Molekulaarbioloogia I praktikumi töö (2013 a) Nimi: YAGB41 Inimese genoomi CpG "saarekestel" paiknevate geenide kloneerimine (genoomse DNA restriktsioon Cfr42I (SacII) abil, fragmentide kloneerimine pBS SK+ plasmiidi, E.coli transformatsioon, rekombinantse klooni eraldamine, restriktsioon-analüüs, PCR, sekveneerimine, bioinformaatiline analüüs) Imetajate genoomides on mitmed geenid koondunud nn. CpG saarekestele (CpG islands). CpG saareke on vähemalt 200 bp pikkune DNA lõik, milles on dinukleotiidi GC sisaldus vähemalt 50 %. Tavaliselt
(kloroplastid) on kahekordse membraaniga ümbritsetud organellid. Nad on spetsialiseerunud ATP sünteesile. mitokondrid kasutavad elektronide transpordist ja oksüdatiivsest fosforüleerimisest saadavat energiat kloroplastid kasutavad fotosünteesil akumuleeritavat energiat. Mõlemal organellil on oma DNA, ribosoomid,valgusüntees. Siiski sünteesitakse ENAMIK neis organellides vajaminevatest valkudest tsütosoolis ja transporditakse seejärel organellidesse (mitokondri ja genoomse DNA vaheline interaktsioon). Tuuma ja vakuoolide järel ühed suuremad organellid . Erinevalt mitokondrite (A) kristadest ei ole tülakoidid kloroplastides (B) seotud sisemise membraaniga. Mõlemas organellis on sisemembraanide pind väga suur ja nendega on seotud ensüümid, mille ülesanne on transportida . Elektronide transpordil vabanev energia muudetakse ATP-ks. Energia allikaks mitokondris on toidust pärinevad suhkrud ja rasvhapped, mida O 2 oksüdeerib CO2 ja H2O.
Pseudogeenid ja geenifragmendid Geeniperekondadesse kuuluvad sageli defektsed geenikoopiad (pseudogeenid), sisaldades tervet kodeerivat järjestust või selle osi ehk geenifragmente (puuduvad 3` või 5`otsad). Kanal 51, inimesel 19000 pseudogeeni, arvukalt tsentromeersetes piirkondades! Protsessimata pseudogeenid on tekkinud genoomse DNA tasemel duplikatsioonide tagajärjel, fragmenteeritud geenide osad aga ebavõrdse ristsiirde või õdekromatiidide vahetuse kaudu. Protsesseeritud pseudogeenid ja retrogeenid tulenevad RNA transkriptide pöördtranskriptsioonist (LINE-1 elemendid) ja integratsioonist genoomi. Protsesseeritud pseudogeenid sisaldavad funktsionaalse geeni eksoneid ja omavad tavaliselt ühes otsas oligo (dA)/(dT) järjestusi. Tekkinud
DNA reparatsioon DNA reparatsioon ehk DNA parandamine on protsess, mille käigus eemaldatakse DNA-s erinevatel põhjustel tekkinud kahjustusi. DNA-s tekib pidevalt kahjustusi, mis kinnistuvad järgmise replikatsioonitsükli jooksul mutatsioonidena. Mutatsioonid on muutused organismi genoomse DNA nukleotiidses järjestuses, mis kinnituvad ja millega võivad kaasneda vaadeldava kogumi tunnuste muutused. Looduses on mikroorganismide kasv limiteeritud, kuna keskkonnatingimused on enamasti ebasoodsad. Põhilised kasvu limiteerivad tegurid on ebasoodne temperatuur, pH ja osmolaarsus. Samuti on piiratud toitainete kättesaadavus. Seega ei saa bakterid looduses pidevalt paljuneda ja on puhkavas seisundis ehk statsionaarses faasis
kokku -selle meetodi puhul, pärast restriktaasidega töötlemist, vektor võib kiiresti tagasi kokku ligeerida (lahenduseks defosforüülimine, aga see võib takistada ligeerimist). Mõlemate meetodi puhul võib esineda oht: DNA järjestuse tagasipöördumine. 16. Mis on cDNA? Kirjelda erinevaid meetodeid cDNA sünteesimiseks. Milliseid erinevaid tüüpi praimereid saab kasutada cDNA sünteesis? Kirjelda, mis on cDNA ja genoomse DNA kogum (,,library"). cDNA on DNA, mida sünteesitakse mRNA järgi revertaasi abil (pöördtranskriptaas). cDNA sees on ainult eksonid. cDNA library - kloonide kollektsioon vektorites, mis on saadud RNA-de koopiatest. Ideaalne kogum sisaldab kõiki ühe organismi või koe geeni. DNA kogum: sisaldab ideaalselt vähemalt iga geeni üht koopiat. cDNAd vastavad aktiisetele geenidele, mis kodeerivad valke. Võimaldab vaadata aktiivseid valke.
eksperimentaalselt eristada cis-trans- või komplementatsioonitestiga. • Speiser on mittekodeeriva DNA lõigud, mis asuvad tandem-korduvate geenide vahel. • Mobiilne DNA on DNA järjestused, mis võivad liikuda genoomis, muutes nende koopiate arvu või lihtsalt muutes nende asukohta, mõjutades sageli läheduses olevate geenide aktiivsust. Nende hulka kuuluvad DNA-st ülekantavad elemendid, plasmiidid ja bakteriofaagi elemendid. • Operon on genoomse DNA funktsionaalne ühik, geenide kogum, milles olevad geenid on kõik ühise regulatoorse signaali või promootori kontrolli all. • Operaator on struktuurigeenide avaldumist kontrolliv operoni osa. • Polütsistroonne RNA on opeonilt sünteesitud RNA-molekul. • Promootor on nukleotiidijärjestus, millega seonduvad transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas, et initsieerida transkriptsiooni. • Transkriptsiooni ühik on DNA osa, mida transkribeeritakse RNA molekuliks
Loetle nähtusi, mis on seotud DNA metüleerimisega? Dna metüleerimine - tsütosiini viiendasse positsiooni lisatakse metüülrühm 5 metüültsütosiin. Protsessi viib läbi dna-polümeraas. Eelistatult metüleeritakse guaniini ees asuv tsütosiin cg. Dna metüleerimine pärsib geeni ekspressiooni. Metüleerimine on seotud geeni regulatsiooni, kromatiini struktuuri, X-inaktivatsiooni, epigeneetilise protsesside ja genoomse imprintingu nähtustega, imetaja genoomis ~3% tsütosiiinidest (-c-) metüleeritud 7. Mis on genoomne imprinting? Kus ja millal toimub imprintimine ja millega see nähtus on seotud loomulikult ning patoloogia korral? Nähtus, kus sama geen ekpresseerub erinevalt sõltuvalt sellest, kas geenikoopia on saadud emalt või isalt. Õistaimedel ja imetajatel. Nähtust seletatakse sellega, et naise ja mehe gametogeneesis toimub geenide metüleerimine erinevalt. Normaalne nähtus
Molekulaarbioloogia I praktikumi töö (2012 a) Nimi: Inimese genoomi CpG "saarekestel" paiknevate geenide kloneerimine (genoomse DNA restriktsioon Cfr42I (SacII) abil, fragmentide kloneerimine pBS SK+ plasmiidi, E.coli transformatsioon, rekombinantse klooni eraldamine, restriktsioon-analüüs, PCR, sekveneerimine, bioinformaatiline analüüs) Imetajate genoomides on mitmed geenid koondunud nn. CpG saarekestele (CpG islands). CpG saareke on vähemalt 200 bp pikkune DNA lõik, milles on dinukleotiidi GC sisaldus vähemalt 50 %. Tavaliselt
Puhtal kujul on 3D praimerist sõltuv ensüüm. Ruumiliselt struktuurilt on RdRp nn. “parema käe” struktuuriga- on olemas “sõrmede”, “peopesa” ja “pöidla” domeen. Aktiivsait asub ensüümi “peopesas”; “sõrmed” ja “pöial” puutuvad omavahel kokku. 3D-l on ka NTP-st sõltumatu RNA dupleksit lahtiharutav aktiivsus. RNA polümeraasi kaks peamist funktsiooni on: Praimeri süntees (Vg- VPg- pUpU) RNA süntees (elongatsioon) Polioviiruse genoomse RNA replikatsioon RNA süntees toimub sileda ER membraanidest moodustatud vesiikulites ja algab siis kui on kogunenud viirus-kodeeritud mittestrukturaalsed valgud. Replikatsioonil osalevad ka mingid raku valgud, RdRp katalüütiliseks subühikuks on 3D. Nii “+” kui “-“ RNA ahelate praimeeriks on VPg- pUpU. Positiivse ja negatiivse polaarsusega ahelate sünteesi vahekord on 20-50 : 1. Vaba negatiivset ssRNAd nakatatud rakkudes ei leidu. Polioviiruse translatsioon: IRES element
o Mittepaardunud proov pestakse maha ja NA asukoht tuvastatakse märgise järgi · Sekveneerimine järjestuse määramine o Praegu kasutusel ensümaatiline meetod, kus DNA polümeraas lisab vahel ahela sünteesi käigus dNTP asemel didesoksünukleotiidi, mis lõpetab antud ahela pikenemise. Märgistatud DNA ahelda geel-elektrofreesis pikkuse järgi. Geenikogud 1. Genoomse DNA kogud 2. cDNA kogud (eri liigid ja koed) ainult eksoneid sisaldav, annab infot geenide avaldumise kohta. PCR(polümeraasi ahelreaktsioon Võimaldab eksponentsiaalselt paljundada uuritavat DNAd (miljardid molekulid 1-2 tunniga) Põhineb termostabiilsel DNA polümeraasil, kus luuakse komplementaarsed praimerid meid huvitavale järjestusele ja siis tsükleeritakse (ahelate lahtisulatus, praimerite paardumine, ahelate sünteesimine kokku 30-40 korda)
pikkust, millest võrdsed või pikemad kontiigid katavad 50% kogu genoomsest järjestusest. Seega laialdasemalt kasutusel olevad meetrikud hindavad koostuid kontiigide suuruse, mitte kontiigide kvaliteedi ja täpsuse alusel, mis kajastaksid paremini koostu väärtust. Ebaõnnestunud koostute hulka kuulub esialgne mantellooma genoom. Hilisem koostu laiendas N50 väärtust kümnekordselt ja paljastas konserveerunud geene, mida varasemas koostus esindatud polnud. Sama selgus kana genoomse koostu uurimisel. Vajalik on võrrelda erinevaid programme samade andmete alusel. Iga uue programmi kirjeldamisel, jooksutatakse seda kasutades konkreetseid andmeid ehk omavahel on keeruline programme võrrelda, kui igaüks jooksutab erineva andmete alusel. Assemblathon 1 ja 2, GAGE (Genome Assembly Gold- standard Evaluations) ja dnGASP (de novo Genome Assembly Assesment Project) on projektid, mille
ülejäänu loov osa on oma olemuselt neutraalsed muutused.) Neutralistlik evolutsiooniteooria, mille järgi looduslik valik toimub molekulaarsel tasandil üksnes kahjulikke muutusi kõrvaldavalt, enamik molekulaarmuutusi on organismide suhtes neutraalsed ega allu valikule ja organismi valgud evolutsioneeruvad kindla autonoomse kiirusega. Geenijärjestuste uurimine alates 1970-ndad Zurkerkandl ja Pauling: postuleerisid molekulaarse kella idee Terviklike organismide genoomse DNA järjestuste määramine Neutralistlik evolutsiooniteooria tekitas uue pöörde loodusliku valiku ja mutatsionismi vahekordade mõistmisel ning geenide kloneerimise, sekveneerimise ja amplifitseerimise meetodite leiutamine ja võimalus juba eelnevalt Zurkerkandli ja Paulingu poolt postuleeritud molekulaarse kella idee kasutamiseks fülogeneesi rekonstruktsioonil, muutsid pildi täielikult. Uusi terviklikke genoomse DNA järjestusi (esialgu
Endonukleaasse aktiivsusega integraas tekitab LTR-desse üksikiahelalised katked – tekivad kleepuvad otsad, kus 3´otsad on 5´otstest lühemad (3´recessed ends) 3´otste kaudu atakeeritakse fosfodiestersidemeid märklaud-DNA-s Moodustuvad uued fosfodiestersidemed HIV-DNA 3 ´otste ja peremeesraku genoomse DNA 5´fosfaatide vahel Üksikahelalised alad sünteesitakse täis DNA reparatsiooniensüümide poolt HIV elutsükkel Lisaks CD4-le on HIV-il veel lisaretseptorid (koretseptorid) CCR5 ja CXCR4 CCR5 deletsiooniga alleeli homosügootses olekus kandvad indiviidid ei nakatu HIV-ga Eestis on 23% heterosügoote, kes kannavad inaktiivset CCR5 alleeli Superinfektsioon – kaks erinevat HI viirust nakatavad sama rakku → rekombinantsete
jne; Funktsionaalne genoomika oleks DNA järjestuses leiduva informatsiooni taandamine funktsioonile ehk struktuurilt funktsioonini; Metodoloogiliseks aluseks geneetilised meetodid; Genoom on erinevate DNA (RNA) molekulide (nukleaarse, mitokondriaalse, plastiidse, plasmiidse jne.) summa mingi kindla liigi rakku(de)s. Genoomide sekveneerimise ning bioinformaatika tulemused: Aheldatusgruppide leidmine, Genoomide ehituse võrdlused, Genoomse DNA, EST-de ja cDNA-de kombineerimine > valkude iseloomustamine, Geeniregulatsiooni alused, Evolutsiooni, ligitekke ja fülogeneesi alused, Liigisiseste genoomsete variatsioonide ja neist tulenevate erinevate fenotüüpide tuvastamine (HapMap). Viie peamise metodoloogia areng genoomikas: 1956 "kromosomoloogia", 1966 somaatiliste rakkude geneetika (geenide kaardistamine, kaasasündinud ainevahetushäired, vähiga
Mitootilised kromosoomid säilitavad mõned, kui üldse, strukturaalsed omadeused mis iseloomustavad interfaasikromosoome. Metafaasi kromosoomid omandavad sarnase organisatsiooni erinevates rakutüüpides. Metafaasi kromosoomides kaob A/B kompartmentitesse segregatsioon ja puuduvad TADid. • HiC põhiste uuringute põhjal tuletatud uued genoomi struktuuri üksused: (i) A & B kompartmendid, seos vastava genoomse piirkonna üldomadustega; (ii) topologically associated domains (TADs); (iii) ‘fraktaalne gloobul’ (FC) I. A/B kompartmendid – vahelduvad piki kromosoomi. A kompartmendid interakteeruvad eelistatult teiste A kompartmentidega genoomis. B kompartmendid interakteeruvad teiste B kompartmentidega. A kompartmentid on suuresti eukromaatilised, transkriptsiooniliselt aktiivsed.
- ekson(id) - moodustavad lõpliku mRNA molekuli - kodeeritav osa. - intron(id) - mittekodeeritav osa - 5’ mittetransleeritav osa (5’ UTR) - 3’ mittetransleeritav osa (3’ UTR) - terminaatorala 42. Nimeta geeni ekspressiooni regulatsiooni tasemeid Eukarüootide geeni ekspressiooni reguleeritakse 3 tasandil: transkriptsioonil, selle järgsel protsessingul ja translatsioonil. Geenide ekspressiooni reguleeritakse ka mitmel muul tasandil – Genoomse DNA avatus – RNA protsessing – mRNA transleeritavus valguks – mRNA stabiilsus – microRNA – Valgu stabiilsus. 43. Kirjelda alternatiivset splaissingut Geneetika sõnastiku vaste - Samalt geenilt kodeeritud pre-mRNA eriviisiline (alternatiivne) splaissing, mille tulemusel saadakse ühe geeni alusel valgu paljusid isovorme (nt. koespetsiifilisi). Toimub eukarüootsetel geenidel. Transkriptsioonijärgne RNA tükeldatakse ja selle tulemusel
pikkuse (ca 1000 mm). DNA on mikroobiraku keskele kokku keerdunud ebakorrapäraseks moodustiseks, s.o. nukleoidiks. Selles on DNA väändunud superspiraaliks, mis on hädavajalik nii replikatsiooniks kui geenide transkriptsiooniks. Uusimate andmetega on tõestatud, et kasvavad mikroobirakud sisaldavad 2-4 eraldi nukleoidi erinevates replikatsiooni astmetes, mitte üht sagaralist nukleoidi, mis ulatub raku ühest otsast teise . Mõned bakteritüved sisaldavad peale genoomse DNA veel väikesi DNA rõngasmolekule, mida nimetatakse plasmiidideks. Sellised plasmiidid annavad bakterirakule lisainformatsiooni. Plasmiid suurendab tavaliselt bakteri ellujäämise võimalusi erinevates tingimustes. Näiteks on mitmete Bakterite levik, kasutamine ja tähtsus antibiootikumide suhtes olemas resistentsusplasmiidid, mis võimaldavad bakteritel vältida antibiootikumide surmavat toimet.
DNA paljundamiseks kasutab see PCR- meetodit. Reaktsiooni keskkonnaks on veetilga sarnane emulsioon(õlitilk), kus igas üksikus tilgas paljundatakse DNA lõiku. Iga nukleotiidi lisandumisel uude ahelasse vabaneb prüofosfaat. Pürosfaat on substraadiks erinevate reaktsioonide toimumiseks, mille tulemusel vabaneb valguskiirus, mis registreeritakse ja tänu millele saab järjestada terve ahela. Illumina Solexa tehnoloogia puhul algab töö genoomse DNA fragmeteerimisega ultraheli vahendusel, mille tulemusel saadakse suhteliselt ühtlase pikkusega DNA segu. Seejärel liidetakse nende DNA lõikude otstesse adapteroligonukleotiidid ja puhastatakse. Nüüd järgneb DNA amplifitseerimine, mis Illumina platvormi puhul toimub tahkele kandjale seotult. Selleks kasutatakse nn. Flow-Cell-i, kus paiknevad adapteritega komplementaarsed oligonukleotiidid, millele liidetakse DNA fragmendid
See more information on BLAST substitution matrices. v. Tühiku hinded kuidas mõjutab varieerimine. Mida suurem on tühiku hinne, seda vähem on otsitavas joondamises tühikuid. Gap Cost The pull down menu shows the Gap Costs for the chosen Matrix. There can only be a limited number of options for these parameters. Increasing the Gap Costs will result in alignments which decrease the number of Gaps introduced. 3. Tundmatu vigase genoomse DNA järjestuse identifitseerimine BLAST-i abil, vajadusel varieerides parameetreid. a. Identifitseerida järjestus otsinguga nukleotiidide andmebaasist. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi? cmd=Retrieve&db=Nucleotide&list_uids=169887498&dopt=GenBank&WebEnv=08J vAS8kBlinjBrUEMjwnEGJY7QsTje9ctJtS_O29kHa_vVcySL_SQi5eaFRYLaT9Shy2 Dl4R1IHFhx%40D45A42847E9DBF30_0786SID&WebEnvRq=1 b
Meie hinnatud rakkude tihedus on 20%. Seega tassile peab jääma 600 μl rakususpensiooni. Ülearustest rakkudest (600 μl) teeme edasi lüsaati ning selleks võtame neid pipetiga uue epsi. 4. Lisada 4 ml-ni söödet (seega 3,4 ml), teha 8-kujulisi liigutusi ning asetada tass CO2 inkubaatorisse. 94. 95.Rakkudest lüsaadi valmistamine 96. Eesmärgiks on tutvustada erinevaid võimalusi rakkude lüüsimiseks valkude, RNA või DNA edasiseks analüüsiks. 97. Genoomse DNA eraldamine imetajarakkudest 98. Rakud lüüsitakse puhvris, mis sisaldab SDS-i (lahustab rakumembraanid), NaCl, EDTA-d (inhibeerib nukleaase) ja proteinaas K-d (lagundab valgud) pidevalt segades 37°C või 55°C juured. DNA sadestatakse isopropanooliga, mille tulemusena tekkib lahusesse DNA pundar, mille saab otsiku abil tõsta puhtasse tuubi. DNA lahustamiseks kasutatakse enamasti Tris-HCl puhvrit EDTA-ga. 99
Suspendeerisin rakud automaatpipetiga tassi küljest lahti. Tassile peab jääma rakkude tihedus 10%. Meie hinnatud rakkude tihedus on 20%, seega tassile peab jääma 600 μl rakususpensiooni. Ülearustest rakkudest (600 μl) tehakse lüsaati, seega tõstsin rakud pipetiga uue epsi. Lisasin 3,4 ml söödet, tegin 8-kujulisi liigutusi ning panin tass CO2 inkubaatorisse. 3. Praktikum - rakkudest lüsaadi valmistamine (2014): Genoomse DNA eraldamine imetajarakkudest Rakud lüüsitakse puhvris, mis sisaldab SDS-i (lahustab rakumembraanid), NaCl, EDTA-d (inhibeerib nukleaase) ja proteinaas K-d (lagundab valgud) pidevalt segades 37°C või 55°C juures. DNA sadestatakse isopropanooliga või etanooliga, mille tulemusena tekkib lahusesse DNA pundar, mille saab otsiku abil tõsta puhtasse tuubi. DNA lahustamiseks kasutatakse enamasti Tris-HCl puhvrit EDTA-ga.
moodustada filamente LINNUGRIPP Põhjustaja: Orthomyxoviridae Influentsa-A Lindudelt on isoleeritud kõiki hemaglutiniin- (16) ja neuraminidaas-(9)antigeeni kombinatsioone, mis tõestab viiruse äärmiselt suurt varieeruvust. Juhul, kui rakk on nakatunud samaaegselt mitme viirusega, võib üheks genoomse segmentatsiooni tagajärjeks olla uus viiruste põlvkond, mis on moodustunud erinevate viiruste vanemgeenide sünteesi tulemusena. · Gripi levikus ja pandeemiate tekkes on olulised kaks uue antigeense struktuuriga gripiviiruse tekkemehhanismi: 1.Triiv 2. Antigeenne väljavahetus Triiv leiab viiruse paljunemise tsüklites aset pidevate punktmutatsioonidena. Triiv võib viia ka sellise viiruse tekkeni, mida
Minoorsed valgud paiknevad sisemise kapsiidi siseküljel (five fold teljel?). Sisemine kapsiid ei sisalda kanaleid (v.a. five-fold telgede tippudes) ja kaitseb genoomi väliskeskkonna mõjude eest. Core struktuur on ensümaatiliselt aktiivne ja sisaldab RdRp (polümeraasi), RNA trifosfotaasi ja guanülüültransferaasi aktiivsusi ning kahte tüüpi metüültransferaasi (metüleerivad vastavalt G jääki cap struktuuris ja RNA esimese nukleotiidi riboosi 2'-O positsioonis). Peale valkude ja genoomse dsRNA leidub virionides veel kahte tüüpi RNA oligonukleotiide: ca. 2400 koopiat nukleotiidi GC(U)(A) (2-9 nukleotiidi pikkune), mis kujutavad endast abortatiivse transkriptsiooni produkte. Umbes 10% seda tüüpi oligonukleotiididest on capeeritud; 6 LIISI KINK
translatsiooniline repressioon. RNA interferents arvatakse olevat iidne raku mehanism taimedel ja loomadel, millega rakk kaitseb end teatud viiruste ja mobiilsete geneetiliste elementide vastu. Taimed, milledes on tuvastatud Diceri või RISC kompleksi valkude mutatsioonid, on oluliselt tundlikumad RNA viiruste infektsioonile ja transposoonide liikumisele nende genoomis. Taimede kaksikahelaline RNA indutseerib ka sama järjestust sisaldava genoomse DNA metüleerimist. Viimase mehanism ei ole teada. Selline RNAivahendatud geenimetüleerimise mehanism ei esine imetajatel. RNAi tsütoplasmas toimuv posttranskriptsioonilise geeniekspressiooni regulatsiooni mehhanism, mille käigus kaheahelaline RNA viib komplementaarse mRNA vaigistamiseni siRNA small interfering/inhibitory RNA väike kaheahelaline RNA (21-25 bp), mis saadase dsRNA lõikamisel Dicer ensüümiga ning mis viib komplementaarse mRNA degradatsioonini siRISC kompleksis
tunnuse kaotamise suunas. positiivne selektsioon (ingl. Positive selection)- Selektsioon, mis viib uue tunnuse tekkeni; uue mutatsiooni kinnistumisele populatsioonis. 10.Kunstlik rakk ja kunstlik elu 11.Geno- ja klonoteegid genoteek (ingl. Gene library)- DNA-lõikude kogumik, mis on kloonitud vektoritesse. DNA-klonoteek (ingl. Clone banks)- Kloonide kogum organismi genoomiraamatukogus, mis katab kogu genoomse DNA. 12.Mitokondriaalsete haiguste kõrvaldamine 13.DNA ja valkude eraldamine, forees 14.DNA ja valkude hübridiseerimine, ülekanne 15.Transposoonide ehitus, koostis transposoon (ingl. Transposon)- DNA-element, mis võib liikuda (transponeeruda) DNA-molekuli ühest osast teise või eri DNA- molekulide vahel. Tn9 koosneb kahest samasuunalisest IS1-elemendist, mis
(rhodamiin) normaalse DNA võrdluses. Meetod detekteerib vaid mittebalanseeritud muutusi. Erinevalt värvitud DNA'd segatakse, lisatakse cot-1 DNA'd (et alla suruda korduvaid DNA järjestusi). Segu hübridiseeritakse normaalsete metafaasi kromosoomidega. Värvingust on seejärel aru saada, mis osad on puudu või juures. Teiste sõnadega: Võtad normaalse genoomi (näiteks miljoni raku oma), värvid ühe värviga. Võtad vähikahtlusega proovi, eraldad genoomse DNA, värvid teist värvi, lisad cot-1 DNA, mis hoiab ära mittespetsiifilise hübridiseerumise, korduvad järjestused. Selle seguga värvid normaalse karüotüübi. Vähirakkudes on suured deletsioonid/duplikatsioonid, mistõttu haige ja terve DNA hübridiseerumisel tekivad ülejäägid, kui mõlemat täpselt samapalju panna. Üleliigsetest osadest jääb värvi üle, puudujääkide korral ei värvita kogu normaalset karüotüüpi ära. Nii saab teada,
§ Sageli vaja polüproteiin lõigata lühemateks funktsionaalseteks valkudeks. HIV viiruse vabanemine Viiruste vabanemine rakust § Vabanemine (release) - valmis nukleokapsiidid (virionid) vabanevad rakust. Kaks moodust. § Lüütilised viirused - rakk laguneb ja virionid pääsevad välja; § Envelope'ga viirused - toimub pungumine (budding) omandavad lisaks veel välisümbrise tungimisel läbi rakumembraanide, makroorganismi rakud võivad hukkuda või ka mitte. Genoom § Genoomse DNA molekulmass kõigub 1.5x106 (parvoviirused) kuni 200x106 (rõugeviirus). RNA molekulmass ulatub 2x106 (pikornaviirused) kuni 15x106 (reoviirused). § Nn. "+"-RNA viiruste ilma kapsiidita RNA on infektsioosne, sest see käitub kui mRNA, mille alusel sünteesitakse uute virionide ehituslikke osi. "" RNA viiruste RNA pole infektsioosne. Klassifikatsioon § Hierarhiline klassifikatsioon (selts > sugukond > alamsugukond > perekond > liik > tüvi/tüüp)
dominantseks tunnuseks.Võib esineda ka astmeline dominantsus (A¹>A²>A³), mis on iseloomulik polüalleelsusele.Dominantsuse vastandnähtus on retsessiivsus. Alleel on sama geeni erinev esinemisvorm, üks kahest või mitmest alternatiivsest geenivariandist, mis asuvad populatsiooni isendite homoloogiliste kromosoomide samas lookuses ja toimivad sama tunnuse kujunemisele, tekitades selle eri vorme või avaldumisastmeid. Tänapäeval kasutatakse alleelide mõistet laiemas tähenduses: mis tahes genoomse lookuse alternatiivne vorm. Retsessiivsus on geneetikas ühe tunnuse (alleeli) varjuvus tunnusepaaris (alleelipaaris) heterosügootse genotüübi puhul.Retsessiivne tunnus (sealhulgas defekt, haigus) avaldub ainult homosügootsuse (alleelipaari-aa) korral. Retsessiivsus saab avalduda ainult dominantsuse puudumisel. Retsessiivsus on dominantsuse vastandnähtus. 7. Geenide koostoime- Geenide koostoime: Komplementaarsus kahe geeni koosmõjul moodustub täiesti uus tunnus.
Seitsmekümnendate alul eelkõige tänu Motoo Kimura populatsiooniteoreetilistele töödele tekkinud neutralistlik evolutsiooniteooria tekitas uue pöörde loodusliku valiku ja mutatsionismi vahekordade mõistmisel ning geenide kloneerimise, sekveneerimise ja amplifitseerimise meetodite leiutamine ja võimalus juba eelnevalt Zurkerkandli ja Paulingu poolt postuleeritud molekulaarse kella idee kasutamiseks fülogeneesi rekonstruktsioonil, muutsid pildi täielikult. Uusi terviklikke genoomse DNA järjestusi (esialgu küll mikroorganismide tasandil, kuid kohe-kohe ka enamal) tuleb juba ridamisi - kolossaalne toormaterjal evolutsiooniprotsesside mõistmiseks. Ja lisaks muidugi veel teised tasandid - molekularbioloogia arsenaliga realiseeritav "evolutsioon katseklaasis" ühelt poolt ja hoopis sõltumatu areng koosluste ja keskkonnatingimuste mõju mõistmiseks - need on tänapäeva evolutsiooniteooria elusad võrsed.
muutu. Seevastu aga vahetatakse pika ahela konstantne osa (C) aktiveeritud B-lümfotsüüdil vähemalt üks kord välja (nn. isotüübivahetus), et nakkuse iseloomu ja asukoha põhjal anda edukamat immuunvastust. Esialgu toodavad imetaja B-lümfotsüüdid IgM tüüpi antikehi, mille koosseisus on konstantne ala Cμ. Isotüübivahetuse korral toimuvad DNA ümberkorraldused, mille tagajärjel eemaldatakse mingi B-raku genoomse DNA-lõik ning antikeha muutliku osa kodeeriva regiooniga (VDJ) liitub üks järgmistest konstantse osa geenidest. Cδ liitumise puhul hakatakse tootma IgD tüüpi antkehi, Cγ puhul toodetakse IGg, Cη puhul IgE, Cα puhul IgA tüüpi antikehi. Antikeha toimib esmalt B-lümfotsüüdi pinnal retseptorina - mitteproduktiivne ühinemine Varajased pro-B rakud (toimub H-ahela rekombinatsioon)--D-J rekombinatsioon mõlemas kromosoomis
homoloogiliste piirkondadega kromosoomis. FISH-i abil on demonstreeritud näiteks kordusjärjestuse TTAGGG paiknemine telomeerides. DNA tsentrifuugimisel CsCl gradiendis on võetud kasutusele mõiste "satelliit-DNA". Satelliit-DNA puhul on tegemist kordusjärjestustega, mille A:T ja G:C paaride suhe erineb oluliselt ülejäänud genoomi A:T ja G:C paaride suhtest. Sellised DNA-d sukelduvad võrreldes ülejäänud genoomse DNA fragmentidega CsCl gradienti erinevalt (A:T paaride-rikas DNA on väiksema tihedusega kui G:C paaride-rikas DNA) ning seetõttu on tsentrifuugitopsis lisaks põhilisele DNA fraktsioonile eristatavad veel diskreetsed minoorsed fraktsioonid. Neis sisalduvat DNA nimetatakse satelliit-DNA-ks. Näiteks hiirel on isoleeritud satelliit-DNA, mis hiljem in situ hübridisatsiooni abil lokaliseeriti heterokromatiini regiooni tsentromeeride kõrvale. Hiire
homoloogiliste piirkondadega kromosoomis. FISH-i abil on demonstreeritud näiteks kordusjärjestuse TTAGGG paiknemine telomeerides. DNA tsentrifuugimisel CsCl gradiendis on võetud kasutusele mõiste "satelliit-DNA". Satelliit-DNA puhul on tegemist kordusjärjestustega, mille A:T ja G:C paaride suhe erineb oluliselt ülejäänud genoomi A:T ja G:C paaride suhtest. Sellised DNA-d sukelduvad võrreldes ülejäänud genoomse DNA fragmentidega CsCl gradienti erinevalt (A:T paaride-rikas DNA on väiksema tihedusega kui G:C paaride-rikas DNA) ning seetõttu on tsentrifuugitopsis lisaks põhilisele DNA fraktsioonile eristatavad veel diskreetsed minoorsed fraktsioonid. Neis sisalduvat DNA nimetatakse satelliit-DNA-ks. Näiteks hiirel on isoleeritud satelliit-DNA, mis hiljem in situ hübridisatsiooni abil lokaliseeriti heterokromatiini regiooni tsentromeeride kõrvale. Hiire
annaabi.ee 
