompleks (nt.hemoglobiin) 2.3 Millised sidemed omavad määravat rolli valkude kõrgemate struktuuritasemete moodustumisel? Kõige tähtsamat rolli tavaliselt mängib vesinikside, kuid stabiliseeruva mehhanismidena esinevad: R-rühmade hüdrofoobsed interaktsioonid Erinimeliste laengutega R-rühmade elektrostaatilised interaktsioonid Ioonsed sidemed Ka S-S sidemed 3
5. In vivo geeniteraapia tähistab geneetilist defekti korrigeeriva informatsiooni viimist otse patsiendi haigusega seotud kudedesse või rakkudesse? a) Õige b) Väär 6. Milline promootor allpool toodud valikust oleks kõige sobivam raviotstarbeliste valkude tootmiseks kitse piimas a) Kitse B-kaseiini promootor b) Kitse hemoglobiini promootor c) Kitse fibrinogeeni promootor 7. Vaktsiine võib jagada valmistusviisi järgi elus-, inaktiveeritud- ja subühiku vaktsiinideks. Nii näiteks on kollapalaviku vaktsiini puhul tegemist elus-, hepatiit A vaktsiini puhul tegemist inaktiveeritud- ning HPV vaktsiini puhul subühiku vaktsiiniga. Millistele nendest vaktsiinidest on vaja lisada adjuvanti? a) HPV vaktsiin b) Hepatiit A vaktsiin c) Kollapalaviku vaktsiin 8. Mis põhimõttel töötab kodune rasedustest, mille abil mõõdetakse inimese koorioni gonadotropiini taset uriinis? a) Sandwich ELISA biosensor
Siin on oluline roll teistel miRNAdel ja valkudel, mis võivad mRNAga seonduda ja selle konformatsiooni muuta. Initsiatsiooni koodoniks AUG, harva ka GUG. Ribosoomi 30S subühik ja mRNA moodustavad kompleksi IF3 juuresolekul. Metionüül-tRNAfMet interakteerub initsiatsiooni-faktoriga IF-2. Täielik initsiatsioonikompleks moodustub metionüül- tRNAfMet/IF-2 ning mRNA/30S subühik/IF-3 komplekside kombineerumisel IF-1 ja GTP juuresolekul. Enne 50S subühiku lisandumist vabaneb IF-3. 50S subühiku liitumisel 30S subühikuga tarbitakse GTP energiat ning kompleksist vabanevad IF-1, IF-2 ja GDP. Seejärel liigub metionüül-tRNAfMet ribosoomi peptidüül-saiti (P-saiti), olles seondunud antikoodoniga initsiaatorkoodonile AUG mRNA molekulil Kui metionüül-tRNAfMet on jõudnud P-saiti, on mRNA-s AUG kõrval asuv koodon ribosoomi A-saidis
mudeliga. Lisaks tRNA sidumiskohtadele on ribosoomis veel aktiivtsentrid. Ribosoomi dekodeeriv tsenter asub ribosoomi väiksemal subühikul. Dekodeerivas tsentris toimub koodon-antikoodon äratundmine. Selles protsessis osaleb ribosoom aktiivselt, ribosoomis toimuv koodon-antikoodon interaktsioon on stabiilsem ja täpsem kui vabas lahuses tRNA antikoodoni ja mRNA koodoni paardumine. Dekodeeriva tsentri moodustumisel osalevad nii 16S rRNA kui ribosoomi väiksema subühiku valgud. Dekodeeriva tsenri läheduses paikneb ribosoomi väiksemal subühikul mRNA sidumispiirkond, mis toimib valgusünteesi initsiatsioonil. See piirkond koosneb eranditult rRNA'st ja moodustub 16S rRNA 3' otsas, mis paardub mRNA ribosoomi seondumispiirkonnaga (nn. anti-Shine-Dalgarno järjestus). Ribosoomi suuremal subühikul asuvad peptiidsideme moodustumist katalüüsiv tsenter e. peptidüültransferaasne tsenter on piirkond kuhu seonduvad aa-tRNA ja peptidüül-
innakstivatsioon, nt trüpsinogeen ja trüpsiin- seedeensüümid) Valkude kompartmentalisatsioon- ensüüm kas pääseb või ei pääse substraadile ligi Ligandide kooperatiivsed efektid Ensüümreaktsiooni kineetikat iseloomustavad parameetrid Vmax ja Km Ensüümid- valgud,mis modifitseerivad spetsiifilist substraati, kusjuures nende efekt seisneb aktivatsioonienergia vähendamises- nõuab lisaenergiat Ensüümreaktsiooni kineetikat iseloomustavad parameetrid Vmax ja Km Katalüütilise subühiku allosteeriline regulatsioon Allosteerilised üleminekud aktiivse ja mitteaktiivse vormi vahel
Adenülaadi muutus.Agonist membraanist,aeglustub tsüklaasi aktiveerib G- seostub rets-ga ja uute rets valguga,as subühik aktiveerib seda(peavad süntees.Sensibilisatsi aktiveerib fosfolipaasi olema rets-ga õiged oon-Kui antagonist C(PLC),aktiivtsenter keem rühmad,õiges toimib rets-le pikemat avaneb ning PIP2 hüdrolüüsitakse,mille tagajärjel tekkib 2 sekundaarset signaalülekandjat IP3 ja DG.Tänu a-subühiku fosfaasi aktiivsusele GTP hudrolüüsitakse GDP-ks ning a-subühik vabaneb fosfolipaasist C.Kinaasiga seotud rets-1TM N- termineelsel osal on signaalmolekuli aktiivtsentriks,Valgu C- term osas on katalüütiline piirkond.Seega toimib ta üheaegselt rets-na ja ensüümina nt fosforüleerib türosiinjäägi OH- rühmast. Nt insuliin ja kasvufaktor.Intratsellul aarsed rets-koosnevad ühest proteiinist,mille C-terminaalil on ligandi siduv koht ja keskel DNA-ga sidumise koht. Nt. Tuuma hormooni
Translatsiooni algatusfaktori eIF2 fosforüülimine proteiinkinaasi poolt viib valgusünteesi alla. Kui eIF2 on seotud GDP-ga, siis nukleotiidivahetusfaktor eIF2B eemaldab temalt GDP ja asendab GTP-ga ning eIF2 aktiveerub. Kui aga eIF2 on fosforüülitud, siis seob ta eIF2B ja selline kompleks on täiesti inaktiivne. Eukarüootide mRNA translatsiooni alustamist mõjutab sageli stardikoodonite „lekkiv skanneerimine“. Mitte esimese, vaid järgmiste AUG stardikoodonite lugemine ribosoomi subühiku poolt võib reguleerida eukarüootide mRNA translatsiooni alustamist. Tekivad valgud, mille N- terminaalsest otsast on osa puudu. Kui sealt puudub signaaljärjestus, siis sellised valgud ei lähe tsütoplasmavõrgustikku ja jäävad tsütosooli. Seega aminohappelise järjestuse poolest väga sarnaste valkude paiknemine rakus võib olla täiesti erinev. Geeniekspressiooni reguleerimine mRNA stabiilsuse tasemel. Eukarüootide mRNA lagunemise kaks viisi.
sünteesida ATP'd, kusjuures vabanevad aminohape ja tRNA. tRNA aminoatsüleerimisreaktsiooni võrrand: 1. E + aa + ATP E.ATP.aa E.AMP-aa + PP 2. E.AMP-aa + tRNA E.AMP-aa.tRNA E.aa-tRNA + AMP E+ aa-tRNA, kus E on aminoatsüül-tRNA süntetaas, aa on aminohape, AMP-aa on aminoatsüül-adenülaat, . tähistab mittekovalentset kompleksi ja "-" tähistab kovalentset keemilist sidet. 8. Ribosoom a. Keemiline koostis: Koosnevad rRNA-st ja valkudest, mis moodustavad suure ja väikese subühiku. b. struktuur ja geomeetriline vorm: koosneb kahest subühikust suurest, mida läbib tunnel ja väikesest, erisatakse A, P ja E saite. Ribosoomi subühikud on omavahel seotud kahest kohast ja subühikute vahele jääb põhiline aktiivtsenter, mis moodustab tRNA'de sidumiskohad. Ribosoomis on kolm tRNA sidumispiirkonda, mida nimetatakse tRNA sidumis-saitideks. Saidid on nimetatud vastavalt tRNA liigile, mis põhiliselt seondub vastava ribosoomi
nukleotiidiline, 1 heeliks ja valgud. Suur subühik on natukene teistmoodi orienteeritud. Suur subühik – 6 sekundaarstruktuuri, lisaks 5S RNA. Subühikute vahele seostub tRNA 3 erinevasse saiti (A, P, E). Subühikud võivad olla erinevad, aga neid on alati kaks. 23S + 15 S RNA (suur subühik). Ribosoomi massist prokarüootidel 2/3 RNA. Eukarüootidel on suhteliselt rohkem valke (umbes pooleks), aga ka RNA on suurem. Põhjus, miks ta koosneb kahest subühikust on see, et mRNA käib kahe subühiku vahelt läbi. valgu biosünteesi etapid (lühidalt): osalevad valgulised faktorid, ATP, GTP. vajame ribosoome, AH seotakse spetsiifilise tRNA molekuliga ensüümide - aminoatsüül-tRNA süntetaasi (ARS) või aminoatsüül- tRNA ligaasi (ARL) – vahendusel. 1. preribosomaalne etapp: aminoatsüül-tRNA süntees (aa-tRNA) 2. ribosomaalne etapp: (ribosoomides) mRNAs pakinev koodon seatakse vastavusse tRNA sisalduva antikoodoniga koodon – koosneb kolmest järjestikusest nukleotiidist
Kuidas NLS(nukleaarne lokalisatsiooni signaal) tagab valgu liikumise tsütoplasmast tuuma? · Transporditava valgu NLS seostub retseptoriga ( dimeer tsütoplasma valkudest importiin ja importiin ), (seostub subühik), subühik seostub NPC tsütoplasma poolsete filamentidega.Retseptoriks võivad olla näiteks FG (Phe-Gly) kordusi sisaldavad valgud. Seostumine toimub ilma ATPta. ATP on vajalik subühiku seostumiseks teiste NPC valkudega poori läbimisel. · Tuumas seostub trimeerse kompleksiga Ran valk, tulemuseks on transporditava valgu ja importiini vabanemine Ran importiin liiguvad läbi NPC tagasi tsütoplasmasse, kus toimub hüdrolüüs ja mõlemi komponendi vabanemine (11-37 lk.434) Ran valk annab energiat transpordiks, sest hüdrolüüsib GTP. Ran võib olla seotud GTP ja GDP-ga. Seda kontrollivad täiendavad valgud. GTPaasi aktiveeriv valk GAP (ingl GTPase
mille antikoodoni komplementaarne seostumine mRNA-l oleva koodoniga määrab, milline aminohape lülitatakse ribosoomidel sünteesitavasse polüpeptiidahelasse. Ribosoomid koosnevad rRNA ja valkude molekulidest ning seostuvad mRNA ja tRNA molekulidega. Valgu süntees algab alati metioniiniga startkoodon on tavaliselt AUG, harvem CUG või UUG (leutsiin). Translatsiooni alustamise esimene etapp on translatsiooni intsiaatorfaktorite js ribosoomi 40S subühiku seostumine mRNA 5' otsas oleva mütsikesega. Edasi liikub initsiaatorkompleks 3' suunas edasi kuni leitakse startkoodon (scanning). Peale startkoodoni leidmist seostub ribosoomi 60S subühik ja algab valgu süntees. mRNA tranlastioon toimub 5'-> 3' suunal, mistõttu lisatakse aminohappeid polüpeptiidahela C-terminusse. Translatsiooni mehhanism: Peptidüül-tRNA asub ribosoomi suure alaühiku P-kohas. Aminoatsüül-tRNA seostub A-kohta. Toimub peptiidsideme moodustumine
subühikute ühinemine, mille käigus eemaldub IF-2 initsiaator-tRNA küljest, kasutades GTP energiat. Kui see protsess on lõppenud, on moodustunud funktsioneeriv 70S ribosoomi kompleks. Eukarüoot - initsiatsiooniks vajalike initsiatsioonifaktorite arv eukarüootidel on palju suurem kui prokarüootidel. Tähtsad on ka faktorite omavahelised interaktsioonid. Eukarüootsed initsiatsioonifaktorid on: eIF1, eIF2, eIF3, eIF4, eIF5 ja eIF6. eIF1 ja eIF3 takistavad väikese subühiku ühinemist suure subühikuga ning on seotud 40S subühikuga. eIF2 on sarnane prokarüootse IF2-ga, ta osaleb initsiaator-tRNA sidumisel 40S subühiku P- saiti ning GTP energiat kasutades dissotseerub koos eIF1 ja eIF3-ga, et subühikud saaksid ühineda. eIF4 on RNA helikaas, mis vähendab mRNA sekundaarstruktuure, et väiksel subühikul oleks võimalik seonduda. eIF5 on kofaktor subühikute ühinemisel. eIF6, nagu eIF3, takistab subühikute ühinemist, kuid seondub 60S külge
Bakteris: ribosoomid on jaotunud kaheks alaühikuks 30s ja 50s. Initsiaatorkoodon mRNA molekulis on AUG koodon. Ribosoomi 30s subühik ja mRNA moodustavad kompleksi IF3 juuresolekul. Metionüül-tRNA inaktiveerub initsiatsioonifaktoriga. Täielik initsiatsioonikompleks moodustub metionüül-tRNA ning mRNA/30s subühik/IF3 komplekside kombineerumisel IF1 ja GTP juuresolekul. Enne 50s subühiku lisandumist vabaneb IF3 50s subühiku liitumisel 30s subühikuga tarbitakse GTP energiat ning kompleksist vabanevad IF1, IF2 ja GDP. Seejärel liigub metionüül- tRNA ribosoomi P-saiti, olles seondunud antikoodoniga initsiaatorkoodonile AUG mDNA molekulil. Kui metionüül-tRNA on jõudnud P-saiti, on mRNA-s AUG kõrval asuv koodon ribosoomi A-saidis valmis vastu võtma aminoatsüül-tRNA molekuli, mis sisaldab sellele koodonile vastavat antikoodonit.
Ubikinoonile järgneb elektronide ülekandeahelas kompleks III ehk bc1 kompleks. Selle kompleksi ruumiline struktuur lahendati 1996 aastal. Imetajate bc1 kompleks koosneb 11 subühikust ja bakterites on ainult kolm subühikut. Nendes kolmes subühikus on ka olulised redokstsentrid, teiste subühikute funktsioon ei ole piisavalt selge. Kompleks III redokstsentrid on kaks b tüüpi heemi, mille tasapind on paralleelne membraaniga ja mis paiknevad üksteise peal, erandlikult ühe subühiku koosseisus. Membraani tsütosoolsel küljel paikneb Rieske Fe-S valk ning tsütokroom c1. Imetajate kompleks III-s on 13 transmembraanset segmenti, millest 8 pärinevad b tüüpi heemi sisaldavast tsütokroom b valgust. Üks transmembaanne segmant on ka Rieske F-eS valgu prejärjestus, mis lõigatakse ära mitokondriaalse maatriksi metalloproteinaasi poolt. See segment kuulub iseseisva osana kompleks III koosseisu,
Mõlematele seotuakse kolm fosfaatrühma. Insuliini retseptor. Heterotetrameerne kompleks. Samamoodi. Intratsellulaarsed retseptorid Signaali ülekanne ioonikanaliga seotud retseptori kaudu ? Signaali ülekanne G-valguga seotud retseptori kaudu Neurotransmitter seondub retseptorile, mille tagajärjel toimub konformatsioonimuutus; G-valk membraanis moodustab retseptoriga kompleksi. G-valgu α-subühiku aktiivtsentrist vabaneb GDP 12 GDP asemel seondub GTP α-subühik eraldub G-valgust ja inaktiveerib või aktiveerib membraanivalgu, vastavalt subühikule. Adenülaadi tsüklaasi rada Kõigepelat toimub signaali ülekanne G-valguga seotud retseptori kaudu (GDP vabaneb, GTP seondub, α-subühuk lahkub). αQ/αS – subühik aktiveerib adenülaadi tsüklaasi; adenülaadi tsüklaasi
See on kuue aluseline konsensusjärjestus mis aitab ribosoomi väikesel subühikul õigesti positsioneeruda, kusjuures see toimub üle anti-Shine-Dalgarno järjestuse (CCUCCU) 16S rRNA-l EUKARÜOOTNE INITSIATSIOON toimub mRNA 5' otsa juures: · eIF3 ja eIF6 hoiavad ribosoomi dissotsieerunult. eIF 2, GTP ja Met-tRNA moodustava aktiivse ternaarkompleksi, selle ühinemisel 40S subühikuga · zeIF3- fosforüleerimise kaudu reguleeritakse initsiatsiooni · 40S subühiku interaktsiooni mRNA 5' cap osaga vahendab eIF4, mRNA-d skaneeritakse kuni AUG koodonini Kozaki järjestus- spetsiifilised järjestuse AUG ümber, mis kergendavad äratundmist ACCAUGG · IRES- internal ribosome entry sites Eukarüootne initsiatsioon algab reeglina mRNA 5' otsa juures, osadel juhtudel aga ka sisemistel saitidel Elongatsioon aminoatsüül-tRNA liigub läbi kolme ribosomaalse saidi (A, P ja E) Terminatsioon
Tänu efektiivsusele ja spetsiifilisusele on monomeersed ensüümid leidnud rakendust nii rekombinantse DNA tehnoloogias kui ka RNA produtseerimises in vitro. Komplekssed, multimeersed RNA polümeraasid on kirjeldatud bakteritel, kuid nad on lihtsamad kui eukarüootidel. Eubakterite RNA polümeraasi holoensüüm koosneb viiest subühikust - 2ßß` + . Arhebakterite ensüüm on keerulisem, enam sarnane eukarüootide polümeraasidele. Arhede RNA polümeraas sisaldab üle 10 subühiku. Need subühikud sarnanevad RNA pol II ja RNA pol III subühikutega. Arhede RNA polümeraas ei seostu E. coli promootoritele. RNA polümeraasi seondumiseks promootorile ja transkriptsiooni initsiatsiooniks on alati vajalikud lisafaktorid. Osa transkriptsioonifaktoreid (TF) on homoloogsed eukarüootsete basaalsete TF-dega (TBP, TFIIB). Arhede promootorite konsensusjärjestused on leitud 80 geeni põhjal. TTTA(A/T)T boxA, positsioonides -32 kuni -25 = euk. TATA box
elementidega seondumiseks ning regulaatorvalkudega seondumiseks. RNAP väikseim -subühik (rpoZ) on oluline RNAP assambleerumisel, aitab '- subühikul seonduda 2 subühikutega ning stabiliseerib RNAP-d. Lisaks assambleerimisele, osaleb -subühik ppGpp vahendatud transkriptsiooni regulatsioonis. RNAP, millel puudub -subühik, on ppGpp suhtes tundetud ega vahenda globaalse alarmooni regulatsiooni. Alarmoon ppGpp seondub ja ' subühiku vahele ning -subühiku N-terminus on vastutav ppGpp regulatsiooni vahendamise eest. Samas on pakutud, et -subühik ei oma in vivo nii suurt tähtsust ppGpp tundlikkuse vahendamises kui RNAP stabiliseerimises olukorras, kus DNA on tugevalt negatiivses superspiralisatsioonis (vt transkriptsiooni globaalne regulatsioon). RNAP kuues subühik -subühik ehk -faktor on vajalik ainult promootori äratundmiseks ning avatud kompleksi moodustumiseks. Esimeste RNA nukleotiidide sünteesimiste järel -faktor vabaneb ning RNAP
· Somatostatiin, GRH, ACTH, FSH; LH, TSH, LPH, MSH, ADH, glükagoon, kaltsitoniin, PTH, hCG, antiotensiin II, VIP, opioidse toimega peptiidid Retseptor asub membraani peal, tavaliselt integraale valk (läbib membraani). Kui tuleb signaalmolekul hormoon ning toimub kompleksi moodustamine, muudab retseptor oma kuju. Retseptor on seotud G-valkudega. G-valgud on trimeersed valgud (alfa, beeta, gramma subühikud). Alfa-subühik omab ensümaatilist aktiivsust. Alfa-subühiku aktiivtsentris istub GDP (guanosiindifosfaat). Kui retseptor muudab oma konformatsiooni, mõjutatakse ka gamma ja beeta subühikut. GDP lükatakse sealt välja. Asendub GTP-ga (guanosiintrifosfaat). Alfa-subühik dissotseerub G-valkudest ja ühineb adenülaattsüklaasiga (AC) ning aktiveerib viimase sellega, et hüdrolüüsib GTP-d. AC hakkab ATP-ga tootma cAMP-d. See on sekundaarne signaalmolekul. Valk-valguline interaktsioon. Proteiinkinaas hakkab fosforüülima teisi valke
Nime järgi võiks oletada, et kõik on. GTF'dest aga TFIIA. 10. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH kahel alaühikul on helikaasi ja ATPaasi aktiivsus. Sellega aitab ta luua transkriptsioonimulli. TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Selle energia abil keerataksegi START-saidi piirkonnas DNA dupleksi lahti. (TFIIH ühe teise sub-kompleksi roll on fosforüleerida RNA polümeraasi suurima subühiku C-terminaalset domääni (CTD), mis on vajalik polümeraasi vabanemiseks PIC-ilt (pre-initsiatsiooni kompleks) ning transkriptsiooni üleminekul elongatsioonifaasi). 3 11. Joonista tüüpilise PolII promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni initsiatsiooni käigus seovad. Mediaatorkompleks ja selle tähtsus. Transkriptsiooni initsiatsiooni käigus (siin kirjeldatud TATA-box tüüpi promootoril) seondub TATA-box
Ribosoom on n.-ö ensüüm, mis tekitab peptiidsidemeid aminohapet vahele. Prokarüootne ja eukarüootne ribosoom erinevad üksteisest teatud määral, üldistelt omadustest on nad küllaltki sarnased. Funktsionaalne ribosoom koosneb kahest subühikust, mida kutsutakse suureks ja väikeseks subühikuks, mis omakorda koosnevad erinevatest valgumolekulidest ja rRNA molekulidest. Ribosoomi aktiivsait, ehk siis koht, kus leiab aset uute peptiidsidemete teke, paikneb suure ja väikese subühiku piirpinnal. Struktuur on umbes nii suur, et sinna mahuks korraga üheks nukleotiidi (kolm koodonit). tRNA'd suudavad olla interaktsioonis mRNA'ga ainult siis, kui see toimub ribosoomi sees. Aktiivsaidis eristatakse erinevaid kohti. A-sait (aktseptorsait): see koht, kus aminoatsüleeritud-tRNA'd sisenevad ribosoomi. A-saidi kõrval on P-sait (peptidüül-transperaasne-sait): toimub peptidüül transperaasne reaktsioon toimub peptiidsideme teke. tRNA siseneb A-
Erinevate lugemisraamide vahel asuvad spaisser järjestused. mRNA 5' otsa koguneb mitmeid valgulisi initsiatsioonifaktoreid, kuhu seondub ka ribosoomi väiksem alaühik 40S koos Met-tRNAga moodustub valgusünteesi initsiaatorkompleks Elongatsioon- aminohapete lisandumine polüpeptiidahelasse, mis on tsükliline protsess: tRNA, mis kannab ahelasse juurdelisanduvat aminohapet, seostumine ribosoomi A saiti 60S subühikus 60S subühiku P saidist kasvava valguahela ülekanne A saidis olevale tRNA-le (s.t. juurdelisanduvale aminohappele) Juurdelisatava aminohappe aminogrupp reageerib viimase aminohappe karboksüülgrupiga ja moodustub peptiidside. Katalüüsib ensüüm peptidüül transferaas, mis asub ribosoomi suuremas alaühikus vabanenud tRNA lahkub ribosoomist, ribosoom liigub mRNA-l edasi ühe sammu ehk koodoni võrra. Tsükkel kordub
tuumakese organisaatori piirkonnaks (NOR). NOR- d paiknevad kromosoomide lühikeste ōlgade otstes. 10 kromosoomi NOR-d osalevad tuumakese moodustamisel. Kokku on inimese genoomis ca 200 rRNA koopiat, mis on tandeemselt organiseerunud. Iga rRNA geen annab ühesuguse transkripti, mis on tuntud kui 45S RNA (ca 13,000 nukl. pikk). Sellest tekib edasise protsessingu teel 3 erinevat RNA-d (28 S, 5.8 S ja 18 S RNA), mis lähevad ribosoomi kas suure vōi väikese subühiku koosseisu. Nende 3 RNA pärinemine ühest transkriptist kindlustab selle, et neid saab vōrdsel hulgal. Tuumakese suurus peegeldab tema aktiivsust ja ta varieerub oluliselt erinevates rakkudes ning muutub ka ühes ja samas rakus rakutsükli eri faasides. Tuumake on väga väike neis rakkudes, kus elutegevus on väga aeglane (sünteesiprotsessid aeglased). Kui rakk alustab mitootilist jagunemist, siis tuumakese suurus väheneb ja kaob vastavalt sellele, et kromosoomid
Efektorid võivad olla nii aktivaatorid kui ka inhibiitorid. Allosteerilised ensüümid omavad allosteerilist tsentrid, mida on vaja regulatoorse molekulide sidumiseks. Müoglobiin ja hemoglobiin Müoglobiin on monomeerne valk, hemoglobiin on tetrameerne valk. Kui müoglobiinile on hapnik juba seotud, siis ta rohkem siduda ei saa. Hemoglobiinil toimub esimese hapniku sidumise järel konformatsiooniliste muutuste seeria, mille tulemusel suureneb järgmise subühiku hapniku sidumise afiinsus (positiivne kooperatsioon). Müoglobiin on vajalik hapiku kandmiseks südamepiirkonnas, hemoglobiin kannab hapnikku kõikidesse kudedesse. Motoorsed valgud Motoorsed valgud ehk molekulaarmootorid on valgud, mis transformeerivad ATP-energia liikumisenergiaks. ATP hüdrolüüs kutsub esile ja kontrollib mootorvalgu konformatsiooni muutusi, mille tulemusena toimub ühe molekuli libisemine või sammumine teise suhtes. Suunatud liikumise tekkeks peavad
toimetamiseks ühest rakust teise. Erinevused virioni struktuuris kajastavad enamasti erinevusi viiruste elutsüklites. Olulisemaks sellistest omadustest on lipiidse membraani olemasolu (envelope viruses) või selle puudumine (nonenvelope viruses). Selline vahe kajastab erinevusi viiruste interaktsioonidel peremeesrakuga (seondumisel rakuga ja eraldumisega rakust). Virioni struktuuri kajastavad põhimõisted Subühiku- üks kindlat ruumilist struktuuri omav polüpeptiidahel. Kapsiid- valguline struktuur, mis ümbritseb viiruse genoomi. Nukleokapsiid- täielik valk-nukleiinhappe kompleks. Envelope- lipiidne membraan ja sellega seondunud valgud. Viiruste süstemaatika Morfoloogiline Antigeensed omadused 3-D struktuur Genoomide ja valkude järjestuse analüüs Bioloogilised omadused
tRNA saab ribosoomis seonduda kolme saiti. Esmalt seondub aminoatsüül-tRNA aminoatsüül-saiti e. A-saiti. Peptidüül-saidis e. P-saidis toimub aminohappe lisamine kasvavale polüpeptiidahelale. E- saiti (exit site) liigub tRNA, millelt aminohape on seotud polüpeptiidahelasse. Nende seondumissaitide põhiosa asub ribosoomi suures subühikus, samas kui mRNA (milles asuvad koodonid määravad ära, milline aminoatsüül-tRNA parasjagu mRNA-le seondub) on ribosoomi väikese subühiku koostises. 66)Võrrelge translatsiooni initsiatsiooni bakterites ja eukarüootses rakus. Kuna eukarüootides on initsiatsioonifaktoraid rohkem kui bakterites siis translatsiooni initsiatsioon on eukarüootides tunduvalt kompleksem. Üldiselt on initsiatsiooniprotsess sarnane kuid on kaks erinevust: 1)Polüpeptiidahelasse esimesena lülitatava metioniini aminorühm ei ole blokeeritud formüülrühmaga; 2)Initsiatsioonikompleks moodustub mRNA 5´-otsaga
LIISI KINK 40 BIOKEEMIA test I Hemoglobiini funktsioonid Hb seob hapniku kopsus ja vabastab kudede kapillaarides · Kui Hb heemi Fe-le seotakse esimene hapniku molekul, initsieeritakse konformatsiooniliste muutuste seeria, mis kantakse üle teistele subühikutele · Selle tulemusel suureneb järgmise subühiku hapniku sidumise afiinsus · Sellist nähtust nimetatakse positiivseks kooperatiivsuseks Müoglobiini detailne struktuur Müoglobiini polüpeptiidahel koosneb kaheksast helikaalsest segmendist, tähistatud A-H (N- terminusest). 7-26 jäägi pikkused heeliksid on ühendatud lühikeste struktureerimata osadega, mida nimetatakse AB, BC jne. Veel tähistusi: His F8 tähendab, et F heeliksi 8. jääk on histidiin. Heem asetseb pakitud polüpeptiidahela sees.
globulaarsed struktuurid. 2. Core (diameeter 69 nm, T=13) koostisesse kuulub kaks mazoorset (VP3, VP7) ja kolm minoorset (VP1, VP4, VP6), mis moodustavad kaks kihti: a. ringikujulistest kapsomeridest (ladina keeles on ring orbis, siit perekonna nimetus) koosnev väliskiht. See kiht koosneb VP7 trimeeridest (260 trimeeri), mille vahel on 132 kanalit (8 nm sügavad, 8 nm diameetriga); b. Sisestruktuur (sub-core), mille karkass on moodustunud 120-ne VP3 valgu subühiku poolt (moodustavad 60 dimeeri, T=1 sümmeetria) ja millesse kuuluvad ka minoorsed valgud VP1, VP4 ja VP6. VP1, VP4 ja VP6 paiknevad VP3-est moodustunud karkassi sisemuses ja moodustavad five-fold telgede kohal paiknevad transkriptaas-kompleksid. 22 LIISI KINK
tRNA saab ribosoomis seonduda kolme saiti. Esmalt seondub aminoatsüül-tRNA aminoatsüül-saiti e. A-saiti. Peptidüül-saidis e. P-saidis toimub aminohappe lisamine kasvavale polüpeptiidahelale. E-saiti (exit site) liigub tRNA, millelt aminohape on seotud polüpeptiidahelasse. Nende seondumissaitide põhiosa asub ribosoomi suures subühikus, samas kui mRNA (milles asuvad koodonid määravad ära, milline aminoatsüül-tRNA parasjagu mRNA-le seondub) on ribosoomi väikese subühiku koostises. 66. Võrrelge translatsiooni initsiatsiooni bakterites ja eukarüootses rakus. Translatsiooni initsiatsioonil bakteris osalevad: ribosoomi 30S subühik, mRNA, spetsiaalne initsiaator-tRNA, kolm initsiaatorfaktorit (valgud IF-1, IF-2, IF-3), GTP molekul Eukarüootides on translatsiooni initsiatsioon võrreldes bakterites toimuvaga komplekssem ja seda eeskätt initsiatsioonifaktorite rohkuse tõttu.Üldiselt on initsiatsiooniprotsess sarnane kuid on kaks erinevust:
valgusünteesi ribosoomi tsükli Bakteriaalne mRNA on polütsistoorne. Valku kodeerivat järjestust nii mRNA'l kui DNA'l nimetatakse avatud lugemisraamiks(ORF). Avatud lugemisraam -nukleiinhappe järjestus, mis sisaldab järjestikuseid aminohappeid kodeerivaid koodoneid ja mis algab initsiaator-koodoniga ning lõpeb stop-koodoniga Initsiaator-koodonile eelneb ribosoomi sidumispiirkond RBS (ribosome binding site) ehk Shine-Dalgarno järjestus. RBS (4-7 NA) on komplementaarne ribosoomi väiksema subühiku RNA (16S rRNA) 3' otsaga. Paikenb AUG koodonist 5-7 nukleotiidi eespool 10. RBS (Shine Dalgarno järjestus vs Kozaki järjestus), translatsiooni initsiatsioon, eukarüoodi ja prokarüoodi võrdlus Initsiatsioon: Valgusünteesi initsiatsioonil osalevad lisaks ribosoomidele initsiatsioonifaktorid, initsiaator-tRNA ja GTP. Bakteriaalne initsiatsioon: · ·IF1 ja IF 3 koos ribosoomi väikese subühikuga ja fMet-tRNAi seondub mRNAle-RBSile (Shine-Dalgarno sequence) 70S
Alexander Fleming Lüsosoom- ensüüm, mis lüüsib bakterite rakukesta peptidoglükaanis glükosiidsidemeid. PENITSILLIIN!!!!! Nobeli preemia. 7 PROKARÜOODID ELUSLOODUSES, SUURUS JA NIMETAMINE 3 fülogeenset gruppi (eluslooduse domeenid)- eukarüoodid, bakterid (eubakterid), arhed (arhebakterid) Fülogeneetilise puu juure lähedal on termofiilid! Ribosoomi alaühik koosneb valkudest ja 16S rRNA. Tekitab subühiku ,,karkassi". Suurem subühik- oma spetsiifiline rRNA. 23S rRNA- suurem kui 16S rRNA. Bakterite nimetused Soolekepike (Escherichia coli) Heinapisik (Bacillus subtilis) Kochi kepike (tuberkulooskitekitaja; Mycobacterium tuberculosis) Hellusebakter (Lactobacillus fermentum ME3) Kooleratekitaja (kooleravibrioon, Vibrio cholerae) Botulismitekitaja (Clostridium botulinum) Düsenteeriatekitaja (Shigella dysentheriae) Gonokokk (gonorröatekitaja; Neisseria gonorrhoeae)
faktor on vajalik RNA polümeraasi spetsiifiliseks seondumiseks promootoralale ja transkriptsiooni avatud kompleksi moodustumiseks. Pärast esimese 10 nukleotiidi sünteesi (abortiivne transkriptsioon) vabaneb faktor multiensüümkompleksist ning RNA polümeraas on võimeline DNA-l edasi liikuma. Toimub RNA ahela elongatsioon. Miks need ei ole olulised aktivatsioonis: ß - katalüüsib RNA sünteesi ß` - seondumine DNA matriitsahelaga. shaperonvalk, osaleb ' subühiku voltimisel (selle subühiku puudumine ei mõjuta polümeraasi aktiivsust) 2. Kas üks ja sama valk võib toimida nii transkriptsiooni aktivaatorina kui ka repressorina? Põhjend age. Ühe ja sama geeni puhul ei, sest transkriptsiooni aktivaatorite ja repressorite seondumisalad promootor-regioonis on erinevad. Repressorite seondumisalad võivad kattuda promootoriga, jääda sellest üles- või allapoole. Näiteks lac repressor (lacI produkt) seondub tetrameerina operaatoralaga regiooni nii et takistab polümeraasil
). NOR- d paiknevad kromosoomide lühikeste lgade otstes. Seega inimese diploidses rakus olevas tuumakeses on vastav DNA pärit 10-st kromosoomist, s.t. 10 kromosoomi NOR-d osalevad tuumakese moodustamisel. Kokku on inimese genoomis ca 200 rRNA koopiat, mis on tandeemselt organiseerunud. Iga rRNA geen annab ühesuguse transkripti, mis on tuntud kui 45S RNA. Sellest tekib edasise protsessingu teel 3 erinevat RNA-d (28 S, 5.8 S ja 18 S RNA), mis lähevad ribosoomi kas suure vi väikese subühiku koosseisu. Nende 3 RNA pärinemine ühest transkriptist kindlustab selle, et neid saab vrdsel hulgal. Tuumakeste arv ja suurus. Tuumakese suurus peegeldab tema aktiivsust ja ta varieerub oluliselt erinevates rakkudes ning muutub ka ühes ja samas rakus rakutsükli eri faasides. Tuumake on väga väike neis rakkudes, kus elutegevus on väga aeglane (sünteesiprotsessid aeglased) kuid võib hõlmata kuni 25% tuuma ruumalast neis rakkudes, kus toimub intensiivne valgusüntees. 4
). NOR- d paiknevad kromosoomide lühikeste lgade otstes. Seega inimese diploidses rakus olevas tuumakeses on vastav DNA pärit 10-st kromosoomist, s.t. 10 kromosoomi NOR-d osalevad tuumakese moodustamisel. Kokku on inimese genoomis ca 200 rRNA koopiat, mis on tandeemselt organiseerunud. Iga rRNA geen annab ühesuguse transkripti, mis on tuntud kui 45S RNA. Sellest tekib edasise protsessingu teel 3 erinevat RNA-d (28 S, 5.8 S ja 18 S RNA), mis lähevad ribosoomi kas suure vi väikese subühiku koosseisu. Nende 3 RNA pärinemine ühest transkriptist kindlustab selle, et neid saab vrdsel hulgal. Tuumakeste arv ja suurus. Tuumakese suurus peegeldab tema aktiivsust ja ta varieerub oluliselt erinevates rakkudes ning muutub ka ühes ja samas rakus rakutsükli eri faasides. Tuumake on väga väike neis rakkudes, kus elutegevus on väga aeglane (sünteesiprotsessid aeglased) kuid võib hõlmata kuni 25% tuuma ruumalast neis rakkudes, kus toimub intensiivne valgusüntees. 4
Konformatsioonilised muutused müosiinimolekulis, mis libistavad aktiini müosiini suhtes edasi poole(alati - ots ees aktiinil ja müosiin liigub seega + otsa poole). Etapid: nukleotiidi seostumine, müosiin ja aktiin seotud, ATP seostub ATP-seostumiskohta, aktiini vagumus avaneb ja pea dissotseerub. hüdrolüüs, pea pöördub, kaela konformatsioon muutub, müosiini pea seostub uuesti aktiinile, kuid ühe subühiku võtta + otsa poole. Pi vabanemine, pea pöördub ja liigutab filamenti edasi, - ots ees ADP vabanemine, esialgse konformatsiooni e kangestusseisundi taastamine 133. Lihasrakkude ehitus ja kontraktiilsuse printsiip Vöötlihased: koosnevad lihasrakkude kimpudest, lihasrakk koosneb müofibrillidest e. aktiinikimpudest, ja jaotuvad tumedateks ja heledateks ribadeks piki lihasrakku. filamentide + otsad kinnituvad valgulistele Z ketastele. silindrilist osa kahe Z joone vahel
– Elongatsiooni inhibeerimise kaudu – Kotranslatsioonilise valgu degradeerimise kaudu – polüpeptiidahelat degradeeritakse kotranslatsiooniliselt – Initsiatsiooni inhibeerimise kaudu: Argonaut valgud konkureerivad initsiatsioonifaktoriga eIF4E cap struktuurile seondumise pärast Argonaut paneb tööle initsiatsioonifaktori eIF6, mis hoiab ära ribosoomi suure subühiku seondumise väikese subühikuga Argonaut valgud takistavad mRNA suletud silmuse tekkimist ning põhjustavad mRNA deadenüleerimist (lagundamise alla kuulub) • mRNA lagundamise puhul tingib miRNA seondumine sihtmärgi deadenüleerimise ja selle cap-struktuuri eemaldamise. See vähendab mRNA stabiilsust ja suurendab tema lagundamist eksonukleaaside poolt. • • MikroRNAde funktsioonid
mitmeid transkriptsiooni faktoreid: FFIIA, TFIIB, TFIID (TBP), TFIIH (CTD) A) TFIID (TBP kaudu) seostub TATA-le B) See võimaldab seostuda TFIIB-l C) Tulemuseks kogu transkriptsiooni faktorite hunnik ja RNA polümeraas ise ka seostuvad promootorpiirkonnale. D) Siis kasutab üks transfaktoritest ATP hüdrolüüsi energiat ja siseneb DNA kaksikheeliksisse E) TFIIH fosforüleerib RNA polümeraas II-e. (CTD subühiku kaudu). Polümeraasi konformatsioon muutub ning polümeraas vabaneb transfaktroritest – eraldub promootorilt – ning suundub elongatsiooni, kus toimub ahela pikendamine. See on vajalik, et sünteesijärgeslt töötlemise faktorid saaksid polümeraasile seostuda ja vast- tekkinud RNA-d töödeld Aktivaatorvalk – vajalik
- Tubuliini polümeer on torujas, aktiini polümeer alfa-heeliksi sarnase struktuuriga - Tubuliini on heterodimeer, subühikuks alfa ja beeta tubuliin. Aktiini monomeer koosneb ühest subühikust. - Tubuliini iga subühik seob ühe GTP, kokku siis kaks. Aktiin seob ATP-d. - Mõlemad on polaarse ehitusega. Aktiinil + ja – ots, tubuliini puhul alfa ja beeta ots. Mis on treadmilling ja millistes tingimustes toimub On ühe konkreetse subühiku liikumine +otsast –otsa poole läbi filamendi.Toimub juhul kui subühikud liituvad + otsale sama kiiresti kui eemalduvad – otsalt. Nimetage vähemalt 4 tegurit, mis mõjutavad mikrotorukeste polümeriseerumist ja depolümeriseerumist. - Nukleatsiooni tsentrite esinemine - Mikrotorukeste ja subühikute kontsentratsiooni tasakaal - Kolhitsiin (alkaloid sügislillest) ja vinblastiin (igihali) soestuvad pöördumatult alfa-beeta
tRNA seondumise saidid ribosoomis. tRNA saab ribosoomis seonduda kolme saiti: Esmalt seondub aminoatsüül-tRNA aminoatsüül-saiti e. A-saiti. Peptidüül-saidis e. P-saidis toimub aminohappe lisamine kasvavale polüpeptiidahelale. E-saiti (exit site) liigub tRNA, millelt aminohape on seotud polüpeptiidahelasse. Nende seondumissaitide põhiosa asub ribosoomi suures subühikus, samas kui mRNA on ribosoomi väikese subühiku koostises. Igale aminohappele vastab rakus üks kuni neli tRNA molekuli: tRNA molekulid sisaldavad nukleotiidide tripleteid – antikoodoneid Translatsioonil paarduvad tRNA molekulid mRNA molekulis asuvate koodonitega antikoodonite vahendusel 66. Võrrelge translatsiooni initsiatsiooni bakterites ja eukarüootses rakus. Eukarüootides on translatsiooni initsiatsioon võrreldes bakterites toimuvaga komplekssem ja seda eeskätt initsiatsioonifaktorite rohkuse tõttu
Kooperatiivsuse mehhanism KNF mudel Eeldused: Ligandi puudumisel on kõik subühikud ühes vormis (T-vormis). Vaieldakse, et kas algul R-vormi on väga väike kogus või ei ole üldse. Võib öelda, et enamus valgu puhul on kõik subühikud T-vormis, mõni võib olla ka nii, et üks on ring, aga see on tühine hulk. Ligand seostub ühele subühikule ja see substraadi seostumine indutseerib vastavas subühikus konformatsioonilise muutuse, mis viib selle subühiku üle R-vormi (kolm kasti, üks ring S-ga). Konformatsiooniline muutus kandub üle naabersübühikule ka (kaks kasti, kaks ringi, millest üks S-ga). Ühe oligomeerse valgu piires võivad subühikud olla T- või R-konformtasioonis. Substraadi konts kasvades on subühikud tugeva seostumise vormis. See mudel seletab kooperatiivsust eelkõige muutuste kaudu valgu tertsiaarstruktuuris (kolmemõõtmeline struktuur ühe subühiku piires).
Aktiini monomeer koosneb ühest subühikust. - Tubuliini iga subühik seob ühe GTP, kokku siis kaks. Aktiin seob ATP-d. - Mõlemad on polaarse ehitusega. Aktiinil + ja ots, tubuliini puhul alfa ja beeta ots. Mis on treadmilling ja millistes tingimustes toimub 25 On ühe konkreetse subühiku liikumine +otsast otsa poole läbi filamendi.Toimub juhul kui subühikud liituvad + otsale sama kiiresti kui eemalduvad otsalt. Nimetage vähemalt 4 tegurit, mis mõjutavad mikrotorukeste polümeriseerumist ja depolümeriseerumist. - Nukleatsiooni tsentrite esinemine - Mikrotorukeste ja subühikute kontsentratsiooni tasakaal - Kolhitsiin (alkaloid sügislillest) ja vinblastiin (igihali) soestuvad pöördumatult alfa-beeta dimeeriga ja
suunas. 12.)10 ATP hüdrolüüs võimaldab müosiinil II liikuda ........... kaugusele. Sammu pikkus ühe ATP hüdrolüüsi tsükli jooksul on 5-10 nm (müosiin II) kuni 30-40 nm (müosiin V, kael ~3 korda pikem kui müosiinil II).))) VALE! Mikrotorukesed 1.)Aktiini ja tubuliini võrdlus (mille poolest erinevad ja mille poolest sarnanevad): Iga tubuliini molekul koosneb kahest subühikust, alfa- ja ß-tubuliinist, kumbagi subühiku molekulmass on 50 kDa. Nagu aktiini puhulgi, pole tubuliin kodeeritud mitte ühe, vaid mitmete geenide poolt. Drosophila'l näiteks on 4 geeni alfa- ja 4 geeni beta-tubuliini jaoks. Kuigi tubuliini esineb kõigis eukarüootsetes rakkudes, esineb teda kõige rohkem selgroogsete loomade ajus (10-20% kogu lahustunud valgust on tubuliin). Sarnaselt aktiinile, seostub ka tubuliin paljude lisavalkudega, mis moduleerivad mikrotuubulite omadusi ja võimaldavad
speisserjärjestusi. Enne (5' poolselt) ORF'i asub liiderjärjestus ja peale viimast ORF'i on treilerjärjestus. Erinevate lugemisraamide vahel asuvad inter-tsistroonsed speisserid. Initsiatsiooniprotsessi käigus otsib ribosoom üles ORF'i alguskoha st. initsiaator-koodoni, mis on enamasti AUG. Bakteriaalsetel mRNA'del eelneb initsiaator-koodonile ribosoomi sidumispiirkond RBS (ribosome binding site). RBS on 4-7 nukleotiidine järjestus, mis on komplementaarne ribosoomi väiksema subühiku RNA (16S rRNA) 3' otsaga. RBS paikenb AUG koodonist 5-7 nukleotiidi eespool (5' suunas). RBS järjestust kutsutakse ka Shine-Dalgarno järjestuseks (lühend SD) avastajate järgi. Eukarüootse translatsiooni eripära Eukarüootsetes (päristuumsetes) rakkudes toimub valgusüntees põhiliselt sama skeemi kohaselt nagu prokarüootideski. Nagu eespool kirjeldatud on eukarüootide ribosoomid suuremad ja sisaldavad suhteliselt rohkem valku. tRNA molekulid on eukarüootides sama suured kui bakteris
kontsentratsioonis. Tuleks külvata haiguse varases staadiumis värsket väljaheidet (parahaemolyticusel samamoodi). Ravi ja profülaktika. Väga oluline on vedelike ja elektrolüütide taseme taastamine. Antbiootikumid vähendavad bakterite hulka, eksotoksiini tootmist, diarröa kestust. Täiskasvanutele doksütsükliin, lastele TMP-SMX, rasedatele furazolidone (nitrofurantoiin). Profülaktikas on oluline korralik hügieen. Inaktiveeritud täisrakulise ja toksiini B-subühiku vastased vaktsiinid annavad osalise kaitse, teised vaktsiinid on arendamisel. Bakterid mõmm :) 05/06 Aeromonas, Plesiomonas Aeromonas. Aeromonas on G- fakultatiivselt anaeroobne pulkbakter, meenutab morfoloogialt Enterobacteriaceaet. Kirjeldatud on 14 liiki, enamik seotud haigustega inimesel. Aeromonas põhjustab peamiselt gastroenteriiti ja haavainfektsioone (bakterieemiaga või ilma)
tRNA saab ribosoomis seonduda kolme saiti. Esmalt seondub aminoatsüül-tRNA aminoatsüül-saiti e. A- saiti. Peptidüül-saidis e. P-saidis toimub aminohappe lisamine kasvavale polüpeptiidahelale. E-saiti (exit site) liigub tRNA, millelt aminohape on seotud polüpeptiidahelasse. Nende seondumissaitide põhiosa asub ribosoomi suures subühikus, samas kui mRNA (milles asuvad koodonid määravad ära, milline aminoatsüül- tRNA parasjagu mRNA-le seondub) on ribosoomi väikese subühiku koostises. 74 Translatsiooni initsiatsioon Translatsiooni initsiatsiooni alla koondatakse kõik need sündmused, mis eelnevad peptiidsideme moodustumisele sünteesitava polüpeptiidi kahe esimese aminohappe vahel. Kuigi paljud initsiatsiooonimehhanismid bakterites ja eukarüoodirakkudes on sarnased, on ka erinevusi. Bakteris E. coli on translatsiooni initsiatsiooni alguseks vaja ribosoomi 30S subühikut, mRNA-d,
tRNA saab ribosoomis seonduda kolme saiti. Esmalt seondub aminoatsüül-tRNA aminoatsüül-saiti e. A- saiti. Peptidüül-saidis e. P-saidis toimub aminohappe lisamine kasvavale polüpeptiidahelale. E-saiti (exit site) liigub tRNA, millelt aminohape on seotud polüpeptiidahelasse. Nende seondumissaitide põhiosa asub ribosoomi suures subühikus, samas kui mRNA (milles asuvad koodonid määravad ära, milline aminoatsüül- tRNA parasjagu mRNA-le seondub) on ribosoomi väikese subühiku koostises. Translatsiooni initsiatsioon Translatsiooni initsiatsiooni alla koondatakse kõik need sündmused, mis eelnevad peptiidsideme moodustumisele sünteesitava polüpeptiidi kahe esimese aminohappe vahel. Kuigi paljud initsiatsiooonimehhanismid bakterites ja eukarüoodirakkudes on sarnased, on ka erinevusi. Bakteris E. coli on translatsiooni initsiatsiooni alguseks vaja ribosoomi 30S subühikut, mRNA-d,
(MPF, ingl. k. mitosis-promoting factor), mis koosneb tsükliin B ja tsükliin-sõltuvast kinaasist (CDK), ensüümid, histoonid, tubuliinid jne Tänu sellisele varumaterjalile on klassikalisest rakutsüklist G1 ja G2 faasid kaotatud, mistõttu on rakujagunemine märgatavalt kiirem. *Tsükliin B akumuleerub S faasis ja peale M faasi läbimist degradeeritakse perioodiliselt, mida kontrollivad mitmed maternaalsed valgud. CycB reguleerib MPF väikese subühiku Cdc2 (cyclin dependent kinase) aktiivsust *Cdc2 aktiveerib mitoosi, fosforüleerides erinevaid märklaudvalke (nt. histoonid, lamiinid, müosiin), käivitades kromatiini kondenseerumise, tuumaümbrise depolümeriseerumise ja mitoosikäävi organiseerumise Kui lõigustuv embrüo on varuained nö. ära kasutanud, aktiveeritakse embrüo genoom (EGA) ning rakutsüklisse lisatakse vastavalt G1 ja G2 faasid, rakutsükli kestus pikeneb ja rakujagunemine muutub
annaabi.ee 
