*Paljud polüpeptiidide ja ka mittekodeeriva RNA geenid koonduvad DNA järjestusel põhinevatesse geeniperekondadesse, mis omavad suurt perekonnasisest järjestushomoloogiat. Paljud perekonna liikmed võivad olla mittefunktsionaalsed s.t. pseudogeenid ja geenide fragmendid. *Klassikalised geeniperekonnad on järjestuselt väga sarnased ja tekkinud peamiselt duplikatsioonide tagajärjel (histoonid, globiinid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud domäänide osas (transkriptsioonifaktorid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud lõikude osas (sarnaseid lõhikesi motiive omavad geeniproduktid)(DEAD box, WD kordus). *Mõned evolutsiooniliselt kauged geeniperekonnad liigitatakse superperekondadesse (produktid strukturaalselt ja/või funktsionaalselt kaudselt seotud, nt. immuunglobuliinide ja G-valkudega seotud retseptorite superperekond)
Üldised s.t. mitte sõltuma teatava organismi omadustest, Lihtsad s.t. mitte sõltuma keerulistest ristamistest, geneetikast, vaatlemistehnikatest, Kokkuvõtvalt: NEED EI TOHI NÕUDA VAATLEJATELT KEERULISI OSKUSI. 4. Prokarüootsete genoomide omadused (suurused, G+C, funktsionaalsed grupid). Prokarüootsete genoomide uurimise põhjused: Rakuliste protsesside ja geenide funktsiooni uuringud: evolutsiooniliselt konserveerunud, Patogenees: haiguste molekulaarse tagapõhja ja ravivõimaluste leidmine, Evolutsioon: kuidas on organismid üksteisega seotud, millises suunas liigub evolutsioon, Kõige arvukam organismiderühm Maal (~6x1030 rakku, ~5x1017g, ~4x105-4x106 liiki). Prokarüootsete genoomide omadused: Genoomid valdavalt tsirkulaarsed, esineb ka lineaarseid sisaldades telomeere (B.burgdorferi), Tihti esineb ekstrakromosomaalseid geneetilisi elemente, Enamik baktereid haploidseid, mõned ka di- ja tetraploidsed (D
Temast itta jääb Punane meri ja põhja Vahemeri Elab üle 82 miljoni inimese Rahvarohkemad linnad on Kairo ja Aleksandria Egiptus jaguneb 27 küberkonnaks Ajalugu Egiptuse alad asustasid kütid-korilased pleistotseenis 8000 e.m.a alanud kliimamuutuste ja liiga intensiivse karjakasvatuse tõttu muutusid suured haritavad ja karjatatavad maa-alad kasutuskõlbmatuks, moodustus Sahara kõrb Püramiidid- vaaraode võimu kõige suurejoonelisem materiaalne kehastus Ajalugu Muumia on konserveerunud surnukeha, millel on säilinud pehmed koed. Kuningate org - see on vaaraode matmispaik Teeba lähedal Eksport toornafta ja õlitooted puuvill tekstiilid metallitooted kemikaalid Import masinad ja seadmed toidukaubad kemikaalid puit kütused
108 684 769. Eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida. 4. Pikkus: 673 aminohapet. Koosneb mitmetest fosforüleerimis- ja metüleerimissaitidest, FH (forkhead) saidist, DNA-sidumissaidist ja tuumalokalisatsioonisignaalist. 5. Kuna eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida, polnud võimalik ka arvutada. 6. Rattus norvegicus FoxO3a homoloog on 672 aminohapet pikk, ning koosneb samadest saitidest, mis Homo sapiensi FoxO3a. FoxO3a on liikide eri liikides tugevalt konserveerunud, mistõttu järjestused on 94% ulatuses identsed.
Kuna vaaraod uskusid, et sel viisil on neil igavene elu ehk elu pärast surma. 18. Mida tähendavad mõisted? Kiilkiri - hakati tekste kandma kolmekandiliste krihvlitega, pehme pinnaga savitahvlile ja siis omandasid jooned kiili kuju. Greif - see suursugune elukas oli segu kahest teisest suursugusest ja võimsast loomast. Tal olid kotka pea ja tiivad ning lõvi keha. Püloon - Vana-Egiptuse templi kahe torniga väravaehitis. Muumia - konserveerunud surnukeha. Surnukehad on säilitatud kas rituaalsetel eesmärkidel konserveerimise tõttu või on konserveerunud tänu erilisele keskkonnale. Tarbekunst - tegemist on tarbeesemetega, millel on kunstiline tähendus, tarbekunsti on sageli liigitatud materjalide järgi.
17. Milliseid esemeid leiti Tutanhamoni hauakambrist? Miks need üldse sinna olid pandud? Troon, valitsejakepid, kaarik, õlilambid ja paljude jumalate kujud. Kuna vaaraod uskusid, et sel viisil on neil igavene elu ehk elu pärast surma. 18. Mida tähendavad mõisted? Kiilkiri- hakati tekste kandma kolmekandiliste krihvlitega, pehme pinnaga savitahvlile ja sis omandasid jooned kiili kuju. Greif- lõvi-kotkas Püloon- pidulik väravehitis Muumia- konserveerunud surnukeha. Surnukehad on säilitatud kas rituaalsetel eesmärkidel konserveerimise tõttu või on konserveerunud tänu erilisele keskkonnale. Tarbekunst- viitab, et tegemist on tarbeesemetega, millel on kunstiline tähendus.Tarbekunsti on sageli liigitatud materjalide järgi. Töö esitamise tähtpäev on 6. detsembel 2008 Kaidi Kiidemaa 10E klass
Funktsionaalsus tRNA molekuli tasapinnaline struktuur Funktsionaalselt on tRNA molekuli tähtsaim osa antikoodon, mille kolm nukleotiidi paarduvad komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA koodoniga, mis on geneetilise translatsiooni ja geneetilise koodi strukturaalseks aluseks. Seetõttu on antikoodoni lingu ruumiline konformatsioon oluline täpse koodon-antikoodon seondumise toimumiseks. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb tRNA ahel järsu pöörde. Nukleotiid 34, esimene antikoodoni nukleotiid paardub mRNA koodoni viimase, 3. nukleotiidiga ja seetõttu on oluline, et koodon-antikoodon seondumine lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33 ga, niiviisi määrab tRNA ahelas toimuv järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks. Antikoodoni järel paiknevad nn.
evolutsioonilise arengu põhimõtteid ja evolutsiooni tingivaid tegureid Evolutsioonilise arengu üldised põhimõtted Liikidevahelises võrdluses embrüonaalne areng on rohkem konserveerunud, enam omavahelisi sarnasusi. Evolutsioonilises arengus on aju suhteline suurus kasvanud, sellega kaasneb tavaliselt sotsiaalne ja/või toiduhankimise keerukuse suurenemine. Aju suhtelise suuruse kasvuga kaasneb ka keha suuruse kasv. Aju kasvu suurenedes muutub see modulaarsemaks nii struktuurilt kui funktsioonilt. Aju suurenemine evolutsioonis pikenenud kasvamise periood, kuid erinevate ajuosade arenguline järjekord on konserveerunud ("late equals large").
1. Heterokromatiin: Tugevasti kondenseerunud Peamiselt kõrgkordus DNA Tuuma ümbruse lähedal Nt: X-inaktivatsioon Kromosoomivalgud 1. Histoonid: Struktuurivalgud aluselised Neutraalse pH juures positiivse laenguga (20-30% arginiini ja lüsiini) 5 klassi: H1, H2A, H2B, H3, H4 (spermatosoidides protamiinid) Moodustavad kromatiinist struktuurseid alaüksusi - nukleosoome Fülogeneetiliselt konserveerunud 1. Mittehistoonsed kromosoomivalgud: Tugevalt happelised Neutraalse pH juures negatiivse laenguga Miks on DNA pakkimine vajalik? 1. DNA peab mahtuma rakutuuma (Genoomi kogupikkus u 2m!) 2. DNA peab tütarrakkude vahel jagunema võrdselt 3. Et genoom oleks lihtsamalt ja efektiivsemalt manipuleeritav Mitokondriaalne DNA Mitokondrid tekkinud endosümbioosi teel Tuumaväline DNA, mis on emapoolse päritavusega Pärandub emaliinipidi, kuna viljastamisel
·Töö hiire genoomiga Mouse Genome Sequencing Consortium (MGSC). Roti genoomiga RGSC ·Genoomide võrdlus üldiselt: Inimese genoom on veidi suurem, vahe korduselementide hulgast. Hiire intergeensed alad ja intronid (keskmiselt 16%) väiksemad. Esineb lokaalne erinevus. Eksonite ja kodeeriva DNA suurus (550 koodonit) sarnane, sarnane on ka ortoloogsete geenide hulk. G+C hulk hiirel suurem kui inimesel (42% versus 41%). Inimesel palju suurem CpG saarte hulk. Konserveerunud sünteensete piirkondade pikkus 10 Mb. Inimesel 5% genoomist suurte segmentaalsete duplikatsioonide tulemus, hiirel 1% (rott 3%) ·Divergents (lahknemine) geenide ja valkude järjestuses: Umbes 80% hiire geenidest omab ortolooge inimese genoomis, järjestuse sarnasusega 70-100%. Enim erinevad MHC geenid ja reproduktsiooniga seotud geenid. Põhjuseks positiivne selektsioon (selektsioon aminohapete asenduse suunas, et suurendada mitmekesisust).
Kõikide segmentide 5'- ja 3'-mittetransleeritavad regioonid on suhteliselt lühikesed: 5' NTR on 12 b (S1 segment) kuni 32 b (S4 segment) pikkune; 3' NTR on 32 b (L1 segment) kuni 83 b (M1 segment) pikkune. NTR regioonides paiknevad signaalid mRNA pakkimiseks ja replikatsiooniks ning ka aktiivseks translatsiooniks (osaliselt ulatuvad need signaalid ka kodeerivasse regiooni). Kõikide genoomsete segmentide terminaalsed järjestused on kogu perekonnas konserveerunud. Kõikide positiivsete ahelate 5'-terminaalne järjestus on 5'-GCUA, kõikide positiivsete ahelate 3'- terminaalne järjestus UCAUC-3'. Ehkki reoviiruste genoomi äärmised terminaalsed järjestused ei ole teineteise suhtes inverteeritud, moodustavad reoviiruse mRNAd (positiivsed ahelad) tänu 5'- ja 3'-otsade läheduses asuvatele inverteeritud elementidele "panhandle" tüüpi tsirkulaarseid struktuure. 3.1.3. Valgud Struktuursed valgud
Joonis8. Katkend Ani surnuteraamatust 5. Nofretete büst. Kuninganna paremat silma asendab mäekristall mustast puust silmateraga ja vasak silmakoobas on tühi. On võimalik, et tegemist on mingi sakraalse tagamõttega, kuid võimalik on ka veaga iidse meistri töös. Joonis 9. 6. Uued mõisted Vaarao- maapealsed jumalad, keda peeti justkui jumalateks Palsameerimine- Surnukehade säilitamine vastava töötlemisega Muumia- Vana-Egiptuse konserveerunud surnukeha Mastaba- Vanim hauaehitiste tüüp Astmikpüramiid- Mastabast väljakujunenud püramiid, mis nägi välja nagu oleks mitu mastabast üksteise peal. Püramiid- Suur kivist ehitis, mille alus on nelinurkne ja kolmnurksed kuled kohtuvad tipus ühes punktis Tempel- Nelinurkne, kõrge müüriga muust maailmast eraldatud ja osaliselt pealt lahtine ehitis Püloon- Kahe nelinurkse tüvipüramiidi kujulise torniga väravehitis
Deletsioonid on lühemad, duplikatsioonid pikemad. CNV regioonid on jaotunud ebaühtlaselt genoomis. Duplikatsioonid on rikastatud kromosoomides Chr22, ChrY, Chr 13-16. Deletsioone esineb kõige rohkem kromosoomides 19, 22 ja Y. CNVd on ebaühtlaselt jaotunud piki kromosoome. Peritsentromeersed ja subtelomeersed regioonid sisaldavad rohkem CNVsid. Suurem osa CNVsid esineb mittekodeerivates geenide eksonites, promootorite ja CpG saartes. Kõige vähem CNVsid konserveerunud elementides. Duplikatsioonid on vähem tõenäoliselt patogeensed ning on tihedamini positiivse selektsiooni all, mis juhib evolutsiooni. Deletsioonid on sagedamini patogeensed ning negatiivse selektsiooni all. • • Üle 40% kõikidest teadaolevatest koopiaarvu varieeruvustest kattuvad teiste geenidega. See näitab, et neil on olulie roll geeniekspressioonis. • 21 trisoomia – downi sündroom, X monosoomia – Turneri sündroom, XXY –
jumalaks,riigi kõrgeim preester. Püramiidid- vaaraode võimu kõige suurejoonelisem materiaalne kehastus. Nomarhid- ehk noomid. Nomarhid on maakondade ehk noomide asevalitsejad. Preestrid(templid) vaarao määras oma volituste konkreetseks elluviimiseks ametisse preestrid.Nende päralt oli vahetu korraldav võim Egiptuse peamistes pühapaikades tempilites. Amon-Ra - ta sai Uue Riigi ajal tõeliseks peajumalaks.Tema tähtsaim pühamu oli Karnaki tempel. Muumia on konserveerunud surnukeha, millel on säilinud pehmed koed. Kuningate org - see on vaaraode matmispaik Teeba lähedal. Ehnaton Uue riigi aegne vaarao ( 14 sajand eKr.) Valis päikeseketta Atoni riigi peajumalaks Amon-Ra asemel. Rajas Teema ja Mamphise vahele uue pealinna Aten - Atoni. Nofretete - oli vaarao Ehnatoni abikaasa.Temastloodi skulptuur Nofretete pea, see kujutas intelligentset ja võluvat naist. Tutanhamon 1922. Avastati Tutanhamoni hauakamber
Funktsioon: RNA abil toimub geneetilise info realiseerimine. Eukarüootide RNA polümeraasid RNA polymerase I tuumake ribosomaalne RNA, välja arvatud 5S rRNA RNA polymerase II tuumake tuuma pre-mRNA-d RNA polymerase III tuumake tRNA-d, 5 S rRNA ja teised väikesed tuuma RNA-d Transkriptsiooniks on vajalikud promooterid. Erinevate polümeraasside puhul on ka vastavad järjestused erinevad. RNA polümeraas II promootor sisaldab lühikesi konserveerunud järjestusi. Transkriptsiooni alguspunktile lähim konserveerunud element kannab nimetust TATA box, järjestus TATAAAA. Teised konserveerunud elemendid on CAAT box ja GC box. Transkriptsioonifaktorid on valgud, mis inistsieerivad või reguleerivad eukarüootsetes rakkudes trankriptsiooni. Transkriptsioonifaktorid sisaldavad DNA-ga seonduvat järjestust, mis seondub 8-15 nukleotiidi pikkuste spetsiifiliste DNA aladega ning transaktiveerivat järjestust, mis enamasti
CAS geenide poolt kodeeritud valkude vahel moodustub kompleks, mis seondub rakku nakatava viiruse genoomile ja lagundab selle Repeats – 24-47 bp Spacers – 26-72 bp CAS – CRISPR-associated proteins Erinevalt konserveerunud Konserveerunud kõigis (cas) Ainult osades (cs) Cse – cas subtype E. coli Bakteriofaagi fenotüüp Faagide puhul saab nende fenotüüpi kirjeldada faagi ja peremeesraku interaktsioonide kaudu Üks põhilisi tunnuseid on faagi laikude morfoloogia Faag nakatab tardsöötmele külvatud
Otsekordusjärjestused (DR järjestused, nt IS elemendil) - IS-elemendi insertsioonil tekivad elemendi otstes 2 13 bp pikad DR- (direct repeat) ehk otsekordusjärjestused (vt. AH lk. 591, joon19.2) Palindroomne järjestus ehk vastassuunaline järjestus Transpositsiooniimmuunsus - nähtus, kus transpositsioon muutub harvemaks, kui sama TE on juba DNA -s cDNA dna molekult, missünteesitakse rna-lt ning siseneb uude kohta genoomis. 11. liigiti konserveerunud järjestused - Genoomides erinevatel liikidel sarnased piirkonnad, mis sisaldavad tavaliselt elutähtsaid geene. Nende alade vahele jäävad suhteliselt muutlikud genoomi regioonid. Muutuvas alas on iseloomulikud nn. "hüppavad geenid" ehk transponeeruvad geneetilised elemendid, mis liiguvad iseseisvalt genoomi ühest piirkonnast teise. Endogeenne-kehasisene päritolu? eksogeenne- ehk kehavälise päritoluga. (kõrgemate prokarüootide siRNA
Klassidesse jagamise aluseks on konseveerunud ah järjestused ja iseloomulikud struktuursed motiivid. Erinevused järjestustes annavad tulemuseks aktiivsaidi erineva 3D struktuuri ja erineva tRNA ja aaRS-i molekulide stereomeetrilise seondamise. Klassid jaotakse omakorda kolme alamklassi nende homoloogia ja domäänide struktuuri alusel. Klass I süntetaaside katalüütiline sait sisaldab Rossmanni volti (beeta-paralleelne kiht). Seal leidub kaks konserveerunud järjestusmotiivi- HIGH(esimene alfaheeliks) ja KMSKS(kujutab endast lingu, mille konformatsiooni muutus substraadi seondamisel aitab aktiveerida ah-t. Klass II aaRS aktiivtsenter on suurem, koosnev antiparalleelsest beeta-kihtidest, mis on ümbritsetus alfa-heeliksitega. Aktiivtsentris eristatakse kol motiivi: ATP sidumiseks, ah sidumiseks ja dimerisatsiooniks. Klass I : on mono- või dimeerid, ATP konformatsioon on venitatud, aminoatsüleerimissait: tRNA
abil: endoproteaasid, eksoproteaasid Valkude vananemine: -keemiline vananemine Gln Asn deaminatsioon -Met Cys oksüdeerimine -Ratsemisatsioon Valkude eluiga determineeritud tema järjestusega Intratsellulaarne valkude degradatsioon: -Lüsosomaalne -Ubikvitiin-sõltuv Ubikvitiin sõltuv degradatsioon Toimub proteasoomides- ATPsõltuv proteaas- 1% koguvalgust- 76AA jääki, tsütosoolne 20S-4 heptameerset domääni 19S- cap-piirkond- ATPaasne aktiivsus Hästi konserveerunud valgud- pärmides vaid 3 AH erinevus Ubikvitiin-konjugeerivad valgud E1- ubikvitiini aktiveerivad valgud E2- ubikvitiin konjugeerivad valgud E3- aksessuaarne valk, moodustab E2-E3 kompleksi-ubikvitiini ligaasid E2-E3- kompleks seondub E3 abil märklaudvalgu Lys ja moodustab E2 abil polüubikvitiinahela- ligandiks proteasoomile Valkude aktiivsus sõltub tema N terminuse struktuurist -amidatsioon -Met Ile Val Gly Pro Thr -tsükliinidel konsensus: X-X-Leu-GlyX-Ile-Gly-Asn -PEST rikkad alad
aktiivsusega 11 ah jäägi (166 176) pikkuse "kaane" eemaldamisel langeb aktiivsus 105 korda lekib eenediool vaheühendit (tekib mürgine metüülglüoksaal) Trioosfosfaadi isomeraas Lihtsaim reaktsiooniskeem: Vabaenergia reaktsiooni teel Seriin proteaasid Katalüüsivad peptiidsideme hüdrolüüsi valkudes Suur grupp ensüüme kuhu kuuluvad ka seedensüümid trüpsiin ja kümotrüpsiin Kõigil seriin proteaasidel on evolutsioonis konserveerunud: · katalüütiliselt oluline seriinijääk · katalüütiline triaad Asp-His-Ser Kümotrüpsiini katalüütiline triaad Asp 102, His 57 ja Ser 195 Seriin proteaasid erinevad substraadi spetsiifilisuse poolest · trüpsiin positiivse laenguga aminohappejääkide (Arg, Lys) kõrvalt · kümotrüpsiin hüdrofoobsete aromaatsete aminohappejääkide (Phe) kõrvalt Kümotrüpsiin Substraadi polüpeptiidahel seostub vao kujulisse
4. ribosüümid RNA-ensüümid 5. mikro-RNAd posttranskriptsiooniline geenide aktiivsuse regulatsioon Escheria coli soolekepike Saccharomyces cerevisiae pagaripärm Schizosaccharomyces pombe poolduv pärm Caenorhabditis elegans ümaruss Drosophila melanogaster äädikakärbes Danio rerio sebrakala Geen DNA järjestuse lõik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd Histoon väga konserveerunud aluseline valk DNA ja RNA erinevused: · desoksüriboos, riboos · tümiin, uratsiil · kaheahelaline, üksikahelaline · RNA omab katalüütilist funktsiooni Transkriptsioon ehk RNA süntees. Splaising RNA modifikatsioon pärast transkriptsiooni, kus intronid eemaldatakse ja eksonid liidetakse. Toimub eukarüood mRNAs enne kui ta saab translatsiooniga toota korrektse valgu. Ribosoom valgutehas, mis sisaldab rRNAd ja ribosoomi valke. rRNA sünteesitakse tuumakeses,
nukleotiidi ulatuses paardunud. Süntees toimub matriitsahelalt, komplementaarselt. Terminatsioon - RNA polümeraas II poolt sünteesitud primaarsete transkriptide 3´-otsad lõigatakse spetsiifiliste endonukleaaside abil lühemaks. Transkriptsiooni termineerumine toimub neist lõikekohtadest (lõikesaitidest) 1000 – 2000 nukleotiidi allpool, kusjuures kindlat termineerumiskohta ei ole. Enamasti jääb lõikesait 11-30 nukleotiidi allapoole konserveerunud järjestusest AAUAAA. Pärast lõikust lisab ensüüm polü(A) polümeraas RNA molekuli 3´-otsa polü-A saba, mis koosneb kuni 200-st adenosiinmonofosfaadist. Polü-A sabad suurendavad mRNA molekulide stabiilsust ja neil on ka oluline roll RNA transpordil tuumast tsütoplasmasse. Polümeraasid I ja IIItunnevad ära kindlaid terminatsioonisignaale. Polümeraas I lõpetab transkriptsiooni, kui saab signaali 18 nukleotiidi pikkuselt järjestuselt, kuhu on
molekule U1-U6 (U3 asub tuumakeses) ja üle 40 erineva valgu. snRNA-d ei ole tumas vabalt, vaid kuuluvad väikestesse RNA-valk kompleksidesse, mida nimetatakse snRNP-deks (small nuclear ribonucleoproteins). Splaissing toimub etapiviisiliselt. Esmalt katkestatakse fosfodiesterside introni 5´-splaissingu saidis introni GU järjestusest 5´-suunas. Protsessis osaleb kogu splaissosoom. Splaissingu saiti seondub otseselt U1 snRNP. Fosfodiesterside moodustub introni 5´-otsa ja konserveerunud A nukleotiidi vahel introni 3´-otsa lähedal. Seejärel seondub U2 snRNP introni splaissingu 3´-saiti, kus konserveerunud A nukleotiid on ühenduses introni 5´-otsaga (selliseid struktuure nimetatakse lariaatideks). Kompleksile lisanduvad ka teised snRNP-d, et moodustuks täielik splaissosoom ning seejärel lõigatakse intron 3´- splaissingusaidist välja (fosfodiestersideme lõhkumine) ja eksonite vahel moodustub fosfodiesterside. 51. Post-transkriptsioonilise regulatsioon tsütoplasmas
CbpM-ga CbpB - - - Paindunu 33 kDa monomeer d DNA H-NS (inglise keeles histone-like nucleoid-structuring) on mittespetsiifiline transkriptsiooni repressor. H-NS-i homoloogid (sarnase funktsiooniga, järjestus pole sarnane) ja ortoloogid (järjestu-selt sarnased, sama funktsioon) on väga levinud bakterite hulgas. Tõenäoliselt ongi konserveerunud funktsioon siduda DNA-d valguliste sildade abil, mitte aminohappeline järjestus. H-NS seondub superspiraliseeritud DNA-le, tal pole väga tugevalt konserveerunud DNA järjestust, millega valk seonduks. Eelistab AT-rikast järjestust. Aminohappelise sarnasuse tõttu võib moodustada StpA-ga või teiste sarnaste valkudega 18 (plasmiidilt kodeeritud Sfh) heterodimeere. StpA-l on H-NS-le sarnane funktsioon rakus
1. lugemisraami puhul saab kodeerida aminohappeid: ACC AUC UCG AGA vastavalt treoniin, isoleutsiin, seriin, arginiin. 2. lugemisraam (raami nihe ühe aluse võrra) CCA UCU CGA GAG vastavalt proliin, seriin, arginiin, glutamaat. 3. lugemisraam (raami nihe kahe aluse võrra) CAU CUC GAG AGU vastavalt histidiin, leutsiin, glutamaat, seriin. 6. tRNA nukleotiidid on nummerdatud ühtse nomenklatuuri alusel, esimene nukleotiid on 5' otsas, antikoodoni moodustavad nukleotiidid 34, 35, 36 ja 3' otsa konserveerunud järjestus CCA kannab numbreid 74-76 olenemata sellest mitu nukleotiidi konkreetses tRNA molekulis on, sinna seotakse estersidemega aminohape . Joonis vaata loeng 15, slaid 42. Aminohapped seostuvad tRNA molekuli 3` OH otsa estersidemega, mis moodustub aminohappe karboksüülrühma ja tRNA terminaalse riboosi 3` OH vahel. tRNA sekundaarstruktuuri moodustavad 4 kaksikahelalist osa (õlga) ja 4 üksikahelalist piirkonda (3 lingu e.
kõik vajalik alustamaks uut tsüklit. 24. Kuidas uuritakse rakutsüklit? Voolutsütomeeria kasutamisega 25. Mille tagavad rakutsükli kontrollpunktid? Selle, et järgmine faas ei alga enne, kui eelmine pole lõppenud. 26. Tsükliinide omadused · Vajalikud CDKde aktiveerimiseks · Väiksed valgud · Annavad CDK-tsükliin kompleksile spetsiifilisuse substraadi suhtes 27. Tsükliinidest sõltuvate kinaaside omadused · Kõrgelt konserveerunud aminohappeline järjestus · Esineb T-ling · Erinevad CDKd tagavad erinevate rakutsükli faaside läbimise · N-terminaalses otsas piirkond ATP sidumiseks 28. Miks on CDK-1, CDK-2, CDK-4 ja -6 olulised? Tagavad erinevate rakutsükli faaside läbiviimise: · CDK-1 G2-st M-i · CDK-2 S-st G2-e · CDK-4 ja -6 G1-st S-i 29. Kuidas klassifitseeritakse tsükliine ja milleks on need vajalikud?
Näiteks ilvGDMEA kodeerib isoleutsiini, valiini ja leutsiini biosünteesi ning sel juhul on liiderpeptiidi kodeerivas järjestuses kontrollkoodoniteks Ile, Val ja Leu. Aminoatsüül tRNA süntetaasid Aminohapete nälja korral tõuseb rakkudes aminoatsüül tRNA süntetaaside hulk. See võimaldab efektiivsemalt kasutada veel olemasolevaid aminohapete ressursse enne, kui vastavad biosünteesirajad on uuesti tööle lülitatud. Süntetaaside geenidel on konserveerunud sekundaarstruktuuridega liiderjärjestus, mis sisaldab ka potentsiaalset transkriptsiooni terminaatorjärjestust. Terminaatorjärjestuse destabiliseerib vastava tRNA antikoodonjärjestuse ja süntetaasi geeni mRNA liiderjärjestuses asuva koodonjärjestuse interaktsioon. Erinevate tRNA süntetaaside liiderjärjestused sisaldavad erinevaid koodonjärjestusi sõltuvalt sellest, millise tRNA süntetaasiga on tegemist. Kui teatavat aminohapet on rakus vähe, on enamus sellele aminohappele
rahul), oli Egiptuse 18. dünastia vaarao. Ta valitses 17 aastat ja suri aastal 1336 või 1334 eKr. Peamiselt on ta tuntud Egiptuse traditsioonilise usundi hülgamise ja Atoni kultuse kehtestamise poolest.Oma valitsusaja alguses abiellus Amenhotep IV Nofretetega ning neil oli kuus tütart. Samuti arvatakse, et hilisemad vaaraod Tutanhamon ja Semenhkare olid Ehnatoni teiste naistega saadud pojad. Muumia Muumia on konserveerunud surnukeha. Sõna pärineb ilmselt pärsiakeelsest asfalti või bituumenit tähistavast sõnast mmuiya. Sõnatüvi mm tähendab vaha. Surnukehad on säilinud kas konserveerimise tõttu (palsameerimine) või on nad konserveerunud tänu erilisele keskkonnale (kuivamine kuumas liivas või kõrgmäestikus, äkiline külmumine või sohu uppumine).Surnukehad palsameeritakse peamiselt rituaalsetel eesmärkidel, kuid mitte ainult. Vanas Egiptuses oli laialt levinud
pikkust, millest võrdsed või pikemad kontiigid katavad 50% kogu genoomsest järjestusest. Seega laialdasemalt kasutusel olevad meetrikud hindavad koostuid kontiigide suuruse, mitte kontiigide kvaliteedi ja täpsuse alusel, mis kajastaksid paremini koostu väärtust. Ebaõnnestunud koostute hulka kuulub esialgne mantellooma genoom. Hilisem koostu laiendas N50 väärtust kümnekordselt ja paljastas konserveerunud geene, mida varasemas koostus esindatud polnud. Sama selgus kana genoomse koostu uurimisel. Vajalik on võrrelda erinevaid programme samade andmete alusel. Iga uue programmi kirjeldamisel, jooksutatakse seda kasutades konkreetseid andmeid ehk omavahel on keeruline programme võrrelda, kui igaüks jooksutab erineva andmete alusel. Assemblathon 1 ja 2, GAGE (Genome Assembly Gold- standard Evaluations) ja dnGASP (de novo Genome Assembly Assesment Project) on projektid, mille
funktsioon erinev ja ortoloogideks. Tuleb teha vahet DNA homoloogia geeni homoloogia vahel. Tüüpiline paraloogsete geenide näide on pseudogeenid, mis moodustavad suure osa hulkraksete genoomidest. Geenide võrdlemisel on oluline osa mitte kogu järjestuse globaalsel homoloogial vaid lõikude leidmisel, mis on suure homoloogiaga. Eriti olulised on sellised kõrge homoloogiaga lõigud valgu geenide võrdlemisel. Valkudes on järjestuse motiivid, perekondade piires konserveerunud järjestuse elemendid, mis sageli koosnevad lühikestest lõikudest, aga need lõigud peavad olema kindals järjestuses. Näiteks DEAD motiiv on omane RNA (ja vahel ka DNA helikaasidele). Järjestuse võrdlemise alusel on võimalik tundmatu funktsiooniga geenile ennustada tema produkti võimalikku funktsiooni. Siit tuleneb pööratud geneetika. Tavaline geneetika otsib mutatsioone funktsiooni muutuse kaudu, siis pööratrud geneetika otsib funktsiooni muutust järjestuse muutmise tulemusel
on äratuntav translatsiooni initsiatsioonil osalevate valkude poolt, samuti kaitseb see mRNA-d degradatsiooni eest. RNA polümeraas II poolt sünteesitud primaarsete transkriptide 3´-otsad lõigatakse spetsiifiliste endonukleaaside abil lühemaks. Transkriptsiooni termineerumine toimub neist lõikekohtadest (lõikesaitidest) 1000 2000 nukleotiidi allpool, kusjuures kindlat termineerumiskohta ei ole. Enamasti jääb lõikesait 11-30 nukleotiidi allapoole konserveerunud järjestusest AAUAAA. Pärast lõikust lisab ensüüm polü(A) polümeraas RNA molekuli 3´-otsa polü-A saba, mis koosneb kuni 200-st adenosiinmonofosfaadist. Polü-A sabad suurendavad mRNA molekulide stabiilsust ja neil on ka oluline roll RNA transpordil tuumast tsütoplasmasse. 60)Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon.
III subühikutega. Arhede RNA polümeraas ei seostu E. coli promootoritele. RNA polümeraasi seondumiseks promootorile ja transkriptsiooni initsiatsiooniks on alati vajalikud lisafaktorid. Osa transkriptsioonifaktoreid (TF) on homoloogsed eukarüootsete basaalsete TF-dega (TBP, TFIIB). Arhede promootorite konsensusjärjestused on leitud 80 geeni põhjal. TTTA(A/T)T boxA, positsioonides -32 kuni -25 = euk. TATA box väga tugevalt konserveerunud (A/T)TG(A/C) boxB, kattub transkriptsiooni stardisaidiga Eubakterite RNA polümeraas, suurusega 480 kDa, koosneb viiest subühikust. 2ßß` - apoensüüm - koosneb neljast subühikust ja on võimeline katalüüsima RNA sünteesi. Apoensüümi subühikud on erinevates organismides struktuurselt lähedased. - apoensüümi assambleerumine (N-terminus) ja interaktsioon TF-dega või promootori UP- elemendiga (C-terminus) ß - katalüüsib RNA sünteesi
Geenid jagatakse järjestuse ja funktsiooni alusel: homoloogilised – sarnane järjestus ja funktsioon paralood – sarnane järjestus, erinev funktsioon nt pseudogeenid ortoloog – geenid kahest eri liigist, mis pärinevad ühest geenist nende liikide viimases ühises eellases. Geenide võrdlemisel on oluline leida lõigud, mis on suure homoloogiaga (mitte üldpilt). Eriti oluline valgu geenide võrdlemisel. Valkudes on järjestuse motiivid, perekondade piires konserveerunud järjestuse elemendid, mis koosnevad lühikestest lõikudest, aga need lõigud peavad olema kindlas järjestuses. Pööratud geneetika – järjestuse võrdlemise alusel on võimalik tundmatu funktsiooniga geenile ennustada tema produkti võimalikku funktsiooni. Otsib 4 funktsiooni muutust järjestuse muutmise tulemusel ja funktsioone olemasolevatele järjestustele Tavaline geneetika – otsib mutatsioone funktsiooni muutuste kaudu.
elongatsioon. Eukarüoodi transkriptsiooni initsiatsioon: Eukarüootide promootor on tavliselt 50 aluspaari ülavoolu transkriptisooni intsiatsiooni saidist. Koosneb see basaalsest transkriptsiooni-kompleksist ja RNA-polümeraas II-st. Edasine transkriptsiooni regulatsioon on teostatud ülavoolu kontrollielementidega, tavaliselt asuvad nad umbes 200 aluspaari ülavoolu initsiatssiooni saidist. Promootorjärjestus sisaldab vahel TATA-box'i kõrgelt konserveerunud DNA äratundmisjärjestus TATA-box-seonduvatele valkudele (TATA box binding protein), milledee sidumine initsieerib transkriptsioonikompleksi kokkupanekut promootorile. Mõned geenid omavad ka nn ,,võimendavaid" (enhancer) elemente, mis võivad asuda tuhandeid aluspaare üla- või alavoolu initsiatsiooni saidist. Kombinatsioon nendest ülavoolu kontrollielementidest ja enhanceritest reguleerib ja võimendab basaalse transkriptsioonikompleksi formeerumist
MPF ise aga laguneb metafaasi- anafaasi jooksul. MPF laguneb seetõttu, et ta käivitab proteolüütilise aktiivsuse, mis teda ennast lagundab. MPF-i lagunemine on vajalik, et rakk saaks mitoosist väljuda. MPF-i toimet saab demonstreerida katse abil, kus M-faasis oleva raku ekstrakti süstida ükskõik millises faasis olevasse rakku. See käivitab antud rakus mitoosile iseloomulikud sündmused (kromatiini kondensatsioon, tuumaümbrise lagunemine). MPF on evolutsiooniliselt konserveerunud - näit. kannuskonna (Xenopus laevis) MPF toimib ka imetajate rakkudele. MPF kirjeldati esimesena Xenopus'e viljastamata munarakkudest, mis on arreteeritud M-faasis. Kui nende ekstrakt süstiti ootsüütidesse, siis see põhjustab ootsüütide küpsemise (sisenemise M-faasi). Sarnane mehanism toimib ka G1-faasis, kus G1-tsükliinist ja CDK-st moodustub kompleks, mis initsieerib DNA replikatsiooni. Sellise DNA sünteesi intitsieeriva aktiivsuse olemasolu
ADME- Absorptsioon, jaotumine, metabolism, väljutamine (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion) See, kui efektiivselt aine biolooglisedbarjäärid läbib, nimetatakse biosaadavuseks.Aine biosaadavus sõltub mitmetest selle aine omadustest: ·Hüdrofiilsus, hüdrofoobsus, lipofiilsus ·Aine ioniseerumisvõime(kas aine esineb ioonina või mitte) ·Molekulkaal Lõpuks taandub aine liikumine organismis tema võimele läbida bioloogilisi membraane, mille ehitus on suhteliselt konserveerunud nii prokarüootseteskui eukarüootsetesorganismides Ainete liikumine läbi membraani võib toimuda kas: 1. Lihtsa difusiooni teel sellisel juhul peavad ained olema võimelised vabalt membraani läbima ning oluline on aine lipofiilsusehk rasvlahustuvus 2. Passiivse difusiooni teel selliselt liiguvad kontsentratsioonigradiendi suunas väikesed molekulid, mis laengut ei oma. Selle, kas molekulide on või ei ole laengut, määrab keskkonna pH 3
Kromatiin koosneb peamiselt DNAst ja valkudest, mis jagunevad kaheks histoonid ja mittehistoonsed kromosoomivalgud. Histoonidel põhiline kromosoomi struktuuri kujundav roll. DNAga spetsiifiliselt komplekseerunud histoonid moodustavad nukleosoomi, mille ümber DNA keerdub. 47. Mis funktsioon on eukarüootsetes kromosoomides tsentromeeridel ja telomeeridel? Tsentromeerid on olulised jaotumise seisukohalt; nendes on konserveerunud teatud nukleotiidne järjestus. Sama raku kromosoomidel on täpselt ühesugune tsentromeeri järjestus; seega ei mõjuta ühe kromosoomi CEN regiooni asendamine teise omaga rakkude normaalset jagunemist. (+ tsentromeeri piirkonnale seonduvad mitoosi kääviniidid, mis aitavad kromosoome anafaasis raku erinevatele poolustele edasi vedada.) Telomeerid paiknevad kromosoomi otstes ja on eeskätt olulised geneetilise info kaitsmiseks. 1) Kaitsevad DNA otsa
TBP valkudel nii pikkuselt kui järjestuselt väga varieeruv. Sellel on oluline roll RNAPolII-katalüüsitud snRNAde geenide transkriptsioonis. TBP monomeer pakkub moodustades sadul-struktuuri, kus molekuli 2 poolt omavad diaadset (polaarset, kaheli) sümmeetriat, ent pole identsed. Nagu HMGI ja teised DNAd-painutavad valgud, interakteerub TBP DNA väikese vaoga, painutades tugevasti kaksikheeliksit. DNAd-siduv valgu pind on TBP puhul konserveerunud kõigis eukarüootides, mis selgitab ka TATAbox promootorelemendi kõrget konserveerumist läbi evolutsiooni. 11. Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse(vahetult) TBPga? Jah, Kui TBP istub TATAboxil, siis saab TFIIB seonduda. TFIIB on monomeerne valk, mis on natuke väiksem TBPst. TFIIB C-terminaalne ots interakteerub kahel pool TATAboxi TBP ja DNAga, samas kui tema N- terminaalne ots stabiliseerib tekkinud interaktsiooni laiudes START-saidi poole
histooni H1, 2 DNA täispööret 4) nukleosoomi oktameeri ümber 166 nukleotiidi paari 86. Eukarüoodi kromosoomi pakkimise kolm taset. 1) nukleosoom, 2) voltumine ja superspiralisatsioon (10nm diameetriga nukleotiidne kiud superspiraliseerub 30-nm diameetriga solenoidstruktuuriks) 3) metafaasne kromosoom scaffold (mittehistoonsed kromosoomivalgud moodustavad kesktoe, umbritsetud DNA-st). 87. Tsentromeerid ja telomeerid. DNA konserveerunud järjestused. Tsentromeer on keeruline polüfunktsionaalne kromosoomipiirkond, mis koosneb erinevatest kordus-DNA järjestustest, millega assotseeruvad tsentromeerivalgud. Tsentromeer vahendab kromosoomide kinnitumist mitootilise või meiootilise käävi külge, osaleb kromosoomide liikumises poolustele ja hoiab koos tütarkromatiide. Kõige lihtsam ja mõneti erandlik on pagaripärmi (Saccharomyces cerevisiae) tsentromeer. Tsentromeeri piirkonna DNA järjestus on ainult 220 bp
5. Promootorite regulatoorsed elemendid. cis- ja trans-elemendid. Eukarüoodi valku- kodeerivate geenide ekspressiooni regulatsioonis osalevad mitmed cis-aktiivsusega transkriptsiooni regulaatoralad. TATA box on üks kolmest eukarüoodi DNAs leitud promootorjärjestusest, see on kõige sagedasem, mis esineb tavaliselt kõrge transkriptsioonitasemega geenide promootorites, initsiaator enamikul neist on C positsioonis -1 ja A positsioonis +1, erinevalt TATAst pole konserveerunud, CpG saarekesed. TATAboxi või initsiaatorjärjestust sisaldavate geenide transkriptsioon algab vastavalt elemendilt, CpG saarekeste puhul aga 20-200bp ulatuses mitmelt võimalikult elemendilt. Enamikul neist geenidest on ca 100bp kaugusel start-saidist 20-50bp pikkune GC-jada. Proksimaalne promootor. Regulaatorelemendid, mis asuvad 100-200bp start-saidist, moodustavad koos TATAboxi või initsiaatoriga promootori proksimaalsete elementide kogumi ehk proksimaalse promootori. Distaalne promootor
a. spermarakkudes, kus nad on asendatud protamiinidega, mis on samuti aluselised valgud. Eritüüpi histoone on kromatiinis kindel hulk, mis on väljendatav molaarse suhtena 1 H1: 2 Ha: 2 H2b: 2 H3: 2H4. Histoonid on DNA-ga spetsiifiliselt komplekseerunud, moodustades kromatiinist struktuurseid alaüksusi, mida nimetatakse nukleosoomideks. Üks nukleosoom on läbimõõduga 11 nm ning 6 nm kõrgune struktuur. Histoonid on fülogeneetiliselt väga tugevalt konserveerunud. Kromosoom koosneb ühest pikast DNA molekulist Veenvaid tõendeid selle kohta, et kromosoomi moodustab algusest lõpuni üks DNA molekul ("unineemi mudel"), saadi lambiharjakromosoomide tsütoloogilistel uuringutel. Lambiharjakromosoomid on mikroskoopiliselt jälgitavad amfiibide oogeneesis, I profaasi vältel. Sel ajal on need kromosoomid kuni 800 µm pikkused. Homoloogilised kromosoomid on siis paardunud, olles eelnevalt duplitseerunud, mistõttu nad koosnevad kahest tütarkromatiidist
a. spermarakkudes, kus nad on asendatud protamiinidega, mis on samuti aluselised valgud. Eritüüpi histoone on kromatiinis kindel hulk, mis on väljendatav molaarse suhtena 1 H1: 2 Ha: 2 H2b: 2 H3: 2H4. Histoonid on DNA-ga spetsiifiliselt komplekseerunud, moodustades kromatiinist struktuurseid alaüksusi, mida nimetatakse nukleosoomideks. Üks nukleosoom on läbimõõduga 11 nm ning 6 nm kõrgune struktuur. Histoonid on fülogeneetiliselt väga tugevalt konserveerunud. Kromosoom koosneb ühest pikast DNA molekulist Veenvaid tõendeid selle kohta, et kromosoomi moodustab algusest lõpuni üks DNA molekul ("unineemi mudel"), saadi lambiharjakromosoomide tsütoloogilistel uuringutel. Lambiharjakromosoomid on mikroskoopiliselt jälgitavad amfiibide oogeneesis, I profaasi vältel. Sel ajal on need kromosoomid kuni 800 µm pikkused. Homoloogilised kromosoomid on siis paardunud, olles eelnevalt duplitseerunud, mistõttu nad koosnevad kahest tütarkromatiidist
Number of HSP's gapped: 13724 Number of HSP's successfully gapped: 117 Length of query: 699 Length of database: 811773583 Length adjustment: 134 Effective length of query: 565 Effective length of database: 811773583 Effective search space: 458652074395 Effective search space used: 288253772985 T: 11 A: 40 X1: 16 (7.4 bits) X2: 38 (14.6 bits) X3: 64 (24.7 bits) S1: 41 (20.4 bits) S2: 79 (35.0 bits) b. Uurida leitud oletatavaid konserveerunud domeene, millistes vahemikes asetsevad? Mis piirkond on märgitud umbes 500 aminohappe juures? Millised on tõenäoliselt uuritavad valgud ja miks? VASTUS: Konserveerunud domeenid 500 aminohape juures on valgu piirkond mis, ei sarnane mitte ühtegi valguga. Uuritavad valgud on TIM, Triosephosphate isomerase, CDP-diacylglycerol pyrophosphatase, TpiA, Triosephosphate isomerase, selle pärast, et nendel on kõige suurem skoor. c
kudedes/organites erinevad, muutuvad arengu käigus. Osalevad rakkude moodustumisel kudedeks ja eri kujuga organiteks. Kadheriinid seovad rakke homofiilselt, kaltsiumi kaudu; rakusisese signaliseerimine seondumisel. Olulised rakutüüpide segregeerumisel arengus. Integriinid seovad rakke tsütoskeletti rakuvaheainega. Nad on heterodimeerid. Tsütoskeleti muutused - olulised organite kuju moodustumisel ja rakkude migratsioonil. Arengu põhimehhanismid on loomariigis (k.a. selgrootud) väga konserveerunud. Arenguprogrammi määravad eelkõige geenide mittekodeerivad, regulatoorsed osad. Positsiooniline informatsioon: rakkude arenguline staatus on määratud ka nende paiknemisega loote või selle osade teljel. Looted on oluliselt segmenteerunud(metameersed). Keha segmentatsioon koosneb järjestikustest korduvatest samalaadsetest üksusest, imetajate keha on ka suuremas osas segmenteeritud. Embrüo igal segmendil on oma positsiooniline väärtus kehateljel. Tema rakud on determineeritud.
seega ei ole genoomne RNA virionides tihedalt pakitud ja on võimalik , et kapsiidi struktuuri stabiliseerimises osalevad ka RNA interaktsioonid virioni valkudega. Picornaviiruse genoom Genoomne ssRNA on 7.2-8.5 kb pikkune. Genoomi 5’ otsas asub VPg (22-24AH jääki) mis seondub RNA 5’ otsaga Tyr jäägi kaudu . genoomi 5’- terminaalne järjestus on alati VPg- pUpUpA. Genoomi 3’ otsas asub polüA pikkusega 35-100 b. Picornaviiruste genoomi mittekodeerivad alad on väga konserveerunud ja funktsionaalselt väga tähtsad: 5’-NTR on pikk (624-1199b). Polioviiruse RNA: esimesed 88 b moodustavad “ristikheinalehe” laadse sekundaarstruktuuri ; sellele järgneb IRES struktuur (internal ribosomal entery site) pikkusega ca 400b; IRES elemendile järgneb veel 154 b pikkune mitte transleeritav ala. 3-NTR on suhteliselt lühike (14 -126 b) ja on arvatavasti oluline replikatsiooniks. Polioviiruse 3’.NTR moodustab topelt stem loop struktuuri. Polioviiruse kodeeritud valgud
kasvuhormooni vabastavad faktorid, insuliin, koletsüstokiniin Transmitter-gaasid (üliväikesed ja lahustuvad, sünteesitakse kohapeal ja ei ladustata, lühike eluiga, difundeeruvad): NO – lämmastikoksiid, aitab ka baktereid tappa CO – süsinik mono-oksiid Loeng 2 Evolutsioonilise arengu põhimõtteid ja evolutsiooni tingivaid tegureid Liikidevahelises võrdluses embrüonaalne areng on rohkem konserveerunud, enam omavahelisi sarnasusi. Evolutsioonilises arengus on aju suhteline suurus kasvanud, sellega kaasneb tavaliselt sotsiaalne ja/või toiduhankimise keerukuse suurenemine. Aju suhtelise suuruse kasvuga kaasneb ka keha suuruse kasv. Aju kasvu suurenedes muutub see modulaarsemaks nii struktuurilt kui funktsioonilt. Aju suurenemine evolutsioonis → pikenenud kasvamise periood, kuid erinevate ajuosade arenguline järjekord on konserveerunud (“läte equals large”).
Positiivne kontroll- splaissingu valgud ei suuda eraldada kindlat intronit ilma aktivaatorvalguabita RNA toimetamine A-st l-ks-adeniini desaineerimine inosiiniks (aDAR ensüüm) C-st U-ks tsütosiiini deamineerimine uratsiiliks mRNA transport tuumast tsütoplasmasse on rakus rangelt reguleeritud. * Kontroll translatsiooni tasemel sh Shine-Dalgarno järjestus, translatsiooni alustamise kaks mehhanismi (nt rakkudes ja viirustes) Bakterites kontrollib mRNA translatsiooni konserveerunud nukleotiidne järjestus (Shine-Dalgarno järjestus), mis asub alustava AUG koodoni ees 1. Cap-dependent mechanism- Rakkudes algab translatsioon mRNA 5´-otsast AUG koodonist Cap ja polüA saba stimuleerivad komplekti initsiatsiooni faktorite seondumist. 2. IRES-dependent mechanism- Viiruste puhul algab translatsioon tihti mRNA 5´- otsast kaugel, kus asub sisemine ribosoomi sisenemise koht (ingl.k. internal ribosome entry site, IRES), spetsiifiline RNA järjestus
Arhede viburivalgud on ka glükosüülitud. · Küll aga paneb ka arhe viburi tööle ioongradient. · Oletatakse, et arhe vibur ei kasva mitte tipust, vaid alusest, nagu tüüp IV piilgi. · Mingit kanalit, mille kaudu saaks monomeere tippu transportida, ei ole leitud ei seda tüüpi piilil ega arhede viburitel. · Arhe vibur on ehituselt sarnane tüüp IV piilile Arhede histoonid · Eukarüootidel on DNA pakitud ümber aluseliste konserveerunud järjestusega valkude - histoonide, moodustades nukleosoome (pildil nukleosoomidega DNA). Nukleosoomide vahele jäävad pakkumata DNA alad. · Histoonid on leitud eurüarhedel. Esmalt leiti need Thermoplasma acidophilumil ja näidati, et in vitro võivad nad seostuda DNAga, moodustades nukleosoomitaolisi struktuure. · Samas bakteris nähti elektronmikroskoobiga nukleosoomidega DNAd.
sisseülitamine on kontrollitud nende valkude (CDK) poolt. (Teine subühik tsükliinist sõltuv kinnaas). CDK-d teostavad mitmesuguste rakutsüklis osalevate valkude (DNA replikatsiooni valgud, mitoosiprotsessis osalevad valgud jne) fosforüülimist aktiveerides/inaktiveerides vastavad valgud. Nt CDK1 ja CDK2, CDK4, CDK6. Nimetage tsükliinidest sõltuvate kinaaside omadusi, nimetage vähemalt kolm viisi nende aktiivsuse regulatsiooniks. - Aminohappeline järjestus kõrgelt konserveerunud. - N-terminaalsesotsas piirkond ATP sidumiseks. - PSTAIRE regioon tsükliini sidumiseks. - Katalüütilise tsentri aminohapped laiali üle kogu ahela ja satuvad kõrvuti tertsiaarstruktuuri moodustumisel - Esineb nn. T-ling, aminohappeline järjestus, mis võib katta katalüütilise tsentri. - CDK aktiivsus lisaks tsükliinidele on reguleeritud kinaaside, fosfataaside ja spetsiifiliste inhibiitorite (CKI) poolt.
. Tsükliine on 2 põhilist klassi: mitootilised tsükliinid , mis seostuvad CDK-dega G2- faasis ja mis on vajalikud rakkudes M-faasi käivitamiseks, ning G1-tsükliinid, mis seostuvad CDK-dega G1-faasis ja on vajalikud S-faasi käivitamiseks. 3.)Nimetage tsükliinidest sõltuvate kinaaside omadusi, nimetage vähemalt kolm viisi nende aktiivsuse regulatsiooniks. Tsükliinidest sõltuvate kinaaside (CDK) omadused: aminohappeline järjestus kõrgelt konserveerunud N terminaalses otsas piirkond ATP sidumiseks PSTAIRE regioon tsükliini sidumiseks Katalüütilise tsentri aminohapped laiali üle kogu ahela ja satuvad kõrvuti tertsiaarstruktuuri moodustumisel Esineb nn. T ling, aminohappeline järjestus, mis võib katta katalüütilise tsentri. Katalüütiline tsentrum on avatud kui Thr 161 on fosforüülitud, mis toimub pärast seostumist tsükliiniga
annaabi.ee 
