Struktuur tRNA molekulide sekundaarstruktuuri iseloomustatakse "ristikheinalehe" kujuga. tRNA sekundaarstruktuuri moodustavad 4 kaksikahelalist osa - õlga ja 4 üksikahelalist piirkonda - lingu, mis paiknevad vastavate õlgade otstes. tRNA molekuli otsad asuvad lähestikku, nende paardumisel tekkiv kaksikahelaline osa kannab nimetust "aktseptor- õlg", selle 3' otsa paardumata nukleotiididele liidetakse estersidemega aminohape. Aktseptor-õlg on 7 aluspaari pikk. T-õlg (ka TC õlg) on saanud oma nime tänu modifitseerunud nukleotiididele, mis asuvad T-lingus. Need nukleotidid on ribosüültümidiin T ja pseudouridiin . T-õla pikkus on 5 aluspaari, T-lingu pikkus varieerub harilikult 7-9 nukleotiidi ulatuses. D-õlg on saanud nime temas leiduva modifitseeritud nukleotiidi dihüdrouridiini D järgi. D-õla pikkus on harilikult 4 aluspaari, D-lingu pikkus on varieeruv. Antikoodon-õlg on alati 5 aluspaari pikk ja nagu nimestki
1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24486593 Inimese FoxO3a ekspressiooni vähenemine põhjustab neerurakkudes kartsinoomi teket ja kasvajarakkude metastaasi. 2. Pikkus 7341 aluspaari, paikneb kuuendas kromosoomis, lookuses NM_201559. Komponendid: 176-178 upstream in-frame stopp-koodon, arvukalt fosforüleerimis- ja metüleerimissaite, 1040-1093 tuumalokalisatsioonisignaal, 7320-7325 ja 7341 polüadenüleerimissait. 3. Pikkus 124,947 aluspaari, paikneb kuuendas kromosoomis, vahemikus 108 559 823- 108 684 769. Eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida. 4. Pikkus: 673 aminohapet. Koosneb mitmetest fosforüleerimis- ja metüleerimissaitidest, FH (forkhead) saidist, DNA-sidumissaidist ja tuumalokalisatsioonisignaalist. 5. Kuna eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida, polnud võimalik ka arvutada. 6. Rattus norvegicus FoxO3a homoloog on 672 aminohapet pikk, ning koosneb samadest
Seda nim C-paradoksiks. Geen on defineeritud kui DNA (viirustes ka RNA) nukleotiidide järjestus mis on vajalik funktsionaalse valgu sünteesimiseks. Koosneb mitte ainult kodeerivatest piirkondadest vaid ka regulaatorpiirkondadest, mis võivad kodeerivast osast kaugel paikneda ja samuti pre- mRNA protsessingut võimaldavatest piirkondadest. Esinevad ka geenid, mis ei kodeeri valku, näiteks tRNA, rRNA geenid. Geenide suurus varieerub. Inimese keskmise geeni suurus on ~27000 DNA aluspaari (Abeles tabel 4-1 lk.202). Eukarüootse raku geenid sisaldavad mittekodeerivaid piirkondi mida nim introniteks, need piirkonnad pre-mRNA protsessimisel lõigatakse välja, toimub nn splicing. Kodeerivaid piirkondi nim eksoniteks. Geeni otstes paiknevad mittekodeerivad DNA alad on vajalikud geeni transkriptsiooniks. 5' otsas on transkriptsiooni regulatsiooni piirkond, 3' otsas on järjestused mis on vajalikud mRNA modifitseerimiseks, samuti stop koodonid ja täiendavad regulaatorelemendid
- Eukromatiin - kromatiini osa. See on lõdvalt pakitud kromosoomi ala, mille pealt toimub transkriptsioon. Transkriptsiooniliselt aktiivne DNA - Heterokromatiin - Inaktiivne DNA - Aluspaar (näide) - nukleotiidipaar (np, bp, Kb); mõõdetakse DNA lõigu (ekson, intron, geen jt.) pikkust. kaks omavahel vesiniksidemetega seotud nukleotiidi, mis esinevad vastastikustes komplementaarsetes DNA või RNA ahelates. Üldjuhul moodustab guaniin (G) aluspaari tsütosiiniga (C) ja adeniin (A) aluspaari tümiiniga (T), RNA molekulis on aga adeniin paardunud uratsiiliga (U) - Genoom - ühes liigiomases kromosoomikomplektis (haploidne kromosoomistik) sisalduv geneetiline materjal - Genotüüp - genotüüp, kõigi organismi kromosoomides paiknevate geenialleelide kogum, mis määrab organismi tunnuste arengu ja tema reaktsiooninormi erinevais keskkonnaoludes - Haploidne genoom (suurus inimesel
Koensüüm A ehk CoA 9. Kas geneetiline informatsioon säilitatakse DNA: Primaarstuktuuris ehk nukleotiidide järjestusena. 10. Kirjutage antud järjestusega komplementaarne järjestus (võivad olla erinevad järjestused) (A-T, A-U, G-C) ACCTCGAAG TGGAGCTTC 11. Millisel interaktsioonil põhineb geneetilise materjali kopeerimine? Vesiniksidemel, sest lämmastikaluste komplementaarsus baseerub vesiniksidemel. 12. Millise lämmastikalusega moodustab DNA ahelas aluspaari tsütosiin ja mitme vesiniksideme vahendusel? Tsütosiin C Guaniin, Kolm vesiniksidet. 13. Kas DNA esineb eukarüootses rakus reeglina ühe- või kaheahelalise molekulina? (sama küsimus ka RNA kohta). DNA esineb eukarüootses rakus reeglina kaheahelalise molekulina. RNA esineb eukarüootses rakus reeglina üheahelalisena. 14. Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? (sama küsimus ka RNA kohta).
transkriptsiooniühikuna, mis koosneb viiest klastrist. Igas klastris on 20-30 tandemkordust (kromosoomide 13, 14, 15, 21 ja 22 p õlgades). 5SrRNA paikneb 1q41-42. Samuti tandeemselt organiseeritud. Vähemalt 200-300 geeni. Esineb palju seotud pseudogeene, vähemalt 3000 5SRNA puhul. tRNA geenid- Umbes 500 tRNA geeni ja arvukalt pseudogeene (324) vähem tsütoplasmaatilisi tRNA geene (497) kui C.elegans(584). Jaotatakse 49 perekonda vastavalt antikoodoni spetsiifikale (kolmanda aluspaari kõdumine!). Geenid kõikides kromosoomides v.a. 22 ja Y. Paiknevad klastritena. Üle poole asub 6. kromosoomi 4Mb sees Teiste RNA-de geenid- Umbes 100 snRNA geeni. Väga T rikkad. Osalevad splaisosoomide moodustamisel. Geenid klastritena. Mõned esinevad multikoopiatena (U6 snRNA jaoks 44 geeni). Umbes 100 snoRNA geeni. Osalevad teiste RNA molekulide modifitseerimisel. Kaks peamist rühma: C/D box snoRNA (suunavad 2`O-riboosi metülatsiooni ja H/ACA snoRNA (suunavad pseudouridüülimist)
arengusignaalidele. 30. Emasisendid sünteesivad Fn-et Sxl valku, mis represseeerib eksonite 3,2 spalisingut Sxl pre-mRNAs ja eksonite 1,2 spalisingut tra-mRNAs. Tra- tra2 kompleksi sidumine Dsx pre-mRNAle aktiveerib eksonite 34 splaisingu. Selle tulemusena sünteesitakse emas- ja isasembrüotes ernevaid Dsx valke. Dsx mees-vorm represseerib naissooliseks diferentseerumiseks vajalike geenide ekspres-siooni. 31. Inimese BDNFi geen on enam kui 80,000 aluspaari pikkune. BDNFi mazhoorsed transkriptid aga 1.8 ja 4.4 kb pikad. Millest selline geeni verdsus mRNAde pikkuse erinevus on tingitud? Kirjelda molekulaarseid protsesse, mis on selle pikkuste erinevuse taga. a. Lõigatakse erinevad introinid välja. Võib olla erinev 3' ots. Splaissimine: erinevate splaissaitide kasutamine; poly(A) saitide alternatiivne kasutamine; alternatiivsete promootorite kasutamine. 32
· ensüümide hulkade regulatsioon geenide aktiivsuse regulatsioon (klassika operoni mudel) Molekulaarbioloogia tsentraalne dogma bioloogilise informatsiooni "voolu" suund on DNA RNA valk DNA replikatsioon on "poolkonservatiivne" tütar-DNAd saavad kumbki ühe vanadest ahelatest väga tähtis fakt DNA replikatsioonimehhanismi mõistmiseks. DNA replikatsiooni kiirus on konstantne, ei sõltu rakkude kasvutingimustest ja on 800- 1000 aluspaari (bp base pairs) sekundis. Prokarüootsete rakkude DNA replikatsiooni alustab üks DNA polümeraas ja ta viib replikatsiooni ka lõpule (vt. järgmine slaid), mis tähendab, et näiteks E. coli puhul võtab DNA replikatsioonitsükkel aega 40 minutit ja seda lühendada ei saa. Nimetatud asjaolu on tähtis, kui püüda aru saada, kuidas korraldada rakutsükleid, mille pikkus on väiksem, kui 40 minutit (E. coli on võimeline kasvama 20 minutilise rakutsükliga)
· ensüümide hulkade regulatsioon geenide aktiivsuse regulatsioon (klassika operoni mudel) Molekulaarbioloogia tsentraalne dogma bioloogilise informatsiooni "voolu" suund on DNA RNA valk DNA replikatsioon on "poolkonservatiivne" tütar-DNAd saavad kumbki ühe vanadest ahelatest väga tähtis fakt DNA replikatsioonimehhanismi mõistmiseks. DNA replikatsiooni kiirus on konstantne, ei sõltu rakkude kasvutingimustest ja on 800- 1000 aluspaari (bp base pairs) sekundis. Prokarüootsete rakkude DNA replikatsiooni alustab üks DNA polümeraas ja ta viib replikatsiooni ka lõpule (vt. järgmine slaid), mis tähendab, et näiteks E. coli puhul võtab DNA replikatsioonitsükkel aega 40 minutit ja seda lühendada ei saa. Nimetatud asjaolu on tähtis, kui püüda aru saada, kuidas korraldada rakutsükleid, mille pikkus on väiksem, kui 40 minutit (E. coli on võimeline kasvama 20 minutilise rakutsükliga)
DNA polümeraasid moodustavad ensüümiperekonna, mis viivad läbi igat DNA replikatsiooni.[3] DNA polümeraas saab lisada vabu nukleotiide ainult sünteesitava ahela 3' otsa, selle tõttu toimub uue ahela pikendamine 5'-3' suunas. Ükski teadaolev DNA polümeraas ei ole võimeline alustama täiesti uue ahela sünteesi, vajatakse vaba 3'-OH rühmaga praimerit, millele esimene nukleotiid liita. Praimerid koosnevad RNA ja/või DNA aluspaaridest. DNA replikatsiooni puhul on kaks esimest aluspaari alati RNAd ning neid sünteesib ensüüm nimega praimaas. Ensüümi nimega helikaas vajatakse kaheahelalise DNA struktuuri lahtikeerdumiseks üheahelaliseks. Lahtikeerdumine on vajalik, et replikatsioon saaks alata mõlemalt ahelalt. Paljudel DNA polümeraasidel on vigadeparanduse funktsioon, mida nimetatakse proofreadinguks. See protsess parandab vead vastsünteesitud DNAs. Vale aluspaari äratundmise korral pöörab DNA polümeraas ühe aluspaari võrra tagasi ning tänu eksonukleaassele
19. PCRi kasutatakse valitud DNA lõigu paljunadamiseks. Väga tähtis moment reaktsiooni teostamisel on õigete praimerite valimine ning reaktsioonitingimuste kindel täitmine. PCR reaktsioon toimub kolme-etapiliselt: DNA ahelate denatureerimine, praimerite seondumine DNA ahelatega ning DNA süntees. 20. Oma töös kasutasin Reverse (vastassuunilise) praimerina SV-40 poly A, Forward (pärisuunalise) praimerina EGFP-3-170, ning plasmiidina pEGFP-FoxO3a-wt. Oodatav produkti pikkus – 2400 aluspaari. 21. Töö käik: 1. Pipeteerisin kokku PCRi reaktsioonisegu (20μl): 11,3 μl vett 2 μl 10x polümeraasi puhvrit – tagab vajalikud reaktsioonitingimused, nagu pH, soolade kontsentratsioon jt μl 25 mM MgCl2 (lõppkonts. 2,5 mM) – Mg2+ ioonid on vajalikud polümeraasi töötamiseks 2,4 μl 2 mM dNTP (lõppkonts. 240 μM) – sisaldab 4 liiki nukleotiide
- 3’ mittetransleeritav osa (3’ UTR) Eksonid ja Intronid Eksonid on geenis olevad järjestused, mis moodustavad lõpliku mRNA molekuli. Intronid on vahepealsed järjestused, mis lõigatakse välja kui algne primaarne transkript (premRN, ka hnRNA) protsessitakse mRNA-ks. Inimgenoomi olulisemad parameetrid Inimese suurim geen on düstrofiin (DMD) Katab genoomist ca 2.4 miljonit aluspaari, 79 eksonit Mutatsioonid düstrofiini geenis (DMD) põhjustavad Duchenne’i ja Becker’i muskulaarset düstroofiat Geeni ekspressiooni tase võib olla väga erinev Erinevate geenide avaldumine võimaldab erinevaid rakutüüpe • Kõik organismi rakud on geneetiliselt identsed
· Polümeraas : tuumas, DNA replikatsioon, ei korrigeeri · Polümeraas : tuumas, DNA reparatsioon, ei korrigeeri · Polümeraas : mitokondrid, DNA repl., korrigeerib · Polümeraas : tuumas, DNA repl., korrigeerib · Polümeraas : tuumas, DNA reparatsioon, korrektuur 1. Erinevad polümeraasid tuumas ja mitokondrites 2. Mõned korrigeerivad, osa vaid reparatsiooniks Iga eukarüootne kromosoom sisaldab ühte kaheahelalist DNA molekuli Keskmselt ~108 aluspaari Replikatsiooni kiirus korral 2 kb/minutis nõuaks inimesekromosoomi replikatsiooniks ~35 päeva. See oleks väga pikk Seepärast initseeeritakse replikatsioon paljudes saitides üheaegselt Kiirus rakuspetsiifiline! Lineaarsete kromosoomide otsad (telomeerid) DNA polümeraas/ligaas ei tööta kromosoomide otstes, kui RNA eemaldatud. Seepärast iga paljunemistsükli järel kromosoom lühem 1
negatiivne spiralisatsioon - kui keerdumine on vastassuunas (vasakule), tekib lõdvem DNA struktuur Eukarüootne DNA on pakitud kromosoomidesse. Imetaja kromosoom on lineaarne DNA molekul, mis on tihedalt pakitud valkude kompleksis. Genoom on organismi kõigi kromosoomide DNA. Eukarütoosed genoomid: Reeglina suur genoom. Umbes 98% genoomist ei kodeeri valkudeks. Kuid osa sellest transkribeeritakse RNA-ks. Vahel nimetatakse “rämps“ DNAks. Inimese genoomne DNA on 3x109 aluspaari. Lisaks nukleaarsele DNA-le esineb ka mitokondriaalne ja kloroplastide DNA. Suur osa genoomist moodustavad kordusjärjestused. Ainult mõni protsent genoomist on kodeeritav valguks. Inimese genoom on pakitud 24 kromosoomi. Eukarüootses rakus on mitmeiid geenide regulatoorseid mehhanisme: sageli rakuvälised stiimulid reguleerivad geenide aktiivsust ka geenilt kodeeritav valk võib otse/kaudselt reguleerida omaenda geeni aktiivsust (nii positiivselt kui negatiivselt)
Geen lõik DNA-st, mis sisaldab infot ühe valgu genereerimiseks e valgu kirjel- AA, BB või qq. Kui homoloogsete kromosoomide samas lookuses on erinevad dus DNA tasandil (joonis 8). Geen võib olla määratud vaid 1000 aluspaariga, aga alleelid (genotüüp näiteks Aa), nimetatakse isendit heterosügootseks. võib sisaldada ka mitut miljonit aluspaari, seejuures ei ole geen enamasti üks kat- kematu jupp, vaid asub DNA-l mitmeks osaks tükeldatult. Inimesel on 30-40 tuhat Juhul, kui heterosügootne genotüüp (Aa) avaldub samamoodi kui homosügootne geeni. Võrdluseks: ümarussil on geene ~19000, äädikakärbsel ~13600, geneeti- genotüüp (AA), nimetatakse selliselt prevaleerivat alleeli (tunnust) dominantseks.
elektrokeemilise gradiendi energiat. koostada fülogeneetilisi puid ning analüüsida inimpopulatsioonide rännet ja ajalugu. Mitokondri maatriksisse liikumise signaal on valkude N-terminaalse otsa 15–30 aminohappe Inimese mitokondriaalne DNA on üks väiksemaid, pikkune signaaljärjestus. pikkusega 16 569 aluspaari, kodeerib kahte rRNA ja 22 tRNA tüüpi. Mitokondritel on unikaalne genoom, mis inimese puhul kodeerib 37 geeniprodukti. Kasutatud kirjandus http://bio.edu.ee/taimed/general/rakkp.htm https://www.britannica.com/science/mitochondrion https://biologydictionary.net/mitochondrion/ https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982206000480 https://www.ncbi.nlm.nih
tRNA molekulide sekundaarstruktuuri iseloomustatakse "ristikheinalehe" kujuga. tRNA sekundaarstruktuuri moodustavad 4 kaksikahelalist osa - õlga ja 4 üksikahelalist piirkonda - lingu, mis paiknevad vastavate õlgade otstes. tRNA molekuli otsad asuvad lähestikku, nende paardumisel tekkiv kaksikahelaline osa kannab nimetust "aktseptor-õlg", selle 3' otsa paardumata nukleotiididele liidetakse estersidemega aminohape. Aktseptor-õlg on 7 aluspaari pikk. T-õlg on saanud oma nime tänu modifitseerunud nukleotiididele, mis asuvad T-lingus. Need nukleotidid on ribosüültümidiin T ja pseudouridiin . T-õla pikkus on 5 aluspaari, T-lingu pikkus varieerub harilikult 7-9 nukleotiidi ulatuses. D-õlg on saanud nime temas leiduva modifitseeritud nukleotiidi dihüdrouridiini D järgi. D-õla pikkus on harilikult 4 aluspaari, D-lingu pikkus on varieeruv. Antikoodon-õlg on alati 5 aluspaari pikk
4) Eelpoolmainitud etappe (tsükleid) korratakse 20–30 korda, et amplifitseerida piisav arv DNA molekule. 18. Millist polümeraasi kasutatakse PCR protseduuril ja miks? Mikroorganismist Thermus aquaticus pärit DNA Taq polümeraasi, kuna see on kuumale vastupidav ning ei denatureeri 94º C juures. 19. Mis on praimerid? 15-25 nukleotiidi pikkused komplementaarsed oligonukleotiidid, mida kasutatakse PCR-is. Praimer on lühike (tavaliselt umbes kümme aluspaari pikkune) nukleiinhappe lõik, mis on DNA replikatsiooni alguskohaks. 20. Kes töötas välja PCR meetodi? 2:2-3. PCR meetodi leiutas 1983 Kary Mullis. 21. Mis on geel-elektroforees ja milleks seda kasutatakse? 2:11-15. Elektroforees on meetod mis võimaldab eri tüüpi molekule üksteisest lahutada järgnevate karakteristikute järgi: elektriline laeng, suurus, kuju. Geel-elektroforeesi kasutatakse DNA molekulide isoleerimiseks. Geeliks kasutatakse agarist puhastatud suhkrut agaroosi
DNA põimub lahti üksikahelaks initsiatsiooni saidi lähedal (+1). RNA-polümeraas transkribeerib DNA'd (- alaühik initsieerib sünteesi), kuid toodab umbes 10 "värdjalikku" (lühike, mitteproduktiivne) transkripti. Need transkriptid ei saa polümeraasist väljuda, kuna väljapääs on blokeeritud -faktoriga. Lõpuks -faktor dissotseerub holoensüümist ja järgenb elongatsioon. Eukarüoodi transkriptsiooni initsiatsioon: Eukarüootide promootor on tavliselt 50 aluspaari ülavoolu transkriptisooni intsiatsiooni saidist. Koosneb see basaalsest transkriptsiooni-kompleksist ja RNA-polümeraas II-st. Edasine transkriptsiooni regulatsioon on teostatud ülavoolu kontrollielementidega, tavaliselt asuvad nad umbes 200 aluspaari ülavoolu initsiatssiooni saidist. Promootorjärjestus sisaldab vahel TATA-box'i kõrgelt konserveerunud DNA äratundmisjärjestus TATA-box-seonduvatele valkudele (TATA box binding protein),
8. Nimetage üks adenosiinil põhinev kofaktor? 9. Kas geneetiline informatsioon säilitatakse DNA: a) primaarstruktuuris b) sekundaarstruktuuris c) tertsiaarstruktuuris 10. Kirjutage antud järjestusega komplementaarne järjestus (võivad olla erinevad järjestused) ACCTCGAAG TGGAGCTTC 11. Millisel interaktsioonil põhineb geneetilise materjali kopeerimine? a) van der Waalsi interaktsioon b) vesinikside c) elektrostaatiline interaktsioon 12. Millise lämmastikalusega moodustab DNA ahelas aluspaari tsütosiin ja mitme vesiniksideme vahendusel? V: moodustab aluspaari guaniiniga. Kolme H-sideme vahendusel. A-T kahe vesinik sidemega. 13. Kas DNA esineb eukarüootses rakus reeglina ühe- või kaheahelalise molekulina? (sama küsimus ka RNA kohta). V: Enamasti on geneetiline informatsioon kodeeritud kaheahelalises DNA-s (kuid esineb ka viirusi, mille genoom koosneb üheahelalisest DNA-st või RNA-st.) 14. Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? (sama küsimus ka RNA
tRNA molekulide sekundaarstruktuuri iseloomustatakse "ristikheinalehe" kujuga. tRNA sekundaarstruktuuri moodustavad 4 kaksikahelalist osa - õlga ja 4 üksikahelalist piirkonda - lingu, mis paiknevad vastavate õlgade otstes. tRNA molekuli otsad asuvad lähestikku, nende paardumisel tekkiv kaksikahelaline osa kannab nimetust "aktseptor-õlg", selle 3' otsa paardumata nukleotiididele liidetakse estersidemega aminohape. Aktseptor-õlg on 7 aluspaari pikk. T-õlg on saanud oma nime tänu modifitseerunud nukleotiididele, mis asuvad T-lingus. Need nukleotidid on ribosüültümidiin T ja pseudouridiin ψ. T-õla pikkus on 5 aluspaari, T-lingu pikkus varieerub harilikult 7-9 nukleotiidi ulatuses. D-õlg on saanud nime temas leiduva modifitseeritud nukleotiidi dihüdrouridiini D järgi. D-õla pikkus on harilikult 4 aluspaari, D-lingu pikkus on varieeruv. Antikoodon-õlg on alati 5 aluspaari pikk
tRNA molekulide sekundaarstruktuuri iseloomustatakse "ristikheinalehe" kujuga. tRNA sekundaarstruktuuri moodustavad 4 kaksikahelalist osa - õlga ja 4 üksikahelalist piirkonda - lingu, mis paiknevad vastavate õlgade otstes. tRNA molekuli otsad asuvad lähestikku, nende paardumisel tekkiv kaksikahelaline osa kannab nimetust "aktseptor-õlg", selle 3' otsa paardumata nukleotiididele liidetakse estersidemega aminohape. Aktseptor-õlg on 7 aluspaari pikk. T-õlg on saanud oma nime tänu modifitseerunud nukleotiididele, mis asuvad T-lingus. Need nukleotidid on ribosüültümidiin T ja pseudouridiin . T-õla pikkus on 5 aluspaari, T-lingu pikkus varieerub harilikult 7-9 nukleotiidi ulatuses. D-õlg on saanud nime temas leiduva modifitseeritud nukleotiidi dihüdrouridiini D järgi. D-õla pikkus on harilikult 4 aluspaari, D-lingu pikkus on varieeruv. Antikoodon-õlg on alati 5 aluspaari pikk
Liikide määramiseks mõeldud uus globaalne standard. The Consortium for the Barcode of Life (CBOL) - rahvusvaheline initsiatiiv liikide määramiseks mõeldud globaalse standardi arendamiseks. The European Consortium for the Barcode of Life (ECBOL) - rahvusvaheline initsiatiiv liikide määramiseks mõeldud globaalse standardi arendamiseks. DNA triipkoodi standardgeen Siiani on CBOL poolt heaks kiidetud ainult üks geen, mis "töötab" hästi loomariigis. So. 648 aluspaari (nukleotiidi) pikkune mitokondri tsütokroom C oksidaasi I geeni (COI) region (ingl. k. - mitochondrial cytochrome c oxidase 1 gene (CO1). Kümme põhjust miks DNA triipkoodi põhine määramine on oluline: Works with fragments Works for all stages of life Unmasks look-alikes Reduces ambiguity Makes expertise go further Democratizes access Opens the way for an electronic handheld field guide Sprouts new leaves on the tree of life Demonstrates value of collections
kasutades said teadlased uurida mitte ainult tänapäeva inimeste geene, vaid ka meie esivanemate Homo erectus'e (keda peetakse suure tõenäosusega meie otseseks eellaseks), H. Ergaster'i ja arhailiseH. Sapiens'i geene. Teadlased leidsid, et vaid kahes inimese DNA järjestuses on piisavalt informatsiooni inimeste arvukuse määramiseks minevikus. Lynn Jorde uuris koos kolleegidega genoomi osasid, mis sisaldavad mobiilseid elemente, mida nimetatakse Alu-järjestusteks. Need on umbes 300-aluspaari pikkused DNA-lõigud, mis sisenevad ise juhuslikesse kohtadesse genoomis. Seda ei juhtu kuigi sageli, kuid kui Alu- järjestus on kuhugile genoomis sisenenud, jääb see sinna paljudeks põlvkondadeks. Neid järjestusi saab kasutada genoomi vanemate osade markeritena. Alu-järjestust sisaldavad piirkonnad on üldiselt muudest genoomi piirkondadest keskmiselt vanemad. Seetõttu on neid piirkondi hiljutistest pudelikaeladest (Nagu Toba) ja rahvaarvu hüppelisest kasvust rohkem
Doonorid: 1. AB doonoril mõlemad antigeenid, kanname vaid AB berd (universaalne retsipient) 2. B antigeen B ja saab kanda vaid B või AB. 3. A antigeen A saab kanda nii A kui AB 4. O antigeen puudub ja on universdaalne doonor Tsüstiline fibroos: Probleemid kõhunäärmes, kopsudes, seedesüsteemis, seemnejuhades meestel jne Kõik sekreedid liiga viskoossed Elulölemus ala ~40 aasta Autosoomne retsessiivne; del 7 kromosoomis, enamuses 3 aluspaari, 1 2000 sünni kohta valgetel, mutatsiooni kandjaid heterosügoote 123 Kolme aluse deletsioon (koodon) viib ühe amino happe eemaldamisele membraani transportvalgus, mis seob ATP CFTR = Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Alleeli variandid: PHE508 DELETsioon ILE507 DELETSIOON GLN493 STOP KOODON ASP110 HIS ARG117 HIS ARG347 PRO Sirprakuline aneemia:
vormis oleva DNA struktuurile Bvorm on füsioloogilistes tingimustes (vesilahuses) dominantne DNA konformatsioon Avorm tekib Bvormi keemilisel töötlemisel näiteks alkoholide ja soolalahuste toimel. A vormina esineb kaheahelaline RNA ja DNARNA hübriid Tuntud on ka vasakpoolse keermega heeliks Z DNA BDNA 10 aluspaari ühe täispöörde kohta, ADNA 11; ZDNA 12 BDNA heeliks on seest praktiliselt täidetud, 2 aluse vahe (tõus) 0.34nm vastab lämmastikaluste heterotsüklite van der Waalsi raadiuste summale Nukleiinhapete sekundaarstruktuuri stabiilsus: DNA denaturatsioon G = H TS (heeliks struktuuritu ling) Heeliksit destabiliseerib: Negatiivsete laengute
RNA ülesanded: * geneetilise informatsiooni realiseerimine * informatsioon valkude ehituse kohta DNAst kätte saada ja selle alusel valke toota RNA tüübid: * informatsiooni RNA mRNA (matriitsRNA) - võtab informatsiooni DNAlt * ribosoomi RNA rRNA - valkude ülesehitamine - kuulub ribosoomi koostisesse * transpordi RNA tRNA - valkude ribosoomi toomine 3 aluspaari määravad ära ühe aminohappe. <<<< Aminohapete transportimine ribosoomi. Aminohappe määrab ära tRNA pea e antikoodon. mRNA kopeerib DNA infot ja viib selle tuumast välja ribosoomi. Kõik RNAd toodetakse ühe põhimõtte järgi. ________________________________
1. Aluspaari väljalõikamisega seotud reparatsioon. DNA ühel ahelal olevate vigastuste parandamiseks on kolm peamist süsteemi: · Base excision repair (BER), mille käigus eemaldatakse DNA ahelast üksik kahjustatud nukleotiid mis asendatakse uuega. BER-i kasutatakse peamiselt oksüdeeritud, alküleeritud, hüdrolüüsitud ja deamineeritud nukleotiidide väljavahetamiseks. · Nucleotide excision repair (NER), mille käigus asendatakse DNA kahjustuse ümbrusest umbes 30 nukleotiidi pikkune üheahelaline DNA lõik. NER tunneb ära vigastusi, mis tekitavad suuremaid muudatusi DNA üldises struktuuris. Sellisteks on näiteks tümiini dimeerid ja DNA üheahelalised katked. NER jaotub kaheks alaliigiks: 1) transcription-coupled repair (TCR), mis aktiveerub, kui RNA polümeraas "avastab" DNA kahjustuse ning jääb seetõttu transkribeeritavale alale seisma. TCR tagab transkri...
Kattumatus - koodonisse kuuluvad nukleotiidid moodustavad komplekti, mida on translatsiooni staadiumis vaid üks kord. Degenereeritus - üks aminohape võib olla kodeeritud rohkem kui ühe koodoniga va. Trp ja Met. b. Crick`i võnkehüpoteesi olemus ja roll esimene alus antikoodonis, mis vastab koodoni kolmandale alusele on nn võnkuvas asendis, st üks antikoodon on võimeline ära tundma rohkem kui ühe koodoni Koodoni kaks esimest alust moodustavad alati tugeva Watson-Crick`i aluspaari (A paardub U-ga ja G C-ga) tRNA antikoodoni teise ja kolmanda alusega ning omavad määravat rolli koodonspetsiifilisuse tagamisel. Antikoodoni esimene alus (nn võnkuv alus), mis paardub lõdvemalt koodoni kolmanda alusega, määrab ära koodonite arvu, mida see tRNA ära tunneb. Kui ühte amonihapet kodeerivates koodonites on erinevus esimese kahe aluse osas, siis on neil erinevad tRNA-d. Võnkumise bioloogiline roll: tRNA dissotsiatsioon ja valgu süntees mRNA-lt on kiirem.
lähedasem liik. Sama kinnitab ka molekulaarne analüüs. Inimese ja shimpansi välised tunnused (anatoomia, füsioloogia, käitumine ja ökoloogia) erinevad märksa enam, kui seda võiks eeldada nende valkude sarnasuse põhjal, mis näitab, et valgud on 99% ulatuses identsed (7,2 muutust 1000 aminohappe kohta). DNA järjestuste võrdlusest (peamiselt on kasutatud DNA hübridisatsiooni katseid) selgus et 3000 DNA aluspaari kohta tuleb keskmiselt 33 erinevust, mis on mõnevõrra suurem aminohappelisest erinevusest. See vahe tuleb sellest, et kõik muutused DNA primaarjärjestuses ei kajastu polüpeptiidide aminohappelises järjestuses, kuna osa muutusi leiavad aset regulatoorsetes DNA järjestustes või intronites, mis paiknevad kodeerivatest aladest väljas. Samuti tuleb arvestada geneetilise koodi kõdumist (nukleotiidi asendus koodoni viimases positsioonis ei muuda tavaliselt tema kodeerimisvõimet)
Pipeteerime markeri geeli esimesse hambasse. Pipeteerin enda segu geeli hambasse. Lahutame DNA geelis elektrivoolu toimel (150V ja laseme joosta 20 minutit) Teeme UV valguse all IQ400 geelipildistajas oma geelist pildi. Tulemused: 6 Minu rada: 11 Mida näen geelis oma rajal? Mida saan sellest geelipildist järeldada? Näen oma rajalt, et minu DNA fragment on kuskil 600-700 aluspaari pikkune, mis on ka täiesti korrektne, kuna kasutasin Dystonini(DST), mis on eelantud tabeli järgi 644 aluspaari pikkune. Samas saan järeldada, et DNA kontsentratsioon on suur. Mis juhtub, kui DNA laadimispuvrit lisada arvutatust 2x rohkem? Mis juhtub, kui seda PCRi produktile enne geelile pipeteerimist üldse ei lisata? Ei tohiks nagu midagi juhtuda. Kui me puhvrit üldse ei lisa, siis ei näe pärast oma DNA bände ja seda on algselt raksem hambasse pipeteerida. DNA võib hambast
Sõltub nt paljunemisviisist (suguline või mitte). 7. Millest on tingitud molekulaarse kella põlvkonnaefekt? Milline on ligikaudne mutatsioonikiirus inimesel 1 põlvkonna kohta? Molekulaarsel kellal on põlvkonnaefekt, mis seisneb selles, et põlvkonnapikkus mõjutab kella tiksumist. Organismidel, kellel on pikem generatsiooniaeg, on aeglasem molekulaarne kell, kui neil, kellel on lühem generatsiooniaeg. Inimesel on keskmiselt 1x10-9 mutatsiooni aluspaari kohta põlvkonnas. Kui korrutada inimese aluspaari kohta leitud mutatsioonikiirus diploidse genoomi suurusega (2*3,2*109) saame: (1 * 10-9 mut/bp/gen) * (2 * 3,2 * 109 bp) = 6,4 mutatsiooni generatsiooni kohta. 8. Millised on erinevad mutatsioonikiiruse määramise viisid? Millised võivad olla mutatsioonikiiruse ühikud? Mutatsioonikiirust on keeruline määrata, kuid seoses kogu genoomi
reguleerida RNA polümeraasi tegevust ja seeläbi transkriptsiooni. Asub promootorist eespool või tagapool. Transkriptsiooni valgud- Spetsiaalsed regulaatorvalgud, mis määravad ära millist geeni ja millal aktiveerida. Neil on DNA-ga seonduv osa (domeen), mis võimaldab neil DNA järjestusega (enhanser, promootori elemendid) seonduda. Transkriptsioon toimub tuumas. Transkriptsioon faasid: 1. Initsiatsioon e. algus (initiation)- Nukleotiidi molekule lisatakse ükshaaval kuni 9 aluspaari on lisatud ja siis saab alata elongatsioon (RNA polümeraas saab liikuda). 2. Elongatsioon e. pikendus (elongation)- DNA lahtikeeramine ja nukleotiidide lisamine jätkub 3. Terminatsioon e. lõpp (termination)- Moodustab juuksenõela struktuuri (enda suhtes komplementaarne). mRNA modifikatsioonid: · 5' `müts' (cap)- funktsioonid: Olla `lipuks' transpordil tuumast välja, Kaitsta
Glükosiidsidemega 8. Nimetage üks adenosiinil põhinev kofaktor?CoA ehk koensüümA 9. Kas geneetiline informatsioon säilitatakse DNA? Primaarstruktuuris 10. . Kirjutage antud järjestusega komplementaarne järjestus. ACCTCGAAG TGGAGCTTC 11. . Millisel interaktsioonil põhineb geneetilise materjali kopeerimine? Vesiniksidemel, sest N-aluse komplementaarsus põhineb vesiniksidemel 12. Millise lämmastikalusega moodustab DNA ahelas aluspaari tsütosiin ja mitme vesiniksideme vahendusel? Guaniin ning kolme vesiniksidemega. 13. . Kas DNA esineb eukarüootses rakus reeglina ühe- või kaheahelalise molekulina? Kaheahelaline. RNA on tavaliselt üheahelaline. 14. . Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? Sest replikatsiooni läbiviiv ensüüm DNA/RNA polümeraas saab nukleotiide liita vaid 3' otsa, seega jääb vabaks 5' OH rühmaga. 15. Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas
huvipakkuv seetõttu, et sarnaneb väga konformatsiooniga, mis tekib DNA-RNA ja RNA:RNA dupleksite puhul. DNA- RNA dupleksite moodustumine on rakkudes sage protsess. DNA puhul on kirjeldatud ka vasakule pöörduvat kaksikheeliksit, mida nimetatakse Z-DNA-ks. Nimetus Z-DNA tuleneb sellest, et selle konformatsiooni puhul paikneb suhkur-fosfaat selgroog sikk-sakiliselt. Z-DNA puhul mahub heeliksi täispöördesse 12 aluspaari ning molekuli pinnal on ainult üks sügav vagu. Z-DNA tekkimist soodustavad tsütosiini metüleerimine ning DNA negatiivne superspiralisatsioon. Arvatakse, et üks Z- DNA bioloogilisi rolle võib olla seotud transkriptsiooniga. 5. Nukleiinhapete primaar- sekundaar- ja tertsiaarstruktuurid. Kui nukleotiidid on omavahel ühendatud DNA või RNA ahelaks, on tegemist DNA või RNA primaarstruktuuriga. Sekundaarstruktuur tekib siis, kui kaks polünukleotiidahelat moodustavad kaksikheeliksi
29. Loetle DNA erineva struktureerituse astmed, mis lõpevad kromosoomi tekkega. DNA-ahel: Nukleosiid trifosfaatides on fosfaadid seotud C5'-ga. Suhkru aatomite järgi nimetatakse 5' ja 3' otsteks. Nukleiinhapped sünteesitakse 5' otsast alates 3' suunas nii, et järgmise nukleotiidi vahele tekib fosfodiester side. Polükondensatsioonireaktsioon. DNA sekundaarstruktuur: Antiparalleelne kaksikheeliks, Komplemetaarne paardumine; erinevad vormid: B vorm (tavaline, 1 pööre 10 aluspaari, olulisim omadus on võime painduda pikki telge kui DNA komplekseerub valkudega (kromatiin)), A vorm (kompaktsem, esineb DNA-RNA interaktsioonide korral, 11 aluspaari), Z vorm (vasakukäeline heeliks, annavad lühikesed ahelad ja alternatiivsed nukleotiidid), Kolmikahelaline struktuur (Hoogstein paardumine on komplementaarne) Bakteritel veelgi enam keerdunud (superspiraalid), seda aitavad teha topoisomeraasid.
4)loomariik 41. Algloomade raku ehitus. Vibur! Võivad sisaldada ka kloroplaste. 42. Seeneraku ehitus. Samad organellid, mis loomsesrakus, taimedele omased plastiidid puuduvad, sh vakuoolid. Üherakulised seened on ümarad, kuid hulkraksed, hüüfemoodustavad seened on niitjad, otste kaudu liiguvad organellid ja rakutuumad. 43. Restriktaasid. Paljud bakterid produtseerivad ensüüme, restriktsioonilisi endonukleaase e. klass II restriktaase, mis tunnevad kindlaid 4 8 aluspaari pikkusi DNA järjestusi ning lõikavad DNA d ainult nendest spetsiifilistest kohtadest. Nii kaitsevad restriktaasid baktereid näit faagide sissetungi eest, lagundades nende DNA enne, kui faag jõuab mikroobi kahjustada. Omaenese restriktaaside suhtes on bakterid resistentsed, sest bakteri enda genoomis on need järjestused kaitstud adeniini ja tsütosiini jääkide metüleerimisega. Paljude restriktaasidega lõikamise tulemusel tekivad DNA fragmendid, mille otstes on
sagedusega 1%. Füüsiliste kaartide (restriktsioonikaart, DNA järjestus) puhul mõõdetakse vahemaid molekulaarselt – aluspaaride (bp), kilobaaside (kilobase, kb) või megabaaside (megabase, Mb) kaudu. Kuigi geenide molekulaarne distants üksteisest ei pruugi alati korreleeruda nende geneetilise kaugusega, vastab 1 cM inimese kromosoomis eukromatiini sisaldavas alas ligikaudu 1 Mb-le. 1Mb = 1000 kb = miljon aluspaari Kaugused geneetilisel kaardil ei vasta täpselt kaugustele kromosoomi füüsilisel kaardil. Rekombineerumine toimub väiksema tõenäosusega kromosoomi otste lähedal ning tsentromeeri piirkonnas – geneetilisel kaardil on need alad kokku surutud. 21 Ülejäänud regioonid, kus ristsiirde toimumise tõenäosus on kõrgem, on geneetilisel kaardil välja venitatud. Geneetiline ja füüsiline kaart on kolineaarsed – geenid paiknevad mõlemal kaardil samas järjekorras
Võrreldes HGP projektiga olid Venteril kasutada uut tüüpi, võimsamad automaatsekvenaatorid. Konkurents inimese genoomi sekveneerimisel kiirendas ka HGP tegevust. Kogu genoomi DNA järjestuse mustandvariandi valmissaamisest teatati 2000-nda aasta juunis mõlema konkureeriva projekti poolt. Sekveneeriti mitme inimese DNA segu. Saadud andmete põhjal leiti, et inimesel on 30000 kuni 40000 geeni. Inimese genoom on 3 miljardit aluspaari pikk. Seega on valku kodeerivaid järjestusi ligikaudse hinnangu alusel 1-2% genoomist. 2003. a. aprilliks, DNA kaksikheeliksi kirjeldamise 50-ndal aastapäevaks, esitas HGP inimese genoomi nukleotiidse järjestuse, kus 98% geene sisaldavatest aladest oli sekveneeritud 99,99%-lise täpsusega. Praeguste andmete järgi on inimesel ligikaudu 24000 geeni. Sekveneeritud on ka konkreetsete isikute genoome (näit. Craig Venter, James Watson). Kahe mittesuguluses oleva inimese
Venter lubas sekveneerida inimese genoomi täielikult kolme aasta jooksul. Võrreldes HGP projektiga olid Venteril kasutada uut tüüpi, võimsamad automaatsekvenaatorid. Konkurents inimese genoomi sekveneerimisel kiirendas ka HGP tegevust. Kogu genoomi DNA järjestuse mustandvariandi valmissaamisest teatati 2000-nda aasta juunis mõlema konkureeriva projekti poolt. Saadud andmete põhjal leiti, et inimesel on vähem geene kui algul arvati 30000 kuni 40000. Inimese genoom on 3 miljardit aluspaari pikk. Seega on valku kodeerivaid järjestusi ligikaudse hinnangu alusel 1-2% genoomist. 2003. a. aprilliks, DNA kaksikheeliksi kirjeldamise 50-ndal aastapäevaks, esitas HGP inimese genoomi nukleotiidse järjestuse, kus 98% geene sisaldavatest aladest oli sekveneeritud 99,99%-lise täpsusega. Praeguseks on sekveneeritud paljude geneetikas mudelorganismidena kasutatavate organismide genoomid. Nii teame me DNA nukleotiidset järjestust bakteril E. coli, pärmil S. cerevisiae, nematoodil C
Kuna DNA repikatsiooni puhul tekib mõlema DNA ahelale kõrvale uus DNA ahel, siis nimetatakse vastavat protsessi semikonservatiivseks. Helikaas- ensüüm, mis lahutab DNA ahelad üksteisest. Enamasti funktsioneeri heksameerina. SSBP (single-strand binding protein)- seondub üheahelalisele DNA-le, hoides ära selle kaheahelaliseks muutumist. DNA replikatsiooni näol on tegemist väga täpse mehhanismiga. Nimelt, uurimuste kohaselt teeb tehakse miljon aluspaari liitmise kohta ainult üks viga, kuigi reaalselt võiks see arv olla palju suurem. Nimelt on DNA polümeraasil peale sünteesimisaktiivsuse ka ingliskeelse terminiga väljendatud aktiivsus ehk proofreading. Vigade parandamiseks on DNA polümeraasil 3´-5´ eksonukleaasne aktiivsus. Bakterirakus on kolm DNA polümeraasi- DNA polümeraas I, II ja III. Polümeraasid I ja II. DNA polümeraas III on põhiline DNA replikatsooni ensüüm. Imetajarakkudes on vähemalt 5 erinevat
Viirust võib ka kristaliseerida. Viirus paljuneb ainult raku sees. Osad viirused infitseerivad eukarüootset rakku, on olemas ka bakteriviiruseid (bakterifaagid). Nii viirusted kui mikroobid on olnud olulised geneetilistes uurimustöödes. Paljud üldprotsessid on kindlaks tehtud mikroobide peal. See tuleneb sellest, et meil on mikroobe kergelt ja kiirelt võimalik paljundada, on kerge mutante eraldada jne. Bakteri geneetika ja bakteriofaagid Kromosoom rõngjas, suurus kuni 10 miljonit aluspaari. E.coli täielikult sekveneeritud ja suurus 4,6 x 106 aluspaari. Mida parasiitsem organism, seda väiksem genoom. Enam vähem kõikidel loodusest isoleeritud bakteritel on plasmiidid ehk autonoomsed ekstrakoromosomaalsed DNA elemendid. Bakterikromosoom on küll pakitud, aga neil ei ole tuuma vaid ta on nulkeoidina. Bakteriraku genotüüp on haploidne, mis annab rakule suure plastilisuse (iga mutatsioon avaldub kohe fenotüübis). Neil on kromosoom rõngjas, on folditud
metsiktüübiks reverteeruma Rekombinante ei saada, kui punktmutatsioon on tekkinud Rekombinante saadakse ainult siis, asukohas, mis teisel faagil on kui deletsioonid ei kattu deleteerunud Faagide geneetiline kaardistamine – geeni peenstruktuuri määramine Benzeri laboris Põhitulemused: 1) Kõige väiksemaks mutatsiooniüksuseks on üks aluspaar (bp) 2) Rekombinatsioon võib toimuda kahe külgneva aluspaari vahel 3) Lükati ümber varasem seisukoht nagu oleks geen jagamatu ja seega kõige väiksem mutatsiooni ja rekombinatsiooni üksus Faagi T4 rII lookuse geneetiline kaart Lookus koosneb kahest geenist rIIA ja rIIB Osades kohtades toimuvad mutatsioonid sagedamini – kuumad punktid Faagi T4 geneetiline kaart on esitatud rõngasmolekulina, kuigi kromosoom on lineaarne Miks on T faagide geneetiline kaart esitatud rõngasmolekulina?
seepärast komplementaarseteks paarideks. Teisest küljest seletab Watsoni ja Cricki mudel ka selle, et DNA on regulaarne ja ühtlase jämedusega kaksikspiraal. Ainult komplemetaarsed paarid on isostruktuursed. Selline struktuur meenutab keerdtreppi, mille astmeteks on komplemetaarsed aluspaarid ja astmed on omavahel seotud mõlemast otsast suhkur-fosfaat karakssi abil. DNA kaksikheeliks teeb ühe täispöörde 34 Å kohta. Aluspaaride vahe on 3,4 Å. Seega on ühe täispöörde kohta 10 aluspaari. DNA ahelad on kaksikheeliksis antiparalleelsed st. suhkru ja fosfaadi vahelised fosfoester sidemed on vastas-ahelates vastassuunalised (vt. joonis 4.11). Järelikult on ka ahelate otsad erinevad - ühes heeliksi otsas on esimese ahela desoksüriboosi 5' süsinik (või sellega seotud fosfaatjääk) ja teise ahela 3' süsinik ja sellega seotud OH rühm. Heeliksi teises otsas on vastas-ahela desoksüriboosi 5' süsinik ja esimese ahela 3' süsinik ja sellega seotud OH rühm
pikkuse vahet. Põlvkonnaefekti suurem mõju sünonüümsele kui mittesünonüümsele kellale: Pika generatsiooniajaga liikidel: a) kopeeritakse DNAd aasta kohta vähem, kuid b) nende liikide üldiselt väiksemad populatsiooni suurused panevad piisavalt kergelt kahjulikud mutatsioonid käituma kui neutraalsed. Seega „a” aeglustab ja „b” kiirendab mittesünonüümset kella. Inimesel 1,2x108 mutatsiooni aluspaari kohta põlvkonnas (Kong et al., 2012; arvestab, et isalt rohkem mutatsioone kui emalt). 8. Millised on erinevad mutatsioonikiiruse määramise viisid? Millised võivad olla mutatsioonikiiruse ühikud? Katre Mutatsioonikiirusi saab tänapäeval määrata genoomi sekveneerimist kasutades; molekulaarse kella abil sündmusi detekteerides; fülogeneesipuu põhjal hinnates; sugupuid uurides.
Suhkur-fosfaat selgroog on väljaspool ja lämmastikalused on heeliksi sees. Lämmastikalused paarduvad omavahel vesiniksidemetega. Paari moodustavad puriinide ja pürimidiinide vahel. A-T (2 vesiniksidet) ja G-C (3 vesiniksidet) – komplementaarsed paarid. Need on isosteerilised paarid (täidavad sama ruumiosa). Regulaarne ja ühtlase jämedusega kaksikspiraal. DNA kaksikheeliks teeb ühe täispöörde 34 A kohta. Aluspaaride vahe on 3,4 A. Ühe täispöörde kohta on 10 aluspaari. DNA ahelad kaksikheeliksis on antiparalleelsed – suhkru ja fosfaadi vahelised fosfoestersidemed on vastasahelates vastassuunalised. Antiparalleelsus tähendab, 5’ ja 3’ otsa kohakuti asetsemist. Ahelate otsad on samuti erinevad, ühes heeliksi otsas on desoksüriboosi 5’C ja teise ahela 3’C (sellega seotud OH). Heeliksi teises otsas on desoksüriboosi 5’ C ja esimese ahela 3’C (sellega seotud OH). DNA kaksikheeliks moodustab parempoolse vindi. Kui mingis piirkonnas on
5’-fosfaatgruppi. Aktseptorõla pikkus on 7 bp (erandiks on tRNAHis). Aktseptorõla ja D-õla vahel on alati 2 nukleotiidi. D-õla nimetus tuleneb sellest, et pea-aegu alati esineb selles tRNA osas üks või mitu dihüdrouridiini (uridiini pürimidiinring on küllastunud). Tegemist on post-transkriptsioonilise modifikatsiooniga. D-õla pikkus on enamasti 4 bp ning D-lingu suurus varieerub 8-11 aluseni. D-õla ja antikoodon-õla vahele jääb alati üks nukleotiid. Antikoodon-õlg on alati 5 aluspaari pikk ja sisaldab antikoodonit. Antikoodon lingus on alati 7 nukleotiidi. Antikoodoni nukleotiidid 34, 35 ja 36 paarduvad vastavalt mRNA-l paikneva koodoni 3. 2. ja 1. positsiooniga. Paljud tRNA molekulid sisaldavad lisaõlga ja/või lisalingu, mille pikkus võib varieeruda laias vahemikus (4-21 alust). Vastavalt lisalingu pikkusele eristatakse klass I ja klass II tRNA-sid. Klass I tRNA-del on lisalingus 4-5 nukleotiidi. Klass
deletsioonid ei kattunud. Nii sai erinevate mutantide ristamisel mutatsioonide asukohti geenis juba täpsemalt lokaliseerida. 2400 rII mutandi analüüsimisel lokaliseeriti kokku 308 erinevat mutatsioonisaiti. Samas leiti osades saitides mutatsioone sagedamini kui teistes. Neid saite hakati nimetama kuumadeks punktideks. Benzeri uuringud näitasid, et kõige väiksemaks mutatsiooniüksuseks on 1 aluspaar (bp) ning rekombinatsioon võib toimuda kahe külgneva aluspaari vahel. Tema tööd lükkasid ümber seni levinud seisukoha, nagu oleks geen jagamatu ja seega kõige väiksem mutatsiooni ja rekombinatsiooni üksus. Miks on lineaarse kromosoomiga faagi geneetiline kaart esitatud rõngasmolekulina? Erinevate faagimutantide ristamistel leitud rekombinatsioonisageduste põhjal koostatud geneetiline kaart viitas sellele, et T4 kromosoom on rõngasmolekul. Tegelikult on T faagide kromosoom lineaarne. Millest sellised vastuolulisena näivad tulemused
Toiduhügieen ja ohutus Toit ja selle tähtsus Iga toiduaine, mis turule jõuab, peab olema tarbijale ohutu ning vastama kvaliteedi- nõuetele. Selle tagamiseks on välja antud vastavad õigusaktid. Nõuded, millele turustamisotstarbeline toidutoore ja toit peavad vastama, on järgmised. 1. Toit peab olema ohutu inimese tervisele. 2. Toidus ei tohi olla selle omadusi halvendavaid või inimese tervist ohustavaid parasiite, kahjureid ega võõrkehi. 3. Keelatud on käidelda riknenud, saastunud või mikrobioloogilistele nõuetele mittevastavat toidutooret ja toitu. 4. Toit peab vastama seda iseloomustavatele koostis- ja kvaliteedinõuetele. 5. Loomsele toidule esitatavad erinõuded: 1) värskena müüdav või muul viisil üle antav liha peab olema veterinaarkontrolli tulemusel tunnistatud toidukõlblikuks, mida tõendatakse veterinaartõendiga; 2) loomset toidutooret ja toitu on keelatud kasutada, kui loomale on manustat...
abil, · kontrollida loomade põlvnemisandmete õigsust (vanemad, sugupuu), · selgitada loomade õigeid vanemaid, · selgitada pärilike geneetiliste defektidega isendeid (DNA analüüsid) Antigeenid - bioloogilised makromolekulid (polüpeptiidid, polüsahhariidid, nukleiinhapped) Immunogeen – antigeen, mis kutsub esile immuunvastuse Mikrosatelliidid: Mikrosatelliidid on lühikesed tandeemselt korduvad nukleotiidsed järjestused, 2–5 aluspaari pikad ning korduste arv jääb enamasti 5–50 vahele. Mikrosatelliidid asuvad genoomis paljudes kohtades, tüüpiliselt mittekodeerivatel aladel, geenidel vahel või intronites. Nad on kõrge mutatsioonisagedusega ning populatsioonis suure varieeruvusega. Kasutatakse näiteks põlvnevuse testimiseks. Dinukleotiidid: AC AC AC.... Trinukleotiidid: ATG ATG ATG.... Tetra-: ATCC ATCC ATCC... jne SNPd: Üksiku nukleotiidi polümorfismid ehk üksiknukleotiidsed
annaabi.ee 
