Koodonite ja aminohapete seoseid kujutatakse koodipäikese abil. Ühele aminohappele võib vastata kuni 6 erinevat koodonit, kuid üks koodon vastab alati ühele kindlale aminohappele. Üks ja sama nukleotiid mRNA ahelas ei kuulu üheaegselt kõrvutiasetsev atesse koodonitesse. Esimeseks koodoniks mRNA molekulis on alati initsiaatorkoo don A-U-G (meteoniin). Viimaseks koodoniks on stopp- ehk nonsenskoodon (3 varianti), millele ei vasta ühtegi aminohapet. Translatsiooni terminatsioon Translatsiooni terminatsioon on protsess, mille kaigus lopuni sunteesitud polupeptiid ribosoomist vabaneb ning 70S ribosoom laguneb subühikuteks. Ka terminatsioonil osalevad valgulised faktorid, mis stimuleerivad polupeptiidi ulekannet tRNA-lt veele ja subuhikute dissotsiatsiooni. Polupeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub uks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG voi UGA. Stop-koodoneid tunnevad ara
liiguvad selt läbi tuumamembraanis olevate pooride tsütoplasmasse. Osa neist liitub ER-ga moodustades kareda ER-i. Ribosoomide kogumikku nimetatakse polüsoomiks. (ER - endoplasmaatiline võrgustik) 36. Translatsioon e. valgusüntees Translatsioon on protsess, mille käigus sünteesitakse aminohapetest polüpeptiidahel. Translatsioon on peamine osa valgusünteesist. Translatsiooni viib läbi ribosoomi kompleks. Translatsioon jaguneb kolmeks faasiks: initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon. Initsiatsiooni käigus moodustub funktsionaalne ribosoom, mis on võimeline translatsiooni läbi viima.Elongatsioonil toimub aminohapete lisamine peptiidahelasse. Terminatsioonil vabaneb sünteesitud valk ribosoomist. 37. Millises suunas toimub uute polüpeptiidahelate süntees? N-terminus C-terminus 38. Translatsiooni initsiatsioon. Ribosoom kinnitub mRNAle startkoodoni (AUG) lähedale. See faas lõpeb kui tRNA molekul koos metioniiniga tunneb ära startkoodoni ja kinnitub sellele.
Spetsiifiline seondumine tRNAga Komplementaarne aluste paardumine mRNA koodoni ja tRNA anti koodoni vahel. mRNA tunneb ära tRNA anti koodoni, mitte a/h Translatsiooni 4 staadiumi 1. tRNA aktiveerimine 2. Initsiatsioon 3. Elongatsioon aminoatsüül tRNA sidumine ribosoomiga Peptiidsideme moodustumine a/h vahel Ribosoomi liikumine järgmisele koodonile 1. Terminatsioon tRNA aktiveerimine(aminoatsüleerimine) 1. A/h ühineb tRNAs aminoatsüültRNA süntetaasi abil 2. Kasutab ATP energiat. 3. 20 erinvat different aminoatsüültRNA syntetaasi (igal a/h oma) 4. tRNAs on ensüümi spetsiifiline sait ATP and amino acid bind to aminoacyltRNA synthetase, to form aminoacylAMP + 2 phosphates. tRNA binds to aminoacylAMP. Amino acid transfers to tRNA, displacing AMP.
Eukarüoodil kontrollitakse iga geeni transkriptsiooni eraldi. Aktivatsioonil osalevad abistavate faktoritena organismi signaalmolekulid. I initsiatsioon kromatiini avamine CRC tegevuse tulemusena, TF seondumine promootorile. H sideme lõhkumisel osalevad teatud transkipstioonifaktori, RNA sünteesi viib läbi RNA polümeraas (I;II;III). Transkriptsiooni käivitamisel osalevad nii NH kui valgud (cis, trans) initsiatsioon-elongatsioon- terminatsioon 2. Kuidas, millest ja kus moodustub tuumake? Tuumakese funktsioon?. 3. Kuidas toimub eukarüoodil transkriptsiooni initsiatsioon? Millised faktorid on vajalikud? Vt eelmist. Eukarüootne transkriptsioon erineb prokarüoosest, et vajab initsiatsioonis cis-aktiveerivate elementide (spetsiifiliste DNA piirkondade) ja transs (aktiveervate faktorite, regulatoorsete valkude) koostoimet. Geeni 5' alas, esimese eksoni ees, asub promootorpiirkond, kus on terve rida
: Trp operon on ~7kb ja toodab 5 geeni produkti, mis vajalikud trüptofaani sünteesiks trpAE. Promootor ja operaator on üleval pool struktuursetest geenidest Juhtpiirkond (trpL) on trp AE kodeerivate ja operaatori vahel trpL sees on attenueeriv piirkond (att). TrpR (repressorvalgu geen) on promootorist eespool E. coli Trp operon'i skeem trp operoni regulatsioon: Kaks mehhanismi: 1. Repressor/operaator interaktsioon 2. Initseeritud transkripti terminatsioon 1. Repressor/operaator interaktsioon Kui trüptofaan olemas, siis see ühineb trpR geeni produktiga trpR valk ühineb trp operaatoriga ja takistab tarnskriptsiooni Repressioon vähendab trp operoni aktiivsust ~70x 2. Initseeritud transkriptiga termineerimine Transkriptsiooni kontrollib nn. Atenueerimine, mis tähendab lühikese mittetäieliku polüpeptiidi sünteesi Kui trüptofaani ei ole, siis süntees maksimaalne
komplementaarsus põhjustab ulatuslikku aluspaaride teket ja kaheahelaliste (hairpin-struktuurid) moodustumist. *mRNA vehalduvad intronid ja eksonid, sisaldab polü-A saba; intron vahejärjestus; ekson kodeeriv järjestus; polü-A saba seotud RNA stabiilsusega. b) funktsiooni valgu sünteesi protsessis valgu sünteesi protsessis eristuvad kaks staadiumit: transkriptsioon(1) ja translatsioon(2), mis omakorda hõlmab kolme etappi: Initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon. *tRNA I ribosoomi väike subühik seostubinitsiaator tRNA-ga ning siis mRNA-ga. Seejärel seostub ribosoomi suur subühik ja formeerub algatuskompleks. E aminohppeid kandvad tRNA-d leiavad oma kohad tänu mRNA koodonite ja tRNA antikoodonite komplementaarsusele. Aminohapped seostuvad peptiidsidemetega. *rRNA seostub valkudega kompleksideks. *mRNA 1- geeni nukleotiidse järjestuse ümberkirjutamine sünteesitavasse mRNA-sse. 2-mRNA-sse
aktiveerida. Neil on DNA-ga seonduv osa (domeen), mis võimaldab neil DNA järjestusega (enhanser, promootori elemendid) seonduda. Transkriptsioon toimub tuumas. Transkriptsioon faasid: 1. Initsiatsioon e. algus (initiation)- Nukleotiidi molekule lisatakse ükshaaval kuni 9 aluspaari on lisatud ja siis saab alata elongatsioon (RNA polümeraas saab liikuda). 2. Elongatsioon e. pikendus (elongation)- DNA lahtikeeramine ja nukleotiidide lisamine jätkub 3. Terminatsioon e. lõpp (termination)- Moodustab juuksenõela struktuuri (enda suhtes komplementaarne). mRNA modifikatsioonid: · 5' `müts' (cap)- funktsioonid: Olla `lipuks' transpordil tuumast välja, Kaitsta lagundamise eest, Seondumiskoht ribosoomile (translatsiooni algus) · 3' polü(A) saba- funktsioonid: Kaitseb lagundamise eest, Vajalik translatsiooni lõpetamiseks · Splaissimine- snRNA molekulid viivad läbi
InimeseY kromosoom- *Paljud X-seoselised geenid omavad inaktiivseid homolooge Y, enamik on deleteerunud täielikult. *Kordusjärjestuste amplifikatsioon ja lisandumine autosoomidest on arvatavasti päästnud inimese Y kromosoomi. *Mõnedel kukkurloomadel on Y kromosoome limineeritud teatavates somaatilistes kudedes. *Molevoles (Ellobius) on kaotanud Y kromosoomi täielikult. *10 mln.aasta pärast on mees kui selline muutunud ajalooks. *Merohaplodiploidne (XX,X0) soode terminatsioon kujutab endast evolutsiooni lõppmängu Mis eristab meid genoomsel tasandil hiirtest? ·Töö hiire genoomiga Mouse Genome Sequencing Consortium (MGSC). Roti genoomiga RGSC ·Genoomide võrdlus üldiselt: Inimese genoom on veidi suurem, vahe korduselementide hulgast. Hiire intergeensed alad ja intronid (keskmiselt 16%) väiksemad. Esineb lokaalne erinevus. Eksonite ja kodeeriva DNA suurus (550 koodonit) sarnane, sarnane on ka ortoloogsete geenide hulk
mille hulka kuuluvad 3 universaalset faktorit: EF-Tu (+ GTP) – vahendab aminoatsüül-tRNA 13 sisenemist ribosoomi vabasse A-saiti; EF-Ts – EF-Tu guaniini nukleotiidivahetusfaktor, katalüüsides GDP vabanemist EF-Tu-lt; EF-G (+ GTP) – katalüüsib tRNA ja mRNA translokatsiooni mööda ribosoomi pärast iga polüpeptiidi elongatsioonitsükli lõppu. Terminatsioon Terminatsiooni käigus peab vabanema valmissünteesitud peptiidahel ja ribosoomid tuleb vabastada kõigist tema ligandidest. Terminatsiooni- (ehk nonsense) ehk STOP-koodoneid on 3: • UAG - amber • UAA - ochre • UGA - opal Kui ribosoomi A-saiti satub üks nendest koodonitest ja P-saidis on peptidüül-tRNA, siis algab terminatsioon. Peptiidi vabanemisfaktor ehk klass I polüpeptiidi vabanemisfaktor (RF ehk
heterotsüklilised aluste analoogid, alküleerivad ja interkaleeruvad agendid). (keemilised mutageenid põhjustavad peamiselt vist valesid paardumisi). XXVII TRANSKRIPTSIOON ja GEENI EKSPRESSIOONI REGULATSIOON 1. Transkriptsioon prokarüootidel. Staadiumid: (1) RNA polümeraasi holoensüümi seondumine promootorsaiti; (2) polümerisatsiooni initsieerimine. RNA ahela elongatsioon e pikenemine. (4) RNA ahela terminatsioon e lõpetamine. RNA polümeraas seondub DNA promootorjärjestusega ning keerutab biheeliksi lahti ja initsieerib mRNA sünteesi. Promootorid on DNA järjestused, kuhu seonduvad RNA polümeraasid. Koosnevad reeglina ~40 bp piirkonnast, mis asub RNA sünteesi alguskohast 5'-suunas. Promootor sisaldab 2 konsensusjärjestust: (1) ,,-35 regioon" TTGACA konsensusjärjestus ja (2) Pribnow järjestus TATAAT konsensusjärjestus -10 juures.
Liiga pikk 3´UTR (RNA polümeraas on ülesünteesinud mRNA-d). mRNAd, kus kasutatakse korraga erinevates lugemisraamides valgusünteesi initsiaatorkoodoneid. NMD toimub enamasti enne, kui on katkenud mRNA füüsiline side tuumaga. Enneaegset stop-koodonit sisaldav mRNA molekul, mis on jõudnud tsütoplasmasse, pääseb suure tõenäosusega lagundamisest. NMD on alati seotud lagundatava mRNA translatsiooniga - NMD toimumiseks on vajalik translatsiooni terminatsioon enneaegsel stop-koodonil. 7. Regulaatorvalkude olulisemad alaklassid pro- ja eukarüootsel geeniregulatsioonil? Heeliks-pööre-heeliks motiiviga valgud. Homeodomääni valgud. Tsinksõrme sisaldavad valgud. Aluselised leutsiini-tõmblukku sisaldavad valgud. Aluselised heeliks-ling-heeliks valgud. POU-domääni valgud. Steroidhormoonide retseptorid 8. Iseloomusta heelixlingheelix regulaatorvalgu ehitust joonisena ja kirjelda funktsiooni
111. RNA ahela elongatsioon prokarüootidel. Elongatsioon - RNA ahela pikendamine. Transkriptsiooni mull 18 nukleotiidi paari pikk; 40 ribonukleotiidi RNAsse sekundis. RNA polümeraas ise keerab ettepoole lahti ja sulgeb tagantpoolt jälle DNA kaksikheeliksi. Lühike DNA/RNA heterodupleks RNA sünteesi alguses. Ilmselt vaid 3 nukleotiidi paari. RNA sünteesi suund = DNA sünteesi suund. Prokarüootidel tihti transkriptsioon, translatsioon ja mRNA degradatsioon samaaegselt. 112. RNA ahela terminatsioon prokarüootidel. Rho sôltuv ja rho sôltumatu terminatsioon. Terminatsioon - RNA ahela sünteesi lôpetamine. Vajalik teminatsiooni siho sõltumatu terminatsion. G-C rikas piirkond, millele järgneb 6 või rohkem A:T paari, kus A-d on matriitsahelas. G:C rikas piirkonda transkriptsioonil moodustub sisemise homoloogsusega RNA, mis moodustab sekundaarseid kaksikahelaid e. juuksenõela struktuure. See struktuur aeglustab RNA polümeraasi
tingimustes, tavalistes, aeroobsetes tingimustes kasvavates bakterites need geenid ei avaldu. Sec lülitumiseks valgu kindlasse kohta ei piisa siiski neist kolme geeni produktidest. mRNA's on Sec'i kodeeriva UGA järel eriline juuksenõel struktuur, mis tekitab ribosoomi peatumise. UGA koodoni kohal toimub konkureerimine Sec-tRNA ja RF-2 vahel. Tõenäoliselt toimub Sec lülitumine ainult osadel valkudel ja teistel toimub sel kohal terminatsioon. Eriline, Sec-spetsiifiline EF-Tu ei lase selenotsüsteiini lülitada stop-koodonina funktsioneerivate UGA koodonite kohale. Suppressor tRNA ja translatsiooni täpsus. Valgu geenides toimuvad mutatsioonid võivad tekitada lugemisraamis stop koodoneid, mis viivad valgu lühenemisele ja valgu funktsiooni kadumisele. Sellistest kahjulikest mutatsioonidest saavad organismid üle suppressor tRNA'de abil. Suppressor tRNA'd võivad transleerida nii stop koodoneid
TRANSLATSIOON e valgusüntees, toimub tsütoplasmas, ribosoomides. Aminohapetest sünteesitakse polüpeptiidahel. Protsessi viib läbi ribosoomikompleks, mis koosneb: · 30S subühikust (eukar: 40S) ja 50S subühikust (prokar: 60S); või vastavalt väike ja suur subühik · mRNA (sisaldab geneetilist koodi) · initsiaator-tRNA · initsiatsiooni- või elongatsioonifaktor (oleneb faasist). Protsessis on kolm faasi: initstiatsioon -> elongatsioon -> terminatsioon. Ribosoom läbib selle käigus valgusünteesi ribosoomi tsükli. Vastavalt faasidele toimub: funktsionaalse ribosoomi moodustumine -> aminohapete lisamine peptiidahelasse -> sünteesitud valgu vabastamine ribosoomist. Tegu on kahe-astmelise dekodeerimisprotsessiga: 1. preribosomaalne etapp -> aminoatsüül-tRNA süntees 2. ribosomaalne etapp -> koodon-antikoodon translatsioon ja peptidsideme süntees ribosoomil.
tulemusena välja. 38. Mis juhtub, kui polüadenülatsiooni motiivis (AAUAAA) või RNAP II CTD alas on mutatsioon? a. CTD mutatsioon takistab seondumist TF-de ja DNA-ga, inhibeerib transkriptsiooni. TF-d ei seondu. b. AAUAAA mutatsioon takistab polü A saba lisamist, spetsiaalsed faktorid ei seondu (vale lokalisatsioon, häiritud translatsioon, häiritud transkriptsiooni terminatsioon, eksonukleaaside vastuvõtlik.). c. (RNA transkriptide polüadenüülimist peaaegu ei esine, muteerumisel polü-(A) sabata transkriptid akumuleeruvad tuuma ning suunatakse lagundamisele.) 39. Selgita lühidalt mRNA polüadenüleerimise tähtsust eukarüoodi rakus. a. Polü A-saba lisamine: kaitseb, lokalisatsioon. 40. Seleta lühidalt attenuatsiooni mehanismi põhimõtet. Kasuta oma selgituses jooniseid. a
subühikule, millele järgneb seostumine suurele subühikule. Osalevad tsütoplsma valk- initsiaatorfaktorid. · Elongatsioon kõikide peptiidsidemete süntees, korduv tsükkel, mille käigus aminoatsüül-tRNA-d lisanduvad ribosoom-mRNA kompleksile ning polüpeptiidahel kasvab ühe aminohappejäägi võrra. Kasutatakse ATP või GTP keemilist energiat. Osalevad tsütoplasma valgulised pikendamisfaktorid. · Terminatsioon leiab aset kui jõutakse ,,stopp" koodonini, vabaneb polüpeptiidahel valk. Osalevad tsütoplasma vabastusfaktorid. 11. Eükarüootsetes organismides kodeerib üks mRNA ühe valgu sünteesi, prokarüootsetes aga mitut valku. Prokarüootides ei toimu mRNA modifitseerimist ja translatsioon ning transkriptsioon mõlemad toimuvad tsütoplasmas. Eükarüootidel toimub transkriptsioon tuumas, translatsioon ribossomis. 12
Mõlemad ahelad algsest kaheahelalisest DNA molekulist töötavad komplementaarse ahela sünteesil matriitsina. Rakuline vigade korrigeerimine ning teised veaparandusmehhanismid kindlustavad replikatsiooni võimalikult suure täpsuse. Kõigil nendel protsessidel saab üldjoontes eristada 3 etappi: 1) Initsiatsioon ehk protsessi alustamine 2) Elongatsioon ehk ahela pikenemine 3) Terminatsioon ehk protsessi lõpetamine 15. Nukleotiidsete järjestuste klassifikatsioonid imetajatel? Nukleotiidsete järjestuste klassifikatsioon: Lokalisatsiooni alusel a. Genoomsed järjestused rakutuumas olevad DNA järjestused aa. Mitokondriaalsed järjestused mitokondri DNAs B. Kodeerivuse alusel b. RNA ja valku kodeerivad järjestused struktuurgeenid bb. RNA ja valku mittekodeerivad järjestused - regulatoorsed C. Unikaalsuse alusel
TARTU ÜLIKOOL LOODUS- JA TEHNOLOOGIATEADUSKOND MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA INSTITUUT Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma Referaat TARTU 2014 Sissejuhatus Esimene täielikult sekveneeritud genoom kuulub bakteriofaagile -X174. Edukas viirusegenoomi DNA järjestuse kindlaks tegemine kannustas ette võtma mahukamaid projekte ja üks kulukamaid nende seas on ,,Inimese genoomi projekt" (HGP, inglise keeles the Human Genome Project). Tänaseks on välja töötatud järgmise põlvkonna sekveneerimismeetodid (NGS, inglise keeles next-generation high-throughput sequencing), mis nõuavad üha vähem ajalisi ja rahalisi ressursse. Selline soodus olukord on vallandanud sekveneerimisbuumi, mis on tõstatanud uue probleemi mida teha saadud andmetega? Üha rohkem tuntakse vajadust sekveneeritud DNA järjestusi analüüsida ja tõlge...
aminohapetest polüpeptiidahel ehk valguahel. Translatsioonil on 3 faasi: 1. initsiatsioon - ribosoom ankurdub mRNAle start-koodoni (AUG) lähedal. See faas lõpeb, kui tRNA molekul metioniiniga tunneb ära start koodoni ja kinnitub sellele. 2. elongatsioon - aminohapetest koosnev polüpeptiidi ahel pikeneb vastavalt koodonite infole. Igale koodonile toob tRNA molekul vastavalt järjestusele aminohappe. 3. terminatsioon - translatsiooni lõpetab stop-koodon, mis annab ribosoomile märku mRNA pealt alla hüpata. 20. Translatsiooni terminatsioon valguahela sünteesi lõpetamine. https://nukleiinhapped.weebly.com/transkriptsioon.html 21. Geeniekspressiooni regulatsioon Geeniekspressiooni käigus avaldub geenides sisalduv pärilik materjal RNA või valguna. Geeniekspressiooni algprodukt on DNA, vaheprodukt on RNA ja lõppprodukt on valk. Selle 3 olulisemat etappi: 1
tRNA molekuli külge tRNA nihkub koos mRNAga ribosoomi suhtes edasi ja teeb ruumi uuele tRNAle ribosoomi siseneb kolmas tRNA sünteesitakse peptiidside toimuvad samad protsessid... translatsioon lõpeb kui jõuab üheni stoppkoodonist (UAG, UGA, UAA) sünteesitud polüpeptiid vabaneb, eralduvad ribosoomi alamüksused ja mRNA translatsiooni järgselt aitavad valku pakkida tsaperonid 20. Translatsiooni terminatsioon. Polüpeptiidahela elongatsioon peatub, kui ribosoomi A- saiti siseneb üks kolmest terminaatorkoodonist: UAA, UAG, UGA. Terminaatorkoodonid tuntakse ära lahustuvate valkude, terminatsioonifaktoride ehk RFde poolt. Terminatsioonifaktorid kuuluvad kahte klassi. Bakteriaalsed esimese klassi faktorid tunnevad terminaatorkoodoneid ära erinevalt. Mõlemad tunnevad ära UAA, RF-1 tunneb ära ka UAG ja RF-2 tunneb ära veel UGA
kirjeldatud? 55. Molekulaarbioloogia põhidogma translatsioon ja replikatsioon, geneetiline informatsioon liigub DNA-lt RNA-le ja RNA-lt valgule. 56. RNA tüübid: tRNA, rRNA, mRNA, snRNA ja nende funktsioonid. 57. Mille poolest erineb transkriptsioni initsiatsioon replikatsiooni initsiatsioonist? 58. Võrrelge prokarüootset ja eukarüootset transkriptsiooni initsiatsiooni. 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. 60. Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon. 61. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel. 62. mRNA molekulis asuva geneetilise informatsiooni muutmine RNA editing. 63. Transkriptsiooni ja translatsiooni toimumise aeg ja koht bakterites ja eukarüootides.
P –sait – peptidüültRNA jaoks. A-sait – aminoatsüültRNA sidumiseks, pidama jääb selline valk, mille koodon-antikoodon seostumine sobib. tRNA on alguses A-saidis, hiljem P-s. P-l on kasvav peptiid. mRNA on seotud ribosoomi väiksema subühikuga. Selleks on mRNA-l väike kanal olemas. E-sait on koht, kuhu tRNA seostub enne vabanemist, Elongatsiooni käigus on ribosoomiga seotud kaks tRNA-d korraga. Suures subühikus on auk, kust kasvav peptiid läbi läheb. E- exit- sait - terminatsioon Geneetiline kood sõnastik, mille abil tõlgitakse nukleiinhapete järjestuses sisalduv geneetiline info valkude AH järjestuseks. Kolme nukleotiidiline järjestus – koodon – vastab ühele AH-le. valgusünteesi info kandja – RNA – 4 nukleotiidi – 43 – 64 kombinatsiooni. Kood on universaalne (elu monofüleetilisus), sünonüümne (sama tähendus ja kodeerivad samu AH), mitmetähenduslikkus (ühele AH vastab mitu koodonit).
Translatsioonil on 3 faasi: o initsiatsioon - ribosoom ankurdub mRNAle start-koodoni (AUG) lähedal. See faas lõpeb, kui tRNA molekul metioniiniga tunneb ära start koodoni ja kinnitub sellele. o elongatsioon - aminohapetest koosnev polüpeptiidi ahel pikeneb vastavalt koodonite infole. Igale koodonile toob tRNA molekul vastavalt järjestusele aminohappe. o terminatsioon - translatsiooni lõpetab stop-koodon, mis annab ribosoomile märku mRNApealt alla hüpata. 20. Translatsiooni terminatsioon protsess, mille käigus lõpuni sünteesitud polüpeptiid ribosoomist vabaneb ning 70S ribosoom laguneb subühikuteks (leiab aset kui jõutakse stoppkoodoni juurde). Lühidalt. Polüpeptiidahela sünteesi lõpetamine 21. Geeniekspressiooni regulatsioon Geeniekspressioon e geeni avaldumine on organismi geneetilise info
mida nimetatakse promootor järjestuseks, kuhu külge peab kinnituma promootorvalk. 58. Võrrelge prokarüootset ja eukarüootset transkriptsiooni initsiatsiooni. Mõlemal juhul on tarvis DNA ahelad eraldada (lokaalselt). Eukarüootidel on initsiatsiooniks alati vaja transkriptsioonifaktoreid, et RNA polümeraas saaks seonduda promootor alale. 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon – Kui RNA polümeraas vabaneb basaalsetest transkriptsioonifaktoritest, siis järgneb elongatsioon nagu bakterirakuski. Elongatsiooni käigus on DNA ahelad transkriptsiooni toimumise kohas teineteisest 18 aluspaari ulatuses eraldunud. RNA ahela polümerisatsioon toimub kiirusega 40 nukleotiidi sekundis. Sünteesitav RNA ahel eraldub DNA ahelast, vahetult transkriptsiooni toimumise kohas on DNA ja RNA aga kuni kolme
DNA replikatsioon. kaksikheeliks on lahtikeerdunud ning mõlemad ahelad toimivad uute ahelate sünteesil matriitsina Sisukord · 1 DNA struktuur · 2 DNA polümeraas · 3 Replikatsiooni protsess o 3.1 Originid o 3.2 Replikatsioonikahvel o 3.3 Juhtiv ahel o 3.4 Mahajääv ahel o 3.5 Regulatsioon 3.5.1 Eukarüoodid 3.5.2 Bakterid o 3.6 Terminatsioon · 4 Viited DNA struktuur DNA esineb tavaliselt kaheahelalise struktuurina, mille mõlemad otsad on kokku keeratud, et moodustada iseloomulikku kaksikheeliksit. Iga DNA ahel on kokku pandud nelja tüüpi nukleotiididest, mille lämmastikalusteks on adeniin, tsütosiin, guaniin ning tümiin. Nukleotiid on mono-, di-, või trifosfaat-desoksüribonukleosiid: see on desoksüriboos-suhkur, millele on kinnitunud üks, kaks või kolm fosfaatrühma
58. Võrrelge prokarüootset ja eukarüootset transkriptsiooni initsiatsiooni. · Sarnane: mõlemal on initsiatsiooniks DNA ahelate lokaalne üksteisest eemaldumine · Erinev: Eukarüootides vaja basaalsete transkriptsioonifaktorite seondumine matriitsDNA-le, enne kui RNA polümeer liituda saab, prokarüootides pole neid faktoreid vaja. (Eukarüoodis on kolm erinevat RNA polümeraasi, prokarüoodis üks.) 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. · Elongatsioon: Prokarüoodis RNA ahela elongatsiooni katalüüsib RNA polümeraasi apoensüüm, millest on dissotseerunud sigma faktor. Sünteesitav RNA ahel eemaldub DNA ahelast, aga vahetult transkriptsiooni piirkonnas on DNA ja RNA kuni kolme nukleotiidi ulatuses paardunud. Eukarüoodis RNA polümeraas on vabanenud basaalsetest transkriptsioonifaktoritest
sama peaaegu kõikides elusorganismides; Degenereerunud üks aminohape võib olla kodeeritud rohkem kui ühe koodoniga GCU = Ala GCU = Ala GCG = Ala; Kattumatu koodonisse kuuluvad nukleotiidid moodustavad komplekti, mida translatsiooni staadiumis vaid üks kord. TRANSLATSIOON - mRNA geneetilise sõnumi tõlkimine valgu aminohappeliseks järjestuseks. Staadiumid: A. Algatamine e initsiatsioon (initiation); B. Pikendamine e elongatsioon (elongation); C. Lõpetamine e terminatsioon e (termination). Algatamine: (1) fMet-tRNA (NB! AUG = start/Met) paigutub ribosoomi P-saiti (site) e tsentrisse. Ribosoomi A-saiti paigutub järgmise koodoniga määratud aminoatsüül-tRNA (siin Val-tRNA). (2) Aminohapped ühendatakse peptiidsidemega, tRNAfMet vabaneb. Pikendamine: (3) Ribosoomi liikumisel järgmise koodoni kohale satub peptiid P-saiti, vabanenud A-saiti transporditakse järgmine aminohape (Gly) ja sellega ühendatakse juba sünteesitud peptiid (siin fMet-Val). tRNAVal
24. Kus toimub transkriptsioon? Tuumas. Kus transkriptsioonifaktorid rakus paiknevad? Tuumas ja tsütoplasmas. Too näiteid, kuidas transkriptsioonifaktorite post-translatsioonilised modifikatsioonid mõjutavad nende a) DNAle sidumisevõimet STAT valk tuleb fosforüülida selleks, et see saaks DNAga seonduda ja b) nende võimet initseerida transkriptsiooni vajalik on ligandi seondumine, näiteks tuumaretseptorite puhul. 25. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon on pärast esimese 50bp sünteesi väga kiire, nii et Pol II peatub alles 3'otsa järjestusel, mis kontrollib RNA ahela lõikamist ja RNA polüadenüülimist, millest moodustub mRNA saba. 26. RNA Polümeraas I ja III seoseline transkriptsioon. Initsiatsioon on väga sarnane Pol II omaga. Initsiatsioonikomplekside kokkupanek algab teatud generaalsete TFde sidumisega regulaatorelementidele. Need TFd on polümeraas-spetsiifilised ning iga polümeraas tunneb
Edasi seostub iga tRNA molekul tsütoplasmas kindla aminohappega(vastava ensüümi kaasabil ja ATP energia arvel) ja toob selle ribosoomi. Koodon-antikoodon paardumisega mõtestat lahti geneetiline kood. Protsess kestab seni kuni järg jõuab mRNA stoppkoodonini, sellega ei seostu ühegi tRNA antikoodon, seostub ensüüm, mis lahutab translatsioonis osalenud komponendid: ribosoomist vabanaevd tRNA, mRNA ja sünteesitud valk. 32. Translatsiooni terminatsioon. Protsess, mille käigus lõpuni sünteesitud polüpeptiid ribosoomist vabaneb. 33. Geeniekspressiooni regulatsioon. Kui mingilt geenilt toimub RNA süntees, siis öeldakse et see geen avaldub. Erinevused rakkude ehituses ja talitluses tulenevad geenidest, mis neis ühel või teasel ajahetkel avalduvad. Geeni avaldumine sõltub RNAd sünteesiva ensüümi seostumisest DNA promootorpiirkonnaga. Kui ensüüm ühineb promootoriga, siis transkriptsioon toimub ja vastupidi
transkriptsiooni, peavad sinna seonduma basaalsed transkriptsioonifaktorid. · Kui DNA promootoralale on seondunud kindlad transkriptsioonifaktorid, siis seondub RNA polümeraas. Erinevate RNA polümeraaside puhul on promootorelemendid ja sinna seonduvad transkriptsioonifaktorid erinevad. · Kui RNA polümeraas vabaneb basaalsetest transkriptsioonifaktoritest algab elongatsioon. 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon RNA ahela kasvatamine RNA polümeraasi poolt. Sünteesitava RNA ahela 5' otsa modifitseerimine toimub juba elongatsiooni varajasel etapil. 5' otsa lisatav ,,müts" sisaldab ebatavalist 5'-5' trifosfaatsidet ja kahte metüülrühma. Selline struktuur RNA molekuli otsas on äratuntav translatsiooni initsiatsioonil osalevate valkude poolt, samuti kaitseb see mRNA-d degradatsiooni eest.
saavutades teatud pikkuse (kindlaks määratud) irdub ise DNA pealt lahti. Kuidas RNA sünteesitakse? Sünteesi reguleerib iga geeni regulatoorne element. DNA keerdub geeni kohalt lahti. RNA transkribeeritakse 5' 3' suunas matriitsilt (3' 5'). Sarnane DNA sünteesiga va: NTP, mitte dNTPs ( deoksü), Ei ole vaja praimerit, Ei ole korrektuuri (proofreading), Uratsiil, mitte tümiin, RNA polümeraas. Transkriptsiooni kolm staadiumi: 1. Initsiatsioon 2. Elongatsioon 3. Terminatsioon Ühesugune pro- ja eukarüootidel. Elongatsioon on konserveerunud kogu elusas looduses. Initsiatsioon ja terminatsioon on erinevad pro-ja eukarüootidel. 1-Initsiatsioon RNA polümeraas ühineb sigma faktoriga (valk), mille järel moodustub RNA polümeraasi holoensüüm. See tunneb ära promootori ja initseerib transkriptsiooni. Sigma faktorit on vaja, et efektiivselt saaks polümeraas ühineda. Erinevad sigma faktorid tunnevad ära erinevad promootor piirkonnad
Üldjoontes on transkriptsioon prokarüootides ja eukarüootides sarnane (mõlema puhul vaja DNA ahelate eemaldumist üksteisest jms); eukarüootidel on protsess keerulisem. Eukarüootidel toimub RNA süntees rakutuumas (prokarüootidel selgelt eristuv tuum puudub). Eukarüootsed RNA polümeraasid ei saa iseseisvalt transkriptiooni initsieerida; enne promootoriga seondumist on vaja polümeraasi seondumist transkriptsioonifaktoritega. 58. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon: RNA polümeraasist vabaneb sigma faktor. DNA ahelad on teineteisest 18bposas eraldunud, RNA ahela süntees toimub kiirusega 40 nt/sek (= 40 ribonukleotiidi RNAsse sekundis). RNA polümeraas ise keerab ettepoole lahti ja sulgeb tagantpoolt jälle DNA kaksikheeliksi. Tekkinud DNA-RNA dupleks on lühike, tavaliselt 3 nukleotidipaari pikk; protsessi stabiilsuse tagab seega pigem DNA ja RNA seotus RNA-polümeraasiga.
ahela elongatsioon. Eukarüoodis: transkriptsioon eukarüoodis märksa komplekssem. Enne kui eukarüootne RNA polümeraas seondub promootoralale ja algatab seal transkriptsiooni, peavad sinna seonduma basaalsed transkriptsioonifaktorid. Kui DNA promootoralale on seondunud kindlad transkriptsioonifaktorid, siis seondub RNAP. Erinevate RNA polümeraaside puhul on promootorelemendid ja sinna seonduvad transkriptsioonifaktorid erinevad. 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon – toimub suht ühtlase kiirusega (40 nukleotiidi sekundis). Terminatsioon – RNA ahela süntees lõpeb siis, kui RNA polümeraas kohtab terminatsioonisignaali. Seejärel transkriptsioonikompleks dissotseerub. Transkriptsiooni termineerivad signaalid on kas Rho valgust sõltuvad (teatud järjestuste moodustumine valgu abil) või sõltumatud (terminaatorid sisaldavad G-C rikast regiooni, millele järgneb 6 või enam A-T paari (A-d asuvad matriitsahelas). 60
· rRNA - Ribosomaalsed RNA molekulid, kuuluvad ribosoomide koostisesse. · snRNA - (small nuclear RNA-s) - väikesed tuuma RNA-d osalevad intronite splaissingul. Transkriptsioon - Transkriptsiooni käigus kasutatakse ühte DNA ahelatest matriitsina, et sünteesida sellele komplementaarne RNA ahel, mida nimetatakse transkriptiks Transkriptsioon toimub tuumas Transkriptsiooni faasid : · Initsiatsioon e. algus (initiation) · Elongatsioon e. pikendus (elongation) · Terminatsioon e. lõpp (termination) Translatsioon - Translatsiooni käigus ,,tõlgitakse" RNA molekuli nukleotiidne järjestus valgu (polüpeptiidi) aminohappeliseks järjestuseks geneetilise koodi kaudu. · Translatsioon toimub ribosoomidel. · RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA-ks. · Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. 3
elongatsioon. Eukarüootides - Enne, kui eukarüootne RNA polümeraas seondub promootoralale ja algatab transkriptsiooni, peavad sinna seonduma basaalsed transkriptsioonifaktorid. Kui DNA promootoralale on seondunud kindlad transkriptsioonifaktorid, siis seondub RNA polümeraas. Erinevate RNA polümeraaside puhul on promootorelemendid ja sinna seonduvad transkriptsioonifaktorid erinevad. 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon - RNA ahela elongatsiooni katalüüsib RNA polümeraasi apoensüüm, millest on dissotseerunud sigma faktor. Elongatsiooni käigus on DNA ahelad transkriptsiooni toimumise kohas teineteisest 18 aluspaari ulatuses eraldunud. RNA ahela polümerisatsioon toimub kiirusega 40 nukleotiidi sekundis. Sünteesitav RNA ahel eraldub DNA ahelast, vahetult transkriptsiooni toimumise kohas on DNA ja RNA aga kuni kolme nukleotiidi ulatuses paardunud
RNA (ribonukleiinhape) Ehitus. RNA ehituslikeks komponentideks on viiesüsinikuline suhkur riboos, fosfaatgrupp ja lämmastikgrupp.RNA primarseks struktuuriks on lämmastikaluste järjestus, kuid sekundaarseks struktuuriks on osaline heeliks. Lämmastikalus tümiini asendab uratsiil. Ehk siis komplementaarsus on A-U ja G-C. RNA sünteesimine toimub kolmes järgus: initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon. RNA polümeraasid, mis katalüüsivad transkriptsiooni on komplekssed multimeersed valgud. Erinevad RNA liigid: tRNA - transpordib aminohappeid ribosoomi mRNA- info valgu sünteesiks rRNA- ribosoomide koostisosa Funktsioon: RNA abil toimub geneetilise info realiseerimine. Eukarüootide RNA polümeraasid RNA polymerase I tuumake ribosomaalne RNA, välja arvatud 5S rRNA RNA polymerase II tuumake tuuma pre-mRNA-d
kodeerida ribosomaalset RNA-d (rRNA) või transpordi RNA-d (tRNA), mis on mõlemad vastavalt valgu kokkupanekuprotsessi või teiste ribosoomide osadeks. 24. Millises raku osas toimub tegelik valgusüntees ja millised raku organellid on sellesse haaratud. Tegelik valgusüntees e translatsioon on protsess, mille käigus sünteesitakse aminohapetest polüpeptiidahel. Translatsioon on peamine osa valgusünteesist. Translatsioon jaguneb kolmeks faasiks: initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon. Initsiatsiooni käigus moodustub funktsionaalne ribosoom, mis on võimeline translatsiooni läbi viima. Elongatsioonil toimub aminohapete lisamine peptiidahelasse. Terminatsioonil vabaneb sünteesitud valk ribosoomist. 6 See toimub raku tsütoplasmas asuvates ribosoomides ning selleks on vaja rRNA, mRNA ja tRNA molekule, aminohappeid, ensüüme ning ATP-d ja GTP-d. mRNA seostub ribosoomiga. Ribosoom
Replikon. Telomeeride pikkus ja vananemine. 12. Transkriptsioon ja RNA protsessing. Molekulaarbioloogia põhidogma. RNA tüübid: tRNA, rRNA, mRNA, snRNA. RNA süntees ja selles osalevad valgud; promootorid; transkriptsiooni regulaatorid. Transkriptsioon prokarüootides: prokarüootne RNA polümeraas; 5´ ja 3´- järjestused; transkriptsiooni initsiatsioon prokarüootsetelt promootoritelt; transkriptsiooni elongatsioon; transkriptsiooni terminatsioon. Transkriptsioon eukarüootidel: RNA polümeraasid eukarüoodi rakus; transkriptsiooni initsiatsioon eukarüootsetelt promootoritelt; RNA ahela elongatsion; transkriptsiooni terminatsioon. Eukarüootsete geenide struktuur: eksonid ja intronid; intronite kõrvaldamine splaissingu teel. mRNA molekulis asuva geneetilise informatsiooni muutmine RNA editing. 13. Translatsioon ja geneetiline kood. Polüpeptiidide struktuur. Translatsioon: ribosoomide ehitus;
Geneetika I kordamisküsimused (2012) 1. Molekulaargeneetika põhimõisted (mis on DNA, RNA, aminohapped jne) DNA -desoksüribonukeliinhape, kannab edasi pärilikku infot. Koplementaarsus ja antiparalleelsus- 5´ 3´ Sekundaarstruktuur- iga ahela täispööre e suur vagu(10 nukleotiidi), vahemaa N-aluste vahel e. väike vagu. RNA- ribonukeliinhape, viib läbi valkude sünteesi, geneetilised regulatsiooni protsessid RNA-analüüsi kasutatakse diagnostikas palju vähem, kuna RNA on palju ebastabiilsem (nii säilitamise, kui analüüsi suhtes). Vajadusel (RNA-viiruste analüüs) kasutatakse näiteks revertaasi polümeraas mis sünteesib RNA pealt DNA. Valgud- koosnevad ah, nende kaudu jõuab pärilik info tunnustesse Replikatsioon, transkriptsioon, translatsioon- matriitssüsteemireaktsioonid Nukleosiid- suhkur + lämmastikalus Nukleotiid- suhkur+ lämmastikalus+ fosfaatrühm ( lisaks nukleiinhappe mood. On teisi ül: ATP, koensüümide koostises...
Siis algab RNA ahela elongatsioon. 58. Võrrelge prokarüootset ja eukarüootset transkriptsiooni initsiatsiooni. 1. Eukarüoodil: Enne, kui eukarüootne RNA polümeraas seondub promootoralale ja algatab transkriptsiooni, peavad sinna seonduma basaalsed transkriptsioonifaktorid. 2. Nii nagu bakterirakus, on ka eukarüoodirakus transkriptsiooni initsiatsiooniks vajalik DNA ahelate lokaalne teineteisest eemaldumine. 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. ELONGATSIOON RNA ahela elongatsiooni katalüüsib RNA polümeraasi apoensüüm. Elongatsiooni käigus on DNA ahelad transkriptsiooni toimumise kohas teineteisest 18 aluspaari ulatuses eraldunud. RNA ahela süntees toimub kiirusega 40 nukleotiidi sekundis. Sünteesitav RNA ahel eraldub DNA ahelast, vahetult transkriptsiooni toimumise kohas on DNA ja RNA aga 12 nukleotiidi ulatuses paardunud. Transkriptsioonikompleksi stabiilsuse määrab eeskätt ära siiski mitte see paardumine, vaid DNA ja
matriitsahela nukleotiididega. Sünteesi viivad läbi polümeraasid. Matriitsina toimib üksikahelaline nukleiinhape. Seega peab kaksikahelaline DNA replikatsiooni initsiatsioonisaidist olema eelnevalt viidud üksikahelaliseks. DNA ahelate eraldumist teineteisest katalüüsib DNA helikaas. DNA replikatsiooni käigus lülitatakse kasvavasse DNA ahelasse inimesel 3000 nukleotiidi minutis, bakteril 30000 nukleotiidi minutis. DNA sünteesil eristatakse 3 etappi - initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon. Replikatsioonil käituvad matriitsina mõlemad DNA ahelad ning replikatsiooni lõpp-produktideks on kaksikheeliksid, milles üks ahel on uus ja teine vana. Seega toimub DNA replikatsioon semikonservatiivse mudeli alusel. DNA replikatsiooni initsiatsioon on limiteeritud spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide - ori regioonide olemasoluga. Replikatsiooni initsiatsiooniks on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees
jagunemise(kellamehhanism). Telomeeride pikkus sõltub telomeraasi aktiivsusest. Telomeraasi RNA komponent sisaldab telomeerse DNA-ga komplementaarset järjestust, mis toimib nagu matriits vastavate telomeersete järjestuste sünteesimisel. Seega on telomeraas vastutav telomeeride uuenemise eest. RNA sünteesi põhietapid Pre-initsiatsioon Initsiatsioon Promootori vabastamine Elongatsioon Terminatsioon RNA-de tüübid. • mRNA-d - messenger RNA-d e. käskjalg RNA-d • rRNA-d - ribosomaalsed RNA-d • tRNA - transport RNA-d • snRNA-d - väiksed tuuma RNA-d • snoRNA-d - väikesed tuumakese RNA-d • Erinevad mittekodeerivad RNA-d: mikroRNA-d e. miRNA-d (üheahelalised) siRNA-d - väiksed segavad RNA-d (kaheahelalised) piRNA-d - Piwi segavad RNA-d (tansposoonide vaigistajad sugurakkudes) Tsütoplasma võrgustik (TV) Tsütoplasmavõrgustik e
Eukarüootsed ribosoomid on väiksema ehitusega ning sarnanevad eukarüootide mitokondri ja kloroplasti ribosoomidele. Translatsioon · Initseerimine mRNA ja aminoatsüül-tRNA seotakse ribosoomile · Elongatsioon peptiidsidemete süntees, mille käigus aminoatsüül-tRNAad lisanduvad ribosoom- mRNA kompleksi ja polüpetiidahel kasvab ühe aminohappejäägi võrra. Ühe peptiidsideme sünteesiks on vaja 4 GTP või ATP hüdrolüüsi energiat. · Terminatsioon leiab aset kui jõutakse stopp-koodoni juurde Pärast translatsiooni ribosoom laguneb subühikuteks. Sünteesitud valgud pakitakse kokku (vajalik tsaipronite juuresolek) ja modifitseeritakse. Valmis valgud transporditakse erinevatesse rakuorganellidesse ning vajadusel lagundatakse proteosoomides ja lüsosoomides. Hormoonid Hormoonid on keemilised ühendid, mida toodetakse spetsialiseerunud näärmetes, sekreteeritakse otse verre
Viroloogia Viiruse definitsioon Viirused on rakulist ehitust mitteomavad obligatoorsed endoparasiidid. Erinevad rakulise ehitusega parasiitidest selle poolest, et : Viirus ei ole iseseisvalt aktiivse eluga väljaspool rakku. Viiruse bioloogiline aktiivsus avaldub ainult nakatunud rakus. Viiruse geneetiline materjal asub vahetult rakus, ei ole ümbritsetud mingi membraaniga. Viirus ei paljune pooldumisega vaid sünteesitakse ta struktuurseid osasid ja pakitakse jälle kokku. Ükski teadaolev viirus ei kodeeri tervikliku translatsioonisüsteemi. Viirus on võimeline peremeesrakust lahkuma ja nakatama teisi rakke. Virion- viiruse osake Virion- viirus-spetsiifiline struktuur , mis on ette nähtud viiruse genoomi toimetamiseks ühest rakust teise. Erinevused virioni struktuuris kajastavad enamasti erinevusi viiruste elutsüklites. Olulisemaks sellistest omadustest on lipiidse m...
BIOKEEMIA KONSPEKT I ATP (adenosiintrifosfaat) ja NADPH (taandatud nikotiinmiidadeniindinukleotiid- fosfaat) on energiarikkad e. makroergilised ühendid. Makroergiliste molekulide reageerimisel teiste biomolekulidega vabaneb energia, mille arvelt toimuvad mitmed energeetiliselt ebasoodsad protsessid (biosüntees, liikumine, osmoos). MOLEKULAARNE HIERARHIA: Anorgaanilised eellased CO2, H2O, NH3, N2. Metaboliidid püruvaat,tsitraat, suktsinaat Monomeersed ehituskivid aminohapped, nukleotiidid, monosahhariidid, rasvhapped, glütserool Makromolekulid valgud, nukleiinhapped, polüsahhariidid, lipiidid. Supramolekulaarsed kompleksid ribosoomid, tsütoskelett Organellid tuum, mitokondrid, kloroplastid. ELUSLOODUSE HIERARHIA: Molekul väikseim iseseisev osake Makromolekul kovalentsete sidemete abil lihtsatest molekulidest konstrueeritud biomolekul. Organell re...
rRNA-kuuluvad ribosoomide koostisesse tRNA-toimvad adapteritena translatsioonil polüpeptiidahelasse lülitatavate aminohapete ja mRNA molekulis asuvate aminohappeid määravate koodonite vahel snRNA-osalevad intronite slaissingul. 58)Võrrelge prok. ja euk. transkriptsiooni initsiatsiooni. Nii nagu bakterirakus, on ka eukarüoodirakus transkriptsiooni initsiatsiooniks vajalik DNA ahelate lokaalne teineteisest eemaldumine. 59)Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Kui RNA polümeraas vabaneb basaalsetest transkriptsioonifaktoritest promootorpiirkonnas, järgneb RNA ahela elongatsioon sarnaselt bakterirakus toimuvale. Sünteesitava RNA ahela 5´ otsa modifitseerimine toimub juba elongatsiooni varajasel etapil. 5´ otsa lisatav 7-metüülguanosiin "müts" sisaldab ebatavalist 5´-5´- trifosfaatsidet ja kahte metüülrühma. Selline struktuur RNA molekuli otsas on äratuntav translatsiooni initsiatsioonil osalevate valkude poolt, samuti kaitseb see mRNA-d
ja nitronitest). Genoom on antud liigi täielik geenikogum. 26.Transkriptsioon. Ehk RNA süntees. Toimub 5´-3´suunal. Viib läbi RNA polümeraas (prokariootidel abifaktor σ). Ei vaja praimerit. Süntees algab promootorilt (kindel DNA signaaljärjestus, seostuvad regulaatorvalgud). Lõppeb terminaatorini jõudmisel (DNa järjestus, kus RNA polümeraas vabastab sünteesitud RNA). Initsiatsioon (sünteesi algus), elongatsioon (vahepealne osa), terminatsioon (lõpp). Sünteesi käigus tekib 1 viga 10000 nukleotiidi kohta. 27.mRNA struktuur prokarüootidel ja eukarüootidel. Avatud lugemisraam ehk ORF (open reading farme), valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stoppkoodonini. Mittekodeerivad järjestused 5´UTR ja 3´UTR (untranslated region). Eukarüootidel on 5´cap ja 3´polü-adenosiin-järjestus (polüAsaba). Üks mRNA kodeerib
2. Endonukleaasid lagundavad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid ahelasiseselt Restriktsioonilised endonukleaasid e. restriktaasid DNA ligaas ensüüm, mis liidab DNA ahelate otsad, katalüüsides fosfodiestersideme moodustumist 5' fosfaadi ja 3'-OH rühma vahel. DNA replikatsiooni käigus lülitatakse kasvavasse DNA ahelasse inimesel 3000 nukleotiidi minutis, bakteril 30000 nukleotiidi minutis. DNA sünteesil eristatakse 3 etappi - initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon. Replikatsioonil käituvad matriitsina mõlemad DNA ahelad ning replikatsiooni lõpp-produktideks on kaksikheeliksid, milles üks ahel on uus ja teine vana. Seega toimub DNA replikatsioon semikonservatiivse mudeli alusel. DNA replikatsiooni puhul on käsitletud aga ka teisi mudeleid. !950-ndatel aastatel konkureerisid omavahel 3 mudelit. DNA replikatsiooni mudelid 1) Konservatiivne mudel - algselt kaksikheeliksilt sünteesitakse uus kaksikheeliks. Tulemuseks on 2
viib läbi RNA polümeraas - prokarüootidel abifaktor σ ei vaja praimerit süntees algab promootorilt ... - kindel DNA signaaljärjestus, seonduvad regulaatorvalgud ... lõppeb terminaatorini jõudmisel - DNA järjestus, kus RNA pol vabastab sünteesitud RNA Initsiatsioon (RNA pol seondub DNA promootorile ning algab transkript), pärast seda vabastatkse promootor ning algab elongatsioon (sünteesimine), terminatsioon (elongatsiooni lõppemiseks on vajalik terminatsiooni signaal, lõpuks lõpetatakse süntees) täpsus: 1 viga iga 10 000 nt kohta TRANSKRPITSIOON I. Koht: Eeltuumsed- tsütoplasmas Päristuumsed tuumas, mitokondrites, kloroplastides . II. Aeg: Eeltuumsetel - kogu raku eluea jooksul Päristuumsetel enamuse rakutsükli ajast va mitoos ja meioos (siis ei toimu) III. Eeldused: 1. Üksikahelaline DNA lõik 2. Ensüümid: RNA polümeraas 3. Energeetilised faktorid ATP 4
avaldumist. toimub 5'-3' viib läbi RNA polümeraas - prokarüootidel abifaktor ei vaja praimerit süntees algab promootorilt ... - kindel DNA signaaljärjestus, seonduvad regulaatorvalgud ... lõppeb terminaatorini jõudmisel - DNA järjestus, kus RNA pol vabastab sünteesitud RNA Initsiatsioon (RNA pol seondub DNA promootorile ning algab transkript), pärast seda vabastatkse promootor ning algab elongatsioon (sünteesimine), terminatsioon (elongatsiooni lõppemiseks on vajalik terminatsiooni signaal, lõpuks lõpetatakse süntees) täpsus: 1 viga iga 10 000 nt kohta TRANSKRPITSIOON I. Koht: Eeltuumsed- tsütoplasmas Päristuumsed tuumas, mitokondrites, kloroplastides . II. Aeg: Eeltuumsetel - kogu raku eluea jooksul Päristuumsetel enamuse rakutsükli ajast va mitoos ja meioos (siis ei toimu) III. Eeldused: 1. Üksikahelaline DNA lõik 2. Ensüümid: RNA polümeraas 3. Energeetilised faktorid ATP 4
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
