a/h 5. Kood degenereerub 18 a/h 20st kodeeritakse rihkema kui ühe koodoni poolt (v.a. Met ja Trp) paljudel on neli koodonit kolmandas positsioonis 6. Koodil on start koodon (ATGkodeerib metioniini), sellest tavaliselt algab valgu süntees j kolm stop koodonit, mis termineerivad polüpeptiid ahela 7. Nõrk side(Wobble) tRNA antikoodonis, mis tähendab, et kolmas nukleotiid on kõige nõrgem ja paardub vähemspetsiifiliselt Wobble hüpotees: Osutas Francis Crick 1966 a. Esineb 3' otsas koodonil ja 5' otsas antikoodonil Nende vahel nõrk vesinik side Degeneratsioon koodil selline, et nõrk side kolmandas positsioonis alati samal a/h Selle tulemusena on täieliku koodi lugemiseks vaja oluliselt vähem kui 61 tRNAd 5' antikooon 3' koodon G paardub U või C
Kattumatus - koodonisse kuuluvad nukleotiidid moodustavad komplekti, mida on translatsiooni staadiumis vaid üks kord. Degenereeritus - üks aminohape võib olla kodeeritud rohkem kui ühe koodoniga va. Trp ja Met. b. Crick`i võnkehüpoteesi olemus ja roll esimene alus antikoodonis, mis vastab koodoni kolmandale alusele on nn võnkuvas asendis, st üks antikoodon on võimeline ära tundma rohkem kui ühe koodoni Koodoni kaks esimest alust moodustavad alati tugeva Watson-Crick`i aluspaari (A paardub U-ga ja G C-ga) tRNA antikoodoni teise ja kolmanda alusega ning omavad määravat rolli koodonspetsiifilisuse tagamisel. Antikoodoni esimene alus (nn võnkuv alus), mis paardub lõdvemalt koodoni kolmanda alusega, määrab ära koodonite arvu, mida see tRNA ära tunneb. Kui ühte amonihapet kodeerivates koodonites on erinevus esimese kahe aluse osas, siis on neil erinevad tRNA-d. Võnkumise bioloogiline roll: tRNA dissotsiatsioon ja valgu süntees mRNA-lt on kiirem.
Dicer lõikab pika kaheahelalise RNA ehk dsRNA molekulid väiksemateks umbes 20 nukleotiidi pikkusteks fragmentideks, mida nimetataksegi siRNA-ks. Iga siRNA hargneb lahti kaheks üheahelaliseks RNA-ks (ssRNA): guide-ahelaks ja passenger ehk anti-guide-ahelaks. Passenger-ahel lagundatakse, kuid guide-ahel kuulub RNA- indutseeritud geenivaigistamiskompleksi (RISC). Selle enim uuritumaks tulemiks on post-transkriptsiooniline geenivaigistamine . See ilmneb siis, kui guide-ahel paardub mRNA komplementaarse järjestusega ning katalüütiline RNA indutseeritud geenivaigistamiskompleksi(RISC-i) komponent argonaut tekitab lõike. See protsess on jaotunud süsteemselt terves organismis hoolimata siRNA piiratud molaarsest kontsentratsioonist. Tänu selektiivsele RNAi mõjule geeniekspressioonis on see väärtuslikuks uurimisvahendiks nii rakukultuurides kui ka elavas organismis. Viies sünteetilist dsRNA rakkudesse, võib see
sünteesikompleks? Valgu süntees toimub raku tsütoplasmas asuvates ribosoomides. Protsessi toimumiseks onlisaks mRNA molekulidele vaja veel erinevaid tRNA molekule, aminohappeid, ensüüme ja energiallkikana ATP-d ja GTP-d. 12. kirjelda lühidalt valgu sünteesi käiku Translatsioon algab mRNA ühinemisest ribosoomiga.Iga tRNA mlokeul seostub tsütoplasmas kindla aminohappega. See toimub vastava ensüümi kaasabil ATP energia arvel.Initsiaatorkoodoniga AUG paardub initsiaator tRNA antikoodon UAC, seejärel siseneb ribosoomi teine tRNA molekul, tuues endaga kaasa järgmisele koodonile vastava aminiohappe. 15. Polüsoom ühe mRNA molekuliga seotud ribosoomide kogum, mis sünteesivad sama aminohappelise järjestusega valke. Koodon mRNA molekuli kolm järjestikust nukleotiidi, mis vastavad ühele aminohappele valgu molekulis. Stoppkoodon mRNA nukleotiidne järjestus mis lõpetab translatsiooni.
Lk 43-Nukleiinhapped 1. Kirjeldage DNA monomeeri ehitust. DNA monomeer koosneb desoksüriboosist, fosfaatrühmast ja lämmastikalusest. 2. Selgitage DNA molekulis esinevat komplementaarsusprintsiipi. Komplementaarsus printsiip on kaheahelaliste nukleiinhapete ehitusprintsiib, kus DNA paardub C=G ja A=T 3. Millest tulevad eri DNA molekulide erinevad omadused? DNA molekulide erinevad omadused tulenevad erinevast lämmastikalusest. 4. Mis on DNA põhilised ülesanded? DNA põhilsed ülesanded on informatsiooni talletamine ja säilitamine. 5. Kirjeldage RNA monomeeri ehitust. DNA monomeer koosneb riboosist, fosfaatrühmast ja lämmastikalusest. 6. Võrrelge RNA ja DNA monomeere. DNA'l on monomeeriks desoksüriboos aga RNA'l on riboos ja RNA'l on tümiini
ühel ajal mRNA regioonide paardumine 1 ja 2 peatab RNA polümeraasi kohe kui need piirkonnad on sünteesitud Paus on piisavalt pikk selleks, et ribosoom jõuaks mRNAle ja selle järelt algaks translatsioon Ribosooomi positsioneerimine on kogu trp mRNA atenuatsioonis oluline: Kui Trp on vähe, siis: 1. TrptRNAs ei ole võtta ja ribosoom on Trp koodonil ja katab atenueeriva 1 piirkonna 2. Regioon 1 ei paardu regiooniga 2, küll aga 2 piirkond paardub 3 piirkonnaga sünteesi ajal 3. Regioon 3 (paardunud 2) ei paardu 4 piirkonnaga 4. RNA polümeraas jätka 4 piirkonna transkriptsiooni ja sellele järgneb süntees. Kui Trp on küllalt keskkonnas: 1. Ribosoom ei peatu Trp koodonil ja jätkatakse juhtpolüpeptiidi translatsiooni kuni 2 piirkonnani 2. Nüüd 2 piirkond ei paardu 3, kuid 3 paardub 4 3
Funktsionaalselt on tRNA molekuli tähtsaim osa antikoodon, mille kolm nukleotiidi paarduvad komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA koodoniga, mis on geneetilise translatsiooni ja geneetilise koodi strukturaalseks aluseks. Seetõttu on antikoodoni lingu ruumiline konformatsioon oluline täpse koodon-antikoodon seondumise toimumiseks. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb tRNA ahel järsu pöörde. Nukleotiid 34, esimene antikoodoni nukleotiid paardub mRNA koodoni viimase, 3. nukleotiidiga ja seetõttu on oluline, et koodon-antikoodon seondumine lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33 ga, niiviisi määrab tRNA ahelas toimuv järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks. Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus.
N glükosiidsed sideme moodustuvad suhkrujäägi OH ning mingi aminorühma vahel (nukleosiidid); O glükosiidsed (eetersidemed) sidemed moodustuvad kahe suhkrujäägi vahele või glükoosijäägi ning mingi muu struktuuri OH- rühma vahele (nt. aminohapped). Väike ja suur vagu – alfa-heeliksites (DNA) moodustuvad tõusva spiraali ääres kordamööda pikemad ning lühemad tühimikud?. Watson-Cricki paarid – lämmastikaluste paarid; A paardub T-ga, ning C paardub G-ga. RNA’s T asemel U, paardub A-ga. Kokkuvõttes: A-T või A-U, C-G. Superspiralisatsioon – nähtus, mille korral mitu alfa-heeliksit põimub üksteisega kokku, moodustades uue heeliksi e. superspiraali. Näiteks kollageeni kiud koosneb kolmest alfa- heeliksist moodustunud superspiraalist.
- DNA (desoksüribonukleiinhape) paikneb tuumas, mitokondrites, kloroplastides - DNA ja RNA on negatiivse laenguga tänu fosfaatrühma laengule nukleotiidides 4. Kuidas toimub fosfodiester sideme moodustumine nukleotiidide vahele? Nukleotiidid polünukleotiidahelas on kovalentselt seotud fosfodiestersidemete kaudu. 2 polünukleotiidahelat on omavahel seotud vesiniksidemete kaudu, mis tekivad lämmastikaluste vahel. Alustevaheline paardumine on spetsiifiline: A paardub T-ga ja G paardub C-ga. Seega koosnevad kõik aluspaarid ühest puriinist ja pürimidiinist. Lämmastikaluste spetsiifilise paardumise määrab ära see, et vesiniksidemed saavad moodustuda ainult kindlate paaride korral. A ja T vahel moodustub 2 vesiniksidet, C ja G vahel 3. 5. DNA kaksikahelat iseloomustavad omadused (3)? DNA biheeliks ehk kaksikahel moodustub kahest komplementaarsest DNA ahelast, mis on antiparalleelsed s.t
10)mis on genetiline kood(136) mRNA molekuli kolm järjestikust nukleotiidi määravad ära kindla aminohappe valgu molekulis. Seda vastavust nim. geneetiliseks koodiks. 11)kuidas kulgeb valgussüntees Valgusüntees toimub raku tsütoplasmas asuvates ribosoomides. Translatsioon algab mRNA ühinemisest ribosoomiga. mRNAga seostub tRNA molekul, millega on ühendatud aminohape metioniin.tRNA saab mRNAga ühineda üksnes komplimentaarsusprintsiibi alusel.Initsiaatorkoodoniga AUG paardub initsiaator-tRNA antikoodon UAC, seejärel siseneb ribosoomi teine tRNA molekul, tuues endaga kaasa järgmisele koodonile vastava aminohappe. Selle tRNA antikoodon peab komplementaarselt paarduma initsiaatorkoodonile järgneva koodoniga. Edasi sünteesitakse tRNA molekulide otste küljes olevate aminohapete vahele peptiidside. See toimub ribosoomis olevate ensüümide kaasaabil. Moodustunud kahest aminohappest koosnev ühend vabaneb initsiaator-tRNAst ja jääb viimasena ribosoomi sisenendu
Valgusünteesi protsess-Valgusüntees toimib raku tsüoplasmas asuvates ribosoomides. Trantslatsioon algab mRNA ühinemisest ribosoomiga. mRNA initsiaatorkoodoniga seostub esimene tRNA molekul, millega on ühendadtud aminohape metioniin(Met). Iga tRNA molekul seostub tsütoplasmas kindla aminohappega. See toimub vastava ensüümi kaasabil ATP energia arvel. tRNA saab seostudu mRNA molekulidega üksnes komplementaarsusprintsiibi alusel, Initsiaatorkoodoniga AUG paardub initsiaator-tRNA antikoodon UAC. Seejärel siseneb ribosoomi teine tRNA molekul, tuues endega kaasa järgmisele koodinle vastava aminohappe jne. Protsess kestab seni, kuni järg jõuab stoppkoodonini. MÕISTED Promootor-DNA nukleodiidne järjestus, millega transkriptsiooni läbiviim ensüüm(RNA- polümeraas)peab sünteesi alustamiseks ühinema Repressor-regulaatorvalk, mis taksitab transkriptsiooni läbiviiva ensüümi(RMA-polümeraasi) seostumist polümeraasiga.
järjestuseni, mida nim. terminaatoriks. 14. Kirjelda translatsiooni etappe. (Kasuta kindlasti mõisteid: mRNA; tRNA; ribosoom; komplementaarsus; koodon; antikoodon; initsiaatorkoodon; terminaatorkoodon; aminohape; metioniin; peptiidside; ensüüm; valgumolekul; · Translatsioon algab mRNA ühinemisest ribosoomiga. mRNA initsiaatorkoodoniga seostub esimene tRNA molekul, millega on ühendatud aminohape metioniin. · Initsiaatorkoodoniga AUG paardub initsiaator-tRNA antikoodon UAC. Ribosoomi siseneb teine tRNA molekul. Selle tRNA atikoodon peab komplementaarselt paarduma initsiaatorkoodonile järgneva koodoniga. · Sünteesitakse tRNA molekulide otste küljes olevate aminohapete vahele peptiidside. · Moodustunud kahest aminohappest koosnev ühend vabaneb initsiaator-tRNA-st ja jääb tRNA molekuli külge.
vajalik töötava geeni(de) (üle) ekspressiooni suunatud inhibeerimine. Seda on võimalik saavutada erinevatel tasemetel.(2) DNA tasemel A) Funktsionaalse geeni inaktivatsioon in situ homoloogilisel rekombinatsioonil vastavalt muteeritud geenikoopiaga.(2) B) Oligonukleotiidide kasutamine. Teatud tingimustel võib DNA moodustada kolmekordse heeliksi. Selleks disainitakse geenispetsiifiline oligonukleotiid, mis paardub kindla sihtmärk geeni järjestusega kaheahelalises DNA-s ja inhibeerib selle geeni transkriptsiooni. Üheahelalise oligonukleotiidi seostumine kaheahelalise DNA-ga toimub nn. Hoogsteen'i paardumise kaudu (vesiniksidemed). Selliste sidemete puhul on kõige stabiilsemad G seondumine G-ga GC aluspaaris ja T seondumine A-ga AT aluspaaris.(2) RNA tasemel Antisense oligod või antisense geen, ribosüümid.(2) Valgu tasemel Polüpeptiidi funktsiooni inhibeerimine
DNA on tavaliselt kaksikahelaline, RNA aga üheahelaline (v.a viirustel). DNA-s on süsivesik desoksüriboos, RNA-s aga riboos. DNA nukleotiidid on A,G,C,T. RNA nukleotiidid on A,G,C,U DNA-l on olemas primaar-, sekundaar- ja tertsiaarstruktuur. RNA’l tertsiaalset struktuui ei moodustu. 44. Selgitage DNA ahelate komplementaarsuse ja antiparalleelsuse põhimõtet. Komplementaarsus seisneb lämmastikalauste kindlas paardumises, ehk A-ga paardub T, ja C- ga paardub T. Antiparalleelsus seisneb selles, et kaks vastastikku ahelat asuvad üksteise suhtes erisuunaliselt. DNA ahela ühes otsas on vaba 3´-OH rühm, teise ahela otsas aga vaba 5´-fosfaat. Nukleiinhapet sünteesitakse ainult suunaga 5’ otsast 3’ suunas. 45. Bakterikromosoomi struktuur. Bakterikromosoom on rõngasmolekul, mis moodustub DNA tugeval kokkupakkimisel. Kokkupakitud DNA esmalt koosneb lingudest, mis saadakse kokkuvoltimisel
Stabiilne funktsioneerib mitmes rakupõlvkonnas. snRNA – palju erinevad RNA klasse, mõjutavad info ülekannet, väikese tuuma RNA, premRNA protsessing Labiilne RNA: mRNA ja mõned teised, miRNA (microRNA, seotud geenide vaigistamisega), siRNA (small interferingRNA) RNA sünteesitakse eelastena (preRNA). premRNA protsessingul muutub info oluliselt. Nt. ADAR – inimese KNS ensüüm, mis muudab A nukleotiide I-ks (Inosiin on deamineeritud A – NH2 reageerib H2O-ga). I paardub nagu G. Toimub RNA editing – primaarstruktuuri tasemel tehakse valgustruktuuris muutusi. DNA järjestuse võrdlemine: võrreldakse neljast nukleotiidist koosnevaid järjestusi. Järjestuse homoloogia alusel jagatakse perekondadesse ja superperekondadesse. Geenid jagatakse järjestuse ja funktsiooni alusel: homoloogilised – sarnane järjestus ja funktsioon paralood – sarnane järjestus, erinev funktsioon nt pseudogeenid
Kui nad omavahel ühinevad läbi fosfodiestersideme, on nad keemiliselt erinevate otstega seotud. DNA mudel: kuus põhiomadust 1. Kaks polünukletiidset ahelat on keerdunud omavahel kellaosuti suunas (parempoolselt) 2. Ahelad on antiparalleelsed: 5' ® 3', 3' ¬ 5' 3. Suhkur-fosfaat telg on väljaspool ja lämmastikalused seespool 4. Komplementaarsed alused on oma vahel ühendatud vesiniksidemetega (nõrgad). A paardub T (2 H-sidet), G paardub C (3 H-sidet). e.g., 5. Alused on üksteisest 0.34 nm kaugusel. Üks pööre on 10 alust (3,4 nm). 6. Suhkur-fosfaat telg ei ole võrdeliselt paigutunud, seepärast on molekulis väikeseid ja suuremaid kõrvalekaldeid . Ahelad on antiparalleelsed. Spetsiifiline paardumine ahelas tuleneb nende keemilisest ehitusest. Meil on põhimõtteliselt võimalik neid ahelaid eraldada ka niimodi, et a-t juppe saab kergemini eraldada kui teisi
Valgusüntees-raku tsütoplasmas asuvates ribosoomides. Lisaks mRNA mol vaja erinevaid tRNA mol, aminohappeid, ensüüme, energiaallikana ATP-d ja GTP-d. Valgusünteesi kulgemine translatsioon algab mRNA ühinemisest ribosoomiga. mRNA initsiaatorkoodoniga seostub esimene tRNA molukul millega on ühendatud aminohape metioniin (Met) Iga tRNA molekul seostub tsütoplasmas kindla aminohappega. See toimub vastava ensüümi kaasabil ATP energia arvel. Initsiaatorkoodoniga AUG paardub initsiaator-tRNA antikoodon UAC, seejärel siseneb ribosoomi teine tRNA molekul, tuues endaga kaasa järgmisele koodonile vastava aminohappe. Selle tRNA antikoodon peab komplementaarselt paarduma initsiaatorkoodonile järgneva koodoniga. Edasi sünteesitakse tRNA molekulide otste küljes olevate aminohapete vahele peptiidside. See toimub ribosoomis olevate ensüümide kaasabil. Moodustunud kahest aminohappest
kuuluvates lümfosüütides. 8. Miks tavaliselt ei lagundata organismis valke energia saamiseks? - Sest valkudel on muid tähtsaid ülesandeid, seetõttu lagundatakse teised ained ennem. 2.5 1. Kirjeldage DNA monomeeri ehitust. - DNA monomeer koosneb desoksüriboosist, fosfaatrühmast ja lämmastikalusest. 2. Selgitage DNA molekulis esinevat komplementaarsusprintsiipi. - Komplementaarsus printsiip on kaheahelaliste nukleiinhapete ehitusprintsiib, kus DNA paardub C=G ja A=T. 3. Millest tulevad eri DNA molekulide erinevad omadused? - DNA molekulide erinevad omadused tulenevad erinevast lämmastikalusest. 4. Mis on DNA põhilised ülesanded? - DNA põhilsed ülesanded on informatsiooni talletamine ja säilitamine. 5. Kirjeldage RNA monomeeri ehitust. - DNA monomeer koosneb riboosist, fosfaatrühmast ja lämmastikalusest. 6. Võrrelge RNA ja DNA monomeere. - DNA'l on monomeeriks desoksüriboos aga RNA'l on riboos ja RNA'l on tümiini asemel uratsiil.
nm järel) teatav alamstruktuur. Watson ja Crick esitasid DNA mudeli, mis hiljem leidis kinnitust ka eksperimentaalselt. DNA on paremalepöörduv kaksikahelaline heeliks. Nukleotiidid polünukleotiidahelas on kovalentselt seotud fosfodiestersidemete kaudu. Kaks polünukleotiidahelat on omavahel seotud vesiniksidemete kaudu, mis tekivad lämmastikaluste vahel. Alustevaheline paardumine on spetsiifiline: A paardub T-ga ja G paardub C-ga. Seega koosnevad kõik aluspaarid ühest puriinist ja pürimidiinist. Lämmastikaluste spetsiifilise paardumise määrab ära see, et vesiniksidemed saavad moodustuda ainult kindlate paaride korral. A ja T vahel moodustub 2 vesiniksidet, C ja G vahel 3. Lämmastikaluste spetsiifilisest paardumisest tuleneb DNA ahelate komplementaarsus. Kui ühe DNA ahela nukleotiidne järjestus on teada, on selle põhjal võimalik kirjutada vastasahela nukleotiidne järjestus. Just DNA ahelate
8.(104) Nimetage üks adenosiinil põhinev kofaktor? koensüüm A ehk siis CoA 9.(105) Kas geneetiline informatsioon säilitatakse nukleiinhappe a) primaarstruktuuris ehk nukleotiidide järjestusena 10.(106) Kirjutage antud nukleotiidiga komplementaarne nukleotiid paarid: AT, AU, GC 11.(107) Millisel interaktsioonil põhineb geneetilise materjali kopeerimine? b) vesiniksidemel, sest lämmastikaluste komplementaarsus baseerub vesiniksidemetel 12.(108) Millise lämmastikalusega paardub tsütosiin ja mitme vesiniksideme vahendusel? DNAs adeniin (A), guaniin (G) (puriinid) ning tsütosiin (C) ja tümiin (T) (Pürimidiinid) A=T ja G kolmvesiniksidet C RNA koostises esinevad samad lämmastikalused välja arvatud see, et üks pürimidiin T on asendatud teise pürimidiiniga, uratsiil (U). 13.(109) Kas DNA esineb eukarüootses rakus reeglina ühe või kaheahelalise molekulina? DNAkaheahelalise molekulina, RNAüheahelalisena 14
translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile. Geneetiline kood on (v.a. mõned erinevused mitokondrites) universaalne kõigile elusorganismidele. 70. Koodon-antikoodon paardumine, selle täpsus. Mis on supressor-tRNA? Koodan mRNA kolme nukleotiidine triplet, antikoodon tRNA kolmenukleotiidne järjestus, mis vastab mRNA tripletile komplementaarse paardumisele. Koodon tRNA interaktsioonid. tRNA antikoodonjärjestus paardub mRNA-s asuva koodonjärjestusega koodoni kahe esimese nukleotiidi osas väga täpselt, vastavuses lämmastikaluste komplementaarsuse põhimõttele. Koodoni kolmandas positsioonis asuva nukleotiidiga paardumine on ebatäpne, mistõttu seda saiti koodonis nimetatakse lõdvaks (ingl. k. wobble) 71. Mutatsioonisagedust mõjutavad tegurid. 72. Spontaansed ja indutseeritud mutatsioonid. Mutatsioonitekke juhuslikkust tõendavad katsed. 73. Mutatsioonide mõju organismile
Miks? GC rikas, sest need annavad 3 vesiniksidet, AT vaid kaks. 17. Mitu aluspaari tuleb ühe B-DNA heeliksi pöörde kohta? 10 18. Ligikaudu mitut aluspaari sisaldab inimese genoom? Inimese genoom sisaldab ligikaudu 3x109 aluspaari, mis koosneb 23 kromosoomist. 19. Miks sisaldab enamikust organismidest eraldatud DNA ligikaudu võrdsel hulgal A ja T ning G ja C nukleotiide? DNA heeliks on stabiliseeritud vastasahelate lämmastikaluste vaheliste vesiniksidemete moodustumise kaudu. Sest A paardub alati T-ga ja G C-ga. Kaksikheeliksit moodustavad DNA ahelad on omavahel komplementaarsed. Kui sellised komplementaarsed ahelad teineteisest lahutada ja sünteesida vastavalt lämmastikaluste paardumisreeglile kummagi ahela baasil uus DNA ahel, siis tulemuseks on kaks identset DNA ahelat. 20. Kas üheahelaline nukleiinhape võib omada primaarstruktuurist kõrgemat järku struktuuri? Üheahelalised polünukleotiidid võivad sõltuvalt nende primaarstruktuurist ja
kus RNA-ga järjestusspetsiifiliselt seonduv valk kõrvaldab tsütosiinilt aminorühma. Nukleotiidide lisamine või deleteerimine on võrreldes lämmastikaluste asendamisega komplekssem protsess. Seda protsessi on kirjeldatud eeskätt trüpanosoomide mitokondrites (näit. algloom Leishmania tarentolae, kes põhjustab inimestel unetõbe). mRNA molekuli koostisesse lisatakse uridiinmonofosfaate. Nukleotiidide sisestamiskohti sisaldava mRNA piirkonnaga paardub mRNA vastava kohaga osaliselt homoloogiline RNA molekul, mida nimetatakse giid-RNA-ks (ingl. k. guide RNA). Giid-RNA-s asuvad mRNA-ga mittepaarduvates alades A nukleotiidid ja just nende vastu lisatakse mRNA-s uridiinmonofosfaadid. Mõjutab oluliselt geenide avaldumist trüpanosoomide ja taimede mitokondrites. 63. Transkriptsiooni ja translatsiooni toimumise aeg ja koht bakterites ja eukarüootides.
tsütoplasma membraani, vastavalt kas intratsellulaarselt on konsentratsioon väike või suur või läbi plasma membraanide erinevate mittespetsiifiliste viisidega. Mikroorganismides, kes on sõltuvad sellest metalli ioonist eksisteerib spetsaliseerunud süsteem nikli transportimiseks, mis kuuluvad põhiliselt kahte klassi: NikABCDE import pumbad ja nikli/koobalti premeaasid(NiCoT). Esimene, kes leiti algselt E. Colis, kuulub ATPga-seonduvate transporterite hulka ja paardub substraadi translokatsiooni ja ATP hüdrolüüsiga. NikB ja NikC on trans- membraansed valgud mis moodustavad nikli poori. NikD ja NikE on valgud mis seonduvad ja hüdrolüüsivad ATP-d. NikA on periplasma valk mis seob ühe nikli ühe valgu kohta nikelofoori kontekstis. Sellise kompleksi loomus on vastuoluline, kuigi nüüd on avastatud struktuuri infot mis leidis, et kaks vaba histidiini kordineerivad Ni2+ seondumist NikA-ga, leides sellega, et
I 2.a DNA struktuur J. Watson ja F. Crick esitasid 1953.a. DNA ruumilise struktuuri mudeli, mis hiljem leidis eksperimetaalse tõestuse. Selle mudeli kohaselt koosneb DNA kahest nukleiinhappe ahelast moodustades kaksikspiraali läbimõõduga 20 Å, milles suhkur- fosfaat selgroog on väljaspool ja lämmastikalused asuvad heeliksi sisemuses. Lämmastikalused paarduvad omavahel vesinisidemete abil. Paarid moodustuvad puriinide ja pürimidiinide vahel. Adeniin paardub tümiiniga kahe H-sideme ja guaniin tsütosiiniga kolme H-sideme varal. See mudel selgitab ka miks on DNA's A sisaldus võrdne T'ga ja G sisaldus C'ga (joonis 4.11). Vastavaid nukleotiidipaare nimetatakse seepärast komplementaarseteks paarideks. Teisest küljest seletab Watsoni ja Cricki mudel ka selle, et DNA on regulaarne ja ühtlase jämedusega kaksikspiraal. Ainult komplemetaarsed paarid on isostruktuursed. Selline struktuur meenutab keerdtreppi,
Positsioonil onWatson-Crick paardumine : A – U, G – C. Koodoni 3. Positsioon Wobble paardumine A/C/U – I(nosiin), A/G – U, C - G Mis on sense- ja mis nonsense koodon. Sense koodon, mis kodeerib ah, nonsense+ terminaator koodon. 16 Mõisted ”cognate”, ”near-cognate” ja ”non-cognate” koodon-antikoodon paardumise korral. Cognate- antikoodon paardub koodoniga, near-cognate- esimeses positsioonis ei paardu, non- cognate 1. Ja 2. Ei paardu. Valgusünteesi täpsuse tagamine Kas erinevus koodon-antikoodon paari stabiilsuses cognate ja near-cognate tRNA korral on piisav, et ühes selektsioonietapis eristada cognate tRNA near-cognate tRNA-st (Francis Cricki hüpotees). Valepaardumine = vähem H-sidemeid. Koodon-antikoodon paardumine VÄHEM STABIILNE
primaarstruktuuris ehk nukleotiidide järjestusena 10.(106) Kirjutage antud nukleotiidiga komplementaarne nukleotiid (võivad olla erinevad järjestused) ACCTCGAAG TGGAGCTTC (paarid: AT, AU, GC) 11.(107) Millisel interaktsioonil põhineb geneetilise materjali kopeerimine? a) van der Waalsi interaktsioon b) vesinikside c) elektrostaatiline interaktsioon vesiniksidemel, sest lämmastikaluste komplementaarsus baseerub vesiniksidemetel 12.(108) Millise lämmastikalusega paardub tsütosiin ja mitme vesiniksideme vahendusel? (erinevad lämmastikalused) DNAs adeniin (A), guaniin (G) (puriinid) ning tsütosiin (C) ja tümiin (T) (Pürimidiinid) A=T ja G kolmvesiniksidet C RNA koostises esinevad samad lämmastikalused välja arvatud see, et üks pürimidiin T on asendatud teise pürimidiiniga, uratsiil (U). 13.(109) Kas DNA esineb eukarüootses rakus reeglina ühe või kaheahelalise molekulina? (sama küsimus ka RNA kohta).
mehhanism) Picornaviirustele on iseloomulik küllalt kõrge rekombinatsiooni sagedus: Kahe sama serotüüpi viiruse puhul on see 10 – 20% ühe infektsioonitsükli jooksul; Erinevate serotüüpide vahel on see vaid 0,01% Rekombinatsioon toimub RNA sünteesi käigus (enamasti negatiivsete ahelate sünteesi jooksul) nn. Copy-choice mehhanismi abil: RNA polümeraas koos sünteesitava ahelaga eraldub maatritsilt; Sünteesitav ahel paardub järgnevalt teise RNA molekuliga; Süntees jätkub uuel maatritsil. Protsessi tulemuseks on rekombinantne RNA molekul. Teiseks geneetiliseks variatsioonide tekitamise mehhanismiks on picornaviirustel RNA polümeraasi poolt tekitatud vead ( üks viga 10 000 nukleotiidi kohta). Virionide moodustumine Protomeer - Mitme subühikulised valgud sisaldavad kahte või enamat mittekovalentselt seotud polüpeptiidi, mis võivad olla nii identsed kui ka erinevad.
transitsioon (BU inkorporeerub DNAsse tavalisemas ketovormis ja muutub enoolvormiks replikatsiooni käigus). A:T <-> G:C transitsioonid (mõlemas suunas). 2-aminopuriin toimib analoogselt BU-ga, kuid inkorporeerub A või G kohal. 139. Desamiinivad ühendid mutatsioonide tekkel.!!! HNO2 on potentsiaalne mutageen, mis toimib nii replitseeruvale kui ka mittereplitseeruvale DNAle. Põhjustab transitsioone mõlemas suunas A:T <-> G:C. A deamineeritakse hüpoksantiiniks, viimane annab 2 H-sidet ja paardub C-ga. A:T -> G:C transitsioonid. C deamineeritakse U-ks, mis paardub A-ga G asemel G:C -> A:T transitsioonid. G deamiinimisel tekib ksantiin, kuid see paardub ikka C- ga, nagu G-gi ja mutageenset effekti pole. 140. Amesi test ainete mutageensuse määramisel. Amesi test - näitab kas mingid ained on mutageensed (vôi on muutunud sellisteks koosttoimes teiste ainetega). Testertüvena kasutatakse mutantse geeniga Salmonella typhimurium'i, mis ei suuda ise histidiini sünteesida
lisamine/deleteerimine. 1. Lämmastikaluse asendamine. Peamiselt taimede mitokondrites (CU asendus). Inimese ja küüliku apolipoproteiinis CU asendus (tsütosiini oksüdatiivse deamineerimise tulemusena) tekitab UAA koodoni. 2. U-nukleotiidide lisamine või deleteerimine. Kirjeldatud trüpanosoomide mitokondrites mRNA molekuli koostisesse lisatakse U-sid. Nukleotiidide sisestamiskohti sisaldava mRNA piirkonnaga paardub mRNA vastava kohaga osaliselt homoloogiline RNA molekul, mida nim giid-RNAks. Giid-RNAs asuvad mRNAga mittepaarduvates alades A-nukleotiidid ja just nende vastu lisatakse mRNA- s uridiinmonofosfaadid. 62. Transkriptsiooni ja translatsiooni toimumise aeg ja koht bakterites ja eukarüootides. Eukarüootses rakus toimuvad transkriptsioon ja translatsioon nii ajaliselt kui ka ruumiliselt lahus + mitme etapina, prokarüootides mitte. Eukarüootides transkripts
Lämmastikaluste asendamine toimub peamiselt taimede mitokondrites (C-U asendus). Inimese ja küüliku apolipoproteiinis C-U asendus tsütosiini oksüdatiivse deamineerimise tulemusena tekitab UAA koodoni. Nukleotiidide lisamine v deleteerimine on võrreldes lämmastikaluste asendamisega komplekssem protsess. Kirjeldatud trüpanosoomide mitokondrites mRNA molekuli koostisesse lisatakse U-sid. Nukleotiidide sisestamiskohti sisaldava mRNA piirkonnaga paardub mRNA vastava kohaga osaliselt homoloogiline RNA molekul, mida nimetatakse giid-RNAks. Giid-RNAs asuvad mRNAga mittepaarduvates alades A nukleotiidid ja just nende vastu lisatakse mRNAs uridiinmonofosfaadid. Kuigi RNA editingi bioloogiline tähtsus on seni veel väljaselgitamisel, on selge, et see protsess mõjutab oluliselt geenide avaldumistaset trüpanosoomide ja taimede mitokondrites. 63. Transkriptsiooni ja translatsiooni toimumise aeg ja koht bakterites ja
Primaarstruktuur- nukleotiidijääkide hulk ja järjestus RNAs, tekib sünteesijärgselt. Sekundaarstruktuur- molekul, milles üksikahelalised lõigud vahelduvad kaksikahelaliste lõikudega, omavahel paarduvad, ristikheinakujuline. Tertsiaarstruktuur- 3D struktuur, L- kujuline, tekib RNA ühinemisel valkudega. tRNA molekulid on väga väiksed. 5´ otsas on fostaatrühm, 3´ osta liitub aminorühm. Kõige tähtsam osa on antikoodon, mis on komplementaarne mRNA koodoniga ning paardub sellega translatsiooniprotsessis, koosneb kolmest lämmastiksalusest. tRNA esineb rakus kolme vormina: Aminoatsüül-tRNA, tRNA, mille 3' otsa on seotud aminohape. Peptidüül-tRNA, tRNA variant, mis esineb ainult ribosoomis valgusünteesi käigus; peptidüül-tRNA 3' otsa on veel seotud aminohape, mis on omakorda juba moodustanud peptiidsideme sünteesitava valguahelaga. Deatsetüleeritud tRNA, "tavaline" tRNA, tRNA millele pole aminohapet seotud. 15
X kromosoomi inaktivatsioon algab X-inaktivatsiooni keskusest XIC. Lisaks XIST RNA-le, mis on vajalik inaktivatsiooniks, avaldub inaktiveeritud X kromosoomis >15% geenidest. Lisaks avaldub selles kromosoomis veel 10% X-liitelisi geene ja seda erinevatel naistel erineval määral – suurendab fenotüübilist varieeruvust Regulatoorsete RNA-de roll X kromosoomi inaktivatsioonil Xist RNA inaktiveerib X kromosoomi Tsix, mis on komplementaarne Xist RNA-ga, paardub sellega ja surub maha Xist RNA ekspressiooni 21. Mitoosi- ja meioosikromosoomide uurimise tsütoloogilised meetodid. 15 Enamus uuringuid teostatakse mitoosi metafaasi kromosoomidega. Rakkude töötlemine kromosoomide analüüsiks Kromosoomide nähtavale toomiseks kasutatakse erinevaid värve. Kromosoomide diferentsiaalvärvimise
kordub regulaarselt (iga 0,34 nm järel) teatav alamstruktuur. Watson ja Crick esitasid DNA mudeli, mis hiljem leidis kinnitust ka eksperimentaalselt. DNA on paremalepöörduv 2-ahelaline heeliks. Nukleotiidid polünukleotiidahelas on kovalentselt seotud fosfodiestersidemete kaudu. 2 polünukleotiidahelat on omavahel seotud vesiniksidemete kaudu, mis tekivad lämmastikaluste vahel. Alustevaheline paardumine on spetsiifiline: A paardub T-ga ja G paardub C-ga. Seega koosnevad kõik aluspaarid ühest puriinist ja pürimidiinist. Lämmastikaluste spetsiifilise paardumise määrab ära see, et vesiniksidemed saavad moodustuda ainult kindlate paaride korral. A ja T vahel moodustub 2 vesiniksidet, C ja G vahel 3. Lämmastikaluste spetsiifilisest paardumisest tuleneb DNA ahelate komplementaarsus. Kui ühe DNA ahela nukleotiidne järjestus on teada, on selle põhjal võimalik kirjutada vastasahela nukleotiidne järjestus.
kordub regulaarselt (iga 0,34 nm järel) teatav alamstruktuur. Watson ja Crick esitasid DNA mudeli, mis hiljem leidis kinnitust ka eksperimentaalselt. DNA on paremalepöörduv 2-ahelaline heeliks. Nukleotiidid polünukleotiidahelas on kovalentselt seotud fosfodiestersidemete kaudu. 2 polünukleotiidahelat on omavahel seotud vesiniksidemete kaudu, mis tekivad lämmastikaluste vahel. Alustevaheline paardumine on spetsiifiline: A paardub T-ga ja G paardub C-ga. Seega koosnevad kõik aluspaarid ühest puriinist ja pürimidiinist. Lämmastikaluste spetsiifilise paardumise määrab ära see, et vesiniksidemed saavad moodustuda ainult kindlate paaride korral. A ja T vahel moodustub 2 vesiniksidet, C ja G vahel 3. Lämmastikaluste spetsiifilisest paardumisest tuleneb DNA ahelate komplementaarsus. Kui ühe DNA ahela nukleotiidne järjestus on teada, on selle põhjal võimalik kirjutada vastasahela nukleotiidne järjestus.
Nukleotiid on mono-, di-, või trifosfaat-desoksüribonukleosiid: see on desoksüriboos-suhkur, millele on kinnitunud üks, kaks või kolm fosfaatrühma. Nende nukleotiidide vahelisel interaktsioonil tekivad fosfodiestersidemed ning seeläbi moodustub DNA kaksikheeliksi fosfaat-desoksüriboos selgroog (aluspaarid on sissepoole suunatud). Nukleotiidid on kahe ahela vahel seotud aluspaaridest tulevate vesiniksidemetega. Adeniin paardub tümiiniga ning tsütosiin guaniiniga. DNA kaksikheeliksi keemiline struktuur DNA ahelatel on suund, ahela lõppe nimetatakse 3'(kolm prim) ning 5'(viis prim) otsteks. Need väljendid viitavad desoksüriboosi süsiniku aatomile, millele järgmine fosfaat ahelas kinnitub. Lisaks komplementaarsusele on paarduvad DNA ahelad antiparalleelsed: nad on orienteeritud vastupidistele suundandele. Selle põhjuseks on asjaolu, et DNA polümeraas suudab DNAd sünteesida ainult ühes
Prokarüootides on vaja mRNAs spetsiaalset RBS (ribosome binding site) järjestust AGGAGG, mis asub AUG koodonist 7 nukleotiidi kõrgemal. · Sarnasused üldjoontes on sama intsiatsiooniprotsess. :D 67. Kirjeldage translatsiooni elongatsiooniprotsessi. · Kolmeetapiline protsess üldjoontes sarnane bakteris ja eukarüoodis Aminoatsüül-tRNA seondub ribosoomi A-saiti ning paardub antikoodonjärjestuse kaudu parasjagu A-saidis asuva koodonjärjestusega mRNAs, olles assotsieerunud elongatsioonifaktoriga EF-Tu, mis on seotud GTP-ga. Moodustub peptiidside ribosoomi A-saidis oleva aminoatsüül-tRNA aminorühma ja ribosoomi P-saidis oleva tRNA-ga seotud kasvava polüpeptiidahela viimase AH karboksüülrühma vahele. Kasvav polüpeptiidahel vabaneb tRNA-st P-saidis ja
32. Geneetilise info transleerimise põhimõttelised etapid kuni metaboliitideni Translatsiooniks on vajalikud tRNAd, aminoatsüül-tRNA-süntetaasid, ribosoomid, erinevad translatsioonifaktorid. mRNA molekuli nukleotiidne järjestus transleeritakse polüpeptiidi aminohappeliseks järjestuseks vastavalt geneetilisele koodile, mille alusel vastab igale aminohappele kas üks või mitu koodonit. Igal tRNA-l on oma aminohape ning antikoodon, mis paardub mRNA-l koodoniga. Peptidüültransferaas katalüüsib aminohapete vahel peptiidsideme. Kui valgu süntees termineerub, järgneb modifikatsioon, näiteks valgu prekursorite proteolüütiline lõikamine, glükosüleerimine, fosfolüleerimine, atsetüleerimine. 33. Autosoom-retsessiivse pärilikkusega sugupuu (3 põlvkonda, kui vanaisa ja vanaema olid mutatsiooni kandjad) 34. Mida tähendab sulamistemperatuur nukleiinhapete hübridisatsioonil (melting temperature) Tm0
denaturatsioonikolonniga. Kolonn lahutab produkte. Hetero- ja homodupleksid tulevad erineval ajal läbi kolonni, sest denatureeriv mõju neile on erinev. Väga kiire, väga täpne, väga kallis. Üldiselt kasutatakse teadaolevate mutatsioonide leidmiseks. SSCP punktmutatsioonide tuvastamiseks (90% 1 nukleotiidi vahetustest leiab üles). 1- ahelaline geenifragment amplifitseeritakse, denatureeritakse, kantakse mittedenatureerivale polüakrüülamiidgeelile, kus ta paardub iseendaga, võttes ühe neljast võimalikust kõige vähem energiat nõudvast konformatsioonist. Erineva konformatsiooni tõttu liiguvad liiguvad jupid geelis erinevalt kõige rohkem pakitud versioon kõige kiiremini. Heterodupleks test segad kontrollDNA paljude teistega kokku, kuumutad ja paned geelile. Ahelad hübridiseeruvad, mittesobivuse korral tekib ahelasse mull (mutatsioonide korral). Mulliga liiguvad tavaliselt aeglasemalt ja on geelis ootamatute kohtade peal.
"ristikheinalehe" kujuga. tRNA sekundaarstruktuuri moodustavad 4 kaksikahelalist osa (õlga) ja 4 üksikahelalist piirkonda (lingu), mis paiknevad vastavate õlgade otstes. "aktseptor-õlg", selle 3' otsa paardumata nukleotiididele liidetakse estersidemega aminohape. FUNKTSIOON: o [Osaleb translatsioonil. Antikoodon paardub mRNA koodoniga, tRNA 3’ otsas olev aminohape seondub valguahelaga (ise lahti seletatud)] o antikoodoni kolm nukleotiidi paarduvad mRNA koodoniga, mis on geneetilise translatsiooni ja geneetilise koodi strukturaalseks aluseks. o (Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus.)
sünteesitakse ERile kinnitunud ribosoomidelt. Ribosoomide ülesandeks on transleerida mRNAs peituv informatsioon valgujärjestuseks. mRNA lugemine käib kolmenukleotiidiste koodonite (tripletite) kaupa, millest igale seatakse vastavusse õige aminohape. Igale aminohappele vastab konkreetne tRNA, mis selle ribosoomi transpordib. Aminohappe ja tRNA kompleksi nimetatakse aminoatsüül-tRNAks. Viimane sisaldab oma järjestuses kolmenukleotiidist antikoodonit, mis paardub mRNAl asuva koodoniga komplementaarsuse alusel. 20.Hormonaalse signaali ülekandega seotud mõisted a) primaarne ülekandja e hormoon, s.o organismis tekkiv substants, mis edastab signaali mingi muutuste tekitamiseks rakus. b) retseptor - ainult sihtelundite rakkudel on retseptorid vastavate hormoonide jaoks, mistõttu nad saavad "lugeda" hormoonides keemiliselt kodeeritud informatsiooni c) sekundaarne ülekandja - vabaneb rakus, kui hormoon seondub sihtmärk-raku
mRNA translatsiooni aktiveerib regulatoorne RNA, valk või temperatuuri tõus, mis harutab juuksenõela lahti ja vabastab RBS-i. Translatsiooni initsiatsiooni pärssivate sekundaarstruktuuride kadumine kõrgemal temperatuuril. Kuumashoki sigma faktori RpoH mRNA muutub transleeritavaks kõrgemal temperatuuril. Translatsiooni initsiatsiooni pärssimine antisens-RNA abil micF on iseseisva geeni poolt kodeeritud antisens-RNA, mis paardub endale osaliselt komplementaarse mRNA 5' otsaga. micF RNA on translatsiooniline repressor. micF paardub ompF (kodeerib välismembraani valku F) mRNA RBS-i ja initsiaatorkoodonit AUG sisaldava alaga, blokeerides ompF geeni translatsiooni. Need micF RNA molekulid, mis ei ole paardunud ompF mRNA-ga, võtavad sekundaarstruktuuri, mis soodustab nende degradatsiooni. micF RNA ekspressioonitase on rakus maksimaalne madala temperatuuri ja madala osmootse rõhu korral. Translatsiooni attenuatsioon
lugemisraamis. Ühe AH lisamine või eemaldamine põhjustab nihet. · Degenereerunud ehk kõdunud peaaegu kõigile AH vastab enam kui üks koodon · Seaduspärane · Geneetilisse koodi kuuluvad spetsiifilised koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile. · Universaalne kõigile elusorganismidele. 70. Koodon-antikoodon paardumine, selle täpsus. Mis on supressor-tRNA? tRNA antikoodonjärjestus paardub mRNAs asuva koodonjärjestusega koodoni kahe esimese nukleotiidi osas väga täpselt, vastavuses lämmastikaluste komplementaarsuse põhimõttele. Koodoni kolmandas positsioonis asuva nukleotiidiga paardumine on ebatäpne, mistõttu seda saiti koodonis nim lõdvaks. Supressor-tRNA on stoppkoodoniga paarduv mutantne tRNA. Mutatsioonid tRNA geenides, mille tulemusena mutatsioon tRNA antikoodonis võimaldab tRNA-l paarduda mRNAs oleva
konverteerimine U-ks tekitab mRNA molekuli keskele translatsiooni stop koodoni UAA. Nukleotiidide lisamine või deleteerimine on võrreldes lämmastikaluste asendamisega komplekssem protsess. Seda protsessi on kirjeldatud eeskätt trüpanosoomide mitokondrites (näit. algloom Leishmania tarentolae, kes põhjustab inimestel unetõbe). mRNA molekuli koostisesse lisatakse uridiinmonofosfaate. Nukleotiidide sisestamiskohti sisaldava mRNA piirkonnaga paardub mRNA vastava kohaga osaliselt homoloogiline RNA molekul, mida nimetatakse giid-RNA-ks. Giid-RNA-s asuvad mRNA-ga mittepaarduvates alades A nukleotiidid ja just nende vastu lisatakse mRNA-s uridiinmonofosfaadid. 64)Ribosoomide ehitus prokarüootses ja eukarüootses rakus. Ribosoomid koosnevad väikesest ja suurest subühikust. Bakteri ribosoomide väike subühik suurusega 30S koosneb 16S rRNA molekulist ja 21-st erinevast polüpeptiidist
Funktsionaalselt on tRNA molekuli tähtsaim osa antikoodon, mille kolm nukleotiidi paarduvad komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA koodoniga, mis on geneetilise translatsiooni ja geneetilise koodi strukturaalseks aluseks. Seetõttu on antikoodoni lingu ruumiline konformatsioon oluline täpse koodon-antikoodon seondumise toimumiseks. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb tRNA ahel järsu pöörde. Nukleotiid 34, esimene antikoodoni nukleotiid paardub mRNA koodoni viimase 3. nukleotiidiga ja seetõttu on oluline, et koodon-antikoodon seondumine lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33 ga, niiviisi määrab tRNA ahelas toimuv järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks. Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus.
Funktsionaalselt on tRNA molekuli tähtsaim osa antikoodon, mille kolm nukleotiidi paarduvad komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA koodoniga, mis on geneetilise translatsiooni ja geneetilise koodi strukturaalseks aluseks. Seetõttu on antikoodoni lingu ruumiline konformatsioon oluline täpse koodon-antikoodon seondumise toimumiseks. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb tRNA ahel järsu pöörde. Nukleotiid 34, esimene antikoodoni nukleotiid paardub mRNA koodoni viimase 3. nukleotiidiga ja seetõttu on oluline, et koodon-antikoodon seondumine lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33 ga, niiviisi määrab tRNA ahelas toimuv järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks. Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. Ribosoomide ehitus ja funktsioon
Funktsionaalselt on tRNA molekuli tähtsaim osa antikoodon, mille kolm nukleotiidi paarduvad komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA koodoniga, mis on geneetilise translatsiooni ja geneetilise koodi strukturaalseks aluseks. Seetõttu on antikoodoni lingu ruumiline konformatsioon oluline täpse koodon-antikoodon seondumise toimumiseks. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb tRNA ahel järsu pöörde. Nukleotiid 34, esimene antikoodoni nukleotiid paardub mRNA koodoni viimase 3. nukleotiidiga ja seetõttu on oluline, et koodon-antikoodon seondumine lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33 ga, niiviisi määrab tRNA ahelas toimuv järsk pööre ära koodoni pikkuse (3 aluspaari). Antikoodon on sobivas ruumilises struktuuris mRNA koodoniga paardumiseks. Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. Ribosoomide ehitus ja funktsioon
Mingil hetkel algab selle aktiivne transkriptsioon ja protsessimine ja moodustavad ka argonaudiga RISC kompleksi. Valmis piRNAd võivad olla ise ka matriitsiks uutele piRNAdele. piRNAd juhivad piwi valgud märklaud-transposoonideni • • MikroRNAde biogenees • miRNAdel on oma geenid, kust transkribeeritakse RNAP II vahendusel pri- miRNA. Primaarselt transkriptil pri-miRNAl 5’cap ja 3’polyA. Pri-miRNA moodustab juuksenõelastruktuuri, kus ahel paardub iseendaga, moodustades lingu. Juuksenõelastruktuur lõigatakse tuumas paikeva DROSHA poolt. seejuures on abiks RNAd siduv valk DGCR8. Lõikamise tulemusel moodustub pre-miRNA ehk prekursor miRNA, mis transporditakse tuumast tsütoplasmasse valgu eksportiin-5 abil. Eksportiin-5 tunneb ära Drosha tekitatud 3’ üleuletuva otsa. Tsütoplasmas lõikab pre-miRNA juuksenõela Dicer ning vabaneb küps miRNA. Tekib miRNA-
tsütoplasmast tuuma valke, mis sisaldavad tuumalokalisatsioonisignaali. Eksportiinid transpordivad tuumast välja valke, mis sisaldavad tuumaekspordisignaali. 7. Post-transkriptsioonilise regulatsiooni mehanismid, mis toimivad tsütoplasmas mikroRNAd ja tsütoplasmaatiline polüadenüülimine. RNA-sõltuv vaigistamine lühikesed RNAd seostuvad märklaud-mRNAde 3' UTRidele, mille tulemusena represseerivad märklaudgeenide ekspressiooni. siRNA small interfering RNA paardub märklaud-mRNA 3' otsaga täiesti komplementaarselt, miRNA mikroRNA puhul on ka üksikuid mittepaardunud nukleotiide. RNA interferents indutseerib mRNAde lagundamist. Dicer on valk, mis lõikab kaksikahelalise RNA prekursor RNA stem-struktuuridest välja. RISC kompleks RNA-indutseeritud vaigistav kompleks multivalkkompleks, mis sisaldab vaid üht RNA ahelat. Seal protsessitakse kaksikahelalisi siRNAsid ja miRNAsid edasi. RISC
sama polütsistroonse mRNA poolt kodeeritud R-valkude sünteesi. Faagi T4 ssDNA-ga seonduva valgu translatsioon T4 valk gp32 on ssDNA-ga valk, mis osaleb faag T4 replikatsioonil. Kui ssDNA on ära seotud, seondub gp32 enda mRNA-le, pärssides sellelt translatsiooni. Seega on gp32 hulk rakus otseselt seotud vaba ssDNA hulgaga. Translatsiooni initsiatsiooni pärssimine antisens-RNA abil micF on iseseisva geeni poolt kodeeritud antisens-RNA, mis paardub endale osaliselt komplementaarse mRNA 5' otsaga. micF RNA on translatsiooniline repressor. Ta paardub ompF (kodeerib välismembraani valku F) mRNA RBS-i ja initsiaatorkoodonit AUG sisaldava alaga, blokeerides ompF geeni translatsiooni. Need micF RNA molekulid, mis ei ole paardunud ompF mRNA-ga, võtavad sekundaarstruktuuri, mis soodustab nende degradatsiooni. micF RNA ekspressioonitase on rakus maksimaalne madala temperatuuri ja madala osmootse rõhu korral.
annaabi.ee 
