Vajad kellegagi rääkida?
Küsi julgelt abi LasteAbi
Logi sisse

Biosüstemaatika alused konspekt (0)

3 KEHV
Punktid

Esitatud küsimused

  • Milleks see vajalik on?
  • Mis on molekulaar- ja morfoloogiline süstemaatika?
  • Kuidagi vastuolus?
  • Kuidas valida õiged tunnused erinevate taksonite tarvis?
  • Kui täpne on DNA triipkoodi põhine määramine kui tegemist on põhjalikult uuritud taksoniga?
Elurikkus ehk bioloogiline mitmekesisus
Elurikkuse elemendid:
Ökoloogiline
elurikkus
Geneetiline
elurikkus
Organismide
elurikkus
Riik
Hõimkond
Selts
Bioom
Sugukond
Ökosüsteem
Perekond
Kooslus
Liik
Populatsioon
Populatsioon
Populatsioon
Indiviid
Indiviid
Geen
Nukleotiid
1. Kuni 20 saj. elusloodus jaotatud kaheks - taimed ja loomad.
2. 1950-1960 jõuti arusaamisele, et olemasolevasse süsteemi ei saa paigutada seeni, protiste ja baktereid.
3. 1970-tel eluslooduse viie riigi aktsepteerimine. Hakati vahet tegema prokarüootidel (bakterid) ja eukarüootidel (taimed, loomad, seened ja protistid ).
(NB! Mittemolekulaarsed tunnused)
1970-te lõpus tabas teadusüldsust suur üllatus – avastati täiesti uus organismide rühm, mida hakati nimetama arhedeks (Archaea). Dr. Carl Woese (Illinoisi Ülikool) uuris molekulaarsete meetodite abil prokarüoote. Leidsid , et nn. bakterid mis eelistavad kõrget temperatuuri või toodavad metaani on molekulaarsete tunnuste põhjal väga erinevad nii nn. tavalistest bakteritest kui ka eukarüootidest. Woese ettepanek jagada elusloodus komeks domeeniks ( domain ): eukarüoodid, eubakterid ja arhebakterid. Hiljem lihtsalt arhed . Morfoloogia -anatoomia versus molekulaarsed tunnused.
Bakterid (“tõelised bakterid”, mitokondrid ja kloroplastid )
Arhed (nn. arhebakterid)
Eukarüoodid (protistid, taimed, seened, loomad)
Biosüstemaatika on teadus organismide elurikkusest.
Esmane ülesanne: Taksonoomilise informatsiooni süsteemi loomine. Varustab kõiki, kellel on selleks vajadus, võrdlevate andmetega elusorganismide kohta.
Süstemaatika või biosüstemaatika?
Üldises kontekstis - biosüstemaatika ( keeleteadus , eluta loodus jne.)
Bioloogilises tekstis - süstemaatika.
Süstemaatika ( 1737 ) ja taksonoomia ( 1813 )
Erinevates koolkondades erinev tähendus. Euroopas süstemaatika tähistab praktilist
klassifitseerimistööd ja taksonoomia klassifitseerimise teooriat, printsiipe ja reegleid. Põhja-Ameerikas aga vastupidine traditsioon. Tänapäeval üha enam:
süstemaatika = taksonoomia.
Elurikkuse informaatika (ingl.k. biodiversity informatics) Ülevaade biosüstemaatikaga seotud informaatikast.
Peamised biosüstemaatika valdkonnad millega elurikkuse informaatika tegeleb:
- Taksonoomilised nimed ja klassifikatsioon
- Taksonite tunnused (taksonite kirjeldused, määrajad, fülogeneesi tunnused)
- Eksemplaride andmed ja liikide levik
Taksonoomilised nimed ja klassifikatsioon:
Taksonoomia – õpetus organismide teaduslikust nimetamisest. Taksonoomia annab rahvusvaheliselt tunnustatud süsteemi organismirühmade nimetamiseks liigist elusorganismide riikideni välja.
Klassifikatsioonid rühmitavad väiksemad organismi rühmad suuremateks. Võimalik ka vastupidine klassifitseerimine – suuremad rühmad jagatakse väiksemateks.
Organismirühma ( taksoni ) eristamine ja tema nimetamine on kaks täiesti erinevat protsessi. Taksoni (liigi, perekonna, sugukonna , riigi) eristamine on teaduslik hüpotees selle taksoni reaalsusest. Hüpotees on ümberlükatav. Taksoni nimetamine lähtub kindlast reeglistikust, mis on sätestatud viie rahvusvahelise nomenklatuuri koodeksi poolt.
Taksonite nimetamise ja klassifitseerimise süsteem moodustab süstemaatika ühe osa mida nimetatakse ka nomenklatuuriks. Nomenklatuur on süstemaatika mitteteaduslik osa. Teine osa süstemaatikast on teaduslik kus falsifitseeritakse (või verifitseeritakse) teaduslikke hüpoteese liikide eksisteerimisest ja nende vahelisest sugulususest.
Arusaam kaasaegse süstemaatika jagunemisest kaheks väga erinevaks osaks on äärmiselt oluline.
Karl Popper väitis, et teaduslik hüpotees peab olema falsifitseeritav ja et teooriat ei saa nimetada teaduslikuks kui seda ei ole võimalik ümber lükata.
Viis rahvusvahelist nomenklatuuri koodeksit :
•International code of botanical nomenclature
•International code of zoological nomenclature
•International code of nomenclature for cultivated plants
•International code of nomenclature of bacteria
•International code of virus classification and nomenclature
Vienna Code eessõna:
“Unambiguous names of organisms are essential for effective scientific communication : names can only be unambiguous if there are internationally accepted rules governing their formation and use.”
Taksonite tunnused
Organismide tunnuste (atribuutide) uurimine , analüüsimine ja kirjeldamine on süstemaatiku üks olulisemaid töövaldkondi. Veelgi olulisem ja aeganõudvam on tunnuste varieeruvuse uurimine eksemplari, populatsiooni, liigi või ka kõrgema taksoni piires. Selle uurimistöö käigus uuritakse reeglina tuhandeid eksemplare, mille tulemusena tekivad mahukad andmebaasid .
Milleks see vajalik on?
Kõigepealt muidugi taksonite eristamiseks ja kirjeldamiseks. Korrektsed kirjeldused omakorda võimaldavad teistel teadlastel neid taksoneid edukalt määrata või määrata nende tunnuste abil taksonite vahelist sugulust.
Mis on molekulaar - ja morfoloogiline süstemaatika?
Kas molekulaarsed ja morfoloogilised tunnused on kuidagi vastuolus ? Organismi tasemel ilmselt mitte, sest fenotüüp baseerub genotüübil. Identse genotüübi korral on organismid ka morfoloogiliselt identsed. Vastuolud võivad tekkida kui me hakkame organisme rühmitama.
Kui morfoloogiliste tunnuste põhjal eristatud takson (id) ei lange kokku molekulaarsete tunnuste baasil saadud rühmadega, siis ei ole probleem mitte
molekulaarsete ja morfoloogiliste tunnuste vastuolus vaid:
- valitud morfoloogilised tunnused on sobimatud
- valitud molekulaarsed tunnused on sobimatud
- antud rühmal puuduvad ühised neid iseloomustavad morfoloogilised või molekulaarsed tunnused
- mõlemad tunnuste rühmad on valesti valitud.
Molekulaarsed andmed toetavad inimese ja simpansi sugulust. Morfoloogilised
andmed toetasid simpansi ja gorilla vahelist sugulust.
Oluline mitte tekitada asjatuid barjääre (kaks eri tüüpi süstemaatikat!) vaid rõhutada, et genotüüp ja fenotüüp on lahutamatud ning süstemaatikas on
mõlemad väga tähtsad.
Oluline mitte tekitada asjatuid barjääre (kaks eri tüüpi süstemaatikat!) vaid rõhutada, et genotüüp ja fenotüüp on lahutamatud ning süstemaatikas on
mõlemad väga tähtsad.
Tunnused ja nende rakendatavus
Molekulaarsetel ja mofoloogilistel tunnustel on oma eripärad, millest lähtuvalt saab
teatud teaduslikke küsimusi lahendada ainult ühte tüüpi tunnuste abil.
Morfoloogilised
Tunnused sobivad sõltuvalt organismirühmast
liigi ja kõrgemale tasemel
Isend, Populatsioon,
Liik, Perekond,
Sugukond, Selts,
Klass, Riik,
Domeen
Molekulaarsed
tunnused
sobivad kõigil
tasemetel. Õige
DNA regiooni
valik
Kuidas valida õiged tunnused erinevate taksonite tarvis?
Molekulaarsete tunnuste peamiseks eeliseks morfoloogiliste ees on suur tunnuste arv.
Elurikkuse informaatika
Hüpoteeside falsifitseerimise alus rohelises bioloogias.
Elurikkuse informaatika valdkond
EI tegeleb üksikindiviidi, populatsiooni, taksoni ja nendevaheliste suhete kohta käiva informatsiooni kogumise, talletamise, toimetamise, otsimise ning analüüsiga. EI hõlmab erinevates uurimisvaldkondades loodud informatsiooni: ( molekulaarne ) süstemaatika, evolutsioonibioloogia, populatsioonibioloogia, käitumisteadused, sünökoloogia jm. EI on osa bioloogilisest informaatikast, mis asetseb keskkonnainformaatika ja bioinformaatika (genoomika ja proteoomika ) vahel ning kattub nendega osaliselt. EI moodustab bioloogiateaduste üldise infosüsteemi skeleti.
Standardid
TDWG - Taxonomic Database Working Group
GBIF - Global Biodiversity Information Facility
DNA triipkood: uus metoodika, mis kasutab kokkulepitud nn. standardgeeni lühikest
DNA järjestust liikide molekulaarseks määramiseks. Liikide määramiseks mõeldud uus globaalne standard.
The Consortium for the Barcode of Life (CBOL) - rahvusvaheline initsiatiiv liikide määramiseks mõeldud globaalse standardi arendamiseks .
The European Consortium for the Barcode of Life ( ECBOL ) - rahvusvaheline initsiatiiv liikide määramiseks mõeldud globaalse standardi arendamiseks.
DNA triipkoodi standardgeen
Siiani on CBOL poolt heaks kiidetud ainult üks geen, mis “töötab” hästi loomariigis. So. 648 aluspaari (nukleotiidi) pikkune mitokondri tsütokroom C oksidaasi I geeni (COI) region (ingl. k. - mitochondrial cytochrome c oxidase 1 gene (CO1).
Kümme põhjust miks DNA triipkoodi põhine määramine on oluline:
Works with fragments
Works for all stages of life
Unmasks look-alikes
Reduces ambiguity
Makes expertise go further
Democratizes access
Opens the way for an electronic handheld field guide
Sprouts new leaves on the tree of life
Demonstrates value of collections
Speeds writing the encyclopedia of life
Kriitiline on DNA triipkoodi täpsus!
Kui täpne on DNA triipkoodi põhine määramine kui tegemist on põhjalikult uuritud taksoniga?
Hästi uuritud takson:
1. Morfoloogial põhinevad
2. ESU - evolutionary significant Unit (morfol. + geneet .) tsütokroom C oksidaasi I geen (COI)
1. Morfoloogial põhinevad 80% täpsus
2. ESU - evolutionary significant 98% täpsus
Liigi olemus
Nominalistlik kontseptsioon . Liike reaalsuses ei eksisteeri. Liik nn. tööriist eluslooduse iseloomustamiseks ja anlüüsiks.
Essentsialistlik kontseptsioon. Looduslikel objektidel, sh. liikidel on reaalne essents ehk olemus. Rajaneb eeldusele, et liigid on muutumatud. Radikaalne suund - tüpoloogiline kontseptsioon. Pikka aega kõige lihtsamini rakendatav liigi kontseptsioon.
Bioloogiline kontseptsioon. Liik koosneb ristuvate isendite populatsioonidest. Ühe liigi populatsioone iseloomustab sama ökoloogiline nišš (E. Mayr-i täpsustus). Sümpatrilised versus allopatrilised (sõsar)liigid. Nende eristamine bioloogilise kontseptsiooni alusel.
Fülogeneetiline kontseptsioon. Liik on monofüleetiline isendite rühm. Liik on väikseim klassifikatsiooniühik, millesse organismid on grupeerunud tänu nende monofüülsele päritolule. EP 1996: “Üldtunnustatud kuid väheoperatsionaalne.” NB! Tänu molekulaarbioloogia meetodite kiirele arengule viimase 10-15 aasta jooksul muutunud üheks kõige hõlpsamini rakendatavaks kontseptsiooniks.
Liik võib olla:
monofüleetiline B. parafüleetiline C. polüfüleetiline
Liigi definitsioon
Liigi definitsioonis esitatakse lisaks üldistele printsiipidele ka liigi omadused ning kriteeriumid ehk tunnused mis võimaldavad liike eristada. Liigi definitsioonid on tavaliselt küllaltki mahukad aga vaatamata sellele katavad suhteliselt väheseid taksoneid. Seetõttu eksisteerib väga palju,
tõenäoliselt tuhandeid liigi definitsioone.
Liikide praktiline standard
Liigi eristamiseks kasutatavate tunnuste ning nende seisundite nimestik perekonnas või sugukonnas. Tihti tekst koos illustreeriva materjaliga .
Liigi reaalsus
Ühise päritoluga isendirühmade esinemine looduses reaalsus. Nende nimetamine liikideks on aga lihtsustav mudel.
Biosüstemaatika on teadus eluslooduse mitmekesisusest: selle vormidest , põhjustest ja tekkest ; liikide ja teiste süstemaatika ühikute piiritlemisest, nimetamisest. Praegu kirjeldatud 1,5-1,7 mln liiki.
Liikide tekke põhiviisid:
allopatriline – jaguneb geograafilise isoleerituse tõttu
sümpatriline – jaguneb eristunud allüksusteks
kvant – uues populatsioonis geneetilise info piiratus
hübriid – hübriidid muutunud sõltumatult paljunevaiks iseseisvaiks taksoneiks
polüploidne – peamiselt taimedel.
Biosüstemaatika alused konspekt #1 Biosüstemaatika alused konspekt #2 Biosüstemaatika alused konspekt #3 Biosüstemaatika alused konspekt #4 Biosüstemaatika alused konspekt #5
Punktid 50 punkti Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 50 punkti.
Leheküljed ~ 5 lehte Lehekülgede arv dokumendis
Aeg2012-06-05 Kuupäev, millal dokument üles laeti
Allalaadimisi 26 laadimist Kokku alla laetud
Kommentaarid 0 arvamust Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid
Autor mariann3 Õppematerjali autor
Konspekt eksamiks õppimiseks

Sarnased õppematerjalid

Biosüstemaatika teooria ja meetodid
76
pdf

Biosüstemaatika teooria ja meetodid

Biosüstemaatika teooria ja meetodid Prof. Erast Parmasto loengukursuse konspekt Esimene versioon, okt. - nov. 1994 0. Sissejuhatus. 0.1. Biosüstemaatika on teadus eluslooduse mitmekesisusest: selle vormi- dest, põhjustest, tekkest; liikide ja teiste süstemaatika ühikute piiritle- misest, nimetamisest ja teaduslikut põhjendatud klassifitseerimisest. Kasutatakse ka lühemat nimetust süstemaatika (alates Linné tööst 1737. a.), kuid süstematiseeritakse ka elutu looduse nähtusi. Camp ja Gilly (1943) kasutasid biosüstemaatika mõistet erinevas tähenduses: eelkõige tsütogeneetiliste uurimiste kohta. See nimetusviis on aga juba ammu aja- lukku vajunud. Et käesolevas kursuses segimineku ohtu pole, kasutatakse mõlemat terminit siin samatähenduslikena. - Kasutusel on ka sõna taksonoo- mia (esmakordselt 1813. a. De Candolle poolt); nende tähenduserinevus pole

Bioloogia
Sissejuhatus biosüstemaatikasse kordamisküsimused ja vastused
86
docx

Sissejuhatus biosüstemaatikasse kordamisküsimused ja vastused

vähe muutuksid) eest hoolitseb nomenklatuurikoodeks. 5. Kas nomenklatuuri reeglid reguleerivad ka elusolendite süsteemi? Zooloogiline koodeks reguleerib ainult loomade teaduslike nimetuste (nominaalsete taksonite) vormikohast moodustamist ja kasutamist, mitte süsteemi. Süstemaatikasseliikide eristamisse, liitmisse või rühmitamisse, ta ennast ei sega. 6. Mida tähendab takson ja mida nominaalne takson? Takson on taksonoomia põhimõiste ning organismide süstemaatika üksus. Taksonite (liikide või rühmade) teaduslikke nimesid võib hüüda ka nominaalseteks taksoniteks. 7. Mida tähendab binaarne nomenklatuur? Binaarne nomenklatuur (ka binomiaalne nomenklatuur) on ladinakeelsete liiginimede nimetamine kahesõnaliste väljendite (binaarsete nimetuste) abil järgmisel viisil: ● Liigi perekonnanimi kirjutatakse esimesena ja alati suure tähega. ● Liiginimi kirjutatakse teisena ja üldjuhul väikese tähega. Binaarse nomenklatuuri võttis 18

Biosüstemaatika alused
Biosüstemaatika botaanika osa
126
docx

Biosüstemaatika botaanika osa

Botaanika osa kordamisküsimused 1. Mis on biosüstemaatika? Biosüstemaatika on teadus eluslooduse mitmekesisusest, selle vormidest, põhjustest ning tekkest; liikide ja teiste süstemaatikaühikute piiritlemisest ja nimetamisest; teaduslikult põhjendatud klassifitseerimisest 2. Klassifitseerimine, nomenklatuur Klassifitseerimine ehk süstematiseerimine on taksonite ühendamine või jagamine rühmadeks Nomenklatuur tegeleb rühmadele nimede andmisega 3. Liigikontseptsioonid – nominalistlik, morfoloogiline, bioloogiline, fülogeneetiline

Mükoloogia
Ökoloogia konspekt
74
odt

Ökoloogia konspekt

Ökoloogia õppematerjal Mõisted Ökoloogia: Teadus, mis uurib organismide ja keskkonna vahelisi suhteid. Biosfäär: globaalne kõigi ökosüsteemide kogum, Maa elusosa – suletud ja isereguleeruv süsteem. Ökosüsteem: Biosfääri elementaarosa, milles üks biotsönoos (eluskooslus) koos sellele omase biotoobiga (elu- või kasvupaigaga) moodustab mingil piiritletaval alal aineringe kaudu reguleeruva süsteemi. Bioom: struktuuri ja funktsiooni poolest sarnaste ökosüsteemide kogumid Maal. Maismaa põhibioome 5, veebioome 2. Biotsönoos (kooslus): Mingit elu- või kasvupaika asustavate populatsioonide kogum. Floora (taimestik): mingil alal kasvavate taimede kogum, mis on kujunenud ajalooliselt või esinenud mingil paleontoloogilisel ajajärgul. Fauna (loomastik): mingil alal kasvavate loomade kogum, mis on kujunenud ajalooliselt või esinenud mingil paleontoloogilisel ajajärgul. Biodiversiteet (elurikkus): mingi ökosüsteemi taksonoomiliste üksust

Ökoloogia
Evolutsioon-usk-Darwin
88
odt

Evolutsioon: usk, Darwin

soovime klassifitseerida ja et nad varieeruksid. Objektiivselt on küsimus liigi määratlusest aga samuti mitmekülgselt oluline ja huvitav ja evolutsioonilise bioloogia seisukohast kogunisti üks keskseist. Eriti siis, kui me soovime liigi määratluse argumentidesse tuua (ja kogunisti juhtivatena) kaalutlusi, mis pärinevad evolutsiooniteooriast. See rõhutamine on oluline, sest teatavasti on süstemaatika oma ajaloolises plaanis (Linnee jne.) ehitatud üles alusele, mis ei eelda evolutsiooni olemasolu. Sõltumatult suhtumisest evolutsiooni on tarvis kokkuleppeid, mis võimaldaksid üldistuse tasemel eritleda piiri liigisisese varieeruvuse ja kahe eri (lähedase) liigi vahel. Liik on süstemaatika põhiühikuks kindlasti enam, kui seda on kõrgemad taksonid. Lühikese ajaloolise ülevaate süstemaatika seisukohast leiab E. Parmasto 1996 ilmunud

Bioloogia
Üldbioloogia-Bioloogia
42
doc

Üldbioloogia, Bioloogia

reguleeritakse närvisüsteemi ja keemiliste signaalide kaudu. Liigi määratlemine toimub paljude erinevate tunnuste abil: paljuneminem siseehitus, välisehitus, talitlus, genoom, nõudmised elukeskkonnale. Ökosüsteem - Abiootilise ja biootilise keskkonna ühendus, mille moodustavad ühisel territooriumil elavad ja omavahel toitumissuhtes olevad organismid koos ümbritseva eluta keskkonnaga.  Eluslooduse süstemaatika: Takson - süstemaatika ühik, mis ühendab organisme mitmete sarnaste omaduste alusel ühte gruppi. Taksonoomia - grupeerumine sarnasuse alusel. Taksonitel on ladinakeelsed nimed, liiginimi on kahesõnaline. Liikide ühendamisel korgematesse taksonitesse on aluseks ehitusplaaniline sarnasus ehk homoloogia. Ehitus on sarnane aga funktsioonid võivad olla erinevad. Domeen - riik - hõimkond - klass - selts - sugukond (Family) - perekonn (Genus) - liik.

Üldbioloogia
Bioloogia 12 klassi mõisted
30
docx

Bioloogia 12 klassi mõisted

Abiootilised tegurid - organismide elutegevust mõjutavad eluta looduse tegurid; eristatakse elukeskkonnaga (õhk, muld ja vesi) ning kliimaga seotud tegureid. Adaptatsioon - organismide ehituse ja talitluse (ka käitumise) muutumine, sobitumaks keskkonnatingimuste ja eluviisiga. Adaptiivne radiatsioon - evolutsioonilise mitmekesistumise erivorm, mille puhul ühest liigist (või perekonnast) lahkneb suhteliselt lühikese aja jooksul mitmeid erinevalt kohastunud liike. Adenosiintrifosfaat (ATP) - kõigis rakkudes esinev makroergiline ühend, mis osaleb raku aine ja energiavahetuses, energia universaalse talletajana ja ülekandjana. Aegkond - geokronoloogilise skaala suurjaotustest keskmine, eooni ja ajastu vahel; eoon jaotub aegkondadeks ja aegkond ajastuteks. Aeroobne glükolüüs - kõigi rakkude tsütoplasmas glükoosi esmane lagundamine hapnikurikkas keskkonnas. Protsessi tulemusena saadakse ühest glükoosimolekulist kaks püroviinamarihappe molekuli. Agenda 21 - ülemaailmne XXI s

Kategoriseerimata
Mõistete seletav sõnastik-pikk
29
doc

Mõistete seletav sõnastik (pikk)

Mõistete seletav sõnastik Abiootilised (keskkonna)tegurid ­ organisme ümbritsevast anorgaanilisest (eluta) maailmast tulenevad ökoloogilised tegurid. Adaptatsioon, adapteerumine ­ organismide või nende osade ehituse või talitluse kujunemine selliseks, st see tagab paremini isendi või liigi säilimise ja populatsiooni arvukuse suurenemise. A. tagajärjel suureneb organismi ja keskkonna kooskõla, tekib võimalus uut tüüpi toidu, uute elupaikade, signaalide jms. kasutuselevõtuks, suureneb organismi elutegevuse tõhusus. A. võib toimuda nii organismi elu jooksul (kohanemine e. isendiline a.) kui ka paljude põlvkondade kestel (kohastumine e. evolutsiooniline a.). A-ks nimet. ka kohastumise tulemust ­ kohastumust. Aerotank ­ aeratsioonikamber, kus reovesi kontakteerub aktiivmudaga või täpsemalt mikroorganismide biomassiga. Mikroorganismid kasutavad reovee orgaanilist ainet oma elutegevuses ja uue rakumassi s?

Bioloogia




Kommentaarid (0)

Kommentaarid sellele materjalile puuduvad. Ole esimene ja kommenteeri



Sellel veebilehel kasutatakse küpsiseid. Kasutamist jätkates nõustute küpsiste ja veebilehe üldtingimustega Nõustun