matsalu on kõige tähtsamaks pesitsusalaks Eestis sellistele lindudele nagu hüüp (35 paari), roo- loorkull (33 paari), täpikhuik (150-190 paari), rukkirääk (300-330 paari), niidurüdi (250-300 paari), tutkas (5-10 paari), rohunepp (60-80 paari) ja väiketiir (60-65 paari). Kõige tähtsamaks või vähemasti väga oluliseks pesitsusalaks on Matsalu niidud aga enamusele eesti lagerannikute ja luhtade asukatele.