Geeniperekonnad (0)

Geeniperekonnad
Klassifikatsioon geeniperekondadesse toimub DNA järjestuse homoloogia alusel: *Paljud polüpeptiidide ja ka mittekodeeriva RNA geenid koonduvad DNA järjestusel põhinevatesse geeniperekondadesse, mis omavad suurt perekonnasisest järjestushomoloogiat. Paljud perekonna liikmed võivad olla mittefunktsionaalsed s.t. pseudogeenid ja geenide fragmendid . *Klassikalised geeniperekonnad on järjestuselt väga sarnased ja tekkinud peamiselt duplikatsioonide tagajärjel ( histoonid , globiinid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud domäänide osas (transkriptsioonifaktorid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud lõikude osas (sarnaseid lõhikesi motiive omavad geeniproduktid)(DEAD box, WD kordus). *Mõned evolutsiooniliselt kauged geeniperekonnad liigitatakse superperekondadesse (produktid strukturaalselt ja/või funktsionaalselt kaudselt seotud, nt. immuunglobuliinide ja G-valkudega seotud retseptorite superperekond)
Geeniperekondade organisatsioon genoomis : *Geeniperekondi jaotatakse ka klasterdumise järgi. Klastritest väljaspool asuvaid perekonna liikmeid nimetatakse orb geenideks (orphan gene). *Enamik klasterdatud geene on tekkinud tandeemsete duplikatsioonide tagajärjel. *Eristatakse geeniperekondi, mis esinevad genoomis: 1) ühe klastrina, 2)mitmete klastritena, 3)paiknevad hajutatult.
1)Ühe klastrina esinevad: *Tandeemse organisatsiooni puhul on geenid seotud nii funktsiooni kui ka järjestuse kaudu (peamiselt RNA geenid). *Klasterdumise puhul ei paikne geenid tandeemsete kordustena vaid on sageli reguleeritud ühe lookuskontrolli regiooni kaudu (locus controll region). Geenid on klastris lähedaselt seotud funktsiooni ja homoloogia kaudu, esineb ka arvuliselt pseudogeene. *Liitklastrites (compound clusters) paiknevad geeniperekonnad on füüsiliselt vähem seotud ning seal esineb ka eelmistega mitteseotud järjestusi (nt. HLA kompleksis 6p21.3 asuvad lisaks HLA ja komplemendi geenidele ka näiteks steroid 21-hüdroksülaasi geeniperekond
2)Mitmete klastritena: *Harvadel juhtudel paiknevad klasterdatud geeniperekonnad hiljutise duplikatsiooni tulemina ühes kromosoomis (SMN1ja SMN2). Reeglina on homoloogia kõrgem klastrite sees kui klastrite vahel.
3) Hajutatud geeniperekonnad: *Eri asukohtades olevad geenid on tavaliselt divergeerunud (lahknenud) järjestustega. *Nad võivad olla pärit, kas erinevatest genoomidest (mitokondriaalses s.t. bakteriaalses genoomis esinevate geenide ülekanne nukleaarsesse). *Vanadest geeni või genoomi duplitseerumistest (PAX geenid). Homoloogia vaid teatud domäänide piires. *Retrotranspositsiooni tagajärjed (paljud mittefunktsionaalsed pseudogeenid)