Milliseid põhilisi valke kodeerib retroviiruse genoom (3)? - Retroviiruse genoomi ehitus. Faagid jaotatakse virulentseteks ja mõõdukateks vastavalt sellele, kas nad sisenevad kohe peale bakteri nakatamist lüütilisse tsüklisse või võivad lülituda profaagina bakteri genoomi ja hiljem lüütilisse faasi. Retroviiruste genoomiks on ssRNA molekul. Pärast raku nakatamist retroviirusega sünteesitakse rakus viiruse RNA-le komplementaarse dsDNA. DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse poolt kodeeritud ja on valmiskujul olemas juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil. Integreerunud DNA võib genoomis püsida pikka aega latentsena, proviirusena. Viiruse genoomi paljundamisel muutub ta transkriptsiooniliselt aktiivseks. Viiruse valkude sünteesiks avalduvad viiruse-spetsiifilised geenid. Samuti toimub viiruse genoomi (RNA) amplifikatsioon. (gag
Osata koostada skeemi. Restriktaasid on ensüümid, need lõikavad DNA kindla koha pealt lõikudeks, aga nii, et tekivad üheahelalised otsad – “kleepuvad otsad”. Selliste otstega DNA juppe on mugavalt liita. DNA ühendamiseks piki suunas kasutatakse ensüüme nimega ligaas. Erinevate DNA-de liitmisel saame rekombinantse DNA. Geenid viiakse õigesse kohta kohale bakteri plasmiidiga või viirustega (geenivektoritega) või süstitakse otse viljastatud munarakku. 8. Genoomipank, pöördtranskriptaas, retroviirus. Õp lk 37 – 39. Genoomipank on bakterikloonides säilitatav inimese genoomi DNA- fragmentide kogum. nagu geenivektor, ainult peale ahelate ühinemist ligaasi toimel võtavad bakterid endasse plasmiide. Tekivad väikesed kolooniad, kolooniad eraldatakse kultuuriklaasidesse ja viiakse hoidlasse, mis moodustab DNA-panga. Pöördtranskriptaas- ensüüm, mis viib läbi pöördtranskriptsiooni (protsess, kus RNA järgi moodustatakse DNA). Retroviirus-RNA viirus 9
Nad ei suuda seda oma ehituse eripära tõttu, puudub vajalik ainevahetus väliskeskkonnaga · Viiruse ehitus Genoom- DNA; RNA. Ül: säilitab pärilikkuse ainet; kapsiid- ül. kaitse, osaleb viiruse sisenemisel rakku; ümbris-peremees raku membraan, ül. kaitse, osaleb viiruse sisenemisel ja kinnitumisel(retseptor) rakku · Viiruste seltsid 1. DNA-viirused: herpesviirusete, adenoviiruste sugukond, papiloniviiruste perekond 2. DNA ja RNA viirused, mille replikatsioonis osaleb pöördtranskriptaas, Nt. Retroviiruste sugukonna viirused, hepatiit b 3. RNA viirused: gripiviiruste perekond, leetri-, mumpsi- ja marutõveviirus 4. Viirustega sarnanevad nakkusliku elemendid: satelliitviirused, viroidid · Viiruste paljunemine Kõige pealt toimub nakatumine, mille käigus kinnitub viirus raku pinnale ning liigub raku sisemusse, kus ta vabaneb kapsiidist ning liigub tuuma või tsütoplasmasse. Edasi toimub viiruse paljunemine
omandab uuesti biheeliksi kuju, RNA liigub raku tuumast välja tsütoplasmasse. - Replikatsioon: rakutuumas toimuv DNA süntees, mille tulemusena saadakse DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. 2. Geeni struktuur (promootor, RNA sünteesipiirkond, terminaator) ja geneetilise info edastamine. Intronid, eksonid, RNA splaising, pöördtranskriptsioon ja pöördtranskriptaas (õp lk 37, 40), genoomipank (lk 39). DNA sekveneerimine – mõiste. Vt esitlust Transkriptsioon (geeni struktuur) ja õpikust lk 40 ning üldist, kogu materjali esitlust (Rakendusbioloogia, lõpuosa slaidid) + vihikist tunni materjalid. 3. Geenivektor, selle loomise protsess, ligaas, restriktaas (ja tekkivad „kleepuvad otsad"), rekombinantne DNA. Õp lk 37 – 39. Plasmiid. Viirusvektor, plasmiidne geenivektor. - õp
7) ribosoomi siseneb kolmas tRNA; 8) kahe kõrvuti asetseva tRNA molekuli otstes olevate aminohapete vahel sünteesitakse peptiidside; 9) … 10) Stoppkoodon -> sünteesitud valk vabaneb, eralduvad ribosoomi alamüksused ja mRNA 2. Geeni struktuur (promootor, RNA sünteesipiirkond, terminaator) ja geneetilise info edastamine. Intronid, eksonid, RNA splaising, pöördtranskriptsioon ja pöördtranskriptaas (õp lk 37, 40), genoomipank (lk 39). DNA sekveneerimine – mõiste. Vt esitlust Transkriptsioon (geeni struktuur) ja õpikust lk 40 ning üldist, kogu materjali esitlust (Rakendusbioloogia, lõpuosa slaidid) + vihikist tunni materjalid. GEENI STRUKTUUR: transkriptsiooni alguses kinnitub ensüüm DNA-polümeraas geeni algusossa. Seal paikneb kindla järjestuse ja struktuuriga DNA lõik (promootor). Kui ensüüm kinnitunud, algab transkriptsioon
RAKENDUSBIOLOOGIA Biotehnoloogia mõiste ja biotehnoloogia kasutavad organismid. Bioloogia on paasteadus, nagu matemaatika, keemia, füüsika. küberneetika Keemi Füüsika Matemaatik a a bioonika biokeemi biofüüsik statistika a a a BIOLOOGIA geenitehnoloogi a Meditsiin Veterinaar Põllumajandus Selektsioon Metsamajandu s biotehnoloogia Rake...
Bakteri kromosoomi ei lõika, see metüleeritud, viiruse DNA ei ole metüleeritud Inimese geenide üleviimiseks kasutatakse viirusvektoreid: 1. Retroviirused 2. Adenoviirused Viirused põhjustavad haigusi!? Ohtlikud järjestused lõigatakse viiruse genoomist välja või blokeeritakse nende geenide ekspressioon Retroviirused: * üleviidav geen liidetakse viiruse genoomiga viirusvektor * inimese rakud nakatatakse viirusega * pöördtranskriptaas sünteesib viiruse RNA pealt cDNA * cDNA liitub inimese kromosoomiga * transkribeeritakse ka üleviidud geen
ssDNA – bakterifaag M13, parvoviirused (koinfektsioon adenoviirustega) dsRNA – reoviirused (hingamisteede haigused) ssRNA – gripiviirus, HIV Mõnedel viirustel on genoomiks RNA Tubaka mosaiigiviirus TMV Gripiviiruse genoom koosneb mitmest ssRNA segmendist HIV on retroviirus – tema genoomiks on ssRNA, millelt pöördtranskriptaas sünteesib DNA Viiruse kapsiid on sümeetriline – helikaalne või ikosaeedriline Kapsiidi võib katta ümbris – viiruspartiklid võivad olla pleomorfsed (erineva kujuga) Kapsiid lisastruktuuridega (näit. baktteriofaag T4) nm Mimiviirus (Mimicing microbe) Kirjeldati ajakirjas “Science” 2004. aastal Viiruspartikkel > 400 nm – pikka aega peeti graam- positiivseks kokiks
t. rikutud struktuuriga geeni siirdamine raku normaalse geeni asemele. 38. nabaväadivere tüvirakud - sünnituse ajal nabaväädi verest eraldatavad tüvirakud, mis võivad diferentseeruda mitmesuguste kudede rakkudeks 39. pideks, kuid pole võimelised arenema tervik-organismiks 40. polümeraasne ahelreaktsioon (PCR) - meetod kindlast DNA-lõigust suure arvu koopiate saamiseks tsüklilise ahelreaktsioonina toimuva replikatsiooni teel. 41. pöördtranskriptaas (revertaas) - RNAst sõltuv DNA polümeraas; ensüüm, mis sünteesib üheahelalise RNA järgi kaheahelalise DNA-koopia. On omane retroviirustele 42. rakendusbioloogia - teadus, mis seisneb bioloogia põhiharude avastatud seaduste ja loodud teooriate praktilise kasutamise võimaluste ja lahenduste uurimises ning teostamises, luues vastavate juhiste, meetodite ja võtete süsteemi. 43. rakendusteadus - teadus, mis tegeleb mitmesuguste loodusteaduste abil saadud
3. struktuuri vastutavad (kapsiidi) valkude tootmise eest Viiruse genoom Viiruses korraga ainult üks nukleiinhape. DNA-d võib olla 1 molekul, RNA-d lõputult. DNA-viirused: üksik- ja kaksikahelalised, mõlemad võivad olla kas lineaarsed- või rõngasmolekulid RNA-viirused: üksik- ja kaksikahelalised, mõlemad võivad koosneda ühest või mitmest RNA molekulist On veel üks selts, millel on pöördtranskriptsiooni ensüüm(DNA süntees RNAlt). Pöördtranskriptaas on viiruse toodetav ensüüm, mis võimaldab viirusel rakke nakatada ja end paljundada. Pärilik informatsioon on viiruseosakestel RNA kujul, kuid rakus paljunevad DNA vahevormi kaudu. Nt. retroviirused, sh. inimese immuunpuudulikkuse viirused. Erinevad kujud · faag (päis(kapsiid),kaelus,saband,alusplaat koos 6 kinnitusniidiga) · silindrikujuline · ikosaeedriline
ligaasi abil. Meie ja teiste loomade, seente ja taimede geenis on intronid( nukleotiidsed järjestused mis ei määravalgu ehitust) ja eksonid. (sisaldavad aminohapete järjekorra informatsiooni) · pärast transkriptsiooni lõigatakse intronid välja ja ainult kokkuliidetud eksonid moodustavad mRNA, mille alusel sünteesitakse valk. · Kui me tahame bakterisse geeni viia, siis peame selle mRNA alusel tegema DNA. - õnneks o avastatud pöördtranskriptaas (revertaas) , mis selle töö ära teeb · nüüd teeb bakter sama valku mis see geen inimese rakuski teeb · DNA-lt toodeti RNA-d, RNA-st lõigati välja intronid. Organisme kelle genotüüpi on muudetud nim. GMO-ks( geneetiliselt muundatud organism) GMO-sid on 2. tüüpi 1. organismid kellesse on viidud võõra liigi geene transgeensed org. 2. Organismid kelle geen on rikutud nii ,et ta ei avaldu ja muutus pärandub edasi- nokautorganism kuidas saab geene kohalt viia?
integreeruda selle genoomi. Selliseid DNA-konstruakte nim. geenivektoriteks. Rakendusbioloogilises suunas hakati otsima võimalusi kasutada transgeenseid baktereid meditsiiniliselt oluliste inimese valkude tootmiseks. Raskusi valmistas asjaolu, et eukarüootse organismi geene ei suuda bakterid algsel kujul transleerida geenistruktuuri erinevuse tõttu- geenides on mittekodeerivad lõigud, mida bakterid ei ''oska'' välja lõigata. Siin tuleb appi ensüüm pöördtranskriptaas. Inimese rakkudest eraldatakse huvipakkuva geeni mRNA ja pöördtranskribeeritakse selle järgi vastav komplementaarne DNA. See ühendatakse plasmiidiga ning saadud geenivektor lülitub bakteriraku koosseisu. Sel viisil loodud transgeenne bakter toodab peale enda valkude ka soovitavat inimesevalku. Esimene inimese valku sünteesiv balteritüvi saadi 1978.a. Selleks valguks oli hormoon insuliin, mille USA Toidu-ja Raviamet lubas ravimina kasutusele võtta 1982.a. Varsti pärast seda, 1980
taarsuse tõttu võimalik mugavalt liita. Erinevate DNA-de liitmisel saame rekombinantse DNA. Miks bakterirakus ei hakka inimese geen kohe tööle? Meie ja teiste loomade, seente ja taimede geenis on intronid ja eksonid. Pärast transkriptsiooni lõigatakse intronid välja ja ainult kokkuliidetud eksonid moodustavad mRNA , mille alusel sünteesitakse valk. Kui tahame bakterisse geeni viia, siis peame selle mRNA alusel tegema DNA - õnneks on avastatud pöördtranskriptaas, mis selle töö ära teeb. Nüüd teeb bakter sama valku, mis see geen inimese rakuski teeb. Rakendusbioloogia kasutusalad: Pesuvahendites Ensüümid saadakse bakteritest ja seentest. Intelligentsed pesupulbrid lagundavad lipiide, valke, polüsahhariide jne. Tööstuses Bioplast laguneb looduses kiiremini. Biogaas prügimägede lagundamine bakterite abil Bakterid lagundavad prügimäed alkoholiks. B
46. Geneetiliselt muundatud organism (GMO) tavakeeles populaarne väljend transgeense ehk siirdgeense organismi tähistamiseks. 47. Genoomipank (geenipank, ,,DNA-raamatukogu") bakterikloonides säilitatav inimese genoomi DNA-fragmentide kogum; kasutatakse kindlate fragmentide (geenide) paljundamiseks, uurimiseks ja siirdamismaterjali saamiseks. 48. Ligaas ensüüm, mid ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad. 49. Pöördtranskriptaas (revertaas) RNAst sõltuv DNA polümeraas; ensüüm, mis sünteesib üheahelalise RNA järgi kaheahelalise DNA-koopia. On omane retroviirustele. 50. Rekombinantne DNA DNA molekul, mis koosneb tehnogeneetiliste meetoditega ühendatud eri liikidelt pärit geenidest ning muudest järjestuslõikudest. 51. Restriktaas (restriktsiooniensüüm) bakteritel esinev endonukleaaside hulka kuuluv
vahendavad transposoonide transponeerimist)? Transposoonide tüübid: Lühikesed vahelelükitud tuuma elemendid (SINE) SINE klassifitseeritakse kolme perekonda: A. Alu B. MIR C. MIR3 On olemas 3 liiki transposoone: 1. Ainult DNA kujul esinevad transposoonid, mis toodavad ise endale ensüümi TRANSPOSAAS. Sisenevad retsipient DNAsse lõika ja kleebi põhimõttel. 2. Retroviirusesarnased retrotransposoonid ensüümideks on pöördtranskriptaas ja integraas. Levivivad vahendaja RNA kaudu rakkude jagunemisel. 3. Mitteretroviiruselised retrotransposoonid pöördtranskriptaas ja endonukleaas Levivad vahendaja RNA kaudu. Sarnanevad retroviirustele, kuid neil puudub valguline kate. * Mis on transposoom (ingl. k. transposome)? mingid DNA järjestused, mis hakkavad transpositsioneeruma, nende otstes on lühikesed inverteeritavad kordusjärjestused. Transposaasid tekivad rõnga ehk loopi
Nii saab iga valgu translatsiooni toimumist organismis uurida. Miks bakterirakus ei hakka inimese geen kohe tööle? Meie ja teiste loomade, seente ja taimede geenis on intronid ja eksonid. Pärast transkriptsiooni lõigatakse intronid välja ja ainult kokkuliidetud eksonid moodustavad mRNA , mille alusel sünteesitakse valk. Kui tahame bakterisse geeni viia, siis peame selle mRNA alusel tegema DNA õnneks on avastatud pöördtranskriptaas, mis selle töö ära teeb. Nüüd teeb bakter sama valku, mis see geen inimese rakuski teeb. Bakterid toodavad inimese valke alates 1978.a. Esimene oli insuliin. Inimese kasvuhormoon Erütropoietiin aneemia raviks Interferoon, mis reguleerib immuunsüsteemi Vere hüübimisfaktorid Difteeria ja teetanuse vaktsiin Pärmseened teevad Bhepatiidi vaktsiini Putukarakud toodavad papilloomi vaktsiini Transgeensed loomad
ka GFP-valk on valmis. Nii saab iga valgu translatsiooni toimumist organismis uurida. Miks bakterirakus ei hakka inimese geen kohe tööle? Meie ja teiste loomade, seente ja taimede geenis on intronid ja eksonid. Pärast transkriptsiooni lõigatakse intronid välja ja ainult kokkuliidetud eksonid moodustavad mRNA , mille alusel sünteesitakse valk. Kui tahame bakterisse geeni viia, siis peame selle mRNA alusel tegema DNA - õnneks on avastatud pöördtranskriptaas, mis selle töö ära teeb. Nüüd teeb bakter sama valku, mis see geen inimese rakuski teeb. Bakterid toodavad inimese valke alates 1978.a. Esimene oli insuliin. Inimese kasvuhormoon Erütropoietiin aneemia raviks Interferoon, mis reguleerib immuunsüsteemi Vere hüübimisfaktorid Difteeria ja teetanuse vaktsiin Pärmseened teevad Bhepatiidi vaktsiini Putukarakud toodavad papilloomi vaktsiini Transgeensed loomad Esimene transgeenne hiir saadi 1981.a. roti
teise liigi genoomipanku bakterites ja pärmseentes kloonitud DNA- fragmentide kujul. Rakendusbioloogilises suunas hakati otsima võimalusi kasutada transgeenseid bakterieid meditsiiniliselt oluliste inimese valkude tootmiseks. Raskusi valmistas asjaolu, et eukarüootse organismi geene ei suuda bakterid algsel kujul transleerida geenstruktuuri erinevuse tõttu- geenised on mittekodeerivad lõigud (intronid), mida bakterid ei ,,oska" välja lõigata. Siin tuleb appi ensüüm pöördtranskriptaas. Inimese rakkudest eemaldatakse huvipakkuva geeni mRNA (millest intronid on juba kõrvaldatud) ja pöördtranskribeeritakse selle järgi vastav komplementaarne DNA. See ühendatakse plasmiidiga ning saadud geenivektor lülitub bakteriraku koosseisu (peamiseks kasutatavaks bakteriks on inimsese soolekepike). Sel viisil loodud transgeenne bakter toodab peale enda valkude ka soovitavat inimesevalku. 2.2.2 Transgeensed loomad 1980
ja V osalevad pmslt vigade parandamisel. Replikatsioon bakterites: helikaasid keerutavad biheeliksi lahti; lahtikeerdumist kompenseerivad topoisomeraas; DNA polümeraas III kasutab RNA-praimereid; DNA primaas sünteesib oligonukleotiidsed RNA-praimerid. DNA polümeraas I lõikab praimerid välja. DNA ligaas täidab lüngad Okazaki fragmentide vahel. Replikatsiooni erinevused eukarüootides: eukarüootidel on mitu replikatsiooni saiti e replikaatorit. 3. Pöördtranskriptaas e RNA-juhitav DNA polümeraas retroviirustes, mis sünteesib RNA ahelale temaga komplementaarse DNA (cDNA) ahela. Pöördtranskriptaas on väga vigade aldis ensüüm, mille tõttu on viiruse genoom pidevas muutumises. Praimeriks on üks tRNA molekul, mille viirus haarab peremeesrakust. 4. DNA rekombinatsioon geneetilise info ümbergrupeerumine DNA molekuli piires või kahe DNA molekuli vahel. Homoloogiline
transkriptsioon kiiremad, kiire paljunemine, iga mutatsioon satub kohe loodusliku valiku alla, kuna on haploidne kromosoomistik, on RNA, geenide rekombinatsioon paraseksuaalne, puudub tuum. 3. Mis on intronid ja eksonid ja kus neid esineb? Mittekodeerivad ja kodeerivad geeniosad. Esineb geenides. 4. Kui palju on looduslikke aminohappeid? 22, kuid 20 on universaalsed. 5. Mis on mutageenid? Mutageenideks nimetatakse mutatsioone põhjustavaid füüsilisi ning keemilisi mõjureid.1:18. 6. Mis on pöördtranskriptaas ja mida see teeb? 1:19. Pöördtranskriptaas on ensüüm, mille abil sünteesitakse RNA matriitsahelalt komplementaarne DNA (cDNA) ahel. 7. Mis on cDNA ja kuidas seda toodetakse? 1:20-21. cDNA on komplimentaarne DNA ahel ning kasutatakse pöördtranskriptaasi mRNA maatritsilt komplementaarse cDNA sünteesimiseks. 8. Mis on sünteetilised nukleiinhapped? 1:22-29. Aminohappeid, mis on sünteesitud arvuti poolt kontrollitava robotiga. Saab kasutada kindlalt valku tootva geeni sünteesimisel
See on viidud hiire rakkudesse ning nüüd on võimalik jälgida kasvaja arengut, siirdeid jne. Miks bakterirakus ei hakka inimese geen kohe tööle? Meie ja teiste loomade, seente ja taimede geenis on intronid ja eksonid. Pärast transkriptsiooni lõigatakse intronid välja ja ainult kokkuliidetud eksonid moodustavad mRNA , mille alusel sünteesitakse valk. Kui tahame bakterisse geeni viia, siis peame selle mRNA alusel tegema DNA - õnneks on avastatud pöördtranskriptaas, mis selle töö ära teeb. Nüüd teeb bakter sama valku, mis see geen inimese rakuski teeb. RNA trans- kript http://faculty.ircc.edu/faculty/tfischer/images/introns-exons.jpg Bakterid toodavad inimese valke alates 1978.aastast Esimene oli insuliin. Inimese kasvuhormoon Erütropoietiin aneemia raviks Interferoon, mis reguleerib immuunsüsteemi Vere hüübimisfaktorid Difteeria ja teetanuse vaktsiin Pärmseened teevad B-hepatiidi vaktsiini
a) Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) b) DNA kloonimist plasmiidi ja paliundamist bakterite abil c) DNA keemiline süntees d) Western blot 20. Milline järgnevatest ensüümidest hoiab ära restriktaasiga avatud vektorplasmiidi retsirkulatsiooni kloonimise käigus: a) Veise soole fosfataas (calf intestine phosphatase-CIP) b) T4 DNA ligaas c) DNA polümeraas I Klenowi fragment d) Taq DNA polümeraas e) AMV pöördtranskriptaas Kontrolltöö 2. 1. Milliseid eelteadmisi on vaja meid huvitava ensüümi omaduste muutmiseks ratsionaalse (re)disani meetodil? a) Ensüümi aktiivtsentri ja toimemehhanismi tundmine b) Selektsioonisüsteemi olemasolu mutantide valikuks c) Võimalus rekombineerida erinevatest homoloogsetest organismidest pärit ensuume d) Valgu 3D struktuuri tundmine 2. Mingi valgu tootmiseks transgeense organismi abil on otstarbekas sisestada meid huvitav transgeen:
Takistavad erinevate DNA molekulide otste kleepumist ning võimaldavad lineaarsete DNA molekulide otste replitseerumist, ilma et DNA molekulid kaotaksid replikatsiooni käigus otstest geneetilist materjali. 48. Nukleiinhapete sünteesi suund ja nukleiinhapete sünteesi läbiviivad ensüümid. Suunalt 5’ otsast 3’ suunas. Ensüümid: DNA polümeraas, RNA polümeraas ja revertraas e. pöördtranskriptaas. 49. DNA replikatsiooni kolm mudelit – konservatiivne, dispersiivne ja semikonservatiivne. Milline neist mudelitest leidis eksperimentaalselt kinnitust? Konservatiivne: moodustunud kahest DNA-st üks kannab vanu ahelaid ja teine uusi ahelaid. Semikonservatiivne: moodustunud kahes DNA-s üks ahel on uus ja teine vana (leidis ka hiljem kinnitust, et see on õige). Dispersiivne: Mõlema DNA tütarahelad koosnevad uutest ja vanadest DNA segmentidest. 50
NUKLEIINHAPPED Nukleiinhapped - kõrgmolekulaarsed biopolümeerid, mis koosnevad nukleotiididest.(primaarne struktuur.) Nukleiinhape = polünukleotiid. DNA desoksüribonukleiinhape. RNA ribonukleiinhape. Lämmastikalused- Aromaatsed tsüklilised ühendid, mis lisaks süsinikule sisaldavad ka lämmastiku aatomied, (N- alused) tuleneb keemilistest omadustest. NUKELIINHAPETE STRUKTUUR: Primaarne:Lämmastikaluste järjestus polünukleotiidahelas. Sekundaarne Polünukleotiidahel ruumiline struktuur DNA: *Lineaarne kaksikspiraalne (biheeliks). *Tsükliline kaksikspiraalne (tsirkulaarne biheeliks). *Üheahelaline RNA: *Vabakujuline ahel, *osaliselt (iseenda ümber) spiraliseerunud ahel, *Spetsiifilise kujuga ahel Tertsiaaerne Polünukleotiidahela "pakend" rakus või rakutuumas: *Superspiraliseerunud, *Kokkukägardunud, *Spetsiifilise vormiga. LINEAARSE DNA TERTSIAARNE STRUKTUR: Kromatiini (DNA + valgud) kokkupakkimise tulemusena formeeruvad kromosoomid. DNA ...
eksonukleaasne saamiseks. peamiselt peamiselt PCR- aktiivsus 5' 3' sekveneerimisel. 3' reaktsioonides. 3' eksonukleaasne 5' eksonukleaasne 5' eksonukleaasne aktiivsus puudub. aktiivsus aktiivsus puudub. 4. Kirjelda järgnevate ensüümide funktsiooni: Pöördtranskriptaas:sünteesib DNA kasutades RNA ahelat Terminaalne deoksünukleotiid transferaas (TDT): Katalüüsib pöördumatu dNTP lisamine DNA 3' otsa hüdroksüül-rühma peale. Kasutatakse radioaktiivseks märgistamiseks, kloonimisel (RACE tehnika), et lisada homopolümeersed osad DNA molekuli 3' otsale kloonimiseks. Alkaalne fosfataas ,,BAP": bakteriaalne alkaalne fosfataas, mis eemaldab 3´ ja 5´ fosfaatrühmad DNAst ja RNAst
T4 ja lambda faag; ssDNA genoomiga on bakteriofaag M13. Reoviiruste (põhjustavad hingamisteede haigusi) genoomiks on dsRNA. ssRNA genoomiga viiruste näiteks võib tuua retroviirused, näit. HTLV, mis põhjustab leukoosi ja HIV, mis põhjustab AIDS-i. Retroviiruste genoomiks on ssRNA molekul. Pärast raku nakatamist retroviirusega sünteesitakse rakus viiruse RNA-le komplementaarse dsDNA. DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse poolt kodeeritud ja on valmiskujul olemas juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil. Integreerunud DNA võib genoomis püsida pikka aega latentsena, proviirusena. Viiruse genoomi paljundamisel muutub ta transkriptsiooniliselt aktiivseks. Viiruse valkude sünteesiks avalduvad viiruse-spetsiifilised geenid. Samuti toimub viiruse genoomi (RNA) amplifikatsioon.
Villu Bioloogia proovieksam 3.12.08 MOLEKULAARGENEETIKA Replikatsioon on matriitssüsteem, mille tulemusena saadakse ühest DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjsestusega DNA molekuli. Transkriptsioon on matriitssüsteem, mille käigus saadakse DNA molekuli ühe ahela nukleotiidse järjestusega komplementaarne RNA molekul. Transkriprsioonil saadakse nii rRNA, tRNA kui ka mRNA molekule. RNA süntees on universaalne protsess, kuna see toimub nii eel- kui ka päristuumsetes organismides. Translatsioon on mRNA-s nukleotiidide järjestusena salvestatud inforamtsiooni ülekanne aminohapete järjestuseks sünteesitava valgu molekulis. Toimub ribosoosmides. Promootoriks nimetatakse DNA järjestust, millega ensüüm peab sünteesi alustamiseks ühinema. Terminaatoriks nimetatakse RNA sünteesi lõpuosa, seal jõuab DNA nukleotiidse järjestuseni. ...
BIOKEEMIA KONSPEKT I ATP (adenosiintrifosfaat) ja NADPH (taandatud nikotiinmiidadeniindinukleotiid- fosfaat) on energiarikkad e. makroergilised ühendid. Makroergiliste molekulide reageerimisel teiste biomolekulidega vabaneb energia, mille arvelt toimuvad mitmed energeetiliselt ebasoodsad protsessid (biosüntees, liikumine, osmoos). MOLEKULAARNE HIERARHIA: Anorgaanilised eellased CO2, H2O, NH3, N2. Metaboliidid püruvaat,tsitraat, suktsinaat Monomeersed ehituskivid aminohapped, nukleotiidid, monosahhariidid, rasvhapped, glütserool Makromolekulid valgud, nukleiinhapped, polüsahhariidid, lipiidid. Supramolekulaarsed kompleksid ribosoomid, tsütoskelett Organellid tuum, mitokondrid, kloroplastid. ELUSLOODUSE HIERARHIA: Molekul väikseim iseseisev osake Makromolekul kovalentsete sidemete abil lihtsatest molekulidest konstrueeritud biomolekul. Organell re...
36. Millisesse kahte rühma liigitatakse mobiilsed DNA elemendid ja kuidas võib nende kahe rühma liikumise mehhanismi põhimõtteliselt ja väga lühidalt kirjeldada? Transposonid ja retrotransposonid. Transposonid on ''hüppavad'' DNA elemendid, liiguvad cut-paste meetodil genoomis ühest kohast teise, enamasti ühe kromosoomi piiris. Retrotransposonid liiguvad aga copy-paste meetodil, geen jääb vanasse kohta alles. DNAlt sünteesitakse mRNA, sellelt omakorda pöördtranskriptaas, RNA+pöördtranskriptaas otsivad DNAs uue koha, RNA pöörtranskripteerib end tagasi DNAks ja integraasi toimel liigub uude kohta. 37. Kust tuleneb retrotransposoni ,,retro" nimetus? Retrotransposonide liikumismehhanism sarnaneb retroviiruste omadega. 38. Millised ensüümid vahendavad transposonide (1) ja retrotransposonide (2) transponeerumist? Kui suure protsendi inimese genoomist moodustavad transponeeruvad elemendid?
aastal avastati, et geen kodeerib valku 1944. aastal tõestas O. Avery, et pärilikkust kandev materjal on desoksüribonukleiinhape. 1953. aastal kirjeldasid J. D. Watson ja F. H. C. Crick DNA kaksikheeliksi struktuuri. 1961. aastal avastati, et geneetiline kood on kirjutatud kolmest nukleotiidist koosnevate triplettidena 1961. aastal avastati mRNA ning F. Jacob ning J. Monod avaldasid geeni regulatsiooni operonimudeli 1970. aastal avastasid H. Temin ja D. Baltimore retroviirustest ensüümi pöördtranskriptaas, mille abil toimub DNA süntees RNA-lt. 1977. aastal töötati välja meetodid, millega oli võimalik DNA-d suurtes hulkades lugeda. PÄRANDUMISE ALUSED DNA (desoksüribonukleiinhape) Ehitus. DNA on madalmolekulaarne aine, mis koosneb viiesüsinikulisest suhkrust desoksüriboos, fosfaatrühmast ja lämmastikalusest. Fosfaatgrupp ja lämmastikgrupp moodustavad lämmastikaluse.
genoomi DNA-sse ning võib sel viisil integreeruda peremeesraku genoomi. Retseptorvalk - rakumembraani koostises esinev valgu molekul, mis edastab väliskeskkonna infot raku sisemusse. Retsessiivne alleel - alleel, mille poolt määratud tunnus avaldub üksnes vastava alleeli homosügootses olekus. Retsessiivne tunnus - fenotüübiline tunnus, mis avaldub üksnes vastava alleeli homosügootses olekus. Revertaas - vt. pöördtranskriptaas. Ribonukleiinhape (RNA) - biopolümeer, mille monomeerideks on ribonukleotiidid. Eristatakse mRNA, tRNA ja rRNA molekule. Ribonukleotiid - RNA monomeer, mis on moodustunud lämmastikaluse, riboosi ja fosfaatrühma liitumisel. Riboos - peamiselt RNA koostises esinev viiesüsinikuline monosahhariid. Ribosoom - nii eel- kui ka päristuumse raku tsütoplasmas esinev organell, mis koosneb rRNA ja valgu molekulidest. Ribosoomides toimub valgu süntees.
raku jagunemisel plasmiidi ei paljundata. Väga paljude eukarüüotsete geenide puhul, pärast seda, kui selle geeni pealt on valmis sünteesitud RNA, siis RNA ei ole mitte koheselt ,,küps", et teda oleks võimalik koheselt ribosoomides transleerida. Enne seda tuleb RNA'st mingisugused jupid, lõigud välja lõigata (splaising?). Sellisel juhul muutub DNA kloonimine sisuliselt võimatuks, sest bakterites sellist väljalõikamise mehhanismi ei ole. Mida teha? Retroviirused sünteesivad ensüümi pöördtranskriptaas kasutab matriitsina RNA'd ja sünteesib sellele vastava DNA koopia. Seda retroviiruste ensüümi saab ära kasutada. Kui tahame kloonida rekombinantse valgu tootmiseks bakteris mingit sellist eukarüootset geeni, mida tavapäraselt splice'takse, siis ei alusta kloonimist sellest, et isoleerime geeni ja integreerime geeni mingisse plasmiidi vaid alustame sellest, et puhastame rakkudest vastava geeni pealt sünteesitud ja juba ära splicetud mRNA. Nüüd
Kordamisküsimused Geenitehnoloogia I arvestuseks 2017 1. Millised molekulid on polümeerid? Polümeerid on ained, mille molekulid koosnevad kovalentsete sidemetega seotud monomeeridest (nukleotiididest). Nt nukleiinhapped. 2. Nukleotiidide lühiiseloomustus. Nukleotiidid on orgaanilised molekulid, mis moodustavad suuri bioploümeere nukleiinhappeid (DNA, RNA). Nukleotiidid koosnevad lämmastikalusest(adeniin, tümidiin, duaniin, tsütosiin; AT GC), suhkrust(pentoos, riboos, desoksüriboos) ja fosfaatrühmast. 3. Nukleiinhapete lühiiseloomustus. Nukleiinhapped on biopolümeerid, mille monomeerideks on nukleotiidid. Nukleiinhape moodustub korduvatest nukleotiididest. On kahte liiki nukleiinhappeid: 1)DNA-desoksüribonukleiinhape 2)RNA-ribonukleiinhape 4. Mida tähendab komplementaarsusprintsiip, mida DNA ahelate antiparalleelsus? Komplementaarsusprintsiip- Kaksikahelaliste nukleiinhapete ehitusprintsiip. Selle kohaselt põhineb kindlate läm...
Genoomi rakus mitu koopiat, kiire DNA reparatsioon DNA pakitud "toroidselt" abistab oluliselt DNA reparatsiooni 22. Isotermaalne DNA amplifikatsioon Nukleiinhappe paljundamine ühel temperatuuril (erinevalt PCR tsüklilisest temperatuuri muutustest) TMA(transcription mediated aplification) ehk transkriptsioon vahendatud amplifikatsioon on süsteem, mis kasutab kahte erinevat ensüümi. Esimene ensüüm on pöördtranskriptaas, mis teeb teeb 2-ahelalise DNA koopia RNA või DNA matriitsist. Teine ensüüm RNA polümeraas, sünteesib tuhandeid koopiaid komplementaarsest RNA järjestusest (RNA amplikon), kasutades 2-ahelalist DNA-d matriitsina Iga RNA amplikon on uueks märklauaks pöördtranskriptaasile, mistõttu protsess automaatselt kordub uuesti, mille tulemusena algne järjestus amplifitseerub eksponentsiaalselt.
DNA järjestusse; kindlate DNA homoloogsete piirkondade olemasolu pole vajalik. 32. Transposoonide põhiklassid, nende kirjeldus/erinevus (sh millised ensüümid vahendavad transposoonide transponeerimist)? 1) Ainult DNA kujul esinevad transposoonid – toodavad ise endale ensüümi transposaas. Sisenevad retsipient-DNAsse lõika ja kleebi põhimõttel. (NT antobiootikumide resistentsus) 2) Retroviiruse sarnased retrotransporsoonid – ensüümideks on pöördtranskriptaas ja integraas. Levivad vahendaja RNA kaudu rakkude jagunemisel. Retrotransposooni mitte ei sisestata lõiguna sihtmärk DNA-sse, vaid sünteesitakse pöörd-transkriptaasi abil uus DNA lõik, mis on seotud sihtmärk DNA- ga ja läheb selle koostisse 3) Mitteretroviiruselised retrotransposoonid – pöördtranskriptaas ja endonukleaas – levivad vahendaja RNA kaudu. Sarnanevad retroviirustele, kuid neil puudub valguline kate 33
GENEETIKA I KORDAMISKÜSIMUSED EKSAMIKS 1. Kaasaegse geneetika rakendusalad meditsiinis ja kohtumeditsiinis. MEDITSIIN Geneetilised uuringud on alati olnud suures ulatuses seotud meditsiiniga ja nende eesmärgiks on olnud meditsiiniprobleemide lahendamine. Need uuringud on võimaldanud leida viise võitluses nakkushaigustega ning kindlaks teha geene, mis on otsustavad pärilike haiguste tekkel. Geneetikute töö tulemuseks on ka efektiivselt töötavad vaktsiinid. 1. Molekulaarne diagnostika ehk teha kindlaks geenid, mis on otsustavad pärilike haiguste tekkel. Molekulaarsete diagnostikameetoditega on võimalik tuvastada haigusi põhjustavaid mutantseid geene. See aitab leida optimaalseid ravivõimalusi. Nt alpaktonuuria on perekonniti päranduv, lisaks huntingtoni tõbi, tsüstiline fibroos. 2. Geeniteraapia rakendamine. Geeni defekt kompenseeritakse uue, funktsionaalse geeni rakku viimisega. Nt immuunpuudulikkuse ja tsüstilise fibroosi korral. Terve...
· retrotransposoonid. Liiguvad genoomis copy-paste viisil, kuid erinevalt transposoonidest koopia ei tehta mitte DNA-lt vaid RNA-lt. Retrotransposoonide transpositsioon on RNA-st vahendatud.Viiruslikud retrotransposoonid on sarnased vähkitekitavate RNA viiruste, retroviiruste, struktuuriga. Sisaldavad pöördtranskriptaasi geeni. Retrotransposoonide paljunemisel DNA piirkonnal sünteesitakse mRNA, sellel tekib translatsiooni protsessis pöördtranskriptaas. Pöördtranskriptaasi toimel sünteesitakse cDNA, mis lülitub integraasi toimel uude genoomi kohta ja vanasse kohta jääb geen samuti alles. Seega retrotransposoonid sisaldavad lisaks pöördtranskriptaasile ka integraasi (sama funktsioon mis transposaasil transposonides) ja Gag valgu geeni (viirustes osaleb viirusosakese struktuuri moodustamises), mis on mõlemalt poolt piiratud terminaalsete kordustega. Terminaalsetes kordustes esinevad lühikesed osad (5-10 bp),
III Kontrolltööks kordamine Loeng 11 Viiruse ehitus Viirused koosneb nukleiinhappest (RNA, DNA), mis on ümbritsetud valgukesta e kapsiidiga. Nukleiinhape koos kapsiidiga on nukleokapsiid. Mõnel viirusel on replikatsioonis peremeesrakus vajalikud ensüümid, mõned viirused on ümbritsetud lipiidmembraaniga, mis sisaldab valke ja süsivesikuid. Viiruse elutsükkel Herpes simplex, DNA viirus: Virioon adsorbeerub rakuseinale ja siseneb rakku. Viirusel on kahte tüüpi geene, varajased neist vastutavad viiruse DNA/RNA sünteesi eest ning hilised kapsiidi proteiinide sünteesi ja pakkimise eest. Seejrel ühineb viiruse nukleiinhape kapsiidiga, moodustades nukleokapsiidi. See pakitake raku plasmamembraani ja virioon väljub rakust. DNA viirusevastased ravimid Sihtmärkvalgud: peavad olema viiruse elutsüklis tähtsad (infektsiooni pärssiine), erinema inimese valkudest (kõrvaltoimetevaba), sarnased erinevatel viirustel (universaa...
48. Nukleiinhapete sünteesi suund ja nukleiinhapete sünteesi läbiviivad ensüümid. Sünteesitakse 5'otsast 3' otsa suunas. DNA polümeraas DNA ahelale komplementaarse ahela, vajab sünteesil praimerit, milleks on lühike DNA või RNA ahel, mis on paardunud matriitsahelaga. RNA polümeraas sünteesib DNA ahelale komplementaarse RNA ahela, transkriptsiooni initsiatsiooniks seondub RNA polümeraas spetsiifiliselt promootorjärjestusega. Pöördtranskriptaas ehk revertaas sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA ahela. 49. DNA replikatsiooni kolm mudelit konservatiivne, dispersiivne ja semikonservatiivne. Milline neist mudelitest leidis eksperimentaalselt kinnitust? Konservatiivne algselt kaksikheeliksilt sünteesitakse uus, ühes DNA molekulis on koos vanad ja teises uued ahelad. Semikonservatiivne matriitsiks on mõlemad DNA ahelad; mõlemas DNA molekulis on üks uus ahel ja teine vana
Sünteesi läbi viivaid ensüüme on kolm: 1) DNA polümeraas. Sünteesiv DNA ahelale komplementaarse ahela. Sünteesiks on vja praimerit (= lühike DNA või RNA ahel, mis onmatriitsahelaga paardunud). 2) RNA polümeraas. Sünteesib DNA ahelale komplementaarse RNA ahela. Praimerit pole vaja. Transkriptsiooni initsiatsiooniks seondub RNA polümeraas spetsiifiliselt promootorjärjestusega. 3) Pöördtranskriptaas e revertaas. Sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA ahela. Sünteesiks vaja praimerit. 49. DNA replikatsiooni kolm mudelit konservatiivne, dispersiivne ja semikonservatiivne. Milline neist mudelitest leidis eksperimentaalselt kinnitust? Konservatiivne algselt kaksikheeliksilt sünteesitakse uus; ühes DNA molekulis on koos vanad ja teises uued ahelad. Semikonservatiivne matriitsiks on mlemad DNA ahelad; mõlemas DNA molekulis on üks ahel uus ja teine vana
Ensüümid: DNA polümeraas – sünteesib DNA ahela komplementaarse ahela; vajab sünteesil praimerit (lühike DNA v RNA ahel, mis on paardunud matriitsahelaga), RNA polümeraas – sünteesib DNA ahelale komplementaarse RNA ahela; transkriptsiooni initsiatsiooniks seondub RNA polümeraas spetsiifiliselt promootorjärjestusega ning seejärel katkevad promootorpiirkonnas DNA ahelate vahelised vesiniksidemed. Ei vaja initsiatsiooniks praimerit, pöördtranskriptaas ehk revertaas – sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA ahela; vajab sünteesil praimerit, nukleaasid – ensüümid, mis degradeerivad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid. 49. DNA replikatsiooni kolm mudelit – konservatiivne, dispersiivne ja semikonservatiivne. Milline neist mudelitest leidis eksperimentaalselt kinnitust? Konservatiivne – algselt kaksikheeliksilt sünteesitakse uus; ühes DNA molekulis on koos vanad ja teised uued ahelad
rohkem A-T paare. 36. Millisesse kahte rühma liigitatakse mobiilsed DNA elemendid ja kuidas võib nende kahe rühma liikumise mehhanismi põhimõtteliselt ja väga lühidalt kirjeldada? Transposonid ja retrotransposonid. Transposonid on ''hüppavad'' DNA elemendid, liiguvad cut-paste meetodil genoomis ühest kohast teise, enamasti ühe kromosoomi piiris. Retrotransposonid liiguvad aga copy-paste meetodil, geen jääb vanasse kohta alles. DNAlt sünteesitakse mRNA, sellelt omakorda pöördtranskriptaas, RNA+pöördtranskriptaas otsivad DNAs uue koha, RNA pöörtranskripteerib end tagasi DNAks ja integraasi toimel liigub uude kohta. 37. Kust tuleneb retrotransposoni ,,retro" nimetus? Retrotransposonide liikumismehhanism sarnaneb retroviiruste omadega. 38. Millised ensüümid vahendavad transposonide (1) ja retrotransposonide (2) transponeerumist? Kui suure protsendi inimese genoomist moodustavad transponeeruvad elemendid?
· Ensüümid, mis viivad läbi nukleiinhapete sünteesi: DNA polümeraas sünteesib ühele DNA ahelale komplementaarse DNA ahela; vajab praimerit, mis on paardunud matriitsahelaga (praimer lühike oligonukleotiid DNA või RNA ahel) RNA polümeraas sünteesib DNA ahelale komplementaarse RNA; seondub spets. promootorjärjestusega ; praimerit pole vaja Pöördtranskriptaas ehk revertaas sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA; vajab sünteesil praimerit · Muud ensüümid: DNA helikaas katalüüsib DNA ahelate üksteisest eraldumist Nukleaasid degradeerivad nukleiinhappeid, lõhkudes fosfodiestersidemeid Eksonukleaasid lagundavad nukleiinhappeid kas 5' või 3' otsast Endonukleaasid lõhuvad fosfodiestersidemeid ahelasiseselt
käigus otstest geneetilist materjali. 48. Nukleiinhapete sünteesi suund ja nukleiinhapete sünteesi läbiviivad ensüümid. Nukleiinhappe ahel kasvab 5'->3' suunas. Nukleiinhapete sünteesi läbiviivad polümeraasid: 1) DNA polümeraas ensüüm, mis sünteesib DNA ahelale komplementaarse DNA ahela. Toimub replikatsioon. Vajab praimerit. 2) RNA polümeraas ensüüm, mis sünteesib DNA ahelale komplementaarse RNA ahela. Toimub transkriptsioon. Ei vaja praimerit. 3) Pöördtranskriptaas ehk revertaas - Sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA ahela. Vajab praimerit. 49. DNA replikatsiooni kolm mudelit konservatiivne, dispersiivne ja semikonservatiivne. Milline neist mudelitest leidis eksperimentaalselt kinnitust? Konservatiivne - algselt kaksikheeliksilt sünteesitakse uus kaksikheeliks. Tulemuseks on 2 DNA molekuli, millest ühes on koos vanad ahelad teises uued. Dispersiivne - mõlemad tütarahelad sisaldavad segu vanadest ja uuesti sünteesitud lõikudest.
H-ga ära ja sünteesitakse uuesti jne kuni saadakse detekteeritav kogus nukleiinhappe molekule. Tal on ka see omadus, et töötab DNA juuresolekul ei pea proovi ära puhastama, mis RNA puhul on väga keeruline. Kasutatakse ka ekspressiooniproduktide määramiseks. 3. Millised ensüümid on vajalikud TMA meetodil amplifitseerimiseks? TMA- transcription mediated amplification. RNA polümeraas ja pöördtranskriptaas 4. Milliste nakkushaiguste diagnoosimisel on nukleiinhappe amplifitseerimise meetodid asendamatud? Bakteriaalsete: kuna ribosoomide järjestused on erinevate bakterite liikide korral erinevad, saab rRNA järjestuse põhjal liike määrata. Kui mikrokannukeses olevas uuritavas proovis on RNA molekul olemas, siis ta spiraliseerub kaksikheeliksiks, mille tunnevad ära värvusreaktsiooni katalüüsivate ensüümidega märgistatud antikehad.
koopiat ja 10% genoomist Transposoonid LTR-dega (long terminal repeats), ca 8% genoomist DNA transposoonid, ca 3% inimese genoomist 89. Telomeraas. Ensüüm telomeraas tagab põhilise järjestuse TTAGGG (5' 3'), mis kordub sadu ja tuhandeid kordi, säilimist. On kompleks valgust ja RNAst. Lisab nukleotiide DNA replikatsioonil mahajääva (lagging) ahela 3' otsale, komplementaarselt telomeraasi RNA nukleotiidse koostisega. Telomeeri DNA sünteesil on seega matriitsiks RNA, seega telomeraas on pöördtranskriptaas. 90. DNA poolkonservatiivse replikatsiooni tõestamine. Tõestati Meselsoni ja Stahli poolt E.Coli rakus 1958.a. Kasutati nn ,,kergeid" ja ,,raskeid" ahelaid. Esimese pooldumise järel saadi hübriidne ahel, teise pooldumisega olid pooled ,,kerged" ja pooled ,,rasked", kolmandal pooldumisel olid aga 1/4 ,,hübriidsed" ja 3/4 ,,kerged". 91. Replikatsiooni alguspunkt ja replikatsioonisilm. DNA replikatsiooni initsiatsioon on limiteeritud spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide - ori regioonide
Kordamisküsimused MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA EKSAM 2011 KEEMILINE SIDE 1. Keemilise sideme tüübid (kovalentne, mitte-kovalentne vesinik-, ioon-, van der Waalsi ja hüdrofoobne side). Keemilise sideme omadused. Sideme energia, pikkus, küllastatavus, suund. 2. Miks vesi on hea lahusti (solvent)? Sest moodustuvad vesiniksidemed. 3. Termodünaamika II seadus. Isoleeritud süsteemis kulgevad kõik protsessid entroopia kasvu suunas. 4. Mis on kiraalsus ja kuidas seda kasutab loodus? Üks asümmeetriline aatom on kovalentselt seotud nelja erineva aatomi või rühmaga; enamik suhkruid on D isomeerid, aminohapped L isomeerid, ka ensüümid on kiraalsed. ravimitööstus? Sünteesitakse ravimühendte enantiomeere, mida ensüümid seoksid ning millel oleks vajalik toime. Tihti omab bioloogilist aktiivsust vaid üks isomeer ning ravimitööstuses kasutatakse seda bioloogiliselt aktiivsemate ainete saamiseks, looduses mitmekesisuse tõstmiseks....
Vanasse kohta jääb retrotransposoni koopia alles. Millised ensüümid vahendavad transposonide (1) ja retrotransposonide (2) transponeerumist? Kui suure protsendi inimese genoomist moodustavad transponeeruvad elemendid? - Transposoneid vahendavad : 1. Transposaas – valk, mis vahendab DNA lõikamist ja aitab sisendada uues kohas – vahendab transpositsiooni. - Retrotransposoneid vahendavad : 1. Pöördtranskriptaas – sünteesib mRNA-l oleva info põhjal uue lõigu DNA-d. 2. Integraas – selle toimel lülitub sünteesitud DNA lõik uude kohta. Inimese genoomist moodustavad transponeeruvad elemendid ~3%. Kuidas liigitatakse retrotransposone ning milline neist kahest alarühmast on praegugi inimpopulatsioonis aktiivne? Nimeta selle alarühma kolm enim kirjeldatud mobiilset elementi. - Retroviiruslikud - Mitte-retroviiruslikud
Vanasse kohta jääb retrotransposoni koopia alles. 38. Millised ensüümid vahendavad transposonide (1) ja retrotransposonide (2) transponeerumist? Kui suure protsendi inimese genoomist moodustavad transponeeruvad elemendid? - Transposoone vahendavad : 1. Transposaas valk, mis vahendab DNA lõikamist ja aitab sisendada uues kohas vahendab transpositsiooni. - Retrotransposoneid vahendavad : 1. Pöördtranskriptaas sünteesib mRNA-l oleva info põhjal uue lõigu DNA-d. 2. Integraas selle toimel lülitub sünteesitud DNA lõik uude kohta. Inimese genoomist moodustavad transponeeruvad elemendid ~3%. 39. Kuidas liigitatakse retrotransposone ning milline neist kahest alarühmast on praegugi inimpopulatsioonis aktiivne? Nimeta selle alarühma kolm enim kirjeldatud mobiilset elementi. - Retroviiruslikud - Mitte-retroviiruslikud
2-ahelalise DNA läbimõõt – 20 A kovalentne side – 1,5 A globulaarse valgu d – 50 A dsDNA (double stranded) d – 50 A ribosoomide, valgumolekulide d – 200-300 A DNA aluspaaride vahe – 3,4 A vesiniksideme pikkus – 3 A nukleosoom – 60x110x110 A bakteri ribosoom – 200x200x230 A tuumapoorid – 120x120x75 A bakteriaalne RNA polümeraas – 90x90x60 A Molekulaarbioloogia põhidogma DNA↔ RNA →valk DNA sünteesitakse nii DNA kui RNA alusel! RNA-sõltuv DNA polümeraas – pöördtranskriptaas – revertaas – katalüüsib DNA sünteesi RNA matriitsilt, leiti algselt retroviirustelt. Dogma evolutsiooniline aspekt: looduslik valik toimub organismide mitte geenide tasemel. Valik toimub geeniproduktide tasemel. Ühte „head“ geeni võib ümbritseda „halvad“ geenid ja teda ei valita. Mutatsioonid toimuvad juhuslikult. Epigeneetiline pärilikkus - on seotud genoomi ekspressiooni mustrite kordumisega uues põlvkonnas (DNA metüleerimine), ei ole seotud muutustega genoomis.
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
