osalevad DNA, Tfid, RNA polümeraas ja ATP. Transkriptsiooniks on vaja DNA lõiku, mis koosneb osadest ( transkriptsiooni ühik ehk ala mida transkribeeritakse, sellest ülavoolu asub TATAbox ja enhanser). Edukaks transkriptsiooniks on vaja mõndasid TF´eid. Suurim TFIID sisaldades omakorda TBP (tata binding protein) mille kaudu kogu kompleks istub DNA transkriptsiooni initsiatsiooni saidile kasutadeski selleks TATAboxi. Seejärel lisanduvad teised TF, eeskätt TFIIB luues võimaluse POLII seondumiseks, mis omakorda aktiveeritakse TFIIF poolt- moodustub preinitsiatsiooni kompleks. Sellele seondub TFIIE luues võimaluse TFIIH seondumiseks.. TFIIH põimib kaksikahela lahti ja annab polümeraasile võimaluse mööda matriitsahelat liikuma hakata. Kui 5-10 bp kodeeritud hakkab TFIIH sünteesima Poly saba. TFIIH ise DNAle ei istu enne peavad olema sinna lisandunud teised valgud. Transformatsioon - geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakust isoleeritud DNA abil
Immuunvastus on spetsiifiline, s.t. et tekkinud antikehad tunnevad spetsiifiliselt ära seda ainet, mis kutsus esile nende sünteesi. Antikehade spetsiifilisus on ühe antikeha paratoopi ehk liitekoha võime siduda end ainult ühe kindla antigeeniga või antikehade populatsiooni võime siduda end ühe kindla antigeeniga. Üldiselt on antikehadel suur spetsiifilisus. Antikeha tunneb mingist võõrvalgust ära ainult väikest osa. Seda osa, mis antigeeni molekulist on oluline antikeha seondumiseks, nimetatakse epitoobiks. Ristreaktiivsus- on antikeha individuaalse paratoopi võime reageerida rohkem kui ühe antigeeniga või antikehade populatsiooni võime reageerida rohkem kui ühe antigeeniga. See reaktsioon saab toimuda, kuna ristreaktiivsel antigeenil on ühine epitoop immuniseerimise antigeeniga või sellel antigeenil on ehituselt sarnane epitoop immuniseeriv antigeeniga Antigeen- antikeha vastasmõju Organismi satub võõrkeha, mille küljes on antigeen
konsensus-järjestust TTGACA Eukarüoodid polümeraas ei tunne otseselt ära promootorjärjestust, toimuvad tuumas. *3 erinevat RNA polümeraasi *Vajavad erinevaid TF-e *Initsiatsiooni toimumine peab moodustuma PIC promootoril 8. Mis on faktori funktsioon? Mis juhtub faktoriga initsiatsiooni lõppedes? Initsiatsioonifaktor, mis tunneb e. coli's ära promootoris järjestuse -10-35 regiooni vahel. Vajalik RNA polümeraasi spetsiif. seondumiseks promootoralale, transkriptsiooni avatud kompleksi moodustumine. Ilma faktorita on alguses RNA-pol. inaktiivne. Faktor vabaneb pärast esimese 10 nukleotiidi sünteesi. 9. Defineeri prokarüootne operon. Kirjelda geeni aktivatsiooni protsessi pro-karüoodis trp või lac operoni näitel. Funktsioneeriv üksus, nukleotiidne järjestus sisaldab: *operaator DNA lõik, mis aktiv/inhib strukt. geene; sinna seostuvad aktivaator/repressor
Spetsiifiline. Vahel ei leia mono-AK oma üht ja ainust epitoopi üles (epitoop varjestatud teiste molekulide poolt). Polüklonaalne antikeha tegu on antikehade kloonide seguga, millest iga erinev kloon võib seonduda sihtmärgiga, selle erineva piirkonna kaudu. Erinevaid kloone võib olla varieeruvalt 10-100 nt, igaüht toodab erinev B-rakk. Funktsionaalsed erinevused monoklonaalsest antikehast: parem tööriist, kui antikeha raskesti ligipääsetav. Suurem risk mittespetsiifiliseks seondumiseks. Ergastusmaksimum 488nm DAPI 350, Alexa Fluor 488. Emissioonimaksimum 530nm. DAPI 460, Alexa Fluor 530. Emissioonfluorestsents filtrid roheline: 500, kollane: 580, oraanz: 630, punane: 680. Kromosoomid ja rakutsükkel Genoom on mitoosi metafaasis kõige kokkupakitum, kõige paremini näha. 2kordne genoom. 1kromosoom = 1DNA molekul. Kromosoomide arv näitab mitu erinevat juppi DNA-d on. Kromosoomide kuju: kuju annab tsentromeer, kuhu kääviniidid kinnituvad:
ADHESIOON kinni jäämineDESORPTSIOON pinnalt lahkumine ABSORPTSIOON imendumine METALLID ADSORBEERUVAD mullas ja settes peamiselt orgaanilistele osadele. Üldiselt kinnituvad metalliioonid sinna hästi, sest mulla ja sette üldlaeng on negatiivne HAPPELISTES TINGIMUSTE Sadsorbeerunudmetalliioonid vabanevad ning võivad keskkonnas liikvele minna HORMOONSÜSTEEMI HÄIRIVAD KEMIKAALID kinnituvad retseptoritele, mis on mõeldud kas naissuguhormooni või meessuguhormooniga seondumiseks. Loeng 5 Õitsemine, mida see põhjustab ja kaasa toob? Pärast vetikaõitsengut on karbid ohtlikult toksilised. Loeng 6 SAASTEAINETE LIIKUMINE KESKKONNAS sõltub ainete lipofiilsusest, ioniseerumisest, lenduvusest. Keskkonnas võib toimuda ainete keemiline muundumine ning biodegradatsioon. SAASTEAINETE ALLIKAD on punkt- ja hajusallikad SAASTEAINED LEVIVAD kas kohalikult, piirkondlikult, poolkera piires või globaalselt
liikumine, elektrijuhtivus, ainevahetus, sekretsioon, ekskretsioon, hingamine, paljunemine, Prokarüootne- tuumata rakk, Eukarüootne rakk.- tuum ja tuumal on membraan. Rakukeemia-80% vesi, Kuivkaalust 80% proteiinid, 10% lipiidid, mõni % süsivesikud ja nukleiinhapped, Elu olemasolu baseerub nukleiinhapetel-proteiini (peptiidahela) süntees aminohapetes, Proteiinimolekuli struktuur määrab talitluse, toimib retseptorina, Sünteesiks ja seondumiseks on vajalik ensüümide ja raku homeostaasi olemasolu. Grami järgi värvimine: bakterid omavad oluliselt õhemat PG kihti, lisaks on neil välismembraan, mis koosneb peamiselt lipiididest ja valgust, 12. Rakuosised- Rakumembraan-kaitseb,Tsütoplasma-toitaine varustaja ,Rakuskelett- mitoos, meioos, Endoplasmaatiline võrgustik- ainete transport, Golgi aparaat- sünteesimine ja transport, Lüsosoomid-
Ta seondub nendele piirkondadele ning kaitseb neid kuni produktiivse kokkupakkimiseni. 11. GroEL molekulaarne mehhanism valkude pakkimisel. GroEL moodustab kaks heptameerset ringi, mis mõlemad on kambrid, kuhu valk saab siseneda ning GroES moodustab kaane, mis siis selle kambri katab. Pärast ATP seondumist toimub chaperonis konformatsiooniline muutus läbi mille osa hüdrofoobseid piirkondi mis olid vajalikud substraadi seondumiseks kaovad. Samuti seondub GroES, mis suleb chaperoni õõnsusesse substraadi, järgneb ATP hüdrolüüs. Ko-chaperoni seondumine ja ATP hüdrolüüs toovad kaasa veel suuremad konformatsioonilised mutused, mille tagajärjel muutub chaperoni sisene õõnus väga hüdrofiilseks erinevalt algsest hüdrofoobsest. ATP seondumine teisele ringile soodustab GroES-i ja ADP ning substraadi vabanemise vabanemise esimesest ringist
* Nimeta rakkude poolt toodetavad RNA-d ja nende funktsioon. Informatsiooni-mRNA kannab informatsiooni valgujärjestuse kohta ribosoomi, mis on valgusünteesi masinavärgiks rakus. mRNA on kodeeritud niimoodi, et järjestikused kolm nukleotiidi (koodon) vastavad ühele aminohappele. Transpordi-RNA (tRNA) on väike RNA ahel, mis kannab kindlaid aminohappeid ribosoomi valgusünteesi aktiivtsentrisse, kus aminohapped liidetakse kasvavale polüpeptiidahelale. tRNA-l on piirkonnad aminohapete seondumiseks ja antikoodonregioon koodonite äratundmiseks mRNA ahelal snRNA-d - Väiksed tuuma RNA-d, osalevad paljudes tuumas toimuvates protsessides, k.a. pre-mRNA splaissing snoRNA-d - Väiksed tuumakese RNA-d, mis aitavad töödelda ja keemiliselt muuta rRNA-sid miRNA-d - MikroRNA-d, reguleerivad geeniekspressiooni blokeerides spetsiifiliste mRNA-de translatsiooni ja põhjustavad nende lagundamist siRNA-d - Väiksed segavad RNA-d, lülitavad välja geeniekspressiooni juhtides
on transkriptsioon ja translatsioon ruumiliselt lahutatud. Eukarüootne mRNA läbib reeglina enne tsütoplasmasse jõudmist "protsessingu", mille käigus primaarsest transkriptist eraldatakse intronid ja lisatakse 5' otsa cap struktuur ning 3' otsa lisatakse poly(A) järjestus. Peale protsessingut transporditakse küps mRNA läbi tuumapooride tsütoplasmasse. Nii "cap" kui polü(A) on lisaks mRNA stabiilsusele ja transpordile vajalikud ka mRNA seondumiseks eukarüootsete intisiatsioonifaktoritega ja soodustavad väga tugevalt translatsiooni initsatsiooni. 35. Introneid lõigatakse välja pre-mRNA transkriptidest kolmeetapiliselt splaisosoomide abil. Splaisosoomid organellid raku tuumas, mis koosnevad valkudest ja snRNA-st. 1 etap introni 5' otsa lahtilõikamine, mille tagajärjel introni ees olev ekson lahutatakse ülejäänud mRNA järjestusest. Introni 5' ots keeratakse aasana tagasi ja ühendatakse introni sees
abil aktiveerivad signaali ülekande raja raku sees. Steroidhormoonid võivad seonduda plasmamembraanis paiknevatele retseptoritele, siseneda rakku, seonududa tsütoplasmas lokaliseeruvatele retseptoritele, liikuda rakutuuma ja seonduda seal. Retseptorite põhitüübid: retseptorvalgud (adrenaliini retseptor) ekstratsellulaarne hormooni (ligandi) sidumissait; intratsellulaarne sait G-valguga seondumiseks. Retseptorensüümid (insuliini retseptor) ekstratsellulaarne hormooni (ligandi) sidumissait; intratsellulaarne katalüütiline domeen. Oligomeersed ioonkanalid, tuumaretseptorid. 4. Peamised signaaliülekande rajad (1) 7-TMS retseptorilt GTP-siduvate valkude (G valgud) vahendusel toimiv rada. cAMP sekundaarse ülekandjana. Ionisitoolfosfaat (IP3) ja diatsüülglütserool (DAG) sekundaarsete ülekandjatena.
µl 2,0 µl 10x polümeraasi puhvrit loob sobiva keskkonna, et polümeraas töötaks 2,0µl 25mM MgCl2 on polümeraasi ko-faktoriks, seega (lõppkontsentratsioon 2,5mM) mõjutab reaktsiooni spetsiifilisust 2,4µl 2mM dNTP et segus oleks vabu nukleotiide (lõppkontsentratsioon 240µM) 1,0µl Pärisuunalist praimerit Polümeraasi seondumiseks 5´ (lõppkontsentratsioon 0,5µM) poolele 1,0µl Vastassuunalist praimerit Polümeraasi seondumisesk 3´ (lõppkontsentratsioon 0,5µM) poolele 0,2µl template-DNA sisaldab regiooni, mida tahetakse (lõppkontsentratsioon praimerite abil amplifitseerida 0,25ng/µl) 0,1µl HotFIRE Pol Polümeraas (0,5U) Termostabiilne polümeraas,
-apikaalne domään (191-376 AA) koosneb kahest β- sheedist, välimised domäänid pole selgelt struktueerunud ja moodustavad hüdrofoobseid klastreid GroEL moodustab kaks heptameerset ringi, mis mõlemad on kambrid, kuhu valk saab siseneda ning GroES moodustab kaane, mis siis selle kambri katab. Pärast ATP seondumist toimub chaperonis konformatsiooniline muutus läbi mille osa hüdrofoobseid piirkondi mis olid vajalikud substraadi seondumiseks kaovad. Samuti seondub GroES, mis suleb chaperoni õõnsusesse substraadi, järgneb ATP hüdrolüüs. Ko-chaperoni seondumine ja ATP hüdrolüüs toovad kaasa veel suuremad konformatsioonilised mutused, mille tagajärjel muutub chaperoni sisene õõnus väga hüdrofiilseks erinevalt algsest hüdrofoobsest. ATP seondumine teisele ringile soodustab GroES-i ja ADP ning substraadi vabanemise vabanemise esimesest ringist. Enamasti läbivad valgud chaperonini tsüklit mitu korda enne
Membraan asub virioni välimise glükoproteiinse kapsiidi all ja on vajalik virionide infektsioonilisuseks. Virioni massist moodustavad valgud 65%, DNA 21-25% ja lipiidid 5-10%. Kokku on virionis üle 110 erineva viiruse kodeeritud valgu, millest vähemalt neli asuvad virioni pinnal. Peamine kapsiidivalk on 54 kDa glükoproteiin (40% virioni massist). Rakuseinata vetikarakke PBCV-1 virionid ei nakata. See on seotud sellega, et virioni seondumiseks vajalik retseptor paikneb vetikaraku seinas. Virionide välispinnal paiknevad retseptor-struktuurid, mis kontakteerudes vetikarakuga muudavad struktuuri (moodustavad viirust ja rakku ühendavad fiibrid). PBCV-1 genoomiks on 330,740 bp pikkune, permuteerimata dsDNA, mis sisaldab metüleeritud aluseid. Genoomi otstes asuvad 35 b pikkused juuksenõela struktuurid (st. genoomi otsad sarnanevad poksviiruste genoomile), millele järgnevad 2221 bp pikkused identsed inverteeritud
Peamiselt VRE E- faecium´i raviks! 1. Stafülokokid. 1. Guinupristiin-dalfopristiin konformatsiooni muutus > soodsad 2. Streptokokid. 3. Enterokokid (v.a E. faecalis). tingimused guinupristiini seondumiseks. 1. Mõned G- bakterid (Enterobacteriaceae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter). Väga vähene 1. Nalidiksiinhape Ei G+ aktiivsus. 1. Tsiprofloksatsiin 2. Norfloksatsiin 1. Paljud G- bakterid. 2. Paljud G+ bakterid. 3. Levofloksatsiin
arvatavasti ka RNA-trifosfataaset, NTP-aaset ja RNA helikaaset aktiivsust. - VP4 on partikli väliskihi valk, üks rotaviiruse peamisi antigeene. Funktsionaalselt on VP4 hemoglutiniin ja rotaviiruse antiretseptor. Virioni valgud VP5* ja VP8* on VP4 lõikamisproduktid (lõikamist teostavad raku trüpsiin-tüüpi proteaasid). Nagu ka reoviirustel, on ka rotaviirustel kapsiidi valgu proteolüüs oluline virionide rakkudesse sisenemiseks (kuid mitte rakkudele seondumiseks); - VP6 on rotaviiruste virionide üks peamisi struktuurvalke, interageerub VP4 ja VP7 valkudega ning VP2 "core" valguga. VP6 on vajalik transkriptaasi aktiivsuseks (pole teada kas VP6 omab ise ensümaatilist aktiivsust või ainult hoiab funktsionaalset transkriptaasi koos); - VP7 on virioni väliskihi glükoproteiin. Tänu VP7 N-terminaalsele membraan-seondumise signaalile (50 ah jääki) toimub selle valgu süntees ER membraanidel, mistõttu toimub VP7
Katselooma, kimäärsed, humaniseeritud ja inimese omad, eristatakse päritolu järgi. Loeng 04.04 slaid 15. Kasvajaraku ja B-lümfotsüüdi hübriidimisel saadakse sellised hübriidsed immortaliseeritud rakukloonid, mis on in vitro tingimustes võimelised tootma vaid üht kindlat tüüpi antikeha, mis on ülimalt spetsiifiline mingi kindla aine suhtes ja mis seondub vaid ühe epitoobiga – sellega, mille vastu ta on saadud. Seda osa, mis antigeeni molekulist on oluline antikeha seondumiseks, nimetatakse epitoobiks. 55. Mis on backcrossing? Analüüsiv ristamine - analüüsitava dominants(et)e tunnus(t)ega isendi tagasiristamine retsessiivse vanemaga. Kui analüüsitav organism on homosügootne, siis lahknemist ei toimu, kui heterosügootne, siis saame ühesugused geno- kui ka fenotüübiilised lahknemissuhted (1:1). 56. Mis on hübridoomi meetod ning milleks seda kasutatakse? Detailsed kirjeldused. Töötati välja 1975. Selleks liitsid teadlased hiire
asendatud dietüülamiiniga. Ilma kõrvalmõjudeta. - Struktuuri jäigastamine - konformatsioonide hulk väiksem ning vähendab seondumist teisele võimalikule retseptorile (kuna sobivat retseptorit ei pruugi leiduda). Kolmikside, amiidrühm, aromaatne tsükkel. - Blokaatorid - vähendavad konformatsioonide arvu ja aitavad jäigastada. - Nt Me rühma sidumine D3 antagonistile viib fenüülrühma nurga alla, kuid seondumiseks peab olema kaks tasapinnalist fenüülrühma, mistõttu seondub ühend D3 retseptorile halvemini. - - - Manipulatsioonid tsüklitega - Amiidi asendamine pürrooliga nt dopamiini D3 retseptori suhtes selektiivsuse tõstmiseks vähendab kõrvalefekte, mis tulevad D2 retseptorile toimimisest (parkinsons). - Provokaiinid/novokaiinis on kokaiini tritsükkel asendatud kahe dietüülamiiniga, andes kõrvalmõjudeta kohaliku tuimesti.
seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O oril puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A- T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks ehk silmaks (lokaalne denaturatsiooni ala). E.Coli'l alguspunktiks oriC (13mer, 13bp jarjestus on 3-s tandeemses korduses ja 9-mer 4-s korduses replikatsioonivalkudega seondumiseks). Eukarüootidel algus on ARS (50 bp A:T rikast 11bp järjestust) 92. DNA tandeemsed ja palindroomsed järjestused. Mõõdukalt kordistunud DNA piirkonnad (12,5 % genoomist) on sellised, kus igat lõiku on 104 - 105 koopiat. Siia kuulub geneetilist infot mittekodeerivaid alasid, mis asetsevad genoomis rühmiti (tandeemsed kordused) või ka hajusalt laiali (hajuskordused ehk polündroomsed kordused).
on juba tekkinud hakkab toimuma ahelreaktsioon, mis viib ühe suurema osa kromatiini heterokromatiniseerumisele. Rakud peavad vaeva nägema selle tõkestamiseks. Heterokromatiini iseloomustavad deatsetüleeritud histoonid. Replikatsioon toimub hiljem. Heterokromatiin: on oluline tsentromeerides, heterokromatiini valgud seonduvad DNA kordustele mis on tsentromeeride ümbruses ning on vajalikud õigeks tütarkromatiidide seondumiseks ja kromosoomi segregatsioonis. stabiliseerib korduvaid DNA järjestusi tsentromeerides ja mujal genoomis inhibeerides rekombinatsiooni homoloogsete korduste vahel. heterokromatiin reguleerib geeniekspressiooni arengu ja rakkude diferentseerumise ajal. X-kromosoomi inaktivatsioon emaste imetajate somaatilistes rakkudes. Heterokromatiini olek päritakse epigeneetiliselt rakkude jagunemise käigus
reaktsioonide kulgemise organismis) 6. Kolm põhilist RNA-de klassi rakkudes, nende funktsioonid. mRNA- kannab informatsiooni DNAlt ribosoomile. mRNAde kodeerivad järjestused määravad aminohappelise järjestuse sünteesitavas valgus.Rakulised organismid kasutavad seda geneetilise informatsiooni vahendajana; osaleb aminohapete kokkuliitmisel polüpeptiidideks. (messenger) tRNA- Transpordib aminohappeid ribosoomi. tRNAl on piirkonnad aminohapete seondumiseks ja antikoodonregioonid koodonite äratundmiseks mRNA ahelal. Mittekodeeriv RNA. (transport) rRna- ribosoomi katalüütiline komponent. Moodustab koos valkuteda tsütoplasmas nukleoprotiini e ribosoomi. Ühendab aminohapped omavahel valkudeks. Mittekodeeriv RNA(ribosoomi) 7. Mis on replikatsioon, kuidas see toimub? DNA kahekordistumine, selle tulemusena saadakse ühest DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli.
vaadates saab eristada tajumist ja toimimist, mis üheskoos moodustavad funktsiooniringi. Kui koer tahab märgistada oma territooriumit, siis on talle oluline mingi maapinnast kõrgem keskkonnaobjekt, aga pole vahet, mis see täpsemalt on. Elusolendi jaoks pigem ei ole objekte, mille tähendus oleks neutraalne, kui organism juba mingi objekti keskkonnast välja eristab, siis tema jaoks on sel tema jaoks juba tähendus! Võimalused omailmade seondumiseks Semiootilised vastavused kahe elusolendi vahel võib avalduda kas omailmade kattuvuse või lõikumisena: Elusolendite omailmad kattuvad juhul, kui enamik tähenduslikke üksusi omailmades paiknevad sarnaselt ja ka funktsiooniringid on sarnased (kehaehituse, meeleelundite kattumine liigikaaslased, sugulasliigid). Omailmad lõikuvad, kui osaliste omailmad põhimõtteliselt erinevad,
subühikute olemasolu, mis on vajalikud mRNA ja IF-2.GTP.fMet-tRNAfMet kompleksi sidumiseks. Initsiaator-tRNA, mis prokarüootides on fMet-tRNAfMet, erineb veidi tavalistest tRNA'dest. Esimene nukleotiid ei ole initsiaator-tRNA's paardunud. Teistel tRNA'del on esimene nukleotiid paardunud 72. nukleotiidiga. Ka antikoodon õla struktuur on veidi erinev (vt. joon. 8.13). Need erinevused on vajalikud, transformülaasile äratundmiseks mis lisab Met-tRNAfMet'le formüülgrupi ja fMet- tRNAfMet seondumiseks otse ribosoomi P saiti, ilma eelnevalt A saiti läbimata. Bakteriaalne mRNA on reeglina polütsistroonne, st. üks mRNA kodeerib mitut valku (joon 7.15). Valku kodeerivat järjestust nii mRNA'l kui DNA'l nimetatakse ka avatud lugemisraamiks, lühend ORF (open reading frame). Avatud lugemisraam on nukleiinhappe järjestus, mis sisaldab järjestikuseid aminohappeid kodeerivaid koodoneid ja mis algab initsiaator-koodoniga ning lõpeb stop-koodoniga. mRNA'd
RNA polümeraasi subühikud on eraldivõttes inaktiivsed. Ainult ß`on võimeline DNA-ga mittespetsiifiliselt seonduma. Seetõttu seondub ka RNA polümeraasi apoensüüm DNA-ga mittespetsiifiliselt. faktori lisandumisel toimub RNA polümeraasi spetsiifiline seondumine promootoralale ligikaudu 1000 korda kõrgema efektiivsusega. Holoensüümi koosseisu kuulub ka faktor. faktor on vajalik RNA polümeraasi spetsiifiliseks seondumiseks promootoralale ja transkriptsiooni avatud kompleksi moodustumiseks. Pärast esimese 10 nukleotiidi sünteesi (abortiivne transkriptsioon) vabaneb faktor multiensüümkompleksist ning RNA polümeraas on võimeline DNA-l edasi liikuma. Toimub RNA ahela elongatsioon. Miks need ei ole olulised aktivatsioonis: ß - katalüüsib RNA sünteesi ß` - seondumine DNA matriitsahelaga. shaperonvalk, osaleb ' subühiku voltimisel (selle subühiku puudumine ei mõjuta polümeraasi aktiivsust) 2
Viiruse retseptoriks võivad olla valgud, glükoproteiinid, lipopolüsahhariidid, fosfolipiidid. Infektsiooni algus, raku nakatamine. Raku sisenemiseks vajavad ssRNA genoomsed faagid bakteri niitjaid struktuure- pilid, mis on viirusele retseptoriks: E.coli F (-sex) pili; Pseudomonas, caulobakter nn. Polaarne pili Faagid seonduvad pili külgedele A- valgu (antiretseptori) kaudu, kattevalk pole seondumiseks oluline. Faagi peremeesteringi määrab ära sobiva pili olemasolu raku pinnal. Seondumine pili struktuurile kutsub esile A-valgu lõikamise kaheks fragmendiks (15kDa ja 24kDa). RNA väljub kapsiidist (5’ ots ees) ja liigub piki pili raku suunas. Nagu kõikide positiivse polaarsusega RNA genoomsete viiruste puhul on leviviiruste esimeseks biosünteesiks nakatatud rakkude translatsioon, see toimub rakku sisenenud genoomselt RNA-lt. Prokarüootse translatsiooni initseerimine
· ...aktiveerib või inhibeerib tsütoplasmas või tuumas kulgevaid protsesse · ... võib olla cAMP, cGMP, Ca2+, IP3, DAG, NO· jt; · ... tuleb degradeerida või kõrvaldada rakust, kui signaal on edastatud NB! Oluline protsess! Retseptorvalgud (7-transmembraanse segmendiga retseptorid, 7-TMS); N: adrenaliini ja glükagooni retseptorid. Neil on ekstratsellulaarne hormooni (ligandi) sidumissait intratsellulaarne sait G-valguga seondumiseks Retseptorensüümid (1-transmembraanse segmendiga retseptorid, 1- TMS); N: insuliini retseptor ekstratsellulaarne hormooni (ligandi) sidumissait intratsellulaarne katalüütiline domeen kas türosiini kinaas või guanülüültsüklaas (sünteesib cGMP) Oligomeersed ioonkanalid - valgukompleksid, mille subühikud koosnevad paljudest transmembraansetest segmentidest. N: atsetüülkoliini retseptor
Komplekssed, multimeersed RNA polümeraasid on kirjeldatud bakteritel, kuid nad on lihtsamad kui eukarüootidel. Eubakterite RNA polümeraasi holoensüüm koosneb viiest subühikust - 2ßß` + . Arhebakterite ensüüm on keerulisem, enam sarnane eukarüootide polümeraasidele. Arhede RNA polümeraas sisaldab üle 10 subühiku. Need subühikud sarnanevad RNA pol II ja RNA pol III subühikutega. Arhede RNA polümeraas ei seostu E. coli promootoritele. RNA polümeraasi seondumiseks promootorile ja transkriptsiooni initsiatsiooniks on alati vajalikud lisafaktorid. Osa transkriptsioonifaktoreid (TF) on homoloogsed eukarüootsete basaalsete TF-dega (TBP, TFIIB). Arhede promootorite konsensusjärjestused on leitud 80 geeni põhjal. TTTA(A/T)T boxA, positsioonides -32 kuni -25 = euk. TATA box väga tugevalt konserveerunud (A/T)TG(A/C) boxB, kattub transkriptsiooni stardisaidiga
HU on väga oluline histoonilaadne valk, mis osaleb DNA topoloogia kujunemisel. IHF (inglise keeles integration host factor) kirjeldati esmakordselt kui faag järjestus-spetsiifiline rekombinatsiooniks hädavajalik bakteri valk. IHF on HU-le sarnane valk, kuid erinevalt HU-st IHF ei mähi DNA-d enda ümber ning IHF-l on üks tugevamini konserveerunud DNA järjestus, millele IHF seondub. IHF painutab DNA-d kuni 180 kraadi. Koosneb kahest subühikust, millest -subühik on DNA-ga seondumiseks olulisem. Võib esineda homodimeerina, kuid sel juhul on DNA-ga seondumine vähenenud 10 () ja 100 () korda. IHF-i kontsentratsioon tõuseb järsult E. coli kasvu aeglustumise faasis ning püsib kõrgena statsionaarses faasis. Fis (inglise keeles factor for inversioon stimulation) kirjeldati esmalt kui Salmonella valk, mis inverteerib fim geenide ees promootorala. Fis- tunneb DNA-l suhteliselt hästi konserveerunud järjestust, mis on oma loomult AT-rikas. Fis ekspressioon sõltub E
RF-1 katalüüsib viimase sideme hüdrolüüsi (peptiid reageerib veega – ribosoom katalüüsib, abistab GGQ – glütsiin-glütsiin-glutamiin). Kui peptiid on lahkunud, RF-1 vabaneb, RF-3-ga toimub GTP hüdrolüüs. - RF-1 ja RF-2 käituvad ribosoomis nagu tRNA molekulid seondudes ribosoomil samasse piirkonda (A-saiti) inakteerudes 30S ja 50S subühikutega – molekulaarne mimikri - RF-1 ja RF-2 vajavad seondumiseks ribosoomi A-saidis olevat stoppkoodonit ja P- saidis polüpeptidüül-tRNA-d. Ribosoomis peab olema piisavalt pikk polüpeptidüül-tRNA, et RF seondumine ribosoomidega oleks stabiilne - RF-3 seondub ribosoomiga siis kui on RF-1 ja RF-2 olemas. et RF-2 lahti saada, on vaja RF-3. EF-G ja RF-3 vabastavad ribosoomist viimase tRNA – nüüd võib ribosoom liikuda vabalt mRNA-l ringi, dissotseerub siis, kui seondub IF-3. IF-3 muudab reaktsiooni pöördumatuks
struktuuridesse pakkida ja millised piirkonnad on selle jaoks DNAs? Kromatiini aitavad kõrgemat järku struktuuridesse pakkida kondensiinid ja kohesiinid. DNAs seonduvad mittehistoonsete valkudega piirkonnad SAR ja MAR. Mittehistoonsed valgud on näiteks kondensiinid ja kohesiinid (dimeersed, vabad otsad seotud kromatiiniga, hüdrolüüsivad ATPd DNA liigutamiseks). Osaleb ka DNA topoisomeraas II. DNAs on mittehistoonsete valkudega seondumiseks piirkonnad SAR(toesega seotud piirkond) ja MAR(maatriksiga seotud piirkond). 30. Milles seisneb C-väärtuse paradoks? Genoomi suurus ei määra organismi keerukustaset. 31. Kirjeldage geeni ehitust. Geen on DNA lõik, mis transkripteeritakse ühe üksusena ja kannab infot ühe valgu kohta. Geeni hulka loetakse ka intronid ja transkriptsiooni regulaatorpiirkonnad. Promootorpiirkond, kuhu seondub RNA polümeraas transkriptsiooni algatamisel ja
Kuidas inimesed surevad. HIV graafik alla – haakti kasutuma erinevaid ravimeid, ei ravinud terveks, aga immuunpuudulikkuse etekt sai ajas edasi nihutada. Viiruse pilt gp – glükosüleeritud valk. MHC valgud viiruse pinnal – miks seal ja kust ta sinna sai. Alati ei pruugi olla, aga väljudes rakust siis võtavad pinnalt kaasa peremees raku MHC moelkule, aitab immuunsüsteemi eest kaitsta. Seda võib näha ka mitmete teiste viiruste puhul. Glükoproteiinid on vajalikud seondumiseks. Nende vastu tekivad antikehad, siis pole suurt abi, sest makrofaage kes neid söööma tulevad suudavad nakatada. Hävitab ja põhikoduna peab T-helper rakke. Immuunsüsteemi mälu hävib, rakuline imuunvastus kukub kokku. Arv väheneb – kriitiline piir. Seostub CD4 molekulile, vaj aveel abiretseptroid, kemokiini retseptorid, kas lümfokas või makrofaag – eri retseptorid. Kemokiini retseptoriga tuleb mängu inimese polümorfism
a) sarnaneb TATAbox-le, ka TATAboxile seonduvad valgud b) erineb TATAbox-st? TATAboxilt algab transkriptsioon, see on promootorjärjestus. 9. Joonista tüüpilise RNA Pol II promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni initsiatsiooni käigus seovad. Seostuvad transkriptsioonifaktorid, mis on vajalikud transkriptsiooni toimumiseks, näiteks RNA Pol II sidumiseks start-saiti, enhancer'ite ja muude regulatsioonielementide seondumiseks, aga ka aktivaatorid ja repressorid. Generaalsed TFd paigutavad RNA Pol II start-saidile ja osalevad initsiatsioonis. TATAboxi siduv TFIID seob oma TATAbox siduva alaühiku, TBP, kaudu. Kui Pol II jätkab transkriptsiooni startsaidist edasi, siis üks TFHII alaühikutest fosforüülib CTD. 10. Transkriptsiooni repressorid ja aktivaatorid. Transkriptsioooni faktorite modulaarne struktuur. Paindlik selles mõttes, et üks või enam transkriptsiooni aktivatsiooni domeeni on
vahel paiknevale DNA ahelale seondub H1 histoon, mida nimetatakse ka linkerhistooniks. H1 ülesandeks on nukleosoomi struktuuri stabiliseerida, aga samuti tagada kõrgemate DNA kondenseerumistasandite stabiilsus. Millised mittehistoonsed valgud aitavad kromatiini kõrgemat järku struktuuridesse pakkida ja millised piirkonnad on selle jaoks DNAs? Need moodustavad kromosoomikujulised tellingud, millele kinnituvad 30 nm fiibrid, arvatavasti lingudena. DNA-s asuvad nende valkudega seondumiseks kindlad piirkonnad, mida nimetatakse toese/tellinguga seotud piirkondadeks SAR (i.k, scaffold-associated regions) või maatriksiga seotud piirkondadeks (i.k, matrix attachment regions MAR). S/MARs paiknevad transkriptsiooniühikute vahel, st geenid paiknevad kromatiini lingudes ning geen võiks teoreetiliselt avalduda ka nii, et DNA jääb toesevalkudega seondunuks. Kromosoomide mitootilise struktuuri tekkes osalevad lisaks veel üht tüüpi valgulised kompleksid,
kõrgemate DNA kondenseerumistasandite stabiilsus. 29. Millised mittehistoonsed valgud aitavad kromatiini kõrgemat järku struktuuridesse pakkida ja millised piirkonnad on selle jaoks DNAs? 13 Need moodustavad kromosoomikujulised tellingud, millele kinnituvad 30 nm fiibrid, arvatavasti lingudena. DNA-s asuvad nende valkudega seondumiseks kindlad piirkonnad, mida nimetatakse toese/tellinguga seotud piirkondadeks SAR (i.k, scaffold-associated regions) või maatriksiga seotud piirkondadeks (i.k, matrix attachment regions MAR). S/MARs paiknevad transkriptsiooniühikute vahel, st geenid paiknevad kromatiini lingudes ning geen võiks teoreetiliselt avalduda ka nii, et DNA jääb toesevalkudega seondunuks. Kromosoomide mitootilise struktuuri tekkes osalevad lisaks veel üht tüüpi valgulised kompleksid, mida
29. Millised mittehistoonsed valgud aitavad kromatiini kõrgemat järku struktuuridesse pakkida ja millised piirkonnad on selle jaoks DNAs? Mittehistoonsed valgud on näiteks kondensiinid ja kohesiinid.(dimeersed, vabad otsad 34 seotud kromatiiniga, hüdrolüüsivad ATPd DNA liigutamiseks). Osaleb ka DNA topoisomeraas II. DNAs on mittehistoonsete valkudega seondumiseks piirkonnad SAR(toesega seotud piirkond) ja MAR(maatriksiga seotud piirkond). 30. Milles seisneb C-väärtuse paradoks? Genoomi suurus ei määra organismi keerukustaset. 31. Kirjeldage geeni ehitust. Geen on DNA lõik, mis transkripteeritakse ühe üksusena ja kannab infot ühe valgu kohta. Geeni hulka loetakse ka intronid ja transkriptsiooni regulaatorpiirkonnad. Promootorpiirkond, kuhu seondub RNA polümeraas transkriptsiooni algatamisel ja terminaatorpiirkond mis
Spetsiifilist DNA piirkonda, millega RNA polümeraas seondub, nimetatkse promootoriks. Bakterite RNA polümeraas koosneb viiest subühikust. Apoensüüm - koosneb neljast subühikust ja on võimeline katalüüsima RNA sünteesi. Apoensüümi subühikud on erinevates organismides struktuurselt lähedased. Holoensüümi koosseisu kuulub ka sigma faktor. Sigma faktor on vajalik RNA polümeraasi spetsiifiliseks seondumiseks promootoralale ja transkriptsiooni avatud kompleksi moodustumiseks. RNA polümeraasi subühikud on eraldivõttes inaktiivsed. Pärast esimese 10 nukleotiidi sünteesi vabaneb sigma faktor multiensüümkompleksist ning RNA polümeraas on võimeline DNA-l edasi liikuma. Toimub RNA ahela elongatsioon. RNA polümeraas võib transkriptsiooni käigus peatuda juuksenõelastruktuuride moodustumise tõttu vast- sünteesitud mRNA-s. Peatumise aeg varieerub, sõltudes RNA järjestusest
või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O ori puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A-T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni alguspunkt bakteritel oriC on 245 aluspaari pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud. Funktsionaalne oriC sisaldab kindlaid DNA järjestusi, mis esinevad kordustes: 1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat) 5'-TTAT(C/A)CA(C/A)A-3' 2) 11 koopiat Dam metülaasi poolt äratuntavat järjestust 5'-GATC-3', nendest 8 asukoht on tugevalt konserveerunud. DNA metülatsiooni kaudu reguleeritakse replikatsiooni initsiatsiooni toimumist rakus. 3) DnaA boksidest vasakule jääb 3 A:T-rikast 13 nukleotiidi pikkust järjestust, mis on määrava tähtsusega DNA ahelate lokaalsel lahtisulamisel. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks.
või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O ori puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A-T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni alguspunkt bakteritel oriC on 245 aluspaari pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud. Funktsionaalne oriC sisaldab kindlaid DNA järjestusi, mis esinevad kordustes: 1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat) 5'-TTAT(C/A)CA(C/A)A-3' 2) 11 koopiat Dam metülaasi poolt äratuntavat järjestust 5'-GATC-3', nendest 8 asukoht on tugevalt konserveerunud. DNA metülatsiooni kaudu reguleeritakse replikatsiooni initsiatsiooni toimumist rakus. 3) DnaA boksidest vasakule jääb 3 A:T-rikast 13 nukleotiidi pikkust järjestust, mis on määrava tähtsusega DNA ahelate lokaalsel lahtisulamisel. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks.
annaabi.ee 
