Leidsid 33 sarnast õppematerjali, mis on seotud failiga "Molekulaarbioloogia protokoll". Need materjalid aitavad sul teemat sügavamalt mõista.
plasmiid, tuub, tuubi, geel, praimer, agar, restriktsioon, edta, restriktaas, puhver, insertos, molekul, query, fermentas, tsentrifuugi, ensüüm, fragment, valmista, kolooniad, transformatsioon, tris, fenool, juhendaja, etbr, hela, supernatant, polümeraas, geenid, etanool, petri, transformatsiooni, fragmentide, pikkune, lähteained, propanoolMolekulaarbioloogia I praktikumi töö (2013 a) Nimi: YAGB41 Inimese genoomi CpG "saarekestel" paiknevate geenide kloneerimine (genoomse DNA restriktsioon Cfr42I (SacII) abil, fragmentide kloneerimine pBS SK+ plasmiidi, E.coli transformatsioon, rekombinantse klooni eraldamine, restriktsioon-analüüs, PCR, sekveneerimine, bioinformaatiline analüüs) Imetajate genoomides on mitmed geenid koondunud nn. CpG saarekestele (CpG islands). CpG saareke on vähemalt 200 bp pikkune DNA lõik, milles on dinukleotiidi GC sisaldus vähemalt 50 %. Tavaliselt leidub CpG saarekesi (eriti koduhoidja-)geenide transkriptisooni alguspunktides või nende lähedal.
pEGFP-C2. 2. PCR-i produkti puhastamine a) Kaalusime 1,5g agaroosi, viisime mahu TAE puhvriga 100ml-ni ja kuumutasime segu mikrolaineahjus, kuni agaroos täielikult lahustus. Seejärel jahutasime lahust ringjate liigutustega loksutades. Jahtunud segule lisasime 0,5l EtBr, loksutasime ning valasime lahuse geelialusele. Lasime geelil tarduda. b) Kuna produktide pikkus varieerus 300-2000 bp vahel, siis valmistasime 1,5% agaroos geeli. Mida pikemad produktid, seda lahjem peab olema geel, ning vastupidi. c) Kontrollgeeli valasime selleks, et hinnata, kas puhastamine on olnud efektiivne. Kui segusse on jäänud peale soovitava produkti muid jääke, on kontrollgeeli pildil näha peale õige pikkusega lõigu ka teisi bände. Kui aga geelil õige pikkusega bänd puudub, võib arvata, et puhastamise käigus on PCR-i produkt kadunud. Minu proov asub kolmandas positsioonis. Kontrollgeelilt on näha üks õige pikkusega (um 300 bp) lõik, mis näitab, et puhastamine on õnnestunud
Pipeteerimine 8. veebruar I HARJUTUS Eesmärk: Õppida õigesti pipeteerima. Materjalid: Arvutused: Pesuvahendi kontsentraat Pesuvahendit on vaja: 5,5 ×30 Vesi 100 = 1,65ml Pipetid ja otsikud 5,5−2 ×1,55=2,4 ( ml ) 15ml falkon tuub 2,4 ÷ 0,2=12 1,5 ml tuubid PCR plaadi tükk Töö käik: Teen 15-ml falkon tuubi 5,5ml 30% homogeenset pesuvahendilahust Võtan kaks 1,5ml- tuubi ning pipeteerin mõlemasse 1,55ml lahust. Pipeteerin alles jäänud lahuse 200µl kaupa PCR plaadi aukudesse. Tulemus: Sain 7,5 auku täidetud, kuigi oleks pidanud jätkuma 12 tuubi jaoks.
ta hakkab lagunema. EtBr seostub kaheahelalise DNAga ning uv-lainete all fluorestseerub oranžide viirgudena. (Suur oht! Mutageen!) Kui geel on piisavalt jahtunud, valasime geeli alusele (konstrollisime, et alus asetsetus horisontaalselt), tegime augu hammastega ning panime üleöö tarduma. 3.1 Praktikum – DNA lahutamine geelis Visualiseerime ona PCRi produkti selleks, et kontrollida, kas
Pipeteerimisel on kõige olulisem võtta õige suurusega pipett Pipeteeritav vedelik peab olema homogeenne. Seintelt ja korgi küljest tuleks tilgad ja kondensaat põhja fuugida Enne pipeteeritavasse lahusesse viimist vajuta kolb esimese astmeni alla. Pipeti tühjenemiseks on vaja vajutada kolb teise astmeni. Viskoosse lahuse pipeteerimine Vajalikud materjalid: pesuvahendi kontsentraat, vesi, pipetid koos otsikutega, falcon tuub, aukudega plaadike Töö käik: 1. Kasutades 1 ml pipetti tegin 15-ml falconisse 5,5ml 30% homogeenset pesuvahendilahust (1,65 ml peduvahendit ja 3,85 ml vett) 2. Pipeteerisin kahte eppendorfi 1,55 ml lahust (mõlemasse) 3. Pipeteerisin alles jäänud lahus 200 μl kaupa plaadi aukudesse. Lahust jätkus 10 augu jaoks. Järeldus: lahust pidi jätkuma 12 augu jaoks, kuna pärast eppendorfi pipeteerimist jäi 5,5 – 2 ∙ 1,55 = 2,4 ml lahust
WHO soovituste kohaselt tuleks läkaköha seroloogiliseks diagnoosimiseks kasutada ainult paaris-seerumeid. CDC seevastu aga ei tunnista seroloogilisi meetodeid läkaköha laboratoorse kinnitusena, sest need meetodid ei ole standarditud. PCR-TEST. Meetodi peamiseks eeliseks on kiirus ja kõrge tundlikkus. Enam kasutatud on IS481, läkaköha toksiini (PT) promootorpiirkonna (ptxA-Pr) ja pertaktiini geeni praimer. Proovi võtmisel PCRiks tuleb kasutada polüestertampooni, mis asetatakse pärast proovi võtmist kuiva steriilsesse proovinõusse ja säilitatakse kuni laborisse saatmiseni külmkapis +40C juures. Materjal peaks jõudma laborisse 48 tunni jooksul. 22 Corynebacterium spp. Üldiseloomustus Siia kuulub suur grupp grampositiivseid liikumatuid eosteta pulkbaktereid. Esinevad sageli inimese ja loomade organismis ning taimedel.
soojusesokki või elektroporatsiooni. Soojusoki käigus (42C) sisenevad plasmiidid bakteriraku mebraani pooride kaudu. Elektroporatsiooni käigus rakendatakse elektrivoolu, mis teeb poorid bakteriraku membraani sees, mille kaudu sisenevad plasmiidi sisse. Teiseks võimaluseks on konjugatsioon. Bakterite vaheliste konjugatsiooni tulemusena võib plasmiid üle kanduda teisse rakusse. 11. Mis on fagemiid? Millised eelised on antud vektoritel? Fagemiid on plasmiid, mis sisaldab f1 filomentse faagi regiooni, mis sisaldab replikatsiooni alguspunkte. Fagemiid Plasmiid M13 1.Filamentse faagi 1.toodab palju 1. ringikujuline DNA ahel kujuna või plasmiidina; rekombinantset DNAd 2.laseb eraldada kloonitud DNA võib käituda nii 2.kasutatakse cDNA fragmendid üheahelalisel kujul (võimalik plasmiidina, kui ka kloonimiseks sekveneerida)
Tulemusena tekib mõlemale DNA üksikahelale komplementaarne ahel. 4) Eelpoolmainitud etappe (tsükleid) korratakse 20–30 korda, et amplifitseerida piisav arv DNA molekule. 18. Millist polümeraasi kasutatakse PCR protseduuril ja miks? Mikroorganismist Thermus aquaticus pärit DNA Taq polümeraasi, kuna see on kuumale vastupidav ning ei denatureeri 94º C juures. 19. Mis on praimerid? 15-25 nukleotiidi pikkused komplementaarsed oligonukleotiidid, mida kasutatakse PCR-is. Praimer on lühike (tavaliselt umbes kümme aluspaari pikkune) nukleiinhappe lõik, mis on DNA replikatsiooni alguskohaks. 20. Kes töötas välja PCR meetodi? 2:2-3. PCR meetodi leiutas 1983 Kary Mullis. 21. Mis on geel-elektroforees ja milleks seda kasutatakse? 2:11-15. Elektroforees on meetod mis võimaldab eri tüüpi molekule üksteisest lahutada järgnevate karakteristikute järgi: elektriline laeng, suurus, kuju. Geel-elektroforeesi kasutatakse DNA molekulide isoleerimiseks. Geeliks
(vähesed bakterid hüdrolüüsivad). 15. Miks ei sobi želatiin söötme geelistajana? Veeldub toatemperatuuril (25 kraadi) ja ei ole mikrobioloogiliselt inertne (kes toodavad proteolüütilisi ensüüme, need lagundavad). 16. Miks ei valata agarsöödet välja liiga kuumalt? Liigse kondentsvee tekkimise vältimiseks. 17. Miks hoitakse söötmeplaate pärast söötme tardumist ümberpööratult (põhi ülespoole?) Kondentsvee tekkimise vältimiseks. 18. Miks autoklaavitakse agar ekstreemsete pH-dega söötmete jaoks eraldi? Alla pH 5,5 agar hüdrolüüsub ja ei tardu pärast steriilimist. Vajaliku pH-ga sööde ja vesiagar (steriilitakse dest vesi + agar) segatakse pärast steriilimist kokku. 19. Missugused raku surma esilekutsuvad tegurid mõjuvad raku seinale, plasmamembraanile, valkudele ja nukleiinhapetele? fenool (rakukest, tsütoplasmamembraan, denatureerib valke), alkohol (tsütoplasmamembraan, denatureerib valke, ei hävita endospoore). 20
Kordamisküsimused (Jõers) 1.Millised on PCR-diagnostikalabori organisatsiooni põhiprintsiibid? Puhas ruum · Puhtas ruumis hoitakse reaktsioonilahuseid · Segatakse kokku reaktsioonisegu nn. mastermix · Puhtas ruumis oma kittel, pipetid, räkid nendega ei tohi liikuda teistesse ruumidesse Mida tehakse patogeeniruumis? · DNA eraldamine proovimaterjalist (seerum, uriin jne) · Rakud lüüsitakse, DNA vabastatakse teda pakkivatest valkudest · Edasi liigub juba mittepatogeenne materjal ehk puhastatud DNA · Siin oht nakatada iseennast ja keskkonda! Segamiseruum · Segatakse kokku patogeeniruumist tulnud DNA ja puhtas ruumis kokku segatud mastermix Siin enam nakkusohtu ei ole, kuid kantakse kummikindaid oht kontamineerida testitav materjal Siin tavalisi desinfektsioonilahuseid kasutada ei saa, pindade puhastamine DNAd lõhkuvate ainetega (kloor!) Siin asub arhiiv proovimaterjalist eraldatud DNA säilitatakse 1 aasta laborikoodide alusel Masinaruum Masinaruumis toimub
KORDAMISKÜSIMUSED Talpsep 1. Millisel juhul on LCR eelistatud meetod PCR ga võrreldes LCR on suurema spetsiifilisusega kui PCR. Seda on kaval kasutada tuntud järjestuste ja punktmutatsioonide tuvastamiseks kui kasutada oleva DNA kogus on limiteeritud. 2. Milline meetod võimaldab RNA amplifitseerimist DNA juuresolekul? NASBA on RNA tuvastamiseks eriti hea meetod: RNA ahelale saab panna pöördtranskriptaasiga praimeri juurde, sünteesitakse uus ahel, RNAas lõhutakse H-ga ära ja sünteesitakse uuesti jne kuni saadakse detekteeritav kogus nukleiinhappe molekule. Tal on ka see omadus, et töötab DNA juuresolekul ei pea proovi ära puhastama, mis RNA puhul on väga keeruline. Kasutatakse ka ekspressiooniproduktide määramiseks. 3. Millised ensüümid on vajalikud TMA meetodil amplifitseerimiseks? TMA- transcription mediated amplification. RNA polümeraas ja pöördtranskriptaas 4. Milliste nakkushaigu
vormi. 16. Kromosoomide struktuur Kromosoom- DNA ja valdu molekulide kompleks(nukleoproteiin), milles sisalduvad geenid määravad pärilikke tunnuseid. (vt. ka fail) Kromosoomid koosnevad DNA´st ja sellele kinnitunud valgumolekulidest. Valgu molekule nimetatakse histoonideks. Kromosoomides asuvad geenid. 17. Milliseid rakke ümbritseb rakukest? Bakterirakk, taimerakk(tselluloosist) ja seenerakk(kitiinist). 18. Mis on plasmiid? Plasmiid- rõngas DNA molekul, mis aub bakterirakkudes. Plasmiidid sisisaldavad geene, mis on vajalikud bakteri kasvukeskkkona eripärast tulenevate ensüümide sünteesiks. need aitavad lagunadada ümbritsevas keskkonnas leiduvaid orgaanilisi aineid. See on vajalik bakteri toitumiseks, aga ka elutegevusele kahjulike ainete lagundamiseks või nende toime vältimiseks. Nii näiteks sisaldavad plasmiidid geene, mille põhjal sünteesitud valgud võimaldavad bakteritel elada
Kui plasmiidi sisestada inimese geen ja sisestada see tagasi bakteri rakkus, siis hakatakse ka selle inimese geeni pealt transkribeerima mRNA'd. Siis hakkavad bakteri ribosoomid sünteesima selle mRNA pealt valke ja need valgud on täpsed samad, mis oleks tehtud inimeses. Plasmiidid looduslikult on bakterirakkudes, seega on kloneeritud järjestused otstarbekas viia bakterirakkudesse, aga pmst võib viia ka teistesse rakkudesse. Kui näiteks selline plasmiid sattub näiteks imetaja raku tuuma, siis tuumas hakkab ta käituma nagu iga teine DNA molekul. Kuid raku jagunemisel plasmiidi ei paljundata. Väga paljude eukarüüotsete geenide puhul, pärast seda, kui selle geeni pealt on valmis sünteesitud RNA, siis RNA ei ole mitte koheselt ,,küps", et teda oleks võimalik koheselt ribosoomides transleerida. Enne seda tuleb RNA'st mingisugused jupid, lõigud välja lõigata (splaising?)
prokarüoodid. Makterid on üherakulised organismid. Enamik baktereid on ümbritsetud ühe rakumembraaniga. Membraanist väljapoole jääb kest, mis pole nii jäik kui taimedel ja võimaldab rakul suuremaks kasvada. Kest täidab kaistefunktsiooni. Tuuma asemel on neil tuumapiirkond e.nukleoid, milles paikneb rõngjas vaid üks kromosoom. Osad bakterid on kaetud kapsliga, mis kaitseb neid keskonna mõjude eest. Veel esineb bakterirakus DNA rõngasmolekul e. plasmiid, mis sisaldavad geene, mis on vajalikud bakteri kasvukeskkonna eripärast tulenevate ensüümide sünteesiks (tänu nendele jäävad bakterid ekstreemsetes oludes ellu, muidu oleks elujõuetu). Bakterirakus puuduvad membraanidest koosnevad rakustruktuurid ja membraanidega ümbritsetud organellid. Ribosoomid neid onVees elavatel bakteritel on gaasivakuoolid. 15. Rakukesta ehitus ja funktsioon Kesta põhiline koostisosa on tselluloos ning see ümbritseb rakku. Üks põhilisi ülesandeid on
prokarüoodid. Makterid on üherakulised organismid. Enamik baktereid on ümbritsetud ühe rakumembraaniga. Membraanist väljapoole jääb kest, mis pole nii jäik kui taimedel ja võimaldab rakul suuremaks kasvada. Kest täidab kaistefunktsiooni. Tuuma asemel on neil tuumapiirkond e.nukleoid, milles paikneb rõngjas vaid üks kromosoom. Osad bakterid on kaetud kapsliga, mis kaitseb neid keskonna mõjude eest. Veel esineb bakterirakus DNA rõngasmolekul e. plasmiid, mis sisaldavad geene, mis on vajalikud bakteri kasvukeskkonna eripärast tulenevate ensüümide sünteesiks (tänu nendele jäävad bakterid ekstreemsetes oludes ellu, muidu oleks elujõuetu). Bakterirakus puuduvad membraanidest koosnevad rakustruktuurid ja membraanidega ümbritsetud organellid. Ribosoomid neid onVees elavatel bakteritel on gaasivakuoolid. 15. Rakukesta ehitus ja funktsioon Kesta põhiline koostisosa on tselluloos ning see ümbritseb rakku. Üks põhilisi ülesandeid on
Ühest DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. Järgnevalt sünteesitakse interfaasi ajal transkriptsiooni käigus rakutuumas olevalt DNA-lt mRNA. mRNA liigub tsütoplasmas paiknevatesse ribosoomidesse, kus translatsiooni tulemusena saadakse valgud. 8. DNA replikatsioon DNA kahekordistamine. Teostab ensüüm DNA polümeraas. Süntees toimub praimeri ja matriitsi olemasolul. Esmalt DNA helikaas lahutab kaheahelaline DNA. Praimer on vaba 3’OH rühmaga nukleotiidjärjestus, millelt alustatakse matriitsahela alusel DNA süntees. 3’OH otsa lisatakse sünteesil desoksüribonukleotiidid (5’fosfaat). 3’OH ja 5’ fosfaadi vahele tekib fosfodiesterside. Süntees toimub 5’-3’ suunas. DNA replikatsioon on kahesuunaline. Ühelt ahelalt toimub pidev süntees st juhtiv ahel (süntees toimub 5’3’ suunas, vaja ühekordselt praimerit). Mahajääv ahel sünteesitakse Okazaki
“cis-acting” elementideks. Transkriptsioonifaktorid seostudes teiste geenide cis elementidega reguleerivad nende geenide ekspressiooni: “trans-acting” faktorid. DNA-valk interaktsioonid. regulatsioon toimib läbi paljude cis-acting elementide ja trans-acting faktorite vaheliste seoste. mitte-kovalentsed Rekombinantse DNA metoodika alused. Rekombinantseks DNA-ks nim. DNA molekuli, milles on ühendatud eri liikidelt pärit DNA fragmendid. Metoodika 1.Sama restriktaas (restriktsiooniesüüm) tunneb ära sama järjestuse DNA erimolekulides. 2.Restriktaas „lõikab“ DNA ahelad pooleks nii,et tekivad „kleepuvate“ otstega DNA lõigud. 3.Eri päritolu DNA lõigud viiakse lahuses kokku; ühinevad komplementaarsuse alusel; „kleepuvate“ otste vahele tekivad vesiniksidemed. 4. Ensüüm ligaasi abil ühendatakse eri päritolu DNA lõigud omavahel kovalentsete sidemetega kokku- tekib rekombinantne DNA molekul. Restriktaasid.
hulgal RNAd. Seda kromosoomi koostisainete kompleksi nim. kromatiiniks. http://et.wikipedia.org/wiki/Kromosoom 13. Bakteriraku ehitus Kuna bakteritel puudub tuum on nad eeltuumsed e.prokarüoodid. Tuuma asemel on neil tuumapiirkond e.nukleoid. Bakteritel on ainult üks rõngakujuline kromosoom. Bakterirakk on kaetud kapsliga, mis kaitseb neid keskonna mõjude eest. Veel esineb bakterirakus DNA rõngasmolekul e. plasmiid. Bakterid paljunevad pooldudes.Vees elavatel bakteritel on gaasivakuoolid. Plasmiid on väike rõngas DNA. Selles on geenid, mis aitavad bakteril elada ekstreemsetes oludes. Ilma plasmiidita on bakter elujõuetu.Antibiootikumide suhtes võivad bakterid muututa resistentseks. Plasmiide võib olla mitu bakteril. Bakterirakk kooseneb: 1. Rakuseinast Bakteri väline kuju oleneb rakuseinast, mis kaitseb teda kahjulike välismõjude eest ja
4Mikroobifüsioloogia LOMR.03.022 Riho Teras Sisukord 1. Bakterite kasv ja toitumine................................................................................ 4 1.1. Bakterite kasvatamine laboritingimustes.....................................................4 1.2. Elutegevuseks vajalikud elemendid.............................................................7 1.3. Söötmed bakterite kasvatamiseks laboris....................................................9 1.4. Füüsikalis-keemilised tegurid, mis mõjutavad bakterite kasvu...................10 2. Bakterite ehitus ja rakustruktuuride funktisoonid.............................................15 2.1. Tsütoplasma komponendid.........................................................................16 2.1.1. Nukleoid............................................................................................... 16 2.1.2. Tsütoplasma ja inklusioonkehad...........................................................19
Valiku surve puudumisel labori tingimustes plasmiidid kaovad, loodusesse tagasi viimisel on nad vähem elujõulised. 6. Neil on põhireplikon, milles replikatsiooni alguspunkt ja initsiatsiooni saidid, suurematel plasmiididel ka tra geenid, mis on vajalikud plasmiidi ülekandeks konjugatsioonil. Kromosoomiväline DNA, mis on rõngjas, autonoomne, paljunemisvõimeline, replitseeruvad autonoomselt, võivad intergreeruda bakteri genoomi (episoom, teatud juhtudel). Igal plasmiid paljuneb sõltumata sellest kas põhikromosoom paljuneb või mitte. Ühes rakus võib olla mitu, isegi sada plasmiidi, kuid nende esinemine või mitteesinemine sõltub konkreetsetest valikusurvetest. Looduslikes bakteritüvedes on alati palju plasmiide, kunslikes tingimustes hakkavad nad aeg-ajalt ära kaduma. Erinevate plasmiidide eksisteerimine sõltub sellest kas nad omavahel sobivad. Plasmiidid on need, kes kõige esmalt kantakse ühest rakust teise ja nii vahetatakse pärilikku materjali
saab pikendada RNA praimerite ja spetsiaalse ensüümi praimaasi abil. Süntees toimub 3’-5’ suunas (fragmendid sünteesitakse 5’ - 3’ suunas). 18. Kuidas sünteesitakse liiderahel ja viivisahel Liiderahela sünteesimine - katkematult 1 praimeriga Viivisahela sünteesimine - DNA praimaas sünteesib DNA järjestuse pealt lühikese RNA praimeri. - DNA polümeraas jätkab DNA sünteesi- moodustub Okazaki fragment. - Eesolev RNA praimer asendatakse DNA-ga. - Okazaki fragmentide katkekohad liidetakse DNA ligaasi abil. 19. Mis on Okazaki fragment ja millest ta koosneb? Okazaki fragmendid on lühikesed DNA fragmendid, mis tekivad sünteesi tagajärjel viivisahelal. Koosneb RNA praimerist ning järgnevast DNA polünukleotiidist. Need lõigud liidetakse DNA ligaasi poolt ja saadakse teine DNA ahel. 20. Milline ülesanne on DNA praimaas ensüümil? Mida teeb replikatsioonis DNA ligaas?
kahes suunas, moodustub kaks Y-kujulist struktuuri. Osalevad ensüüm helikaas ja ensüüm DNA-polümeraas. 12. Okazaki fragmendid, fragmentide ühendamine Okazaki fragment (ingl. Okazaki fgragment)- DNA-sünteesil DNA-viivisahelal sünteesitud fragment (prokarüootidel 1000–2000 ja eukarüootidel 100–200 bp), mis koosneb lühikesest RNA praimerist ja järgnevast DNA-polünukleotiidist. Okazaki fragmendid: RNA praimer (sünteesitakse RNA polümeraasiga) ja DNA polümeraas III (viib läbi DNA maatritssünteesi) DNA fragmentide ühendamine: DNA polümeraas I (RNA lõigatakse välja ja tühik sünteesitakse täis) ja DNA ligaas (ühendab fragmendid ligeerimisel) 13. Histoonide tüübid Histoonid on väiksed aluselised valgud (koosnevad 102–135 aminohappest), mida leidub eukarüootide tuumas.[1] Need on põhilised kromatiini valgud, mille ümber keerdub DNA ja need
Replikatsioon. B19 replitseerub mitootiliselt aktiivsetes rakkudes, eelistab erütroidse raja rakke (luuüdi, lootemaks, leukeemia). Seostub erütrotsüüdi P-grupi antigeeniga, internaliseerub, uncoating, üheahelaline DNA tuuma. Komplementaarse ahela tekitamiseks on vajalikud faktorid, mida leidub ainult mitoosi S-faasis, ning raku DNA polümeraasid. Kummaski nüüdseks kaheahelalise DNA otsas paiknevad kordusjärjestused voltuvad tagasi, hübridiseeruvad genoomiga. Tekib praimer raku DNA polümeraasi jaoks, DNA replitseerub. Viirusvalgud sünteesitakse tsütoplasmas, liiguvad sealt tuuma, kus virion kokku pakitakse. Tuuma- ja tsütoplasmamembraan degenereerub, viirus vabaneb raku lüüsil. Patogenees. Levib hingamis- või suusekreetidega. Infitseerib mitootiliselt aktiivseid erütroidprekursoreid luuüdis, põhjustab lüütilist infektsiooni. Tekitab ulatusliku vireemia, võib läbida platsentat. Profülaktikaks ja haiguse paranemiseks vajalikud antikehad
valgusmikroskoobis analüüsitavad. Niisiis, võrreldes prokarüoodiga on eukarüoodi kromosoomide arv suurem, kromosoomid ise on palju suuremad ning nende ehitus keerulisem. Kromosoomi eri piirkonnad sisaldavad erinevaid DNA klasse ja täidavad kindlaid funktsioone. Eriti olulised kromosoomi kui terviku säilimisel on tsentromeeri ja telomeeri alad. 1.Kromatiid 2.Tsentromeer 3.Lühike ,,käsi" 4.Pikk ,,käsi" 18. Milliseid rakke ümbritseb rakukest? Taimerakke. 19. Mis on plasmiid? Plasmiid on rõngakujuline kaheahelaline DNA molekul, mis sisaldab autonoomset paljunemist võimaldavaid geneetilisi elemente (eelkõige replikatsiooni alguspunkti), selektiivset markerit (ampitsilliinile resistentsust tagavat geeni) ja unikaalseid restriktaaside lõikamiskohti (esinevad plasmiidis ainult 1 kord). 20. Rakutsükli etapid. Rakutsükkel koosneb M-faasist (mitoos e. karüokinees(tuuma jagunemine) + tsütokinees(tsütoplasma jagunemine) e
EESTI MAAÜLIKOOL VETERINAARMEDITSIINI JA LOOMAKASVATUSE INSTITUUT LOOMAGENEETIKA I OSA LOENGUKONSPEKT ÕPPEAINES VL.0779 ARETUSÕPETUS ÕPPEVAHEND EMÜ ÜLIÕPILASTELE Koostajad: A. Lüpsik E. Orgmets H. Viinalass TARTU 2009 GENEETIKA KUI TEADUS JA SELLE KOHT BIOLOOGIAS Geneetika on teadus organismide pärilikkusest. Mõiste geneetika tuleneb kreeka keelest ja tähendab sünnisse, põlvnemisse või tekkesse puutuvat. Tänapäeval on geneetika kujunenud bioloogia üheks keskseks haruks, sest ta uurib kõikidel organismidel esinevat nähtust pärilikkust ja selle muutumist ning geneetilise informatsiooni edastamise ja realiseerumise seaduspärasusi organismi elutsükli jooksul. Geneetika arengust sõltuvad elusorganismide soovikohase muutmise, valkude biosünteesi kontrolli ja ka põllumajandusloomade se
Geenitehnoloogia eksam 1. Suhkrute lühiiseloomustus. Süsivesikud=sahhariidid. On orgaanilised ühendid, mille koostises esinevad süsinik, vesinik ja hapnik. Süsivesikud säilitavad rakusiseselt keemilist energiat. Rakk saab energiat suhkrumolekulide lagunemisel lihtsateks ühenditeks, aeroobidel veeks ja süsihappegaasiks. I Monosahhariidid ehk lihtsuhkrud on madalamolekulaarsed ühendid, milles süsinike arv on enamasti kolmest kuueni- riboos ja desoküriboos (5 süsinikulised). Glükoos ehk viinamarjasuhkur- kiire energiaallikas, näitab veresuhkrutaset. Funktsioon- energeetiline, DNAs ja RNAs ehituslik (6 süsinikuline). Rohelistes taimedes moodustub glükoos fotosünteesi tulemusena, loomorganismid saavad seda toidust. Fruktoos ehk puuviljasuhkur. II Polüsahhariidid on kõrgmolekulaarsed orgaanilised ühendid (polümeerid), mille ehituslikeks lülideks (monomeerideks) on monosahhariidid. Neil on energee
pooldumine § Geenid paiknevad üksteise lähedal § Funktsionaalselt seotud geenid grupeeritud operoni Kromosomaalne DNA Nimetatakse ka bakteri kromosoomiks. E. coli, genoom 4700 kbp pikk (umbes 1400 µm), mass on 4.4×10-15 g., sisaldab 3...6 × 106 nukleotiidipaari (bp) ühe geeni "pikkus" on umbes 1000 nukleotiidi-paari. Bakterite genoomne DNA haploidne, tsirkulaarne, kaheahelaine, singulaarne. Genoom - kodeerib mitu tuhat polüpeptiidi (~360 aminohapet). Ekstrakoromosomaalne DNA - plasmiid § Diskreetsed, ekstrakoromosomaalsed replikonid. § Suurus varieerub - 5 ×106 - 100 ×106 daltonit. § Enamasti kodeerib bakteritele mittevitaalseid omadusi. § Replikatsioon genoomist sõltumatult. § Enamus plasmiide supercoil'ed, tsirkulaarsed, kaheahelaline DNA, mõned ka lineaarsed plasmiidid - Borrelia, Streptomyces § Pole elutegevuseks vajalik, kuid võib anda evolutsioonilise eelise Plasmiidide poolt determineeritavad omadused § Paljud plasmiidid
1. Sissejuhatus Metaboolne ja geneetiline regulatsioon bakterites Bakterirakkude efektiivseks kasvuks on vaja, et kõiki raku põhilisi ehitusblokke ja nendeks vajalikke makromolekule produtseeritaks õiges vahekorras. Selleks, et sünteesi lõpp-produktide kontsentratsioon rakus liiga kõrgele ei tõuseks, on rakus välja kujunenud kaks kontrollmehhanismi: 1. Ensüümiaktiivsuse tagasisidestuslik inhibitsioon (feedback inhibition) metaboolne regulatsioon 2. Ensüümi sünteesi repressioon geneetiline regulatsioon Tagasisidestusliku inhibitsiooni tulemusena inhibeeritakse rakus juba olemasoleva ensüümi aktiivsus reaktsiooni lõpp-produkti poolt. Inhibitsiooni võib esile kutsuda ka teatav metabolismiraja vaheprodukt. Geneetilise repressiooni korral inhibeerib tavaliselt lõpp-produkt metabolismiraja esimese ensüümi sünteesi vastava geeni avaldumise pärssimise kaudu. Metaboolne regulatsioon tagasisidestusliku inhibitsiooni kaudu ja geneetiline regulatsioon ensüümi s
MIKROBIOLOOGIA I KONSPEKT Sisukord ELU TEKE MAAL .................................................................................................................... 3 MIKROBIOLOOGIA AJALUGU ............................................................................................. 5 KOCHI-HENLE POSTULAADID ........................................................................................ 6 PROKARÜOODID ELUSLOODUSES, SUURUS JA NIMETAMINE .................................. 8 PROKARÜOOTIDE KIRJELDAMISEL JA SÜSTEMATISEERIMISEL KASUTATAVAD TUNNUSED ......................................................................................... 10 BAKTERITE KUJURÜHMAD ............................................................................................... 12 RAKUKUJUD JA NENDE EELISED NING PUUDUSED KESKKONDADES ............. 12 Kokid- kerakujulised bakterid. .................................................................
lõikavad tömbid otsad. · Kasutatakse saamaks teada teatud geenide funktsiooni. Võetakse uuritav geen ja hakatakse mõnes rakus (nt bakter) sellelt geenilt valku tootma ning vaadatakse, kuidas rakk reageerib · DNA kättesaamiseks lõhutakse rakk katki, lisatakse etanooli ja selle tulemusel sadenevad nukleiinhapped põhja; kromosoomi ja plasmiidi eraldamiseks töödeldakse sooladega, mille tagajärjel plasmiid lahustub ja etanooliga saadakse pärast kätte. · Pöördtranskriptaasi käigus saab küpsest mRNA-st uue DNA, mida kutsutakse cDNA-ks (complementary), nii saab bakter sealt valku tootma hakata (bakterites puuduvad intronid) Transgeenne analüüs organismi viiakse sisse võõrgeen, mida seal hakatakse ekspresseerima, näiteks viirusvektorite abil saab; kui on vähe rakke, siis rekombinantse DNA meetod. 39. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused
Tallinna Tehnikaülikool Keemiainstituut Bioorgaanilise keemia õppetool BIOKEEMIA LABORATOORSED TÖÖD Koostajad: Malle Kreen Terje Robal Tiina Randla Tallinn 2010 SISUKORD 1. AINETE TUVASTAMINE KVALITATIIVSETE REAKTSIOONIDEGA ........................... 4 1.1 VALKUDE REAKTSIOONID ............................................................................... 4 1.1.1 Biureedireaktsioon ....................................................................................... 9 1.1.2 Ksantoproteiinreaktsioon (Mulderi reaktsioon) ........................................... 10 1.1.3 Milloni reaktsioon ....................................................................................... 10 1.1.4 Sulfhüdrüüli- e tioolireaktsioon ...................................................................
GENEETIKA I KORDAMISKÜSIMUSED EKSAMIKS 1. Kaasaegse geneetika rakendusalad meditsiinis ja kohtumeditsiinis. MEDITSIIN Geneetilised uuringud on alati olnud suures ulatuses seotud meditsiiniga ja nende eesmärgiks on olnud meditsiiniprobleemide lahendamine. Need uuringud on võimaldanud leida viise võitluses nakkushaigustega ning kindlaks teha geene, mis on otsustavad pärilike haiguste tekkel. Geneetikute töö tulemuseks on ka efektiivselt töötavad vaktsiinid. 1. Molekulaarne diagnostika ehk teha kindlaks geenid, mis on otsustavad pärilike haiguste tekkel. Molekulaarsete diagnostikameetoditega on võimalik tuvastada haigusi põhjustavaid mutantseid geene. See aitab leida optimaalseid ravivõimalusi. Nt alpaktonuuria on perekonniti päranduv, lisaks huntingtoni tõbi, tsüstiline fibroos. 2. Geeniteraapia rakendamine. Geeni defekt kompenseeritakse uue, funktsionaalse geeni rakku viimisega. Nt immuunpuudulikkuse ja tsüstilise fibroosi korral. Terve geen viiakse organismi lisaks de
Molekulaarbioloogia Molekulaarbioloogia – tegeleb päriliku info kodeerimise, säilitamise ja ülekande mehhanismi uurimisega, samuti päriliku info realiseerumise molekulaarsete mehhanismidega (kuidas info geenides määrab elusorganismi ehituse ja tema funktsioneerimise. Uurib füüsikalis-keemiliste struktuuride ja biokeemilis-füsioloogiliste funktsioonide vastavust. Teadussuund hakkas arenema pärast makromolekulide ruumilise struktuuri kindlakstegemist (DNA 3-ruumiline struktuur). Molekulaarbioloogia dimensioon – 1 A – 300 A (üle 500 – rakubioloogia, alla 1 - biofüüsika) 1 A (ongström) = 10 -10 m 1nm = 10 A 2-ahelalise DNA läbimõõt – 20 A kovalentne side – 1,5 A globulaarse valgu d – 50 A dsDNA (double stranded) d – 50 A ribosoomide, valgumolekulide d – 200-300 A DNA aluspaaride vahe – 3,4 A vesiniksideme pikkus – 3 A nukleosoom – 60x110x110 A bakteri ribosoom – 200x200x230 A tuumapoorid – 120x120x75 A bakteriaalne RNA polümeraas – 90x90x60
annaabi.ee 
