Looduslik valik, olelusvõitlus, inviduaalsed omadused EVOLUTSIOONITÕENDID: *fossiilid *vahevormide olemasolu----palentoloogilised andmed *geneetililse info võrdlus *anatoomilised võrdlused *molekulaarne *tõu ja sordiaretus *biograaafia andmed *atanismid-eellaste tunnused Homoloogilised organid- ehituse poolest sarnased organid, kuid funktsiooni poolest erinevad-jäsemeluud Mandunud elemendid-mandunud ja talituselt tähtsusetud elundid Pseudogeenid-mittekodeerivad nukleotiidjärjestused(normaalsete geenide vigased ja mitteavalduvad koopiad) Iga geeni genoomis on talletatud info tema evol.arengust e fülogeneesist Füüs.evol- keemiliste elementide tekkimine,galaktikate,tähtede,planeedisüsteemide areng Keem.evol-aatomide molekulideks ühinemine,orgaaniliste üh.teke,
4. Kuidas võib nimetada punktis 4 asuvat looma juhul kui siirdatav munarakk ei ole temalt pärit? Surrogaatema III 2. 3. 4. 5. Joonis IV 1. Kuidas nimetatakse kodeerivaid/mittekodeerivaid DNA lõike? Eksonid / intronid 2. Kui palju on inimese genoomis kodeerivat DNA-d? 2% 3. Mis toimub joonisel punktis 2? Mittekodeerivad lõigatakse välja 4. Mis toimub joonisel punktis 3? Liidetakse kodeerivad DNA- lõigud kokku IV Joonis V 1. Millest võib saada DNA proovi (üldistage)? Kõikjalt, kus on DNAd 2. Kumba joonise kõrval asuva tähe pool asuvad lühemad/pikemad DNA lõigud? B/ A 3. Millest on tingitud, et analüüsitavad DNA fragmendid on erineva pikkusega? Erinevatel isenditel on geenides erinev arv aluspaare. 4. Kas joonisel kujutatud metoodika abil võrreldakse kogu inimese genoomi (DNA-d)? Ei, piisab nt
Geokronoloogiline skaala-ajastute järjestus,mis on saadud absouluutse ja suhtelise vanuse võrdlemisel. Feneetilised võrdlused: anatoomia,elutegevus,looteline areng. Homoloogilised elundid- sarnase päritoluga,kuid ajajooksul muutunud ehituse ja funktsiooniga. (jäsemeluude muutumine) Mandunud elundid inimesel: kolmassilmalaug,pimesool,ussripik.Embrüonaalne areng-arengu alguses sarnanevad looted oma eellase loodetele. Geneetilised võrdlused: pseodogeenid-mittekodeerivad järjetused DNAs. , fülogenees- evolutsiooniline arengutees. Biograafilised tõendid- uuritakse paikkondi,kus on esinenud. Sordid ja tõuaretus: aretustulemused annavad rikkalikke tõendeid liikide evolutsioonilise muutumise ja mitmekesistumise võimalikkuse kohta.Elutekke tingimused: pikajalise protsessi käigus,mitmeastmeline protsess,tänapäevasst erinevad tingimused,pikaajaline protsess. Tingimused Maal: puudub 02
(nt. selgroogsete loomade jäsemeluud). Veelgi ilmekamaks tõendiks ühisest põlvnemisest on maandunud elundite esinemine. Mandunud ja talitluselt tähtusetud elundid, mis teistel liikidel on välja arenenud ja talitlevad. (nt. inimesel on sellisteks jäänukiteks õndraluu (saba), osaline karvkate, karvapüstitajalihased jmt). 2) Geneetilised võrdlused kasutatakse molekulaargeneetilisi meetodeid. Suurema osa genoomidest moodustavad mittekodeerivad nukleotiidijärjestused sealhulgas pseudogeenid normaalsete, talitlevate geenide vigased ja mitteavalduvad koopiad. Biograafilised tõendid sellest lähtub, et mingi organismirühma liigid, mis asustavad üksteisele lähedasi alasid, on omavahel palju sarnasemad kui samadesse rühmadesse kuuluvad kaugete alade liigid. ELU ARENG MAAL · Elu tekke tõenäoliseks ajaks Maal on peetud ajavahemikku 4 - 3,5 miljardit aastat tagasi. · Ürgeoon ehk Arhaikum (4500 milj
(nt. selgroogsete loomade jäsemeluud). Veelgi ilmekamaks tõendiks ühisest põlvnemisest on maandunud elundite esinemine. Mandunud ja talitluselt tähtusetud elundid, mis teistel liikidel on välja arenenud ja talitlevad. (nt. inimesel on sellisteks jäänukiteks õndraluu (saba), osaline karvkate, karvapüstitajalihased jmt). 2) Geneetilised võrdlused – kasutatakse molekulaargeneetilisi meetodeid. Suurema osa genoomidest moodustavad mittekodeerivad nukleotiidijärjestused sealhulgas pseudogeenid – normaalsete, talitlevate geenide vigased ja mitteavalduvad koopiad. Biograafilised tõendid – sellest lähtub, et mingi organismirühma liigid, mis asustavad üksteisele lähedasi alasid, on omavahel palju sarnasemad kui samadesse rühmadesse kuuluvad kaugete alade liigid. ELU ARENG MAAL Elu tekke tõenäoliseks ajaks Maal on peetud ajavahemikku 4 - 3,5 miljardit aastat tagasi.
GMOsid luuakse geenitehnoloogia abil. Võõrastest liikidest pärit DNAd võib organismidesse viia ka ristamise, rakkude fuseerimise (liitmise) või viiruste abil, kuid vastavalt GMOsid puudutavale seadusandlusele ei ole sellised liigid (näiteks kõik traditsioonilised kultuurtaimed ning kariloomad) GMOd. GMO genoomid erinevad oma tavaeellastest tegelikult väga vähe. Nimelt on igas rakutuumaga organismis umbes 10 000 - 50 000 geeni. Geenide vahele jäävad lisaks nn mittekodeerivad regioonid, mis osas liikides moodustavad 99% kogu organismi genoomist. Ehkki GMOde kasutamise ajalugu pole kuigi pikk, on maailmas juba mitmeid GMOsid kasutusele lubatud. Euroopa Liidus kasvatatakse või kasutatakse tööstuslikult paarikümmend nimetust GMOsid. Esimestena tulid turule GM vaktsiinid (1992-1994), neile järgnes herbitsiidikindel tubakas aastal 1994 ning 1996-1997 aastal riburada mitmed rapsiliinid, soja-, siguri-, maisliinid ja mitmed geneetiliselt muundatud lillesordid
rRNA-sid miRNA-d - MikroRNA-d, reguleerivad geeniekspressiooni blokeerides spetsiifiliste mRNA-de translatsiooni ja põhjustavad nende lagundamist siRNA-d - Väiksed segavad RNA-d, lülitavad välja geeniekspressiooni juhtides mRNA-de lagundamist ja moodustades kompaktse kromatiini struktuuri piRNA-d - Piwi-ga seostuvad RNA-d, seostuvad piwi valkudega ja kaitsevad sugurakke transposoonsete elementide eest lncRNA-d - Pikad mittekodeerivad RNA-d, paljud neist toimivad kui tellingud; nad reguleerivad mitmeid erinevaid protsesse rakus, k.a. X-kromosoomi inaktivatsioon * Prokarüootide ja eukarüootide mRNA üldise struktuuri võrdlus. Prokarüootide mRNA 5' ja 3' otsas on polümeraasi poolt sünteesitud mitte modifitseeritud otsad. Eukarüoodil on lisatud 5' cap ja 3' otsa on lisatud poly A saba. Samuti on bakteril mRNA sisaldab mite valgu järjestusi, eukarüoodil sisaldab üldiselt ainutl ühe valgukohta infot
elundid, kuid vaadeldaval liigil mitte. Oma esialgse (eellasel vajaliku) otstarbe) kaotanud. Molekulaargeneetiline võrdlus - Mida sarnasem on võrreldavate organismide DNA/RNA nukleotiidne järjestus, seda lähemal (ajaliselt) on nende ühised esivanemad (lähem sugulus). Mida sarnasem on võrreldavate organismide valkude aminohappeline järjestus, seda lähemal (ajaliselt) on nende ühised esivanemad (lähem sugulus). Pseudogeenid - on organismides mittekodeerivad nukleotiidjärjestused (“vanad” geenid), mis on tekkinud ammu ja nüüd enam ei tööta, aga võivad mõnel teisel liigil vajalikud olla. … on tulnud viirustelt, bakteritelt. Planeet Maa – 4,5 miljardit elu teke, esimene rakk – 3,5 miljardit Eukarüoodid – 2 miljardit Hulkraksed – 0,7 miljardit Kambriumi plahvatus – 540 miljonit Elu maismaal – 440miljonit Karbon e. Kivisöeajastu, esimesed roomajad – 300miljonit Permiajastu lõpp, suur väljasuremine – 250 miljonit
karvkate, karvapüstitajalihased, kolmas silmalaug, kõrvalihased, tarkusehammas, silmahammas, segmenteerunud lihased. Embrüonaalne areng- kõrgemate loomade arengus esinevad alamate loomade tunnused. (nt. kõikide selgroogsetel moodustub varajases embrüojärgus keelikloomadele omane seljakeelik, mis asendub hiljem selgrooga. Geneetilised võrdlused- molekulaargeneetilised meetodid. Replikatsioon, transkriptsioon, translatsioon Mittekodeerivad nukleotiidijärjestused- pseudogeenid. Molekulaarkell- selle abil saab määrata liikide nn. lahknemisaega. Biogeograafilised tõendid- pikka aega üksteisest eraldatud ühest liigist põlvnevad organismid erinevad teineteisest. Biogeneetiline reegel- isendi lootelise arengu käigus korduvad liigi ajaloolise ehk fülogeneetilise arengu etapid. Kõikidel selgroogsete loodetel esinevad lõpusepilud ja saba. Biokeemiline võrdlus- kõigil elusorganismidel esinevad ühesugused biomolekulid. (ATP,
Siiratav geen tuleb ühendada niisugusesse DNA- või RNA-kompleksi, mis saab siseneda rakku ja integreeruda selle genoomi. Selliseid DNA-konstruakte nim. geenivektoriteks. Rakendusbioloogilises suunas hakati otsima võimalusi kasutada transgeenseid baktereid meditsiiniliselt oluliste inimese valkude tootmiseks. Raskusi valmistas asjaolu, et eukarüootse organismi geene ei suuda bakterid algsel kujul transleerida geenistruktuuri erinevuse tõttu- geenides on mittekodeerivad lõigud, mida bakterid ei ''oska'' välja lõigata. Siin tuleb appi ensüüm pöördtranskriptaas. Inimese rakkudest eraldatakse huvipakkuva geeni mRNA ja pöördtranskribeeritakse selle järgi vastav komplementaarne DNA. See ühendatakse plasmiidiga ning saadud geenivektor lülitub bakteriraku koosseisu. Sel viisil loodud transgeenne bakter toodab peale enda valkude ka soovitavat inimesevalku. Esimene inimese valku sünteesiv balteritüvi saadi 1978.a. Selleks valguks oli hormoon
Polüadenüleerimine - poly-A saba lisamine mRNA 3’ otsale lisataks u 200 adeniini nukleotiidi – tekib polü-(A) saba. Sabale seonduvad valgud aitavad vältida mRNA lagundamist, osalevad mRNA tsütoplasmasse transportimisel ning hõlbustavad mRNA seondumist ribosoomidega. Splaissing – pre-mRNA-st eemaldatakse intronid – pre-mRNA kokkupõimimine Imetaja genoomist kodeerib aktiivseid RNA molekule ainult väike osa – mittekodeerivad osad on geenide vahel, tihti ka geeni sees. pre-RNA sisaldab nii eksoneid kui introneid. Splaissosoomid (spetsiaalsed RNA-valgu kompleksid). Osalevad U1, U2, U4, U5 ja U6 snRNA-d, mis moodustavad koos nendele seondunud valkudega väikesi tuuma ribonukleoproteiini komplekse snRNP (ingl small nuclear ribonucleoproteins). snRNP-d omakorda moodustavad koos teiste valkudega nn splaissosoomi, kus iga snRNP osaleb splaissingu erineval etapil. Splaissosoom vastutab ekson-intron piiride
2) Elongatsioon ehk ahela pikenemine 3) Terminatsioon ehk protsessi lõpetamine 15. Nukleotiidsete järjestuste klassifikatsioonid imetajatel? Nukleotiidsete järjestuste klassifikatsioon: Lokalisatsiooni alusel a. Genoomsed järjestused rakutuumas olevad DNA järjestused aa. Mitokondriaalsed järjestused mitokondri DNAs B. Kodeerivuse alusel b. RNA ja valku kodeerivad järjestused struktuurgeenid bb. RNA ja valku mittekodeerivad järjestused - regulatoorsed C. Unikaalsuse alusel c. Unikaalsed järjestused genoomis 1 10 koopiat. Prokarüoodil on enamus geenidest unikaalse järjestusega, eukarüoodil 60% kogu geenivälisest DNA st ja 25-50% geenidest Nt: lüsosüümi geen, mis avaldub pisaranäärmes cc. Kordusjärjestused mingi nukleotiidne motiiv esineb genoomis kuni miljonite koopiatena > 105 (eukarüoodil 40% kogu geenivälisest DNAst). ccc
Võõrastest liikidest pärit DNAd võib organismidesse viia ka ristamise, rakkude fuseerimise (liitmise) või viiruste abil, kuid vastavalt GMOsid puudutavale seadusandlusele ei ole sellised liigid (näiteks kõik traditsioonilised kultuurtaimed ning kariloomad) GMOd. Viimaks tuleb märkida ka seda, et GMO genoomid erinevad oma tavaeellastest tegelikult väga vähe. Nimelt on igas rakutuumaga organismis umbes 10 000 - 50 000 geeni. Geenide vahele jäävad lisaks nn mittekodeerivad regioonid, mis osas liikides moodustavad 99% kogu organismi genoomist. Kui nüüd viia kirjeldatud organismi veel üks geen, erineb selle GMO genoom eellase omast 0,00002%. Vaatamata sellele, et organismi geenide kogum on peaaegu samasugune kui vanemliinis, võib uue organismi talitlemine olla paljuski erinev. Geneetiliselt muundatud bakterite kõrval kasutatakse hetkel majandustegevuses eelkõige geneetiliselt muundatud taimi. Sellist GM kultuurtaime võib luua mitmel erineval meetodil.
Üksikust rakust uue taime regeneratsioonil kasutatakse koekultuuri meetodeid, mida tuntakse põhimõtteliselt juba üle poole sajandi. Sarnase metoodikaga on kasvatatud näiteks laialt tuntud meristeemmaasikad, koekultuuri etapi on läbinud suur osa Eestis kasvatatavate seemnekartulite eellasi. GMO genoomid erinevad oma tavaeellastest tegelikult väga vähe. Nimelt on igas rakutuumaga organismis umbes 10 000 - 50 000 geeni. Geenide vahele jäävad lisaks nn mittekodeerivad regioonid, mis osas liikides moodustavad 99% kogu organismi genoomist. Kui nüüd viia kirjeldatud organismi veel üks geen, erineb selle GMO genoom eellase omast 0,00002%. Vaatamata sellele, et organismi geenide kogum on peaaegu samasugune kui vanemliinis, siis võib uue organismi talitlemine olla paljuski erinev. Kuigi GMO-de kasutamise ajalugu pole väga pikk, on maailmas juba mitmeid GMO-sid kasutusele lubatud võtta. Esimestena tulid turule GM-vaktsiinid (1992-1994), neile järgnes
Oluline on see, et võõr-DNA peab olema stabiilne see tähendab, et ta peab loodud GMO kõigis rakkudes püsima stabiilselt vähemalt mitme põlvkonna vältel. Vastasel juhul pole tegu GMOga. Teiseks tuleb rõhutada, et GMOsid luuakse geenitehnoloogia abil. Kolmandaks tuleb märkida ka seda, et GMO genoomid erinevad oma tavaeellastest tegelikult väga vähe. Nimelt on igas rakutuumaga organismis umbes 10 000 - 50 000 geeni. Geenide vahele jäävad lisaks nn mittekodeerivad regioonid, mis osas liikides moodustavad 99% kogu organismi genoomist. Võrreldes tavapäraste sordi- ja tõuaretusmeetoditega on geneetilise muundamise suureks erinevuseks võimalus kombineerida väga kaugete liikide geene (nt. siirdada geene kalalt tomatitaimele) või sisestada organismi tehisgeene. Väga palju toodab GMO'sid ja on esirinnas USA, sest muundamine on kallis protsess ja seda saavad endale lubada agrotööstuskorporatsioonid. Esimene GM bakter loodi
Polümeraas I lõpetab transkriptsiooni, kui saab signaali 18 nukleotiidi pikkuselt järjestuselt, kuhu on seondunud terminaatorvalk. RNA polümeraasi III puhul toimub transktiptsiooni termineerumine sarnaselt bakterites toimuva Rho-valgust sõltuva terminatsiooniga. 60. Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon. Eukarüootsetel geenidel on olemas intronid ehk mittekodeerivad alad. Sellest tulenevalt on tarvis eukarüootide RNA’d muuta enne valgu sünteesi. RNA-st lõigatakse mittekodeerivad alad välja. Seda protsessi nimetatakse splaissinguks. 61. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel. 1. tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse spetsiifiline splaissingu endonukleaas ning eksoneid sisaldavad RNA segmendid ühendatakse splaissingu ligaasi abil. Need
Erinevused: - rakutuum - geenis intronid, pre-mRNA läbib splaisingu, modifitseeritakse (5’cap ja 3’polüA-saba) ja eksporditakse tuumast tsütoplasmasse - transkriptsiooniks on vaja aktivaatorvalke - promootorid on keerulisemad mRNA osad: - avatud lugemisraam e ORF open reading frame, valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stopkoodonini - mittekodeerivad järjestused 5’UTR ja 3’UTR - eukarüootidel on 5’cap ja 3’polü-adenosiin-järjestus (polüA saba) Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA- ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti,pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks
mRNA struktuur prokarüootidel ja eukarüootidel. Erinevused: - rakutuum - geenis intronid, pre-mRNA läbib splaisingu, modifitseeritakse (5'cap ja 3'polüA-saba) ja eksporditakse tuumast tsütoplasmasse - transkriptsiooniks on vaja aktivaatorvalke - promootorid on keerulisemad mRNA osad: - avatud lugemisraam e ORF open reading frame, valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stopkoodonini - mittekodeerivad järjestused 5'UTR ja 3'UTR - eukarüootidel on 5'cap ja 3'polü-adenosiin-järjestus (polüA saba) Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA- ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti,pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis
miRNA-d - MikroRNA-d, reguleerivad geeniekspressiooni blokeerides spetsiifiliste mRNA- de translatsiooni ja põhjustavad nende lagundamist siRNA-d - Väiksed segavad RNA-d, lülitavad välja geeniekspressiooni juhtides mRNA-de lagundamist ja moodustades kompaktse kromatiini struktuuri piRNA-d - Piwi-ga seostuvad RNA-d, seostuvad piwi valkudega ja kaitsevad sugurakke transposoonsete elementide eest lncRNA-d - Pikad mittekodeerivad RNA-d, paljud neist toimivad kui tellingud; nad reguleerivad mitmeid erinevaid protsesse rakus, k.a. X-kromosoomi inaktivatsioon . DNA struktuuris oleva TATA-kasti ja promootori piirkonna roll DNA transkriptsiooni läbiviimises. Eukarüoodi DNA transkriptsiooniks vajaliku valkude kompleksi põhilised komponendid. TATA box- DNA ahela neljanukleotiidne järjestus, millele kinnitub TBP valk,mis on transkriptsioonifaktori TFIID koosesisus
Geeni ekspressioon = geneetilise informatsiooni avaldumine valguna. mRNA TÖÖTLEMINE - Töötlemine ehk protsessing (processing) = transkriptsioonijärgne RNA molekulide modifitseerimine -> Esmane RNA transkript-> Funktsionaalselt küps RNA molekul: Lõikude kärpimine polünukleotiidahela 3' ja 5' otsest; Terminaljärjestuse lisamine; N-aluste modifitseerimine (metüleerimine); Polünukleotiidahela kokkupõimine e splaising (splicing) intronite kõrvaldamiseks. mRna splaising - Intronid mittekodeerivad nukleotiidide järjestused; Eksonid kodeerivad nukleotiidide järjestused; Splaisingu protsessis intronid kõrvaldatakse ja eksonid ühendatakse; Monotsistroonne mRNA kodeerib ühte valku, iseloomulik eukarüootsetele rakkudele; Polütsistroonne mRNA kodeerib mitut valku, iseloomulik prokarüootsetele rakkudele. GENEETILINE KOOD - mRNA ahelas olevate nukleotiidikolmikute (triplettide) ja neile vastavate aminohapete loetelu. mRNA ahela
IPS rakud: somaatilised rakud, muudetud pluripotentseteks pluripotentsust määravate geenidega. Rakkude transdiferentseerimine: täiskasvanud somaatiliste rakkude vahetu muutmine teiseks rakutüübiks ilma pluripotentsuse staadiumita. Rakkude diferentseerumine.Püsivate struktuursete ja funktsionaalsete erinevuste tekkimine rakkude vahel. Koe- ja rakutüübile iseloomulikud genoomi (epigeneetilised)muutused -> erinev geenide avaldumine -> iseloomulikud valgud ja mittekodeerivad RNAd -> iseloomulikud morfoloogilised, biokeemilised, funktsionaalsed jne. tunnused.Rakutüübid säilitavad oma erijooned. Epigeneetiliselt (mitte mutatsioonid ja rekombinatsioonid): kromatiini erinev repressioon, kondensioon ja pakkimine; kromatiin valkude erinevad post-translatsioonilised modifikatsioonid; DNA erinev kovalentne modifikatsioon;valke mittekodeerivate RNA de erinev avaldumine. Mittekodeeriv RNA Xist represseerib ühe Xkromosoomi varase emas-embrüo kõigis rakkudes
29. Translatsioon- toimub ribosoomides. tRNA transpordib valgusünteesi kohta aminohapped. tRNA-d transpordivad aminohapped valgusünteesi asukohta, valmis peptiidahel liigub Golgi kompleksi. 30. Ribosoomid, nende ülesanded. Ribosoomid on rakuorganellid, kus toimub valgusüntees. Kuivainest on pool RNA, pool valk. Koosneb väikesest ja suurest subühikust. 31. mRNA splicing- Funktsionaalse mRNA saamiseks tuleb intronid mRNA ahelast välja lõigata. Eksonid on kodeerivad osad, Intronid on mittekodeerivad osad. Intronid lõigatakse välja. 32. Geeni ekspressiooni olemus: Geeni ekspressiooni regulatsioon toimub DNA transkriptsioonil. Ekspresseeritakse ainult neid geene, mille produkte rakus antud momendil vajatakse. 33. Valgu sünteesi intensiivsust lihasrakus mõjutavad tegurid: lihasraku tüüp, rakendatud koormuse iseloom, taastumisperioodi pikkus. 34. Rakkude paljunemise tähtsus : Säilitada keha sellisena nagu ta on. Rakkude paljunemine tagab haavade paranemise 35
seega ei ole genoomne RNA virionides tihedalt pakitud ja on võimalik , et kapsiidi struktuuri stabiliseerimises osalevad ka RNA interaktsioonid virioni valkudega. Picornaviiruse genoom Genoomne ssRNA on 7.2-8.5 kb pikkune. Genoomi 5’ otsas asub VPg (22-24AH jääki) mis seondub RNA 5’ otsaga Tyr jäägi kaudu . genoomi 5’- terminaalne järjestus on alati VPg- pUpUpA. Genoomi 3’ otsas asub polüA pikkusega 35-100 b. Picornaviiruste genoomi mittekodeerivad alad on väga konserveerunud ja funktsionaalselt väga tähtsad: 5’-NTR on pikk (624-1199b). Polioviiruse RNA: esimesed 88 b moodustavad “ristikheinalehe” laadse sekundaarstruktuuri ; sellele järgneb IRES struktuur (internal ribosomal entery site) pikkusega ca 400b; IRES elemendile järgneb veel 154 b pikkune mitte transleeritav ala. 3-NTR on suhteliselt lühike (14 -126 b) ja on arvatavasti oluline replikatsiooniks. Polioviiruse 3’.NTR moodustab topelt stem loop struktuuri.
mRNA prosessing. Prokarüootidel on geeni poolt määratav esmane transkript võrdne mRNA-ga ning ta on ka kohe transleeritav. Eukarüootides toimub aga esmalt eellas- ehk pre-mRNA süntees, misjärel toimub nn. eellas-mRNA protsessing küpseks mRNA-molekuliks. Protsessimise käigus toimub enne translatsiooni pre-mRNA-lt spetsiifilise järjestuse kõrvaldamine ning transkripti mõlema otsamodifikatsioon. Enamikus eukarüootsetes geenides on mittekodeerivad järjestused e. intronid, mis lõigatakse RNA protsessingul RNA-st välja, ühendades sellega RNA-s geeni kodeerivad järjestused ehk eksonid. Hulkraksete intronid on reeglina palju pikemad (1500 nukleotiidi) kui eksonid (500 nukleotiidi). Intronite väljalõikamise protsessi nimetatakse geeni splaissinguks. Kogu info introni väljalõikamise (splaissmise) kohta paikneb intronis endas. Valku kodeerivate geenide pre-mRNA splaissing peab toimuma väga täpselt, et
mRNA messenger RNA. Sellelt toimub translatsioon. tRNA transfer RNA. Toimivad adapteritena translatsioonil polüpeptiidahelasse lülitatavate aminohapete ja mRNA molekulis asuvate aminohappeid määravate koodonite vahel: kannavad aminohapped ribosoomi. Lihtsamate sõnadega: seovad aminohappe ja kannavad selle ribosoomi. rRNA ribosomaalsed RNA molekulid. Kuuluvad ribosoomide koostisesse. snRNA väikese tuuma RNA. Vajalikud splaissingul, et lõigata välja mittekodeerivad alad. 56. Mille poolest erineb transkriptsioni initsiatsioon replikatsiooni initsiatsioonist? Replikatsiooni algamiseks on vajalik praimeri olemasolu; DNA-polümeraas pole võimeline iseseisvalt DNA-ahela sünteesi algatama. Transkriptsioon toimub RNA- polümeraasiga, mis ei vaja initsiatsiooniks praimerit. Erinevad initsiaatorsignaalid. Transkriptsiooni puhul on matriitsiks lõik DNAst, replikatsiooni puhul terve DNA molekul. 57
geenivektoriteks ehk siirdajateks. 1970. Aastate teisel poolel hakati inimese ja mõne teise liigi genoomipanku bakterites ja pärmseentes kloonitud DNA- fragmentide kujul. Rakendusbioloogilises suunas hakati otsima võimalusi kasutada transgeenseid bakterieid meditsiiniliselt oluliste inimese valkude tootmiseks. Raskusi valmistas asjaolu, et eukarüootse organismi geene ei suuda bakterid algsel kujul transleerida geenstruktuuri erinevuse tõttu- geenised on mittekodeerivad lõigud (intronid), mida bakterid ei ,,oska" välja lõigata. Siin tuleb appi ensüüm pöördtranskriptaas. Inimese rakkudest eemaldatakse huvipakkuva geeni mRNA (millest intronid on juba kõrvaldatud) ja pöördtranskribeeritakse selle järgi vastav komplementaarne DNA. See ühendatakse plasmiidiga ning saadud geenivektor lülitub bakteriraku koosseisu (peamiseks kasutatavaks bakteriks on inimsese soolekepike). Sel viisil loodud
genoomi. 1:9-12. 2. Kirjeldage võrdlevalt eu- ja prokarüootset geeni. Prokarüüotsel puuduvad intronid, DNA rõngaskromosoomina ehk plasmiidina, DNA ei ole liitunud valkudega, replikatsioon algab vaid ühest puntkist, replikatsioon ja transkriptsioon kiiremad, kiire paljunemine, iga mutatsioon satub kohe loodusliku valiku alla, kuna on haploidne kromosoomistik, on RNA, geenide rekombinatsioon paraseksuaalne, puudub tuum. 3. Mis on intronid ja eksonid ja kus neid esineb? Mittekodeerivad ja kodeerivad geeniosad. Esineb geenides. 4. Kui palju on looduslikke aminohappeid? 22, kuid 20 on universaalsed. 5. Mis on mutageenid? Mutageenideks nimetatakse mutatsioone põhjustavaid füüsilisi ning keemilisi mõjureid.1:18. 6. Mis on pöördtranskriptaas ja mida see teeb? 1:19. Pöördtranskriptaas on ensüüm, mille abil sünteesitakse RNA matriitsahelalt komplementaarne DNA (cDNA) ahel. 7. Mis on cDNA ja kuidas seda toodetakse? 1:20-21. cDNA on
Mida tähendab fingerprintimine. See on mikrosatelliitse kordus DNA määramine. Mikrosatelliidid on kiiresti muteeruvad mittekodeerivad DNA lõigud, mis koosnevad tandeemselt korduvatest nukleiididest. Kuna nad muteeruvad suhteliselt kiiresti, siis populatsioonid erinevad korduste arvu poolest. Esmalt koguti üle Aafrika eri elevantide fecest, eraldati sealt DNA ja määrati referents proovid. Seejärel eraldati spetsiaalse meetodiga salakaubana konfiskeeritud elevandiluust DNA ja võrreldi mikrosatellitide korduseid referntsiga. Genotüüp = organismi geenide (alleelide) kogum Fenotüüp = organismi tunnuste kogum
2. Posttranskriptsiooniline regulatsioon – Splaissimine – translatsioon ja – siRNA juhitud geeniregulatsioon – substraadiks endogeensetele siRNAde tekkele 3. Epigeneetiline regulatsioon – Imprinting Xist ja X-kromosoomi inaktivatsioon – X inaktivatsiooni viib läbi Xist lncRNA Telomeersed mittekodeerivad RNAd – lncRNA, mis moodustab telomeerse heterokromatiinse osa koos telomeersete valkudega. • LncRNAde biogenees – transkriptsioon ja protsessimine on väga sarnane mRNAle. Enamus lncRNAsid transkribeeritakse RNA polümeraas II vahendusel, kuid osa lncRNAsid transkribeeritakse RNAP III vahendusel. Suur osa lncRNAdest splaissitakse, polüadenüleeritakse ja lisatakse 5’cap. lncRNA geenid asuvad
lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni (mRNA vahendusel) ühe valgu (või polüpeptiidi) sünteesiks (kuid on ka nt rRNA ja tRNA geenid, mis valgumolekule ei kodeeri). Intronid-lõigud, mis ei kodeeri aminohappeid. Alati geeni sees, mitte kunagi alguses. Algab GU Eksonid- lõigud, mis kodeerivad aminohappeid. Lõppeb alati AG Geenide katkendlikkus- kodeerivate nukleotiidijärjestuste (eksonide) vahel on mittekodeerivad järjestused (intronid); geeni pidevus mRNAs on tagatud pre-mRNA töötlusega tuumas (RNA protsessing, splaissing- intronite väljalõikamine mRNAs). 42.Geneetiline kood- info mis on vajalik teatud aminohappelise järjestusega polõpeptiidahela sünteesimisex. On salvestatud kood kujul DNA molekulis. Koodidex on DNA ahela teatud fragmendi nukleotiidide järjestuses. Kolmest järjestikusest nukleotiidist moodustunud geneetilise
Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus transkriptsioon ja translatsioon on ajaliselt ja ruumiliselt teineteisest lahutatud, toimuvad prokarüootsetes rakkudes mõlemad protsessid korraga: parasjagu sünteesitavalt mRNA molekulilt algab kohe ka translatsioon. 28. mRNA protsessing mRNA protsessing – pre m-RNA süntees küpseks mRNA molekuliks. Protsessing toimub enne translatsiooni! Intronid – mittekodeerivad alad Eksonid – kodeerivad alad Protsessingu käigus lõigatakse intronid RNA-st välja. Selle tulemusel ühendatakse omavahel kodeerivad eksonite alad. Intronite väljalõikamist nimetatakse geeni splaissinguks. Valku kodeerivate geenide pre-mRNA splaissingp eab toimuma väga täpselt, et mRNA saaks kodeerida funktsionaalset valku. Intronite täpne väljalõikamine peab toimuma nukleotiidi täpsusega, vastasel juhul läheb lugemisraam paigast ära.
Koosneb lihtsate tandeemsete korduste (<10 bp) lühikestest blokkidest, mis on hajutatud üle genoomi, Moodustavad 2% (60 Mb) genoomist, Tekkivad replikatsiooni libisemise tõttu, Sagedaseim tüüp dinukleotiidkordused: CA/TG 1/36 kb; AT/TA 1/50 kb ja AG/CT 1/125 kb. CG/GC kordused harvad 1/10 Mb, kuna esineb metülatsioon ja deaminatsioon, Mononukleotiidkordustest tavalised A ja T, Funktsioon teadmata (CA/TG võib võtta Z-DNA konformatsiooni). 19. Transposonid. Hajutatud mittekodeerivad DNA kordusjärjestused. Imetajate transposonite perekonnad: LINE, SINE, retroviiruse sarnased (LTR transposonid), DNA transposonite fossiilid. Transposonite struktuur ja nomenklatuur: Kaks klassi posoneid: DNA transposonid ja retroposonid (jaotuvad LTR-e omavateks ja mitteomavateks). Ekspressioon on sageli koe-, soo- ja ajaspetsiifiline, Ka imprinting. 20. Retroelemendid. Kahte tüüpi mobiilsed elemendid: Insertsioonjärjestus või
või mitme tunnuse arengu; DNA-molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni (mRNA vahendusel) ühe valgu (või polüpeptiidi) sünteesiks (kuid on ka nt rRNA ja tRNA geenid, mis valgumolekule ei kodeeri). Intronid-lõigud, mis ei kodeeri aminohappeid. Alati geeni sees, mitte kunagi alguses. Algab GU Eksonid- lõigud, mis kodeerivad aminohappeid. Lõppeb alati AG Geenide katkendlikkus- kodeerivate nukleotiidijärjestuste (eksonide) vahel on mittekodeerivad järjestused (intronid); geeni pidevus mRNAs on tagatud pre-mRNA töötlusega tuumas (RNA protsessing, splaissing- intronite väljalõikamine mRNAs). 42.Geneetiline kood- info mis on vajalik teatud aminohappelise järjestusega polõpeptiidahela sünteesimisex. On salvestatud kood kujul DNA molekulis. Koodidex on DNA ahela teatud fragmendi nukleotiidide järjestuses. Kolmest järjestikusest nukleotiidist
Rho-sõltumatud terminaatorid sisaldavad G:C-rikast regiooni, millele järgneb 6 või enam A:T paari (A nukleotiidid asuvad matriitsahelas Rho valgust sõltuva transkriptsiooni korral on terminatsioonijärjestused (samuti G:C-rikkad) pikemad. 60. Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon. Eukarüootidel enamasti paiknevad kodeerivate alade – eksonid vahel mittekodeerivad alad – intronid. Intronite sisaldus ja pikkus varieerub geeniti Algsest RNA-st lõigatakse tuumas teatud segmendid välja ja seejärel viiakse lõikusjärgne RNA tsütoplasmasse. 34 Eukarüootide puhul ei ole transkriptsiooni käigus sünteesitud mRNA kohe lõplikult valmis, vaid vajab mitmeid modifikatsioone: 1. CAP struktuur 5’ otsas. Kaitseb mRNAd 5’otsa nukleaaside (lagundamise) eest On seondumiskohaks valkudele 2. PolyA saba 3’ otsas.
mRNA protsessingut võimaldavatest piirkondadest. Esinevad ka geenid, mis ei kodeeri valku, näiteks tRNA, rRNA geenid. Geenide suurus varieerub. Inimese keskmise geeni suurus on ~27000 DNA aluspaari (Abeles tabel 4-1 lk.202). Eukarüootse raku geenid sisaldavad mittekodeerivaid piirkondi mida nim introniteks, need piirkonnad pre-mRNA protsessimisel lõigatakse välja, toimub nn splicing. Kodeerivaid piirkondi nim eksoniteks. Geeni otstes paiknevad mittekodeerivad DNA alad on vajalikud geeni transkriptsiooniks. 5' otsas on transkriptsiooni regulatsiooni piirkond, 3' otsas on järjestused mis on vajalikud mRNA modifitseerimiseks, samuti stop koodonid ja täiendavad regulaatorelemendid. Sageli on raske määrata, kus ühe geeni 3' ots lõpeb ja järgmise geeni 5' ots algab. Õpikute tekstis sageli geeni all mõistetakse ainult DNA kodeerivat piirkonda mis transkribeeritakse mRNA-ks. Erinevate ühe pre-mRNA splicing'u
transkriptsioonikompleksist. · Rho sõltumatud terminaatorid sisaldavad G-C rikast regiooni, millele järgneb 6 või enam A-T paari. Selletõttu moodustub sünteesitaval RNA-l sekundaarstruktuur seal regioonis ning see peatab RNA polümeraasi. 60. Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon. Eukarüoodil eksonite (kodeerivad alad) vahel on mittekodeerivad alad (intronid). Peale transkriptsiooni lõigatakse tuumas intronid välja ning viiakse eksonitega RNA tsütoplasmasse (splaissing). Prokarüoodil geenid on koos, transkripteeritakse korraga - operon 61. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel. Alternatiivne splaissing lõigatakse välja ka osa eksoneid, tekivad erinevate osadega valgud · tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse splaissingu endonukleaas ja
Pärast lõikust lisab ensüüm polü(A) polümeraas RNA molekuli 3´-otsa polü-A saba, mis koosneb kuni 200-st adenosiinmonofosfaadist. Polü-A sabad suurendavad mRNA molekulide stabiilsust ja neil on ka oluline roll RNA transpordil tuumast tsütoplasmasse. 60)Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon. Eukarüootsetes geenides paiknevad kodeerivate alade vahel mittekodeerivad alad, mida nimetatakse introniteks. 61)Intronite kõrvaldamine splaissingu teel. Intronite väljalõikamine võib toimuda kolme erineva mehhanismi alusel: 1) tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse spetsiifiline splaissingu endonukleaas ning eksoneid sisaldavad RNA segmendid ühendatakse splaissingu ligaasi abil. Need ensüümid tunnevad spetsiifiliselt ära tRNA prekursormolekuli kõrgemat järku struktuuri, mitte aga spetsiifilist nukleotiidset järjestust.
Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti,pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus
Lõppeb terminaatorini jõudmisel (DNa järjestus, kus RNA polümeraas vabastab sünteesitud RNA). Initsiatsioon (sünteesi algus), elongatsioon (vahepealne osa), terminatsioon (lõpp). Sünteesi käigus tekib 1 viga 10000 nukleotiidi kohta. 27.mRNA struktuur prokarüootidel ja eukarüootidel. Avatud lugemisraam ehk ORF (open reading farme), valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stoppkoodonini. Mittekodeerivad järjestused 5´UTR ja 3´UTR (untranslated region). Eukarüootidel on 5´cap ja 3´polü-adenosiin-järjestus (polüAsaba). Üks mRNA kodeerib eukarüootidel ainult ühte valku, prokarüootidel mitut valku. Mitut valku kodeeriv mRNA prokarüootidel- iga initsiatsioonikoodoni ees paikneb Shine- Delgarno järjestus. 28. mRNA protsessing. 29.Geneetiline kood. 30.Translatsioon, tRNAde ja ribosoomide ehitus. Igat aminohapet
dissotseerub. Transkriptsiooni termineerivad signaalid on kas Rho valgust sõltuvad (teatud järjestuste moodustumine valgu abil) või sõltumatud (terminaatorid sisaldavad G-C rikast regiooni, millele järgneb 6 või enam A-T paari (A-d asuvad matriitsahelas). 60. Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon. Eukarüoodis: enamasti paiknevad kodeerivate alade – eksonite – vahel mittekodeerivad alad – intronid (geenijärjestused, mis jäävad mRNA koostisesse pärast splaissingut). Intronite sisaldus ja pikkus varieerub geeniti. Intronite pikkus võib varieeruda 50st nukleotiidist tuhandeteni. Prokarüootidel puuduvad intronid ja histoonid. 61. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel. Intronite väljalõikamine võib toimuda kolme erineva mehhanismi alusel: 1) tRNA prekursorite puhul teeb katkeid RNA
Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti,pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus
Geokronoloogiline skaala-ajastute järjestus,mis on saadud absouluutse ja suhtelise vanuse võrdlemisel. Feneetilised võrdlused: anatoomia,elutegevus,looteline areng. Homoloogilised elundid- sarnase päritoluga,kuid ajajooksul muutunud ehituse ja funktsiooniga. (jäsemeluude muutumine) Mandunud elundid inimesel: kolmassilmalaug,pimesool,ussripik.Embrüonaalne areng-arengu alguses sarnanevad looted oma eellase loodetele. Geneetilised võrdlused: pseodogeenid-mittekodeerivad järjetused DNAs. , fülogenees- evolutsiooniline arengutees. Biograafilised tõendid- uuritakse paikkondi,kus on esinenud. 3.ülesanne vererühmadest.mees,kellel on AB-vererühma veri on abielus naiega ,kellel on 0-vererühma very.mlliste vererühmadega võivad sündida nende lapsed?-lapsed võivad sündida A või B vererühmaga. XII.1.viljastumine. viljastumine-munaraku ja seemneraku ühinemine.Jaguneb: kehasisene viljastumine ja kehaväline viljastumine
nukleotiidi pikkuselt järjestuselt, kuhu on seondunud terminaatorvalk. RNA polümeraasi III puhul toimub transktiptsiooni termineerumine sarnaselt bakterites toimuva Rho-valgust sõltuva terminatsiooniga. 60. Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon. · Eukarüoodi DNAs on kodeerivad alad eksonid ja neid killustavad mittekodeerivad alad intronid, prokarüoodis on aga kõik geenid koos operonides ja transkribeeritakse korraga. · Peale transkriptsiooni lõigatakse eukarüootses rakus pre-mRNA-st intronid välja ning tuumast väljuvad vaid eksonid. 61. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel. · 3 erinevat mehhanismi: tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse spetsiifiline splaissingu
LIISI KINK 24 VIROLOOGIA - mRNAd on monotsistroonsed (mõnes mRNAs kasutatakse kahte samas raamis asuvat AUG koodonit, sünteesimaks C-koterminaalseid valke), nende 5'- ja 3'-mittekodeerivad järjestused on lühikesed (vastavalt 8-34 ja 31-116 bp). 3.3.3. Valgud Orbiviiruse genoom kodeerib seitset struktuurset ja kolme mittestruktuurset valku. Orbiviiruste struktuurseid valke (ja nende poolt moodustatud multimeerseid komplekse) on nii struktuurselt (kristallstruktuur) kui ka funktsionaalselt hästi uuritud. VP2 (111 kDa) väliskapsiidivalk. Väliskapsiidi kuulub 180 VP2 subühikut. VP2 on orbiviiruse antiretseptor (omab hemoglutiniin aktiivsust) ja peamine antigeen
Sel juhul seondub Rho valk kasvava RNA ahelaga, liigub transkriptsioonikompleksile järgi ning kui RNA polümeraas aeglustub või peatub terminatsioonijärjestuste juures, jõuab Rho valk RNA polümeraasile järele ja eemaldab sünteesitud RNA ahela transkriptsioonikompleksist. 60. Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon. Enamasti paiknevad eukarüootsetes geenides kodeerivate alade vahel mittekodeerivad alad, mida nimetatakse introniteks. Neid geenijärjestusi, mis jäävad mRNA koostisesse pärast splaissingut, nimetatakse eksoniteks. Intronite sisaldus ja pikkus varieerub geeniti. Intronite pikkus võib varieeruda 50-st nukleotiidist tuhandeteni. Prokarüootidel puuduvad intronid ja histoonid. Eukarüootses rakus toimub primaarse transkripti, pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Intronid eemaldatakse splaissingu teel
V ja C piirk. kodeerivad geenisegmendid on genoomi eri osades, nende ühinemine V+C toimub enne ekspressiooni. J ja D segmendid on olulised antikehade mitmekesisuse loomisel. Lookuse ümberkorraldamine toimub alati kindla korra järgi: Antikeha VH piirkond: D+JDJ+V; Antikeha VL piirkond: V+J. V ja C piirkondi kodeerivad geenide segmendid asuvad genoomi (DNA) eri piirkondades. Erinevaid V segmente on palju; C segmente vähem; nende vahel on mittekodeerivad alad. V segmendid on 5'suunalised; C segmendid on 3'suunalised. Iga V eksoni ees on 90 bp kodeeriv ala, mis juhib transleeritud rasked ja kerged p/p ahelad läbi ER-i; Kõigepealt rasked ahelad modifitseeritakse nii, et saab toota ahelaid. Esimesena valitakse juhuslikult üks D ja J segment vahepealne osa deleteeritakse. Järgmisena valitakse juhuslik V segment, mis rekombinatsiooni abil pannakse DJ otsa
Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti, pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus
Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti, pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus
paberile, kuhu DNA hästi jääb, pärast materjale elueeritakse ja uuritakse). · SNPd: Sagedased asendused, kodeerivadi on keskmiselt 6tk geeni kohta. Sünonüümsed asendused ei ole nii süütud kui paistab võib juhtuda, et moduleeritakse splaissingut või tehakse alternatiivne splaissing ja siis on juba halvasti. ApoE teatav haplotüüp (variant) on Alzheimerile väga soodus. Mis siis, et esmapilgul pole üldse seotud sellega. Mittekodeerivad SNPd võivad muuta ekspressioonitaset. Teatud genoomiblokid on konserveerunud SNPde poolest. · Minisekveneerimine: 1 kaupa märgistatud nukleotiidide lisamine. · Reaalaja PCR spetsproovidega, SNPde deletsiooniks. Mõõdetakse fluorestsentsi teket. · Polümeraasipõhine ekstensioonitehnika 17. TaqMan ja Molecular Beacon töötamisprintsiip Homogeensed hübridisatsioonitestid, kasutades reaalaja PCR-i ja fluorostsentsil põhinevat detektsiooni
Inserteerides või deleteerides uridiinmonofosfaatjääke. C -> U-tüüpi mRNA korrektuur. Taimede mitokondrites tavaline; loomade sooltraktis. Spetsiifilise RNA-seoseline deaminaasiga toimub tsütosiini oksüdatiivne deamiinimine, moodustub uratsiil ja CAA koodonist UAA (terminaatorkoodoniks valgu sünteesil). RNA korrektsiooni juhib giid-RNA. 120. Intronid ja eksonid. Geeni splaising. Geenidest lõigatakse välja intronid (mittekodeerivad järjestused , mis on esindatud DNA-s, aga mitte mRNAs) ja järeljäävad eksonid (mRNAs esindatud geeni ala; kodeerivad järjestused) ühendatakse geeni splaissingul. Tavaliselt fosforsidemeid üle kandes. DMD - 78 intronit, kana kollageen - vähemalt 50. Introneid lõigatakse välja: tRNA prekursoritest splaissingu endonukleaasiga + ligeerimine (fosfodiesteraasne, kinaasne, ligaasne aktiivsus) rRNA prekursoritest autokatalüütiliselt.
annaabi.ee 
