TRANSKRIPTSIOON GEENI EKSPRESSIOONI REGULATSIOON 1. Andke seletus järgmistele mõistetele või terminitele: a. Transkriptsioon - DNA kodeerimine RNA-ks b. Operon - geneetilise ekspressiooni ühik, mis koosneb ühest või enamast geenist ning operaator- ja promootorjärjestusest, mis reguleerivad nende transkriptsiooni | ühe metaboolse raja geenid kromosoomis, mis on grupeerunud klastriteks c. Promootor - DNA järjestus, mis koosneb ~40bp piirkonnast d. mRNA protsessing transkriptsioonijärgne RNA molekulide töötlemine e. Enhanser lühike osa DNA-st, mis seob omavahel proteiinid, mida nimetatakse aktivaatoriteks. f
Travers ja Burgess'i järgi lahkub sigma faktor ensüümist kohe, kui ta on transkriptsiooni initseerinud ja vaba faktor võib seonduda teise polümeraasiga ja initseerida transkriptsiooni teises kohas. Kuid Elbright on hiljem väitnud, et ei lahku ensüümist vaid muudab seondumist initsiatsiooni ajal ja elnogatsioonil. Nii sigma pendeldab tiheda sideme vahel initsiatsioonis ja tugeva sideme vahel elongatsioonil. (Tõlge Wikipediast). 4. Defineeri prokarüootne operon. Kirjelda geeni aktivatsiooni protsessi prokarüoodis trp või lac operoni näitel. Operon on geneetilise materjali funktsionaalne ühik, mis koosneb kimbust geenidest, mis on kõik allutatud ühele regulatoorsele signaalile või promootorile. Geenid transkribeeritakse koos mRNA ahelasse. E. coli genoomi trp operon sisaldab viit geeni, mis kodeerivad trüptofaani sünteesiks vajalikke valke. Startsaidi lähedal asuv kontroll-ala reguleerib kogu operoni transkriptsiooni
Geeni regulatsioon prokarüootidel: lac Operon E. coli trp operon E. coli 1. Regulatiivsed geenid Kontrollivad rakkude kasvu ja paljunemist Ekspressiooni reguleeritakse vastavalt raku vajadusele ja keskkonna poolt, ei ole pidev) 2. Konstitutiivsed geenid Ekspresseeritakse pidevalt "Housekeeping" geenid (vajalikud valgu sünteesiks ja glükoosi ainevahetuseks Kõiki geene reguleeritakse teatud tasemetel Operon Geenide klaster, mis reguleeritakse üheskoos ja mis vastutab ühe metaboolse ahela eest · Sisaldab::
8. Mis on faktori funktsioon? Mis juhtub faktoriga initsiatsiooni lõppedes? Initsiatsioonifaktor, mis tunneb e. coli's ära promootoris järjestuse -10-35 regiooni vahel. Vajalik RNA polümeraasi spetsiif. seondumiseks promootoralale, transkriptsiooni avatud kompleksi moodustumine. Ilma faktorita on alguses RNA-pol. inaktiivne. Faktor vabaneb pärast esimese 10 nukleotiidi sünteesi. 9. Defineeri prokarüootne operon. Kirjelda geeni aktivatsiooni protsessi pro-karüoodis trp või lac operoni näitel. Funktsioneeriv üksus, nukleotiidne järjestus sisaldab: *operaator DNA lõik, mis aktiv/inhib strukt. geene; sinna seostuvad aktivaator/repressor *promootor RNA-pol seondumiskoht + initsiatsioon *struktuurne geen sellelt toodetakse mRNA *regulaatorgeen st. repressor, mis kodeerib regulaatorvalgu, mis seondudes operaatoriga takistab transkriptsiooni.
7.1 Mis on operon? Operon – transkriptsiooni ühikud, milles olevad geenid on kõik ühise regulatoorse signaali või promootori kontrolli all. Need kodeerivad valke kas ühiskoos või järjestikus. Need on ühendatud kas ühe või mitme promootoriga, mis laseb neid paremini reguleerida. Operon algab ja lõpeb regulatoor- aladega (promootor ja terminaator). Lisaks igas ühikus võib esineda oma promootor/terminaator.
Lactosestoffwechsels · Effektor dringt ein -> die Lactosemoleküle lagern an den Repressor an Repressor ändert Raumstruktur, löst sich von der DNA ab und inaktiviert · RNA-Polymerase transkribiert die Gene des Lactosestoffwechsels · Transkribierten Enzyme spalten die Lactose in Glucose und Galactose -> werden im Stoffwechsel weiterverwertet Operator + die von ihnen kontrollierten Gene = Operon (Funktionseinheit) Endprodukt-REPRESSION · Negative Rückkopplung bewirkt · Ein inaktives Repressorprotein wird erzeugt -> in · m-RNA transkribiert, diese dann translatiert · Tryptophankonzentration steigt in der Zelle an, bis Tryptophanmolekül mit Repressorprotein in Kontakt kommt und bindet · Repressor -> ändert Raumstruktur, wird aktiviert, lagert sich an seinen Operatoren an · Tryptophanoperon -> wird blockiert, transkription der
energiat. GEENI EKSPRESSIOONI REGULATSIOON 1)Transkriptsiooni kontroll; 2)RNA töötlemine (protsessing): Polünukleotiidahela splaising (pleissimine); Nukleotiidse järjestuse (nn capi) lisamine 5' otsa; Polüadenüleerimine; 3)RNA transpordi kontroll (transportvalkude abil); 4)Translatsiooni kontroll. 5)RNA degradatsiooni reguleerimine; 6)Valgu post-translatsiooniline modifitseerimine (aktiivsuse reguleerimine). VALGU BIOSÜNTEESI REGULATSIOON TRANSKRIPTSIOON TASEMEL - Laktoosi operon e lac operon kui "negatiivse kontrolli" näide. Operon lähedaste funktsioonidega geenide rühm, mille transkriptsioon ja reguleerimine toimub ühtse blokina; tüüpiline prokarüootsetele rakkudele. Lac operon sisaldab kolme laktoosi metaboliseerimiseks vajalikku valku (ensüümi) kodeerivat struktuurgeeni: ß-galaktosidaas e laktaas, laktoosi permeaas, tiogalaktosiidi transatse tülaas (siin atsetülaas). Regulaatorgeen kooderib valku, mis lac operonis toimib kui repressor
iseärasusest, olla tingitud keskkonnateguritest või mõlema koosmõjust. 34. Geeniekspressiooni regulatsioon, sarnasused ja erinevused prokarüootidel ja eukarüootidel Eukarüootidel: • Regulatoorsed valgud on transkriptsioonifaktorid (TF). • TF seostudes teiste geenide cis elementidega reguleerivad nende geenide ekspressiooni: “trans-acting” faktorid. Prokarüootidel: • Operon koosneb: struktuurgeenid, promootor, operaator (DNA järjestus, millele seostub repressorvalk, et kõrvalpaiknevate struktuurgeenide transkriptsiooni inhibeerida) ja muud regulatoorsed järjestused • Regulatoorsed valgud on sigma-abifaktor: soodustab RNA-Pol seostumist kindlatele DNA järjestustele, aktivaator: seostub DNAga, soodustab transkriptsiooni initsiatsiooni, repressor: seostub operaatoriga ja takistab initsiatsiooni = negatiivne regulatsioon.
Samas kohas lahknevad DNA ahelad ja tekib replikatsioonikahvel. 11. Kus esineb rõngasreplikatsioon? Bakteriofaagides ja plasmiidides. Eriti tähtis on see replikatsioonimehhanism autonoomselt paljunevates plasmiidides. 12. Kuidas kontrollitakse bakterirakus geeniekspressiooni? Replikatsiooni tasemel (vananemine, generatsiooniaeg, molekulaarne kell) Transkriptsiooni tasemel – bakterites peamine kontrollmehhanism, kõige tähtsam on operon Ensüümide aktiivsuse kaudu 13. Millistesse gruppidesse jagatakse bakteri geenid nende ekspressiooni regulatsiooni alusel? KONSTITUTIIVSED GEENID – need on kogu aeg ekspresseeritud, vastutavad ribosoomide sünteesi, replikatsiooni, transkriptsiooni ja tsentraalse metabolismi eest INDUTSEERITAVAD GEENID – aktiveeruvad substraadi ilmumisel keskkonda (lac operon); ehk aktiveeritakse siis, kui vaja läheb
Cappimine- Kui RNAPolII on jõudnud sünteesida uuest transkriptist 25-30 nukleotiidi, siis 7metüülguanosiin ja teised 5'cap komponendid on juba mRNAde 5' otsa küljes. Seda algset staadiumi RNA protsessingus katalüüsib dimeerne capping ensüüm, mis seostub RNAPolII fosforüülitud CTDgaPolI- sünteesib ribosomaalset RNAd. CTD saba polII´l karboksüterminaalne domään, PolII- võib reguleerida väikesi tuuma RNAsid.PolII omab forforüleerivat karboksüterminaalset domääni.Osaleb lühikeste RNAde sünteesis( U6, 7s) Poly(A) saidid- elemendid ( konkreetsed järjestused) mille peale istub RNA sünteesi lõpetav/termineeriv kompleks lisatakse u 200bp adeniini saba. Pre-mRNA- 5'müts, eksonid, intronid, kaitsev 3' saba millel Poly(A) järjestus. Pre-mRNA allutatakse splaissingule-tekib küps mRNA mille tunnuseks on 5' cap ja 3' saba. RNProteins tunnevad ja detekteerivad RNAd tekib RNParticle. AG reegel- Ülavoolu: Int...
eksperimentaalselt eristada cis-trans- või komplementatsioonitestiga. • Speiser on mittekodeeriva DNA lõigud, mis asuvad tandem-korduvate geenide vahel. • Mobiilne DNA on DNA järjestused, mis võivad liikuda genoomis, muutes nende koopiate arvu või lihtsalt muutes nende asukohta, mõjutades sageli läheduses olevate geenide aktiivsust. Nende hulka kuuluvad DNA-st ülekantavad elemendid, plasmiidid ja bakteriofaagi elemendid. • Operon on genoomse DNA funktsionaalne ühik, geenide kogum, milles olevad geenid on kõik ühise regulatoorse signaali või promootori kontrolli all. • Operaator on struktuurigeenide avaldumist kontrolliv operoni osa. • Polütsistroonne RNA on opeonilt sünteesitud RNA-molekul. • Promootor on nukleotiidijärjestus, millega seonduvad transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas, et initsieerida transkriptsiooni.
Operoni mRNA liiderjärjestuses on 4 regiooni, mille baasil võivad moodustuda alternatiivsed sekundaarstruktuurid. Regioonide 3 ja 4 paardumisel moodustub rho-sõltumatu transkriptsiooni terminaator. Omavahel võivad paarduda ka regioonid 1 ja 2 või 2 ja 3. Just regioonide 2 ja 3 paardumine takistab teminaatorstruktuuri moodustumist. Milliste regioonide baasil juuksenõelastruktuurid moodustuvad, sõltub sellest, kui palju on rakkudes trüptofaani. Operon kodeerib liiderpeptiidi, milles asuvad nn. kontrollkoodonid, antud juhul Trp koodonid. Trüptofaani defitsiidi korral peatub translatsioon kontrollkoodoni kohal ja liider-RNA-s paarduvad regioonid 2 ja 3. Regioonide 3 ja 4 omavaheline paardumine on takistatud. Selle tulemusena trp operoni transkriptsioon jätkub. Kui aga rakus on piisavalt trüptofaani, peatub ribosoom alles liiderpeptiidi kodeeriva mRNA lõpus,
diferentseerumise, morfogeneesi, paindlikkuse ja kohastumise aluseks. 34. Geeniekspressiooni regulatsioon, sarnasused ja erinevused prokarüootidel ja eukarüootidel. Eukarüootidel: • Regulatoorsed valgud on transkriptsioonifaktorid (TF). • TF seostudes teiste geenide cis elementidega reguleerivad nende geenide ekspressiooni: “trans- acting” faktorid. Prokarüootidel: • Operon koosneb: struktuurgeenid, promootor, operaator (DNA järjestus, millele seostub repressorvalk, et kõrvalpaiknevate struktuurgeenide transkriptsiooni inhibeerida) ja muud regulatoorsed järjestused • Regulatoorsed valgud on sigma-abifaktor: soodustab RNA-Pol seostumist kindlatele DNA järjestustele, aktivaator: seostub DNAga, soodustab transkriptsiooni initsiatsiooni, repressor: seostub operaatoriga ja takistab initsiatsiooni = negatiivne regulatsioon.
diferentseerumise, morfogeneesi, paindlikkuse ja kohastumise aluseks. 34. Geeniekspressiooni regulatsioon, sarnasused ja erinevused prokarüootidel ja eukarüootidel. Eukarüootidel: · Regulatoorsed valgud on transkriptsioonifaktorid (TF). · TF seostudes teiste geenide cis elementidega reguleerivad nende geenide ekspressiooni: "trans- acting" faktorid. Prokarüootidel: · Operon koosneb: struktuurgeenid, promootor, operaator (DNA järjestus, millele seostub repressorvalk, et kõrvalpaiknevate struktuurgeenide transkriptsiooni inhibeerida) ja muud regulatoorsed järjestused · Regulatoorsed valgud on sigma-abifaktor: soodustab RNA-Pol seostumist kindlatele DNA järjestustele, aktivaator: seostub DNAga, soodustab transkriptsiooni initsiatsiooni, repressor: seostub operaatoriga ja takistab initsiatsiooni = negatiivne regulatsioon.
tsütoskelett jne) housekeeping geenid; 2) muutuva tasemega (induktsioon ja repressioon) mõnede geenide ekspressiooni tase muutub vastavalt vajadusele: vastavalt välistele signaalidele või raku enda arengulisele programmile. Regulatoorsed elemendid geeni ekspressiooni reguleeritakse mitmel eri tasandil. Transkriptsiooni initsiatsioon on üks tähtsamaid Transkriptsiooni reguleerivad: Kindlad DNA järjestused-prokarüootidel : operon koosneb struktuurigeenidest, promootorist (DNA järjestus, millele RNA polümeraasseostub ja initsieerib transkriptsiooni), operaatorist (DNA järjestus, millele seostub repressorvalk, et kõrvalpaiknevate struktuurgeenide transkriptsiooni inhibeerida) ja muudest regulatoorsetest järjestustest. DNA järjestusi, mis mõjutavad oma läheduses asuvategeenide ekspressiooni nimetatakse cis-acting elementideks. Regulatoorsed valgud- prokarüootidel : sigma-abifaktor( soodustab RNA
Nukleosoom koosneb umbes 147 aluspaarist [3] DNA-st, mis ümbritseb 1,67 tiiru ulatuses histoonide oktameeri. Histoonide oktameer koosneb neljast histoonist, mida esineb kahes koopias: H2A, H2B, H3 ja H4. Kõrvutiolevad nukleosoomid on ühendatud vaba DNA lõiguga, mida nimetatakse linker-DNA-ks (selle pikkus on 10–80 aluspaari, olenevalt liigist ja koetüübist). [12] Nukleosoome on võimalik elektronmikroskoobiga näha interfaasi ajal. 15. Operoni struktuur operon (ingl. Operon)- Grupp geene, mis moodustavad ühtse regulatoorse või kontrollüksuse. Üksus koosneb operaatorist, promootorist ja struktuurgeenidest. Omased prokarüootidele. Operoni üldine struktuur: Promootor – nukleotiidne järjestus, mis võimaldab geenide transkriptsiooni. Promootori tunneb ära RNA polümeraas, mis seejärel alustab transkriptsiooni. RNA sünteesi puhul näitavad promootorid, milliseid geene peaks kasutama mRNA
• Regulatoorsed valgud on transkriptsioonifaktorid (TF). • TF seostudes teiste geenide cis elementidega reguleerivad nende geenide ekspressiooni: “trans-acting” faktorid. Lac ja Trp operonid, nende reguleerimise sarnasused ja erinevused. lac operonil on nõrk promootor (ei vasta konsensusjärjestusele), madala basaalse ekspressioonitasemega. CAP seostumissait (-60 bp). CAP (Catabolite gene activator protein), positiivne regulaator seostub DNAga ja cAMPga. Trp operon trp operon on konstitutiivne, ekspresseerub pidevalt. trp operon kodeerib Trp (aminohape trüptofaan) sünteesiraja 5 ensüümi. trp repressor avaldub, kuid ei seostu ise operaatoriga. Kui [Trp] on kõrgem kui rakul vaja, moodustab repressor kompleksi Trp-ga. See seostub operaatoriga, blokeerides ekspressiooni (ja Trp sünteesi). Cis-elemendid, trans-faktorid. DNA järjestusi, mis mõjutavad oma läheduses paikneva geeni ekspressiooni, nimetatakse “cis-acting” elementideks.
Operoni mRNA liiderjärjestuses on 4 regiooni, mille baasil võivad moodustuda alternatiivsed sekundaarstruktuurid. Regioonide 3 ja 4 paardumisel moodustub rho-sõltumatu transkriptsiooni terminaator. Omavahel võivad paarduda ka regioonid 1 ja 2 või 2 ja 3. Just regioonide 2 ja 3 paardumine takistab teminaatorstruktuuri moodustumist. Milliste regioonide baasil juuksenõelastruktuurid moodustuvad, sõltub sellest, kui palju on rakkudes trüptofaani. Operon kodeerib liiderpeptiidi, milles asuvad nn. kontrollkoodonid, antud juhul Trp koodonid. Trüptofaani defitsiidi korral peatub translatsioon kontrollkoodoni kohal ja liider-RNA-s paarduvad regioonid 2 ja 3. Regioonide 3 ja 4 omavaheline paardumine on takistatud. Selle tulemusena trp operoni transkriptsioon jätkub. Kui aga rakus on piisavalt trüptofaani, peatub ribosoom alles liiderpeptiidi kodeeriva mRNA lõpus, regioonide 2 ja 3 omavaheline paardumine on takistatud ja omavahel saavad
Keemia termodünaamika alused 1. Ideaalse gaasi definitsioon. Ideaalse gaasi olekuvõrrand. Ideaalse gaasi olekufunktsioonid p, T, V, U (siseenergia). Ideaalse gaasi kineetilise teooria alused rõhu, temperatuuri ja siseenergia avaldised osakeste liikumisolekute kaudu. 1) Ideaalne gaas on reaalse gaasi lihtsaim mudel, kus lihtsuse mõttes oletatakse, et : · Molekulidel on lõpmata väikeste elastsete kerakeste omadused · Molekulide liikumine on kulgliikumine · Ideaalne gaas on lõpmatult kokkusurutav · Molekulide vastasmõju seisneb ainult nende omavahelistes elastsetes põrgetes · Ideaalset gaasi pole võimalik veeldada Reaalsed gaasid käituvad ideaalsetena suurtel hõrendustel.; Ideaalne gaas on kõige lihtsam termodünaamiline süsteem. Gaas, mis koosneb täielikult elastsetest punktmassidest (millel pole sisemist struktuuri). 2) Siseenergia on: 1. makrokäsitluses keha või süsteemi energ...
teabe lugejat, on karüoplasmas/tsütoplasmas). Milleks:Teabe talletamiseks kogu elu reguleerimise teave. Ehitus: DNA+histoonid(valgud, mis hoiavad DNA struktuuri ja kaitsevad välismõjude eest, ning reguleerivad DNA kasutamist) nukleosoom on kromosoomi morfoloogiline ühik. Tervikuna: rõngaskromosoomid on nt: bakteritel. Mitokondrites ka rõngaskromosoomid. On ainult üks ja paikneb vabalt tsütoplasmas. Pulkjad kromosoomid päristuumsetel. Paiknevad rakutuumas ja on palju. Operon kromosoomi funktsionaalne ühik korraga loetav osa, Valku kodeeriv osa, Regulatoorne osa, Mõttetu osa. 16. Mitoos - tekib kaks identset rakku (Raku samane jagunemistsükkel). Faasid: Esmane DNAle paralleelahela süntees à nende ahelate lahknemine ning uute rakkude moodustumine. 17.Meioos - Raku jagunemine, mille puhul kromosoomide arv väheneb 2 korda Et seda saavutada vaja, 2 jagunemist: I profaasis toimub ristsiire (crossingover). (sellele eelneb DNA kahekordistumine).
tüüpi perekonnaga. Tsütokroom bo oksüdeerib kinooli (2e -), ning redutseerib molekulaarse hapniku veeks. Lisaks transpordib tsütokroom bo periplasmasse 2H+. Tsütokroom bo-l on kaks kinooni seondumiskohta, madala afiinsusega Q I ubikinooli oksüdeerimiseks ning kõrge afiinsusega QH, mis vahendab elektronide ülekannet heemile. Tsütokroom bo cyo-operoni ekspressioon sõltub hapniku ja energiaallika olemasolust. Anaeroobsetes tingimustes või ka mikroaeroobsetes tingimustes on operon negatiivselt reguleeritud Fnr-ga ning ArcAB kahekomponentse süsteemiga. Mittefermenteeritavate energiallikate korral on cyo-operoni ekspressioon kõrge ning glükoosi olemasolul keskkonnas on ekspressioon madal. 6.2.2. Alternatiivsed komponendid Alternatiivsed dehüdrogenaasid NADH-dehüdrogenaas II (ndh) on membraaniseoseline valkude kompleks, mis sarnaselt NDH-I-ga kannab elektronid NADH-lt ubikinoonile. Erinevalt NDH-I-st ei osale NDH-II prootongradiendi loomisel. NDH-II on
1 Üldbioloogia. 1.-2. SISSEJUHATUS BIOLOOGIA tegeleb elu uurimisega. Oma metodoloogiliselt olemuselt füüsika-keemia ja sotsiaalteaduste vahel. Eluteadus areneb pidevalt, teaduse ja tehnoloogia areng toetavad teineteist. Elu on kompleksne ja organiseeritud. Elule on omane kodeeritud teabe kasutamine ( elutud kristallid "kasutavad" kasvamiseks vahetut teavet). Erinevate ühikute koostoimes silutakse võimalikud keskkonna hävitavad kõikumised, mis hävitaksid üksikud seostumata elemendid (DNA-valgud; aktiivsed-passiivsed geenid). Kompekssuse tõttu on elu kirjeldamisel võimalik kasutada parallelselt ja põimuvalt erinevaid klassifikatsioone (nt. organisme võib klassifitseerida biosüstemaatikast või ökonisist lähtuvalt). Elu põhineb elusorganismidel. Väljaspool organisme esinevad elu nähtused vaid ajutiselt ja passiivselt. ELUSORGANISMIDE peamised tunnused: 1. Paljunemine: õ...
- Viiruse dsdNAlt sünteesitakse viiruse dsDNA mis integreerub raku DNAga - Viiruse dsDNAlt sünteesitakse viiruse ssRNA mis liigub peremeesraku tsütoplasmasse kus teda transleeritakse ja kasutatakse uute viirusoskaeste assambleerimisel - Viirusosakesed väljutatakse rakust ja kaetakse rakumembraaniga 54.Operoni struktuurkomponendid - Operon – grupp geene mis moodustuvad ühtse regulatoorse või kontrollüksuse. Üksus koosneb operaatiorist, promootorist ja struktuurgeenidest. Omased prokarüootidele Struktuurkomponendid - Promootori 2 osa - Promootor ja operaator kattuvad osaliselt - Operaatorijärgsed piirkonnad - Terminaatorjärjestused 55.Positiivne geneetiline kontroll 1) Promootori tasemel (ees) - Süsteemi algolek suletud
Pärast kolmanda nukleotiidipaari lisandumist taastub geenis geneetilise informatsiooni lugemisraam. Esimese ja kolmanda nukleotiidipaari lisandumise (punktmutatsiooni) vahele jääv geeni ala määrab mutantsed aminohapped. Väikese ulatusega mutantsel lõigul ei pruugi olla mõju valgu funktsiooni avaldumisele. Modifikatsioonid o Prokarüoodid Liitgeen e. operon Transkriptsioon ja translatsioon samaaegselt Prokarüootidel toimub nii transkriptsioon kui ka translatsioon järjestikuliselt – need pole ajas ja ruumis lahutatud protsessid. o Eukarüoodid RNA protsessing (tuumas) 5´-müts 3´-polü-A saba Katkelised geenid Intronid ja eksonid
1) siRNA – small interfering RNA – pärineb pikkadest kaheahelalistest RNA-dest või on tegemist viirusega. Seondub translatsiooni reguleerijana. Seondub ja RNA lagundatakse ära. 37 2) micRNA – microRNA – väikesed genoomis kodeeritud RNA-d. Suudavad modifitseerida DNA-d ja vaigistab geeni. PTGS – post-translational gene-silence Translatsiooni tasemel regulatsioon prokarüootides - ribosoomi valkude sünteesi regulatsoon - spc operon - kõik valgud on ühe mRNA peal. Üks operoni valkudest kontrollib translatsioon aktiivsust (operon = ribosoomi valk). S4 seostub iseenda mRNA-ga ja võib seda 16S rRNA-ga teha, kui seda on piisavalt. Kui toimubki seostumine mRNA-ga → pidurdab translatsioon - kui esimese tsistroni translatsioon blokeerida, pidurdub ülejäänud süsteem - α-operon sisaldab: RNA polümeraas + α-subühiku geenid - AB – valgusünteesi inhibiitorid -
1. Transformatsioon - geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakku isoleeritud DNA abil. Transformatsioon võib toimuda ka looduslikes tingimustes. Sel juhul kandub elusrakkudesse surnud rakkudest vabanenud DNA. Transkriptsioon ümberkirjutamine, DNA ühe ahela alusel komplementaarse RNA molekuli süntees. Translatsioon mRNA põhjal ribosoomides valguahela sünteesimine ehk lihtsamalt öeldes valgu süntees. (RNA alusel valgu süntees tsütoplasmas paiknevatel ribosoomidel.) Translatsiooniprotsess loob geneetilise koodi ehk vastavuse mRNAde nukleotiidahelate ja valkude polüpeptiidahelate vahel. 2. Initsiatsioon prokarüootidel: transkriptsioon algab sellega, et protsessi läbiviiv ensüüm RNA polümeraas kinnitub struktuurgeenide ees asuvas promootoris sisalduvatele transkriptsiooni algussignaalidele. RNA polümeraas ei vaja transkriptsiooni initsiatsiooniks praimerjärjestust nagu seda vajas DNA polümeraas. Promootori pi...
the cohesin complex that mediates sister chromatid cohesion after DNA replication as well as coordinating sister chromatid separation during anaphase. In this chromatin, the normal histone H3 is replaced with a centromere-specific variant, CENP-A in humans. 5. Peamine erinevu prokarüootse ja eukarüootse mRNA vahel. (1p) The mRNAs of many bacteria and bacteriophages are polygenic or polycistronic. A polycistronic mRNA is transcribed by the several structural genes of an operon. It contains several sites for initiating and terminating polypeptide synthesis. On the other hand all known eukaryotes have only one site for initiation of protein synthesis. Thus eukaryote mRNAs are monocistronic. In most bacterial mRNAs translation begins while the mRNA is still being transcribed on DNA. In eukaryotes the mRNA transcribed on the chromosomes passes through the nuclear pores into the cytoplasm. Here it forms complexes with ribosomes, which synthesize proteins. Thus translation
Vesilahused, mille pH ei muutu väikese koguse happe või aluse lisamisel. Enamik puhvreid koosnevad nõrgast happest ja tema soolast. Bioloogiliste süsteemide puhverdusvõime. Ühe pH ühiku piires nende pKa ümbruses. 6. Bioloogilistele süsteemidele iseloomulikud energiavormid. Algne energia pärineb 99,9% fotosünteesist. ATP hüdrolüüs on tavalisim energiaallikas bioloogilistes süsteemides. GEEN, GENOOM JA KROMOSOOM 1. Prokarüootse geeni struktuur. Ei sisalda introneid. Operon. Prokarüootidel geneetilise ekspressiooni ühik, mis koosneb ühest või enamast geenist ning operaator- ja promootorjärjestusest, mis reguleerivad nende transkriptsiooni. Geenide klaster, mis moodustab bakteriaalse operoni, sisaldab ühe transkriptsiooniühiku, kuna ühelt promootorilt transkribeeritakse üks primaarne transkript. Teisiti öeldes on geenid ja transkriptsiooniühikud prokarüootides tihtipeale üksteisest eristatavad. 2. Prokrüootsed kromosoomid. Rõngaskromosoomid
Geneetika I kordamisküsimused (2012) 1. Molekulaargeneetika põhimõisted (mis on DNA, RNA, aminohapped jne) DNA -desoksüribonukeliinhape, kannab edasi pärilikku infot. Koplementaarsus ja antiparalleelsus- 5´ 3´ Sekundaarstruktuur- iga ahela täispööre e suur vagu(10 nukleotiidi), vahemaa N-aluste vahel e. väike vagu. RNA- ribonukeliinhape, viib läbi valkude sünteesi, geneetilised regulatsiooni protsessid RNA-analüüsi kasutatakse diagnostikas palju vähem, kuna RNA on palju ebastabiilsem (nii säilitamise, kui analüüsi suhtes). Vajadusel (RNA-viiruste analüüs) kasutatakse näiteks revertaasi polümeraas mis sünteesib RNA pealt DNA. Valgud- koosnevad ah, nende kaudu jõuab pärilik info tunnustesse Replikatsioon, transkriptsioon, translatsioon- matriitssüsteemireaktsioonid Nukleosiid- suhkur + lämmastikalus Nukleotiid- suhkur+ lämmastikalus+ fosfaatrühm ( lisaks nukleiinhappe mood. On teisi ül: ATP, koensüümide koostises...
code to stop transcription / ref to disengagement RNA polymerase ; 2 max (ii) transcription halted early / AW ; protein will, be smaller / have fewer amino acids ; tertiary structure / 3D shape different ; binding / affinity, different ; protein inactive ; 3 max ref to lac operon ; (iii) ref to, promoter / operator / ‘on’ switch ; allele T is regulator ; (protein) binds to DNA ; (protein) binds to repressor and prevents it binding to DNA ; allows RNA polymerase to bind ; AVP ; e.g. enzyme affecting transcription 2 max (d) (i) tt + T / AW, increases number of tillers per plant ;
seal regioonis ning see peatab RNA polümeraasi. 60. Võrrelge eukarüootsete ja prokarüootsete geenide struktuuri. Eukarüootse RNA transkriptsioonijärgne modifikatsioon. Eukarüoodil eksonite (kodeerivad alad) vahel on mittekodeerivad alad (intronid). Peale transkriptsiooni lõigatakse tuumas intronid välja ning viiakse eksonitega RNA tsütoplasmasse (splaissing). Prokarüoodil geenid on koos, transkripteeritakse korraga - operon 61. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel. Alternatiivne splaissing lõigatakse välja ka osa eksoneid, tekivad erinevate osadega valgud · tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse splaissingu endonukleaas ja eksoneid sisaldavad RNA segmendid ühendatakse splaissingu ligaasi abil · osade rRNA prekursorite puhul kõrvaldatakse intronid autokatalüütiliselt · rakutuumas asuvate pre-mRNA molekulide splaissing toimub kaheetapiliselt
31.Geeniekspressiooni regulatsioon, sarnasused ja erinevused prokarüootidel ja eukarüootidel. http://et.wikipedia.org/wiki/Geeniekspressioon Eukarüootidel: · Regulatoorsed valgud on transkriptsioonifaktorid (TF). · TF seostudes teiste geenide cis elementidega reguleerivad nende geenide ekspressiooni: "trans- acting" faktorid. Ühisjooned: · Polütsistroonsed geenid, st mitmed sarnase funktsiooniga geenid on paiknevad koos ja reguleeritakse ühiselt --- operon. · Geeni regulatsioon on peamiselt negatiivne, vahendatud repressorvalkude kaudu. Alles induktori seostumine repressoriga inaktiveerib viimase ja võimaldab ekspressiooni. POWERPOINT: regulatsioon 32. Lac ja Trp operonid, nende reguleerimise sarnasused ja erinevused POWERPOINT: regulatsioon 33. Cis-elemendid, trans-faktorid POWERPOINT: regulatsioon 34. DNA-valk interaktsioonid
Mida tähendab fingerprintimine. See on mikrosatelliitse kordus DNA määramine. Mikrosatelliidid on kiiresti muteeruvad mittekodeerivad DNA lõigud, mis koosnevad tandeemselt korduvatest nukleiididest. Kuna nad muteeruvad suhteliselt kiiresti, siis populatsioonid erinevad korduste arvu poolest. Esmalt koguti üle Aafrika eri elevantide fecest, eraldati sealt DNA ja määrati referents proovid. Seejärel eraldati spetsiaalse meetodiga salakaubana konfiskeeritud elevandiluust DNA ja võrreldi mikrosatellitide korduseid referntsiga. Genotüüp = organismi geenide (alleelide) kogum Fenotüüp = organismi tunnuste kogum Monohübriidne = kahe erineva homosügoodi ristamine (erinevad tunnused) Vastastikune ristamine (retsiprookne) = tunnused vahetatakse ristamiseks erinevatel sugupooltel (kui tulemus ei muutu, siis tunnus ei ole seotud sooga) Dihübriidne ristamine = ristatakse kahe tunnuse suhtes erinevaid homosügoote F1 x F1 ristamine: Mendel avastas, et t...
31.Geeniekspressiooni regulatsioon, sarnasused ja erinevused prokarüootidel ja eukarüootidel. http://et.wikipedia.org/wiki/Geeniekspressioon Eukarüootidel: · Regulatoorsed valgud on transkriptsioonifaktorid (TF). · TF seostudes teiste geenide cis elementidega reguleerivad nende geenide ekspressiooni: "trans- acting" faktorid. Ühisjooned: · Polütsistroonsed geenid, st mitmed sarnase funktsiooniga geenid on paiknevad koos ja reguleeritakse ühiselt --- operon. · Geeni regulatsioon on peamiselt negatiivne, vahendatud repressorvalkude kaudu. Alles induktori seostumine repressoriga inaktiveerib viimase ja võimaldab ekspressiooni. POWERPOINT: regulatsioon 32. Lac ja Trp operonid, nende reguleerimise sarnasused ja erinevused POWERPOINT: regulatsioon 33. Cis-elemendid, trans-faktorid POWERPOINT: regulatsioon 34. DNA-valk interaktsioonid
Mõnedel geenidel on Initsiaatoriga promootorid ja teistele on iseloomulikud CpG (saarekestega) promootorid. 16. Mis on sigma faktori funktsioon? Mis juhtub sigma faktoriga initsiatsiooni lõppedes? See on prokarüootne transkriptsiooni initsiatsiooni faktor, mis võimaldab RNA polümeraasi spetsiifilist kinnitumist geeni promootoritele. RNA polümeraas seob sigma faktori et moodustada RNA polümeraasi holoensüümi kompleksi. 17. Defineeri prokarüootne operon. Kirjelda geeni aktivatsiooni protsessi prokarüoodis trp või lac operoni näitel. Geenide klaster, mis moodustab bakteriaalse operoni, sisaldab ühe transkriptsiooniühiku, kuna ühelt promootorilt transkribeeritakse üks primaarne transkript. 1 geen = 1 valk, 1 operon = mitu valku. 18. Mis on peamine erinevus prokarüootse mRNA ja eukarüootse mRNA vahel? Enamus eukarüootsetest geenidest kodeerib monotsistroonseid mRNAsid sisaldades pikki introneid. Paljud bakteriaalsed mRNAd on
”Rakubioloogia II” aineprogramm. DNA struktuur ja funktsioonid. Nukleotiidide koostisosad (lämmastikalused, suhkur, fosfaatgrupp). Lämmastikalused puriinid:adeniin,guaniin 2-tsüklilised Lämmastikalused pürimidiinid:uratsiil, tümiin, tsütosiin- ühetsüklilised Suhkur:pentoos-riboos või desoksüriboos Nukleosiid: alus + suhkur (dAMP,dGMP) Nukleotiid: alus 1´ + suhkur + fosfaatgrupp 5´ Keemilised sidemed DNA kaksikheeliksis. Nukleiinhappe teke: fosfodiester sidemetega ühendatud 5´algus 3´ lõpp süsinikega. Uus nukleotiid lisatakse 3´otsa. Nukleotiidide vahel on vesinikside DNA polünukleotiidisete üksikahelate keemiline polaarsus. DNA kaksikahelas olevate polünukleotiidide vastassuunalisus e. Antiparalleelsus- kaksikahel, üks kulgeb 5´3´ ja teine 3´5´ Nukleotiidide komplementaarsuse printsiip- lämmastikaluste võime omavahel seonduda jamoodustada paar A=T(U), G=C DNA kaksikheeliksi suur ja väike vagu- suur vagu 3,4nm, sisaldab 10 nukleo...
from fresh sausages. International Journal of Food Applied and Environmental Microbiology Microbiology 97:277–284. 73:5453–5463. Rebecchi, A., S. Crivori, P. G. Sarra, and P. S. Zuriga M., M. Miralles, and G. Perez-Martinez. 2002. Cocconcelli. 1998. Physiological and molecular tech- The product of arcR, the sixth gene of the arc operon niques for the study of bacterial community develop- of Lactobacillus sakei, is essential for expression of ment in sausage fermentation. Journal of Applied the arginine deiminase pathway. Applied and Microbiology 84:1043–1049. Environmental Microbiology 68:6051–6058. Chapter 10 Starter Cultures for Meat Fermentation Pier Sandro Cocconcelli and Cecilia Fontana
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
