Leidsid 33 sarnast õppematerjali, mis on seotud failiga "Biotehnoloogia kontrolltööd". Need materjalid aitavad sul teemat sügavamalt mõista.
polümeraas, ensüüm, transgeen, promootor, vaktsiin, plasmiid, nukleotiid, oligonukleotiid, restriktaas, kloon, praimer, degradatsioon, proov, lõikamisel, produkti, sisestatud, meetoditest, genoomis, ahelreaktsioon, fragment, transgeense, hübridisatsioon, kitse, tehnoloogia, vivo, järgnevast, fragmentide, western, alleel, geeniülekanneSouthern blot- Edwin Southern Testib, kas sisestatud geen on terve ja ühes tükis, õiges suunas ja koopia arvu. DNA kodeeriva järjestuse alusel disainitakse proo, millega hübridiseeritakse transgeense taime DNA-d filterpaberil. Proovil on küljes radioaktiivne signaal, mis näitab tulemust. Northern blot- testib, kas mRNA on taimes olemas ja et transkriptsioon toimib korrektselt. mRNA eraldatatakse, kantakse filterpaberile. Radioaktiivse sildiga DNA proov seob mRNA külge ja on nähtav. Western blot- testib valgu olemasolu, valgu proovid eraldatakse transgeensetest taimedest ja kantakse membraanile. Prooviks on antikehad, mis tunnevad ära eesmärk valgu. DNA sekveneerimine- võimaldab kindlaks teha konkreetse DNA järjestuse. Promootor- Nende abil saab reguleerida geeni ekspressiooni. Konstitutiivne promooter ekspressioon toimub kogu aeg igas taime osas. Valikuline promooter ekspressioon toimub ainult teatud taime arengu faasides, teatud
LOMR.01.005 Kordamisküsimused 2015-03-09 1. Mis on imputeerimine? Statistikas tähendab imputeerimine puuduolevate andepunktide täitmist. Geneetilistes uuringutes tähendab imputeerimine puuduolevate genotüüpide ennustamist. 2. Mis kasu on imputeerimisest? Analüüsi võimsuse kasv Tihedam markerite katvus Meta-analüüs Haplotüübianalüüsid – võimalik analüüsida markereid, mida pole olemas ei genotüpiseeritud kui imputeeritud markerite hulgas. CNV (copy number variation) ja indel’ite analüüsid Genotüpiseerimisel tekkinud vigade ja puuduolevate genotüüpide täitmine – genotüpiseerimisel jääb osa inimeste genotüüpe määramata. Selliseid puuduolevaid markereid saab imputeerimise abil taastada. 3. Mille poolest erineb harvade variantide analüüs GWAS analüüsidest? Harvade variantide analüüs võimaldab saada informatsiooni variantide koht
htm 2. Nukleotiidide lühiiseloomustus. Nukleiinhappe monomeer, mis on moodustunud lämmastikaluse, 5 süsinikulise suhkru (riboosi või desoksüriboosi) ja fosfaatrühma liitumisel. 3. Nukleiinhapete lühiiseloomustus. Biopolümeerid, mille monomeerideks on nukleotiidid. Nukleiinhappeid on kahte tüüpi: ·Deoksüribonukleiinhape (DNA) - leidub raku tuumas, mitokondris ja kloroplastis ·Ribonukleiinhape (RNA) - leidub kogu rakus Nukleiinhapped on polünukleotiidid. Iga nukleotiid koosneb kolmest osast: Fosfaatgrupp, 5-süsinikuline suhkur ehk pentoos (DNA-s on selleks 2- desoksüriboos; RNA-s riboos), lämmastikalus 4. Mida tähendab komplementaarsusprintsiip, mida DNA ahelate antiparalleelsus? Komplementaarsusprintsiip- DNA molekulis esinev printsiip kus ahelad vastavad üksteisele vastavalt: A=T, C=G. Antiparalleelsus- DNA biheeliks ehk kaksikahel moodustub kahest komplementaarsest DNA ahelast, mis on antiparalleelsed s.t
Geenitehnoloogia kordamisküsimused 1. Millised molekulid on polümeerid? Polümeerid on ained, mille molekulid koosnevad kovalentsete sidemetega seotud korduvatest elementaarlülidest. Tähtsaimad looduslikud polümeeerid on nukleiinhapped ja valgud. 2. Nukleotiidide lühiiseloomustus. Nukleotiid on DNA ja RNA molekuli alalüksus, mis koosneb fosfaatrühmast, suhkrust ja lämmastikalusest. 3. Nukleiinhapete lühiiseloomustus. Nukleiinhape (DNA ja RNA) on polümeer, mis koosneb korduvatest alaüksustest ehk nukleotiididest. See on pärilikkuse kandja rakus. 4. Mida tähendab komplementaarsusprintsiip, mida DNA ahela antiparalleelsus? Komplementaarsus ehk täiendavus on kaksikheeliksi kahe ahela vastastikune
struktuuri. 2. Mis rolli mängib DNA metüleerimine restriktsiooni analüüsis? Metüleerimise abil kaitstakse DNA restriktsiooni eest. Nii nt.kaitseb E.coli oma genoomset DNA enda poolt toodetud restriktaaside eest. Sellega võib manipuleerida: välja lülitada kloonimisel, et oleks võimalik DNA lõikamist restriktaasiga selleks, et sinna ehitada huvipakkuva DNA järjestust. 3. Võrdle omavahel järgnevate E.Coli ensüümide omadusi. DNA polümeraas I Klenow fragment Sequenase Taq polümeraas 5' 3' DNA-sõltuv polümeraasne aktiivsus DNA polümeraasi ,,mutantne" vorm. 5' (on vaja praimeri) 3' polümeraasne aktiivsus. 3' 5' eksonukleaasne aktiivsus (DNA parandamine) DNA sünteesil 5' 3' Tömbi otste Kasutatakse Kasutatakse eksonukleaasne saamiseks
Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) või teratokartsinoomi (NT2) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5-10 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa ja NT2 rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/ Bluescript pBS SK+ plasmiid 10 ng/l lineariseeritud Cfr42I abil (~3h restriktsioon, puhastatud fenooltöötluse, etanooliga sadestamise abil; lahustatud TE-s). Plasmiidi kohta vt Stratagene; http://www.stratagene.com/ . Plasmiidi kaarti vt lisamaterjalidest. Restriktaas Cfr42I (SacII) 10 ühikut/mikroliiter (u/l), hoitakse jääl. Restriktaasi kohta vt Fermentas; http://www.fermentas.com/, ja lisamaterjalid. Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust) T4 DNA ligaas 5 u/l (Fermentas, vt
paljuneb üle 70-kraadises vees. Tema DNA-polümeraasi kasutatakse PCR- meetodis, mis võimaldab in vitro paljundada ehk amplifitseerida konkreetset, uuritavat DNA fragmenti. See meetod on loodud ülilihtsal põhimõttel: temperatuuride muutmisel. Selleks on PCR-masin, millesse asetatakse 0,2 ml-sed tuubid DNA-proovidega ja käivitatakse programm, mis automaatselt kuumutab-jahutab kindlal temperatuuril kindlate ajavahemike järel. (PCR) vajalikud komponendid (joonis 5.2.2.4.): DNA proov, mida uuritakse; DNA-plümeraas, täpsemalt on see kuumaveebakteri nimest tulenev Taq-polümeraas; Nukleotiidid – A, G, C, T, mida läheb DNA molekuli sünteesiks vaja; 2 praimerit (tavaliselt 15–25 nukleotiidi pikkused DNA lõigud ), millest üks on komplementaarne uuritava DNA-lõigu ühe otsaga ja teine on komplementaarne teise otsaga; puhverlahus, mis on keskkonnaks. PCR ETAPID 1) tuubis oleva dna denatureerimine
DNA järjestuse äratundmine varieerub erinevate restriktaaside vahel, lõigates tekivad eri pikkusega “kleepuvad” üleulatuvad osad. “Kleepuvad” üleulatuvad osad võivad olla nii peaahelal kui “komplementaarsel” ahelal. Selliste otstega DNA ahelaid on komplementaarsuse tõttu võimalik mugavalt liita, tekib rekombinantne DNA. Restriktaasid on ensüümid, mis katkestavad hüdrolüüsi fosfordiester sidemel, tunnevad ära 6 järjestust iga restriktaas tunneb erineva. DNA kloneerimise etapid. Peremeesorganismi ja kloonimisvektori valik Vektor-DNA ettevalmistamine Kloonitava DNA ettevalmistamine Rekombinantse DNA sünteesimine ligatsiooni abil Rekombinantse DNA sisendamine peremeesorganismi Rekombinantide selekteerimine Rekombinantide analüüsimine Etapp 1. Valitud DNA tükk lõigatakse päritoluorganismist restriktsiooniensüümide abil. Etapp 2
geneetilise koodi ehk vastavuse mRNAde nukleotiidahelate ja valkude polüpeptiidahelate vahel. Tänaseks on teada paljude tuhandete tRNA molekulide primaarstruktuur väga pajudes eri liikidest. Kõigi tuntud tRNA molekulide ruumiline struktuur on sarnane nii sekudaar- kui tetsiaarstruktuuri tasemel. tRNA molekulide pikkus varieerub tavaliselt 74-92 nukleotiidini, kuigi üksikud erandid on mõnevõrra lühemad või pikemad. tRNA nukleotiidid on nummerdatud ühtse nomenklatuuri alusel, esimene nukleotiid on 5’ otsas. Sekundaarstruktuur on tRNA molekulidel samuti konserveerunud, mida iseloomustatakse ristikheina lehe kujuga. tRNA sekundaarstruktuuri moodustavad 4 kaksiahelalist osa (õlga) ja 4 üksikahelalist piirkonda. tRNA molekuli otsad asuvad lähestikku, nende paardumisel tekkiv kaksiahelaline osa e. õlg kannab nime aktseptoorne õlg. Viimase pikendus on üheahelaline osa 3’ otsas, millele liidetakse estersidemega karbonüülradikaali kaudu aminohape. Aktseptor-õlg on 7 aluspaari pikk
Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/ Bluescript pBS SK+ plasmiid 10 ng/l lineariseeritud Cfr42I abil (~3h restriktsioon, puhastatud fenooltöötluse, etanooliga sadestamise abil; lahustatud TE-s). Plasmiidi kohta vt Stratagene; http://www.stratagene.com/ . Plasmiidi kaarti vt lisamaterjalidest. Restriktaas Cfr42I (SacII) 10 ühikut/mikroliiter (u/l), hoitakse jääl. Restriktaasi kohta vt Fermentas; http://www.fermentas.com/, ja lisamaterjalid. Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust T4 DNA ligaas 5 u/l (Fermentas, vt
ühendatud vaba DNA lõiguga, mida nimetatakse linker-DNA-ks (selle pikkus on 10–80 aluspaari, olenevalt liigist ja koetüübist). [12] Nukleosoome on võimalik elektronmikroskoobiga näha interfaasi ajal. 15. Operoni struktuur operon (ingl. Operon)- Grupp geene, mis moodustavad ühtse regulatoorse või kontrollüksuse. Üksus koosneb operaatorist, promootorist ja struktuurgeenidest. Omased prokarüootidele. Operoni üldine struktuur: Promootor – nukleotiidne järjestus, mis võimaldab geenide transkriptsiooni. Promootori tunneb ära RNA polümeraas, mis seejärel alustab transkriptsiooni. RNA sünteesi puhul näitavad promootorid, milliseid geene peaks kasutama mRNA sünteesiks, kontrollides seeläbi, milliseid valke rakk toodab. Operaator – DNA lõik, millele seondub regulaator. Lac operonis on see klassikaliselt defineeritud kui lõik promootori ja operoni
H-ga ära ja sünteesitakse uuesti jne kuni saadakse detekteeritav kogus nukleiinhappe molekule. Tal on ka see omadus, et töötab DNA juuresolekul ei pea proovi ära puhastama, mis RNA puhul on väga keeruline. Kasutatakse ka ekspressiooniproduktide määramiseks. 3. Millised ensüümid on vajalikud TMA meetodil amplifitseerimiseks? TMA- transcription mediated amplification. RNA polümeraas ja pöördtranskriptaas 4. Milliste nakkushaiguste diagnoosimisel on nukleiinhappe amplifitseerimise meetodid asendamatud? Bakteriaalsete: kuna ribosoomide järjestused on erinevate bakterite liikide korral erinevad, saab rRNA järjestuse põhjal liike määrata. Kui mikrokannukeses olevas uuritavas proovis on RNA molekul olemas, siis ta spiraliseerub kaksikheeliksiks, mille tunnevad ära värvusreaktsiooni katalüüsivate ensüümidega märgistatud antikehad.
1. preribosomaalne etapp: aminoatsüül-tRNA süntees (aa-tRNA) 2. ribosomaalne etapp: (ribosoomides) mRNAs pakinev koodon seatakse vastavusse tRNA sisalduva antikoodoniga koodon – koosneb kolmest järjestikusest nukleotiidist ribosoom sünteesib AH vahele peptiidsideme (tRNA küljes AH-d). Kasvav peptiidahel on sünteesi käigus kovalentselt seotud tRNA-ga. Geen - pärilikkuse ühik, DNA lõik (nukleotiidsed järjestused, järjekord määrab info), mis kodeerib eralduvat produkti (RNA või valk) - DNA kodeerib iseend, aga pole eralduv produkt – jääb matriitsahelaga seotuks (poolkonservatiivne replikatsioon) - Geenid on kodeeritud ühe ahela poolt, vastasahel kodeerimisel ei osale. NB! Pikema DNA lõigu ulatuses võivad mõlema ahela poolt kodeeritud olla – osa geene paikneb ühel, osa teisel ahelal. - geenid võivad kattuda nii ühel kui ka eri ahelatel. - ühe geeni sees võib asuda teine geen - ei võrdu DNA - võib koosneda ka RNA-st
DNA polümeraas on ensüüm, mis sünteesib uut DNAd, lisades sünteesitavale ahelale nukleotiide, mis vastavad (komplementaarsuse alusel) algahelale. Lisaks DNA polümeraasile on replikatsioonikahvliga seotud veel palju teisi valke, mis aitavad kaasa DNA sünteesi alustamisele ning kulgemisele. 8. Mis on geen? Geen on DNA järjestuse lõik, funktsionaalne ühik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd. 9. Mis on plasmiid? Kromosoomiväline rõngakujuline kaheahelaline DNA molekul, mis sisaldab autonoomset paljunemist võimaldavaid geneetilisi elemente. Mõnedel plasmiididel on geenid, mis tagavad plasmiidi stabiilse püsimise bakterirakus, näiteks toksiini- antitoksiini süsteemi kodeerivad geenid. 10. Mis on alleel, homosügootsus, heterosügootsus? Alleel – geeniteisend, geeni üks esinemisvorm ehk üks kahest või mitmest alternatiivsest geenivariandist, mis asuvad populatsiooni isendite homoloogiliste
Enamasti esineb DNA elusorganismides kahe antiparalleelse omavahel komplementaarse ahela kujul (st kohakuti paiknevad ahelate A ja T ning G ja C nukleotiidid), sest lämmastikaluste vahel moodustuvad komplementaarsusprintsiibist lähtudes vesiniksidemed. DNA süntees toimub tavaliselt replikatsiooni teel, mida viib läbi DNA polümeraas. DNA lagundamine toimub nukleaaside abil (vt endonukleaas, eksonukleaas, restriktaas, apoptoos). DNA sekundaarstruktuuri muutvad ensüümid on DNA ligaasid, helikaasid, güraasid. Päriliku info säilitamine ja selle täpne ülekanne tütarrakkudele. Nukleiinhapete sünteesil on kindel suund: 5´ (prim) ots + 3´ (prim) ots. Ahelad on antiparalleelsed: üks ahel:-5´ ots, teine-3´ots ja komplementaarsed A=T, C=G. Kõiki DNA molekule rakus sünteesib DNA polümeraas. DNA´l on kolm struktuuri: DNA esmane struktuur -esineb rakus sünteesiprotsessides ja teatud
(small nuclear ribonucleoproteins). Splaissing toimub etapiviisiliselt. Esmalt katkestatakse fosfodiesterside introni 5´-splaissingu saidis introni GU järjestusest 5´-suunas. Protsessis osaleb kogu splaissosoom. Splaissingu saiti seondub otseselt U1 snRNP. Fosfodiesterside moodustub introni 5´-otsa ja konserveerunud A nukleotiidi vahel introni 3´-otsa lähedal. Seejärel seondub U2 snRNP introni splaissingu 3´-saiti, kus konserveerunud A nukleotiid on ühenduses introni 5´-otsaga (selliseid struktuure nimetatakse lariaatideks). Kompleksile lisanduvad ka teised snRNP-d, et moodustuks täielik splaissosoom ning seejärel lõigatakse intron 3´- splaissingusaidist välja (fosfodiestersideme lõhkumine) ja eksonite vahel moodustub fosfodiesterside. 51. Post-transkriptsioonilise regulatsioon tsütoplasmas. Eukarüootsete geenide esmased primaarsed transkriptid protsessitakse, et tekiks funktsionaalne RNA ning see
sellest, kui kaugele regulaator promootorist seondub. CRP (cAMP Receptor Protein), tuntakse ka nimetuse all CAP (Catabolite Gene Activator Protein), on dimeerne valk, mis koosneb 2-st identsest 22,5 kDa suurusest subühikust (209 aminohapet). Ta on aktiivne ainult cAMP juuresolekul. CRP dimeer seondub 22 bp pikkusele palindroomsele järjestusele, mõlemale poolsaidile üks subühik. Erinevate promootorite puhul seondub CRP promootorist erinevale kaugusele: 1) lac promootor seondumine regiooni -72 kuni -52 2) gal promootor seondumine regiooni -50 kuni -25 6 3) ara promootor seondumine regiooni -107 kuni -78 Aktivaatori ja RNA polümeraasi interaktsioon sõltub sellest, kui kaugele aktivaator transkriptsiooni alguspunktist seondub. Vastavalt interaktsiooni tüübile liigitatakse aktivaatoreid klass I ja klass II aktivaatoriteks
Eukarüootides DNA sisaldab eksoneid ja introneid ning saadud mRNA on vaja töödelda, intronid välja lõigata. Poly A 3´saba lisamine ja cap struktuuri lisamine 5´ Cap valgud on algselt seotud polümeraasi sabaga. Ainult täielikult defosforüleeritud RNA polümeraas II on võimeline alustama sünteesi. RNA splaissingu e. kokkupõime põhimõte. Pre-mRNA kokkupõime mehhanism. Splaissosoom RNA alternatiivse kokkupõime tähtsus - mittekodeerivad DNA järjestused välja lõigata, adeniin nukleotiid introni 3´otsas ründabintroni 5´ otsa ja lõikab sealt mRNA katki. snRNAd moodustavad kompleksi valkudega mille tagajärjelt tekivad väikesed tuuma ribonukleovalgud (snRNP),mis viivad splaissingu läbi. BBP(branchpoint binding protein)hargemispunkti valk- tunneb introni keeru koha ära (lasso tekitamise koha). Splaissosoomide tekkeks ja ümberkorraldamiseks on vaja ATP hüdrolüüsi, osaleb ligikaudud 200 valku.
hulgal RNAd. Seda kromosoomi koostisainete kompleksi nim. kromatiiniks. http://et.wikipedia.org/wiki/Kromosoom 13. Bakteriraku ehitus Kuna bakteritel puudub tuum on nad eeltuumsed e.prokarüoodid. Tuuma asemel on neil tuumapiirkond e.nukleoid. Bakteritel on ainult üks rõngakujuline kromosoom. Bakterirakk on kaetud kapsliga, mis kaitseb neid keskonna mõjude eest. Veel esineb bakterirakus DNA rõngasmolekul e. plasmiid. Bakterid paljunevad pooldudes.Vees elavatel bakteritel on gaasivakuoolid. Plasmiid on väike rõngas DNA. Selles on geenid, mis aitavad bakteril elada ekstreemsetes oludes. Ilma plasmiidita on bakter elujõuetu.Antibiootikumide suhtes võivad bakterid muututa resistentseks. Plasmiide võib olla mitu bakteril. Bakterirakk kooseneb: 1. Rakuseinast Bakteri väline kuju oleneb rakuseinast, mis kaitseb teda kahjulike välismõjude eest ja
· Replikatsioonil käituvad matriitsina mõlemad DNA ahelad ning replikatsiooni lõppproduktideks on kaksikheeliksid, milles üks ahel on uus ja teine vana (semikonservatiivne mudel). DNA replikatsiooni initsiatsioon · spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide ori regioonide olemasoluga. vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees (praimerit on vaja selleks, et sünteesitaval polünukleotiidahelal oleks vaba 3'-OH ots, kuhu DNA polümeraas saab liita nukleotiide). · Vajalik ka AT-rikas regioon ja teatud DNA järjestused Replikatsioon toimub interfaasis Praimer - uue ahela algus · Lühike oligonukleotiidi (DNA või RNA) järjestus, mis on komplementaarne DNA järjestusega. · Vajalik DNA ahela sünteesi alustamiseks, sest polümeraasil on vaja vaba 3'-OH otsa. DNA helikaas - Eraldab DNA ahelad teineteisest. DNA topoisomeraasid - katalüüsivad DNA ahelatesse ajutisi katkeid, et ei tekiks super- keerde
ka seminari materjali) 9. RNA ja transkriptsioon Transkriptsioon on matriitssüntees, mille käigus sünteesitakse DNA molekuli ühe ahela nukleotiidse järjestusega komplementaarne RNA molekul. * Bakterite ja eukarüootide polümeraasid. Bakterites on ainult ühte tüüpi RNA polümeraasi, selle poolt sünteesitakse kõik RNA tüübid. 1. Transkriptsioon algab DNA promootorkpiirkonnast, kus RNA polümeraasi holoensüüm faktor sigma ja RNA plümeraas, asetuvad DNA promootor alale. 2. Plümeraas avab DNA aehla ning transkirptsioon algab. 3. Kui RNA plümeraas on sünteesinud 10 nukelotiidse RNA, siis murduvad interaktsiooni promootorpiirkonnaga DNA'l, 4. Sigma faktor vabaneb. Polümeraas läheb tugevamini DNA külge, toimub elongatsioon, liigub mööda DNA ahelat. Sigmafaktor liitub hiljem uuesti RNA polümeraasiga, et hakata sünteesima uut ahelat. 5. Elongatsioonis on transkriptsioon väga produktiivne, polümeraas lahkub DNA
Varuaine (munavalge) Energeetiline – eraldub 17,6 kJ Transpordi funktsioon (hemoglobiin transpordib hapnikku) 6. Nukleiinhapte lühiiseloomustus Nukleiinhapped – biopolümeerid, mille monomeerik on nukleotiid. Nukleotiid koosneb fosfaatfühmast, suhkrujäägist (desoksüriboos, riboos) ja lämmastikalusest (A, U, G, C) . DNA esmane struktuur - nukleotiidijääkide hulk ja järjestus DNA üksikahelas. Üksikahelaline DNA esineb rakus sünteesiprotsessides ja teatud viirustes. DNA sekundaarstruktuur - DNA levinuim esinemisvorm. (biheeliks ja kaksikspiraal)
Valiku surve puudumisel labori tingimustes plasmiidid kaovad, loodusesse tagasi viimisel on nad vähem elujõulised. 6. Neil on põhireplikon, milles replikatsiooni alguspunkt ja initsiatsiooni saidid, suurematel plasmiididel ka tra geenid, mis on vajalikud plasmiidi ülekandeks konjugatsioonil. Kromosoomiväline DNA, mis on rõngjas, autonoomne, paljunemisvõimeline, replitseeruvad autonoomselt, võivad intergreeruda bakteri genoomi (episoom, teatud juhtudel). Igal plasmiid paljuneb sõltumata sellest kas põhikromosoom paljuneb või mitte. Ühes rakus võib olla mitu, isegi sada plasmiidi, kuid nende esinemine või mitteesinemine sõltub konkreetsetest valikusurvetest. Looduslikes bakteritüvedes on alati palju plasmiide, kunslikes tingimustes hakkavad nad aeg-ajalt ära kaduma. Erinevate plasmiidide eksisteerimine sõltub sellest kas nad omavahel sobivad. Plasmiidid on need, kes kõige esmalt kantakse ühest rakust teise ja nii vahetatakse pärilikku materjali
genoomsest järjestusest. RNA editing on väga levinud ainuraksete ja taimede mitokondrite ning ka kloroplastide mRNAde puhul, kõrgemates eukarüootides suhteliselt harv nähtus. Editing'ga kaasneb enamasti suur valgu funktsionaalne muutus. Imetajateln ntks apoB mRNA, mis kodeerib kahte alternatiivset seerumivalku apoB-100, mida ekspresseerivad maksarakud, ja apoB48, mida ekspresseerib sooleepiteel. C nukleotiid positsioonis 6666 konverteeritakse deaminiinimise tagajärjel U-ks. See muutus toimub ainult soole rakkudes ja CAA koodon muutub UAA-ks (stop koodon), sellest ka poole lühem valk. Nukleotiidide lisandumist või deletsiooni katalüüsib editosoom, deamineerimist deaimanaasid. 44. RNA-sõltuv vaigistamine. siRNA, miRNA. RISC kompleks. RNA interferents indutseerib mRNAde lagundamist. Vaigistamiseks kasutatav kaksikahelaline RNA protsessitakse esmalt väikesteks interferent RNAdeks (siRNA)
selles koes), mis on seotud konservatiivse kohaspetsiifilise rekombinatsiooni ensüümiga bakterites. Huvipakkuvas koes seega toodetakse ensüümi Cre rekombinaas, mis lõikab kohaspetsiifilistelt saitidelt ja nii saame geeni eemaldada. Kui rekombinaasi ekspresseeritakse ainult maksas, kustutatakse huvipakkuv geen ainult seal. Teistes kudedes aga geeni ei lõigata välja, kuna rekombinatsioonigeenile eelneb koespetsiifiline promootor. 5. RNA ja transkriptsioon DNA transkriptsiooni tulemusena tekib üheahelaline RNA molekul, mis on komplementaare DNA kaksikahela ühe ahelaga 36. Informatsiooni ülekande etapid eukarüootide ja prokarüootide geenilt valgule Eukarüootidel - RNAs on exonid (kodeeriv) ja intronid (mittekodeeriv). Enne valgu sünteesi tuleb intronid eemaldada ensüümkatalüütilise RNA splaissinguga, lisatakse 5’ otsa RNA cap ja 3’ otsa polyA saba. Tulemuseks on
kompetentse retroviirusega. Sinna saab sisestada vaid 3.5 kb DNA-d). Teine võimalus on vektori pakkimine teise viiruse valk-kesta (envelope) sisse, mis määrab seostumise ja infektsiooni spektri. Nimetatakse viiruse pseudotüüpideks.(2) Adenoviirused Nakatavad arvukalt mittejagunevaid inimese rakke. Hingamisteed, sooletrakt. Kasutatakse ulatuslikult elusvaktsiinina respiratoorsete infektsioonide korral. Adenoviiruse DNA läheb raku tuuma, kus ekspresseeritakse transgeen. Rekombinantne DNA ei integreeru raku kromosoomi ja ei püsi seetõttu rakutuumas kaua. Seetõttu tuleb adenoviirus süsteemi puhul teraapiat korrata. Adenoviirusvektorite puhul on probleemiks mõne adenoviiruse geeni ekspressioon (kuigi väga madalal tasemel), mille tõttu kujuneb välja immuunvastus ja vastavad rakud hävitatakse. Sellest on püütud erinevatel viisidel üle saada vähendades vektori koostises olevate viirusvalkude hulka.(2) AAV süsteem (Adeno-Associated Viruses)
hoiavad koos vesiniksidemed). Molekuli edasisel kokkukeerdumisel moodustub kolmandat järku struktuur gloobul (keraja kujuga). Kõigil valkudel gloobulit ei moodustu. Kui omavahel ühinevad kaks või enam polüpeptiidi, moodustub valk, mille puhul räägitakse neljandat järku struktuurist. Valkude ülesanded: - Ensüümis – kiirendavad reaktsioonide kiirust, kõrge spetsiifilisus, iga reaktsiooni jaosk on oma ensüüm (amülaas, lipaas) - Ehituslik funktsioon – karvad, küüned, sõrad, kabjad - Transportfunktsioon – molekulid rakku sisse ja sealt välja - Retseptorfunktsioon – retseptorvalgud edastavad infot väliskeskkonnast raku sisemusse. - Regulatoorne funktsioon – valgulised hormoonid - Kaitsefunktsioon – antikehad, mis võitlevad organismidele mitteomaste ühendite vastu - Energeetiline funktsioon – seda alles siis, kui kõik teised varud on ammendunud
hoiavad koos vesiniksidemed). Molekuli edasisel kokkukeerdumisel moodustub kolmandat järku struktuur gloobul (keraja kujuga). Kõigil valkudel gloobulit ei moodustu. Kui omavahel ühinevad kaks või enam polüpeptiidi, moodustub valk, mille puhul räägitakse neljandat järku struktuurist. Valkude ülesanded: - Ensüümis kiirendavad reaktsioonide kiirust, kõrge spetsiifilisus, iga reaktsiooni jaosk on oma ensüüm (amülaas, lipaas) - Ehituslik funktsioon karvad, küüned, sõrad, kabjad - Transportfunktsioon molekulid rakku sisse ja sealt välja - Retseptorfunktsioon retseptorvalgud edastavad infot väliskeskkonnast raku sisemusse. - Regulatoorne funktsioon valgulised hormoonid - Kaitsefunktsioon antikehad, mis võitlevad organismidele mitteomaste ühendite vastu - Energeetiline funktsioon seda alles siis, kui kõik teised varud on ammendunud
b) Kompartmentid on tekkivad ja kaduvad iseornagiseeruvad üksused – geeni aktivatsiooniga kaasneb vaigistamiskompartmentide likvideerimine, muutused geenipositsioonis ja regulatoorsete kompartmentite iseassambleerumise aktivatsioon. 6 • Transkriptsiooni ‘vabrikud’: paigutus, arv tuumas, tekke ja funktsioneerimise mudel(id). Äsja sünteesitud transkriptid ja aktiivne RNA polümeraas II ei ole üle tuuma jagunenud, vaid on kontsentreeritud kindlates piirkondades mida nimetatakse transkriptsioonivabrikuteks ehk aktivatsiooni kompartmentiteks. Ühes tuumas esineb mõni sada kuni mõni tuhat transkriptsioonivabrikut olenevalt raku tüübist ja diferentseerumisolekust, ning paiknevad üle tuuma. Transkriptsioonivabrikute diameeter on 45-100 nm. Transkriptsiooniga hõivatud RNA polümeraas II fraktsioon vabrikutes on seotud mingi alamstruktuuriga
See on aga harjutuse eesmärgiga vastuolus. Kohe kui oma veast aru sain hakkasid ka ilusamad ja ühtlasemad täpid tulema. Praktiline töö nr. 1: Polümeraasi ahelreaktsioon Eesmärk: Paljundada valitud valku või valgu mõnda domääni kodeerivat DNA järjestust ehk inserti PCR meetodiga. Materjalid: 11,3 MQ eriti puhas vesi lahusti µl 2,0 µl 10x polümeraasi puhvrit loob sobiva keskkonna, et polümeraas töötaks 2,0µl 25mM MgCl2 on polümeraasi ko-faktoriks, seega (lõppkontsentratsioon 2,5mM) mõjutab reaktsiooni spetsiifilisust 2,4µl 2mM dNTP et segus oleks vabu nukleotiide (lõppkontsentratsioon 240µM) 1,0µl Pärisuunalist praimerit Polümeraasi seondumiseks 5´ (lõppkontsentratsioon 0,5µM) poolele
● puriin- ja pürimidiinalused. Inimorganismi nukleotiidides esinevad puriini ja pürimidiini põhiderivaadid on adeniin, guaniin, tsütosiin, uratsiil ja tümiin. ● Nukleosiidid = alus + suhkur. Need on puriin- või pürimidiinaluse ja pentoosi kompleksid. ● Nukleotiidid = alus + suhkur + 1-3 fosfaatrühma. Nukleotiidid on nukleosiidide mono-, di- või trifosfaaterid. Nt: N-alus → adeniin. Nukleosiid → adenosiin. Nukleotiid → AMP. ADP. ATP. N-alus → guaniin. Nukleosiid → guanosiin. Nukleotiid → GMP, GDP. GTP. 9. Võrdle RNA ja DNA struktuuri DNA struktuur RNA struktuur kaheahelaline üheahelaline DNA on paremale pöörduv kaksikheeliks RNA on üheahelaline ja vähem stabiilne mille ahelad on antiparalleelsed ja komplementaarsed. Lämmastikalusteks on A, T, G, C. Lämmastikalusteks on A, U, C, G.
• Kultuuris ei kasva. Antikehi ei määrata (v.a. teadusuuringutes). Ravi ja profülaktika. Kosmeetilistel põhjustel eemaldatakse, kasutades krüoteraapiat või keemilisi vahendeid, kuigi taasteke on sage. Kõripapilloomide puhul võib olla vajalik kirurgiline sekkumine. Sisuliselt on nad kõik isetaanduvad. Kasutatakse loomuliku immuunsuse ja põletikuvastuste stimulaatoreid. Cidofovir võib toopilisel manustamisel tappa selektiivselt HPV-infitseeritud rakke. On valmimas uus vaktsiin, mis sisaldab kapsiidivalku viiruslaadsetes partiklites. Praegu profülaktikas parim otsese kontakti vältimine infitseeritud koega. Viirused mõmm :) 05/06 Polüomaviirus Struktuur. Väike ikosaeedriline viirus. Kaheahelaline DNA. Replikatsioon ja montaaž tuumas. Olulisemad tüübid SV40, JC, BK. Väiksemad kui papilloomiviirused (45 nm, 5000 aluspaari), vähem komplekssed.
tRNA süntetaasiga on tegemist. Kui teatavat aminohapet on rakus vähe, on enamus sellele aminohappele vastavaid tRNA molekule vabad ja võimelised interakteeruma liiderjärjestuses paikneva koodonjärjestusega. Aminohappe kõrge kontsentratsiooni korral on enamus tRNA molekule laetud ja seega võimetud interakteeruma liiderjärjestuses asuva koodoniga. Tulemuseks on aminoatsüül tRNA süntetaasi geeni transkriptsiooni terminatsioon. Trüptofaani degradatsioon Transkriptsiooni regulatsiooni attenuatsiooni kaudu on kirjeldatud ka kataboolsetel operonidel. Üheks näiteks on trüptofaani katabolismi operoni tnaAB regulatsioon. Kui trüptofaani rakus pole, translatsioon peatub, sest rho-faktor saab seonduda RNA-ga, mille tulemusena transkriptsioon termineerub. Antiterminatsioon valgulise faktori abil, mis seondub mRNA-ga Bacillus subtilise trp operon on negatiivselt reguleeritud TRAP (Trp Attenuator Protein) poolt. Trp olemasolul
annaabi.ee 
