negatiivne spiralisatsioon - kui keerdumine on vastassuunas (vasakule), tekib lõdvem DNA struktuur Eukarüootne DNA on pakitud kromosoomidesse. Imetaja kromosoom on lineaarne DNA molekul, mis on tihedalt pakitud valkude kompleksis. Genoom on organismi kõigi kromosoomide DNA. Eukarütoosed genoomid: Reeglina suur genoom. Umbes 98% genoomist ei kodeeri valkudeks. Kuid osa sellest transkribeeritakse RNA-ks. Vahel nimetatakse “rämps“ DNAks. Inimese genoomne DNA on 3x109 aluspaari. Lisaks nukleaarsele DNA-le esineb ka mitokondriaalne ja kloroplastide DNA. Suur osa genoomist moodustavad kordusjärjestused. Ainult mõni protsent genoomist on kodeeritav valguks. Inimese genoom on pakitud 24 kromosoomi. Eukarüootses rakus on mitmeiid geenide regulatoorseid mehhanisme: sageli rakuvälised stiimulid reguleerivad geenide aktiivsust ka geenilt kodeeritav valk võib otse/kaudselt reguleerida omaenda geeni aktiivsust (nii
levib kehale. Suurenenud lümfisõlmed- peamiselt kõrvade taga ja kuklaosas. Palavik- lastel kerge, täiskasvanutel võib see kujuneda kõrgeks ning vahel kaasneb peavalu. Harva ka liigesevalu, põrna suurenemine, silmade sidekesta põletik , köha ja punetav kurk. Punetiste sümpomiks on õrn roosa lööve, mis laatub aegamööda suurteks laikudeks. Selle tõttu on oht, et haigele pannakse vale diagnoos. Tekitajad See on üheahelaine RNA- genoomne viirus, kuuludes togaviiruste hulka. Inimene on ainuke viiruse reservuaar Viirus levib otsesel kontaktil või piisknakkusena hingamisteede kaudu. Viirus paljuneb hingamisteid katvas epiteelis ning siseneb seejärel vereringesse. Peiteperiood nakatumisest kuni lööbe ilmumiseni on 14-21 päeva. Nakkavus Tõenäosus, et vaktsineerimata isik nakatub punetistesse, on umbes 60%. Nakatumistõenäosus võib ulatuda ka 100%ni, eriti lähedaste, tihedate olmekontaktide korral.
vajalikku faktorit TDF 11.Mis on emaefekt? Selgita, kuidas see toimib? Olukord geneetikas, kui organismifenotüübi määrab tema ema genotüüp sõltumata tema enda genotüübist. Toimub sügoodis ja seisneb ema geenide avaldumine tulemusena ootsüüti siidud mRNA ja valkude toimes regulaatorainetena sügoodi esimestel jagunemistel. 12.Nimeta protsessid, mis põhjustavad epigeneetilisi muutusi genoomis? DNA metüleerimine, histoonide kovalentsed modifikatsioonid, genoomne imprinting, geeni vaigistaminem, X-inaktivatsioon, reprogrammeerimine, emaefekt, kloonimine jne. 13.Millist protsessi kutsutakse kromatiini remodelleerimiseks? Kuidas toimub? Kromatiini ümberkujundaminel DNA ja temaga seotud valkude kompleksi struktuuri muutmine, mis saavutatakse tavaliselt histoonide keemilise modifikatsiooniga transkriptsiooni ettevalmistavas faasis. 2 peamist mehhanismi:
• Iga kromosoom omab tuumas oma “territooriumi“ • Tekivad aktiivse transkriptsiooni keskused Genoomne DNA on tuumas tihedalt pakitud nukleosoomidesse Epigeneetika reguleerib geenide ekspressiooni MicroRNA MicroRNA-d reguleerivad geenide ekspressiooni • MicroRNA (miRNA) molekulid on väikesed üheahelalised RNA molekulid, mis võivad seonduda mRNA- ga ja neid inhibeerida. • miRNA geenid transkribeeritakse RNA molekuliks, mis moodustavad nõelapea struktuure.
inimestele Kardetakse viirustevahelist rekombineerumist – uus tüüp, mille vastu puudub täielikult immuunsus Gripi pandeemia – Hispaania gripp 1918, suri 40 miljonit inimest PB1 – viiruse polümeraas Retroviirused RNA genoomilt sünteesitakse pöördtranskriptaasi (revertaasi) abil DNA, mis integreerub raku genoomi Raku kromosomaalse DNA koostises olevalt viiruse genoomilt toimub RNA süntees: mRNA – viiruse geenide avaldumine genoomne RNA – viiruse genoomi paljundamine AIDS – acquired immune deficiency syndrome 1981. aastal kirjeldati USA-s homoseksuaalsetel meestel immuunpuudulikkusest põhjustatud haruldast kopsupõletiku vormi ja Kaposi
“kanjoni” olemasolu välispinnal. See kanjon on kohaks kus asub raku retseptorit seondav akseptorsait, Aphtho- ja cardioviirustel on siledad virionid ja seepäraste erineb nende viiruste retseptorit siduva saidi struktuur oluliselt eelmiste viiruste struktuurist. Polioviiruse virionid on stabiilsed (ka madala pH suhtes) ja piisavalt suured mahutamaks lisaks viiruse genoomile veel kuni 1500 b jagu RNA-d. seega ei ole genoomne RNA virionides tihedalt pakitud ja on võimalik , et kapsiidi struktuuri stabiliseerimises osalevad ka RNA interaktsioonid virioni valkudega. Picornaviiruse genoom Genoomne ssRNA on 7.2-8.5 kb pikkune. Genoomi 5’ otsas asub VPg (22-24AH jääki) mis seondub RNA 5’ otsaga Tyr jäägi kaudu . genoomi 5’- terminaalne järjestus on alati VPg- pUpUpA. Genoomi 3’ otsas asub polüA pikkusega 35-100 b. Picornaviiruste genoomi mittekodeerivad alad on väga konserveerunud ja
Dna metüleerimine - tsütosiini viiendasse positsiooni lisatakse metüülrühm 5 metüültsütosiin. Protsessi viib läbi dna-polümeraas. Eelistatult metüleeritakse guaniini ees asuv tsütosiin cg. Dna metüleerimine pärsib geeni ekspressiooni. Metüleerimine on seotud geeni regulatsiooni, kromatiini struktuuri, X-inaktivatsiooni, epigeneetilise protsesside ja genoomse imprintingu nähtustega, imetaja genoomis ~3% tsütosiiinidest (-c-) metüleeritud 7. Mis on genoomne imprinting? Kus ja millal toimub imprintimine ja millega see nähtus on seotud loomulikult ning patoloogia korral? Nähtus, kus sama geen ekpresseerub erinevalt sõltuvalt sellest, kas geenikoopia on saadud emalt või isalt. Õistaimedel ja imetajatel. Nähtust seletatakse sellega, et naise ja mehe gametogeneesis toimub geenide metüleerimine erinevalt. Normaalne nähtus Prader-willi ja Angelmanni sündroomid. Imprintingu protsess on pöörduv, vanematelt saadud
Põhimõtteliselt võiks moodustuda dehüdratatsioonireaktsioonis: kuid G0=+25 kJ/mol Looduses kasutatakse aktiveeritud nukleotiide nukleosiid trifosfaate (NTP, dNTP). RNA (ATP, GTP, CTP ja UTP) DNA (dATP, dGTP, dCTP ja dTTP) G0= +25 + (31) = 6 kJ/mol Rakkudes toimub lisaks pürofosfaadi hüdrolüüs: PPi + H2O = 2Pi (G0= 31 kJ/mol). Summaarne G0=6 + (31) = 37 kJ/mol DNA molekuli suurus varieerub erinevates organismides Lihtsamates organismides on kogu genoomne DNA üks lineaarne või tsirkulaarne molekul Eukarüootsetel organismidel on mitu kromosoomi DNA moodustab kogu raku massist ligikaudu 1% Organism DNA (bp kokku) konformatsioon Viirused SV40 5,100 tsirkulaarne Adenoviirus 36,000 lineaarne faag 48,600 tsirkulaarne Bakterid E
viirus on HPV ja tähtsus inimese jaoks? Hpv on inimese papilloomiviirus. väga väike viirus, kapsiidis 2 ahelaline genoomne DNA. Papilloomiviirus inimesel HPV tekitab soolatüükaid, käsnasid jt. Väga palju HPV alatüüpe - ~70. madala riskiga genotüübid põhjustavad silma konjuktiivi põletikku, ülemiste hingamisteede põletikke ja ärritust. Eristatakse kõrge riskiga genotüüpe, mis põhjustavad emakakaela vähki HPV-16 ja HPV-18. HPV on kõige levinum emakakaela vähi põhjus. tänapäeval võimalik vaktsineerida selle viiruse vastu 5. Joonista ja kirjelda bakteriofaagi T7 ehitust
molekulaarbioloogia põhilistest töömeetoditest. Iga üliõpilane esitab pärast töö teostamist protokolli (kas paberil või elektroonselt), milles toob ära põhilised tulemused ja lisaülesannete vastused. Kirjelduses märgib, millised etapid läbis edukalt ja millised olid probleemsed kohad. Töö nr 1: Inimese genoomse DNA restriktsioon Cfr42I restriktaasi abil. Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) või teratokartsinoomi (NT2) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5-10 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa ja NT2 rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/ Bluescript pBS SK+ plasmiid 10 ng/l lineariseeritud Cfr42I abil (~3h restriktsioon, puhastatud
molekulaarbioloogia põhilistest töömeetoditest. Iga üliõpilane esitab pärast töö teostamist protokolli (kas paberil või elektroonselt), milles toob ära põhilised tulemused ja lisaülesannete vastused. Kirjelduses märgib, millised etapid läbis edukalt ja millised olid probleemsed kohad. Töö nr 1: Inimese genoomse DNA restriktsioon Cfr42I restriktaasi abil. Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/ Bluescript pBS SK+ plasmiid 10 ng/l lineariseeritud Cfr42I abil (~3h restriktsioon, puhastatud fenooltöötluse, etanooliga sadestamise abil; lahustatud TE-s)
a) Ti plasmiid pärineb Agrobacterium tumefaciens-ilt b) Ti plasmiidi on kasutatud taimede insenergeneetikas geenide ülekandeks taime c) Ti plasmiid indutseerib kasvajate teket taimejuurtel d) Ti plasmiid sisaldab opiinide sünteesi ja metabolismi ning ka virulentsusgeene e) Kõik ülaltoodu on õige Kontrolltöö 3. 1. Millist prenataalse diagnostika meetodit on kõige sobivam kasutada loote DNA analüüsiks raseduse 16. nädalal? a) Võrdlev genoomne hübridisatsioon DNA kipidel (array-CGH) b) Amniotsentees c) Koorioni hattude biopsia d) Fluorestsents in situ hübridisatsioon (FISH) 2. Millist järgnevatest süsteemidest saab kasutada eukarüootsesse organismi sisestatud transgeeni ekspressiooni taseme kontrollimisel? a) Rekombinantse TetR promootori süsteemi b) Kõiki siintoodud süsteeme c) Steroid retseptoreid d) Modifitseeritud Lacl repressor süsteemi 3
Kirjelda, mis on cDNA ja genoomse DNA kogum (,,library"). cDNA on DNA, mida sünteesitakse mRNA järgi revertaasi abil (pöördtranskriptaas). cDNA sees on ainult eksonid. cDNA library - kloonide kollektsioon vektorites, mis on saadud RNA-de koopiatest. Ideaalne kogum sisaldab kõiki ühe organismi või koe geeni. DNA kogum: sisaldab ideaalselt vähemalt iga geeni üht koopiat. cDNAd vastavad aktiisetele geenidele, mis kodeerivad valke. Võimaldab vaadata aktiivseid valke. Genoomne DNA kogum kõik geenid, geenipank. Saab identsifitseerida. Genoomse kogumi loomiseks, kasutatakse genoomse DNA lõikamist restriktaasiga ja selle ligeerimine vektorisse: bakteriofaagid, kosmiidid, BAC ja YAC (Võivad esineda probleemid: geeni lõikamine keskel; geen on suurem, kui vektor võib vastu võtta. Kasutatakse randoomset lõikamist; ~20kb) Esineb mitu varianti cDNA sünteesimiseks: 1. cDNA sünteesitakse mRNA järgi, mille otsas on Polü-A-saba, mille praimeriks on polü-T
Uudikmutatsioonid Rett’i sündroom - Dominantne X-liiteline uudikmutatsioon ehk ei pärandu järglastele - Poistele letaalne, tüdrukud paar aastat normaalse arenguga, siis taandareng kiire Tripletsete korduste suurenemine - Huntingtoni alleel, CAG tripleti kordused: tavaliselt 11-34 kordust, haigus, siis enam kui 40 kordust - Fragiilse X sündroom – vaimne alaareng - Geneetiline eelsoodumus – tunnus areneb välja mingil arenguetapil Genoomne mälu - Põhjus metülatsioon - Pärandumistüüp sõltub sellest kummalt anemalt on päritud 37.Ühe geeni haigused PKÜ=fenüülketonuuria - Mutatsioon PAH - Retsessiivne kromosoomis 12 - Sagedus 1:10 000 - Dieet Fragiilse Xi sündroom - XGG koopiamutatsioon X-kromosoomis - FMR1 – permutatsioon mutatsiooniks - Sagedus meestel 2x sagedamini kui naistel sest neil 1 inaktiivne x kromosoom
Huntingtoni alleel, CAG tripleti kordused: tavaliselt 11-34 kordust, haigus, siis enam kui 40 kordust Fragiilse-X sündroom (vaimne alaareng), CGG tripleti kordused: tavaliselt 5-40, geneetiline eelsoodumus, siis kuni 200 kordust, haigus, üle 200 korduse. Geneetiline eelsoodumus (tunnus areneb välja mingil arenguetapil). o Genoomne mälu (vermimine, tembeldamine, imprinting) Põhjus metülatsioon Pärandumistüüp sõltub sellest, kummalt vanemalt on päritud Ühe geeni haigused o PKU = fenüülketonuuria Mutatsioon PAH (phenylalanine hydroxylase) Retsessiivne kromosoomis 12 (üle 500 erineva mutatsiooni) Sagedus 1: 10 000 (Iirimaa = 1: 5 000, Soome 1: 100 000) Dieet
Seega võivad need bakterid kuumas keskkonnas üpris levinud olla · Kaua polnud Nanoarchaeum equitans'i ainevahetusest suurt midagi teada. Oli teada, et ta ei suuda kasvada Ignicoccus'e ekstraktil ja seetõttu arvati, et talle on vajalik otsene kontakt elusa Ignicoccuse'e rakuga. · Nanoarchaeum equitans'i genoom on sekveneeritud. See on väikseim genoom arhede hulgas (490 kbp). Suuruselt enamvähem sama, mis mükoplasmadel. · Genoomne järjestus näitas, et geenitihedus on genoomis väga suur ja et plasmiide tal ei ole. Genoomis puudusid glükolüüsi raja geenid ja biosünteesiradade geenid. See näitas, et ta on parasiitne ja toitub Ignicoccus'e komponentidest (lipiididest, aminohapetest jne). Tal on genoomis mitmeid proteaaside ja peptidaaside geene, mis võimaldab kasutada peremeesorganismi valke. Arhede üldised ehituslikud iseärasused
2. Tripletsete korduste suurenemine (enam kui 50 000 kohas genoomis) · Huntingtoni alleel, CAG tripleti kordused: tavaliselt 11-34 kordust, haigus, siis enam kui 40 kordust · Fragiilse-X sündroom (vaimne alaareng), CGG tripleti kordused: tavaliselt 5-40, geneetiline eelsoodumus, siis kuni 200 kordust, haigus, üle 200 korduse. · Geneetiline eelsoodumus (tunnus areneb välja mingil arenguetapil). 3. Genoomne mälu (vermimine, tembeldamine, imprinting) · Põhjus metülatsioon · Pärandumistüüp sõltub sellest, kummalt vanemalt on päritud 4. Ühe geeni haigused 5. Kromosoomaberratsioonid Autosoomid 1. Down´i sündroom (21. kromosoomi trisoomia) · Neil üle 300 muutunud tunnuse (mongoliidsed näojooned etc.) · Sagedus sünnitaja vanuse funktsioon (populatsioonid keskmiselt 1: 1000) · Neil 3. aastase lapse tase 1. Patau sündroom (13. kromosoomi trisoomia)
DNA-ga kolmikahela · DNA eelnev denaturatsioon pole vajalik ! Suured laigud on mittespetsiifiliselt värvunud tuumakesed 6. Fiber-FISH Kasutatakse väljavenitatud kromatiinkiudusid. Eriline lüüsipuhver, mis lõhub ka tuumamaatriksi. DNA pikeneb 130% teoreetilisest väärtusest! Lahutusvõime paar kb d! 7. Kolmedimensionaalne FISH Kromosoomiterritooriumid intaksetes interfaasi tuumades konfokaalmikroskoopia vahendusel 7.Võrdlev genoomne hübridisatsioon Comparative genome hybridization CGH (CGH 8.Mikrokiipide variandid, kasutamine, põhimõtted -Mikrokiibid on väikesed klaasi- või silikoonslaidid, mille pinnale on paigutatud sadu tuhandeid DNA fragmente -Teistel kandjatel n.n. nitrotselluloos järjestatud nukleiinhapete fragmente võib nimetada makrokiipideks -Kasutades erinevaid DNA hübridisatsiooniprotsesse mõõdetakse nende geenide ekspressioonitase
Eemaldab supernatandi ja viskan selle ära. Pesen sadet etanoolidga. Suspendeerin 30 µl MQs. Mis juhtub erinevate biomolekulidega aluselises keskkonnas? Aluselise keskkonna loob E2 lahus. Selle tagajärjes bakteriraku membraani fosfolipiidid moodustavad mitsellid ja valgud denatureeruvad. NaOH denatureerib DNA kõrgemat järku struktuurid. Kuidas tagada, et välja puhastuks vaid meid huvitav plasmiidne DNA, mitte bakteri enda genoomne DNA. Peale E2 lahuse lisamist ei tohi liiga kaua inkubeerida. Muidu denatureerub ka plasmiidne DNA mis järgmises etapis sadeneb. Laboris puhastati plasmiidset DNA’d, aga saadud plasmiidi kogus tuli liiga väike. Mida korduskatses teisiti teha? E1 lahuse lisamise järel tuleb veenduda et lahusesse ei jääks tükke. Kõik peab olema piimjas mass. Muidu need tükid ei lüüsu täielikult. Jälgida, et peale E2 12 lisamist ei inkubeeriks liiga palju
Ehkki kõik need viirused erinevad, lisaks erinevate peremeesorganismide kasutamisele, teineteisest oluliselt ka genoomide ning virionide organisatsiooni poolest, leidub nende elutsüklites küllalt palju ühiseid jooni. 1. SUGUKOND BIRNAVIRIDAE Birnaviirustel on kahest segmendist koosnev dsRNA genoom, mille ahelate 5'-otstes asub kovalentselt kinnitunud genoomiga seotud valk (VPg, terminaalne valk) ning seetõttu moodustab birnaviiruste genoomne RNA VPg kaudu iseloomulikke mittekovalentseid tsirkulaarseid struktuure. Üks genoomi segment transleeritakse polüproteiinina, mis lõigatakse valmis valkudeks viiruse poolt kodeeritud proteaasi poolt. Birnaviirused jagunevad kolme perekonda: Avibirnavirus. Tüüpesindaja on kanade infectious bursal disease virus (IBDV, tuntud alates 1960-ndatest). Aquabirnavirus. Tüüpesindaja on lõhede infectious pancreatic necrosis virus (IPNV,
DNA segmendid ristseotakse valkudega ja valgud ristseotakse üksteisega. 2. Kromatiin fragmenteeritakse ja ligeeritakse 3. DNA puhastatakse ja analüüsitakse (qPCR, sekveneerimine) 3C: one by one analüüs – kasutab 3C lookus-spetsiifilisi praimereid. Tulemus nt interaktsiooniprofiil valitud geenist näitab promootori ja ümbritseva kromatiini interaktsiooni. 4C: tsirkulariseeritud 3C, one by all analüüs – üle genoomne interaktsiooniprofiil üksikule lookusele. 5C: many by many analüüs – analüüsib interaktsioone kahe suurema lookuste kogumi vahel, nt promootorite kogumi ja distaalsete regulatoorsete elementide kogumi vahel. Ehk võimaldab analüüsida interaktsioone mitme valitud lookuse vahel. Hi-C – all by all analüüs Andmete interpreteerimine – 3C ja 4C annab lineaarsed profiilid piki kromosoomi. 3C meetod annab andmeid lookuste lähedal paiknemise kohta,
minu kolooniast (ühest, tähistasin seda Peetri tassil). Asetasin tuubid kasvama 37 °C inkubaatorisse. 53. 54. Minipreparatsioon aluselise lüüsi meetodil 55. Eesmärgiks on bakteris paljundatud plasmiidi välja puhastamine. Selleks kasutatakse erinevaid lahuseid, mis muutuvad pH-d ja mille lisamise tagajärjel paljud fragmendid, mis saastavad plasmiidse DNA, tekitavad sadet ning neid on lihtne eraldada. 56. Aluselise lüüsi meetodil on tähtis see, et pH muutmisel bakteri genoomne DNA denatureerub kuid plasmiidse DNA ahelad jäävad seotuna teineteisega. Kui muuta pH esialgseks väärtuseks, siis bakterite genoomsed DNA molekulid agrigeeruvad ja tekitavad sadet soolade mõju tagajärjel ja plasmiidsed DNAd renatureeruvad tagasi. Nüüd fuugimisel lihtne genoomset DNAd eraldada plasmiidsest. 1. Võtsin kasvanud epsis bakterikultuur, fuugisin bakterid põhja 2 min maksimumpööretel ning eemaldasin pipetiga sööde sademe kohal. 2
29. Geenide arv ja tihedus. Geenide arv: Arhedel ja bakteritel väikseim, ainuraksetel eukarüootidel suurem, hulkrakseil suurim. Tihedusega vastupidi. 30. Mis teeb genoomi tasemel inimeset inimese. Erinevused organismide vahel geenide ekspressioonis: Eukarüootsed geenid valdavalt ei ole organiseeritud operonideks nagu bakteriaalsed. Kuigi C. elegans suur osa geenidest esinevad operonides on nad funktsionaalselt erinevad prokarüootide omadest, DNA metülatsioon on universaalsem metazoadel, Genoomne imprinting esineb vaid imetajatel, Esinevad selgroogsetele iseloomulikud kohastumused (adaptatsioonid) n.n. immuunsüsteem-seoselised, hormoonseoselised, Imetajatele iseloomulikud kohastumused n.n. X-inaktivatsioon, platsenta olemasolu jpm. Mis eristab meid genoomsel tasandil hiirtest: Genoomide võrdlus üldiselt: Inimese genoom on veidi suurem, vahe korduselementide hulgast. Hiire intergeensed alad ja intronid (keskmiselt 16%) väiksemad. Esineb lokaalne erinevus. Eksonite ja kodeeriva DNA
– eemaldab bakteriaale RNA prepsist). Lisasin 0,2 ml E2 lahus(0,2 N NaOH, 1% SDS – detergent, lõhustab bakteriraku membraani, denatureerib valku ja laseb aluse DNAd degradeerima. Kuna plasmiidne DNA on tsirkulaarne, siis ahelad ei eralduvad), suspendeerisin. Inkubeerin laua peal 5 minutit. Lisasin peale 0,2 ml E3 lahus(5 M KOAc – peatab lüüsi, mille tagajärjel valgud ja genoomne DNA sadenevad välja. Reageerib SDS-da, tekitades ka mittelahustava sadet. 10% äädikhape pH normaliseerimine. Plasmiid DNA renatureerub ja asub nüüd supernatandis, ulejäänud – sade.) ja raputasin kuni see täesti ühtlane Tsentrifuugisin 10 min maksiumpööretel toatemperatuuril, ning tõstin supernatandi uude epsi
Valgud ja mRNA on juba munarakus enne viljastamist Geenid mida nad mõjutavad on tuumas Ei ole seotud geenide või genoomi muutustega, vaid on puhtalt geeni ekspressiooni tulemus. Kui munarakk küpseb foliikulas, siis munaraku valgud, mida tsütoplasmas on terve rida, moodustuvad sellest munaraku genoomist endast. Need valgud, mis on sinna ennem tulnud, mõjutavad väga varast embüronaalset arengut ja selle tõttu võib tekkida muutus, mis ei allu II põlvkonnas Mendeli seadusele. Genoomne imprinting Inaktiveeritakse kogu eluks teatud geenid ühes homoloogis, et vältida liigset geeni ekspressiooni nn. monoalleelne ekspressioon. See toimub juba gameedis selle küpsemise käigus. Ei ole tegemist ema efektiga . Üks kromosoom inaktiveeritakse ära, et ei oleks meil üledoosi. Genoomne imprinting tähendab seda, et lookuses ühe gameedi alleel on inaktiveeritud ja seda tehakse gameedi küpsemise käigus. Imprintingu erinevus geeni ekspressioonist on see, et imprinting jääb
oluliseks muutumiseks 1/s. Kui s on negatiivne, on a-tüüpi indiviididel eelis. Siis fA läheb 0-ks,kui t muutub suureks. Ehk nagu mina aru sain, siis alleelisageduse graafiku tõus sõltub selektsioonikoefitsendist s ja ajast t. fA(t) = fA(0)/ ( fA(0) + (1-s)t * fa(0) ) 8. Mis põhimõtteline vahe on genoomi edasipärandamisel haploidselt ja diploidselt paljunevatel organismidel? Haploidid paljunevad pooldumise teel ja kogu genoomne materjal pärandatakse eedasi. Valik diploidides on suhteliselt sarnane valikule haploidides, kuid selle vahega, et diploididel ei anta genotüüpi järglastele otse edasi. Vaid toimub paaritumine ja antakse järglastele edasi ainult pool oma genoomist. Valik tulenebki erineva genotüübiga indiviidide erinevas ellujäämises. 9. Mida näitab selektsioonikoefitsent diploidses organismis? Mille suhtes see defineeritakse?
metüülrühma, millega valgu aktiivsusomadused muutuvad. ● DNA metülatsioon põhjustab geenide avaldumise pidurdamist, CpG ala metülatsioon promootoralas vaigistab geeni ekspressiooni (vähkkasvajate tekkes oluline - on täheldatud, et kasvajate puhul on geeni ekspressioonide vähenemine tingitud nii mutatsioonidest kui ka CpG alade hüpermetülatsioonist, isegi rohkem viimasest). 49. Too näide epigeneetilise imprintinguga seotud haigusest Genoomne imprinting põhineb DNA metülatsioonil. Genoomse imprintingu all mõeldakse vanemspetsiifilist geenide, kromosoomide või kogu genoomi ekspressiooni või repressiooni järglastel. Mutatsioonidki võivad seetõttu avalduda erinevalt, sõltuvalt sellest, kas nad pärinevad emalt või isalt. Genoomse imprintingu korral avaldub arengus ainult kas isa (paternaalne) või ema (maternaalne) poolt päritud alleel. ● Kallutatud metülatsioon – X-liiteline ihtüoos e kalasoomustõbi. Sagedus
Intermediaarsus Kodomineerimine 16. Geenide vastastikuse toime tüübid Komplementaarsus Epistaas Duplikaatsus Pleiotroopsus 17. Uudikmutatsoioonid uudikmutatsioonid (ingl. New mutations)- Kasvajate teket põhjustavatest mutatsioonidest on pool uudikmutatsioonid, olles isikupäraselt unikaalsed. 18. Imprinting geeni vermimine (ingl. Gene imprinting)- Geen mäletab oma vanemat. Vt. geenimälu; genoomne vermimine. genoomivermimine (ingl. Genome imprinting)- Nähtus, mille puhul geeni avaldumine sõltub sellest, kummalt vanemalt see on päritud. 19. Skisofreenia pärandumine skisofreenia (ingl. Schizophrenia)- Vaimuhaigus, mis väljendub tajumise, mõtlemise, tundeelu ja tahteelu muutumises. Skisofreenia risk: Mittesugulased populatsioonis, sugulus 0%- risk 1%; teise astme sugulased, sugulus 25%- risk 4%, esimese astme sugulased, sugulus 50%- risk 9%,
muutused antikehade V- regioonides, peamiselt tekivad mutatsioonid neis geenisegmentides, mis kodeerivad CDR3 alasid ja tõstavad antikeha afiinsust antigeeni suhtes. Selle kaudu paraneb oluliselt antikehade afiinsus antigeeniga seondumisel. Isotüübi vahetuse käigus vahetatakse antikeha konstantset regiooni kodeeriv segment. Algul on kõik antikehad IgM konstantse regiooniga, isotüübi vahetamise käigus toimub B- rakus genoomne reorganiseerumine konstantse regiooni kodeerivate geenide piirkonnas. Isotüübi vahetus muudab Ab effektor funktsiooni muutmata Ab spetsiifilisust ag suhtes. 22. Kirjelda I ja II tüüpi ülitundlikkuse reaktsioone. Tüüp I IgE vahendatud ülitundlikkus. Tüüp II IgG vahendatud tsütotoksiline ülitundlikkus (näiteks reesus konflikt). Allergia, ülitundlikkus: Immuunsüsteemi sobimatult suur reaktsioon väikesele ja ohutule tekitajale.
vähirakkude puhul on kõvasti. Saab kiiresti täielikult ülevaatliku pildi situatsioonist. m-FISH: tulemus umbes sama, mis SKY'l, muidu natuke erinev (näiteks eksitatsioon). Tehakse spektraalanalüüs. 3D-FISH: Interfaasi rakus on kromatiin lahti pakitud ja aktiivne, aga kromosoomide asukoht ei ole suvaline. Kromosoomide territooriumid näeb ära konfokaalmikroskoopiaga funktsioneerivas intaktses tuumas: reaalajas transkriptsiooni, splaissingu jm vaatamine. 7. Võrdlev genoomne hübridisatsioon ... on molekulaar-tsütogeneetiline meetod, mis uurib geenikoopiate numbri muutusi kasvajarakkudes. Meetod baseerub fluorestseeruvalt värvitud tuumori ja punaselt värvitd (rhodamiin) normaalse DNA võrdluses. Meetod detekteerib vaid mittebalanseeritud muutusi. Erinevalt värvitud DNA'd segatakse, lisatakse cot-1 DNA'd (et alla suruda korduvaid DNA järjestusi). Segu hübridiseeritakse normaalsete metafaasi kromosoomidega. Värvingust on
Baketerite genoom § DNA kompaktne kogum - nukleoid § Üks kromosoom § Tsirkulaarne kaheahelaline helikaalne DNA § Kahesuunaline § Binaarne pooldumine § Geenid paiknevad üksteise lähedal § Funktsionaalselt seotud geenid grupeeritud operoni Kromosomaalne DNA Nimetatakse ka bakteri kromosoomiks. E. coli, genoom 4700 kbp pikk (umbes 1400 µm), mass on 4.4×10-15 g., sisaldab 3...6 × 106 nukleotiidipaari (bp) ühe geeni "pikkus" on umbes 1000 nukleotiidi-paari. Bakterite genoomne DNA haploidne, tsirkulaarne, kaheahelaine, singulaarne. Genoom - kodeerib mitu tuhat polüpeptiidi (~360 aminohapet). Ekstrakoromosomaalne DNA - plasmiid § Diskreetsed, ekstrakoromosomaalsed replikonid. § Suurus varieerub - 5 ×106 - 100 ×106 daltonit. § Enamasti kodeerib bakteritele mittevitaalseid omadusi. § Replikatsioon genoomist sõltumatult. § Enamus plasmiide supercoil'ed, tsirkulaarsed, kaheahelaline DNA, mõned ka lineaarsed plasmiidid - Borrelia, Streptomyces §
Interferoonide iseloomustus ja nende tähendus erinevate immunopatoloogiliste protsesside korral. Interferoonid on eriti tähtsad tsütokiinid, mis limiteerivad teatud viirusinfektsioonide levikut inimorganismis. Üks interferoonide grupp (IFN-alfa ja IFN-beeta) sekreteeritakse viirus-infitseeritud rakkude poolt. See interferoonide rühm on loomuliku immuunsuse osa. Sekretsiooni keskne stimulaator on dsRNA (kaheahelaline RNA, mis on viiruse genoomne või tekib infektsioonitsükli käigus). IFN-alfa on kodeeritud 20-st geenist koosneva geenide perekonna poolt, mis asub 9. kromosoomis. Molekul on monomeerne ja koosneb 166-st aminohappejäägist. Selle molekuli retseptoriteks on CD 118 ja IFNAR-2. IFN-alfat produtseerivad leukotsüüdid ja dendriitraud. IFN-beeta on kodeeritud ainukese geeni poolt 9. kromosoomis. Molekul on samuti monomeerne ja koosneb 166-st aminohappejäägist
annaabi.ee 
