immersioonõli, sukeldades objektiivi läätse õlitilka. Nii satub valgusallikast tulev valguskiirte kimp läbi kondesori peaaegu täielikult objektiivi. 10. Kui suur on mikroskoobi üldine suurendus, kui objektiivi läätse suurendus on x95 ja okulaari läätse suurenuds x10 ? 95x10 = 950 ?? III TEEMA 1. Milliseid preparaate kasutatakse bakterite morfoloogia uurimiseks? Preparaadid kas elusrakkudest või fikseeritakse ehk surmatakse rakud. Elusrakkudest: Laialisurutud tilk ehk lihtmärgpreparaat kasutatakse bakterite, kui ka seente morfoloogiliste tunnuste uurimiseks. Lihtne valmistada, kuivab kiirelt. Ripptilk valmistatakse liikuvuse uurimiseks. Kasutatakse spetsiaalseid süvendiga esemeklaase. Elusrakkude värvimine kasutatakse, kui tahetakse vaadelda bakterite tõelist kuju, mõõtmeid või vaadelda kasvu ja pooldumist. Kasutatakse
bakteritel ka välimised kettad: P (periplasma) ja L (LPS) ketas. Need välimised kettad ilmselt ei pöörle, vaid stabiliseerivad telgvarrast. Viburi basaalkeha ehitus gramnegatiivsetel bakteritel. Sisemist ketast ümbritsevad rakumembraanis paiknevad Mot valgud, mis toimivad kettaid pöörlemapaneva mootorina (moodustavad ioonkanali) ja nendega on seotud Fli valgud, mis võimaldavad muuta viburi pöörlemise suunda. 3.Kuidas saab bakter liikumissuunda muuta? Mööda kõverjoont sujuvalt liikuda ei saa, bakteri liikumine käib piki sirgjoont, liigub edasi, seiskab viburi ja pöörab ümber pannes teistpidi pöörama. Hakkab liikuma. Tambling (kukerpallitamine) - liikumise suuna iseloomustamiseks.Liikumise suunda muudetakse parema keskkonna suunas - suunatud liikumised taksised. 3.Miks on kasulik kleepuda pindadele? Enteropatogeensetel E
M. W. Beijerinck (1851—1931) isoleeris ja avastas mügarbakterid. A. Fleming (1881—1955) – avastas penitsiliini. Friedrich Branell – avastas siberikatku tekitaja ja selle vahelise seose. Voldemar Gutman – Tartu Ülikooli professor, võttis kasutusele tuberkuliini. Valmistatud tuberkuloosi bakterite abil. 2. Mikroorganismide taksonoomia. Taksonoomia on teadus mikroobide klassifikatsioonist. Prokarüootide hulka kuuluvad bakterid ja sinivetikad. Eeltuumsed rakud, kus rakus olevad organismid ei ole eraldatud rakumembraaniga, vaid on vabad. DNA esineb tsütoplasmas vabalt. Eukarüoodid – algloomad, vetikad ( ka sini- rohevetikad ), mikroskoopilised seened, taimed, loomad. Päristuumsed, kus rakud on ümbritsetud rakumembraaniga. Viirused ― kuuluvad eraldi iseseisvasse riiki. Klassifikasioon ― mikroobide jaotamine gruppidesse mingite tunnuste alusel. Tänapäevane klassifikatsioon arvestab morfoloogilisi (mo-de kuju, suurus,
võetakse veidi külvimaterjali ja tõmmatakse sellega Petri tassi ühte serva mõned paralleeljooned (skeemil A). Külvinõel steriliseeritakse leegis ja läbi joonte A lõppude tõmmatakse ristjooned B. Külvinõel steriliseeritakse uuesti ja läbi joonte B tõmmatakse jooned C jne. Külvatava materjali kogus väheneb samm-sammult, võimaldades saada isoleeritud üksikkolooniaid. Pistekülv agarisse võimaldab määrata mikroobide hapnikuvajadust. Sõltuvalt sellest, kas mikroobid vajavad arenemiseks hapnikku või mitte, muutub ka nende kasvu iseloom söötmes. Pistekülv zelatiinsöötmesse iseloomustab samuti mikroobide hapnikutarvet, kuid zelatiinsöötme veeldumise järgi võib hinnata ka mikroobide proteolüüsivõimet. Pistekülve kasutatakse ka muudes biokeemilistes testides, näiteks raudsulfiidi moodustumise uurimisel. Reaktsiooni toimumisest, st
ladina- ja kreekakeelseid nimetusi ) · · Näiteks: · Bacillus- pulgake ( ladina keeles ) · Bacterium- pulgake ( kreeka keeles ) · (Bacterium coli- soolekepike) · · Soovitatavalt peaks bakteri nimetus sisaldama infot tema kuju, elupaiga, biokeemia, värvuse, ainevahetuse jne. kohta. · · · · · · · · · · · · · · · · Mida väiksem on bakter, seda suurem on tema eripind. · Suur eripind võimaldab kiiret ainevahetust keskkonnaga, mis toimub bakteritel vahetult läbi pinna, kas difusiooniga või membraanis olevate transporterite vahendusel. · Kerakujulistel bakteritel on eripind väiksem, kui peenikesel pulgal. · · · · · Prokarüootide kirjeldamisel ja süstematiseerimisel kasutatavad tunnused: · Morfoloogilised (ehituslikud) · Füsioloogilised ja metaboolsed ( ainevahetuslikud ) · Biokeemilised
o Savi alternatiivina on pakutud orgaanilise sünteesi pinnaks püriiti Ürgrakk ehk protobiont võisid olla membraaniga (kahekihiline membraan võis koosneda lipiididest meenutada liposoomi/võis koosneda ka peptiididest) ümbritsetud kerakesed RNA elu o Abiootiliselt sünteesitakse ribonukleotiididest RNA ahelad ja aminohapetest peptiidid o Isereplitseeruv RNA o Isereplitseeruv RNA lipiidse või peptiidse membraaniga kerakestes o Lihtsad rakud kus RNA on nii kodeerivaks kui ka katalüüsivaks molekuliks o Sünteesitud valgud võtavad üle osa RNA katalüütilisi rolle o DNA evolutsioon RNAst o Kaasaegne rakk, milles DNA kodeerib tunnuseid, RNA vahetab info tõlkimist valkude keelde ja valgud katalüüsivad. Lühikesed pindaktiivsed peptiidid kui potensiaalsed ürgrakkude membraani koostisosad o Ürgraku kahekihiline membraan võis koosneda peptiididest (uuem hüpotees)
Liigitatakse: 1. selektiivsööde võim kiiresti eristada üht mikroobi teisest. 2. diferentsiaalsööde võim kiiresti eristada üht mikroobitüve teisest. 3. Rikastussööde ?. Konsintentsi järgi liigitatakse 1. Vedelsööde kasut dehüdreeritud toitepuljongi ekstrakti, mis sis lihaekstrakti või perrooni. 2. Tardsööde on lis geelistajaid, kasut agar agarit. Geelistajat 1,5- 2% 3. poolvedel sööde geelistaja konsentratsioon madal 0,7- 0,8%. Külviviisid: joonkülv- külvamine külviaasaga siksak või sirgjooneliste liigutustega mööda söötme pinda. Kasut tihti mikroobide puhaskülvi eraldamiseks. Pistekülv- külvinõelaga. Pindkülv- agarplaadile kasut külviaasa või pipetti. Süviskülv- inokulum jaot kogu söötmesse, kolooniad kasvavad nii pinnale kui sisse. Külv vedelsöötmesse aasa või pipetiga. 8
Seda ümbritseb 2-kihilne membraan vanem versioon, et see oli lipiididest, uuem et peptiididest. (Lipiidne oleks olnud liiga hüdrofoobne, mis ei sobiks kokku difusiooniga toitumisega.) 8. RNA-elu hüpotees 1) Abiootiliselt sünteesitakse ribonukleotiididest RNA ahelad ja aminohapetest peptiidid (proteinoidid); 2) Isereplitseeruv RNA (RNA kopeerib end ise); 3) Isereplitseeruv RNA lipiidse või peptiidse membraaniga kerakestes; 4) Lihtsad rakud, kus RNA on nii kodeerivaks kui ka katalüüsivaks molekuliks; 5) Sünteesitud valgud võtavad üle osa RNA katalüütilisi rolle; 6) DNA evolutsioon RNA-st; 7) Kaasaegne rakk, milles DNA kodeerib tunnuseid, RNA vahendab info tõlkimist valkude keelde ja valgud katalüüsivad. 9. Lühikesed pindaktiivsed peptiidid kui potentsiaalsed ürgrakkude membraani koostisosad. Lühikesed pindaktiivsed peptiidid on võimelised moodustama membraani ja assambleeruma
spontaanselt moodustada membraaniga ümbritsetud kerakesi. Seda ümbritseb 2-kihilne membraan vanem versioon, et see oli lipiididest, uuem et peptiididest. (Lipiidne oleks olnud liiga hüdrofoobne, mis ei sobiks kokku difusiooniga toitumisega.) RNA-elu. 1) Abiootiliselt sünteesitakse ribonukleotiididest RNA ahelad ja aminohapetest peptiidid; 2) Isereplitseeruv RNA; 3) Isereplitseeruv RNA lipiidse või peptiidse membraaniga kerakestes; 4) Lihtsad rakud, kus RNA on nii kodeerivaks kui ka katalüüsivaks molekuliks; 5) Sünteesitud valgud võtavad üle osa RNA katalüütilisi rolle; 6) DNA evolutsioon RNA-st; 7) Kaasaegne rakk, milles DNA kodeerib tunnuseid, RNA vahendab info tõlkimist valkude keelde ja valgud katalüüsivad. Lühikesed peptiidid kui potentsiaalsed ürgrakkude membraani koostisosad. Lühikesed pindaktiivsed peptiidid (üks ots hüdrofiilne, teine hüdrofoobne) on võimelised
Mikrobioloogia üldkursuse kordamisküsimused ja vastused 1. Mikrobioloogia aine ja ajalooline areng Mikro väike Bio elu Logos õpetus Teadus väga väikestest palja silmaga mitte nähtavatest organismidest, mikroobidest. Mikroobid on ühed algelisemad elusloomad maa peal. Mikrobioloogiat saab jagada bakterioloogia, mükoloogia, viroloogia, algoloogia. Bakterioloogia - uurib baktereid. Mükoloogia - uurib hallitusseeni. Viroloogia uurib viiruseid Algoloogia uurib lihtsamaid vetikaid jm. Mikrobioloogia ajalugu Mikrobioloogia isaks peetakse Anthony von Leuwenbock'i, avastas bakterid, vere- ja spermarakud, mikroskoopilised ümarussid ja keraloomad. Raamat " Looduse seadused"
Mikrobioloogia üldkursuse kordamisküsimused ja vastused 1. Mikrobioloogia aine ja ajalooline areng Mikro väike Bio elu Logos õpetus Teadus väga väikestest palja silmaga mitte nähtavatest organismidest, mikroobidest. Mikroobid on ühed algelisemad elusloomad maa peal. Mikrobioloogiat saab jagada bakterioloogia, mükoloogia, viroloogia, algoloogia. Bakterioloogia - uurib baktereid. Mükoloogia - uurib hallitusseeni. Viroloogia uurib viiruseid Algoloogia uurib lihtsamaid vetikaid jm. Mikrobioloogia ajalugu Mikrobioloogia isaks peetakse Anthony von Leuwenbock'i, avastas bakterid, vere- ja spermarakud, mikroskoopilised ümarussid ja keraloomad. Raamat " Looduse seadused"
coli). · Puhaskultuur ühest ja samast mikroobiliigist koosnev kunstlikul söötmel väljakasvatatud mikroobide kogum (koloonia ehk pesa). · Segakultuur sisaldab mitut liiki mikroorganisme. 3. Pärmseente ehitus, paljunemine, kasutusalad ja tuntumad liigid Pärmseened on eukarüootsed, valdavalt üherakulised mikroseened, kelle liike leidub kahes seeneriigi hõimkonnas. Pärmseeni on kirjeldatud umbes 1500 liiki. Pärmseente rakud on üldjuhul suuremad kui bakterirakud. Harilikult on pärmseened ovaalse kujuga ja nende suurus jääb vahemikku 15--20 µm. Pärmseened koosnevad membraaniga ümbritsetud tuumast ja paljunevad nii suguliselt kui ka mittesuguliselt. Hingamistüübilt on nad fakultatiivsed anaeroobid. Mittesuguline paljunemine toimub pungudes või pooldudes. Enamus pärmseeni siiski pungub. Eosrakule moodustub puhetis (pungakene), kuhu läheb üle tuum ning pärast seda pung eraldub rakuseinaga
(võileivastruktuuri) Peptiidse membraaniga nanokera võis jagunedes endasse peita mõne läheduses asuva RNA või valgu moodustades ürgraku! 6. RNA elu hüpotees: I. Abiootiliselt sünteesitakse ribonukleotiididest RNA ahelad ja aminohapetest peptiidid; II. Isereplitseeruv RNA III. Isereplitseeruv RNA lipiidse või peptiidse membraaniga kerakestes; IV. Lihtsad rakud, kus RNA on nii kodeerivaks kui ka katalüüsivaks molekuliks; V. Sünteesitud valgud võtavad üle osa RNA katalüütilisi rolle; VI. DNA evolutsioon RNA-st; VII. Kaasaegne rakk, milles DNA kodeerib tunnuseid, RNA vahendab info tõlkimist valkude keelde ja valgud katalüüsivad. 7. Stromatoliidid Varaseimad fossiilid (3,5 miljardit aastat tagasi). Näevad välja nagu kivid. Tegelt on moodustunud paljukihilistest mikroobide ladestistest
vett (liposoomikihid kokku) = ÜRGRAKK Esimine pärilikkuse kandja- RNA 3 RNA võib sünteesida ka peptiidsidemeid RNA-l on fenotüüp, DNA-l ei ole RNA suudab järjestusest sõltuvalt moodustada sekundaarstruktuure RNA elu hüpotees 1. Abiootiliselt sünteesitud ribonukleotiididest RNA ahelad ja aminohapetest peptiidid 2. Isereplitseeruv RNA 3. Isereplitseeruv RNA lipiidse või peptiidse membraaniga kerakestes 4. Lihtsad rakud, RNA on kodeeriv kui ka katalüüsiv molekul 5. Sünteesitud valgud võtavad üle RNA katalüütilised rollid 6. DNA evolutsioon RNAst 7. Kaasaegne rakk Orgaanilised komponendid kosmosest? (panspermia) 1000d meteoriidid ja komeeded tõid kaasa org. molekule, mis olid välikosmoses abiootilistes reaktsioonides formuleerunud Ookeani põhjas ,,mustad suitsejad" (hüdrotermaalsed lõõrid, hydrothermal vents). Annab keemilisi aineid (H2, H2S, Fe-sulfiid, metaan jne.). Elu tekkis nendes tingimustes
intronite puudumine, 70s ribosoomid, metabolismiensüümide aminohappeline järjestus. Sarnasused eukarüootidega: Histoonid, rakuskelett, DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest, transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. Mustadel suitsejatel elavad hüpertermofiilid, nagu nt Pyrodictium occultum- meelist 105 kraadi, range anaeroob. Soolastes veekogudes elutsevad äärmuslikud halofiilid nagu perekond Halobacterium- sünteesivad ATPd valgusenergia abil. 16SrRNA bakterite evolutsiooni uurimisel ja süstematiseerimisel. 16s RNA kuulub prokarüootse ribosoomi väiksemasse alaühikusse. Selle alusel loodud fülogen. Süst. On sarnane täisgenoomide alusel tedtud süst.dega. Mida prooviti tõestada Milleri-Urey katsetega? Selgita neid katseid. Prooviti tõestada polümeeride abiootilise sünteesi teooriat
organismis. B. Mikrobioloogiline diagnoosimine 1. Algmaterjali mikroskoopiline uurimine. Eesmärk: mikroorganismi morfoloogia kindlaksmääramine ja organismipoolse põletikulise reaktsiooni olemasolu määramine. Klinitsistile antakse orienteeriv vastus. Algma- terjal kantakse esemeklaasile, fikseeritakse leegil või alkoholiga, värvitakse vastavalt otsitavatele mikroorgani- smidele mõne spetsiaalse värvimismeetodi järgi (metüleensinine, akridiinoranž, Gram, Ziehl-Neelsen, Giemsa, tušimeetod jt.) ja uuritakse mikroskoobiga (valgus-, faaskontrast-, pimeväli-, fluorestsentsmikroskoopia). Regist- reeritakse mikroorganismide värvumine, näit. Gram (+) või Gram (–), nende kuju, kihnu, eoste, inklusioonide olemasolu, suurus, asetus omavahel ja organismi rakkude suhtes. Hinnatakse rakulise reaktsiooni iseloomu (koe- rakud, granulo-, lümfo- ja monotsüüdid), põletiku esinemist. 2. Haigustekitaja isoleerimine ja identifitseerimine
Valmistavad raskusi steriliseerimisel, sest väga resistentsed kemikaalidele, temperatuurile. § Eosed ei ole mitte paljunemiseks, vaid aitavad säi-luda ebasoodsates keskkonnatingimustes. Haigustekitajatest esinevad Bacillus spp. ja Clostridium spp. § Eosed ei sisalda peaaegu üldse vett, metaboolne aktiivsus puudub, sisaldavad Ca++ ja dipikoliinhapet. § Muutumine vegetatiivseteks vormideks toimub minutite jooksul. Bakterite kasv § Bakterite paljunemine üks bakter jaguneb kaheks. § Bakterite arv populatsioonis suureneb geomeetrilises progressioonis Nt=N0 × 2n § Generatsiooniaeg () on aeg, mis kulub bakterite arvu kahekordistumiseks. § Optimaalsetes tingimustes 20-60 minutit § Organismis enamusel patogeenidel 5- 10 tundi Temperatuuri toime bakterite kasvule Kõrgem temperatuur kiirendab keemilisi reaktsioone - kiiruse kasv ca 2 korda 10°C kohta. Liiga kõrge tem- peratuur denatureerib valgud, metabolism häirub, kasv peatub, bakterid hukkuvad
ning kuna E. Coli rakke töödeldakse külmades tingimustes, toimub temperatuuri muutus (heat shock) ning selle tulemusena tekivad rakuseina kahjustused, kust plasmiidne DNA pääseb rakku. 51. Sini-valge selektsioon: järjestus on kodeeritud lacZ keskele ning lacZ kodeerib β- galaktosidaasi. Substraadi X-gal juuresolekul tekitavad bakterid elutegevuse käigus (β- galaktosidaas hüdrolüüsib glükosiidsideme ja tekivad galaktoos, mille bakter ära sööb, ning 5- bromo-4-kloro-3-hüdroksüindool, mis dimeriseerumise ja oksüdeerimise tagajärjel annab sinist värvi) sinist pigmenti – kolooniad on sinised. Valgete kolooniade puhul sisestatav järjestus rikub lacZ geeni ning muudab sealt kodeeritava ensüümi inaktiivseks, mille tõttu sisestatud DNA järjestusega plasmiide sisaldavad bakterikolooniad ei värvu siniseks. Meid aga huvitavad valged kolooniad. 1. Transformeerimiseks on vaja inaktiveerida ligaas
vortexi abil. Epsi korgis märgistasin vajalikud asjad markeriga ning jätsin segu üleöö ligeerima +4 C juures. 5. Praktikum – Tranformeerimine Transformeerimise käigus vektor (pSTBlue-1) viiakse bakterirakku sisse läbi membraani. Tava bakteri membraan ei lase sisse DNA molekuli, sellega tuleb neid kompententiseerida, ehk teha rakumembraani läbilaskvaks plasmiidile. Selleks rakud töödeldatakse Ca2+ ja Cl- sisaldava soolalahusega ning jahutatakse 0 ni ja järsku soendatakse 50-ni - Heat shock. Selle protsessi tulemusena on see, et membraanis tekivad augud ning augud kannavad positiivse + laengu. Kuna meie DNA
aktiivsus, seetõttu teevad nad palju vigu 2. PRO- JA EUKARÜOOTSE RAKU GENOOM Prokarüoodil puudub organiseeritud struktuuriga rakutuum: DNA asetseb vabalt tsütoplasmas, RNA süntees toimub DNA ja tsütoplasma kokkupuutejoonel. Erinev on ka eukarüootse ja prokarüootse raku jagunemine ja DNA segregatsioon: 1) Alguses mõlemad suurenevad ja küpsevad vajaliku määrani 2) Eukarüootidel järgneb raku küpsemisele pooldumine koos mitoosiga, prokarüootsed rakud paljunevad mitoosita tsütokineesi ehk lahknemise teel 3) Prokarüoodis puudub tsentromeer, DNA molekul kinnitub lahknemiseks mesosoomile (tsütoplasma membraani sissesopistus) 3. Mida on vaja teha selleks, et lühikese aja jooksul korduvalt DNA kaksikahelat denatureerida ja renatureerida? 4. Milline ensüüm viib läbi järgnevaid: REPLIKATSIOON – DNA polümeraasid TRANSKRIPTSIOON – RNA polümeraas: avab DNA ning sünteesib ühte
fosfodiestersidemed. Polümeraasi valikul tuleb silmas pidada, et tegemist oleks Taq Polümeraasiga, mis lisab suure tõenäosusega 3' adeniini aluse, mis on vajalik T-A kloneerimiseks. c) Vektoril on kaks antibiootikumiresistentsust, seega rakke, kuhu plasmiid on transformeeritud, saab kasvatada nii ampitsilliini, kanamütsiini kui ka mõlemat sisaldavad keskkonnas seeläbi saab vähendada ohtu, et plasmiidi mitte sisaldavad rakud tekitavad saaste. Vektor sisaldab lacZ operoni, mis võimaldab kasutada inserti sisaldavate rakukolooniate tuvastamiseks sini-valge meetodit. Lisaks sellele on vektoris palju erinevaid restriktsioonisaite, see võimaldab vektorisse sisestada erinevate restriktaasidega töödeldud otstega inserte. d) Plasmiid sisaldab lacZ operoni, mis kodeerib -galaktosidaasi. Kui kasvusöötmele lisada X-gali (laktoosi analoog, kus galaktoosiga on glükoosi asemel seotud inool), siis
värsked või kuivatatud osad ja teised sedalaadi ained. Kõik toiduained koosnevad omakorda põhitoitainetest, mida organism omastab. Need on valgud, rasvad, süsivesikud, mineraalained, vesi ja vitamiinid. Toitumine on organismi eluline vajadus. Elusorganismis töötavad alaliselt vereringe- ja seede- elundid, närvid ja lihased. Kõigeks selleks on tarvis energiat. Et kõik eluks vajali- kud protsessid kulgeksid normaalselt, peavad organismi hävinenud rakud ja koed 8 pidevalt asenduma uutega ning kulutatud energia taastuma. Materjaliks, mille arvel toimub rakkude uuenemine, on toit. Toit on ka allikaks, millest organism saab vajaliku energia normaalse kehatempe- ratuuri säilitamiseks ja meie keha mitmesuguste elundite tegevuseks. Toit on üks olulisemaid tegureid, millest oleneb noore inimese kasv ning täiskasvanu tervislik seisund ja töövõime. Toiduained jagunevad põhiliselt kahte liiki:
· Magnetosoomid raku pikiteljel tsütoplasmas paiknevad ahelana magnetiidi terad · Tsüst bakteritel esinev puhkevorm, mis aitab üle elada halbu keskkonnatingimusi; tsüstiks muutub kogu rakk · tinglikeks patogeenideks e juhuseotijateks mikroorganismid, mis kuuluvad normaalsesse mikrofloorasse, kui teatud tingimustel võivad siiski põhjustada haigestumist · Probiootikumid e probiootilised mikroorganismid - inimese organismist (soolest) isoleeritud kasulikud mikroobid (laktobatsillid, bifidobakterid) · Prebiootikumid - ained, mis tõhustavad probiootikumide arengut inimese sooles · Sünbiootikum toode, mis sisaldab nii prebiootikumi kui ka probiootikumi · Patogeen haigusetekitaja bakter · Virulentsus liigi esindaja patogeensuse väljendumise aste · Vaktsiin patogeensete mikroobide nõrgestatud või spetsiaalselt töödeldud tüved, mis kutsuvad esile antikehade tekke ja kaitsevad inimest haigusetekitaja eest
Pelagibacter ubique. Mikroorganismid toituvad osmootselt kasutavad lahustunud aineid, mis jõuavad nende rakku läbi pinna, läbides kapsli, kesta ja membraani. Peamiseks takistuseks on rakumembraan, mida ained läbivad kas difusiooniga või kanaleid ja valgulisi transportereid kasutades. GN bakteritel tuleb täiendava barjäärina juurde rakukesta välismembraan. Seetõttu on GN bakterid vähem tundlikud mürgistele ainetele. Sh aintibiotsidele. Mida väiksemate mõõtmetega bakter, seda suurem eripind. Väikeste mõõtmete tõttu on palju toitumispinda (suur eripind). Ülilihtsad organismid ei saakski olla väga suured, sest suurena nad ei toimiks: nad ei suudaks rakku varustada toitainetega ja aineid raku piires piisava kiirusega edasi toimetada. Eripind sõltub kujust: nt peenikestel pulkadel on see suurem kui sama läbimõõduga kokkidel. Väga suurtel bakteritel on probleeme sellega, et nende eripind väheneb liialt. Selle probleemi lahendamiseks
Kuivmassi või Tundlikum kui kogulämmastiku Laboratoorsed analüüsid märgmassi mõõtmine ja koguvalgu mõõtmine Bakterite kasvukõver Suletud süsteemis toimub kasv teatud seaduspärasuste järgi, mida saab väljendada graafiliselt. Lag-kasvufaas. Kohe värske söötme inokuleerimise järel bakterid ei hakka kasvama vaid kohanevad uue keskkonnaga. Kuigi rakud ei jagune, võib toimuda rakkude mahu suurenemine, valkude, RNA ja DNA süntees ja metaboolne aktiivsus. Lag-faasi pikkus sõltub rakkude võimest üle saada sokist, mis kaasneb värskesse söötmesse külvamisega, söötmekomponentidest, inokulumi hulgast ajast, mis kulub bakteritel vajalike ensüümide sünteesiks, mis on vajalikud söötme komponentide katabolismiks. Log-kasvufaas ehk eksponentsiaalse kasvu faas. Rakud kasvavad
Selleks, et uurida ja kirjeldada mikroorganismide (bakterite, arhede ja seente) mitmekesisust keskkonnas, on kasutusele vetud molekulaarsed meetodid, mille puhul ei ole vaja organismi eelnevalt isoleerida puhaskultuuri. Siin on probleemiks see, et need molekulaarsed meetodid tuginevad hsti kirjeldatud ja lbiuuritud organismidel, keda kasvatakse puhaskutuuris. Molekulaarsete meetodite kiire areng vimaldab uurida mikroorganismide mitmekesisust uuel, geneetilisel tasemel. Mikroobid grupeeritakse vastavalt nende geenide sarnasusele, mis vljendab ka nende evolutsioonilist vahekorda. Eeldades, et enamik looduses eksisteerivatest bakterirakkudest pole kultiveerimise teel kttesaadavad, on viimastel aastatel ha enam kasutusele vetud molekulaarseid meetodeid, mille abil on vimalik uurida otse keskkonnast eraldatud bakterikoosluste DNA-d ja vltida kultiveerimise selektiivsusest tulenevaid probleeme. Sellised molekulaarbioloogilised meetodid nagu nukleiinhapete ekstraheerimine,
Lisatav hape või leelis muudab nende rühmade dissotseerumist ega lase aktiivhappesusel oluliselt muutuda. Järsem pH- muutus toimub alles pärast valgu happe- või leelisrühmade täielikul neutraliseerimist. Piima ja piimatoodete puhverdusvõime on seda suurem, mida suurem on valgusisaldus. Piimavalgud on reeglina neg. laetud s.t. piimas on enam AH, milledel happeline COOH rühm. 5. Mis toimub tänu puhverdusvõimele? Tänu puhverdusvõimele võivad mikroobid piimas areneda vaatamata kõrgele tiitritavale happesusele. Piima PV on suurim Ph juures 4,5 6,5 6. Milline piim on sobiv piimhappebakterite arenguks? · Toitaineterikas laktoosi, lisaks N-ühendeid, vitamiine, mikroelemente · Ternespiimata · bakteriofaagideta · Pidurdusaineteta (Antibiootikumide, deso- ja pesuainete jääkide ja herbitsiidideta · Mastiidihaigete lehmade piimata 7
kogus plasmiidi? Ekvivalentne kogus oleks 20 ng (1000bp*100ng/5000bp). Tegelikkuses peaks võtma 3x rohkem ehk 60 ng. 4 Töö nr 2: Ligeeritud produktide transformeerimine E.coli rakkudesse. Lähteained: Ligeeritud genoomne DNA (6 l). TE, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na2. E.coli DH5 alfa kompetentsed rakud (valmistamist vaata lisast) Steriilne LB (lysogeny broth) sööde (koostis 1 liitri lahuse kohta , 10 g trüptooni, 5 g pärmi ekstrakti ja 5 g NaCl) agar Ampitsilliini (Amp) vesilahus, 100 mg/ml IPTG (isopropüültio-beta-D-galaktosiid), 0,5 M vesilahus X-gal (5-bromo-4-kloro-3-indolüül-beta-D-galaktosiid), 20 mg/ml 70% Etanool. Töö käik: (1) Transformatsiooniks lahjenda saadud ligeerimissegu (6 l) TE-ga 10-30 korda (1 osa ligeerimissegu ja 9-29 osa TE-d), sega korralikult ja pipeteeri 10 l lahjendatud segu uude katseklaasi.
peetakse vaheastmeks rakutuumata pärisbakterite (Eubacteria) ja rakutuumaga päristuumsete organismide vahel. Kujult vôivad bakterid olla väga erinevad: kerajad, pulkjad, niitjad. Looduses esinevad bakterid üksikult, ahelatena vôi kogumikena. Enamik neist on värvusetud. 2. Bakterite ehitus Nende ehitus on kindlaks tehtud enam kui tuhandekordse suurendusega optiliste mikroskoopide ja sajatuhandekordse suurendusega elektronmikroskoopide abil. Rakud kujutavad endast kõige fundamentaalsemaid eluühikuid, mida leidub looduses. Organismis toimub rakkude diferentseerumine selleks, et tekiksid erineva funktsiooniga koed, mille abil organism talitleb. Bakterirakk seevastu eksisteerib iseseisva ühikuna, olles organismina võimeline teostama kõiki eluks vajalikke funktsioone: toitumist ja hingamist; paljunemist ja teatud keskkonna asustamist; olema resistentne välistele faktoritele tänu paindlikele geneetilistele mehhanismidele, s
kui ekvivalentne kogus plasmiidi? On vaja võtta 20 ng inserti, et see oleks ekvimolaarne plasmiidiga. Tuleb võtta 60 ng inserti ,kui ligeerimisreaktsiooni panna inserti 3 korda rohkem kui ekvivalentne kogus plasmiidi. Insert- see fragment, mida kloonitakse. 3 Töö nr 2: Ligeeritud produktide transformeerimine E.coli rakkudesse. Lähteained: Ligeeritud genoomne DNA (6 l). TE, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na2. E.coli DH5 alfa kompetentsed rakud (valmistamist vaata lisast) Steriilne LB (lysogeny broth) sööde (koostis 1 liitri lahuse kohta , 10 g trüptooni, 5 g pärmi ekstrakti ja 5 g NaCl) agar Ampitsilliini (Amp) vesilahus, 100 mg/ml IPTG (isopropüültio-beta-D-galaktosiid), 0,5 M vesilahus X-gal (5-bromo-4-kloro-3-indolüül-beta-D-galaktosiid), 20 mg/ml 70% Etanool. Töö käik: (1) Transformatsiooniks lahjenda saadud ligeerimissegu (6 l) TE-ga 20 korda (1 osa ligeerimissegu ja
Septilise artriidi sagedasem tekitaja lastel (täiskasvanutel gonokokk). diagnostika. • Uuritav materjal: nahainf-d – nahk, (veri); pneumoonia – röga, veri; endokardiit – veri; artriit – liigesevedelik, seerum, (veri); osteomüeliit – luubiopsia, (seerum); naha eksfoliatiivne sündroom – neelulima, (nahk), (veri); toidumürgistus – toit, oksemass, (roe); TSS – tupp, (veri), (nahk). • Kliinilise materjali mikroskoopia: üksikud rakud, väiksed grupid. • Verekülv uuritakse pärast 24 h inkubeerimist 37°C. • Kiirmeetodid: proteiin A seostub IgG Fc-osaga. Latekspartiklil IgG Fc vaba, tekib aglutinatsioon. Saab määrata ka koagulaasi. • Kultiveerimine: lamba verega söötmel, β-hemolüüs. Manniitagaril võimalik teistest mikroobidest eristada. Streptokokkidest eristab katalas, SA toodab koagulaasi. HI kontrolliks tüpiseeritakse tüvesid antibiogrammil,
linkosamiid, streptogramiin) tüüpi antibiootikumide resistentsuse kujunemisel. Stafülokokid, streptokokid ja streptomütseedid saavutavad resistentsuse MLS antibiootikumide suhtes 23S rRNA modifitseerimise tulemusena. Staphylococcus aureus'e resistentsus erütromütsiini suhtes tekib tänu RNA metülaasi kodeeriva geeni erm translatsiooni induktsioonile erütromütsiini madala kontsentratsiooni puhul. Selle tulemusena metüleeritakse 23S rRNA, muutes rakud resistentseks erütromütsiini kõrge kontsentartsiooni suhtes. erm operoni liider-mRNA kodeerib liider-peptiidi, mis on 19 aminohappe pikkune. Liider-mRNA sisaldab järjestusi, mille baasil võivad moodustuda alternatiivsed sekundaarstruktuurid. Kui induktorina toimivat erütromütsiini pole, transleerivad ribosoomid liiderpeptiidi tervikuna. See võimaldab liiderjärjestuses omavahel paarduda regioonidel 1 ja 2 ning 3 ja 4. Regioonide 3 ja 4 paardumise tulemusena on blokeeritud
reaktsioonina (rakuline vastus) tapavad tsütotoksilised T-lümfotsüüdid viirusinfekteeritud rakke. Kuidas kaasasündinud immuunsus nakkuse ära tunneb? Nii selgrootutel kui ka selgroogsetel on Pattern Recognition Receptors (PRR), mis tunnevad ära patogeenidele omaseid molekulaarseid struktuure (Pathogen Associated Molecular Patterns - PAMP). PAMP need on kindlad molekulid ja struktuurid, mida leidub vaid prokarüootidel. PAMP-e toodavad vaid mikroobid ja seega kaasasündinud immuunsüsteem on võimeline tegema vahet oma ja võõra vahel. 3. Joonista adaptiivses immunsuses osalevad tähtsaimad molekulid: Ig, TCR, MHCI ja MHCII, millistel rakkudel need ekspresseeruvad, millistele struktuuridele seonduvad/milliseid peptiide seovad ja mis neid iseloomustab? alfa beeta Ig (BCR) ekspresseerub B- raku pinnal. B- rakk tunneb ära kas lineaarseid
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
