polümeraas, ATP RNA-polümeraas, ATP KOMPLEMENTAAR G-C; C-G; A-T; T-A G-C; C-G; A-U; T-A SUS KÄIK Alguspunkte(replikone) on Promootoriga seostab palju, kiirus 3-4k nukleotiidi polümeraas. Terminaator min. lõpetab. TULEMUS 2 terviklikku DNA molek., Tekib 3 eri vormi RNA-d: kuna replitseeruvad tRNA, mRNA, rRNA mõlemad ahelad ERINEVUSED Matriitsiks terve molek. Matriitsiks lõik DNA-st. Tekib 1 molekulide vorm. Tekib 3 eritüüpi molek. Replitseeruvad mõlemad Transkirbeerub ühe ahela ahelad. lõik.
Nitrifikatsioon - protsess mille tulemusena tekib nitraat. Denitrifikatsioon - tulemusena tekivad gaasilised produktid NO, N2O ja N2. Toksiin - mürgine aine mille tekitab enamik patogeenseid baktereid. Kemolitroof-saavad energiat anorgaaniliste ühendite oksüdatsioonist ja kasutavad süsihappegaasi. Kemoorganotroof - heterotroofsed bakterid, mis saavad energiat orgaaniliste ühendite oksüdatsioonist. Plasmiid täiendavad DNA rõngasmolekulid, need replitseeruvad bakterikromosoomist sõltumatult ja neid on tavaliselt mitu. Koloonia kunstlikult söötmel paljunevad bakterid moodustavad silmaga nähtavaid kolooniaid. Heterotroof saavad energiat orgaaniliste ühendite oksüdatsioonist. Autodroofid kasutavad süsinikuallikana CO2. antibiootikum ained mis üliväikestes kogustes pärsivad teiste bakterite kasvu, takistades nende valgusünteesi, rakukesta sünteesi, dna replikatsiooni või transkriptsiooni
vesinik, metaan) võib saada elektrilaengu toimel aminohappeid. Ning 1960. aastal viis teine Ameerika teadlane, Sidney Fox, läbi katse, kus ta kuumutas aminohappeid laavatükil ja tulemuseks olid polüaminohapped, mis kokkupuutel veega moodustasid kerajaid struktuure nn. mikrokerasid. Mikrokerad sarnanevad mõnede väljasurnud bakteritega. Arvatakse, et elu tekkis algselt vesikeskkonnas. Esimesed isepaljunevad ehk replitseeruvad molekulid olid RNA-molekulid. Isereplitseerumise võime oli elu tekkimise võtmeküsimus. Esimesed tekkinud rakud olid anaeroobsed, sest keskkonnas puudus vaba hapnik. Ilmselt olid nad termofiilsed ehk soojalembelised ja võimelised teatud ainevahetuseks nagu käärimine. 3,5 miljardi aasta vanused kivimid sisaldavad taolisi bakterite kolooniaid. Ainuraksed loomad ilmusid umbes 1,5 miljardit ja seened umbes 900 miljonit aastat tagasi.
polümeraas, ATP RNA-polümeraas, ATP KOMPLEMN- G-C, C-G, A-T, T-A G-C, C-G, A-U, T-A TAARSUS REPLIKATSIOON TRANSKRIPTSIOON KÄIK Alguspunkte Promootoriga seostub (replikone) on palju, polümeraas. Terminaator kiirus 3-4 tuhat lõpetab nukleotiidi minutis TULEMUS 2 terviklikku DNA Tekib 3 eri vormi RNA-d: molekuli, kuna tRNA, mRNA, rRNA replitseeruvad mõlemad ahelad ERINEVUSED Matriitsiks terve Matriitsiks lõik DNA-st molekul Tekib kolme eritüüpi Tekib 1 molekulide molekule vorm Transkribeerub ühe ahela Replitseeruvad lõik mõlemad ahelad Translatsioon RNA alusel valgu süntees ribosoomidel Vajalikud tingimused: ribosoomid, mRNA, tRNA, aminohapped, energiat (ATP,GTP),
ning komplimentaaruse tuhat nukleotiidi alusel pannakse need minutis kokku. TULEMUS 2 terviklikku DNA Tekib 3 eri vormi RNA- Tekivad valgud. molekuli, kuna d: tRNA, mRNA, rRNA replitseeruvad mõlemad ahelad ERINEVUSED Matriitsiks terve Matriitsiks lõik DNA-st Toimub ribosoomides, molekul Tekib kolme eritüüpi valgusüntees, Tekib 1 molekule mutatsioonid ei tohiks mõjutada??? molekulide vorm Transkribeerub ühe ahela
inimesel ja ka teistel imetajatel kolme tüüpi hambaid, kolm kuulmeluukest ja diafragma ehk vahelihas. Ka inimese elundkonnad sarnanevad imetajate vastavate elundkondadega. Kalad- skeleti põhitüüp Roomajad- viis varvast Roomajad- kopsud Selgroogsete loomade jäsemeluud ehituse homoloogia on tõendiks nende ühisest päritolust: vaal,hobune,lind,nahkhiir 5. Väitlus: Elu tekkimise ja arengu kohta maal. ( 4 seisukohta ) 1) esmane elu võis olla RNA-põhine. ( Esimesed replitseeruvad molekulid olid RNA-molekulid) 2) 6. Iseloomustage loomade peamisi ehitustüüpe lk63 7. Millised tagajärjed olid taimede siirdumisel maismaale? a)maismaal tulevaste liikide jaoks toitu b)hapnik 8. Millised koed ja organid arenesid hulkraksetel taimedel ? 9. Esitage kaks selgitust, miks elu iseteke on tänapäeval võimatu maal puuduvad keemiliseks evolutsiooniks sobivad tingimused. Osoonkiht takistab UV kiirguse jõudmist
coli, bakteriofaagid, multiresistentsuplasmiidid) Bakteriofaag X174 genoom: Bakteriofaagide genoom enamasti kaheahelaline DNA (ka üheahelaline DNA või RNA). Suurus 1.6 kb 150 kb, umbes 200 geeni, lugemisraamid tihti kattuvad. E. coli sekveneeritud 1997 a. Genoom 4 639 221 bp. 4289 geeni (2657 valke kodeerivad, 1632 funktsioon teadmata). Neljandik geenidest organiseeritud 75 operoni. Enamik geene esindatud ühe koopiana v.a. rRNA geenid. Multiresistentsuplasmiid pTP10: autonoomselt replitseeruvad, sümbiontsed või parasiitsed bakterite geneetilised elemendid. Rakus 1-1000. Suurus 1-100 kb.pTP10 on Corynebacterium striatumM82B multiresistentsusplasmiid (51 kb.), mis tagab resistentsuse 16 antibiootikumi vastu. 47 ORF-i. 6. Eukarüootsete genoomide omadused (C väärtuse paradoks, koodikasutus, kompleksus) *Geneetiline info paikneb valdavalt nukleaarselt. Lisaks plastiidide/mitokondrite genoom (v.a. Archaeozoa, kellel puudub organellide DNA). Vähemalt mõnes elutsüklis esineb
viiruste teket kaheetapilisena. Esimesel etapil tekkisid organellide taolised rakusisesed moodustised, mis seejärel muutusid rakusisesteks plasmiidideks. Teisel etapil aga moodustusid mutatsioonide tulemuseda viiruse kapsiidivalkude geenid. Uus omadus liikuda rakust raku võimaldas sellistel parasiitidel populatsioonis kiiresti levida ja evolutsioneeruda. II hüpoteesi kohaselt said viirused alguse peremeesraku RNA-st või DNA-st. Selle järgi omandasid plasmiiditaolised rakusisesed replitseeruvad DNA või RNA molekulid kapsiidivalkude geenid ja said sellega võime liikuda rakust rakku. III hüpoteesi kohaselt on viirused arenenud prebiootilistest iseplajunevatest RNA molekulidest. Valke kodeeriv Mrna, mis omandas võime replitseeruda, võiski olla viirusele paljunemisvõimeliseks eellaseks. 2. Kirjeldage viiruste lüütilist ja lüsogeenset elutsüklit. Lüütiline: I Peiteperiood, mille jooksul pole viirusosakesi võimalik rakus näha
Elu teke Allikas: Vikipeedia Elu tekke all mõeldakse bioloogilise elu teket mittebioloogilistest nähtustest. Elu tekke aeg, koht ning viis on teadusliku uurimise teema. Elu eeldused Elu tekkis vesikeskkonnas. Esimesed isepaljunevad ehk replitseeruvad molekulid olid RNA- molekulid. Kuna teatud RNA järjestused omavad autokatalüütilist toimet ja mõned neist järjestustest töötavad kui polümeraasid, siis said nukleotiididest tänu sellele tekkida biopolümeersed RNA-molekulid. Isereplitseerumise võime oli elu tekkimise võtmeküsimus. Kõikide elusorganismide ühine eellane kasutas RNA-d oma päriliku materjalina, andes alguse kolmele erinevale organismide domeenile: · prokarüoodid · arhed · eukarüoodid.
peroksüsoomi. Üks tüüp esineb lehtedes, kus ta viib läbi fotorespiratsiooni. Teist tüüpi peroksüsoom esineb idanevates seemnetes, kus ta konverteerib seemnete lipiidide koostises olevaid rasvhappeid suhkruteks, mida on noore taime kasvuks vaja. Kuna selline lipiididest suhkrute tegemine käib nn. glüoksülaat-tsükli kaudu, siis vastavaid peroksüsoome nimetatakse glüoksüsoomideks. Uued peroksüsoomid tekivad vanadest lihtsa jagunemise teel. Nad on ise- replitseeruvad organellid. Peroksüsoomid Peroksüsoomide funktsionaalsete defektidega on seotud teatud haigused. Zellwegeri sündroom on tingitud ensüümide peroksüsoomidesse impordi häirest. Neil X-liiteline adrenoleukodüstroofia. Selle haiguse puhul puudub peroksüsoomidest üks kindel ensüüm, mis seob peroksüsoomis haigetel on aju, maksa ning neerude talitluse ko-ensüüm A väga pika ahelaga rasvhapetele
osas heterokromatiinsed ja mille vähest eukromatiini ei transkribeerita. B-kromosoomid on tavaliselt väiksemad kui A-kromosoomid ning nende arv ja kuju varieerub ühe liigi isenditel ja ka ühe isendi erinevates rakkudes. B-kromosoomide olemasolu karüotüübis võib paljudel liikidel viia kiasmide sageduse tõusule A-kromosoomides, suurendades geneetilist rekombineerumist ja ka varieeruvust järglaste hulgas. B-kromosoomid replitseeruvad S-faasi lõpus, kusjuures rakutsükkel pikeneb vastavalt lisakromosoomide arvu suurenemisele. Kromosoomide spetsialiseerunud alad- · soonised ehk heledamini värvunud alad- primaarsoonis ehk tsentromeer jagab kromosoomi kaheks õlaks. Sekundaarsoonis on soonis, mis pole seotud tsentromeeriga ja avaldub kui heledalt värvunud ala kromosoomis. · satelliidid- sekundaarsoonistest distaalselt asuvad alad. · telomeerid- kromosoomiotsad ehk terminaalsed alad.
Rakusisene parasitism tekib siis, kui rakku integeeritud mikroorganism muutub sõltuvaks peremeesraku ainevahetusest. Sellise taandarengu näiteks on bakterid klamüüdia ja riketsia, mis on muutunud loomsete rakkude sisesteks parasiitideks. Selle hüpoteesi kohaselt oleksid nad vahepealseteks arenguproduktideks viiruste ja bakterite vahel. Teise hüpoteesi kohaselt said viirused alguse peremees raku RNA-st või DNA-st. Selle järgi omandasid plasmiiditaolised rakusisesed replitseeruvad DNA ja RNA molekulid kapsiidivalkude geenid ja said sellega võime liikuda rakust rakku. Kolmandahüpoteesi kohaselt viirused arenenud prebiootilistest isepaljunevatest RNA molekulidest. Valke kodeeriv mRNA, mis omandas võime repitseeruda, võiski olla viirusele paljunemisvõimeliseks eellaseks. Kui selline molekul ,,laenas" ka kapsiidivalkude geenid, siis saigi tekkida primitiivne viirus. Kaks esimest hüpoteesi oletavad, et viirused
Miks ei ole elu isetärkamine Maal praegu võimalik? puuduvad Millistele elu teket käsitlevatele küsimustele andsid Keskkond on hapnikuvaene Milleri katsed vastuse ja millistele mitte? Esitage poolt- ja vastuväiteid seisukohale, et esmane Poolt: elu võis olla RNA-põhine. 1. Esimesed replitseeruvad molekulid olid RNA- molekulid 2. Kõikide elusorganismide ühine eellane kasutas RNA-d oma päriliku materjalina Vastu: 1. See, et elu algast RNA-molekulidest on hetkel
AcMNPV puhul on see gp64 glükoproteiin (ilmselt ka antiretseptor). OV-sid ümbritseb paks valguline maatriks, mis NPV-del koosneb valgust nimega polühedriin ja GV-del valgust granuliin. Polüheedri välispinda katab polühedroon-valk. Perekond Nucleopolyhedrovirus NPV poolt põhjustatud siidiusside haigusi tunti Hiinas juba 4000 BC. Mikroskoopia kasutuselevõtuga leiti, et nakatatud siidiussi rakkude tuumades leidub suurel hulgal polüheedri kujulisi kristallilisi inklusioone (NPV-d replitseeruvad rakutuumas), millest tulenevalt hakati haigust nimetama tuumseks polühedroosiks. Kuna NPV-d nakatavad ka paljusid kahjulikke putukaid, omandasid need viirused tähtsuse putukatõrjes; molekulaarbioloogiliste uuringute tulemusena aga ka biotehnoloogias. Perekonna enim uuritud esindajad on: • Autographa californica MNPV (AcMNPV, peremees – tähtöölane); • Bombyx mori NPV (BmNPV, peremees – siidiliblikas);
Ka siin lisab RdRp maatritsi 3’ otsa täiendava A-jäägi taastades normaalse 3’ otsa (CCAoh). Loeng 2 Merits Positiivse polaarsusega RNA viiruseda + RNA viiruste genoom on sama polaarsusega kui mRNA. + RNA viiruste paljad genoomid on infektsioonilised. + RNa viiruste esimeseks biosünteesiks rakus on alati translatsioon. + RNa viiruste replikaas on alati transleeritav otseselt genoomselt RNA-lt. Kõik eukarüootide + RNA viirused replitseeruvad alati raku tsütoplasmas ja replikatsioon on alati seotud raku membraaniga. Eristatakse RNA viiruste seas nelja erinevat super-sugukonda: 1. Picorna sarnased viirused. 2. Alpha sarnased viirused. 3. Flavi sarnased viirused. 4. Corona sarnased iirused Sugukond Picornaviridae: virionid Virion on membraanita ja ca 30nm diameertigam ikosaeeder. Virioni kapsiidi mooduatavad kolmest struktuurvalgust (VP1, VP2, VP3) koosnevad protomeerid.
antibiootikumide doosile. Kuid kuna faagide hulk ei lange peale manustamist patsiendis, siis ei anta bakteritele ka võimalust aktiveerida vastavaid resistentsuse geene. Lisaks kulub faage palju vähem bakterhaiguste ravimiseks kui antibiootikume, seda tänu nende iseseisvale ja kiirele replitseerumisele patsiendis (Carlton, 1999). Probleemiks on aga see, et faagide levik sõltub peremeesorganismist, nad replitseeruvad ainult infektsioonisaidis ning sihtmärk patogeeni puudumisel ei jää nad organismi püsima (Nobrega et al., 2015). Antibiootikum on kindla koostisega ja muutumatu keemiline ühend ning seetõttu ei suuda ta kohaneda bakterites toimuvate mutatsioonidega. Kui bakter on muutunud resistentseks mõne antibiootikumi suhtes, siis jäävad tekkinud resistentsuse geenid püsima bakterirakku ning neid geene võidakse edasi anda ka teistele nii sama kui võõra liigi bakteritele
41. Kohasus on keskne mõiste paljudes bioloogia harudes ja ta kirjeldab isendi või teatud tüüpi isenditehulga sigimisedukust oma elukeskkonnas ja populatsiooni. Kohasust võib väljendada arvuliselt või vähemalt peab saama erinevaid kohasusi järjestada. 42. Kohastumus fenotüübilise tunnuse variant, mis on realiseerunud antud keskkonnas maksimaalselt sobivaimana liigi paljude sama tunnuse variantide seast 43. Geneetilised parasiidid - elemendid, mis replitseeruvad peremehe genoomist sõltumatult tõeliselt isekas geen kahandab kandja kohasust, allub mitte mendellikule pärilikkusele 44. Populatsioon - ühe liigi isendite hulk, kes ristuvad vabalt ja asustavad kindlat territooriumi. Populatsioon on elementaarne evolutsiooniüksus, kõige väiksem isendite rühm, mis on võimeline iseseisvaks evolutsiooniks. 45. Reaktsiooninorm modifikatsiooniliste muutuste sõltuvus isendi genotüübist; määrab antud genotüübiga
matriitsiks, matriitsiks, minutis nukleotiidid, DNA- nukleotiidid, RNA- TULEMUS 2 terviklikku DNA Tekib 3 eri vormi RNA- polümeraas, ATP polümeraas, ATP molekuli, kuna d: tRNA, mRNA, KOMPLEMN- G-C, C-G, A-T, T-AG-C, C-G, A-U, T-A replitseeruvad rRNA TAARSUS mõlemad ahelad ERINEVUSED Matriitsiks terve Matriitsiks lõik DNA-st molekul Tekib kolme eritüüpi Tekib 1 molekulide molekule
pole viiruse replikatsiooniks absoluutselt vajalik. Segmendi B kodeeriv ala sisaldab ühte lugemisraami, mis kodeerib VP1 valku. VP1 on dsRNA segmentide terminaalseks valguks (side RNA 5'-terminaalse G-jäägiga Ser-jäägi kaudu VP1-s), mille abil genoomi segmendid moodustavad stabiilseid rõnga kujulisi struktuure. Peale selle on VP1 multifunktsionaalne ensüüm RdRp (transkriptaas ja replikaas), GT ja MT. 1.2. Replikatsioon Ehkki nii IPNV kui ka IBDV replitseeruvad rakukultuuris on nende andmed nende replikatsioonist väga piiratud. Uurimist on takistanud raku poolsete biosünteeside foon, sest birnaviiruse infektsioon ei mõjuta oluliselt raku biosünteese ja on samas ka ise tundlik actinomycine D-le. Teadaolevalt ei ole birnaviirste replikatsioon seotud rakutuumaga. Birnaviiruste virionid (erinevalt reoviirustest) ei vaja transkriptsioon aktiveerimiseks kapsiidivalkude proteolüüsi.
23. Eukarüootsed rakud tekkisid endosümbioosi teel. 24. Keskaegkonna lõpus toimus massiline hiidsisalike väljasuremine. Selgita pikemalt ja too näiteid. 25. Isereplitseerumine 26. Sest need tingimused, mis olid tollal nüüdseks puuduvad. 27. Et keskkond on hapnikuvaene. 28. Esitage poolt- ja vastuväiteid seisukohale, et esmane elu võis olla RNA-põhine! POOLT VASTU · Esimesed replitseeruvad · See, et elu algast RNA- molekulid olid RNA-molekulid molekulidest on hetkel veel · Kõikide elusorganismide ühine kaheldav eellane kasutas RNA-d oma · See, et elusorganismide ühine päriliku materjalina eellane kasutas oma päriliku materjalina RNA-d ei tähenda, et
järjestused ja kodeeriv ala, kodeeriv ala eukarüootidel koosneb eksonitest ja intronitest. Sisaldab RNA ja valgu sünteesiks vajalikku infot. Organismi kõik geenid annavad kokku genoomi. 9. Mis on plasmiid? Plasmiidid on kromosoomivälised DNA molekulid. Praeguseks on leitud neid peaaegu kõikidest uuritud bakteritaksonitest. Plasmiidid on enamasti kaksikahelalised DNA rõngasmolekulid,mis replitseeruvad bakteri genoom ist sõltumatult. Nende suurus võib varieeruda mõnesajast kuni mõnesaja tuhande aluspaarini. Plasmiidid sisaldavad geene, mis on vajalikud nende talitlemiseks ja säilimiseks peremeesrakus. Mõnedel plasmiididel on geenid, mis tagavad plasmiidi stabiilse püsimise bakterirakus, näiteks toksiini-antitoksiini süsteemi kodeerivad geenid. Kuigi plasmiidid pole bakterite populatsiooni kasvuks
Valguline antigeen peab olema degradeeritud peptiidideks (antigen processing). On kaks teed, endogeenne ja eksogeenne. Degradeeritud peptiidid seonduvad MHC molekulidega (raku sees) ja seejärel kompleks peptiid-MHC transporditakse raku membraanile ja paisatake raku pinnale, seda nimetatakse antigeeni esitlemiseks e. antigen presentation. MHC I-ga on seotud endogeensed peptiidid, mis protsessitekse raku tsütoplasmas. Endogeensed antigeenid produtseeritakse viiruste poolt, replitseeruvad peremees rakus, protsessitakse proteolüütilises süsteemis ja esitletakse MHC I klass molekulide poolt. Intratsellulaarsed valgud lõigatakse lühikesteks peptiidideks proteosoomi poolt. Protesoomi kaks subühikut genereerivad peptiide, mis seonduksid eriti hästi MHC I molekulidega. Lõikamine toimub protesoomi kanalis. Peptiid, mis genereeritakse tsütosoolis, transpordirakse ERi, mis võimaldaks interaktsiooni MHC molekulidega. TAP võimaldab seda transporti. Klass I MHC
Tsütoplasma tsütosool koos organellidega, poolvedel rakusisekeskkond, milles toimuvad kõik raku elutegevusprotsessid. Seob kõik raku osad omavaheliseks tervikuks. Kromosoom- niitjas nukleoproteoodne organell,mis moodustub mitoosi- või meioosiprotsessiks. Karüotüüp- liigile omane kr-de arv, suurus ja kuju. Antud organismi somaatiliste kromosoomide komplekti kõik morfoloogilised iseärasused. 15.Autonoomselt replitseeruvad struktuurid Mitokondrid autonoomsed, paljunevad iseseisvalt, oma DNA- maatriks. Täidavad energeetilisi ülesandeid: hingamine ja ATP süntees. Plastiidid- autonoomsed, omavad enda DNA-d, ribosoome. 16.Plasmageenide olemasolu kindlaxtegemine tsütoplasmas: plasmageen on pärilikkuse kandja tsütoplasmas. 17. CMS tsütoplasmaline isaline steriilsus Alloplasmalised liinid 18.Pärilikkuse kromosoomiteooria: 1
tüvirakkudele on tähendus vähenenud. DNA kloneerimine: annab palju identseid koopiaid uuritavast geenist või muust soovitud DNA järjestusest. Et töötada spetsiifiliste geenidega, tehakse DNAst “geeni-suurused” koopiad – niisugune DNA molekulide/molekuli osade kopeerimine ongi DNA kloneerimine. DNA kloonimiseks kasutatakse kõige enam baktereid ja plasmiide. Plasmiidid on väiksed rõngasjad bakteriaalsed DNA molekulid, mis replitseeruvad bakterikromosoomist eraldi. Kloonitud geenid on kasulikud tegemaks uuritavast geenist kergesti haldatavaid koopiaid ja tootmaks selle põhjal vajaminevat valku. 56. Millised rakud on totipotentsed, millised pluripotentsed? Totipotentne rakk - rakk, mis võib areneda mistahes rakuks (taimerakud on elu lõpuni totipotentsed). Totipotentsus lakkab pärast viljastatud munaraku paljunemist.
Eukarüootidel on mitu sünteesi alguspunkti, bakteritel üks ainult. Eukarüootide kromosoomis on mitu replikoni, prokarüootidel võib selleks olla terve kromosoom ainult. Eukarüootidel on juhtival ja mahajääval ahelal oma polümeraas. Eukarüootidel on olemas telomerid. 54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? Selle mudeli järgi replitseeruvad tsirkulaarsed DNA molekulid, võivad olla nii ühe kui ka kahe ahelalised. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha
(ka üheahelaline DNA või RNA). Suurus 1.6 kb 150 kb, umbes 200 geeni, lugemisraamid tihti kattuvad. E.coli (soolekepike) genoom: Sekveneeritud 1997 a. Genoom 4 639 221 bp. 4289 geeni (2657 valke kodeerivad, 1632 funktsioon teadmata). Neljandik geenidest organiseeritud 75 operoni. Enamik geene esindatud ühe koopiana v.a. rRNA geenid. Keskmine distants geenide vahel 118 bp.Valke kodeerivad geenid (87,8% genoomist) paigutatakse 22 funktsionaalsesse gruppi. Plasmiidid: autonoomselt replitseeruvad, sümbiontsed või parasiitsed bakterite geneetilised elemendid. Rakus 1-1000. Suurus 1-100 kb. pTP10 on Corynebacterium striatum M82B multiresistentsusplasmiid (51 kb.), mis tagab resistentsuse 16 antibiootikumi vastu. 47 ORF-i. 6. Eukarüootsete genoomide omadused (C väärtuse paradoks, koodikasutus, kompleksus). Valdavalt paikneb geneetiline info nukleaarselt. Lisaks plastiidide/mitokondrite genoom (v.a. Archaeozoa, kellel puudub organellide DNA).
Tsütoplasma tsütosool koos organellidega, poolvedel rakusisekeskkond, milles toimuvad kõik raku elutegevusprotsessid. Seob kõik raku osad omavaheliseks tervikuks. Kromosoom- niitjas nukleoproteoodne organell,mis moodustub mitoosi- või meioosiprotsessiks. Karüotüüp- liigile omane kr-de arv, suurus ja kuju. Antud organismi somaatiliste kromosoomide komplekti kõik morfoloogilised iseärasused. 15.Autonoomselt replitseeruvad struktuurid Mitokondrid autonoomsed, paljunevad iseseisvalt, oma DNA- maatriks. Täidavad energeetilisi ülesandeid: hingamine ja ATP süntees. Plastiidid- autonoomsed, omavad enda DNA-d, ribosoome. 16.Plasmageenide olemasolu kindlaxtegemine tsütoplasmas: plasmageen on pärilikkuse kandja tsütoplasmas. 17. CMS tsütoplasmaline isaline steriilsus Alloplasmalised liinid 18.Pärilikkuse kromosoomiteooria: 1
Kuus võimalust kuidas rakk võib kaotada tuumorsupressor geeni Rb normaalse koopia. Kromosoomi lahknemisel on üks kromosoom kaduma läinud, kromosoomi kadumisel duplikeeritakse kromosoom, mitootiline rekominatsioon, geeni konversioon, deletsioon, punkt mutatsioon Papilloomi DNA viirus aktiveerib rakkude jagunemist E6 ja E7 valkude kaudu. Papilloomiviirused on DNA viirused. Emakakaela epiteeli rakkudes on nad latentsel kujul kromosoomiväliste plamiididena, mis replitseeruvad kromosoomidega samas rütmis. Viiruse valgud vahendavad viiruse kontrollitud paljunemist välimises epiteelirakkude kihis, Healoomuline kasvaja või soolatüügas Raku DNA-sse sisenenud viiruse geen kodeerib viiruse valkude reguleerimatut tootmist, mis sunnib basaalkihi rakke piiramatult jagunema, mis tähendab vähi teket. Viiruste valgud E7 (seob Rb) ja E6 (seaob p53), mille tulemusena toimub raku jagunemine Rakkudele on jagunemiseks vaja mitogeenset ja kasvufaktorite signaali.
isereplitseerumine 26.Miks ei ole elu isetärkamine Maal praegu võimalik? Sest need tingimused, mis olid tollal nüüdseks puuduvad. 27.Millistele elu teket käsitlevatele küsimustele andsid Milleri katsed vastuse ning millistele mitte? Et keskkond on hapnikuvaene. 28. Esitage poolt- ja vastuväiteid seisukohale, et esmane elu võis olla RNA-põhine! POOLT VASTU · Esimesed replitseeruvad · See, et elu algast RNA- molekulid olid RNA-molekulid molekulidest on hetkel veel kaheldav · Kõikide elusorganismide ühine eellane kasutas RNA-d oma · See, et elusorganismide ühine päriliku materjalina eellane kasutas oma päriliku
raku membraanile ja paisatake (display) raku pinnale, seda nimetatakse antigeeni esitlemiseks e. antigen presentation. MHC I-ga on seotud endogeensed peptiidid, mis protsessitekse raku tsütoplasmas (ka norm. raku valgud, viiruse või bakteri valgud, mida toodetakse infitseeritud raku sees)- endogeenne rada. Endogeenset päritolu antigeen on pärit näiteks viiruselt, mis sisse tungis ja replitseerub rakus jne. Endogeensed antigeenid produtseeritakse viiruste poolt, replitseeruvad peremees rakus, protsessitakse proteolüütilises süsteemis ja esitletakse MHC I klass molekulide poolt. Intratsellulaarsed valgud lõigatakse lühikesteks peptiidideks multifunktisonaalse proteaasi kompleksi proteosoomi poolt. Proteiinid, mis lähevad degratsiooni on seondunud kovalentselt väikese proteiiniga ubikvitiiniga, mis seondub lüsiini aminorühmaga. Protesoomi kaks subühikut genereerivad peptiidid, mis seonduksid eriti hästi MHC I molekulidega. Lõikamine toimub
............................................ 14 Imetajad Oligotseeni ajastikus ......................................................................................... 15 Kliima muutus ja massiline väljasuremine ...................................................................... 15 Kasutatud kirjandus...................................................................................................................18 Elu teke Elu tekkis vesikeskkonnas. Esimesed isepaljunevad ehk replitseeruvad molekulid olid RNA-molekulid. Kuna teatud RNA järjestused omavad autokatalüütilist toimet ja mõned neist järjestustest töötavad kui polümeraasid, siis said nukleotiididest tänu sellele tekkida biopolümeersed RNA-molekulid. Isereplitseerumise võime oli elu tekkimise võtmeküsimus. Kõikide elusorganismide ühine eellane kasutas RNA-d oma päriliku materjalina, andes alguse kolmele erinevale organismide domeenile: prokarüoodid, arhed ja eukarüoodid.
Euk. kromosoomil on palju replikone, bakteril võib olla replikoniks terve kromosoom.Replikon on DNA segment, mille replikatsiooni kontrollitakse 1 replikatsiooni alguspunkti ja 2 termineeriva järjestuse poolt. 54)DNA replikatsiooni veereva ratta mudel.Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul on seda kirjeldatud? Veereva ratta mudeli alusel toimb paljude viiruste genoomi replikatsioon.Selle mudeli alusel replitseeruvad tsirkulaarsed DNA molekulid.Üks algsest DNA ahelast jääb rõngaks.Replikatsioon algab siis kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspinktis ühe katke DNA ahelasse.Ahela pikenemine toimub 3'OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. 55)Molekulaarbioloogia põhidogma. Geneetiline inf liigub DNA-lt <-> RNA-le(transkriptsioon) ja RNA-lt->valgule(translatsioon) 56)RNA tüübid
vahel. Ülekanne on alati ühesuunaline ning ei ole kunagi täielikku diploidset staadiumi 1. Konjugatsioon 2. Transformatsioon 3. Transduktsioon Neil on suhteliselt lihtne paljunemine. Iga muutus pärilikus materjalis avaldub kohe tunnusena. Kuigi nad paljunevad kiiresti pooldumise teel, siis teatud juhtudel toimub bakterirakkude vahel geneetilise materjali vahetus ehk päriliku materjali edastamine teisele bakterile. Plasmiidid 1. Autonoomselt replitseeruvad ekstrakromosomaalsed elemendid (1 200 kb) 2. Võivad integreeruda kromosoomi, siis nimetatakse episoomiks. 3. Kannavad unikaalset geneetilist informatsiooni, mis võimaldab paremini kohaneda keskkonna tingimustega. 4. Loodusest isoleeritud plasmiidid võivad sisaldada mitut erinevat plasmiidi 5. Valiku surve puudumisel labori tingimustes plasmiidid kaovad, loodusesse tagasi viimisel on nad vähem elujõulised. 6
ja mahajääva ahela sünteesik on 2 erinevat DNA polümeraasi; 3)eukarüootne DNA on koos histoonidega nukleosoomideks organiseeritud: replikatsioonikahvli läbiminekul jaotub nukleosoom ajutiselt kaheks alaosaks; 4)kromosoomid on lineaarsed DNA molekulid ja nende otstest lühenemist kaitsevad telomeerid. 54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? Replitseeruvad rõngaskromosoomid. Paljude viiruste genoomi replikatsioon; geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil; ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab
Kombinatiivne muutlikkus - muutused genotüübis, kus geneetiline informatsioon on pärit väljaspoolt rakku ehk teistest mikroobidest. Antud protsess leiab aset DNA lõikudega, mis võivad liikuda genoomi ühest lookusest teise nii samas genoomis kui ka erinevate genoomide vahel. Elusorganismides esineb kaks strateegiat: horisontaalne ja vertikaalne. 21. Plasmiidid Plasmiidid on autonoomselt replitseeruvad eksrakromosomaalsed DNA molekulid, mis lubavad premeesrahul paremini kohaneda keskkonnatingimustega ning püsida konkurentsis mikroobikoosluses. Esinevad nii tsirulaarsed kui lineaarsed plasmiidid. Suurus varjeeruv. Plasmiidide ellüjäämisfunktsioone kodeerivad geenid moodustavad plasmiidide selgroo. Plasmiididel on resistentsus antibiootikumide, UV kiirguse, raskemetallide ja bakeriotsiinide suhtes. Neil on orgaaniliste ainete metabolism. Ellujäämiseks
replikatsiooni kontrollitakse ühe replikatsiooni alguspunkti ja 2 termineeriva järjestuse poolt, nimetatakse replikoniks. 54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? Veereva ratta mudeli alusel toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil ning ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Selle mudeli alusel replitseeruvad tsirkulaarsed DNA molekulid. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha.
Karüotüüp - indiviidi kromosoomistiku tunnustekogum, mida iseloomustab kromosoomide arv, suurus, (tsentromeeri asukohast olenev) kuju ja värvumismuster (vöödistus). Kui organismis on erineva kromosoomiarvu või -struktuuriga rakke, siis on indiviidil mosaiikkarüotüüp. Karüotüüpi uuritakse ja iseloomustatakse tavaliselt mitoosi metafaasi (või prometafaasi) kromosoomistikul karüogrammi koostamise abil. ???15. Autonoomselt replitseeruvad struktuurid tsütoplasmas http://www.ebc.ee/~mremm/virol/plant/taim1.html Kõik autonoomsed +RNA taimeviirused replitseeruvad tsütoplasmas Viirused on mitterakulised ja elavadki tsütoplasmas autonoomselt???väljaspool rakku nad ei toimi. RNA molekul lahkneb DNA- ahelast ja liigub raku tsütoplasmas asuvatele ribosoomidele kus toimub valgu süntees, sisuliselt tegemist geneetilise informatsiooni edasitoimetamisega??? 16. Plasmageenide olemasolu kindlaks tegemine tsütoplasmas 17
areneda ka meristeemrakkude mitoosihäirete tagajärjel. Tütarkromatiidid ei lahkne mitoosi käigus ja moodustuvad tetraploidsed rakud 25. Polüteenkromosoomide moodustumine ja omadused. Polüteenkromosoomid – polüploidiseerumine viisil, kus DNA replikatsioonil tekkinud tütarkromatiidid ei eraldu. Osadel juhtudel tütarkromatiidid ei eraldu teineteisest vaid hoopis replitseeruvad ja korduvalt, moodustades polüteenkromosoomid. Polüteenkromosoome on kirjeldatud Drosophila vastsete süljenäärmetes, nähtavad interfaasi rakkudes. Replitseerunud kromosoomid jäävad üksteise kõrvale, rakk ei pooldu. Geenide koopiaarv raku kohta suureneb oluliselt, suurendades rakkude metaboolset aktiivsust. Rakud on suuremad. Iga kromosoom replitseerub vähemalt 9 korda – tekib üle 500 koopia Polüteenkromosoomide eripära: a
Kloroplasti enda genoom kodeerib ca 10% temas vajaminevatest valkudest. Ülejäänud kodeeritakse tuuma DNA poolt. 22. Peroksüsoomid (microbodies) Peroksüsoomid on väikesed (ca 0.2-1 µm läbimõõdus), ühekordse membraaniga ümbritsetud organellid, mis esinevad kõikides loomsetes rakkudes (v.a. erütrotsüüdid) ja paljudes taimerakkudes, peeti pikalt lüsosoomideks. Uued peroksüsoomid tekivad vanadest lihtsa jagunemise teel. Nad on ise- replitseeruvad organellid. Sisaldavad ensüüme, mis erinevad lüsosomalsest ensüümkomplektist, ka leidub seal mitmeid oksüdatiivseid ensüüme: D- aminohapete oksüdaas, uraatoksüdaas, lutsiferaas. Sisaldavad peroksüsoomid katalaasi, mis lagundab tekkivat vesinikperoksiidi. Peroksüsoomides olevad ensüümid võivad olla nii kõrges kontsentratsioonis, et osa neist esineb isegi kristallidena, mis on elektronmikroskoobis nähtavad elektrontiheda südamikuna
envelope'ita viirustel on see obligatoorne. § Fusioon - rakumembran sulandub envelop'ega, virioni sisu vabaneb rakku, vajalik spetsiaalse viirusliku fusion protein'i olemasolu § Bakteriofaagid "süstitakse" rakku. Uncoating § Vabanemine (uncoating) - viiruse genoom (mõnikord nukleokapsiid) eraldub virioni teistest osadest, kusjuures viirus kaotab oma nakkavuse. Võimaldab genoomi ekspresseerumist. § Tsütoplasmas paljunevad viirused - genoom "vabaneb" tsütoplasmasse § Tuumas replitseeruvad viirused - need peab transportima läbi tuumamembraani. Genoomi ekspressioon ja viiruskomponentide süntees § Genoomi replikatsioon jagatakse sageli varajaseks ja hiliseks faasiks. § Varajased proteiinid - reguleerivad replikatiivse tsükli järgmist faasi (genoomi replikatsiooni ja hiliste valkude sünteesi) § Hilised proteiinid - tavaliselt struktuursed valgud § Replikatsiooni strateegia sõltub genoomist. Eristatakse 7 tüüpi (vt. viiruste klassifikatsioon!).
haiguse raskusest. Põletikuvastaseid ravimeid (kortikosteroide) võib vajadusel kasutada sümptomite leevendamiseks, vajalik võib olla ka intubatsioon, kunstlik ventileerimine. Vaktsiin olemas. Viirused mõmm :) 05/06 Retroviirused Klassifikatsioon. Ümbrisega +ahelaga RNA-viirused. Retroviirused kodeerivad RNA-sõltuvat DNA polümeraasi, replitseeruvad läbi DNA vaheastme. Genoomi DNA koopia integreeritakse peremehe genoomi, muutub rakuliseks geeniks. Retroviiruseid klassifitseeritakse vastavalt põhjustatavatele haigustele, koetropismile ja peremeestele, virioni morfoloogiale ja geneetilisele komplekssusele. • Onkoviirused on ainsad retroviirused, mis suudavad rakke immortaliseerida. • Lentiviirused on aeglased viirused, mida seostatakse neuroloogiliste ja immuunsupressiivsete haigustega.
saavad kasu kas kohe või tulevikus. Rohehabemed altruistliku geeni kandjate vaheline koostöö ehk rohehabemed aitavad üksteist. Valik soosib neid siis, kui nende arvukus on piisav. Geeni tõttu on mul roheline habe, mis sunnib olema kena teiste roheliste habemete kandjate vastu. 6. Mis on geneetiline parasiit? Nimeta peamised tüübid (3) ja anna nende definitsioonid. Geneetiline parasiit elemendid, mis replitseeruvad sõltumatult peremehe kromosoomidest. 1. segregatsiooni segajad meioosis mitte-mendelliku pärandumisega munarakku sattuvad geenid. B-kromosoom, geenikonversioon 2. transponeeruvad elemendid transposoonid DNA-element, mis võib liikuda ühest DNA molekulist teise või ühest DNA molekuli otsast teise. 3. sugude suhte muutjad mtDNA pärandub loomadel ja õistaimedel reeglina emalt. isassteriilsus kahekojalistel taimedel võib olla põhjustatud mtDNA variantidest. 7
lahtikeerdumist. Kui güraas on inhibeeritud näiteks nalidiksiinhappe või koumermütsiini poolt, bakterites DNA replikatsiooni ei toimu. Veereva ratta replikatsioonimudel Veereva ratta mudeli alusel toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil ning ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Nagu juba nimi vihjab, replitseeruvad selle mudeli alusel tsirkulaarsed DNA molekulid. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha
lahtikeerdumist. Kui güraas on inhibeeritud näiteks nalidiksiinhappe või koumermütsiini poolt, bakterites DNA replikatsiooni ei toimu. Veereva ratta replikatsioonimudel Veereva ratta mudeli alusel toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil ning ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Nagu juba nimi vihjab, replitseeruvad selle mudeli alusel tsirkulaarsed DNA molekulid. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha
annaabi.ee 
