Leidsid 33 sarnast õppematerjali, mis on seotud failiga "Molekulaar- ja rakubioloogia". Need materjalid aitavad sul teemat sügavamalt mõista.
rakud, antikeha, plasmiid, geel, sööde, praktikum, vektor, membraan, augu, egfp, primaarse, antikehad, tuubi, pest, poly, bakterid, agent, polümeraas, reaktsioon, tega, agar, edta, reagent, signaal, tween, praktikumi, praimer, produkti, valgud, figure, antibiootikum, fluorestsents, antikehaga, pipett, pipeteerida, etappi, agaroos, geelis, kolonnTallinna Tehnikaülikool Matemaatika-loodusteaduskond Geenitehnoloogia Instituut Molekulaar- ja rakubioloogia praktikum YTM0012 MOLEKULAARBIOLOOGIA PRAKTIKUM Pipeteerimine Automaatpipetiga pipeteerimise põhitõed Pipeteerimisel on kõige olulisem võtta õige suurusega pipett Pipeteeritav vedelik peab olema homogeenne. Seintelt ja korgi küljest tuleks tilgad ja kondensaat põhja fuugida Enne pipeteeritavasse lahusesse viimist vajuta kolb esimese astmeni alla. Pipeti tühjenemiseks on vaja vajutada kolb teise astmeni. Viskoosse lahuse pipeteerimine
Tallinna Tehnikaülikool Matemaatika-Loodusteaduskond Geenitehnoloogia Instituut Molekulaar- ja rakubioloogia praktikum Aruanne Koostanud: Luise Tiks YASB61 112332 Tallinn 2014 Pipeteerimine Harjutus 1 1 ml pipetti kasutades pipeteerisin 15-ml falconisse 1,65 ml detergenti, 3,85 ml vett (kokku 5,5 ml 30% lahust). Detergendi pipeteerimiseks kasutasin pahupidi tehnikat.
Parem karta kui kahetseda. Töö käik: Lahustame agaroosi pulbri TAE puhvris Kuumutame seda mikrolaineahjus, et kõik pulber lahustuks Jahutame ja seejärel lisame EtBr. Kanname segu geelialusele, kuhu on eelnevalt lisatud hammaste tekkimiseks „kamm“ Jälgida, et mulle ei tekiks ja eemaldada need. Millise % geeli valasime? Miks? Vaatasime lk 32 olemat tabelit nr. 6 ja otsustasime teha 1,5% geeli. Tabel näitab, et see geel sobib DNA’le pikkuses 0,2-3kb ja see on igati sobilik kõigi grupis olevate inimeste DNA lahutamiseks, kuna meie DNA’de pikkused jäid vahemikku 0,3-1,6kb. Mis juhtub kui unustame EtBr lisada? Kas olukorda saaks parandada? Kui me ei lisaks EtBr, siis me ei näeks enda DNA bande pärast geelis. Olukorra parandamiseks võib geeli EtBr’is solgutada. Oluline on, et geel oleks homogeenne ning et EtBr oleks ühtlaselt geelis jaotunud. 5
Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/ Bluescript pBS SK+ plasmiid 10 ng/l lineariseeritud Cfr42I abil (~3h restriktsioon, puhastatud fenooltöötluse, etanooliga sadestamise abil; lahustatud TE-s). Plasmiidi kohta vt Stratagene; http://www.stratagene.com/ . Plasmiidi kaarti vt lisamaterjalidest. Restriktaas Cfr42I (SacII) 10 ühikut/mikroliiter (u/l), hoitakse jääl. Restriktaasi kohta vt Fermentas; http://www.fermentas.com/, ja lisamaterjalid. Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust T4 DNA ligaas 5 u/l (Fermentas, vt
Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) või teratokartsinoomi (NT2) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5-10 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa ja NT2 rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/ Bluescript pBS SK+ plasmiid 10 ng/l lineariseeritud Cfr42I abil (~3h restriktsioon, puhastatud fenooltöötluse, etanooliga sadestamise abil; lahustatud TE-s). Plasmiidi kohta vt Stratagene; http://www.stratagene.com/ . Plasmiidi kaarti vt lisamaterjalidest. Restriktaas Cfr42I (SacII) 10 ühikut/mikroliiter (u/l), hoitakse jääl. Restriktaasi kohta vt Fermentas; http://www.fermentas.com/, ja lisamaterjalid. Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust) T4 DNA ligaas 5 u/l (Fermentas, vt
liigikaudse hinnangu valgu kontsentratsioonist. · Valgud jooksevad geelis ,,+" poole, kuna nad on kaetud SDS-ga, mis annab neile ,,- ,, laengu. Liikumine geelis toimub lahuses oleva OH- rühma tõttu. · Geelile kanname mitte ainult uuritavad valgud, vaid ka markeri, mis on kindla suurusega valkude segu (selle järgi teeme hiljem kindlaks enda uuritud valgu suuruse, kD). Töö käik: 1. Geeli valmistamine: Lahutav geel (alumine geel), Kontsentreeriv geel (ülemine 10% geel) , 4% Vesi 4,5 ml 3 ml 4x separating( stacking) buffer 2,5 ml 1,25 ml 40% 2,5 ml 0,5 ml acrylamide(AA)/bisacrylamid e 37,5:1 (Bio-Rad) APS 100 µl 100 µl
Tallinna Tehnikaülikool Immunoloogia Praktikum Õppejõud: Lilian Järvekülg Õpilane: Agnes Kivistik 112483YAGB42 Tallinn 2012 SDS-PAGE ELEKTROFOREES Meetod võimaldab valkude komplekside lahutamist molekulaarmassi järgi ja annab liigikaudse hinnangu valgu kontsentratsioonist. Valgud jooksevad geelis „+“ poole, kuna nad on kaetud SDS-ga, mis annab neile „-„laengu
Tallinna Tehnikaülikool Immunoloogia Praktikum Õppejõud: Lilian Järvekülg Õpilane: YAGB-42 Tallinn 2012 SDS-PAGE ELEKTROFOREES · Meetod võimaldab valkude komplekside lahutamist molekulaarmassi järgi ja annab
Tartu Ülikool Mikrobioloogia instituut Meditsiinilise mikrobioloogia praktikum II osa Tatjana Brilene, Kai Truusalu, Tõnis Karki 2014/2015 1 Sisukord 1. Mikrobioloogilise diagnostika põhiskeem. Stafülokokknakkuste diagnostika. Streptokokknakkuste diagnostika..................................3 2. Enterobakterite nakkuste diagnostika uroinfektsioonide näitel............................................12 3. Enterobakterite nakkuste diagnostika sooleinfektsioonide näitel....................
nähtavaks? Mikroobirakud on peaaegu värvitud ja suure veesisalduse tõttu ei eristu ümbritsevast keskkonnast. Detailide eristamiseks tuleb neid värvida. 2. Milliseid värve kasutatakse mikroobide värvimisel? Sooladega värvitakse, millest üks ioon annab värvi. On positiivne värvioon (aluseline värv) ja negatiivne värvioon (happeline värv). 3. Kuidas värvuvad mikroobid katioonsete värvidega happelises keskkonnas ja miks? Värvuvad rakud ise ja halvasti sellepärast, et raku negatiivne laeng väheneb H +-ioonidega seostumise tõttu. 4. Missugustes tingimustes värvuvad paremini happelised värvid ja miks? Happelistes tingimustes. Ioniseerudes annavad negatiivse kromogeense osa. Raku negatiivne laeng väheneb H+-ioonide seostumise tõttu. 5. Mille poolest erineb happeliste ja aluseliste värvidega värvimise metoodika? Aluselised värvid värvivad rakku ise (otsene) ja happelised värvid värvivad raku ümbritsevat
Praktiline töö I Rakkude külmutamine/sulatamine 1. Milleks on söötmesse lisatud antibiootikumid? Et bakterid vohama ei hakkaks 2. Milleks on söötmesse lisatud pH indikaator? Enamus rakuliine vajab kasvamiseks temperatuuri 37°C ja pH-d vahemikus 7,2-7,4. pH indikaatorina kasutatakse fenoolpunast. pH muutumisel happelisemaks muutub indikaator kollaseks ja pH muutumisel aluselisemaks muutub indikaator lillamaks. Rakud taluvad happelist keskkonda paremini kui aluselist. 3. Nimeta sagedasemaid rakukultuuri saastajaid. Pärm, bakterid, mükoplasma, viirused, teised rakuliinid 4. Mis on rakuliin ja rakkude primaarkultuur, mille poolest need erinevad? primaarsed kultuurid koest eraldatud, paljunevad piiratud arv kordi (meie majas kasutatakse näiteks roti neuroneid) rakuliinid surematud st. paljunevad piiramatu arv kordi, kuid peab siiski arvestama asjaoluga, et aja jooksul rakud siiski muutuvad
saidi vahele (spetsiifilised lõikesaidid). T4 toimub pakkimine „headfull „mehhanismi abil ja algab suvalisest DNA segmendist. Esinevad pac saidid. 4. Milleks oli vaja filtreerida? Saada lahti bakteritest. Kasutasime 0.2 mikromeetrilise poordiameeriga membraanfiltrit. Ainult faagid pääsevad läbi – neid oligi vaja just eraldada. 5. Kui suur on bakterirakk? Joonpikkus 1-10 mikromeetrit. 6. Milleks oli vaja kuumašokk kompetentsete rakkude transformeerimisel? Tsütoplasma membraan on laetud positiivselt, DNA on laetud negatiivselt Membraanid depolariseeruvad ja DNA transporditakse rakku. 7. Miks ei või 50% EtOH-ga pesta? Sest DNA hakkab siis lahustuma. 70% ei hakka veel lahustuma. 8. Miks on vaja Mg-d restriktaasi puhvris? Kahevalentne katioon, tavaliselt Mg++ on ensüümi tööks absoluutselt vajalik 9. Miks lahus 1? 2? 3? Lahus 1 sisaldab glükoosi, EDTA ja Tris-HCl. EDTA seob kahevalentseid
Kuidas värvuvad endospoore moodustavad mikroobitüved? Tänu tsütoplasma keemilise koostise ja membraanide ehituse erinevusele mõjub sama värv erinevatele mikroorganismidele erinevalt. Värvi valik sõltub eesmärgist. Olenevalt kasutatavast värvist võivad mitmesugused raku osad - tsütoplasma, tuum, viburid, eosed, kest - erinevalt värvuda. Tavaliselt kasutatakse aniliinvärve, mis jagunevad aluselisteks ja happelisteks. Aluseliste värvidega värvuvad hästi tuumakromatiin ja rakud üldse. Kuna happeliste värvide toimel värvuvad rakud nõrgemini, siis enamasti kasutatakse aluselisi värve, eelistatult aluselist fuksiini ja aluselist metüleensinist. Värvimismeetodid jagunevad · Lihtvärvimismeetodid - värvitakse vaid ühe värviga, näiteks lahjendatud fuksiini või metüleensinisega. Meetod võimaldab mikroobide kuju ja asetust nähtavaks muuta. · Kombineeritud ehk liitvärvimismeetodid - kasutatakse mikroorganismide eristamiseks
eukarüoote kui ka viiruseid. Sealne normaalne mikrofloora on patogeenidele kinnitumiskoha ja toitainete konkurent. Enamus patogeenne pole võimelised tervet limaskesta läbima. Lisaks on inimesel rips-epiteel, mis väljutab mikroobe. Lisaks kuuluvad esmase kaitse alla veel lüsosüümid- on põietaolised membraaniga ümbritsetud moodustised raku tsütoplasmas, mis sisaldavad ensüüme; interferoonid- nad muudavad veel nakatumata rakud viiruse suhtes resistentseks ning juba viirusega nakatunud rakkudes indutseeritakse viiruse genoomi ja valkude lagundamine. Seega takistab interferoon viiruse levikut veel nakatamata rakkudesse ja seetõttu ka viiruse reproduktsiooni., komplement- Tunneb ära bakterite pinna komponente, mitmesugune toime (tekitab bakterite lüüsumist, fagotsütoosi jne) kollektiinid, PRP- valgud 3. Kuidas kaasasündinud i. nakkuse ära tunneb?
aktiivsus, seetõttu teevad nad palju vigu 2. PRO- JA EUKARÜOOTSE RAKU GENOOM Prokarüoodil puudub organiseeritud struktuuriga rakutuum: DNA asetseb vabalt tsütoplasmas, RNA süntees toimub DNA ja tsütoplasma kokkupuutejoonel. Erinev on ka eukarüootse ja prokarüootse raku jagunemine ja DNA segregatsioon: 1) Alguses mõlemad suurenevad ja küpsevad vajaliku määrani 2) Eukarüootidel järgneb raku küpsemisele pooldumine koos mitoosiga, prokarüootsed rakud paljunevad mitoosita tsütokineesi ehk lahknemise teel 3) Prokarüoodis puudub tsentromeer, DNA molekul kinnitub lahknemiseks mesosoomile (tsütoplasma membraani sissesopistus) 3. Mida on vaja teha selleks, et lühikese aja jooksul korduvalt DNA kaksikahelat denatureerida ja renatureerida? 4. Milline ensüüm viib läbi järgnevaid: REPLIKATSIOON – DNA polümeraasid TRANSKRIPTSIOON – RNA polümeraas: avab DNA ning sünteesib ühte
lümfotsüüdid. Immunoglobuliinidel on omadus "ära tunda" ja seonduda antigeenidega. IMMUNOGEEN on antigeen, mis kutsub esile immunvastuse. Reeglina makromolekulid. Kõik immunogeenid on antigeenid, aga mitte alati vastupidi. Immunogeensus antigeenil sõltub molekuli suurusest, keemilistest omadustest jne. Nõrgad immunogeenid ei saa degradeerida ja esitleda T- rakkudele. Suur, lahustumatu makromolekul on parem immunogeen, kui väike. HAPTEEN on madalmolekulaarne aine, millel on epitoop e. antikeha seostumise koht, kuid mis ise ei kutsu esile immuunvastust. EPITOOP ehk antigeenne determinant on antigeeni osa, kuhu antikeha seondub. Immunogeensus - võime esile kutsuda spetsiifilise im.vastuse (humoraalsel või rakulisel tasandil). Antigeensus on võime spetsiifiliselt seonduda AK-de või TCR-iga KAASASÜNDINUD IMMUUNSUS moodustab esmase kaitseliini, kiire, kuid mitte tõhus: a. Anatoomiline i. Nahk patogeenivastane barjäär, happeline keskkond. ii
Ksüleen on hüdrofoobne lahus, mis seguneb nii paraffiini kui ka etanooliga. Ja alles pärast ksüleeniga immutamist kude võib sulanud paraffiini sisestada. Pärast paraffiini tardumist kude lõigatakse õhukesteks lõikudeks, mis pannakse alusklaasile ja edasi värvitakse. 2. Elusrakkude värvimise põhietapid (iga etapi eesmärk). Rakkude fikseerimine on rakupreparaadi kinnitamine alusklaasile nii, et edasise töötluse käigus rakud preparaadilt jalga ei laseks. Säilitab rakustruktuuri ja koosseisu ning peatab kõik raku sees toimuvad protsessid. Perme(a?)biliseerimine on rakumembraani muutmine läbilaskvamaks, et värvid ja antikehad pääseksid rakku sisse. Värvimine on raku värvi muutmine, et rakku oleks võimalik kergemini mikroskoobis tuvastada. Eri rakuosi on võimalik erinevalt värvida ja nii saame eristada rakuosi kergemini. a. Mis on erinevus formaldehüüd- ja alkohoolsete fiksaatorite vahel?
2 TTÜ | MIHKEL HEINMAA | SÜGIS MMIX MEMBRAAN 15/10/09 Membraanid on struktuurid, mis piiritlevad kõiki elusaid rakke. Palju membraane on võimalik leida ka raku seest piiritlevad enamikke organelle. Membraan koosneb lipiididest. Miks koosnevad membraanid just lipiididest? Lipiidid on dualistlike keemiliste omadustega molekulid: neid iseloomustavad ühelt poolt hüdrofoobne tagaosa (ei lahustu vees) (selle osa moodustavad rasvhappejäägid) ja hüdrofiilne osa (võib moodustuda erinevatest molekulidest). Membraanide moodustamiseks on see hea, sest molekulid paiknevad korrapäraselt (hüdrofoobsed sabaosad on koondunud üksteise poole) ja moodustavad veevaba lokaalse keskkonna
Elektroforees on meetod mis võimaldab eri tüüpi molekule üksteisest lahutada järgnevate karakteristikute järgi: elektriline laeng, suurus, kuju. Geel-elektroforeesi kasutatakse DNA molekulide isoleerimiseks. Geeliks kasutatakse agarist puhastatud suhkrut agaroosi. Agaroosil on poorjas struktuur mis takistab DNA fragmentide vaba liikumist ja seega lahutab DNA fragmendid vastavalt nende suurusele, st väiksemad molekulid liiguvad kiiremini ja jõuavad kaugemale kui suuremad. Pärast geel eletroforeesi kasutamist saab dna fragmente: PCR-iga paljundamine, kloneerimine vektoritesse, geeni-raamatukogus säilitamine, mikrokiibi analüüs, järjestamine ehk sekveneerimine 22. Mis on Southern, Western, Northern, Eastern Blot ja Dotplot? Milleks neid kasutatakse ja millised on meetodite erinevused? Ühe molekuliga tuvastatakse teist, molekul kantakse üle kandjale. Southern DNA geenivariandi tuvastamine ja pikkuse määramine. Western spetsiifiliste valkude tuvastamine kompleksproovides
3. Biotestid 1. rakukultuur kliiniline proov, millega neid rakke nakatame. Kõige tuntum on klamüüdia diagnostika. Rakukultuuris kasvatatud organism ei tohi olla transpordil või ravi tõttu surnud. 2. Loomkatsed katkupisiku diagnostika. Eetikaküsimus. Loomad on väga kallid. Loomakaitsjad võitlevad selle vastu. 4. Kiirmeetodid (molekulaardiagnostika) 1. nukleiinhapete määramine 2. antigeeni/antikeha määramine antigeen ja antikeha peavad omavahel väga hästi sobima (steeriliselt ja laenguliselt), kui ainult laengud sobivad, tekib palju valepositiivseid tulemusi. Seroloogilised testid taluvad suht hästi transporti. Palju võimalik osta valmisteste. Suht kiire meetod. Määratakse antigeeni olemasolu veres e organismi vastureaktsioon, aga mitte patogeeni olemasolu veres paljude haiguste puhul jäävad antikehad eluks ajaks püsima ja nii saab
uued ja DNA ka säilid, Taani rabades jälle inimesed super hästi säilinud aga DNA on juppideks. Valkudest saab vabaneda pH 13. Ja nukleiinhapetest pH happeline juures. Mõlemal korral juppideks. Humoraalsed (signaalid mida antakse edasi vere või lümfiga) ja tsütokiinide (signaalmolekulid, kiire süntees, peavad kiirelt retseptorile seonduma muidu lagunevad) abil vahendatud reaktsioonid. Immuunsüsteemi rakkude poolt vahendatud reaktsioonid (fagotsütoos, NK rakud, põletik) Kus on immunoloogia piirid? Kus saame hakata rääkima äratundmisest ja kaitsest. Bakterid-restriktaasid ja metülaasid (arhedel ka), oma DNAd ei restrikteerita, äratundmispiirkond palindroom (alati?). Seened-antibiootikumid, Aktinomütseedid ja linnud-biotiini kõrvaldamine. Avidiin ja streptavidiin. avidiin (linnumuna munavalged, vaba biotiin sealt ära) ja streptavidiin (streptomütses, kasutab kui
· · Orgaaniliste molekulide abiootiline süntees: · · · · · PROTOBIONTIDE MOODUSTUMINE: 1. Kui liposoomid segada lahustuvate biopolümeeridega 2. See kuivatada moodustub mitmekihiline ,,võileib" 3. Siis vee lisamine lipiidmembraaniga kerakesed, mis sisaldavad enda sees biopolümeeri molekule. · · Arvatakse et esimeseks pärilikkuse kandjaks oli RNA. · Panspermia- elu kandumine Maale kosmosest. · Esimesed Eukarüoodid ilmusid Maale ~ 1,7 miljardit aastat tagasi tuuma membraan võis moodustuda rakumembraani sissesopistusest. · · Endosümbioos: 1. Teooria kohaselt asustasid aeroobsed bakterid ( protobakterid ) primitiivsete eukarüootide tsütoplasma ja aitasid neid energiavahetuses, oksüdeerides hapnikuga keemilisi ühendeid nendest said mitokondrid. 2. Tsüanobakteri allaneelanud primitiivne eukarüoot võis hakata kasutama fotosünteesireaktsioone tänapäeva kloroplast 3
§ Ei esine kõigil bakteritel, varieerub paksuses ja rigiidsuses. § Tagab bakteri adhesioonivõime, väldib fagotsütoosi. § Paljud bakterid kaotavad kunstlikel söötmetel kihnu. Bakterite rakusein § Mükoplasmad on ainukesed bakterid, kellel rakusein puudub. § Bakterite (v.a. klamüüdia) rakusein on poolrigiidne, sisaldades peptidoglükaani [PG] (mureiini). § PG tagab bakterite kuju ja takistab osmoosist tingitud lüüsi. Tsütoplasma membraan § Tegemist on permeaabelsusbarjääriga, määrates, mis liigub sisse ja mis välja. § Vesi, lahustuvad gaasid (CO2, O2), rasvlahustuvad molekulid difundeeruvad läbi membraani, vesilahustuvad väikesed ioonid läbi väikeste pooride läbimõõt 0,8 nm Viburid § Lühikesed, rigiidsed valgulised struktuurid, § Koosneb 3 osast: filament, klamber ja basaalkeha. § Kinnitub tsütoplasma membraanile, molekulaarne mootor, mis paneb viburi pöörlema (kuni 270 p/min)
Vektor-DNA ettevalmistamine Kloonitava DNA ettevalmistamine Rekombinantse DNA sünteesimine ligatsiooni abil Rekombinantse DNA sisendamine peremeesorganismi Rekombinantide selekteerimine Rekombinantide analüüsimine Etapp 1. Valitud DNA tükk lõigatakse päritoluorganismist restriktsiooniensüümide abil. Etapp 2. DNA tükk „kleebitakse“ vektorisse ja DNA otsad liidetakse vektori DNA-ga ligeerimise teel. Etapp 3. Vektor sisestatakse peremeesrakku, sageli bakterisse või pärmi. Peremeesrakud kopeerivad vektori DNA koos oma DNA-ga, luues sisestatud DNA-st mitu eksemplari/koopiat. Etapp 4. Vektor-DNA eraldatakse peremeesraku DNA-st ja puhastatakse. Mis on rekombinantne valk, selle tootmise võimalused? Rekombinantne valk on valk, mida kodeerib rekombinantne DNA. On DNA kloneerimise teel saadud valk. Selliseid valke saab toota nt bakterite abil või transgeensete loomade abil. Mis on cDNA
toimumispaigaks. Tertsiaarne lümfoidne kude: ag poolt sekundaarsetes organites aktiveeritud immuunrakud võivad lümfisõlmedesse jääda või pöörduda lähteorganisse (kops, maks, aju) tagasi efektor- ja mälurakkudena ja moodustada seal organiseeritud lümfoidse koe kogumikke. Luuüdi: Luuüdis asuvatest vereloome tüvirakkudest (HSC) arenevad välja kõik punased ja valged vererakud ning trombotsüüdid. Luuüdis valmivad ka B- rakud. Luuüdi strooma rakud toodavad vereloomeks ja immuunrakkude arenguks vajalikke tsütokiine: IL3, IL7, CSF. Tüümus: Tüümus asub südame kohal otse rinnakuluu all. Ainus lümfoidorgan, kus immuunvastust ei genereerita. Tüümuse epiteelirakud toodavad hormoone: tümosiini, mis on lümfoidsete rakkude paljunemist reguleeriv hormoon. Tüümuses toimub T- rakkude valmimine. Põrn: Veres leiduvate antigeenide vastu immuunvastuse initsieerimine, vanade ja defektsete RBC eraldamine, uute RBC ja Mo reservuaar, Fe varu.
Kodeerib 7-8 varajast geeni (E1…E8), 2 hilist / struktuurgeeni L1 ja L2. Regulaatorregioonis transkriptsiooni kontrolljärjestus, varaste valkude ühine N-terminaalne järjestus, replikatsiooni alguspunkt. Kõik geenid ühel ahelal – plussahelal. Replikatsiooni kontrollib peremeesraku transkriptsioonimasinavärk; toimub tuumas. Varased geenid stimuleerivad rakukasvu, mis võimaldab viiruse genoomi replikatsiooni peremehe DNA polümeraasi poolt, kui rakud jagunevad. Viirus-indutseeritud rakkude arvukuse tõus põhjustab naha basaal- ja ogakihi (stratum spinosum) paksenemist. Basaalrakkude diferentseerudes põhjustavad erinevates nahakihtides ja –tüüpides ekspresseeritavad tuumafaktorid erinevate viirusegeenide transkriptsiooni. Hiliseid geene ekspresseeritakse ainult lõplikult diferentseerunud pealmises nahakihis, viirus pakitakse kokku tuumas. Kasutades naharakkude
retioidid. Tuumas paiknevate DNA-le seostuvate retseptorite toimemehhanism. Kõik tuumas paiknevad DNA-le seostuvad retseptorid on homo- või heterodimeerid. Nad seostuvad spetsiifilistele DNA järjestustele, mis paiknevad nende geenide läheduses, mida nad reguleerivad. Kasvajate teke ja areng. Healoomulise ja pahaloomulise kasvaja erinevus. Healoomuline kasvaja lokaliseerub ühes piirkonnas (nt juhas), halvaloomulise kasvaja rakud liiguvad juhast välja. Healoomuline kasvaja ei tungi teistesse kudedesse ega anna metastaase, mis esinevad vähi korral. Vähirakkude klassifikatsioon. Kartsinoomid – vähid, mis tekivad epiteliaalsest koest Sarkoomid – vähid, mis tekivad sidekoest või lihaskoest Leukeemiad ja lümfoomid – vähid, mis tekivad valgetest vererakkudest või nende eellastest Närvisüsteemi rakkudest pärit kasvajad Kasvajarakkude klonaalne evolutsioon.
Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 1.1 ja 1.2 Vladlena Siposa (120659) YAGB21 Õppejõud: Malle Kreen, Priit Eek Töö teostatud: 04.02.2013 Töö esitatud: 26.02.2013 Sissejuhatus Kvalitatiivsed reaktsioonid võimaldavad kindlaks teha mingi keemilise elemendi, funktsionaalse rühma, ühendi või ühendite rühma olemasolu või puudumist uuritavas materjalis. Saadav informatsioon on seejuures ühebitine - ei või jah. Hinnatakse - iseloomuliku värvusreaktsiooni teket, - sademe või hägu moodustumist, - gaasi eraldumist, - muid silmaga nähtavaid muudatusi. 1.1 Valkude reaktsioonid Valgud on polüpeptiidid, milles "ehituskivideks" olevad aminohapped on omavahel seotud Amiidsidemete (peptiidsidemete) abil. Peptiidside moodustub ühe aminohappe karboksüülrühma reageerimi
soojusregulatsioonis, samuti talveunest ärkavatel loomadel aga ka talisuplejatel. vi. Lahusti funktsioon. Veres olevad lipoproteiinid kannavad rasvlahustuvaid vitamiine organismi kõikidesse kudedesse. Aminohapete ja valkude lühiiseloomustus. Valgud e proteiinid- on polümeerid, mille monomeerideks on aminohapped. On 20 erinevat aminohapet (neist 8 asendamatud ja 12 , mida rakud saavad ise sünteesida), mis võivad kuuluda valkude koostisesse. Amonihappeid iseloomustab amino- ja karboksüülrühmad. Valgu molekulisaminohapete vahel on peptiidsidemed: N-H ja karboksüülrühma( COOH ) vaheline kovalentne side. Peptiidsideme moodustamisel eraldub üks molekul vett .Valkudes on kolm osa: N-terminaalosa, peptiidsidet moodustav osa ja C-terminaalosa. Peptiidsidemete süntess toimub alati kindlas suunas: N-
mitmeid loodusnähtusi. (Teaduslik teadmine tekib siis, kui mitu uurijat jõuab ühesugusekatsejärel sama tulemuseni). Ühe teadusharu piires kogutud teadmised ja avastatud loodusseadused moodustavad teadusliku teooria. Pädeva teadusliku teooria alusel on võimalik ennustada nähtusi/fakte, mida hiljem saab tõestada eksperimentaalselt. Hüpotees peab olema faltsifitseeritav (tõetatakse/lükatakse ümber) Bioteaduste uurimisobjektid pärinevad loodusest : biomolekulid, rakud, organismid, populatsioonid, liigid, ökosüsteemid. Kasutatavad meetodid jaotatakse : vaatlus, võrdlus (võrdlev anatoomi, geenijärjestuse võrdlus), katse (kui muudetakse üht tingimust ja võrreldakse tulemusi nii muudetud kui muutmata tingimustega katse puhul) 1)Probleemi püstitamine 2)Taustinfo kogunemine 3)Hüpoteesi sõnastamine 4)Hüpoteesi kontrollimine 5)Tulemuste analüüs ja järelduste tegemine 2. Eluslooduse organiseerituse tasemed
Kuivmassi või Tundlikum kui kogulämmastiku Laboratoorsed analüüsid märgmassi mõõtmine ja koguvalgu mõõtmine Bakterite kasvukõver Suletud süsteemis toimub kasv teatud seaduspärasuste järgi, mida saab väljendada graafiliselt. Lag-kasvufaas. Kohe värske söötme inokuleerimise järel bakterid ei hakka kasvama vaid kohanevad uue keskkonnaga. Kuigi rakud ei jagune, võib toimuda rakkude mahu suurenemine, valkude, RNA ja DNA süntees ja metaboolne aktiivsus. Lag-faasi pikkus sõltub rakkude võimest üle saada sokist, mis kaasneb värskesse söötmesse külvamisega, söötmekomponentidest, inokulumi hulgast ajast, mis kulub bakteritel vajalike ensüümide sünteesiks, mis on vajalikud söötme komponentide katabolismiks. Log-kasvufaas ehk eksponentsiaalse kasvu faas. Rakud kasvavad
integratsiooni ja avaldumise rakus. Geneetiliselt (GMO) tavakeeles väljend transgeense organismi muundatud organism tähistamiseks. Genoom ühes liigiomases kromosoomikomplektis sisalduv geneetiline materjal. Genotüüp indiviidi (või raku) kogu geneetiline informatsioon, mis koostoimes keskkonnatingimustega määrab tema fenotüübi. Hübridoom antikeha sünteesiva lümfotsüüdi ja kasvajaraku hübriid, mis luuakse monokloonse antikeha saamiseks. Hübridoomtehnoloogia rakutehnoloogiliste võtete kogum hübridoomide loomiseks. Hübriidrakk eri kudedest, eri isenditelt või ka eri liikidelt pärit rakkude liitmisel saadud jagunemisvõimeline rakk. In vitro "klaasis", see on bioloogilise protsessi
................ 15 Mükoplasmad ................................................................................................................... 15 EU- JA PROKARÜOOTSE RAKU VÕRDLUS. ARHEDE ERILISED OMADUSED ........ 16 Prokarüootide ja eukarüootide võrdluse koondtabel ............................................................ 19 Arhede iseärasused ............................................................................................................... 20 BAKTERIRAKU MEMBRAAN, KAPSEL JA KEST ........................................................... 23 BAKTERIRAKU ORGANELLID, SISALDISED JA VARUAINED ................................... 28 SPOROGENEES JA ENDOSPOORID ................................................................................... 31 VIBURID JA LIIKUMINE ...................................................................................................... 35 TEMPERATUURI TOIME MIKROORGANISMIDELE .....................................................
annaabi.ee 
