3. Mis on intronid ja eksonid ja kus neid esineb? Mittekodeerivad ja kodeerivad geeniosad. Esineb geenides. 4. Kui palju on looduslikke aminohappeid? 22, kuid 20 on universaalsed. 5. Mis on mutageenid? Mutageenideks nimetatakse mutatsioone põhjustavaid füüsilisi ning keemilisi mõjureid.1:18. 6. Mis on pöördtranskriptaas ja mida see teeb? 1:19. Pöördtranskriptaas on ensüüm, mille abil sünteesitakse RNA matriitsahelalt komplementaarne DNA (cDNA) ahel. 7. Mis on cDNA ja kuidas seda toodetakse? 1:20-21. cDNA on komplimentaarne DNA ahel ning kasutatakse pöördtranskriptaasi mRNA maatritsilt komplementaarse cDNA sünteesimiseks. 8. Mis on sünteetilised nukleiinhapped? 1:22-29. Aminohappeid, mis on sünteesitud arvuti poolt kontrollitava robotiga. Saab kasutada kindlalt valku tootva geeni sünteesimisel. Kui teada on nii geneetiline kood kui ka huvipakkuva valgu aminohappeline järjestus on selle info põhjal võimalik sünteesida seda valku sünteesiv geen.
Imetajate genoomides on mitmed geenid koondunud nn. CpG saarekestele (CpG islands). CpG saareke on vähemalt 200 bp pikkune DNA lõik, milles on dinukleotiidi GC sisaldus vähemalt 50 %. Tavaliselt leidub CpG saarekesi (eriti koduhoidja-)geenide transkriptisooni alguspunktides või nende lähedal. Mujal genoomi piirkondades on CpG dinukleotiidi vähe, sest sellise dinukleotiidi tsütosiin metüleeritakse (replikatsioonijärgselt aitab eristada värskelt sünteesitud DNA ahelat vanast ahelast). Ekspresseeruvate geenide promootorpiirkondi ei metüleerita. Metüleeritud tsütosiin allub kergesti spontaansele desamineerimisele, tekib tümiin (reparatsiooniensüüm tümiin-DNA-glükosülaas eemaldab vigasest T/G paarist T väga väikese efektiivsusega) seega jääb alles väga väike osa CpG järjestustest. Seetõttu on CpG dinukleotiid evolutsiooniliselt säilunud ainult seal, kus tsütosiin ei ole metüleeritud, st ekspresseruvate geenide promootorpiirkondades.
Imetajate genoomides on mitmed geenid koondunud nn. CpG saarekestele (CpG islands). CpG saareke on vähemalt 200 bp pikkune DNA lõik, milles on dinukleotiidi GC sisaldus vähemalt 50 %. Tavaliselt leidub CpG saarekesi (eriti koduhoidja-)geenide transkriptisooni alguspunktides või nende lähedal. Mujal genoomi piirkondades on CpG dinukleotiidi vähe, sest sellise dinukleotiidi tsütosiin metüleeritakse (replikatsioonijärgselt aitab eristada värskelt sünteesitud DNA ahelat vanast ahelast). Ekspresseeruvate geenide promootorpiirkondi ei metüleerita. Metüleeritud tsütosiin allub kergesti spontaansele desamineerimisele, tekib tümiin (reparatsiooniensüüm tümiin-DNA-glükosülaas eemaldab vigasest T/G paarist T väga väikese efektiivsusega) seega jääb alles väga väike osa CpG järjestustest. Seetõttu on CpG dinukleotiid evolutsiooniliselt säilunud ainult seal, kus tsütosiin ei ole metüleeritud, st ekspresseruvate geenide promootorpiirkondades.
järgmise praktikumini. 2. päev: lisasin PCR segule 4 μl 6x DNA värvi, et DNA nähtav oleks, ning kandsin kogu segu TAE geelile (hambasse). DNA lahutamine toimub elektrivoolu toimel (100 V 15 min) 25. 26. 27. 28. 29. 30. Kuna minu produkt ei ole üldse geelipildil nähtav, võin järeldada, et midagi tegin valesti PCR reaktsiooni teostamisel (nt. viga pipeteerimisel või mingi muu viga). Sain geelitükki teiste plasmiidi ja praimeritega. 31. Plasmiid mEB1 pEGFP-N1, praimerid mEB1F ja mEB1R. Oodatav pikkus – 700 aluspaari. 32. 33.PCR produkti puhastamine geelist Zymoclean kitiga. 34. Eesmärgiks on puhastada välja PCRi segust meid huvitav produkt, et vältida praimerite, nukleotiidide või erinevate soolade mõju järgmisele etapile. 35. Plasmiid mEB1 pEGFP-N1, praimerid mEB1F ja mEB1R. Oodatav pikkus – 700 aluspaari. 36. Puhastamine: 1. Saadud geelitükk kaalus 0,04 g. Lisasin 120 μl ADB-d (0,3 ml 0,1 g geeli kohta) 2
DNA kloneerimise etapid. Peremeesorganismi ja kloonimisvektori valik Vektor-DNA ettevalmistamine Kloonitava DNA ettevalmistamine Rekombinantse DNA sünteesimine ligatsiooni abil Rekombinantse DNA sisendamine peremeesorganismi Rekombinantide selekteerimine Rekombinantide analüüsimine Etapp 1. Valitud DNA tükk lõigatakse päritoluorganismist restriktsiooniensüümide abil. Etapp 2. DNA tükk „kleebitakse“ vektorisse ja DNA otsad liidetakse vektori DNA-ga ligeerimise teel. Etapp 3. Vektor sisestatakse peremeesrakku, sageli bakterisse või pärmi. Peremeesrakud kopeerivad vektori DNA koos oma DNA-ga, luues sisestatud DNA-st mitu eksemplari/koopiat. Etapp 4. Vektor-DNA eraldatakse peremeesraku DNA-st ja puhastatakse. Mis on rekombinantne valk, selle tootmise võimalused? Rekombinantne valk on valk, mida kodeerib rekombinantne DNA. On DNA kloneerimise teel saadud valk
Kontrolltöö 1. 1. Milline järgnevatest vektorsüsteemidest kasutab peremeesrakku sisestatud DNA konstrukti tsirkulariseerimiseks cre rekombinaasi ? a) Plasmiid b) Mitte ükski c) Kosmiid d) YAC e) P1 2. Üheks väga levinud viisiks reaalaja kvantitatiivse PCR-i (qPCR-i) tegemisel on TaqMan proovide kasutamine. Millisel DNA polümeraasi omadusel, lisaks 5'-3' sünteesi aktiivsusele, põhineb antud tehnoloogia? a) DNA polümeraasi 3'-5' eksonukleaassel aktiivsusel b) DNA polümeraasi 5'-3' eksonukleaassel aktiivsusel c) DNA polümeraasi termostabiilsusel 3
See on aga harjutuse eesmärgiga vastuolus. Kohe kui oma veast aru sain hakkasid ka ilusamad ja ühtlasemad täpid tulema. Praktiline töö nr. 1: Polümeraasi ahelreaktsioon Eesmärk: Paljundada valitud valku või valgu mõnda domääni kodeerivat DNA järjestust ehk inserti PCR meetodiga. Materjalid: 11,3 MQ eriti puhas vesi lahusti µl 2,0 µl 10x polümeraasi puhvrit loob sobiva keskkonna, et polümeraas töötaks 2,0µl 25mM MgCl2 on polümeraasi ko-faktoriks, seega (lõppkontsentratsioon 2,5mM) mõjutab reaktsiooni spetsiifilisust 2,4µl 2mM dNTP et segus oleks vabu nukleotiide (lõppkontsentratsioon 240µM) 1,0µl Pärisuunalist praimerit Polümeraasi seondumiseks 5´ (lõppkontsentratsioon 0,5µM) poolele
metaboloomikast? Metaboloomika uurib teatud väikese molekulmassiga orgaaniliste molekulide kogumeid (nt metaboliidid, antibiootikumid jne). Inimgeneetikas oluline metabolismi ja selle häirete uurimiseks. 17. Kirjelda teise põlvkonna sekveneerimise proovi ettevalmistamise etappe! Millele tuleb tähelepanu pöörata ning mis võib põhjustada proovi halva kvaliteedi? DNA purustatakse, et saada fragmendid. Siis liidetakse neile mõlemasse otsa ühenukleotiidilised A otsad ehk adenüleeritakse ning siis ligeeritakse sinna külge adapter-oligonukleotiidid. Saadud fragmendid selekteeritakse suuruse järgi ja puhastatakse. Sellele järgneb klastrite genereerimine Flow-cell’is. Flow-cell põhjas on lühikesed oligonukleotiidi järjestused, mis on komplementaarsed DNAle liidetud adapteritega. DNA denatureeritakse üheahelaliseks ning liidetakse flow-celli põhjas olevatele oligonukleotiididele.
üksikus DNA ahelas nimetatakse DNA primaarstruktuuriks (DNA esmane struktuur) . Enamasti esineb DNA elusorganismides kahe antiparalleelse omavahel komplementaarse ahela kujul (st kohakuti paiknevad ahelate A ja T ning G ja C nukleotiidid), sest lämmastikaluste vahel moodustuvad komplementaarsusprintsiibist lähtudes vesiniksidemed. DNA süntees toimub tavaliselt replikatsiooni teel, mida viib läbi DNA polümeraas. DNA lagundamine toimub nukleaaside abil (vt endonukleaas, eksonukleaas, restriktaas, apoptoos). DNA sekundaarstruktuuri muutvad ensüümid on DNA ligaasid, helikaasid, güraasid. Päriliku info säilitamine ja selle täpne ülekanne tütarrakkudele. Nukleiinhapete sünteesil on kindel suund: 5´ (prim) ots + 3´ (prim) ots. Ahelad on antiparalleelsed: üks ahel:-5´ ots, teine-3´ots ja komplementaarsed A=T, C=G. Kõiki DNA molekule rakus sünteesib DNA polümeraas.
(protsess eelneb raku jagunemisele nt mitoosile). Viib läbi ensüüm DNA-polümeraas. ● TOIMUB: eeltuumsetel tsütoplasmas; päristuumsetel rakutuumas, mitokondrites, kloroplastides. ● KOMPLEMENTAARSUS: A=T; G=C ● DNA-polümeraas keerab DNA biheeliksi järk-järgult lahti ja kummagi esialgse ahela kõrvale sünteesib uue ahela. TRANSKRIPTSIOON- DNA ühe ahela alusel komplementaarse RNA molekuli süntees. Tuumas.Viib läbi ensüüm RNA- polümeraas. ● ETAPID: 1) lisandub RNA-polümeraas; 2) RNA-polümeraas seondub DNA ahela promootor piirkonnaga; 3) ensüüm keerab DNA biheeliksi lahti; 4) RNA- polümeraas sünteesib ühe DNA ahela lõiguga komplementaarse RNA molekuli; 5) RNA- polümeraas jõuab terminaatorini; 6) lõpeb mRNA, tRNA ja rRNA süntees; 7) DNA omandab uuesti biheeliksi kuju;
6. Kolm põhilist RNA-de klassi rakkudes, nende funktsioonid. mRNA- informatsiooni RNA, geneetilise info vahendaja. tRNA- transpordi RNA, transpordib aminohappeid ribosoomi. rRNA- ribosoomi RNA, ühendab aminohapped omavahel valkudeks. 7. Mis on replikatsioon, kuidas see toimub? DNA kahekordistumine enne raku jagunemist, see toimub seal, kus leidub DNA-d (tuumas, tuumapiirkonnas, kloropplastides, mitokondrites). Replikatsiooni toimumiseks keerab DNA- polümeraas (ensüüm, mis sünteesib desoksüribonukleotiididest DNA molekule). DNA biheeliksi järk-järgult lahti ja sünteesib mõlema vana ahela kõrvale uued komplementaarsed ahelad. Seejuures rakendub komplementaarsus- printsiip, mille kohaselt paarduvad vesiniksidemete abil A ja T ning C ja G. DNA molekulis on ahelad vastassuunalised seetõttu toimub ka uute ahelate süntees erisuunaliselt. Replikatsiooni lõpuks saadakse 2 DNA molekuli, mille biheeliksites on üks ahel uus
valkudeks. 7. Mis on replikatsioon, kuidas see toimub? DNA replikatsioon on DNA omadus iseennast taastoota. Selle tulemusena tekib ühest DNA molekulist kaks identset DNA molekuli. DNA replikatsioon algab spetsiifilistelt genoomi lõikudelt, originidelt. Esmalt keerab ensüüm helikaas kaksikspiraali lahti ja lõhub vesiniksidemed lämmastikaluste vahel. Ensüüm DNA polümeraas seondub DNA ahelaga DNA polümeraas aitab sünteesida mõlema ahelaga komplementaarsed uued ahelad Kui mõlemalt DNA ahelalt on sünteesitud uus molekul, replikatsioon lõppeb 8. Mis on geen? Geen on DNA lõik, mis määrab ühe RNA sünteesi. 9. Mis on plasmiid? Plasmiid on kromosoomiväline pärilik üksus bakteritel ja mikroseentel, mis on DNA rõngasmolekulina iseseisvas olekus ja kandub edasi kromossomist sõltumatult. 10. Mis on alleel, homosügootsus, heterosügootsus?
viirusesse. Rekombinantne DNA DNA molekul, milles on ühendatud eri liikidelt pärit DNA fragmendid. Restriktaas- omapärane ensüüm, mis lõikab dna kaksikahelat kindlate järjestuste kohalt. Bakterid sünteesivad neid, et end kaitsta end erinevate viiruste sissetungi eest need lõikavad viiruse dna tükkideks enne kui see jõuab rakku kahjustada. Ligaas ensüüm, mille toimel ühinevad ahelate otsad ka kohalentsete sidemetega ja lõpetab rekombinantse molekuli moodustumise Transgeenne organism organism, kelle genoomi on siiratud mõne teise liigi geene, mis neid organismides avalduvad ja ka järglastele päranduvad. Geeni nokaut=geenisihtimine suunatud mutageneesiga tekitatav geenirike, mis geeni avaldumise täielikult välistab. Sel viisil loodud organismid on nokaut-organismid. Luuakse DNA-konstrukt, mis sisaldab suure osa sihitava geeni nukleotiidijärjestusest, kuid selles on
käigus käsi hakkas värisema, aga pärast õiget asendi leidmist, edasi pipeteerimisega probleeme polnud. 2.1.1. Praktikum – PCRi teostamine Polümeraas ahel reaktsioon kasutatakse teatud DNA fragmenti paljundamiseks. Selleks, et PCRi alustada, enne on vaja disainida 2 praimerit (pärissuunalist ja vastassuunalist), mis on komplementaarsed selle fragmenti 5’-otsatega (ja ei ole kompementaarne fragmendi teise järjestusega ega omavahel ei moodusta dimeere), kuna polümeraas ei ole võimeline esimesi nukleotiide ise sunteesida. PCRi teostamiseks on vaja ette valmistada 20 µl segu, milleks on vaja pipeteerida kokku: 11,3 µl MQ vett 2,4 µl 2mM dNTP
tulenevatele signaalidele. 5.Millised on peamised erinevused DNA ja RNA vahel: Peamisteks erinevusteks on 3, 1 ja 4 Tunnus DNA RNA 1)monomeer desoksüribonukleotiid ribonukleotiid 2)pentoos desoksüriboos riboos 3)N-alused A=T, G=C A=U, G=C 4)struktuur biheeliks , so kaks ahelat, üks ahel mis on kruvikujuliselt keerdunud 5)klassid - tRNA, rRNA, mRNA jt 6)ülesanne päriliku informatsiooni pärilikkuse realiseerimine säilitamine ja edasiandmine 7)leidmine tuumas, mitokondrites, tuumas, mitokondrites,
lahti 3 5 ` ` Klaambri laadur 5 ` Inimese rakutuumas sünteesitakse juhtiv ja mahajääv ahel Pol ja Pol abil ning mitokondris Pol abil. keerab ahela lahti. Juhtivalt ahelalt liigub replikatsiooni kahvel 3'-5' suunas. See võimaldab komplementaarse ahela sünteesi 5'-3' suunas. Mahajääval ahelal liigub replikatsioonikahvel 5'-3' suunas, mistõttu ei saa mahajäävat ahelat replikatsioonikahvli liikumise suunas pidevalt sünteesida. Mahajääv ahel sünteesitakse katkendlikult - fragmentide kaupa. * DNA fragmentide süntees mahajääval õlal Mahajääv ahel on DNA kaksikheeliksi ahel, millel replikatsioonikahvel liigub 5'-3' suunas. Selle tõttu ei saa mahajäävat ahelat replikatsioonikahvli liikumise suunas pidevalt sünteesida. Mahajääv ahel sünteesitakse fragmentide kaupa. Algsele DNA
kemoteraapia) Peamised erinevused DNA ja RNA vahel. Peamisteks erinevusteks on 3, 1 ja 4 Tunnus DNA RNA 1)monomeer desoksüribonukleotiid ribonukleotiid 2)pentoos desoksüriboos riboos 3)N-alused A=T, G=C A=U, G=C 4)struktuur biheeliks , so kaks ahelat, üks ahel mis on kruvikujuliselt keerdunud 5)klassid - tRNA, rRNA, mRNA jt 6)ülesanne päriliku informatsiooni pärilikkuse realiseerimine säilitamine ja edasiandmine 7)leidmine tuumas, mitokondrites, tuumas, mitokondrites,
Valiku surve puudumisel labori tingimustes plasmiidid kaovad, loodusesse tagasi viimisel on nad vähem elujõulised. 6. Neil on põhireplikon, milles replikatsiooni alguspunkt ja initsiatsiooni saidid, suurematel plasmiididel ka tra geenid, mis on vajalikud plasmiidi ülekandeks konjugatsioonil. Kromosoomiväline DNA, mis on rõngjas, autonoomne, paljunemisvõimeline, replitseeruvad autonoomselt, võivad intergreeruda bakteri genoomi (episoom, teatud juhtudel). Igal plasmiid paljuneb sõltumata sellest kas põhikromosoom paljuneb või mitte. Ühes rakus võib olla mitu, isegi sada plasmiidi, kuid nende esinemine või mitteesinemine sõltub konkreetsetest valikusurvetest. Looduslikes bakteritüvedes on alati palju plasmiide, kunslikes tingimustes hakkavad nad aeg-ajalt ära kaduma. Erinevate plasmiidide eksisteerimine sõltub sellest kas nad omavahel sobivad. Plasmiidid on need, kes kõige esmalt kantakse ühest rakust teise ja nii vahetatakse pärilikku materjali
DNA polümeraas on ensüüm, mis sünteesib uut DNAd, lisades sünteesitavale ahelale nukleotiide, mis vastavad (komplementaarsuse alusel) algahelale. Lisaks DNA polümeraasile on replikatsioonikahvliga seotud veel palju teisi valke, mis aitavad kaasa DNA sünteesi alustamisele ning kulgemisele. 8. Mis on geen? Geen on DNA järjestuse lõik, funktsionaalne ühik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd. 9. Mis on plasmiid? Kromosoomiväline rõngakujuline kaheahelaline DNA molekul, mis sisaldab autonoomset paljunemist võimaldavaid geneetilisi elemente. Mõnedel plasmiididel on geenid, mis tagavad plasmiidi stabiilse püsimise bakterirakus, näiteks toksiini- antitoksiini süsteemi kodeerivad geenid. 10. Mis on alleel, homosügootsus, heterosügootsus? Alleel – geeniteisend, geeni üks esinemisvorm ehk üks kahest või mitmest alternatiivsest geenivariandist, mis asuvad populatsiooni isendite homoloogiliste
5.Millised on peamised erinevused DNA ja RNA vahel: Peamisteks erinevusteks on 3, 1 ja 4 Tunnus DNA RNA 1)monomeer desoksüribonukleotiid ribonukleotiid 2)pentoos desoksüriboos riboos 3)N-alused A=T, G=C A=U, G=C 4)struktuur biheeliks , so kaks ahelat, üks ahel mis on kruvikujuliselt keerdunud 5)klassid - tRNA, rRNA, mRNA jt 6)ülesanne päriliku informatsiooni pärilikkuse realiseerimine säilitamine ja edasiandmine 7)leidmine tuumas, mitokondrites, tuumas, mitokondrites,
koguste suhte: (13,7*11,7)/9=17,70. See suhe on küllaltki sobiv. 3. Rekombinantse plasmiidi ligeerimine a) Kasutasime pSTBlue-1 vektorit, mis sisaldab kahte replikatsiooniks vajalikku origini (üks kummaski suunas), ampitsilliini ja kanamütsiini resistentsusgeeni ja lacZ operoni, mille lugemisraami sisestame oma inserdi. See võimaldab sini-valge meetodil välja selgitada, millistes kolooniates on tühi, millistes meie inserti sisaldav plasmiid. Vektoril on T-overhangidega otsad, mis võimaldab A-overhangidega inserti sisestada. b) PCR-i produkti on võimalik vektorisse ligeerida, kuna vektoril on T-overhang otsad ning PCR-i produktil on A-overhang otsad. T ja A on omavahel komplementaarsed, seega vektori ja inserdi ,,kleepuvad otsad" ühendatakse komplementaarsusprintsiibi alusel kõigepealt vesiniksidemetega, seejärel saab ligaas sünteesida fosfodiestersidemed
Suhkrujääk erinev Tümiin-Uratsiil Kaheahelaline/üksikahelaline RNA omab katalüütilist funktsiooni Peamisteks erinevusteks on 3, 1 ja 4 Tunnus DNA RNA 1)monomeer desoksüribonukleotiid ribonukleotiid 2)sahhariid desoksüriboos riboos 3)N-alused A=T, G=C A=U, G=C 4)struktuur biheeliks , so kaks ahelat, üks ahel mis on kruvikujuliselt keerdunud 5)klassid - tRNA, rRNA, mRNA jt 6)ülesanne päriliku informatsiooni pärilikkuse realiseerimine säilitamine ja edasiandmine 7)leidmine tuumas, mitokondrites, tuumas, mitokondrites,
Suhkrujääk erinev Tümiin-Uratsiil Kaheahelaline/üksikahelaline RNA omab katalüütilist funktsiooni Peamisteks erinevusteks on 3, 1 ja 4 Tunnus DNA RNA 1)monomeer desoksüribonukleotiid ribonukleotiid 2)sahhariid desoksüriboos riboos 3)N-alused A=T, G=C A=U, G=C 4)struktuur biheeliks , so kaks ahelat, üks ahel mis on kruvikujuliselt keerdunud 5)klassid - tRNA, rRNA, mRNA jt 6)ülesanne päriliku informatsiooni pärilikkuse realiseerimine säilitamine ja edasiandmine 7)leidmine tuumas, mitokondrites, tuumas, mitokondrites,
DNA + valgud =kromosoomid. REPLIKATSIOON (DNAlt DNA) TRANSKRIPTSIOON (DNAlt mRNA ja rRNA) TRANSLATSIOON (mRNAlt VALK) 7. DNA ja RNA erinevused Tunnus DNA RNA 1)monomeer desoksüribonukleotiid ribonukleotiid 2)sahhariid desoksüriboos riboos 3)N-alused A=T, G=C A=U, G=C 4)struktuur biheeliks , so kaks ahelat, üks ahel mis on kruvikujuliselt keerdunud 5)klassid - tRNA, rRNA, mRNA jt 6)ülesanne päriliku informatsiooni pärilikkuse realiseerimine säilitamine ja edasiandmine 7)leidmine tuumas, mitokondrites, tuumas, mitokondrites,
Tänu neile suudab ribosoom suvaliste aminohapete vahele tekitada peptiid sidemeid, kõrvalrühmad, mis kannavad kindlaid omadusi peptiid sidemete moodustamisel ei osale. Süsiniku ja lämmastiku vahel moodustub peptiidside. (Peptiide ja valkude vahe: peptiidid on lühikesed valgu molekulid ja nendel ei teki väga kindlat muutumatut kolmemõõtmelist struktuuri). Kui aminohappejäägid on polümeriseeritud üheks molekuliks, siis seal näeme, et selle polümeeri otsad erinevad üksteisest. Ühte otsa jääb vaba aminorühm, mis ei moodusta peptiidsidet. Teise otsa jääb vaba karboksüülrühm, mis samuti ei moodusta peptiidsidet. Nii räägimegi valkude puhul amiinoterminaalsest otsast või N-terminaalsest otsast ja karboksüülrühmast või C terminaalsest otsast. Nii on ka valkudel oma orientatsioon ja süntees toimub alati N-terminusest C-terminuse poole, ehk järgmine aminohappe jääk lülituks C-termaalsesse otsa. Kuidas valkusid sünteesitakse
Molekulaarbioloogia dimensioon – 1 A – 300 A (üle 500 – rakubioloogia, alla 1 - biofüüsika) 1 A (ongström) = 10 -10 m 1nm = 10 A 2-ahelalise DNA läbimõõt – 20 A kovalentne side – 1,5 A globulaarse valgu d – 50 A dsDNA (double stranded) d – 50 A ribosoomide, valgumolekulide d – 200-300 A DNA aluspaaride vahe – 3,4 A vesiniksideme pikkus – 3 A nukleosoom – 60x110x110 A bakteri ribosoom – 200x200x230 A tuumapoorid – 120x120x75 A bakteriaalne RNA polümeraas – 90x90x60 A Molekulaarbioloogia põhidogma DNA↔ RNA →valk DNA sünteesitakse nii DNA kui RNA alusel! RNA-sõltuv DNA polümeraas – pöördtranskriptaas – revertaas – katalüüsib DNA sünteesi RNA matriitsilt, leiti algselt retroviirustelt. Dogma evolutsiooniline aspekt: looduslik valik toimub organismide mitte geenide tasemel. Valik toimub geeniproduktide tasemel. Ühte „head“ geeni võib ümbritseda „halvad“ geenid ja teda ei valita. Mutatsioonid toimuvad juhuslikult
tulenevatele signaalidele. 5.Millised on peamised erinevused DNA ja RNA vahel: Peamisteks erinevusteks on 3, 1 ja 4 Tunnus DNA RNA 1)monomeer desoksüribonukleotiid ribonukleotiid 2)pentoos desoksüriboos riboos 3)N-alused A=T, G=C A=U, G=C 4)struktuur biheeliks , so kaks ahelat, üks ahel mis on kruvikujuliselt keerdunud 5)klassid - tRNA, rRNA, mRNA jt 6)ülesanne päriliku informatsiooni pärilikkuse realiseerimine säilitamine ja edasiandmine 7)leidmine tuumas, mitokondrites, tuumas, mitokondrites,
· Replikatsioonil käituvad matriitsina mõlemad DNA ahelad ning replikatsiooni lõppproduktideks on kaksikheeliksid, milles üks ahel on uus ja teine vana (semikonservatiivne mudel). DNA replikatsiooni initsiatsioon · spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide ori regioonide olemasoluga. vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees (praimerit on vaja selleks, et sünteesitaval polünukleotiidahelal oleks vaba 3'-OH ots, kuhu DNA polümeraas saab liita nukleotiide). · Vajalik ka AT-rikas regioon ja teatud DNA järjestused Replikatsioon toimub interfaasis Praimer - uue ahela algus · Lühike oligonukleotiidi (DNA või RNA) järjestus, mis on komplementaarne DNA järjestusega. · Vajalik DNA ahela sünteesi alustamiseks, sest polümeraasil on vaja vaba 3'-OH otsa. DNA helikaas - Eraldab DNA ahelad teineteisest. DNA topoisomeraasid - katalüüsivad DNA ahelatesse ajutisi katkeid, et ei tekiks super- keerde
H-ga ära ja sünteesitakse uuesti jne kuni saadakse detekteeritav kogus nukleiinhappe molekule. Tal on ka see omadus, et töötab DNA juuresolekul ei pea proovi ära puhastama, mis RNA puhul on väga keeruline. Kasutatakse ka ekspressiooniproduktide määramiseks. 3. Millised ensüümid on vajalikud TMA meetodil amplifitseerimiseks? TMA- transcription mediated amplification. RNA polümeraas ja pöördtranskriptaas 4. Milliste nakkushaiguste diagnoosimisel on nukleiinhappe amplifitseerimise meetodid asendamatud? Bakteriaalsete: kuna ribosoomide järjestused on erinevate bakterite liikide korral erinevad, saab rRNA järjestuse põhjal liike määrata. Kui mikrokannukeses olevas uuritavas proovis on RNA molekul olemas, siis ta spiraliseerub kaksikheeliksiks, mille tunnevad ära värvusreaktsiooni katalüüsivate ensüümidega märgistatud antikehad.
ahelasse. Ribosoomi-RNA ehk rRNA kuulub ribosoomide ehitusse ja osaleb valgusünteesis. | Erinevalt DNA-st ei ole RNA molekulidel ühesugust ruumilist struktuuri. 5. Peamised erinevused DNA ja RNA vahel. Nukleotiidide erinevus DNAs on ATGC ja RNAs on AUGC. DNA koosneb biheeliksist, kuid RNA on üheahelaline. Suhkru erinevus DNAl on desoksüriboos ja RNAl riboos. DNA sünteesi katalüüsib DNA polümeraas ja RNA sünteesi RNA polümeraas. RNA omab katalüütilist funktsiooni. DNA on geneetilise info kandjaks, RNA säilitajaks(?).Enamus rakus olevast DNA-st lokaliseerub kromosoomides, samal ajal on RNA-d ja valke ohtralt tsütoplasmas. Erinevates rakutüüpides on DNA samane, RNA ja valgud on aga väga erinevad, sest eri rakutüüpides avalduvad geenid väga erinevalt. DNA on palju stabiilsem kui RNA ja valgud. 6. Põhilised RNA klassid rakkudes, nende ülesanded. Informatsiooni
Sporofuut (2n - diplofaas) - spoore moodustav taim. Haploidsed spoorid paljunevad mitootiliselt ja annavad gametofuudi. Haploidsed gameedid ühinevad, tekib sügoot, mis moodustab sporofüüdi. MOLEKULAARGENEETIKA 76. Bakterite transformatsiooni avastamine. Transfektsioon. RNA viiruste rekombinatsioon. Transformatsioon - geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakust isoleeritud DNA abil. Pneumokokk on patogeenne bakter, mis võib põhjustada kopsupõletikku. Pneumokokid on geneetiliselt muutlikud, mis avaldub nende fenotüübis. Üheks silmatorkavaks tunnuseks on polüsahhariididest koosneva limakapsli olemasolu. Patogeensed on ainult limakapsliga pneumokokid, sest limakapsli tõttu ei suuda peremeesorganism neid hävitada. Kapsli olemasolu või puudumist on võimalik hinnata tardsöötmel moodustuvate bakterikolooniate suuruse alusel.
1. Bakterirakus leiduvad polümeraasid: ! Replikatsiooni viivad läbi DNA polümeraasid (erinevad eri ahelatel). Replikatsioonijärgne parandamine: polümeraasid. Valepaardumiste eemaldamiseks: DNA polümeraas III – lisab nukleotiide sünteesitava ahela 3’ otsa; suudab eemaldada viimase DNA-le lisatud nukleotiidi (eksonukleaasne aktiivsus) st valesti lisatud nukleotiid eemaldatakse ning asendatakse õigega: DNA üks parandusmehhanisme bakteris. Pärast vea eemaldamist replikatsioon jätkub. DNA polümeraas I – aeglasem, aga tal on nii 3’ 5’ kui ka 5’ 3’ eksonukleaasne aktiivsus; Replikatsiooni käigus tunneb ära RNA praimeri
abil. Helikaas keerab biheeliksi lahti kasutades ATP energiat. Primaas teeb lühikese RNA praimeri, mis on komplementaarnte templeit DNA-ga ja seejärejl hakkab polümeraas seda pikendama moodustades lühikese 5'RNA-3'DNA tütarahela. Seejärel võtab polümeraas üle ja jätkab ahela pikendamist. Pol on seotud templeitahelaga seotuse tõttu Rfc-valguga (replication factor C), mis pöördudes muutub PCNA-ks (proliferating cell nuclear antigen trimeerne valk, mis ümbritseb tütarDNA-d). Tavaliselt on mehhanism kahesuunaline replikatsioonikahvlid liiguvad kahes suunas. Regulatsioon toimub kuuest MCM valgust koosneva helikaasi aktiivsuse kontrollimisega.
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
