valke, mis osalevad sellistes protsessides nagu transkriptsioon ja replikatsioon. Ulatuslik ubikvitiinimine viib valkude proteosoomse lagundamiseni. Histoonide N-terminuste atsetüülimise regulatsioon on üks geeniregulatsiooni mooduseid, mis teatud kromosoomialas mõjutab oluliselt DNA-histoonide omavahelisi interaktsioone ja kromatiini pakkimist kondenseeritud või vähem kondenseeritud struktuuriks. Histoonide (de)atsetüleerimise mehanism ja teostavad valgud. Toimub peamiselt histoonide H3 ja H4 sabas asuvate positiivselt laetud lüsiinijääkide (de)atsetüleerumise tulemusena, atsetüleeritud vormis neutraliseerib DNA fosfaatrühma negatiivne laeng lüsiini -aminorühma positiivset laengut. Histooni kood. Ühel histoonil/nukleosoomil võib toimuda mitu modifikatsiooni ja need kombinatsioonid moodustavad niinimetatud histooni koodi. 11. Mis roll on histoondeatsetülaasidel (HDAC) need on ensüümid, mis eemaldavad
ja vabastavad transkriptsioonifaktori domääni, mis imporditakse tuuma. Teistel juhtudel reguleeritakse tuuma transport post-translatsiooniliste modifikatsioonidega näiteks fosforüleerimine suurendab nende afiinsust spetsiifilisele eksportiinile. Tuuma impordi ja ekspordi reguleerimine on võimas mehhanism, millega saab kontrollida transkriptsioonifaktori aktiivsust ta saab siduda geenidele ainult siis, kui on tuumas. DNAd-siduvatest valkudest näit. bHLHd ja bZip valgud võivad anda alternatiivseid heterodimeere, sõltuvalt siis nendega interakteeruvatest monomeeridest. Ka teistesse klassidesse kuuluvad transkriptsiooni faktorid võivad moodustada heterodimeerseid komplekse. Mõnedel juhtudel heterodimeeride alternatiivsed vormid ei mõjuta DNA-sidumise spetsiifikat, pigem soodustab iga monomeeriga seotud aktivatsioonidomäänide alternatiivsete kombinatsioonide teket ning seeläbi mõjutab tekkinud dimeerse transkriptsioonifaktori aktivatsiooniomadusi.
struktuurist valkude struktuuriks. Prokarüootide ja eukarüootide mRNA struktuuri võrdlus. Prokarüootide DNA-s puuduvad intornid ja eksonid ning saadud mRNA-d ei pea töötlema vaid saab koheselt suunata translatsioon. Ühelt mRNA-lt on võimalik saada mikroobidelt mitmeid erinevaid valke. Eukarüootides DNA sisaldab eksoneid ja introneid ning saadud mRNA on vaja töödelda, intronid välja lõigata. Poly A 3´saba lisamine ja cap struktuuri lisamine 5´ Cap valgud on algselt seotud polümeraasi sabaga. Ainult täielikult defosforüleeritud RNA polümeraas II on võimeline alustama sünteesi. RNA splaissingu e. kokkupõime põhimõte. Pre-mRNA kokkupõime mehhanism. Splaissosoom RNA alternatiivse kokkupõime tähtsus - mittekodeerivad DNA järjestused välja lõigata, adeniin nukleotiid introni 3´otsas ründabintroni 5´ otsa ja lõikab sealt mRNA katki. snRNAd moodustavad kompleksi valkudega mille tagajärjelt tekivad väikesed tuuma
migratsioonist tingitud patoloogilised · Infektsiooni põhjustajad: viirused, muutused? bakterid, seened jne · Põletik, kasvajad, immuunreaktsioonid, · Geneetilised mutatsioonid rakusurma suurenemine · Immunaktiivsed rakud ja valgud 6. Na+,K+, Ca 2+ ioonide homeostaas. Nende · Toidu tasakaalutus ioonide kontsentratsiooni erinevus raku see ja 12. Millest sõltuvad rakukahjustused? rakust väljas. · Rakkude radiotundlikkusest, asukohast, · Na-K oluline rakkude normaalseks
- Saavutatav bioloogiline efekt: valuvaigistid, psühhoosiravimid, astmaravimid, põletikuravimid, antibiootikumid. Keemiline struktuur - Sarnase struktuuriga ühendid ühte gruppi: penitsilliinid, barbituraadid, opaadid, steroidid. Segane, kuna bioloogiline toime võib sarnastel ühenditel erineda. Sihtmärksüsteem - Antihistamiinid, koliinergikud. Täpsem kui struktuur, kuid ei täpsusta, mis punktis ravim reaalselt toimib. Molekulaarne sihtmärk - Ensüüm, retseptor: anti-koliinesterasid, tsüklooksügenaasi inhibiitorid. Täpseim jaotus, eeldab eelteadmisi. Mida väljendavad ravimi kemoterapeutiline ja terapeutiline indeks? Paul Erlich postuleeris võimaluse defineerida ühendite toime selektiivsust mingi parameetriga, võimaldamaks võrrelda ravimeid toime-ohutus kategoorias: Kemoterapeutiline indeks = Min.efektiivne doos/ Max.talutav doos; väikseim parim. 1
a. arhedes DNA kromatiin koosneb peamiselt histoonist. 12. Kirjelda eukarüootse (ka inimese) raku kromatiini struktuuri. Kromatiin on DNA-st ja valkudest koosnev pakitud kompleks, millest moodustuvad kromosoomid. Kromatiini all mõistetaksegi rakutuumas olevat DNA-d, mis on seotud valkudega. DNA-ga seonduvaid valke on laias laastus kahte sorti: struktuursed ja regulatoorsed. Kromatiini koostises olevad valgud jaotuvad kahte suurde klassi: 1. Histoonid - aluselised valgud. (neutraalse pH juures postiiivselt laetud). 2. Mittehistoonsed kromosoomivalgud - tugevalt happelised valgud (neutraalse pH juures negatiivselt laetud). Struktuur (kondenseerumise astmed): Kromatiini struktuur rajaneb järjestikulistele DNA kokkupakkimise tasanditele. Eukarüootne kromatiin koosneb enamjaolt DNA-st ja histoonidest. Ümber histoonide keerdunud DNA-d
(mikrofilamendid, mikrotorukesed) Mitoos+meioos Puuduvad Rõngas, (kromosoom ja Esinevad DNA struktuur Lineaarne, erinevad kromosoomid, histoonid, plasmiidid) tsütoplasmas paiknevad tuumas RNA ja valk Süntees samas kohas RNA tuumas, valgud tsütosoolis Metabolism Anaeroobne+aeroobne Aeroobne Rakuline organiseeritus Peamiselt üherakuline Peamiselt hulkraksed 5. Arhede ja eubakterite peamised erinevused Arhede membraanilipiidides on eetersidemed, eubakteritel estersidemed ning rakuseinas peptidoglükaanid ka. Arhedel on intronid, eubakteritel neid pole. rRNA ja
Tuuma ümbrises on teatud vahemikega spetsiaalsed struktuurid, nn. tuuma poori kompleksid (nuclear pore complex- NPC). Tuumapoore moodustavaid valke nim. ka nukleoporiinideks. Tuuma ja tsütoplasma vaheline ainete transport Tuuma ja tsütoplasma vaheline ainete transport käib tuuma pooride kaudu. Transport läbi NPC on kas passiivne difusioon (ioonid, väikesed valgumolekulid) või aktiivne transport. Iga üksik NPC toimetab nii importi kui eksporti. Tüüpilisel imetajarakul on tuumaümbrises 3-4 tuh. poori. Üks ja sama poor võimaldab mõlemasuunalist liikumist. Valkude import tuuma Molekulaarbioloogiliste meetoditega on kindlaks tehtud, et läbipääsuloaks raku tuuma pääsemiseks on valkudel teatud aminohappeline järjestus, mis sisaldab tavaliselt positiivselt laetud aminohappeid Lys ja Arg . Seda järjestust nim. nukleaarse lokalisatsiooni signaaliks (NLS), NLS võib valgul paikneda ükskõik millises kohas
Tsütoskelett Puudub Esineb Mitoos, meioos Puudub Esineb DNA struktuur Rõngas, (kromosoom ja Lineaarne, erinevad plasmiidid) tsütoplasmas kromosoomid, histoonid, paiknevad tuumas RNA ja valk Süntees samas kohas RNA tuumas, valgud tsütosoolis Metabolism Anaeroobne+aeroobne Aeroobne Rakuline organiseeritus Peamiselt üherakuline Peamiselt hulkraksed Esimesed prokarüootsed organismid tekkisid ~ 3 -3,5 miljardit aastat tagasi Esimesed eukarüootsed organismid tekkisid ~ 1-1,5 miljardit aastat tagasi Sümbiontsed bakterid, mis on seotud õhulämmastiku assimileerimisegaon näiteks tsüanobakterid ja Rhizobium
Molekuli liikumine membraani ühe kihi piires. 6. Mis on hübridoom ja kuidas ning milleks neid tekitatakse Hübridoom on antikehi sünteesiva lümfotsüüdi ja müeloomi raku hübriid, mis luuakse monoklonaalsete antikehade saamiseks. 7. Mida nim membraani sulamistemperatuuriks Temperatuuri, mille juures toimub membraani üleminek korrapärasest geelisarnase struktuuriga faasist mobiilsemasse vedelasse faasi. 8. Millised on valkude membraanidesse kinnitumise viisid? Integraalsed membraanide valgud omavad ühte või mitut segmenti, mis koosnevad hüdrofoobsetest või laenguta aminohapetest ja on sel viisil hüdrofoobete vastasmõjude kaudu (sageli ka täiendavate ioonsete jõudude kaudu) kinnitatud lipiidide kihti. Hüdrofoobne piirkond on mõlemalt poolt ümbritsetud positiivse laenguga aminohapetega (arg, lys), et takistada piki membraani libisemist. ( positiivse laenguga aminohapped seostuvad fosfolipiidi negatiivse laenguga peaga)
Õhulämmastiku assimileerimisega on seotud selts Rhodospirillales. Azospirillum. (?) 8.)Millised tunnused näitavad et mitokondrid on tekkinud endosümbioosi teel: Mitokondris on olemas oma ribosoomid (70S), ja rõngaskromosoom. Mitokondri genoom kodeerib rRNA-sid, t-RNA-sid ja mõningaid mitokondriaalse hingamisahela valke. Paljud mitokondri algse genoomi geenid on üle kolinud tuumagenoomi. Nad on ära tuntavad järjestuse analüüsil, kuna nendega kodeeritavad valgud on sarnased prokarüootide valkudega. Mitokondri eellane oli ilmselt üks ürgne alfa-proteobakter (Rhodospirillum rubrum?) 9.)Millised tunnused näitavad et kloroplastid on tekkinud endosümbioosi teel: Eukarüootide kloroplasti eellaseks peetakse ürgset tsüanobakterit. Kloroplastis on oma ribosoomid (70S tüüpi) ja rõngaskromosoom. 2 Membraanid 1.Raku membraani paksus: 7,5-10 nm 2
geene eksprsesseerima. SEKUNDAARSED VAHENDAJAD rakusisesed molekulid, mille struktuur muutub pärast mingi kindla aine retseptorile seondumist, kutsuvad esile rea ensümaatilisi protsesse, mille tulemusena realiseerub geeniekspression; aktiveerivad spetsiifilisi proteiinkineaase. RAS-valgud e väikesed G-valgud on GTPaasse aktiivsusega lülitid ja nende tsükkel on järgmine: toimub üleminek aktiivse ja inatkiivse vormi vahel. G-valgud ehk guaniininukleotiide siduvad valgud on perekond, mis tegeleb väljaspoolt rakku tulevate keemiliste signaalide ülekandega raku sisemusse. G-valgud on olulised signaaliülekandes osalevad molekulid rakus. Mitmed haigused nagu diabeet, südame-veresoonkonna haigused ning kindlad vähktõve vormid on seotud G-valkudega seotud retseptorite (GPCR) väärtalitlusega signaaliülekandes. Sellest tulenevalt on ligikaudu 40% tänapäeva ravimitest suunatud just GPCR-le. G-valgud võib jagada kahte rühma:
kogu rakus olev DNA. Tuumaümbris (tuuma lamiinid, tuuma poori kompleks, perinukleaarne ruum). Tuum on ümbritsetud kaksikmembraaniga, millest välimine membraan on otseses ühenduses tsütoplasmavõrgustiku membraaniga.Tuuma sise- ja välismembraani vahelist osa nim perinukleaarseks ruumiks. Sarnaselt tsütoplasma võrgustikuga võivad tuuma välismembraanile kinnituda ribosoomid. Tuuma sisemise membraani sisepinnal on huke kiht nn. tuuma lamiine. Need on valgud, mis kuuluvad intermediaarseid filamente moodustavate valkude hulka. Lamiinid toetavad tuuma sisemist membraani seestpoolt. Rakutuumas paiknev kromatiinaine on lamiinide vahendusel seotud tuumamembraani sisepinnaga. Väljastpoolt on tuum ümbritsetud intermediaarsete filamentide vrgustikuga. . Tuuma ümbrises on teatud vahemikega spetsiaalsed struktuurid, nn. tuuma poori kompleksid (nuclear pore complex- NPC), mis on moodustunud oktagonaalselt organiseeritud teatud kindlatest valkudest
Tuumaümbris (tuuma lamiinid, tuuma poori kompleks, perinukleaarne ruum). Tuum on ümbritsetud kaksikmembraaniga, millest välimine membraan on otseses ühenduses tsütoplasmavõrgustiku membraaniga.Tuuma sise- ja välismembraani vahelist osa nim perinukleaarseks ruumiks. Sarnaselt tsütoplasma võrgustikuga võivad tuuma välismembraanile kinnituda ribosoomid. Tuuma sisemise membraani sisepinnal on huke kiht nn. tuuma lamiine. Need on valgud, mis kuuluvad intermediaarseid filamente moodustavate valkude hulka. Lamiinid toetavad tuuma sisemist membraani seestpoolt. Rakutuumas paiknev kromatiinaine on lamiinide vahendusel seotud tuumamembraani sisepinnaga. Väljastpoolt on tuum ümbritsetud intermediaarsete filamentide vrgustikuga. . Tuuma ümbrises on teatud vahemikega spetsiaalsed struktuurid, nn. tuuma poori kompleksid (nuclear pore complex- NPC), mis on
kättesaadavust nukleoplasmas 3) Vahendab tuuma ja tsütoskeletivahelisi struktuurseid sidemeid LINC kompleksi kaudu a. koosneb lamiinidest, sisemisest tuumamembraani proteiinist ja interakteeruvast välimisest tuumamembraani proteiinist (see seob tsütoskeleti elemente) 4) Laamina kiht pakub platvormi signaaliülekande radades olevate valgukomplekside kokkupanekuks Karüoplasma – rakutuuma sisene plasma Tuuma maatriks – sisemine membraan sopistub sisse ja moodustab harjakesi, mille vahele jääb vedel maatriks. 1) Kinnituskohtade abil aitab organiseerida kromosoome, lokaliseerida geene ja reguleerida DNA transkriptsiooni ja replikatsiooni tuumas. 2. Tuumaümbris mitoosis, selle taastamine Mitoosi käigus laguneb tuumaümbris lamiinide fosforüülimise tõttu. Defosforüülimine taastab protsessi. Mitoosi ajal on tuumaümbris fosforüülitud ja lagunenud kujul. 3
Rakutuum Rakutuum esineb ainult eukarüootsetes rakkudes. Üks suurematest organellidest (5-25 µm). Ümbritsetud kahekordse membraaniga nn tuumaümbrisega. Välimine membraan on sageli seotud ER membraaniga ja kahe membraani vaheline ruum on ER luumeni jätkuks. Tuumamembraanid koosnevad lipiidsest kaksikkihist, milles esinevad teatud tüüpi valgud. Tuumas on eristatav tuumakese piirkond. Tuuma sisemist osa, mis ei ole tuumake, nimetatakse nukleo- e. karüoplasmaks. Tuuma struktuur ja koostis on määratud tuuma funktsioonidega. Tuumas paikneb DNA ja toimub DNA replikatsioon. Tuumas paikneval DNA-l sünteesitakse mRNA, tRNA, rRNA, samuti toimub tuumas ribosoomide subühikute teke. mRNA, tRNA ja ribosoomide subühikud peavad liikuma tuumast tsütoplasmasse. Tsütoplasmast tuuma peavad liikuma tsütoplasmas sünteesitud valgud (histoonid,
ensüümide proteolüütiline "lõikamine" Kovalentne modifitseerimine leiab rakendust eelkõige regulatoorsetes kaskaadides Regulatsioon fosforüleerimise kaudu Fosforüleeritakse mingit ühte kindlat aminohappejääki Enamasti toimub fosforüleerimine Ser, Thr või Tyr hüdroksüülgrupi kaudu Ensüümid võivad olla fosforüleerimise kaudu nii aktiveeritavad kui inaktiveeritavad Fosfaatgrupi doonoriks on ATP ja fosforüleerimist katalüüsivad proteiin kinaasid Fosfaatgrupi eemaldamist katalüüsivad fosfataasid Proteiin kinaasid on tihti ka ise reguleeritavad fosforüleerimise kaudu ja nii moodustuvad regulatoorsed kaskaadid signaali võimendumine Vahest leiab kasutust ka valkude adenülüleerimine ja ADP-ribosüleerimine Proteolüütiline aktivatsioon: pankrease proteaasid Proteolüütiline
Sapphapped on hädavajalikud toidu seedimisel, eelkõige toiduga omandatud rasvade solubiliseerimisel. Koolhappe konjugatsioonil tauriini ja glütsiiniga moodustuvad taurokool- ja glükokoolhapped. 4. Lipoproteiinid on lipiididest ja valkudest koosnevad agregaadid, mis transpordivad vees lahustumatuid lipiide vereringes. Struktuur: kolesterooliestrid ja rasvad on ümbritsetud fosfolipiidmembraaniga, milles paiknevad kolesterool ning valgud apolipoproteiinid. HDL kõrge tihedusega lipoproteiinid kolesterooli ja kolesteriidide transportija perifeersetest kudedest tagasi maksa. LDL madala tihedusega lipoproteiinid peamine kolesterooli ja kolesterooli estrite kandja maksast perifeersete kudedeni. VLDL väga madala tihedusega lipoproteiinid endogeensete rasvade, kolesterooli ja kolesteriidide transport maksast kudedesse.
iii. Veelindudel kaitseks märgumise eest. iv. Rasvkoes võivad talletuda kehavõõrad ained (mürgid). v. Pruun rasvkude, kus toimub aktiivne rasvhapete lõhustumine on oluline imikute soojusregulatsioonis, samuti talveunest ärkavatel loomadel aga ka talisuplejatel. vi. Lahusti funktsioon. Veres olevad lipoproteiinid kannavad rasvlahustuvaid vitamiine organismi kõikidesse kudedesse. Aminohapete ja valkude lühiiseloomustus. Valgud e proteiinid- on polümeerid, mille monomeerideks on aminohapped. On 20 erinevat aminohapet (neist 8 asendamatud ja 12 , mida rakud saavad ise sünteesida), mis võivad kuuluda valkude koostisesse. Amonihappeid iseloomustab amino- ja karboksüülrühmad. Valgu molekulisaminohapete vahel on peptiidsidemed: N-H ja karboksüülrühma( COOH ) vaheline kovalentne side. Peptiidsideme moodustamisel eraldub üks molekul vett
· Autokriinne signalisatsioon: endokriinrakus sünteesitud ja sealt sekreteeritud SM seostub sama raku retseptoritele (c) · Neurokriinne signalisatsioon: närvilõpmetes sünteesitud ja rakuvaheruumi sekreteeritud SM (mediaator, transmitter liigub sünaptilise vedelikuga märklaua juurde (d) Signaali ülekande toimumine · signaalmolekul · retseptorid · kaskaad · metaboolne vastus Signaali ülekande üldjooned · Ülikõrge efektiivsus neid on vaja vaid nano- ja pikogrammides · Signaali ülekanne algab signaalmolekuli seostumisega märklaudrakkude spetsiifiliste retseptoritega. Retseptorid on: kompleksmolekulid, kõrgspetsiifilised, kõrgafiinsed, pole staatilised süsteemid,
1. Genoomi järjestuse analüüs võimaldab identifitseerida potentsiaalseid promootoreid ja motiive, mis on konserveerunud sama regulaatori poolt kontrollitavate geenide ees. Regulaatori seondumisala suurem kokkulangevus konsensusjärjestusega esineb geenide puhul, mille avaldumisele on uuritaval regulaatoril tugevam efekt ja siis, kui regulaatorvalk seondub ühte kindlasse saiti promootorala ees. Samas valgud, mis seonduvad paljudesse saitidesse, interakteeruvad tavaliselt ka teiste valkudega. Valkude kooperatiivsel seondumisel DNA-ga ei pruugi uuritava valgu seondumissait olla DNA järjestuse põhjal ennustatav. 2. Reportergeenide kasutamine transkriptsiooni liitjärjestuste konstrueerimiseks. Promootorita reportergeen (näiteks lacZ) inserteeritakse genoomi erinevatesse piirkondadesse, nii et see satub erinevate promootorite kontrolli alla
RNAPolIII seonduda ja rNTPde olemasolul initseerida transkriptsiooni. 13. Kus toimub transkriptsioon? Kus transkriptsioonifaktorid rakus paiknevad?Too näiteid, kuidas transkriptsioonifaktorite post-translatsioonilised modifikatsioonid mõjutavad nende a) DNAle sidumisevõimet ja b) nende võimet initseerida transkriptsiooni. Transkriptsioon toimub rakutuumas. TF'd transkribeeritakse nagu enamus valke tuumas ning transleeritakse tsütoplasmas. Tsütoplasmast liiguvad valgud seejärel tagasi tuuma. a) mitmed TF'd, ntks STAT valgud, peavad olema fosforüülitud, et saaks DNA'ga siduda. 14. Mis on sidumissait? ja mille poolest ta a) sarnaneb, b) erineb TATAbox-st? DNA sidumissait on igasugune regioon DNA'l, kuhu teised molekulid võivad seonduda. Ka TATA-box on sidumissait, mis on alati promootor-regioonis ja on sidumissaidiks RNAPolII'le. 15. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse
∨ PÄDEVA TEADUSLIKU TEOORIA ALUSEL ON VÕIMALIK ENNUSTADA NÄHTUSI/FAKTE, MILLE OLEMASOLU HILJEM EKSPERIMENTAALSELT TÕESTATAKSE 2. Elu organiseerituse tasemed - MOLEKULAARNE tase – molekulaarbioloogia, geenitehnoloogia, süsteemibioloogia (BIOMOLEKULID ainult ELUSlooduses). Esmane organiseerituse tase. Kõikjal, kus on elu, esinevad biomolekulid: sahhariidid, lipiidid, valgud, nukleiinhapped. - ORGANELLI tase – (molekulaarne) rakubioloogia. Uuritakse raku organelle: tuum, ribosoomid, mitokondrid jne. Kui need rakkudest eraldada, ei kanna nad enam elu tunnuseid. Organellide koostööst tulenevad rakkude omadused. - RAKU tase – rakubioloogia. Rakk on elu esmane organiseerituse tase, kus ilmnevad kõik elu omadused. - KOE tase - histoloogia, arengubioloogia/embrüoloogia. Inimesel põhikoed: epiteel-, lihas-,
FALTSIFITEERITAV) PÄDEVA TEADUSLIKU TEOORIA ALUSEL ON VÕIMALIK ENNUSTADA NÄHTUSI/FAKTE, MILLE OLEMASOLU HILJEM EKSPERIMENTAALSELT TÕESTATAKSE 2. Elu organiseerituse tasemed - MOLEKULAARNE tase molekulaarbioloogia, geenitehnoloogia, süsteemibioloogia (BIOMOLEKULID ainult ELUSlooduses). Esmane organiseerituse tase. Kõikjal, kus on elu, esinevad biomolekulid: sahhariidid, lipiidid, valgud, nukleiinhapped. - ORGANELLI tase (molekulaarne) rakubioloogia. Uuritakse raku organelle: tuum, ribosoomid, mitokondrid jne. Kui need rakkudest eraldada, ei kanna nad enam elu tunnuseid. Organellide koostööst tulenevad rakkude omadused. - RAKU tase rakubioloogia. Rakk on elu esmane organiseerituse tase, kus ilmnevad kõik elu omadused. - KOE tase - histoloogia, arengubioloogia/embrüoloogia. Inimesel põhikoed: epiteel-, lihas-,
üle ühe organismi DNAst teisse. 20. Transkriptsioonilise aktivaatori funktsionaalsed domäänid: N-terminaalne DNAd - siduv domään, mis seondub teatud DNA järjestustele, ja C-terminaalne aktivatsiooni domään, mis interaktsioonis teiste valkudega aktiveerib transkriptsiooni. 21. Peamised DNAd siduvad domäänid heeliks-pööre-heeliks (helix-turn-helix), tsink-sõrm- valgud (zinc finger), leutsiin-lukud (leucine zipper), aluselised heeliks-ling-heeliks (bHLH) domäänid, homeodomään valgud. 23. Histoondeatsetülaas (HDAC) ensüümide klass, mis eemaldavad atsetüül rühmasid - N-atsetüüli lüsiini aminohappest histoonil. Histoonatsetülaas (HAT) ensüümid, mis atsetüleerivad kaitstud lüsiini aminohappeid histooni proteiinidel transfeerides atsetüül rühmad astüül CoA-st lüsiini -N-atsetüüli lüsiinist, funktsioneerib üle terve ensüümi. Histoonide atsetüülimine on seotud DNA transkriptsiooni aktivatsiooniga
sünteesi substraadid ja mille kaudu väljub kapsiidist sünteesitav mRNA; 1 valgu trimeerid moodustavad 12 kapsiidist väljaulatuvat (kuni 40 nm võrra) paindlikku "kiudu", mis on olulised virioni seondumisel rakkudele. Virionides ja ISPV-des omab 1 (seondub 2-valguga) erinevaid konformatsioone. Vahekiht Reoviiruste virionide T=13 väliskapsiidi ja T=1 sisekapsiidi ühendavad 2- (vt. ülal) ja 2- (vt. allpool) valgud. Need valgud (täpsemalt 2-valgu 1-valku siduv domään ja 2-valk) moodustavad virionides mittetäieliku vahepealse valgukihi. See struktuur on oluline sise- ja väliskapsiidi vahelisteks interaktsioonideks. Sisemine kapsiid Reoviiruste virionide sisemise kapsiid ruumiline struktuur on teada täpsusega 0.36 nm - tehtud on röntgenstruktuur analüüs, mis on näidanud, et sisemine kapsiid omab ebatavalist T=1 sümmeetriat ja koosneb:
Komplement – Ehhinodermidest, seotud ka kaasasündinud immunoloogiaga, kaasasündinud retseptorid võivad midagi väga spetsiifiliselt ära tunda, enne kui patogeeni ei hävita ei juhtu midagi, et märklaudua hävitada võib kasutada ka komplemendi süsteemi, ilma T lümfotsüütide ja antikehadeta. Immuungeneetika osas ennetavast immuunsussüsteemist. Immunoloogilise kaitse põhimehhanismid: Geneetiline polümorfism, 1. erinevad rakupinna retseptorid, valgulised retseptorid, raku pinnal glükolipiidsed retseptorid, immuunreaktsioonides osalevad valgud. Vaja – ükski viirus ei tungi rakku ilma retseptorita, kui on mitu varianti, viirus ei saa nakatada tervikuna liiku, näide herpesiviiruste kohta, mõningaid suudab mõningaid mitte. 2. Valgud 3. Glükosiidsed, glükolipiidsed jne ABO ja teised veregrupid 4. Immuunreaktsioonides osalevad valgud.
· kontraktsioon müosiin, aktiin · kaitse immunoglobuliinid -heeliks pöörde kohta 3,6 jääki, ühe jääki tõus 1,5 Å, heeliksin suur dipoolmoment, stabiliseeritud lähestikku asuvate aminohappejääkide peptiidsideme amiidrühma vesiniku ja karbonüülrühma hapniku vaheliste vesiniksidemetega -leht paralleelne ehk samasuunaline (tõus 3,47 Å jäägi kohta) või antiparalleelne ehk vastassuunaline (tõus 3,25 Å jäägi kohta) Globulaarsed valgud polaarsed jäägid on suunatud väljaspoole ja nad interakteeruvad vesikeskkonnaga, hüdrofoobsed jäägid on suunatud sisemusse ja nad interakteeruvad omavahel, jäägid täidavad 72-77% ruumist, valkude struktuur ei ole staatiline ning domeenid võivad omavahel liikuda jagunevad antiparalleelsete -heeliksite struktuuriga valgud, paralleelse või segatüüpi .leht struktuuriga valgud, antiparalleerlse -leht struktuuriga valgud ja metalli ja disulfiidi-rikkad valgud Kiudvalgud
Seega omavad enamus A-rikkaid järjestusi, mis põhjustavad DNA paindumist (bendingut), transkriptsiooni aktivatsioonil positiivset rolli eeskätt UP- elemendina. Teatud juhtudel võib UP-element transkriptsiooni mõjutata ka negatiivselt. Seda juhul, kui - CTD seondub UP-elemendiga liiga tugevalt. Siis on raskendatud RNA polümeraasi promootorilt edasi liikumine (ingl. k. promoter clearance). DNA bendingut võivad põhjustada ka nukleoidiga (bakterikromosoomiga) assotsieerunud valgud, näiteks IHF (Integration Host Factor) . IHF on heterodimeerne valk, mis seondub DNA-ga spetsiifiliselt ja painutab seda 160° kuni 180°. IHF-il on enamasti arhitektuurne funktsioon ta soodustab valk-DNA komplekside moodustumist. Selle tulemusena võib muutuda DNA heeliksi struktuur, mis omakorda soodustab avatud kompleksi teket transkriptsiooni initsiatsioonil (näiteks ilvPG promootor). Faag lambda PL promootori ja Mu
Hüdrofoobsed: Alaniin, Valiin, Leutsiin, Metioniin, Isoleoutsiin, Fenüülalaniin, Trüptofaan, Tyrosiin. Hüdrofiilsed: Arginiin, Lüsiin, Aspargiin, Glutamaat, Proliin, Aspartaat. Polaarsed: Türosiin, Histidiin, Lüsiin, Arginiin, Aspartaat, Glutamaat, Treoniin, Seriin, Aspargiin, Glutamiin. Mittepolaarsed: Alaniin, Valiin, Leutsiin, Isoleutsiin, Fenüülalaniin, Metioniin, Proliin, Trüptofaan. 2. Peptiidside, C ja N teminus, peptiidid ja valgud, dalton. Peptiidside on kovalentne side peptiidides aminohapete vahel. Formeerumisel eraldub vesi. Esineb harilikult trans- konformatsioonis; on iseloomult osaline kaksikside; ~0,133nm pikk (lühem kui üksikside, pikem kui kaksikside); tänu kaksksideme iseloomule on 6 peptiidsideme aatomit asetunud planaarselt; peptiidi põhiskelett on kergelt laetud. Polüpeptiid on aminohapete järjestus. Peptiid on aminohapete järjestus, millel puudub selgelt defineeritud 3D struktuur
Ribosoomid stabiliseerivad RNA- valgu struktuuri. Subühikuid iseloomustatakse raskusväljas liikumise kiiruse järgi (sadenemise järgi) – Svedberg. Bakteri ribosoomid 30S ja 50S – kokku 70S. Eukarüootidel 40S ja 60S – kokku 80S. Sõltub osakeste massist ja tema tihedusest – Svedberg. Sõltub osakeste massist ja tema tihedusest. Subühikud on omavahel koos subühikutevaheliste sildadega, põhiliselt RNA-RNA interaktsioon. Väike subühik – 1500 nukleotiidiline, 1 heeliks ja valgud. Suur subühik on natukene teistmoodi orienteeritud. Suur subühik – 6 sekundaarstruktuuri, lisaks 5S RNA. Subühikute vahele seostub tRNA 3 erinevasse saiti (A, P, E). Subühikud võivad olla erinevad, aga neid on alati kaks. 23S + 15 S RNA (suur subühik). Ribosoomi massist prokarüootidel 2/3 RNA. Eukarüootidel on suhteliselt rohkem valke (umbes pooleks), aga ka RNA on suurem. Põhjus, miks ta koosneb kahest subühikust on see, et mRNA käib kahe subühiku vahelt läbi.
glükosiidsidemete hüdrolüüsi. Süstemaatilise nimetusega -D-fruktofuranosiid fruktohüdrolaas e -fruktofuranosidaas. Invertaasi produtseerivad pärmid, hallitusseened, paljud taimed ja ka mesilased. On oluline seedeensüüm. c) RNA - biopolümeer, mille monomeerideks on ribonukleotiidid. Ribonukleotiidid on kolmeosalised: nad on moodustatud lämmastikaluse, riboosi ja fosfaatrühma liitmisel. d) müoglobiin tegu on valguga. Valgud ehk proteiinid on biopolümeerid, mille monomeerideks on aminohappejäägid. Tegu on väikese molekulmassiga heemi sisaldav valk. e) uurea e karbamiid e kusiaine on orgaaniline ühend süsinikust, lämmastikust, hapnikust ja vesinikust, keemilise valemiga CON2H4 või (NH2)2CO. Normaaltingimustel valge, lõhnatu, tahke, vees hästi lahustuv aine. f) GTP on nukleotiid. (e nukleiinhappe monomeer). Tegu on makroenergilise ühendiga.
fosfaat) on energiarikkad e. makroergilised ühendid. Makroergiliste molekulide reageerimisel teiste biomolekulidega vabaneb energia, mille arvelt toimuvad mitmed energeetiliselt ebasoodsad protsessid (biosüntees, liikumine, osmoos). MOLEKULAARNE HIERARHIA: Anorgaanilised eellased CO2, H2O, NH3, N2. Metaboliidid püruvaat,tsitraat, suktsinaat Monomeersed ehituskivid aminohapped, nukleotiidid, monosahhariidid, rasvhapped, glütserool Makromolekulid valgud, nukleiinhapped, polüsahhariidid, lipiidid. Supramolekulaarsed kompleksid ribosoomid, tsütoskelett Organellid tuum, mitokondrid, kloroplastid. ELUSLOODUSE HIERARHIA: Molekul väikseim iseseisev osake Makromolekul kovalentsete sidemete abil lihtsatest molekulidest konstrueeritud biomolekul. Organell reaktsioone ajas/ruumis eraldav rakusisene moodustis. Rakk eluslooduse väikseim struktuurne ühik Kude sarnase tekke/ehituse/talitlusega rakkude kogum.
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
