ta hakkab lagunema. EtBr seostub kaheahelalise DNAga ning uv-lainete all fluorestseerub oranžide viirgudena. (Suur oht! Mutageen!) Kui geel on piisavalt jahtunud, valasime geeli alusele (konstrollisime, et alus asetsetus horisontaalselt), tegime augu hammastega ning panime üleöö tarduma. 3.1 Praktikum – DNA lahutamine geelis Visualiseerime ona PCRi produkti selleks, et kontrollida, kas
järgmise praktikumini. 2. päev: lisasin PCR segule 4 μl 6x DNA värvi, et DNA nähtav oleks, ning kandsin kogu segu TAE geelile (hambasse). DNA lahutamine toimub elektrivoolu toimel (100 V 15 min) 25. 26. 27. 28. 29. 30. Kuna minu produkt ei ole üldse geelipildil nähtav, võin järeldada, et midagi tegin valesti PCR reaktsiooni teostamisel (nt. viga pipeteerimisel või mingi muu viga). Sain geelitükki teiste plasmiidi ja praimeritega. 31. Plasmiid mEB1 pEGFP-N1, praimerid mEB1F ja mEB1R. Oodatav pikkus – 700 aluspaari. 32. 33.PCR produkti puhastamine geelist Zymoclean kitiga. 34. Eesmärgiks on puhastada välja PCRi segust meid huvitav produkt, et vältida praimerite, nukleotiidide või erinevate soolade mõju järgmisele etapile. 35. Plasmiid mEB1 pEGFP-N1, praimerid mEB1F ja mEB1R. Oodatav pikkus – 700 aluspaari. 36. Puhastamine: 1. Saadud geelitükk kaalus 0,04 g. Lisasin 120 μl ADB-d (0,3 ml 0,1 g geeli kohta) 2
Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/ Bluescript pBS SK+ plasmiid 10 ng/l lineariseeritud Cfr42I abil (~3h restriktsioon, puhastatud fenooltöötluse, etanooliga sadestamise abil; lahustatud TE-s). Plasmiidi kohta vt Stratagene; http://www.stratagene.com/ . Plasmiidi kaarti vt lisamaterjalidest. Restriktaas Cfr42I (SacII) 10 ühikut/mikroliiter (u/l), hoitakse jääl. Restriktaasi kohta vt Fermentas; http://www.fermentas.com/, ja lisamaterjalid. Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust T4 DNA ligaas 5 u/l (Fermentas, vt
Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) või teratokartsinoomi (NT2) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5-10 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa ja NT2 rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/ Bluescript pBS SK+ plasmiid 10 ng/l lineariseeritud Cfr42I abil (~3h restriktsioon, puhastatud fenooltöötluse, etanooliga sadestamise abil; lahustatud TE-s). Plasmiidi kohta vt Stratagene; http://www.stratagene.com/ . Plasmiidi kaarti vt lisamaterjalidest. Restriktaas Cfr42I (SacII) 10 ühikut/mikroliiter (u/l), hoitakse jääl. Restriktaasi kohta vt Fermentas; http://www.fermentas.com/, ja lisamaterjalid. Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust) T4 DNA ligaas 5 u/l (Fermentas, vt
Parem karta kui kahetseda. Töö käik: Lahustame agaroosi pulbri TAE puhvris Kuumutame seda mikrolaineahjus, et kõik pulber lahustuks Jahutame ja seejärel lisame EtBr. Kanname segu geelialusele, kuhu on eelnevalt lisatud hammaste tekkimiseks „kamm“ Jälgida, et mulle ei tekiks ja eemaldada need. Millise % geeli valasime? Miks? Vaatasime lk 32 olemat tabelit nr. 6 ja otsustasime teha 1,5% geeli. Tabel näitab, et see geel sobib DNA’le pikkuses 0,2-3kb ja see on igati sobilik kõigi grupis olevate inimeste DNA lahutamiseks, kuna meie DNA’de pikkused jäid vahemikku 0,3-1,6kb. Mis juhtub kui unustame EtBr lisada? Kas olukorda saaks parandada? Kui me ei lisaks EtBr, siis me ei näeks enda DNA bande pärast geelis. Olukorra parandamiseks võib geeli EtBr’is solgutada. Oluline on, et geel oleks homogeenne ning et EtBr oleks ühtlaselt geelis jaotunud. 5
järgi ja annab liigikaudse hinnangu valgu kontsentratsioonist. Valgud jooksevad geelis „+“ poole, kuna nad on kaetud SDS-ga, mis annab neile „-„laengu. Liikumine geelis toimub lahuses oleva OH - rühma tõttu. Geelile kanname mitte ainult uuritavad valgud, vaid ka markeri. Marker- valkude segu, mis on kindla suurusega. Töö käik: 1. Geeli valmistamine: Lahutav geel (alumine Kontsentreeriv geel geel), (Ülemine geel) , 4% 10% Vesi 4,5 ml 3 ml 4x separating( stacking) 2,5 ml 1,25 ml buffer 40% 2,5 ml 0,5 ml acrylamide(AA)/bisacryl amide 37,5:1 (Bio-Rad) APS 100 µl 100 µl TEMED 10 µl 10 µl Lõpp-maht 10ml 5 ml
liigikaudse hinnangu valgu kontsentratsioonist. · Valgud jooksevad geelis ,,+" poole, kuna nad on kaetud SDS-ga, mis annab neile ,,- ,,laengu. Liikumine geelis toimub lahuses oleva OH- rühma tõttu. · Geelile kanname mitte ainult uuritavad valgud, vaid ka markeri. Marker- valkude segu, mis on kindla suurusega. Töö käik: 1. Geeli valmistamine: Lahutav geel (alumine geel), Kontsentreeriv geel (Ülemine 10% geel) , 4% Vesi 4,5 ml 3 ml 4x separating( stacking) buffer 2,5 ml 1,25 ml 40% 2,5 ml 0,5 ml acrylamide(AA)/bisacrylamid e 37,5:1 (Bio-Rad) APS 100 µl 100 µl TEMED 10 µl 10 µl
liigikaudse hinnangu valgu kontsentratsioonist. · Valgud jooksevad geelis ,,+" poole, kuna nad on kaetud SDS-ga, mis annab neile ,,- ,, laengu. Liikumine geelis toimub lahuses oleva OH- rühma tõttu. · Geelile kanname mitte ainult uuritavad valgud, vaid ka markeri, mis on kindla suurusega valkude segu (selle järgi teeme hiljem kindlaks enda uuritud valgu suuruse, kD). Töö käik: 1. Geeli valmistamine: Lahutav geel (alumine geel), Kontsentreeriv geel (ülemine 10% geel) , 4% Vesi 4,5 ml 3 ml 4x separating( stacking) buffer 2,5 ml 1,25 ml 40% 2,5 ml 0,5 ml acrylamide(AA)/bisacrylamid e 37,5:1 (Bio-Rad) APS 100 µl 100 µl
Praktiline töö I Rakkude külmutamine/sulatamine 1. Milleks on söötmesse lisatud antibiootikumid? Et bakterid vohama ei hakkaks 2. Milleks on söötmesse lisatud pH indikaator? Enamus rakuliine vajab kasvamiseks temperatuuri 37°C ja pH-d vahemikus 7,2-7,4. pH indikaatorina kasutatakse fenoolpunast. pH muutumisel happelisemaks muutub indikaator kollaseks ja pH muutumisel aluselisemaks muutub indikaator lillamaks. Rakud taluvad happelist keskkonda paremini kui aluselist. 3. Nimeta sagedasemaid rakukultuuri saastajaid. Pärm, bakterid, mükoplasma, viirused, teised rakuliinid 4. Mis on rakuliin ja rakkude primaarkultuur, mille poolest need erinevad? primaarsed kultuurid koest eraldatud, paljunevad piiratud arv kordi (meie majas kasutatakse näiteks roti neuroneid) rakuliinid surematud st. paljunevad piiramatu arv kordi, kuid peab siiski arvestama asjaoluga, et aja jooksul rakud siiski muutuvad
KASV SOOLA- MANNIITAGARIL. Võimaldab safülokokkide selektiivset isoleerimist, kuna enamus teisi mikroobe ei ole suutelised kasvama kõrge soola kontsentratsiooni (7,5%) juures. Koagulaaspositiivsed stafülokokid tekitavad kasvukoha ümber kollaka tsooni, kuna manniidi lõhustamisel tekib hapet, mille tõttu söötmes olev indikaator fenoolpunane muutub kollaseks. Koagulaasnegatiivsed stafülokokid enamasti manniiti ei lõhusta, mistõttu sööde jääb punaseks. Kliinilistes laborites seda testi rutiinselt ei kasutata. 5 Test S. aureus S. epidermidis S. saprophyticus Manniidi Positiivne, kollane pesa Negatiivne, punakas pesa Tavaliselt positiivne, lõhustamine kollakas pesa PROTEIIN A MÄÄRAMINE. Lateksaglutinatsiooni test. Ainult patogeense S
nähtavaks? Mikroobirakud on peaaegu värvitud ja suure veesisalduse tõttu ei eristu ümbritsevast keskkonnast. Detailide eristamiseks tuleb neid värvida. 2. Milliseid värve kasutatakse mikroobide värvimisel? Sooladega värvitakse, millest üks ioon annab värvi. On positiivne värvioon (aluseline värv) ja negatiivne värvioon (happeline värv). 3. Kuidas värvuvad mikroobid katioonsete värvidega happelises keskkonnas ja miks? Värvuvad rakud ise ja halvasti sellepärast, et raku negatiivne laeng väheneb H +-ioonidega seostumise tõttu. 4. Missugustes tingimustes värvuvad paremini happelised värvid ja miks? Happelistes tingimustes. Ioniseerudes annavad negatiivse kromogeense osa. Raku negatiivne laeng väheneb H+-ioonide seostumise tõttu. 5. Mille poolest erineb happeliste ja aluseliste värvidega värvimise metoodika? Aluselised värvid värvivad rakku ise (otsene) ja happelised värvid värvivad raku ümbritsevat
geneetilist informatsiooni replitseeritakse ja/või ekspresseeritakse. 13. Mis on vektorite toimimiseks hädavajalikud komponendid? Kõikidele vektoritele on omane replikatsiooni alguspunkti (origin of replication (Ori)), multikloneerimiskoha ja selektsioonimarkeri olemasolu. Samuti peavad nad olema rakus elujõulised ning piisavalt väikesed, et nendega laboris tööd teha. 14. Mis on YAC ja BAC ja kuidas nad üksteisest erinevad? Pärmi ja bakteri vektorid. Furthermore, the size of the insert carried by YAC vectors is 100-1000 kb while the size of the insert carried by BAC vectors is 100-200 kb. YAC sisaldab pärmseente replikatsiooni molekulaarseid komponente, kuid BAC vektorid sisaldavad bakterite replikatsiooni molekulaarseid komponente. YAC on valmistatud pärmi kromosoomi spetsiifiliste piirkondade põhjal ning BAC toodetud F-plasmiidi põhjal. YAC on lineaarne fragment, kuid BAC sirkulaarne. YAC and BAC vectors are two types of artificial vector
eukarüoote kui ka viiruseid. Sealne normaalne mikrofloora on patogeenidele kinnitumiskoha ja toitainete konkurent. Enamus patogeenne pole võimelised tervet limaskesta läbima. Lisaks on inimesel rips-epiteel, mis väljutab mikroobe. Lisaks kuuluvad esmase kaitse alla veel lüsosüümid- on põietaolised membraaniga ümbritsetud moodustised raku tsütoplasmas, mis sisaldavad ensüüme; interferoonid- nad muudavad veel nakatumata rakud viiruse suhtes resistentseks ning juba viirusega nakatunud rakkudes indutseeritakse viiruse genoomi ja valkude lagundamine. Seega takistab interferoon viiruse levikut veel nakatamata rakkudesse ja seetõttu ka viiruse reproduktsiooni., komplement- Tunneb ära bakterite pinna komponente, mitmesugune toime (tekitab bakterite lüüsumist, fagotsütoosi jne) kollektiinid, PRP- valgud 3. Kuidas kaasasündinud i. nakkuse ära tunneb?
Kodeerib 7-8 varajast geeni (E1…E8), 2 hilist / struktuurgeeni L1 ja L2. Regulaatorregioonis transkriptsiooni kontrolljärjestus, varaste valkude ühine N-terminaalne järjestus, replikatsiooni alguspunkt. Kõik geenid ühel ahelal – plussahelal. Replikatsiooni kontrollib peremeesraku transkriptsioonimasinavärk; toimub tuumas. Varased geenid stimuleerivad rakukasvu, mis võimaldab viiruse genoomi replikatsiooni peremehe DNA polümeraasi poolt, kui rakud jagunevad. Viirus-indutseeritud rakkude arvukuse tõus põhjustab naha basaal- ja ogakihi (stratum spinosum) paksenemist. Basaalrakkude diferentseerudes põhjustavad erinevates nahakihtides ja –tüüpides ekspresseeritavad tuumafaktorid erinevate viirusegeenide transkriptsiooni. Hiliseid geene ekspresseeritakse ainult lõplikult diferentseerunud pealmises nahakihis, viirus pakitakse kokku tuumas. Kasutades naharakkude
Võib kasutada ka dNTP lõhutamiseks PCR reaktsioonis, et valmistada DNA sekveneerimiseks või SNP analüüsiks. Rnaas H: Lõhustab heterodupleksis (RNA/DNA) olevat RNA. Tulemusena moodustub üheahelaline DNA. Nukleaas S1: Lõhustab üheahelalist DNA ja RNA, moodustades 5´fosforüülitud mono- ja oligonukleotiide. 5. Millised omadused peavad olema plasmiididl, et ta saaks toimida kui kloonimise vektor? Antibiootikume resistentsust kodeeriv geen (ampitsiliin või tetratsükliin Väike suurus Kloonimise site (MCS), koht kuhu viiakse järjestuse sisse (plasmiidi ala) Sisene inaktivatsioon (insertional inactivation) Alfa-komplimentaarsus 6. Too 1 selektiivse markeri näide, mida saaks kasutada plasmiidi sisaldava bakteri registreerimiseks/identsifitseerimiseks
lümfotsüüdid. Immunoglobuliinidel on omadus "ära tunda" ja seonduda antigeenidega. IMMUNOGEEN on antigeen, mis kutsub esile immunvastuse. Reeglina makromolekulid. Kõik immunogeenid on antigeenid, aga mitte alati vastupidi. Immunogeensus antigeenil sõltub molekuli suurusest, keemilistest omadustest jne. Nõrgad immunogeenid ei saa degradeerida ja esitleda T- rakkudele. Suur, lahustumatu makromolekul on parem immunogeen, kui väike. HAPTEEN on madalmolekulaarne aine, millel on epitoop e. antikeha seostumise koht, kuid mis ise ei kutsu esile immuunvastust. EPITOOP ehk antigeenne determinant on antigeeni osa, kuhu antikeha seondub. Immunogeensus - võime esile kutsuda spetsiifilise im.vastuse (humoraalsel või rakulisel tasandil). Antigeensus on võime spetsiifiliselt seonduda AK-de või TCR-iga KAASASÜNDINUD IMMUUNSUS moodustab esmase kaitseliini, kiire, kuid mitte tõhus: a. Anatoomiline i. Nahk patogeenivastane barjäär, happeline keskkond. ii
valged verelibled aktivaator (vabaneb endoteelist) Rakuvedelik ~40% keha massist tsentrifuugimist. Stabiliseeritud koensüümina) ja koobalt on tuumaga, hemoglobiini · t-PA toodetakse veresoonte Transtsellulaarne vedelik verd tsentrifuugitakse gradueeritud (mäletsejalistel) · Erütropoeesi mittesisaldavad rakud. trombide lahustamiseks Tserebrospinaal-, Perikardiaal-, katseklaasis või erilistes klaasist reguleerib neerudes sünteesitav Leukotsüütide kontsentratsioon 30. Fibriini saamine ja Sünoviaal-, Intraokulaar-, kapillaarides püsiva hormoon erütropoetiin. Viimase veres kõigub suuremates piirides omadused.
Kuivmassi või Tundlikum kui kogulämmastiku Laboratoorsed analüüsid märgmassi mõõtmine ja koguvalgu mõõtmine Bakterite kasvukõver Suletud süsteemis toimub kasv teatud seaduspärasuste järgi, mida saab väljendada graafiliselt. Lag-kasvufaas. Kohe värske söötme inokuleerimise järel bakterid ei hakka kasvama vaid kohanevad uue keskkonnaga. Kuigi rakud ei jagune, võib toimuda rakkude mahu suurenemine, valkude, RNA ja DNA süntees ja metaboolne aktiivsus. Lag-faasi pikkus sõltub rakkude võimest üle saada sokist, mis kaasneb värskesse söötmesse külvamisega, söötmekomponentidest, inokulumi hulgast ajast, mis kulub bakteritel vajalike ensüümide sünteesiks, mis on vajalikud söötme komponentide katabolismiks. Log-kasvufaas ehk eksponentsiaalse kasvu faas. Rakud kasvavad
aktiivsus, seetõttu teevad nad palju vigu 2. PRO- JA EUKARÜOOTSE RAKU GENOOM Prokarüoodil puudub organiseeritud struktuuriga rakutuum: DNA asetseb vabalt tsütoplasmas, RNA süntees toimub DNA ja tsütoplasma kokkupuutejoonel. Erinev on ka eukarüootse ja prokarüootse raku jagunemine ja DNA segregatsioon: 1) Alguses mõlemad suurenevad ja küpsevad vajaliku määrani 2) Eukarüootidel järgneb raku küpsemisele pooldumine koos mitoosiga, prokarüootsed rakud paljunevad mitoosita tsütokineesi ehk lahknemise teel 3) Prokarüoodis puudub tsentromeer, DNA molekul kinnitub lahknemiseks mesosoomile (tsütoplasma membraani sissesopistus) 3. Mida on vaja teha selleks, et lühikese aja jooksul korduvalt DNA kaksikahelat denatureerida ja renatureerida? 4. Milline ensüüm viib läbi järgnevaid: REPLIKATSIOON – DNA polümeraasid TRANSKRIPTSIOON – RNA polümeraas: avab DNA ning sünteesib ühte
ühendite oksüdeerumise, DNA katkemise. Balterite geneetika Bakterite geneetika § Haploidsed, enamasti tsirkulaarse genoomiga (E. coli 4.5 X 106 bp.) § Kiire kasv (E. coli 20 minutit generatsiooniaeg; seepärast, 1 rakust 1000000 7 tunni vältel.) § Vedelsöötmes ~109- 1010 küllastustasemel, bakterite sademes ~ 1012 rakku/g. § Rakutuuma puudumine; § Monokromosomaalsus ja haploidsus; § DNA on kogu oma pikkuses funktsionaalne; § Prokarüootsed rakud poolduvad mitoosita Nukleiinhapped DNA info kandja, säilitaja ja vahendaja; (bakterites, seentes, algloomades, viirustes). DNA jaguneb: § kromosomaalne DNA obligatoorne; § ekstrakromosomaalne DNA pole obligatoorne. RNA info kandja ja säilitaja mõnes viiruses ja bakteriofaagis (onkogeensed viirused, HIV), universaalne info vahendaja (mRNA). Baketerite genoom § DNA kompaktne kogum - nukleoid § Üks kromosoom §
Geen võib olla teatud valku kodeeriv DNA või RNA järjestus või RNA ahel, millel on mingisugune konkreetne funktsioon organismis. Elusolendid sõltuvad geenidest, sest geenid määravad täpselt ära kõik valgud ja funktsionaalsed RNA ahelad. Geenid hoiavad endas informatsiooni, mille alusel ehitatakse ja säilitatakse organismi rakke ning mille põhjal pärandatakse järglastele geneetilist materjali. 9. Mis on plasmiid? Bakterirakus esinev väike iseseisev DNA rõngasmolekul, mis määrab mitmesuguseid raku omadusi ja milles sisalduvad geenid on vajalikud kasvukeskkonna eripäraga seotud ensüümide sünteesiks. 10. Mis on alleel, homosügootsus, heterosügootsus? Alleel- ühe geeni erivorm (A või a) Homosügootsus geenipaari seisund, mille puhul mõlemas homoloogilises kromosoomis paikneb vaadeldava tunnuse suhtes sama alleel (nt AA, aa).
Kontrolltöö 1. 1. Milline järgnevatest vektorsüsteemidest kasutab peremeesrakku sisestatud DNA konstrukti tsirkulariseerimiseks cre rekombinaasi ? a) Plasmiid b) Mitte ükski c) Kosmiid d) YAC e) P1 2. Üheks väga levinud viisiks reaalaja kvantitatiivse PCR-i (qPCR-i) tegemisel on TaqMan proovide kasutamine. Millisel DNA polümeraasi omadusel, lisaks 5'-3' sünteesi aktiivsusele, põhineb antud tehnoloogia? a) DNA polümeraasi 3'-5' eksonukleaassel aktiivsusel b) DNA polümeraasi 5'-3' eksonukleaassel aktiivsusel c) DNA polümeraasi termostabiilsusel 3
on ensüümi tööks absoluutselt vajalik 9. Miks lahus 1? 2? 3? Lahus 1 sisaldab glükoosi, EDTA ja Tris-HCl. EDTA seob kahevalentseid metallioone, mis on vajalikud nt DNaasi tööks + EDTA aitab stabiliseerida DNA fosfaat selgrooga . Suspendeeritakse puhvris, sest vees võib DNA laguneda. Lahus 2 sisaldab SDS ja NaOH. Aluseline töötlus, mille käigus detergent SDS lõhub rakumembraani ja alus saab seonduda plasmiidse DNAga, mis seejärel denatureerub. Aluselises keskkonnas rakud lüüsuvad ja DNA denatureerub. Segada õrnalt. Lahus 3 sisaldab KOAc (kaaliumoksaalatsetaat). See neutraliseerib lahust ja lubab plasmiidse DNA renatureerimise ja KOAc aitab sadestada detergendi (SDS). Kuna viiruse genoom on väiksem, siis renatureerub ta kiiremini kui bakteri 4Mb suurune kromosoom. Kromosoom ei jõua kaheahelaliseks minna. 10. Miks RNA töötlus? RNaasi töötlus aitab veelgi puhtamaks saada puhastatavat DNA lahust. RNaas lagundab RNA rakkudes. 11
mitmeid loodusnähtusi. (Teaduslik teadmine tekib siis, kui mitu uurijat jõuab ühesugusekatsejärel sama tulemuseni). Ühe teadusharu piires kogutud teadmised ja avastatud loodusseadused moodustavad teadusliku teooria. Pädeva teadusliku teooria alusel on võimalik ennustada nähtusi/fakte, mida hiljem saab tõestada eksperimentaalselt. Hüpotees peab olema faltsifitseeritav (tõetatakse/lükatakse ümber) Bioteaduste uurimisobjektid pärinevad loodusest : biomolekulid, rakud, organismid, populatsioonid, liigid, ökosüsteemid. Kasutatavad meetodid jaotatakse : vaatlus, võrdlus (võrdlev anatoomi, geenijärjestuse võrdlus), katse (kui muudetakse üht tingimust ja võrreldakse tulemusi nii muudetud kui muutmata tingimustega katse puhul) 1)Probleemi püstitamine 2)Taustinfo kogunemine 3)Hüpoteesi sõnastamine 4)Hüpoteesi kontrollimine 5)Tulemuste analüüs ja järelduste tegemine 2. Eluslooduse organiseerituse tasemed
uued ja DNA ka säilid, Taani rabades jälle inimesed super hästi säilinud aga DNA on juppideks. Valkudest saab vabaneda pH 13. Ja nukleiinhapetest pH happeline juures. Mõlemal korral juppideks. Humoraalsed (signaalid mida antakse edasi vere või lümfiga) ja tsütokiinide (signaalmolekulid, kiire süntees, peavad kiirelt retseptorile seonduma muidu lagunevad) abil vahendatud reaktsioonid. Immuunsüsteemi rakkude poolt vahendatud reaktsioonid (fagotsütoos, NK rakud, põletik) Kus on immunoloogia piirid? Kus saame hakata rääkima äratundmisest ja kaitsest. Bakterid-restriktaasid ja metülaasid (arhedel ka), oma DNAd ei restrikteerita, äratundmispiirkond palindroom (alati?). Seened-antibiootikumid, Aktinomütseedid ja linnud-biotiini kõrvaldamine. Avidiin ja streptavidiin. avidiin (linnumuna munavalged, vaba biotiin sealt ära) ja streptavidiin (streptomütses, kasutab kui
Sel juhul on iga individuaalse raku generatsiooniaeg (aeg, mille tagant toimub raku pooldumine) minimaalne. Bakteri E. coli puhul kestab see ligikaudu 20 minutit. 1 Rakkude füsioloogiline seisund kajastub nendes toimuva makromolekulide biosünteesi kiiruses ja rakkude suuruses. Kui toitaineid on kasvukeskkonnas rikkalikult, toimub rakkudes aktiivne valgusüntees. Sellised rakud on suuremad, nad sisaldavad rohkem ribosoome ning neis toimub ka aktiivne DNA replikatsioon ja transkriptsioon. Mida rikkalikumalt on keskkonnas rakkudele kasvuks vajalikke komponente, seda vähem kulub energiat nende ühendite de novo sünteesiks ning seda efektiivsemalt saavad rakud paljuneda. Reaalses elus on bakterite eksponentsiaalne kasvufaas suhteliselt lühiajaline. Kui rakkude kasvukeskkonnas on toitaineid, eristatakse kasvus: 1
Kuidas värvuvad endospoore moodustavad mikroobitüved? Tänu tsütoplasma keemilise koostise ja membraanide ehituse erinevusele mõjub sama värv erinevatele mikroorganismidele erinevalt. Värvi valik sõltub eesmärgist. Olenevalt kasutatavast värvist võivad mitmesugused raku osad - tsütoplasma, tuum, viburid, eosed, kest - erinevalt värvuda. Tavaliselt kasutatakse aniliinvärve, mis jagunevad aluselisteks ja happelisteks. Aluseliste värvidega värvuvad hästi tuumakromatiin ja rakud üldse. Kuna happeliste värvide toimel värvuvad rakud nõrgemini, siis enamasti kasutatakse aluselisi värve, eelistatult aluselist fuksiini ja aluselist metüleensinist. Värvimismeetodid jagunevad · Lihtvärvimismeetodid - värvitakse vaid ühe värviga, näiteks lahjendatud fuksiini või metüleensinisega. Meetod võimaldab mikroobide kuju ja asetust nähtavaks muuta. · Kombineeritud ehk liitvärvimismeetodid - kasutatakse mikroorganismide eristamiseks
retioidid. Tuumas paiknevate DNA-le seostuvate retseptorite toimemehhanism. Kõik tuumas paiknevad DNA-le seostuvad retseptorid on homo- või heterodimeerid. Nad seostuvad spetsiifilistele DNA järjestustele, mis paiknevad nende geenide läheduses, mida nad reguleerivad. Kasvajate teke ja areng. Healoomulise ja pahaloomulise kasvaja erinevus. Healoomuline kasvaja lokaliseerub ühes piirkonnas (nt juhas), halvaloomulise kasvaja rakud liiguvad juhast välja. Healoomuline kasvaja ei tungi teistesse kudedesse ega anna metastaase, mis esinevad vähi korral. Vähirakkude klassifikatsioon. Kartsinoomid – vähid, mis tekivad epiteliaalsest koest Sarkoomid – vähid, mis tekivad sidekoest või lihaskoest Leukeemiad ja lümfoomid – vähid, mis tekivad valgetest vererakkudest või nende eellastest Närvisüsteemi rakkudest pärit kasvajad Kasvajarakkude klonaalne evolutsioon.
soojusregulatsioonis, samuti talveunest ärkavatel loomadel aga ka talisuplejatel. vi. Lahusti funktsioon. Veres olevad lipoproteiinid kannavad rasvlahustuvaid vitamiine organismi kõikidesse kudedesse. Aminohapete ja valkude lühiiseloomustus. Valgud e proteiinid- on polümeerid, mille monomeerideks on aminohapped. On 20 erinevat aminohapet (neist 8 asendamatud ja 12 , mida rakud saavad ise sünteesida), mis võivad kuuluda valkude koostisesse. Amonihappeid iseloomustab amino- ja karboksüülrühmad. Valgu molekulisaminohapete vahel on peptiidsidemed: N-H ja karboksüülrühma( COOH ) vaheline kovalentne side. Peptiidsideme moodustamisel eraldub üks molekul vett .Valkudes on kolm osa: N-terminaalosa, peptiidsidet moodustav osa ja C-terminaalosa. Peptiidsidemete süntess toimub alati kindlas suunas: N-
ja viisid selle genoomita rakku. Said looduslikust bakterist eristamatu bakteri M. mycoides. 16. Inimese evolutsioon: ränne ja rassid Tänapäevased neli inimpopulatsiooni e. -rassi evolutsioneerusid ühistest eellastest, kes olid heleda nahavärvusega. Evolutsioon: bakterid, arhed, eukarüoodid (seened, taimed, loomad sh inimene). Aafrikast-välja-hüpotees (vt 1PPT, 47slaid) 17. Inimese koostis: vesi, veri, geenid, rakud, bakterid Inimene: 90% bakterirakke, 10% eukarüoodi rakke. 20 000 struktuurgeeni, 1013 keharakku (ca 50 triljonit rakku) (keskmiselt 70 kg), 1014 bakterirakku (500-100 liiki, sool, nahk) (keskmiselt 1,5 kg), 7- 8% kehakaalust veri, vesi: laps 78%, mees 60%, naine 55% 18. Inimese genoom, struktuurgeenid Genoom- täiskomplekt (n) kromosoome (ja seega geene), mis pärandub terviküksusena ühelt vanemalt. Inimese somaatiliste
GEENITEHNOLOOGIA KORDAMISKÜSIMUSED 1. Bioteaduste meetodika Loodusseadused on teaduslike faktide üldistused, mis võimaldavad samaaegselt selgitada mitmeid loodusnähtusi. Bioteaduste uurimisobjektid pärinevad loodusest : biomolekulid, rakud, organismid, populatsioonid, liigid, ökosüsteemid. Kasutatavad meetodid jaotatakse : vaatlus, võrdlus (võrdlev anatoomi, geenijärjestuse võrdlus), katse (kui muudetakse üht tingimust ja võrreldakse tulemusi nii muudetud kui muutmata tingimustega katse puhul) TEADUSLIKUD FAKTID ∨ Uurimisobjekt < PROBLEEMI PÜSTITAMINE > muutuja
Vektor-DNA ettevalmistamine Kloonitava DNA ettevalmistamine Rekombinantse DNA sünteesimine ligatsiooni abil Rekombinantse DNA sisendamine peremeesorganismi Rekombinantide selekteerimine Rekombinantide analüüsimine Etapp 1. Valitud DNA tükk lõigatakse päritoluorganismist restriktsiooniensüümide abil. Etapp 2. DNA tükk „kleebitakse“ vektorisse ja DNA otsad liidetakse vektori DNA-ga ligeerimise teel. Etapp 3. Vektor sisestatakse peremeesrakku, sageli bakterisse või pärmi. Peremeesrakud kopeerivad vektori DNA koos oma DNA-ga, luues sisestatud DNA-st mitu eksemplari/koopiat. Etapp 4. Vektor-DNA eraldatakse peremeesraku DNA-st ja puhastatakse. Mis on rekombinantne valk, selle tootmise võimalused? Rekombinantne valk on valk, mida kodeerib rekombinantne DNA. On DNA kloneerimise teel saadud valk. Selliseid valke saab toota nt bakterite abil või transgeensete loomade abil. Mis on cDNA
GEENITEHNOLOOGIA KORDAMISKÜSIMUSED 1. Bioteaduste meetodika Loodusseadused on teaduslike faktide üldistused, mis võimaldavad samaaegselt selgitada mitmeid loodusnähtusi. Bioteaduste uurimisobjektid pärinevad loodusest : biomolekulid, rakud, organismid, populatsioonid, liigid, ökosüsteemid. Kasutatavad meetodid jaotatakse : vaatlus, võrdlus (võrdlev anatoomi, geenijärjestuse võrdlus), katse (kui muudetakse üht tingimust ja võrreldakse tulemusi nii muudetud kui muutmata tingimustega katse puhul) TEADUSLIKUD FAKTID Uurimisobjekt < PROBLEEMI PÜSTITAMINE > muutuja
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
