Regulaarsete (korduvate) ja väärtustega sekundaarstruktuurid 2 olulist regulaarset sekundaarstruktuuri, kus vesiniksidemed peaahela elementide vahel stabiliseerivad molekuli on: 1. heeliks 2. struktuur heeliks: 1951 Paulig · Ainuke heeliks, mis vastab piiranguteta Ramachandrani kaardile ja millel on energeetiliselt kasulikud regulaarsed H sidemed · 3.6 aminohapet tiiru peale heeliksi tõus 1,5Å · Keskmine heeliski pikkus 12 aminohappe jääki, 18Å · Peptiidrühma karbonüül moodustab H sideme n+4 peptiirühma NH rühmaga, iga amiidi vesinik ja karbonüüli hapnik moodustavad sideme · Heeliksi sisemuses aatomid tihedalt pakitud · Mitu heeliksit võivad valgus omakorda kokku keerdunud olla heeliks on paremakäeline heeliks Regulaarsete (korduvate) ja väärtustega sekundaarstruktuurid II
ribosoomidesse 2. tRNA (toob aminohapped ribosoomis) 3. rRNA (kuulub osaliselt ribosoomide ehitusse ning on ehitusplatsiks proteiinide sünteesile ) Eripära DNA heeliksi geomeetriline RNA geomeetriline struktuur on struktuur on B-vorm. DNA-d A-vorm. RNA lõike on võib kahjustada happeline jätkuvalt tehtud, lõigatud ja keskkond, UV kiirgus või taaskasutatud. RNA on rohkem radioatsioon tõrjuvam UV kiirgustele
1. Kirjeldage peptiidsideme moodustumist. Kui saavad kokku 2 aminohapet, siis ühe aminohappe karboksüülrühma hüroksüülrühm (OH) reageerib teise aminohappe aminorühma vesinikuga (H) ja liituvad ja eraldub H2O. 2. Millise ruumilise vormi annab valgule sekundaar- ja tertsiaarstruktuur? Sekundaarstruktuur annab valgule heeliksi kuju ehk keerdunud ahel. Tertsiaarstruktuur annab gloobuli kuju ehk kerakujuline. 3. Mis koostisega on liitvalgud? Liitvalgud koosnevad valgust ja mingist muust orgaanilisest ainest (näiteks: valk koos nukleiinhappega moodustab nukleoproteiini, mis on kromosoomid; valgud koos lipiididega moodustavad lipoproteiine, mis on rakumembraanis; glükoproteiinis on oligosahhariididega seotud valgud) 4. Võrrelge omavahel denaturatsiooni ja renaturatsiooni.
Seega jääb DNA/RNA ,,ülemisse" otsa nukleotiid vaba 5' OH-rühmaga ja reaktsiooni saab nim 5'-3'suunaliseks. 15. Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? (sama küsimus ka RNA kohta). Nukleotiid=lämmastikalus + suhkur+ monofosfaat Nukleotiidijäägid on ühendatud fosfordiestersidemega. 16. Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? GC rikas, sest need annavad 3 vesiniksidet, AT vaid kaks. 17. Mitu aluspaari tuleb ühe B-DNA heeliksi pöörde kohta? 10 18. Ligikaudu mitut aluspaari sisaldab inimese genoom? Inimese genoom sisaldab ligikaudu 3x109 aluspaari, mis koosneb 23 kromosoomist. 19. Miks sisaldab enamikust organismidest eraldatud DNA ligikaudu võrdsel hulgal A ja T ning G ja C nukleotiide? DNA heeliks on stabiliseeritud vastasahelate lämmastikaluste vaheliste vesiniksidemete moodustumise kaudu. Sest A paardub alati T-ga ja G C-ga. Kaksikheeliksit moodustavad DNA ahelad on omavahel komplementaarsed
Aminohapped on omavahel ühendatud peptiidsidemega. Valgust koosnevad inimese juuksed, küüned jm. Valkude erinevad omadused tulenevad: · Aminohappejääkide järjestusest · Aminohapete hulgast Millised struktuurid on valgumolekulidel? Esimest järku struktuur peptiidsidemetega ühendatud aminohappejääkide ahel Teist järku struktuur keerdunud/kokkuvoltunud peptiidsidemetega ühendatud aminohappejääkide ahel (heeliks) Kolmandat järku struktuur heeliksi kokkukägardunud kerajas gloobul Neljandat järku struktuur 2 või enam polüpeptiidi. Denaturatsioon selle käigus (valkude mehaanilisel töötlemisel või kuumutamisel) kaotab valk oma kõrgemat järku struktuuri ja alles jääb madalama/lihtsama struktuuriga valk. Renaturatsioon denaturatsiooni pöördprotsess, kus valk püüab taastada oma kõrgemat järku struktuuri (kuumutamisel ei toimu) Proteiidid e liitvalgud
saama valmiskujul toiduga. Ülejäänud aminohapped (asendavad) suudab inimene sünteesima lämmastiku sisaldavatest ühenditest. Valgu molekuli omadused sõltuvad aminohappete järjekorrast ja hulgast.. Valgu molekuli esimest järku struktuur on pepsiidsidemetga ühendatud aminohappejääkide vahel. Selle keerdumisel heeliksiks või kokkuvoltumisel moodustub teist järku struktuur. Valgu kolmanda järgu struktuur kujuneb heeliksi kokkukägardamisel kerajaks gloobuliks. Neljandat järku struktuurist räägitakse valkude juures, mille koostises on kaks või enam polüpeptiidi. Valgu struktuuri võivad lagundada: temp. Happed, alused mehaaniline töötlemine kiiritus Valkude bioloogilsed funktsioonid: 1)ensümaatiline ensüüm-valguline katalüsatoor Kiirendavad ainevahetuslikke reaktsioone ja tagavad selle, et ei toimuks tormiliselt. Iga ensüüm katalüüsib igat reaktsiooni
Lk 38-Valgud 1. Kirjeldage peptiidsideme moodustumist. Kui saavad kokku 2 aminohapet, siis ühe aminohappe karboksüülrühma hüroksüülrühm (OH) reageerib teise aminohappe aminorühma vesinikuga (H) ja liituvad ja eraldub H2O. 2. Millise ruumilise vormi annab valgule sekundaar- ja tertsiaarstruktuur? Sekundaarstruktuur annab valgule heeliksi kuju ehk keerdunud ahel. Tertsiaarstruktuur annab gloobuli kuju ehk kerakujuline. 3. Mis koostisega on liitvalgud? Liitvalgud koosnevad valgust ja mingist muust orgaanilisest ainest (näiteks: valk koos nukleiinhappega moodustab nukleoproteiini, mis on kromosoomid; valgud koos lipiididega moodustavad lipoproteiine, mis on rakumembraanis; glükoproteiinis on oligosahhariididega seotud valgud) 4. Võrrelge omavahel denaturatsiooni ja renaturatsiooni.
VAJALIKUD SIIS, KUI NEID ON PIISAVALT; HALVAD SIIS, KUI NEID ON LIIGA PALJU. MILLEST KOOSNEVAD VALGUD? AMINOHAPETEST. MILLINE ON AMINOHAPETE EHITUS? ALUSELISTE OMADUSTEGA AMINORÜHM (-NH4) JA HAPPELISTE OMADUSTEGA KARBOKSÜÜLRÜHM (-COOH). MILLISED ON VALGU MOLEKULIDE STRUKTUURID? ESIMENE JÄRK (PEPTIIDSIDEMETEGA ÜHENDATUD AMINOHAPPEJÄÄKIDE AHEL); TEINE JÄRK (KEERDUMINE KRUVIKUJULISEKS HEELIKSIS VÕI KÕRVUTI ASETSEVATE AHELATE VOLTUMINE); KOLMAS JÄRK (HEELIKSI KOKKUKEERDUMINE KERAJAKS KUJUKS E. GLOOBULIKS); NELJAS JÄRK (KAHE VÕI ENAMA POLÜEPITIIDI ÜHINEMINE). TEIST JÄRKU HOIAVAD KOOS VESINIKSIDEMED. MILLISED ON VALKUDE ÜLESANDED? ENSÜMAATILINE FUNKTSIOON (INIMESE SÜLJES ESINEV AMÜLAAS ALUSTAB TOIDU LÕHUSTAMIST); EHITUSLIK FUNKTSIOON (KÜÜNED, JUUKSED); TRANSPORTFUNKTSIOON (HEMOGLOBIIN KANNAB HAPNIKKU KOPSUDEST KUDEDESSE); RETSEPTORFUNKTSIOON (VÄLISKESKKONNA INFO EDASTAMINE RAKU SISEMUSSE); REGULATOORNE
16.Polüsahariidid on kõrgmolekulaarsed orgaanilised ühendid mille ehituslikkeks lülideks on monosahariidid(alates 4 monosahariidist)nt:tärklis,tselluloos,kitiin 17.Mis halba teeb kolesterool-kolesterool ladestub veresoonte seintele ja põhjustab veresoonte lupjumist ja võib põhjustada ka kõrgvererõhu tõbe 18.Valgu molekuli 1 järku truktuur see on aminohapete järiestus valgu molekulis 19.Valgu molekul 2 järku struktuur- tekib polüpeptiidi keerdumisel on heeliksi kujuline või voltunud 20.Valgu molekuli 3 järku struktuur on gloobuli kujuline või fibirjaalne ehk niitjas 21.Valgu molekul 4 järku struktuur- tekib valgu adrekaat 22.Valkude denaturatsioon see on valgu struktuuri lõhkumine 23.Valkude renaturatsioon-denaturatsiooni pöörprotsessi nim renaturatsiooniks 24.Valkude funktsioonid ehk valkude ül 25.Valkude ensümaatiline struktuur-ensüümid on bioloogilised katalisaatorid mis kas kiirendavad või aeglustavad organismis toimuvat reaktsiooni 26
mille koostises kõik need samaaegselt oleksid. Valgud moodustuvad vaid elusorganismides. Seetõttu nimetatakse neid koos polüsahhariidide ja nukleiinhappetega biopolümerideks. 5.valkude struktuurid (4) igale kommentaar. Valgu molekuli esimest järku struktuur on peptiidsidemetega ühendatud aminohappejääkide ahel. Selle keerdumisel heeliksiks (A) või kokkuvoltumisel (b) moodustub teist järku struktuur. Valgu komandat järku struktuur kujuneb heeliksi kokkukägerdumisel keerjaks gloobuliks. Neljandat järku struktuurist räägitakse valkude juures, mille koostises on kaks või enam polüpeptiidi. 6.valkude ülesandaed (8) · Valgud reguleerivad biokeemilisi reaktsioni kiiruseid · Kannavad hapniku kopsudest kõigidesse kudedesse. · Rakumembraanis esineb mõningaid valke, mis edastavad väliskeskonna infot raku sisemusse. · Aitavad toidu maitset tunda retseptor.
Valgud on polümeerid, mille monomeeriks on aminohape. Tuntakse 20 erinevat aminohapet. Aminohape koosneb aminorühmast, karboksüülrühmast ja radikaalist. Aminohapete vahel tekib apetiitside. Side tekib ühe aminohappe karboksüülrühma ja teise aminohappe aminorühma vahel. Valkude struktuur primaarne ehk esmane struktuur: valgu omadused sõltuvad aminohapete järjekorrast primaarahelas. sekundaarne ehk teisene struktuur: valk keerab ennast heeliksiks (vedru). Heeliksi keerdusid hoiavad koos vesiniksidemed. Osad valgud tekitavad volte. kolmanda järgu struktuur: valk keerdub talle iseloomulikul viisil. Hoiavad koos vesiniksidemed ja disulfiidsidemed. Osad valgud jäävad pikkadeks ribadeks, ei moodusta geoobulit (kera). neljanda järgu struktuur: mitu valgu molekuli moodustavad koos suure geoobuli. (nt. vere valk hemoglobiin koosneb 4st valgu molekulist. Denaturatsioon kõrgemate järkude struktuuride kadumine (kuni 2 kadumiseni).
lõhkumiseta nimetatakse valgu konformatsiooniks. Mis tuleneb vabast rotatsioonist ümber C-C sideme. Nelja struktuuritaseme iseloomustus ja kirjeldus- 1)Primaarstruktuur- On valgu kõige algelisem struktuur mis näitab aminohapete järjestus valgus esinevad ainult kovalentsed sidemed (peptiid- ja disulfiidsidemed) 2)Sekundaarstruktuur- Vesiniksidemete tekkimise tõttu valk saab kolmemõõtmelise struktturi kas a- heeliksi või B-struktuuri(volditud ahel). See on ainult üks kõrgematest struktuuri liikidest kus eksisteerib kolmemõõtmeline arhidektuur. Mängivad rolli ka van der Waal'si jõud ja teised nõrgad jõud( ioonsed sidemed, H-sidemed, hüdrofoobsed interaktisioonid) 3)Tertsiaalstruktuur- Valgu kõrgem sturktuur kus kus polüpeptiidahel on rohkem kokku pakitud(gloobuliks) ja võtnud kompaktsema kuju selleks, et vähendada vastastikust mõju teda ümbritseva keskonnaga
ristsillakeste radikaalse liikumise tõttu. Paksud filamendid sarkomeeris koosnevad müosiinist, peened filamendid aktiini polümeeridest. F-aktiini heeliks koosneb G-aktiini monomeeridest. Aktiini filamendid on "dekodeeritud" tropomüosiini heterodimeeridega ja troponiini kompleksidega. Troponiini kopleksid koosnevad troponiin T (TnT), troponii I (TnI) ja troponiin C (TnC) vormidest. Peene filamendi struktuur: tropomüosiin on superkeerdunud ümber F-aktiini heeliksi, kusjuures iga tropomüosiini dimeer interakteerub aktiini kuue järjestikuse monomeeriga. Troponiin T seostub tropomüosiinile "pea-saba" põhimõttel. Paksude filamentide struktuur: Müosiin - 2 rasket (230 kD), 4 kerget (2 paari erinevaid 20 kD ahelaid) ahelat. Raskete ahelate "peadel" on ATPaasi aktiivsus 2 ning lihaskontraktsioonid toimuvad hüdrolüüsi arvel. 4.) Sarkomeeri funktsioneerimise alused. Aktomüosiini kompleks. Libisevate
DNA denaturatsioon - mõiste, denatureerivad faktorid, sulamiskõverad. DNA renaturatsioon. DNA kaksikahela denaturatsioon ehk sulamine kui DNAd kuumutada üle 80C siis UV neelduvus tõuseb, sest H-sidemed katkevad. Kui temp alandada siis absorptsioon nõrgeneb ahelate struktuur taastub. 1) Kaks heeliksikujulist ahelat on keerdunud ümber ühise telje, tekib paremakäeline heeliks; suund ehk polaarsus on vastassuunaline. 2) Suhkur-fosfaat selgroog heeliksi välispinnal, N-alused heeliksi sees 3) N-alused heeliksi teljega risti, aluste vahe ca 3,4A. Ühel heeliksi pöördel 10,4 alust. 4) Heeliksi diameeter 20A. 6. DNA tertsiaarne struktuur. Nukleosoomid ja histoonide roll nende kujunemisel. Kromosoomide formeerumise etapid. Kromosoomi struktuur. DNA tertsiaarstruktuurid susperspiraalid. Prokarüootide genoom koosneb ühest kromosoomist, mis esineb tsirkulaarse DNA kujul. Nukleosoomid DNA ja histoonide valgukompleks. 7
- uridüülhape (uridiinfosfaat) Nukleiinhapped Nukleiinhapped polünukleotiidid, kõrgmolekulaarsed ained. Organismides on DNA ja RNA. DNA makrostruktuur on kaheahelaline biheeliks. Selle moodustavad kaks antiparalleelset polünukleotiidi ahelat, mis keerduvad ümber ühise telje. DNA ahelate koospüsimise aluseks on nukleotiidide üksteisele vastavus igas ahela lülis. Kehtib A-T ja G-C reegel. RNA ahelad ei põimu omavahel nii ega võta heeliksi kuju, sest hüdroksüülrühma asendis on 2´piisavalt suur, et takistada ahelate keerdumist. Keemiline kantserogenees Kantserogeensed ained tekitavad vähki ja teisi pahaloomulisi kasvajaid. Tekivad tehnoloogilistes protsessides (kivisöe või põlevkivi töötlemisel, kütuste mittetäielikul põlemisel) ja esinevad tõrvas või õlis ning levivad suitsus või tahmas. Nende tekitatud
Harilikult koosneb DNA adeniinist (A), guaniinist (G), tsütosiinist (C) ja tümiinist (T). Enamasti esineb DNA elusorganismides kahe antiparalleelse omavahel komplementaarse ahela kujul (st kohakuti paiknevad ahelate A ja T ning G ja C nukleotiidid). Sellisel juhul moodustuvad vastavate lämmastikaluste vahele kõige stabiilsemad vesiniksidemete rühmad ja DNA ahelad pöörduvad nende vahelise pikitelje ümber kaksikheeliksiks, nii et lämmastikaluste paarid jäävad heeliksi sisemusse (seda nimetatakse DNA sekundaarstruktuuriks). 7.) RNA osaleb mitmetes eluks vajalikes protsessides nagu näiteks geenide kodeerimine ja dekodeerimine, geenide regulatsioon ja ekspressioon. RNA on üheahelaline polünukleotiidide jada, mis on omavahel seotud fosfodiestersidemetega. Rakulised organismid kasutavad geneetilise informatsiooni vahendajana informatsiooni-RNAd. Olemas on Informatsiooni-RNA (mRNA), transpordi-RNA (tRNA) ja ribosoomi-RNA (rRNA). 8
*Kromosoomid koosnevad DNAst ja sellega seotud valgumolekulidest(DNA+valk). Kõik kromosoomid kokku=kromatiin. *Geenid asuvad kromosoomides. *Eeltuumsed=prokarüoodid *Päristuumsed=eukarüoodid *Transkriptsioon=protsess, mille käigus DNAs paikneva info põhjal sünteesitakse RNA-ahel. *Ensüümid - valgud, mis muudavad reaktsioonide kiirust. *Helikaas - ensüüm, mis katkestab DNA-ahelate vahelised vesiniksidemed ja kerib heeliksi lahti. *DNA-polümeraas/RNA-polümeraas - ensüüm, mis viib läbi replikatsiooni/transkriptsiooni. *Replikatsioon tagab selle, et info jõuaks kõikidesse organismi rakkudesse. *Transkriptsioon on esimene samm DNA-molekulis sisalduva päriliku info avaldumise suunas. Avalduda saab vaid see DNAs sisalduv info, mis transkriptsiooni käigus RNA- molekulideks ümber kirjutatakse. *Transkriptsioon ja replikatsioon on universaalsed protsessid, mis toimuvad ühtmoodi kõigis elusorganismides.
Z-konformatsioon, vasakulepöörduv kaksikheeliks, 12 nukleotiidi pöörde kohta (esineb GC rikaste järjestuste ja negatiivse superspiraali korral ka in vivo) Superspiralisatsioon (superkeerud) on DNA tertsiaarstruktuur ja on vajalik, et DNA-d võimalikult kompaktselt kokku pakkida. Tekib ainult siis kui DNA otsad on fikseeritud. Saab eristada: positiivne spiralisatsioon – kui keerdumine on samas suunas heeliksi suunaga (paremale), tekib tihedam DNA struktuur. negatiivne spiralisatsioon - kui keerdumine on vastassuunas (vasakule), tekib lõdvem DNA struktuur Eukarüootne DNA on pakitud kromosoomidesse. Imetaja kromosoom on lineaarne DNA molekul, mis on tihedalt pakitud valkude kompleksis. Genoom on organismi kõigi kromosoomide DNA. Eukarütoosed genoomid: Reeglina suur genoom. Umbes 98% genoomist ei kodeeri valkudeks. Kuid osa sellest transkribeeritakse RNA-ks
Täiesti asendamatud aminohapped- peab saama toiduga(8), osaliselt asendamatud aminohapped- toit+ise(3), asendamatud aminohapped Valgu primaarstruktuuri moodustuvad omavahel ühinenud aminohapped. Valkude omaduste erinevused tulenevad aminohappejääkide järjestusest ning nende hulgast valgumolekulis ning on määratud DNA poolt. Sekundaarstruktuur tekib primaarstruktuuri keerdumisel - heeliksiks või voltimisel - struktuuriks. Tertsiaarstruktuur tekib - heeliksi keerdumisel gloobuliks või - struktuuri niitumisel. Kvaternaarstruktuur tekib mitme gloobuli liitumisel(emoglobiin koosneb 4-st gloobulist). Valkude denaturatsioon: Valkudele on omalik loomulik ehk natiivne molekulikuju, mille puhul valk on natiivne. Denaturatsioon on protsess, mille puhul välistegurite toimel valgu akriivsus kaob ning struktuur teiseneb kuni primaarstruktuurini. Valgu lagunemine aminohapeteks ensüümide toimel on valgu hüdrolüüs
Lipiidide funktsioonid: aitavad loomadel sooja hoida, kaitsefunktsioon, ehituslik, ainevahetuslik funkt, toitained Valgud on polüpeptiidid, mis koosnevad aminohappedest. VALKUDE ÜLESANDED: ehituslik funktsioon, Kaitse, Liikumis, Transpordi, Regulatoorne ülesanne: insuliin reguleerib veresuhkru sisaldust; Kasvuhormo Energeetiline ülesanne Millise kujuga on valgu sekundaar ja tertsiaarstruktuur? Sekundaarne struktuur tekitab polüpeptiidi keerdumisel kruvikujulise heeliksi Liitvalgud koosnevad valgulistest ja mittevalgulisest osast(kromosoomid, hemoglobiin) · Võrdle denaturatsiooni ja renaturatsiooni. Valgulahuse kuumutamisel keem sidemed kattuvad, valk kaotab 3 ja 2 struktuuri denauturatsioon. 2 ja 3 struktuuri taastumisel, nt kuumutmise lõpetamisel on tegemist renaturatsiooniga · Mis on ensüümid? Ensüümid on keerdunud valgumolekulid, mis katalüüsivad biokeemilisi reaktsioone. · Milles seisneb antikehade toime
IV valgu eluea reguleerimine rakus ensüümidega, mis modifitseerivad N-terminust. NB! I aminohape N- terminuses mõjutab valgu iga. Näiteks Met stabiliseeriv am hape; Asp, Glu ja Arg on destabiliseerivad am happed. V valkude suunamine raku erinevatesse kompartmentidesse ehk osadesse, toimub signaaljärjestuste alusel: rakutuuma NLS signaal, mitokondrisse N-ter 15 30 am happeline järjestus, mis võtab membraanides heeliksi kuju, tsütoplasmasse (ER-i) SRP (signaali äratundmise kompleks). VI valkude splaising ehk lõikamine ja valgu erinevate osade kombineerimine Mõisted 11: Eksosoom - on väikesed, lipiidse kaksikmembraaniga vesiikulid. Rakud sekreteerivad neid väliskeskkonda. Palju eksosoome on veres ja imetajate piimas. Neis sisalduvad miRNA osalevad vastsündinute immuunsuse tekitamisel. Nonsense mediated decay toimub kõikides eukarüootsetes rakkudes. Selle mehhanismi
hapniku vaheliste H-sidemete poolt. Jääke pöörde kohta: 3,6 Tõus jäägi kohta: 1,5 Å = -60°; = -45° Valgu peaskeleti lõik, mis on vesiniksidemete abil fikseeritud alfa heeliksiks, sisaldab 13 aatomit täispöörde kohta N-H ja C-O rühmade regulaarne vaheldumine piki heeliksi telge annab kogu heeliksile suure dipoolmomendi Neli N-H rühma heeliksi N-terminuses ja neli C=O rühma C- terminuses vajavad H-sidemete moodustamiseks teisi doonor- või aktseptorrühmi (heeliksi kapseldamine) (voldik) leht (beta pleated sheet) kõrvuti asetsevad ja omavahel H-sidemetega seotud järjestuse lõigud on kas paralleelsed (samasuunalised) või antiparalleelsed
· Polüsahhariid ehk liitsuhkrud (tärklis, tselluloos, kittiin, glükogeen) Lipiidid ehk rasvad (vahad ja steroidi kuuluvad ka siia alla) Rasvad on kõige energiarikkamad ühendid. Valgud ehk proteiinid Valgud on biopolümeerid, mille monomeerideks on aminohapped, mis on ühendatud peptiidsidemega. Valgu struktuurid: · Primaarstruktuur aminohapete järjestus. (see on igal pool) · Sekundaarstruktuur see on heeliks. Heeliksi pooli hoiavad koos vesiniksidemed. (Nt. Juuksed, küüned) · Tertsiaalstruktuur see on gloobul. (Nt. Vereplasma) · Kvaternaarstruktuur erinevate ahelate kompleks (hemoglobiin) Denaturatsioon on valgu struktuuri muutumine keerulisemast lihtsama suunas. Nt. Muna valge vahtu kloppimine. Nukleiinhapped Selle alla kuuluva DNA ja RNA. Nukleiinhapped on Raku organellid Raku memebraan Koosneb fosfolipiididest ja valkudest. Eraldab raku sisekeskkonda väliskeskkonnast.
moodustavad mittefunktsionaalse geeni asendamisega seotud tööd, on teatud olukordades vajalik töötava geeni(de) (üle) ekspressiooni suunatud inhibeerimine. Seda on võimalik saavutada erinevatel tasemetel.(2) DNA tasemel A) Funktsionaalse geeni inaktivatsioon in situ homoloogilisel rekombinatsioonil vastavalt muteeritud geenikoopiaga.(2) B) Oligonukleotiidide kasutamine. Teatud tingimustel võib DNA moodustada kolmekordse heeliksi. Selleks disainitakse geenispetsiifiline oligonukleotiid, mis paardub kindla sihtmärk geeni järjestusega kaheahelalises DNA-s ja inhibeerib selle geeni transkriptsiooni. Üheahelalise oligonukleotiidi seostumine kaheahelalise DNA-ga toimub nn. Hoogsteen'i paardumise kaudu (vesiniksidemed). Selliste sidemete puhul on kõige stabiilsemad G seondumine G-ga GC aluspaaris ja T seondumine A-ga AT aluspaaris.(2) RNA tasemel Antisense oligod või antisense geen, ribosüümid.(2)
1. Plasmamembraani valgud – ehitus ja talitlus. Mis on GPI-ankur? ! 1. Transmembranaalsetel valkudel on hüdrofoobsetest aminohapetest koosnev ala, mis võimaldab seostuda lipiidse kaksikkihi hüdrofoobse sisemusega. Membraani läbiv valgu osa moodustab alfa-heeliksi. 2. Mõned valgud kinnituvad membraani välispinnale kovalentselt seotud rasvhappe molekuli abil mis toimib kui ankur: valgul on küljes fosfolipiid (fosfatidüülinositool), mis seotakse valgule oligosahhariidi vahendusel. Seda struktuuri nimetatakse kokku glükosüül-fosfatidüül-inositool ankruks ehk GPI- ankruks. Sellised valgud paiknevad alati membraani välises ehk eksoplasmaatilises pooles. 3
Ribosomaalne RNA assotsieerunud valkudega ribosoomide koostises. Ribosoomidel toimub valgu biosüntees mRNA valgu biosünteesiks vajaliku informatsiooni vahendaja: DNA ja valgu vahel tRNA moodustab aminohapetega estreid, mida kasutatakse valgu biosünteesis DNA sruktuuri elemendid DNA kovalentse struktuuri aluseks on põhiahel ehk "selgroog", mis koosneb vahelduvatest suhkrujääkidest ja fosfaatidest Vahelduvad fosfaadidsuhkrujäägid moodustavad spiraalse heeliksi ümber omavahel spetsiifiliselt paardunud lämmastikaluste Kanoonilises DNA struktuuris paarduvad puriin ja pürimidiinalused vastavalt adeniintümiin (AT) ja guaniintsütosiin (GC) ja see paardumine hoiab DNA ahelaid koos kaksikheeliksina AT paar2 vesiniksidet GC paar 3 vesiniksidet DNA kaksikheeliks: James Watson ja Francis Crick 1953 DNA kasikheeliksi kujuline sekundaarstruktuur on üheks
Näiteks kollageen on vees lahustumatu fibrillaarne valk, mis moodustab loomsete sidekudede (nahk, luud, kõõlused) põhimassi. Kollageeni mudelit on võimalik näha joonisel 3.1.1. (Zilmer jt 2001: 96). Joonis 3.1.1. 8 3.1.2. Globulaarsed valgud Globulaarsed valgud on ellipsoidilise kujuga ja on arvukaim valkude rühm. Neile on tüüpiline lahustuvus füsioloogilises lahuses , kolloidolek, denatureeruvus, alfa-heeliksi prevaleerumine sekundaarstruktuuris ja isovormide rohkus. Globulaarsete valkude põhirühmad on: albiumiinid, globuliinid, histoonid, protamiinid, prolamiinid ja gluteliinid. Näiteks albumiin on vereplasmas ja piimas sisalduv valk. Albumiinid on nende globulaarsete lihtvalkude alaklass, mis lahustuvad vees ja nõrkades soolalahustes. Albumiini mudelit on näha joonisel 3.1.2. (Zilmer, Karelson, Vihalemm 2001: 97). Joonis 3.1.2. 3.2. Liitvalgud
- Kolesterool, mitmed hormoonid (suguhormoonid), vitamiin D (kaltsiferool). 14. Kus moodustuvad hormoonid? - Loomorganismide sisesekretsiooninäärmetes. 2.4 1. Kirjeldage peptiidsideme moodustumist. - Kui saavad kokku 2 aminohapet, siis ühe aminohappe karboksüülrühma hüroksüülrühm (OH) reageerib teise aminohappe aminorühma vesinikuga (H) ja liituvad ja eraldub H2O. 2. Millise ruumilise vormi annab valgule sekundaar- ja tertsiaarstruktuur? - Sekundaarstruktuur annab valgule heeliksi kuju ehk keerdunud ahel. Tertsiaarstruktuur annab gloobuli kuju ehk kerakujuline. 3. Mis koostisega on liitvalgud? - Liitvalgud koosnevad valgust ja mingist muust orgaanilisest ainest (näiteks: valk koos nukleiinhappega moodustab nukleoproteiini, mis on kromosoomid; valgud koos lipiididega moodustavad lipoproteiine, mis on rakumembraanis; glükoproteiinis on oligosahhariididega seotud valgud) 4. Võrrelge omavahel denaturatsiooni ja renaturatsiooni.
omavahelisi vesiniksidemeid. Konkreetsete nukleotiidide järjestust üksikus DNA ahelas nimetatakse DNA primaarstruktuuriks. Enamasti esineb DNA elusorganismides kahe antiparalleelse omavahel komplementaarse ahela kujul. Sellisel juhul moodustuvad vastavate lämmastikaluste vahele kõige stabiilsemad vesiniksidemete rühma ja DNA ahelad pöörduvad nende vahelise pikitelje ümber kaksikheeliksiks, nii et lämmastikaluste paarid jäävad heeliksi sisemusse. Kaksikheeliksit stabiliseerivad omavahel komplanaarselt paiknevate lämmastikaluste vahelised elektrostaatilised jõud ja fosfaatrühmadega ioonilisi sidemeid moodustavad katioonid. Kuna igas nukleotiidis on kuus üksiksidet, mille ümber võib toimuda molekuli osade pöörlemine, esineb DNA mitme strukturaalse isomeerina. DNA struktuuri bioloogiline tähtsus Elusorganismides esineval DNA struktuuril on suur bioloogiline tähtsus. Kuna DNA
tasapinnal. Lämmastikalused moodustavad vesiniksidemeid, mille abil nad teineteisega seonduvad. Seda nimetatakse aluste paardumiseks. I 2.a DNA struktuur J. Watson ja F. Crick esitasid 1953.a. DNA ruumilise struktuuri mudeli, mis hiljem leidis eksperimetaalse tõestuse. Selle mudeli kohaselt koosneb DNA kahest nukleiinhappe ahelast moodustades kaksikspiraali läbimõõduga 20 Å, milles suhkur- fosfaat selgroog on väljaspool ja lämmastikalused asuvad heeliksi sisemuses. Lämmastikalused paarduvad omavahel vesinisidemete abil. Paarid moodustuvad puriinide ja pürimidiinide vahel. Adeniin paardub tümiiniga kahe H-sideme ja guaniin tsütosiiniga kolme H-sideme varal. See mudel selgitab ka miks on DNA's A sisaldus võrdne T'ga ja G sisaldus C'ga (joonis 4.11). Vastavaid nukleotiidipaare nimetatakse seepärast komplementaarseteks paarideks. Teisest küljest seletab Watsoni ja Cricki
a..2. Karragenaan ja sarnased polüsahhariidid Peamised fraktsioonid on - ja -karragenaan. Lahustuvus vees suureneb sulfaadi sisalduse suurenemisega ja anhüdroksüsuhru-jääkide vähenemisega. Leiab kasutamist tänu võimele geele moodustada, suurendada lahuste viskoossust ja stabiliseerida emulsioone ja erinevaid dispersioone. 4) Furtsellaraan Moodustab termiliselt pöörduvaid geele kaksik-heeliksi moodustamise teel. Koos piimaga annab häid geele. 5) Kummi-araabik Emulgeerivad ja kilesid moodustavad omadused Kasutatakse emulgeerijana ja stabiliseerijana 6) Ghatti-kumm On vees lahustuv kuni 90% ulatuses 7) Tragant-kumm Suur viskoossus, mis on sõltuv nihkekiiruse gradiendist Kasutatakse paksendaja ja stabiliseerijana 8) Karaya kumm Vees lahustumatu Resistentne ensüümidele ja mikroorganismidele
muu struktuuri OH- rühma vahele (nt. aminohapped). Väike ja suur vagu – alfa-heeliksites (DNA) moodustuvad tõusva spiraali ääres kordamööda pikemad ning lühemad tühimikud?. Watson-Cricki paarid – lämmastikaluste paarid; A paardub T-ga, ning C paardub G-ga. RNA’s T asemel U, paardub A-ga. Kokkuvõttes: A-T või A-U, C-G. Superspiralisatsioon – nähtus, mille korral mitu alfa-heeliksit põimub üksteisega kokku, moodustades uue heeliksi e. superspiraali. Näiteks kollageeni kiud koosneb kolmest alfa- heeliksist moodustunud superspiraalist.
ahel) Teise ahela pealt antisense ahel (katsetes) Peptiidside- kovalentne side valgu molekuli ehitusse kuuluvate aminohappejääkide vahel Aminohapetel bipolaarne ionisatsioon: ühe AH karboksüülgrupp liitub teise AH aminogrupiga, tekib peptiidside. Polüpeptiidahela ühes otsas on alati amiinogrupp (algus) ja teises karboksüülgrupp (lõpp). Valkude struktuurid- primaarstruktuur- lineaarne a-h järjestus Sekundaarstrukuur- alfa heeliksi või beeta-heeliksi sheet struktuur Tertsiaarstruktuur- funktsionaalsetel valkudel 3D struktuur Kvaternaarstruktuur- mitme valgumolekuli kompleks Alguskoodon- AUG, lõppkoodon- UGA, UAA, UAG 7. Geneetika mõisted (alleel, monogeenne tunnus jne.) Geen- Täielik nukleiinhapete järjestus, mis on vajalik funktsionaalse geeniprodukti(polüpeptiid, RNA) sünteesiks. pärilikkuse elementaarüksuse, DNA lõik, mis määrab ära RNA molekuli sünteesi: määrab ühe valgu järjestuse.
Sekundaarstruktuur: peamiselt vesiniksideme abil fikseeritud ruumikujund. On kas alfa-heeliks(paremale pöörduv) või beeta-struktuur(voldik). Sekundaarstrukutuur pole kunagi 100% alfa või beeta, alati on nii üht kui ka teist. α-heeliks: • Polüpeptiidahela paremale pöörduv helitseerunud konformatsioon • Heeliksit hoiavad keerdudevahelised vesiniksidemed peptiidgruppide vahel. Vesiniksidemete rohkus tagab heeliksi stabiilsuse. Proliini (Pro) või Hyp osalusega peptiidgrupp annab ühe vesiniksideme. β-struktuur: • Peamiselt vesiniksidemete abil kujunenud kihilis-voldiline konformatsioon. Ulatuslikus β-struktuuris seovad vesiniksidemed voltunud polüpeptiidahelaid. Lühikeses β-struktuuris seovad peptiidgruppide vahelised vesiniksidemed ühe ja sama polüpeptiidahela volte.
Sekundaarstruktuur: peamiselt vesiniksideme abil fikseeritud ruumikujund. On kas alfa-heeliks(paremale pöörduv) või beeta-struktuur(voldik). Sekundaarstrukutuur pole kunagi 100% alfa või beeta, alati on nii üht kui ka teist. -heeliks: · Polüpeptiidahela paremale pöörduv helitseerunud konformatsioon · Heeliksit hoiavad keerdudevahelised vesiniksidemed peptiidgruppide vahel. Vesiniksidemete rohkus tagab heeliksi stabiilsuse. Proliini (Pro) või Hyp osalusega peptiidgrupp annab ühe vesiniksideme. -struktuur: · Peamiselt vesiniksidemete abil kujunenud kihilis-voldiline konformatsioon. Ulatuslikus - struktuuris seovad vesiniksidemed voltunud polüpeptiidahelaid. Lühikeses -struktuuris seovad peptiidgruppide vahelised vesiniksidemed ühe ja sama polüpeptiidahela volte.
RNA on tavaliselt üheahelaline. 14. . Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? Sest replikatsiooni läbiviiv ensüüm DNA/RNA polümeraas saab nukleotiide liita vaid 3' otsa, seega jääb vabaks 5' OH rühmaga. 15. Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? Fosfodiestersidemega 16. Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? GC rikas, sest GC omab kolme vesiniksidet, AT vaid kahte. 17. . Mitu aluspaari tuleb ühe B-DNA heeliksi pöörde kohta? 10 18. Ligikaudu mitut aluspaari sisaldab inimese genoom? 3 x 10^9 19. Miks sisaldab enamikust organismidest eraldatud DNA ligikaudu võrdsel hulgal A ja T ning G ja C nukleotiide? Sest nad on paaris omavahel. A-T ja G-C ning seetõttu on neid ühepalju, nad on nagu komplekt. 20. Kas üheahelaline nukleiinhape võib omada primaarstruktuurist kõrgemat järku struktuuri? Jah 21. Joonistage võimalik kõrgemat järku struktuur, mille antud oligonukleotiid võib moodustada
* RNA ehk ribonukleiinhape on biopolümer, mille monomeerideks on ribonukleotiidid. -) Ribonukleotiidid koosnevad kolmest komponendist: *) Fosfaatrühmast. *) Riboosist ehk monosahhariidist. *) Lämmastikalusest (neid on neli erinevat A, C, G, U) -) RNA ahelad püsivad koos tänu komplementaarsus printsiibile ehk A'd on võrdselt T'ga (nad on kaksiks sideme) ja C'd on võrdselt G'ga (nad on kolmik sidemes), kuid nad ei moodusta väga tihti üldse paare. -) RNA on tavaliselt heeliksi kujuline. -) RNA osaleb geneetilise info realiseerimises. -) RNA'l on kolm erinevat molekuli: *) mRNA ehk informatsiooni RNA toob geneetilise info rakutuumas asuvatest kromosoomidest valgusünteesi toimumise paika. *) tRNA ehk transpordi RNA mõtestab lahti geneetilise info, mis on saabunud mRNA molekuliga ribosoomidesse. *) rRNA ehk ribosoomi RNA kuulub ribosoomide ehitusse ja osaleb valgusünteesis.
(sama küsimus ka RNA kohta). a) fosfodiesterside b) fosfoanhüdriidside c) vesinikside 16. Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? a) AT rikas b) GC rikas Kuna G-C aluspaar on stabiliseeritud kolme vesiniksideme poolt, siis kulub tema lõhkumiseks rohkem energiat. Samuti on van der Waalsi interaktsioonid G-C aluspaari puhul tugevamad. H°' suurem G-C rikaste nukleiinhapete puhul ja järelikult on suurem ka vastav Tm 17. Mitu aluspaari tuleb ühe B-DNA heeliksi pöörde kohta? a) 10 b) 25 c) 50 18. Ligikaudu mitut aluspaari sisaldab inimese genoom? a) 3 x 105 b) 3 x 107 c) 3 x 109 19. Miks sisaldab enamikust organismidest eraldatud DNA ligikaudu võrdsel hulgal A ja T ning G ja C nukleotiide? V: Sest lämmastikalused paarduvad omavahel(A-T ja G-C) ja seega on neid ühe palju, nad on nagu komplekt. 20. Kas üheahelaline nukleiinhape võib omada primaarstruktuurist kõrgemat järku struktuuri?
Hb seob hapniku kopsus ja vabastab kudede kapillaarides. Mb on monomeerne hemoproteiin. Müoglobiinis on hapniku sidujaks polüpeptiidahelaga seotud heemne raud 2+ (Fe vormis). Raua oksüdeerumisel raud(III) vormi, metmüoglobiin hapniku ei seo. Hapnik seotakse heemsele Fe'le kuuenda ligandina. Hapniku seondumisel Mb konformatsioon muutub (Fe alul heemi tasapinnast väljas, hapniku lisandumisel tõmbab see Fe tasapinda ja Fe tõmbab endaga kaasa kogu heeliksi), kuid Mb puhul ei oma see suurt tähtsust. Kui Hb käituks nagu Mb, siis vabaneks kapillaarides väga vähe hapniku. Hb sigmoidne (kooperatiivne) hapniku sidumiskõver tee võimalikuks efektiivse hapnikuvahetuse. Hapniku sidumise tulemusena alfa-ahelatele toimuvad konformatsioonimuutused teevad alles võimalikuks hapniku sidumise beeta-ahelatele. Hapniku 2+ sidumisel (Fe tasapinda tõmbamisel) katkevad kõik soolasillad Hb subühikute vahel.
aeglane paranemine, siniste laikude teke kehal, kerge aneemia, kiirenenud hingamine · Avitaminoos skorbuut: lihasnõrkus, kapillaaride katkemised, hemorraagia, tursed, katkised, põletikulised igemed, hammaste väljalangemine, raskesti paranevad haavad, kergesti murduvad luud, kõhulahtisus, osteoporoos, tugev aneemia · Nõrk sidekude tingitud Hyp/Hyl tekke puudulikkusest ja protropokollageeni heeliksi ebastabiliseerumises anormaalne kollageen Allikad: · Mustsõstramarjad, kibuvitsamarjad, paprika, lehtkapsas, hapukirsid, mädarõigas, petersell jt Kasutamine: · Vit B1, B2, B3, B6, B10, B11, bioflavonoidid, E, Ca, Mg · Alkoholism, artriit, beriberi, gripp, kestev sügav oksüdatiivme stress, seljavalud, hammaste ja igemete haigused, ekseem, psoriaas, akne, lihaste düstroofia,
Mittehistoonsete kromosoomivalkude hulka kuuluvad DNA topoisomeraasid, HMG valgud, teatud DNA-ga järjestsspetsiifiliselt seonduvaid valke, RNA polümeraasid, DNA süntetaasid ja proteiinkinaasid. Ensüüm topoisomeraas I ülesandeks on keerata lahti DNA keerd, tehes enne lõike ühte ahelasse. Topoisomeraas II lõhub kaheahelalise DNA, võimaldades DNA lahtikeerrumise parandab lõikekoha ehk siis katalüüsib DNA heeliksi pöörduvaid katkemisi. Eukarüootide kromosoomides on DNA umbes 1200-kordselt kokku pakitud. Kromatiini pakkimise ühikuks on nukleosoom. Nukleosoom koosneb umbes 200 bp pikast DNA lõigust ja histoonsest oktameerist. Viimase moodustavad histoonid H2A, H2B, H3 ja H4, kusjuures igaühte on genoomis 2 molekuli. Umbes 140 bp DNA-st keerdub kaks korda ümber histoonse südamiku, ülejäänud DNA on linker-alas. 2 nm diameetriga DNA kaksikahela keerdumisel ümber histoonse oktameeri moodustub 10
O H O H O H O c) vedel CH3 CH2 O CH2 CH3 : ei esine H-sidemeid CH3 H d) CH3 O CH3 lahus vees: CH3 O H O väga nõrk H-side 8. Fenool on tugevam hape, seepärast ka tugevamad vesiniksidemed. 9. Valgu sekundaarstruktuuri (heeliksi või -struktuuri) määravad vesiniksidemed C=O ja N--H rühmade vahel, mille tugevus on kuni 1/10 tavalise kovalentse sideme omast. Valgu tertsiaarse 20 ja kvaternaarse struktuuri moodustumises osalevad vesiniksidemed külgahelate funktsionaal- sete rühmade vahel, mille tugevus on reeglina suurem. 10. Hapekatalüüs võib seisneda reagendi elektrofiilsuse tõstmises (estri hüdrolüüs, liitumised
aktivatsiooni(repressiooni)domään. Mutatsioon esimeses võib takistada DNA'ga seondumist ja mutatsioon teises seondumist mediaatoriga. Mõlemal juhul ei saa aktivaator (repressor) täita oma funktsiooni (või nõrgendavad seda). 5 21. Nimeta peamised DNAd siduvad domäänid, mis on iseloomulikud transkriptsioonifaktoritele (vähemalt 3). Heeliks-pööre-heeliks. Domääni -heeliks seondub DNA suurde vakku. Tavaliselt aitab selle heeliksi interaktsioonile DNA'ga kaasa teine, natuke enam N-terminusse jääv -heeliks, mis annab nimetatu valguosaga hüdrofoobseid interaktsioone. Tsink-sõrm-valgud. Paljude eukarüootide valkudel on struktuursed alad, mis voltuvad ümber Zn 2+ iooni, nii et suhteliselt lühikesest polüpeptiidahelast tekib kompaktne domään. Enim levinud on C2H2 tsink-sõrm, teine on C4. Leutsiin-lukud (lZip) (a.k.a aluselised lukud (bZip)). Domäänide struktuurid, milledes iga seitsmes
Ioonkanalid poore moodustavad membraanvalgud; Ionofoorid keemilised ühendid, mis paiknevad membraanis; Ioonpumbad (aktiivne transport). Sümport ained liiguvad ühes suunas raku sisse. Antiport- ained liiguvad vastassuundades. XI. NUKLEIINHAPETE KOMPONENDID, EHITUS JA STRUKTUURITASEMED. (Õpik lk 539-558) 1. Informatsiooni ülekanne rakus - DNA replikatsiooni ja transkriptsiooni mõisted. 1. Dna replikatsioon ehk kahekordistamine alfa heeliksi mõlemale ahelale sünteesitaks komplementaarsed uued ahelad, tulemuseks on kaks identset alfa heeliksit. 2. Dna transkriptsiooni- Dna info kirjutatakse ümber mRNA-ks ehk DNA ahelale sünteesitakse komplementaarne RNA ahel. 3. DNA translatsioon viimane etapp, mille käigus sünteesitake mRNA põhjal valguaehl 2. Nukleiinhapete komponentide struktuurid ja omadused. Komplementaarsuse mõiste ja millele baseerub, komplementaarsed aluspaarid.
Lämmastikalused on aromaatsed ühendid ja moodustavad vesiniksidemeid, mille abil teineteisega seonduvad – aluste paardumine. DNA struktuur Wilkins ja Franklin kasutades kristallograafia meetodeid, leidsid, et DNA-l esinevad fibrillid. J. Watson ja F. Crick esitasid 1953. a DNA ruumilise struktuuri mudeli. Koosneb 2 nukleiinhappe ahelast, mis moodustab kaksikspiraali läbimõõduga 20A. Suhkur-fosfaat selgroog on väljaspool ja lämmastikalused on heeliksi sees. Lämmastikalused paarduvad omavahel vesiniksidemetega. Paari moodustavad puriinide ja pürimidiinide vahel. A-T (2 vesiniksidet) ja G-C (3 vesiniksidet) – komplementaarsed paarid. Need on isosteerilised paarid (täidavad sama ruumiosa). Regulaarne ja ühtlase jämedusega kaksikspiraal. DNA kaksikheeliks teeb ühe täispöörde 34 A kohta. Aluspaaride vahe on 3,4 A. Ühe täispöörde kohta on 10 aluspaari. DNA ahelad kaksikheeliksis on antiparalleelsed – suhkru ja fosfaadi vahelised
suunaliseks. 15.(111) Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? a) fosfodiesterside Nukleotiid lämmastikalus + suhkur + monofosfaat Nokleotiidid on ühendatud lineaarseks polümeeriks nukleiinhappeks 3'5' fosfodiestersidemega 16.(112) Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? b) GC rikas, sest Gd ja Cd seovad omavahel 3 vesiniksidet, aga Ad ja Td 2. 17.(113) Mitu aluspaari tuleb ühe BDNA heeliksi pöörde kohta? a) 10 18.(114) Mitut aluspaari sisaldab inimese genoom? c) 3 x 109 19.(115) Miks sisaldab enamikust organismidest eraldatud DNA ligikaudu võrdsel hulgal A ja T ning G ja C nukleotiide? DNA kaksikheeliks on stabiliseeritud vastasahelate lämmastikaluste vaheliste vesiniksidemete moodustumise kaudu (n.ö. aluspaardumise kaudu), kusjuures lämmastikaluste paardumine on spetsiifiline ja saab toimuda ainult ühel kindlal viisil: A paardub alati Tga ja G paardub
EKSAMI VARIANDID I VARIANT 1. Iseloomustage DNA ahela ehitust millistest komponentidest ahel koosneb, millised kovalentsed sidemed on komponentide vahel ja millised sidemed on ahela ehituslikuks aluseks DNA koosneb kahest nukleiinhappe ahelast moodustades kaksikspiraal, milles suhkur- fosfaat selgroog on väljaspool ja lämmastikalused asuvad heeliksi sisemuses. Lämmastikalused paarduvad omavahel vesinisidemete abil. Paarid moodustuvad puriinide ja pürimidiinide vahel. Nukleiinhappe ahela ehituslikuks aluseks on 3´5´-fosfordiesterside. 2. Kirjutage ensüümireaktsiooni algkiiruse võrrand (Michaelis-Menten'I võrrand) ja iseloomustage selles olevaid tegureid. Arvutage, millega võrdub suhe v/Vmax, kui substraadi kontsentratsion ületab 8-kordselt Km väärtust. v= Kui [S] = Km, siis v = Vmax/ 2.
moodustumise stressi fiibrites, filamiin lamellipoodides). Nimetage aktiini filamentidest moodustuvaid struktuure. - Kimbud (filamendid paiknevad paralleelsetes kimpudes) - Võrgustik (filamendid ristuvad) Aktiini mootorvalkude – müosiinide - struktuur - Rasked ahelad. Neid võib olla 1-2 sõltuvalt müosiini tüübist. Kahe ahela esinemisel need on alfa-heeliksi konformatsioonis üksteise ümber põimunud (koos hoiavad perioodiliselt esinevad hüdrofoobsed vastasmõjud). Koosnevad kolmest struktuurilt ja funktsioonilt erinevast domäänist : 1. Pea – globuraalse struktuuriga, N-terminaalne. Sisaldab seostumiskohta aktiinile (P- ling), seostumiskohta ATP jaoks. 2. Kael – ümbritsetud kergete ahelatega ja võib olla seotud müosiini regulaatorvalkudega. 3
Otsegeneetika (geen – tunnus) Geen = DNA ja RNA Geen -> tunnus = fenotüüp - DNA – RNA – Valk – Rakk – Kude – Organism – populatsioon – biosfäär 1 DNA struktuur dsDna tüübid - B-konformatsioon – kõige tavalisem - A-konformatsioon - Z-konformatsioon DNA hulk rakus - 15% - DNA hulk pole määrav DNA seotud valkudega - Histoonid 16% - H1, H2a, H2b, H3, H4 Spiraali ja heeliksi vahe – spiraal on tasapinnaline, heeliks on niidid keritud, ei saa lahti tõmmata DNA struktuur - DNA koosneb nukleotiitidest - Nukleotiit koosneb suhkrust (riboos)(suhkru küljes on lämmastikalused, teises otsas on fosfaat, mis annab energiat), fosfaadist, lämmastikhapetest - DNA ahelal on 2 otsa - Inimesel on 46 kromosoomi. DNA on ka mitokondrites – mitokondrid lähevad edasi järglastele Lineaarne nukleotiidiahel
Nimetage aktiini filamentidest moodustuvaid struktuure. - Kimbud (filamendid paiknevad paralleelsetes kimpudes) - Võrgustik (filamendid ristuvad) Aktiini mootorvalkude müosiinide - struktuur 24 - Rasked ahelad. Neid võib olla 1-2 sõltuvalt müosiini tüübist. Kahe ahela esinemisel need on alfa- heeliksi konformatsioonis üksteise ümber põimunud (koos hoiavad perioodiliselt esinevad hüdrofoobsed vastasmõjud). Koosnevad kolmest struktuurilt ja funktsioonilt erinevast domäänist : 1. Pea globuraalse struktuuriga, N-terminaalne. Sisaldab seostumiskohta aktiinile (P-ling), seostumiskohta ATP jaoks. 2. Kael ümbritsetud kergete ahelatega ja võib olla seotud müosiini regulaatorvalkudega. 3
annaabi.ee 
