Kontrolltöö 1. 1. Milline järgnevatest vektorsüsteemidest kasutab peremeesrakku sisestatud DNA konstrukti tsirkulariseerimiseks cre rekombinaasi ? a) Plasmiid b) Mitte ükski c) Kosmiid d) YAC e) P1 2. Üheks väga levinud viisiks reaalaja kvantitatiivse PCR-i (qPCR-i) tegemisel on TaqMan proovide kasutamine. Millisel DNA polümeraasi omadusel, lisaks 5'-3' sünteesi aktiivsusele, põhineb antud tehnoloogia? a) DNA polümeraasi 3'-5' eksonukleaassel aktiivsusel b) DNA polümeraasi 5'-3' eksonukleaassel aktiivsusel c) DNA polümeraasi termostabiilsusel 3. Milliseid mehhanisme kasutatakse rakus geeniekspressiooni inhibeerimisel antisense DNA oligonukleotiididega? a) Moodustuva antisense oligonukleotiid/mRNA kompleksi katkilõikamine restriktsioonilise endonukleaasiga b) Translatsiooni blokeerimine oligonukleotiidi poolt
DNA polümeraas sünteesib uue DNA ahela. Ligaas seob DNA fragmendid kokku. Replikatsiooni kahvel laieneb kromosoomi DNAl mõlemas suunas. Replikatsiooniks on vajalikud DNA polümeraasid DNA sünteesi viivad läbi ensüümid, mida nimetatakse DNA polümeraasideks. DNA polümeraaside aktiivsuseks on vajalik RNA praimerahel või DNA matriitsahel. Sünteesiks on vaja vaba 3’OH otsa olemasolu, sest süntees toimub 5’-˃3’ suunas. Inimesel on 13 erinevat DNA polümeraasi. DNA polümeraasi tööd toetab nn β-alaühiku klamber (clamp). Replikatsioonil tekivad superspiraalid replikatsioonikahvli ette positiivne superspiraal replikatsioonikahvli taha negatiivne superspiraal Topoisomeraas ensüümid kõrvaldavad superspiraalid topoisomeraas I tekitab DNA üheahelalisi katkeid topoisomeraas II tekitab DNA kaheahelalisi katkeid Topoisomeraaside inhibiitoreid kasutatakse laialdaselt vähivastases kemoteraapias. Telomeerid
ajal.Vajatakse:ensüüme,ribonukleotiidid,energiatGeen-DNA lõik ,millel toimub RNA süntees.RNA sünteesi etapid-RNA polümeraas seondub DNA ahela promootor piirkonnaga;RNA polümeraas sünteesib DNA ahela lõiguga komplementaarneRNA molekuli;RNA polümeraas jõuab terminaatori ja RNA süntees lõppeb;RNA väljub tuumast(tsütoplasmast).Geeni avaldumine tähendab,et sellelt geenilt toimub RNA süntees.Transkriptsiooni regulatsioon:Repressorid-valgud,mis takistavad RNA polümeraasi kinnitumist promootopiirkonnale;aktivaatorid-valgud,mis soodustavad RNA polümeraasi seostumist promotoorpirkonnale.Translatsioon-toimub ribosoomides(asuvad tsütoplasmas,mitokondrites ja kloroplastides asuvates ribosoomideas).Vajatakse:ribosome;mRNA,tRNA,rRNA;aminohappeid;ene rgiat;ensüüme.Valgu süntees ei toimu tuumas!
TBPga seonduvad TFIIB, TFIIA TBP is a subunit of the eukaryotic transcription factor TFIID. 6. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? ATPd hüdrolüüsib helikaasse aktiivsusega TFIIH, mis kasutab ATP hüdrolüüsi energiat selleks, et DNA dupleks startsaidis lahti kerida. 7. Võrdle transkriptsiooni initsitatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüoo-tidel. Prokarüoodid toimuvad tsütoplasmas. *RNA polümeraasi holoensüümi (2 , ß, ß', ) seondumine DNA promootorpiirkonda *RNA polümeraasi toimel lokaalne DNA-ahelate lahtikeeramine ja matriitsahela teke *Fosfodiestersidemete esmane teke tekkivas RNA ahelas, pärast 8 9 lülitust vabaneb - faktor ja põhiensüüm jätkab (2 , ß, ß') elongatsiooni - faktor tunneb ära -35 või -10 (promootori ülesvoolu, 5' poolne järjestus) konsensus-järjestust TTGACA Eukarüoodid polümeraas ei tunne otseselt ära promootorjärjestust, toimuvad tuumas.
praimeri. DNA plümeraas lisandub uuele RNA praimerile ning sünteesib okazaki fragmendi, kuni vana RNA praimerini, siis eksonukleaasidega eemaldatakse RNA praimer ning asendatakse okazakiga. RNA primer sünteesitakse DNA primaasi poolt (see on oma olemuselt RNA polümeraas). DNA polümeraas lisandub RNA praimerile, et sünteesida okazaki fragment. Mahajääval ahelal liigub replikatsiooni kahvel 5'--- 3'suunal seepärast peabki toimuma süntees katkendlikult * DNA polümeraasi ja klambervalgu seostumine ja vabanemine viivisahelal (Liug)klamber hoiab DNA polümeraasi kopeeritava ahelaga tugevalt seotuna ning ei lase sel dissotseeruda ehk eralduda. Klambri asetab DNA-le libiseva klambri laadija, valgukompleks, mis katalüüsib klambri avamist ja asetamist DNA-le, kasutades ATP hüdrolüüsi energiat. Liugklamber hoiab DNA polümeraasi kopeeritava ahelaga tugevalt seotuna ning ei lase sel dissotsieeruda ehk eralduda. Klambri asetab DNA-le libiseva klambri laadija,
Polümeraasi ahelreaktsioon PCR viiakse läbi biokeemilise reaktsioonina ja selle puhul ei vajata elusorganisme DNA kopeerimiseks. Reaktsioon pôhineb ensüümi- DNA-polümeraas kasutamisel, mis katalüüsib DNA komplementaarse ahela sünteesi. PCR on DNA-molekuli paljundamine kunstlikes tingimustes. Reaktsiooni läbiviimiseks on vajalik teada uuritava DNA lôigu otste nukleotiidset järjestust. Reaktsiooni käivitamiseks kasutatakse kahte oligonukleotiidset (väiksest arvust nukleotiididest koosnevat- 8..30) praimerit (ingl. k. primer), mis kumbki vastavad ühe komplementaarse DNA ahela alguse nukleotiidsele järjestusele ja talitlevad kui ensüümi substraat, kuna neil on vabad otsad uute nukleotiidide sidumiseks. PCR pôhietapid on järgmised: 1) topeltahelalise DNA denaturatsioon kaheks üksikahelaks kôrge temperatuuriga (90-95 °C; 40-60 sek); 2) praimerite hübridiseerimine e. "istutatamine" kummalegi üksikahelale, milleks temperat...
ühendatakse, vaba nitron lagundatakse tuumas splaisosoomide; . 3. Polüadenüleerimissaidi (polyA- saba) lisamist pre-MRNA 3'otsa, lisatakse pärast transkriptsiooni 50-250 adeniini. Kuna eukarüootidel pole väga kindlat struktuuri, siis kulgeb tranripstioon sageli üle kodeeritava ala. Liigne ala eemaldatakse RNA endonukleaasi poolt ja tekkinud 3'-OH rühmitusele lisatakse polü(A)- polümeraasi poolt polü(A) - saba 9. Iseloomusta üldiselt eukarüootset translatsiooni? Põhimõtteliselt on protsess sarnane pro- ja eukarüootidel, kuid eukarüootide translatsioonil osaleb rohkem valke. Üldiseloomustus: Vajab väga paljude valkude koostoimet, sh ka palju lahustuvaid valke. 3-5 liiki RNA molekule (mrna, trna, rrna). Osaleb vähemalt 20 aminohappeid aktiveerivat ensüümi. Osaleb 40-60 trna molekuli. 10. Iseloomusta valgusünteesi ribosoomitsüklit
Laktoosi olemasolul indutseerib see mõlema ensüümi sünteesi Järeldused: 1. lacI+ toodab repressor valku 2. Laktoosi puudumisel repressor seondub operaatoriga ja inhibeerib struktuursete geenide ekspressiooni 3. Laktoosi olemasolul, repressor seondub allolaktoosiga ja sellega alustatakse valkude sünteesi (repressor inhibeeritakse) Mutatsioonid promootoris (Plac): See inhibeerib RNA polümeraasi seondumise, ei sõltu laktoosi olemasolust Iga mutatsioon promootoris inhibeerib kogu operoni struktuursete geenide ekspressiooni lac operon ehitus metsikul E. coli'l Regulatoorsete elementide ja struktuursete geenide järjakord lacI: promootorlacIterminaator operon: promootoroperaatorlacZlacYlacAterminaator Operoni funktsioon kui laktoos puudub: Kui laktoos keskkonnas: lac repressor on tetrameerne valk (neljast polüpeptiid ahelast) JacobMonod E
PÄRILIKKUS Pärilikkuse molekulaargeneetilised alused: Põhiprotsessid: 1) Replikatsioon ehk DNA süntees 2) Transkripstsioon ehk RNA süntees 3) Translatsioon ehk valgusüntees Molekulaarbioloogiliste põhiprotsesside kaudu kandub edasi ja avaldub pärilik informatsioon. DNA replikatsioon: o DNA kahekordistamine raku jagunemise eel o Raku tuumas, tagatakse rakkude paljunemine o Teostab DNA-polümeraas o Vastavalt komplementaarsusprintsiibile(A=T;G=C) sünteesitakse tsütoplasmas olevatest nukleotiididest esialgse ahela kõrvale uus o Replikatsiooni tulemusena tekib ühest DNA molekulist 2 identset DNA molekuli Transkripstioon: ..on geeni struktuuris sisalduva info ümberkirjutamine mRNA-le rakutuumas interfaasi ajal RNA-polümeraasi toimel o mRNA süntees, mis toimub rakutuumas o RNA-pol...
Aminohapped seostuvad peptiidsidemetega. *rRNA seostub valkudega kompleksideks. *mRNA 1- geeni nukleotiidse järjestuse ümberkirjutamine sünteesitavasse mRNA-sse. 2-mRNA-sse kodeeritud sõnum tõlgitakse ribosoomide aminohapete järjestuseks polüpeptiidahelas. T: mRNA stoppkoodon päästab valla sündmused, mille tulemusel peptiidahel vabaneb ribosoomist. 9. Milliseid staadiumeid transkriptsioonis eristatakse? Andke nende lühike kirjeldus. · RNA polümeraasi holoensüümi seondumine promootorsaiti · Polümerisatsiooni initsieerimine · RNA ahela pikenemine · RNA ahela lõpetamine 10. Kirjutage RNA ahela elongatsioonireaktsiooni skeem. Kirjeldage, millised keemilised sidemed moodustuvad reaktsiooni käigus ja mis on protsessi energiallikaks. n NTP -> (NMP)n + n PPi Energiallikas: NTP ; kovalentsed sidemed. 11. Mitu RNA polümeraasi funktsioneerivad eukarüootsetes rakkudes kulgevas transkriptsioonis ja milline on nende roll
arabinogalaktaani sünteesi, rifampiin pärsib transkriptsiooni (RNA polümeraasi β-alaühikule seostudes). aminoglükosiidid aminoglükosiid läbib rakuseina, • Aminoglükosiidide gentamütsiin, aktiivsed (kasutusel) peamiselt G- bakterite suhtes (ei suuda
Aastal 2012 oli vähemalt 30 erinevat DAA-d veel uuringute eri järgus.(6) Maksa siidamine Ravina võib käsitleda ka maksa siirdamist.(3) Kuigi viirus võib esineda taas ka siirdatud maksal. Transplantaadi infitseerumine viib 10-30% juhutdest maksatsirroosini 5 aasta jooksul.(9) DAA Interferooni (ja ribaviriini) vaba kombinatsioon on peamine suund viimastel aastatel. DAA-d klassifitseeritakse: RNA-st sõltuva RNA polümeraasi (RdRp) NS5B polümeraasi inhibiitorid (nukleo(t/s)iidsed ehk NI ja mittenukleosiidsed ehk NNI): sofosbuvir ja dasbuvir. Mittenukleotiidsed inhibiitorid seostuvad ensüümiga allosteeriliselt (väljaspool aktiivtsentrit) muutes nii polümeraasi konformatsiooni.(10) Nukleo(t/s)iidsed on aktiivtsentri blokeerijad ehk analoogsed substraadid polümeraasile.(5,6) NS5A fosfoproteiini inhibiitorid: ledipasvir, daclatasvir, elbasvir, ombitasvir ja velpatasvir
DNA -------> replikatsioon (tuumas, mitokondris) ---> transkriptsioon (tuumas, ribosoomides, ER's) -----> RNA -------> translatsioon(ribosoomides, endoplasmaatilises retiikulimis)-------> VALK REPLIKATSIOON matriitssüntees, mille tulemusena sünteesitakse ühest DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. Matriitsiks on DNA ühe ahela nukleotiidijärjestus. -Replikatsiooni etapid: I helikaas eraldab ahelad II DNA polümeraas seondub ahelaga III DNA polümeraasi abil sünteesitakse uued komplementaarsed ahelad IV replikatsiooni lõpuks on kaks identset DNA molekuli TRANSKRIPTSIOON -Replikatsiooni etapid: I RNA-polümeraas seondub DNA ahela promootor piirkonnaga II ensüüm keerab DNA biheeliksi lahti III RNA-polümeraas sünteesib ühe DNA ahela lõiguga komplementaarse RNA molekulis IV lõpeb mRNA, tRNA, ja rRNA süntees V DNA omandab uuesti biheeliksi kuju VI RNA liigub rakutuumast välja tsütoplasmasse TRANSLATSIOON
Monomeersed RNA polümeraasid on 5-10 korda kiiremad, nad sünteesivad 200 nt/sek (bakteri RNA polümeraas sünteesib 40 nt/sek). Erinevalt bakteriaalsetest RNA polümeraasidest ei ole nad Zn-metalloensüümid. Tänu efektiivsusele ja spetsiifilisusele on monomeersed ensüümid leidnud rakendust nii rekombinantse DNA tehnoloogias kui ka RNA produtseerimises in vitro. Komplekssed, multimeersed RNA polümeraasid on kirjeldatud bakteritel, kuid nad on lihtsamad kui eukarüootidel. Eubakterite RNA polümeraasi holoensüüm koosneb viiest subühikust - 2ßß` + . Arhebakterite ensüüm on keerulisem, enam sarnane eukarüootide polümeraasidele. Arhede RNA polümeraas sisaldab üle 10 subühiku. Need subühikud sarnanevad RNA pol II ja RNA pol III subühikutega. Arhede RNA polümeraas ei seostu E. coli promootoritele. RNA polümeraasi seondumiseks promootorile ja transkriptsiooni initsiatsiooniks on alati vajalikud lisafaktorid. Osa
Polütsistroonsete ja monotsistroonsete mRNAde erinevus on seotud nende mRNAde translatsiooniprotsesside fundamentaalse erinevusega. (või siis eukarüootne mRNA sisaldab introneid ja vajab transkriptsioonijärgset töötlemist, kui prokarüootne on kohe küps ja temalt alustatakse instantselt valgusünteesi). 6. Võrdle prokarüootsete ja eukarüootsete RNA polümeraaside struktuuri ja funktsiooni. Prokarüootides on 1 RNA polümeraas. Polümeraasi tuuma moodustavad 2 subühikut (seonduvad regulatoorsete faktoritega), (omab polümeraasi aktiivsust) ja ' (seondub mittespetsiifiliselt DNAga) ja (taastab denatureerunud RNA polymeraasi tema funktsionaalsesse vormi, on täheldatud kaitsvat funktsiooni alaühiku suhtes) subühik. Ning sigma faktor. Ülesandeks on katalüüsida mRNA ja ncRNA sünteesi. Eukarüootides on mitmeid RNA polümeraase, igaühte saab iseloomustada tema poolt sünteesitud RNA produktiga
MOLEKULAARBIOLOOGIA. ... teadus, mis uurib organismide pärilikkust ja muutlikkust ning nende toimumise seaduspärasusi Geneetika mõistet kasutati alles hiljem kui pärilikkuse ja muutlikkuse mõistet. pärilikkus looduse üldine seaduspärasus, mille alusel järglased sarnanevad oma vanematele (mitte vaid välimuselt kui ka talitluselt) muutlikkus liigisisene erinevus üksteisest Geneetika looja Gregor Mendel (tsehhi vaimulik). * avastas pärilikkuse seaduspärasuse 1869 Miescher eraldas rakutuumast nukleiinhappe. 1953 Watson, Crick, Wilkins, (Franklin) tegid kindlaks DNA biheeliksi struktuuri, said Nobeli preemia. * loetakse molekulaargeneetika alguseks geen DNA lõik, mis määrab ära ühe RNA-sünteesi ning ühe valgu struktuuri DNA sisaldab infot valkude sünteesi kohta genoom liigiomases ühekordses kromosoomistikus sisalduv geneetiline materjal; antakse arvuli...
1958: Matthew Meselson ja Frank Stahli katse, milles näidati, et repliktsioon on poolkonservatiivne 1955: Arthur Kornberg Töötas E. coli'ga. Avastas DNA sünteesi mehhanismi in vitro Vajalik neli komponenti: 1. dNTPs: dATP, dTTP, dGTP, dCTP (deoxyribonukleosiid 5'trifosfosfaadid) (suhkuralus + 3 fosfaati) 2. DNA matriits 3. DNA polümeraas I (Kornbergi ensüüm) (DNA polymeraas II ja III avastati veidi hiljem) 4. Mg 2+ (optimeerib polümeraasi aktiivsuse) 1959: Arthur Kornberg (Stanford University) ja Severo Ochoa (NYU) DNA süntees: 1. DNA polümeraas I katalüüsib fosfodiester sideme moodustumist deoksüriboosi 3'OH (viimasel nukleotiidil) ja dNTP 5'fosfaadi vahel · Energia saadakse kahe fosfaatrühma vabanemisel 2. DNA polümeraas I "leiab ülesse" õige komplementaarse dNTP kogu elongatsiooni vältel · kiirus 800 dNTP/sekundis · Madal vale paardumiste määr 3
Pipeteerin plaadi nelja auku 100µl broomfenoolsinist Pipeteerin lisaks vastavalt 50µl; 5µl; 0,5µl äädikhappe lahust. Pipeteerin blotipaberile oma nime ja harjutuseks täpikesi Tulemus: Tulemus ei olnud väga imeline, kuna algselt ma ei pannud tervet pipetitäit üheks täpiks vaid jagasin selle kaheks. See on aga harjutuse eesmärgiga vastuolus. Kohe kui oma veast aru sain hakkasid ka ilusamad ja ühtlasemad täpid tulema. Praktiline töö nr. 1: Polümeraasi ahelreaktsioon Eesmärk: Paljundada valitud valku või valgu mõnda domääni kodeerivat DNA järjestust ehk inserti PCR meetodiga. Materjalid: 11,3 MQ eriti puhas vesi lahusti µl 2,0 µl 10x polümeraasi puhvrit loob sobiva keskkonna, et polümeraas töötaks 2,0µl 25mM MgCl2 on polümeraasi ko-faktoriks, seega
Replikatsioon matriitssüstees, mille tulemusena saadakse ühest DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. ( DNA süntees) Transkriptsioon on DNA ühe ahela alusel komplementaarse RNA molekuli süntees.(RNA süntees) Translatsioon infotõlkimine ja valgusüntees Geneetiline kood süsteem, mille alusel geneetilisest infost luuakse mRna vahendusel proteiine. DNA polümeraas teostab ka ``vigade parandust`` ehk reparatsiooni, mis kontrollib, kas uus sünteesitud ahel on komplementaarne vana ahelaga. RNA polümeraas seondub DNA ahela promootorpiirkonnaga. Promootor DNA nukleotiidne järjestus, millega transkriptsiooni läbiv ensüüm peab sünteesi alustamiseks ühinema. Terminaator DNA nukleotiidne järjestus, mis lõpetab transkriptsiooni. Koodon mRNA molekuli kolm järjestikust nukleotiidi, mis vastavad ühele aminohappele valgu molekulis. Initsiaatorkoodon mRNA nukleotiidne järjestus AUG, millest algab translats...
BIOLOOGIA MÕISTED: Pärilikkuse molekulaarsed alused ja viirused Geneetika bioloogiaharu, mis uurib organismide pärilikkust ja muutlikkust. Geen DNA lõik, mis määrab ära ühe RNA molekuli sünteesi. Genoom ühes liigiomases haploidses kromosoomikomplektis sisalduv geneetiline materjal. Ühele liigile iseloomulik geenide kogum. Genotüüp päriliku materjali kogum. Fenotüüp pärilikkus + muutlikkus / genotüüp + keskkond. Replikatsioon 1 DNA molekul >> 2 sama nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. Transkriptsioon DNA 1st ahelast komplementaarsusprintsiibil RNA ahel. Translatsioon valkude süntees mRNA info järgi. Promootor DNA nukleotiidne järjestus, millega transkriptsiooni läbiv ensüüm (RNA_polümeraas) peab sünteesi alustamiseks ühinema. Terminaator DNA nukleotiidne järjestus, mis lõpetab transkriptsiooni. Repressor takistab ensüümi (RNA-polümeraasi) ühinemise promootorpiirkonnaga. geneetiline kood keemiliste juhist...
kineetikale: Ensüüm kõrge Km väärtusega on T-olekus, Ensüüm madala Km väärtusega on R- olekus. Substraadi kontsentratsiooni tõustes muutub tasakaal T-olekust Rüleku suunas. 7. Kirjeldage transkriptsiooni alustamist prokarüootsetes ja eukarüootsetes rakkudes. Prokarüoodid Eukarüoodid Transkptsioon algab kui RNA- Eukarüootidel on 3 tüüpi RNA-polümeraase: polümeraasi σ-faktor seondub geeni • RNA-pol. I (tRNA, rRNA, väikesed RNAd) promootoriga ja lōpeb geeni • RNA-pol. II (mRNA) terminaatorjärjes-tuse juures. • RNA-pol. III (tRNA, rRNA, väikesed RNAd) Promootorjärjestus on asümmeetriline ja määrab RNA sünteesi suuna. Prokarüootidel on RNA polümeraasi II transkriptsiooni
2) tihe kiudjas osa ümbritseb keskosa 3) granulaarsed osad ulatuvad kiirjalt välja kiudjast osast 4) tuuma organisaatori piirkonnad (NOR) – kromosoomide koht (lüh õla otstes), kus on geenid, mis kodeerivad rRNA jaoks. Seal tekib tuumake mitoosi lõppfaasis a. NORi numbrite arv määrab mitu tuumakest tekib, kuid üks tuumake võib tekkida ka mitmest NORist mRNA tootmise vabriku mudel: transkriptsiooni ajal seostub polümeraasi külge tellingvalk, mis seob enda külge valke, mida on vaja transkriptsiooni ja pre-mRNA protsessimiseks 13. Tuuma kehakesed: üldine mõiste; PML kehad, Cajal’i kehad, PcG (polycomb) keha, Tuuma tähnid (speckles) ,‘Lõikamise’ kehakesed (Cleavage body) Kohtades, kus kromatiinivaheline ruum on suurem, asuvad mitmesugused struktuursed kogumid – ribonukleiinhapete ja valkude kompleksid, mis osalevad erinevates protsessides, mis on seotud geeniekspressiooni regulatsiooniga
DNA kloneerimise etapid DNA kloneerimine- ühesuguste plasmiidide koopiate tegemine bekteri paljundamise tulemusena. Plasmiidide abil geeni paljundamise pôhietapid on järgmised: 1) plasmiidi isoleerimine bakterirakust (tavaliselt kasutatakse E. coli plasmiide); 2) plasmiidi "lôikamine" spetsiifilise restriktaasiga; 3) paljundatava geeni vôi DNA-lôigu "väljalôikamine" kromosoomist sama restriktaasiga- s.o. geeni isoleerimine; 4) isoleeritud geeni "istutamine" plasmiidi 5) plasmiidi viimine bakterirakku ja bakteri kasvatamine, mille käigus paljuneb ka vastav plasmiid. 6) paljundatud geeni isoleerimine plasmiididest DNA sekveneerimise põhimõte DNA sekveneerimine- DNA nukleotiidse järjestuse kindlaks tegemine. Ensümaatilise meetodi puhul kasutatakse DNA-polümeraasi abil toimuva topeltahela sünteesi blokeerimist kindla nukleotiidi kohal. Tulemuseks on erineva pikkusega fragmendid, mille elektroforeesil joonistub välja DNA molekuli NH järj...
Antikoodon - tRNA molekuli kolmenukleotiidne järjestus, mis seostub valgusünteesi käigus mRNA koodoniga. Fenotüüp - Isendi vaadeldavate tunnuste kogum, mis tuleneb genotüübi ja keskkonnategurite koostoimest. Geen - DNA lõik, mis määrab ära ühe RNA molekuli sünteesi. Geneetika - Teadusharu, mis uurib organismide pärilikkuse ja muutlikkuse seaduspärasusi. Geneetiline kood - mRNA molekuli kolme järjestikuse nukleotiidi vastavus ühele aminohappejäägile valgu molekulis. Genoom - Liigiomases ühekordses kromosoomikomplektis sisalduv geneetiline materjal. Inimese genoom koosneb 24 kromosoomist. Genotüüp - Isendile omane geenide ja selle erivormide (alleelide) kogum. Initsiaatorkoodon - mRNA nukleotiidne järjestus AUG, millest algab translatsioon. Initsiaator-tRNA - tRNA molekul, mis seostub initsiaatorkoodoniga ja alustab valgusünteesi. Koodon - mRNA molekuli kolm järjestikust nukleotiidi, mis vastavad ühele aminohappele valgu molekuli...
gene cloning) eeldab mitut järjestikust protseduuri, milledeks on uuritava geeni: 1) isoleerimine; 2) viimine isereplitseeruvasse geneetilisse elementi (plasmiidi või viirusgenoomi); 3) amplifikatsioon ehk paljundamine; 4) uuritava geeniga rekombinantsete kloonide selektsioon. 16. Mis on geeniraamatukogud? 1:43. Geeniraamatukogu on bakteri või faagikloonide kogumid millest iga kloon sisaldab meid huvitavast geneetilisest materjalist ühte konkreetset alamosa. 17. Kirjelda polümeraasi ahelreaktsiooni läbiviimist detailselt (komponendid, temperatuurid, aparatuur, metoodika, eesmärk, tüübid). 2:6-10. Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) on on tänapäeva molekulaarbioloogide üks põhilisi meetodeid, mis võimaldab sünteesida suurt hulka identseid DNA molekule in vitro. PCR metoodika väljatöötamine sai võimalikuks, kui avastati kuumaveeallika bakter, kes suurepäraselt elab ja paljuneb üle 70-kraadises vees. Tema DNA-polümeraasi kasutatakse PCR-
ahela. Vajab praimerit. Promootor- DNA järjestus, millele RNA polümeraas seondub. Selle abil saab reguleerida geeni ekspressiooni. Konstitutiivne promootor- ekspressioon toimub kogu aeg igas taime osas. Valikuline promootor- ekspressioon toimub teatud taime arengu faasis ja teatud taime kudedes. Sõltub välistest teguritest. Enhanser järjestus- DNA järjestus, millele regulaatorvalgud saavad seonduda, et omakorda reguleerida RNA polümeraasi tegevust ja seeläbi transkriptsiooni. Asub promootorist eespool või tagapool. Transkriptsiooni valgud- Spetsiaalsed regulaatorvalgud, mis määravad ära millist geeni ja millal aktiveerida. Neil on DNA-ga seonduv osa (domeen), mis võimaldab neil DNA järjestusega (enhanser, promootori elemendid) seonduda. Transkriptsioon toimub tuumas. Transkriptsioon faasid: 1. Initsiatsioon e. algus (initiation)- Nukleotiidi molekule lisatakse ükshaaval kuni 9 aluspaari
Transkriptsioon toimub eukarüootsete rakkude tuumas, plastiidides ja mitokondrites, prokarüootide tsütoplasmas. Transkriptsioonil saadakse lähtemolekuliga võrreldes erinev molekul. Transkriptsioonil tekivad eritüübilised RNA molekulid: mRNA(info), tRNA, rRNA(ribosoomi). Transkriptsiooniks vajalikud tingimused: 1. DNA üksikahel ( A-T-C-C-G-A) 2. Kõigi 4 nukleotiidi piisav olemasolu 3. Vastava ensüümi olemasolu (RNA-polümeraas) Transkriptsiooni käik: · Algab RNA polümeraasi kinnitumisest teatud kindla nukleotiidse järjestusega kohast DNA-l. Promootor prk piirkond, kuhu ensüüm kinnitub. · Polümeraas keerab DNA ahelad lahti. Promootor prk-le järgneb RNA sünteesi prk. RNA sünteesimine toimub vastavalt komplementaarsusprintsiibile. DNA: A A T T G G C C A A RNA: U U A A C C G G U U Transkriptsioon lõpeb terminaatoriga, kus ensüüm erald. DNA molekulist ja DNA keerdub uuesti biheeliksisse.
PÄRILIKKUS AKTIVAATOR regulaatorvalk, mis on vajalik transkriptsiooni läbiviiva ensüümi (RNA- polümeraasi) seostumiseks geeni promootorpiirkonnaga ALLEEL ühe geeni erivorm. Üks kahest või mitmest geenivarjandist, mis kõik paiknevad populatsiooni isendite homoloogiliste kromosoomide samades kohtades ja osalevad sama tunnuse eriviisilises avaldumises ANTIKOODON tRNA molekuli kolmenukleotiidne järjestus, mis seostub valgusünteesi käigus mRNA koodoniga BIHEELIKS DNA molekuli teist järku struktuur DESOKSÜRIBONUKLEIINHAPE e DNA pärilikkuse kandja, kromosoomide põhiline koostisaine. Biopolümeer, mille monomeerideks on desoksüribonukleiidid DIPLOIDNE KROMOSOOMISTIK enamikule liikidele iseloomulik kahekordne kromosoomistik, milles kõik kromosoomid esinevad homoloogiliste paaridena (erandiks on sugukromosoomid X ja Y, mis ei ole homoloogilised), tähistatakse 2n (inimesel 2n = 46 naisel jaguneb see...
Restriktaas Cfr42I (SacII) (10u/l, Fermentas; http://www.fermentas.com/; vt lisa) Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2) 1 x TBE foreesi pealekandmis-puhver Molekulmassi marker (DNA, 1 kb või 100 bp "ladder"; 100-200 ng raja kohta) H2O 10 x PCR puhver (Fermentas) 25 mM MgCl2 Taq DNA polümeraas, 5 u/l (Fermentas) 2 mM dNTP (Fermentas) T3 ja T7 RNA polümeraasi promootori praimerid AATTAACCCTCACTAAAGGG ja TAATACGACTCACTATAGGG, 100 ng/l Töö käik: A: Restriktsioon ei tee (1) Saadud rekombinantse DNA restriktsiooniks Cfr42I-ga: võta ~500 ng miniprep DNA-d (5 l), lisa 4 l H2O-d ja 1 l 10 x puhvrit (kokku 10 l). Jaga lahus kahte tuubi (5 l mõlemasse), ühte lisa restriktaasi (0,5-1 l) ja teise mitte. Kontroll (miinus ensüüm) on vajalik selleks, et veenduda kas restriktaas töötas
promootori UP-elemendiga (C-terminus). Sageli on transkriptsiooni initsiatsiooniks vajalik ka spetsiifiliste TF-de olemasolu. Kui transkriptsiooni kontrolliv järjestus -35 on vaevu äratuntav on vajlikud transkriptsiooni aktivaatorid. Miks ei ole konsensus igalpool? vaja geeniregulliks. Aktiveeritavatel promootoritel on -35 heksameer konsensusjärjestusest TTGACA märkimisväärselt erinev konsensusjärjestusest ja sel juhul soodustab aktivaator polümeraasi seondumist promootorile. Lisaks TF-dele toimub transkriptsiooni regulatsioon ka erinevate faktorite kaudu. RNA polümeraasi subühikud on eraldivõttes inaktiivsed. Ainult ß`on võimeline DNA-ga mittespetsiifiliselt seonduma. Seetõttu seondub ka RNA polümeraasi apoensüüm DNA-ga mittespetsiifiliselt. faktori lisandumisel toimub RNA polümeraasi spetsiifiline seondumine promootoralale ligikaudu 1000 korda kõrgema efektiivsusega. Holoensüümi koosseisu kuulub ka faktor
Polioviiruse 2A valk on ka peremehe translatsiooni mahasuruja. 2B seondub membraanidega ja teeb nendesse kanaleid (viroproiin). 2B osaleb ka RNA replikatsioonis , kuid tema tomumismehhanism ei ole teada. 2C osaleb picornaviiruste RNA replikatsioonis NTP-as’ina ja vahendab viiruste replikatsioonikomplekside kinnitumist rakumemebraanidele. 3AB on VPg eelvalk, millest replikatsiooni käigus lõigatakse lahti VPg (3B). 3 AB stimuleerib ka 3D polümeraasi ja 3CD proteaasi aktiivsust. 3C on kemotrüpsiini – tüüpi proteaas, mille katalüütiline aminohappe jääk on mitte seriin vaid tsüsteiin. 3C ja tema eelvalk 3CD teostavad enamuse polüproteiini lõikamisest, peale selle omab 3C ka rakulisi sihtmärke. 3D on RdRp katalüütiline subühik. Erinevalt enamikest tuntud RdRp-dest on polioviiruse 3D praimerist sõltuv ensüüm. Polioviiruste infektsioonitüskkel
Nii nt.kaitseb E.coli oma genoomset DNA enda poolt toodetud restriktaaside eest. Sellega võib manipuleerida: välja lülitada kloonimisel, et oleks võimalik DNA lõikamist restriktaasiga selleks, et sinna ehitada huvipakkuva DNA järjestust. 3. Võrdle omavahel järgnevate E.Coli ensüümide omadusi. DNA polümeraas I Klenow fragment Sequenase Taq polümeraas 5' 3' DNA-sõltuv polümeraasne aktiivsus DNA polümeraasi ,,mutantne" vorm. 5' (on vaja praimeri) 3' polümeraasne aktiivsus. 3' 5' eksonukleaasne aktiivsus (DNA parandamine) DNA sünteesil 5' 3' Tömbi otste Kasutatakse Kasutatakse eksonukleaasne saamiseks. peamiselt peamiselt PCR- aktiivsus 5' 3' sekveneerimisel. 3' reaktsioonides. 3'
faktoritele omakorda RNA polümeraas ja initsieerib RNA sünteesi. Milline RNA polümeraas tööle hakkab, sõltub sellest, mida transkribeeritakse. ,,Enhancer" võimendavad järjestused, mis stimuleerivad transkriptsiooni ja mida vajatakse geeni maksimaalseks transkriptsiooniks. Initsiatsiooni lõpuks moodustavad trans-faktorid, TATA-box, ,,enhancer" seondunud valk ja RNA polümeraas koos transkriptsiooni initsiatsiooni kompleksi. 3. Sigma faktori () kuulumine RNA polümeraasi koosseisu võimaldab RNA polümeraasil spetsiifiliselt ,,ära tunda" ja seonduda promootoralale. Bakterirakus on mitmeid erinevaid sigma faktoreid, mis võimaldavad RNA polümeraasil seonduda erinevatele promootorjärjestustele. Transkriptsiooni initsiatsiooni lõppedes vabaneb sigma faktor RNA polümeraasi koosseisust. 4. Prokarüootne operoon regulatoorne üksus, milles asuvad struktuurgeenid, operaator ja promootor. Operooni mudeli järgi kontrollivad struktuurgeenide transkriptriooni
mürgiste kemikaalide kasutamist. DNA analüüsimine Sõltuvalt proovist kõigub ka DNA saagis, näiteks kui 1 ml vedelast verest võib saada 20 000-40 000 ng DNA-d, siis samast kogusest uriinist vaid 1-20 ng Kui DNA on lagunenud ja proovist ei õnnestu eraldada piisaval arvul DNA molekule, võib tulemus jäädagi saamata. Korraliku lõpptulemuse saamiseks peaks proovis olema tuumset DNA-d vahemikus 0,1-25 ng DNA analüüsimine Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) on ensümaatiline protsess, mille käigus n-ö kopeeritakse tsükliliselt, proovi jahutades ja kuumutades, kindlaid DNA piirkondi Iga tsükliga kahekordistub algne DNA matriitsjärjestus Enam kui kahe DNA piirkonna samaaegset kopeerimist tuntakse multipleks-PCR-i nime all. DNA analüüs isikutuvastamiseks kasutatakse enamasti lühikesi kordusjärjestusi ehk STR lookusi, mille alleelid erinevad üksteisest pikkuse
Nukleaas - Ensüümid, mis katalüüsivad fosfodiestersideme hüdrolüüsi 9. Päriliku info säilitamine ning täpne ülekanne tütarrakkudele, mis on tekkinud raku jagunemise käigus 10. mRNA Info toimetamine tuumas olevatest kromosoomidest valgu sünteesi toimumiskohta tRNA Aminohapete transport valkude sünteesi toimumiskohta rRNA Kuulumine ribosoomi koostisesse, kus leiab aset valgusüntees 11. Kuumutamine 90-95 °C juures 12. Polümeraasi ahelreaktsioon, See on meetod, mille abil tehakse uuringumaterjalis kindlaks uuritavale haigusetekitajale omane pärilikkuseaine, DNA Dna analüüsi kasutatakse isikute tuvastamiseks ja isaduse määramiseks
transkriptsiooni. Promootor On spetsiifiline DNA järjestus RNA polümeraas, vahetult enne geeni järjestuse algust, millele RNA polümeraas seondub ja alustab RNA sünteesi. Regulaatorvalk, mis takistab Repressor transkriptsiooni läbiviiva Promootor; aktivaator; ensüümi RNA polümeraasi transkriptsioon. seostumist promootorpiirkonnaga. Informatsiooni RNA mRNA tootmine Terminaator RNA, transkriptsioon Koht DNA-l, kus lõpeb transkriptsioon ja DNA omandab endise biheeliksi kuju Translatsioon RNA süntees, ribosoom
Restriktaas Cfr42I (SacII) (10u/l, Fermentas; http://www.fermentas.com/; vt lisa) Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2) 1 x TBE foreesi pealekandmis-puhver Molekulmassi marker (DNA, 1 kb või 100 bp "ladder"; 100-200 ng raja kohta) H2O 10 x PCR puhver (Fermentas) 25 mM MgCl2 Taq DNA polümeraas, 5 u/l (Fermentas) 2 mM dNTP (Fermentas) T3 ja T7 RNA polümeraasi promootori praimerid AATTAACCCTCACTAAAGGG ja TAATACGACTCACTATAGGG, 100 ng/l Töö käik: A: Restriktsioon (1) Restriktsioon: 1) 20 µl plasmiidsed DNA-d 22 µl 2) 2 µl 10x restriktaasi puhvrit Saadud 22 µl lahust jagan kaheks tuubiks, mõlemad 11 µl. Ühele tuubisse lisan 1 µl Cfr 421, teisele ei lisa, see on kontroll proov. Mõlemad tuubid inkubeerin 37 kraadi juures 1 tund.
Valu kõhu piirkonnas; on: Nõrk impulss; Higistamine; Paks või sinine nahk ja huuled; Kontrollimatu verejooks (verejooks) igemetest, nina, kuseteede ja / või seedetraktist. Denguepalaviku Arstdiagnoosimine küsib sümptomeid ja haiguslugu, viib läbi tervisekontrolli. Ta küsib ka hiljutisest reisist troopilistele piirkondadele. Katsed võivad sisaldada järgmisi vereanalüüse: Antikeha testid - et näha, kas organism toodab dengue viirusega võitlevaid aineid; Polümeraasi ahelreaktsioon pöördtranskriptsiooni (RT-PCR) analüüsiga - selleks, et määrata veres sisalduva viiruse olemasolu ja kogus. Denguepal aviku Dengue ravi palaviku raviks ei ole ravimeid. Ravi seisneb sümptomite vähendamises ja võib hõlmata: Voodipesu Piisav vedelik Ravimid palaviku ja valu vähendamiseks Denguepalaviku ennetamine Dengue palaviku tõenäosuse vähendamiseks järgige neid samme, kui reisite selle levikualadele:
Baculoviiruse hilist transkriptsiooni viib läbi viirus-spetsiifiline RNA polümeraas, mis tunneb ära viiruse hilised promooterid, milles esineb (A/G/T)TAAG motiiv (nn. basal promoter, promooterisse kuulub veel kuni 18 TAAG järjestust ümbritsevat aluspaari, mis moduleerivad promooteri aktiivsust). Bakuloviiruse hilist geeniekspressiooni koordineerivad vähemalt 19 erinevat viiruse kodeeritud valku (lef geenid, kodeerivad peale regulaatorite ka RNA polümeraasi subühikuid ja replikatsioonivalke). Väga hiline transkriptsioon toimub 18-76 h p.i. Hüper-ekspresseeritakse geenid polh (polühedriin) ja p10, nende valgud on vajalikud inklusioonide moodustumiseks Väga hilises transkriptsioonis osaleb viiruse RNA polümeraas ja lisaks eelnevaile veel VLF1 valk (very late expression factor). Polühedriini promooteris asub samuti TAAG järjestus ning promooteri aktiivsust reguleerivad järjestused, mis paiknevad 50 bp fragmendis allpool TAAG elementi ja
pärilikku informatsiooni säilitav aine · Keemiliselt desoksüriboosist, lämmastikalustest ja fosforhappejääkidest koosnev polümeer · Harilikult koosneb adeniinist (A), guaniinist (G), tsütosiinist (C) ja tümiinist (T). DNA-analüüse kasutatakse · Isikute identifitseerimiseks · Bioloogilise põlvnemise tuvastamiseks, peamiselt isaduse määramiseks · Kurjategijate paljastamiseks · Meditsiinis geneetiliste haiguste diagnoosimiseks DNA-analüüs polümeraasi (PCR) ahelreaktsiooni meetodil · Tänapäeva molekulaarbioloogia üks põhimeetoditest · Meetodi aluseks on DNA-s olevad STR järjestused · Leiab rakendamist fundamentaaluuringutes, kliinilises ja ka kohtupraktikas · Võimaldab mõne tunniga tekitada miljoneid koopiaid DNA järjestusi PCRi etapid · DNA denaturatsioon - kaksikheeliks laguneb kaheks üksikahelaks · Annealing e. praimerite seostumine DNA-le · DNA fragmendi süntees termostabiilse
Näiteks M. jannaschii orfidest 56% polnud homolooge endmebaasides. See tegelikult näitab arhede domeeni selget erinevust teistest, nende unikaalsust. · Methanococcus jannischii isoleeriti ookeanist 2600 m sügavusest. Ta on metanogeen, sünteesib vesinikust ja CO2 metaani. Talub temperatuuri kuni 86 kraadi. Rakud on ebaregulaarsed kokid kahe viburikimbuga sama pooluse lähedal · Arhede geenid, mis kodeerivad transkriptsioonifaktoreid ja RNA polümeraasi subühikuid sarnased eukarüootide vastavate analoogidega, samal ajal kui metabolismiradade ensüümide geenid on sarnased prokarüootide omadele. · Arhedel on geneetilisest aspektist ühiseid jooni nii bakterite kui ka eukarüootidega. Ühised jooned eubakteritega: 1) Rõngaskromosoom; 2) Genoomi suurus; 3) Operonid; 4) mRNA intronid puuduvad; 5) 70S ribosoomid Ühised jooned eukarüootidega: 1) Histoonid krenarhedel;
suuda polümeraas koheselt sünteesida. DNA replikatsioonil osalevad ensüümid DNA polümeraas- sünteesib uue ahela, liigub 5´3´ suunas DNA praimaas- sünteesib mahajäävale ahelale RNApraimeri, olemuselt on RNApolümeraas DNA ligaas- seob Okazaki fragmendid, luues fosfodiestersideme DNA helikaas- lagundab vesiniksidemed Eksonukleaasid- lagundavad RNApraimeri DNA topoisomeraasid- keerab DNA ahela replikatsiooniks lahti DNA liider- ja viivisahela sünteesi erinevus. DNA polümeraasi liikumise suund. Okazaki fragmentide olemus ja funktsioon- Kuna viivisahela suund on 3´5´ suunaga,siis DNA polümeraas ei saa sinna koheselt uut ahelt sünteesida. DNA praimaas sünteesib RNA praimeri 5´3´ suunaga,sinna kinnitub DNA polümeraas ja sünteesib Okazaki fragmendi. Sünteesitud RNA praimer lagundatakse eksonukleaaside poolt ja Okazaki fragmendid seotakse ligaasi poolt. DNA liider- ja viivisahela sünteesi alustamine.
DNA kaksikheeliks on keerdunud DNA molekul ehk biheeliks. Helikaas lõikab läbi replikaltsioonis kahe DNA vahelised ahelad. DNA polümeraas toodab uue DNA ahela Replikatsiooni etapid: Ensüüm helikaas lõhub DNA biheeliksi kaheks ahelkas. Ensüüm DNA polümeraas sünteesib mõlema DNA ahelaga komplementaarsed uued DNA ahelad. Replikatisooni tulemusena tekib ühest DNA molekulist kaks identset DNA molekuli. Replikatsiooni alguspunkti nimetatakse replikoniks. DNA reparatsioonis ehk DNA polümeraasi vigadeparanduses polümeraas kontrollib, kas uus sünteesitud ahel on komplementaarne vana ahelaga. RNA süntees ehk transkriptsioon: Transkriptsioon on DNA ühe ahela alusel komplementaarse RNA süntees. Transkriptsiooni komplementaarsus A=U T=A G=C C=G U- uratsiil Transkriptsioon algab promootor piirkonnas. Transkriptsioon lõppeb terminaator piirkonnas. Transkriptsiooni etapid: Lisandub ensüüm RNA polümeraas, mis seondub DNA ahela promootor piirkonnaga.
valguga seondunud nukleotiid. Praimerit on vaja, et sünteesitaval polünukleotiidahelal oleks vaba 3'-OH ots, kuhu DNA polümeraas saab liita nukleotiide. 51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? Bakteril E.Coli on leitud 5 DNA polümeraasi(I,II,III,IV,V) I ja II osalevad DNA vigade parandusel III on põhiline DNA replikatsiooni ensüüm IV ja V on seotud viaderohke DNA sünteesiga olukorras kus DNA polümeraasi III poolt läbiviidav replikatsioon on blokeerunud DNA kahjustuste tõttu.Neil puudub vigu korrigeeriv aktiivsus. Täpsuse tagab proofreading ehk korrigeeriv aktiivsus, mille tulemusena ensüümi töö täpsus tõuseb mitu suurusjärku. 52. DNA replikatsioon juhtivalt ja mahajäävalt ahelalt. Juhtivaks ahelaks nimetatakse 5'->3' suunalist ahelat, millelt toimub pidev replikatsioon. Majajäävalt ahelalt (3'- >5') toimub replikatsioon katkendlikult, fragmentidena (Okazaki fragmendid)
2)Geen viiakse üksikisiku sugurakkudesse. See ravivõte ei mõjuta otseselt antud isikut vaid peab tagama, et tema järglased sünniksid mingi kindla tunnusega või ilma selleta. Mida tähendab geenivaigistus, mis eesmärgil kasutatakse? Geenivaigistus seisneb kindlate mRNA molekulide blokeerimise või kiires lammutamises nn mikroRNAde kaudu, mille tulemusena geen ei avaldu. Seda mehhanismi esineb taimesel, seentel ja loomadel ning see kaitseb neid näiteks viiruste vastu Milles seisneb polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) ja milleks seda kasutatakse? See meetod võimaldab müne raku olemasolu korral paljundada kindlat DNA lõiku mõne tunni jooksul miljoniks koopiaks, mis annab võrdlevaks uurimiseks piisavat materjali. Mis on DNA kiip ning mis eesmärgil seda kasutatakse? DNA kiip on DNA profiil DNA lõikude jaotus. See on laialdaselt kasutust leidnud isaduse tuvastamisel, kurjategijate paljastamisel ning muudel isiku kindlakstegemist nõudvatel juhtudel.
Mutageenid on indutseeritud mutatsioonide esilekutsujad: ioniseeriv radiatsioon, UV-kiirgus, keemilised mutageenid (lämmastikushape, heterotsüklilised aluste analoogid, alküleerivad ja interkaleeruvad agendid). (keemilised mutageenid põhjustavad peamiselt vist valesid paardumisi). XXVII TRANSKRIPTSIOON ja GEENI EKSPRESSIOONI REGULATSIOON 1. Transkriptsioon prokarüootidel. Staadiumid: (1) RNA polümeraasi holoensüümi seondumine promootorsaiti; (2) polümerisatsiooni initsieerimine. RNA ahela elongatsioon e pikenemine. (4) RNA ahela terminatsioon e lõpetamine. RNA polümeraas seondub DNA promootorjärjestusega ning keerutab biheeliksi lahti ja initsieerib mRNA sünteesi. Promootorid on DNA järjestused, kuhu seonduvad RNA polümeraasid. Koosnevad reeglina ~40 bp piirkonnast, mis asub RNA sünteesi alguskohast 5'-suunas
Bioloogia kontrolltöö: Molekulaarbioloogilised põhiprotsessid 1) hindab pärilikkuse ja keskkonnategurite osa organismi tunnuste kujunemisel; Organismi tunnused kujunevad geenide ja keskkonna koosmõjus. Ka haigestumine võib olla tingitud nii pärilikkusest, keskkonnast kui ka geenide ja keskkonna koosmõjust. Ühe geeni poolt põhjustatud ehk monogeenseid haigusi on geeniuuringutega lihtne tuvastada. Kui suguvõsas leidub selliseid haigusi, siis on pärilikkusnõustamise abiga võimalik välja selgitada, kui suure tõenäosusega kandub haigus edasi järglastele. Lootevett uurides on võimalik varakult selliste haiguste esinemist tuvastada ning ravimatute raskete haiguste puhul võib arst soovitada raseduse katkestada. Sirprakne aneemia on raske monogeenne haigus, mida põhjustab mutatsioon hemoglobiini, verelibledes asuva hapnikku siduvat molekuli tootvas geenis. Selle mutatsiooni tulemusena moodustab hemoglobiin ahelaid ning punas...
Kui proovis on erinevaid nukleiinhappemolekule, siis pikema ahelaga molekulid liiguvad aeglasemalt kui lühemad. Nii saame ahelaid üksteisest eraldad sõltuvalt nende suurusest//. Sandler pani katseklaasides sünteesitud ahelad geelile ja lahutas nad. (mingi radade jama). POLÜMERAASI AHELREAKTSIOON - PCR 12/11/09 Garry Mullis sai Nobeli preemia selle meetodi väljatöötamise eest. DNA sünteesi reaktsiooni jaoks oli vaja DNA polümeraasi (ensüümi), matriits-DNA, dNTP (4). Tegelikult sellisel kombel reaktsiooni ei toimu. Puudu on praimerid (lühike DNA lõik). DNA polümeraas ei suuda hakata nullist DNA ahelat sünteesima, küll aga olemasolevat ahelat pikemaks tegema. Denatureerides (lahti keerutades) kaheahelalist DNA molekuli temperatuuri toimel saame kaks üheahelalist DNA molekuli. Lisades nüüd katseklaasi sobivaid praimereid, suudab polümeraas sünteesida uue ahela ja saame kaks kaheahelalist DNA molekuli.
Pipeteerisin lisaks 50 μl, 5 μl, 1 μl ja 0,25 μl äädikhapet. Segasin. Lahuste värv muutus sõltuvalt äädikhape mahust. 3. Kasutades kõige väiksemat pipetti pipeteerisin blotipaberile oma nimi ja muster. 16. Järeldus: täpid on erineva raadiusega (suurusega), kuna pipeteeritud lahuste maht oli erinev, sõltuvalt mustrist. Aga täpid, mis olid sama vedeliku mahuga pipeteeritud, ei olnud alati sama suure läbimõõduga, sest ikka olid väiksed vead pipeteerimisel. 17. 18. Polümeraasi ahelreaktsiooni (PCRi) teostamine 19. PCRi kasutatakse valitud DNA lõigu paljunadamiseks. Väga tähtis moment reaktsiooni teostamisel on õigete praimerite valimine ning reaktsioonitingimuste kindel täitmine. PCR reaktsioon toimub kolme-etapiliselt: DNA ahelate denatureerimine, praimerite seondumine DNA ahelatega ning DNA süntees. 20. Oma töös kasutasin Reverse (vastassuunilise) praimerina SV-40 poly A, Forward (pärisuunalise) praimerina EGFP-3-170, ning plasmiidina pEGFP-FoxO3a-wt
20. Milline ülesanne on DNA praimaas ensüümil? Mida teeb replikatsioonis DNA ligaas? DNA praimaas sünteesib DNA järjestuse pealt lühikese RNA praimeri, et sünteesida viivisahelat. Praimaasi töö tulemusena moodustub DNA-RNA hübriidahel, kus uuesti sünteesitud RNA aluspaarid on seotud DNA aluspaaridega vesiniksideme kaudu. DNA ligaas aitab liita Okazaki fragmentide katkekohtasid. Praimaas jätab 3` OH otsa vabaks 21. Kirjelda DNA polümeraasi tööd ja sünteesi suundi. Millised DNA polümeraasid esinevad inimeses? DNA polümeraas - ensüüm, mis sünteesib DNA ahelale komplementaarse DNA ahela. Polümeraas vajab sünteesil praimerit, mis on paardunud matriitsahelaga. Selleks, et DNA reprodutseerimise käigus ei tekiks vigu, on DNA polümeraasil lisaks sünteesi funktsioonile ka korrigeeriv aktiivsus, mille tulemusena ensüümi töö täpsus tõuseb mitu suurusjärku (1 viga 10 8 nukleotiidi kohta).
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
